北京市通州区人民法院
民 事 判 决 书
（2017）京0112民初26246号
原告北京联东金桥置业有限责任公司，住所地北京市通州区中关村科技园区通州园金桥科技产业基地景盛南四街15号。
法定代表人李立华，总经理。
委托代理人李夫彬，男，1987年3月25日出生，汉族，北京联东金桥置业有限责任公司法务部职员，住该单位宿舍。
被告北京圣医耀科技发展有限责任公司，住所地北京市西城区新街口外大街2号有研大厦B座211室。
法定代表人洪宏，总经理。
委托代理人张党伟，北京市常鸿律师事务所律师。
第三人水西庄餐饮管理（北京）有限公司，住所地北京市通州区景盛南二街15号1幢501号。
法定代表人查翔，总经理。
委托代理人刘欣，北京市蓝鹏律师事务所律师。
原告北京联东金桥置业有限责任公司（以下简称联东金桥公司）与被告北京圣医耀科技发展有限责任公司（以下简称圣医耀公司）、第三人水西庄餐饮管理（北京）有限公司（以下简称水西庄餐饮公司）租赁合同纠纷一案，本院受理后，依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。本案原告联东金桥公司的委托代理人李夫彬，被告圣医耀公司的委托代理人张党伟，第三人水西庄餐饮公司的委托代理人刘欣到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告联东金桥公司诉称：2012年5月11日，我方与圣医耀公司签订了《联东U谷厂房租赁合同》，约定被告承租我方提供的面积为1276.14平方米的物业，被告按照合同约定向我方支付租金。该合同第四条约定了租金的收费标准：1、2016年8月8日至2017年8月7日，租金标准为：1.47元/平方米/天。该合同第五条约定了租赁费用支付时间为：每一季度结束前15日内支付下一季度租金。我方按照合同约定履行了合同约定的租赁服务，被告却拒绝缴纳租赁费用。现我方起诉至法院，请求判令：1、被告腾退涉案承租房屋；2、被告给付自2016年10月1日至2017年8月7日止的租金580245.14元；3、被告给付租赁期限届满后实际占用租赁房屋期间的租金，自2017年8月8日至被告实际腾退之日止（计算标准：租赁面积1276.14平方米，租金标准2.94/天/平方米，见租赁合同第10条）；4、被告给付逾期付款违约金（分期分批计算至实际履行之日止）。5、被告给付自2012年8月8日至实际腾退之日止的上浮租金（计算标准：租赁面积1276.14平方米，上浮租金标准0.1/天/平方米，见租赁合同第14条）；6、被告承担本案的诉讼费。
被告圣医耀公司辩称：我方的房屋租金已经交付到2016年9月，之后的租金未交的原因是6月份至10月期间承租房屋长达5个月的时间漏水。我方是2012年从原告处承租的房屋，租赁合同为5年，我方是做人体植入的，洁净车间投资上千万，双方签订合同后，我方在2012年开始动工装修，我公司楼上是投资公司，二楼是医疗器械公司。我方的防水面积从100平方米增加1000多平方米。我方在2012年12月装修期间，物业服务极其差，装修期间就开始漏水，原告方说是暖气爆裂，我让我爱人去勘验，并非爆裂而是人为。因为考虑到要买原告方的房屋，我方就没有主张自己的权利。2015年楼上卫生间漏水把楼下我方房屋淹了，我方报物业维修。2016年6月份楼上再次漏水一直淹到10月，我方的无菌车间里面全是黄色的，我的员工往外铲水。物业没有报修单，我方联系到物业朱海涛，8月份我碰到朱海涛，告诉他说如果不解决此事我方就不缴纳房租。我方不缴纳租金的原因是物业不作为，到现在还没有修理。我方是漏水的受害方，我在6月底与朱海涛调解过，水西庄的查总也来过，后来双方调解了，所有的损失我方不追究了。