甘肃省高级人民法院
民 事 判 决 书
（2016）甘民终485号
上诉人（原审被告）：张掖市华裕种业有限责任公司（以下简称：华裕种业公司），甘肃省张掖市甘州区碱滩镇。
法定代表人张志年，该公司董事长。
委托诉讼代理人腾飞，甘肃锦舒律师事务所律师。
委托诉讼代理人王绪泽，张掖市华裕种业有限责任公司办公室主任。
被上诉人（原审被告）丹东登海良玉种业有限公司（以下简称：登海良玉种业公司），住所地：凤城市凤山管理区大梨树村。
法定代表人王继明，该公司董事长。
委托诉讼代理人胡学斌，甘肃振泽律师事务所律师。
被上诉人（原审被告）张好奇，男，汉族。
被上诉人（原审被告）张好俭，男，汉族。
被上诉人（原审被告）张鹏石。
委托诉讼代理人张好奇，农民。
委托诉讼代理人张好俭，农民。
被上诉人（原审被告）罗永章，男，汉族。
委托诉讼代理人张好奇，农民。
委托诉讼代理人张好俭，农民。
被上诉人（原审被告）张好宏，男，汉族。
委托诉讼代理人张好奇。
委托诉讼代理人张好俭。
被上诉人（原审被告）张浩杰（张好杰）。
委托诉讼代理人张好奇。
委托诉讼代理人张好俭。
被上诉人（原审被告）张好峰，男。
委托诉讼代理人张好奇。
委托诉讼代理人张好俭。
被上诉人（原审被告）张鹏峰，男。
委托诉讼代理人张好奇。
委托诉讼代理人张好俭。
被上诉人（原审被告）常学锋。
委托诉讼代理人张好奇。
委托诉讼代理人张好俭。
上诉人华裕种业公司因与被上诉人登海良玉种业公司、张好奇、张好俭、张鹏石、罗永章、张好宏、张好杰、张好峰、张鹏峰、常学锋侵害植物新品种权纠纷一案，不服张掖市中级人民法院(2016)甘07民初10号民事判决，向本院提起上诉。本院于2016年12月1日立案后，依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。上诉人华裕种业公司委托诉讼代理人腾飞、王绪泽与被上诉人登海良玉种业公司的委托诉讼诉讼代理人胡学斌、被上诉人张好奇、张好俭、张鹏石、罗永章、张好宏、张好杰、张好峰、张鹏峰、常学锋共同委托张好奇、张好俭到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
上诉人华裕种业公司上诉请求：1.请求依法撤销张掖市中级人民法院（2016）甘07民初10号民事判决书，并依法予以改判或发回重审；2.要求被上诉人承担本案全部诉讼费用。事实与理由：（一）一审判决明显认定事实不清。1、被上诉人登海种业所诉侵权地块与上诉人合同约定种植区域不属于同一区域。被上诉人登海种业所主张的侵权采样地是马子干渠以南的种植区域。上诉人与黑城子村委会签订的种植区域是东靠通村水泥路、南直马子干渠、西连白城村、北邻花儿渠的区域。一北一南，地域完全不同。马子干渠以南虽然属于黑城子村，但是不是村上的承包地，是10余年前农户自行开发的荒地，与上诉人合同种植区域无关。一审判决仅仅根据个别证言就确定上诉人侵权事实存在，对于如此明显地地域差别视而不见，显属事实认定不清。2、本案被上诉人单方保全的证据与单方委托检验报告没有证据关联性，单方委托报告不能成为定案依据。在侵权地块是否为上诉人合同地块不清的前提下，被上诉人向法庭上提交了所谓的马子干渠侵权地上的证据保全采样，当然与其向法庭提交的自己单方面委托的检验报告没有实际关联性，不能证明所采封存样品S121品种就是上诉人种植的品种。另外，自行单方面委托的检验也不能作为定案依据。3、被上诉人所主张新品种侵权面积无法确定，没有完成举证责任，应当承担举证不能法律后果。