北京市第三中级人民法院
民 事 判 决 书
（2018）京03民终5459号
上诉人（原审原告）：北京联东金桥置业有限责任公司，住所地北京市通州区中关村科技园区通州园金桥科技产业基地景盛南四街15号。
法定代表人：李立华，总经理。
委托诉讼代理人：李夫彬，男，1987年3月25日出生，北京联东金桥置业有限责任公司法务部职员，住北京市通州区。
上诉人（原审被告）：北京圣医耀科技发展有限责任公司，住所地北京市西城区新街口外大街2号有研大厦B座211室（德胜园区）。
法定代表人：洪宏，总经理。
委托诉讼代理人：张党伟，北京市京师律师事务所律师。
委托诉讼代理人：熊珍，北京市京师律师事务所实习律师。
原审第三人：水西庄餐饮管理（北京）有限公司，住所地北京市通州区。
法定代表人：查翔，总经理。
委托诉讼代理人：刘欣，北京市蓝鹏律师事务所律师。
上诉人北京联东金桥置业有限责任公司（以下简称联东金桥公司）因与上诉人北京圣医耀科技发展有限责任公司（以下简称圣医耀公司）、原审第三人水西庄餐饮管理（北京）有限公司（以下简称水西庄公司）租赁合同纠纷一案，不服北京市通州区人民法院（2017）京0112民初字第26246号民事判决，向本院提起上诉。本院依法组成合议庭进行了审理，现已审理终结。
联东金桥公司上诉请求：变更一审法院判决第四项，依法增加判决圣医耀公司支付2012年8月8日至2016年9月30日的上浮租金共计193335.21元，一、二审案件受理费由圣医耀公司负担。事实和理由：依据租赁合同追缴的租金的债权为整体债权、连续性债权，租赁合同中按季度支付租金是债权实现形式的约定，每季度支付租金不能单独构成一个独立的债权，上浮租金是合同约定的租金基础上上涨的租金，表示租金价格发生变化，仍为一个债权债务关系，不应将上浮租金作为一个独立的债权，单独计算其对应的诉讼时效，联东金桥公司依然对合同项下享有整体债权的行使。圣医耀公司承担分期付款义务在一段时间中被分成若干部分，部分履行这种给付行为在时间上是持续性的，但给付的标的仅为单独一项，对于基于同一债权产生的分期履行的债务，应以最后履行期限为诉讼时效起算点，最后一期履行期限的起算点应为2017年6月30日，因此，联东金桥公司的债权没有超过诉讼时效，一审法院关于“2016年10月之前的上浮租金请求超过诉讼时效”的认定属于适用法律错误。
圣医耀公司上诉请求：撤销一审法院判决，依法改判驳回联东金桥公司的全部诉讼请求或发回重审，判令租赁合同续租期延长两年，判令联东金桥公司支付租赁期间因厂房被水浸泡造成的损失30万元，一、二审案件受理费由联东金桥公司负担。事实和理由：1.合同履行期间，租赁房屋未全方位做防水，在2012年8月、2015年7月、2016年6月四楼均发生严重漏水，影响圣医耀公司的装修、使用和经营约一年的时间，圣医耀公司拒绝支付房屋租金是履行先行抗辩权。由于房屋漏水造成时间延误，根据租赁合同第七条、第八条的约定，租赁期限应当延续，圣医耀公司与水西庄公司已经达成续约两年的一致性意见，一审法院对此未进行查明；2.合同约定租赁期间五年，联东金桥公司、圣医耀公司在2017年8月口头约定继续租赁合同，但联东金桥公司反悔，联合水西庄公司不再续租，并索要高额滞纳金，合同内联东金桥公司将房屋卖给第三人水西庄公司，且价格比卖给圣医耀公司的价格便宜，在明知圣医耀公司投入上千万固定资产的情况下，违反了诚实信用原则和公平原则，侵犯了圣医耀公司的优先购买权，根据合同第二条的约定，圣医耀公司在同等条件下有优先续租权，应判令圣医耀公司继续承租两年；3.2016年漏水长达五个月，给圣医耀公司洁净车间造成损失并给产品安全生产造成严重的隐患，应赔偿11个月的停止营业和员工误工的经济损失；4.2018年4月18日至4月21日期间，圣医耀公司楼上的水西庄公司再次发生漏水，圣医耀公司通知物业，物业签字认可，水西庄公司进行维修，但至今依然漏水；5.一审期间，圣医耀公司依法提出反诉请求，一审法院未释明不受理原因，也没有依法对驳回反诉请求下发裁定，属于程序违法，应发回重审。
