江苏省南通市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2016）苏06民终3990号
上诉人(原审被告):江阴市交通工程建设总公司，住所地江阴市。
法定代表人:耿昌伟，该公司总经理。
委托诉讼代理人：张晓飞，江苏瑞慈律师事务所律师。
委托诉讼代理人：王建勋,南通市崇川区时进法律服务所法律工作者。
被上诉人(原审原告)：钱文明，男，1972年10月18日生，汉族，住无锡市崇安区。
委托诉讼代理人：吴开琴，江苏辰庚律师事务所律师。
委托诉讼代理人：王宏宇，江苏宏润律师事务所律师。
上诉人江阴市交通工程建设总公司因与被上诉人钱文明建设工程施工合同纠纷一案，不服如皋市人民法院（2015）皋民初字第259号民事判决，向本院提起上诉。本院受理后，依法组成合议庭进行了审理，本案现已审理终结。
上诉人江阴市交通工程建设总公司上诉请求：撤销原判，发回重审或依法改判。一、二审诉讼费用由被上诉人负担。理由如下：一审法院查明事实不清，适用法律不当。一审法院在认定钱文明的工程量时将举证责任全部强加给本公司，由此产生了本公司仍欠付189万元的判决结果。事实上钱文明未及时支付欠付他人的材料款，潜逃在外，将所有欠债问题遗留给本公司，工程结束前后凡是拿着钱文明欠条的各种债主都从本公司拿到了钱。具体到一审判决，争议问题如下：1.一审判决对余亮施工的部分未予以扣除无事实和法律依据。余亮本就是独立的包工头，其所作工程除有一笔经钱文明签字外，其余均未经他签字。余亮所作工程均是由本公司直接发包。因204国道改建路段其他桥梁均顺利施工，唯独如海运河大桥施工最为缓慢，水中钻孔灌注桩的任务又是其中最为缓慢的部分，本公司不得不分包给余亮施工部分本应由钱文明施工的任务。本案中，钱文明提供了其与司友华等人的协议书，未能提供其与余亮的分包协议和结算依据。2.关于砼站的使用费，双方在施工合同中明确了计算方式，根据施工图纸可以计算出混凝土使用量为10475.27方，计价为157128.98元，该费用可以据实算出，但一审考虑工程实际需要作出近三分之一的扣减并无依据。3.顾天琦搅拌车的租赁费用234000元应予扣除。钱文明虽然以改建工程项目部的名义与顾天琦签订了租赁合同，但未支付其费用。本公司在一审中提供了84000元的支付证明，另外150000元为承兑汇票，时隔六七年难以查询支付记录。4.关于田某的费用，钱文明与田某之间有还款协议并且经刘勇担保，田某在一审中出庭作证在2008年9月22日钱文明还欠款635000元，后本公司支付了595000元，有转账凭证的有535000元，余60000元在田某多次找本公司讨要不得以支付，但钱文明仍有40000元未支付。5.关于扣节点滞后120000元，虽然备注扣减未明确指出针对六座桥中哪一座，但在项目部会议纪要中可以明确，唯独如海运河大桥的施工进度最为缓慢，其他四座桥的工程并未有工程拖延的问题，也没有工程未结算的问题。6.向阳河中桥部分，钱文明按照合同约定应完成全部工程，但他在做完可以获利的部分后要求将铰缝、桥面桥头搭板、伸缩缝交出，同意给予本公司50000元补偿，但是梁板预制与安装不在补偿协议的范围内。一座桥梁作为整体，单个工程量对应的单价有盈利可能，当然单个工程量对应的单价也有亏损可能。争议部分约定单价为1200元，南通市开源交通建设工程有限公司承做的单价为1800元，总量差价为310880元，应由钱文明作为承包方承担。7.关于本案的诉讼时效，钱文明举证2012年12月27日对自己的权利有过主张，该举证结合双方协议恰能证明其自认2010年底即知道自身利益被侵犯，而钱文明不能证明该文书内容到达本公司。
被上诉人钱文明辩称，1.上诉人提交的结算单上，余亮的结算款有钱文明的签字，完全能印证余亮与钱文明之间产生分包关系。如果余亮与上诉人之间有分包关系，他们应该有合同。2.关于顾天琦的租赁费，因上诉人未及时支付工程款，钱文明与上诉人之间有垫付的约定。一审中，上诉人垫付给顾天琦的租赁费已经在工程结算款中确认并扣除。上诉人另外垫付和结算需要提供依据，才能从总工程款中扣除。3.关于砼站使用费，一审法院在查明事实的基础上酌情扣除正确。4.2010年12月28日支付的6万元与本案无关，田某与上诉人之间可能存在其他工程供货。田某与被上诉人结算，结算单明确田某货款535000元。上诉人先后支付了30万元，23.5万元，总额53.5万元，印证了钱文明与田某已经结算完毕。5.一审法院对向阳河中桥工程计算方法正确，关于桥面工程的变更，双方之间签订了补充协议，约定原合同上部工程由甲方施工，钱文明补偿上诉人5万元。6.一审判决对诉讼时效已经陈述得很清楚。综上，一审判决认定事实清楚，适用法律正确，请求二审法院驳回上诉人的上诉请求。
