福建省福州市鼓楼区人民法院
民 事 判 决 书
（2015）鼓民初字第7720号
原告：晶龙（武夷山）医药科技有限公司，住所地武夷山市仙店旅游经济生态创业园（仙店人家）1幢205。
法定代表人：范全东。
委托诉讼代理人：陈国良，河北侯凤梅律师事务所律师。
被告：余建忠，男，汉族，1979年8月4日出生，住福州市鼓楼区，
委托诉讼代理人：王茂盛、郑庆寨，福建佐佑律师事务所律师。
原告（反诉被告）晶龙（武夷山）医药科技有限公司与被告（反诉原告）余建忠股权转让合同纠纷一案，本院受理后，依法组成合议庭，公开开庭进行了审理，原告委托诉讼代理人陈国良、被告委托诉讼代理人王茂盛到庭参加诉讼，本案现已审理终结。
原告向本院提出诉讼请求：1.被告支付股权转让款943380.12元；2.被告支付股权转让款利息损失（从2015年10月17日起到付清之日止，按同期银行贷款利率计算）。
事实和理由：晶龙（武夷山）医药科技有限公司（原武夷山元生泰医药科技有限公司）为福州元生泰医药科技有限公司（下称福州元生泰公司）100%持股股东。2015年10月14日，原告、被告签订《股权转让协议》，约定：原告将其持有的福州元生泰公司的25%股权作价943380.12元转让给被告，该款项在《协议》签订后3日内支付。《协议》签订后，被告没有如约支付股权转让款，反而要求原告先办理股权过户登记。原告根据《合同法》有关抗辩权的规定，在被告付清股权转让款之前，原告有权要求继续履行支付股权转让款，并有权暂停办理股权变更手续，采取一切必要措施防范福州元生泰公司的风险，故原告诉至法院。
被告辩称，本案纠纷源于被告、毛景华、武夷山元生泰生物科技有限公司（下称生物公司）与晶龙实业集团有限公司的合作关系。2014年4月20日合作双方签订《合作协议》，共同投资设立武夷山元生泰医药科技有限公司即本案原告，晶龙公司及晶龙公司指定的自然人占股65%，生物公司占股35%，并将毛景华、余建忠100%持股（其中毛景华持股75%、余建忠持股25%）的福州元生泰医药科技有限公司（下称福州公司）纳入医药公司成为医药公司的全资子公司，由原告医药公司收购福州公司100%的股权。因合作过程中产生亏损，合作双方协商同意终止合作，于2015年7月13日签订《武夷山元生泰医药科技有限公司及福州元生泰医药科技有限公司资产分割方案》，就终止合作相关问题的处理明确约定如下：（1）生物公司退出原告35%股权，原告将福州公司100%的股权返还给毛景华、余建忠；（2）原告收购福州公司股权向福州公司转款377.35万元全额退还原告，应付款项以生物公司发给晶龙公司及原告的货物冲抵，多还少补；（3）合作双方成立资产分割小组，就《资产分割方案》所涉及的资产分割问题逐一结算、确认；（4）股权转让事宜如果在今后的合同、文件中与本方案不一致的，除非特别声明应以本方案为准。
上述《资产分割方案》签订后，合作双方经结算对资产分割问题签字确认如下：根据《资产分割数据确认书一》，生物公司接收福州公司应付原告金额为4149270.47元（主要为原告收购福州公司股权款3773520.48元）；根据《资产分割数据确认书二》，生物公司接收原告部分资产应付原告金额284486.87元。根据《资产分割数据确认书三》，原告应付生物公司5440447.12元（主要为生物公司发晶龙公司货物3044687.2元及发原告货物1607020元）。两相对抵后，经合作双方确认原告尚应付生物公司及被告、毛景华金额为1006689.78元。