被上诉人在诉讼中仅仅以一个取样点存在S121侵权就要主张整个上诉人种植区域存在侵权，显然属于以偏概全。上诉人签订有4600亩的种植区域，最终实际落实2776亩。在2776亩上总共繁育有上诉人拥有合法授权的大丰30、西旺3008等若干个品系，根本不存在非法种植被上诉人S121的情况。4、被上诉人主张的侵权地块属于农户自行开发种植，农户的种植行为也不是种子繁育商品种植，被上诉人农户依法不承担责任。同时上诉人也不应该承担责任。通过黑城子村委会证明、被上诉人几位农户均当庭陈述和法庭取证的证人证言等均能证实且可以相互印证，被上诉人主张的侵权地块与黑城子村分配农户种植地域无关。马子干渠以南位置属于十余年前荒地，早就由本案被上诉人农户自行种植开发。一审判决认定上诉人侵权显属事实认定不清。5、被上诉人没有完成侵权赔偿的全部举证责任，没有举证证明采样留存的种子就是上诉人商品化种植的S121区域，应当承担举证不能后果。被上诉人没有举证证明侵权地块的准确位置，没有举证证明侵权地块的侵权人，没有举证证明侵权区域的面积范围，没有举证证明采样留存的种子就是上诉人商品化种植的S121区域，单方面委托的取样检测也不能充分证明取样就是上诉人商品化种植的S121区域。被上诉人没有完成侵权赔偿的全部举证责任，应当承担举证不能后果。6、上诉人及农户举证充分确实，应当认定不承担责任。上诉人出具了村委会证明、黑城子村2015年各组合面积统计表、上诉人种植区域面积示意图、上诉人合法拥有授权的繁育种子品系证书和授权委托书均能证明上诉人的当庭全部主张，上诉人村民的证言也能印证上诉人的说法，同时法庭调取的证人证言也与上诉人主张及黑城子村2015年各组合面积统计表中的数据一一吻合，可以形成完整证据链。一审判决一边倒地采信被上诉人登海种业证据显属事实认定不清。
（二）一审审理程序严重违法。1.一审法院在完成全部庭审程序后，擅自启动司法鉴定程序显属严重违法。一审法院在庭审全部活动已经结束的情况下，又擅自启动司法鉴定程序明显程序严重违法。2.一审法院启动的重新鉴定明显具有严重缺陷。因为被上诉人委托公证机构取样地点已经在一审庭审中通过开庭可以明确证实与上诉人种植区域无关，上诉人农户在取样区域种植的青贮玉米也非商品种子繁育，对该证据保全取样做相关种子品系的DNA鉴定无实际证明意义。取样地点与上诉人实际种植区域的无关导致重新鉴定缺乏合理性基础。所以一审法院启动的重新鉴定明显具有严重缺陷，明显属于严重程序违法，同时采信此证据也显属违法。3.一审法院在完成全部庭审程序后，又擅自调取书面言，并将此作为关键定案证据显属程序违法。一审法院2016年4月12日已完成全部庭审活动。8月23日又召集原被告开庭针对法庭调取的一份书面证言要求发表质证意见。该书面证言是一份孤证，且法庭工作人员作为调查人签字有明显补签痕迹。最为重要的是其与本案多位到庭农户的证言存在明显严重矛盾，但是此证言却成为一审判决的关键定案证据。一审法院明显违法民诉法及民事证据规则采信证据显属程序违法。4.一审庭审部分庭审活动被上诉人委托代理人未实际参与。一审庭审2016年8月23日第二次开庭时，本案一审原告登海种业的委托代理人实际到庭非胡学斌本人，而是另由他人出庭，但此人在判决书中委托代理人身份并未予以明确。一审法院让没有委托代理身份的人参与法庭活动，显属程序违法。
