云南省普洱市思茅区人民法院
民 事 判 决 书
（2015）思民初字第1031号
原告周铁军，男，哈尼族，生于1958年8月20日，高中文化，个体户，现住普洱市江城县。
委托代理人饶康，云南乾楷律师事务所律师，代理权限为特别授权。
委托代理人杨佳桦，云南乾楷律师事务所律师，代理权限为特别授权。
被告云南建工水利水电建设有限公司。
地址昆明市东郊路78号。
法定代表人李正强，该公司董事长。
委托代理人余世忠，云南睿信律师事务所律师，代理权限为特别授权代理。
委托代理人田玲玲，云南建工水利水电建设有限公司员工，代理权限为特别授权代理。
第三人普洱市水务有限责任公司。
地址普洱市思茅区茶城大道30号。
法定代表人王斌，该公司董事长。
委托代理人张虹，云南五木律师事务所律师，代理权限为特别授权代理。
委托代理人胡嵎畑，云南五木律师事务所实习律师，代理权限为特别授权代理。
原告周铁军与被告云南建工水利水电建设有限公司（以下简称建工公司）、普洱市水务有限责任公司（以下简称市水务公司）建设工程承包合同纠纷一案，本院于2015年6月19日立案，依法组成合议庭进行审理。因本案案情复杂，经报请延长审理期限60日。本案于2015年8月19日上午、下午、2015年11月13日三次公开开庭进行了审理。原告周铁军的委托代理人杨佳桦、被告建工公司的委托代理人余世忠、第三人市水务公司的委托代理人张虹、胡嵎畑参加了第一次庭审、原告周铁军及委托代理人杨佳桦、被告建工公司的委托代理人余世忠、第三人市水务公司的委托代理人张虹参加了第二次庭审，原告周铁军及委托代理人杨佳桦、被告建工公司的委托代理人余世忠、田玲玲、第三人市水务公司的委托代理人张虹参加了第三次庭审，本案现已审理终结。
原告周铁军诉称：2006年10月24日，云南省建筑机械化施工公司将自己向普洱市绿源供水有限公司承包的思茅市木乃河水库工程分包给原告。为此，双方签订《思茅市木乃河水库工程施工协议书》，同时，原告向被告支付了30万元的履约保证金。该协议对工程内容、工程数量、单价、保证金返还等作出了约定，其中，工程款的支付，双方约定以工程进度应付款的75%支付，工程结算以实际完成工程量计算，工程完工后，双方共同协作完成整体工程竣工验收及竣工结算，工程结束时全额退还履约保证金等。其后，云南省建筑机械化施工公司变更名称为云南省建工水利水电建设有限公司，即本案被告，双方签订合同的权利义务由被告建工公司继受。原发包人普洱市绿源供水有限公司，于2012年8月经普洱市人民政府批准，与原普洱市自来水总厂、普洱市润普工程质量检测有限责任公司合并并组建成立普洱市水务有限公司。2007年5月30日，原告承包的工程全部完工并提交被告验收。2008年1月3日，普洱市审计局与绿源公司审核通过了被告提交的《工程预（结）算验证书》，审定了工程量及工程款为9997836.86元。据此，按原、被告双方签订的合同单价，依据《工程预（结）算验证书》审定的工程量，被告应支付原告的工程款为7124325.69元。但工程竣工后，被告以各种理由推诿、拖延付款及返还履约保证金。期间，在原告的追要下，被告陆续分19次支付原告工程款4455860元。截止2015年2月16日，被告最后一次付款，被告仅向原告支付工程款合计4455860元，尚欠工程款2618465.69元及履约保证金30万元。依据合同约定，履约保证金应当在工程结束时全额返还，但被告并未按约定履行。因此，原告要求被告支付自2007年6月1日起至2015年7月17日期间的履约保证金的利息（利息按照2007年7月21日中国人民银行公布的5年贷款利率7.38%计算，诉讼期间的利息另计），共计178965元。另，在工程完工后，被告一直拖欠支付原告工程款，违反双方协议约定，原告仅要求计算2012年2月3日起计算未付工程的利息，为589852.03元。原告起诉，请求判令：1、被告支付工程款2618465.69元及利息589852.03元；2、被告返还履约保证金30万元及利息178965元；3、被告支付合同外新工程机械增台班费1249209.01元；4、第三人在未付工程款范围内承担工程款支付责任；5、被告承担本案诉讼费用。
