上海市黄浦区人民法院
民 事 判 决 书
（2017）沪0101民初699号
原告：宜兴市基础工程有限公司，住所地江苏省宜兴市。
法定代表人：王华良，该公司董事长。
委托诉讼代理人：袁跃。
委托诉讼代理人：何臻伟，上海市祥华律师事务所律师。
被告：上海兴晟建筑工程有限公司，住所地上海市崇�区。
法定代表人：施晋刚，该公司执行董事。
委托诉讼代理人：金荣，上海钧正律师事务所律师。
委托诉讼代理人：沙辰凯，上海钧正律师事务所律师。
第三人：龙元建设集团股份有限公司，住所地浙江省象山县丹城新丰路XXX号。
法定代表人：赖振元，该公司董事长。
原告宜兴市基础工程有限公司(下简称宜兴基础公司)与被告上海兴晟建筑工程有限公司(下简称兴晟建筑公司)建设工程施工合同纠纷一案，本院受理后，于2016年9月8日作出(2016)沪0101民初16026号民事判决。被告兴晟建筑公司不服判决，提起上诉。上海市第二中级人民法院于2016年12月20日作出(2016)沪02民终9531号民事裁定，撤销该判决，发回本院重审。本院依法另行组成合议庭，并追加龙元建设集团股份有限公司(下简称龙元建设公司)作为第三人参�诉讼，于2017年4月26日公开开庭进行了审理。原告宜兴基础公司的委托诉讼代理人袁跃、何臻伟，被告兴晟建筑公司的委托诉讼代理人金荣、沙辰凯到庭参加诉讼。第三人龙元建设公司经本院送达传票，无正当理由未到庭，故按缺席审理。本案现已审理终结。
原告宜兴基础公司向本院提出诉讼请求：1、判令被告兴晟建筑公司向原告宜兴基础公司支付工程款人民币(以下币种同)2,200,000元；2、判令被告兴晟建筑公司向原告宜兴基础公司支付违约金[计算方式：以本金2,200,000元为基数，按每日万分之五标准，自合同约定的支付起算点起至本判决生效日止]。案件受理费由被告负担。重审中，原告变更诉请1、判令被告兴晟建筑公司向原告宜兴基础公司支付工程款200,000元，确认被告于2015年10月8日支付的2,000,000元系作为工程款已付款部分；诉请2、判令被告兴晟建筑公司向原告宜兴基础公司支付违约金3,854,100元[计算方式：以合同约定的各付款节点应付未付的工程款金额为基数，按每日万分之五，自2012年6月11日起至2016年1月26日的暂计金额为3,854,100元]，被告应向原告支付自2016年1月27日起至本判决生效日止，以违约金3,854,100元为基数，按银行同期贷款年利率4.35%标准计算的违约金利息。事实和理由：原、被告在2012年签订一份《桩基围护工程施工合同》，约定，由原告承包建设位于本市龙华东路XXX号住宅小区项目桩基及围护工程。同年5月31日和8月30日原、被告又分别签订补充协议书和补充约定，对被告支付工程款的时间及违约责任作出了约定。上述工程在2012年底前就通过竣工验收并实际交付被告。2013年5月30日原、被告完成全部工程决算，决算总价为45,300,000元，扣除管理费及税金后，实际工程款总额为42,382,000元。然被告除支付�工程款42,382,000元，尚欠塔吊工程款200,000元及逾期支付工程款的违约金。故起诉至法院，要求处理。
原告针对诉请提供证据如下：1、《桩基围护工程施工合同》，证明双方施工合同关系；2、补充协议书，证明在2011年12月1日前完成的前期项目的结算；3、《施工合同》和《补充协议》之补充约定，证明双方对工程款支付节点进行了修改，并约定若未按补充约定的要求履行，补充约定的节点废除，原告可要求被告按施工合同和补充合同的条款支付违约金；4、工程(内审)审定单，证明工程结算价格；5、律师函，证明原告催告被告支付工程款；6、工作联系函，证明2016年6月30日原告要求被告支付工程款的违约金；7、进账单及收据，证明总的进账款项；8、《工程委托施工协议》，证明200,000元的前期工程未涵盖在整个决算价款中，应当支付给原告；9、桩基维护工程完工报告，证明工程已完工；10、决算审核意见，证明2012年8月17日后期工程价格为35,000,000元；11、质量意见验收书，证明工程验收时间；12、监理报告，证明2013年1月31日前原告已完成地下结构；13、分包工程决算汇总表(2012年11月8日)，证明违约金未计入决算金额之内。
