广东省佛山市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2017）粤06民终9155号
上诉人（原审原告、反诉被告）：广东省源天工程有限公司，住所地广东省广州市增城市。
法定代表人：刘则邹。
委托诉讼代理人：陈伟杰，广东旭瑞律师事务所律师。
委托诉讼代理人：罗德旭，广东旭瑞律师事务所律师，
被上诉人（原审被告、反诉原告）：广东新劲刚新材料科技股份有限公司，住所地广东省佛山市南海区。
法定代表人：ＸＸ。
委托诉讼代理人：戴毅，广东启源律师事务所律师。
委托诉讼代理人：谢祥伟，系该公司员工。
上诉人广东省源天工程有限公司（以下简称源天公司）因与被上诉人广东新劲刚新材料科技股份有限公司（以下简称新劲刚公司）建设工程施工合同纠纷一案，不服广东省佛山市南海区人民法院（2017）粤0605民初594号民事判决，向本院提起上诉，本院受理后，依法组成合议庭进行了审理，本案现已审理终结。
上诉人源天公司上诉请求：1.依法改判新劲刚公司向源天公司支付工程款980358.33元；2.案件一、二审诉讼费用由新劲刚公司承担。事实和理由：一、一审法院对于涉案工程的开工时间认定错误。涉案工程合法的开工时间只能是2014年7月30日，源天公司于一审期间提交的《工程验收监理总结》、《工程施工许可证》能够证明上述事实。同时，根据《建筑工程施工许可管理办法》第二条之规定，新劲刚公司是申请领取施工许可证的主体，在新劲刚公司未领取施工许可证的情况下，源天公司无法进行施工。一审法院依据《补充协议二》所载工程截止时间来推定开工时间存在逻辑和法理错误。二、一审法院对于新劲刚公司主张工程延期赔偿费、延期监理费的认定错误。首先，涉案工程的施工起止时间应为2014年7月30日至2015年1月31日。其次，涉案工程在2015年2月12日被佛山市公安消防支队南海区大队认定消防不合格，需要整改，整改期间不能施工，而后双方当事人又就工地交接、源天公司离场、返场的情况重新协调，对工程造成了实质上的影响，所以延期责任并不完全在源天公司。再次，根据《建设工程安全生产管理条例》第七条之规定，《补充协议二》关于2014年12月18日完工及罚款时间之约定，已属新劲刚公司非法压缩合同工期，故《补充协议二》关于工期的约定属无效条款。最后，新劲刚公司拖欠工程进度款导致延迟工期进展，延期支付工程款的期间应当顺延工期。三、新劲刚公司主张每天8000元的工程延期赔偿费过高，有失公平。首先，根据《中华人民共和国合同法》第一百一十四条以及《最高人民法院关于适用<中华人民共和国合同法>若干问题的解释（二）》第二十九条之规定，新劲刚公司没有提供任何证据证明工程逾期的实际损失，一审法院对源天公司请求调整违约金的要求不予支持有违法律规定。其次，从赔偿性质上说，工程延期赔偿费己包含延期监理费，—审法院同时支持该两赔偿项目有失公平。
四、一审法院认定的工程借款利率违反法律规定。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第六条的规定，一审法院支持新劲刚公司主张年利率8%的借款利率，与上述司法解释抵触。
被上诉人新劲刚公司答辩称：一、涉案工程的实际开工时间为2014年5月27日，一审判决认定正确。二、源天公司提出的工期顺延的理由均不成立，没有事实依据和必然因果关系。三、工程误期赔偿费是工期延误后源天公司与新劲刚公司协商签订补充协议所约定，是双方的真实意思表示，不存在赔偿费过高的问题。四、工程借款利率不存在违法的问题，源天公司引用《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第六条之规定系适用法律错误。综上，源天公司的上诉理由均不成立，请求二审法院依法驳回。
源天公司向一审法院提出诉讼请求：1.新劲刚公司支付工程款996243.42元，并支付自2016年8月18日按中国人民银行同期贷款利率计算的利息；2.案件诉讼费由新劲刚公司承担。
