汕头市潮南区人民法院
民 事 判 决 书
（2016）粤0514民初300号
原告（反诉被告）佛山市顺德区澄至环境工程有限公司，住所地佛山市顺德区容桂朝阳居委会凤祥南路2号宏建大厦三层303A号。
法定代表人李子荣。
委托代理人朱明生，广东一言律师事务所律师。
委托代理人朱峰，广东一言律师事务所实习律师。
被告（反诉原告）广东康氏实业有限公司，住所地汕头市潮南区两英环市公路边。
法定代表人康辉宣。
委托代理人肖猷崇，广东潮之荣律师事务所律师。
原告（反诉被告）佛山市顺德区澄至环境工程有限公司（下称澄至公司）诉被告（反诉原告）广东康氏实业有限公司（下称康氏公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院于2016年3月16日立案受理后，依法适用简易程序独任审判，于2016年5月10日和6月8日二次公开开庭进行了审理，后因发现案情复杂，遂转为适用普通程序审理，依法组成合议庭，并于2016年7月18日公开开庭进行了审理。原告澄至公司的委托代理人朱明生、朱峰，被告康氏公司的委托代理人肖猷崇到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告澄至公司诉称，2011年8月31日，其司与被告签署《废水处理系统整改工程合同书》，约定被告将其厂区内的《废水处理系统整改工程》交由其司完成，项目总价款为825000元；并约定被告负责工程的报建、验收等手续，按约定及时支付工程款以及申请环保验收义务。合同同时约定，如处理出水达以上第三条款排放标准的要求，通过相关部门出具的水质报告或合格文件后，视为工程正式验收合格。自验收合格之日起，本合同项目工程即视为完全移交至被告；工程未经验收，被告不得将工程投入使用，否则视为被告默认该工程已通过验收；设备安装调试结束，出水口达到以上第三条款排放标准视为原告安装调试合格，被告应当按约定支付合同余款；被告逾期付款应按合同总额20%支付违约金以及双方所在地法院均对本合同签订、履行所引起的争议有管辖权等等内容。合同签订后，被告也已向其公司支付了工程款280000元，但截止2015年4月20日止，被告尚欠其公司工程余款545000元。经其公司再三催讨，被告均借故拒不履行合同约定的支付义务。经了解，被告的该项目已于2013年取得政府环保部门颁发的《排污许可证》，并持续正常生产经营至今，取得了良好的经济效益和社会效益。综上，其公司已严格按合同约定完全履行了全部义务，但被告拒不履行合同约定的项目验收和付款责任，已经构成重大违约，依法应当承担相应的违约法律责任。其公司为维护自己的合法权益，特向法院起诉，请求：1、判令被告支付工程余款545000元及违约金165000元；2、本案诉讼费由被告承担。
原告澄至公司对其陈述的事实在举证期限内提供的证据有：
1、营业执照、组织机构代码证，据以证明其主体资格；
2、工商登记信息、组织机构代码证，据以证明被告的主体资格；
3、废水处理系统整改工程合同书、广东康氏实业有限公司废水处理系统整改工程附件，据以证明其公司按照合同约定履行相应的义务；
4、活期存款子账户交易明细，据以证明其公司已经收到被告支付的部分工程款280000元；
5、律师函、EMS快递单及邮寄妥投单，据以证明其公司向被告催收工程余款的事实；
6、工程材料入场确认单及工作联系函，据以证明其公司已履行义务；
7、《印染废水改造工程移交、工程款结算及支付事宜》、《附表》，据以证明其公司在工程竣工后要求被告支付余下工程款的事实以及涉案工程增加设备二次，设备款分别为18500元和36200元。
