广东省广州市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2017）粤01民终6638号
上诉人（原审被告）：广州东升农场有限公司，住所地广东省广州市南沙区大岗镇庙贝村。
法定代表人：区景泰，该公司董事长。
委托诉讼代理人：黄上椿，广东金领律师事务所律师。
委托诉讼代理人：范梅红，女，1982年7月5日出生，系该公司副总经理。
被上诉人（原审原告）：广东省广州市南沙区大岗镇庙贝股份合作经济联合社，住所地广东省广州市南沙区大岗镇庙贝大道*号。
负责人：陈金洪，该村主任。
委托诉讼代理人：丁海才，广东禹优律师事务所律师。
上诉人广州东升农场有限公司（以下简称广州东升公司）因与被上诉人广东省广州市南沙区大岗镇庙贝股份合作经济联合社（以下简称庙贝经济联合社）土地租赁合同纠纷一案，不服广东省广州市南沙区人民法院（2015）穗南法民二初字第389号民事判决，向本院提起上诉。本院依法组成合议庭对本案进行了审理。本案现已审理终结。
上诉人广州东升公司上诉请求：1.撤销原审判决第一、二项，改判广州东升公司按照2001年10月15日签订的《补充协议书》约定的租金标准向庙贝经济联合社支付案涉153.64亩耕地的租金（2011年1月至2013年12月的租金为每年每亩926元，2014年1月至2016年12月的租金为每年每亩972元；2017年1月至2019年12月的租金为每年每亩1021元，其余期限租金按约定标准支付），以及按2006年12月13日签订的《租用耕地协议书》约定的租金标准向庙贝经济联合社支付案涉65.99亩耕地的租金（2011年1月至2012年11月的租金为每年每亩1312.5元，2012年12月至2015年12月的租金为每年每亩1378.5元)；2.撤销原审判决第三项判决，驳回庙南经济联合社的该项诉讼请求；3.庙南经济联合社承担本案一、二审诉讼费用和鉴定费。事实和理由：（一）原审判决错误认定《补充协议书》项下的153.64亩土地属于《补充合同(1)》项下的土地、其租赁期间已届满，并据此判令广州东升公司向庙贝经济联合社归还该土地，并按评估价格支付土地占用费，属于事实认定错误。双方承租案涉土地主要签订了三份合同，即《协议书》《补充协议书》，《补充合同(1)》，原审法院认为，《补充协议书》项下的153.64亩土地包含在《补充合同(1)》的土地范围内，应根据《补充合同(1)》的约定计算租赁期限。广州东升公司认为，虽然《补充协议书》与《协议书》及《补充合同(1)》约定的土地范围有重合的部分，但《补充协议书》与另两份合同是相互独立的，不存在包含关系，《补充合同(1)》约定的10年租赁期限并未取代《补充协议书》约定的30年租赁期限。理由如下：1.土地性质不同。《补充协议书》项下的280亩土地是作为加工场地基建用地使用的，而《补充合同(1)》项下的3994亩土地明确约定为耕地，用于种植经营。2.土地范围不同。《补充协议书》约定的280亩土地，包含了四队的花场用地约45.09亩，《协议书》约定的2000亩耕地中并不包括花场面积。具体构成方面，即使庙贝经济联合社以《补充协议书》的附图没有双方盖章确认为由，拒绝确认其真实性，但广州东升公司能清楚地说明280亩土地的构成范围，而庙贝经济联合社始终无法准确确定280亩的构成范围，其所述构成范围完全错误，与原审法院(2015)穗南法民二初字第287号案件所涉350亩耕地面积存在重复。3.对合同的表述不同。《补充合同(1)》第一条明确约定“2001午签订协议面积约2000亩已在该补充合同面积内”，但并没有约定《补充协议书》项下的280亩面积在《补充合同(1)》面积内，也未明确约定原《补充协议书》30年租赁期限变更为10年，或者以《补充合同(1)》取代《补充协议书》。4.合同签订主体不同。《补充协议书》的承租方为区泰记农副产品加工（深圳）有限公司（以下简称区泰记深圳公司），《补充合同(1)》的承租方为广州东升公司。虽然2015年进入诉讼后，为了方便案件审理，广州东升公司同意承继案区泰记深圳公司的权利义务。但在签订《补充协议书》及《补充合同(1)》时，两公司是独立的法人。5.从情理上讲，广州东升公司于2001年承租280亩土地是为了建设蔬菜加工厂及配套用地，故约定了30年的租赁期限。为此，广州东升公司还于2002年3月26日与庙贝经济联合社签署了《征用土地协议书》，向该社及其村民支付了征地补偿等全部费用，并在280亩范围的已征用土地上建设了蔬菜加工厂。2003午，在没有任何压力、胁迫的情况下，广州东升公司没有理由、也不可能将原先较长的租赁期限缩短，这不符合长期发展绿色农业的战略目标，也不符合常理。（二）“农民失业补助费、农业建设维护费、五保困难户补助费”与“征用土地使用费”是用一笔费用的不同称谓，又统称为“加工厂综合服务费”，原审判决广州东升公司重复承担这两项费用，属于严重错误。1.2002年3月26日，庙贝经济联合社与区泰记农副产品加工(广州)有限公司（以下简称区泰记广州公司）签订《征用土地协议书》，约定上诉人征用为工业之用的土地面积为28800.144平方米(折合43.26亩)，鉴于村民就业上有困难，广州东升公司同意每年支付农民失业补助费、农业建设维护费、五保困难户补助费等总计人民币800元／亩给庙贝经济联合社。但未明确约定该笔费用的起算及支付时间，该项内容一直未实际履行。2.2004年12月29日，鉴于广州东升公司已按《征用土地协议书》的约定在该征用土地上建造了厂房，双方重新签订《征收场地使用费协议》，明确“农民失业补助费、农业建设维护费、五保困难户补助费”等费用的缴纳时间从2005年1月1曰起计算，并将该等费用改称“场地使用费”，并将按亩计费改为按平方米计费，两份协议的计费面积和计费标准完全一致，即800元/亩=1.2元/平方米)。3.上述两协议签订后，庙南经济联合社从未向广州东升公司主张过该两项费用，双方在诉前曾就争议多次开会协商，庙贝经济联合社也仅主张“综合服务费”。