登海良玉种业公司辩称，（一）关于上诉人上诉状中称：“侵权地块与上诉人与村上约定不属于同一区域”这一观点是错误的！理由是：1、侵权地块在上诉人种植合同约定的范围之内，属于黑泉子村七社。2、侵权地块在上诉人实际种植的同一隔离区内，中间没有隔离带，从制种的角度应当属于同一品种植区。3、马子干渠南北不是隔离区，仍属于同一区域！（二）本案没有单方保全证据与单方委托检验的情形。上诉人认为本案存在单方证据保全与单方委托检验的理由错误，与事实不符，事实是：本案证据保全是由公证处依据公证证据保全规定做出的，并不存在单方证据保全的问题，而检验报告是由被上诉方申请，法院委托送检的，由检验机构做出的，没有单方委托报告的事实。（三）上诉人所称侵权面积无法确定，被上诉人没有完成举证责任，关于侵权面积，被上诉起诉时诉称的侵权面积经一审法院调查核实，侵权面积已确定核实清楚，不存在面积无法确定事实。（四）上诉人诉状称：侵权地块属于农户自行种植的行为，也不是繁育种子的行为，上述说法错误的，种植农户的种植行为是受上诉人委托进行，农户没有生产许可证，没有亲本，不懂技术规程，无处销售产品，农户的生产不是自行生产的，而在上述农户的地块内发现种制的是侵权种子，所以，不是繁育种子的行为是错误的，但农户不承担责任并不是说农户地块内没有种植种子，而是农户的种植行为是根据上诉人委托发生的，农户不承担责任不等于作为委托公司的上诉人不承担责任。（五）关于上诉状中称一审法院庭审后擅自启动司法鉴定程序属于严重违法的问题。庭审中，因上诉人提出被上诉人单方委托鉴定的异议后，经被上诉人申请法院同意后由法院委托鉴定机构鉴定，因此，上诉人据说“擅自启动不是事实，同时，在庭审中为查明事实，需要进行鉴定或重新鉴定都是合法的程序，其目的就是为了查明事实，分清责任，法庭辩论结束，不等于庭审结束，根据民事诉讼法规，为查明事实，可以恢复法庭调查，也可以调取证据等，上诉人之说没有法律依据，不符合民事诉讼法规定。
登海良玉种业公司向一审法院起诉请求：1、被告立即停止侵权，对侵权生产的全部种子作灭活性处理；2、赔偿原告经济损失500000元；3、承担本案原告全部涉诉费用。
一审法院认定事实：玉米新品种“S121”于2008年11月13日向中华人民共和国农业部申请植物新品种权保护，2014年1月1日获得农业部授权，取得植物新品种权，品种权号为CNA20080653.X，品种权人为丹东登海良玉种业有限公司。
2015年5月，被告华裕种业公司与甘州区大满镇黑城子村委会签订《甘州区玉米种子生产合同》，约定由华裕种业公司在甘州区大满镇黑城子村预约生产4500亩杂交玉米种，亲本种子每公斤16元，亩产值2350元，同时还对其他事项进行了约定。由甘州区大满镇黑城子村民委员会提供的大满镇黑城子村2015年各组合面积统计表确认华裕种业公司在大满镇黑城子村的实际种植面积为2766.18亩。
2015年9月，原告登海良玉种业公司将农业部在黑城村提取的玉米鲜穗委托北京玉米种子检测中心进行了真实性鉴定，检验报告在第一次庭审中因被告对原告自行委托鉴定报告的三性均持有异议。原告申请法院提取甘肃省张掖市忠信公证处在甘州区大满镇黑城子村七社证据保全中随机提取的玉米鲜穗，经本院委托北京玉米种子检测中心进行了真实性鉴定，该中心将送鉴样品同从农业部新品种保护办公室植物新品种保藏中心提取的给原告授予新品种权的玉米品种“S121”标样采取NY/T1432－2014玉米品种鉴定技术规程SSR分子标记的方法进行了真实性鉴定，于2016年6月3日出具检验报告。检验结果及结论：送鉴样品同对照样品，比较位点40，差异位点数0，结论为极近似或相同。原告向北京玉米种子检测中心交纳鉴定费4000元。