被告康氏公司没有提交书面答辩，其代理人当庭辩称，根据原告在诉状中所称，原告认为工程已通过验收，其公司就应支付工程款的起诉理由缺乏事实根据及法律根据。理由为：1、根据合同约定，其公司于2011年10月20日支付280000元工程款，原告收到工程款后应马上进行施工，但原告并没有履行义务；2、原告拖延施工后，经其公司多次交涉，原告的工程师赵明明和法定代表人李子荣于2012年5月19日作出保证，承诺于2012年6月底完成调试，否则退回已收的280000元，该份承诺真实意思表示若在承诺的合理期间内没有完成调试，则原告应当退回已收取的280000元；3、2012年6月底，原告没有完成工作，根据其保证，理应退回280000元；4、原告作出保证后，依然没有准时施工，历时1年2个月后，即2013年8月30日，其司才与广东粤绿环境工程中心签订印染废水调试工程合同，该项目最终于2013年12月通过验收；5、涉案工程不应适用双方所签合同的第六条第三款“工程未经验收，甲方不得投入使用，否则视为已经通过验收”的约定，理由是涉案工程必须在原告竣工通过验收的情况下具备使用条件，其公司使用该工程才可以视为该工程已通过验收，但本案工程并非在原告的施工下通过验收，与原告没有任何关系；6、双方所签订合同的第六条第一款约定：“设备调试合格之后，乙方向甲方提供调试合格报告，甲方在收到调试合格报告后15日内进行验收”，原告在诉状中称其已严格按合同约定履行全部义务，但一直没有提供调试合格报告，其公司至今没有收到原告提交的调试合格报告，故无法进行验收；7、原告在签订合同时承诺完成施工任务，但因其没有相应的环保工程相关资质，担心最终的施工无法验收，一直敷衍了事。且原告作出保证后，一直没有与其公司联系，至2015年初通过多方打听确定其公司的工程已通过验收并投入使用后，才企图在收取280000元工程款的基础上，再通过诉讼获取合同约定的其余款项。综上，其公司的工程项目并非在原告的施工下完成及通过验收，且其公司与原告约定于2012年6月底完成调试，但期满原告没有完成其保证的任务，故请求法院依法驳回原告的诉讼请求，并根据原告保证退回其公司已支付的工程款280000元。
被告康氏公司对其辩解在举证期限内提供的证据有：
1、保证书，据以证明原告澄至公司的法定代表人李子荣及工程师赵明明于2012年5月19日作出保证承诺涉案工程在2012年6月底完成，若没有完成任务则退还已收款项280000元；
2、广东粤绿环境工程中心的营业执照、工程设计资质证书、环境污染治理设施运营资质证书，据以证明广东粤绿环境工程中心的主体资格及相应资质；
3、天津天发源环境保护事务代理中心有限公司出具的《广东康氏实业有限公司配套印染项目技术评估报告》，据以证明涉案工程系采用广东粤绿环境工程中心的技术方案，并非采用原告的技术方案；
4、印染废水调试验收合同，据以证明原告澄至公司没有按约完成义务，其公司才于2013年8月30日与广东粤绿环境工程中心签订合同；
5、建设项目环保设施竣工核查（验收）监测表，据以证明涉案工程系在广东粤绿环境工程中心的调试下通过环保验收。
反诉原告康氏公司诉称，2011年8月30日，其公司为了使废水处理系统达标，与反诉被告签订《废水处理系统整改工程合同书》。根据双方签订的合同书，项目内容为：反诉被告负责整改工艺设计、施工图设计、电器设备以及安装调试等，并负责提供竣工资料（包括操作规程）等。反诉被告责任是：竣工验收后提供全部竣工资料，一式二份中文技术文件，交甲方存档；提供与涉案项目有关的工艺图、施工图（含土建条件图）、电气图；设备调试合格后，反诉被告必须向其公司提供调试合格报告；严格执行国家有关规定、规范进行设计施工，经处理后，废水出水执行《广东省地方标准》DB44/26-2001第二时段二级标准。合同签订后，其公司于2011年10月20日依约支付280000元，但是反诉被告没有履行义务。2012年5月19日，在其公司再三催促下，反诉被告答应马上履行义务，其法定代表人李子荣及员工赵明明作出保证，承诺在2012年6月底前完成调试，否则退还已收取的280000元。但反诉被告作出保证后，仍采取拖延的方法，迟迟没有履行约定，在作出保证后长达1年3个月的时间里根本没有完成保证。2013年8月30日，其公司迫不得已与广东粤绿环境工程中心签订《印染废水调试验收合同》，该公司依约履行合同，涉讼项目最终于2013年通过潮南区环境保护监测站验收。