福建省莆田市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2017）闽03民终1434号
上诉人（原审被告、反诉原告）：福建省莆田市华东房地产开发有限公司，住所地福建省莆田市城厢区龙桥街道荔城中大道655、659号，统一社会信用代码91350300717339685J。
法定代表人：陈丽钦，董事长。
委托诉讼代理人：王金财、郑政煌，福建理顺律师事务所执业律师。
被上诉人（原审原告、反诉被告）：莆田市水务集团有限公司，住所地福建省莆田市城厢区荔城中大道30号，统一社会信用代码91350300155344043H。
法定代表人：陈金江，董事长。
委托诉讼代理人：蔡碧霞、许腾，福建众益律师事务所执业律师。
上诉人福建省莆田市华东房地产开发有限公司（以下简称“华东公司”）因与被上诉人莆田市水务集团有限公司（以下简称“水务公司”）房屋拆迁安置补偿合同纠纷一案，不服福建省莆田市城厢区人民法院（2014）城民初字第142号民事判决，向本院提起上诉。本院于2017年4月7日立案后，依法组成合议庭进行了审理。本案现已审理终结。
华东公司上诉请求：撤销一审判决第一项、第二项、第三项、第五项，依法改判驳回水务公司对华东公司的一审诉讼请求，并改判水务公司支付给华东公司位于城厢区鲤鱼山片区一期改造项目5＃楼北端临荔城路一层两坎商铺（建筑面积105.26㎡）的土地使用权差价1064200元及该款自2013年7月12日起按银行同期贷款利率计算的利息，本案一审、二审诉讼费用由水务公司承担。事实和理由：1、根据《协议书》第五条第一款的约定，华东公司所安置的商铺性质明确约定由华东公司代建，且土地性质为划拨地，华东公司给予办理房产证手续。一审判决认定“协议未约定土地使用权类型”是错误的。2、涉案土地于2007年11月16日虽经莆田市人民政府莆政土[2007]420批复同意出让给华东公司，但双方于2007年1月12日签订涉案《协议书》时，华东公司尚未取得出让土地使用权，故双方在《协议书》中明确约定“代建店铺的划拨土地证由水务公司提供”。因此，双方对安置商铺的土地性质约定是“划拨”的意思表示是真实、有效的。3、水务公司在征迁之前，其土地性质为划拨地，根据“等性质、等功能”的拆迁安置原则，华东公司所安置商铺的土地性质也应当是划拨地。因此，水务公司应补交土地使用权差价款1064200元。4、华东公司已经办理了涉案两坎商铺的房屋所有权初始预登记，并已取得《国有土地使用证》，水务公司要求办理过户登记手续，属于转移登记。产权转移登记应由本案双方共同申请办理，华东公司只负有协助义务，并不负有单方办理的义务，故一审判决由华东公司办理产权过户登记是错误的。5、涉案《协议书》约定的土地性质为划拨地，华东公司实际交付的土地性质为出让地。根据先履行抗辩权，在水务公司补交土地使用权差价款之前，华东公司有权拒绝办理产权转移登记。6、因涉案《协议书》约定的商铺不存在，经一审法院判决变更了安置的商铺位置及面积，水务公司也接受变更后的商铺，故水务公司无权要求赔偿所谓12.54㎡的损失。即使要赔偿该12.54㎡的损失，也只能按照划拨地的市场价值即442000元进行计算，而不能按照出让地的市场价值即571200元进行计算。7、水务公司在2012年第一次起诉要求交付商铺时，已经请求赔偿逾期交付商铺的经济损失，后一审法院没有支持。现其在本案中再次就同一损失提起诉讼，属于重复起诉，依法应驳回起诉。8、华东公司于2010年9月30日在《湄洲日报》上刊登的交房通知，是针对“华东城市家园5＃、6＃楼商品房”的交房通知，并非针对安置房的交房通知。涉案《协议书》没有对交房期限作出约定，一审法院以该交房通知作为本案的交房通知，是张冠李戴。9、即使华东公司存在逾期安置，也应由华东公司支付临时安置补助费，不能按照租金计算损失。一审判决由华东公司赔偿逾期交房的租金损失，没有事实和法律依据。
