重庆市渝北区人民法院
民 事 判 决 书
（2017）渝0112民初12799号
原告：重庆市水利公司，住所地重庆市渝北区龙溪街道花卉园西一路10号黄金堡芷苑1幢3-9-1，统一社会信用代码：9150015202803418G。
法定代表人：张耀屹，总经理。
委托诉讼代理人：张诗韵，重庆索通律师事务所律师。
委托诉讼代理人：吴京洋，重庆索通律师事务所律师。
被告：重庆市水利电力物资供销公司，住所地重庆市渝北区松树桥路70号，统一社会信用代码：915001122028021834。
法定代表人：彭卫华，董事长。
委托诉讼代理人：师一海，男，该公司工作人员。
委托诉讼代理人：胡皖陵，重庆华立万韬律师事务所律师。
被告：重庆涪陵能源实业集团有限公司，住所地重庆市涪陵区新城区鹤凤大道19号品鉴硅谷园10幢，统一社会信用代码：91500102598985727。
法定代表人：何福俊，董事长。
委托诉讼代理人：胡皖陵，重庆华立万韬律师事务所律师。
被告：重庆市翰俞建筑园林工程有限责任公司，住所地重庆市涪陵区望州路20号，统一社会信用代码：91500102753061297K。
法定代表人：李仲，董事长。
委托诉讼代理人：胡皖陵，重庆华立万韬律师事务所律师。
原告重庆市水利公司（以下简称水利公司）与被告重庆市水利电力物资供销公司（以下简称物资公司）、重庆涪陵能源实业集团有限公司（以下简称能源公司）、重庆市翰俞建筑园林工程有限责任公司（以下简称翰俞公司）合同纠纷一案，本院立案受理后，依法由审判员王婷婷适用简易程序，公开开庭进行了审理。原告水利公司的委托诉讼代理人张诗韵，被告物资公司的委托诉讼代理人师一海，被告物资公司、能源公司、翰俞公司的共同委托诉讼代理人胡皖陵到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
原告水利公司向本院提出诉讼请求：1.被告物资公司立即交付渝北区龙溪街道松桥路70号江河大厦的11楼537.78平方米的面积，并将位于渝北区龙溪街道松桥路70号江河大厦的1楼的商业网点2、以及9楼、10楼、11楼及地下负三楼5个车位、地面4个车位登记至原告名下；2.被告物资公司向原告支付逾期交房违约金（该违约金自2015年6月5日起计算至2017年5月4日为700万元，自2017年5月5日起至房屋具备交付条件之日止按每日1万元计算）；3.被告物资公司向原告支付补偿费、办公用房租金及资金占用损失，其中，补偿费自2017年5月1日起至房屋全部交付之日满3个月止，以每月97606.66元标准（每年上浮10%）计算；办公用房租金自2017年5月1日起至房屋全部交付之日满3个月止，以每月3000元标准计算；资金占用损失自2017年5月1日至补偿费、办公用房租金付清之日止，以应付款项为本金，按照银行同期贷款利率的4倍计算；4.被告能源公司、翰俞公司对被告物资公司的上述债务承担共同清偿责任。事实和理由：2003年起，原告即与被告物资公司、重庆市江河建设有限公司（以下简称江河公司）陆续签订多份协议，约定由被告物资公司、江河公司在拆除原告所有的房屋后，将位于渝北区龙溪街道松树桥路70号的房屋归还原告。
2007年10月8日，原告与被告物资公司、江河公司签订《联合改造旧房协议书》，第2条约定房屋应当有门窗、灯，并用砖进行隔断。保证金共计400万元，由物资公司和江河公司支付给原告，项目封顶后退还200万元、竣工后退还100万元、原告取得全部房产证后再退还100万元。
2008年8月6日，江河公司与原告签订《联合改造旧房协议书补充拆迁协议》，第5条约定，江河公司归还原告所有的房间，都应配置水、电、气、闭路等基本设施。
2011年5月26日，原告与物资公司、江河公司签订《补充协议书》，第二条约定，归还的房屋均应按照原告要求进行隔断，如江河公司与物资公司未按要求进行隔断，则原告自己进行隔断，有权要求江河公司与物资公司承担相应费用；第三条第1款约定：由物资公司、江河公司向原告支付补偿费，从2011年6月1日起按每季度补偿20万元，自本协议签订起两年内不递增，第三年开始按每年10%进行递增，直至还房后三个月止；第三条第2款约定：由物资公司、江河公司按3000元/月的标准支付房屋租赁费；第三条第3款约定，如不按时支付前述款项，物资公司、江河公司则应向原告按人民银行同期贷款利率的4倍支付应付而未付款项的资金占用损失。
