云南省曲靖市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2016）云03民再16号
再审申请人（一审被告、反诉原告、二审上诉人）：泊头市天源焦炉专用设备制造有限公司，住所地河北省沧州市泊头市泊东泊盐路南。
法定代表人：多文祥，董事长。
委托诉讼代理人：李秋建，河北博海律师事务所律师。一般授权代理。
被申请人（一审原告、反诉被告、二审被上诉人）：云南省富源县德鑫集团有限公司焦化制气厂，住所地云南省富源县中安镇升官坪村。
负责人：李德政，总经理。
委托诉讼代理人：彭泽，云南凌云律师事务所律师。特别授权代理。
再审申请人泊头市天源焦炉专用设备制造有限公司（以下简称天源公司）因与被申请人云南省富源县德鑫集团有限公司焦化制气厂（以下简称德鑫制气厂）承揽合同纠纷一案，云南省富源县人民法院于2011年1月19日受理后，于2011年9月28日作出（2011）富民初字第50号民事判决，天源公司不服该判决，向本院提起上诉，2012年2月2日作出（2012）曲中民终字第31号民事判决。后天源公司不服（2012）曲中民终字第31号民事判决，向云南省高级人民法院申请再审，2013年3月21日，云南省高级人民法院作出（2012）云高民申字第771号民事裁定，指令我院再审本案。本院受理后，依法组成合议庭于2016年12月1日公开开庭进行了审理。再审申请人天源公司的法定代表人多文祥及其委托诉讼代理人李秋建到庭参加诉讼，被申请人德鑫制气厂负责人李德政的委托诉讼代理人彭泽到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
天源公司申请再审称，请求查清事实，驳回被申请人的诉讼请求，支持再审申请人的反诉请求。其理由是：1、二审违反诉讼程序，剥夺了申请人的上诉权利。二审在未开庭，未询问当事人的情况下径直作出了二审判决，剥夺了再审申请人的上诉权利。2、申请人按吨计价的货物足斤足两，不存在少发货问题。申请人按双方补充协议，先后给被申请人发送了按吨计价的货物295.322吨，每吨8530元，货款2519096.66元；按件计价的货物款898939元；在履行合同过程中，为被申请人代购80000元波纹管，加运费2000元，计82000元；上述三项共计货款3500035.66元。3、为被申请人代购波纹管在合同履行期间，理应一并结算。被申请人在合同履行期间，委托申请人在泊头市为其购买波纹管，双方签有协议，申请人为其购买后，同本合同的其他货物一起发给了被申请人，并开具了收据。被申请人也多次承认委托申请人“代支付款项为82000元”，并计算在其结算的金额里。代购波纹管是同一合同在履行过程中增加的新标的，是对合同的补充，其波纹管更是被申请人焦炉设备必不可少的材料。被申请人诉前都认可一并结算，而一审判决却判令申请人另行主张权利?4、申请人一审的反诉请求应得到法律支持。按双方合同约定，被申请人本应于2008年2月2日前一次性支付预付款2043311.40元，但被申请人不守信用，合同签订后迟迟不支付预付款，直到2008年8月l8日付款才达到合同约定的预付款金额，逾期付款达半年有余，按合同约定被申请人应承担3060323.45元滞纳金，申请人主动降低赔偿标准，按日0.2％要求被申请人赔偿612000元滞纳金是合情合理的。一审判决以双方变更了合同价格，损失得到弥补为由，驳回申请人的一审反诉请求，二审法院认定申请人反诉无事实依据。