综上，反诉被告没有履行约定，涉讼项目最终在广东粤绿环境工程中心的努力下通过环保验收。反诉被告企图窃取他人的劳动成果，是不道德不诚信的行为，应该严厉制止并受到惩罚。其公司为保护自身的合法权益，反诉至法院，请求：1、判令反诉被告返还已收取的款项280000元及利息（利息从2011年10月21日起按中国人民银行同期贷款利率计至还款之日止）；2、判令反诉被告向其公司提供与涉案项目有关的工艺图、施工图（含土建条件图）、电气图；3、本案反诉费由反诉被告承担。诉讼中，反诉原告变更诉讼请求为：1、判令反诉被告返还已收取的款项280000元及利息（利息从2011年10月21日起按中国人民银行同期贷款利率计至还款之日止）；2、本案反诉费由反诉被告承担。
反诉原告康氏公司对其陈述的事实在举证期限内提供的证据有：
1、保证书，据以证明反诉被告澄至公司没有依约履行义务，经其公司催告，澄至公司于2012年5月19日承诺涉案工程在2012年6月底完成，若没有完成任务则退还已收取款项280000元；
2、天津天发源环境保护事务代理中心有限公司出具的《广东康氏实业有限公司配套印染项目技术评估报告》，据以证明涉案工程系采用广东粤绿环境工程中心的技术方案，而非反诉被告的技术方案；
3、印染废水调试验收合同，据以证明反诉被告澄至公司没有按约完成义务，其公司于2013年8月30日才与广东粤绿环境工程中心签订合同；
4、收款收据5张，据以证明其司于2013年底购买细菌进行验收调试，反诉被告澄至公司没有参与验收调试；
5、建设项目环保设施竣工核查（验收）监测表，据以证明涉案工程系在广东粤绿环境工程中心的调试下通过环保验收。
反诉被告澄至公司辩称，一、其公司已经全面履行了合同约定的所有义务。其公司对涉案工程投入了大量的人力、物力和财力资源，完全履行了合同约定的全部义务。反诉原告也已经投入正常使用，并已产生了良好的社会和经济效益。其公司依法享有合同约定收取工程款的权利。二、反诉原告未依双方合同约定履行给付的义务。反诉原告未按《合同书》的“第二、双方责任，甲方责任：1.……甲方责任工程的报建、验收等手续。2.按协议规定及时支付乙方工程款。3.申请环保验收、支付环保验收的费用”等履行义务。三、其公司为履行合同义务，已对涉案工程自行垫资外购工程各种设备高达710000元。根据双方于2011年8月18日签署的《广东康氏实业有限公司废水处理系统整改工程》(编号CZ110818)，十一大项工程预算表（后附）。工程设备表，1、设备部分（机电设备为汇众品牌、电线品牌为广电、管道品牌为联塑、特种设备、生物菌种为本公司自制和培养）；2、综合费用（包括运输费为8000元、安装费为15000元、调试费为55000元、设计费为36000元）等约定，其公司为履行涉案工程义务，自行垫资购买的所有不同种类的设备款项就高达711000元，以及为购置设备的运输、安装、调试和设计费等支付共计114000元，充分证明其公司在涉案合同中付出的实际成本高达90%以上。四、根据反诉原告请求其公司向其提供涉案项目有关的工艺图、施工图以及电气图等内容，可见其公司以自身的专业技术水平，为反诉原告解决排污难题，并已经取得良好的社会和经济效益，充分证明了其公司对涉案工程的完工具有重要性。其公司为完成合同义务，对涉案工程自行外购设备垫资高达70多万元，说明其公司在合同中已付出的实际成本，即涉案工程的各种设备是其公司自行垫付所购买。其次，整个废水处理系统整改工程均系由其公司垫资构建完成，其公司具有知识产权不可侵犯的法定权利。再者，涉案工程的每一个环节及每一个运行的程序，均离不开其公司的努力工作。其公司自行垫资外购的不同种类的机器设备，在反诉原告的正常生产经营中肩负根本的保障作用。反诉原告没有任何证据证明广东粤绿环境工程中心介入涉案合同事务，且是否介入与其公司无关，其公司不排除、也无法干涉反诉原告将自己经营范围内的事务依法与任何第三人建立合同法律关系。