上述事实，由下列证据及当事人在庭审中的陈述予以证实，应予认定。
第一组证据：原告向法庭提交的：1、农业部于2014年1月颁发的第20144070号植物新品种权证书。第20144070号证书载明：品种名称：S121；属或种者：玉米；品种权人：丹东登海良玉种业有限公司；培育人：宋雷、宋雨、缪玲敏、宋协良；品种权号：CNA20080653.X；申请日：2008年11月13日；授权日：2014年1月1日。2、农业部财务司出具的植物新品种保护权收费年费票据。该票据反映，原告已按规定缴纳了植物新品种保护年费。3、农业部植物新品种保护办公室品种权申请公告。该证据反映农业部对原告申请授予植物新品种权依法受理并在原告取得“S121”新品种权证书后农业部官网对证书内容进行了公示。原告提供该组证据拟证明原告是“S121”玉米品种的新品种权人，新品种权受法律保护，有权依法提起维权诉讼，原告是本案适格的主体。被告华裕种业公司质证后对证据的真实性、合法性没有异议，但认为与本案没有关联性。认为其并不存在种植和侵犯原告“S121”品种权的客观事实和行为。年费票据仅能反映交款单位，而不能反映交的是“S121”品种的年费。申请公告未反映出相应的网址链接，对其三性均有异议。被告张好奇、张好俭、张鹏石对原告提供的证据没有异议，认为原告是本案适格的主体。经本院审查上述证据具备证据的三性条件，对此证明力应予确认。该组证据证明原告是玉米品种“S121”的新品种权人，依法可提起维权诉讼，是本案适格的主体。
第二组证据：原告向法庭提交的：1、原告委托北京玉米检测中心对自行在涉案侵权地提取的繁殖材料进行真实性鉴定的《检验报告》一份；2、原告委托甘肃省张掖市忠信公证处在甘肃省张掖市甘州区大满镇黑城子村七社（马子干渠南侧）进行证据保全所制作的（2015）张忠信公内字第1108号公证书及取样摄像光盘；3、原告提交的被告华裕种业公司同甘州区大满镇黑城子村民委员会签订的《甘州区玉米种子生产合同书》一份。原告提交上述证据拟证明，2015年被告华裕种业公司同甘州区大满镇黑城子村民委员会预约生产玉米杂交种，面积约4500亩。2015年8月农业部开展的种子生产基地专项检查行动中，原告发现被告华裕种业公司所种植品种系侵权品种，构成对原告“S121”品种权的侵害，遂对涉案侵权地所提取的繁殖材料进行品种真实性鉴定并委托公证处对涉案侵权地块的种植行为进行公证保全。被告华裕种业公司经质证，对上述证据的真实性和合法性无异议，但对证据关联性持有异议。认为华裕种业公司系山西大丰种业有限公司委托代繁玉米种子，生产区域为东靠黑城子村水泥路，南至马子干渠，西连白城村，北临花儿区，在此区域内种的是“大丰30”和“西旺3008”等合法授权品系，本公司的制种面积内不包含马子干渠以南的地块，原告指控的侵权地是由9户农民种植的商品玉米。被告张好奇、张好俭、张鹏石质证后认为马子干渠以南不是华裕公司的制种区域，被告华裕公司所说的区域范围属实。经审查上述证据具备证据的三性条件，对此证明力应予确认。上述证据证明2015年被告华裕种业公司同甘州区大满镇黑城子村民委员会签订《玉米种子生产合同》，在该村落实生产基地进行玉米制种，后原告发现所种植品种涉嫌侵权，依法取样并进行证据保全。
