浙江省温州市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2013）浙温民终字第471号
上诉人（原审原告、反诉被告）：温州经济技术开发区鑫鑫金属制品公司。
法定代表人：江良福。
委托代理人：韩笑。
上诉人（原审被告、反诉原告）：浙江中南建设集团有限公司。
法定代表人：吴建荣。
委托代理人：周厚兴。
上诉人温州经济技术开发区鑫鑫金属制品公司（以下简称鑫鑫公司）、浙江中南建设集团有限公司（以下简称中南公司）因建设工程施工合同纠纷一案，均不服浙江省温州市龙湾区人民法院（2011）温龙民重字第2号民事判决，分别向本院提起上诉。本院依法组成合议庭审理了本案，现已审理终结。
原判认定，2006年4月28日，鑫鑫公司作为发包人即甲方，中南公司作为承包人即乙方签订《建设工程施工合同》一份，主要内容有“第一部分为协议书，其中一、工程概况，工程名称及内容为鑫鑫公司厂房工程；二、承包范围为施工图范围内土建、安装、装璜及室外附属工程；三、合同工期总日历天数240天；四、质量标准符合国家施工质量验收标准合格等级；五、合同价款，1500万元（暂估）；十、本合同双方约定按施工许可证发证时间后生效。第二部分为通用条款，其中1.14载明工期是指发包人、承包人在协议书中约定，按总日历天数（包括法定节假日）计算的承包天数；33.1工程竣工验收报告经发包人认可后28天内，承包人向发包人递交竣工结算报告及完整的结算资料，双方按照协议书约定的合同价款及专用条款约定的合同价款调整内容，进行工程竣工结算；33.2发包人收到承包人递交的竣工结算报告及结算资料后28天内进行核实，给予确认或者提出修改意见。第三部分为专用条款，其中5.2监理单位委派的工程师的职权为审核施工及安全技术组织、设计全过程、施工质量管理、履行施工合同全过程监督，工程变更及工作顺延等事宜需经甲方同意后才能行使职权；7项目经理为徐宏兴；13.1乙方如无法按施工合同工期完成工程，每延迟一天罚2000元，延迟工期超过30天，每延迟一天罚5000元，罚款总额不超过合同价的3%；23.2（2）本合同价款采用可调价格，合同价款调整方法为本工程按建筑工程预算定额03版结算，工程按施工图纸设计变更联系单、增加工程量联系单均按实计算，工程材料价格按《温州市造价信息》在施工期内平均价计算，无信息价的材料按市场询价计算，本工程结算总价=定额直接费×（1＋税金5%）计算；26工程进度款支付，乙方施工完成±0.000二层楼面主体部分工程，主体二层楼面以上工程施工产值按每月上报确认数的80%支付；九、竣工验收与结算，竣工验收按通用条款第九条执行，由发包人组织，有关费用双方协商承担结算，工程竣工验收合格后二个月内支付全部已完工程量的97%工程款和退还乙方向甲方提交合同价款10%的质量保证金，甲方在收到乙方竣工结算报告后二个月内完成决算审计并支付决算价的97%的工程款，余3%作为保修金，在保修期内按期退还；十、违约、索赔和争议35.1划拨进度款报告经甲方代表人认可后，逾期30天甲方不付进度款，按划拨款的5%作为违约金，甲方收到乙方竣工结算报告60天内完成决算审计并支付决算价97%的工程款，60天内不支付工程结算款，按结算余款的3%作为违约金；41.3（3）签订合同三月，乙方向甲方支付履约保证金为合同价的10%，竣工验收合格后二个月内无息退还。附件3房屋建筑工程质量保修书中质量保修期约定，地基基础工程和主体结构工程为设计文件规定的该工程合理使用年限，屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙面的防渗漏为5年，装修工程为2年，电气管线、给排水管道、设备安装工程为2年，其他项目保修期限为2年。
2006年6月6日，中南公司向鑫鑫公司支付工程履约保证金150万元。