联东金桥公司向一审法院起诉请求：1.圣医耀公司腾退涉案承租房屋；2.圣医耀公司给付自2016年10月1日至2017年8月7日止的租金580245.14元；3.圣医耀公司给付租赁期限届满后实际占用租赁房屋期间的租金，自2017年8月8日至圣医耀公司实际腾退之日止（计算标准：租赁面积1276.14平方米，租金标准2.94/天/平方米，见租赁合同第10条）；4.圣医耀公司给付逾期付款违约金（分期分批计算至实际履行之日止）；5.圣医耀公司给付自2012年8月8日至实际腾退之日止的上浮租金（计算标准：租赁面积1276.14平方米，上浮租金标准0.1/天/平方米，见租赁合同第14条）；6.圣医耀公司承担本案的诉讼费。
一审法院认定事实：2012年5月11日，联东金桥公司（出租方，甲方）与圣医耀公司（承租方，乙方）签订《联东U谷厂房租赁合同》，约定联东金桥公司将位于北京市通州区中关村科技园区通州园金桥科技产业基地（现定名）北区1#楼3层，编号为U北1#F3的厂房（以下简称该租赁物）租赁予圣医耀公司使用。该租赁物建筑面积1276.14平方米，上述租赁面积作为本合同租金、租赁保证金等相关费用收取时的计算依据。本租赁物内采取包租的方式，由圣医耀公司自行管理。联东金桥公司已经依法选聘的物业管理企业为：北京联东国际物业管理有限公司，圣医耀公司同意在本合同租期内由联东金桥公司依法选聘的物业管理企业为园区提供物业管理服务，并遵守业主公约，按时缴纳物业相关费用。合同第二条租赁期限：本合同租赁期限5年，自2012年8月8日起至2017年8月7日止。租赁期限届满，如圣医耀公司需继续承租该租赁物，圣医耀公司须在本合同租期届满前三个月提出书面续租申请，经联东金桥公司同意后，双方将对有关租赁事项重新签订租赁合同。在同等承租条件下，圣医耀公司有优先续租权。第三条租赁物的交付及起租期：在2012年7月9日前，联东金桥公司将租赁物按现状交付圣医耀公司使用，且圣医耀公司同意按租赁物及设施的现状承租。经双方交验签字并移交房门钥匙后视为交付完成。租赁期满或合同解除后，联东金桥公司有权收回租赁物，圣医耀公司应按照原状返还租赁物及其设备设施。双方应对租赁物和设备设施及水电使用等情况进行验收，结清各自应当承担的费用。自入住之日起30天后开始计租，租赁物的起租期从2012年8月8日始。即从2012年8月8日起开始计收租金。合同签订到起租期内除租金以外的相关费用由圣医耀公司自行承担。合同第四条租赁费用：4.1租赁保证金，本租赁合同的租赁保证金为90天租金，即人民币132080.49元。4.2租金，第一年租金为人民币1.15元/平米/天，计收期2012年8月8日起至2013年8月7日止，合计535659.77元；第二年租金为人民币1.21元/平米/天，计收期间：2013年8月8日起至2014年8月7日止，合计563607.23元。第三年租金为人民币1.27元/平米/天，计收期间：2014年8月8日起至2015年8月7日止，合计591554.7元。第四年租金为人民币1.37元/平米/天，计收期间：2015年8月8日起至2016年8月7日止，合计639882.12元。第五年租金为人民币1.47元/平米/天，计收期间：2016年8月8日起至2017年8月7日止，合计684720.92元。该租赁合同的租金合计为3015416.74元。租赁期限届满，如圣医耀公司继续承租该租赁物，租金由双方共同商定。双方约定每年度的8月8日作为该年度租金调整日。合同第五条租赁费用的支付：圣医耀公司应于本合同签订之后5个工作日内，向联东金桥公司支付租赁保证金132080.49元。