北京市顺义区人民法院
民 事 判 决 书
（2017）京0113民初2742号
原告：北京宅急送快运股份有限公司,住所地北京市顺义区北京空港物流基地物流园八街3号。
法定代表人：陈显宝，董事长。
委托诉讼代理人：李海，北京市中淇律师事务所律师。
被告：北京金石汇力商贸有限公司,住所地北京市房山区张坊镇下寺村一区12号。
法定代表人：张磊,经理。
委托诉讼代理人：赖志刚，男，1978年11月9日出生。
原告北京宅急送快运股份有限公司（以下简称宅急送公司）与被告北京金石汇力商贸有限公司（以下简称金石公司）运输合同纠纷一案，本院于2017年1月22日受理后，依法适用普通程序，公开开庭进行了审理。原告宅急送公司之委托诉讼代理人李海，被告金石公司之法定代表人张磊及委托诉讼代理人赖志刚到庭参加诉讼。本案现已审理完毕。
原告宅急送公司向本院提出诉讼请求：1.判令金石公司支付运费13489元，并按日千分之三支付自2015年1月1日至实际给付之日的滞纳金；2.判令金石公司承担本案诉讼费用。事实和理由：双方于2014年10月签订月结协议书，宅急送公司按照约定向金石公司提供了运输服务，但金石公司2014年11月违反合同约定，不支付运输费用。故诉至法院，望判如所请。
被告金石公司答辩称，金石公司只欠付2015年11月这一个月的运费，因为宅急送公司给金石公司账单中有很多不是金石公司发的货，每个月都如此，导致账目不清，金石公司估算的是只欠一个月的运费。合同开始到现在，宅急送公司只向金石公司开具了一张2万元左右的发票，宅急送公司如果不提供其余发票，金石公司不能结算。宅急送公司有金石公司的代收货款未结算，目前能够确认的一笔是2142元的货款未交给金石公司。而且在运输过程中还发生过货物破损，宅急送公司也未赔偿。双方结账都是宅急送公司的快递员与金石公司接洽，但是相关人员已调走，至今关于这个事都没有人和金石公司沟通，金石公司反馈过对账单不准确，以及代收货款和货损的问题，但一直没有人和金石公司联系。
当事人围绕诉讼请求依法提交了证据，本院组织当事人进行了证据交换和质证。对当事人无异议的证据，本院予以确认并在卷佐证。
经审理查明：
2014年10月31日，宅急送公司与金石公司签订月结协议书载明：“……4.结算条款4.1乙方于每月的8日前向甲方提供上月的结账明细表，甲方应在5日内确认完毕，逾期即视为甲方已确认。确认后，甲方于当月20日前将上月运输费用支付给乙方。如逾期支付，则甲方自次月1日起按应付款项的0.3%向乙方支付滞纳金。4.2在费用核算无误后，如甲方要求提供发票，则乙方依据结算金额开具6%的增值税发票或3%的增值税普通发票给甲方。……10.服务事故的赔偿：……10.3甲方未委托乙方投保的交寄物（包括甲方自行投保的货物和没有办理任何保险的货物）、以及委托乙方投保但保险公司没有理赔下来的货物发生丢失、破损等其他服务事故，乙方赔偿甲方的实际损失，但最高赔偿金额不超过当票运费的3倍。……11.甲乙双方同意按照以下第（一）中方式确定乙方的本合同期限：（一）固定期限：从2014年10月31日起至2015年10月30日止。”
宅急送公司提交2014年11月至2015年11月的账单载明，该时间段内金石公司应付运费共计94198元。宅急送公司人认可金石公司已付80709元，差额为13489元。金石公司称，账单中标明发件人是金石公司、张磊、赖志刚的部分，金石公司认可，其他都不是金石公司发的件；这些件里面有上千单都是刷单，发的是空包，当时宅急送公司的人员口头承诺这些单每单减免一元，但账单上都是按实际发货的价格计算的运费。
宅急送公司于2016年7月27日向金石公司发送快递，快递单上内件品名为“2014年11月至2015年11月金石公司运费计算账单，欠款合计13489元”。金石公司认可收到该快递，但称该快递内只有2014年11月和12月的账单。
宅急送公司称，其每一期账单都向金石公司发送过电子邮件。金石公司称其只收到过2015年10月以前的账单邮件，没有收到2015年11月的账单，发现账单有误后，金石公司通过电话向宅急送公司的经理反应过相关问题，但相应的通信记录打不出来了，无法提交。