被告兴晟建筑公司辩称：对有关被告在原审答辩中涉及工程款2,000,000元的内容予以取消。对原告变更后的诉请1不予认可，该款项与本案属于两个工程，是第三人承接的塔吊工程，是第三人向被告主张的部分，与本案无关，对应原告主张的200,000元工程款也是由第三人支付；诉请2桩基围护工程施工合同中约定违约金一并计入决算，双方在履约中均有违约，该违约金部分都已经在决算中结清，不应重复计算，原告提供的证据4审定单指向的配合费、管理费可认为是将违约金一并计算，但合同中并未�明是违约金，被告认为决算时已将违约金计算在内。即便违约金未涵盖在决算内，现已经过了诉讼时效。原告自制的违约金计算明细表并不合理，被告提供的违约金计算依据也指出其错误，被告认为原告主张的违约金过高，双方违约也是历史原因造成，被告并不存在主观恶意违约。被告逾期支付工程款是因场地遭占用，是客观原因导致工期拖延，造成被告资金紧张。
被告根据其主张提供如下证据：1、支票签收单，证明被告于2015年10月8日支付的2,000,000元支票载明的用途是工程款，而非利息；2、3、4、5监理工程师通知单、工作指令单、工程签证单(2012年9月)、工程签证单(2012年10月16日)，证明原告施工质量存在诸多问题，存在违约情形，由此也给被告造成损失，在双方确认的决算价格中己经包含了双方可能已经产生的违约金、赔偿金等费用；6、7、8、关于原�制作的违约金计算表中存在错误的明细、被告自行制作的违约金计算明细表及关于合同约定的各期付款方式的汇总、付款凭证，证明原告在计算违约金时，就被告的付款时间、付款金额等基础事实，存在诸多不符合合同约定的情况，与事实不符。即便法院不采纳有关违约金已在决算时一并计入总造价的主张，原告自行制作的违约金计算明细表也无法作为认定事实的依据，故原告主张逾期违约金3,854,100元存在错误。退一步说，即便按照原告主张的计算方式，依照合同约定及被告实际付款时间和付款时间和付款金额，被告需承担的违约金数额也不应超过3,266,500元。
原告针对被告答辩意见称，对被告认为诉请1款项应由第三人支付的意见不予认可，根据原告提交的证据8工程委托施工协议上并无第三人，原告应向合同相对方的被告追责。被告本来应支付给第三人�200,000元款项也并未支付。诉请2原告认为违约金并未涵盖在工程决算中，原告提供的工程决算单中并无违约金计算这一项目。根据原、被告补充协议约定，已写明对违约金的处理方法，决算表中双方将水电费也计入决算中，但并未出现相关违约金的计算。原告主张的违约金数额并不过高，按照原告主张的违约金计算标准是合理的。对于诉讼时效，原告认为工程款决算是持续进行的，最后一笔款项是2016年1月26日未超过诉讼时效。
第三人龙元建设公司以书面情况说明述称：2012年5月31日，原、被告及第三人签订的《补充协议书》中第三人是作为对该合同实施提供咨询服务，并不负责具体工作；关于2012年3月22日原、被告签订的《工程委托施工协议》，相关内容第三人并不知悉，且第三人并无设置土建施工周文龙项目部。在《工程委托施工协议》中也无第三人公�的盖章，故第三人无法确认该协议的相关内容。
第三人未提交证据。