租赁期限届满，在圣医耀公司已向联东金桥公司交清了全部应付的租金及因本租赁行为所产生的一切费用，并不存有本合同第八条第三项违约行为，按本合同规定向联东金桥公司交还承租的租赁物，履行完本合同所约定的责任后15个工作日内，联东金桥公司退还圣医耀公司租赁保证金（保证金不计利息）。圣医耀公司应于本合同签订之后5个工作日内，向联东金桥公司支付首笔租金。首笔租金的对应租期为2012年8月8日至2012年9月30日，金额为79248.29元。后续租金为一季度收取一次（三个月为一季度），每一季度结束前15日内圣医耀公司应向联东金桥公司支付下一季度租金，圣医耀公司向联东金桥公司支付款项以款项进入联东金桥公司结算账户之日为付款日。圣医耀公司所有租金，租赁保证金均要以银行汇兑，转账支票、支票反提方式划转至联东金桥公司银行结算账户，圣医耀公司不得以现金方式交付给联东金桥公司任何人员。否则出现问题，全部责任由圣医耀公司承担。合同第六条租赁物的转让与转租：在租赁期限内，若遇联东金桥公司转让租赁物的部分或全部产权，联东金桥公司应当在转让租赁物前7日内，书面通知圣医耀公司，在同等受让条件下，圣医耀公司对本租赁物享有优先购买权。但圣医耀公司应当在通知送达之日起7日内作出是否购买本租赁物的书面答复，圣医耀公司逾期未予以书面答复的，视同圣医耀公司放弃优先购买权，接受联东金桥公司转让本租赁物给其他受让人。联东金桥公司应确保受让人继续履行本合同的条款，圣医耀公司应当在联东金桥公司转让本租赁物后15日内，重新与受让人签订新的租赁合同，联东金桥公司的权利与义务由新的受让人承担，圣医耀公司的权利义务仍然按照本合同约定条款执行。合同第八条违约责任约定：圣医耀公司未按约定支付租赁保证金、租金等相关费用的，应向联东金桥公司支付滞纳金，滞纳金金额为：拖欠天数乘以欠缴费用总额的千分之三。合同第十条合同的终止：本合同提前终止或租期届满，甲、乙双方未达成续租协议的，圣医耀公司应于终止之日或租赁期限届满之日起十天内迁离租赁物，并将其租赁物归还联东金桥公司。圣医耀公司逾期不迁离或不返还租赁物的，应向联东金桥公司双倍支付延期租金。但联东金桥公司有权以邮件、传真或在租赁物办公区域张贴公示的形式通知圣医耀公司不接受双倍租金，并有权收回租赁场所，将租赁物内的圣医耀公司物品搬离租赁物，且不负保管责任。合同第十四条使用承诺约定，圣医耀公司同意于入住后6个月内（即2013年2月7日前），在所租房屋住所地办理企业工商、税务注册登记（或迁移登记，注册资本不低于50万元）；如圣医耀公司不能按期办理完毕，则该房屋的租赁价格在本合同第三条约定的价格基础上上浮0.1元/天/平方米，圣医耀公司应自逾期之日7日内向联东金桥公司补交上浮款；如入住8个月后，圣医耀公司仍未能如约完成办理企业工商、税务注册登记（或迁移登记）的手续，则联东金桥公司有权解除合同。此外，合同还约定了其他内容。双方还签订了《厂房租赁补充协议》就联东金桥公司银行结算账户事宜进行约定。
上述租赁合同签订后，双方即开始实际履行，联东金桥公司表示圣医耀公司2016年9月30日之前的租金已经支付完毕。
2014年10月30日，联东金桥公司（出卖人，以下简称甲方）与水西庄公司（买受人，以下简称乙方）签订《联东U谷厂房销售合同》，双方约定将甲方位于北京市通州区中关村科技园区通州区金桥科技产业基地内U北1#F3A的厂房出售给乙方。水西庄公司表示联东金桥公司尚未让圣医耀公司向其交付房屋。
2014年10月31日，联东金桥公司（出卖人）与水西庄公司（买受人）签订《补充协议》，双方在平等、自愿的基础上经协商一致，就原合同未尽事宜达成以下内容：一、出卖人与买受人一致认可：原合同项下房屋已由出卖人先行出租于第三方（圣医耀公司），且该第三方已明示放弃优先购买权；自买受人付清原合同项下约定的购房首付款及因房屋交易产生的其他交易费用，合计达至4516030元之次日起，租赁合同项下房屋的出租方变更为买受人，权利义务转移至买受人；如买受人授权出卖人代收租金的，租金发票由买受人提供于出卖人，并按实收租金金额的6%向出卖人支付费用。此外，协议还约定了其他内容。