在资产分割确认过程中，双方对《资产分割方案》第二条第（二）款“福州公司资产分割”的第2项的理解产生争议，即对合作过程中拆借的261.5万元款项形成的资产怎么计算产生争议，协商几次没有结果。为利于工作的有效推进，合作双方同意于2015年10月同步办理医药公司、福州公司的股权变更事宜，即生物公司配合办理原告的股权变更手续退出35%的股权，相应的，原告配合将福州公司100%的股权变更登记给被告、毛景华，就在合作双方约好共同去办理股权变更手续的时候，原告借口福州公司的股权转让协议书和股东会决议需要法定代表人签字需要一点时间，要求推迟一点时间再办理，并于2015年10月14日出具一份《股权变更补充说明》，承诺在2015年10月15日之后二十个工作日内配合办妥福州公司股权变更手续，否则赔偿10万元。但之后，原告却严重恶意违约，拖延不办福州公司股权变更手续，以此要挟我方，并进而隐瞒、虚构事实，恶意诉讼。原告诉请被告支付股权转让款没有任何事实和法律依据。原告和被告之间的股权转让纠纷应当按照《资产分割方案》确定彼此的权利义务关系，而根据《资产分割数据确认书一、二、三》，被告应付的股权转让款已经全部在原告应付给生物公司、毛景华及被告的款项中全部抵扣，且根据已经确认的结果，原告还应再支付给生物公司、毛景华及被告100多万元，原告诉请缺乏事实和法律依据，故请求驳回原告的诉讼请求。
反诉原告向本院提出反诉请求：反诉被告立即将福州元生泰医药科技有限公司25%的股权变更登记到反诉原告名下，并向反诉原告支付违约金25000元。
事实和理由：2014年初晶龙实业集团有限公司（下称晶龙公司）向武夷山元生泰生物科技有限公司（下称生物公司，毛景华、余建忠均系生物公司股东）、毛景华、余建忠提议合作，双方于2014年4月20日签订一份《合作协议》，嗣后，根据《合作协议》之约定，合作双方共同投资设立武夷山元生泰医药科技有限公司（现更名为晶龙（武夷山）医药科技有限公司即被反诉人，下称医药公司），晶龙公司及晶龙公司指定的自然人占股65%，生物公司占股35%，并将毛景华、余建忠100%持股（其中，毛景华持股75%、余建忠持股25%）的福州元生泰医药科技有限公司（下称福州公司）纳入医药公司成为医药公司的全资子公司。
2015年6月，晶龙公司以合作不如预期为由要求终止合作，经协商，晶龙公司和生物公司、毛景华、余建忠双方于2015年7月13日签订《武夷山元生泰医药科技有限公司及福州元生泰医药科技有限公司资产分割方案》（下称《资产分割方案》），就终止合作相关问题的处理达成如下约定：
（1）生物公司退出医药公司，医药公司100%股权改由晶龙公司持有，医药公司将福州公司100%的股权返还给毛景华、余建忠。
（2）医药公司资产分割：医药公司取得的武国用（2015）第001363号国有土地使用权归属于医药公司；医药公司固定资产以基准日账面净值转让给生物公司。
（3）福州公司资产分割：医药公司收购福州公司股权的377.35万元全额退还医药公司。
（4）生物公司、毛景华、余建忠应付款项以生物公司发给晶龙公司、医药公司货物冲抵，多还少补。
（5）合作双方成立资产分割小组，就《资产分割方案》所涉及的资产分割问题逐一结算、确认。
（6）股权转让事宜如果在今后的合同、文件中与本方案不一致的，除非特别声明应以本方案为准。
上述《资产分割方案》签订后，合作双方经结算对资产分割问题签字确认如下：
（1）根据《资产分割数据确认书一》，生物公司、毛景华、余建忠接收福州公司应付医药公司金额为4149270.47元（主要为医药公司收购福州公司股权款3773520.48元）。
（2）根据《资产分割数据确认书二》，生物公司、毛景华、余建忠接收医药公司资产应付医药公司金额284486.87元。
（3）根据《资产分割数据确认书三》，医药公司应付生物公司、毛景华、余建忠5440447.12元（主要为生物公司发晶龙公司货物3044687.2元及发医药公司货物1607020元）。
两相对抵后，经合作双方确认医药公司尚应付生物公司、毛景华、余建忠金额为1006689.78元。