2006年8月17日，双方签订《建设工程施工合同补充协议书》一份，约定：一、合同价款计算变更。合同价款1371.089664万元，变更为暂估价，采用可调价合同，工程结算总价=定额直接费×（1＋税金4.5%）计算。二、工程款支付变更。乙方施工完成±0.000以上主体二层楼面工程完成后（按幢），支付完成工程量80%，后每月按工程量80%支付，工程竣工验收合格后二个月内支付已完成工程量的97%，余款3%作为保修金，在保修期满一次性付清。三、其他约定。工期延误处罚、保证金支付及退还等，按2006年4月28日合同条款执行等。
2006年9月30日，温州市龙湾区建设局就涉案工程颁发《建筑工程施工许可证》。中南公司依约开工建设。
2007年1月13日，双方再次签订《建设工程合同补充协议书》一份，约定：一、合同价款计算变更。合同价款1371.089664万元，变更为暂估价，采用可调价合同，工程结算总价=定额直接费×（1＋税金3.8%）计算。二、工程款支付。乙方垫资施工至±0.000，±0.000以上每月25日按实际工程量80%支付工程款，工程竣工验收合格后二个月内按总工程量支付至90%工程款，结算完成后三天内支付至90%工程款，结算完成后三天内支付至97%工程款，余款3%作为保修金，在保修期满一次性付清。三、其他约定，工程延误处罚、保证金支付及退还等，按2006年4月28日合同执行。本补充协议与2006年8月17日合同条款有抵触之处，均按补充协议为准，原补充协议作废。
2008年2月19日，双方签署《签证联系单》一份，载明：施工单位到2008年2月10日已完成施工图内的一切内容，除建设单位自己施工外（包括铝合金门窗、内外墙涂料、卷拉门、不锈钢楼梯扶手、屋面地面一层矿渣、楼地面磨砂等），从2008年2月10日起的施工工期由建设单位负责签证，从2008年3月10日起的水、电费由建设单位负责支付。
2007年1月至2008年8月，鑫鑫公司陆续支付中南公司工程款合计645万元。
2009年6月26日，中南公司编制《结算总表》及《造价》报告一份，载明合计涉案工程造价金额合计1666.4308万元。
2009年6月28日，双方签署《签证联系单》一份，载明：1.本工程在施工中所发生的暂借款，在工程竣工结算时与借款人直接结算。2.在施工期间，建筑材料及人工工资市场已发生增长，甲方同意补偿乙方按建筑面积每平方米肆拾元整的人工工资71.692万元。3.乙方已于2009年6月28日，把工程竣工的结算报告送交甲方，结算总金额为1666.4308万元（此结算总额不包括上述第二项增加部分），甲方同意在合同约定的期限内不重新审价或提出书面异议的，视为确认上述工程总价款1738.1228万元。
2009年7月10日，相关单位对涉案工程整体进行竣工验收，并形成会议纪要，提出需要部分整改。2009年8月6日，中南公司、鑫鑫公司及监理单位共同在一份《整改回复》文件上盖章，载明现已按照施工规范要求逐条整改完毕；同日，中南公司出具《工程竣工报告》，载明工程质量合格，并经监理单位盖章同意；同日，监理单位出具《工程监理报告》，载明工程质量等级评定为合格。但此后至今，涉案工程未向质监部门提交符合要求的归档资料。
因双方就合同履行问题存在诸多争议，鑫鑫公司遂诉至原审法院，中南公司提起了反诉。
经鉴定，涉案工程由中南公司施工部分的工程造价为1159.95万元（不包括2009年6月28日签证联系单中的人工工资增加补偿71.692万元）。
原判认为，双方于2006年4月28日签订的《建设工程施工合同》是双方的真实意思表示，内容没有违反法律规定，依法有效。双方于2007年1月13日签订的《建设工程合同补充协议书》同样是双方真实意思表示，内容亦不违反法律规定，双方通过该补充协议书，变更了部分约定事项，依法有效。双方均已开始履行，但对履行过程存在诸多争议，该院结合双方诉请，分析如下：