水西庄公司表示和联东金桥公司签订《联东U谷厂房销售合同》后，涉案房屋的租金归水西庄公司收取，但由联东金桥公司代收。圣医耀公司表示其于2014年底知道涉案房屋出售给水西庄公司，后圣医耀公司根据合同相对性原则将租金交付给联东金桥公司一直到2016年9月。
关于未交纳租金的原因，圣医耀公司称理由有二：一是涉案厂房多次漏水，其向物业报修，但物业服务极差，且没有解决漏水问题，故物业不作为，我方不交纳租金是行使先履行抗辩权的行为。二是对租赁期间内580245.14元的租金数额予以认可，但是收取租金的主体不是联东金桥公司，而是水西庄公司，因为涉案房屋已经于2015年出售给水西庄公司，且就租金事宜其与水西庄公司多次交涉协商并于2017年6月就涉案房屋续租和租金支付事宜达成一致：圣医耀公司于2017年8月底支付给水西庄公司租金580245.14元，水西庄公司将涉案房屋再租给其2年。圣医耀公司提交其法人洪宏与水西庄公司法人查翔的短信记录用以证明。2017年9月5日的短信载有：我们依然希望您能兑现上次物业给协调时，您曾经答应再租给我们2年时间房租。三层洪姐。查翔回复有：你方拖欠房屋租金已一年之久，并总以各种借口推诿，没有任何诚心可言，现再次通知你，因你已构成合同违约，一周内必须结清全部房租及各种费用，与我方办理交接手续。否则，我方有权以任何方式自行收回房屋，由此产生的一切费用，均有你方承担。水西庄公司对该聊天记录的真实性认可。但水西庄公司亦表示其与圣医耀公司从未就涉案房屋的续租问题达成一致意见。
关于违约金问题，圣医耀公司称其不予认可，其表示在租赁合同期间内，联东金桥公司多次违约，在2012年和2016年两次大面积长时间漏水，导致其租赁房屋长期无法投入使用和正常营业，造成了巨额损失，其与联东金桥公司就损失进行多次协商，在合同期内联东金桥公司应当为其提供如下条件和设施，包括租赁房屋的上下水、联东金桥公司没有按期提供条件，免租期应当延长。
案件审理过程中，就涉案厂房漏水问题，圣医耀公司提交厂房漏水照片、光盘及报修单用以证明其租用厂房在租赁期间的漏水情况及联系维修情况。联东金桥公司及水西庄公司则表示光盘中视频录像不能反映漏水房屋的地点和漏水时间，本案是联东金桥公司根据水西庄公司的授权向圣医耀公司收取租金，即便光盘内容属实，也与本案不属于同一法律关系。联东金桥公司及水西庄公司对厂房漏水照片的真实性不予认可，认为通过照片无法反映漏水房屋的地点和漏水时间，房屋是否漏水与本案并非同一法律关系且圣医耀公司对于2012年漏水主张相应权利已经超过诉讼时效，对于2016年之后的漏水情况，圣医耀公司应当向物业公司主张。联东金桥公司及水西庄公司对报修单复印件真实性不予认可。圣医耀公司法人洪宏提交其与水西庄公司法人查翔、联东U谷开发商刘某、联东U谷物业管理人员朱某的短信聊天记录用以证明在漏水后圣医耀公司多次积极主动联系原业主和现业主反映厂房漏水维修和协商租金交纳事宜，但对方均对厂房漏水问题不予主动解决。联东金桥公司与水西庄公司表示对洪宏与朱某、刘某的短信聊天记录真实性不予质证，无法判断与谁聊天，无法判断刘某身份信息。联东金桥公司对洪宏与查翔的短信聊天记录真实性不予质证。水西庄公司对洪宏与查翔的聊天记录真实性认可，但表示圣医耀公司只是截取一部分短信，不能保证双方交流的完整性。
案件审理过程中，圣医耀公司申请其公司员工刘某1、苗某到庭作证，刘某1表示涉案厂房漏水后其与另外两名同事第一时间发现，并提交2016年7月8日、9月25日、9月30日、10月8日、10月9日、10月14日、10月16-17、21-22日的漏水照片。刘某1表示水是从顶棚漏下来的。刘某1还表示漏水后给物业朱某打过电话，朱某答复说找四楼维修，四楼一直在维修也没找到原因。最后刘某1表示整个漏水持续到10月底以后才修好。苗某表示7月8日当天，其公司正常上班，开灯不亮，检查后发现灯罩里面全是水。漏水的事情我和刘某1找过朱某，也找过四楼，四楼回复我们说一直在找漏水点。苗某表示其与刘某1及另外一名聋哑人第一时间发现漏水。苗某向法庭出示7月8日灯管里面是水的照片，7月29日的视频，显示屋里面也漏水，8月9日和8月25日的照片。苗某表示发现漏水后第一时间通知老板，后向物业通知。苗某表示漏水一直漏到10月份，开始漏的地方在车间，后来是厂房、洗消间、治水车间、空调机房，漏水影响生产，但工资正常发放。