2013年12月10日，庙贝经济联合社单方出具的《租用耕地改变用途及综合服务费等补充确认(书)》亦只记载“加工厂综合服务费”，列举的计费方式与上述两份协议一致，由此印证，上述两项费用实质相同。4.广州东升公司征收案涉43.26亩工业用地时，除已支付的指标费20000元/亩、国土费35330元/亩外，已根据《土地管理法》的规定向庙贝经济联合社及其村民支付了征收耕地的全部补偿费用(36469元/亩)。“农民失业补助费、农业建设维护费、五保困难户补助费”是法律规定外多支付的费用，本无法律依据。5.2010年前，双方在每年年底会就欠付租金等费用的情况进行对账，并要求广州东升公司结清当年所有费用。截止2010年12月31曰，广州东升公司已付清欠付租金在内的一切费用，庙贝经济联合社在原审庭审过程中亦予确认。原审判决广州东升公司重复承担两项费用，并支付2010年之前的费用，是错误的。6.即使广州东升公司需支付包括2010年之前的该项费用，庙贝经济联合社的部分诉请也超过了诉讼时效，其最多只能主张起诉日之前两年的费用。（三）原审判决错误认定65.99亩土地的租赁期限至2016年11月7日届满，广州东升公司已于2015年年底提前交还。1.双方于2006年12月13日就涉案65.99亩耕地签订了《租用耕地协议书》，约定65.99亩项下约6亩耕地（配套房房屋及配套温网室所占耕地）的租赁期限至2021年11月7日届满，原审法院认定错误。2.原审诉讼中，庙贝经济联合社及属下第12生产队明知《租用耕地协议书》尚未到期，私自与高惠楠于2016年1月22日签订《耕地承包合同》，强行将该耕地发包给高惠楠并向其收取租金，庙南经济联合社向原审法院陈述了上述事实，并提供《耕地承包合同》复印件为证，但原审法院未予处理。
被上诉人庙贝经济联合社辩称，原审判决认定事实清楚，适用法律正确，请求二审法院驳回上诉，维持原判。
庙贝经济联合社向原审法院起诉请求判令广州东升公司：1.向庙贝经济联合社归还未签订租赁合同却实际占用的土地174.98亩，并支付占用费（65.99亩蔬菜基地的占用费按每年每亩2060元的标准自2011年1月起计至2013年5月止、按每年每亩2100元的标准自2013年6月起计至2015年12月止，72.1亩鱼塘的占用费按每年每亩2350元的标准自2011年1月起计至2013年5月止、按每年每亩2400元的标准自2013年6月起计至实际归还土地之日止，102.88亩耕地的占用费按每年每亩1960元的标准自2011年1月起计至2013年5月止、按每年每亩2000元的标准自2013年6月起计至实际归还土地之日止）及逾期付款违约金（以前述未付占用费为本金，自起诉之日起按中国人民银行同期同类贷款基准利率计至付清之日止）；2.向庙贝经济联合社支付农民失业补助费、农业建设维护费、五保困难户补助费（自2002年起按每年34560元的标准计至判决确定履行之日止，暂计至2015年12月为190752元）及逾期付款违约金（以前述未付费用为本金，自起诉之日起按每日1‰的标准计至付清之日止）；3.向庙贝经济联合社归还超出征用土地面积部分的土地6.73亩，并支付占用费（按每年每亩20000元的标准自2009年1月起计至2013年5月止、按每年每亩21600元的标准自2013年6月起计至实际归还土地之日止）；4.向庙贝经济联合社支付改变为工业用途的土地49.93亩（43.2亩+6.73亩）的征用土地使用费（按每年每亩800元的标准自2005年起计至实际归还土地之日止）；5.向庙贝经济联合社支付农机展销部土地2.13亩的占用费4686元；6.向庙贝经济联合社支付水泥公路改变用途土地2.625亩的补偿金（按每年每亩20000元的标准自2011年1月起计至2013年5月止、按每年每亩21600元的标准自2013年6月起计至判决确定履行之日止）；7.向原告庙贝经济联合社支付石涌排灌站维修费25000元；8.承担本案诉讼费。
原审法院认定事实：2000年11月3日，庙贝经济联合社作为甲方与作为乙方的区泰记广州公司签订《协议书》，约定：乙方向甲方承租该村位于广珠东线公路现代五金厂至飘丰桥路段两侧约2000亩的耕地作为蔬菜种植基地之用；详细面积、位置见图，并经双方签名为准；租赁期间10年，自2001年1月1日起至2011年2月1日止；乙方按每年每亩800元的标准向甲方支付使用费，每3年递增5%，2001年至2003年期间每年每亩800元、2004年至2006年期间每年每亩840元、2007年至2011年2月期间每年每亩882元，乙方应在每季度末支付上季度的使用费；双方签订协议时，乙方支付定金370000元，协议期届满甲方不计利息退回定金给乙方，乙方交还耕地；耕地产生的水利维护费由甲方承担，与乙方无关；若乙方不按约支付使用费，则须按每日2‰的标准计付滞纳金。广州东升公司向原审法院提交了加盖有“广州市番禺区灵山镇庙贝村经济合作社”字样印章的图纸（以下称图一），主张系《协议书》附图。庙贝经济联合社予以确认。
2001年10月l5日，庙贝经济联合社作为甲方与作为乙方的区泰记深圳公司签订《补充协议书》，约定：双方于2000年10月18日签订《协议书》，乙方为搞好农副产品加工配套，将已使用的甲方一队、三队、四队及七队约280亩耕地作为加工场地之用；详细面积、位置见图，并经双方签名为准；租赁期间30年，自2001年1月1日起至2030年12月31日止；乙方按每年每亩800元的标准向甲方支付使用费，每3年递增5%，2001年至2003年期间每年每亩800元、2004年至2006年期间每年每亩840元、2007年至2010年期间每年每亩882元、2011年至2013年期间每年每亩926元、2014年至2016年期间每年每亩972元等，乙方应在每季度末支付上季度的使用费；乙方独立种植加工经营、安排生产计划，包括自行维修保养该范围内的交通运输道路，期内经济责任与甲方无关；甲方提供现有的“石涌排灌站”协助乙方排水，有关水电费双方协商解决；土地产生的水利维护费由甲方承担，与乙方无关；协议期届满时，乙方应向甲方交还土地；若乙方不按约支付土地使用费，则须按每日2‰的标准计付滞纳金。