新疆维吾尔自治区高级人民法院
民 事 判 决 书
（2016）新民终2号
上诉人（原审原告、反诉被告）:库车青松水泥有限责任公司。住所地新疆维吾尔自治区库车县伊西哈拉镇夏马力巴克村。
法定代表人：宁沉浮，该公司董事长。
委托代理人：姜凌，新疆疆南律师事务所律师。
委托代理人:张盛春，北京盈科（乌鲁木齐市）律师事务所律师。
上诉人（原审被告、反诉原告）：新疆苏建建工股份有限公司。住所地新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市五光城东三巷**号。
法定代表人:孙伟君，该公司总经理。
委托代理人:马榕，新疆鼎信旭业律师事务所律师。
上诉人库车青松水泥有限责任公司（以下称青松水泥公司）与上诉人新疆苏建建工股份有限公司（以下称苏建建工公司）建设工程施工合同纠纷一案，不服阿克苏地区中级人民法院（2014）阿中民一初字第29号民事判决，向本院提起上诉。本院依法组成合议庭，公开开庭审理了本案。上诉人青松水泥公司的委托代理人姜凌、张盛春，上诉人苏建建工公司的法定代表人孙伟君及其委托代理人马榕到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
一审法院经审理查明，2010年10月，新疆鑫源轩建设工程有限公司（现变更名称为：苏建建工公司）与山东兴润建设有限公司通过联合体投标，招标取得青松水泥公司300万吨/年新型生产线改扩建工程建设项目。招标文件载明：1、承包方式，中标价包干，其余按包工包料承包；投标报价方式：按2008年12月1日发布的建设施工量清单计价规范规定；2、投标人资质等级：房屋建筑工程施工总承包三级以上（含三级），建造师证二级（含二级）以上。
2010年10月29日，苏建建工公司与山东兴润建设有限公司签订的联合体协议书。协议约定：苏建建工公司与山东兴润建设有限公司经协商，自愿组成联合体，参加青松水泥公司年产300万吨新型干法水泥生产线改扩建工程建设项目的投标；苏建建工公司具备房屋建筑工程施工总承包三级资质；山东兴润建设有限公司具备房屋建筑工程施工总承包二级资质。
2010年11月20日，青松水泥公司向中标单位苏建建工公司发出中标通知书，中标通知书中明确中标工程范围：窑头、窑中、窑尾、窑尾塔架、生料均化、生料制备、原料调配、煤粉制备、空压机房；中标工程价格：3000万元。
2010年11月20日，青松水泥公司与苏建建工公司签订建设工程施工合同，合同约定的工程内容与招标文件中的工程范围一致。合同约定：五、合同价款3000万元，以实际工程量结算；六、组成合同的文件包括，1、本合同协议书；2、中标通知书；3、标准、规范及有关技术文件；4、施工图纸；5.2发包人派驻的工程师朱耀忠。代表业主行使职权。23、合同价款采用可调价格合同，合同价款调整方法：设计变更和甲方签证，价差的调整执行新建标【2008】4号文。单价按松鹤建筑安装有限责任公司商务标分部分项工程量清单计价标准综合单价及青松水泥公司年产300万吨新型干法水泥生产线改扩建工程1266-1267标段不分价格价目表价格计算，取费标准按相应工程类别标准全取费。工程量未计入部分以及施工甲方签字一并进入决算。24、工程预付款：在合同签订后5日内，发包方向承包方支付工程预付款。预付款支付的比例或金额：工程计划投资额的30%。2010年12月30日，青松水泥公司首次向苏建建工公司付款150万元。
合同签订后，苏建建工公司按照合同约定进行施工。苏建建工公司的请款单反映：至2011年1月4日，苏建建工公司完成：1、生料均化库+0.00部位钢筋已完成，砼浇筑-2.2米。（库壁）柱砼浇筑-0.8米位置；2、原料调配库已完成基础砼浇筑；3、窑中、窑头废气处理土方已开挖完成。