一、鑫鑫公司诉请中南公司协助办理涉案工程竣工验收后续的备案手续。就此，该院认为，涉案工程虽已于2009年7月至8月间经各方组织竣工验收、提出整改意见、落实整改意见，并由中南公司出具《工程验收报告》，监理单位出具《工程监理报告》，但因涉案工程至今未向质监部门提交符合要求的归档资料，工程后续备案手续至今尚未办理，中南公司理应协助鑫鑫公司办理，鑫鑫公司相应诉请，予以支持。至于中南公司依照《合同法》第六十七条主张先履行抗辩权的问题，该院认为，因双方未就协助办理工程竣工验收后续备案手续的时间作出明确约定，亦未约定付款在先、协助办理工程竣工验收后续备案手续在后，中南公司主张先履行抗辩权缺乏依据，不予采纳。
二、鑫鑫公司诉请中南公司支付违约3%计45万元，其主要是认为中南公司未在约定的工程内完成工程，构成违约。就此，该院认为，前述证据分析中已经指出，涉案工程中由中南公司施工部分延期97天，根据《建设工程施工合同》专用条款13.1规定，乙方如无法按施工合同工期完成工程，每延迟一天罚2000元，延迟工期超过30天，每延迟一天罚5000元，罚款总额不超过合同价的3%；因此，中南公司应支付鑫鑫公司的违约金为（30天×2000元／天）＋［（97天－30天）×5000元／天］＝395000元。鑫鑫公司诉请违约金超出部分不予支持。
三、中南公司反诉请求鑫鑫公司支付工程款1148.1228万元。就此，首先涉及中南公司施工部分工程价款总额的认定。鑫鑫公司主张按鉴定意见1159.95万元准，中南公司则主张按2009年6月28日《签证联系单》上确认的金额1666.4308万元加上71.692万元计1738.1228万元为准。该院认为，最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十条的规定，当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理，承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持。本案中，上述《签证联系单》第3项虽注明“乙方已于2009年6月28日把工程竣工的结算报告送交甲方……甲方同意在合同约定的期限内不重新审价或提出异议的，视为确认上述工程总价款”，但结合涉案工程于2009年7月10日才组织竣工验收，后经整改，于2009年8月6日才验收合格的情况，此时整个工程尚未竣工验收合格，根据双方签订的《建设工程施工合同》通用条款33.1约定，工程竣工验收报告经发包人认可后28天内，承包人向发包人递交竣工结算报告及完整的结算资料，中南公司编制并递交给鑫鑫公司的造价报告早于竣工验收时间，与前述约定不符，亦难合常理。另外，上述《签证联系单》所列工程造价总金额1666.4308元万来源于中南公司2009年6月26日编制的造价报告，根据该造价报告的工程费用计算程序表来看，费用项目包括直接费、间接费、税金等，而根据双方在《建设工程施工合同》及补充协议中的约定，工程结算总价应按定额直接费加税金来计算，依照最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条第一款的规定，该约定对双方具有约束力，中南公司未按此约定编制工程造价，其造价总额并不符合双方约定。中南公司主张据此确定工程价款总额，不予采纳。应鑫鑫公司申请，原审法院依法委托鉴定机构作出的造价鉴定，虽中南公司持有异议，但结合本案其他事实、证据和鉴定机构的回复意见，中南公司的异议理由不能成立，不予采纳。因此，该院认定涉案工程中南公司施工部分工程价款总额为1159.95万元，加上2009年6月28日《签证联系单》第2项中因材料价格、人工工资增长原告同意补偿给被告71.692万元，共计工程总价款为1231.642万元。
其次涉及目前应付款比例的认定。中南公司主张应支付全部工程款，但根据双方签订的《建设工程施工合同》及补充协议书，工程竣工验收合格后支付至97%工程款，余款3%作为保修金，结合《建设工程施工合同》中关于保修期的约定，从工程2009年8月6日竣工验收合格至今，部分保修期现未届满，中南公司主张支付全部工程款不予采纳。同时也应看到，从工程2009年8月6日竣工验收合格至今，部分保修期现已届满，鉴于双方并未明确约定保修金退还比例，酌情先退还1.5%。因此，目前应付款比例本院确定为97%＋1.5%=98.5%，对应目前应付工程款金额为1231.642万元×98.5%=1213.16737万元，余1.5%计18.47463万元继续作为保修金，中南公司可待保修期届满后另行主张。