钱文明向一审法院起诉请求：1.江阴市交通工程建设总公司立即支付结欠工程款暂计200万元，具体以审计报告结果为准，并按银行同期贷款利率支付延期付款利息。2.本案诉讼费用由江阴市交通工程建设总公司负担。
一审法院认定事实：2007年8月28日，江阴市交通工程建设总公司二○四国道改建工程第七项目部作为甲方，钱文明作为乙方，签订《工程施工合同》一份。约定：第一条：工程项目名称和工程内容1、工程名称：二○四国道改建工程RG7标如海河大桥；2、工程地点：如皋市九华镇；3、工程施工范围：如海大桥下部结构及向阳河中桥全桥；4、工作内容：①乙方的临时设施建设，②下部结构施工的所有工序，③桩基、系梁、立柱、墩台帽等，④工程主要数量及单价：详见附件。第二条：合同工期本工程项目协议工期按业主及甲方要求，自07年9月1日至08年6月30日。第三条：工程造价为空白。第四条：质量要求㈠甲方责任3、委派刘勇全权代表甲方负责该工程的管理；㈡乙方责任；3、除甲方指定供应的材料外，负责其他材料的采购。第六条：工程变更因设计图纸的变更、国家规定的材料价格的调整、人力不可抗拒的自然灾害等原因，以上内容经有关文件、资料可予以相应的变更及调整。第七条：承包方式和工程价款结算办法本工程实行单价承包，该单价为乙方为完成本工程所需的一切费用（乙方无需开具工程发票，但应向甲方提供材料发票及工资单）。工程量结算按业主签认并经审计确定的工程量为准。第八条：工程交竣工验收和资料1、工程施工结束后，乙方需及时通知甲方，同时将相关资料提交甲方，作为验收的依据，由甲方通知相关部门到场验收。第九条：计量与支付1、合同签订后，甲方根据乙方提交的计量支付单，按双方确定的工程量和合同单价于次月支付本月工程款的50%，交工验收时支付至工程款的60%，余款于竣工后两年内付清，即2009年付20%，2010年付清，并按8%计息，5%保留金不计息。第十条：违约责任合同违约按有关规定处罚，违约金按规定处罚。第十一条：安全责任。第十二条：质量责任。第十三条：工期责任乙方应严格按照业主及甲方的时间节点完成工程施工目标，由乙方原因造成的工期延误、造成的一切损失由乙方负责，甲方保留追偿的权利。第十四条：争议解决合同执行过程中发生异议，双方友好协商，如协商不成，由工程所在地人民法院管辖。甲方加盖公章，由刘勇签名。乙方由钱文明签名。附工程量清单两份。对两桥分别约定了细目号、细目名称、单位、数量、单价、合价，如海河大桥总价为8802162元；向阳河中桥总价为2629184.51元。
合同签订后，钱文明按约施工。2008年5月8日，双方签订《补充协议》一份，约定：如海运河大桥工程、向阳河中桥工程根据工程实际情况及市场行情变化，经双方友好协商，达成如下一致意见：1、钢材价格调整：乙方按3800元/T钢材价格为基价。由于市场行情涨价，前14根桩每吨钢材调整500元/T，后12根桩按差价补贴。其余钢材价格都按3800元/T基价。2、地材、水泥等材料按上级有关文件执行。3、因设计变更或业主要求工作量变更，按实结算。4、因赶工而采取的措施费，业主补贴甲方，甲方同时酌情补贴乙方。
钱文明陈述：开工时间是2007年7、8月份，完工时间大约是在2008年8、9月份。按照合同约定，如海河大桥是下部结构，向阳河中桥合同约定内容大部分是下部结构，小部分上部结构。钱文明按照合同约定已经全部做完，但没有经江阴市交通工程建设总公司进行验收或者做工程量的确认，完工后有清单给刘勇的，但是刘勇没有签单给钱文明。审计报告能将钱文明施工的部分明确，大部分数据是完全一致的。江阴市交通工程建设总公司陈述：完工时间不是2008年8、9月份，合同约定如海河大桥只做下部结构，向阳河中桥是全部，但是钱文明并没有全部做完。钱文明只做了70%至80%。钱文明离开后刘勇自己继续做的。在钱文明离开时，对其已施工的部分没有进行工程量确认。
