浙江省舟山市定海区人民法院
民 事 判 决 书
（2017）浙0902民初244号
原告（反诉被告）：舟山市大沙建筑工程有限公司，住所地舟山市定海区小沙街道小沙中路81-83号。
法定代表人：方建国，系执行董事。
委托诉讼代理人：陈松尧，浙江松臻律师事务所律师。
被告（反诉原告）：浙江中博置业有限公司，住所地舟山市普陀区六横镇人民北路75号中博广场2幢4楼。
法定代表人：张杰，系执行董事。
委托诉讼代理人：徐舟波，浙江星舟律师事务所律师。
委托诉讼代理人：王燕，浙江星舟律师事务所律师。
原告（反诉被告）舟山市大沙建筑工程有限公司（以下简称大沙公司）与被告（反诉原告）浙江中博置业有限公司（以下简称中博公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院于2017年1月11日立案受理后，依法适用普通程序。本院于2017年1月13日根据原告（反诉被告）的申请及其提供的担保，依法对被告（反诉原告）的银行存款900万元予以保全，冻结期限自2017年1月13日起至2018年1月12日止。被告（反诉原告）中博置业于2017年2月7日提起反诉，本院受理后决定与本诉合并适用普通程序公开开庭进行了审理。原告（反诉被告）的委托诉讼代理人陈松尧、被告（反诉原告）的委托诉讼代理人徐舟波、王燕到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
原告（反诉被告）大沙公司向本院提出诉讼请求：1.判令被告立即支付工程款9230416.35元，并自2016年12月1日起至清偿之日止按日万分之二的标准支付相应的逾期付款违约金；2.判令被告支付已发生的利息75900元；3.本案诉讼费由被告承担。本案审理过程中，原告变更前两项诉讼请求如下：1.判令被告立即支付工程款7730416.35元，并自2016年12月1日起至清偿日止按日万分之二的标准支付相应的逾期付款违约金；2.判令被告支付已经发生的利息89400元（以利息计算清单为准）。庭审结束后，原告再次申请变更诉讼请求，要求被告支付质保金2370004元，鉴于原告的该申请超出法定期限，本院不予准许。
事实与理由：2011年6月27日，原告大沙公司与被告中博置业签订建设工程施工合同，约定由原告承包建设被告开发建造的位于舟山市临城CBD区烟草大楼南侧的中奥能源大厦建设工程。工程内容包括土建、安装、室外灯工程。合同工期892日历天，工程质量要求为合格，工程价款为129187928元。此外，合同的专用条款和通用条款作为合同的组成部分，也对相关内容进行了约定。合同签订后，双方另行签订一份补充协议，作为主合同组成部分。上述两份协议签订后，原告按约进行了施工前的各项准备，并于2011年7月15日出具了开工报告开始施工。经原告努力施工，整体工程于2015年2月5日通过竣工验收。工程竣工后，原、被告经对工程的造价进行审核，确认总的工程造价为79000129元。施工期间，被告共计支付工程款62967011元，其余均未支付。就剩余工程款支付事宜，经原告多次向被告主张，双方于2016年1月15日达成一份付款协议书，明确尚欠工程款13834413.15元（未包括质保金），对于上述欠款，被告同意分四期支付，但在实际履行过程中，被告仅支付了800万元，其余均未支付。原告经催讨无果，故诉至法院。
被告（反诉原告）中博置业辩称：1.鉴于结算依据采用94定额，原告要求被告支付工程款的结算依据有误，应另行委托专业工程造价核算单位按招标文件约定的工程结算标准2010定额核定工程造价。2.原告要求被告支付利息没有依据，因工程造价需要重新核定，工程款纠纷应等待造价合同后再解决。综上，要求驳回原告的诉讼请求。
被告（反诉原告）向本院提出反诉请求：判令原告支付逾期交付工程违约金5206274元。事实与理由：根据原、被告2011年6月27日签订的建设工程施工合同约定，合同工期为892天，合同价款为129187928元，承包人必须按照协议书约定的竣工日期或工程师同意顺延的工期竣工，否则应承担违约责任，即逾期竣工的，承包人每天向发包人支付合同价万分之七的工期违约金。2011年7月5日，双方又签订了建筑安装施工补充协议，约定合同工期总日历天数700天，承包人逾期交付每天以合同价款为基数，以0.01%的比例计算违约金。2011年5月29日，原告提前进场施工，竣工资料中反映开工时间为2011年7月15日。2015年2月5日工程通过竣工验收，并完成交付。原告未能按照约定及时完成竣工验收，逾期工期达403天，按约应支付违约金5206274元。