诉讼中，双方对《补充协议书》项下土地是否被完全包含于2000年11月3日《协议书》存有争议。庙贝经济联合社主张《补充协议书》提及的“2000年10月18日签订《协议书》”实质系指2000年11月3日《协议书》，结合“从已使用的280亩土地”的表述，可推断《补充协议书》项下土地全部被包含在2000年11月3日《协议书》约定的范围。广州东升公司对此不予确认，主张《补充协议书》新约定了庙贝村四队45.09亩花场的出租事宜，但该部分土地从未交付使用；除45.09亩花场外，《补充协议书》项下其余土地才属于2000年11月3日《协议书》约定的范围；至于双方是否曾签订“2000年10月18日《协议书》”则无法核实。就该主张，广州东升公司提交了图纸（以下称图二），主张系《补充协议书》附件。与图一相比较，图二增加了部分土地，广州东升公司主张系花场。庙贝经济联合社不确认图二的真实性，主张图二未经其签章认可，且花场大部分面积位于五队而非四队，双方从未就花场部分签订书面合同，也无交付使用。原审法院就《补充协议书》280亩土地范围进一步调查，庙贝经济联合社主张虽然《补充协议书》记载土地所属生产队为一队、三队、四队及七队，但实际上该280亩土地为一队鱼塘72.1亩、三队耕地141.85亩（含征用土地面积43.26亩、超出征用土地面积部分的土地6.73亩、水泥公路改变用途土地2.625亩）及七队耕地66.05亩。广州东升公司对此不予确认，认为《补充协议书》280亩土地包括一队鱼塘72.1亩、三队耕地81.54亩、三队及七队征用土地面积合计43.26亩、七队调村“4.42%面积”土地12.5亩、二十一队调村“4.42%面积”土地8.84亩、未交付使用的四队花场45.09亩以及广州东升公司于2011年退还的16.67亩土地，若庙贝经济联合社否认该280亩土地包含花场45.09亩，则应指出四队土地相应的范围；庙贝经济联合社认为超出征用土地面积部分的土地6.73亩为三队、七队的土地，还可能涉及二十一队的土地，具体情况无法核实；水泥公路改变用途土地2.625亩可能涉及一队、三队、四队、五队的土地，具体情况无法核实；该280亩土地中属于七队土地的面积数亦无法核实。
2002年3月26日，广州市番禺区灵山镇庙贝村民委员会（现更名为广州市南沙区大岗镇庙贝村民委员会）作为甲方与作为乙方的区泰记广州公司签订《征用土地协议书》，约定：乙方征用甲方位于庙贝村三队、石涌排灌站以南（土名：八十亩）的土地作工业用途；面积为28800.144平方米，以实际丈量为准；以国土部门批核征地的起止时间作为租赁时间；土地被征用后，甲方村民就业困难，乙方同意按每年每亩800元的标准支付农民失业补助费、农业建设维护费及五保困难户补助费，每10年递增5%，乙方应于每年7月1日、11月20日分别支付当年的50%费用；若乙方接到甲方通知后逾期两个月仍未缴交费用，则须按每日1‰的标准计付违约金。庙贝经济联合社主张，双方实际履行时将“农民失业补助费、农业建设维护费及五保困难户补助费”统称为“加工场综合服务费”，广州东升公司签订《征用土地协议书》时已开始动工建设，其应自2002年起计付加工场综合服务费。庙贝经济联合社提交的收入凭证显示“区泰记农副产品有限公司”曾于2013年11月4日向庙贝经济联合社支付综合服务费300000元。广州东升公司则主张该款系用于支付2011年至2013年土地使用费而非加工场综合服务费。2003年3月4日，该部分土地取得国有土地使用证，登记面积为24426平方米。
2003年11月l2日，庙贝经济联合社作为甲方与作为乙方的广州东升公司签订《补充合同(1)》，约定：甲方将位于本村万年阴、育英围、飘丰围、宜安围总面积3994.08亩的耕地（包括已征用的43.2亩土地）出租给乙方作为种植经营之用，使用费起价为每年每亩800元；鱼塘7.91亩，使用费起价为每年每亩400元；飘丰二站储水塘3.42亩，使用费起价为每年每亩600元；详细面积、位置见图，并经双方签名为准（2001年签订协议面积约2000亩已在该补充合同面积内）；租赁期间10年，自2001年1月1日起至2010年12月31日止；乙方按每年每亩800元的标准支付使用费，每3年递增5%，2001年至2003年期间每年每亩800元、2004年至2006年期间每年每亩840元、2007年至2010年期间每年每亩884元，乙方应在每季度末支付上季度的使用费；乙方按每亩200元的标准向甲方支付定金；土地产生的水利维护费由甲方承担，与乙方无关；合同期届满时，乙方应向甲方交还土地，同等条件下甲方须优先租给乙方；若乙方不按约支付土地使用费，则须按每日2‰的标准计付滞纳金。庙贝经济联合社主张《补充合同(1)》包含《协议书》、《补充协议书》及《征用土地协议书》项下全部土地，农机展销部土地2.13亩亦在该补充合同中；案涉全部土地租赁期间均于2010年年底届满，广州东升公司应按市场价的标准计付自2011年起的土地占用费。广州东升公司则主张，虽然庙贝经济联合社诉请要求返还的174.98亩土地均在《协议书》范围，但《补充协议书》新约定了花场土地，故其应独立于《协议书》及《补充合同(1)》，174.98亩土地的租赁期间应适用《补充协议书》的约定。就《补充合同(1)》项下土地范围，庙贝经济联合社提交了《东升菜场租地面积计算表》，内容为广州东升公司2001年至2004年期间承租庙贝村一队至二十一队土地的情况。其中：2001年第一次承租土地共计1940.49亩、2001年下半年增加27.72亩、2002年增加1355.42亩、2003年增加793.4亩，共计4117.03亩；全部土地范围中，属于四队面积为116.69亩、五队面积为131.54亩，均系2002年新增加的部分；公路征用减面积106.47亩、其他减面积16.93亩、2004年3月31日退回村面积合计482.59亩；2003年征用后实计面积3511.09亩，四队及五队面积不变。该表下方“东升农场代表签字”处载有“区景泰”字样的签名及加盖有“广州东升农场有限公司”字样的椭圆形印章。广州东升公司不确认该计算表的真实性，但明确表示不对印章真实性申请鉴定。