水务公司辩称：1、华东公司要求水务公司支付土地使用权差价，没有事实和法律依据。2、华东公司应赔偿给水务公司未交付的13.54平方米的商铺经济损失。3、华东公司应赔偿给水务公司逾期交付位于城厢区鲤鱼山片区一期改造项目5#楼北段临荔城路一层3坎商铺所造成的经济损失。请求驳回上诉，维持原判。
水务公司向一审法院起诉请求判令：1、华东公司为水务公司办理坐落于城厢区鲤鱼山片区一期改造项目5＃楼北端临荔城路一层两坎商铺的土地使用权、房屋所有权证（北起第一间为3ｍ×12.8ｍ，房产证号为莆房权证城厢字第××号；第二间为5ｍ×12.8ｍ，房产证号为莆房权证城厢字第××号）变更过户手续，并承担办理讼争房地产权属证书变更过户手续所产生的相关费用（包括税费等）；2、华东公司赔偿给水务公司尚未交付的12.54㎡商铺（城厢区鲤鱼山片区一期改造项目5＃楼北端临荔城路一层）的经济损失100.32万元；3、华东公司赔偿给水务公司逾期交付位于城厢区鲤鱼山片区一期改造项目5＃楼北端临荔城路一层3坎商铺（共118.8㎡）的经济损失53万元；4、本案诉讼费用由华东公司承担。华东公司向一审反诉请求判令：水务公司支付给华东公司位于城厢区鲤鱼山片区一期改造项目5＃楼北端临荔城路一层两坎商铺（建筑面积105.26㎡）的土地使用权差价2526240（实际差价以评估金额为准）及该款自2013年7月12日起按银行同期贷款利率计算的利息，本案诉讼费由水务公司承担。
一审法院认定事实：莆田市重点城建项目之一的鲤鱼山片区一期改造项目由华东公司负责开发建设。2003年10月，华东公司制定的《莆田市城厢区荔城路北段鲤鱼山改造建设项目拆迁计划和补偿安置方案》经莆田市建设局批复同意，该项目的拆迁范围东至荔城路、西至荔城路中线西进约75ｍ，南至边防大队住宅楼，北至市第二自来水厂；拆迁人为华东公司，被拆迁人为本项目拆迁范围内的被拆迁房屋的所有人。2005年4月，莆田市自来水公司取得座落在城厢区磨居委会面积为43639.87㎡的莆国用（2005）第C20050067号国有土地使用证，使用权类型为划拨。2006年7月19日，莆田市城乡规划局作出莆规［2006］44号《关于市府办第481号阅办单办理情况及规划意见的汇报》文件，就莆田市城厢区人民政府《关于要求处置鲤鱼山片区一期改造项目边缘部分土地的请示》中有关规划方面问题办理情况及规划意见向市府办汇报，主要内容为：鲤鱼山片区位于中心市区西部荔城路西侧，包括鲤鱼山片区一期用地的鲤鱼山片区改造详细规划于2003年9月12日经市政府批准{莆政综［2003］173号}，其中鲤鱼山片区一期项目用地位于荔城路西侧，包括荔城路部分用地面积约1.67公顷。根据市政府批准的鲤鱼山片区改造详细规划方案，鲤鱼山片区一期改造项目周边的边角地由三部分组成。一是位于鲤鱼山片区一期改造项目北侧规划1幢主体为18层建筑，规划用地由现自来水厂及部分民房组成，面积约2560㎡（其中部分民房用地面积约980㎡，自来水厂用地面积约1580㎡）；……以上三部分用地是否按照鲤鱼山片区改造详细规划要求一并纳入鲤鱼山片区一期改造项目一并开发建设涉及土地政策，请市政府专题研究确定。