德鑫制气厂辩称，再审申请人的诉讼请求应依法驳回。一是天源公司反诉要求支付滞纳金和再审要求将代购波纹管款项一并进行结算的请求已经超过诉讼时效期限，应先对本案时效问题进行审查并以此为由直接判决驳回再审申请人的诉讼请求；二是证明定作物数量的举证责任在再审申请人，在再审申请人未尽举证责任的情况下，本案定作物数量应以被申请人自认的盖有公章的结算数量为准；三是合同并没有对迟延付款的违约责任进行约定，另根据合同实际履行情况，双方当事人已经以实际履行行为对合同约定的付款时间和交货时间进行了变更，原审法院未支持被申请人要求对方支付资金占用费的诉讼请求，再审申请人要求支付滞纳金的诉讼请求同样不能得到支持；四是关于代购波纹管一事，再审申请人并未在反诉中提出权利主张，且该事项和本案并非同一法律关系，原审告知再审申请人另案主张权利符合法律规定，应依法判决维持。
德鑫制气厂向一审法院起诉请求：1、判令天源公司立即向德鑫制气厂退款468751.06元并按银行同期贷款利率支付该款自2009年1月10日起至退款之日止的资金占用费；2、判令天源公司向德鑫制气厂赔偿未出具增值税专用发票给德鑫制气厂造成的抵扣税款损失440437.88元；3、本案诉讼费由天源公司承担。
天源公司于2011年6月22日当庭提出反诉请求：德鑫制气厂赔偿逾期付款滞纳金612000元，反诉费用由反诉被告承担。
一审法院认定事实：2008年1月28日，德鑫制气厂与天源公司在德鑫制气厂的住所地签订一份委托天源公司加工制作RNJL4350D焦炉护炉铁件及其他设备的合同书，合同约定由德鑫制气厂提供图纸，天源公司按图纸加工制作，其中护炉铁件每吨单价7440元，合同的总金额为6811038元，具体数量由德鑫制气厂确定后通知天源公司，合同签订后5日内德鑫制气厂预付30%的货款到账，天源公司在2008年4月底前货全部发出，每迟延一天按合同余额1%罚款。天源公司应将货物运输到德鑫制气厂住所地，所需运费由天源公司承担；双方还约定发生争议由合同签订地的人民法院管辖。合同上德鑫制气厂的法定代表ＸＸ芳、委托代理人梁仕元在合同上签名。合同签订后，德鑫制气厂分别于2008年3月11日转账预付500000元，2008年7月29日转账支付1000000元，2008年8月18日，将总额为2000000元的承兑汇票转让给天源公司，德鑫制气厂先后向天源公司预付了共计3500000元的货款。2008年9月26日，天源公司与德鑫制气厂协商签订补充协议变更合同的价格，护炉铁件的价格由原合同的7440元/吨变更为8530元/吨，且此单价为不含税价，天源公司按照德鑫制气厂预付的货款3500000元计价发完为止。德鑫制气厂的委托代理人梁仕元在补充协议上签名后，以传真方式把补充协议传给天源公司。之后，天源公司向德鑫制气厂交付了合同约定的部分护炉铁件及其设备，双方交货过程是先由天源公司填制发货单，德鑫制气厂收到货物后填制收料单给天源公司。天源公司最后一次交货时间是2009年1月10日。之后，双方对合同是否继续履行、已交付货物如何结算没有达成一致意见。德鑫制气厂提交的发货统计及对账表，自认天源公司已经向其交货286.64515吨，按件计价的货款总计为898609元（此价款与天源焦炉公司提交的发货清单按件计价的价款差距330元，德鑫制气厂在提交的发货统计中写着交换旋塞退回一件，交换旋塞的单价为330元）。
一审法院判决：一、由被告泊头市天源焦炉专用设备制造有限公司在判决生效后30日内退回原告云南省富源县德鑫集团有限公司焦化制气厂预付款人民币156307.87元;二、驳回原告云南省富源县德鑫集团有限公司焦化制气厂的其余诉讼请求;三、驳回反诉原告泊头市天源焦炉专用设备制造有限公司的反诉请求。本诉案件受理费人民币12890元（8330元+4560元），由被告泊头市天源焦炉专用设备制造有限公司承担人民币2000元，其余人民币10890元，由原告云南省富源县德鑫集团有限公司焦化制气厂承担；反诉案件受理费人民币4960元，由反诉原告泊头市天源焦炉专用设备制造有限公司承担。