我方已经通过西城区人民政府找到大兴区人民政府，找到一个高端医疗器械园，准备搬到那里去，正式搬到大兴区要有一年到一年半的准备期才能腾出场地，这期间的租金我可以保证给原告，原告需要与我方签订一个新的租赁合同，搬走前的租金我方会全部给清。我方对原告主张的租金580245.14元数额认可，但是租金交付的主体不是原告，因为该租赁房屋在2015年已经将房屋出售给第三人，且租金也多次由我方和第三人交涉协商，在2017年6月我方和第三人就该房屋的续租和租金支付事情达成一致，约定在2017年8月底支付给第三人580245.14元，第三人将房屋再租给我方2年，逾期违约金我方不认可，因为在租赁合同期间内，原告多次违约，在2012年和2016年两次大面积长时间漏水，导致被告公司长期无法投入使用和正常营业，造成了巨额损失，我方和原告也就损失进行多次协商，在合同期内原告应当为被告提供如下条件和设施，包括租赁房屋的上下水、原告没有按期提供条件，免租期应当延长。
第三人水西庄餐饮公司述称：我方对原告主张房屋合同期内的租金、合同期限届满后占用使用费和逾期交付房屋的违约金上浮租金和腾房的资格没有异议。我方同意原告对被告提出的上述六项诉求。我方同意原告代替产权人在本案中代收租金并返还给第三人。第三人与被告从来没有协商过涉案房屋的续租问题，也从未达成一致意见，双方确实有过见面和短信联系，但是没有达成一致意见。按照租赁合同第十条约定，被告应当将涉案房屋腾退。被告的答辩意见陈述的违约金和侵权行为，违约行为和侵权行为并非同一法律关系，第三人并没有给被告造成实际损失，被告陈述的不安抗辩权不能成立。综上，我方同意原告的诉讼请求。
经审理查明：2012年5月11日，联东金桥公司（出租方，甲方）与圣医耀公司（承租方，乙方）签订《联东U谷厂房租赁合同》，约定联东金桥公司将位于北京市通州区中关村科技园区通州园金桥科技产业基地（现定名）北区xx楼xx层，编号为U北xx的厂房（以下简称该租赁物）租赁予圣医耀公司使用。该租赁物建筑面积1276.14平方米，上述租赁面积作为本合同租金、租赁保证金等相关费用收取时的计算依据。本租赁物内采取包租的方式，由圣医耀公司自行管理。联东金桥公司已经依法选聘的物业管理企业为：北京联东国际物业管理有限公司，圣医耀公司同意在本合同租期内由联东金桥公司依法选聘的物业管理企业为园区提供物业管理服务，并遵守业主公约，按时缴纳物业相关费用。合同第二条租赁期限：本合同租赁期限5年，自2012年8月8日起至2017年8月7日止。租赁期限届满，如圣医耀公司需继续承租该租赁物，圣医耀公司须在本合同租期届满前三个月提出书面续租申请，经联东金桥公司同意后，双方将对有关租赁事项重新签订租赁合同。在同等承租条件下，圣医耀公司有优先续租权。第三条租赁物的交付及起租期：在2012年7月9日前，联东金桥公司将租赁物按现状交付圣医耀公司使用，且圣医耀公司同意按租赁物及设施的现状承租。经双方交验签字并移交房门钥匙后视为交付完成。租赁期满或合同解除后，联东金桥公司有权收回租赁物，圣医耀公司应按照原状返还租赁物及其设备设施。双方应对租赁物和设备设施及水电使用等情况进行验收，结清各自应当承担的费用。自入住之日起30天后开始计租，租赁物的起租期从2012年8月8日始。即从2012年8月8日起开始计收租金。合同签订到起租期内除租金以外的相关费用由圣医耀公司自行承担。合同第四条租赁费用：4.1租赁保证金，本租赁合同的租赁保证金为90天租金，即人民币132080.49元。4.2租金，第一年租金为人民币1.15元/平米/天，计收期2012年8月8日起至2013年8月7日止，合计535659.77元；第二年租金为人民币1.21元/平米/天，计收期间：2013年8月8日起至2014年8月7日止，合计563607.23元。