广东省佛山市南海区人民法院
民 事 判 决 书
（2016）粤0605民初11782号
原告：黄彦，女，1972年8月22日出生，汉族，住广东省佛山市南海区。
委托诉讼代理人：黄绍仁，广东龙浩律师事务所律师。
委托诉讼代理人：郭梁凯，广东龙浩律师事务所律师。
被告：中盈地产有限公司，住所地：广东省佛山市南海区大沥镇金贸大道2号。
法定代表人：林治平，经理。
委托诉讼代理人：徐东剑，广东国龙律师事务所律师。
委托诉讼代理人：漆婷，广东国龙律师事务所律师。
第三人：佛山市南海新都会物业管理有限公司，住所地：广东省佛山市南海区大沥镇金贸大道2号南海新都会七楼1号铺。
法定代表人：林世平，经理。
委托诉讼代理人：谢梓锋，男，该公司员工。
上述原、被告商品房预售合同纠纷一案，本院于2016年7月19日立案后，依法适用简易程序审理。诉讼中，根据被告申请，追加佛山市南海新都会物业管理有限公司为第三人参与诉讼，并于2016年9月14日公开开庭进行了审理。原告委托诉讼代理人黄绍仁、郭梁凯，被告委托诉讼代理人徐东剑、漆婷，第三人委托诉讼代理人谢梓锋，均到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告向本院提出诉讼请求：1.被告支付逾期交房违约金40283.67元（自2013年6月1日起至2014年10月20日止，507天，以购房款132425元为本金按日万分之六计算）；2.被告支付逾期办理产权登记违约金662.13元（以购房款132425元的0.5%计算）；3.被告承担诉讼费。
事实和理由：原、被告于2012年1月30日签订《广东省商品房买卖合同》，约定原告向被告购买佛山市南海区大沥镇金贸大道6号中盈广场3层3F090号商铺，总价款132425元，被告交付房屋商铺时间为2013年5月31日前，交付条件为该商铺已验收合格且已办理竣工验收备案，逾期交房超过60日的，被告按已付房款万分之六按日计算违约金。2014年10月13日，中盈广场办理竣工验收备案，原告于2014年10月20日收到商铺，被告应按合同约定承担逾期交房的违约责任。同时，原、被告还签订了补充协议，约定商铺交付后被告在360天内提交办理产权登记所需资料，逾期按已付房款的0.5%承担违约责任。被告直至2014年11月20日才到产权登记机关办理登记，已超过约定期限，被告也应承担逾期办证违约责任。
被告辩称，一、原、被告签订《广东省商品房买卖合同》后，原告获得的合同权利是商铺所有权及部分使用权，该商铺使用权应扣除2013年6月1日至2016年5月31日三年的使用权，此三年的使用权归属被告。第三人被引进后，原告与第三人签订《中盈广场商铺经营管理协议书》，该三年商铺使用权转移到第三人。二、第三人根据其与原告签订的管理协议书所获得的授权，变更了商铺交付、收楼时间，该变更合法有效。第三人根据招商的需要，请求变更交付时间至2014年9月24日，经与被告协商，达成了一致，并签订了《协议书》，该变更无论从委托代理关系的角度看，还是从该三年商铺使用权归属的角度来看，都在第三人权限之内，该变更合法有效。三、被告根据与第三人签订的协议书，在2014年9月24日前办理商铺竣工验收及备案，并交付给了第三人，被告没有违约。根据原告与第三人签订的《中盈广场商铺经营管理协议书》，商铺三年使用权已转移给第三人，即使第三人变更交付期限超出其权限范围，迟延交付的损失也是第三人缩短使用期限的损失，并不会对原告造成损失，原告不存在损失，也无权要求被告赔偿。四、原告起诉已过诉讼时效。即使原告认为被告应当在2013年5月31日前交付商铺，则其此时知道或应当知道自己的权利受损，原告应在2015年6月1日之前提起诉讼，原告提起本案诉讼已过诉讼时效。综上，请求法院驳回原告诉讼请求。
第三人述称，第三人因经营管理需要，与被告协商推迟商铺交付时间，双方签订的协议书真实合法。第三人不在本案中向被告主张其是否需要承担逾期交房的违约责任。
双方当事人围绕其诉讼请求依法提交了证据，本院依法组织当事人进行了证据交换和质证。对当事人无异议的证据，本院予以确认并在卷佐证；被告提交的证据《协议书》，原告有异议，认为是事后制作，申请对形成时间进行鉴定；经审查，该协议书加盖有被告和第三人公司公章，为原件，第三人也确认该证据的真实性，故本院对该协议书的真实性予以确认。
综合当事人的陈述及本院采信的证据，本院确认以下事实：
2012年1月1日，原、被告签订一份《返租协议书》，约定：原告将其向被告购买的位于佛山市南海区大沥镇金贸大道6号中盈广场3层3F090号商铺返租给被告，返租期限为三年，自2013年6月1日起至2016年5月31日止，租金合计41819元，原告于签订协议的同时确认已收到该笔款项。