天源公司不服一审判决，上诉请求：撤销原判，改判支持上诉人反诉请求，驳回被上诉人的诉讼请求。
二审法院认定事实与一审法院认定的基本事实一致。
二审法院认为，上诉人认为原判以被上诉人的发货统计表，认定上诉人发给被上诉人286.64515吨是错误的。被上诉人提交的发货统计及对账表，自认上诉人已交货286.64515吨，按件计价的货款总计为898609元，此价款与上诉人提交的发货清单按件计价的价款差距330元，被上诉人在提交的发货统计中写着交换旋塞退回一件，交换旋塞的单价为330元。被上诉人提交的发货统计及对账表与上诉人提交的发货清单按件计价的价款相符，原判认定上诉人发给被上诉人286.64515吨货物并无不当。上诉人的该上诉理由不能成立，上诉人认为被上诉人委托上诉人在泊头为其购买波纹管82000元，双方有协议，上诉人也开了发票，购买波纹管是合同中增加的内容，一审判决上诉人另行主张权利不当。经审查，上诉人在一审中对此未提起反诉，原判告之另行主张权利是正确的。关于被上诉人是否应给付上诉人滞纳金的问题。双方签订的合同书及补充协议，仅约定合同签订后被上诉人须在5日内预付30%的货款，但未约定被上诉人逾期支付预付按日1%滞纳金的违约责任，故上诉人主张被上诉人承担612000元滞纳金的请求无事实依据，上诉人的该主张，不予支持。二审法院判决：驳回上诉，维持原判。二审件受理费8386元，由泊头市天源焦炉专用设备制造有限公司负担。
再审中，再审申请人提交证据四份：1、2009年2月27日由曹加新出具并加盖云南省富源德鑫集团有限公司财务专用章的《护炉铁件结算情况》；2、再审申请人从德鑫公司提交我院执行局的《河北泊头天源焦炉专用设备制造有限公司结算情况》；3、2008年10月27日，河北伟业波纹管制造有限公司出具的定金10000元的收据；4、2008年12月16日河北伟业波纹管制造有限公司出具的货款70000元的收据。以上证据欲证明被申请人提供给再审申请人的结算情况，认可收到的货物数量是293.892吨，我方之所以未签字，是因这个数量与我方主张的少了1.43吨，同时，我方与被申请人还有票据纠纷，并已申请曲靖中院执行，被申请人向执行局提交了结算情况的书面材料，也承认收到我方的货物是293.892吨，同时，还证明被申请人委托我方代为支付波纹管款项82000元。
被申请人未提交新证据。
经质证，被申请人认为，对《护炉铁件结算情况》结算时间和事实认可，但对证明货物数量的观点不认可，被申请人在原一审中提交过一个结算说明，时间是2009年2月27日，并加盖了公司的公章，上面的货物数量是286.64515吨，货物数量应以被申请人提交的《结算说明》为准；对《河北泊头天源焦炉专用设备制造有限公司结算情况》要证明的观点不予认可，真实性无法确认；对波纹管收据，没有原件，与本案无关，不予质证，同时，波纹管不是被申请人买的。