2012年6月5日，原告与物资公司、江河公司签订《补充协议书》，第六条约定，物资公司和江河公司在协议签订后36个月内建成江河大厦，并交付原告使用。如物资公司和江河公司未能按期完工交付原告使用的，按每日1万元赔偿原告违约金。除已经支付的200万元保证金外，物资公司和江河公司在本协议签订后10日内再向原告支付保证金200万元。但二公司未按上述约定支付全部保证金，仅支付了共计300万元保证金。同时，由于二公司未按约定支付过渡费及租金，二公司同意原告在保证金中进行抵扣，但在抵扣后又未能补足上述保证金。
2015年8月27日，原告与物资公司、江河公司签订《补充协议书》，重新确定了还房的具体位置并附图说明。
2017年4月28日，物资公司向原告发函，拟于5月7日交付房屋。但原告查看房屋后，发现拟交付的11楼房屋没有配置电梯，全部房屋也未进行隔断、未配置门窗灯具。随后，原告即致函物资公司，要求其尽快整改并支付延期交房违约金。2017年6月1日，物资公司回函原告，表示：（1）电梯无法整改，同意支付原告经济补偿；（2）同意支付隔断费用，但不同意支付门窗灯具配置费用；（3）不同意承担逾期交房违约金。
另，据原告了解，江河公司于2016年注销，但其股东重庆帛新水利电力开发有限公司（以下简称帛新公司）并未经清算即办理注销登记；帛新公司也于2016年注销，其股东能源公司也未经清算即办理注销登记，同时翰俞公司在公司登记机关办理注销登记时承诺对帛新公司、江河公司债务承担支付责任。
原告认为，原告与江河公司、物资公司签署的合同合法有效，江河公司与物资公司均应当按合同约定时间交付符合合同约定的房屋。现该二公司逾期交房且拟交付房屋不符合合同约定、拒不进行整改，即应当按合同约定承担逾期交房的违约责任、并向原告赔偿因其拟交付房屋不符合合同约定而给原告造成的损失。江河公司的股东帛新公司未依法对江河公司进行清算即办理注销登记，即应对江河公司的债务承担清偿责任；帛新公司的股东能源公司未依法对帛新公司进行清算即办理注销，即应对帛新公司的债务承担清偿责任；翰俞公司在公司登记机关办理注销登记时承诺对帛新公司、江河公司债务承担支付责任，亦应按上述承诺承担民事责任。为此，为维护原告合法权益，根据《中华人民共和国民事诉讼法》第119条之规定，特请求贵院判决支持原告的全部诉讼请求。
被告物资公司辩称，1985年8月，经上级单位重庆市农机水电局（以下简称市农机水电局）批准，物资公司从大渡口区搬迁到了渝北区松树桥。江北县政府同意划拨渝北区松桥路70号的5.7亩土地给物资公司，用于办公、营业及职工住宿的建设。物资公司获得了土地使用权，并缴纳划拨费15.66万元。1986年，物资公司在该土地上建好了营业用房、综合办公楼及职工住房共5473平方米，投入建房资金162万元。该款项是物资公司出让大渡口的房屋得来的款项及部分贷款。后无力偿还银行贷款，经报请市农机水电局同意，由当时重庆市水利工程综合经营公司（以下简称综合经营公司）以合作方式出资81万元，用于偿还银行贷款。同时，分配了一部分房屋2813.71平方米（住房849平方米，综合用房1226.54平方米，营业用房738.17平方米）给综合经营公司。1994年4月，经市农机水电局重机水（1994）水水计发第13号文件安排，将综合经营公司经营用房1964.71平方米进行划分，综合经营公司使用38平方米（一个门面），水利公司使用1926.71平方米，职工住宅维持居住状况不变。
2004年办土地证、房产证时，因划拨土地政策规定，土地证和综合营业用房房产证只能办给物资公司，住房部分的房产证直接办给了职工。