2012年1月30日，原、被告签订《广东省商品房买卖合同》，约定：被告将其开发的位于佛山市南海区大沥镇金贸大道6号中盈广场3层3F090号商铺出售给原告；成交总价132425元；被告应于2013年5月31日前交付经验收合格、已办理竣工验收备案的商铺予原告；逾期交房不超过60日，自第二天起至实际交付日止按日支付已付房款万分之三的违约金；逾期交房超过60日后，原告有权解除合同，原告解除合同的，被告应自收到解除合同通知日起30天内退还全部已付款给原告，并按原告累计已付款的10%支付违约金，原告要求继续履行合同的，合同继续履行，自交付期限第二天起至实际交付日止，被告按日支付已付房款的万分之六的违约金；被告应当在商品房交付使用后60日内，将办理权属登记需要由出卖人提供的资料报产权登记机关备案，如因被告的责任，原告不能在规定期限内取得房地产权属证书的，原告不退房，被告按已付房价款的0.5%向原告支付违约金。同日，原、被告签订补充协议，约定被告只要在商品房约定交付之日后360天内将办理登记需由被告提供的资料报产权登记机关备案，视为符合合同约定，被告无需承担违约责任。
2012年7月16日，被告出具发票，确认收到原告支付购买中盈广场3F090号商铺购房款132425元。
2013年5月7日，原告与第三人签订《中盈广场商铺经营管理协议书》，约定原告将其所购买的中盈广场商铺委托第三人经营管理，原告已预收了该商铺的使用费等合计41819元，并承诺在委托经营期内不再收取额外的费用，委托经营管理期限为三年，自2013年6月1日至2016年5月31日，为配合第三人招商及整体经营需要，原告授权第三人可按照其需求及经营策略全权代表原告与被告协商商铺的交付时间、交付条件，原、被告及第三人互不追究各方关于交付或收楼的责任。同日，原告与第三人签订《经营管理委托书》，原告委托第三人对其购买的中盈广场商铺全权负责经营管理，委托有效期自2013年6月1日至2016年5月31日。
2013年5月20日，被告与第三人签订《协议书》，约定就原告所购买的中盈广场商铺交付事宜，双方同意该商铺的交付时间变更为2014年9月24日，双方互不追究逾期交付或收楼的违约责任。
2014年9月24日，中盈广场经竣工验收合格，同年10月13日，办理竣工验收备案。同年11月20日，中盈广场商铺办理房屋初始登记。
2016年7月19日，原告提起本案诉讼。
本院认为，本案为商品房预售合同纠纷。原、被告签订的《广东省商品房买卖合同》及补充协议系签约双方真实意思表示，为合法有效合同，对双方当事人均具有法律约束力。按买卖合同及补充协议的约定，被告应于2013年5月31日前交付已办理竣工验收备案的商铺、于2014年5月26日前向办证机关提交初始办证资料，否则应承担逾期交房和逾期办证的违约责任。本案中，原、被告在签订商品房买卖合同的同时即签订返租协议，约定2016年5月31日前商铺的使用权归被告，此后被告引进第三人对商铺进行经营管理，于是原告与第三人在2013年5月7日签订《中盈广场商铺经营管理协议书》和《经营管理委托书》，该管理协议书和委托书不存在任何无效的事由，本院对原告主张其无效的意见不予采信。根据管理协议书和委托书，原告将接收商铺的权利及2013年6月1日至2016年5月31日期间商铺经营管理使用权均委托转让给第三人，即原告丧失了要求被告按商品房买卖合同约定的期限交付商铺的权利。现第三人确认与被告签订了《协议书》，推迟商铺交付的时间，属于第三人放弃该期间商铺的使用权利，与原告无关，故《协议书》何时签订对原告权利义务并不产生任何影响，本院对原告请求对《协议书》形成时间进行司法鉴定的申请不予准许。2013年6月1日至2014年10月20日期间商铺的管理使用权并不属于原告，原告主张被告支付此期间逾期交付商铺违约金理据不足，本院依法不予支持。
原告作为买受人，办理商铺产权登记属于主张物权的权利。虽然原告将收取商铺的权利委托转让给第三人，但并不影响其按房屋买卖合同和补充协议的约定向被告主张办理产权登记的权利。现被告实际于2014年11月20日才办理商铺的产权初始登记手续，超过双方签订补充协议约定的期限，原告按合同约定请求被告支付逾期办证违约金662.13元（以购房款132425元的0.5%计算）合法合理，本院依法予以支持。被告与第三人签订的《协议书》虽推迟商铺交付的时间，但该协议未经原告签名确认，不能对抗被告依合同约定办证的义务，本院对被告以此为由主张办证时间顺延的意见不予采纳。2014年10月13日商铺办理竣工验收备案，此时商铺才具备交付条件，故原告提起本案诉讼主张权利并未超出两年的诉讼时效，本院对被告提出原告主张权利已超诉讼时效的辩解意见均不予采纳。
综上，依照《中华人民共合同合同法》第八条、第一百零七条、第一百一十四条、《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款之规定，判决如下：
一、被告中盈地产有限公司应于本判决发生法律效力之日起十日内支付逾期办证违约金662.13元予原告黄彦；
二、驳回原告黄彦其他诉讼请求。
如果当事人未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本案受理费411.82元（原告已预交），由原告负担386.82元，被告负担25元。被告负担的部分应于上述付款同期迳付予原告，本院不另收退。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于广东省佛山市中级人民法院。
审判员 叶志标
二〇一六年九月二十六日
书记员 谭国敏