经双方当事人当庭质证，对青松水泥公司出具的工程款明细表中扣除苏建建工公司不认可的第21笔16000元、第24笔100000元、第30笔109525元、第32笔8600元、第35笔15800元、第36笔108319元、第37笔中的260000元，合计618244元，青松水泥公司实际陆续支付苏建建工公司工程款26511910.54元。至2011年6月就工程进度情况双方当事人达成补充合同纪要。合同双方因工期、支付工程进度款产生矛盾，工人工资未能按时发放等原因导致工人罢工。2011年7月14日，苏建建工公司停止施工。双方矛盾激化，2011年9月21日经库车县人民政府信访局主持下，青松水泥公司与苏建建工公司达成协议：以现场昆仑监理项目部出具的竣完工单及现场实际工作量为准，由甲乙双方协商后共同委托指定新疆鸿联工程造价咨询有限公司（下称鸿联公司）对苏建建工公司的窑头、窑中、窑尾塔架、生料均化库、原料调配库、高温风机基础等进行造价核算。鸿联公司于2011年10月12日向库车县人民政府出具证明，证明苏建建工公司承建青松水泥公司的窑头、窑中、窑尾塔架、生料均化库、原料调配库、高温风机基础项目审计金额为37168425.56元。次日，鸿联公司做出新鸿工价字【2011】B-1013号报告（以下称1013报告），审定工程造价为37168425.56元。同年11月1日，鸿联工程公司做出新鸿工价字【2011】B-1014号报告（以下称1014报告），审定工程造价为19986220.75元。2014年9月9日，鸿联公司出具审计报告说明，认为2011年10月27日，在库车县人民政府组织召开协调会，鉴定机构有部分工程未完成，施工至2011年7月14日止，1013报告依据的工程量与实际施工不符，按照清单计价上按工程类别取费，清单综合单价已包含管理费和利润，1013号报告出现重复取费（管理费、利润重复计取），施工单位未按图纸完成所有工程量，1013号报告审定造价偏高。2011年11月1日，鸿联公司出具1014号报告，审定苏建建工公司施工部分工程造价为19986220.75元。本案庭审期间，青松水泥公司提交通知鉴定机构鉴定人员到庭作证申请，经鸿联公司鉴定人陈跃宏、陈瑛到庭接受质询，证实出具1013号鉴定报告的鉴定人王兴华已退休，李梅已辞职，陈瑛在2011年11月12日前已经在鸿联公司任职，1014号报告根据甲方、监理单位、咨询单位三方参与作出。
后青松水泥公司自行组织完成施工，现工程经验收已交付使用。
一审法院认为，依法成立的合同，对当事人具有法律的约束力，签订合同的双方当事人应当按照合同约定诚实信用履行合同，本案青松水泥公司与苏建建工公司签订300万吨/年新型干法水泥生产线改扩建工程项目建设工程施工合同后，本应依约履行合同权利义务，青松水泥公司应当按约在合同签订5日内付合同总价即3000万元30%的工程进度款，至2010年12月30日，青松水泥公司首次向苏建公司付款150万元，青松水泥公司未能按照合同约定支付工程款，合同约定应当在60个日历天内完工，苏建建工公司也未能在合同约定的期限内完工，双方当事人在履行合同过程中均存在违约行为，对双方当事人主张对方承担违约责任的诉讼请求均不予支持。因双方不能按约履行合同义务，致使合同最终未能全部履行，为此，双方主张的因违约造成的损失不予支持。纠纷发生后，双方当事人对完成工程量问题产生争议，在库车县信访局主持下，双方当事人委托鸿联公司于2011年10月13日做出1013号报告，审定工程造价为37168425.56元。该审价报告是在信访部门主持下，双方当事人共同选定的审价机构经现场核实、监理人员确认后形成。