关于案涉房屋改造：2003年，市农机水电局更名为重庆市水利局（以下简称市水利局），市水利局同意物资公司改造第一批房屋，以职工集资建房，附属商用的方式。物资公司没有实施能力，水利局实施了兼并计划，即用江河公司兼并物资公司，改造房屋。江河公司就与原告签订第一份协议。但江河公司只有行政权利，没有民事上的权利。房屋改造开始后，由于江河公司不具备报批的主体资格导致长期办不了手续、用地规划许可证过期，2007年集资建房政策停止了。2009年，水利局向相关部门报批作为集资建房遗留问题特批修建。由于规划部门、建设部门不发放建设规划许可证、拆迁许可证、施工许可证，导致无法施工。同时该土地是划拨性质，需要办理转出，到目前还没有办下来。2013年5月工程正式动工，并办理了建设规划许可证、施工许可证。2016年11月改建项目基本建成，取得竣工验收备案登记证。由于项目涉及违规违法，很多该办理的手续不能办理，2017年5月勉强将职工集资房部分交付使用。目前关于办证的问题，房交所及相关的部门不予办理。
原告只有行政批文享有的权利，没有民事权利的法律依据。本案的协议不合法，本案不属于合资、合作房地产纠纷，原告以合资合作房地产纠纷起诉，原告主体不适格。第2、3被告在本案纠纷中行使行政权利，没有独立民事权利，不是适格的主体。被告翰俞公司在江河公司撤销后与本案发生关系，属于行政管理关系，没有民事管理关系。被告能源公司与本案无关。综上，请求驳回原告诉讼请求。
被告能源公司辩称，答辩意见同物资公司。
被告翰俞公司辩称，答辩意见同物资公司。
经审理查明：2003年5月23日，重庆江河建设有限公司（以下简称江河公司）与水利公司签订《旧房改造协议书》，约定遵照市局对直属企业进行改革的指示精神，江河公司对重庆市水电物资供销公司实行兼并，兼并后，拟对原物资公司所在地旧房进行改造，鉴于历史原因，在改造中涉及水利公司的房产问题，达成如下协议：1.根据原始资料记载和现场勘测，旧房中水利公司有营业用房面积700.17平方米，综合办公楼面积1226.54平方米，住宅楼面积五套317平方米，另1993和1994年建成两处综合楼，拆迁时再行测量房屋面积。2.旧房改造由江河公司投资主持，改造后，水利公司的商业门面按原面积原开间长度，沿松桥路归还，800平方米营业用房在二楼归还，其他综合用房面积在四楼归还。3.因改造对水利公司现有房屋停租和招待所停业的损失，由江河公司按对外出租价格和承包合同经济指标进行经济赔偿。经济赔偿期限从拆迁时至交房后三个月，赔偿资金每季度初支付本季度赔偿金。4.改造期间水利公司的办公用房约100平方米，由江河公司负责安排提供。5.根据规划部门批准改造后增加的房屋面积，按1.5%增补给水利公司。6.旧房改造中，涉及水利公司部分职工原住房的拆迁、安置等，由江河公司按重庆市城市房屋拆迁管理条例办理。7.旧房改造后，对职工住房采取集资建房形式，水利公司每个职工按700元每平米购80-120平方米的住房一套。8.旧房改造项目所需手续由江河公司负责办理，水利公司派人参与项目设计、施工、资金使用等。双方还对其他事宜作了约定。
2007年10月8日，物资公司、江河公司与水利公司签订《联合改造旧房协议书》，对水利公司营业用房面积、综合办公楼面积、两处综合楼面积进行了进一步明确。约定了还房面积：营业用房749.67平方米在门面第一层处归还（二楼），门面及二楼营业用房可用清水房归还，其他综合用房面积在四楼以下归还，并按15-20平方米一间隔断，有门窗、灯、用砖“18”墙隔断。约定了江河公司对水利公司停租停业损失补偿：第一年补偿32万元，每季度五日前支付，如不按时，按每日2000元赔偿违约金，以后每年按8%递增，补偿期限从拆迁之日起到交房后三个月止。第9条约定，该旧房改造项目由江河公司汇400万元保证金到水利公司，由江河公司监管，未经江河公司同意，水利公司不得擅自挪用，否则按每日一万元计算违约金赔偿江河公司。三方签订协议之前，江河公司先汇入200万元保证金到水利公司账上，其余200万元保证金待水利局或国资委正式批复文件下达后两个月内汇入，延期支付按每日1万元计算违约金赔偿水利公司。该项目封顶后退还江河公司200万元保证金，竣工后退还江河公司100万元保证金，水利公司获得全部房产证后再退还江河公司100万元。第10条约定，本协议签订后，市水利局或国资委正式批复文件下达之日起计算：江河公司在12个月完成拆迁工作，在27个月完成项目主体封顶，若未能按时完成阶段性工作，按每日一万元赔偿水利公司违约金。