新劲刚公司向一审法院提出反诉请求：1.源天公司向新劲刚公司支付工程延期款赔偿费1712000元；2.源天公司向新劲刚公司支付因工程延期增加的工程监理费144000元；3.源天公司向新劲刚公司支付分项工程逾期完工罚金100000元；4.源天公司向新劲刚公司支付工程借款利息24750.89元；5.源天公司向新劲刚公司交付工程的《建设工程竣工验收消防备案申报表》、《工程竣工验收报告（消防）》、《建设工程消防设计备案表》、《建设工程消防设计备案受理凭证》、《建设工程竣工验收消防备案表》、《建设工程竣工验收消防备案受理凭证》原件；6.源天公司修复工程漏水质量问题；7.源天公司承担案件全部诉讼费用。一审期间，源天公司撤回第6项反诉请求。
一审法院查明：源天公司持有建筑工程施工总承包一级资质。
2014年4月15日，源天公司（承包人）、新劲刚公司（发包人）签订《施工合同》，约定：新劲刚公司将位于佛山市南海区丹灶镇五金工业区博金路6号内东厂区车间一工程发包予源天公司施工；承包范围包括该一层门式轻钢结构，局部二层，总建筑面积约11304.92平方米，包括土建装修、电气、给排水、消防、智能、供热系统及防雷等工程；工程合同工期6个月，总日历天数约180天，计划开工日期为2014年5月份，计划竣工日期为2014年10月份；合同总价为10489974.16元，其中安全文明施工费572795.59元；施工设计图纸由发包人提供；本工程不允许分包；合同工程的工期约定为6个月，总日历天数约180天（不得因假期、台风、雨季等因素而延长），在监理工程师发出开工令的第七天开始计算工期；由于受不可抗力所延误的工期，经双方确认之后，可对工期进行调整顺延，发包人可以适当考虑因不可抗力引起的顺延因素，但需进一步界定不可抗力的详细情况，可酌情给予一定的补偿；因承包人原因造成工期延误，逾期竣工的，从延误的第1天起，承包人每天应支付违约金2000元，从当期进度款中扣除；工程款支付以形象进度为准，当工程进度完成至30%时，支付至合同价的30%，工程进度完成至80%时，支付至合同价的60%，完成工程竣工结算后，承包人向发包人递交工程相关的竣工验收资料后，支付至工程结算总造价的95%，余下总造价5%作为工程保修金；该保修金待除防水外的工程保修期两年（工程竣工验收合格后两年）期满后无息支付至余下结算价5%中的80%，待防水工程保修期五年（竣工验收合格后五年）期满后无息支付余下结算价5%中的20%；在进行工程结算时，以下情况均作为结算的依据：后续法律法规变化事件、项目特征描述不符事件、分部分项工程量清单缺项漏项事件、工程变更事件、工程量偏差事件、费用索赔事件、现场签证事件等。
2014年6月27日，新劲刚公司向源天公司转账支付工程进度款617400元。
2014年7月30日，涉讼工程取得建设工程施工许可证，其中建设单位为新劲刚公司，施工单位为源天公司，设计单位为广东名都设计有限公司，监理单位为佛山市南海城乡建设工程监理有限公司。
2014年10月22日，新劲刚公司发送《变更通知书》给源天公司，明确涉讼（东厂区）车间一原土地面与设计图纸标高±0.000负差为-0.73m，需回填土方（填土高度0.73m）估算超过6000立方米，故（东厂区）车间一若有余方不得外运弃置，必须在车间一进行回填。
2014年11月17日，源天公司、新劲刚公司签订《补充协议二》，约定：因源天公司工程进度未能在合同要求工期内完工，源天公司向新劲刚公司承诺在2014年12月15日竣工，如2014年12月15日未能竣工，则自12月16日起至实际竣工之日止每延期一天按8000元支付误期赔偿费给新劲刚公司；由于实际工期超过六个月（六个月的截止时间为11月27日，增加费用的起算时间为11月28日）为导致工程监理费（每月12000元）的增加额度由源天公司承担。上述费用从工程款中扣除。
2014年11月28日，新劲刚公司向源天公司转账支付工程进度款3146992.25元。