2006年7月30日，莆田市人民政府作出［2006］100号《专题会议纪要》，其中第三项关于鲤鱼山片区一期改造项目边缘部分边角地处置问题的内容为：鉴于鲤鱼山片区一期改造项目边缘部分边角地的土木结构房屋存在地质灾害安全隐患，为确保群众的生命财产安全及该项目规划设计的整体性，同意城厢区政府提出的《关于要求处置鲤鱼山片区一期改造项目边缘部分土地的请示》（莆城政［2006］121号），该项目用地边缘外的三块边角地的31户民房危房列入该片区改造范围，并以协议出让方式出让给华东公司作为鲤鱼山片区一期改造项目建设用地。华东公司按毛地评估价的100%全额缴纳土地出让金后，由市国土资源局予以办理相关供地手续。涉及31户等地面物的拆迁补偿安置等费用由华东公司负责承担，城厢区政府负责做好群众的拆迁安置工作。
2007年1月12日，莆田市自来水公司（甲方）与华东公司（乙方）签订《协议书》一份，主要内容为：市政府［2006］100号《会议纪要》决定鲤鱼山片区一期改造项目用地边缘外的三块边角地31户房屋列入该片区改造范围。甲方的部分土地（用地面积约1580㎡，含开闭所建筑面积约165.98㎡）位于北侧边角地用地红线范围之内，为妥善处理甲方土地等的补偿问题，就有关安置事宜达成如下协议：一、关于边角地用地使用权：根据市政府会议纪要及边角地用地红线图，甲方同意将位于鲤鱼山一期改造项目北侧边缘边角地用地范围的土地（用地面积约1580㎡，具体范围详见红线图中的红色地块实测为准）使用权转归乙方使用。二、安置用房及补偿方式：1、乙方同意无偿安置给甲方位于鲤鱼山片区一期改造项目5＃楼北端临荔城路一层商铺3坎，每坎商铺宽度3.3ｍ、深度12ｍ（包含走廊3ｍ在内）；2、乙方同意另行补偿给甲方120万元整。三、补偿价款的支付：在本协议书签订五日内，乙方一次性支付补偿款120万元整给甲方。四、安置用房（商铺）的结构、装修标准及工程质量：……。五、其他约定：1、乙方安置给甲方的三坎店铺，由乙方无偿代建，办证时划拨土地证由甲方提供，乙方负责办理房产证手续；2、6米宽的消防车道从乙方安置给甲方的三坎店铺之北侧通往；3、双方交界的围墙由乙方负责重砌；……。双方还对其他事项作了约定。协议签订后，华东公司于2007年1月15日转账支付给莆田市自来水公司120万元，莆田市自来水公司于同年1月18日出具收款收据，载明的交款项目为土地拆迁补偿款。2007年8月，华东公司向莆田市财政局缴纳土地出让金754.43万元（出让地块座落在城厢区，出让面积11023.58㎡）。2007年11月16日，莆田市人民政府向莆田市国土资源局作出莆政土〔2007〕420号《莆田市人民政府关于同意收回鲤鱼山片区一期改造项目边缘外31户红线范围内土地使用权并出让给福建省莆田市华东房地产开发有限公司作为鲤鱼山片区危房改造项目建设用地的批复》，同意收回鲤鱼山片区一期改造项目边缘外31户红线范围内土地使用权11023.58㎡（其中小区内道路面积3542.89㎡）并出让给华东公司作为鲤鱼山片区危房改造项目建设用地（具体位置见用地红线图）。2008年1月31日，华东公司取得座落在荔城大道北段（鲤鱼山片区）、使用权面积为11023.58㎡的莆国用（2008）第2008035号国有土地使用权证，使用权类型为出让。2009年7月17日，莆田市自来水公司的土地使用面积经核减后剩余面积为41964.43㎡（核减1675.44㎡）。2010年9月30日，华东公司在《湄洲日报》上刊登5＃、6＃楼于10月8日至17日交房的通知。之后，莆田市自来水公司要求华东公司按协议办理3坎商铺的交房手续，但未果。