虽然鉴定机构主张1014号报告是根据甲方、监理单位、委托单位三方确定的工作量而完成，1013号、1014号报告是基于同一次委托而出具，鉴定人员认可其出具1014号报告的正确性。但2011年10月27日的协调会议笔录不能反映出库车县信访局组织当事人双方再次进行审价,1014号报告形成期间没有证据证实库车县信访局参与，鉴定机构到庭亦未能对比1013号、1014号报告差距做出合理说明。1014号报告中的鉴定人陈瑛在出具报告时尚未在鸿联公司登记备案，基于1014号报告存在诸多问题，仅有工程甲方参与而形成的1014号报告不能作为定案的证据。
在双方当事人均坚持不再委托鉴定的情况下，原审法院对1013号报告的效力予以确认，确认本案苏建建工公司已完工程造价为37168425.56元，扣除双方当事人当庭质证后确认的青松水泥公司已付款26511910.54元，青松水泥公司应当给付苏建建工公司工程款10656515.02元。据此事实，对青松水泥公司主张超付工程款、开具工程款费发票的诉讼请求，不予支持。对苏建建工公司主张工程款超额部分不予支持。
2011年9月22日库车县信访局主持下达成的协议约定造价核算的委托费用由苏建建工公司承担。依据此事实，苏建建工公司主张青松水泥公司支付审价费的诉讼请求，不予支持。苏建建工公司主张青松水泥公司支付钢材款、返还未出场租赁物资的诉讼请求，其提交的证据不能证实其诉讼主张，该诉讼请求不予支持，苏建建工公司主张青松水泥公司返还保证金10万元，对其中的5万元综合治理保证金，青松水泥公司亦当庭予以认可，对苏建建工公司主张的5万元综合治理保证金予以认定。对5万元施工资料保证金，待双方施工资料交付完毕后再行处理，对苏建建工公司主张5万元施工资料保证金不予支持。遂判决：一、青松水泥公司给付苏建建工公司工程款10656515.02元；二、青松水泥公司给付被告苏建建工公司综合治理保证金50000元。前述二项，合计金额10706515.02元，青松水泥公司自本判决生效之日起十日内付清；三、驳回青松水泥公司的全部诉讼请求。四、驳回苏建建工公司的其他诉讼请求。
青松水泥公司上诉称：一、1013号报告结论错误，违背本案基本事实，1014号报告应作为定案依据。其理由是：（一）1013号报告依据不足。一是鉴定机构已通过出具证明、鉴定人出庭质证等方式，证明1013号报告是一份错误的审价报告。二是报告依据的全部材料，均为苏建建工公司提供，该材料中伪造的答疑表导致鉴定机构使用错误的计价方式重复取费，且对提供的材料未与青松水泥公司、监理方或信访局进行沟通；三是工程量未经核实。该报告根据图纸标注的全部工程量进行审价错误。（二）1014号报告应当作为本案定案依据。一是该报告符合协议书的约定。二是做出的报告委托双方及信访局均知情；三是审价工程师对施工现场进行勘察，与监理方进行交流，准确认定了工程量；四是接受双方提供的材料，在工程资料齐备的情况下做出的鉴定；五是两份报告都由审价工程师陈瑛参与做出的，一审以其未在鸿联公司登记备案为由排除1014号报告使用，是不公平的;二、青松水泥公司已付款26511910.54元认定错误。除了双方确认的款项，青松水泥公司已向法庭提交了全部财物交付款凭证，我方已付27130154.54元；三、苏建建工公司应当开具全部工程款发票；四、一审法院认定青松水泥公司存在未按约定支付工程款的违约行为是错误的。青松水泥公司除了向苏建建工公司首付150万元现金外，并承担了提供建筑主材钢筋和混凝土的义务，现金和提供主材均是付款方式；五、本案中，苏建建工公司存在严重违约行为。（1）刻制假公章，伪造假的乌鲁木齐商业银行保函；（2）没有施工能力，管理不到位，导致工期严重延误，严重影响了工程的后续施工及青松水泥公司的按期投产，致使青松水泥公司遭受了巨额损失；（3）在签订协议及工程审价过程中弄虚作假，苏建建工公司制作假材料、假证据的行为贯穿始终。故请求二审法院查明事实，依法改判。
