广西壮族自治区高级人民法院
民 事 判 决 书
（2015）桂民再字第3号
原审上诉人（一审被告）：广西壮族自治区工业和信息化委员会。住所地：南宁市民族大道***号。
法定代表人：束华，主任。
委托代理人：韦勋，广西辰亿律师事务所律师。
委托代理人：陆锋，广西辰亿律师事务所律师。
原审上诉人（一审原告）：广西南宁航洋实业发展有限公司。住所地：南宁市民族大道***号航洋国际城*号楼。
法定代表人：陈庚威，总经理。
委托代理人：骆俊臣，该公司职员。
原审上诉人广西壮族自治区工业和信息化委员会（简称区工信委）与原审上诉人广西南宁航洋实业发展有限公司（简称航洋公司）建设工程施工合同纠纷一案，南宁市中级人民法院于2010年12月17日作出（2006）南市民一初字第59号民事判决，区工信委、航洋公司均不服，向本院提起上诉。本院于2012年11月20日作出的（2011）桂民一终字第37号民事判决，已经发生法律效力。本院于2015年7月10日作出（2015）桂民监字第1号民事裁定，依职权再审本案。本院依法另行组成合议庭，公开开庭审理了本案，区工信委的委托代理人韦勋、陆锋，航洋公司的委托代理人骆俊臣到庭参加了庭审。本案因双方当事人申请法院组织调解，依法相应扣除审限，现已审理终结。
航洋公司一审诉至南宁市中级人民法院称，1998年11月20日，广西无线电管理局（先后变更为广西壮族自治区无线电管理委员会、广西壮族自治区信息产业局、广西壮族自治区工业和信息化委员会）与广西南宁航洋房地产开发公司（后变更为广西南宁航洋实业发展有限公司）签订《代建广西无线电监测大厦合同书》一份，约定由航洋公司为广西无线电管理局代建无线电监测大厦，代建项目楼高27层，总建筑面积30456㎡。2001年6月1日，广西无线电管理局已实际占有使用该项目。2005年6月28日区信息产业局向航洋公司发了《广西无线电监测大厦工程尾款确认函》（以下简称《确认函》），确认拖欠航洋公司监测大厦工程尾款及其他款项共计7913664.48元。航洋公司收到函后，多次要求广西无线电管理局和区信息产业局按《确认函》确定的数额安排付款，但一直未回复付款。因广西无线电管理局已并入区信息产业局，区信息产业局又并入区工信委，故广西无线电管理局的权利义务应由区工信委承受，请求法院依法判决区工信委支付工程款7913664.84元及利息2431474.30元（按中国人民银行同期同类贷款利率计算，从2001年6月11日计至判决生效之日止，暂计至2006年8月5日），诉讼费由区工信委承担。
区工信委辩称，根据合同约定，支付剩余工程款的条件尚未成就，也没有事实和法律依据。依据航洋公司提供的明细表，只有一项款项符合双方签订的土地转让合同及代建合同，另外四项合计500多万元，都是没有法律依据的尾款。1、土地代建费116万元已超出合同约定；2、工程代建费尾款，该款包括空调、电器等代建费，但航洋公司并未做室内工程部分；3、二次装修配合费45万元，该项已经委托其他公司装修；4、二次装修代建费81万元，也是区工信委委托其他公司装修的。关于确认函，只是根据航洋公司提交的明细表照抄的，本意是为了应付竣工验收而出具的，双方财务人员从来没有对工程款进行过核对，只是在行政上出具了文件，不应成为支付工程款的凭证。请求驳回航洋公司的诉讼请求，诉讼费由航洋公司承担。
南宁市中级人民法院一审查明，1998年11月20日，航洋公司作为甲方与乙方广西无线电管理局签订《代建广西无线电监测大厦合同书》一份，约定由航洋公司为广西无线电管理局代建广西无线电监测大厦，代建项目楼高22层，总建筑面积约22745㎡，代建项目用地8.66亩，每亩138万元。双方对项目的装修标准、付款方式等作了约定。其中约定：全部工程竣工验收后，广西无线电管理局（乙方）按照办理房地产证相关规定提供合法证件给航洋公司（甲方），甲方在半年内为乙方办完房产证交付乙方并结算完毕后10天内，乙方扣除工程造价的1%作质保金，其余工程造价的款项全部付清给甲方。