联东金桥公司表示其主张2012年8月8日至实际腾退之日止的上浮租金的依据是租赁合同第14条，圣医耀公司要在入住后6个月内办理工商登记手续，否则要把租金在租赁合同第三条约定的价格基础上上浮0.1元/天/平方米，是要求圣医耀公司在涉案厂房住所地完成工商税务登记即增加一个分公司的营业执照。圣医耀公司称其希望西城公司主体迁出，西城区人民政府不同意其迁出西城区，且在通州区因为无法通过环评手续，从而无法注册分公司。另外，圣医耀公司表示根据双方合同的约定，联东金桥公司要求上浮租金的诉讼请求已经《民法通则》规定的1年诉讼时效，因此不应获得支持。联东金桥公司认为合同项下的租金是一个整体、连续性债权，诉讼时效应当自最后履行期限届满也即2017年8月7日起算，且合同履行期限内联东金桥公司向圣医耀公司催缴过租金，催缴的租金包括上浮的租金。第三人认为合同中虽然约定了上浮租金的起算点，但并未约定上浮租金的截止日，因此上浮租金的诉讼时效应自合同期限届满即2017年8月7日起算，因为圣医耀公司支付的租金也并未系按照合同约定的期限和金额严格执行的。但联东金桥公司及水西庄公司均未对单独向圣医耀公司主张过上浮租金提供相应证据。
一审法院认为：依法成立的合同对当事人具有法律拘束力。本案中双方签订的租赁合同及补充协议中明确约定了租赁期限、租金标准、支付方式等事宜，在合同履行期限内，联东金桥公司与水西庄公司于2014年10月30日签署了房屋销售合同及补充协议，双方约定联东金桥公司将涉案厂房出售给水西庄公司，涉案厂房的租金继续由联东金桥公司代为收取。在联东金桥公司与圣医耀公司签订的租赁合同履行过程中，圣医耀公司应依约交纳租金，故对于联东金桥公司主张合同期内租金的诉求，法院予以支持。关于圣医耀公司所称联东金桥公司不具备租金收取资格的辩解意见，根据查明的事实，联东金桥公司将涉案房屋转让给水西庄公司后，水西庄公司一直委托联东金桥公司收取租金，圣医耀公司在知晓转让事实后仍根据合同相对性原则将租金一直交付给联东金桥公司，因此应视为圣医耀公司对联东金桥公司收取租金资格的认可，本案中圣医耀公司对联东金桥公司收取租金资格提出的抗辩不能成立。因圣医耀公司已支付租金至2016年9月，未支付2016年10月之后租金的行为构成违约，故对联东金桥公司要求圣医耀公司支付2016年10月1日至2017年8月7日期间租金的诉讼请求，法院予以支持。因联东金桥公司主张的租金数额不高于法院核定的数额，且圣医耀公司对联东金桥公司主张的上述期间的租金数额不持异议，因此上述租金数额以联东金桥公司主张的为准。
2017年8月7日双方的租赁合同到期，双方未续签合同，因此双方的租赁关系终止。根据合同相对性原则，圣医耀公司应当将承租房屋腾退并交付给联东金桥公司，圣医耀公司仍占有使用承租房屋至今，应当按照合同约定租金标准向联东金桥公司支付占有使用费。根据《联东U谷厂房租赁合同》第四条，2016年8月8日至2017年8月7日的租金标准为1.47元/平米/天，《联东U谷厂房租赁合同》第十条约定圣医耀公司在合同期满后不迁离或不返还租赁物的，应向联东金桥公司双倍支付延期租金，因此对联东金桥公司要求圣医耀公司自2017年8月8日至圣医耀公司实际腾退之日止以租金2.94元/天/平方米的给付租金的诉讼请求，法院予以支持。同时，在双方的租赁合同到期终止的情况下，圣医耀公司应当将承租房屋腾退并交付给联东金桥公司，水西庄公司对联东金桥公司主张圣医耀公司腾退房屋的资格及诉求均予以认可，法院对此予以支持。