江阴市交通工程建设总公司陈述：刘勇在案涉工程上是项目负责人，项目名称是如皋市204国道RG7标项目。工程的发包人是如皋市交通局，承包人是江阴市交通工程建设总公司。刘勇原来是这个单位的，项目经理证也在这个单位。后来单位改制，工作单位有变化，但实际工作单位还是这里。与钱文明结账、对外行使项目经理职责没有任命书或者委托书，当时有项目部的公章，公章是刘勇保管的。
钱文明提交了2008年9月3日与司友华签订的“协议”，系供应如海河桥商品砼，约定分期付款。钱文明与田某签订的“协议书”，系采购水泥等材料，约定欠款金额等内容。2008年2月20日与顾天琦的“租赁合同”，约定租赁搅拌车。2008年1月2日与薛森林签订的“协议书”，供应沙石料。2008年2月12日与周剑锋签订的“工程施工内部承包合同”，将桩基工程进行分包，其中包括水中外护筒的埋设和拔除等成桩的一切工作。2008年1月10日与李圣签订的“打桩协议书”，将约300根木桩交由乙方施工。与瞿卫东签订的“清包工劳务协议书”，将钢筋、木工、砼浇筑、按图施工盖梁成形所有工作量交由乙方施工。2008年4月9日与南通市飞翔汽车销售服务有限公司签订的“机械设备租赁协议书”，向乙方租赁吊车。2008年3月6日与蔡成立签订的“混凝土泵车租赁合同”。2007年11月9日如皋市计量检定测试所的检定证书，证明配料秤检测合格。
江阴市交通工程建设总公司提交了其与南通市开源建设工程有限公司2008年7月的结账清单，用以证明向阳河中桥板梁的上部空心板梁预制为914760元，封头砼5960元。2008年8月24日刘勇作为甲方与钱文明作为乙方签订的“补充协议”，双方就向阳河桥施工补充协议如下：1、乙方因自身原因提出向阳河桥的施工原合同范围内的铰缝、桥面、桥头搭板、伸缩缝等交由甲方施工；2、甲方完成安装结束后的所剩余工作量，乙方一次性补偿甲方伍万元整，原合同中的该项目中的费用不再计列给乙方（含钢筋网及钢筋）；3、补偿费用在向阳河工程款中扣除。2008年4月9日吉乃和签字的如海运河大桥的一组数据。2008年4月2日钱文明出具的收条一份，证明钱文明收到公司土工布1800平方米。2007年9月27日刘勇以项目部名义与薛森林签订的租赁场地及生活区的“协议”，约定租赁土地、房屋、场地上砍伐树木补偿等合计为6万元。薛森林于2010年1月7日出具给刘勇的收条一份，证明江阴市交通工程建设总公司支付场地延期费6000元，附银行转账存根。顾天琦于2012年1月20日出具给刘勇的搅拌车租赁费84000元，附银行转账存根。2009年12月24日出具的“204国道如皋段改建工程项目中期支付申请”，其中载有：扣除节点滞后12万元。钱文明于2008年9月3日出具的承诺书，内容为蔡东平结算柴油款57600元，按期支付，若不支付，由项目部代付，并处违约金2万元。2008年4月22日未签名的承诺书一份，内容涉及工程进度。2008年4月23日钱文明签名的承诺书一份，内容为：如海河桥下部结构的施工进度。2008年7月31日钱文明与薛森林的结算清单，结算金额132万元。2008年8月28日钱文明出具的委托书，载明薛森林所供砂石材料款委托RG7标项目部代付，按清单结算。2008年9月22日钱文明出具的委托书，委托项目部代付瞿卫东班组225000元。2008年9月22日钱文明出具的欠条，欠田某水泥款535000元，分期偿还。刘勇在欠条下方签署：以上货款本人作连带担保，若钱文明无力偿还，则在其RG7标工程款中扣付，若违约的赔偿金额本人不予担保。2008年8月12日，钱文明出具的结算单，欠飞翔汽修厂吊车租金总计结算余额7万元，委托项目部刘勇代付。刘勇在结算单上签署：同意由项目部扣付。另，江阴市交通工程建设总公司提交了钢材送货，总额2725439.6元。钱文明认可按之前公司提交的2008年12月10日用款申请单，金额2142213.14元结算钢材金额。
钱文明申请证人倪某出庭作证，证明钱文明已按合同约定履行完毕。江阴市交通工程建设总公司申请证人田某出庭作证，证明2008年9月22日与钱文明结账，在此之前是钱文明付款的，结账时还欠635000元，由刘勇担保，后来刘勇给了595000元，还欠4万元未付。
