江苏省苏州市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2018）苏05民终741号
上诉人（原审被告、反诉原告）：无锡市苏新冶金机械厂
委托诉讼代理人：黄勤，江苏合展兆丰律师事务所律师。
委托诉讼代理人：曹卫忠，江苏合展兆丰律师事务所律师。
被上诉人（原审原告、反诉被告）：苏州市农业科学院
委托诉讼代理人：朱骏超，江苏剑桥人（苏州）律师事务所律师。
原审被告：钱文良，男，1972年11月9日生，汉族，住江苏省无锡市滨湖区。
原审被告：秦其中，男，1959年3月18日生，汉族，住江苏省无锡市滨湖区。
原审被告：袁志娟，女，1971年10月27日生，汉族，住江苏省无锡市新区。
原审被告：俞学均，男，1955年1月19日生，汉族，住江苏省无锡市新区。
原审被告：唐宏良，男，1970年11月21日生，汉族，住江苏省无锡市新区。
上诉人无锡市苏新冶金机械厂（以下简称苏新冶金厂）因与被上诉人苏州市农业科学院（以下简称农科院），原审被告钱文良、秦其中、袁志娟、俞学均、唐宏良土地租赁合同纠纷一案，不服江苏省苏州市相城区人民法院（2016）苏0507民初3223号民事判决，向本院提起上诉。本院于2018年1月17日立案受理后，依法组成合议庭进行了审理。本案现已审理终结。
苏新冶金厂上诉请求：撤销原判，发回重审或改判支持苏新冶金厂的诉讼请求；一、二审诉讼费用由农科院负担。事实和理由：一、一审程序违法。苏新冶金厂于2016年9月20日向一审法院申请调取涉案土地使用权登记信息，一审法院至2017年8月29日才调取相关信息，证明涉案土地已调整划归无锡市国土局管辖。涉案土地租赁合同纠纷属于不动产专属管辖，故应由无锡市新区人民法院管辖。一审法院明知涉案土地归属仍径行判决，程序违法。二、一审判决认定事实有误。1.苏新冶金厂、农科院于2014年、2015年分别签订的租赁协议第五条第三款均约定：“本合同签订日期前乙方厂房等（见附图）不受此条款限制”。如合同有效，农科院要求苏新冶金厂恢复原状无事实依据；如合同无效，农科院应赔偿苏新冶金厂附图内厂房价值，农科院认为合同到期必须恢复原状亦无事实基础。2.农科院自2016年9月28日起至今停水停电，造成苏新冶金厂停工停产，苏新冶金厂无义务支付停水停电状态下的土地使用费。三、一审法院适用法律有误。涉案土地系基本农田，涉案土地租赁合同因违反《中华人民共和国土地管理法》第三十六条、《中华人民共和国农业法》第十七条强制性规定而无效，农科院明知农田而出租，应承担合同无效的全部过错，赔偿苏新冶金厂的损失。
农科院辩称：一、涉案土地位于苏州市，一审程序正确。二、涉案土地租赁合同有效。苏新冶金厂签订合同时明知合同于2016年6月30日到期，农科院亦于合同到期后起诉。即使合同无效，双方权利义务于租期届满时也履行完毕，苏新冶金厂应恢复原状并支付土地使用费。请求二审法院驳回上诉，维持原判。
钱文良、秦其中、袁志娟、俞学均、唐宏良于二审中未作答辩。
农科院向一审法院起诉请求：1.确认农科院与苏新冶金厂的租赁合同关系终止；2.苏新冶金厂及钱文良、秦其中、袁志娟、俞学均、唐宏良迁出占用的土地，将租赁物恢复原状归还农科院；3.苏新冶金厂自2016年7月1日起按505000元/年承担土地使用费用至涉案土地归还农科院之日止；4.苏新冶金厂及钱文良、秦其中、袁志娟、俞学均、唐宏良负担本案全部诉讼费用。一审审理中，农科院就第3项请求变更为：苏新冶金厂自2016年7月1日起按100500元/年承担土地使用费用至涉案土地归还农科院之日止。
苏新冶金厂向一审法院反诉请求：1.确认苏新冶金厂与农科院分别于2003年12月26日签订的《土地租赁协议》、2014年6月30日签订的《租赁协议》、2015年6月30日签订的《租赁协议》无效；2.农科院赔偿苏新冶金厂在租赁土地上的资产损失6179000元；3.本案诉讼费用由农科院承担。