根据上述《资产分割方案》的约定和《资产分割数据确认书一、二、三》的确认，合作双方于2015年10月同步办理医药公司、福州公司的股权变更事宜。生物公司依约配合办理了医药公司的股权变更手续，退出35%的股权（于2015年10月19日办妥工商变更登记，医药公司成为晶龙公司的全资子公司，名称亦由武夷山元生泰医药科技有限公司变更为晶龙（武夷山）医药科技有限公司），相应的，福州公司的股权变更手续医药公司与毛景华、余建忠签订了《股权转让协议》（同时签订两套《股权转让协议》，一套约定股权转让款为3773520.48元，一套约定股权转让款为零元），约定医药公司将福州公司100%的股权返还给毛景华、余建忠（其中，毛景华75%，余建忠25%），但就在合作双方约好共同去办理股权变更手续的时候，医药公司借口福州公司的股权转让协议书和股东会决议需要法人代表签字需要一点时间，要求推迟一点时间再办理，并于2015年10月14日出具一份《股权变更补充说明》，承诺在2015年10月15日之后二十个工作日内配合办妥福州公司股权变更手续，否则赔偿10万元。但之后，医药公司却严重恶意违约，拖延不办福州公司股权变更手续。
由上，合作双方决定终止合作而签订的《资产分割方案》及之后相应进行的资产分割确认是合作双方真实意思表示，合作双方应当遵照执行。根据《资产分割方案》及之后相应进行的资产分割确认，医药公司将福州公司100%股权返还毛景华、余建忠，毛景华、余建忠应付款为4149270.47元，该款已经在医药公司应付给生物公司的货款等款项中全部抵扣，医药公司应当无条件配合毛景华、余建忠办理股权变更手续。但是，晶龙公司、医药公司欺诈生物公司办理了医药公司的股权变更手续后，却拒绝依约办理福州公司股权变更手续，显然无理，医药公司应当立即将福州公司25%的股权变更登记到反诉原告余建忠名下。同时，根据《股权变更补充说明》，医药公司应当赔偿10万元违约金，其中，反诉原告余建忠占25%计25000元。故反诉原告提起反诉。
反诉被告辩称，资产分割方案属实，但双方未按分割方案履行，发生争议。之后，生物公司与医药公司及晶龙集团确定了解散的方案，生物公司通过减资方式完全撤出医药公司（即原告）。生物公司的撤资已经撤完，同时约定将福州公司100%的股权转让给余建忠、毛景华，协议签订后，余建忠、毛景华拒绝支付股权转让价款，但余建忠、毛景华仍实际控制着福州公司的证件、印章、财务。余建忠是福州公司的监事，毛景华是福州公司的法定代表人、经理，虽然股权没有变更登记，但余建忠、毛景华已经实际拥有了福州公司，因此请求驳回反诉原告的反诉请求。
原告（反诉被告）向本院提交下列证据：
A1.晶龙（武夷山）医药科技有限公司内资企业登记基本情况表，证明2015年10月19日武夷山元生泰医药科技有限公司变更名称为晶龙（武夷山）医药科技有限公司,签订股权转让协议时还是变更之前的名称;
A2.福州元生泰医药科技有限公司内资企业登记表，证明晶龙（武夷山）医药科技有限公司系福州元生泰医药科技有限公司100%的股东;
A3.分割方案，证明2015年7月13日晶龙集团与武夷山元生泰生物科技有限公司签订《分割方案》，但实际未完全按方案履行，双方对方案发生争议，通过股权转让的方式，将福州公司的股权转让给余建忠、毛景华,但因被告未付转让款，故未进行实际股权变更,生物公司通过减资的方式全部撤出医药公司;
A4.股东会决议、股权转让协议，证明2015年10月14日作出决议、原告与余建忠签订《股权转让协议》，以943380.12元的价格转让所持福州元生泰公司25%的股权，签约后三日内支付,这个股权价格与医药公司收购福州公司股东余建忠的股权价值是一样的;
A5.股东会决议，证明晶龙（武夷山）医药科技有限公司减资，股东武夷山元生泰生物科技有限公司减少全部出资2800万元;
A6.证明、关于减资的说明，证明武夷山元生泰生物科技有限公司的出资（专利部分）已经撤回;
A7.福州元生泰医药科技有限公司工商网基本信息、财务交接表，证明毛景华、余建忠在福州元生泰医药科技有限公司的职务，并实际控制福州元生泰医药科技有限公司、财务已经交接。
被告（反诉原告）对原告提交的A1-A3、A6真实性无异议；A4形式真实性无异议，但认为是同日同时签署了两份的股权转让协议、股东会决议，一份约定股权转让价款按0元计算，作内部财务资料处理，另一份有股权转让价格是为应付工商变更登记，而且对股权转让协议中约定签约后三日内支付股权转让款有异议，双方的权利义务应按资产分割方案来确定，被告应付的款项已经在资产分割中处理掉，不存在再向原告付款的情况；A5真实性无异议，但认为其已将医药公司35%的股权转给晶龙公司，至于晶龙公司是否通过减资方式来处理股权与被告无关；A7中对财务交接表的真实性有异议，因原告未提供原件，复印件也模糊不清，对于福州公司工商网基本信息真实性无异议，但由于原告的恶意违约行为，福州公司从2015年11月份开始，已经无法正常经营。