2008年8月6日，江河公司作为甲方，水利公司作为乙方，双方签订《协议书》，约定江河公司支付水利公司拆迁安置工作经费20万元、管理工作经费405838元，并规定了支付期限。同日签订《联合改造旧房协议书补充拆迁协议》，第2条约定搬迁费5000元、停租补偿费22000元；租赁费每月2500元，每半年支付一次计15000元，协议签订后支付2008年8月至12月（五个月）的租赁费，以后每半年（六个月）的首月5日前支付；拆房过渡补偿金每年32万元，按三个月支付一次，每三个月的首月5日前支付8万元。第5条约定，江河公司归还原告所有的房间，都应配置水、电、气、闭路等基本设施。
2011年5月26日，以水利公司为甲方，以江河公司为乙方，以物资公司为丙方，三方签订《补充协议书》，约定按市水利局对直属企业改造的精神，乙方对丙方实行兼并后，对甲方和丙方所在地旧房进行改造，准备在原址新建“江河大厦职工集资建房和办公楼”，三方就改造还房、职工集资、营业用房补偿、办公用房过渡达成多个协议，但因多种原因至今未开工，三方增加协议：第一条对水利公司的房产做进一步明确，房产建筑面积2216.21元（其中门面建筑面积240平方米，营业用房建筑面积749.67平方米，办公用房建筑面积1226.54平方米），最终建筑面积三方同意在房屋拆迁时以国土房管部门实际测量的建筑面积为准。上述甲方的房产，因历史原因造成房屋所有权证登记办理在丙方的名下，现三方再次确认，房产的归属归甲方所有。第二条约定，归还的房屋均应按照甲方要求进行隔断，如乙方丙方未能按要求隔断，则甲方在自己隔断后，有权要求乙丙方承担费用。第三条对补偿进一步明确，1.因项目建设期间甲方无办公场所及现有房屋停租招待所停业损失，由乙方和丙方向甲方支付补偿费（即除房屋租赁费以外的损失），补偿标准从2011年6月1日起按每季度补偿20万元，主要用于职工工资、补贴等。每三个月的首月5个工作日内支付。从本协议签订日两年内不递增，第三年开始10%递增，直至还房后三个月。2.如乙方和丙方因拆迁需要，要求甲方搬离现办公场所，则应按每月3000元标准支付房屋租赁费，该款每半年（六个月）支付一次，支付时间为每半年的首月5日前支付。或乙方丙方提供办公场所200平方米，功能满足办公要求，选择支付租赁费或者提供办公场所，由甲方确定。3.如不支付前述款项，乙方丙方按人民银行同期贷款利率四倍支付应付而未付款的资金占用损失。三方还对其他内容作了约定。
2012年6月5日，水利公司为甲方，江河公司为乙方，物资公司为丙方，三方签订《补充协议书》，约定由于历史原因至今未开工建设，水利公司不再主张增补面积，改为划四个车位归水利公司永久使用。第六条约定，乙丙在本协议签订后三十六个月内建成江河大厦，并交付甲方使用。甲方按原协议退还保证金。若乙丙方未能按期完工并交付甲方使用，按每日一万元赔偿甲方违约金，在保证金中抵扣。
另经物资公司委托、重庆欣荣土地房屋勘测技术研究所针对渝北区龙溪街道松桥路70号A幢、C幢、无证房屋于2012年6月出具重庆市房产面积复核报告书四份，并由原告盖章确认。报告书载明了水利公司应享有的面积情况。
物资公司陈述，江河大厦于2013年5月施工。
2015年8月27日，水利公司为甲方，江河公司为乙方，物资公司为丙方，三方签订《补充协议书》，对房屋归还作了最终明确：原协议中关于房屋归还的约定条款按以下方式执行：（一）乙丙两方应归还甲方门面221.14平方米位置为“江河大厦”平街层A轴-