经当庭质证，原告对被告提供的证据1真实性无异议，其上是原告签字。该款项原告作为违约金，收据上写的是利息。现确认是被告支付的工程款；证据2、3、4、5真实性无法确认，与原告无关。原告没有收到过。相关单证时间均是在竣工验收后，无法证明工程竣工验收未通过。补充协议重新约定了工程款和违约金的支付节点，违约金不包含在决算价中；证据6、7真实性不认可，应以合同约定的内容为准，原告在原审二审时根据被告计算方式制作了一份新的计算明细证明原告计算的结果是准确的；证据8真实性认可。被告对原告提供的证据1真实性无异议，该合同第35.1条已约定违约金包含在总造价中。第35.2条和第35.5条约定，质量问题和逾期完工须由原告承担责任；证据2真实性无异�，根据协议第1.2条约定，工程款应当扣除200,000元。补充协议并未约定逾期付款的违约金，2011年12月1日前不应按照万分之五标准计算违约金；证据3真实性无异议，应根据第3条约定的付款时间计算违约金；证据4真实性无异议，决算价格包含违约金；证据5真实性无异议，对其中内容不予认可，被告不应向原告支付律师函中的违约金。律师函中提到的2,000,000元是工程款并非利息。被告收到律师函后与原告沟通会尽快付款，原告承诺不再追究违约责任；证据6真实性无异议，对金额不认可，与律师函中的内容不一致，原告计算方法错误；证据7进账单的真实性无异议，进账单时间不是被告付款时间，违约金计算应以被告付款时间为准。收据的真实性不认可。收据未盖章，上面记载的“工程款利息”与被告出具的支票记载不一致；证据8真实性无异议，与本案无关。根据约定，工程款200,000元应由第三方支付；证据9真实性无异议，该报告不能证明工程已全部完工；证据10真实性无异议，但不能证明双方最终确认初审意见的时间；证据11真实性无异议，该证据仅是对工程桩的验收，不包括围护桩的验收；证据12仅反映了2013年1月31日之前的施工进度，实际地下基础工程的完工时间是2013年2月2日；证据13真实性不予认可，其中金额并非是双方最终核算的金额，其制作时间早于双方决算时间，该表也不能证明原告的证明目的。被告方表示举证部分没有直接证据证明违约金已包含在工程决算中。第三人除对原告提交的证据3补充协议书、证据8《工程委托施工协议》与书面情况说明述称意见一致外，对原、被告的其他证据未发表质证意见。原告对第三人出具的情况说明真实性无异议，第三人确实未涉及实际施工，工程具体是由原告施工的，第三人的情况说明对原告的诉请没有影响。委托施工合同是原、被告签订的，200,000元的委托施工工程款应由被告承担，原告仍坚持其诉请1的请求。被告对第三人提交的情况说明真实性认可，工程项目确实是由原告具体实施，被告认为该工程项目与原告诉请1工程是两个项目，应当另案处理。对于涉及第三人周文龙土建项目部的事实不认可，被告从第三人网站查得资料可证实周文龙系第三人项目部负责人。对情况说明其他内容认可。原告对此认为委托施工项目与本案涉及的工程是同一项目，并非是其他工程地点的项目，其与桩基工程是配套的，应在本案中一并处理。对于被告所称第三人网站资料真实性无法确认，应以第三人提供的书面情况说明为准。
本院经审理认定事实如下：2012年4月12日，原告为承包方(乙方)与发包方被告(甲方)签订了一份《桩基围护工程施工合同》，约定，由原告承包建设本市龙华东路XXX号住宅小区项目桩基及围护工程，包括材料供应、施工、机械、竣工验收、保修等一切按招标图纸和工程规范所要求的全部内容。工程合同工期170天(日历天)，具体开工日期以发包方书面通知为准，竣工日期约定2012年5月20日；工程造价暂定3200万元，未包含前期施工工程量，本工程在支付工程款时，承包方以材料发票(约桩基造价的80%，该部分在补充条款中另行约定)抵扣工程款部分发票给发包方，其余约20%按工资单形式支付，支付条件为合同承包范围内进度总量完成50%经监理、发包方审核确认的14天支付合同总价款30%，合同承包范围内进度工程量全部完成经监理、发包方审核确认的21天支付双方初审后合同总价款35%，基坑开挖完成，桩基验收结束合格后21天内，再支付初审(含变更部分)后总价款的10%，地下�做至±0.00后二个月内，支付至决算总价95%，桩基工程在土方开挖完成、桩基工程经检测单位检验合格并出具书面报告之日起开始计算质保期，质保期为1年，质保期满，若无应扣除款项，甲方在期满21天内付清余款；工程竣工为发包方收到竣工验收报告后3天内组织有关单位验收，工程竣工验收通过，承包方送交竣工验收报告的日期为实际竣工日期。