被告建工公司答辩称：被告认可有待付原告工程款的事实，并认可已支付原告4455860元工程款的事实，2006年10月24日，原、被告签订《思茅市木乃河水库工程施工协议书》，其中约定工程内容为：土石方开挖、外运、粘土回填，采取综合单价的承包计价方式，按双方认可的实际完成工程数量进行结算等。被告对原告所提的《工程预（结）算验证书》的真实性、合法性无异议，但原告以此作为依据主张工程款与本案无任何关联性，不能作为其主张的直接证据，实际被告只欠原告工程款为236639.13元。其理由如下：一、原告不是本工程的总（不整体）承包人，该项目尚有其他承包人杨从安、陈大富等，原告只是该项目的承包人之一，除与原告合作之外，被告于2007年9月18日、2007年5月26日把该项目的其他施工内容承包给了杨从安、陈大富，有工程任务书和银行打款存单为证，原告以《工程预（结）算验证书》即业主的结算书作为自己诉求的证据是不合法的，与本案无关。二、原告与被告签订合同后，在实际合同履行过程中，针对工程款计算依据双方已经做了更改，没有按照合同单价作为计价方式，而是按照料场挖机实际完成的工程量和价格来计算工程款项的，其中被告于2007年1月26日、2007年2月26日、2007年3月26日、2007年4月26日、2008年9月20日及后续的2012年2月3日、2014年1月13日、2015年1月19日、2015年2月15日向原告支付的工程款都是按照其料场挖机实际完成的工程量和价格来计算款项的，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条第一款之规定，“当事人对建设工程的计价标准或计价方法有约定，按其约定结算工程价款。”据此，原告之主张不符合法理，合同是双方当事人共同约定意思自治的结果，签订合同后直至工程款结算支付的过程中，双方当事人已变更了合同的约定，原告在工程任务书及相关收款收据上也已接受并签字确认，认可按照实际工程完成量来支付款项。《工程预（结）算验证书》是2008年1月3日经普洱市审计局审计作出的，对被告承包的整体工程项目的结算书，不是针对原告的结算书。原、被告双方早在1年前就对工程款的结算依据达成合意，双方认可并支付了工程款。
被告不认可收到原告30万元的履约保证金，也未使用过“云南省建筑机械化施工公司思茅项目部”字样的公章。原告主张的履约保证金，一无银行打款凭证，二无其他相关直接证据予以佐证。因保证金不存在就无支付利息之说。至于工程款利息，被告不予承担支付利息。对于原告所诉合同外新工程机械增台班费1249209.01元，系原、被告双方合同范围内的工作内容，只是计算方式与约定的计算方式不同，属于重复起诉。对由第三人在欠付工程款范围内支付原告工程款，被告无异议。综上所述，请求依法裁判。
第三人市水务公司答辩称，第三人只承担对被告的付款责任，第三人之前和被告协商过在欠付被告的工程款669898.67元范围内逐步向被告分期付款，一次性支付第三人没有能力。
根据原、被告、第三人的诉辩主张，本案的争议焦点为：1、被告应支付原告工程款的数额是多少？2、所欠工程款如何支付？
原告周铁军为证明自己的诉讼主张向本院提供了以下证据材料：
1、合同协议书、补充协议各1份（复印件，说明原件存于第三人处），证明本案的工程是思茅市绿源供水有限公司（2012年底，普洱市自来水总厂、普洱市绿源供水有限公司、普洱市润普工程质量检测有限公司合并组建普洱市水务有限责任公司）；合同将木乃河水库工程（大坝工程）承包给云南省建筑机械化施工公司。
经质证，被告及第三人无异议。
2、施工协议书1份（复印件），证明原告与云南省建筑机械化施工公司签订施工协议，承包思茅市木乃河水库工程的施工工程，协议对工程内容及名称地点等作了约定，并约定原告施工工程的包干价和单价，对付款方式及结算方式作出了明确的约定，工程款以工程进度应付款的75%支付，结算以双方实际完成量计算，并约定在合同签订时原告需向被告交纳30万元的合同保证金。