原告（反诉被告）针对被告（反诉原告）的反诉辩称：1.就讼争工程所涉相关的工程款及工程款支付情况，在2015年12月2日出具的工程造价咨询报告书中进行了确定。2016年1月15日原、被告达成的付款协议中对相关的工程款支付情况、违约情况、水电费、质保金等做了综合性约定。因此，该份协议书对整个工程款支付全面性、概括性的约定，现被告主张逾期付款违约金显然同双方达成的协议书相背；2.被告支付工程进度款的情况存在严重的违约行为；3.退一步讲，即便原告存在逾期完工的情况，被告计算的违约金基数不正确，应根据补充协议约定的合同价款7000万作为计算基数；4.在2015年2月12日会议纪要中，明确了被告给予原告一定的停工补贴，说明停工的责任在于被告；5.原告承包范围在2012年已施工完成，2014年初完成了工程的竣工验收，之所以造成整体竣工验收的滞后性是因为被告自行分包的各项分包工程延迟。综上，要求驳回被告的反诉请求。
当事人围绕诉讼请求依法提交了证据，本院组织当事人进行了证据交换和质证。对当事人无异议的证据，本院予以确认并在卷佐证。
本院经审理，原、被告对下列事实无争议，本院予以确认：被告通过招投标方式，确定由原告中标承建被告开发的舟山中奥能源大厦建设工程。2011年6月27日，原、被告签订《建设工程施工合同》一份，约定原告承包被告开发建设的临城中奥能源大厦建设工程，工程内容包括土建、安装、室外等工程；合同工期总日历天数892天，具体开、竣工时间以开、竣工报告为准；合同价款129187928元,合同价款采用固定单价合同方式确定，被告按工程价款的80%向原告支付工程进度款，本工程保修押金为工程结算总造价的5%，待工程验收合格之日起一年后，扣除发生的维修的费用外，在一个月内一次性无息返还；双方另就各方权利义务作出了约定。后，双方签订《建筑安装施工补充协议》，约定原告承包的范围为舟山市中奥能源大厦土建（包括基坑支护）及水、电安装工程；非承包范围包括：幕墙（包括玻璃幕墙和石材幕墙）工程、消防工程、人防工程（包括防护密闭、战时封堵等）、弱电工程、泛光照明系统、暖通、电梯、精装修等分包工程；合同工期总日历天数700天，具体开工日期以总监理工程师签发的开工令为准；幕墙（包括玻璃幕墙和石材幕墙）工程（不包括搭设玻璃幕墙脚手架）、消防工程、人防工程、弱电工程、泛光照明系统、室内精装修收取分包工程合同价2%的配合费。后，双方签订的《建设工程施工合同》经城建部门备案，《建筑安装施工补充协议》未经备案。上述合同签订后，原告进行了施工前的准备，并于2011年7月15日开始施工，讼争工程于2015年2月5日通过竣工验收，并完成交付。建设工程竣工验收报告载明中奥能源大厦实际竣工日期为2014年9月29日，基础结构、主体结构验收日期为2012年12月20日，整改完成日期为2012年12月30日，整体工程初验日期为2014年7月15日。
根据被告中博置业委托，舟山正大工程咨询有限公司于2015年5月26日出具《舟山市中奥能源大厦工程造价咨询报告书》，核定原告施工的工程造价为79000129元。审计意见与建议第二条载明：“本工程合同工期700天，实际工期符合合同约定。”原、被告分别于2015年11月3日、2016年11月15日在该报告工程造价审定单上盖章确认。被告在加盖公章处注明“财务结账时应扣除水电费及质量保修金。土建造价已核实”。
2016年1月15日，原、被告签订付款协议书，约定：1、本协议签订后，被告当日立即提交完整资料并协助被告进行项目备案，并于2016年1月31日前配合被告办理完三幢水泥、墙体押金的有关手续；2、双方一致确认最终被告需支付原告的款项为13834413.15元（未包括质保金）最终工程造价审定单作为本协议附件；3、原告履行完毕上述1项义务，被告同意分期偿付原告工程款，具体还款时间及金额如下：⑴2016年2月4日前支付300万元；⑵、2016年6月30日前支付250万元；⑶、2016年9月30日前支付250万元；⑷、2016年11月30日前付清余款；4、违约责任，如被告未按协议约定付款，每逾期一天，被告支付原告违约金即未付金额的0.2‰；5、质量保修期限及保证金返还等条款同原合同，不作变更。
工程施工过程中，被告支付工程进度款62967011元。付款协议签订后，被告分别于2016年2月3日、4月8日、6月16日、8月11日、9月29日、12月1日付款50万元、250万元、150万元、100万元、50万元、50万元，并在本案审理阶段于2017年1月11日付款150万元，上述付款合计800万元。
另查明，2015年2月10日，原、被告召开“临城大厦总包结算答疑”会议，并制作《会议纪要》一份，载明一次性补偿停工补贴6.5万元（其中：门卫一人工资5个月总计1.5万元，管理人员一人工资5个月总计5万元）。
本院认为：讼争工程通过招投标方式确定由原告承建，双方根据招投标文件签订了《建设工程施工合同》并经主管部门备案，双方均应依约履行。虽双方又签订了《建筑安装施工补充协议》，但该协议对工程范围、价款、工期等做出了实质性的变更，且未经主管部门登记备案，故本案的争议应以备案的《建设工程施工合同》条款予以确定。