2015年1月27日，源天公司、新劲刚公司签订《补充协议三》，约定：因源天公司工程进度未能在合同要求的工期内完工，经双方协商，源天公司承诺各分项工程竣工日期如下表，2015年2月19日应完成的分项工程，若源天公司在期限内未完成，应支付100000元予新劲刚公司作为逾期完工罚金；消防工程由新劲刚公司安排当地具备资质的消防施工单位施工，相关费用从总工程款中扣除；新劲刚公司委托当地财政局支付30%工程款到源天公司账户后，源天公司应将相关资金专用于新劲刚公司工程；源天公司应于签约后三日内向新劲刚公司提交资金使用计划，并严格执行该计划，源天公司每按计划支付一笔款项后，应于付款当日将付款凭证复印件报发新劲刚公司备案与审核；如新劲刚公司发现源天公司未按资金使用计划开支资金即视同违约，源天公司应向新劲刚公司支付100000元的违约金，且新劲刚公司有权向源天公司追索损失赔偿。
分项工程
竣工日期
备注
钢结构
2015.2.11
土建（包括防雷、给排水、地面、电房等）
2015.2.19
设备基础区域做好基础后才做地面，电房预留电缆沟
电气
2015.2.16
完成管线槽铺设，装好开关、灯座、风扇固定座等
二楼夹层
2015.3.20
2015年1月26日，源天工程、新劲刚公司签订《借款合同》，约定新劲刚公司拆借资金316299.3元给源天公司以利于其及时支付工程进度款，并专款用于支付工程进度，源天公司出具书面付款委托书委托新劲刚公司将拆借资金按源天公司提供的进度款直接支付至建筑施工队账户，新劲刚公司受托支付前述工程进度款后，即视为源天公司收到新劲刚公司借款；借款期限为2015年1月26日至2015年1月30日；借款利息按年利率8%及实际借款时间向新劲刚公司支付利息，相关利息由源天公司于还款次日支付给新劲刚公司；源天公司逾期还款的，每逾期一天由源天公司按拆借资金总额的0.5%向新劲刚公司计付违约金，新劲刚公司有权按借款本息总额直接扣抵其后续应支付源天公司的工程款。同日，源天公司向新劲刚公司出具了《付款委托书》要求新劲刚公司将前述316299.3元支付至其指定的账户以支付建筑工人工资等。同日，新劲刚公司向源天公司指定的账户划出了相应款项，源天公司开具收款收据确认收到新劲刚公司支付的借款316299.3元。
2015年2月9日，新劲刚公司向源天公司转账支付工程进度款3146992.25元。
2015年2月12日，因顶棚彩钢夹心屋顶未注明夹心材料，不符合消防设计文件申报编制要求，二层两条疏散楼梯全部采用金属楼梯，不符合《建筑设计防火规范》GB50016-2006中7.4.6条的规定，金属楼梯防火处理不能达到耐火等级二级的要求，不符合《建筑设计防火规范》GB50016-2006中3.2.1条的规定，佛山市公安局消防支队南海区大队向新劲刚公司发送《建设工程消防设计备案检查不合格通知书》，明确不同意涉讼厂房的消防设计方案并要求新劲刚公司进行整改，并明确未经消防审核合格不得施工。
2015年3月9日，新劲刚公司就前述《建设工程消防设计本案检查不合格通知书》指出的违法问题完成整改并重新申请建设工程消防设计备案复查。
2015年3月17日，源天公司向新劲刚公司发出《工作联系函》，汇报涉讼工程进度如下：车间墙面板材料已进场，人员到位即可以进行安装；车间地面施工2月9日已完成55.5%，因车间设备基础施工要求，剩余的工程量应新劲刚公司要求暂缓施工，待新劲刚公司的设备基础完成后再进行地面施工；电气分项工程应新劲刚公司要求计划减少工程量，因涉及的工程量变更较大和图纸的设计变更，要求新劲刚公司与设计公司协商确定施工方案；二楼夹层因消防设计备案检查要求，新劲刚公司已将二层两条疏散楼梯由采用金属楼梯变更为混凝土结构楼梯，涉及的楼梯施工需要协调。
2015年3月20日，源天公司、新劲刚公司及监理单位协商涉讼工程未完成项的施工问题，明确未完成项由源天公司委托新劲刚公司施工，委托书源天公司于同月23日出具，双方对施工场地进行书面交接。
2015年4月6日，源天公司、新劲刚公司及监理单位协商涉讼工程的竣工问题，明确源天公司承诺钢结构同月22日竣工，并于同月7日列出钢结构余下各节点完工时间表以及门窗尺寸给新劲刚公司，源天公司为解决钢结构资金问题向新劲刚公司借款20万元，暂停处罚源天公司4月6日至22日共17天每天八千元的误期赔偿费136000元，并规定钢结构提前和延期完工的奖励、处罚方式。