第三年租金为人民币1.27元/平米/天，计收期间：2014年8月8日起至2015年8月7日止，合计591554.7元。第四年租金为人民币1.37元/平米/天，计收期间：2015年8月8日起至2016年8月7日止，合计639882.12元。第五年租金为人民币1.47元/平米/天，计收期间：2016年8月8日起至2017年8月7日止，合计684720.92元。该租赁合同的租金合计为3015416.74元。租赁期限届满，如圣医耀公司继续承租该租赁物，租金由双方共同商定。双方约定每年度的8月8日作为该年度租金调整日。合同第五条租赁费用的支付：圣医耀公司应于本合同签订之后5个工作日内，向联东金桥公司支付租赁保证金132080.49元。租赁期限届满，在圣医耀公司已向联东金桥公司交清了全部应付的租金及因本租赁行为所产生的一切费用，并不存有本合同第八条第三项违约行为，按本合同规定向联东金桥公司交还承租的租赁物，履行完本合同所约定的责任后15个工作日内，联东金桥公司退还圣医耀公司租赁保证金（保证金不计利息）。圣医耀公司应于本合同签订之后5个工作日内，向联东金桥公司支付首笔租金。首笔租金的对应租期为2012年8月8日至2012年9月30日，金额为79248.29元。后续租金为一季度收取一次（三个月为一季度），每一季度结束前15日内圣医耀公司应向联东金桥公司支付下一季度租金，圣医耀公司向联东金桥公司支付款项以款项进入联东金桥公司结算账户之日为付款日。圣医耀公司所有租金，租赁保证金均要以银行汇兑，转账支票、支票反提方式划转至联东金桥公司银行结算账户，圣医耀公司不得以现金方式交付给联东金桥公司任何人员。否则出现问题，全部责任由圣医耀公司承担。合同第六条租赁物的转让与转租：在租赁期限内，若遇联东金桥公司转让租赁物的部分或全部产权，联东金桥公司应当在转让租赁物前7日内，书面通知圣医耀公司，在同等受让条件下，圣医耀公司对本租赁物享有优先购买权。但圣医耀公司应当在通知送达之日起7日内作出是否购买本租赁物的书面答复，圣医耀公司逾期未予以书面答复的，视同圣医耀公司放弃优先购买权，接受联东金桥公司转让本租赁物给其他受让人。联东金桥公司应确保受让人继续履行本合同的条款，圣医耀公司应当在联东金桥公司转让本租赁物后15日内，重新与受让人签订新的租赁合同，联东金桥公司的权利与义务由新的受让人承担，圣医耀公司的的权利义务仍然按照本合同约定条款执行。合同第八条违约责任约定：圣医耀公司未按合约定支付租赁保证金、租金等相关费用的，应向联东金桥公司支付滞纳金，滞纳金金额为：拖欠天数乘以欠缴费用总额的千分之三。合同第十条合同的终止：本合同提前终止或租期届满，甲、乙四分未达成续租协议的，圣医耀公司应于终止之日或租赁期限届满之日起十天内迁离租赁物，并将其租赁物归还联东金桥公司。圣医耀公司逾期不迁离或不返还租赁物的，应向联东金桥公司双倍支付延期租金。但联东金桥公司有权以邮件、传真或在租赁物办公区域张贴公示的形式通知圣医耀公司不接受双倍租金，并有权收回租赁场所，将租赁物内的圣医耀公司物品搬离租赁物，且不负保管责任。合同第十四条使用承诺约定，圣医耀公司同意于入住后6个月内（即2013年2月7日前），在所租房屋住所地办理企业工商、税务注册登记（或迁移登记，注册字根不低于50万元）；如圣医耀公司不能按期办理完毕，则该房屋的租赁价格在本合同第三条约定的价格基础上上浮01.元/天/平方米，圣医耀公司应自逾期之日7日内向联东金桥公司补交上浮款；如入住8个月后，圣医耀公司仍未能如约完成办理企业工商、税务注册登记（或迁移登记）的手续，则联东金桥公司有权解除合同。此外，合同还约定了其他内容。双方还签订了《厂房租赁补充协议》就联东金桥公司银行结算账户事宜进行约定。