宅急送公司索要的运费中由2014年11月至2015年11月产生的运费和金石公司的汇款之间的差额组成，其中2014年11月份的差额为3621元，2014年12月的差额为3575元，2015年2月至6月的汇款为16000元，差额为1446元。
金石公司提交其与“宅急送财务001”的聊天记录显示，该“宅急送财务001”同意金石公司结算2015年2月至6月的运费时支付16000元即可。宅急送公司称五日内提交对该记录的书面核实意见，逾期不交视为其认可该记录的真实性。宅急送公司逾期未向本院提交核实意见。
金石公司提交其与“小武”的聊天记录，该记录中，金石公司称“多拿点单子，多刷点钱。”金石公司称，这句话说的就是刷单的事，2014年11月和12月的差额就是应该扣除的刷单的减免费用。
金石公司提交其与“冰封的夏天”的聊天记录，该记录中，冰封的夏天称：这月我充充收入，用一下你那个合同。金石公司回复：用吧。金石公司称，冰封的夏天就是王桂东。宅急送公司认为，金石公司同意了用该公司客户编码为他人发货，理应承担相应的付款义务。
金石公司称，其所称代收货款的货物是通过淘宝官网填写的，下单后宅急送公司派人来金石公司取；货到付款的单子的运费与宅急送公司提交的运费账单是不在一起的，这种是一单一单单独算的，运费标准与月结协议书的标准也是不一致的。
宅急送公司曾于2016年11月17日就本案提起诉讼。本案诉讼过程中，宅急送公司将其要求的滞纳金的起算时间变更为2016年11月17日。
本院认为：
宅急送公司与金石公司之间运输合同关系存在，本院予以确认。金石公司认可其收到了2015年10月及之前的账单，且其并未提供证据证明对该账单提出过异议，金石公司提交的聊天记录也不能证明宅急送公司做出过刷单减免费用的意思表示，故本院认定，金石公司应按照2015年10月及之前的账单向宅急送公司支付运费。宅急送公司的证据不足以证明其向金石公司送达了2015年11月的账单，且根据金石公司提交的聊天记录，其仅同意在5月份使用其客户编码为他人发货，并未同意在其他月份也可以如此操作，故本院采纳金石公司的辩解意见，将2015年11月账单中发件人并非金石公司、张磊和赖志刚的相应运费剔除,共计扣除825元。宅急送公司逾期未提交对金石公司与宅急送财务001的聊天记录的书面核实意见，视为其认可该记录的真实性，本院将其主张的2017年2月至6月的差额1446元一并扣除。宅急送公司要求的滞纳金标准过高，本院依法予以调整。
金石公司称宅急送公司应先向其交付发票，但双方合同并未约定宅急送公司交付发票系金石公司付款的前提，故本院对该辩解意见不予采纳。金石公司称宅急送公司持有部分代收货款未支付，本院认为，根据月结协议书的约定和金石公司的陈述，代收货款的运单与本案涉及的运单不属于同一法律关系，对该部分纠纷，金石公司可另行起诉要求解决。金石公司称部分货物发生了货损，但其并未在本案中提起反诉，其可另行起诉要求解决。
综上，依照《中华人民共和国合同法》第八条、第一百零七条、第一百五十九条、第一百六十一条，《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第九十条之规定，判决如下：
被告北京金石汇力商贸有限公司向原告北京宅急送快运股份有限公司支付运费一万一千二百一十八元及滞纳金（以一万一千二百一十八元为基数，按照日万分之五的标准，自二〇一六年十一月十七日起计算至实际支付之日止），于本判决生效之日起七日内执行。
如果被告北京金石汇力商贸有限公司未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费一百三十八元，由原告北京宅急送快运股份有限公司负担五十八元（已交纳），由北京金石汇力商贸有限公司负担八十元，于本判决生效之日起七日内交纳。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，同时按照不服本判决部分上诉请求数额，交纳上诉案件受理费，上诉于北京市第三中级人民法院。上诉期满后七日内仍未交纳上诉案件受理费的，按自动撤回上诉处理。
审 判 长 王琼希
人民陪审员 雷瑞梅
人民陪审员 杨淑敏
二〇一七年十二月十二日
书 记 员 徐 帅