钱文明在审理中申请调取涉案工程的审计报告，江苏钟山工程项目管理有限公司于2012年1月4日作出的《工程造价咨询报告书》，载明：咨询报告书编号：江苏钟山审字（2012）第101号，咨询项目委托方全称：如皋市审计局。工程结算审核报告载明：工程名称：204国道如皋段改建工程（GR7标）。工程规模：全长6.2公里，1座大桥，4座中桥，9道涵洞，1道箱涵。工程开竣工时间：2007年6月开工，2009年12月竣工。签合同的双方名称：甲方如皋市交通运输局，乙方江阴市交通工程建设总公司。工程结算方式：固定单价（工程量按实结算），不下浮。建设工程结算审核书对案涉工程项目分别进行审核，列表分为：序号、项目名称、单位、施工单位送审造价、核定造价、备注等内容。双方告均对照审核表，将其施工部分列举制作了工程量清单。
关于钱文明对其主张的工程量，提供过三次工程量清单，钱文明认为第一次工程量清单内容是由代理人制作，未与其核对清楚，有一定的误差。2015年7月20日提交的第二份工程量清单，钱文明主张如海河大桥工程量为9004981.819元，钱文明认为增加的一次性钢护筒是由其实际制作安装，现场也存在，是否支持由法院认定；其他部分的异议见质证意见。对向阳河中桥，钱文明主张的工程量为1833656.512元，江阴市交通工程建设总公司对其中的403-3、403-4两项上部结构钢筋和附属结构钢筋工程量提出异议，钱文明予以确认，该两部分确实非钱文明施工内容，应予以扣除。钱文明提供了第三份工程量清单（即2015年9月6日清单），确定如海河大桥的工程量为9004981.819元，向阳河中桥的工程量为1627716.84元，合计10632692.66元。
关于一次性钢护筒，钱文明补充说明：在合同、审计报告中是没有，但实际施工过程中由钱文明施工，江阴市交通工程建设总公司审计时未列为审计项目，但钱文明已施工并实际使用，数量是21296.74kg,单价6.35元，要求结算价格135234.3元。另，支座垫石，根据审计确定的数量（2.82平方米）及单价(400元)，要求结算价为1128元（如参照向阳河中桥确定单价320元，则结算价为902.4元，结算价格相差225.6元）。
江阴市交通工程建设总公司于2016年2月1日提交了自行制作的工程量确认函，其中如海河大桥工程量为5289118.92元；向阳河中桥工程量为814526.06元。钱文明质证认为系单方行为，不予认可。但其中如海河大桥四项补差，共计102745.6元，构成江阴市交通工程建设总公司单方自认，应计入钱文明的工程总量。扣除金额的计算，应根据2008年8月24日的补充协议约定，原合同中该项目中的费用不再计列给钱文明，而不应该倒过来扣除914760元。
关于付款情况：江阴市交通工程建设总公司提交了73份付款资料，包括凭证、签收单、用款申请单等，总金额8277266.93元。钱文明为此提交汇总表一份，汇总表中列有编号、时间、资金用途、付款金额、钱文明方确认金额、经办人、不认可金额、理由及备注等内容。钱文明认可的金额是5670683.79元，不认可金额是2606583.14元。钱文明不予认可的单据共13份，部分已说明了理由（见质证意见）。钱文明陈述：因如海河大桥的工作量比较大，整个工程的时间比较紧，为了不影响整体工程的进度，我是三台打钻机，刘勇进了两台，刘勇也不认识打钻机的人，根据施工的量给钱，机械费和人工费是一米150元，钱也是我给的。江阴市交通工程建设总公司陈述：根据合同应该由钱文明施工，包括工期等都是有约定的，他进场后施工进度比较缓慢，在严重影响工程进度的情况下，我们只好自己调了两台过来赶进度，施工费和钢筋的费用都是我们结算的，钱文明并没有结算，只是由钱文明的技术人员出具了完成的工程量。人工费和机械费是40多万元，有付款的手续，是项目部付的。钱文明陈述：这个费用是在我的工程款中扣除的，当时我已经签字认可12万元。余亮在江阴市交通工程建设总公司的其他工程上也有施工，只要有钱文明签字我们都认可。