2015年4月7日，源天公司、新劲刚公司签订《借款合同》，约定新劲刚公司拆借资金200000元给源天公司以利于其及时支付工程进度款，并专款用于支付工程进度，源天公司出具书面付款委托书委托新劲刚公司将拆借资金按源天公司提供的进度款直接支付至建筑施工队账户，新劲刚公司受托支付前述工程进度款后，即视为源天公司收到新劲刚公司借款；借款期限为2015年4月7日至进度款支付后第5天；借款利息按年利率8%及实际借款时间向新劲刚公司支付利息，相关利息由源天公司于还款次日支付给新劲刚公司；源天公司逾期还款的，每逾期一天由源天公司按拆借资金总额的0.5%向新劲刚公司计付违约金，新劲刚公司有权按借款本息总额直接扣抵其后续应支付源天公司的工程款。同日，源天公司向新劲刚公司出具了《付款委托书》指定收款账户。同月8日，源天公司开具收款收据确认收到新劲刚公司支付的借款200000元。同月9日，新劲刚公司向源天公司指定的账户划出了该200000元。
2015年5月12日，屋面分部（子分部）工程通过验收。
2015年6月10日，建筑给、排水及采暖分部（子分部）工程通过验收。
2015年6月10日，建筑电气工程分部（子分部）工程通过验收。
2015年6月15日，装修工程分部（子分部）工程通过验收。
2015年7月17日，涉讼工程结束施工，大型机具和作业人员撤场。
2015年10月14日，新劲刚公司向源天公司转账支付工程进度款800000元。
2015年11月19日，涉讼工程办理竣工验收；同月24日，防雷装置通过验收；同月27日，涉讼工程通过竣工验收。
2015年11月27日，新劲刚公司根据监理方佛山市南海城乡建设工程监理有限公司的指示转账支付了2014年11月28日至2015年11月30日的监理延期服务费144000元。
2016年8月，源天公司、新劲刚公司签署《东厂区车间一工程竣工结算书》，确认涉讼工程包括该一层门式轻钢结构、局部二层，总建筑面积约为11943.77平方米，包括土建装修、电气、给排水、消防，智能、供热系统以及防雷等工程，工程质量按要求已达到合格以上，依照合同文件、竣工图纸、设计修改单、来往函件等，合同总价10489974.16元，结算总价为9709397.07元。
2016年8月23日，新劲刚公司向源天公司送达《关于工厂区车间一工程超期监理费、借款、误期赔偿费、违约金等事项的函》，主张源天公司依约应支付2014年11月28日至2015年11月27日共12个月超期监理费144000元、借款本金516299.3元和利息24750.89元（截至2015年9月30日止）、2014年12月16日起至2015年7月17日止共214天的误期赔偿费1712000元、逾期完工罚金100000元、未按资金使用计划开支资金的违约金100000元。
2016年9月20日，源天公司向新劲刚公司发出《关于东厂区车间一工程竣工结算款的申请函》，明确已收新劲刚公司支付工程款8227683.8元，依约向源天公司申请支付竣工结算价款金额996243.42元。
2016年9月26日，新劲刚公司向源天公司邮寄《关于对东厂区车间一工程竣工结算款申请函的复函》，明确不认同源天公司在《关于东厂区车间一工程竣工结算款的申请函》中所述情况，主张源天公司在收到新劲刚公司送达的《关于工厂区车间一工程超期监理费、借款、误期赔偿费、违约金等事项的函》后无回复，视为默认，新劲刚公司将依此进行结算。
2016年9月29日，源天公司向新劲刚公司发出《关于东厂区车间一工程竣工结算款的申请函（2）》，明确已于同月27日收到新劲刚公司邮寄源天公司的《关于对东厂区车间一工程竣工结算款申请函的复函》，表示对该函内容不认同，并再次要求新劲刚公司支付竣工结算价款金额996243.42元。
