天津市第二中级人民法院
民 事 判 决 书
（2013）二中民四初字第64号
原告天津亚平市政工程集团有限公司，住所地天津市跃进路西侧金钟产业园区内1排1号。
法定代表人高洪举，总经理。
委托代理人李文欣，天津嘉德恒时律师事务所律师。
委托代理人刘扬，天津嘉德恒时律师事务所律师。
被告天津市宁河县兴宁建设投资集团有限公司，住所地天津市宁河县芦台镇光明路62号。
法定代表人王雷，董事长。
委托代理人崔晓筝，北京康达（天津）律师事务所律师。
原告天津亚平市政工程集团有限公司与被告天津市宁河县兴宁建设投资集团有限公司建设工程施工合同纠纷一案，原告于2013年11月5日向本院起诉，本院依法组成合议庭，于2014年3月7日公开开庭进行了审理。原告天津亚平市政工程集团有限公司的委托代理人李文欣、刘扬，被告天津市宁河县兴宁建设投资集团有限公司的委托代理人崔晓筝到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
原告天津亚平市政工程集团有限公司（简称亚平公司）诉称，2010年10月9日，原、被告签订《天津市建设工程施工合同》，合同约定原告承建被告开发的宁河现代产业主干路四（田辛段）基础设施工程（一标段），合同价款11952858元。合同签订后，原告依约进行施工，现工程已竣工验收合格。由于施工过程中涉及工程量的增项和变更，该工程最终确认造价为4855662元，被告未能按照合同约定向原告支付工程款。现原告起诉要求：1、依法判令被告向原告支付工程欠款4855662元，利息534292.28元，违约金3471109.96元，利息及违约金计算至2013年10月31日；2、诉讼费由被告承担。
原告为证明其主张提供以下证据：
证据一：《天津市建设工程施工合同》，证明双方在合同中约定了给付工程预付款和工程总款额的时间和比例，约定了违约赔偿方式。
证据二：工程开工报告，证明涉案工程实际开工日期为2010年11月30日，被告应该于2010年11月24日前给付工程预付款。
证据三：竣工验收证书，证明涉案工程2011年12月21日竣工验收合格，被告应于2011年12月21日支付工程总款。
被告天津市宁河县兴宁建设投资集团有限公司（简称兴宁公司）辩称，原、被告于2010年11月8日签订了《合同协议书》（简称《协议书》），对付款方式做了变更，即到2013年12月21日前应付工程款50%，剩余工程款2014年12月21日前付清，到目前为止其仅欠付工程款的50%。依据天津众诚建设工程咨询有限公司出具的《审核报告书》，工程审核造价为4689999元，被告仅应支付2345000万元。关于原告利息的主张，因无论《天津市建设工程施工合同》还是《协议书》，都以“专用条款”变更了“通用条款”第33.3条的约定，即双方对利息没有约定，原告主张利息没有依据。关于原告违约金的主张，应以4689999元为基数计算，因《审核报告书》作出的时间是2014年1月13日，应以此作为计算违约金的开始时间。
被告针对其抗辩意见提供以下证据：
证据一：《协议书》，证明双方履行的是《协议书》，《协议书》对付款方式进行了重新约定。
证据二：《情况说明》，证明原被告正在配合天津众诚建设工程咨询有限公司进行工程造价审核。
证据三：《审核报告书》，证明涉案工程审核造价为4689999元。
被告对原告提供的三份证据没有异议，仅对证据一《天津市建设工程施工合同》的证明目的有异议，认为应该以《协议书》约定的付款时间为准。
原告对被告提供的三份证据的真实性没有异议，但认为证据一《协议书》约定的付款方式是对《天津市建设工程施工合同》内容的实质性变更，且该《协议书》没有经过备案，不发生法律效力。
本院对双方当事人提交的证据审查后认为，双方当事人对对方提交的证据的真实性均无异议，上述证据来源合法，与本案具有关联性，本院对上述证据予以确认。
本院经审理查明，2010年10月9日天津市亚平市政工程有限公司（现更名为亚平公司）与兴宁公司签订《天津市建设工程施工合同》，该合同经天津市宁河县建设工程合同管理办公室备案。合同约定由亚平公司承建兴宁公司发包的宁河现代产业主干路四（田辛段）等基础设施工程（一标段），开工日期2010年9月30日，竣工日期2011年4月15日。合同采用固定价格11952858元。付款方式为合同签订后开工前7日内，预付合同总造价款的10%，工程进度款按工程实际完成进度每月支付一次，每月拨付金额，以甲乙双方确认的乙方实际完成工程量清单为依据，拨付不少于80%的工程款。实行每月支付，每季结算拨付方式，工程竣工验收合格后实行工程价款总结算。预留工程总价的3%作为质保金，待所有工程维修期满后一年内全部付清。合同约定道路工程和排水工程质量保修期为1年，自工程竣工验收合格之日起计算。发包人每拖延一天支付预付款或进度款或结算款，发包人承担合同总价款万分之三的违约金。承包人每拖延一天工期，承包人承担合同总价款万分之三的违约金。2010年11月8日，双方又签订《协议书》，《协议书》专用条款第26条对工程款（进度款）支付约定为自工程竣工验收合格后，一年内付至合同总造价的20%，第二年内付合同总造价的30%，第三年内付合同总造价的50%（其中3%作为质量保证金），质保期满后，发包人向承包人一次性付清（无利息）。该《协议书》未经建设主管部门备案。
2010年11月30日，涉案工程实际开工。
2011年12月21日，涉案工程竣工验收合格。