一审法院认定事实：2003年12月26日，江苏太湖地区农业科学研究所与蒋云虎签订《土地租赁协议书》1份，载明：“无锡市滨湖区华庄镇居民蒋云虎（以下简称乙方）经与苏州市农科所（以下简甲方）多次协商，要求租赁甲方土地用于建造厂房发展生产。本着互惠互利、共同受益的原则，经协商，甲方同意将新建种子仓库西侧的一专用苗木地和南侧的一块水稻田，租给乙方建造厂房及配套设施用于发展生产。为保护双方的利益，甲乙双方经协商达成如下协议：一、甲方将新种子仓库西侧苗木地（种子仓库西围墙至河岸）及南侧的一块水稻，共10.05亩，租给乙方使用，租赁期为十年（二00四年一月一日至二0一三年十二月三十一日止）。二、土地租赁费，土地租金按每年每亩5000元计，年租金为50250元。协议签字之日，乙方应先付给甲方年租金的50%，剩余的50%应在年底前付清。以后每年的年租金分两次（上半年度结一半，年底前结另一半）结清。三、甲乙双方的权利和义务，1.乙方在租赁期内必须合法经营、依法纳税、安全生产。2.乙方的一切经营活动及债权债务均由自行负责，与甲方无涉。3.乙方在租期内不得将租赁的土地转租给其它人。4.甲方有权监督乙方承租地约定的经营项目，若乙方变更或新增其它经营项目需提前三个月向甲方提出申请，并经甲方同意方可实施，否则甲方有权终止该地出租。5.乙方应独立承担民事责任，若在处理问题时确有困难，甲方可以帮助其协调处理，但涉及有关费用均由乙方承担。6.甲方供应电源，电费由乙方按实结算，电价参照所内企业用电标准执行，乙方应在每月抄表后一周内付清电费。若有拖欠甲方有权采取断电措施，除追交所欠电费外，乙方另须承担滞纳金。7.甲方同意乙方在三一二国道东侧，江苏太湖地区农科所路牌下将原机耕路两侧加宽为七米的道路至厂内，但小河两侧砌各七米的石驳岸，中间排好一点五米的瓦筒管，以解决排水所需，该费用均由乙方负责。四、违约责任，承租期内，甲乙双方均不得随意变更终止本协议，若有违约，则由违约方支付年土地租赁费的双倍租金。五、本协议未尽事宜，双方另行协商。六、本协议自双方签字盖章后生效，协议一式四份存档备案两份”。
2014年6月30日，农科院（甲方）与苏新冶金厂（乙方）签订《租赁协议》1份，主要内容为：双方于2003年12月26日签订有租赁合同（自2004年1月1日至2013年12月31日止），现该租赁合同已届期满。双方在履行完原租赁合同所有义务之后，经协商一致确认根据实际情况，乙方需续租甲方所有的位于东至种子仓库西侧围墙西北至内河岸南至路沿土地10.05亩（附图）；土地租赁期限为1年，自2014年7月1日至2015年6月30日，如租赁期内乙方无违约行为、无违法行为，可于租赁期满前3个月内向甲方提出书面续租要求，经甲方同意并协商一致后可重新签订租赁合同，如此次期满后，甲方不再出租本协议标的物，则甲乙双方间的租赁关系无条件终止；租赁费用按照10.05万元/年，此租金标准为不含税价；根据先付后用的原则，租赁费10.05万元于本协议签订之日起5个工作日内一次性付清；未经甲方书面同意，乙方不得以任何形式将该租赁物部分或全部转租给他人或与他人承租的租赁物进行交换，也不得以承发包、联营等变相转租给他人使用。一经发现乙方存在上述转租行为，视为乙方根本违约，甲方有权无条件终止本协议的履行。在租赁期间，乙方不得投资新资、改建厂房等固定设施，不得擅自搭建违章建筑。一经发现乙方存在上述擅自建设行为，视为乙方根本违约，甲方有权无条件终止本协议的履行。除甲方同意乙方续租外，乙方应在本合同的租赁期届满之日返还租赁物，并进行打扫清理，按原状返还租赁物，未经甲方同意逾期返还的，乙方应承担相应的违约责任，并按10倍租金标准支付逾期使用费用；乙方返还租赁物应当符合双方交付租赁物时的标准的状态，返还时，应经甲方书面验收认可，并相互结清各自应当承担的费用；租赁期满，或因其他原因终止本合同时，乙方若不拆除其增设的设施和设备的，甲方有权但无义务自行或委托第三方拆除前述设施和设备，由此产生的费用均由乙方承担。在本合同签订日期前乙方厂房等（见附图）不受此条款限制。租赁期满，或因其它原因终止本合同时，如甲方依其完全自主决定书面同意乙方无需将租赁物恢复原状的，甲方无任何义务就乙方对租赁物的装修及增添、改建的设备和设施作出任何补偿和赔偿；履行本合同发生的争议，若协商不成的，可向苏州市相城区人民法院提起诉讼；本合同签订后，原租赁协议终止，双方履行权利义务以本合同为准。