上述租赁合同签订后，双方即开始实际履行，联东金桥公司表示圣医耀公司2016年9月30日之前的租金已经支付完毕。
2014年10月30日，联东金桥公司（出卖人，以下简称甲方）与水西庄餐饮公司（买受人，以下简称乙方）签订《联东U谷厂房销售合同》，双方约定将甲方位于北京市通州区中关村科技园区通州区金桥科技产业基地内U北xx的厂房出售给乙方。水西庄餐饮公司表示联东金桥公司尚未让圣医耀公司向其交付房屋。
2014年10月31日，联东金桥公司（出卖人）与水西庄餐饮公司（买受人）签订《补充协议》，双方在平等、自愿的基础上经协商一致，就原合同未尽事宜达成以下内容：一、出卖人与买受人一致认可：原合同项下房屋已由出卖人先行出租于第三方（圣医耀公司），且该第三方已明示放弃优先购买权；自买受人付清原合同项下约定的购房首付款及因房屋交易产生的其他交易费用，合计达至4516030元之次日起，租赁合同项下房屋的出租方变更为买受人，权利义务转移至买受人；如买受人授权出卖人代收租金的，租金发票由买受人提供于出卖人，并按实收租金金额的6%向出卖人支付费用。此外，协议还约定了其他内容。
水西庄餐饮公司表示和联东金桥公司签订《联东U谷厂房销售合同》后，涉案房屋的租金归水西庄餐饮公司收取，但由联东金桥公司代收。圣医耀公司表示其于2014年底知道涉案房屋出售给水西庄餐饮公司，后圣医耀公司根据合同相对性原则将租金交付给联东金桥公司一直到2016年9月。
关于未交纳租金的原因，圣医耀公司称理由有二：一是涉案厂房多次漏水，其向物业报修，但物业服务极差，且没有解决漏水问题，故物业不作为，我方不交纳租金是行使先履行抗辩权的行为。二是对租赁期间内580245.14元的租金数额予以认可，但是收取租金的主体不是联东金桥公司，而是水西庄餐饮公司，因为涉案房屋已经于2015年出售给水西庄餐饮公司，且就租金事宜其与水西庄餐饮公司多次交涉协商并于2017年6月就涉案房屋续租和租金支付事宜达成一致：圣医耀公司于2017年8月底支付给水西庄餐饮公司租金580245.14元，水西庄餐饮公司将涉案房屋再租给其2年。圣医耀公司提交其法人洪宏与水西庄餐饮公司法人查翔的短信记录用以证明。2017年9月5日的短信载有：我们依然希望您能兑现上次物业给协调时，您曾经答应再租给我们2年时间房租。三层洪姐。查翔回复有：你方拖欠房屋租金已一年之久，并总以各种借口推诿，没有任何诚心可言，现再次通知你，因你已构成合同违约，一周内必须结清全部房租及各种费用，与我方办理交接手续。否则，我方有权以任何方式自行收回房屋，由此产生的一切费用，均有你方承担。水西庄餐饮公司对该聊天记录的真实性认可。但水西庄餐饮公司亦表示其与圣医耀公司从未就涉案房屋的续租问题达成一致意见。
关于违约金问题，圣医耀公司称其不予认可，其表示在租赁合同期间内，联东金桥公司多次违约，在2012年和2016年两次大面积长时间漏水，导致其租赁房屋长期无法投入使用和正常营业，造成了巨额损失，其与联东金桥公司就损失进行多次协商，在合同期内联东金桥公司应当为其提供如下条件和设施，包括租赁房屋的上下水、联东金桥公司没有按期提供条件，免租期应当延长。
本案审理过程中，就涉案厂房漏水问题，圣医耀公司提交厂房漏水照片、光盘及报修单用以证明其租用厂房在租赁期间的漏水情况及联系维修情况。联东金桥公司及水西庄餐饮公司则表示光盘中视频录像不能反映漏水房屋的地点和漏水时间，本案是联东金桥公司根据水西庄餐饮公司的授权向圣医耀公司收取租金，即便光盘内容属实，也与本案不属于同一法律关系。联东金桥公司及水西庄餐饮公司对厂房漏水照片的真实性不予认可，认为通过照片无法反映漏水房屋的地点和漏水时间，房屋是否漏水与本案并非同一法律关系且圣医耀公司对于2012年漏水主张相应权利已经超过诉讼时效，对于2016年之后的漏水情况，圣医耀公司应当向物业公司主张。