德鑫制气厂在一审中提交以下证据：1、被告企业法人营业执照、当事人送达地址确认书，用以证实被告的主体资格。2、合同书1份、4.3米焦炉设备报价清单1份、护炉铁件供货清单1份、护炉铁件图纸借条1份，用以证实原告、被告双方签订承揽合同的时间和合同内容。3、付款申请1份、编号分别为0052921271、0053876064的中国农业银行结算业务申请书2份、富源德鑫集团有限公司编号分别为0000856、0000862借款单2份、银行承兑汇票4张，用以证实原告通过中国农业银行转账1500000元及银行承兑2000000元，共计向被告付款3500000元，同时证实原告、被告双方以实际履行行为对付款时间进行了变更。4、日期分别为2008年10月28日、2009年1月10日发货清单2份，日期分别为2008年11月13日、2009年1月13日的收料单2份、发货统计及对账表1份、结算说明1份，用以证实:（1）原告收到被告发送的货物总价为3031248.94元，被告应退回货款468751.06元，应向原告开具增值税发票的金额为3031248.94元，因被告没有开具增值税发票，造成原告未能抵扣税款的损失440437.88元；（2）证明实际履行行为对交货时间进行了变更，且最后一次发货时间是2009年1月10日，在2009年1月10日，合同已经履行完毕，应从2009年1月10日向原告支付资金占用费；（3）被告的反诉已经超过诉讼时效。5、律师函、邮件详情单、云南邮政服务专用发票、中国邮政速递服务公司-
全称跟踪查询结果，用以证实原告曾于2010年12月28日向被告主张权利，被告于2010年12月30日收到信函至今未给原告答复，也未对原告陈述的事实和结算金额提出异议。
天源公司向一审法院提交以下证据：1、合同书1份，用以证明合同约定“本合同签约认可后必须5日内预付30%货款到账。”原告应在2008年2月2日前预付货款2043311.40元，但原告未按合同约定预付货款，按合同约定原告应每天支付1%的滞纳金。2、2008年3月13日建行电汇报单1份（复印件），用以证明原告逾期一个半月才预付货款500000元。3、2008年7月29日建行电汇报单1份，证实原告逾期半年才付款1000000元。4、补充协议2份，用以证实2008年9月26日，双方签订补充协议，自愿将护炉铁件价格由每吨7440元调整为每吨8530元（不含税价），补充协议由德鑫焦化制气厂原合同签订人梁仕元签署。该补充协议的形成过程是原告的人到天源焦炉制造公司商谈后回来向朱总汇报，原告的合同负责人梁仕元在补充协议上签名后又以传真的方式传给天源焦炉制造公司，故只有复印件。补充协议签订后，天源焦炉制造公司才发的货。5、河北增值税专用发票4份，证实2008年1月与7月购买钢材的价格，2008年1月钢材价格为4829.51元，2008年7月钢材价格涨至6033.77元。6、发货清单1份，证实天源焦炉制造公司在补充协议签订后，已经按照补充协议履行发货义务。
经质证，天源公司对德鑫制气厂提交的证据1没有异议，对证据2没有异议，但2008年9月26日，双方签订补充协议对该合同的发货数量及价格进行了变更，对证据3没有意见，但正好说明本合同的签署是由德鑫制气厂的负责人梁仕元签署的，而补充协议也是梁仕元签的，所以补充协议是有效的。德鑫制气厂的合同负责人梁仕元已经签了同意付款的意见，但德鑫制气厂迟迟没有付款，已经构成了违约，并且银行承兑汇票是通过诉讼才得以承兑；对证据4中的发货清单，由于德鑫制气厂没有提交原件，无法进行质证。德鑫制气厂主张仅收到3030000余元的货物，负有举证义务。证据4中的发货统计及对账表、结算说明，其价格与数量均有差异，且是其单方制作的，护炉铁件的价格已经调整为每吨8530元。天源公司签发的发货单只有德鑫制气厂签字后才有效，但德鑫制气厂没有提交发货清单原件，所以德鑫制气厂主张仅收到3030000余元的货物不能成立。德鑫制气厂的付款行为只证明实际履行合同的情况，证明德鑫制气厂未按照合同支付货款，已构成违约。天源公司在本诉期间提出反诉，故不存在超诉讼时效；对证据5中的律师函本身没有异议，但不能证实德鑫制气厂的主张，对证据5中的邮件详情单、云南邮政服务专用发票、中国邮政速递服务公司-