第三组证据：被告华裕种业公司向法庭提交的：1、《甘州区玉米种子生产合同》一份。拟证明合同中预约面积为4500亩，但实际落实面积2766亩，种了七个品系。原告登海良玉种业公司经质证对合同的三性均无异议，但认为被告借该合同非法生产其他品种或逃避检查，没有证据证明生产的种子是“大丰30”和“西旺3008”，该合同能证明马子干渠以南和以北均是被告公司的生产面积。被告张好奇、张好俭、张鹏石质证后认为对华裕公司提交的证据及证明的问题均无异议。2、甘州区大满镇黑城子村民委员会出具的说明一份。拟证明本案涉及的马子干渠以南侵权地块不属于黑城子村承包面积范围，是本村个别农户开发的荒地。原告登海良玉种业公司质证后认为该证据不符合证据特性，不应作为证据使用。并且该说明内容与黑城子村书记陈述不一致。被告张好奇、张好俭、张鹏石质证后没有异议。3、被告华裕公司制作的制种面积区域图。拟证明原告保全证据取样地块不在本公司制种的区域内。原告登海良玉种业公司质证后认为该区域图是被告公司针对我公司的取样地点自己制作，不能证明被告的制种区域。被告张好奇、张好俭、张鹏石质证后没有异议，认为被告华裕公司说的都是事实。4、山西大丰种业有限公司与华裕种业公司签订的《玉米种子生产合同》。拟证明本公司是由该公司委托生产“大丰30”。并说明“西旺3008”是由牡丹江市凯大有限责任公司委托我公司生产的。原告登海良玉种业公司质证后认为被告华裕种业公司所提供的证据与本案无关联性，也不能证明黑城子村生产的就是上述品种。被告张好奇、张好俭、张鹏石质证后认为没有异议。经审查被告华裕种业公司提供的证据1具备证据的三性条件，对此证明力应予以确认。该证据证明2015年被告华裕种业公司在甘州区大满镇黑城子村实际落实面积2766亩，由黑城子村委会提供的面积统计表相互印证，本院予以确认。证据2因与其他证据相互矛盾，本院不予采信。证据3因是自行绘制，且无其他证据相互印证，被告又不认可，对其所要证明的问题本院不予采信。证据4因无其他证据相互印证，被告华裕种业公司亦无提交在其种植区域内生产“大丰30”、“西旺3008”的依据，本院对该证据及所要证明的问题均不予采信。
第四组证据：被告张好奇、张好俭、张鹏峰向法庭提交的：1、张掖市甘州区锦源养殖农民专业合作社与被告张好奇、张好俭、张鹏等9户农民签订《全株玉米青贮协议》、甘州区龙渠乡新胜村民委员会出具的证明、过磅单、领条。拟证明被告张好奇等9户农民在马子干渠以南为合作社种草，收获后由合作社收购的事实。原告登海良玉种业公司质证后认为该证据的真实性无法确定，并且不符合证据的特性，杂交玉米是不需要抽雄，而被告提供领取抽雄人工费，收获的季节也不符合常规。故所提供的证据与本案没有关联性。被告华裕种业公司质证后认为张好奇等9户农民在马子干渠以南种植青储饮料的事实，由其本人陈述及所提供的证据相互印证，证明原告所诉的侵权地块是被告张好奇等9户农民种植大田玉米的地块。抽雄票据与本案没有关系。经审查该组证据证明的实事与其他证据相互矛盾，也与法庭在第一时间调查被告张鹏峰的陈述不一致，结合原告申请甘肃省张掖市忠信公证处在甘州区大满镇黑城子村马子干渠以南玉米地块内扦取的玉米果穗样品，委托北京玉米种子检测中心进行了真实性鉴定作出的是原告“S121”品种结果相矛盾。对该组证据本院不予采信。