联东金桥公司及水西庄餐饮公司对报修单复印件真实性不予认可。圣医耀公司法人洪宏提交其与水西庄餐饮公司法人查翔、联东U谷开发商刘路、联东U谷物业管理人员朱海涛的短信聊天记录用以证明在漏水后圣医耀公司多次积极主动联系原业主和现业主反映厂房漏水维修和协商租金交纳事宜，但对方均对厂房漏水问题不予主动解决。联东金桥公司与水西庄餐饮公司表示对洪宏与朱海涛、刘路的短信聊天记录真实性不予质证，无法判断与谁聊天，无法判断刘路身份信息。联东金桥公司对洪宏与查翔的短信聊天记录真实性不予质证。水西庄餐饮公司对洪宏与查翔的聊天记录真实性认可，但表示圣医耀公司只是截取一部分短信，不能保证双方交流的完整性。
本案审理过程中，圣医耀公司申请其公司员工刘翠敏、苗爱省到庭作证，刘翠敏表示涉案厂房漏水后其与另外两名同事第一时间发现，并提交2016年7月8日、9月25日、9月30日、10月8日、10月9日、10月14日、10月16-17、21-22日的漏水照片。刘翠敏表示水是从顶棚漏下来的。刘翠敏还表示漏水后给物业朱海涛打过电话，朱海涛答复说找四楼维修，四楼一直在维修也没找到原因。最后刘翠敏表示整个漏水持续到10月底以后才修好。苗爱省表示7月8日当天，其公司正常上班，开灯不亮，检查后发现灯罩里面全是水。漏水的事情我和刘翠敏找过朱海涛，也找过四楼，四楼回复我们说一直在找漏水点。苗爱省表示其与刘翠敏及另外一名聋哑人第一时间发现漏水。苗爱省向法庭出示7月8日灯管里面是水的照片，7月29日的视频，显示屋里面也漏水，8月9日和8月25日的照片。苗爱省表示发现漏水后第一时间通知老板，后向物业通知。苗爱省表示漏水一直漏到10月份，开始漏的地方在车间，后来是厂房、洗消间、治水车间、空调机房，漏水影响生产，但工资正常发放。
联东金桥公司表示其主张2012年8月8日至实际腾退之日止的上浮租金的依据是租赁合同第14条，圣医耀公司要在入住后6个月内办理工商登记手续，否则要把租金在租赁合同第三条约定的价格基础上上浮0.1元/天/平方米，是要求圣医耀公司在涉案厂房住所地完成工商税务登记即增加一个分公司的营业执照。圣医耀公司称其希望西城公司主体迁出，西城区人民政府不同意其迁出西城区，且在通州区因为无法通过环评手续，从而无法注册分公司。另外，圣医耀公司表示根据双方合同的约定，联东金桥公司要求上浮租金的诉讼请求已经《民法通则》规定的1年诉讼时效，因此不应获得支持。原告认为合同项下的租金是一个整体、连续性债权，诉讼时效应当自最后履行期限届满也即2017年8月7日起算，且合同履行期限内原告向被告催缴过租金，催缴的租金包括上浮的租金。第三人认为合同中虽然约定了上浮租金的起算点，但并未约定上浮租金的截止日，因此应当上浮租金的诉讼时效应自合同期限届满即2017年8月7日起算，因为被告支付的租金也并未系按照合同约定的期限和金额严格执行的。但联东金桥公司及水西庄餐饮公司均未对单独向圣医耀公司主张过上浮租金提供相应证据。
上述事实，有《联东U谷厂房租赁合同》、《厂房租赁补充协议》、《联东U谷厂房销售合同》及补充协议、厂房漏水照片、查翔短信聊天记录、联东U谷物业管理人员朱海涛短信记录、刘翠敏证人证言、苗爱省证人证言及双方当事人陈述等证据在案佐证。
