甘肃省张掖市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2015）张中民终字第86号
上诉人（一审被告）甘肃飞天种业股份有限公司（以下简称飞天种业公司）。
法定代表人常涛，系该公司总经理。
委托代理人刘忠元，系该公司玉米研发中心职员。
委托代理人白璞，甘肃金都律师事务所律师。
被上诉人（一审原告）崔发年，男，汉族，1977年6月20日出生，甘肃省张掖市甘州区人，农民。
委托代理人樊娟，系甘肃瑞雪律师事务所律师。
上诉人飞天种业公司与被上诉人崔发年种植回收合同纠纷一案，不服甘州区人民法院（2014）甘民初字第2576号民事判决，向本院提起上诉。本院受理后，依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。上诉人飞天种业公司的委托代理人刘忠元、白璞、被上诉人崔发年的委托代理人樊娟均到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
一审法院查明：原告崔发年系本区明永乡永济村村民。2012年3月10日，原告崔发年与被告公司下设的玉米研发中心签订《玉米制种附加协议》一份，主要内容为：一、原告崔发年在全生育期协助被告做好基地管理、收购等工作，负责玉米制种和晾晒场地的对外协调工作。被告按照0.08元／公斤鲜穗支付给原告管理服务费。二、被告委托原告在本乡范围内落实制种面积，落实面积劳务费按照10元／亩计算，协议签订时被告支付原告10000元，待播种出苗后，按照实际丈量面积进行核算，一次性付清劳务费。三、收购方式，被告按照单价收购鲜穗，收获必须得到被告通知后方可进行。四、违约责任，双方无论哪方不履行或者履行不彻底合同某一条都视为违约，违约一方向对方赔偿总产值（亩产值按2400元计）5‰的违约金。同年3月13日，在明永乡永济村四社社长崔兴红、五社社员崔爱年、六社社长刘星兵、组长朱永军、蒋录参与下，被告公司下设的玉米研发中心与原告崔发年签订《玉米制种合同（草签）》一份，主要内容为：一、双方在互信调查的基础上，做到公正、公平、公开协议条款，使永济村三分之二以上的制种户知道合同条款，特别是鲜穗价格、收购方式、前期投入等。二、被告安排在肥力条件较好的地块、鲜穗亩产超过1000公斤的品种种植。鲜穗收购价格暂定为2.4元／公斤，另外每公斤鲜穗向制种户补助0.04元的抽雄费，亩保产值暂定为2600元／亩。如遇周边村社或制种企业同品系鲜穗价格或亩保产值调整，被告也作出相应调整。三、被告给原告的前期投入为每亩550元，分三次投入，合同签订至播种前投入300元／亩，抽雄时投入150元／亩，收获时投入100元／亩，投入按照实际丈量面积计算。四、鲜穗收获，出村拉运费用由被告负责，在本村范围之内晾晒则由原告负责拉运至被告设立的晾晒场地，晾晒看护由被告负责。原告在2012年11月30日以前支付剩余种子款的30%，其余种子款在2012年12月31日前一次性付清。五、种植面积的核实由公司和村社干部及社委共同参与，在玉米出苗后丈量，按小数点后一位计算，树荫、树榭地要适当减除，做到实事求是，公开、公平、公正。六、违约责任，双方无论哪方不履行或者履行不彻底合同某一条都视为违约，违约一方向对方赔偿总产值（亩产值按2400元计）5‰的违约金。在该《玉米制种合同（草签）》中，双方还就其他权利与义务事项进行了约定。同年10月30日，原告与被告单位下设的玉米研发中心又签订《玉米制种附加协议》一份，该协议约定的主要内容为：一、原告有义务协助被告做好种子收购后晾晒、脱粒加工、发运等工作，具体工作由被告安排（如用工方式、用工价格等）。二、种子收购结束，被告安排专人对收购单据进行汇总核算，并进入每个社组进行核对，核对无误后，对每个农户开具种子收购正式票据并对原告开具总票据，此票据作为种子结算的唯一凭证。三、收购结束、核对出票后，原告按照被告前期支付各项款项时间、金额、项目等向被告出具收条，以便及时向财务报账处理。