关于联东金桥公司主张的违约金问题，双方在合同中对租金的给付期限及逾期支付租金的违约责任及标准有明确约定，故对联东金桥公司要求圣医耀公司支付逾期支付2016年10月至2017年8月7日租金的违约金的诉讼请求，法院予以支持，因双方约定的日千分之三的违约金标准过高，法院对此予以调整为同期银行贷款利率的四倍。关于联东金桥公司要求圣医耀公司支付2017年8月7日之后逾期腾退期间租金违约金的诉讼请求，因合同中对此并未有明确约定，法院对此不予支持。
关于联东金桥公司主张的上浮租金的诉求，根据《联东U谷厂房租赁合同》第十四条约定，圣医耀公司应于入住后6个月内（即2013年2月7日前），在所租房屋住所地办理企业工商、税务注册登记，如圣医耀公司不能按期办理完毕，则该房屋的租赁价格在本合同第三条约定的价格基础上上浮0.1元/天/平方米。圣医耀公司未按照该条约定，未在承租房屋住所地办理工商及税务注册登记，构成了违约，应当按照该条约定上浮租金，故对联东金桥公司要求圣医耀公司上浮租金的诉讼请求，法院予以支持。
关于圣医耀公司所称因西城区人民政府不同意该企业迁出西城区，且在通州区无法通过环评手续，无法办理工商注册手续，不同意上浮租金的辩解意见，并不能改变其违约的事实，并不能成为其违反该条约定的合理抗辩，故对圣医耀公司的该项辩解意见，法院不予采信。
关于圣医耀公司对联东金桥公司主张的上浮租金的诉讼时效抗辩是否成立的问题。《民法通则》规定了延付或拒付租金的诉讼时效为１年，《民法总则》取消了《民法通则》中１年短期诉讼时效期间的规定。关于《民法总则》有关诉讼时效期间的溯及力问题，法院认为权利人之权利受到损害的事实发生在民法总则施行之前，按照《民法通则》的规定诉讼时效期间在2017年9月30日之前已经届满的，义务人已经确定取得了不履行义务的诉讼时效抗辩权，该抗辩权不因《民法总则》的施行而消灭。但按照《民法通则》的规定诉讼时效期间在2017年10月1日尚未届满的，义务人的诉讼时效抗辩权系在《民法总则》施行后产生，基于新法施行及新法关于诉讼时效的规定有利于保护权利人等因素考虑，此时《民法总则》关于诉讼时效的规定应产生溯及力，不再适用《民法通则》的相关规定。根据上述精神，《民法通则》中规定的权利受到侵害的发生在2017年9月30日前，自诉讼时效起算之日起至2017年10月1日超过1年的，诉讼时效期间届满，不因《民法总则》的施行而变更，尚未超过1年的，其向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为3年。因联东金桥公司及第三人均未能提交向圣医耀公司追缴上浮租金的相关证据，因此关于上浮租金的诉讼请求，应当适用上述诉讼时效的相关规定。联东金桥公司关于要求圣医耀公司支付2016年10月之前的上浮租金请求，因超过诉讼时效，法院不予支持。2016年10月至2017年8月7日期间的上浮租金请求，尚未超过诉讼时效，法院对此予以支持。
关于上浮租金的截止日期的问题，按照合同约定圣医耀公司自合同期限届满后至实际腾退之日应承担双倍支付租金的责任，因此2017年8月7日之后的租金上浮与上述双倍支付租金的违约责任属于重复计算，基于上述法院认为租金上浮的期限应计算至合同期限届满之日即2017年8月7日为宜。