2004年12月29日，庙贝经济联合社作为甲方与作为乙方的广州东升公司签订《征收场地使用费协议》，约定：甲、乙双方于2002年3月26日签订《征用土地协议书》，经协商达成如下场地使用费交纳协议：场地使用面积28800.14平方米；场地使用费交纳期限以国土局批文时间为准，自2005年1月1日起为第一次交纳时间；参照国家财政部粤财外（1996）7号文件规定的标准，场地使用费按每年每平方米1.2元的标准计付，乙方应于当年12月31日前交纳本年度的场地使用费。广州东升公司主张，场地使用费约定的计费面积及标准与《征用土地协议书》约定的“农民失业补助费、农业建设维护费及五保困难户补助费”一致，两者实为同一性质，双方在履行过程中以“加工场综合服务费”的名义履行，2010年前的费用广州东升公司已结清，且双方一直对其计算标准存有争议，庙贝经济联合社从未催款，故广州东升公司不须计付逾期付款违约金。庙贝经济联合社对此不予确认。
2006年12月13日，庙贝经济联合社作为甲方与作为乙方的广州东升公司签订《征用耕地协议书》，约定：甲方将位于本村广珠东线公路西侧、庙飘路口下的十二队耕地（地名：浸牛死）75.2亩出租给乙方用于与广东省农科院蔬菜研究所（以下简称省农科所）合作建设蔬菜种植基地；详细面积、位置见图，并经双方签名为准；乙方使用蔬菜基地，甲方同意建设一座配套房屋（面积约1亩的混凝土结构）及配套温网室、大棚设施（面积约5亩），建设费用由乙方负责；配套房屋、温网室及大棚设施所占土地（面积约6亩）租赁期间15年，自2006年11月8日起至2021年11月7日止，其余土地租赁期间10年，自2006年11月8日起至2016年11月7日止；乙方按每年每亩1250元的标准向甲方支付使用费，每3年递增5%，2006年11月8日至2009年11月7日期间每年每亩1250元、2009年11月8日至2012年11月7日期间每年每亩1312.5元、2012年11月8日至2016年11月7日期间每年每亩1378.5元、2016年11月8日至2019年11月7日期间每年每亩1447.5元（配套房屋、温网室及大棚设施所占土地）、2019年11月8日至2021年11月7日期间每年每亩1520元（配套房屋、温网室及大棚设施所占土地）；2006年11月8日后，乙方原须支付的土地使用费按11月8日前双方确认的面积减少75.2亩（实际面积以双方签名确认的数据为准）支付；乙方在签订协议时须支付定金50000元，协议期届满后甲方不计利息退回定金给乙方；若乙方不按约支付土地使用费，则须按每日2‰的标准计付滞纳金；协议自双方签章、乙方支付定金时生效。庭审中，庙贝经济联合社主张广州东升公司未支付定金，故《征用耕地协议书》未生效，广州东升公司无权占用该部分土地。广州东升公司则主张该协议书有实际履行，庙贝经济联合社已将其交付的定金用于冲抵2011年土地使用费，庙贝经济联合社在2016年11月17日庭审前从未就其效力问题提出过异议。
2013年12月10日，庙贝经济联合社向广东东升农场有限公司（以下简称广东东升公司）出具《租用耕地改变用途及综合服务费等补充确认》，载明庙贝经济联合社为甲方、广东东升公司为乙方，内容为：1.乙方厂房在2011年11月5日经丈量核定面积为49.99亩，原征地面积为43.26亩，超出6.73亩，就超出征地面积部分的土地，乙方应向甲方补偿2009年至2013年期间的租金269200元（8000元/亩/年×6.73亩×5年）；2.2011年11月5日双方经丈量核定水泥路面积为5.25亩（长499.9米×宽7米），就乙方应负责的50%面积的土地，乙方应向甲方补偿2011年至2013年期间的租金63000元（8000元/亩/年×2.625亩×3年）；3.石涌排灌站变压器损坏两只，费用合计50000元，乙方应负责50%费用即25000元；4.省农科所的土地面积67.25亩（调村4.42%面积7.38亩、十二队面积59.87亩），乙方应向甲方支付2011年至2013年期间的使用费269235.38元（1312.5元/亩/年×67.25亩×2年+1378.5元/亩/年×67.25亩），甲方已按每年每亩2200元的标准向十二队支付2011年、2012年租金；5.就已征用土地43.2亩，乙方应向甲方支付2002年至2013年期间的综合服务费418176元（800元/亩/年×43.2亩×10年+840元/亩/年×43.2亩×2年）；……7.农机展销部的土地于2012年起退回甲方使用，乙方已收取省农科所2011年的租金，但未支付给甲方。庭审中，双方确认该函件第1点至第6点、第7点内容属于案涉纠纷项下土地，与广州东升公司有关，因广州东升公司不确认函件内容故双方未签署。广州东升公司还主张庙贝经济联合社当时未在函件提出租赁合同到期、场地使用费的问题，与常理不符。
庙贝经济联合社向原审法院提交了其自行制作的《2011-2014年东升农场使用各队耕地面积计算表》，内容为广州东升公司2011年至2015年期间使用庙贝村一队、三队、七队、十二队、二十一队土地的情况。该表载明面积共计750.91亩；其中已签合同土地面积共计509.94亩，包括：七队耕地292.3亩于2010年12月28日签订合同，二十一队耕地208.98亩于2010年12月29日签订合同，二十一队属自留地转租面积8.66亩于2011年1月10日签订合同；其中未签合同土地面积共计240.97亩，包括：一队鱼塘72.1亩，三队耕地81.54亩（原总面积141.4亩，减征地面积43.2亩、10户村民要回面积16.66亩后余81.54亩，其中属村面积15.214亩），七队调村“4.42%面积”土地12.5亩，十二队蔬菜基地65.99亩（原总面积75.2亩，减三桥占用地5.3亩、草莓地3.91亩后余65.99亩，其中属村“4.42%面积”7.38亩），二十一队调村“4.42%面积”土地8.84亩。双方确认，前述已签合同的土地相对方系广东东升公司。