并约定除本基建工程由双方或者乙方委托的权威单位核定的结算所确定的成本及相关税费由广西无线电管理局负责外，区工信委应支付给航洋公司代建费为项目总成本的9%。后广西无线电管理局变更项目设计，将项目层高变更为27层，总建筑面积变更为30456㎡。1999年6月8日，双方签订《“航洋实业大厦”土地使用权及项目转让合同》，约定航洋公司将“航洋实业大厦”项目及占地面积约6417.18㎡的土地使用权转让给广西无线电管理局并更名为“广西无线电监测大厦”。同年8月23日，双方签订《土地使用权转让合同》，约定航洋公司将代建项目地块过户到广西无线电管理局名下后，继续代建项目。2002年3月，主体工程竣工。期间，广西无线电管理局将部分装修等工程发包案外人施工。2004年，区信息产业局委托广西祥浩工程造价咨询有限责任公司（简称祥浩公司）对广西无线电监测大厦土建、水电、安装、消防及火警工程结算进行审核鉴定。该公司出具桂祥造字（2004）第75号《报告书》，审核评价为：本工程结算审定金额为51059091.38元。航洋公司对区信息产业局单方委托的上述鉴定部门作出的鉴定结论认可。2004年10月12日，航洋公司出具给区信息产业局《广西信息产业局欠广西南宁航洋实业发展有限公司广西无线电监测大厦工程尾款及其他款项明细表》（以下简称《明细表》），内容为：1、工程尾款3918664.48元；2、二次装修代建费810000元；3、二次装修配合费450000元；4、工程代建费尾款1575000元；5、土地代建费1160000元。合计金额7913664.48元。注：工程代建费尾款包括土建、水电安装、消防火警、空调、电梯、电器的代建费。2005年6月28日，区信息产业局出具给航洋公司《广西无线电监测大厦工程尾款确认函》，内容为：“根据贵公司与原广西无线电管理局于1998年11月20日签订的＜代建广西无线电监测大厦合同书＞所约定的条款，经广西祥浩工程造价咨询有限责任公司对广西无线电监测大厦的土建、水电工程、消防及火警的结算审核及双方财务对大厦工程的各项费用及付款情况进行了核对，确认大厦工程尾款及其他款项共为人民币柒佰玖拾壹万叁仟陆佰陆拾肆元肆角捌分（￥7913664.48）元。请贵公司抓紧完成广西无线电监测大厦的工程竣工验收并办理交付使用手续。付款方式由双方另行商定。”2006年7月12日，区信息产业局出具函件《关于推迟办理竣工验收手续的申请》给广西工程质量监督总站。该函称：我单位委托广西南宁航洋实业发展有限公司建设的广西无线电监测大厦工程已竣工，由于房改手续一直在办理中，所以该工程未能及时申报验收，房改手续审批还需一段时间，现恳请贵单位同意延期办理竣工验收备案手续。请同意为盼。此后，广西无线电监测大厦一直未竣工验收，区工信委也未支付工程尾款。
另查明，2001年6月，广西无线电管理局与龙悦物业公司签订了一份《合同书》，约定将落成的广西无线电监测大厦无偿交给龙悦物业公司全权经营、管理。庭审中，区工信委承认于2001年6月11日开始使用争议的大厦。
航洋公司以《确认函》诉请区工信委支付工程款后，区工信委于2007年以航洋公司为被告提起诉讼，请求确认《确认函》无效。南宁市中级人民法院受理后于2007年5月17日作出（2007）南市民一初字第5-1号民事裁定书，中止诉讼。区工信委于2010年5月11日提出撤诉，该院作出（2007）南市民一初字第5号民事裁定书，准许区工信委撤诉。
南宁市中级人民法院在受理本案过程中，以广西壮族自治区审计厅《关于审计广西无线电监测大厦竣工决算的通知》等为由，于2007年5月17日作出（2006）南市民一初字第59-1号裁定书，裁定本案中止诉讼。但审计一直未有结果，该院于2010年9月7日恢复诉讼。期间，区工信委单方于2008年又委托广西正德造价咨询有限公司对广西无线电监测大厦进行鉴定，该公司作出桂正咨基字（2008）第47号《无线电监测大厦土建、水电安装、消防及火警工程结算审核报告》、正德审报字第（2009）第2-068号《关于广西无线电监测大厦基本建设项目竣工财务决算审核报告书》、桂正咨基字（2008）第277号《无线电监测大厦装饰及空调工程结算审核报告》。航洋公司对该三份报告不予认可。