经质证，被告建工公司对真实性、合法性、关联性认可，但认为原、被告在施工过程中已经口头变更了工程款的计价方式。第三人市水务公司不认可，认为与第三人无关。
3、审核验证定案表及工程预（结）算验证书各1份（复印件），证明工程竣工结算通过业主及普洱市审计局审核通过，竣工结算时间为2008年1月5日，木乃河水库工程的工程量情况，即原告所完成的工程量情况，工程款审定金额，被告在工程竣工结算后，应当按约定支付工程款。
经质证，被告对真实性、合法性认可，但认为与本案无关联性。第三人对真实性认可，不认可原告的证明目的，因原告完成的工程量第三人不清楚。
4、收条1份（原件），证明2006年11月9日，原告按约定支付30万工程履约保证金给被告，该收条是被告的工作人所写，被告2006年前做的工程使用过收条中的公章，原、被告双方签合同是未盖章，合同章是换新章后补盖，保证金的收条是在合同盖章前付的，故收条用的是旧章。
经质证，被告不认可，因被告无收条中的章。第三人不认可，因与第三人无关。
5、工程量计量清单1份（原件），证明工程量按被告提交竣工验收材料为准，以双方约定的单价及包干价计算，原告应收的工程款及返还的保证金共计7424325.69元。
经质证，被告不认可，因该材料是原告自己制作的，未经被告确认。第三人不认可，因与第三人无关。
6、收据1份（复印件），证明原告向云南省建筑机械化施工公司承包的木乃河水库工程，后因公司名称变更，工程款遂以被告建工公司的名义向原告支付，2012年2月3日，被告向原告支付5万元，双方债权债务时效中断，并由此重新计算，原告以此作为被告未付工程款利息及计算的起始时间。
经质证，被告对真实性、合法性、关联性认可，但不认可应支付工程款利息。第三人不认可，因与第三人无关。
7、发票3份、证明3份（原件），证明2014年1月14日，被告向原告支付工程款20万元，2015年1月19日，被告向原告支付工程款15万元，2015年2月16日，被告最后一次向原告支付工程款10万元，双方债权债务时效中断，根据税务机关的要求，被告向原告出具发票内容真实性证明，原告亦是按原告付款时间计算未付工程款利息。
经质证，被告对真实性、合法性、关联性认可，但不认可应支付工程款利息。第三人不认可，因与第三人无关。
8、工商登记卡片1份（复印件），证明云南省建筑机械化施工公司是被告建工公司的曾用名称，其作为合同相对方，权利义务应当由被告继承。
经质证，被告、第三人均无异议。
9、工程任务书2份（复印件），证明任务中的工程是原告完成的工程。
经质证，被告认为是复印件，不予质证，且任务书中的工程不是原告所说的合同外的工程，是合同内的工程，只是结算方式不同。第三人不予认可。
10、原告申请证人左某出庭作证，左某陈述，左某是木乃河水库工程建设时，云南建筑机械化公司（现改名为云南建工水利水电建设有限公司）的技术员，管现场施工，即现场施工的测量，现场施工质量等，对于签合同左某不参与，也不知道原、被告如何签合同，周铁军施工范围是由被告公司领导告知左某，公司结算是由刘自田与周铁军结算。该工程被告分包出去两部分，一部分是陈大富做，一部分是周铁军做，从进场开工、大坝回填、回流都是周铁军做的，上游大坝护坡是陈大富做，被告自己做的是观测设施和测渗水量设施。周铁军做的工程应是与甲方的结算书中扣除陈大富、被告做的，其他都是周铁军做的。周铁军未与左某签过工程任务书，但该工程对甲方的结算资料左某做过，当时木乃河水库建设时被告公司有4人在做该工程。该工程步骤是进场先清基、截流、大坝回填。从下到上，一次性完成，该工程2007年5月1日封顶，陈大富是2007年5月1日才开始做工程的。该工程施工步骤不能打乱，应按以上步骤做，大坝主体工程的材料配比需要标准。