钱文明明确诉讼请求组成：钱文明确认并同意江阴市交通工程建设总公司已支付及确认垫付的款项在工程款结算中予以扣除。钱文明主张总工程款为10632693.66元，加钢筋补差102745.6元，实际的工程应付工程款为10735439.26元，扣减钱文明认可金额7952296.93元，江阴市交通工程建设总公司尚结欠工程款2783142.33元。本案工程款本金暂按200万元主张，其他的我们不放弃权利，另行诉讼。
江阴市交通工程建设总公司陈述：若当年结算，还欠60万左右。但当年9月钱文明离开时，当天签署了6份委托书，委托这些人向我要钱。钱文明的这些行为给江阴市交通工程建设总公司造成的损失不止60万元。
关于诉讼时效，钱文明举证向江阴市交通工程建设总公司项目负责人刘勇发出的手机信息，两份律师催讨函，其中一份的时间是2012年12月27日，送达的时间是2012年12月28日。第二份催讨函是2014年12月15日，邮寄时间为2014年12月16日。钱文明邮寄诉状给如皋法院立案庭的回执。
钱文明于2015年3月30日向一审法院起诉，要求判如所请。关于钱文明诉状的签名，其明确表示追认。
一审法院认为，本案争议焦点如下：一、合同效力及主体。江阴市交通工程建设总公司项目部与钱文明签订建设工程施工合同，将其承建的部分工程分包给钱文明施工，双方签订了建设工程施工合同。因钱文明不具备建设工程施工资质，江阴市交通工程建设总公司将工程违法分包给钱文明施工，以上行为均违反了法律法规的强制性规定，故该合同应为无效。钱文明系案涉工程的实际施工人。从双方订立的施工合同看，江阴市交通工程建设总公司将其承包的工程中的部分工程分包给钱文明施工。从钱文明提交的与他人签订的分包合同及租赁合同等，结合江阴市交通工程建设总公司在审理中提交的工程量确认函，主张已向钱文明付款达几百万元等事实，也可证明钱文明系实际施工人。钱文明有权向江阴市交通工程建设总公司主张相关工程款，双方主体适格。
二、钱文明是否具备向江阴市交通工程建设总公司主张权利的条件？从整体工程看，早已竣工交付使用，钱文明所施工的工程中如海河桥为桥梁下部结构，向阳河桥为桥面以外的部分。双方虽未办理单项验收手续，但后期工程已完成，整体工程已竣工验收并已交付使用，甲方已对整体工程审计完毕，应视为钱文明施工内容合格。本案合同虽无效，但钱文明已按合同约定履行了相关义务，江阴市交通工程建设总公司应按合同约定的方式与钱文明结算并支付工程款。
三、钱文明完成的工程量如何界定？合同约定的施工范围包括如海河大桥下部和向阳河中桥全部，双方订立了施工合同，并附工程量清单。后来订立了两份补充协议，分别为：钢材价格及补差；向阳河中桥部分工程改由江阴市交通工程建设总公司施工。钱文明施工的工程量应根据合同及附件清单约定的范围，对照审计报告中确认的工程量，逐项确认。结合双方提交的确认函，均反映了钱文明施工的工程量基本存在。价格按双方合同及附件约定的价格予以认定，该价格为固定单价，在合同所附清单中已有约定。对照双方提交的工程量确认单，其中一致的部分法院无异，存在争议的部分分别认定。江阴市交通工程建设总公司提交的工程量确认单，其中既有工程量确认，又有代付款、违约金等。关于代付款、违约金等本应计入已付款或其他项目，如在此项中认定，则已付款或其他项目中不再重复计算。江阴市交通工程建设总公司主张钱文明未完成的工程量及应承担的相关费用，应由其举证，因为钱文明离开工地后，江阴市交通工程建设总公司作为发包方应保存证据。
关于如海运河大桥：
A、钱文明提出主张,江阴市交通工程建设总公司确认,即双方提交的确认单一致的部分，法院无异。（403-1）基础钢筋（包括灌注桩、承台等）光圆钢筋（I级）计402814.72元，（-a）HRB335计1275147.7元。（403-2）声测管Φ48*3mm（含检测）797400元，（-a）光圆钢筋（I级）210038.84元，（-b）带肋钢筋（HRB335、HRB400)957587.84元。（409-1、-d）钻孔灌注桩（陆上）Φ=1.5m计1985500元。（410-2、-a）系梁砼C25计83362.4元，（-b）墩台帽、挡块、耳背墙C30计551808元，（-c）墩身C30计147360元。该项合计6411019.5元。