2015年6月30日，农科院（甲方）与苏新冶金厂（乙方）签订《租赁协议》1份，主要内容为：双方于2014年6月30日签订有租赁合同（自2014年7月1日至2015年6月30日止），现该租赁合同已届期满。双方在履行完原租赁合同所有义务之后，经协商一致确认根据实际情况，乙方需续租甲方所有的位于东至种子仓库西侧围墙西北至内河岸南至路沿土地10.05亩（附图）；土地租赁期限为1年，自2015年7月1日至2016年6月30日，如租赁期内乙方无违约行为、无违法行为，可于租赁期满前3个月内向甲方提出书面续租要求，经甲方同意并协商一致后可重新签订租赁合同，如此次期满后，甲方不再出租本协议标的物，则甲乙双方间的租赁关系无条件终止；租赁费用按照10.05万元/年，此租金标准为不含税价；根据先付后用的原则，租赁费10.05万元于本协议签订之日起5个工作日内一次性付清；未经甲方书面同意，乙方不得以任何形式将该租赁物部分或全部转租给他人或与他人承租的租赁物进行交换，也不得以承发包、联营等变相转租给他人使用。一经发现乙方存在上述转租行为，视为乙方根本违约，甲方有权无条件终止本协议的履行。在租赁期间，乙方不得投资新资、改建厂房等固定设施，不得擅自搭建违章建筑。一经发现乙方存在上述擅自建设行为，视为乙方根本违约，甲方有权无条件终止本协议的履行。除甲方同意乙方续租外，乙方应在本合同的租赁期届满之日返还租赁物，并进行打扫清理，按原状返还租赁物，未经甲方同意逾期返还的，乙方应承担相应的违约责任，并按10倍租金标准支付逾期使用费用；乙方返还租赁物应当符合双方交付租赁物时的标准的状态，返还时，应经甲方书面验收认可，并相互结清各自应当承担的费用；租赁期满，或因其他原因终止本合同时，乙方若不拆除其增设的设施和设备的，甲方有权但无义务自行或委托第三方拆除前述设施和设备，由此产生的费用均由乙方承担。在本合同签订日期前乙方厂房等（见附图）不受此条款限制。租赁期满，或因其它原因终止本合同时，如甲方依其完全自主决定书面同意乙方无需将租赁物恢复原状的，甲方无任何义务就乙方对租赁物的装修及增添、改建的设备和设施作出任何补偿和赔偿；履行本合同发生的争议，若协商不成的，可向苏州市相城区人民法院提起诉讼；本合同签订后，原租赁协议终止，双方履行权利义务以本合同为准。
2016年2月16日和2016年6月16日，农科院两次向苏新冶金厂发出律师函，内容为租赁协议到期后不再续租，要求苏新冶金厂租期届满后按原状返还租赁物，并结清租金及水电费用。
另，农科院、苏新冶金厂确认：1.本案所涉租赁土地上的房屋及设施均为苏新冶金厂所有，农科院出租时只有土地，无地上的附着物。2.至2016年6月30日止的土地租金苏新冶金厂已向农科院全部付清。
以上事实，由农科院提供的租赁协议、律师函、国有土地使用证，苏新冶金厂提供的字据、非税收入一般缴款书以及当事人当庭陈述予以证实。
一审审理中，农科院提供钱文良、秦其中、袁志娟、俞学均、唐宏良分别与苏新冶金厂签订的《房屋出租协议》复印件各1份（该五份协议中约定租期届满日均在2016年6月30日前），主张苏新冶金厂在租期内违反约定擅自转租，故要求苏新冶金厂及钱文良、秦其中、袁志娟、俞学均、唐宏良迁出占用的土地，将租赁物恢复原状归还农科院，因苏新冶金厂违约，依约应支付按10.05万元/年的10倍支付土地使用费，现农科院自愿只要求苏新冶金厂按原租金10.05万元/年的标准支付自2016年7月1日起至实际返还土地之日止的使用费。