承包方在桩基验收合格后28天内向发包方递交竣工结算报告及完整的结算资料，并由发包方组织审价工作，发包方收到资料后28天内完成决算初审报告，2个月内双方配合完成决算。如任何一方故意拖延审核时间，可视为违约，并承担合同总价款1%的违约金；违约责任，发包方未按合同支付条件及时支付本工程所有工程款，每延期一天支付应付未付款的万分之五的违约金并在决算时一并计入总造价，决算后发生的违约金则每月向承包方支付。承包方未按协议约定的竣工日期完工，每延期1天，按桩基工程总造价的万分之五计算违约金，如工程验收达不到合格标准，则应按合同总价的2%承担违约责任，违约金均可从工程款中直接抵扣。
2012年5月11日，原、被告及监理单位上海海龙工程技术发展有限公司签订龙华东路XXX号住宅小区桩基及围护工程完工报告，载明，本工程在2012年4月30日前已完成工程桩、围护桩等合同约定的工作范围。少部分二轴搅拌加固桩也均在合同约定工期2012年5月20日前提前完工。总包于本月10日前已进入项目前期圈梁等施工工作。特此确认。
2012年5月31日，原告为丙方，被告为甲方及乙方第三人龙元建设公司就本市龙华东路XXX号住宅小区项目桩基及围护工程项目前期(2011年12月1日前)已完成施工部分的价款结算等事宜签订一份《补充协议书》，�定，鉴于2011年12月1日前已完成的部分桩基工程系由丙方施工，故乙方同意将项目前期施工的桩基工程量由丙方直接与甲方结算。结算方式：按乙方投标时清单单价结算，工程量按实结算；工程材料价格浮动大于乙方投标时的指导价±10%时，超过部分给予材料补差；钻孔灌注桩实际钢筋超出部分的价款，丙方承担25万元，其余由甲方补偿给丙方；原乙方与丙方因施工部分产生的配合管理费等，乙方收取管理费20万元，由甲方直接从丙方工程款中扣出支付乙方；乙方已收到甲方支付的前期工程款6万元，丙方已收到甲方支付的前期桩基工程款244万元，乙方和丙方各自收到的款项直接转为甲方的应付已付款，除已支付工程款外，其余工程款由甲方直接支付丙方，与乙方无涉。具体支付方式，协议签订14个工作日内，甲方向丙方支付暂定总造价的70%(总造价暂定820万元�其中应扣除甲方已支付给丙方的前期桩基工程款244万元)。丙方向甲方提交决算书并由甲方确认后20个工作日进行审核；甲方在初步审核后21天内支付审核价80%；甲方在收到决算书后60天内出具最终的审价意见，经甲方、丙方确认，且已施工的桩基工程验收合格后21天内甲方支付至决算价95%，余5%保修金在一年后14天内支付；2011年12月1日后所做的工程量结算，甲方同意丙方在双方2012年4月12日签订的桩基围护工程合同总价基础上另行增加2.52%结算，每次扣除管理费、税金等总计6%。协议还约定因世博会等变更规划设计等增加的生产管理成本产生的变更签证等费用，甲、丙方本着实事是原则按实结算。
2012年8月23日，建设单位上海久禄企业发展有限公司龙华东路项目部(综合审计部)，出具龙华东路XXX号项目桩基工程(2011年1月后完成工作量)决算初报�核意见，载明，宜兴基础公司于2012年8月16日上报龙华东路XXX号项目桩基工程(2011年1月后完成工作量)的决算初报，初报中总结算报价为36,484,375元整。根据双方合同中32页26.1(2)条款，经过对桩基、围护图纸进行计算后，估算此桩基工程总价约为3500万元左右(包括2.52%协议增加管理费)，此数值仅供参考，实际结算费用按合同中约定结算方式结算后为准。
