湖南省高级人民法院
民 事 判 决 书
（2014）湘高法民三终字第31号
上诉人（原审被告）湖南省泰禹实业有限公司。
法定代表人刘晓武，该公司董事长。
委托代理人唐文峰，男，汉族，1968年9月10日出生，该公司员工。
委托代理人谢松柏，湖南麓和律师事务所律师。
被上诉人（原审原告）长沙市建设工程集团有限公司。
法定代表人陈守义，该公司董事长。
委托代理人袁柏顺，北京市德恒律师事务所长沙分所律师。
上诉人湖南省泰禹实业有限公司（以下简称泰禹公司）因与被上诉人长沙市建设工程集团有限公司（以下简称建工集团）建设工程施工合同纠纷一案，不服湖南省长沙市中级人民法院2013年10月25日作出的（2009）长中民一初字第0181号民事判决，向本院提起上诉。本院受理后依法组成合议庭，于2014年2月24日公开开庭审理了本案。泰禹公司的委托代理人谢松柏、建工集团的委托代理人袁柏顺到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
建工集团起诉称：原、被告于2005年年底签订《工程施工承包合同书》，并经政府管理机构备案。该合同约定：原告承包被告建设的泰禹家园一期12号、13号、16号、17号栋的房屋施工任务，总建筑面积约12400平方米，包括基础、主体、下水道、水电安装、内外装修及附属工程等。合同签订后，原告按合同约定完成了施工任务，并于2006年12月22日经被告和建筑工程质量监督机构竣工验收合格，同时交付给被告。经结算，被告应付原告工程价款总计为14556504.05元。工程竣工后，原告多次向被告催讨工程款项，被告均以“尚未审核完毕”为借口拒付全额工程款项。被告最后一次付款时间为2009年1月20日。被告已经陆续支付原告工程价款7794086元，尚欠工程价款6762418.05元。原告按合同进行施工期间，自2005年12月14日至2006年2月28日，由于被告没有办理好《施工许可证》，被有关单位责令停工74天，造成原告停工、窝工、设备台班等损失378800元。自2006年4月11日至2006年7月13日，由于被告排水系统不畅酿成洪灾，有严重的安全隐患，被有关单位责令停工91天，造成原告停工、窝工、设备台班等损失822640元。另外，洪水还造成原告施工场地财产损失146464元。由于被告的原因造成原告停工等损失共计1347904元。被告拖欠原告的工程款8110322.05元，时间长达870天（计算自2006年12月22日至2009年5月22日），按银行同期贷款年利率7.56%计算，被告应付给原告利息1458254元。综合以上事实，请求判决：1、被告向原告支付工程价款6762418.02元；2、被告向原告赔偿停工损失1347904元；3、被告向原告支付逾期付款的利息1481755.8元。
泰禹公司一审答辩称：一、涉案工程于2005年8月29日经招投标，确定由原告承包施工，约定工程采用的是固定合同价。原、被告双方于2005年12月20日签订的《工程施工承包合同书》关于涉案工程价款的约定完全背离了招投标文件，采用的是据实结算的可变价，不能作为涉案工程的结算依据。涉案工程应当按照招投标文件的相关规定结算；二、原告主张长达165天的延期开工和停工时间没有事实依据。原被告双方涉案工程开工约定“建设方拟定于2005年12月10日前通知乙方进场”并不是确定的开工日期；2006年4月的水患仅停工4天，其余时间原告一直正常施工；三、根据招投标文件的约定计算，涉案工程的造价为9765711.74元，答辩人已支付工程款10753565.73元，加上原告施工工程出现质量问题应当承担的责任，答辩人已经超额支付工程付款931427.17元。综上，原告的诉讼请求没有事实和法律依据，请求法院依法驳回原告的诉讼请求。
原审法院查明：2005年8月，泰禹公司为建设泰禹家园12、13、16、17栋的建设工程（含基础建设、土建工程、水电安装工程），以总价包干的形式对外进行招标。之后，建工集团中标。泰禹公司于2005年8月29日发出序号为HNCSYHMY05257-25D的《中标通知书》，确定建工集团为中标人，建筑面积12400平方米，中标价为841.29万元，中标工期为270天，工程质量达到国家验收规范合格标准，项目经理为彭辅根。2010年5月27日，长沙市建设工程招标投标管理办公室出具书面材料，证明泰禹家园12、13、16、17栋《中标通知书》建筑面积为16343.91平方米。