F轴/1/01轴-6轴和9轴之间（详见图纸阴影部分，位置、面积以测绘为准）。（二）乙、丙两方应归还甲方所属地下室24.9平方米折合为紧邻上述11.85平方米（为靠观光电梯一侧，即270平方米减去应归还甲方门面14平方米及归还水管站37.01平方米后所剩面积）归还。（三）原协议应归还甲方办公楼层面积按评估价值调整至江河大厦9-11楼层归还，按甲方原楼层及用途进行评估（原楼层：2楼是营业用房、4-6楼是办公用房），评估机构由甲方的国有资产主管部门在财政部门认可的评估机构中随机抽取确定，评估相关费用由乙方和丙方承担。1.如原协议应归还甲方楼层面积评估价值超出9-11楼共3层整体评估价值，9-11楼共3层房屋产权归甲方所有，差额部分由乙方用负3层车库面积按评估价值归还，合同三方共同约定所划车位由拥有该层产权的单位各自拥有的该层面积进行分摊停车位个数。2.如原协议应归还乙方楼层面积评估价值未超出江河大厦项目9-11楼共3层整体评估价值，按评估价值折合面积按先低楼层后高楼层顺序归还甲方。（四）原乙方承诺在地面上提供给甲方四个永久免费停车位，若乙方届时不能提供给甲方，则甲方有权在乙方拥有产权的负3层地下车库内（车位）享有四个免费停车位的权利。（五）上述面积均为建筑面积，以实际测绘为准。
水利公司、物资公司委托重庆华川土地房地产估价与资产评估有限责任公司对江河大厦（房屋建筑面积共计10521.06平方米）的非住宅房屋及地下99个车位进行了能通过竣工验收、办理产权证后的市场价值评估，2016年3月10日，该公司出具估价报告，载明估价时点为2015年12月9日，评估总价11718.15万元。其中2层评估单价为11550元/平方米，3层评估单价为10400元/平方米，4-5层评估单价为8590元/平方米，6-10层评估单价为8550元/平方米。
2016年6月22日，渝北区房屋测绘管理所对龙溪街道松桥路70号江河大厦职工集资建房及旧办公楼改建项目出具测算报告书，对每部分房屋的面积进行了测绘。
物资公司陈述，江河大厦于2016年11月8日竣工验收。
2017年4月28日，物资公司向水利公司发出《关于江河大厦项目房屋移交的函》，载明我司定于5月3日至5月14日开展江河大厦项目房屋集中移交工作，函告如下：我司拟于5月7日移交贵司所属房产给贵司，请贵司做好接房准备；5月3日-5月6日为集资户按楼层集中交房时间，请贵司配合我司做好贵司集资户的交房工作。
2017年5月10日，水利公司向物资公司发出《关于江河大厦项目房屋移交的函的复函》，载明我司高度重视接房工作，于2017年5月9日上午约贵公司彭卫华总经理等人到江河大厦进行实际勘查和磋商，复函如下：一、江河大厦11楼与贵司移交我司的设计图纸不符，该楼层无电梯，卫生间规划布局不合理，致使商业价值缩水，我司要求贵司立即整改，整改后我司将请有关评估机构就9楼-11楼商业价值重新评估（由此产生费用由贵司承担），提出索赔甚至司法诉讼。二、根据2007年10月8日签订的《联合改造旧房协议书》第2条约定及2015年7月27日抄送贵司的会议纪要第3条约定（虽然综合用房现调整到9-11楼，但隔断、门、窗、灯具等相关协议仍有效），以每15-20平方米为一开间，用砖砌“18”墙隔断且安装门、窗、灯具等，若归还的房屋未按照水利公司要求进行隔断，则水利公司自己隔断，水利公司有权要求物资公司和江河公司承担相关费用。同时，按照联合改造旧房协议书补充拆迁协议第五条约定（2008年8月6日签订），归还水利公司所有的房间都应配置水电气闭路等基本设施。三、江河大厦物业管理应由水利公司和其他业主共同商议确定，不得由开发商私自进行物业管理，开展经营活动。四、贵司严重逾期交房，已产生违约金及其他费用，请贵司按约定支付。如果双方就以上二条达成共识，我司同意先办理江河大厦9楼、10楼及临街门面的移交手续。
2017年5月19日，物资公司给水利公司发函，就相关事宜告知如下：一、观光电梯未到11楼事宜：根据设计及现场实际情况，因11楼空间不够，若在11楼安装电梯会影响12-2集资房使用，故暂未安装。解决方案：一是我司已联系电梯公司、设计单位勘查现场，详细论证，现正制定优化整改方案，力争现有环境下将观光电梯安装至11楼。二是若方案一无法实施，必须增加空间安装观光电梯，则该方式需占用12-2房屋空间，该房为贵司副总经理彭某所有，为保障其权益，我司可给予一定经济补偿，或将其房屋置换至13-2，或全款购买其房屋，具体金额由双方协商确定。