本院认为：依法成立的合同对当事人具有法律拘束力。本案中双方签订的租赁合同及补充协议中明确约定了租赁期限、租金标准、支付方式等事宜，在合同履行期限内，联东金桥公司与水西庄餐饮公司于2014年10月30日签署了房屋销售合同及补充协议，双方约定联东金桥公司将涉案厂房出售给水西庄餐饮公司，涉案厂房的租金继续由联东金桥公司代为收取。在联东金桥公司与圣医耀公司签订的租赁合同履行过程中，圣医耀公司应依约交纳租金，故对于联东金桥公司主张合同期内租金的诉求，本院予以支持。关于圣医耀公司所称联东金桥公司不具备租金收取资格的辩解意见，根据查明的事实，联东金桥公司将涉案房屋转让给水西庄餐饮公司后，水西庄餐饮公司一直委托联东金桥公司收取租金，圣医耀公司在知晓转让事实后仍根据合同相对性原则将租金一直交付给联东金桥公司，因此应视为圣医耀公司对联东金桥公司收取租金资格的认可，本案中圣医耀公司对联东金桥公司收取租金资格提出的抗辩不能成立。因圣医耀公司已支付租金至2016年9月，未支付2016年10月之后租金的行为构成违约，故对原告要求被告支付2016年10月1日至2017年8月7日期间租金的诉讼请求，本院予以支持。因原告主张的租金数额不高于本院核定的数额，且被告对原告主张的上述期间的租金数额不持异议，因此上述租金数额以原告主张的为准。
2017年8月7日双方的租赁合同到期，双方未续签合同，因此双方的租赁关系终止。根据合同相对性原则，圣医耀公司应当将承租房屋腾退并交付给联东金桥公司，圣医耀公司仍占有使用承租房屋至今，应当按照合同约定租金标准向联东金桥公司支付占有使用费。根据《联东U谷厂房租赁合同》第四条，2016年8月8日至2017年8月7日的租金标准为1.47元/平米/天，《联东U谷厂房租赁合同》第十条约定圣医耀公司在合同期满后不迁离或不返还租赁物的，应向联东金桥公司双倍支付延期租金，因此对联东金桥公司要求被告自2017年8月8日至被告实际腾退之日止以租金2.94元/天/平方米的给付租金的诉讼请求，本院予以支持。同时，在双方的租赁合同到期终止的情况下，被告应当将承租房屋腾退并交付给联东金桥公司，水西庄餐饮公司对原告主张被告腾退房屋的资格及诉求均予以认可，本院对此予以支持。
关于联东金桥公司主张的违约金问题，双方在合同中对租金的给付期限及逾期支付租金的违约责任及标准有明确约定，故对联东金桥公司要求被告圣医耀公司支付逾期支付2016年10月至2017年8月7日租金的违约金的诉讼请求，本院予以支持，因双方约定的日千分之三的违约金标准过高，本院对此予以调整为同期银行贷款利率的四倍。关于联东金桥公司要求圣医耀公司支付2017年8月7日之后逾期腾退期间租金违约金的诉讼请求，因合同中对此并未有明确约定，本院对此不予支持。
关于联东金桥公司主张的上浮租金的诉求，根据《联东U谷厂房租赁合同》第十四条约定，圣医耀公司应于入住后6个月内（即2013年2月7日前），在所租房屋住所地办理企业工商、税务注册登记，如圣医耀公司不能按期办理完毕，则该房屋的租赁价格在本合同第三条约定的价格基础上上浮0.1元/天/平方米。圣医耀公司未按照该条约定，未在承租房屋住所地办理工商及税务注册登记，构成了违约，应当按照该条约定上浮租金，故对原告要求被告上浮租金的诉讼请求，本院予以支持。
关于圣医耀公司所称因西城区人民政府不同意该企业迁出西城区，且在通州区无法通过环评手续，无法办理工商注册手续，不同意上浮租金的辩解意见，并不能改变其违约的事实，并不能成为其违反该条约定的合理抗辩，故对被告的该项辩解意见，本院不予采信。
关于被告对原告主张的上浮租金的诉讼时效抗辩是否成立的问题。《民法通则》规定了延付或拒付租金的诉讼时效为１年，《民法总则》取消了《民法通则》中１年短期诉讼时效期间的规定。关于《民法总则》有关诉讼时效期间的溯及力问题，本院认为权利人之权利受到损害的事实发生在民法总则施行之前，按照《民法通则》的规定诉讼时效期间在2017年9月30日之前已经届满的，义务人已经确定取得了不履行义务的诉讼时效抗辩权，该抗辩权不因《民法总则》的施行而消灭。但按照《民法通则》的规定诉讼时效期间在2017年10月1日尚未届满的，义务人的诉讼时效抗辩权系在《民法总则》施行后产生，基于新法施行及新法关于诉讼时效的规定有利于保护权利人等因素考虑，此时《民法总则》关于诉讼时效的规定应产生溯及力，不再适用《民法通则》的相关规定。