2005年10月28日，泰禹公司（甲方）与建工集团（乙方）签订《工程施工承包合同书》约定：承包工程范围为泰禹家园一期12号、13号、16号、17栋，建筑面积为16335㎡，以施工图为准。乙方承包工程的包干价为：乙方根据甲方的施工图、变更、交底纪要等相关文件，套湖南省99年土建预算定额和2002年安装预算定额，按定额直接费＋人、材、机调差（材料调差按长沙建设造价），上浮10%，按实结算，另加建安税金。人员工资按28元／日计算，不再调整，并取消其他任何收费项目。同时双方签订工程约定书，明确包干范围、主材（钢材、水泥、砌块、水电器材、铝材等）、品牌、型号等细节作为工程约定书附件。
2005年12月20日，泰禹公司（甲方）与建工集团（乙方）签订《工程施工承包合同书》，第一条工程名称：泰禹家园一期12号、13号、16号、17号栋，工程总建筑面积约12400平方米，其中包括基础、地下室、主体、简单装修、明沟散水、下水道至化粪池、水施工至栋表井、电安装至栋主电表箱、铝合金、内外装饰等。承包形式：包人工、包材料、包价格、包工期、包质量、包安全。乙方承包工程的总造价约850万元，具体根据甲方提供的施工图、设计变更、交底纪要等文件，套用湖南省99年土建预算定额和2002年安装预算定额进行按实结算（含税），同时乙方同意优惠总造价的10%，其中主材（钢材、水泥、铝材等）价格、品牌、型号等由甲方指定品牌。第二条承包方的义务：……7、按施工图纸、施工总说明，图纸交底会审纪要、设计修改（或变更）通知单和国家现行《施工技术验收规范》施工和自检工作；做好相关的试验与检验送检；负责组织施工验收及各阶段验收。第三条工期、本承包工程暂定总工期为240天，开工日期以建设方开工通知书日期为准。工期奖罚：最终确定的阶段性工期和总工期每推迟一天，分别处罚乙方3000元／天，若乙方的总工期未推迟，则阶段性工期的处罚可退还。第五条工程款的支付与结算中第⑤项约定：此单位工程竣工验收后，乙方必须在30天内将竣工结算书交建设方审定，建设方委托相关部门争取在结算书2个月内审查完毕，乙方须积极配合。审定后天5内，建设方即付足总造价95%工程款，其余5%作为保修金，保修期到期全部返还，若甲方垫付了乙方负责的相关保修费，则对应扣减。第八条工程竣工验收及保修的第一项规定：工程竣工时，乙方按规定分别整理提供完整的技术档案资料并归总后，送建设方、监理方审查，通过后进行初验，并确定正式验收时间，由建设方以书面形式通知主管部门、设计单位等有关单位进行竣工验收。验收合格后，签署竣工验收证书，并正式将工程移交给建设方管理。竣工验收合格之日起30天内，乙方将本工程资料整理完毕并归总备案，同时移交一整套给建设方归档。第三项约定：工程竣工后，乙方应填写保修单交建设方，乙方按有关规定的内容及期限对已建工程进行全面保修及承担保修期内的保修费。第四项约定：在大保修期内确因施工造成的质量问题，乙方在接到通知三天内不进行维修，建设方可自行修理，其修理费用由乙方负担。保修期内因建设方管理不妥或使用不当等原因发生损坏，应由乙方负责修理，建设方承担费用。该合同由长沙市建设委员会备案。
2005年底，建工集团陆续对所涉工程开始施工。2006年4月28日，泰禹公司（甲方）与建工集团（乙方）签订《多层工程承包约定书》，约定项目实施过程中，签证单必须有监理工程师、甲方造价工程师、甲方现场代表和工程部经理签认，才能作为结算依据。项目竣工后，进行竣工结算。约定书对工程的施工要求、工程原材料的品牌要求进行了约定，第八条约定：下列材料由甲方提供，施工方负责工地保管或施工。a、外墙砖；b、楼梯间石材、地面砖、墙面砖；c、半地下室、楼梯间成套主配电箱和户内成套配电箱、电表。九、下述材料由甲方指定制作安装商或施工方：a、空调板铁艺栏杆、飘窗铁艺、阳台栏杆、室外栏杆；b、入户安全门；c、多层外墙内保温；d、塑钢窗；e、半地下室、卫生间、厨房、屋面等防水工程；f、消防工程、室内门禁对讲系统和室内监控系统。