五、其公司于2012年5月已基本完成合同约定的全部工程，经双方确认已符合国家排放标准，但由于反诉原告擅自将违规生产用的“退浆废水”与“染色废水”合并排放，从而导致超标排放事件，故才存在反诉原告故意要求其公司继续处理及其公司做出保证的情况。其公司作出承诺的同时，要求反诉原告必须将生产用的“退浆废水”与“染色废水”分流排放，以及在“退浆废水”中加入适量药剂（即PVA废水治理剂），从而使反诉原告的生产排污彻底达标。六、反诉原告的反诉请求超过法定诉讼时效。双方于2011年8月30日签署《废水处理系统整改工程合同书》，反诉原告于2011年10月20日支付首期工程款280000元，且其公司已于2012年6月彻底整改处理完毕，该工程于2013年经政府环保部门通过验收。综上，其公司已按照双方合同约定，付出实际成本，忠实完成合同约定的所有义务。但反诉原告为推卸法律责任，以各种理由拒付合同款项和利息，依法应受法律否定。反诉原告的反诉请求缺乏事实依据和法律依据，请求法院依法判决驳回反诉原告的反诉请求。
反诉被告澄至公司对其辩解在举证期限内提供的证据有：工程材料入场确认单及工作联系函，据以证明其公司已履行义务。
经开庭质证，被告对原告提交的证据1、2、4无异议；对证据3真实性无异议，对证明内容有异议，认为原告没有按照合同的约定履行义务；对证据5真实性无异议，但认为其公司没有欠原告工程款；对证据6认为已超过举证期限，且对该项证据真实性无法确认；对证据7真实性没有异议，对其合法性、关联性有异议，认为催款数额存在争议，且超过诉讼时效。
原告对被告提交的证据1真实性、合法性无异议，对关联性不予认可，认为其公司在2012年5月19日作出保证后，已在保证期限内完成了相应的保证内容；对证据2真实性、合法性、关联性无法确认，提出由法院认定；对证据3真实性、合法性、关联性不予认可，认为涉案工程已于2012年7月左右完成，且合同标的固定，但被告的业务一直发展，评估的业务及内容均是被告自己主导，其公司不予认可；对证据4不予认可，认为被告在自主经营范围内的事务有权利委托他人进行处理，其公司不予干涉；对证据5不予认可，认为该监测表的出具时间为2013年12月，且没有其公司的参与，故不予认可。
反诉被告对反诉原告提交的证据4不予认可，认为其公司没有参与，对事实不清楚。对其他证据与本诉中证据的质证意见一致。
反诉原告对反诉被告提交的证据与本诉中证据的质证意见一致。
对当事人没有争议的事实和证据，本院予以认定。
对当事人有争议的事实和证据，本院作如下认定：原告提交的证据3系原、被告双方自愿达成的合同，其真实性可予认定，并确认双方的权利义务，但该合同及附件只是双方自愿达成的合意，并不能证明原告是否有按合同约定履行了相应义务，对原告以该项证据证明其公司已履行合同约定义务的事实不予认定；原告提交的证据5可以确认原告向被告发出律师函的事实，但仅凭原告单方发出的催收函，不足以证明被告有拖欠原告工程款的事实，在没有其他证据相印证的情况下，对该项证据不予认定。原告提交的证据6系被告康氏公司的代表签收《工程材料入场确认单》及《工作联系函》，被告认可签收人郑沐钦系其公司职员，但对名字是否是郑沐钦所签不予认可，对此，本院认为，被告对其抗辩既没有提交证据证明签收人不是郑沐钦，也不申请对《工程材料入场确认单》及《工作联系函》上“郑沐钦”的签名作鉴定，且被告在诉讼过程中承认《工程材料入场确认单》中的设备污泥泵2台和压滤机（自动液压）1台仍停放在其公司没有安装、使用，上述证据和事实，可以印证原告确有购买工程材料以及材料、图纸经被告员工郑沐钦签收后存放在被告康氏公司处的事实，并确认具体的工程材料有：二级提升泵（型号Zw50-20-20、铸铁）2台、冷却塔（型号20m3/h1.5KW、玻璃钢）1台、水解酸化池布水系统改造1项、接触氧化池导流系统1项、鼓风机（型号SR-10015KM、组合）1台、接触氧化池填料（ZXT型L=3m）189m2、填料支架63m3、斜管（型号Φ50×860）24m2、沉淀池支架24m2、加药系统（带搅拌、型号Φ800×800、PVC）3套、污泥泵（型号QBY-40、铸铁）2台、压滤机（自动液压、型号BMY30/630）1台、压缩机（型号Z-0.8/7kg.cm2）1台、围栏扶手固定件1批、电缆电器电箱1套、阀门五金件安装（型号材料、油漆）1批、好氧菌种1批、污水管系统1批、污泥管系统1批、管道支架1批、厌氧细菌1批；图纸有废水施工图（土建、工艺）蓝图4套。