2012年8月30日，原告为乙方，被告为甲方签订《施工合同》和《补充协议》之补充约定，约定，甲、乙方分别签订的施工合同、补充协议合同价款为3200万元和820万元，合计4020万元。截至本约定签订之日，甲方已支付乙方工程款1534万元，甲方尚欠乙方1202万元(确切数据以双方财务核对为准)。尚欠工程款支付时间：签约同时支付200万元、2012年9月15日前支付500万元、2012年10月15日前支付420万元和补充协议款82万元；桩基工程验收合格后，甲方应付乙方初审价款350万元，于2013年1月23日前支付；工程决算双方确认后，甲方于2013年8月29日前支付乙方工程款400万元，2014年6月30日前支付全部余额(包括质保金)；甲方按以上约定支付的，则乙方将放弃按施工合同和补充协议约定迟延支付产生的违约金，如甲方未能按以上节点按时付款，则甲方将按施工合同和补充协议约定满足付款条件下计算迟延支付的违约金；施工合同原约定乙方总价让利80万元，现调整为30万元，如乙方未按本约定支付乙方款项的，则30万元乙方亦不予让利。
2012年9月28日，经设计、监理、建设单位验收出具龙华东路XXX号住宅小区桩基工程质量合格验收证明。上海市黄浦区建筑业管理署确认收到该工程质量合格验收证明。
2013年1月15日，原、被告及上置集团审计室共同签订工程(内审)审定单，对龙华东路XXX号项目桩基工程、围护工程前期(2011年12月1日前)审定结算造价为9,800,000元；2013年5月23日，原、被告及上置集团审计室共同签订工程(内审)审定单，对龙华东路XXX号项目桩基工程、围护工程审定结算造价为35,500,000元。原、被告经审定实际决算总价为45,300,000元，扣除管理费及税金计2,918,000元，实际工程款总额为42,382,000元。被告实际支付了工程款42,382,000元。
2013年1月，监理单位出具监理报告(第14期)，确认2013年1月31日前原告已完成地下结构100%。
2015年6月30日、7月28日、2016年1月20日，原告分别向被告发出工作联系函、律师函，要求被告支付应付未付的工程款及相应的违约金。
2016年6月14日，原告起诉至法院，要求判如所请。
另查，2012年3月22日，原告为乙方与甲方被告签订《工程委托施工协议》，约定，经双方协商，甲方�龙华东路XXX号地块建设商品住宅项目共计8根塔吊基础灌注桩(含格构柱)委托乙方施工，施工完成日期为2012年4月10日前；工程承包价款共计20万元，塔吊安装完成一次性付清；乙方承诺其承包施工的工程验收合格(以甲方签字认可工程竣工验收单为准)；本协议塔吊桩及其格构柱款项由本工程土建施工周文龙项目部支付。后该工程施工完成，相关工程价款未结算。
本案的争议焦点在于：1、《工程委托施工协议》涉及的工程款支付责任应由何方承担；2、本案违约金是否已包含在工程决算项目中，该违约金计算的时间节点应如何确定。
关于焦点1，根据原、被告间签订的《工程委托施工协议》约定，被告作为委托方将本市龙华东路XXX号地块建设商品住宅项目的塔吊基础灌注桩交由原告施工。该工程项目虽未被列入桩基、围护工程决算，但属于整个工程项目的一部分。原告作为施工方在该工程竣工交付后，有权向委托施工的被告主张工程款支付的权利。原、被告在协议中注明该工程款项由第三方的工程土建施工周文龙项目部支付，但第三人对此以未参与该协议的签订，对协议内容无法确认。原、被告作为订立工程委托施工协议的相对方，无权为未参与协议订立的第三人设定义务，故在第三人否认其接受该协议约束的情形下，被告作为委托施工方应承担该项目工程款的支付义务。原告主张被告支付协议项下塔吊基础灌注桩工程款200,000元的诉讼请求依法成立，本院予以支持。被告的抗辩理由，缺乏依据，难以采信。
关于焦点2，原、被告签订的《桩基围护工程施工合同》及补充协议书等，对于工程款的支付节点及逾期支付的违约责任均进行了约定，当事人应按合同约定全面履行。
本案中，首先，关�违约金是否计入决算。被告确认未按合同约定付款日期履行工程款按期支付的义务，但主张相关违约金按合同约定已经计入决算，不应重复计算。从原、被告举证分析，相关工程决算项目中并未包括违约金的科目，被告亦自认没有直接证据证明违约金已包含在工程决算中。故被告的此项抗辩主张，不能成立。