第十一条约定：经双方协商同意：对第八条内容，甲方按自身采购材料总价的1%向乙方补偿材料采包费；对第九条内容中的塑钢窗，甲方按塑钢窗结算总造价的2%向乙方作为塑钢窗制作商的配套费；对第九条内容中的其他项目，甲方补偿乙方相应项目结算造价的1.5%作为配套费；上述费用包含配套工程完成后乙方后续工序的配套、脚手架使用等费用，乙方不得再另收其它费用，同时乙方应积极配合，不得制造事端或阻工，该配套费在竣工验收后随结算工程余款一并支付，至于配套工程施工所用水、电费按表计实收结算。2006年12月22日，本案所涉工程经各单位验收合格并交付泰禹公司。
施工过程中，泰禹公司陆续支付工程款。但工程竣工后直至本案起诉前，双方一直未对工程款进行有效结算。诉讼中，泰禹公司主张已支付工程款10745722.73元，其中2000000元在建工集团起诉后（2009年6月29日）支付，建工集团仅认可泰禹公司支付工程款为10589147.18元，不认可其余156575.55元，其中60000元为泰禹公司应返还给建工集团的保证金。
对建工集团提出异议的96575.55元（156575.55元-60000元），泰禹公司提交了以下证据证实：1、2006年6月7日客户为“市建工集团泰禹项目部”12、13、16、17栋保护层检测费4400元的发票一张，拟证明代建工集团交纳检测费4400元；2、2006年1-4月份有施工单位代表签字的临时施工用水水量表，拟证明建工集团应承担水费3819元；3、2007年2月13日泰禹公司的记账凭证，拟证明代建工集团支付工程质量整改款3245元；4、2007年1月25日临时施工用电电量表，拟证明建工集团应承担电费510元；5、2007年5月15日泰禹公司的记账凭证，拟证明代建工集团支付电费500元；6、2007年12月3日泰禹公司的记账凭证及《泰禹家园一期4月4日至9月3日用水情况》，证明因建工集团施工的工程进水管漏水造成水费损失680元；7、2008年2月2日泰禹公司的记账凭证及2006年12月-2007年4月配套单位用水收费表，拟证明建工集团应承担该时段水费1400元；8、2008年4月8日泰禹公司的记账凭证及公司与配套单位应交物业水、电收费表，拟证明建工集团应承担6-7月水费390.5元，9、2008年8月29日泰禹家园项目部的费用报销单及2008年7月25日金额为668的发票一张，拟证明建工集团施工工程因漏水产生的整改材料费668元应由建工集团承担；10、2008年7月18日泰禹家园项目部的报告、2009年8月20日泰禹公司的记账凭证及建设银行向王仕剑汇款60365.99元的回单，拟证明因建工集团施工工程质量问题，泰禹公司赔付王仕剑60365.99元；11、2009年12月28日泰禹公司的记账凭证、2009年9月14日工程付款申请单及金额为5226元的发票一张，拟证明泰禹公司向陈建良支付应由建工集团承担的工程质量维修款5226元；12、2006年12月15日临时施工用电电量表，拟证明建工集团应承担的电费6420元，经双方对账，有争议的款项为4420元；13、2009年4月10日泰禹公司的记账凭证，收款方为曹国强、金额为9432元的发票一张，2009年1月12日工程付款申请书一份，拟证明泰禹公司向曹国强支付的工程质量维修款3050元，应由建工集团承担；14、2010年1月31日泰禹公司的记账凭证、工程付款申请表及泰禹家园一期维修（周梁高）费用分摊汇总表，拟证明泰禹公司向周梁高支付工程维修款1369元，应由建工集团承担；15、2010年1月31日泰禹公司的记账凭证及工程付款申请单，拟证明泰禹公司向陈建良支付维修工程款6532元，应由建工集团承担。对泰禹公司提交的上述证据，建工集团认为，第1项关于检测费用承担问题，因该笔费用建工集团未见发票，未做进决算书，不予认可；泰禹公司提交的水电费分担部分，因该费用都产生在施工项目完工后，且无施工方签字确认，故不予认可；工程维修费用因没有收到建设方维修通知单，且无施工方签字确认，不予认可；对第12项2006年12月电费的承担问题，经对账，双方确认为2000元，泰禹公司确认多计算了4420元。另建工集团向泰禹公司支付保证金900000元，其中泰禹公司代付农民工工资保证金840000元，剩余还有保证金60000元未返还给建工集团，对此双方均无异议。