一审法院又查明，鲤鱼山片区一期改造项目5＃楼北端临荔城路一层的三坎商铺现状为北起第一间为3ｍ×12.8ｍ，产权证上登记的建筑面积为39.47㎡；第二间为5ｍ×12.8ｍ，产权证上登记的建筑面积为65.79㎡，该两商铺已办理商品房初始登记，房屋所有权证号分别为莆房权证城厢字第××号、第××号，房屋所有权人均为华东公司。第三间为5.8ｍ×16.6ｍ，产权证上登记的面积为98.97㎡，该间商铺已办理买卖备案，合同号为0152802，购房人为石忠勇、石秀春。
一审法院另查明，2011年1月11日，莆田市自来水公司的名称变更为莆田市水务投资有限公司，同月27日，又变更为莆田市水务投资集团有限公司，2012年9月21日再次变更为莆田市水务集团有限公司，原莆田市自来水公司的权利义务由变更后的莆田市水务集团有限公司即水务公司承受。
2012年9月30日，水务公司诉至一审法院，请求判令华东公司向水务公司交付位于城厢区鲤鱼山片区一期改造项目5＃楼北端荔城路临街一层3坎商铺［每坎商铺宽3.3ｍ、深12ｍ（包括走廊3ｍ在内）］及逾期交付商铺的经济损失25万元。华东公司提起反诉，请求确认水务公司与华东公司（原莆田市自来水公司）2007年1月12日签订的《协议书》无效；判令华东公司返还补偿款120万元及该款自2007年1月15日起至还款之日止按银行同期贷款利率计算的利息。一审法院审理后，于2013年7月12日作出（2012）城民初字第3671号民事判决书，判决华东公司在判决生效之日起十日内向水务公司交付位于城厢区鲤鱼山片区一期改造项目5＃楼北端临荔城路一层两坎商铺（北起第一间为3ｍ×12.8ｍ，房产证号为莆房权证城厢字第××号；第二间为5ｍ×12.8ｍ，房产证号为莆房权证城厢字第××号）；驳回华东公司的反诉请求。该判决生效后，水务公司向一审法院申请执行。一审法院执行后，于2013年10月23日将上述商铺交付给水务公司使用，但双方未办理房屋所有权及土地使用权的变更手续。
2013年12月24日，水务公司又诉至一审法院，要求华东公司办理产权过户手续并赔偿经济损失等，华东公司反诉要求水务公司支付两坎商铺的土地使用权差价等。本案审理期间，水务公司申请对华东公司尚未交付的12.54㎡商铺价值及逾期交付的三坎商铺（共118.8㎡，逾期交付时间为2010年10月8日至2013年10月30日）的经济损失进行价值鉴定；华东公司申请对其安置给水务公司的5#楼一层店面（建筑面积105.26㎡）出让土地使用权与划拨土地使用权的差价进行评估。一审法院通过莆田市中级人民法院委托福建光明资产评估房地产估价有限责任公司对上述项目进行评估，结论为：1、城厢区鲤鱼山片区一期改造项目5＃楼一层店面，建筑面积分别为39.47㎡、65.79㎡，合计105.26㎡，房产市场价值为2134500元，土地使用权市场价值（出让）为2660500元（含土地出让金1064200元），扣除土地出让金后土地使用权市场价值（划拨）为1596300元；2、城厢区鲤鱼山片区一期改造项目5＃楼北段临荔城路一层商铺，建筑面积为12.54㎡，房产市场价值为248100元，土地使用权市场价值（出让）为323100元（含土地出让金129200元），扣除土地出让金后土地使用权市场价值（划拨）为193900元；3、城厢区鲤鱼山片区一期改造项目5＃楼北段临荔城路3坎商铺，建筑面积为118.8㎡，租金损失总额为523150元，其中：租金时间段：2010年10月8日至2011年12月31日租金损失为192648元（租金单价110元/㎡），2012年1月1日至2012年12月31日租金损失为172498元（单价121元/㎡），2013年1月1日至2013年10月30日租金损失为15800元（单价133元/㎡）。为此，水务公司支付了评估费17106元，华东公司支付了评估费38841元。
