江苏省苏州市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2016）苏05民终6587号
上诉人（原审原告、反诉被告）：江苏华能建设工程集团有限公司，住所地江苏省溧阳市溧城清溪路51号。
法定代表人：宋小华，该公司董事长。
委托诉讼代理人：张建全，江苏常明律师事务所律师。
被上诉人（原审被告、反诉原告）：广州市益能环保工程有限公司，住所地广东省广州市白云区棠景街棠溪大围直街一街8号612室。
法定代表人：肖冬菊，该公司总经理。
委托诉讼代理人：罗荣豪，湖南民海律师事务所律师。
上诉人江苏华能建设工程集团有限公司（以下简称江苏华能公司）因与被上诉人广州市益能环保工程有限公司（以下简称广州益能公司）建设工程分包合同纠纷一案，不服江苏省常熟市人民法院（2015）熟民初字第00852号民事判决，向本院提起上诉。本院于2016年8月17日立案受理后，依法组成合议庭进行了审理，本案现已审理终结。
江苏华能公司的上诉请求：撤销一审判决，依法改判，诉讼费由广州益能公司承担。事实和理由：1、广州益能公司提供的《益能与华能建设公司对帐》落款日期存在改动，一审推定为2008年12月2日没有根据，也不符合举证规则；2、江苏理文造纸有限公司三期100t/d污泥烘干工程，上诉人已实际履行完毕；3、肖冬菊在《益能与华能建设公司对帐》上记载的另付5万元仅是肖冬菊单方书写，未经上诉人确认，又没有任何付款凭证，不应认定。
广州益能公司辩称，原审查明事实清楚，适用法律正确。请求法院驳回上诉。
江苏华能公司向一审法院起诉请求：1、广州益能公司立即向江苏华能公司支付拖欠的工程款67.75万元及支付自2010年10月19日起至2015年7月12日止以实际欠款金额为基数按中国人民银行同期贷款利率计算的利息，并支付自2015年7月13日起至实际付清工程款之日止以上述金额为基数按中国人民银行同期贷款利率计算的利息；2、诉讼费由广州益能公司承担。
广州益能公司向一审法院反诉请求：1、江苏华能公司返还多支付的工程款116360元；2、江苏华能公司支付因延误工期造成的违约赔偿款13.6万元；3、江苏华能公司赔偿因质量原因造成的理文项目质保金损失10万元；4、本案诉讼费和反诉费由江苏华能公司承担。
一审法院认定事实：广州益能公司的原企业名称为广州市益能环保设备工程有限公司，2012年4月24日经广州市工商行政管理局核准变更为现名称。
在2007年9月5日至2009年8月10日期间，广州益能公司（甲方、总包单位）和江苏华能公司南京分公司（乙方、施工单位）签订《安装工程合同》和《安装合同》共5份。
其中签订日期为2007年12月24日的合同中约定，工程名称为江苏理文造纸有限公司三期100t/d污泥烘干工程；工程地点为江苏理文造纸有限公司厂区内；乙方的工程范围包括设备安装、制作件安装、制作件包工包材料制作；工程承包方式为除甲方按合同约定提供设备外，由乙方包工包料；工程价款为固定价68万元；工程期限为安装工期为45天，甲方提前一周通知进场；工程款支付方式：甲方在乙方进场前一周内支付预付款30万元，乙方工程安装完毕后甲方支付20万元，工程调试合格并提供全额发票后支付12万元，工程验收合格运行三个月无质量问题后结清剩余工程款6万元，如甲方不按期支付工程款，每延期一天由责任方按欠款总额依据银行短期贷款利率支付对方，如乙方人员在工程期间发生盗窃业主或甲方材料的，每发现一次甲方扣除乙方工程款1万元；合同中另对工程质量标准、施工和验收等事宜进行了约定。
2008年7月10日，江苏华能公司南京分公司和广州益能公司对上述工程进行了竣工验收。
签订日期为2009年8月10日的合同中约定，甲方委托乙方安装江苏理文三期污泥烘干工程的增加项目，工程名称为江苏理文造纸有限公司三期100t/d污泥烘干工程；工程地点为江苏理文造纸有限公司厂区内；乙方的工程范围包括管道制作和安装、制作件包人工及安装辅助材料；工程承包方式为制作安装由乙方包工、甲方提供材料，保温由乙方包工包料；工程价款为16.8万元；工程期限为安装工期45天，甲方提前一周通知进场；工程款支付方式：甲方在乙方进场前一周内支付预付款6万元，乙方工程安装完毕后甲方支付6万元，工程验收合格运行三个月无质量问题后结清剩余工程款5000元，如甲方不按期支付工程款，每延期一天由责任方按欠款总额依据银行短期贷款利率支付对方，如乙方人员在工程期间发生盗窃业主或甲方材料的，每发现一次甲方扣除乙方工程款1万元；合同中另对工程质量标准、施工和验收等事宜进行了约定。