因双方未结算工程款，诉讼中，建工集团及泰禹公司均向法院提出鉴定申请。其中，建工集团提出，因中标价低于成本价，故对涉案工程的成本价、备案合同确定的结算依据对工程造价进行鉴定；泰禹公司则提出，因中标通知书约定了总包干价，故申请对招标文件、投标文件所确定的造价是否为按中标价总价包干进行鉴定，对涉案工程中经甲方签字认可的设计变更及现场签证部分按照招标文件、投标文件关于工程造价的计算方式进行鉴定。原审法院认为，双方签订的备案合同对中标通知书确定的总包干价已予以了变更，故对泰禹公司的鉴定申请不予支持。原审法院委托湖南建业项目管理有限公司对建工集团申请事项进行评估鉴定，该公司根据双方提交的证据，以及原审法院提供的证据交换笔录，并经现场勘验，于2013年4月8日作出湘建咨询（2012）207号《关于泰禹家园12栋、13栋、16栋、17栋及附属室外工程和车库、水电安装建安工程造价鉴定报告》，鉴定结论如下：1、成本价：12681669.45元（甲方报建代交，不含劳保基金）；2、按国家预算定额核算价：15351880.81元（含劳保基金536329.86元）；3、根据招标文件、投标文件可以确定，该工程为总价包干，包干价为8410000元；4、设计变更及现场签证部分按招标文件、投标文件关于造价的计价方式，经鉴定造价为1059118.43元。由于提供资料不全，下述部分无法全面作出鉴定，因此单列，请法院裁定：1、由于泰禹小区排水设施不完善，没有建立完善的排水系统。小区内大部分项目已被水淹没，由此造成原告设备损失。损失数量有监理签字确认，但缺少设备规格型号及设备原价、使用年限等相关资料，且损失数量无建设方签字确认，因此该项费用单列，参考报送设备价值，按133360元计入，请法院裁定；2、泰禹小区排水设施不完善引发停工，造成原告人工及机械停工损失；业主方没有办理施工许可证造成原告人工及机械停工损失；由于停工损失只有监理签字确认，无建设方签字确认，该项费用单列，共计677016.1元；3、总包配套费单列：15807.74元；防盗门、外墙保温、屋面保温、防水卷材、阳台栏杆、栏杆属业主分包工程，由于资料没有提供分包工程的合同金额，没有约定总包配套费率，我司只能按图纸计算出工程量，套取相应的计价定额，结合市场价，计算出以上分包工程造价金额为526924.78元，再按分包工程造价的3%计取总配套费，配套费金额为15807.74元，该项费用单列，请法院裁定。在2013年8月16日的庭审中，湖南建业项目管理有限公司委派鉴定人员陈炜、肖利纯出庭接受了质询。
原审法院认为：本案诉争焦点为：一、关于涉案工程的结算依据问题。本案中泰禹家园12号、13号、16号、17号栋建设工程为商品住宅，依照我国法律的规定，该建设工程必须经过招标投标。在泰禹公司向建工集团发出的中标通知书上注明“中标价为841.29万元，……请在收到中标通知书十天内与招标人签订合同”，双方分别于同年10月28日、12月20日签订两份建设工程施工合同。最高人民法院法释（2004）14号《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定：当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。本案中，双方于2005年12月20日签订的施工合同为备案合同，虽对中标通知书中工程价款进行了变更，但系双方的真实意思表示，并未违反法律强制性规定或者社会公共利益，应当认定为法律允许范围内的合同变更，依据上述法律规定，该备案合同可以作为确定本案建设工程结算的依据。依照该合同约定，双方对涉案工程结算依据为“套用湖南省99年土建预算定额和2002年安装预算定额进行按实结算（含税），同时乙方同意优惠总造价的10%”。原审法院委托湖南建业项目管理有限公司依据该份备案合同约定的结算依据作出涉案工程造价为15351880.81元的鉴定结论，泰禹公司对此鉴定结论提出异议，但未提交足以反驳该鉴定结论的证据，故原审法院依法对该鉴定结论予以采信，根据此鉴定结论及备案合同的约定，原审法院确认涉案工程总造价为13816692.7元（15351880.81元×90%）。