一审法院认为，源天公司、新劲刚公司签订的《施工合同》及《补充协议二》、《补充协议三》是双方真实意思表示，没有违反法律的强制性规定，合法有效。现经源天公司、新劲刚公司结算及当庭确认，涉讼工程结算总价为9709397.07元，新劲刚公司已付工程款为8227683.8元（包含新劲刚公司支付予源天公司的工程借款316299.3元和200000元），扣除5%的工程保修金485469.85元，未付工程款996243.42元，对此法院予以确认。新劲刚公司根据两份《借款合同》主张在借款本金抵扣前述未付工程款之后，源天公司依约还应向其支付工程延期赔偿费、因工程延期增加的工程监理费、逾期完工罚金及借款利息，对此，法院认定如下：
（1）关于新劲刚公司主张的工程延期赔偿费、因工程延期增加的工程监理费、逾期完工罚金。源天公司主张前述费用在双方签订《东厂区车间一工程竣工结算书》时已作抵扣，但未能明确该些费用在《东厂区车间一工程竣工结算书》中抵扣的项目及金额，且新劲刚公司在2016年8月23日向源天公司发函主张支付工程延期赔偿费、因工程延期增加的工程监理费、逾期完工罚金等款项时，源天公司并未明确提出异议，故法院对源天公司的该些抗辩不予采纳。源天公司辩称《补充协议三》已对《补充协议二》约定的逾期完工违约责任进行了重新约定，但根据源天公司证据2015年4月6日会议纪要“暂停处罚施工单位4月6日至22日共17天每天捌仟元的误期赔偿费壹拾叁万陆仟元整”的表述来看，在《补充协议三》签订之后，双方还在继续执行《补充协议二》，源天公司的该项抗辩与双方约定及实际履行情况不符，法院不予采纳。源天公司辩称涉讼工程的开工日期应从新劲刚公司取得《建筑工程施工许可证》之日（2014年7月30日）或者消防设计方案通过之日（2015年3月9日）起算，这与双方在《补充协议二》中约定的情况不符。在《补充协议二》中双方明确实际工期六个月的截至时间为2014年11月27日，可推断涉讼工程实际开工时间应当在2014年5月份，故源天公司的该项抗辩与双方的约定及实际施工情况明显不符，法院不予采纳。
源天公司主张其逾期完成涉讼工程系由于新劲刚公司的原因造成，经审查：（1）源天公司辩称新劲刚公司支付工程款3146992.25元存在延期，影响了源天公司的施工进度，但源天公司提供的证据材料仅显示其《工程款支付申请表》的落款时间为2014年12月15日，无法反映监理单位在《工程计量申报表》附注意见的时间以及源天公司向新劲刚公司提交该付款申请资料的时间，结合各方均确认新劲刚公司已在2015年2月9日支付该款，而双方在签订《补充协议三》时（2015年1月27日）已过源天公司主张应付该些工程款的时间（2014年12月23日）近一个月，但在2015年1月26日签订《借款合同》时，双方还约定源天公司应向新劲刚公司计付借款利息，且借款期限只有四天；在《补充协议三》中，源天公司也未主张新劲刚公司存在逾期付款的情况并就此主张权利，甚至还自认因源天公司工程进度未能按合同要求工期内完工并在承诺分项工程完工日期的基础上约定了逾期完工罚金，源天公司也未举证双方在此后的会议纪要中其有对此提出异议，故对源天公司主张的该项抗辩，法院不予采纳。（2）源天公司辩称新劲刚公司未经其同意，将涉讼工程内的车间内设备基础施工工作发包给案外人锦源公司、耀明装修店施工并导致交叉施工延误工期，将涉讼工程内的道路工作发包给麦显英工程队（即案外人锦源公司、耀明装修店），因道路工作未完成影响源天公司工期，但未能举证证明，法院不予采纳。（3）源天公司辩称因工程主体土方回填导致其工期延误，经查，新劲刚公司关于涉讼工程地面与设计出现负差，通知源天公司不得外运余方、新劲刚公司安排回填土方的《变更通知书》落款时间为2014年10月22日，在《补充协议二》签订之前，源天公司也自认新劲刚公司安排回填土方的施工队已在2014年12月4日入场，在《补充协议三》签订之前，双方在《补充协议三》及后续的会议纪要中均未提及地面负差及土方回填工作的开展会对源天公司的施工产生影响，故源天公司的该项抗辩理据不足，法院不予采纳。