2007年9月5日，双方签订《安装工程合同》2份，所涉工程分别为北京燕京啤酒股份有限公司100t/d污泥烘干工程和中山国泰纺织印染厂100t/d污泥烘干工程，工程价款分别为35万元和65万元。该二项工程已分别于2008年3月28日和2008年9月30日竣工验收。2007年10月31日双方签订的《安装工程合同》所涉工程为东莞顺裕纸业有限公司100t/d污泥烘干工程工程价款为56万元。该工程已于2008年11月1日竣工验收。上述五份合同中约定的工程总价合计240.8万元。
另查明：广州益能公司法定代表人肖冬菊出具《益能与华能建设公司对帐》1份载明：签合同额共2240000元（4个合同北京、顺裕、国泰、理文3期），已付电汇55万元、已付承兑93.586万元，共1485860元，欠754140元，以上对帐是财务帐，其它按工地实际结算。江苏华能公司另提供该份对账单的复印件1份，在复印件的下方左侧另书写有“另付现金4万（理文）承兑1万（国泰）”的字样，并由肖冬菊在下方右侧签字并落款日期，落款日期存在改动。
审理中，对于上述《益能与华能建设公司对帐》，广州益能公司认为，落款日期处的改动是出具对账单时所改，落款日期应为2008年12月2日，而非2008年12月21日。江苏华能公司认为，对于落款日期是谁改动，经手人已无法回忆，但落款日期应为2009年12月21日。虽经法庭释明，双方当事人均未就该份对账单的形成时间和落款日期是否为一次性形成的问题申请司法鉴定。
江苏华能公司向法庭提供落款日期为2015年2月9日由付美月律师作为结算证明人手写书证1份，广州益能公司亦向法庭提供上述书证复印件1份。该份书证载明：一、广州益能公司同江苏华能南京公司合同情况1、中山国泰项目承包金额65万元2007.9.5；2、燕京啤酒承包金额35万元2007.9.5；3、东莞顺裕承包金额56万元2007.10.31；4、理文三期承包金额68万元2007.12.24；5、理文三期增加项目承包金额16.8万元2009.8.10补合同；四个项目240.8万元。二、广州益能付款记录电汇：1、2007.9.1710万，2、2007.10.1520万，3、2007.11.265万，4、2008.1.2810万，5、2008.9.2810万，合计55万元；承兑：6、2008.3.1321万，7、2009.11.2430万，8、2009.7.2418.586万，9、2009.12.1912万，10、2010.1.813万，11、2007.11.1915万，12、2009.9.1119万，13、2010.1.810万，14、2007.12.2430万，15、2007.10.1110万，16、2011.1.94万，合计182.586万元；17、现场从冯本欢等人手支现金及承兑8.7万；累计付款246.286万元；18、损坏顺裕风机应当赔4.7万，19、宋全富开广州益能车应承担罚款0.07万，住公司应承担水电费0.1558万，共0.2258万元。
审理中，原审法院于2016年6月17日组织双方当事人至江苏理文造纸有限公司进行了现场查勘，经查勘，江苏理文造纸有限公司三期100t/d污泥烘干工程现已拆除，江苏华能公司在上述工程中制作并安装的Φ2000mm烟道进回管道和Φ600mm热烟气进风管道均已被拆除，现场仅遗留部分管道支架。江苏华能公司认为，在其公司对江苏理文造纸有限公司三期100t/d污泥烘干工程进行施工时，广州益能公司曾要求其公司对理文二期污泥烘干工程中的部分管道进行修补，双方也单独结算完毕。同时，广州益能公司提出在理文二期污泥烘干工程中有一部分Φ2000mm烟道进回管道和Φ600mm热烟气进风管道需要制作及安装，为此双方签订了合同标的为16.8万元的《安装合同》，故该份合同所涉的工程实为江苏理文造纸有限公司二期100t/d污泥烘干工程的增加项目，而非三期工程，在理文二期工程现场有部分管道即为其公司实际制作并安装，但管道内并无其公司标识。广州益能公司则认为，在江苏华能公司对江苏理文造纸有限公司三期100t/d污泥烘干工程进行施工时，双方确约定由江苏华能公司对理文二期工程的增补项目进行施工且已单独结算完毕。双方于2009年8月10日签订的合同标的为16.8万元的《安装合同》中明确写明施工内容为“江苏理文三期污泥烘干工程的增加项目”，而非江苏华能公司辩解的理文二期工程。事实上2009年8月10日的《安装合同》并未实际履行。