被告（反诉原告）向本院提交下列证据：
B1.医药公司内资企业登记基本情况表，证明2014年5月4日，晶龙公司和生物公司共同设立医药公司，晶龙公司及晶龙公司指定的自然人占股65%，生物公司占股35%，生物公司于2015年10月19日配合办理了医药公司的股权变更手续，医药公司成为晶龙公司的全资子公司，名称亦由武夷山元生泰医药科技有限公司变更为晶龙（武夷山）医药科技有限公司；
B2.生物公司内资企业登记基本情况表，证明毛景华、余建忠是生物公司股东，毛景华是生物公司法定代表人；
B3.福州元生泰公司内资企业登记基本情况表，证明毛景华、余建忠是福州元生泰公司的原股东，持有福州元生泰公司100%的股权，医药公司收购福州元生泰公司100%的股权，于2014年9月17日办理了工商变更登记，医药公司拒绝将福州元生泰公司100%的股权返还毛景华、余建忠；
B4.企业基本信息，证明晶龙实业集团有限公司基本情况;
B5.《合作协议》,证明2014年4月20日晶龙公司和生物公司、毛景华、余建忠签订一份《合作协议》，约定双方共同投资设立医药公司，晶龙公司占股65%，生物公司占股35%，并将毛景华、余建忠100%持股的福州元生泰公司纳入医药公司成为医药公司的全资子公司;
B6.《资产分割方案》，证明晶龙公司和生物公司、毛景华、余建忠就合作终止后资产分割问题达成一致，约定生物公司退出医药公司35%股权，福州元生泰公司100%的股权返还毛景华、余建忠等;
B7.《资产分割数据确认书一》，证明生物公司、毛景华、余建忠接收福州元生泰公司应付医药公司的款项实际为4149270.47元;
B8.《资产分割数据确认书二》，证明生物公司、毛景华、余建忠接收医药公司资产应付医药公司284486.87元;
B9.《资产分割数据确认书三》，证明医药公司应付生物公司、毛景华、余建忠金额为5440447.12元，其中，生物公司发晶龙公司货款3044687.2元，生物公司发医药公司货款1607020元;
B10.《股权转让协议》、《股东会决议》（无原件，在原告处，签订时因原告称法定代表人在外出差，虽然已经盖章，要等其法人回来签字确认，故原件在原告处，应由原告提供,于2015年10月14日产生）,证明双方签署提交工商部门的《股权转让协议》的同时，在内部签署实际执行的《股权转让协议》并相应形成《股东会决议》，约定医药公司应当将福州公司100%股权以零元转让给毛景华、余建忠（因为应付的股权转让款实际上已经在《资产分割数据确认书》中全部抵扣,原告提供2015年10月14日《股权转让协议》、《股东会决议》，是为了提供给工商的，但被告提供的是双方的真实意思表示，仅转让价款不同，其余条款相同;
B11.《股权变更补充说明》，证明医药公司和福州元生泰公司的股权变更手续本应同时办理，医药公司借口法定代表人签字需要时间暂时拖延福州元生泰公司股权变更手续的办理,医药公司承诺在2015年10月15日之后二十个工作日内配合办妥福州元生泰公司股权变更手续，否则赔偿10万元违约金;
B12.律师函，证明2015年11月3日，医药公司委托律师向生物公司、毛景华、余建忠发送律师函，明确表示拒绝办理福州元生泰公司股权变更手续，宣布免除毛景华先生、余建忠在福州公司的全部职务（执行董事、经理、监事），并要求办理福州元生泰公司的交接手续等;
B13.《股东决定》、《告知函》，证明2015年11月14日医药公司向生物公司、毛景华、余建忠发送《福州元生泰医药科技有限公司股东决定》及相关《告知函》，再次宣布免除毛景华先生、余建忠先生在福州元生泰公司的全部职务及要求办理福州元生泰公司的交接手续等;