B、钱文明提出主张，江阴市交通工程建设总公司有异议。钱文明主张（409-1、-f）钻孔灌注桩（水中）Φ=1.5m计2457600元，江阴市交通工程建设总公司主张工程量差39.4，价格差46080元，要求调整为2411520元，钱文明无异，法院确认。钱文明主张增加一次性钢护筒（直径1.8m*6m*5mm）制作安装135234.29元、支座垫石1128元，钱文明认为在工程中确实存在，但江阴市交通工程建设总公司未认可，对照审计核定量中没有此项内容，法院也无法确认该项的价格，钱文明未能进一步举证，法院对其该项主张难以支持。该项计2411520元。
C、江阴市交通工程建设总公司提出主张，钱文明认可，法院无异。江阴市交通工程建设总公司主张扣甲供土工布-5400元，钱文明无异，法院确认。（403-1）光圆钢筋（I级）前14跟补差8877.7元、带肋钢筋（HRB335、HRB400）前14根补差28176.8元、光圆钢筋（I级）后12根补差16198.7元、带肋钢筋（HRB335、HRB400）后12根补差49492.4元。计102745.6元。钱文明认为系江阴市交通工程建设总公司自认，并要求计入总价。对照2008年5月8日的补充协议，从该协议内容看，是因钱文明施工过程中钢材涨价，就前14根桩和后12根桩的补差达成的协议，且仅限于26根桩补差。可见此26根桩的钢材是钱文明提供的，否则不存在向钱文明补差。该协议内容应理解为江阴市交通工程建设总公司同意补差给钱文明，现江阴市交通工程建设总公司提出给钱文明补差，并明确了金额，钱文明认为系对方自认，法院可予认定。该项计97345.6元。
D、江阴市交通工程建设总公司提出主张,钱文明有异议，分别认定。⑴、余亮施工灌注桩光圆钢筋（I级）-115746.4元，余亮施工灌注桩带肋钢筋（HRB335、HRB400）-366826.24元，余亮施工灌注桩混凝土625674元，余亮施工钻孔灌注桩（水中）¢=1.5m计-1416240元。法院认为：钱文明与余亮之间存在工程分包关系，属钱文明分包给余亮施工的部分，应包含在钱文明的工程量中，应由钱文明向余亮支付工程款。江阴市交通工程建设总公司提交的用款申请单中其向余亮的付款，应由钱文明确认，现钱文明经法院审理后认可对方代其给付余亮的款项计42万元，并已作相应扣减，可见江阴市交通工程建设总公司系代钱文明支付给余亮工程款。江阴市交通工程建设总公司主张余亮工程款增减所依据的证据为备注⑤，但该证据内容表述不完整，江阴市交通工程建设总公司又无其他证据佐证，法院难以据此直接认定。故对其主张的该项请求不予支持。⑵、江阴市交通工程建设总公司主张：光圆钢筋（I级）26根后甲供-118897.06、带肋钢筋（HRB335、HRB400）26根后甲供-382244.66、光圆钢筋（I级）甲供-181397.18元、带肋钢筋（HRB335、HRB400）甲供-827007.68元。根据2008年5月8日补充协议，对于26根桩之后的其余钢材价格均按3800元/吨计算，并未约定26根桩之后存在补差。江阴市交通工程建设总公司提交的2008年12月10日用款申请单，明确两桥甲供钢材为563.7403吨，金额为2142213.14元，钱文明也予以认可，同意纳入扣款，法院在待后计算已付款时已确认该扣减金额。现江阴市交通工程建设总公司在此项中再进行扣减，系重复扣减。同时，江阴市交通工程建设总公司亦未能举证证明其主张的该项甲供钢材是在已扣减的甲供钢材之外。故对其此项主张，法院不予支持。⑶、扣砼站使用费-157128.98元、扣使用发电机电费-30760元，江阴市交通工程建设总公司扣款依据为备注①即双方所订合同，未能进一步提交证据，但结合双方合同中约定该项约定了计算方法，法院综合考虑建设工程的实际需要，酌情支持部分费用，扣砼站使用费-100000元、扣使用发电机电费-30760元。该项合计扣减130760元。⑷、扣场地及生活区租赁费-66000元，江阴市交通工程建设总公司提交了租赁合同，其中6万元为合同约定租金，6000元为延期费（附收条及银行转账支票存根），虽6万元未有收条及转账凭证，但江阴市交通工程建设总公司主张已代付，可予认定。该项扣减计66000元。⑸、扣顾天琦搅拌车租赁费-234000元，依据的是备注⑧，但从顾天琦出具的收条和银行转账存根均为84000元，故法院认定该项顾天琦搅拌车租赁费－84000元。应计入已付款。该项计84000元。⑹、扣田某欠款-60000元、扣砼站被扣押期间损失-180000元，江阴市交通工程建设总公司在其制作的确认函“备注”栏内也未有相应证据证明，法院不予支持。另，田某欠款在原付款结算单42、43、44项计615000元中已计算并扣减，不应重复计算。⑺、扣节点滞后－120000元，江阴市交通工程建设总公司依据备注⑨，但该扣减是针对6座桥，钱文明施工的为其中部分，法院酌定该项－40000元。