2014年1月13日，天津众诚建设工程咨询有限公司对涉案工程出具《审核报告书》，工程审核造价为4689999元。
本院审理期间，原告认可涉案工程的工程造价以被告提交的《审核报告书》为依据，即4689999元。故庭审中原告变更第一项诉讼请求为：1、判令被告向原告支付工程欠款4689999元，逾期付款利息546306.23元，拖延付款的违约金1501268.67元，共计6737573.90元，利息及违约金均计算至2013年10月31日。后原告提交书面变更诉讼请求申请书，申请放弃违约金的诉请。
本院认为，原、被告双方签订的《天津市建设工程施工合同》是当事人真实意思表示，并经建设主管部门备案，该合同合法有效。原、被告双方签订的《协议书》虽未经建设主管部门备案，但有双方当事人的签字盖章，亦是双方当事人的真实意思表示。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条的规定，当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程款的根据。经审查，双方签订的《协议书》的付款方式为施工方先行垫资，而《天津市建设工程施工合同》中约定的付款方式是按照工程进度付款，本院认为《协议书》约定的付款方式完全改变了《天津市建设工程施工合同》约定的付款方式，属于实质内容的重大变更。依据上述法律规定，本案应当以备案合同作为结算工程价款的依据。因此，被告主张按照《协议书》约定的付款时间，其只欠付50%的工程款，其余工程款未到支付时间的抗辩理由，本院不予支持。根据本案查明的事实，被告未按照双方《天津市建设工程施工合同》约定，按期支付工程预付款和工程款，现原告主张被告予以支付，符合法律规定，本院予以支持。
关于被告应支付的工程款数额，现双方对工程造价为4689999元没有争议，被告应予以支付。关于原告主张的逾期支付预付款及进度款的利息一节，根据原、被告双方之间的《天津市建设工程施工合同》第35条约定，即发包人每拖延一天支付预付款或进度款或结算款，发包人承担合同总价款万分之三的违约金，该约定是双方就发包人违约应承担的违约责任进行的具体约定，根据该约定可以认定双方就发包人的违约行为约定了违约金的计算方式和标准，即以合同总价款为基数，以日万分之三为标准计算。根据《中华人民共和国合同法》第一百一十四条规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。本案双方当事人选择在合同中约定了违约金的计算方法，不违反法律规定。根据本案查明的事实，被告未能依据双方合同约定的付款时间支付工程款，被告存在违约行为，原告有权依照双方合同约定要求被告支付违约金。现原告在庭审后变更诉讼请求，要求被告支付以实际工程造价为计算依据，以中国人民银行同期同类贷款利率为标准的利息损失。根据本案查明的事实，涉案工程造价实际为4689999元，低于合同约定总造价11952858元，且中国人民银行同期同类贷款利率均低于双方约定的日万分之三的计算标准，因此，原告主张以实际工程造价为依据，以中国人民银行同期同类贷款利率为标准计算利息损失，系其自愿放弃相关权利，本院予以尊重。
综上所述，被告应支付原告工程款4689999元及逾期付款利息。关于利息的计算应依照双方《天津市建设工程施工合同》约定的付款时间及付款比例分段计算，即以4689999元的10%即468999.9元为基数，以中国人民银行同期同类贷款利率为标准，自2010年11月24日起至2011年12月20日止计算；以4689999元的97%即4549299.03元为基数，以中国人民银行同期同类贷款利率为标准，自2011年12月21日起至2013年10月31日止计算。
综上，依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条、第一百零九条、第一百一十四条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条、第十八条、第二十一条，《中华人民共和国民事诉讼法》第十三条之规定，判决如下：
一、被告天津市宁河县兴宁建设投资集团有限公司于本判决生效后十五日内支付原告天津亚平市政工程集团有限公司工程欠款4689999元；
二、被告天津市宁河县兴宁建设投资集团有限公司于本判决生效后十五日内支付原告天津亚平市政工程集团有限公司以4689999元的10%即468999.9元为基数，以中国人民银行同期同类贷款利率为标准，自2010年11月24日起至2011年12月20日止计算；以4689999元的97%即4549299.03元为基数，以中国人民银行同期同类贷款利率为标准，自2011年12月21日起至2013年10月31日止计算的利息；
三、驳回原告天津亚平市政工程集团有限公司其他诉讼请求。
上述给付事项如未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费73827元，由被告天津市宁河县兴宁建设投资集团有限公司承担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于天津市高级人民法院。
审 判 长 张艳军
审 判 员 王 新
人民陪审员 王宪立
二〇一四年四月二日
书 记 员 庞 艺
速 录 员 周晓琳