综上所述，依据《中华人民共和国合同法》第八条、《中华人民共和国民法总则》第三条之规定，判决：一、北京圣医耀科技发展有限责任公司将双方签订的《联东U谷厂房租赁合同》项下的承租房屋腾退并交付给北京联东金桥置业有限责任公司,于判决生效之日起三十日内执行清；二、北京圣医耀科技发展有限责任公司支付北京联东金桥置业有限责任公司自二〇一六年十月一日起至二〇一七年八月七日止的租金人民币五十八万零二百四十五元一角四分，于判决生效之日起十日内执行清；三、北京圣医耀科技发展有限责任公司支付北京联东金桥置业有限责任公司自二〇一七年八月八日起至实际腾退之日的涉案厂房占有使用费（以租赁面积1276.14平方米，租金标准按2.94元/天/平方米计算），于判决生效之日起十日内执行清；四、北京圣医耀科技发展有限责任公司支付北京联东金桥置业有限责任公司自二〇一六年十月至二〇一七年八月七日期间的上浮租金共计人民币三万九千六百八十八元（以租赁面积1276.14平方米，上浮租金按0.1元/天/平方米计算），于判决生效之日起十日内执行清；五、北京圣医耀科技发展有限责任公司支付北京联东金桥置业有限责任公司逾期支付二〇一六年十月一日起至二〇一七年八月七日止租金的违约金（其中二〇一六年十月一日起至同年十二月三十一日期间的租金人民币十六万九千四百一十七元四角的违约金，自二〇一六年十月一日起计算至实际给付之日，二〇一七年一月一日至同年三月三十一日期间的租金十六万八千八百三十三元三角二分的违约金，自二〇一七年一月一日起计算至实际给付之日，二〇一七年四月一日至同年六月三十日期间的租金十七万零七百零九元二角五分的违约金，自二〇一七年四月一日起计算至实际给付之日，二〇一七年七月一日至同年八月七日的租金七万一千二百八十五元一角八分的违约金，自二〇一七年七月一日起计算至实际给付之日；上述违约金的计算标准均为同期银行贷款利率的四倍），于判决生效之日起十日内执行清；六、驳回北京联东金桥置业有限责任公司的其他诉讼请求。如果未按判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本院二审期间，圣医耀公司提交：1.2018年4月18日至4月21日圣医耀公司员工拍摄的82张照片复印件；2.圣医耀公司的《厂房设施检查记录》；3.2018年4月18日至5月1日之前陆续录制的视频光盘一张，均欲证明自2018年4月18日至开庭前圣医耀公司楼上还在不断漏水，对圣医耀公司造成损害。联东金桥公司认为照片和视频的真实性需要核实，对其关联性和证明目的不予认可，认为视频和照片发生在租赁合同终止之后，无法达到佐证圣医耀公司所述之前发生漏水的情形，亦不能作为拒绝缴纳租金、腾退房屋的理由；对《厂房设施检查记录》及后附照片的真实性不予认可，认为表单为圣医耀公司单方制作，且物业工作人员签字无法核实。即便照片、视频和《厂房设施检查记录》属实，也与本案无关。水西庄公司陈述，2018年4月18日物业通知水西庄公司去现场看过，确实有漏水情况，但是漏水原因不明，不能证明是水西庄公司的原因造成，水西庄公司在使用中没有不当行为。本院经审查认为，关于圣医耀公司在二审期间向本院提交的新的证据材料所要证明的事项与本案待证事实不具有直接关联性，故本院不作为新证据予以确认。
本院经审理查明的事实与一审法院查明事实一致。
本院认为，根据一审法院卷宗记载内容，依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（四）项“第二审人民法院对上诉案件，经过审理，按照下列情形，分别处理：……（四）原判决遗漏当事人或者违法缺席判决等严重违反法定程序的，裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审”、《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第三百二十五条“下列情形，可以认定为民事诉讼法第一百七十条第一款第四项规定的严重违反法定程序：（一）审判组织的组成不合法的；（二）应当回避的审判人员未回避的；（三）无诉讼行为能力人未经法定代理人代为诉讼的；（四）违法剥夺当事人辩论权利的”的规定，一审法院审理本案不存在严重违反法定程序应发回重审的情形，故本院对圣医耀公司有关“一审期间，圣医耀公司依法提出反诉请求，一审法院未释明不受理原因，也没有依法对驳回反诉请求下发裁定，属于程序违法，应发回重审”的上诉理由和请求不予采纳。