经看工程预（结）算验证书，左某认可预结算书是其所作，其中C20砼预制块护坡、碎石垫层、护坡登脚是陈大富做的，被告合同外C20不知道是谁做的，被告公司做的是位移标点、工作基点、校核基点、测压管，剩下的部分是周铁军做的。经看被告举证的5份工程任务书，左某不认可其中有工长左某签名的签字是左某所写，因2008年4月左某辞职，在此以后签字就不可能是左某所签。导流部分工程任务书中施工人杨从安，左某不认识，也不知道杨从安是否参与施工。但认可工程任务书中周铁军签订的工程是周铁军所作，但工程任务书不全，因上游导流部份没有，清基没有。工程在2007年5月就基本完工，此后不可能存在回填的问题。各施工队做的工程量左某做过报表，做好是交给被告的项目经理刘自田。
原告用以证明证人是被告的技术人员参与了涉案工程，被告提交的工程任务书是虚假的，因其中左某签字不是本人所签，根据工程任务书看，做工程的顺序和材料的配比、工程量与实际不一致。
经质证，被告不认可，因左某的陈述前后矛盾，因工程员应先看工程任务书才进行结算，如左某签字是虚假，结算书虚假，原告的诉讼请求不成立，原告领款的依据也没有。工程任务书是原、被告实际对帐的依据，左某是否签字不影响原、被告对工程量的核对。第三人认为，不清楚原、被告的具体施工方式。
11、经原告申请，本院向证人张某、石某询问，并制作了《询问笔录》（当庭宣读）。
证人张某陈述，木乃河水库工程建设施工时，张某是普洱市水务公司下设的木乃河工程建设管理局局长，主管该项工程的建设管理。被告建工公司中标的是第一标段拦河坝工程，该工程中，建工公司自己做的只是观测设施，还有石屏老板做了拦河坝上游护坡和碎石垫层，其余部份都是周铁军做的。施工过程中，建工公司所作的增加项目工程都是周铁军做的，建工公司自己未做，因他们公司只有管理人员，没有施工人员。周铁军是建工公司的合作伙伴，他们内部如何结算、付款不知道。周铁军做的工程内容项目较多，根据甲方与建工公司的结算书可看出，扣除建工公司和石屏老板做的项目外，都是周铁军做的。
证人石某陈述，木乃河大坝工程建设时，甲方绿源供水公司委托云南恒诚工程建设监理咨询有限公司进行该项工程的监理，证人作为云南恒诚工程建设监理咨询有限公司的监理参与工程建设，并参与了甲方绿源供水公司与建工公司的结算，在结算书上签了字。建工公司承包工程除大坝上游混凝土预制块护坡、大坝的观测设施以外的都是周铁军做的，因工程施工期间，每完成一部分都要由监理验收检查，当时大坝上游混凝土预制块护坡、大坝的观测设施以外的工程都是周铁军在现场指挥，安排设备，至于建工公司与周铁军是什么关系不知道。
原告用以证明被告承包工程实际是由周铁军、陈大富、被告三方所作，证人证言可证明周铁军所作工程量和工程内容，张某所说的增加项目工程就是原告所诉的合同外的增加工程。
经质证，被告不予认可，因张某是甲方管理局的局长，建设单位中是对建工公司的工程量确认，不是直接对周铁军，不能证明周铁军做的工程量。第三人认为，张某的证言有一定可信度，可反映当时的工程情况，石某是监理公司的代表，参与了整个工程，也有一定的可信度，由法庭进行裁决。
12、经原告申请，本院向普洱市水库管理局调取了箐门口水库工程中，现场组织机构主要人员审批表1份、工程量签证单2份（复印件，注明原件存于普洱市水库管理局），原告用以证明云南建设机械化施工公司用过原告提交的收条中的云南省建筑机械化施工公司思茅项目部这个公章。
经质证，被告认为该证据材料与本案无关联性，不排除被告在箐门口水库工程中用过此公章，但不认可在周铁军所作工程中用过此公章。第三人对真实性认可，但认为与第三人无关。
被告建工公司为证明其抗辩主张，向本院提交以下证据材料：
1、工程任务书6份、三方工程量对照表1份（原件），证明原告实际完成工程量，被告尚欠原告工程款的事实，原、被告已就工程款做了另行约定，并已按约定履行合同。
经质证，原告不认可真实性、合法性、关联性，因工程任务书是被告伪造的，其中周铁军签字不是本人所签，三方工程量对照表是被告单方所作，无被告公司盖章，且所载工程内容与原、被告的施工协议书中的工程内容不一致。第三人认可真实性，不认可合法性、关联性和证明目的，因有4份工程任务书有开工和竣工时间，竣工日期都是4月30日前，后2份没有开工和竣工日期，更像是原、被告补签的。