四、鲜穗收购价格为2.20元／公斤，为制种户补贴0.04元／公斤，实际鲜穗收购价格为2.24元／公斤。五、被告在2012年11月30日支付原告20元／亩的基地建设费。六、如被告不能按时支付种子款，向原告承担伍拾万元的违约金。在该附加协议中，双方还就其他权利义务事项进行了约定。同日，原告与被告单位下设的玉米研发中心共同制作了《2012年明永乡永济村玉米制种结算清单》一份，该清单显示的主要内容为：一、应付款8470979.00元；二、已付款1888532.00元；三、去雄期间罚款2300元；四、剩余款6580147.00元，其中：1、11月30日前支付剩余种子款30%，1956344.10元，基地建设费59000元；2、12月31日前支付4564802.9元，至此被告共支付原告款项6997092.92元，其中种子款6847279元，劳务服务费149813.92元，自交系繁殖款22400元，基地建设费59000元，尚欠原告种子款154万元。2013年1月10日，经协商，原告崔发年与被告单位下设的玉米研发中心负责人刘忠元签订《种子款余款付款协议》一份，该协议的主要内容为：经双方协商，被告在2013年元月31前一次性付清玉米制种余款共计壹佰伍拾肆万元整（￥：1540000元）。如有违约，则按原结算协议执行。2013年1月30日，被告单位下设玉米研发中心负责人刘忠元又给原告书写欠条一张，内容为“今欠到崔发年玉米制种款壹佰柒拾肆万元整，（￥1740000元）。注：在2013年4月1日前付清全部欠款，否则按照原结算协议承担违约责任（违约金）。欠款人：甘肃飞天种业玉米研发中心负责人刘忠元，担保人刘忠元。2013年1月30日。”该种子款余款付款协议达成后，被告于2013年1月30日以银行转账的方式向原告付款500000元，次日，被告再次以银行转账的方式向原告付款1040000元。
另查明：自2012年3月31日至2013年4月17日，被告玉米研发中心共向原告崔发年支付现金8871750元，其中，支付农户制种款8470979元，支付原告崔发年劳务费407710元。
还查明：被告甘肃飞天种业股份有限公司玉米研发中心系被告甘肃飞天种业股份有限公司下设机构，甘肃飞天种业股份有限公司授权该玉米研究开发中心在本市甘州区、临泽县进行玉米制种工作。该研发中心不具有独立法人资格，被告飞天种业对玉米研发中心在甘州区玉米制种的行为愿意承担法律责任，故原告申请撤销对甘肃飞天种业股份有限公司玉米研发中心的起诉，只要求飞天种业承担责任。原告的申请符合有关法律规定，一审法院依法裁定准许。
再查明：2013年6月18日，原告崔发年将甘肃飞天种业股份有限公司玉米研究开发中心起诉至甘州区法院，要求被告玉米研发中心承担违约金500000元，经法院审理以（2013）甘民初字第2433号民事判决书驳回了原告的诉讼请求。原告崔发年不服上诉于甘肃省张掖市中级人民法院，中院经审查，甘肃飞天种业股份有限公司与玉米研发中心之间形成委托关系，故以（2014）张中民终字第130号民事裁定书，裁定：一、撤销甘肃省张掖市甘州区人民法院（2013）甘民初字第2433号民事判决书；二、驳回上诉人（一审原告）崔发年的起诉。法院预交的一、二审案件受理费予以退还。
上述事实，有原、被告委托代理人的当庭陈述、原告提交的《玉米制种附加协议》一份（2012年3月10签订）、《玉米制种合同（草签）》一份、《玉米制种附加协议》一份（2012年10月30签订）、《2012年明永乡永济村玉米制种结算清单》一份、《种子款余款付款协议》一份、2013年1月30日由被告玉米研发中心及该中心负责人刘忠元担保共同出具的174万的欠条一张。