全称跟踪查询结果，认为与本案无关。
德鑫制气厂对天源公司提交的证据1、证据2、证据3的真实性予以认可，但证明观点是付款逾期，每天按1%计算滞纳金不认可，双方是以实际履行行为对付款和发货时间进行了变更，故天源公司主张的滞纳金不能成立；对证据4，补充协议的真实性、合法性不予认可，第一份补充协议没有德鑫制气厂任何人的签字和印章，第二份补充协议是一份复印件，也没有德鑫制气厂的印章，不能证明双方对价格进行了变更，德鑫制气厂也没有签订过补充协议。交货过程是先由天源公司发货给德鑫制气厂，德鑫制气厂再开收料单给天源公司；对证据5的真实性与关联性均不予认可，该发票是天源公司开具给案外人的，与本案无关；对证据6的真实性不予认可，因为此发货清单没有德鑫制气厂的签字确认，对发货数量应由天源公司承担举证责任。
围绕当事人的再审请求，本院对有争议的证据和事实认定如下：
一审德鑫制气厂提交的收料单是复印件，不能与原件核对，且仅2份收料单不能证实一审的观点，发货统计及对账表、结算说明系一审德鑫制气厂单方制作的材料，对方并不认可，即对本案中当事人按重量计价的货物数量，结合全案其他证据进行认定。对律师函能证实本案被申请人向再审申请人主张退款的事实，对此予以采信。天源公司提交《补充协议》中有原合同上德鑫制气厂的委托代理人“梁仕元”的签名，虽没有加盖德鑫制气厂的章,但结合本案被申请人在一审中提交的合同书、护炉铁件图纸借条、付款申请书等证据上均有“梁仕元”的签名，从而可以认为再审申请人有理由相信其是在代表德鑫制气厂行使权利，包括签订本案中的《补充协议》；同时，从本案双方签订的《合同书》约定来看，被申请人已违约在先，再审申请人之所以在对方先违约的情况下仍继续履行合同，是因为2008年9月26日梁仕元代表德鑫制气厂与再审申请人签订的《补充协议〈附件〉》，该合同签订后，再审申请人才开始发货，且再审申请人第一次发货时间在《补充协议》签订后的2008年10月28日，本案中系双方签订了《补充协议〈附件〉》之后，才继续履行合同义务，更符合本案客观事实，故对被申请人主张的没有签订过《补充协议》的主张不能成立，因再审申请人提交的两份《补充协议》内容相同，应以有梁仕元签名的《补充协议》为准，对该证据予以采信；证据《河北增值税专用发票》系为证明2008年市场上钢材价格的变动情况，该证据能间接证明双方当事人签订《补充协议》的原因，结合其他证据证明的内容，可作为认定本案双方当事人签订过《补充协议》的证据。再审中再审申请人提交的《护炉铁件结算情况》系2009年2月27日由德鑫公司财务人员曹加新出具并加盖云南省富源德鑫集团有限公司财务专用章，双方当事人对护炉铁件结算时间和事实无异议，被申请人在原一审中提交过一份《结算说明》，时间是2009年2月27日，并加盖了德鑫公司的公章，上面的货物数量是286.64515吨，该《结算说明》系被申请人自行制作，对方并不认可，而再审申请人提交的证据《护炉铁件结算情况》系被申请人盖了公司财务专用章，该证据中被申请人认可的货物数量是293.892吨，同时，该证据中对波纹管货款一事作了具体说明，虽然被申请人对再审申请人提交的波纹管收据主张与本案无关，不予质证，但该《护炉铁件结算情况》对再审申请人主张的波纹管款项作了明确的说明，对该证据应予采信。
综上，再审确认如下法律事实：