……望贵司积极配合我司做好彭某的工作。三是若11楼电梯确实无法整改，则只能通过观光电梯到10楼再步行11楼或乘坐消防电梯到11楼，届时我司可给予贵司一定经济补偿。二、隔断等问题。……已对门窗、灯、水电气、闭路等约定进行修正，并且，根据规划及政策要求，水、气无法解决，闭路已用网络光纤代替，门窗、灯具标准无法统一，不具备可操作性，无法安装，我司意对归还的房屋按贵司要求进行隔断，或者由贵司自行隔断，我司承担相应费用，具体金额双方协商确定。三、物管公司事宜，……可在业委会成立后，按正规流程通过业委会另行选聘。四、逾期交房违约金事宜。2012年6月5日我司与贵司签订补充协议约定交房时间，目的仅是督促双方尽快开展搬迁拆迁、办理项目建设手续、开工建设等，在诸多因素尚不确定情况下约定交房时间是否合理，能否在期限内交房无法确定，并受政策变化、施工现场条件限制及历史遗留问题等不可抗力因素影响，逾期交房非我司主观过错，我司不存在违约行为，不承担违约责任。二是2012年6月5日三方补充协议约定“共同推进”，贵司始终未参与，仅靠我司单方推进，力量有限，贵司也应承担一定责任。三是逾期交房期间我司仍支付过渡费、资金利息、房租给贵司，贵司没有任何经济损失，我司无违约行为，但考虑到影响，我司可以给贵司5-10万元补偿。
诉讼中，2017年9月13日，我院向渝北区不动产登记中心发函，咨询原告起诉过户的案涉江河大厦房屋是否符合过户条件。2017年9月29日，该中心向我院复函，载明上述房屋不符合过户条件。
2017年10月16日，物资公司与水利公司进行了交房，物资公司将江河大厦临街门面商业网点2及9层、10层、4个地面车位交给水利公司。诉讼中，各方于2017年11月9日对尚未交付的11层面积为537.78平方米予以确认，并同意现状交房。
江河公司的唯一股东为重庆帛新水利电力开发有限公司（以下简称帛新公司），帛新公司的唯一股东为能源公司。2016年5月26日，翰俞公司吸收合并江河公司、帛新公司。2016年9月20日，江河公司、帛新公司注销。
另，庭审中，原告与物资公司确认，2017年5月1日以前的补偿费、办公室租赁费等已经付清了，物资公司共计支付8832888.13元（包括300万元保证金在内），其中包含补偿费6540608.51元、搬迁费5000元、办公室租赁费249500元、营业用房停租费22000元、资金占用费409941.62元、工作经费605838元、职工住房违约赔偿费100万元。
本院认为：水利公司与物资公司、江河公司签订的一系列合同，是各方真实意思表示，内容不违反法律、行政法规强制性规定，合法有效。江河公司其后被翰俞公司吸收合并而注销，江河公司的合同责任由翰俞公司承担。能源公司与物资公司、翰俞公司不具有直接关系，原告要求能源公司承担责任，于法无据，本院不予支持。
关于房屋交付的诉讼请求，由于协议约定的大部分房屋物资公司已经交付给水利公司，诉讼中，各方对尚余的江河大厦11楼交付面积确认为537.78平方米，本院予以支持，则物资公司、翰俞公司应继续承担交付责任。
关于办证的诉讼请求，由于我院在诉讼中已向渝北区不动产登记中心咨询案涉房屋办证事宜，该中心答复尚不具备交付条件，故对该项诉讼请求，本院不予支持。
关于支付2017年5月1日后补偿费、租金、资金占用损失的诉讼请求，由于物资公司于2017年4月28日向水利公司发函告知于2017年5月7日交房，水利公司回函提出了11楼电梯问题、隔断、门、窗、灯具、水、电、气、闭路问题而未接房。根据《中华人民共和国合同法》第一百一十九条规定：“当事人一方违约后，对方应当采取适当措施防止损失的扩大；没有采取适当措施致使损失扩大的，不得就扩大的损失要求赔偿”，本案中，原告提出的无观光电梯的11楼已修建完毕并成为既定事实，且该问题的出现存在一定客观原因；未进行隔断系因2011年5月26日《补充协议书》约定了水利公司可以自行隔断；未安装灯具门窗等存在双方合同约定不明的原因，上述问题不从根本上影响交房，为了避免损失扩大，原告应先行接房再与物资公司协商解决方案；且在上述问题存续的情况下，原告后续也实际接收了大部分房屋。由此，原告以上述问题未达成共识为由拒绝接房，无权就扩大的损失要求物资公司承担责任，即对原告要求支付2017年5月7日后的补偿费、房屋租赁费及资金占用损失的诉讼请求，本院不予支持。