被告提交的甘肃省人民政府于2007年9月20日发布的第39号政府令一份、张掖市人民政府张政发（2008）58号《张掖市人民政府关于进一步规范种子生产经营秩序，促进种子产业健康发展的意见》一份、甘州区人民政府甘政办发（2012）48号《张掖市甘州区人民政府关于规范玉米种子生产秩序加强种子经营市场管理问题的通告》一份、电子银行交易回单26张、账户明细一份、甘州区明永乡财政所开具的甘肃省行政事业单位资金往来结算票据一张、公益事业捐赠统一发票一张、甘肃飞天种业股份有限公司企业法人营业执照复印件和甘肃飞天种业股份有限公司玉米研究开发中心营业执照复印件各一份、甘肃飞天种业股份有限公司组织机构代码证复印件一份、农作物种子经营许可证复印件一份、甘肃飞天种业股份有限公司委托书一份、农作物种子生产许可证申请表一份等证据在卷佐证，并经庭审质证，足以认定。
一审法院认为：本案争议的焦点问题有三个，一是原告崔发年作为本案原告，诉讼主体是否适格；二是原告与被告下设的玉米研发中心签订的《玉米制种合同（草签）》、《玉米制种合同附加协议》、《种子款余款付款协议》是否有效，以及在上述合同、协议的签订过程中是否存在胁迫的问题；三是原告诉请要求被告承担违约金500000元，有无事实依据及法律依据。
关于第一个焦点问题，即原告崔发年作为本案原告，诉讼主体是否适格的问题。被告飞天种业认为，根据原告与被告单位下设的玉米研发中心于2012年3月10日签订的《玉米制种附加协议》的内容看，原告崔发年实际上是本案被告所雇请的工作人员，其不是玉米制种合同真正的相对方，故此，原告不是本案适格的诉讼主体。原告则认为，原告与被告单位下设的玉米研发中心于2012年3月10日签订的《玉米制种附加协议》所约定内容，只是被告对原告的一个承诺，对于原告来说，所有的制种玉米款都是由原告向农户支付的，然后被告向原告支付一定的服务费用。根据该协议第一条的约定，原告有配合合同履行的义务，原告配合被告完成合同是应该的，从该份协议上看不出原告是受被告雇佣。原告与被告单位下设的玉米研发中心于2012年3月13日签订的《玉米制种合同（草签）》、2012年10月30日签订的《玉米制种附加协议》、玉米制种结算清单、2013年1月10签订的《种子余款付款协议》均可证实原告是双方所签合同、协议的相对方，而不是被告的雇佣人员。崔发年作为本案的原告，主体是适格的。对此，一审法院认为，根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百一十九条的规定，起诉必须同时符合4个条件：第一、原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；第二、有明确的被告；第三、有具体的诉讼请求和事实、理由；第四、属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。依据上述规定，符合起诉条件的适格的原告应是与本案有直接利害关系，也即原告必须是发生争议的民事法律关系的双方主体之一。本案中，不论从双方所签订的《玉米制种合同（草签）》及《玉米制种附加协议》来看，还是从双方所达成的《种子余款付款协议》来看，合同（协议）的相对方均为原告崔发年与被告单位下设的玉米研发中心，也就是说，产生合同民事法律关系的双方主体为原告崔发年与被告单位下设的玉米研发中心。被告对玉米研发中心的行为予以授权，并愿意承担相应的法律责任。现双方因合同的履行产生争议，作为合同的相对方，原告崔发年与本案有直接的利害关系，故崔发年作为本案的原告，主体适格。故对被告关于原告崔发年不是本案适格的原告的抗辩理由，一审法院不予采信。