2008年1月28日，德鑫制气厂与天源公司在德鑫制气厂的办公室签订一份《合同书》，德鑫制气厂委托天源公司加工制作RNJL4350D焦炉护炉铁件及其他所需设备。合同约定由德鑫制气厂提供图纸，天源公司按图纸加工制作，其中护炉铁件每吨单价7440元，合同的总金额为6811038元，具体数量如有变动，由德鑫制气厂书面通知天源公司增减。双方约定合同签订后5日内德鑫制气厂预付30%的货款到账，天源公司在2008年4月底前将货全部发出，每迟延一天按合同余额1%罚款。天源公司应将货物运输到德鑫制气厂施工现场，运输费由天源公司负担；双方还约定发生争议由合同签订地的人民法院管辖。德鑫制气厂的法人代表ＸＸ芳、委托代理人梁仕元、天源公司法人代表多文祥在合同上签名。合同签订后，德鑫制气厂分别于2008年3月11日转账预付500000元，2008年7月29日转账支付1000000元，2008年8月18日，将2000000元的承兑汇票转让给天源公司，先后向天源公司预付了共计3500000元的货款。后因钢材价格上涨，2008年9月26日，天源公司与德鑫制气厂协商签订《补充协议（附件）》，将护炉铁件的价格由原合同约定的7440元/吨变更为8530元/吨，且此单价为不含税价，天源制造公司按照德鑫制气厂预付的货款3500000元计价发完为止。天源公司于2008年10月28日起至2009年1月10日期间向德鑫制气厂交付护炉铁件及其设备。2009年2月27日，德鑫制气厂财务负责人曹加新作出一份《护炉铁件结算情况》，载明护炉铁件数量是293.892吨，按件计价发货的金额是898609元，在合同履行过程中，德鑫制气厂委托天源公司代付河北伟业波纹管货款82000元。2010年12月28日，云南凌云律师事务所受德鑫制气厂委托就双方履行合同结算情况向天源公司发出《律师函》（YLLH2010085号）。2011年1月19日德鑫制气厂以天源公司所供护炉铁件及其他设备价值未达350万元，合同已履行完毕，经德鑫制气厂结算共收到天源公司货物总价为3031248.94元，天源公司应当退款468751.06元为由提起诉讼。诉讼中，天源公司认为其已发完德鑫制气厂预付的350万元的货，并以德鑫制气厂违反《合同书》约定逾期付款为由，提出反诉，要求德鑫制气厂赔付逾期付款滞纳金612000元。
本院再审认为，本案双方争议的问题是：1、本案护炉铁件的价格？2、被申请人收到再审申请人按重量计价的货物数量？3、关于再审申请人为被申请人代购的波纹管是否应在本案中一并处理？4、再审申请人的反诉请求是否支持？５、德鑫制气厂的诉讼请求应否支持？
关于本案护炉铁件的价格问题。德鑫制气厂与天源公司对2008年1月28日双方签订的《合同书》无异议，根据该合同约定，德鑫制气厂应在合同签订后5日内预付30%的货款，但是德鑫制气厂于2008年3月11日向天源公司付款50万元，直到2008年8月18日，先后向天源公司预付了共计3500000元的货款，付款时间已超过双方约定的时间，从双方签订合同到德鑫制气厂履行完30%的付款义务的时间里，由于德鑫制气厂未按约定履行预付款支付义务，且钢材价格上涨，由此，天源公司便未履行发货义务。2008年9月26日，天源公司与德鑫制气厂协商后签订补充协议，变更了护炉铁件的价格，由原合同的7440元/吨变更为8530元/吨。随之，天源公司于2008年10月28日起至2009年1月10日期间向德鑫制气厂交付护炉铁件及其设备。虽然，德鑫制气厂否认签订该补充协议，但是梁仕元在补充协议上签名，且梁仕元在原合同上作为委托代理人也有其签名，故该《补充协议》对德鑫制气厂产生约束力，即护炉铁件的价格应按补充协议约定由原合同的7440元/吨变更为8530元/吨，故对德鑫制气厂按原合同约定的护炉铁件价格主张货物价值的事实不能成立。