（4）源天公司辩称新劲刚公司在涉讼车间的厂区内加建仓库导致验收不通过，但未能举证证明，而源天公司举证的《补充协议》（落款日期为2015年10月13日）仅有源天公司签章，且在源天公司证据《（东厂区）车间一工程补充协议说明书》中新劲刚公司已经明确该《补充协议》仅为办事所需的形式文件，非双方实际约定，而源天公司证据《关于（东厂区）车间一工程中业主方增建二层仓库出现安全隐患的函》也仅是源天公司在陈述仓库存在质量问题，并未反映该增建的仓库对源天公司施工及验收造成了影响，故新劲刚公司的该项抗辩没有事实依据，法院不予采纳。（5）源天公司辩称新劲刚公司在围护墙中增加构造柱造成工期延误，因该变更的施工图变更（修改）通知单已在2014年12月作出，在《补充协议三》签订之前，双方在《补充协议三》及后续的会议纪要中均未提及该变更会对源天公司的施工造成影响，故源天公司的该项抗辩理据不足，法院不予采纳。（6）源天公司辩称因涉讼工程防雷设计变更导致工期延误，根据源天公司证据显示，设计方提交了防雷接地及SPD安装大样图在2014年11月12日已经发送给源天公司，在双方签订《补充协议二》之前，但双方在《补充协议二》、《补充协议三》及后续的会议纪要中均未提及防雷设计的修改会影响源天公司工期，故对源天公司的该项抗辩，法院不予采纳。
综上，法院认定源天公司依约应向新劲刚公司支付的工程延期赔偿费、因工程延期增加的工程监理费、逾期完工罚金如下：
（1）工程延期赔偿费。庭审中源天公司自认新劲刚公司默许其将消防工程分包给案外人锦源公司和耀明装修店施工，双方在进行工程款结算时也未将消防工程予以扣除，故可视为双方在实际履约的过程中已对《补充协议三》中关于“消防工程由建设单位安排当地具备资质的消防施工单位施工，相关费用从总工程款中扣除”约定进行了变更，源天公司辩称消防工程与其无关没有事实依据，法院不予采纳。鉴于涉讼工程的消防设计在2015年2月12日被佛山市公安消防支队南海区大队认定为不合格，需要整改，整改期间不能施工，必然导致工期延误。再根据源天公司证据《工作联系函》（邮件标题：关于东厂区车间进度的函，时间2015年3月17日），源天公司在邮件中主张新劲刚公司要求其对车间地面剩余工程量暂缓施工、电气分项工程工程量及图纸有变更，需新劲刚公司与设计公司协商确定施工方案，且消防设计变更导致消防工程施工也需要新劲刚公司协调施工；2015年3月20日的会议纪要中明确就涉讼工程未完成工程量由源天公司委托新劲刚公司施工，委托书由源天公司在2015年3月23日出具，工地现场由源天公司、新劲刚公司之间进行书面交接；2015年4月6日的会议记录中就钢结构施工问题进行了磋商，并进一步明确暂停4月6日至22日每日八千元的误期赔偿费处罚。由此可见，从2015年2月12日起，因涉讼工程消防设计需要整改、新劲刚公司部分施工图纸变更以及现场其他施工安排，出现新劲刚公司通知源天公司暂缓部分施工、部分工程施工需要重新协调，以及双方协商工地交接、源天公司离场、返场的情况，必然对源天公司完成涉讼工程造成影响，延期完工的责任不完全在源天公司，但双方并未再对此种情况下是否继续计付工程延期赔偿费、如何计付等作明确约定，故新劲刚公司诉请源天公司从2015年2月12日起继续计付工程延期赔偿费没有依据，法院不予支持。综上，一审法院认定源天公司应计付予新劲刚公司的工程延期赔偿费464000元（按8000元/天，从2014年12月16日起至2015年2月11日止共58天）。新劲刚公司诉请超出上述核定的，法院不予支持。
（1）因工程延期增加的工程监理费。如上所述，2015年2月12日之后涉讼工程未能如期完工的责任并不完全在源天公司，且双方未对该种情况下产生的工程监理费的分担另作约定，故新劲刚公司诉请源天公司承担此后的工程监理费没有依据，法院认定源天公司仅需承担2014年11月28日至2015年2月11日期间共2个月15天增加的工程监理费29806.45元（12000×2+12000×15÷31）。新劲刚公司诉请超出上述核定的，法院不予支持。