第五组证据：1、本院依职权对甘州区大满镇黑城子村民委员会调取的“大满镇黑城子村2015年各组合面积统计表”一份。拟证明被告华裕种业公司2015年在大满镇黑城子村实际落实制种面积2766.18亩。原告质证后对其真实性无异议，但认为面积统计表中制种品系均为编号，我们发现在该区域内利用“S121”生产了大量的玉米制种。被告华裕种业公司质证后认为制种面积表能够证明在该制种区域内种了几个品种，且保留了足够的隔离区。被告张好奇、张好俭、张鹏质证后认为在该区域内种了几个品种属实。2、2015年12月11日从黑城子村七社社长任毅处调取领取预付款、亲本种子记录。拟证明被告张好奇、张鹏峰等领取预付款及亲本种子的事实。原告质证后认为该证据能够证明农户领取的亲本种子、预付款都是社里统一发放的，被告华裕种业公司为实现合同目的履行了相应的义务。被告华裕种业公司质证后认为对该证据的真实性无异议，该记录说明农户从社长处领取的种子是“大丰30”和“西旺3008”，不能证明是原告“S121”品种。被告张好奇、张好俭、张鹏质证后认为领取种子是事实，但领取的亲本种子都种到我们的承包地里了。3、被告张鹏峰等人向被告华裕种业公司交售种子过磅单、黑城子村委会提供的全体农户交售种子数量明细表。拟证明包括本案涉诉农户在内的所有农户向被告华裕种业公司交售种子的数量。原告质证后认为对证据的真实性没有异议，能够证明本案涉诉农户均是给被告华裕种业公司制种的事实，被告华裕种业公司实施了对原告“S121”品种的侵权行为。被告华裕种业公司质证后认为该公司是在合同约定的面积范围内制种，不能证明侵害了原告的“S121”玉米品种权。被告张好奇、张好俭、张鹏峰质证后均没有异议。4、对黑城子村七社社长任毅所作的调查笔录。被调查人陈述本案被告张鹏峰从我这一共领了14斤母本，9斤多父本，能种二亩多地，在水区南边张鹏峰种的这个品种在我们七社种了二百多亩，八社、十一社、十二社也种了，收获后交给华裕公司了，公司的收购地点在南滩上。原告质证后认为七社社长任毅的陈述客观真实，能够证明马子干渠以南被告张鹏峰所种的品种在七社也种了200多亩。被告华裕种业公司质证后认为七社社长任毅的陈述大部分是客观事实，但就马子干渠以南张鹏峰是否和七社种的是同一品系无法证明，可能是陈述有误。被告张好奇、张好俭、张鹏峰质证后认为七社社长任毅陈述不属实，马子干渠以南仅有我们9户种了26亩多，与村上的制种毫不相干。5、对黑城子村七社村民张鹏峰（本案被告）所作的调查笔录。被调查人陈述马子干渠以南是我们社里种的，亲本也是我们从七社社长任毅处称上的，马子干渠以南我种了2.3亩，和社里下边的品系一样，收获后交到南滩了，还有张鹏实也种了一亩多，收购票由社长收走了。原告质证后认为被告张鹏峰的陈述能够证明马子干渠以南也是华裕公司制种面积，和马子干渠以北种的都是同一品系。被告华裕种业公司质证后认为张鹏峰的陈述不属实，不应采信。被告张好奇、张好俭、张鹏峰质证后认为张鹏峰的陈述不属实。6、对黑城子村村主任杨玉林的调查笔录。被调查人陈述马子干渠以南不是其村的承包地面积，种的是什么品种不清楚。原告质证后认为马子干渠以南的地也属于黑城村的地。被告华裕种业公司质证后认为被调查人陈述马子干渠以南不属于黑城子村的承包地，故华裕公司与该村在合同中约定的面积也不包含马子干渠以南的面积。被告张好奇、张好俭、张鹏峰质证后没有异议。7、对黑城子村十二社村民徐兴荣的调查笔录。被调查人陈述在马子干渠以南有16亩地，制种玉米有3.4亩，两边是张鹏峰、张鹏石的地，都是同一品系，七社种的多些，我们村就我一家，收获后由村上统一安排交到南滩了，马子干渠以南和以北不是一个品种，是和新盛村是一个品系。原告质证后认为徐兴荣证实马子干渠以南的制种也交到了南滩，并且制种款已支付的事实。被告华裕种业公司质证后认为徐兴荣证实不同品系之间是用麻子或者干渠隔开的事实，亲本种子是由张兴明提供而不是我公司提供，种子收获后交到南滩而非我公司，并且证实马子干渠以南和以北不是一个品系的事实。被告张好奇、张好俭、张鹏峰质证后认为徐兴荣是十二社的，种没种种子我们不知道，我们种的是草，与我们无关。该组证据能够证明马子干渠以南的制种亲本也是统一从社长处领取，收获后都交到南滩的事实，而南滩确认是被告华裕种业公司的收购点，七社社长对发放亲本有详细的记录，并且详知各社的种植情况，证明的事实与其他证据相互印证，能够证明马子干渠以南的种植面积也是给被告华裕种业公司制种，并且收获后都交给该公司的事实。