南宁市中级人民法院一审认为，航洋公司与广西无线电管理局在平等、自愿的基础上签订的《代建广西无线电监测大厦合同书》，是双方的真实意思表示，并不违反法律、法规的强制性规定，协议合法有效。航洋公司已经按照合同进行了施工，所建无线电大厦项目已被区工信委实际占有使用。2005年6月28日，区信息产业局向航洋公司出具的《确认函》中，已明确记载在有关部门鉴定、单位财务人员查账之后，尚欠航洋公司工程尾款及其他款项共7913664.48元。由此可见，《确认函》的出具是区信息产业局的真实意思表示，因区信息产业局已经并入区工信委，故航洋公司据此主张区工信委支付工程款依法有据。关于是否支付利息的问题。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条规定，因区信息产业局在《确认函》确认尚欠航洋公司7913664.48元工程款，双方没有约定给付工程款尾款时间，且涉案建筑至今没有经过竣工验收，故工程款利息应从起诉之日起即2006年8月11日起计算。该院遂于2010年12月17日作出（2006）南市民一初字第59号民事判决：一、区工信委向航洋公司支付工程款7913664.48元；二、区工信委向航洋公司支付工程款利息（按本金7913664.48元，从2006年8月11日起至判决生效之日止，按中国人民银行同期贷款利率分段计算）。案件受理费71745元，其他诉讼费5000元，由区工信委负担。
区工信委上诉称，1、一审判决认定事实有误，证据不足。《确认函》不能作为双方结算工程款的依据。《确认函》照抄了航洋公司出具的《明细表》，而《明细表》上记载的工程项目及总金额不合理，因航洋公司没有进行二次装修，不应得到第2项81万元和第3项45万元。第4项“工程代建费尾款157.5万元”，因航洋公司没有安装空调、电梯、电器工程，也不应收取。第5项“土地代建费116万元”，因《代建广西无线电监测大厦合同书》第八条约定代建费为项目总成本的9%，不包括土地成本，也不应收取。2、《确认函》没有记载工程总造价、已付工程款、尚欠工程款、代建费等金额，没有经过双方财务核对及结算，不能作为定案依据。3、申请对本案工程总造价及已支付、尚欠款项进行专项审计。请求撤销一审判决，依法公正判决。
航洋公司答辩称，《确认函》经过双方财务核对及结算，最后确定区工信委尚欠工程尾款7913644.48元，是双方真实意思表示，区工信委还在《确认函》上盖章确认，该函应作为本案定案依据。
航洋公司上诉称，一审判决区工信委支付航洋公司工程款的利息从2006年8月11日起算是错误的。根据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十八条第一款之规定，建设工程已实际交付的，应从交付之日起计算利息，故本案应从2001年6月11日起计息。请求二审改判区工信委从2001年6月11日起，按中国人民银行贷款利率支付逾期利息。
区工信委答辩称，对于工程款的利息问题，双方合同没有约定，此外，一审法院于2007年已作出裁定中止诉讼，直至2010年9月才恢复诉讼，区工信委不应承担这段时间的利息。
本院二审确认一审查明的案件事实。