诉讼中，庙贝经济联合社明确其诉请要求返还的土地范围为：一队鱼塘72.1亩、三队耕地81.54亩（含超出征用土地面积部分的土地6.73亩、水泥公路改变用途土地2.625亩）、七队调村“4.42%面积”土地12.5亩、二十一队调村“4.42%面积”土地8.84亩，共计174.98亩。双方确认：水泥公路面积原为5.25亩，因包含公用的机耕路，故合同仅对其计算一半面积即2.625亩；65.99亩蔬菜基地于2000年11月3日《协议书》签订后交付广州东升公司使用，2006年双方就该部分土地另行签订了《征用耕地协议书》，后由庙贝经济联合社于2015年12月31日收回。广州东升公司还要求庭后核实农机展销部土地2.13亩是否包含在65.99亩蔬菜基地中，但截至本案一审判决作出之日止，其未回复核实结果。
原审诉讼中，双方对庙贝经济联合社诉请主张归还土地的面积及计费标准有异议。庙贝经济联合社向原审法院申请土地面积测量及土地租金市场价评估。就面积测量的部分，原审法院经摇珠选定广州全成多维信息技术有限公司为司法鉴定机构。后双方要求自行测量，庙贝经济联合社遂撤回该项申请。2016年7月12日，双方于原审法院组织调查时确认前述《2011-2014年东升农场使用各队耕地面积计算表》记载的数据，但广州东升公司认为租赁期间均未届满，理由如前述。就土地租金市场价评估的部分，原审法院经摇珠选定广州市华盟价格事务所有限公司为司法鉴定机构。2016年10月25日，广州市华盟价格事务所有限公司出具穗华价估[2016]220号评估结论书，载明：1.未签订合同但实际占用的240.97亩土地：65.99亩蔬菜基地在2011年1月1日的土地租金市场单价为每年每亩2060元，在2013年6月为每年每亩2100元；72.1亩鱼塘在2011年1月1日的土地租金市场单价为每年每亩2350元，在2013年6月为每年每亩2400元；102.88亩耕地在2011年1月1日的土地租金市场单价为每年每亩1960元，在2013年6月为每年每亩2000元。2.实际使用改变为工业用途的6.73亩土地：按农业用途在2011年1月1日的土地租金市场单价为每年每亩2100元，在2013年6月为每年每亩2150元；按工业用途在2011年1月1日的土地租金市场单价为每年每亩20000元，在2013年6月为每年每亩21600元。3.实际使用的2.625亩水泥公路：按农业用途在2011年1月1日的土地租金市场单价为每年每亩2100元，在2013年6月为每年每亩2150元；按工业用途在2011年1月1日的土地租金市场单价为每年每亩20000元，在2013年6月为每年每亩21600元。庙贝经济联合社就该次评估预缴鉴定费11800元。广州东升公司质证认为评估价格过高，理由如下：65.99亩蔬菜基地应适用2006年12月13日《征用耕地协议书》约定的标准；6.73亩土地及2.625亩水泥公路为“三通一平”，用作堆放农具、化肥及农产品等，性质为农业生产附属设施用地，非改变土地用途，应适用《补充协议书》约定的标准计费。庭审中，双方确认6.73亩土地交付时为耕地性质；5.25亩水泥公路原有一半已是公用机耕路，由广州东升公司进行扩建。
原审另查明，庙贝经济联合社以广东东升公司未按约支付土地租金为由将其诉至原审法院，原审法院立（2015）穗南法民二初字第287号案审理。庙贝经济联合社于该案提交的证据显示：2010年12月28日，庙贝经济联合社作为甲方与作为乙方的广东东升公司签订《耕地租赁合同》，约定：甲方将本村七队及二十一队耕地共计501.28亩租给乙方种植使用，租赁期间自2011年1月1日起至2016年12月31日止；2011年1月10日，双方签订《耕地租赁合同补充协议》，约定：甲方再将二十一队耕地8.66亩出租给乙方使用。本案庭审中，庙贝经济联合社主张《补充合同(1)》到期后，广东东升公司须继续使用七队及二十一队土地，故双方签订了前述《耕地租赁合同》及《耕地租赁合同补充协议》，但合同未将七队调村“4.42%面积”土地12.5亩及二十一队调村“4.42%面积”土地8.84亩计算在内，故该部分土地可视为广州东升公司继续占用，相应占用费由广州东升公司负担。广州东升公司则主张，若庙贝经济联合社坚持认为七队调村“4.42%面积”土地12.5亩及二十一队调村“4.42%面积”土地8.84亩不包含在《补充协议书》约定的范围，则该部分土地应视为广东东升公司实际使用，与广州东升公司无关，庙贝经济联合社应另案主张权利。再查明，经对账，双方确认广州东升公司已付1504337.45元。庙贝经济联合社主张其中的300000元系用于支付加工场综合服务费，广州东升公司则认为系支付2011年至2013年土地使用费。又查明，双方确认在合同履行过程中，均未区分合同主体系广州东升公司、区泰记深圳公司还是区泰记广州公司，广州东升公司同意承继区泰记深圳公司及区泰记广州公司的权利义务。
原审法院认为，本案为合同纠纷。现本案争议焦点为：一、庙贝经济联合社诉请要求归还的土地的租赁期间是否届满，其能否按评估价格的标准计收2011年起的土地占用费；二、“农民失业补助费、农业建设维护费及五保困难户补助费”与“场地使用费”是否同一性质，庙贝经济联合社是否重复收取；三、庙贝经济联合社诉请的2.13亩农机展销部土地占用费、水泥公路改变用途土地补偿金及石涌排灌站维修费能否获得支持。