（1）逾期完工罚金。根据双方于2015年1月27日达成的《补充协议三》的约定，如源天公司无法在2015年2月19日完成钢结构、土建（包括防雷、给排水、地面、电房等）、电气工程的，则需要支付该逾期完工罚金100000元。然而在2015年2月12日，涉讼工程因消防设计方案经审查不合格需要整改，且未经审核合格不得施工，故《补充协议三》约定的相关分项工程完成时间必然因整改事项的出现导致延迟，且该停工整改的责任不在源天公司。现新劲刚公司并未举证证明双方就此有另行达成关于计付逾期完工罚金的相关约定，故新劲刚公司诉请源天公司支付逾期完工罚金没有依据，法院不予支持。
二、关于借款利息。源天公司、新劲刚公司分别在2015年1月26日、2015年4月7日签订的两份《借款合同》均约定借款用于支付工程款、借款本息可用于抵扣新劲刚公司后续应付工程款，事实上双方也均主张以借款抵扣工程款，故该借贷关系产生于涉讼工程施工过程中且与案涉纠纷相关联，应一并处理，源天公司主张该借贷关系应另案处理理据不足，法院不予采纳。源天公司辩称两份《借款合同》中，支付于2015年1月26日的316299.3元的借款是在新劲刚公司拖延支付进度款的期间支付，所以只约定了四天的借款期限；支付于2015年4月9日的200000元借款是工程预付款，但不能合理解释为何两份《借款合同》均约定了借款利息以及源天公司不能按期还款的违约责任，故源天公司的该些抗辩理据不足，法院不予采纳，新劲刚公司主张源天公司应计付该两笔借款的利息理据充分。关于两笔借款的利息的计付时间，因双方均未举证证明双方关于该借款项抵扣工程的具体时间有约定，且在诉讼中亦不能达成一致，故一审法院根据新劲刚公司主张的抵扣时间（2015年9月30日）在涉讼工程办理竣工验收和结算之前的事实，对新劲刚公司主张的抵扣时间予以采纳，对新劲刚公司按年利率8%计算得出的借款利息24750.89元予以支持，该款依照《借款合同》约定可以抵扣新劲刚公司应付之工程款。
综上所述，因双方已经明确约定前述借款利息、工程延期赔偿费、因工程延期增加的工程监理费可以从工程款中扣除，故新劲刚公司应付源天公司的工程款996243.42元在抵扣工程延期赔偿费464000元、因工程延期增加的工程监理费29806.45元、工程借款利息24750.89元之后，新劲刚公司还应支付工程款477686.08元。
新劲刚公司逾期支付工程款给源天公司造成利息损失，故源天公司诉请新劲刚公司以应付工程款为本金计付利息理据充分，法院予以支持。根据《施工合同》中“完成工程竣工结算后，承包人向发包人递交工程相关的竣工验收资料后，支付至工程结算总造价的95%”的约定，法院判令新劲刚公司以应付的工程款477686.08元为本金，从新劲刚公司向源天公司发出的《关于对东厂区车间一工程竣工结算款申请函的复函》之日（即2016年9月26日）起至实际付清该工程款之日止，按中国人民银行同期贷款利率计付利息予源天公司。源天公司诉请超出上述核定的，法院不予支持。
新劲刚公司诉请源天公司返还交付涉讼工程的《建设工程竣工验收消防备案申报表》、《工程竣工验收报告（消防）》、《建设工程消防设计备案表》、《建设工程消防设计备案受理凭证》、《建设工程竣工验收消防备案表》、《建设工程竣工验收消防备案受理凭证》原件，但源天公司已明确该些材料原件并非其持有，无法实物返还，而根据双方签订的《补充协议三》及双方当庭的陈述，涉讼工程的消防工程实际施工方并非源天公司，故法院对新劲刚公司的该项诉请不予支持，但不影响新劲刚公司向该些材料的实际持有方主张权利。
综上，依照《中华人民共和国合同法》第六条、第八条、第六十条、第七十七条第一款、第一百零七条、第一百一十四条、第二百六十九条第一款、《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款之规定，判决：一、新劲刚公司应于判决发生法律效力之日起十日内支付工程款477686.08元予源天公司，并以该款为本金，从2016年9月26日起至实际付清之日止，按中国人民银行同期贷款利率计付利息予源天公司。二、驳回源天公司的其他诉讼请求。三、驳回新劲刚公司的全部反诉请求。本诉案件受理费减半收取计6881.22元，由源天公司负担2648.57元，由新劲刚公司负担4232.65元；反诉案件受理费减半收取计11313.38元，由新劲刚公司负担。