根据2011年5月26日《补充协议书》约定，物资公司应支付补偿费至还房后三个月，本院将2017年5月7日视为交房日期，则支付补偿费的期间为2017年5月1日至2017年8月7日，结合协议书约定的计算方式，2017年5月的补偿费为97606.67元（20万×1.14÷3），2017年6月、7月的补偿费均为107367.33元（20万×1.15÷3），2017年8月的补偿费为25052.38元（107367.33元÷30×7）。以上共计337393.71元（97606.67元+107367.33元×2+25052.38元）。
物资公司应支付租金的期间为2017年5月1日至2017年5月7日，金额为700元（3000元÷30×7）。
物资公司应支付资金占用损失为：以补偿费97606.67元为基数，自2017年3月8日算至款项付清之日止，以补偿费239787.04元（337393.71元-97606.67元）为基数，自2017年6月8日算至款项付清之日止，以租金700元为基数，自2017年1月6日起算至款项付清之日止，以上均按中国人民银行同期贷款利率四倍计算。
翰俞公司对上述款项承担共同支付责任。
关于违约金的诉讼请求，首先，协议同时对损失的计算方法和违约金做了约定，约定形式具有相似性，性质也都是未交房的补偿；其次，虽违约金的约定时间在后，但各方实际按损失履行，表现在物资公司在已经支付的800余万中包含了补偿费6540608.51元、租赁费249500元、营业用房停租费22000元、资金占用费409941.62元；再次，上述未及时支付补偿费、租赁费导致的资金占用损失，其标准为中国人民银行同期贷款利率四倍，具有违约金的性质，物资公司在之前进行了支付，本案也已全额支持。综上，损失是各方在意思自治原则基础上详细计算的补偿方法，补偿范围囊括了办公用房租赁费、房屋停租、招待所停业损失、职工工资、补贴等，根据补偿性原则，在物资公司全额支付前期费用和资金占用损失、本院全额支持后期费用和资金占用损失的基础上，原告未举证证明不足以弥补其损失的情况下，原告又主张性质相似、未实际履行、且标准显然过高（按每日一万元标准计算了700余万的违约金，本院不予支持。
据此，依照《中华人民共和国合同法》第四十四条、第六十条、第一百一十四条，《中华人民共和国公司法》第一百七十三条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条之规定，判决如下：
一、被告重庆市水利电力物资供销公司、重庆市翰俞建筑园林工程有限责任公司于本判决生效后十日内向原告重庆市水利公司交付位于渝北区龙溪街道松桥路70号江河大厦的11楼537.78平方米的面积；
二、被告重庆市水利电力物资供销公司、重庆市翰俞建筑园林工程有限责任公司于本判决生效后十日内支付原告重庆市水利公司补偿费337393.71元、租赁费700元，及上述费用的资金占用损失，该损失以97606.67元为基数，自2017年3月8日算至款项付清之日止，以239787.04元为基数，自2017年6月8日算至款项付清之日止，以700元为基数，自2017年1月6日起算至款项付清之日止，以上均按中国人民银行同期贷款利率四倍计算；
三、驳回原告重庆市水利公司的其他诉讼请求。
案件受理费74180元，减半收取37090元，由原告重庆市水利公司负担18545元，由被告重庆市水利电力物资供销公司、重庆市翰俞建筑园林工程有限责任公司负担18545元。保全费5000元，由被告重庆市水利电力物资供销公司、重庆市翰俞建筑园林工程有限责任公司负担。
如不服本判决，可以在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于重庆市第一中级人民法院。
审判员 王婷婷
二〇一七年十一月二十日
书记员 杨 皎