2、杨从安工程任务书1份、陈大富工程任务书2份，向陈大富支付工程款凭证1份、决算书1份（原件），证明被告承包工程中原告不是唯一承包人，原告提交的《工程预（决）算验证书》不能作为本案依据在，与本案无关，双方应按约定变更后的合同履行。
经质证，原告对杨从安工程任务书不认可，从杨从安工程任务书上内容为施工导流，但实际施工导流工程内容涵盖甚多，该任务书中所列仅为很少的部分，其次，工程导流结算高达30余万元，而按照业主的审计导流工程结算为35万余元，导流工程在原、被告的施工协议中为约定内容，实际也是原告完成的，该工程任务书是证人证言，在证人不出庭的情况下，不能作为证据使用，且该任务书，无开工、完工时间，也无具体工程说明，且工程验收签字人员与其他工程任务书不符，该工程任务书与原告无关。陈大富工程任务书，不真实，因从2007年5月份工程任务书内容是大坝主体的收尾工程，而在2007年9月的工程任务书是在进行大坝的主体工程施工，是自相矛盾的，且9月是雨季，不可能进行大坝主体施工，合法性上，该工程任务书是证人证言，证人未出庭，不能作为证据使用，且该工程任务书无开工、完工时间，也没有具体工程说明，无技监人员签字，该工程任务书与原告无关。向陈大富支付工程款凭证，因是存根，并非转帐记录，是否转帐给陈大富不确定，且属证人证言，在证人未出庭的情况下，不能作为证据使用，且与原告无关，决算书与原告提交的内容一致，对真实性、合法性、关联性认可，对证明目的不认可。第三人对杨从安工程任务书、陈大富工程任务书，向陈大富支付工程款凭证，真实性认可，不认可合法性、关联性和证明目的，对决算书的真实性、合法性认可，关联性和证明目的不认可。
3、工程结算任务书5份，证明原、被告的结算方式应按照以前结算过的方式以及工程任务书履行，杨从安做的是施工导流工程。
经质证，原告不认可杨从安的工程任务书，因施工导流是由原告施工的，工程价款为24万元，导流工程总的核算价才30多万元，不可能单杨从安做的这小部份就35万元，该工程任务书与木乃河工程无关，杨从安未到庭作证，不能作为证据使用，且无开工时间、项目顺序也是颠倒的。其他几份工程任务书时间是矛盾的，2007年9月进行大坝施工不合理，且属证人证言，证人未出庭，不能作为证据使用，无开工时间和完工时间，只认可上游护坡不是原告做的。第三人认为不清楚被告的工程承包情况。
第三人市水务公司未提交相关证据材料。
根据庭审举、质证，本院对证据材料认证如下：原告举证的12组证据材料，第1、3、8组证据材料，被告及第三人无异议，属共认证据材料，本院予以采信；第2、6、7组已经相对当事人即被告认可，真实、合法、与本案有关联性，本院予以采信；第4组证据材料，《收条》，原告已提交了原件，该《收条》中的云南省建筑机械化施工公司思茅项目部公章属被告的项目部使用过的公章，本院予以采信；第5组证据材料，属原告单方制作的工程量单据，因原、被告双方未对本案工程作全部结算，故工程量及价款应以本院确认的为准，对该工程量计量清单，本院不予采信。第9组证据材料，2份工程任务书与被告举证的内容一致，虽有原、被告共同签订，因工程任务书的内容与被告与第三人的竣工结算审核表中的新增工程量的价款差距较大，无法作为认定原告所作协议外的工程价款的依据，本院不予采信；第10、11组证据材料，三证人证言，三证人是本案工程施工过程中的被告的工作人员、第三人市水务公司的工程负责人、监理人员，三证人的证言能相互印证，且能与其他证据材料相印证，形成证据锁链，本院对三证人陈述的被告与第三人承包的工程中，除碎石垫、上游C20砼预制块护坡、位移标点、工作基点、校核基点、测压管，合同外工程中现浇上游C15砼护坡登脚、现浇下游C15砼护坡登脚以外，其他工程均为原告周铁军所作的证言予以采信；第12组证据材料中的被告公司云南省建筑机械化施工公司思茅项目部的公章能与第4组证据材料《收条》中的公章相印证，本院予以采信。