关于本案护炉铁件的数量问题。因本案双方当事人未对供货情况进行结算确认，从双方所举证据看，应以再审申请人提交的《护炉铁件结算情况》予以认定，因该证据系德鑫制气厂财务人员结算并盖了公司财务专用章交对方当事人，虽然天源公司未签字确认，但再审申请人现以该证据作为其主张供货数量的事实依据，应视为双方认可护炉铁件的数量是293.892吨。
关于再审申请人主张的波纹管货款是否应在本案中处理的问题。德鑫制气厂提出天源公司要求将代购波纹管款项一并进行结算的请求已经超过诉讼时效的抗辩，因在原一、二审中当事人均将波纹管款项作为其已履行合同抗辩事由之一，且作为本案认定事实的证据《护炉铁件结算情况》中波纹管款项一事亦被纳入结算数额,故应作为再审申请人履行合同内容的一部分,应在本案中予以处理。
关于再审申请人的反诉请求是否支持的问题。因本案已确认《补充协议》的效力，且双方均未按原《合同书》上约定的时间履行合同义务，而是在《补充协议》签订后才履行合同义务，故应视为双方对原合同履行的变更。故再审申请人天源公司根据原合同主张德鑫制气厂赔偿逾期付款滞纳金的反诉请求不能成立，不予支持；同理，对德鑫制气厂提出天源公司反诉要求的支付滞纳金已经超过诉讼时效的抗辩理由亦不成立;因本案中被申请人在《护炉铁件结算情况》中已将波纹管款项一并纳入再审申请人履行合同情况的结算数额,故对德鑫制气厂提出波纹管款项已过诉讼时效的抗辩主张与本案事实不符，不能成立。
关于德鑫制气厂的诉讼请求应否支持。根据本案查明的事实，天源公司履行合同的货物价值为：1、按量计价的金额为2506898.76元（293.892吨×8530元/吨）；2、按件计价货物金额为898609元；3、波纹管金额为82000元；三项合计3487507.76元,因德鑫制气厂向天源公司支付的货款350万元,再审申请人向被申请人所供货物价值未达被申请人预付货款,故德鑫制气厂诉讼请求部分支持，即天源公司应退还德鑫制气厂货款12492.24元。对德鑫制气厂按银行同期贷款利率支付该款自2009年1月10日起至退款之日止的资金占用费及赔偿未出具增值税专用发票给其造成的抵扣税款损失440437.88元主张，因双方就合同履行情况未进行结算且《补充协议》中约定不含税价，故该诉讼请求无事实依据，不予支持。
综上所述，再审申请人的再审理由部分成立，应予以支持。本案经本院审判委员会讨论决定，依照《中华人民共和国合同法》第四十四条、第六十条、第二百五十一条、第二百六十三条、《中华人民共和国民事诉讼法》第二百零七条第一款、第一百七十条第一款第二项规定，判决如下：
一、撤销云南省曲靖市中级人民法院（2012）曲中民终字第31号民事判决及云南省富源县人民法院（2011）富民初字第50号民事判决；
二、由再审申请人泊头市天源焦炉专用设备制造有限公司在判决生效后30日内退还被申请人云南省富源县德鑫集团有限公司焦化制气厂预付款12492.24元；
三、驳回被申请人云南省富源县德鑫集团有限公司焦化制气厂的其余诉讼请求；
四、驳回再审申请人泊头市天源焦炉专用设备制造有限公司的反诉请求。
一审本诉案件受理费12890元（8330元+4560元），由泊头市天源焦炉专用设备制造有限公司承担200元，其余12690元由云南省富源县德鑫集团有限公司焦化制气厂承担；反诉案件受理费4960元，由泊头市天源焦炉专用设备制造有限公司承担。
二审案件受理费8386元，由泊头市天源焦炉专用设备制造有限公司负担5160元，由云南省富源县德鑫集团有限公司焦化制气厂负担3226元。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本判决为终审判决。
审判长 刘招银
审判员 李莉萍
审判员 李鸿波
二〇一六年十二月二十八日
书记员 张 艳