一审法院认为，莆田市自来水公司的名称经多次变更后为水务公司，其权利义务应由变更后的公司即水务公司继受。水务公司与华东公司签订的《协议书》实质上是有关土地的征迁安置补偿协议，该协议书系双方真实意思表示，内容并未违反法律法规的强制性规定，是合法有效的，双方当事人均应按照协议约定全面履行各自义务。协议约定的由华东公司安置给水务公司的三坎店铺，一审法院生效的民事判决书判决华东公司交付给水务公司位于城厢区鲤鱼山片区一期改造项目5＃楼北端临荔城路一层两坎商铺（北起第一间为3ｍ×12.8ｍ，房产证号为莆房权证城厢字第××号；第二间为5ｍ×12.8ｍ，房产证号为莆房权证城厢字第××号），经一审法院执行，华东公司履行了交付义务，但该两坎店铺现仍初始登记在华东公司名下，华东公司依法应办理该两店铺的产权过户登记手续，且协议书中亦约定“乙方（即华东公司）负责办理房产证手续”，故水务公司请求华东公司办理该两店铺产权的变更过户手续合法有据，予以支持。关于办证费用承担问题，因双方在协议书中并没有对该费用的承担进行约定，应当依据法律法规规定的有关办证税费交纳主体确定，水务公司要求全部由华东公司承担缺乏依据，不予支持。对本案的《房地产估价报告》能否采信问题。水务公司认为评估报告对讼争店铺的房产、土地价值评估过低，对租金损失的评估无异议。华东公司对评估报告有异议，认为评估确定的土地使用权价值明显低于市场价值；对房产、土地使用价值只使用一种评估方法，违反估价规范；引用的城镇土地估价规程已失效；计算房产价值时用房地产总价值减去土地使用权价值，两者不具有可比性；选取的安全与评估对象的区别没有进行修正；对租金的评估没有指出是出让地还是划拨地的租金；没有对委托评估对象即讼争店铺的出让地与划拨地的差价作出评估结果，故该评估报告与实际明显失差，申请重新评估。一审法院审查认为，本案的评估机构及评估人员具备相关的评估资格，鉴定程序合法，双方对估价报告中有异议的部分，评估人员也作了相应的补充说明。水务公司、华东公司对估价结论有异议，但没有提供足以反驳的证据，故《房地产估价报告》可以作为定案的根据，华东公司要求重新评估依据不足，不予准许。对水务公司请求的华东公司尚未交付的12.54㎡店铺经济损失问题。水务公司、华东公司在签订协议时已确定由华东公司安置给水务公司3坎各3.3ｍ×12ｍ共118.8㎡店铺，由于符合该面积的店铺在现状中不存在，一审法院根据实际情况判决华东公司交付与约定面积较接近的5#楼北端两间店铺［共105.26㎡（含分摊面积2.86㎡）］，该后果是华东公司未按协议约定履行所致，属违约行为，应承担相应的违约责任，对华东公司客观上未能履行的店铺面积即13.54㎡（水务公司只请求12.54㎡，以其请求为准）给水务公司造成的经济损失，华东公司应当予以赔偿。根据房地合一原则，该损失亦应包括13.54㎡店铺所对应的土地使用权价值。由于双方在签订协议时已明知政府决定以协议出让方式出让城厢区鲤鱼山片区一期改造项目用地给华东公司开发建设，华东公司安置给水务公司的店铺在该土地范围内，故应认定13.54㎡店铺所对应的土地使用权类型为出让地，就以出让地的土地使用权价值计算损失。根据评估结论，水务公司的该损失为房产市场价值248100元+土地使用权价值（出让）323100元=571200元。水务公司请求赔偿100.32万元缺乏依据，超出部分不予支持。华东公司有关该项的辩解意见缺乏依据，不予采信。对水务公司请求的逾期交房经济损失问题。