上述事实，有江苏华能公司提供的《安装工程合同》、《安装合同》、《工程竣工验收单》、《益能与华能建设公司对账》和付美月律师手写的书证，广州益能公司提供的电汇凭证、《收条》、收据、银行承兑汇票和付美月律师手写的书证，以及本院调查笔录、本案庭审笔录等在卷予以证实。
庭审中，江苏华能公司和广州益能公司确认，在本案中对江苏华能公司南京分公司和广州益能公司之间签订的5份合同所涉所有工程项目进行总结算。江苏华能公司认为广州益能公司结欠的工程款均为江苏理文造纸有限公司工程项目中剩余的工程款，其他工程的工程款已结清。
一审法院认为，双方当事人的争议焦点在于：1、江苏华能公司是否可以作为本诉原告主张工程款？2、广州益能公司应付的工程款总额以及是否结欠江苏华能公司工程款、如有结欠则剩余工程款金额为多少？3、江苏华能公司提起本案诉讼是否超过了诉讼时效？4、江苏华能公司在履行2007年12月24日的《安装工程合同》中是否存在逾期竣工？
关于第1个争议焦点，原审法院认为：江苏华能公司南京分公司系江苏华能公司设立的不具有法人主体资格的分公司，其与广州益能公司签订的合同中相关权利义务应由江苏华能公司享有和负担，故江苏华能公司系本案的适格原告主体，可直接主张本案所涉工程款。
关于第2个争议焦点工程款总额问题：江苏华能公司向法庭提供填发日期为2009年8月11日的《代扣代收税款凭证》1份并认为，双方签订的5份《安装工程合同》和《安装合同》均已得到实际履行，总计工程款240.8万元，因2009年8月10日的合同中所涉工程项目较小，故在施工结束后双方并未签署《工程竣工验收单》。但通过《代扣代收税款凭证》可以看出其按1%的标准共交纳个人所得税8480元，而总额848000元即为其和广州益能公司在江苏理文造纸有限公司项目上签订的二份合同的总金额。双方在2015年2月9日对账时，广州益能公司代理人付美月律师确认该份合同已实际履行，且在结算凭证上列明该工程的工程款为16.8万元。故广州益能公司应付其工程款总计240.8万元。除上述5份合同外，双方之间在江苏理文造纸有限公司二期工程等项目中存在零星的增补项目，但未签订书面的合同，已单独结算完毕。
广州益能公司认为，江苏华能公司提供的证据不足以证实双方于2009年8月10日的合同已实际履行。因双方在2009年8月10日才签订上述合同，江苏华能公司不可能在工程尚未完工的情况下即申报个人所得税。2009年8月10日的合同并未实际履行，故江苏华能公司不能提供任何开、竣工材料。其向法庭提供的2015年2月9日由付美月律师作为结算证明人手写书证复印件实为原告在诉讼材料中所提供，其对该份材料并不认可。
对于广州益能公司是否结欠江苏华能公司工程款、如有结欠则剩余工程款金额为多少的问题：双方当事人一致确认广州益能公司已付江苏华能公司的款项为：2007年9月17日10万元、2007年10月15日20万元、2007年11月19日15万元、2007年11月26日5万元、2008年1月28日10万元、2008年3月13日21万元、2008年9月28日10万元、2009年8月11日40500元（该款系广州益能公司为江苏华能公司垫付的税金、双方当事人同意在工程款中扣减）、2009年9月11日19万元、2010年1月8日15万元、2010年10月18日10万元、2012年1月9日4万元，合计143.05万元。