苏建建工公司上诉并答辩称：一、已付工程款数额认定错误。庭审中，双方对已付工程款进行核算，青松水泥公司累计已付工程款为25342544.34元，青松水泥公司未就其主张提供证据，导致工程款少计算1169366.2元；二、涉案工程在施工过程中，青松水泥公司未按约定支付工程款先行违约，应当承担违约责任。2011年6月2日，为了明确未完工工程范围及完工日期，双方签订了一份《补充合同纪要》约定”双方必须遵守补充合同及原合同之约定，如因甲方原因所造成的损失及责任由违约方承担并支付原合同价款20%的违约责任”。涉案工程经工程造价鉴定，其总造价为37168425.56元。违约金应为7433685.1元，苏建建工公司仅主张600万元；三、青松水泥公司应给付钢材款457345.53元，返还施工资料保证金50000元，返还未出场租赁物资即钢架管价值490638.72元、扣件价值112032元、钢模板价值347220元或者赔偿经济损失949890.72元，支付审价费195842元。1.一审中，苏建建工公司提交证据明确载明了上述钢材由青松水泥公司调拨用于其他工程中，并有监理公司监理以及其派驻工地的工程师朱耀忠签字予以确认；2.涉案已经过四年仍在诉讼阶段，工程资料保证金应当在本案中一并得到解决，原审判决以”待双方施工材料交付完毕后再行处理”为由不予支持，于法无据；3.青松水泥公司返还未出场租赁物或者赔偿经济损失949890.72元事实清楚，应予支持。苏建建工公司所租赁的建筑设备，由于青松水泥公司未按时给付工程款，非法扣留，也未办理出场手续，故应当返还价值949890.72元的建筑设备材料或者赔偿等值的损失。4.涉案工程的审价费195842元应由青松水泥公司承担;5.1014号报告系青松水泥公司单方委托，该报告的委托、现场统计工程量、提供资料、出具结论均未告知苏建建工公司。库车县信访局出具证明1013号报告是三方共同委托，之后再未委托鉴定的事实。该报告制作出具时，陈瑛系新疆志远诚信建设项目管理有限公司的注册造价员，违反了《全国建设工程造价员管理办法》不得同时在两个或两个以上单位从业的禁止性规定。故请求二审法院查明事实，依法改判。
青松水泥公司答辩称：一、关于已付款的认定问题。一审庭审中，苏建建工公司对已付款25342544.34元的认可只是一个笼统的数字，没有列明相应项目，但对于不认可的项目在庭审中做出了明确陈述。二、关于苏建建工公司违约的问题。1.苏建建工公司交纳履约保证金为先履行义务。支付工程预付款为后履行义务。苏建建工公司未交纳履约保证金，违约责任不在青松水泥公司；2.补充合同纪要手写部分是苏建建工公司单方添加上去的，不产生法律效力；3.苏建建工公司未按期完工，存在违约行为。三、关于苏建建工公司主张的损失赔偿问题。1.关于租赁设备的损失。2012年1月17日，双方签订了最后一份代付款协议。青松水泥公司代付之后，苏建建工公司全部撤场，并拉走了数车物资，苏建建工公司称留存在厂内的物资不属实。2.协议约定，鉴定费用由苏建建工公司承担。
二审经审理查明，一审庭审过程中，青松水泥公司向一审法院提出对苏建建工公司出示的《补充合同纪要》手写部分与印章的形成时间进行鉴定，但未提交书面鉴定申请及缴纳鉴定费用。
另查明，1013号报告和1014号报告的编制人为李梅和王新华。
二审查明的其他事实与一审查明的事实一致。
本院认为，本案争议焦点为：一、本案工程造价定案依据；二、已付工程款的认定；三、违约责任的认定；四、苏建建工公司应否开具工程款发票；五、青松水泥公司应否返还钢材款、施工资料保证金、赔偿未出场租赁物资费用及鉴定费。