关于焦点一。双方争议的是案涉土地租赁期间是否届满问题，实质分歧即《补充协议书》项下土地是否全部被包含于《协议书》约定的范围内。庙贝经济联合社主张广州东升公司占用的174.98亩土地均属于《补充合同(1)》约定的范围，租赁期间已于2010年年底届满。广州东升公司则认为《补充协议书》新约定了45.09亩花场土地，应独立于《协议书》及《补充合同(1)》，租赁期间于2030年年底才届满。对此，原审法院分析如下：第一，广州东升公司主张《补充协议书》新约定花场土地的主要依据系图二。《补充协议书》明确约定“详细面积、位置见图，并经双方签名为准”。现图二无庙贝经济联合社的签章确认，在庙贝经济联合社否认其真实性的情况下，原审法院对其不予采信。故广州东升公司不能证明双方就《补充协议书》约定的土地范围重新确认了图纸。第二，从《补充协议书》上下文内容来看，广州东升公司在签订《补充协议书》前已实际使用该280亩土地。虽然《补充协议书》记载该280亩土地为“一队、三队、四队及七队”，但双方就该280亩土地所属生产队的主张均与《补充协议书》约定的不一致。换言之，从《补充协议书》记载的内容无法推断双方约定了花场土地。原审庭审中，广州东升公司已明确表示无法核实是否签订了“2000年10月18日《协议书》”。除现有合同外，广州东升公司未提交双方签订的其他合同。故亦无法得出《补充协议书》与《协议书》约定的土地范围不一致的唯一结论。第三，从广州东升公司主张的《补充协议书》项下280亩土地范围进行分析。广州东升公司认为《补充协议书》项下土地包括一队鱼塘72.1亩、征用土地面积43.26亩、三队耕地81.54亩、七队调村“4.42%面积”土地12.5亩、二十一队调村“4.42%面积”土地8.84亩、未交付使用的四队花场45.09亩以及广州东升公司于2011年退还的16.67亩土地，共计280亩。广州东升公司同时确认超出征用土地面积部分的6.73亩土地及水泥公路2.625亩属于该280亩土地范围内，并主张6.73亩土地涉及三队、七队并可能涉及二十一队的土地，水泥公路2.625亩可能涉及一队、三队、四队及五队的土地。结合两者主张可见，广州东升公司关于该280亩土地中各生产队所属土地面积数的主张自相矛盾。第四，《补充合同(1)》约定的土地面积最大，签订时间在最后，其载明的总面积与《东升菜场租地面积计算表》的大致一致。除去双方争议的调村面积土地部分，广州东升公司已确认庙贝经济联合社诉请归还的土地包含在《协议书》约定的范围。而《协议书》约定的土地范围系包含于《补充合同(1)》中。第五，庙贝经济联合社提交的《东升菜场租地面积计算表》载有广州东升公司法定代表人的签名及加盖有广州东升公司的印章。广州东升公司虽对真实性提出异议，但未提交相反证据，原审法院对该计算表予以采信。该计算表详细记载了双方约定租赁的土地、退回的土地、实际使用的土地面积的增减情况。从数据可见，双方于2001年期间即《补充协议书》签订时并无就四队及五队土地约定租赁，四队所属土地的面积数与广州东升公司主张的花场面积亦不一致。综合考量现有证据及双方当事人陈述，原审法院认为广州东升公司虽抗辩《补充协议书》独立于《协议书》及《补充合同(1)》，但未能提供充分证据证明花场的面积、范围及双方曾就此进行过约定，不足以推翻庙贝经济联合社提供的证据。其中一队72.1亩鱼塘、三队81.54亩土地，合计153.64亩土地，原审法院认定系属于《补充合同(1)》项下的土地，其租赁期间已届满，广州东升公司应予归还。现广州东升公司未归还，已构成违约，应向庙贝经济联合社归还土地并赔偿相应占用费损失。至于七队调村“4.42%面积”土地12.5亩及二十一队调村“4.42%面积”土地8.84亩的部分，该些土地虽包含在《补充合同(1)》，但庙贝经济联合社已明确该部分土地系其与广东东升公司签订《耕地租赁合同》及《耕地租赁合同补充协议》时漏算的面积，该两份合同签订时间在《补充合同（1）》租赁期间届满之后，故实际使用方应视为广东东升公司。现广州东升公司明确表示不同意在本案中一并处理，原审法院不予处理。庙贝经济联合社可另案主张权利。
就使用费损失的计算标准，原审法院作如下分析：1.关于65.99亩蔬菜基地。双方就该部分土地重新签订了《征用耕地协议书》，约定租赁期限自2006年11月8日起至2016年11月7日止。《征用耕地协议书》的签订时间在《补充合同(1)》之后，应视为双方变更约定。广州东升公司于2015年年底已提前交还该部分土地，庙贝经济联合社同意接收。广州东升公司仅应按《征用耕地协议书》约定的标准计付2011年至2015年期间的使用费，即446125.4元（1312.5元/亩/年×65.99亩×2年+1378.5元/亩/年×65.99亩×3年）。庙贝经济联合社诉请要求按评估价格的标准计费，与双方约定不符，原审法院不予采纳。2.关于72.1亩鱼塘、72.185亩土地（81.54亩土地扣除6.73亩土地及水泥公路2.625亩）。如前述，该部分土地属于《补充合同(1)》项下内容，租赁期间于2010年年底已届满，庙贝经济联合社要求参照评估价格的标准计收占用费，合法有据，原审法院予以支持。按照评估报告的结论，广州东升公司应支付的72.1亩鱼塘占用费暂计至2015年6月为769667.5元(2350元/亩/年×72.1亩×2.5年+2400元/亩/年×72.1亩×2年),2015年7月起至实际交还土地之日止的占用费按每年每亩2400元的标准计付;72.185亩土地使用费暂计至2015年6月为642446.5元(1960元/亩/年×72.185亩×2.5年+2000元/亩/年×72.185亩×2年),2015年7月起至实际交还土地之日止的占用费按每年每亩2000元的标准计付。3.关于6.73亩土地。该部分土地属于《补充协议书》约定的范围，已被包含在庙贝经济联合社诉请要求归还的174.98亩土地范围内。原审法院认为，该部分土地性质为农用地，广州东升公司将该部分土地用作堆放农具、化肥及农产品等，属农业生产附属设施用地，非改变土地用途。庙贝经济联合社以用途变更为由要求按工业用地租金市场价的标准计收补偿金，缺乏依据，原审法院不予支持。广州东升公司应按评估报告“农业用途”土地的结论计付占用费，暂计至2015年6月为64271.5元(2100元/亩/年×6.73亩×2.5年+2150元/亩/年×6.73亩×2年)，2015年7月起至实际交还土地之日止的占用费按每年每亩2150元的标准计付。4.关于2.625亩水泥公路。同理，该部分土地依附公用机耕路，广州东升公司用作农产品交通运输道路，不能视作用于工业用途。庙贝经济联合社以用途变更为由要求按工业用地租金市场价的标准计收补偿金，原审法院亦不予支持。广州东升公司应按评估报告“农业用途”土地的结论计付占用费，暂计至2015年6月为25068.8元(2100元/亩/年×2.625亩×2.5年+2150元/亩/年×2.625亩×2年)，2015年7月起至实际交还土地之日止的占用费按每年每亩2150元的标准计付。5.关于七队调村“4.42%面积”12.5亩土地及二十一队调村“4.42%面积”8.84亩土地。如前述，该部分土地纠纷属庙贝经济联合社、广东东升农场之间的争议。庙贝经济联合社要求广州东升农场负担占用费，缺乏依据，原审法院不予支持。双方确认广州东升公司已支付1204337.45元，应从上述应付占用费中扣除。