二、关于泰禹公司给付建工集团工程款如何认定的问题。建工集团已认可泰禹公司支付工程款10589147.18元，原审法院予以认定。对泰禹公司应返还建工集团的剩余保证金60000元，双方均不持异议。对有争议的款项92155.49元，其中：1、保护层检测费4400元，泰禹公司出具发票证明其已交纳该费用，根据合同第二条的约定，承包方（建工集团）应“做好相关的试验与检验送检”，建工集团应为交纳检测费的主体，泰禹公司代建工集团支付的检测费用4400元应当由建工集团承担；2、水、电费6619.5元的承担问题。依据合同约定水、电费的承担应当为施工方，但建工集团未对该笔费用签字确认，故该笔费用由建工集团承担的依据不足；3、关于质量问题维修款6笔，共计79787元承担主体的问题。根据合同约定，在保修期内工程出现质量问题，泰禹公司应通知建工集团维修，建工集团在接到通知三天内不进行维修，建设方可自行修理。因泰禹公司不能举证证明其已通知建工集团进行维修，其自行维修的费用因无建工集团签字确认，故该笔费用应由其自行承担；4、材料费668元、漏水损失680元因建工集团未签字确认，故该费用由泰禹公司自行承担。综上，泰禹公司已支付建工集团工程款10589147.18元＋4400元=10593547.18元，还应向建工集团支付工程款13816692.7元-10593547.18元＝3223145.52元。最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条规定：当事人对欠付工程价款利息计付标准有约定的，按照约定处理；没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息。第十八条规定：利息从应付工程价款之日计付。当事人对付款时间没有约定或者约定不明的，下列时间视为应付款时间：（一）建设工程已实际交付的，为交付之日；（二）建设工程没有交付的，为提交竣工结算文件之日；（三）建设工程未交付，工程价款也未结算的，为当事人起诉之日。本案中，建工集团于2006年12月22日将所涉工程经验收后交付泰禹公司，泰禹公司应于2006年12月22日开始向建工集团支付逾期付款的利息。在泰禹公司给付工程款项中的2000000于2009年6月29日给付，故泰禹公司应承担工程款5223145.52元从2006年12月22日至2009年6月29日的利息，及工程款3223145.52元从2009年6月30日至给付之日的利息。
三、关于建工集团提出赔偿损失的请求是否应予支持的问题。1、建工集团主张由于泰禹小区排水设施不完善，造成建工集团设备损失133360元及人工及机械停工损失677016.1元。对此，原审法院认为，由于建工集团提交的该损失数量仅有监理人员签字确认，没有其他证据佐证，且无建设方泰禹公司的签字确认，建工集团主张该部分损失依据不足，原审法院不予支持；2、建工集团主张总包配套费15807.74元是否应予支持的问题。双方签订的合同及补充协议均未涉及总包配套费的问题，故建工集团此项主张缺乏事实依据，原审法院不予支持。
综上所述，依照《中华人民共和国民法通则》第四条，《中华人民共和国合同法》第八条、第四十四条、第六十条第一款、第一百零七条、第一百零九条、第二百六十九条、第二百七十一条、第二百七十九条，最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条、第十八条、第二十一条的规定，判决如下：一、泰禹公司于判决生效之日起十日内支付建工集团工程款3223145.52元以及该欠款自2009年6月30日至实际支付之日按中国人民银行发布的同期同类贷款利率计付的利息和欠款5223145.52元自2006年12月23日起至2009年6月29日止按中国人民银行发布的同期同类贷款利率计付的利息；二、驳回建工集团其他诉讼请求。案件受理费78945元，由原告建工集团负担39473元，被告泰禹公司负担39472元。诉讼保全费5000元，由泰禹公司负担，鉴定费74020元，由泰禹公司负担。