本院二审认为，区信息产业局于2005年6月28日出具的《确认函》，虽然确认其尚欠工程尾款7913664.48元，并且加盖单位公章。但该《确认函》照抄了航洋公司出具的《明细表》上合计的总金额，而《明细表》上记载的工程项目内容，其中第2项记载的“二次装修代建费81万元”、第3项记载的“二次装修配合费45万元”，合计126万元，航洋公司并没有进行实际施工，故其不应得到该两项费用。对于《明细表》第4项“工程代建费尾款157.5万元”的问题，因该项目在《明细表》中注明：“工程代建费尾款包括土建、水电安装、消防火警、空调、电梯、电器的代建费”，而《明细表》中的第1项“工程尾款3918664.48元”已包含有航洋公司所做的土建、水电安装、消防火警工程，两项存在重复，故航洋公司不应收取《明细表》中第4项的费用。综上，区信息产业局出具的《确认函》部分内容存在重大瑕疵，不能作为定案依据，扣减后区工信委应付工程款为5078664.48元。关于利息的起算时间问题。根据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十八条：利息从应付工程价款之日计付。当事人对付款时间没有约定或者约定不明的，下列时间视为应付款时间：“第（一）项：建设工程已实际交付的，为交付之日”。因此，区工信委应从航洋公司实际交付工程之日起计算利息，即从2001年6月11日起计算利息支付给航洋公司。本院遂于2012年11月20日作出（2011）桂民一终字第37号民事判决：一、撤销南宁市中级人民法院（2006）南市民一初字第59号民事判决；二、广西区工信委向航洋公司支付工程款5078664.48元及利息（利息从2001年6月11日起计算至本案判决生效之日止，按中国人民银行同期贷款利率分段计付）。一审案件受理费71745元，其它诉讼费5000元，合计76745元，由区工信委负担49884.25元，由航洋公司负担26860.75元。二审案件受理费合计143490元（航洋公司预交71745元，区工信委预交71745元），由区工信委负担100443元，由航洋公司负担43047元。
本院再审过程中，区工信委称，1、区工信委已经支付给航洋公司68835926.89元，即使扣除超面积罚款、土地款的契税手续费及广西桂乡建筑工程有限责任公司（简称桂乡公司）的零星工程款，也已经支付了67419945.12元。2、应当将116万元的土地代建费从应付款中扣除。代建费应当是建筑成本的9%，不包括土地成本，即使包括，土地成本仅是750.8万元，代建费仅有67.572万元，航洋公司主张116万元没有依据。扣除土地代建费后，应付的土地款、工程款及代建费合计为60677766.55元，故区工信委已经多支付给航洋公司6066458.56元。3、本案定性错误，不是建设工程合同纠纷，而是委托合同纠纷。4、区工信委直接支付给桂乡公司款项为9391821.98元，桂乡公司承认仅有45181.77元属于代建项目外的零星工程款，如航洋公司不认可，则必须追加桂乡公司参加本案诉讼方可查清案件事实。5、根据双方合同约定，还应当在应付款中扣除1%的质保金，质保期满后再支付。6、根据双方合同约定，在航洋公司没有办理完房产证并交付给区工信委之前，区工信委享有先履行抗辩权，有拒绝支付工程尾款的权利。请求撤销二审判决，驳回航洋公司的诉讼请求，由航洋公司负担全部诉讼费用。
航洋公司称，1、区工信委尚欠航洋公司各项款项是事实，且已有双方确认的结算函件，原审根据《确认函》判决正确。2、桂乡公司与我方是建设承包关系，根据合同相对性原则，桂乡公司与本案没有关系。3、案涉工程至今未竣工验收的原因在区工信委，不是航洋公司的责任，且案涉大厦已实际使用多年，没有质量问题，不存在扣除质保金的问题。请求维持二审判决。
再审中双方均向本院提交证据。
区工信委提交以下证据：1、编号为区招办（1999）第14号《中标通知书》，拟证明涉案大厦的施工人为广西桂乡建筑工程有限责任公司。2、区工信委已付涉案工程款的票据清单，该组票据由六个部分组成，一是直接付给航洋公司的工程款38199000元；二是付给施工人桂乡公司的工程款9391821.98元；三是代航洋付给其他材料商的材料及人工款5430704.91元；四是付给航洋公司的土地及项目转让款13283600元；五是付到航洋公司帐上的土地款的契税、手续费270800元；六是付给航洋公司的代建费2260000元，合计68835926.89元，拟证明其已实际向航洋公司付款的数额。该组票据虽然二审已经提交，但因原审判决书没有反映出双方当事人对这部分票据的质证情况，本次再审再次组织双方当事人进行质证。3、航洋航字（2001024）号函的附表，拟证明其付给柳州市中昱经贸公司、宁波永享钢管管道有限公司、南宁富安消防器材厂三家公司共计471056.07元（即票据第三部分第4项），是按航洋公司的指令支付的。