租金上浮问题是在涉案租赁合同的使用承诺条款中进行的约定，如果圣医耀公司不能按期办理完毕工商、税务注册登记，租赁价格上浮，同时约定圣医耀公司应自逾期之日七日内向联东金桥公司补交上浮价款，由此表明上浮租金是双方当事人就特定事项作出的特别约定，同时对给付上浮租金的条件和时间进行了明确约定，根据上述约定内容联东金桥公司就上浮租金向圣医耀公司主张时应适用诉讼时效的有关规定，一审法院关于2016年10月前的上浮租金的诉讼请求已经超过诉讼时效的处理意见并无不妥，故本院对联东金桥公司有关“上浮租金是合同约定的租金基础上上涨的租金，表示租金价格发生变化，仍为一个债权债务关系，不应将上浮租金作为一个独立的债权，单独计算其对应的诉讼时效，对于基于同一债权产生的分期履行的债务，应以最后履行期限为诉讼时效起算点，联东金桥公司的债权没有超过诉讼时效，依法增加判决圣医耀公司支付2012年8月8日至2016年9月30日的上浮租金共计193335.21元”的上诉理由和请求不予采纳。
诉讼请求是当事人向人民法院提出，要求人民法院对其请求作出与之相应的确认、给付、形成判决的请求。依照《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第三百二十八条第一款“在第二审程序中，原审原告增加独立的诉讼请求或者原审被告提出反诉的，第二审人民法院可以根据当事人自愿的原则就新增加的诉讼请求或者反诉进行调解；调解不成的，告知当事人另行起诉”的规定，在联东金桥公司不同意对圣医耀公司在二审期间提出“判令租赁合同续租期延长两年，判令联东金桥公司支付租赁期间因厂房被水浸泡造成的损失30万元”诉讼请求在本案中一并处理的情形下，圣医耀公司可以就此问题另行起诉。本院对圣医耀公司有关“在2012年8月、2015年7月、2016年6月发生严重漏水，影响圣医耀公司的装修、使用和经营约一年的时间，租赁期限应当延续，圣医耀公司与水西庄公司已经达成续约两年的一致性意见，违反了诚实信用原则和公平原则，侵犯了圣医耀公司的优先购买权，根据合同第二条的约定，圣医耀公司在同等条件下有优先续租权，2016年漏水长达五个月，给圣医耀公司洁净车间造成损失并给产品安全生产造成严重的隐患，应赔偿11个月的停止营业和员工误工的经济损失”的上诉理由和请求不予采纳。
先履行抗辩权是指当事人互负债务有先后顺序，先履行一方未履行的，后履行一方有权拒绝其履行的要求，先履行一方履行债务不符合约定的，后履行一方有权拒绝其相应的履行要求。本质上是对先期违约的抗辩。具体本案中，首先，租赁合同未对租赁物出现漏水的情形时，出租人联东金桥公司应对此承担违约责任进行明确约定，其次，现有证据不能证明联东金桥公司就圣医耀公司所述的租赁物漏水事实存在先期违约行为，再次，现有证据不能证明联东金桥公司应对圣医耀公司所述的租赁物漏水事实承担违约责任。在圣医耀公司目前提供的证据不能证明联东金桥公司应对其公司所述漏水事实承担先履行的债务责任的情形下，圣医耀公司有关有权行使先履行抗辩权拒绝支付租金的主张不应予以支持，故本院对圣医耀公司有关“拒绝支付房屋租金是履行先行抗辩权”的上诉理由和请求不予采纳。
综上，联东金桥公司、圣医耀公司的上诉请求均不能成立，应予驳回；一审判决认定事实清楚，适用法律正确，应予维持。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（一）项规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费23038元，由北京联东金桥置业有限责任公司负担4167元（已交纳），由北京圣医耀科技发展有限责任公司负担18871元（已交纳）。
本判决为终审判决。
审 判 长 张印龙
审 判 员 林存义
审 判 员 赵 霞
二〇一八年五月十六日
法官助理 潘园园
法官助理 张 弘
书 记 员 李月明