第三涉及鑫鑫公司向中南公司已付工程款金额的认定。前述证据分析中已经确认，鑫鑫公司向中南公司已付工程款金额为645万元。鑫鑫公司主张已支付工程款超出部分，因证据不足，不予确认。
综上，鑫鑫公司目前还应支付中南公司的工程款金额为1213.16737万元-645万元=568.16737万元。中南公司相应的反诉请求予以支持，超出部分，应予驳回。
四、中南公司反诉请求鑫鑫公司返还履约保证金150万元。就此，该院认为，根据审理查明的事实，中南公司已于2006年6月6日向鑫鑫公司支付了履约保证金150万元；双方签订的《建设工程施工合同》专用条款九竣工验收与结算部分约定，工程竣工验收合格后二个月内退还乙方向甲方提交合同价款10%的履约保证金；现工程已于2009年8月6日竣工验收合格，中南公司该项反诉请求合法有据，予以支持。
五、中南公司反诉请求鑫鑫公司支付违约金69.450156万元，其中应付工程进度款按工程应结算额1666.4308万元的80%即1333.14464万元，减去已付590万元，尚欠进度款743.14464万元×违约金比例5%=37.157232万元；应结算工程款1666.4308万元，减去已付590万元，尚欠工程款1076.4308万元×违约金比例3%=32.292924万元；两项合计69.450156万元。就此，该院认为，双方签订的《建设工程施工合同》中对进度款支付及工程款支付的比例、时间及逾期支付的违约责任进行了约定，后双方在2007年1月13日签订的《补充协议书》中对进度款、工程款的支付比例、时间进行了调整，违约责任没有调整，故应以该《补充协议书》中的约定为准。因此，进度款应按实际工程量支付至80%，未足额支付的，承担5%的违约金；工程款应在工程竣工验收合格后二个月内按总工程量支付至90%，未足额支付的，承担3%的违约金；工程款应在工程结算完成后三天内支付至97%，但因双方对工程结算存在争议，当时结算尚未完成，工程造价最终经法院委托鉴定得出，且反映出中南公司主张的造价过高，故该部分不应计算违约金。至于计算违约金的基数，因双方在2009年6月28日的《签订联系单》中的考虑到人工工资增长由鑫鑫公司增加支付的71.692万元是事后给予的补偿，不应计算在违约金基数中，故应以鉴定工程造价1159.95万元为准。据此，进度款未足额支付应承担的违约金为（1159.95万元×80%－645万元）×5%＝14.148万元；验收后的工程款未足额支付应承担的违约金为1159.95万元×（90%-80%）×3%＝3.47985万元，两项合计17.62785万元。中南公司的相应反诉请求予以支持。中南公司在反诉请求中对两项违约金的计算基数本院不予采纳，其计算方法中亦存在重复，故其反诉请求的违约金中超出部分不予支持。
六、关于鉴定费的承担。对于印章的文检鉴定费0.8万元，因鉴定意见反映印章真实，故应由鑫鑫公司负担。对于工程造价鉴定费10.19万元，宜由双方平担。
据此，依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条、第一百一十四条、第二百七十九条之规定，判决：一、浙江中南建设集团有限公司于本判决生效之日起一个月内协助温州经济技术开发区鑫鑫金属制品公司办理本案诉争工程的竣工验收后续的备案手续。二、浙江中南建设集团有限公司支付温州经济技术开发区鑫鑫金属制品公司违约金395000元。三、温州经济技术开发区鑫鑫金属制品公司支付浙江中南建设集团有限公司工程款5681673.7元。四、温州经济技术开发区鑫鑫金属制品公司返还浙江中南建设集团有限公司履约保证金1500000元。五、温州经济技术开发区鑫鑫金属制品公司支付浙江中南建设集团有限公司违约金176278.5元。