经质证，苏新冶金厂对其与钱文良、秦其中、袁志娟、俞学均、唐宏良的租赁合同无异议，但主张现本案所涉土地上的财产均属其所有，钱文良、秦其中、袁志娟、俞学均、唐宏良均已迁出。另认为农科院与苏新冶金厂签订的3份合同中所涉土地为苗木地、水田地，违反了农业法、土地管理法的相关规定，合同无效，而苏新冶金厂在2004年至2014年间在该土地上建设了厂房、道路等相关房屋及设施（砖混结构的重型车间1950平方米、钢结构车间630平方米、砖混结构的金加工车间1950平方米、砖混结构金加工车间及附房920平方米、门卫、食堂、仓库700平方米、附房、基础配套设施、水电等1200平方米），现对方要求迁出，致苏新冶金厂造成损失应予赔偿，现暂要求6179000元，可以鉴定为准，并申请对本案所涉土地上的厂房及相关设施进行鉴定；另合同无效，违约条款也无效，农科院要求按50.5万元/年的标准计算土地使用费依据不足。另称如合同有效，则相关厂房及设施均在第一份合同期内建造，而第1份合同对此未作约定，后2份合同中明确2014年轻月1日（一审笔误，应为“2014年7月1日”）前厂房等不受后2份合同中就租赁物约定的条款限制，故无权要求苏新冶金厂拆除厂房等设施，并恢复原状返还土地。唐宏良称其确向苏新冶金厂租过厂房，但其已搬迁，故本案与其无关。
一审审理中，经一审法院向双方释明后，苏新冶金厂仍坚持认为本案中农科院与苏新冶金厂签订的租赁合同均为无效。
一审法院认为，农科院、苏新冶金厂之间签订了书面的土地及房屋租赁合同，系真实的意思表示，合法有效。最后1份合同约定的租赁期限于2016年6月30日到期，农科院明确通知苏新冶金厂不再续租，双方也未达成新的租赁协议，故该租赁合同终止。第1份合同中对租期内苏新冶金厂搭建的厂房等设施的处理未作约定，后2份合同明确租期内的搭建物应拆除，即便不拆除，承租方迁出，出租方也不进行补偿或赔偿，故苏新冶金厂应按约立即从所租的位于东至种子仓库西侧围墙西北至内河岸南至路沿10.05亩土地上迁出并将租赁物即土地恢复原状返还农科院。农科院虽主张苏新冶金厂向钱文良、秦其中、袁志娟、俞学均、唐宏良转租，要求钱文良、秦其中、袁志娟、俞学均、唐宏良自本案所涉土地上迁出，但其只提供了租期在2016年6月30日前的转租协议，未举证证明钱文良、秦其中、袁志娟、俞学均、唐宏良仍占有土地，且苏新冶金厂明确此5人均已离开，现土地由苏新冶金厂占有，故一审法院认为农科院要求钱文良、秦其中、袁志娟、俞学均、唐宏良迁出案涉土地，将租赁物恢复原状归还的请求，依据不足，不予支持。
一审法院认为，租赁合同终止后，苏新冶金厂继续占有租赁物不予返还，应当继续支付实际占有使用费，农科院主张按照原租金标准10.05万元/年，自2016年7月1日起计算至苏新冶金厂实际返还租赁物之日止的请求，符合法律规定，应予支持。经一审法院释明后，苏新冶金厂仍坚持主张其与农科院签订的3份租赁协议无效，并据此要求农科院赔偿的请求，于法无据，一审法院不予支持。据此，依照《中华人民共和国合同法》第六十条第一款、第一百零七条、第一百零九条、第二百一十二条、第二百二十六条、第二百三十五条，《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十四条之规定，一审法院判决：一、农科院与苏新冶金厂于2016年6月30日租赁关系终止。二、苏新冶金厂应将其向农科院处租赁的座落于苏州市相城区××（××）××种子仓库西侧围墙西北至××至路沿10.05亩土地恢复原状后返还农科院，于判决生效之日起三十日内履行。三、苏新冶金厂应于判决生效之日起三十日内支付农科院实际占有使用费（按照10.05万元/年，自2016年7月1日起计算至苏新冶金厂实际返还租赁物之日止）。四、驳回农科院的其他诉讼请求。五、驳回苏新冶金厂的全部反诉请求。本诉案件受理费2740元，反诉案件受理费减半收取为27527元，合计30267元，由苏新冶金厂负担。
二审中，双方当事人均未提交新证据。
二审另查明，2014年、2015年土地租赁协议第五条租赁物的返还约定：（一）除甲方同意乙方续租外，乙方应在本合同的租期届满之日返还租赁物，并进行打扫清理，按原状返还租赁物。未经甲方同意逾期返还的，乙方应承担相应的违约责任，并按10倍租金标准支付逾期使用费用。（二）乙方返还租赁物应当符合双方交付租赁物时的标准的状态。返还时，应经甲方书面验收认可，并相互结清各自应当承担的费用。（三）租赁期满，或因其他原因终止本合同时，乙方若不拆除其增设的设施和设备的，甲方有权但无义务自行或委托第三方拆除前述设施和设备，由此产生的费用均由乙方承担。在本合同签订日期前乙方厂房等（见附图）不受此条款限制。（四）租赁期满，或因其它原因终止本合同时，如甲方依其完全自主决定书面同意乙方无需将租赁物恢复原状的，甲方无任何义务就乙方对租赁物的装修及增添、改建的设备和设施作出任何补偿和赔偿。