关于焦点二。双方对“农民失业补助费、农业建设维护费及五保困难户补助费”与“场地使用费”的性质存有争议。庙贝经济联合社主张双方分别约定了“农民失业补助费、农业建设维护费及五保困难户补助费”及“场地使用费”，前者统称为加工场综合服务费。广州东升公司则认为两者为同一费用，均称为加工场综合服务费，庙贝经济联合社系重复收取。“农民失业补助费、农业建设维护费及五保困难户补助费”约定于2002年3月26日《征用土地协议书》，起算时间为国有土地使用证出具的时间即2003年3月4日。“场地使用费”则约定于2004年12月29日《征收场地使用费协议》，起算时间为2005年1月1日。虽然两者涉及的土地范围及计收标准相同，但起算时间有区别。且形成时间在后的《征收场地使用费协议》并未提及两者为同一费用或以“场地使用费”代替“农民失业补助费、农业建设维护费及五保困难户补助费”。广州东升公司认为两者实质相同，但其在签订《征收场地使用费协议》时却未提异议，现仅以两者计收标准相同为由抗辩为同一费用，理据不足，原审法院不予采纳。双方就该同一范围的土地同时约定了“农民失业补助费、农业建设维护费及五保困难户补助费”及“场地使用费”，未违反法律法规的禁止性规定，合法有效。广州东升公司未按约支付，已构成违约，其应向庙贝经济联合社支付相应费用及逾期付款违约金。就“农民失业补助费、农业建设维护费及五保困难户补助费”，庙贝经济联合社要求以2002年为起算时间，与约定不符，原审法院不予支持。该部分费用应自2003年3月起按每年34560元（800元/亩/年×43.2亩）的标准计至判决确定履行之日止。庙贝经济联合社提交的付款凭证显示广州东升公司于2013年11月4日支付加工场综合服务费300000元。广州东升公司抗辩该款用于支付2011年至2013年土地使用费，与凭证记载的内容不符，原审法院不予采信。该款应在应付费用中扣除。至于逾期付款违约金，结合本案中庙贝经济联合社的实际损失，双方约定按每日1‰的标准计付违约金确实属于约定过高，原审法院对广州东升公司的相关抗辩予以支持，调整为按照中国人民银行同期同类贷款基准利率的四倍计付。就“场地使用费”，庙贝经济联合社要求按49.93亩的面积计收，与约定不符，前文已就6.73亩土地是否属于工业用地进行分析，不再赘述。该部分费用应自2005年1月起按每年34560元（800元/亩/年×43.2亩）的标准计至判决确定履行之日止。
关于焦点三。就2.13亩农机展销部土地占用费，广州东升公司未就该部分土地所属合同情况回复原审法院，据此，原审法院采纳庙贝经济联合社的主张，认定该部分土地包含于《补充合同(1)》。如前述，租赁期间已届满。广州东升公司抗辩庙贝经济联合社无故收回，违约在先，但对此未提交证据拟予证明，原审法院不予采纳。庙贝经济联合社诉请要求广州东升公司支付2011年占用费，应予以支持。就2.625亩水泥公路改变用途土地补偿金，如前述，原审法院已认定广州东升公司需计付相应占用费。原审法院对庙贝经济联合社超出部分的诉请不予支持。至于石涌排灌站维修费。《补充协议书》约定，庙贝经济联合社向广州东升公司提供石涌排灌站协助排水，双方协商水电费负担比例，但水利维修费由庙贝经济联合社自行负担。从其余协议亦可见，双方一直约定由庙贝经济联合社负担水利维修费。现庙贝经济联合社主张广州东升公司同意负担一半维修费，广州东升公司予以否认，原审法院不予采信。庙贝经济联合社亦未提交证据证明维修费的数额以及该费用已实际发生。原审法院对该项诉请亦不予支持。至于鉴定费。依照《诉讼费用交纳办法》第十二条第一款的规定，比照本案鉴定结论与各当事人的主张，广州市华盟价格事务所有限公司收取的费用11800元应由庙贝经济联合社负担5057元，广州东升公司负担6743元。
综上所述，依照《中华人民共和国合同法》第一百零九条、第一百一十四条、第二百二十六条、第二百二十七条、第二百三十五条，《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十二条，《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第九十条的规定，判决：一、广州东升公司于判决发生法律效力之日起三十日内向庙贝经济联合社归还未签订租赁合同却实际占用的土地153.64亩；二、广州东升公司于判决发生法律效力之日起十日内向庙贝经济联合社支付土地占用费[65.99亩蔬菜基地使用费为446125.4元，72.1亩鱼塘占用费（暂计至2015年6月为769667.5元，2015年7月起至实际归还土地之日止的占用费按每年每亩2400元的标准计付），72.185亩土地占用费（暂计至2015年6月为642446.5元，2015年7月起至实际归还土地之日止的占用费按每年每亩2000元的标准计付），6.73亩土地占用费（暂计至2015年6月为64271.5元，2015年7月起至实际交还土地之日止的占用费按每年每亩2150元的标准计付），2.625亩水泥公路占用费（暂计至2015年6月为25068.8元，2015年7月起至实际交还土地之日止的占用费按每年每亩2150元的标准计付），扣除广州东升公司已支付的1204337.45元]及逾期付款违约金（以前述未付的土地占用费为本金，自起诉之日起按中国人民银行同期同类贷款基准利率计至付清之日止）；三、广州东升公司于判决发生法律效力之日起十日内向庙贝经济联合社支付农民失业补助费、农业建设维护费、五保困难户补助费（按每年34560元的标准，自2003年3月起计至判决确定履行之日止，扣除广州东升公司已支付的300000元）及逾期付款违约金（以前述未付的费用为本金，自起诉之日起按中国人民银行同期同类贷款基准利率的四倍计至付清之日止）；四、广州东升公司于判决发生法律效力之日起十日内向庙贝经济联合社支付场地使用费（按每年34560元的标准，自2005年1月起计至判决确定履行之日止）；五、广州东升公司于判决发生法律效力之日起十日内向庙贝经济联合社支付2.13亩农机展销部土地占用费4686元；六、驳回庙贝经济联合社的其余诉讼请求。案件受理费40120元，由庙贝经济联合社负担15246元，广州东升公司负担24874元；鉴定费11800元，由庙贝经济联合社负担5057元，广州东升公司负担6743元。