其次，关于违约金的计算节点(以原告提交违约金计算明细表序号分列)。
(1)计费起始日。原告主张起算时点自2012年6月11日起至6月21日，后期工程量按合同26.1条第(2)项约定工程量全部完成21天内支付至65%，即合同总价3200万元×65%(扣除已付款、税金及管理费)。被告认为对按合同总价3200万元为基数的计算方式认可，但起算时间应按决算初报审核意见的时间来计算，即2012年9月13日。对此本院认为，合同26.1条第(2)项约定，承包范围内进度工�量全部完成后经监理、发包方审核确认的21天支付合同总价款35%(未包括完成工程量50%应支付的30%)。2012年5月11日，原、被告及监理单位签订工程完工报告，确认工程在在合同约定工期2012年5月20日前提前完工。故原告以工程完工报告确认完工日后的21天作为确认第一、二期工程款支付的起算节点，符合合同约定，本院予以认同；
(2)前期工程量的计算。原告主张按照补充协议第一条第5款支付至70%，即820万元×70%。被告计算的金额表示认可，但认为因序号(1)签订决算初报审核意见时间节点是2012年8月23日，故此项应顺延调整。本院认为，2012年5月31日签订的补充协议约定，协议签订14个工作日内，被告向原告支付暂定总造价的70%(总造价暂定820万元，其中应扣除甲方已支付给丙方的前期桩基工程款244万元)。原告按照协议约定时点计算前期工程�违约金，并无不当；
(3)、(4)、(5)、(6)工程款支付时间。被告对相应工程款的支付金额予以确认，但认为付款时间应以付款出票时间确定。本院认为，原、被告并未约定工程款支付按票据出票日作为付款时间，故原告主张按照款项到账时间作为付款日的理由成立；
(7)前期工程进度款支付的计算。原告主张按照补充协议书第一条第5款约定，初步审核后21天内付至初步审核价的80%，补充约定第二条约定前期初审价为980万元，即980万元×80%，补充约定签订时间为2012年8月30日，自2012年9月21日起算至2012年10月8日。被告认为对计算金额表示确认，但起算时间因序号(1)的起算错误应当作相应调整。本院认为，按补充协议书及补充约定的内容，原告以其对应的付款时点计算违约金，并未违反约定，可予确认。
(8)工程款付款时间。本院认为应以�号(3)、(4)、(5)、(6)确认的以工程款到账日为准。
(9)工程验收合格工程款支付时间。原告主张按照验收合格后21天内，前期工作量按照补充协议第一条第5款支付至95%，即980万元×95%，后期工作量按施工合同26.1条支付至75%，即3200万元×65%＋3500万元×10%。被告对计算金额表示认可，但起算时间因序号(1)的起算错误应当作相应调整。本院认为，按照质量验收证明确认验收合格日期为2012年9月28日，原告以2012年10月20日作为违约金起算点，理由成立；
(10)工程款付款时间。本院认为应以前述序号确认的以工程款到账日为准；
(11)、(12)工程±0.00后工程款付款时间。原告主张按照施工合同约定±0.00后2个月内，后期工作量支付至决算总价(暂按初审价)95%，即980万元×95%，3500万元×95%；施工合同约定±0.00后2个月内，后期工作量支付至决算总价95%，即980万元×95%，3550万元×95%。被告认为应按合同约定的决算价格计算日为2013年5月14日，起算时间应是之后的2个月。对价格认可，起算时间理由同前。本院认为，按照监理月报及工程(内审)审定单，原告按决算报告作出前后分别按初审、决算价约定付款时点计算违约金的理由成立；
(13)工程款付款时间。本院认为，应以前述序号确认的以工程款到账日为准；