一、关于本案工程造价定案依据的问题。涉案的1013号报告和1014号报告，均由鸿联公司出具，其依据是双方当事人在库车县信访局见证下所达成的《协议》。该协议系双方协议解除合同后，对工程造价结算方法、鉴定机构的选定、工程量计量、计价依据和标准等结算事项作出的约定，是双方真实意思表示，不违反法律法规强制性规定，属有效协议。青松水泥公司否认1013号报告作为定案依据的理由：1、1013号报告认定工程量错误。本院认为，1013号报告在情况说明中，明确记载现场核实、工程量确认过程和现场参与人员，与后附的现场照片相互印证，其真实性、关联性应予确认。青松水泥公司称1014号报告系对1013号报告的修正，但对修正的依据和修正后的差异，未提交任何有效证据佐证以及鉴定人员在接受质询时未作出合理说明，本院不予采纳；2、苏建建工公司提交的合同附件中《答疑》能否作为鉴定依据。本院认为，合同附件作为合同的一部分，和主合同具有同等的法律地位。从苏建建工公司提交的合同原件看，《答疑》附于合同之后，并加盖青松水泥公司的骑缝章。青松水泥公司亦未提出相反证据予以反驳。因此，鉴定机构将《答疑》作为鉴定依据并无不当。3、1014号报告认定的问题。青松水泥公司认为，1014号报告均由审价工程师陈瑛参与做出，但对于陈瑛的身份苏建建工公司提出异议。经查，1013号和1014号报告编制人一项中，均无陈瑛的签字和盖章，青松水泥公司亦无证据证明陈瑛在出具报告时在鸿联公司登记备案并在该公司执业。因此，青松水泥公司申请陈瑛出庭作证证明1014号报告的证明效力，该证人证言本院难以采信。综上分析，根据最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第七十三条”双方当事人对同一事实分别举出相反的证据，但都没有足够的依据否定对方证据的，人民法院应当结合案件情况，判断一方提供证据的证明力是否明显大于另一方提供证据的证明力，并对证明力较大的证据予以确认”之规定，苏建建工公司所提交的1013号报告的证明力明显大于青松水泥公司1014号报告。经原审法院释明，双方当事人仍拒绝申请重新鉴定，故原审以1013号报告为定案依据，并无不当。二审期间，青松水泥公司提出鉴定申请，本院不予受理。青松水泥公司提出调取涉案工程全部工程监理资料，以证明鸿联公司在做出1013号报告时，未向该工程监理单位及现场监理黄金升核实实际施工情况，也未调取该工程的监理日志等工程监理资料。本院认为，根据《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第九十五条”当事人申请调查收集的证据，与待证事实无关联、对证明待证事实无意义或者其他无调查收集必要的，人民法院不予准许。”之规定，本院确认1013号报告为本案定案依据，已无必要调取该证据，且青松水泥公司作为发包人，可自行调取工程监理资料。故该调取证据申请，本院予以驳回。
二、关于已付款认定的问题。青松水泥公司对原审根据其提供的《库车青松水泥有限责任公司支付新疆鑫源轩建设工程有限公司工程款明细表汇总表》认定第21笔16000元、第24笔100000元、第30笔109525元、第33笔8600元（原审笔误为第32笔）、第35笔15800元、第36笔108319元，未计入已付款，苏建建工公司对第26笔11930元、第27笔62972元、第29笔1007906.2元、第37笔1310000元、第40笔81840元、第41笔26040元应计入已付款分别提出异议。