本院查明的事实与原审查明的事实一致，本院对原审查明的事实予以确认。二审中，广州东升公司向本院提交《补充协议书》（含附图）及番禺市灵山镇法律服务所出具的《见证书》复印件一份，拟证明《补充协议书》所涉280亩土地中45.09亩花场不包含在《协议书》所涉土地范围内。该公司称，上述证据是在其资料库中找到的，上述证据的原件由其法定代表人保存，而其法定代表人在香港，故无法提交证据原件。庙贝经济联合社的质证意见：《补充协议书》是双方签订的合同，广州东升公司也有原件，其在原审中不提交，在二审中仅提交复印件，对其提交的附图复印件的真实性不予确认。
本院认为，根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百六十八条的规定，第二审人民法院应当对上诉请求的有关事实和适用法律进行审查。本院综合双方诉辩意见，对本案二审争议焦点问题评析如下：1.关于《补充协议书》项下153.64亩土地是否包含在《补充合同（1）》中、租赁期限是否届满，及使用费损失的计算标准问题。双方的实质分歧在于《补充协议书》项下土地是否全部包含于《协议书》约定的范围内。庙贝经济联合社主张广州东升公司占用的174.98亩土地均属于《补充合同(1)》约定的范围，租赁期间已于2010年年底届满。广州东升公司则认为《补充协议书》新约定了45.09亩花场土地，应独立于《协议书》及《补充合同(1)》，租赁期间至2030年年底才届满。原审对该问题的分析有事实和法律依据，论述充分，本院不再赘叙。另广州东升公司在原审中确认除45.09亩花场地外，《补充协议书》项下其余土地属于《协议书》项下2000亩土地的范围，45.09亩花场地并未实际交付，也不包含在庙贝经济联合社诉请其归还的土地范围内。根据广州东升公司的陈述，《补充协议书》项下实际交付使用的土地均属于《协议书》项下2000亩土地的范围内，而根据《补充合同（1）》的约定，《协议书》项下2000亩土地又包含在《补充合同（1）》项下3994.08土地范围内。由此可见，《补充协议书》项下实际交付使用的土地，包括庙贝经济联合社诉请广州东升公司归还的土地均包含在《补充合同（1）》中。《补充合同（1）》签订时间晚于《补充协议书》，重新约定了《补充协议书》项下实际交付使用的土地的租赁期限，即租赁期限至2010年12月31日止。现租赁期限届满，广州东升公司应予归还，原审判令该公司归还153.64亩土地有事实和法律依据，本院予以维持。广州东升公司的上诉理由在原审中均已提出，原审判决已作回应，本院不再一一回应。广州东升公司主张《补充协议书》独立于《协议书》和《补充合同（1）》，其项下实际交付的土地仍应按照《补充协议书》确定租赁期限，该主张没有事实和法律依据，在《补充合同（1）》中也无反映，本院不予采纳。广州东升公司认为双方就涉案65.99亩蔬菜基地重新签订了《征用耕地协议书》，其中6亩的租赁期限至2021年11月7日，剩余部分的租赁期限至2016年11月7日，庙贝经济联合社及下属的第12生产队在租赁期限未届满的情况下，私自与案外人签订《耕地承包合同》，将该地块发包给案外人并收取租金，原审判决认定广州东升公司于2015年年底提前交还该地块，属于认定事实错误。本院认为，庙贝经济联合社在本案中诉请广州东升公司向其支付65.99亩蔬菜基地2011年至2015年的使用费，庙贝经济联合社于2015年年底收回涉案地块是否违反《征用耕地协议书》约定，其后有无向案外人私自发包该地块，对于该诉请应否获得支持无影响，与本案纠纷不属于同一法律关系，广州东升公司也未就此提起反诉，本院不予审查，如双方因此产生纠纷，可另循法律途径解决。2.关于“农民失业补助费、农业建设维护费及五保困难户补助费”与“场地使用费”是否为同一笔费用的问题。两者涉及的土地及计收标准虽然相同，但约定于不同的协议中，起算时间亦不同，且签订时间在后的《征收场地使用费协议》中并未提及两者为同一费用或存在替代关系。广州东升公司仅依据计收标准相同主张两者为同一笔费用，理据不充分，本院不予采纳。双方就同一范围的土地同时约定两笔费用，不违反法律和行政法规的强制性规定，依法成立并生效，广州东升公司应依约向庙贝经济联合社支付费用，广州东升公司主张其已交清2010年前的所有费用，但并未举证予以证明，应承担举证不能的不利后果。原审法院据此判令广州东升公司支付农民失业补助费、农业建设维护费及五保困难户补助费及逾期付款违约金、场地使用费，并扣除广州东升公司已支付的30万元，有事实和法律依据，本院予以维持。广州东升公司提出庙贝经济联合社的部分诉请超过诉讼时效，其仅能主张起诉前两年的费用，依照《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》第四条第一款的规定，广州东升公司在一审期间未提出诉讼时效抗辩，其在二审期间才提出，本院不予支持。
综上所述，广州东升公司的上诉请求不能成立，应予驳回；原审判决认定事实清楚，适用法律正确，应予维持。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第一项规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费17100元，由上诉人广州东升农场有限公司负担。
本判决为终审判决。
审判长 丁阳开
审判员 茹艳飞
审判员 谢国雄
二〇一七年九月四日
书记员 董广绪
付金芬