上述二、三、四、五项相抵后，温州经济技术开发区鑫鑫金属制品公司应支付浙江中南建设集团有限公司6962952.2元，定本判决生效之日起一个月内付清。如未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应按照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。六、驳回温州经济技术开发区鑫鑫金属制品公司的其他诉讼请求。七、驳回浙江中南建设集团有限公司的其他反诉请求。案件本诉受理费8050元，由温州经济技术开发区鑫鑫金属制品公司负担825元，浙江中南建设集团有限公司负担7225元；反诉受理费51926元，由浙江中南建设集团有限公司负担20274元，温州经济技术开发区鑫鑫金属制品公司负担31652元。鉴定费109900元，由温州经济技术开发区鑫鑫金属制品公司负担58950元，浙江中南建设集团有限公司负担50950元（浙江中南建设集团有限公司负担的鉴定费，温州经济技术开发区鑫鑫金属制品公司已经代交，浙江中南建设集团有限公司应在本判决生效之日起七日内支付给温州经济技术开发区鑫鑫金属制品公司）。
宣判后，鑫鑫公司提起上诉称：原审法院对鑫鑫公司已支付工程款数额的认定有误。一、中南公司提供的2007年1月13日建设工程施工合同补充协议上有顾国新的签名，这表明中南公司将涉案工程授权顾国新，由其具体负责和组织涉案工程的施工，顾国新是涉案工程实际项目承包人。一审庭审中，中南公司也承认顾国新是本案项目的实际承包人，本案讼争的项目系顾国新自行组织施工，自行筹资投入，中南公司对该工程的主要利益只在于收取管理费。在工程施工过程中，由于顾国新筹资能力有限，主要的工程投入来源于建设单位的工程款。鑫鑫公司也明白工程款的支付直接影响项目进度，因而在顾国新要求鑫鑫公司支付工程款甚至是提前支付工程款时，鑫鑫公司均予以配合。因此，鑫鑫公司向顾国新支付的487万元应认定为工程款。原审法院认定部分付款凭证中的付款人不是鑫鑫公司，从而认定鑫鑫公司向顾国新支付的款项与本案工程款无关，显属错误。上述部分款项系鑫鑫公司委托他人向顾国新支付的工程款，中南公司也没有相反的证据证明该部分款项没有发生，或存在其他法律关系。如法院不认定鑫鑫公司向顾国新支付的工程款，应要求中南公司提供所有其在该项目工程材料等方面的支出凭证，否则很可能会出现建设单位重复支付工程款的情况。二、原判对签证联系单中补偿给中南公司的71.692万元予以认定是错误的。材料费、人工费均已包括在工程总造价中，不存在补偿的问题。综上，请求撤销原判，依法改判。
针对鑫鑫公司的上诉请求及理由，中南公司辩称：鑫鑫公司主张的上述487万元工程款，没有事实依据。该款项的付款人不是鑫鑫公司，收款人也不是顾国新，根本无法认定款项的来源和去向，更无法对此款是工程款或者是借款进行定性。且双方签订的《建设工程施工合同补充协议书》上并没有明确约定授权顾国新进行建设工程施工和工程款的结算。因此，顾国新的收付款行为只有在中南公司特别授权或者追认的情况下才有效。二、原判认定由鑫鑫公司补偿给中南公司的71.692万元是基于中南公司实际施工的工程量和浙江省有关劳务人工费的规定计算得出的，鑫鑫公司在原审审理中和发回重审的一审审理中对于该劳务补偿费均无异议，现其主张不存在补偿的问题，显然无理。据此，请求驳回鑫鑫公司的上诉请求。
中南公司上诉称：一、中南公司不存在工期延误，无需承担违约责任。涉案工程自2006年10月1日开工，施工许可证记载的工期为270天，因此，该工程的竣工期限应为2007年7月1日。施工过程中，经中南公司申请，最终竣工日期变更为2008年1月10日。中南公司实际完成工程的时间是2008年2月10日，但在此期间，鑫鑫公司自行施工的铝合金门窗、内外墙涂料、卷拉门、不锈钢楼梯扶手、屋面地面一层矿渣、楼地面磨砂等未能完工，无法整体竣工验收，不存在中南公司逾期竣工的问题。另外，尽管施工合同通用条款第1.14条约定工期包括法定节假日，但双方已在工程临时延期申请表中对此进行了变更。