除上述款项外，广州益能公司另主张支付了以下款项：①2007年12月24日30万元，提供落款日期为2007年12月24日宋全福出具的《收条》和宋全福签字的银行承兑汇票复印件各1份，其中落款日期处均有改动，银行承兑汇票的复印件上的“出票日期”和“汇票到期日”处均有改动痕迹；②2009年11月24日30万元，提供宋全福出具的落款日期为2009年11月24日《收条》原件和宋全福签字的银行承兑汇票复印件各1份，两份材料中宋全福书写的落款日期存在明显改动，《收条》的字迹与上述第①项中的《收条》字迹一致，银行承兑汇票复印件上宋全福书写的“已收此承兑汇票”字样处存在遮挡痕迹；③2008年2月23日1万元，提供《收条》1份，内容为：“今收广州益能公司材料款（二期）壹万元正……”；④2008年3月7日3000元，提供《收条》1份，内容为：“今我公司（江苏华能）收到广州益能公司理文造纸厂二期污泥处理工程增加项目材料款叁仟元正……”；⑤2008年3月12日现金4万元、承兑汇票1万元，2008年3月13日现金27000元、银行承兑汇票1万元，提供《增补项目款项》清单复印件1份；⑥2008年7月24日85860元，提供落款日期为2008年7月24日宋全福出具的《收条》复印件1份和宋全福签字的银行承兑汇票复印件2份，《收条》和其中一份银行承兑汇票上宋全福的落款日期处均有改动，无改动的银行承兑汇票复印件上宋全福书写的落款日期为2008年7月24日；⑦2009年12月19日12万元，提供宋全福签字的银行承兑汇票复印件1份，宋全福的落款日期处存在明显改动；⑧2011年12月13日24万元和2011年12月27日5万元，提供《记账凭证》、《收据》复印件各1份和银行承兑汇票复印件3份（内容无法看清），上述款项合计1195860元。
江苏华能公司认为，广州益能公司主张的上述第①项和第②项中所涉款项所依据的《收条》为同一份，其仅收到了30万元，收款时间应为2009年11月24日；广州益能公司主张的上述③、④、⑤项中所涉款项均系双方签订的五份书面合同以外江苏理文造纸有限公司二期污泥烘干工程和中山国泰项目中增补工程的工程款，双方未签订合同，且已结算完毕；广州益能公司主张的上述第⑥、⑦、⑧项中所涉款项其均未收到，广州益能公司仅提供了复印件且存在大量改动痕迹，应承担举证不能的责任。江苏华能公司另认为，根据广州益能公司法定代表人肖冬菊出具的对账单的文字记载可以反映出，该份对账单的出具时间应为2009年12月21日，广州益能公司的计算方式明显有误。广州益能公司应付其工程款总额为240.8万元，扣除已付的173.05万元，尚需支付工程款67.75万元。
广州益能公司另认为，扣除江苏华能公司持有异议的上述⑦、⑧二项付款后，根据现有证据仍可以证实在2008年12月2日其法定代表人肖冬菊出具对账单之后其另支付江苏华能公司870500元，超出对账单上载明的754140元的部分116360元即为多支付江苏华能公司的工程款，故其反诉请求为要求江苏华能公司返还多支付的工程款116360元。
原审法院认为：对于广州益能公司应付的工程款总额的问题，本案中，江苏华能公司主张其已对2009年8月10日的《安装合同》所涉工程进行了实际施工，根据谁主张谁举证的原则，应由其承担举证责任。首先，在2015年2月9日由付美月律师作为结算证明人的手写书证上并未载明2009年8月10日的《安装合同》的实际履行情况。江苏华能公司对其提供的《代扣代收税款凭证》中载明的交纳个人所得税8480元与2009年8月10日的《安装合同》之间的关联性亦未举证加以证实。其次，江苏华能公司主张2009年8月10日签订的《安装合同》已实际履行，但未能向法庭提供该部分工程的开、竣工材料以及经双方确认的工程量明细等足以证明合同已履行的证据。因江苏理文造纸有限公司三期100t/d污泥烘干工程现已被拆除，原审法院无法核实实际施工情况。再次，对于江苏华能公司提出的其系在对江苏理文造纸有限公司三期100t/d污泥烘干工程进行施工时，广州益能公司要求其对理文二期污泥烘干工程的增加项目进行施工并签订了2009年8月10日的《安装合同》的主张，因在2009年8月10日的合同中明确载明施工工程为江苏理文造纸有限公司三期100t/d污泥烘干工程而非理文二期工程；根据现场查勘可以反映出理文三期工程和二期工程具有独立性，且在合同履行过程中双方对理文三期工程和二期工程增补项目的工程款予以分别结算；理文三期污泥烘干工程的竣工日期为2008年7月10日，而双方补签的《安装合同》的签订时间为2009年8月10日，两份合同的履行存在较长的时间间隔，故江苏华能公司上述主张不予采信。综上，因江苏华能公司对其提出的其已对2009年8月10日签订的合同标的为16.8万元的《安装合同》进行实际履行的主张，未能充分举证加以证实，故原审法院不予采信，广州益能公司应付江苏华能公司的工程款总计224万元（理文二期增补工程系单独结算，不包含在内）。