第六组证据：经原告申请，本院于2016年5月16日对原告申请甘肃省张掖市忠信公证处对该公证处在甘州区大满镇黑城子村七社玉米地块内扦取的玉米果穗样品，委托北京玉米种子检测中心进行了真实性鉴定，该中心将送鉴样品同从农业部新品种保护办公室植物新品种保藏中心提取的给原告授予新品种权的玉米品种“S121”标样采取NY/T1432－2014玉米品种鉴定技术规程SSR分子标记的方法进行了真实性鉴定，于2016年6月3日出具检验报告。检验结果及结论：送鉴样品同对照样品，比较位点40，差异位点数0，结论为极近似或相同。原告向北京玉米种子检测中心交纳鉴定费4000元。上述证据经原告质证无异议。被告华裕种业公司质证后认为真实性无异议，关联性和合法性有异议。公证处在取样时没有通知本公司到场参与。被告张好奇、张好俭、张鹏峰质证后认为没有证据证明公证处取样的地点。经本院审查，该证据证明了原告委托张掖市忠信公证处在证据保全时扦取的玉米样品系授予原告新品种权的玉米品种“S121”。
一审法院认为，关于原告诉讼主体资格。经审理查明，原告丹东登海良玉种业有限公司提供的农业部的第20144070号植物新品种权证书等证据，证明原告对玉米品种“S121”享有新品种权，其以自己名义维权提起诉讼符合法律规定，是本案适格的主体。
对于本案责任承担，经审查认为，被告华裕种业公司未经“S121”品种权人许可，在甘州区大满镇黑城子村使用“S121”以商业目的生产玉米杂交种，其主观上存在过错，应认定其侵犯了原告丹东登海良玉种业公司享有的植物新品种权，应向登海良玉种业公司承担侵权赔偿责任。根据最高人民法院《关于审理侵犯植物新品种权纠纷案件具体应用法律问题的若干规定》第八条之规定：“以农业或者林业种植为业的个人、农村承包经营户接受他人委托代为繁殖侵权品种权的繁殖材料，不知道代繁物是侵犯品种权的繁殖材料并说明委托人，不承担赔偿责任”。本案被告张好奇、张好俭、张鹏峰等9户农民在本案中不承担责任。
对赔偿数额的确定，因原告侵权所受损失及被告侵权所得利益具体数额均难以计算，本院依据《中华人民共和国民法通则》第一百三十四条、最高人民法院《关于审理侵犯植物新品种权纠纷案件具体应用法律问题的若干规定》第六条，结合本案实际情况，具体赔偿数额由本院综合考虑侵权的性质、期间、后等因素确定为250000元。
综上述事实、理由，本院为保护品种权人的合法利益，制裁侵权人的非法行为，维护正常的市场经营秩序，依据《中华人民共和国民法通则》第一百三十四条第一款（一）、（七）项、《中华人民共和国种子法》第七十三条第四款、《中华人民共和国植物新品种保护条例》第六条、《最高人民法院关于审理侵犯植物新品种权纠纷案件具体应用法律问题的若干规定》第一条、第二条、第六条、《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十四条之规定，缺席判决：一、被告张掖市华裕种业有限责任公司停止侵权，对生产的种子作灭活性处理。二、被告张掖市华裕种业有限责任公司赔偿原告丹东登海良玉种业有限公司损失250000元，限于本判决生效后十五日内付清。三、被告张好奇、张好俭、张鹏峰等9户农民在本案中不承担责任。