2014年、2015年土地租赁协议第十条第一项约定，本合同因系历史原因原租赁关系的续租，故因国家土地行政部门或司法部门的管理要求认为效力存在问题，要求终止土地租赁关系的，双方必须无条件服从且双方互不承担责任。
二审再查明，《关于江苏太湖地区农业科学研究所划归地方管理后有关机构编制的批复》（苏编办[2009]23号）载明：“苏州市农业科学研究所：…一、同意你所名称变更为“苏州市农业科学院”，同时增挂‘江苏太湖地区农业科学研究所’牌子。…”
关于涉案土地，原吴县人民政府1989年4月颁发国有土地使用证载明：“使用单位（人）：江苏太湖地区农业科学研究所；土地所在地：吴县望亭镇；使用土地面积：五百九十一亩四分七厘六毫；建筑占地面积：36000平方米；用地来源：征用、历史衔接；变更用地说明：经吴县市变更审批表（204）94号文批准，因建职工住宅项目，需将原该单位使用的394319.3㎡中的4994.72㎡土地作用途变更，剩余389324.58㎡”。农科院、苏新冶金厂二审中均陈述，涉案10.05亩土地系国有划拨土地。
关于涉案土地上建造房屋，苏新冶金厂于2016年8月4日一审庭审中陈述：“审：具体建造的房子有无批复、房产证等？被告：没有的。原告说要帮我办的。审：原告针对被告讲的有无异议？原代：有异议。我们没有讲过帮被告办理批复等。审：被告针对原告说帮你办理批复等，有无依据？被告：没有。”
上述事实，由土地租赁协议、《关于江苏太湖地区农业科学研究所划归地方管理后有关机构编制的批复》、国有土地使用证、一审庭审笔录及当事人陈述在案佐证。
二审经审理查明的其他事实与一审查明事实一致。
本院认为，农科院、苏新冶金厂于2003年、2014年、2015年分别签订土地租赁协议，约定农科院将10.05亩土地出租于苏新冶金厂用于建造厂房生产。农科院于2015年租赁协议约定的租期届满后诉至法院要求确认租赁关系终止、苏新冶金厂返还厂房并支付占有使用费等；苏新冶金厂反诉要求确认租赁协议无效、农科院赔偿损失。
本案二审争议焦点一，涉案土地租赁协议效力如何认定。苏新冶金厂认为，涉案土地系基本农田，涉案土地租赁协议因违反《中华人民共和国土地管理法》等强制性规定而无效。农科院认为，涉案土地租赁协议有效。
对此本院认为，《中华人民共和国城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第四十四条规定，划拨土地使用权，除本条例第四十五条规定的情况外，不得转让、出租、抵押。第四十五条第一款规定，符合下列条件的，经市、县人民政府土地管理部门和房产管理部门批准，其划拨土地使用权和地上建筑物、其他附着物所有权可以转让、出租、抵押：（一）土地使用者为公司、企业、其他经济组织和个人；（二）领有国有土地使用证；（三）具有地上建筑物、其他附着物合法的产权证明；（四）依照本条例第二章的规定签订土地使用权出让合同，向当地市、县人民政府补交土地使用权出让金或者以转让、出租、抵押所获收益抵交土地使用权出让金。涉案土地系农科院以划拨方式取得的国有土地，农科院在不符合《中华人民共和国城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第四十五条第一款规定的条件下将涉案土地出租于苏新冶金厂，涉案土地租赁协议应认定无效。
本案二审争议焦点二，涉案土地使用费如何认定。农科院、苏新冶金厂一致确认，2016年6月30日前土地租金已由苏新冶金厂付清。苏新冶金厂认为，农科院自2016年9月28日起至今停水停电，造成苏新冶金厂停工停产，苏新冶金厂无义务支付土地使用费。农科院认为，其同意参照合同约定租金主张土地占有使用费。