对于广州益能公司是否结欠江苏华能公司工程款、如有结欠则剩余工程款金额为多少的问题。庭审中，江苏华能公司向法庭提供《益能与华能建设公司对帐》1份，该份对账单的落款日期存在改动情形，双方当事人对该份对账单的形成时间存在分歧。因该份对账单系由广州益能公司出具并由江苏华能公司持有，在双方当事人产生分歧的情况下江苏华能公司应对该份对账单的形成时间及落款日期是否为一次性形成的问题负有举证责任。虽经法庭释明，江苏华能公司未在规定的期限内对上述问题申请鉴定，故应承担不利的诉讼后果。广州益能公司根据对上述对账单落款日期的文字理解认为该份对账单的形成时间为2008年12月2日，原审法院予以采信。江苏华能公司提供的无肖冬菊签字的《益能与华能建设公司对帐》上载明广州益能公司结欠江苏华能公司工程款754140元，在肖冬菊签字时注明另付工程款5万元，故广州益能公司认为至2008年12月2日其结欠江苏华能公司的工程款为704140元的主张，原审法院予以采信。对于广州益能公司的付款问题，根据现有证据可以证实广州益能公司在2008年12月2日以后给付江苏华能公司工程款820500元，故对于广州益能公司提出的其多付江苏华能公司工程款116360元的主张，原审法院予以采信。现江苏华能公司要求广州益能公司支付工程款67.75万元及相应利息的诉讼请求，缺乏事实依据，不予支持。广州益能公司要求江苏华能公司返还多支付的工程款116360元的反诉请求，原审法院予以支持。
关于第3个争议焦点，原审法院认为：根据现有证据可以证实广州益能公司给付最后一笔工程款的时间为2012年1月9日，至2015年2月9日双方当事人仍在对工程款事宜进行对账，故广州益能公司提出的江苏华能公司提起本案诉讼已超过法定的诉讼时效的主张，原审法院不予支持。
关于第4个争议焦点，原审法院认为：对于广州益能公司提出的其于2007年12月24日支付江苏华能公司工程款30万元的主张，因其仅提供了宋全福出具的《收条》和由宋全福签字的银行承兑汇票复印件，且该《收条》与其主张在2009年11月24日支付江苏华能公司工程款30万元的《收条》内容一致，相应银行承兑汇票的复印件上亦存在改动之处，故广州益能公司的上述主张原审法院不予采信。根据双方的合同约定，江苏华能公司应在接到广州益能公司的通知后一周内进场施工，因广州益能公司未能对其通知江苏华能公司进场施工的时间举证加以证实，亦未对其主张的因江苏华能公司逾期竣工产生赔偿款13.6万元的事实举证加以证实，根据谁主张谁举证的原则，对于广州益能公司提出的江苏华能公司存在逾期竣工的主张不予采信，其要求江苏华能公司支付赔偿款13.6万元的反诉请求，原审法院不予支持。
对于广州益能公司提出的要求江苏华能公司赔偿因质量原因造成的理文项目质保金损失10万元的反诉请求，因其未能提供证据加以证实，故原审法院亦不予支持。
据此，依照《中华人民共和国民法通则》第一百零八条之规定，判决：一、江苏华能建设工程集团有限公司返还广州市益能环保工程有限公司人民币116360元，于判决生效后十日内履行。二、驳回江苏华能建设工程集团有限公司的本诉诉讼请求。三、驳回广州市益能环保工程有限公司的其他反诉诉讼请求。本诉案件受理费人民币10575元，反诉案件受理费减半收取人民币3293元，合计诉讼费13868元，由江苏华能建设工程集团有限公司负担11662元，由广州市益能环保工程有限公司负担2206元。
二审中，当事人没有提交新证据。
本院认为，首先，根据法律规定，当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实有责任提供证据加以证明。没有证据或者证据不足以证明当事人的事实主张的，由负有举证责任的当事人承担不利后果。本案中，上诉人江苏华能公司主张江苏理文造纸有限公司三期100t/d污泥烘干工程合同增加项目工程已履行完毕，应当对与广州益能公司之间存在建设工程分包合同关系以及履行合同义务负有举证责任，但是江苏华能公司仅能提供签订于2009年8月10日的《安装合同》证明双方存在建设工程分包合同关系，但未能提供证据证明江苏华能公司按照合同的具体约定来履行合同所规定的义务，履行行为属于积极行为，江苏华能公司作为负有履行义务的一方，理应有义务更有条件加以证明。