航洋公司对区工信委提交的证据质证认为，对证据1，涉案大厦由桂乡公司负责施工没有异议，根据合同相对性原则，桂乡公司与本案纠纷无关。对证据2，提出三点异议，一是第三部分第11项的超面积罚款110万元应由区工信委支付，不应计入工程款；二是第三部分的第4项，付给材料商的材料款共计471056.07元，与航洋航字（2001024）号函指令付款的项目及金额均不相符；三是第五部分的土地款的契税及手续费，作为土地转让的双方均需缴纳税费，航洋公司缴纳的是土地增值税，区工信委缴纳的是契税，这部分契税应由区工信委负责，不应抵扣工程款。对于证据3，该表没有航洋公司的签字或盖章，且与区工信委存档在财务档案中的原件不一致，对此表不予认可。
航洋公司提交2007年6月的土地增值税纳税申报表，土地款金额相同的另外两份土地增值税纳税申报表及三份表格的原件，拟证明本案涉案地块的转让费为13283600元。
区工信委质证认为，航洋公司提交的土地增值税纳税申报表申报日期在2007年6月，本案土地于1999年转让，该表与本案无关。
综合双方的质证意见，本院认为，对于航洋公司提供的土地增值税纳税申报表，经核对原件，表格上盖有税务机关“已领完税凭证”、“申报受理讫”的章，项目名称为无线电监测大厦，故确认三份土地增值税纳税申报表的真实性以及与本案的关联性，但能否证明涉案土地转让款为13283600元，尚需结合其他证据方可认定。对于区工信委提交的证据1，可确认其真实性及关联性，该份证据可证明负责本案大厦实际施工的是桂乡公司。对于证据2，区工信委提交的票据与原件相符，对其真实性予以确认，至于这些票据与本案是否有关联性，能否证明区工信委已付款为68835926.89元的事实，还需结合其他证据进行分析才能确定。对于证据3，该附表没有载明制作单位、制表人，也没有任何单位的签字盖章，与本案没有关联性，无法证明区工信委是按航洋公司指令支付该笔款项。
本院再审确认原审查明的案件事实。
另查明，1、桂乡公司为涉案大厦的工程施工人。2、1999年8月23日，广西无线电管理局与航洋公司同时签订了两份《土地使用权转让合同》，但约定的土地价款不同，分别是750.8万元及13283600元。3、双方于2001年6月8日签订协议书，约定为妥善处理超规划处罚事宜，由航洋公司代办超规划面积罚款事宜，若规划局最终罚款低于110万元，则差额部分作为航洋公司的代理费用。4、再审中航洋公司认可区工信委支付给桂乡公司的9391821.98元是受航洋公司指令支付的，应计入区工信委已支付的案涉款项总额。
综合双方的诉辩主张，本案的争议焦点为：一、区工信委尚欠航洋公司多少款项？二、区工信委支付案涉款项是否享有先履行抗辩权？三、应否追加桂乡公司参加本案诉讼？
本院再审认为，一、关于区工信委尚欠航洋公司多少款项的问题。航洋公司与广西无线电管理局签订的《代建广西无线电监测大厦合同书》，是双方的真实意思表示，协议合法有效。航洋公司已经按照合同进行了施工，所建的无线电大厦项目区工信委已实际占有使用，区工信委应当支付工程款。2005年6月28日，区信息产业局向航洋公司出具的《确认函》中，明确记载在有关部门鉴定、单位财务人员查账之后，尚欠航洋公司工程款尾款及其他款项5项共计7913664.48元，并加盖单位公章，区工信委本应按此金额进行付款，但该《确认函》照抄了航洋公司出具的《明细表》上合计的总金额，存在重大瑕疵，因部分项目航洋公司未实际施工以及内容存在重复，本院二审将第2、3、4项款项予以扣除是正确的，且双方对扣除该部分款项均无异议，本院再审予以维持。