(14)质保期满付款时间。原告认为按照施工合同26.1款第5条质保期满甲方付清余款及补充协议第一条第5款验收合格一年后14天内一次性支付，付款时间应为2013年10月13日。被告对计算金额认可，但仍坚持前述起算时间应调整的意见。本院认为，根据质量验收证明书确定验收合格日期为2012年9月28日，则满一年后14天内则对应日期为2013年10月13日。原告的违约金计算时间，�合合同约定，可予确认；
(15)、(16)、(17)、(18)工程款付款时间。本院认为，应以前述序号确认的以工程款到账日为准。
原告主张按以上序号(1)－(18)，自2012年6月11日起分段计算至2016年1月26日止，以前、后期应付工程款时间节点扣除6%管理费、已付工程款，按合同计算到期未付工程款×日万分之五×天数，得出各分段计算的违约金合计3,854,100元。被告则认为若法院不认可被告提出违约金已计入决算的主张，则应以被告主张的违约金起算时点计算，按日万分之五，得出违约金为3,266,500元。对此本院认为，结合对上述违约金的计算节点事实的认定，对原告主张的违约金计算结果，本院予以认定。至于被告抗辩中提出的有关违约金约定过高及原告起诉超过诉讼时效等节，因该违约金约定系原、被告合意设定，其标准并不过高。而违约金系持续计算，并�超过诉讼时效。
关于原告主张被告应支付自2016年1月27日起至本判决生效日止，按银行同期贷款年利率4.35%标准计算的违约金利息的请求。本院认为，原、被告签订的施工合同及相关补充协议、约定中，并未就违约金付款的期限及逾期支付违约金的责任等作出明确约定，结合合同法规定，约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加；约定的违约金过分高于造成损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。故原告的该项诉请，缺乏依据，本院依法难以支持。综上，根据《中华人民共和国合同法》第六十条第一款、第一百零七条、第一百零九条、第一百一十四条第二款，《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十四条之规定,判决如下：
一、被告上海兴晟建筑工程有限公司应于本判决生效之�起十日内支付原告宜兴市基础工程有限公司工程款人民币200,000元；
二、被告上海兴晟建筑工程有限公司应于本判决生效之日起十日内支付原告宜兴市基础工程有限公司逾期付款违约金人民币3,854,100元[计算方式：以合同约定按付款时点应支付金额为基数，按每日万分之五标准，自2012年6月11日起至2016年1月26日止]；
三、原告宜兴市基础工程有限公司主张被告上海兴晟建筑工程有限公司自2016年1月27日起至本判决生效日止，按银行同期贷款年利率4.35%标准支付违约金利息的诉讼请求，不予支持。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
原审案件受理费人民币36,572.80元,由被告上海兴晟建筑工程有限公司负担。
�不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于上海市第二中级人民法院。
审 判 长 徐 立
审 判 员 章秀芳
人民陪审员 方少华
二〇一八年二月八日
书 记 员 毛仕钦
附：相关法律条文
一、《中华人民共和国合同法》
第六十条当事人应当按照约定全面履行自己的义务。
……
第一百零七条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
第一百零九条当事人一方未支付价款或者报酬的，对方可以要求其支付价款或者报酬。
第一百一十四条……
约定的违约金低于造成的损失的，当事�可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。
……
二、《中华人民共和国民事诉讼法》
第一百四十四条被告经传票传唤，无正当理由拒不到庭的，或者未经法庭许可中途退庭的，可以缺席判决。