关于第二个焦点问题，即原告崔发年与被告单位下设的玉米研发中心签订的《玉米制种合同（草签）》、《玉米制种合同附加协议》、《种子款余款付款协议》是否有效，以及在上述合同、协议的签订过程中是否存在胁迫的问题。被告认为，原告与被告单位下设的玉米研发中心签订的上述合同、附加协议无效。从原告与被告下设的玉米研发中心签订的玉米种植合同和附加协议来看，原告不可能与被告公司签订玉米制种合同。根据甘肃省人民政府于2007年9月20日发布的第39号政府令的相关规定，村民单独不能作为合同的一方与被告公司签订制种玉米合同，原告以个人名义与被告单位下设的玉米研发中心签订合同是违法的。且原告根据《玉米制种合同（草签）》、《玉米制种合同附加协议》向被告收取劳务费以及基地建设费也是有违上述政府令的。同时，原告与被告单位下设的玉米研发中心签订合同的违法性还被张掖市人民政府张政发（2008）58号《张掖市人民政府关于进一步规范种子生产经营秩序，促进种子产业健康发展的意见》以及张掖市甘州区人民政府甘政办发（2012）48号《张掖市甘州区人民政府关于规范玉米种子生产秩序加强种子经营市场管理问题的通告》的相关规定所认定。被告同时认为，双方于2012年10月30日签订的《玉米制种合同附加协议》及《种子款余款付款协议》存在胁迫情形。被告单位下设的玉米研发中心与原告于2012年10月30日和2013年1月10签订的两份合同中关于违约金的约定不是被告真实意愿的反映，双方签订的《玉米制种合同（草签）》的约定违约金才是被告的真实意愿的体现。原告则认为，双方所签《玉米制种合同（草签）》及《玉米制种合同附加协议》是有效的，《玉米制种合同附加协议》及《种子款余款付款协议》的签订并不存在胁迫的情形。对此，一审法院认为，认定合同是否有效，应当以《中华人民共和国合同法》第五十二条的规定为依据，即：“有下列情形之一的，合同无效：（一）一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；（二）恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；（三）以合法形式掩盖非法目的；（四）损害社会公共利益；（五）违反法律、行政法规的强制性规定”。本案中，因原告与被告单位下设的玉米研发中心所签合同及附加协议，并不存在上述情形之一，故双方所签的合同及附加协议是合法有效的。被告虽列举了原告的行为存在有违甘肃省人民政府政府令及张掖市人民政府及张掖市甘州区人民政府的相关《意见》及《通告》精神，但上述政府令及政府的《意见》及《通告》都是为了规范制种玉米产业的管理性规范，并非禁止性规范，也不属我国法律、行政法规的范畴，且原告的行为，《中华人民共和国种子法》也未明确予以禁止，故对被告关于双方所签合同及附加协议无效的抗辩理由，一审法院不予采信。对被告辩称的双方所签《玉米制种合同附加协议》及《种子款余款付款协议》存在胁迫情形的抗辩理由，因无证据证实，一审法院亦不予采信，应由被告承担举证不能的法律后果。
关于第三个争议焦点，即原告诉请要求被告承担违约金500000元有无事实依据及法律依据的问题。原告认为，根据原告与被告单位下设的玉米研发中心于2012年10月30日签订的玉米制种附加协议和2012年10月30日的结算清单、2013年1月10日种子余款付款协议，被告有四处违约行为，1、根据双方2012年10月30日形成的结算清单的约定，被告应在2012年11月30日前支付剩余种子款的30%，即1956344.1元，基地建设费59000元，但是根据被告提供的付款清单，证明在此期间，被告只支付了80万元，未按约支付金额达1205344.1元；2、根据该结算单的约定，剩余款项应在2012年12月31日前支付4564802.90元，但在此期间，被告实际只支付了200万元，未按约支付金额为2564802.90元；3、根据双方于2013年1月10日达成的种子余款付款协议，被告应在2013年1月31日前付清玉米制种款1540000元，但在此期间，被告实际只支付了50万元，未按约支付金额为1040000元；4、2013年1月30日被告给原告出具欠条一张金额174万元，并且再一次保证174万元，于2013年4月1日前全部付清，如果逾期则按原协议承担违约金50万元，但时至今日被告只支付154万元，尚有20万元未付。因被告存在上述违约行为，故依据双方关于“如不能按时支付种子款则承担50万元违约金”的约定，要求被告承担违约金500000元。