根据上述精神，《民法通则》中规定的权利受到侵害的发生在2017年9月30日前，自诉讼时效起算之日起至2017年10月1日超过1年的，诉讼时效期间届满，不因《民法总则》的施行而变更，尚未超过1年的，其向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为3年。因原告及第三人均未能提交向被告追缴上浮租金的相关证据，因此关于上浮租金的诉讼请求，应当适用上述诉讼时效的相关规定。联东金桥公司关于要求圣医耀公司支付2016年10月之前的上浮租金请求，因超过诉讼时效，本院不予支持。2016年10月至2017年8月7日期间的上浮租金请求，尚未超过诉讼时效，本院对此予以支持。
关于上浮租金的截止日期的问题，按照合同约定被告自合同期限届满后至实际腾退之日应承担双倍支付租金的责任，因此2017年8月7日之后的租金上浮与上述双倍支付租金的违约责任属于重复计算，基于上述本院认为租金上浮的期限应计算至合同期限届满之日即2017年8月7日为宜。综上所述，依据《中华人民共和国合同法》第八条、《中华人民共和国民法总则》第三条之规定，判决如下：
一、被告北京圣医耀科技发展有限责任公司将双方签订的《联东U谷厂房租赁合同》项下的承租房屋腾退并交付给原告北京联东金桥置业有限责任公司,于本判决生效之日起三十日内执行清；
二、被告北京圣医耀科技发展有限责任公司支付原告北京联东金桥置业有限责任公司自二0一六年十月一日起至二0一七年八月七日止的租金人民币五十八万零二百四十五元一角四分，于本判决生效之日起十日内执行清；
三、被告北京圣医耀科技发展有限责任公司支付原告北京联东金桥置业有限责任公司自二0一七年八月八日起至实际腾退之日的涉案厂房占有使用费（以租赁面积1276.14平方米，租金标准按2.94元/天/平方米计算），于本判决生效之日起十日内执行清；
四、被告北京圣医耀科技发展有限责任公司支付原告北京联东金桥置业有限责任公司自二0一六年十月至二0一七年八月七日期间的上浮租金共计人民币三万九千六百八十八元（以租赁面积1276.14平方米，上浮租金按0.1元/天/平方米计算），于本判决生效之日起十日内执行清；
五、被告北京圣医耀科技发展有限责任公司支付原告北京联东金桥置业有限责任公司逾期支付二0一六年十月一日起至二0一七年八月七日止租金的违约金（其中二0一六年十月一日起至同年十二月三十一日期间的租金人民币十六万九千四百一十七元四角的违约金，自二0一六年十月一日起计算至实际给付之日，二0一七年一月一日至同年三月三十一日期间的租金十六万八千八百三十三元三角二分的违约金，自二0一七年一月一日起计算至实际给付之日，二0一七年四月一日至同年六月三十日期间的租金十七万零七百零九元二角五分的违约金，自二0一七年四月一日起计算至实际给付之日，二0一七年七月一日至同年八月七日的租金七万一千二百八十五元一角八分的违约金，自二0一七年七月一日起计算至实际给付之日；上述违约金的计算标准均为同期银行贷款利率的四倍），于本判决生效之日起十日内执行清；
六、驳回原告北京联东金桥置业有限责任公司的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费18871元，由被告北京圣医耀科技发展有限责任公司负担，于本判决生效之日起七日内交纳。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，交纳上诉案件受理费，上诉于北京市第三中级人民法院。如在上诉期满后七日内未交纳上诉案件受理费的，按自动撤回上诉处理。
审 判 长 王新东
人民陪审员 崔爱民
人民陪审员 张万良
二〇一八年二月一日
书 记 员 马 翔