水务公司在之前要求华东公司交付三坎店铺的诉讼中虽已一并要求华东公司赔偿逾期交房经济损失，但一审法院在该案的判决中告知水务公司可另行主张权利，现水务公司在本案中又提出请求，并不属于重复起诉。华东公司主张水务公司系重复诉讼的辩解不予采信。水务公司在一审法院对评估结论庭审质证后变更诉讼请求，将原请求的经济损失35万元变更为53万元，系水务公司根据新证据提出的，不应认定为超过期限。华东公司不同意水务公司变更请求不予采纳。由于华东公司未能按协议约定的面积交付店铺，致双方产生争议，故造成逾期交房的过错在华东公司，华东公司应赔偿逾期交房经水务公司造成的经济损失。对逾期交房时间，华东公司登报通知的交房时间是在2010年10月8日至10月17日，在该期间未交房的，才应认定为逾期，故逾期交房应自2010年10月18日起计算至2013年10月23日法院执行交房时止。根据评估结论，超过该期间的租金损失应予扣减，经核算华东公司应赔偿给水务公司逾期交房的租金损失为523150元-4356元-3687元=515107元。关于华东公司的反诉请求，由于本案讼争店铺系华东公司安置给水务公司，并由华东公司代建，协议中虽未对店铺所占用土地的使用权类型作出明确约定，但双方签订协议时已知道涉案的土地使用权类型将系出让地，应认定华东公司安置给水务公司的店铺所占用的土地亦为出让地，华东公司根据协议中“办证时划拨土地证由甲方（即水务公司）提供”而主张其交付的店铺土地使用权类型应为划拨地明显不符常情，不予采纳，故华东公司反诉请求水务公司支付两坎店铺的土地使用权差价及利息损失依据不足，不予支持。据此，依照《中华人民共和国合同法》第八条、第四十四条第一款，第六十条、第一百零七条、第一百一十二条，最高人民法院《关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第九十条规定，判决：一、福建省莆田市华东房地产开发有限公司应在判决生效之日起三十日内为莆田市水务集团有限公司办理坐落在莆田市城厢区鲤鱼山片区一期改造项目5＃楼北端临荔城路一层两坎商铺（北起第一间为3ｍ×12.8ｍ，房产证号为莆房权证城厢字第××号；第二间为5ｍ×12.8ｍ，房产证号为莆房权证城厢字第××号）的房屋所有权证和土地使用权证过户登记手续；二、福建省莆田市华东房地产开发有限公司应在判决生效之日起十日内赔偿给莆田市水务集团有限公司未能交付的12.54㎡店铺的经济损失571200元；三、福建省莆田市华东房地产开发有限公司应在判决生效之日起十日内赔偿给莆田市水务集团有限公司逾期交付店铺的经济损失515107元；四、驳回莆田市水务集团有限公司的其他诉讼请求；五、驳回福建省莆田市华东房地产开发有限公司的反诉请求。如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。本案本诉案件受理费17279元，由莆田市水务集团有限公司负担3349元，福建省莆田市华东房地产开发有限公司负担13930元；反诉案件受理费13809元（已减半），由福建省莆田市华东房地产开发有限公司负担；莆田市水务集团有限公司支付的评估费17106元，由莆田市水务集团有限公司负担8553元，福建省莆田市华东房地产开发有限公司负担8553元，福建省莆田市华东房地产开发有限公司支付的评估费38841元，由福建省莆田市华东房地产开发有限公司负担。