原告提交的证据7系其单方制作，没有经双方确认，也没有证据证明其主张被告拖欠其工程款599700元的事实，故对原告提交该项证据证明被告拖欠工程款的事实，不予采信。
被告提交的证据1，原告对其真实性、合法性没有异议，可予认定，对原告认为其公司已在保证期间内完成了相应的保证内容，被告不予认可，因原告没有提交证据证明其公司在保证期间内完成调试工作，故应承担举证不利后果。被告提交的证据2、3、4系其与广东粤绿环境工程中心签订的合同，真实性可予确认，但因与本案无关联，上述证据因缺乏关联性而不具有证据效力，本院不作认定；被告提交的证据5，原告虽不认可，但对其与被告签订的工程于2013年12月通过环保部门的验收没有异议，可以确认原、被告签订的工程最终是由广东粤绿环境工程中心调试通过环保部门的验收，该证据和事实可印证原告未在其保证期间内完成调试工作。
经审理查明，原告澄至公司在没有取得工程设计资质、环境污染治理设施运营资质的情况下，于2011年8月31日与被告康氏公司签订了《废水处理系统整改工程合同书》，约定由原告负责整改工艺设计、施工图设计、设备制作、电气设备及安装调试、工程概算等，并负责对被告操作人员、维修人员的培训、提供竣工资料（包括操作规程）、工程的售后服务等；并在合同中约定工程预算款为825000元，其中设备部分：二级提升泵（型号Zw50-20-20、铸铁）2台、金额9000元；冷却塔（型号20m3/h1.5KW、玻璃钢）1台、金额18500元；水解酸化池布水系统改造1项、金额58500元；接触氧化池导流系统1项、金额76000元；鼓风机（型号SR-10015KM、组合）1台、金额31000元；斜管（型号Φ50×860）24m2、金额12000元；沉淀池支架24m2、金额2400元；加药系统（带搅拌、型号Φ800×800、PVC）3套、金额12000元；污泥泵（型号QBY-40、铸铁）2台、金额9000元；压滤机（自动液压、型号BMY30/630）1台、金额35000元；压缩机（型号Z-0.8/7kg.cm2）1台、金额6000元；围栏扶手固定件1批、金额5000元；电缆电器电箱1套、金额8000元；阀门五金件安装（型号材料、油漆）1批、金额6500元；浮球开关2套、金额1100元；污水管系统1批、金额6000元；污泥管系统1批、金额7000元；管道支架1批、金额6000元；一级混凝反应池改造1项、金额8000元；原污水站拆除改造1项、金额45000元；好氧细菌培养（型号28056种、生物菌种）1项、金额28000元；好氧细菌筛选（型号14008种、生物菌种）1项、金额35000元；好氧菌种驯化（型号14008种、生物菌种）1项、金额30000元；好氧细菌（型号14008种、生物菌种）1项、金额80000元；厌氧细菌培养（型号35008种、生物菌种）1项、金额32000元；厌氧菌种筛选（型号15605种、生物菌种）1项、金额36000元；厌氧菌种驯化（型号15605种、生物菌种）1项、金额36000元；厌氧菌种（型号15605种、生物菌种）1项、金额72000元。综合费用：运输费8000元、安装费15000元、调试费55000元、设计费36000元。