被告则认为，从原、被告于2012年3月10日签定的玉米制种附加协议和2012年3月13日签订的玉米制种合同（草签）关于违约金的计算方法来看，千分之五的违约金计算标准是最能够反映原、被告双方的真实意愿的；原、被告于2012年10月30日、2013年1月10日所签订的两份附加协议，是原告对被告施以种种胁迫的结果，其50万元的违约金完全背离了本案被告的真实意愿。若说违约，本案原告是最先违约的一方，因为从原、被告签订的合同看，原告应该将所收获的玉米种子全部拉运到被告方所设立在九公里的晾晒场地，但原告为达到自己的私人目的，并没有如期将种子拉到晾晒场地，由此足以可以认定原告首先违反了合同约定。再者，因原告与被告单位下设的玉米研发中心所签订的合同及附加协议因为违法，应当认定为无效，故原告所提的所有诉讼请求因为违法都应当予以驳回。对此，一审法院认为，合同（协议）是平等主体的自然人、法人、其他组织之间设立、变更、终止民事权利义务关系的协议。本案中，原告与被告单位下设的玉米研发中心于2012年3月10日、同年3月13日签订《玉米制种附加协议》和《玉米制种合同（草签）》后，又于同年10月30日签订《玉米制种附加协议》一份和结算单一份，后经协商，又于2013年1月10日签订《种子余款付款协议》一份，2013年1月30日书写的174万元的欠条一张，该《种子余款付款协议》及欠条是双方经协商对原协议的终止或变更，应是双方真实意思的表示，双方均应当履行。因被告未能依约定的时间付清制种玉米款，其行为已构成违约，其应当承担违约责任。但我国《合同法》第一百一十四条等规定已经确定违约金制度系以赔偿非违约方的损失为主要功能，而不是旨在严厉惩罚违约方；违约金在我国合同法中主要体现为一种民事责任形式，因此，不能将违约金条款完全留待当事人约定，尤其对数额过高的违约金条款，更是如此。2013年1月30日，被告给原告出具174万元的欠据时，实际欠款金额为154万元，而仍然出具了多出欠款金额20万元的欠据。对此原告辩称是被告承诺的违约金，被告虽不认可，但综合全案证据，可以认定2013年1月30日，由被告给原告出具的金额为174万的欠据，是双方当事人对履行合同过程中如何付款及违约责任的重新约定，即被告不能按期付款，而自愿承担的违约责任，且系双方当事人的真实意思表示，被告亦未提交证据证实出具该欠据时存在胁迫等违法行为。故双方当事人均应按照此约定履行自己的义务。现被告虽付清了154万的种子款，但并未按照约定付清自愿承担的违约金20万，应承担继续履行合同的义务。至于原告主张的被告其他的违约行为，虽客观存在，但自被告于2013年1月30日出具欠据并自愿承担违约金20万元后，原、被告已对之前的违约事实及责任做出了变更，故对原告的其他违约诉请，一审法院不予支持。甘肃飞天种业股份有限公司玉米研究开发中心系甘肃飞天种业股份有限公司的下设机构，其受飞天种业的授权在甘州区进行玉米制种，被告飞天种业明确表示，玉米研发中心在甘州区玉米制种过程中产生的法律后果由其全部承担，实际上玉米研发中心就是被告飞天种业在甘州区玉米制种的委托代理。根据法律法规规定代理人在代理权限内，以被代理人的名义实施民事法律行为，被代理人对代理人的代理，承担民事责任。据此，依据《中华人民共和国合同法》第六条、第八条、第五十二条、第一百零七条、第一百一十四条、《中华人民共和国民法通则》第六十三条二款、《中华人民共和国民事诉讼法》六十四条一款、《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条之规定，判决被告甘肃飞天种业股份有限公司偿付原告崔发年违约金200000元，于判决生效后一月内履行完毕。案件受理费8475元，由原告崔发年负担5085元。被告甘肃飞天种业股份有限公司负担3390元。