对此本院认为，涉案土地租赁协议虽归于无效，但苏新冶金厂至今仍占有使用涉案土地，故涉案土地占有使用费可参照合同约定的租金标准支付。苏新冶金厂主张农科院停水停电且停水停电致其无法正常使用涉案土地，缺乏事实依据，本院不予采信。苏新冶金厂认为不应支付土地占有使用费的观点不能成立，本院不予支持。
本案二审争议焦点三，苏新冶金厂因涉案土地租赁协议无效是否存在损失，农科院是否应当赔偿。苏新冶金厂认为，农科院明知涉案土地是农田而出租，就协议无效存在过错，应赔偿其损失。农科院认为，即使合同无效，合同约定的租期至2016年6月30日也已届满，苏新冶金厂应按约恢复原状、返还土地，无依据要求赔偿损失。
对此本院认为，根据《中华人民共和国合同法》第五十八条规定，合同无效或者被撤销后，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。涉案土地租赁协议无效，苏新冶金厂取得的土地应返还农科院。苏新冶金厂认为其在涉案土地上搭建厂房及配套设施等存在损失，但未能提交上述房屋的合法建设手续，且苏新冶金厂在原合同约定的租赁期内已充分利用涉案厂房及配套设施，即使存在建造成本也因其在租赁期内的利用而合理摊销完毕，故苏新冶金厂要求农科院赔偿厂房及配套设施损失，无法律依据，本院不予支持。
本案二审争议焦点四，一审法院程序是否违法。苏新冶金厂认为，涉案土地已调整划归无锡市国土局管辖，涉案土地租赁合同纠纷属于不动产专属管辖，故应由无锡市新区人民法院管辖；一审法院明知涉案土地归属仍径行判决，程序违法。农科院认为，其仍持有涉案土地国有土地使用证，涉案土地位于苏州市，一审程序合法。
对此本院认为，根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十七条第二款规定，当事人未提出管辖异议，并应诉答辩的，视为受诉人民法院有管辖权，但违反级别管辖和专属管辖规定的除外。本案中，苏新冶金厂在答辩期间内并未提出管辖异议且应诉答辩，应视为一审法院有管辖权，且该管辖并不违反级别管辖和专属管辖规定。苏新冶金厂认为本案应由无锡市新区人民法院关系，本院不予支持。
综上，一审法院对涉案土地租赁协议效力认定有误，苏新冶金厂该部分上诉请求成立，应予支持；一审判决认定事实清楚，适用法律有误，应予纠正。依照《中华人民共和国合同法》第五十八条，《中华人民共和国城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第四十四条、第四十五条第一款，《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十七条第二款、第一百七十条第一款第二项之规定，判决如下：
一、撤销江苏省苏州市相城区人民法院（2016）苏0507民初3223号民事判决。
二、2003年12月26日江苏太湖地区农业科学研究所与蒋云虎签订的《土地租赁协议书》、2014年6月30日苏州市农业科学院与无锡市苏新冶金机械厂签订的《租赁协议》、2015年6月30日苏州市农业科学院与无锡市苏新冶金机械厂签订的《租赁协议》无效。
三、无锡市苏新冶金机械厂应于本判决生效之日起三十日内将座落于苏州市相城区望亭镇（系苏州市农业科学院征用土地）即东至种子仓库西侧围墙西北至内河岸南至路沿10.05亩土地恢复原状后返还苏州市农业科学院。
四、无锡市苏新冶金机械厂应于本判决生效之日起三十日内支付苏州市农业科学院土地占有使用费（按照10.05万元/年，自2016年7月1日起计算至无锡市苏新冶金机械厂实际返还土地之日止）。
五、驳回苏州市农业科学院的其他诉讼请求。
六、驳回无锡市苏新冶金机械厂的其他反诉请求。
如未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审本诉案件受理费2740元，反诉案件受理费减半收取为27527元，合计30267元，由无锡市苏新冶金机械厂负担。二审案件受理费2740元，公告费300元，合计3040元，由无锡市苏新冶金机械厂负担。
本判决为终审判决。
审判长 沈军芳
审判员 叶 刚
审判员 周 红
二〇一八年四月十九日
书记员 陈 莉