合同签订后，被告于2011年10月20日向原告预付工程款280000元，原告于2011年12月28日购买了下列的工程材料：二级提升泵（型号Zw50-20-20、铸铁）2台、冷却塔（型号20m3/h1.5KW、玻璃钢）1台、水解酸化池布水系统改造1项、接触氧化池导流系统1项、鼓风机（型号SR-10015KM、组合）1台、接触氧化池填料（ZXT型L=3m）189m2、填料支架63m3、斜管（型号Φ50×860）24m2、沉淀池支架24m2、加药系统（带搅拌、型号Φ800×800、PVC）3套、污泥泵（型号QBY-40、铸铁）2台、压滤机（自动液压、型号BMY30/630）1台、压缩机（型号Z-0.8/7kg.cm2）1台、围栏扶手固定件1批、电缆电器电箱1套、阀门五金件安装（型号材料、油漆）1批、好氧菌种1批、污水管系统1批、污泥管系统1批、管道支架1批、厌氧细菌1批。原告将上述工程材料交由被告员工签收并存放在被告康氏公司，同时还向被告交付了废水施工图（土建、工艺）蓝图4套。2012年5月19日，原告向被告出具了内容为：“现向康总保证污水处理调试在6月底完成。配合甲方完成环保验收。如因我方原因愿退还已收款项28万元。特此保证，2012年5月19日”的保证书并由原告的工程师赵明明和法定代表人李子荣签名确认。保证书订立后，原告没有按保证书确定的期间履行调试工作。2013年8月30日，被告与广东粤绿环境工程中心签订废水调试签收合同，并于2013年12月通过汕头市潮南区环境保护监测站的验收。原告于2015年7月16日向佛山市顺德区人民法院提起诉讼，因被告提出管辖权异议，佛山市顺德区人法院作出（2015）佛顺法容民初字1756号之一民事裁定书，裁定被告提出的管辖权异议成立，移送本院管辖。原告不服向佛山市中级人民法院提起上诉，该院于2015年10月30日作出（2015）佛中法立民终字第1540号民事裁定书，驳回上诉，维持原裁定。本院于2016年3月16日立案审理本案。诉讼中，被告提出反诉，请求：1、判令反诉被告澄至公司返还已收取的款项280000元及利息（利息从2011年10月21日起至还款之日止按中国人民银行同期贷款利率计）；2、由反诉被告承担本案的诉讼费。
本院认为，本案系建设工程施工合同纠纷。原告在没有取得工程设计资质、环境污染治理设施运营资质的情况下，与被告签订的《废水处理系统整改工程合同书》，根据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第一条的规定，承包人未取得建筑施工企业资质或超越资质等级的，应确认合同无效。造成合同无效，原、被告均有过错，应承担同等责任。原告起诉的事实和诉讼请求系基于合同有效并已履行完毕而主张被告应支付工程余款及承担违约责任，但因合同违反法律强制性规定而无效，依照最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条规定，建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。因原告在诉讼过程均没有证据证明其已按合同约定建成并经竣工验收合格，依法应承担举证不利后果，对其请求被告支付工程余款及承担违约责任，不予支持。根据《中华人民共和国合同法》第五十八条“合同无效或者被撤销后，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿，有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任”的规定，原、被告签订合同后，被告已按约定支付了工程款280000元，原告已购买相关工程材料，并将工程材料及废水施工图交付给被告，而交付的工程材料除污泥泵2台和压滤机1台外，均已被使用或不存在，已不能返还，依法可由被告折价补偿。被告收到的的工程材料为：二级提升泵（型号Zw50-20-20、铸铁）2台、冷却塔（型号20m3/h1.5KW、玻璃钢）1台、水解酸化池布水系统改造1项、接触氧化池导流系统1项、鼓风机（型号SR-10015KM、组合）1台、接触氧化池填料（ZXT型L=3m）189m2、填料支架63m3、斜管（型号Φ50×860）24m2、沉淀池支架24m2、加药系统（带搅拌、型号Φ800×800、PVC）3套、污泥泵（型号QBY-40、铸铁）2台、压滤机（自动液压、型号BMY30/630）1台、压缩机（型号Z-0.8/7kg.cm2）1台、围栏扶手固定件1批、电缆电器电箱1套、阀门五金件安装（型号材料、油漆）1批、好氧菌种1批、污水管系统1批、污泥管系统1批、管道支架1批、厌氧细菌1批；图纸有废水施工图（土建、工艺）蓝图4套。