宣判后，一审被告飞天种业公司不服，提出上诉称：1、上诉人单位下设的玉米研发中心与被上诉人于2012年3月13日签订《玉米种植合同（草案）》及同月10日补充签订的《玉米制种附加协议》属实，但上述合同及协议应依法认定为无效，因为依据《甘肃省人民政府第39号令》以及张掖市人民政府张政发（2008）58号《张掖市人民政府关于进一步规范种子生产经营秩序，促进种子产业健康发展的意见》和甘州区人民政府甘政办发（2012）48号《张掖市甘州区人民政府关于规范玉米种子生产秩序加强种子经营市场管理问题的通告》的相关规定，被上诉人崔发年不具备签订《玉米种植合同（草案）》的主体资格，且该《玉米制种合同（草案）》的形式和内容也明显不符合上述规定；2、根据本案所涉合同的内容以及合同的履行情况看，上诉人前后给付了崔发年各种劳务费用达407710元，据此可以确定被上诉人崔发年实际上是本案上诉人所雇请的工作人员，其不是玉米制种合同真正的相对方，故此，被上诉人不是本案适格的诉讼主体；3、双方于2012年10月30日签订的《玉米制种合同附加协议》及《种子款余款付款协议》存在胁迫情形。4、上诉人已向被上诉人支付了所有的玉米制种款，并未对被上诉人造成任何经济损失，同时也没有对真正的合同相对方即制种农户造成分文损失。一审法院以上诉人的相关负责人刘忠元未经核实票据向被上诉人崔发年出具的欠条而判令上诉人支付违约金20万元显属错误。请求二审法院依法查明事实，改判驳回被上诉人的诉讼请求。
双方当事人在二审诉讼期间没有向本院提供新证据。
经二审审理查明的事实及证据与一审查明的事实及证据一致，对一审查明的事实及证据，本院予以确认。
本院认为，认定合同是否有效，应当以《中华人民共和国合同法》第五十二条的规定为依据，即：“有下列情形之一的，合同无效：（一）一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；（二）恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；（三）以合法形式掩盖非法目的；（四）损害社会公共利益；（五）违反法律、行政法规的强制性规定”。本案中，因上诉人单位下设的玉米研发中心与被上诉人所签合同及附加协议，并不存在上述情形之一，故双方所签的合同及附加协议是合法有效的。上诉人虽列举了被上诉人的行为存在有违甘肃省人民政府政府令及张掖市人民政府及张掖市甘州区人民政府的相关《意见》及《通告》精神，但上述政府令及政府的《意见》及《通告》都是为了规范制种玉米产业的管理性规范，并非禁止性规范，也不属我国法律、行政法规的范畴，且被上诉人的行为，《中华人民共和国种子法》也未明确予以禁止，故对上诉人关于双方所签合同及附加协议无效的上诉理由，本院不予采信。对上诉人提出的双方所签《玉米制种合同附加协议》及《种子款余款付款协议》存在胁迫情形的上诉理由，因无证据证实，本院亦不予采信，应由上诉人承担举证不能的法律后果。关于上诉人主张被上诉人崔发年实际是上诉人所雇请的工作人员，其不是玉米制种合同真正的相对方，因此，被上诉人不是本案适格的诉讼主体的上诉理由，本院认为，本案中，不论从双方所签订的《玉米制种合同（草签）》及《玉米制种附加协议》来看，还是从双方所达成的《种子余款付款协议》来看，合同（协议）的相对方均为被上诉人崔发年与上诉人单位下设的玉米研发中心，也就是说，产生合同民事法律关系的双方主体为被上诉人崔发年与上诉人单位下设的玉米研发中心。上诉人对玉米研发中心的行为予以授权，并愿意承担相应的法律责任。现双方因合同的履行产生争议，作为合同的相对方，被上诉人崔发年与本案有直接的利害关系，故崔发年作为本案的原告，主体适格。故对上诉人关于被上诉人崔发年不是本案适格诉讼主体的上诉理由，本院不予支持。关于上诉人主张自己不应承担违约责任的问题，本院认为，合同是平等主体的自然人、法人、其他组织之间设立、变更、终止民事权利义务关系的协议。