B14.律师函，证明生物公司、毛景华、余建忠委托律师向晶龙公司、医药公司回函，指出双方应按《资产分割方案》和《资产分割数据确认书一、二、三》履行，福州元生泰公司100%的股权返还毛景华、余建忠应付的对价4149270.47元已经得以全部抵扣，晶龙公司、医药公司应当承担违约责任;
B15.医药公司股东会决议（无原件，原件在原告处）,证明根据股东会决议，生物公司退出医药公司35%的股权给晶龙公司应付2800万元，但晶龙公司并没有付款，因为合作双方权利义务实际上按《资产分割方案》和《资产分割数据确认书一、二、三》执行;
B16.生物公司情况说明,证明生物公司说明本案纠纷相关情况，福州元生泰公司100%的股权返还毛景华、余建忠应付的对价4149270.47元已经得以全部抵扣，生物公司对抵扣没有异议;
B17.声明，证明双方签订过0元的股权转让协议及股东会决议，双方之间的权利义务关系从头到尾都按照资产分割方案来履行。
原告对被告提交的B1-B9真实性无异议，但认为B3.B6中所分割方案中100%股权转让款不是返还，是支付;B7-B9与本案无关,因数据确认之后未按分割方案来履行,实际履行的方案是生物公司减资、福州公司进行股权转让，处置完结之后，根据出资比例来确定亏损的承担;B10无原件，真实性有异议；B11真实性无异议，但认为股权变更的补充说明是所指A4有标明股权转让价款的股权转让协议，但毛景华、余建东未在三日内支付股权转让价款；B12真实性无异议，通过减资程序，生物公司已经退出，因被告未支付股权转让价款，原告暂停了股权转让手续，行使抗辩权，并未宣布免除毛景华、余建忠的职务，仅是准备免除，因发现毛景华、余建忠有偷税、漏税、行贿的行为而作出的决定。B13中股东决定的真实性无异议，质证意见同B12，对于告知函真实性有异议，无公司印章；B14真实性无异议，但认为仅是被告律师代表被告单方的陈述；B15无原件，真实性不予认可，该决议不存在；B16形式真实性无异议，质证意见同B5-B8；B17真实性无异议，关于0值的决议及股权转让决议作为帐务处理之用是偷逃税款的行为，集团公司不允许这样做，所以未签订0值的决议及股权转让决议，股权价值已经在A4协议中作出了约定。
对原、被告所提交的证据，本院认证认为，被告对原告提交的A1-A6及A7中的医药公司工商网基本信息真实性无异议，本院予以确认；原告对被告提交的B1-B9、B11-B12、B13中的股东决定、B14、B16、17真实性无异议，本院亦予以确认。原告提交的A7中财务交接表因无原件，且原告提供的复印件字迹模糊不清，对其真实性本院不予认定。被告提交的证据B10虽无原件，但证据B17声明明确针对0值转让的股东会决议和股权转让协议，而证据B17由原告盖章确认，原告在质证时对该证据的真实性也予以确认，而原告未另行提供与B10不同的0值转让的股权转让协议及股东会决议，因此，对于证据B10的真实性，本院予以确认。B15没有原件，B13中的告知函无原告印章，对该部分证据的真实性，本院不予确认。
经审理查明，2014年4月20日，被告余建忠与案外人毛景华、晶龙实业集团有限公司（下称晶龙集团公司）、武夷山元生泰生物科技有限公司（下称生物公司）四方签订一份《合作协议》，约定共同在武夷山投资设立“武夷养生股份有限公司”，福州元生泰医药科技有限公司（下称福州公司）股东毛景华、余建忠同意将福州公司纳入新公司名下，作为新公司的全资子公司；公司注册资本为8000万元，公司股东为生物公司和晶龙集团公司，其中生物公司占股份35%、晶龙集团公司占股份65%,晶龙集团公司为货币出资，生物公司以知识产权、货币等出资。
2014年5月4日，上述《合作协议》约定的新公司成立，名称为武夷山元生泰医药科技有限公司。2014年9月17日，福州公司股东毛景华、余建忠将其持有福州公司股权全部转让给武夷山元生泰医药科技有限公司，武夷山元生泰医药科技有限公司持有福州公司100%股份。2015年10月19日，武夷山元生泰医药科技有限公司名称变更为晶龙（武夷山）医药科技有限公司（即本案原告），公司股权亦变更为晶龙集团公司独资持股。