（一）关于《明细表》的第5项即土地代建费应否支付的问题。双方在《代建广西无线电监测大厦合同书》中约定，代建费为项目总成本的9%，现双方争议主要在于，土地成本应否计付代建费。代建合同约定，“代建用地约8.66亩，每亩138万元”；第八条“除本基建工程由双方或者乙方委托的权威单位核定的结算所确定的成本及有关税费由乙方负责之外，乙方应支付给甲方代建费为项目总成本的9%”，第九条“本项目的一切公关费用由甲方支付，不得列入项目总成本”。可见，代建合同同时约定了项目代建及土地转让两方面主要事项，且约定支付的代建费是项目总成本的9%，而不仅仅是工程成本的9%，第八、九条的约定也仅仅将核定结算需支付的成本及税费，以及航洋公司应支付的公关费用排除在应支付代建费的范围之外，并没有约定土地成本不计付代建费，故本案区工信委仍需按土地款的9%支付代建费，对其土地成本不应计付代建费的主张，本院不予支持。
（二）关于《明细表》的第1项工程尾款应支付多少的问题。对于这一项内容，因区工信委需支付给航洋公司的费用分为工程款、土地款、代建费三个部分，但区工信委支付款项时除了直接支付航洋公司工程款外，还采取直接支付工程款给实际施工人桂乡公司、代航洋公司向材料商支付材料款、单独给付部分代建费的方式支付款项给航洋公司，故该项尾款的确定应是区工信委的应付款减去已付款，得出尚欠款项再减去土地代建费，通过整体计算才可得出准确数额。
首先应确定区工信委应支付的款项数额。1、工程款。涉案大厦主体工程完工后，区工信委委托祥浩公司作出审核鉴定，鉴定得出的工程款为51059091.38元，该份鉴定虽然是区工信委自行委托的，但航洋公司、桂乡公司、区工信委、鉴定单位均在结论上签字盖章确认，故本案航洋公司已完成的工程造价应确定为祥浩公司鉴定的51059091.38元。2、土地转让款。区工信委与航洋公司关于涉案大厦的土地转让虽然有几份合同，但在双方最初的1998年11月20日《代建广西无线电监测大厦合同书》中，早已约定土地转让款为13283600元，而且区工信委1999年9月6日实际支付13283600元，可见实际履行的仍是该合同。区工信委在原审庭审中也强调其支付的土地款为13283600元，结合航洋公司就涉案土地转让向税务单位申报的金额亦为13283600元，本院认定本案双方实际履行的土地价款为13283600元。3、代建费。根据双方合同约定，应为项目总成本的9%，故本案代建费为（51059091.38＋13283600）×9%=5790842.22元。4、区工信委的应付款还涉及到质保金应否扣除的问题，对此本院认为，双方合同并未约定质保期的具体期限，区工信委已使用涉案大厦多年，未就工程质量问题提出异议，故对其扣除质保金的请求不予支持。本院最终确定区工信委应付款的总额为70133533.60元。
其次应确定区工信委已支付的款项数额。区工信委二审及再审提交其支付给航洋公司各项费用的清单及付款凭证，对此航洋公司提出三点异议：1、区工信委已付款项第三部分第4项，区工信委支付给材料商的工程用铝塑管、铜管、防水木门款共计47多万元。经核实票据，航洋公司以航字（2001024）号函指令区工信委代付铝塑管、铜管、阀门、自动报警及防火门剩余工程款，详见附表，但区工信委庭审时补交的附表没有载明制作单位、制作人，也无任何单位签字盖章，且因该函上没有明确各项目具体付款金额，付款要求亦不明确，无法确定区工信委支付的47万多元是否是按航洋公司的指示支付的，故对航洋公司该点异议本院予以支持，该笔471056.07元的材料款应从区工信委的已付款中扣除。2、第三部分第11项，区工信委主张没有任何单位向其开具超面积处罚通知，该笔款项航洋公司没有实际支出，应抵扣工程款。但涉案大厦超面积建房是事实，故面临被处罚的可能。双方对此于2001年6月8日签订了协议，约定由航洋公司代为处理超面积罚款，如最终罚款低于110万元，差额部分作为航洋公司的代理费用。