关于被告应支付的工程价款。本案原告依约完成了中奥能源大厦土建、水电安装等工程施工，被告应按约支付工程款。关于被告应支付的工程价款金额，被告在工程竣工后，自行委托舟山正大工程咨询有限公司对工程造价进行了审计，原、被告在审价单上对最终审定的价款予以盖章确认，且双方在审价报告出具后，在审价报告的基础上，对应付款项再一次以付款协议书的方式予以明确。该付款协议书系双方真实意思表示，内容不违反法律、法规的规定，应属有效。故被告应按照付款协议书约定的金额13834413.15元支付剩余工程款。鉴于双方签订付款协议书后，被告已支付800万元工程款，故被告尚欠的工程款金额为5834413.15元（不包括质保金）。双方在付款协议书中约定了逾期付款的违约责任，双方约定的逾期付款违约金的利率为日万分之二，系双方真实意思表示，不违反法律规定且较为合理，本院予以确定。故被告应自就欠付款项支付日万分之二的逾期付款违约金。经计算，被告因延期付款尚欠逾期付款违约金76400元（250万元拖欠自2016年2月5日至同年4月8日共63天，100万元拖欠自2016年7月1日至同年8月11日共41天，50万元拖欠自2016年10月1日至同年12月1日共61天，150万元拖欠自2016年10月1日至2017年1月11日共102天），欠付的5834413.15元工程款自2016年12月1日起至款项清偿日止按日万分之二计息。
关于质保金，双方在合同中约定质保金待工程验收合格一年后，在扣除发生的维修费用外，在一个月内无息退回。合同中未明确“工程验收合格”系何种验收，本院依据质保金退还的惯例，确定该合同条款中的“工程验收合格”指的是备案的《工程验收备案表》中载明的竣工日期，即2015年2月5日。故质保金的退回截止时间为2015年3月5日。双方确认质保金按照结算审定价的3%确定而非合同中约定的5%，故被告应退回的工程质保金为2370003.87元。鉴于原告诉请的质保金为1896003.2元（2370003.87元*0.8），少于原告可主张的金额，本院对原告的该部分诉请，予以支持。被告逾期付款，应自欠款之日起按中国人民银行同期同档次贷款基准利率计付逾期付款利息。
关于被告要求原告支付逾期交付工程违约金，本院不予支持，理由如下，1、双方签订付款协议书已确定被告应支付的款项，系双方对所有款项（包括违约金）的统一结算。且该付款协议书约定工程造价审定单付款协议书附件，而根据舟山正大工程咨询有限公司出具《舟山市中奥能源大厦工程造价咨询报告书》中已明确工程工期符合合同约定，且双方均已盖章表示无异议；2、2015年2月10日的《会议纪要》确定被告给予原告停工补贴，可以确定造成原告系停工收到损失的主体，也可以推定停工的原因不在于原告；3、原告施工的工程部分于2012年12月20日进行验收，于同月30日整改完成。根据监理月报及监理工作记录也可以反映，原告施工的工程在合同约定的工期内已完工。
关于被告认为舟山正大工程咨询有限公司依据94定额对工程价款进行审定违反法律规定，要求重新审价的答辩意见，鉴于被告自行委托并要求按照94定额审定工程价款，原、被告双方已在工程审价单上盖章确认，且双方又另行签订《付款协议书》确定应付价款，本案讼争工程的价款没有重新审定的必要，本院对被告的该答辩意见，不予采信。
据此，依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条、第一百零九条、第二百六十九条、第二百八十四条、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条、第二十一条之规定，判决如下：
一、被告舟山中博置业有限公司于本判决生效之日起10日内支付原告舟山市大沙建筑工程有限公司工程款5834413.15元及逾期付款利息76400元，并自2016年12月1日起就工程款5834413.15元按日万分之二计付逾期付款利息至款项清偿之日止；
二、被告舟山中博置业有限公司于本判决生效之日起10日内返还原告舟山市大沙建筑工程有限公司工程质保金1896003.2元，并自2015年3月6日起按中国人民银行同期同档次贷款基准利率计付逾期付款利息至款项清偿之日止；
三、驳回反诉原告舟山中博置业有限公司要求反诉被告支付逾期交付工程违约金5206274元的反诉请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本诉案件诉讼费76944元，保全费5000元，合计81944元，由被告舟山中博置业有限公司负担。反诉案件诉讼费48244元，由被告舟山中博置业有限公司负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于浙江省舟山市中级人民法院。
审 判 长 叶 茜
代理审判员 王超女
人民陪审员 龚晓音
二〇一七年十月二十日
书 记 员 於航燕
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