泰禹公司不服一审判决，向本院提起上诉称：一、建设工程施工合同备案不属法律的强制性规定，不能认定备案合同即是唯一合法的合同。本案备案的施工合同改变了招投标的工程计价，依法为无效合同。二、招投标规定的工程价款是固定合同价，原审法院启动鉴定没有法律依据。鉴定程序严重违规，鉴定结论存在诸多明显错误。三、备案合同不是中标合同，涉案工程不应以备案合同作为结算依据，而应根据实际履行的合同，即2005年10月28日签订的合同进行结算。据此请求：一、撤销原审判决第一项，改判驳回建工集团的全部诉讼请求；二、判令建工集团负担本案一、二审的全部诉讼费用和鉴定费用。
针对泰禹公司的上诉，建工集团答辩称：一、备案合同是当事人的真实意思表示，也是当事人最后签订的合同，一审以该备案合同作为结算依据正确。二、一审中双方当事人均申请了司法鉴定，法院根据当事人的申请启动鉴定程序合法。三、泰禹公司未提交证据证明鉴定结论存在错误，也没有申请重新鉴定，故鉴定结论应作为定案依据。据此请求驳回上诉，维持原判。
二审中，双方当事人均未提交新的证据。经当庭询问，双方当事人对原审判决认定事实均无异议。本院经审查，对原审判决认定事实依法予以确认。
二审中，针对一审鉴定结论，泰禹公司提出“在零星工程中把甲供材料进行取费计算”、“文明施工措施费约定按75000元包干”、“最低人工工资和市场人工工资明显偏高”、“劳保基金重复计算”等异议。就泰禹公司之异议，鉴定机构湖南建业项目管理有限公司委派鉴定人员陈炜到庭当面向泰禹公司进行了解释，并向本院提交了书面的《回复意见》，出具了《补充鉴定说明》，其最终鉴定结论为：1、原成本价鉴定为12681669.45元（甲方报建代交，不含劳保基金），补充鉴定为12511352.71元（甲方报建代交，不含劳保基金，含包干价安全文明施工措施费75000元）2、按国家预算定额核算价，原鉴定为15351880.81元（含劳保基金536329.86元），补充鉴定为15117577.59元（含劳保基金481568.45元，含包干价安全文明施工措施费75000元）3、除上述成本价与按国家预算定额核算价经补充鉴定后结果经调整有变化外，其余部分均按原鉴定报告的内容不变。
二审中，本院另查明如下事实：2005年10月28日泰禹公司（甲方）与建工集团（乙方）签订的《工程施工承包合同书》第十二条第一款约定：“经双方商议签订本正式合同的同时，乙方需向建设方支付合同履约金，总额为乙方所承包工程相应计价建筑面积×150元／㎡的积数，即贰佰肆式伍万元”。第十三条第二款约定：“若建设方在2005年10月31日前未收到乙方应付的约定额度履约金，则本合同主动失效作废，双方互不承担任何责任”。
2005年12月20日泰禹公司（甲方）与建工集团（乙方）签订的《工程施工承包合同书》第十二条第一款约定：“乙方需向建设方支付合同履约金，总额为乙方所承包工程相应计价建筑面积×50元／㎡的积数，竣工验收后2个月内退还”。第十三条第二款约定：“若建设方在2005年12月10日前未收到乙方应付的约定额度履约金，则本合同主动失效作废，双方互不承担任何责任”。
投标邀请书、2013年4月8日的湘建咨询（2012）207号《关于泰禹家园12栋、13栋、16栋、17栋及附属室外工程和车库、水电安装建安工程造价鉴定报告》均记载涉案工程总建筑面积为16343.51平方米。2005年5月17日，泰禹公司出具收到90万元工程保证金的收据。
本院认为，根据双方当事人的诉辩意见，本案二审争议焦点是：一、涉案工程应以哪个合同作为结算依据。二、泰禹公司应给付建工集团多少工程款。