案件受理费8800元、鉴定费4000元，由被告张掖市华裕种业有限责任公司承担。
二审中，当事人没有提交新的证据。二审查证的事实与一审基本一致。
本院认为，本案争议的焦点：华裕种业公司是否侵害登海良玉种业公司植物新品种权；一审程序是否违法。
丹东登海良玉种业有限公司取得玉米新品种“S121”植物新品种权，品种权号为CNA20080653.X。经查证，2015年5月，华裕种业公司与甘州区大满镇黑城子村委会签订《甘州区玉米种子生产合同》，约定由华裕种业公司在甘州区大满镇黑城子村预约生产4500亩杂交玉米种，亲本种子每公斤16元，亩产值2350元，约定村委会代表制种农户与华裕种业公司签订种子生产合同，各制种农户签字盖章申报的制种面积花名册是合同的必备附件。双方对交售的存在争议的种子必须同时取样、分别封存，以备种子复检、鉴定、仲裁、诉讼之用。同时还对其他事项进行了约定。由甘州区大满镇黑城子村民委员会提供的大满镇黑城子村2015年各组合面积统计表确认华裕种业公司在大满镇黑城子村的实际种植面积为2766.18亩。制种农户签字盖章申报的制种面积花名册中有涉案的张好奇、张鹏峰等农户。
经查，合同签订后张鹏峰等农户在甘州区大满镇黑城子村七社社长任毅处领取了预付款及亲本，亲本是华裕种业公司提供的。其中张鹏峰一共领取了14斤母本，九斤多父本。张鹏峰给队里种的水渠南边的这个品系，在大满镇黑城子村七社种了两百多亩。一审法院从七社社长任毅处调取“发放亲本记录”及“预付款清单”。
张掖市忠信公证处在张掖市甘州区大满镇黑城子村七社（马子干渠南侧）杂交玉米制种地，该地块位于东经100º34´87”、北纬38º78´44”，取样（玉米鲜穗）。经张掖市中级人民法院委托北京玉米种子检测中心进行了真实性鉴定，该中心检验鉴定结果及结论：送鉴样品同授予新品种权的玉米品种“S121”标样采取NY/T1432－2014玉米品种鉴定技术规程SSR分子标记的方法进行了真实性鉴定，比较位点40，差异位点数0，结论为极近似或相同，于2016年6月3日出具检验报告。一审法院认定华裕种业公司未经“S121”品种权人许可，在甘州区大满镇黑城子村使用“S121”以商业目的生产玉米杂交种。判决认定其侵犯了丹东登海良玉种业公司享有的植物新品种权，应向登海良玉种业公司承担侵权赔偿责任，并无不当。
一审法院为查明事实，需要进行鉴定或重新鉴定都是合法的程序，其目的就是为了查明事实，分清责任。根据《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第二款规定，当事人及诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，或者人民法院认为审理案件需要的证据，人民法院应当调查收集。一审程序是否违法的主张不成立。
综上所述，华裕种业公司上诉请求不能成立，应予驳回；一审认定事实清楚，适用法律正确，应予维持。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第一项的规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费8800元由上诉人华裕种业公司负担。
本判决为终审判决。
审 判 长 李 红
代理审判员 刘锦辉
代理审判员 李雪亮
二〇一六年十二月二十六日
书 记 员 常 艺