原审法院无视双方对工期的变更约定，判决中南公司承担违约金39.5万元，显属不公。二、原审法院对工程造价的认定存在错误。1、中南公司和鑫鑫公司于2006年4月18日签订的《建设工程施工合同》在建设行政主管部门备案，而双方于2006年8月17日、2007年1月13日签订的《建设工程施工合同补充协议书》未经备案。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第21条的规定，应以备案的施工合同中约定的计算方式即（1＋4.5%）为准计算工程总价。2、原判对鑫鑫公司不存在异议的签证联系单不予认定，显属错误。中南公司承包的工程范围是“土建、安装、装潢及室外、附属工程”，而这一承包范围的主体、基础工程早在2007年12月19日就已验收合格，2008年2月10日施工图范围内的全部工程已施工完毕，自2008年2月10日之后的工期由鑫鑫公司负责。因鑫鑫公司自行施工的部分未能完成拖延了程序上的竣工验收，并不影响中南公司承担范围内已竣工验收合格并进行工程总价的结算。2009年7月10日“工程竣工验收会议纪要”只是进行局部维护，并未发生实质性的施工行为，亦不影响此前的工程结算，故原判将被上诉人自行施工而拖延的竣工日期掩盖上诉人已经施工完毕并验收合格的日期，并以此否定2009年6月26日编制的工程结算报告的真实性，显属错误。中南公司主张按2009年6月28日“鉴订联系单”结算工程款，合法有据。鑫鑫公司收到结算报告后两个月内没有提出任何异议，应视为其确认了工程总价。原审审法院否定双方已经确认一致的工程结算总价款，显然不当。3、浙江省金穗项目管理有限公司作出的鉴定报告存在明显错误。双方已在工程联系单中对工程费用如何计算进行确认，而鉴定机构并未以工程联系单进行计价，也未按照03定额中的工程直接费范围进行计价。仅此工程直接费一项，就少算工程款人民币330.6373万元，对工程直接费中应计算而未计算的部分工程款合计为人民币251.3652万元，两项合计为人民币582.0025万元。此外，鉴定机构将工程建筑面积少算2473.27平方米，因此而减少工程造价为人民币230.3746万元。原审法院对于上述问题未作出任何合法有据评判而采信该鉴定报告，属认定事实和采信证据错误。综上，请求撤销原判，依法改判。
针对中南公司的上诉请求及理由，鑫鑫公司辩称：本案经过多次审理，原审法院对于工程造价建筑面积认定及工程是否存在延误认定是严谨、正确的。请求驳回中南公司的上诉请求。
二审期间，中南公司未提供新的证据。鑫鑫公司提供了温州经济技术开发区鑫鑫金属制品公司、温州经济技术开发区鑫鑫贸易有限公司、温州经济技术开发区荣达线缆有限公司的工商登记材料，证明上述三家公司系关联企业，温州经济技术开发区鑫鑫贸易有限公司、温州经济技术开发区荣达线缆有限公司及其股东向顾国新支付的款项系涉案工程款。中南公司对上述证据的关联性有异议，不能证明陈俏及上述公司支付的款项系涉案工程款。经审查，本院认为上述证据来源合法、内容真实，且与本案具有关联性，本院予以认定。
根据中南公司的申请，本院依法通知涉案工程造价鉴定机构浙江金穗工程项目管理有限公司鉴定人员唐俊杰出庭接受质询。唐俊杰称，其于2003年6月取得执业资格证书，此后负责编制造价工作；因其不是浙江金穗工程项目管理有限公司负责人，故不清楚公司是否有司法鉴定许可证；根据规定只要资料完整就可以鉴定，因此编制涉案工程造价时经办人员均没有去过项目现场，而是根据法院提供的施工图纸、联系单等资料进行造价编制，但对法院提供的材料其不负责真实性审查；三号车间根据图纸长为88.64米，宽为17.64米，四层共6254.4平方米，加上楼梯108.8平方米，合计墙外面积共计6363.2平方米，并不存在计算错误；根据浙江省建设工程施工取费定额（2003版）的规定，直接费包括直接工程费，直接工程费包括人、材料、机械费，施工措施费包括施工技术措施费和施工组织措施费；取费方式按照双方合同的约定确定。汤俊杰出庭接受质询后，浙江金穗项目管理有限公司于2013年7月19日出具《关于温州经济技术开发区鑫鑫金属制品公司厂房工程造价的鉴定报告有关补充说明》，其结论为涉案工程组织措施费的金额为24.1983万元。经审查，本院认为，该补充说明的结论客观、真实，本院予以确认。另外，中南公司虽对鉴定结论提出其他方面的异议，但经本院释明后没有申请重新鉴定，本院对其异议主张不予采纳。