本案中，被上诉人与上诉人单位下设的玉米研发中心于2012年3月10日、同年3月13日签订《玉米制种附加协议》和《玉米制种合同（草签）》后，又于同年10月30日签订《玉米制种附加协议》一份和结算单一份，后经协商，又于2013年1月10日签订《种子余款付款协议》一份，2013年1月30日书写的174万元的欠条一张，该《种子余款付款协议》及欠条是双方经协商对原协议的终止或变更，应是双方真实意思的表示，双方均应当履行。因上诉人未能依约定的时间付清制种玉米款，其行为已构成违约，其应当承担违约责任。根据双方在2013年1月10日达成的《种子余款付款协议》中约定的付款时间，上诉人逾期1天付款，未及时付款的金额为104万元，该协议中约定“如有违约，则按原结算协议执行”，而双方在2012年10月30日形成的结算清单中对违约责任承担并未涉及，同日签订的《玉米制种附加协议》中虽有“如甲方不能按时支付种子款，向乙方承担伍拾万元的违约金”的约定，但同时该协议中明确约定“待收购单据核对无异议后，双方按照票面实际数据进行核算，核算无误后签订种子款结算协议，作为种子款结算的依据”，因此，在“结算协议”约定不明以及双方对违约责任承担存有异议的情况下，本院依据双方均认可的2012年3月10日、同年3月13日签订的《玉米制种附加协议》和《玉米制种合同（草签）》中关于违约责任承担条款“双方无论哪方不履行或者履行不彻底合同某一条都视为违约，违约一方向对方赔偿总产值（亩产值按2400元计）5‰的违约金”的约定，计算上诉人应承担的违约金。一审法院以欠条数额来认定上诉人应支付的违约金与事实及法律不符，本院依法予以纠正。综上，一审法院认定的部分事实错误，应予改判。本院依据《中华人民共和国合同法》第六条、第八条、第一百零七条、第一百一十四条、《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款（二）项、第一百七十五条之规定，判决如下：
一、撤销张掖市甘州区人民法院（2014）甘民初字第2576号民事判决；
二、上诉人甘肃飞天种业股份有限公司偿付被上诉人崔发年违约金41948元，于判决生效后十日内履行完毕。
一审案件受理费8475元，由上诉人甘肃飞天种业股份有限公司承担711元，被上诉人崔发年承担7764元。
二审案件受理费8475元，由上诉人甘肃飞天种业股份有限公司承担711元，被上诉人崔发年承担7764元。
本判决为终审判决。
审判长 安凤梅
审判员 白登山
审判员 胡宏睿
二〇一五年四月三十日
书记员 尹建兵
附：本案所适用的法律条文
《中华人民共和国合同法》
第六条当事人行使权利、履行义务应当遵循诚实信用原则。
第八条依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。依法成立的合同，受法律保护。
第一百零七条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
第一百一十四条当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
《中华人民共和国民事诉讼法》
第一百七十条第二审人民法院对上诉案件，经过审理，按照下列情形，分别处理：
（一）原判决、裁定认定事实清楚，适用法律正确的，以判决、裁定方式驳回上诉，维持原判决、裁定；
（二）原判决、裁定认定事实错误或者适用法律错误的，以判决、裁定方式依法改判、撤销或者变更；
（三）原判决认定基本事实不清的，裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审，或者查清事实后改判。
（四）原判决遗漏当事人或者违法缺席判决等严重违反法定程序的，裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审。
原审人民法院对发回重审的案件作出判决后，当事人提起上诉的，第二审人民法院不得再次发回重审。
第一百七十五条第二审人民法院的判决、裁定，是终审的判决、裁定。