如海河大桥应付工程款为8599125.1元。
关于向阳河中桥：
A、钱文明提出主张,江阴市交通工程建设总公司确认,法院无异。（403-1）基础钢筋（包括灌注桩、承台等）（-a）光圆钢筋（I级）计73735.2元，（-b）带肋钢筋（HRB335、HRB400)295606.08元。（403-2、-a）光圆钢筋（I级）29348.88元，（-b）带肋钢筋（HRB335、HRB400)123986.28元。（409-1、-a）钻孔灌注桩（水中）Φ=1.2m计460800元，（-b）钻孔灌注桩（陆上）Φ=1.2m计440640元。（410-2、-b）墩台帽、挡块、耳背墙C30计104156元，（-c）墩身C30计21736元。（416-1、-d）GYZ200*42计46080元，（-f）GYZF4200*44计30720元。
钱文明主张（410-6、-e）支座垫石C40计902.4元，江阴市交通工程建设总公司虽未认可，但已纳入审计，应计入总工程款。该项合计1627710.84元。
B、江阴市交通工程建设总公司主张：（403-1、-b）光圆钢筋（I级）甲供-63680.4元、带肋钢筋（HRB335、HRB400)甲供-255296.2元，（403-2、-b）光圆钢筋（I级）甲供-25346.76元、带肋钢筋（HRB335、HRB400)甲供-107079.1元。法院不予支持，理由同前。
C、江阴市交通工程建设总公司主张：(411-8)预制、安装预应力混凝土上部结构C50（含钢筋、钢绞线）609840元,同时要求扣除开源公司购买梁板-914760元、梁板封头砼-5960元。法院认为，根据2008年8月24日订立的补充协议，约定：乙方将向阳河中桥的施工原合同范围内的铰缝、桥面、桥头搭板、伸缩缝等交由甲方施工，乙方一次性补偿甲方5万元，原合同中的该项目中的费用不再计列给乙方。补充协议约定桥面等项目由江阴市交通工程建设总公司施工，事实上该项目也是由公司施工完成。由此可见，公司不应将该项计列给钱文明，也不应将由其与南通市开源交通建设工程有限公司结账清单中的项目向钱文明扣减。
D、违约补偿－5万元，双方无异。
向阳河中桥应付工程款为1577710.84元。
综上，两桥应付工程款为10176835.94元。
四、已付工程款是多少？关于已付款，江阴市交通工程建设总公司提交了73份付款资料，总金额8277266.93元，钱文明认可的金额是5670683.79元，法院确认。钱文明不予认可的单据共13份，分别认定如下：16、如海河大桥检测费159480元，钱文明虽称无付款凭证不予认可，但在用款申请单上有刘勇和钱文明签名，该用款申请单的性质为内部审批手续，刘勇主张已代为支付，法院可将该款列为已付款。18、2008年10月23日补胎费675元，经办人是吴宗明，有刘勇签字。钱文明虽未签名确认，但也未否认，应予认定。24、石料3万元，虽无付款凭证，但在用款申请单上有刘勇和钱文明签名，江阴市交通工程建设总公司主张已代为支付，应计入已付工程款。33-41、江阴市交通工程建设总公司提供支付给余亮的工程款有9项，其中钱文明认可2008年7月7日支付的12万元，另8项虽无其签名，但对方提交的证据中表明已实际支付，法院可予认定。余亮付款共计42万元。50、黄沙27375元，在用款申请单上有刘勇和钱文明签名，应予认定。68、两桥钢筋计2142213.14元，双方均无异议，法院确认。上述已付款为8277266.93元。
综合上述三、四项，应付款为10176835.94元，减已付款8277266.93元，尚欠工程款为1899569.01元。关于钱文明主张江阴市交通工程建设总公司支付逾期付款利息，法院认为，因钱文明主张的欠款金额，至作出本判决书之日才能确定，故对利息之请求不予支持。