由于双方当事人在二审期间就已付款未提出新的事实与理由，经本院组织双方当事人再次对帐，对原审认定第21、24、30、33、36、27、29、37、40、41笔正确，本院予以确认。青松水泥公司提出第35笔15800元系支付预留洞水钻处理劳务费及材料费（王全欣）。双方在窑中1#、2#、3#墩工程交接记录中，监理单位意见为：”预留洞尺寸偏差过大，需整改后交安装。”因此，青松水泥公司对苏建建工公司施工不符合质量要求部分，支付的整改费用，苏建建工公司应予承担。苏建建工公司提出第26笔11930元系青松水泥公司代扣散工人员工资（亚星）。该笔费用发生在苏建建工公司施工期间，其工程联系单中无苏建建工公司签字认可，故该费用不应计入已付工程款。综上，本案青松水泥公司已支付工程款应为26515780.54元（26511910.54元+15800元-11930元）。青松水泥公司欠付工程款为10652645.02元（37168425.56元-26515780.54元）。
三、关于违约责任认定的问题。在合同履行期间，双方签订《补充合同纪要》后，在库车县信访局见证下签订《协议》，就工程进度和支付工程进度款以及工程结算和支付工程款等事项达成一致，应属合法有效。双方应当遵循诚实信用原则，严格履行。1、关于青松水泥公司违约责任认定问题。苏建建工公司上诉称，青松水泥公司未按合同约定支付工程预付款和工程款，已构成违约。本院认为，青松水泥公司虽未按合同约定支付预付款，但在合同履行期间，苏建建工公司未提出证据证明其向青松水泥公司催告或通知支付预付款，仍继续组织施工，亦未在后期签订《补充合同纪要》时，提及预付款事项，应视为双方就工程预付款的约定在合同履行期间进行了变更。故苏建建工公司主张青松水泥公司未支付工程预付款的违约责任，本院不予支持。《协议》约定”双方对工程造价核算数额双方均认可无任何异议，青松水泥公司并按此工程造价金额给苏建建工公司支付所剩余的款项，双方按原合同及补充协议进行违约金责任处罚并一次性付清。...工程造价出具后甲乙双方如有异议或争议，按法律程序与咨询公司协商解决与其他一方无关并不影响向乙方支付款项。...”依该约定，鉴定机构作出工程造价数额后，青松水泥公司应支付剩余工程款，否则构成违约。1013号报告作出后，青松水泥公司未按上述约定支付剩余工程款属违约，应当承担违约责任。根据《补充合同纪要》第8条”双方必须遵守补充合同约定及原合同之规定，如因甲方原因所造成的损失及责任由违约方承担并支付20%违约金（原合同价款）”的约定，苏建建工公司主张青松水泥公司构成违约并支付违约金的请求，本院予以支持。一审期间，青松水泥公司对上述第8条款提出异议，认为该条款为签字盖章后手写加入，请求对此进行鉴定，但青松水泥公司未向原审法院提交书面鉴定申请及缴纳鉴定费用。二审期间，青松水泥公司亦未提交任何证据予以反驳。故对该争议部分的真实性，本院予以确认。2、关于违约金数额认定的问题。苏建建工公司按《协议》和《补充合同纪要》约定主张违约金600万元。一审期间，经原审法院释明，青松水泥公司认为违约金过高，请求予以减少。本院认为，《中华人民共和国合同法》中的违约金具有补偿和惩罚双重性质，并且以赔偿非违约方之损失为主要功能。依照《中华人民共和国合同法》第一百一十四条第二款”约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或仲裁机构予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或仲裁机构予以适当减少”之规定，违约金数额除按照双方之约定外，还应当以实际损失为基础，兼顾公平、诚信原则予以衡量。苏建建工公司除因青松水泥公司未及时支付工程款所损失的利息以外，亦无证据证明其他损失。