被告举证的3组证据材料，第1组证据材料，6份工程任务书，其中2份原告认可是原、被告共同签字，因该2份工程任务书未按原、被告签订的协议约定的工程计价方式计算，另4份工程任务书未包含原告所作的全部工程项目，内容不完整，且该6份工程任务书的总价款、工程量与本院确认原告所作工程价款相差较大，故该6份工程任务书不能作为本案工程结算的依据。第2组证据材料，杨从安工程任务书，无其他证据材料印证杨从安做过本案工程，属孤证，本院不予采信，陈大富工程任务书，亦无其他证据材料证明该工程任务书中工程量的真实性，本院不予采信，向陈大富支付工程款凭证7份，收款人均不是陈大富，不能确定支付的工程款是否是付给陈大富，本院不予采信；决算书，亦与原告举证的证据材料内容相同，属共认证据材料，本院予以采信；第3组证据材料，5份工程任务书，其中陈大富所作上游护坡、碎石垫层工程能与其他证据相印证，其他工程项目无其他有效证据印证，本院仅对陈大富所作的上游护坡、碎石垫层工程予以采信。
经审理查明，2006年9月28日被告建工公司（原名为云南省建筑机械化施工公司，起诉时已更名）与第三人市水务公司（原思茅市绿源供水有限公司，起诉时已更名）签订《合同协议书》、《补充协议》，由第三人市水务公司接受投标，将思茅市木乃河水库工程第1标大坝工程承包给被告建工公司，合同中约定2006年10月7日进场，并于2007年5月30日前将拦河坝填筑到设计坝高程。2006年10月24日被告建工公司（甲方）与原告周铁军（乙方）签订《思茅市木乃河水库工程施工协议书》，约定被告建工公司将其承包的木乃河水库工程中导流围堰清基土石方开挖、外运以及导流围堰填筑及导流其他工作，坝体清基土石方开挖及外运、粘土回填、反滤料回填、棱体填筑、风化坝壳回填及碾压等、包括料场剥离、原材料的开采及运输、上坝施工道路的修建。并约定了所作工程各项目的单价、工程量，另注明约定的单价为综合单价包括施工中所有机械、风、水、电、人工费、料场剥离费、料场道路的修建及维护费用，其他临时设施费用….工程数量为设计数量，结算数量以双方认定实际发生数量为准。工期及保修期约定：2006年10月24日开工，整个大坝主体工程填筑必须于2007年4月30日全部完成。付款办法约定为：结算时，工程数量按甲乙双方认定实际完成量计算。工程完工后，甲乙双方共同协作完成整体工程竣工验收及竣工结算，除质保金外，工程尾款支付按同建设方的支付同比例进行支付。另在附则中约定，签订合同时，乙方须向甲方交纳30万元作为履约保证金，如乙方如约履行协议，则工程结束时甲方全额退还乙方。2006年11月9日原告周铁军按约定向被告交纳了30万元履约保证金，并于2006年10月26日开工，按双方合同约定完成了除碎石垫层外的工程，另增加做了合同约定以外的部份工程。本案工程完工后，2007年11月25日被告建工公司与第三人市水务公司结算，被告单位负责人张某、第三人项目部的刘自田、监理单位的监理石某签署《工程决算书》，三方认定木乃河水库第一标段大坝工程总造价为10034105.33元，其中1、导流工程造价351005.80元；2、拦河坝工程造价9134389.17元；3、合同外及漏项工程造价548710.37元。2008年1月5日该工程经竣工结算审核，制作了《工程预（结）算验证书》、《普洱市绿源供水有限公司木乃河水库大坝工程竣工结算审核表》。送审金额10034105.33元，审定金额9997836.86元。根据《普洱市绿源供水有限公司木乃河水库大坝工程竣工结算审核表》对照，被告与第三人合同外项目：除现浇上游C15砼护坡登脚、现浇下游C15砼护坡登脚，剩余合同外项目工程均为原告周铁军所作。原、被告均认可，在工程施工期间和工程完工后，至2015年2月15日，被告共支付给原告工程款4455860元。被告建工公司、第三人市水务公司均认可，涉案工程的工程款第三人还有669898.67元未支付被告建工公司。诉讼中，原告周铁军于2015年8月19日提交《司法鉴定申请》，申请对被告提交的有周铁军署名的4份工程任务书中周铁军的签字作笔迹鉴定，2015年9月25日原告周铁军提交了《撤回司法鉴定申请》，以找到新证据为由，撤回鉴定申请。