综上，原告应返还被告280000元，被告应返还工程材料、运输费、设计费，被告应返还现存在的原告购买的污泥泵（型号QBY-40、铸铁）2台、压滤机（自动液压、型号BMY30/630）1台。现因双方对工程材料价款无法达成一致意见，也拒绝申请评估，故本院根据双方签订的合同预算表中的工程材料确定价款，即上述工程材料价款为459900元，其中除污泥泵2台、压滤机1台共44000元和合同没有约定接触氧化池填料（ZXT型L=3m）189m2、填料支架63m3材料外，其他工程材料为415900元，由于其他工程材料中细菌、菌种系原告用于调试，而在保证期间内调试未完成，被告并未收益，故该二项费用152000元不应由被告折值返还，但该二项费用可视为原告在履行合同过程中的损失；原告在履行合同中产生的运输费和设计费可视为其履行合同的损失，但原告没有提供运输费和设计费的发票等证据证明其损失数额，原告应承担举证不利后果。反诉原告因无效合同造成的损失为利息损失，由于合同自始无效，反诉原告主张利息从2011年10月21日起至还款之日止按中国人民银行同期贷款利率计，符合法律规定，可予支持。因原、被告双方对造成合同无效均有过错，依法应按过错责任对原告及反诉原告的损失承担一半的责任，即原告的损失为细菌、菌种的费用152000元、反诉原告的损失为利息，双方均应对对方的损失承担一半赔偿责任。综上所述，被告应返还原告263900元及返还污泥泵（型号QBY-40、铸铁）2台、压滤机（自动液压、型号BMY30/630）1台，并赔偿原告的损失76000元；反诉被告应返还反诉原告280000元，并赔偿一半利息损失。原告请求被告支付违约金，依法无据，本院不予采纳。反诉被告提出反诉原告的诉求已超过二年的诉讼时效，因反诉被告在出具保证书时没有约定退款时间，故诉讼时效不能从签写保证之日起计算二年，而是从当事人知道或应当知道权利受侵害之日起计算二年，因此对反诉被告的抗辩意见不予采纳。依照《中华人民共和国合同法》第五十二条、第五十八条、第一百零七条和最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第一条、第二条的规定，判决如下：
一、被告广东康氏实业有限公司应于本判决生效之日起15日内向原告佛山市顺德区澄至环境工程有限公司支付工程材料款263900元及返还污泥泵（型号QBY-40、铸铁）2台、压滤机（自动液压、型号BMY30/630）1台，并赔偿损失76000元。
二、驳回原告佛山市顺德区澄至环境工程有限公司的其他诉讼请求。
三、反诉被告佛山市顺德区澄至环境工程有限公司应于判决生效后15日内返还反诉原告广东康氏实业有限公司280000元，并赔偿反诉原告利息损失的50%（利息损失以280000元为基数，按中国人民银行同期同类贷款利率从2011年10月21日起计至判决确定还款之日止）。
四、驳回反诉原告广东康氏实业有限公司的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百三十二条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本诉案件受理费10900元，反诉案件受理费2750元，共13650元，由原告负担本诉案件受理费3842元及反诉案件受理费2750元，被告负担本诉案件受理费7058元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状及副本一式六份，上诉于广东省汕头市中级人民法院。
审 判 长 王创伟
审 判 员 赵少鹏
人民陪审员 侯钦彬
二〇一六年七月二十八日
书 记 员 林小凤