因此，本院根据双方合同约定及违约金之性质确定，青松水泥公司在欠付工程款范围内，自应当支付工程款之日起（1013号报告出具之日）即2011年10月13日至2016年2月26日止（本案二审辩论终结），按中国人民银行发布同期同类贷款利率的130%认定本案违约金数额为3779845.68元。3、关于苏建建工公司的违约责任认定的问题。青松水泥公司上诉称苏建建工公司具有以下违约行为：（1）刻制假公章，伪造假的乌鲁木齐商业银行保函；（2）没有施工能力，管理不到位，导致工期严重延误，严重影响了工程的后续施工及青松水泥公司的按期投产，致使青松水泥公司遭受了巨额损失；（3）在签订协议及工程审价过程中弄虚作假，苏建建工公司制作假材料、假证据的行为贯穿始终。经查，从施工期间双方形成的工程联系单可知，苏建建工公司已按《补充合同纪要》履行了工程施工义务，部分工程未按期完工的原因系青松水泥公司设计变更和其对外分包的钢筋绑扎施工队施工缓慢所致，未按约定完工的责任不在苏建建工公司。诉讼期间，青松水泥公司亦未提交任何有效证据证明其主张。故青松水泥公司该主张无事实依据。本院不予采信。
四、苏建建工公司应否开具工程款发票的问题。开具工程款发票是建设工程施工合同中承包人应当承担的合同附随义务，因此。苏建建工公司应当按实际收取工程款数额开具等额发票。原审对此认定有误，本院予以纠正。
五、青松水泥公司应否返还钢材款、施工资料保证金、赔偿未出场租赁物资费用及鉴定费。本院认为，施工资料保证金系双方合同中以保障青松水泥公司及时获取施工资料而约定的具有担保性质的保证金。经查明，苏建建工公司确未交付施工资料，因此，该保证金依约不具备返还条件，故原审认定正确，本院予以维持。关于钢材款。从本案查明的事实来看，钢材款均为青松水泥公司代付，苏建建工公司亦无证据证明其支付钢材款的事实，故该主张本院不予支持。关于赔偿未出场租赁物资费用的问题。苏建建工公司主张造成该损失的原因为青松水泥公司的非法扣留和未办理出场手续，但未提交有效证据予以佐证。故本院不予支持。对于鉴定费的问题。根据协议约定，鉴定费用由苏建建工公司承担，对于有争议而产生的重新鉴定的费用应由争议方缴纳。故原审认定由苏建建工公司承担鉴定费用并无不当，本院予以确认。
综上，原审判决认定事实有误，适用法律不当。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（二）项之规定，判决如下：
一、维持阿克苏地区中级人民法院（2014）阿中民一初字第29号民事判决第二项，即”库车青松水泥有限责任公司给付新疆苏建建工股份有限公司综合治理保证金50000元”；
二、变更阿克苏地区中级人民法院（2014）阿中民一初字第29号民事判决第一项，为”库车青松水泥有限责任公司给付新疆苏建建工股份有限公司工程款10652645.02元；”
三、库车青松水泥有限责任公司给付新疆苏建建工股份有限公司违约金3779845.68元；
四、新疆苏建建工股份有限公司向库车青松水泥有限责任公司开具等额发票；
五、驳回库车青松水泥有限责任公司的其他诉讼请求；
六、驳回新疆苏建建工股份有限公司的其他诉讼请求。
以上判项合计给付金额14482490.7元，库车青松水泥有限责任公司自本判决生效之日起十日内一次性付清。
一审案件受理费按一审判决执行。二审案件受理费合计159596.2元（青松水泥公司预交8639.09元，苏建建工公司预交73557.11元），青松水泥公司负担128747.46元，苏建建工公司负担30848.74元。
本判决为终审判决。
审 判 长 戴 昀 杞
代理审判员 古丽比亚霍加买提
代理审判员 孙 万 里
二〇一六年十一月十八日
书 记 员 张 佳