本院认为，原、被告签订的《思茅市木乃河水库工程施工协议书》，约定被告分包给原告所作水库大坝施工工程项目，属建设工程承包合同，本案的案由应为建设工程承包合同，因原告周铁军为无建设工程承包资质的个人，被告将工程分包给原告，违反了法律强制性规定，根据《最高人民法院法院审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第一条第（一）项规定，原、被告双方签订的合同违反了《中华人民共和国合同法》第五十二条第（五）项之规定，原、被告签订的工程承包合同无效，但原告所作工程已竣工并已交付使用。原告请求按合同约定支付工程价款的要求，依法应予支持。被告建工公司认可应及时支付原告所作工程的工程款，但不认可原告所诉的应付工程款数额。本院认为被告应及时支付原告工程款的金额，具体应计算为：一、原、被告签订的《思茅市木乃河水库工程施工协议书》中约定的工程项目，根据原、被告双方合同约定的工程项目及单价（扣除原告未作的碎石垫层），工程量参照被告与第三人竣工结算审核表中的实际工程量，计算为：1、导流工程总价包干为240000元；2、清基，单价为10.49元，已作工作量为69631.57立方，为730435.17元；3、风化坝壳料，单价为20.50元，已作工作量为178072.77立方，为3650491.79元；4、粘土心墙料，单价为16.28元，已作工作量为34149.84立方，为555959.40；5、反滤料，单价为62.50元，已作工作量为18536.33立方，为1158520.63元；6、堆石棱体，单价为55.60元，已作工作量为8903.90立方，为495056.84元；7、下游草皮护坡，单价为9元，已作工作量为7553.18平方，为67978.62元；8、下游草皮种植土，单价为9元，已作工作量为1506.51立方，为13558.59元；9、量水堰1个，14250元；10、C15砼预制块踏步、路肩，单价为340元，已作工作量为17.77立方，为6041.80元；11、M7.5浆砌石，单价为131元，已作工作量为171.50立方，为22466.50元；12、C15阻浆盖板，单价为228元，已作工作量为291.91立方，为66555.48元，合计7021314.82元；二、双方签订的协议以外的工程项目，因被告的工作人员左某、第三人市水务公司工程项目负责人张某均证实，被告与第三人竣工结算审核表中的合同外项目，除护坡登脚以外的项目外，其他均是原告周铁军所作，被告虽不认可，亦未提有效证据反证原告未作过合同外的项目工程，故本院确认被告与第三人的竣工结算审核表中的合同外项目中除现浇上游C15护坡登脚、现浇下游C15护坡登脚外，其他项目7项工程均为原告周铁军所作，因原、被告未就合同外的工程项目的价款作为约定，应参照被告与第三人的竣工结算审核表中的审核单价、工程量、工程价款予以计算，计算为：1、C20砼预制块路肩，单价465.96元，工程量为18.55立方，价款为8643.56元；2、M7.5浆砌石棱体平台登脚，单价163.73元，工程量为15立方，价款为2455.95元；3、M7.5浆砌石右岸挡墙，单价163.73元，工程量为3.38立方，价款为553.41元；4、棱体C20砼预制块护坡，单价465.96元，工程量为96.44立方，价款为44937.18元；5、棱体反滤料（砂垫层），单价75.69元，工程量为193.27立方，价款为14628.61元；6、坝顶砂垫层，单价75.69元，工程量为51.21立方，价款为3876.08元；7、Q25（L=2.0）锚杆，单价79.06元，工程量为86立方，价款为5156.56元，共计80251.35元。以上二项合计7101566.17元，扣除被告已支付原告的4455860元，被告还应支付2645706.17元。对于原告请求依据2007年2月26日、2007年3月26日原、被告双方签署的《工程任务书》记载的机械台班费，认定该2份《工程任务书》中的费用属原、被告合同外的增加项目费用，价款为1170000元，对照被告与第三人签订的工程竣工结算审核表，扣除原告所作工程项目，该审核表中其他工程项目的价款总计为286158.09元，与2份《工程任务书》差距较大，不能作为本案计算原告所作协议外的工程价款的依据。