关于争议焦点一。泰禹公司主张以2005年10月28日的《工程施工承包合同书》作为结算依据，而建工集团主张以2005年12月20日的《工程施工承包合同书》作为结算依据。本院认为，根据查明的事实，2005年10月28日的《工程施工承包合同书》以按期足额缴纳履约保证金作为生效条件，但建工集团并未按该合同约定按期足额缴纳履约保证金，故2005年10月28日的合同并未生效，且泰禹公司亦未提交充分证据证明双方实际履行了该合同。2005年12月20日，双方当事人又签订新的合同，对工程价款结算、履约保证金的缴纳等问题达成了新的约定，系双方当事人就涉案工程达成的最终的真实意思表示；且泰禹公司收取的履约保证金满足该合同对保证金的约定数额，符合生效条件；该合同亦经过行政主管部门的审查并备案。因此，涉案工程应以2005年12月20日的《工程施工承包合同书》作为结算依据。
关于争议焦点二。经审查，一审法院系根据双方当事人的申请启动涉案工程的司法鉴定，程序合法。二审中，针对泰禹公司就鉴定报告提出的关于甲供材料取费和文明施工措施费的异议，鉴定机构出具了补充说明纠正错误。对于其他异议，鉴定机构作了解释，泰禹公司既未提交充分证据证明其异议成立，亦未申请重新鉴定，故本院采信修正后的鉴定结论作为定案依据。根据修正后的鉴定结论和2005年12月20日的《工程施工承包合同书》的约定，本院认定涉案工程款为13605819.83元（15117577.59×90%）。一审认定泰禹公司已经支付建工集团工程款10593547.18元，泰禹公司和建工集团均未就此提起上诉，本院审查后予以确认。据此，泰禹公司还应向建工集团给付工程款3012272.65元（13605819.83－10593547.18）。关于欠付工程款的利息问题。最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条规定：“当事人对欠付工程价款利息计付标准没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息”。第十八条规定：“利息从应付工程价款之日计付。当事人对付款时间没有约定或者约定不明的，建设工程已实际交付的，交付之日视为应付款时间”。本案中，建工集团于2006年12月22日将涉案工程经验收后交付泰禹公司，故泰禹公司应于2006年12月23日起向建工集团支付逾期付款利息。因泰禹公司已给付的工程款项中有2000000元系2009年6月29日给付，故泰禹公司应向建工集团支付工程款5012272.65元（3012272.65＋2000000）自2006年12月23日至2009年6月29日的利息，以及支付工程款3012272.65元自2009年6月30日至给付之日的利息。
综上所述，原审判决遗漏部分事实，属认定事实不清，应予纠正。泰禹公司的上诉请求部分成立，依法应予支持。根据《中华人民共和国合同法》第四十五条、第七十七条，最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条、第十八条和《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（三）项之规定，判决如下：
一、维持湖南省长沙市中级人民法院（2009）长中民一初字第0181号民事判决第二项；
二、变更湖南省长沙市中级人民法院（2009）长中民一初字第0181号民事判决第一项为：湖南省泰禹实业有限公司于本判决生效之日起十日内支付长沙市建设工程集团有限公司工程款3012272.65元及利息（自2009年6月30日至实际给付之日按中国人民银行发布的同期同类贷款利率计付）和工程款5012272.65元的利息（自2006年12月23日至2009年6月29日按中国人民银行发布的同期同类贷款利率计付）。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审案件受理费78945元，由长沙市建设工程集团有限公司负担39473元，湖南省泰禹实业有限公司负担39472元；诉讼保全费5000元和鉴定费74020元，共计79020元，由湖南省泰禹实业有限公司负担。
二审案件受理费78945元，由长沙市建设工程集团有限公司负担7895元，湖南省泰禹实业有限公司负担71050元。
本判决为终审判决。
审 判 长 陈小珍
审 判 员 邓国红
代理审判员 徐 康
二〇一四年三月二十六日
书 记 员 李晨曦