目前涉案大厦还没有竣工验收，办理房产证的过程中是否还要缴纳该笔罚款尚不确定，不能因为现阶段未罚款即拿该笔款项抵扣工程款。况且，根据该约定，即便航洋公司完成代理事项后，案涉大厦超面积建房未被罚款，该110万元亦应全部作为针对该事项另行支付的代理费，而不应计入已付的案涉款总额。故航洋公司的异议成立，该款应从已付款中扣除。3、第五部分土地款的契税、手续费270800元。作为土地转让的受让方，区工信委应向税务机关缴纳相关的契税，该款不应计入已付的案涉款总额，故该部分也应从已付款中扣除。最后，区工信委实际向航洋公司支付的其他款项总额为68835926.89元-471056.07元-110万元-270800元=66994070.82元。综上，本案区工信委尚欠航洋公司款项为3139462.78元（70133533.60元-66994070.82元），减去土地代建费116万元，故最终得出第1项工程尾款的数额为1979462.78元。
至于尚欠款项利息的起算问题。根据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十八条：利息从应付工程价款之日计付。当事人对付款时间没有约定或者约定不明的，下列时间视为应付款时间：“第（一）项：建设工程已实际交付的，为交付之日”。因此，区工信委应从航洋公司实际交付工程之日起计算利息，即从2001年6月11日起至航洋公司请求的本判决生效之日止，按中国人民银行同期流动资金贷款利率分段计付。
综上，区工信委提交证据证明其实际尚欠款项少于《确认函》载明的7913664.48元，本院予以支持。
二、关于区工信委支付案涉款项是否享有先履行抗辩权的问题。区工信委与航洋公司的代建合同确实约定了航洋公司需要办理房产证并交付后区工信委才支付工程尾款，也就是约定了付款的条件，需条件成就才付款。但是本案房产证的办理需要双方配合，从查明的案件事实看，区工信委曾给工程质量监督总站去函，要求延期办理竣工验收手续，阻碍了涉案工程竣工验收的完成，进而阻碍了约定付款条件的成就。且区工信委已经实际使用涉案大厦多年，故区工信委不得以先履行抗辩权为由拒付尚欠的案涉款项。
三、关于应否追加桂乡公司参加本案诉讼的问题。区工信委认为有部分工程款按航洋公司指令直接打入桂乡公司帐户，不追加桂乡公司参加诉讼无法查清实际付款情况。鉴于航洋公司再审中对区工信委支付给桂乡公司的9391821.98元均认可是受航洋公司指令支付的，并认可该款计入区工信委已支付的案涉款项总额。故桂乡公司是否参加本案诉讼，不影响查清相关事实，没有必要追加其参加本案诉讼。
综上所述，原审判决对部分款项认定有误，实体处理部分不当，依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百零七条、第一百七十条第一款第（二）项的规定，判决如下：
一、维持本院（2011）桂民一终字第37号民事判决主文第一项；
二、变更本院（2011）桂民一终字第37号民事判决主文第二项为：广西壮族自治区工业和信息化委员会向广西南宁航洋实业发展有限公司支付工程款及其他款项3139462.78元及利息（利息从2001年6月11日起计算至本判决生效之日止，按中国人民银行同期流动资金贷款利率分段计付）。
一审案件受理费71745元，其它诉讼费5000元，合计76745元，由广西壮族自治区工业和信息化委员会负担46047元，由广西南宁航洋实业发展有限公司负担30698元。二审案件受理费71745（航洋公司预交71745元，区工信委预交71745元），由广西壮族自治区工业和信息化委员会负担43047元，广西南宁航洋实业发展有限公司负担28698元，多收部分诉讼费由本院分别退回。
本判决为终审判决。
审 判 长 程丽文
审 判 员 蒙宏庆
代理审判员 陈 丹
二〇一五年十一月九日
书 记 员 罗 誉