2015年7月13日，晶龙集团公司作为甲方，生物公司、毛景华、余建忠作为乙方，签订一份关于原告与福州公司的资产分割方案，鉴于晶龙集团公司与生物公司同意，生物公司将其在原告公司的全部股权撤回、原告将其在福州公司持有的全部股权转给毛景华或毛景华指定的其他人员，甲乙双方就原告与福州公司资产分割及相关问题达成了分割方案。2015年8月份，经甲乙双方财务人员共同核对福州公司财务数据，确认4149270.47元为生物公司接收福州公司而应付原告的金额；经共同核对原告公司财务数据，确认284486.87元为生物公司接收原告公司资产而应付原告的金额；经共同核对相关数据，原告应付生物公司的金额为5440447.12元。
2015年10月14日，原告与被告签订两份关于福州公司《股权转让协议》及对应的股东会决议，其中一份为原告同意将持有福州公司25%的股权（认缴出资额125万元）以943380.12万元转让给余建忠，余建忠同意按此价格及金额购买该股权，并在协议签订之日起3日内，将转让费以现金方式一次性支付给原告；另外一份为原告同意将所持有的福州公司25%的股权以零元价格转让给余建忠。
同日，原、被告双方又签订一份《声明》，内容为“2015年10月14日武夷山元生泰医药科技有限公司与毛景华、余建忠签订的关于零值转让福州医药科技有限公司的《福州元生泰医药科技有限公司股东会决议》和《福州元生泰医药科技有限公司股权转让协议》仅作为双方账务处理之用，股权价款依据2015年7月12日签订的《武夷山元生泰医药科技有限公司及福州元生泰医药科技有限公司资产分割方案》处置”。
同日，原告出具一份《股权变更补充说明》，内容为“为进一步推进武夷山元生泰科技有限公司（本案原告）和福州元生泰医药公司（福州公司）股权变更事宜，合作双方原则上同时变更，因福州公司股权转让协议书和股东会决议需要原告法人代表签字，故由范全东和黄国强协助办理法人签字和盖章相关事宜，以上事务必须在二十个工作日结束（即2015年10月15日起计算），如未按时提交资料由此造成的损失，原告赔偿生物公司10万元”。
2015年10月19日，原告公司召开临时股东会议，同意公司自然人股东孙丽红等3人将其所持合计26%股权转让给晶龙集团公司，股权转让后，现有股东出资情况为：晶龙集团公司认缴出资额5200万元，占注册资本的65%；生物公司认缴出资额2800万元，占注册资本的35%。同意公司的注册资本由8000万元减少至5200万元，其中由股东生物公司减少出资2800万元，晶龙集团公司认缴出资额5200万元，占注册资本100%。公司类型由有限责任公司（自然人投资或控股）变更为有限责任公司（法人独资）。公司名称变更为晶龙（武夷山）医药科技有限公司。
2015年11月3日，河北侯凤梅律师事务所受原告委托，发函给生物公司、毛景华、余建忠，要求生物公司、毛景华、余建忠于2015年11月9日前按照2015年10月14日签订的《股权转让协议》的约定支付股权转让价款，非经原告同意不得在未支付股权转让价款之前办理福州公司的股权变更事宜；生物公司是通过办理减资的程序实现退出原告公司的目的，所以不存在2015年10月14日《股权变更补充说明》所称的“同时变更股权”的约定，不存在原告违约。
2015年11月13日，原告出具一份《福州元生泰医药科技有限公司股东决定》，大致内容为：原告作为福州公司100%持股股东，考虑毛景华、余建忠至今没有支付股权转让价款，作出拟免去毛景华福州公司法定代表人、执行董事、经理职务，拟免去余建忠福州公司监事职务等决定。
2015年11月18日，福建佐佑律师事务所接受生物公司、毛景华、余建忠委托，致函原告及晶龙集团公司，要求支付应付款项5255960.25元，款项支付之后办理福州公司的交接手续。
2016年7月23日，生物公司就本案诉讼出具一份《情况说明》，确认原告将福州公司100%股权返还给毛景华、余建忠，毛景华、余建忠实际应付款为4149270.47元，该款已经全部从原告应付生物公司、毛景华、余建忠的款项5440447.12元中抵扣（生物公司对抵扣没有异议），股权转让款实际上全部支付完毕。