本院审核了本案一、二审的证据后，认定涉案工程造价为1264.7516万元，鑫鑫公司已向中南公司支付工程款807万元（具体理由在下文阐述）。其他事实与原审法院认定的事实一致。
本院认为，双方对原判第一、四、五项未提出异议，本院予以维持。本案二审的争议焦点在于：一、涉案工程造价应如何认定的问题；二、鑫鑫公司已付工程款数额是多少的问题；三、中南公司是否应承担工期延误的违约责任的问题。
关于争议焦点一，本院认为，最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十条规定：“当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持。“而本案双方当事人于2006年4月28日签订的《设工程施工合同》通用条款33.4约定：“收到竣工结算报告及结算资料后28天内不支付工程竣工结算价款，承包人可以催告发包人支付结算价款。发包人在收到竣工结算报告及结算资料后56天内仍不支付的，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以由承包人申请人民法院将该工程依法拍卖，承包人就该工程折价或拍卖的价款优先受偿。”可见，双方并没有约定如鑫鑫公司在约定期限内未对中南公司提交的结算文件进行答复即视为其认可，故中南公司以鑫鑫公司未在约定期限内答复为由主张按照2009年6月28日的“鉴订联系单”认定涉案工程价款，缺乏法律依据，原审法院不予采信是正确的。涉案工程造价应以法院依法委托的造价评估机构出具的结论，结合2009年6月28日签证联系单中鑫鑫公司同意增加的人工工资作出认定。
2007年1月13日，中南公司与鑫鑫公司虽通过《建设工程合同补充协议书》将工程总价计算方式进行调整，但鉴于该补充协议未经备案，涉案工程造价仍应按照2006年4月28日签订的《设工程施工合同》的约定计算，即工程结算总价=定额直接费＊（1＋税金4.5%）计算。根据双方一致确认的结算依据即《浙江省建设工程施工取费定额（2003）版》的规定，直接费由直接工程费、施工技术措施费、施工组织措施费构成。浙江金穗工程项目管理有限公司于2010年12月10日出具的《工程造价咨询报告书》、2011年1月5日作出的司法鉴定补充说明、2011年3月15日作出的司法鉴定答复意见回复意见对直接工程费以及施工技术措施费作出的1159.95万元评估结论系根据补充协议约定的直接费＊（1＋税金3.8%），该计算方式有违法律的强制性规定，本院予以调整。涉案工程直接工程费、施工技术措施费合计应为1159.95万元／（1＋3.8%），共1117.4855万元。2013年7月19日作出的鉴定报告有关补充说明认定的施工组织措施费为24.1983万元，故涉案工程工程结算总价应为（1117.4855万元＋24.1983万元）＊（1＋4.5%），共计1193.0596万元。
此外，2009年6月28日签证联系单上“温州经济技术开发区鑫鑫金属制品公司”的印章系真实，故该签证联系单第二款即关于鑫鑫公司补偿中南公司人工工资71.692万元的约定应认定为鑫鑫公司的真实意思表示。鑫鑫公司主张不存在关于支付上述款项的约定，但未提供相应的证据予以证明，原审法院不予采信是正确的。原判据此将该71.692万元计入鑫鑫公司的付款义务范围，并无不当。
综上，本院认定涉案工程总造价为1264.7516万元。