本院二审期间，水务公司没有提交新的证据。华东公司提供以下证据：华东公司与同批次的其他31户被拆迁户中的两户即柯国贤、柯国富签订的《房屋拆迁补偿安置协议书》、莆田市建设局的莆建房[2003]87号《关于<莆田市城厢区荔城路北段鲤鱼山改造建设项目拆迁计划和补偿安置方案>的批复》文件、莆田市建设局、莆田市物价局的莆建房[2003]31号《关于公布莆田市房屋交易与房屋拆迁补偿的市场价格行情》文件及莆田市人民政府莆政综[2002]104号《关于颁发<莆田市城市房屋拆迁搬迁补助费和临时安置补助费标准>的通知》文件各一份，欲证明：同批次其他被拆迁户约定的交房时间是在签订协议后2年内，协议是2008年1月1日签订，即在2010年1月1日交房。尔后，华东公司登报通知各安置户在2010年10月8日至17日交房。即使法院认定华东公司在本案中存在逾期交付商铺的行为，也应按照涉案项目拆迁方案规定的内容执行，即双倍支付临时安置补助费即每平方米每个月7块钱。在华东公司与其他31户被拆迁户签订的安置协议中是约定过渡期是24个月，超过24个月的双倍支付临时安置补助费，但实际履行过程中对临时安置补助费又约定以3万元进行包干，不再另行计算逾期安置补助费。因此，涉案店铺交付时间、逾期交房违约责任也应按照该拆迁方案及其他31户被拆迁户所签订的安置协议进行确定店铺交付时间及逾期交付商铺的违约责任。
水务公司经质证认为：对证据的真实性，由法院依法认定。其认为该些证据与本案无关。
本院经审查认为：华东公司提供的证据均有原件核对，真实性应予认定。该些证据只能证实华东公司与同批次其他拆迁户签订安置协议的情况及内容。本案双方另行签订涉案《协议书》，确实没有约定交付商铺时间及逾期交付商铺违约责任，应当采用同批次其他拆迁户的交房时间即华东公司在《湄洲报纸》上公告的交房时间；对于逾期交付商铺违约责任，华东公司逾期交付商铺，给水务公司产生的租金损失是可以预见的，在一审法院已经依法委托鉴定出租金损失数额的情况下，应由华东公司按照租金损失予以计算逾期交付商铺的违约责任，不能以3万元包干计算。
经审理查明，对一审法院查明的事实，华东公司对“2010年9月30日……但未果”有异议，认为该交房通知只是针对拆迁户的通知，并不是针对水务公司的交房通知，该登报事实与本案无关；对“该判决生效后……土地使用权的变更手续”有异议，认为华东公司在2013年9月13日就通知水务公司办理交房手续，但水务公司以交房的时候需要同时办理房产证过户手续为由拒绝接收房屋，并申请人民法院强制执行，故交房的通知时间应以2013年9月13日为准；华东公司对一审法院查明的其他事实没有异议。水务公司对一审法院查明的事实没有异议。对华东公司、水务公司双方均无异议的事实，本院予以确认。对双方有争议的事实，本院在下文予以分析认定。
本院认为，本案系因水务公司的土地及开闭所被征收后所安置的商铺交付而引发的纠纷，故案由应确认为房屋拆迁安置补偿合同纠纷。涉案《协议书》系由华东公司与原莆田市自来水公司自愿签订，系双方真实意思表示，内容不违反法律、行政法规的强制性规定，合法有效。原莆田市自来水公司经多次变更名称后更名为水务公司，故原莆田市自来水公司在涉案《协议书》的权利、义务转由水务公司承受。按照约定，华东公司应交付给水务公司三坎商铺，后因建设后的商铺情况发生变化，一审法院生效的（2012）城民初字第3671号民事判决书判决由华东公司交付与约定面积接近的涉案两坎商铺，经一审法院强制执行，该两坎商铺已经交付给水务公司。根据涉案《协议书》第五条第一款的约定，华东公司负有办证的义务，故一审判决由华东公司为水务公司办理转移登记，是正确的，应予维持。华东公司主张一审判决由其单方办理转移登记是错误的，因一审判决由华东公司办理房屋转移登记，系根据水务公司的一审第一项诉求作出的，该判决是认定华东公司负有办理转移登记的义务，并没有否定水务公司负有协助的义务。