二审期间，双方当事人均未向本院提交新证据。
经审查，本院对一审法院查明的事实予以确认。
本院认为，本案二审的争议焦点为：1.案涉工程的开工日期为何时；2.一审法院计算工程延期赔偿费的期间为2014年12月16日起至2015年2月11日是否合理，计算标准是否过高，源天公司是否应向新劲刚公司支付因延期增加的工程监理费；3.一审法院支持借款利息按年利率8%计算是否正确。
关于争议焦点一。根据查明的事实可知，双方在2014年11月17日签订的《补充协议二》已陈述六个月工期的截止时间为2014年11月27日，据此可以推算案涉工程的开工时间为2014年5月。同时，《施工合同》亦约定，案涉工程的工程款支付以形象进度为准，结合新劲刚公司于2014年6月27日已向源天公司支付了工程进度款617400元的事实，亦可印证工程开工时间为2014年5月具有合理性。源天公司主张应以案涉工程取得建设工程施工许可证的日期即2014年7月30日作为案涉工程的开工时间，对此本院认为取得建设工程施工许可证的日期与工程的实际开工日期不一定必然一致，工程的开工日期应以实际开始施工的日期为准。
关于争议焦点二。双方在《补充协议二》中明确约定，因源天公司工程进度未能在合同要求工期内完工，源天公司承诺在2014年12月15日竣工，如2014年12月15日未能竣工，则自12月16日起至实际竣工之日止每延期一天按8000元支付误期赔偿费给新劲刚公司。对2015年2月12日之前的工期延误，源天公司并未举证证明延期的原因系新劲刚公司所致及双方就工程延误的责任条款进行了变更，同时亦未证明双方约定的每延期一天按8000元的标准支付误期赔偿费用过高，而对2015年2月12日后的误期赔偿费问题，一审法院已考虑案涉工程消防设计需要整改、新劲刚公司施工图纸变更及现场其他施工安排，必然对源天公司完成案涉工程造成影响，延期完工的责任不完全在源天公司，从而对新劲刚公司请求支付2015年2月12日之后的工程延期赔偿费不予支持。故一审法院认为源天公司应向新劲刚公司支付从2014年12月16日起至2015年2月11日止的工程误期赔偿费464000元并无不当，本院予以维持。由于《补充协议二》已明确约定源天公司除需向新劲刚公司支付误期赔偿费外，还应支付工期超过六个月而导致的工程监理费的增加额度，一审法院根据源天公司的超期时间计算出源天公司应向新劲刚公司支付工程监理费29806.45元亦无不当，本院亦予以维持。
关于争议焦点三。由于双方签订了《借款合同》，合同中已明确约定款项性质为借款，利息按年利率8%计算，并约定借款本息总额可直接抵扣后续应支付的工程款。故一审法院按照年利率8%计算利息并予以抵扣工程款并无不当，本院予以维持。源天公司主张根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第六条的规定，人民法院对垫资利息计算标准高于中国人民银行发布的同期同类贷款利率的应不予支持，一审法院按8%年利率计算利息高于银行同期同类贷款利率，违反了上述规定。对此本院认为，本案中双方当事人约定的付款方式为按进度支付工程款，而《借款合同》中亦约定款项性质为借款而非垫资，且一审法院支持的年利率8%并未违反法律法规的强制性规定。源天公司的该项上诉主张理据不足，本院不予支持。
综上所述，一审判决认定事实清楚，适用法律正确，本院予以维持。源天公司的上诉主张理据不足，本院不予支持。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第一项的规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费8826.72元，由上诉人广东省源天工程有限公司负担。
本判决为终审判决。
审判长 余珂珂
审判员 李 虹
审判员 黄玉凤
二〇一七年十二月二十七日
书记员 冯隽尧