五、是否超过诉讼时效？双方虽在合同中约定了工程款的支付方式，但同时又约定：工程量结算按业主签认并经审计确定的工程量为准。双方在工程结束后没有结算工程款，事实上没有业主审计报告也无法结算。根据合同约定的工程款计算方法，钱文明直至起诉后通过向法院申请调查，才获取了审计报告资料，并对照审计报告确认了其应得的工程款。另，钱文明也提交了在此阶段内向江阴市交通工程建设总公司主张权利的相关证据，故不应认定超过诉讼时效。
据此，依照《中华人民共和国合同法》第五十二条第（五）项、第一百零九条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第一条、第二条、第十六条规定，一审判决：一、江阴市交通工程建设总公司于判决生效后10日内给付钱文明工程欠款1899569.01元。二、驳回钱文明的其他诉讼请求。案件受理费22800元，由钱文明负担1145元，由江阴市交通工程建设总公司负担21655元。
二审中，上诉人提供以下证据：1.情况说明以及余亮计算工程量清单、派工单、证明余亮与钱文明之间不存在分包关系，余亮与上诉人之间存在分包关系，所以余亮施工工程量不应当计算在被上诉人所施工范围内。2.砼站使用明细，证明混凝土使用量为10475.94方，可以根据图纸计算出来。3.中间检验申请单，证明搅拌站使用期限以及拌车使用期间，最低不得低于五个月。4.银行转账记录，证明2010年12月28日除一审认定的还支付了田某6万元。被上诉人质证认为，1.余亮签订的书面说明只是一方陈述，与本案事实不符，工程量在一审中已经认定，且所有付给余亮的款项，被上诉人提出争议或者无争议的一审法院均扣除。余亮只是配合钱文明做了部分项目。2.该证据是上诉人单方制作，不具有证据效力。3.一审查明顾天琦不仅向案涉项目供货，搅拌站的使用时间与本案没有直接关联，且检验申请单不能证明搅拌站使用时间。4.田某与刘勇之间可能有其他往来，该证据与本案没有关联。
本院经审理查明，原审法院查明的基本事实正确，本院予以确认。
本院认为，本案二审的争议焦点为：1.上诉人主张扣除部分工程款和垫付的费用是否有依据。2.钱文明主张权利是否超过诉讼时效。
关于争议焦点1，关于钱文明应得工程款和应当扣除的款项，一审已做了详细分析，但上诉人仍对其中部分存有异议。对此本院分述如下：第一，关于余亮施工的工程量，上诉人认为均由其直接发包没有依据。本院经审查，首先，部分余亮的付款申请单有钱文明的签字，部分付款申请单上刘勇还写明列钱文明，这和其他分包人的形式一致。第二，关于砼站使用费，上诉人未能提供充分证据证明，一审予以酌情支持并无不当。第三，关于顾天琦搅拌车的租赁费用，上诉人提供了支付证明显示其支付了84000元，未能提供其他支付凭证，对其主张另支付150000元无法认定。第四，关于上诉人主张扣田某欠款60000元，其提供了2010年的转账记录，但本院发现在2009年上诉人支付田某欠款时，付款申请单注明“刘总项目部工程款结清”，因此该60000元难以认定系本案所涉款项。第五，关于节点滞后款，是针对六座桥，钱文明施工的系其中一部分，一审予以酌情扣件并无不当。第六，关于向阳河中桥部分，双方签订了补充协议，钱文明原施工的部分工程由上诉人施工，对此双方也协商进行了补偿。故上诉人不可再要求钱文明承担其他差价。
关于争议焦点2，双方在工程结束后未结算工程款，没有审计报告钱文明也不知道应得的工程款数额，在钱文明获取了审计资料之后，对照审计报告确认了其应得的工程款数额，应当以此认为其知道或应当知道权利受到侵犯。且钱文明数次向上诉人主张了权利，一审认定其未超过诉讼时效于法有据。
综上，原审判决认定事实清楚，适用法律正确，程序并无不当，应予维持。据此，依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第一项规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费22280元，由上诉人江阴市交通工程建设总公司负担。
本判决为终审判决。
审 判 长 杨 盛
代理审判员 谷昔伟
代理审判员 张峥嵘
二〇一七年一月十一日
书 记 员 周 敏