对于原告要求被告支付延期付款的利息问题，因原、被告双方就工程量、工程项目发生争议，未能结算，不能确定应支付原告的具体工程款数额，故对于原告要求被告支付延期付款的利息，本院不予支持。
对于被告抗辩应以原、被告双方签订的6份工程任务书作为双方最终结算工程价款的依据，该6份工程任务书虽是原、被告签订，因该6份工程任务书中的总工程价款仅为3987866.45元，与原告实际所作工程（根据原、被告签订的协议计算及协议外所作工程价款）7101566.17元差距较大，故不能视为原、被告的最终结算，对被告该项抗辩理由，本院不予支持。
履约保证金是否应退还问题。原告已按约定交纳给被告30万元履约保证金，根据双方约定，原告完成了全部工程，被告就应退还，原告已完成双方约定的工程，该工程已竣工验收，被告未按约定退还原告履行保证金，属违反双方约定，被告应及时退还原告履约保证金300000元。对于原告要求被告支付迟延支付期间的利息问题，因原、被告双方对于原告所作工程项目、工程价款发生争议，引起本案诉讼，本案诉讼前对于原告是否全部完成约定工程，原、被告双方有争议，亦无法确定是否应退还履约保证金，故对原告要求支付迟延支付期间的利息，本院不予支持。
第三人市水务公司是否应在欠付被告建工公司工程款的范围承担支付原告的工程款义务问题，根据《最高人民法院法院审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十六条第二款规定，发包人只在欠付工程价款范围内对实施施工人承担责任。因被告、第三人均认可，第三人还有本案工程的工程款还有669898.67元未支付，第三人市水务公司应在欠付被告的669898.67元工程款的范围内对原告承担责任。
综上所述，依据《中华人民共和国合同法》第五十二条第（五）项、《最高人民法院法院审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第一条第（一）项、第十六条、第二十六条、《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条之规定，判决如下：
一、被告云南建工水利水电建设有限公司于本判决生效之日起十五日内一次性支付原告周铁军工程款2645706.17元，退回原告周铁军履约保证金300000元，合计应支付2945706.17元。
二、对第一项中被告云南建工水利水电建设有限公司应支付原告周铁军的工程款，第三人普洱市水务有限责任公司在欠付被告云南建工水利水电建设有限公司木乃河水库工程款669898.67元的范围内承担连带付款责任。
三、驳回原告周铁军的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费46411元，由原告周铁军承担18800元，被告云南建工水利水电建设有限公司承担27611元。（于本判决生效之日起15日内支付）。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提交副本，上诉于云南省普洱市中级人民法院。
双方当事人均服判的，本判决即发生法律效力。若负有义务的当事人不自动履行本判决，享有权利的当事人可在本判决规定履行期限届满后法律规定的二年内向本院申请强制执行。
审 判 长 刘晓玲
审 判 员 张 茜
人民陪审员 周德光
二〇一五年十二月三十日
书 记 员 罗银云