本院认为，纵观本案基本事实，双方当事人的合作基于2014年4月20日，由晶龙实业集团有限公司与生物公司、毛景华、余建忠四方所签订的《合作协议》。2015年7月13日，同样由该四方签订了《武夷山元生态医药科技有限公司及福州元生态医药科技有限公司资产分割方案》（以下简称“《资产分割方案》”），是双方终止合作的真实意思表示。
2015年10月14日当日，除形成了导致本案争议的转让金额不同的两份股权转让协议及股东会决议外，还形成了一份双方《声明》、一份原告单方出具的《股权变更补充说明》、一份生物公司和医药公司共同签署的《关于减资的说明》。其中，《声明》的指向对象为0值转让的股权转让协议和股东会决议，确认该协议仅作为双方账务处理之用，股权价款依据《资产分割方案》确定。《股权变更补充说明》则提及“合作双方原则上同时变更”，但因“股权转让协议书和股东会决议需要原告法定代表人签字”，该法人签字和盖章相关事宜在20个工作日内完成。《关于减资的说明》则明确是根据分割方案，以撤回出资的方式减资，并进一步明确现金出资50.89万元根据分割方案统一处理。
根据上述情况，本院认为，《资产分割方案》是双方处理终止合作关系的真实意思。在诉讼过程中，双方也均对该《资产分割方案》不持异议，并各自将其作为提出本案诉、辩主张的基础。原告以生物公司所持有原告的股权是以减资方式办理，而非股权转让方式办理，主张《资产分割方案》未实际履行明显与事实不符，该主张本院不予采信。根据《资产分割方案》所形成的三份资产分割数据确认书体现本次合作终止后，晶龙实业集团方与生物公司、毛景华、余建忠方之间系互负债务，互为给付关系。而根据三份资产分割数据确认书所体现的金额无法得出原告所主张的转让款为943380.12元的结论，而原告对此也无法作出合理的解释。因此，本院认为，2015年10月14日，双方所签订的转让金额不同的两份股权转让协议及股东会决议均不是双方实际履行本次股权转让的真实意思表示，其中，0值转让的协议及决议，是双方账务处理之用；金额为943380.12元的协议及决议，应为双方办理股权转让工商变更登记之用。因此，原告诉请被告支付943380.12元的股权转让款缺乏充分的事实依据，本院不予支持。本院注意到，2015年10月14日形成上述一系列文件后，关于医药公司的减资股东会决议于2015年10月19日即已经形成，被告方退出原告方公司股权的义务已经履行，而根据原告在《股权变更补充说明》中的承诺，原告应配合被告办理福州公司的股权变更义务，被告的该项反诉请求，本院予以支持。但因办理股权变更的责任主体是福州公司，而福州公司并非本案当事人，因此，如具体变更事宜涉及福州公司，则被告应另行提出主张，与本案无关。被告反诉诉请原告支付违约金25000元，该诉请的依据是原告在《股权变更补充说明》中对生物公司的损失赔偿承诺，因此，被告并非该诉请的适格权利主体，且被告也未提供证据证明其损失的具体情况，故其诉请支付该违约金没有事实和法律依据，本院不予支持。
综上所述，依照《中华人民共和国合同法》第六十条、《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条之规定，判决如下：
一、原告（反诉被告）晶龙（武夷山）医药科技有限公司应于本判决生效之日起十日内协助被告（反诉原告）余建忠办理福州元生泰医药科技有限公司25%股权的工商变更登记手续；
二、驳回原告晶龙（武夷山）医药科技有限公司的诉讼请求；
三、驳回反诉原告余建忠的其他诉讼请求。
本案诉讼费13233元，由原告负担，反诉费6741.9元，由被告负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内向本院递交上诉状，并按对方当事人人数提出副本，上诉于福建省福州市中级人民法院。
审判长 林 方
审判员 蔡华峻
审判员 林小芬
二〇一七年三月二十四日
书记员 林 舒