水务公司在华东公司办理转移登记的过程中，确应提供必要的协助，故华东公司的该上诉理由不能成立，本院不予采信。华东公司未交付足额商铺的面积为13.54㎡，但水务公司只请求12.54㎡部分的经济损失，应视为其放弃部分诉讼权利，一审按照其该请求部分的面积予以计算经济损失，并根据福建光明资产评估房地产估价有限责任公司依法作出的《房地产估价报告》所确定的结论判决由华东公司承担相应的赔偿责任，并无不当。华东公司主张经一审法院判决后，水务公司也同意并实际接收了变更后的两坎商铺，故华东公司不应再赔偿12.54㎡部分的经济损失。在权利人即水务公司没有放弃权利的情况下，华东公司未足额交付足够的商铺面积，理应按照相应的价值予以赔偿，华东公司的该上诉理由不能成立，本院不予采信。虽然双方没有对安置商铺的交付时间作出明确约定，但华东公司登报通知同批次其他拆迁户交房，该通知应认定是针对整个拆迁项目的被拆迁户包括水务公司，故一审以该通知交房的时间作为本案商铺的交房时间，是合理的，应予认可。华东公司主张登报通知只是针对其他拆迁户，理由不能成立，本院不予采信。华东公司未及时交付商铺，水务公司请求按照租金标准赔偿损失，一审根据《房地产估价报告》判决由华东公司承担相应的赔偿责任，也无不当。华东公司主张涉案《协议书》约定安置商铺的土地性质是划拨，应由水务公司补交已交付两坎商铺的土地使用权差价款及相应利息。考虑到水务公司以其土地和开闭所换取商铺，且双方在签订涉案《协议书》时，政府已经明确是以协议出让方式出让涉案土地给华东公司，华东公司也明知该事实，如果所安置商铺的土地性质是划拨地，在《协议书》中应明确约定由水务公司补交土地使用权差价款，但在涉案《协议书》中，双方并没有约定由水务公司补交土地使用权差价款，故对华东公司的该上诉主张，本院也不予采信。华东公司另主张水务公司在本案中请求逾期交房损失属于重复起诉。在另案交付涉案两坎商铺的一审法院（2012）城民初字第3671号生效民事判决书中，一审法院已经明确告知由水务公司另案起诉，故华东公司的该主张也没有事实依据，本院也不予采信。
综上所述，一审法院认定事实清楚，适用法律正确，判决并无不当，应予维持。据此，依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第一项规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费27739元，由福建省莆田市华东房地产开发有限公司负担。
本判决为终审判决。
审判长 林美双
审判员 李 忠
审判员 彭赵龙
二〇一八年三月九日
书记员 倪益群
附：相关主要法律条文
《中华人民共和国民事诉讼法》
第一百七十条第二审人民法院对上诉案件，经过审理，按照下列情形，分别处理：
（一）原判决、裁定认定事实清楚，适用法律正确的，以判决、裁定方式驳回上诉，维持原判决、裁定；
（二）原判决、裁定认定事实错误或者适用法律错误的，以判决、裁定方式依法改判、撤销或者变更；
（三）原判决认定基本事实不清的，裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审，或者查清事实后改判；
（四）原判决遗漏当事人或者违法缺席判决等严重违反法定程序的，裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审。
原审人民法院对发回重审的案件作出判决后，当事人提起上诉的，第二审人民法院不得再次发回重审。