关于争议焦点二，本院认为，顾国新作为涉案工程的实际项目负责人，其向鑫鑫公司收取的工程款应计入中南公司已收工程款范围。鑫鑫公司二审提供的证据可以证明温州经济技术开发区盛鑫贸易有限公司系鑫鑫公司的关联企业，在中南公司没有提供证据证明其与该公司存在业务往来的情况下，温州经济技术开发区盛鑫贸易有限公司向顾国新支付的款项应认定为代鑫鑫公司支付。二审中，鑫鑫公司主张除原判已予认定的645万元工程款以外，其与温州经济技术开发区盛鑫贸易有限公司先后分九次向顾国新支付了工程款，加上其为顾国新承建的其他工程垫付的费用，共计487万元。对此本院经审查认为，2007年2月13日存入顾国新中国建设银行帐户的20万元、2007年6月8日顾国新领取的20万元借款、2007年8月7日陈俏帐户转入顾国新帐户的50万元、2007年10月23日温州经济技术开发区盛鑫贸易有限公司转入顾国新帐户的22万元、2008年1月7日顾国新领取的20万元、2009年12月1日温州经济技术开发区盛鑫贸易有限公司转入顾国新帐户的30万元，共计162万元应认定为鑫鑫公司已付工程款。原审法院对上述六笔工程款不予认定，显属错误。本院予以纠正。同时，鑫鑫公司提供的2007年2月23日补发入账证明书无收款人、2007年12月5日转账凭条付款人为丁利曼，上述二份证据与本案均缺乏关联性，鑫鑫公司据此分别主张其向中南公司付款20万元、50万元，依据不足，原审法院不予采信，并无不当。2007年8月24日顾国新出具的承诺书所记载的60万元借款已冲抵配套费，鑫鑫公司据此主张已付工程款60万元，同样缺乏依据。综上，加上原判已经认定的645万元工程款，鑫鑫公司总共已向中南公司支付工程款807万元。因此，鑫鑫公司尚需支付中南公司工程款457.7516万元（1264.7516万元-807万元）。另外，鑫鑫公司为顾国新承建的其他工程垫付的相关费用并非因涉案工程产生，故该费用与本案没有关联，鑫鑫公司可以另案主张。
关于争议焦点三，本院认为，根据双方签订的《设工程施工合同》约定，涉案工程的工期应认定为240天（包括法定节假日）。施工许可证系建设行政主管部门许可中南公司在规定期限内进行施工的合法凭证，其记载的工期并非经本案双方当事人协商确定，故中南公司主张涉案工程工期根据施工许可证已变更为270天，缺乏法律依据。另外，鉴于中南公司未提供证据证明工期顺延已事先经得鑫鑫公司同意，故其根据工程临时延期申请表主张将法定节假日从工期中扣除，同样缺乏依据。据此，原审法院判决中南公司承担工期延误违约金395000元，并无不当。
原判认定事实部分错误，上诉人的部分上诉理由成立，对该部分上诉请求本院予以支持。据此，依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（二）项的规定，判决如下：
一、维持浙江省温州市龙湾区人民法院（2011）温龙民重字第2号民事判决第一、二、四、五项。
二、撤销浙江省温州市龙湾区人民法院（2011）温龙民重字第2号民事判决第三项。
三、温州经济技术开发区鑫鑫金属制品公司支付浙江中南建设集团有限公司工程款457.7516万元。
以上第一、三项相抵扣，温州经济技术开发区鑫鑫金属制品公司尚需支付浙江中南建设集团有限公司款项585.87945万元，限于本判决生效之日起三十日内付清。
如未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应按照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审案件受理费59976元，由温州经济技术开发区鑫鑫金属制品公司负担29477元，浙江中南建设集团有限公司负担30499元；二审案件受理费59976元，由温州经济技术开发区鑫鑫金属制品公司负担2050元，浙江中南建设集团有限公司负担57926元。鉴定费109900元，由温州经济技术开发区鑫鑫金属制品公司负担58950元，浙江中南建设集团有限公司负担50950元。
本判决为终审判决。
审判长 胡爱玲
审判员 苏子文
审判员 蔡蓓蓓
二〇一三年八月二十日
书记员 郭阳平