其次，双方补签的《安装合同》的时间为2009年8月10日，而理文三期污泥烘干工程早在2008年7月10日即已竣工，但在理文三期污泥烘干工程竣工验收材料上未能看到增加项目工程的内容，无法证明存在增加项目工程。第三，江苏理文造纸有限公司三期100t/d污泥烘干工程现已被拆除，在原审法院无法核实实际施工情况下，江苏华能公司又未能提供诸如该工程的开、竣工材料、工程量明细、工程款结算等证明合同已履行的证据，应当承担举证不能的法律后果。第四，关于付美月律师的手写书证，因付美月律师不是合同一方当事人，又未经双方确认，不能证明合同实际履行情况。至于《代扣代收税款凭证》中载明的交纳个人所得税8480元只能起到佐证的作用，亦不能直接证明合同已实际履行。综上，江苏华能公司此上诉主张缺乏事实依据，本院不予采信。广州益能公司应付江苏华能公司的工程款总额应为224万元。
关于江苏华能公司提供的《益能与华能建设公司对帐》原件，无落款日期，无法据此计算广州益能公司的付款总额；《益能与华能建设公司对帐》复印件上肖冬菊签字右侧落款日期存在明显改动情形，广州益能公司认为落款日期应为2008年12月2日，而江苏华能公司认为落款日期应为2009年12月21日。经原审法院释明，双方当事人均未就该份对账单的形成时间和落款日期是否为一次性形成的问题申请司法鉴定，因此在该份证据存在明显改动，无法通过肉眼辨识真实日期，当事人又不申请鉴定情形下，该证据存在重大瑕疵，又没有其他证据加以印证，难以在诉讼上确认当事人之间的权利义务关系。因此，该证据上所显示的内容不足以从形式和内容上证明法律事实要件的成立和存在，该对账单不能证明双方的主张，双方均对其诉辩所涉及的事实主张负进一步证明责任。如未能举证，则均应承担举证不能的法律后果。原审法院认为江苏华能公司未在规定的期限内对上述问题申请鉴定，故应承担不利的诉讼后果，故认定对账单的形成时间为2008年12月2日属于认定不当，本院予以纠正。
关于已付工程款问题，江苏华能公司认为欠付67.75万元，广州益能公司认为多付的116360元。对于各自提出的事实主张双方均负证明责任，然双方当事人除了对2007年9月17日至2012年1月9日广州益能公司支付江苏华能公司的款项143.05万元一致确认以及2009年11月24日30万元予以确认外，对于其他付款，广州益能公司提供的《收条》和银行承兑汇票复印件、收据等证据要么落款日期处有明显改动，要么内容无法看清，又无其他证据佐证，均不能证实其事实主张。江苏华能公司认为欠付67.75万元，但对于欠付款项的组成和依据均不能充分举证，亦将承担举证不能的法律后果。因此，对于江苏华能公司要求广州益能公司支付工程款67.75万元的本诉请求以及江苏华能公司要求广州益能公司返还工程款116360元反诉请求，本院均不予支持。
关于本案诉讼是否超过了诉讼时效。本院认为，根据证据可以证明2015年2月9日双方当事人仍为对工程款进行结算对账，故江苏华能公司于2015年7月15日起诉未超过诉讼时效。
关于江苏华能公司是否存在逾期竣工、江苏华能公司是否因质量应当赔偿损失问题，因广州益能公司未能提供证据证明，本院不予支持。
综上所述，江苏华能公司的部分上诉请求成立，应予支持。依照《中华人民共和国合同法》第二百六十九条、《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条、第五条、《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第二项规定，判决如下：
一、撤销江苏省常熟市人民法院（2015）熟民初字第00852号民事判决；
二、驳回江苏华能建设工程集团有限公司的全部本诉诉讼请求；
三、驳回广州市益能环保工程有限公司的全部反诉诉讼请求。
一审本诉案件受理费10575元，由江苏华能建设工程集团有限公司负担，反诉案件受理费减半收取3293元，由广州市益能环保工程有限公司负担；二审案件受理费13868元，由江苏华能建设工程集团有限公司、广州市益能环保工程有限公司各负担6934元。
本判决为终审判决。
审 判 长 王稚群
审 判 员 叶 刚
代理审判员 郭 锐
二〇一七年三月二十八日
书 记 员 吴茂程