北京市房山区人民法院
民 事 判 决 书
（2015）房民初字第12315号
原告：中国新兴建筑工程总公司，住所地北京市西城区旌勇里3号。
法定代表人：李强，总经理。
委托诉讼代理人：朱俊，北京市时代九和律师事务所律师。
委托诉讼代理人：李洪陆，北京市时代九和律师事务所律师。
被告：北京汇金房地产开发有限公司，住所地北京市房山区窦店镇瓦窑头村东南侧（望田路8号）。
法定代表人：杨秀芳，董事长。
委托诉讼代理人：杨旭光，男，该公司客服部经理。
委托诉讼代理人：田健壮，北京市房山区窦店镇法律服务所法律工作者。
原告中国新兴建筑工程总公司（以下简称新兴公司）与被告北京汇金房地产开发有限公司（以下简称汇金公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院受理后，依法适用普通程序，公开开庭进行了审理。原告新兴公司的委托诉讼代理人李洪陆和被告汇金公司的委托诉讼代理人田健壮到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
新兴公司向本院提出诉讼请求：
1.判令被告支付钢筋调价款4221886.1元及利息（自2011年5月9日起至实际给付欠款之日止，按人民银行同期贷款利率计算）；
2.判令被告返还工程保修金4435935元及利息（自2016年5月25日起至实际返还保修金之日止，按人民银行同期贷款利率计算）；
3.判令被告支付工程款逾期违约金2720000元（以800万元为基数，自2010年2月1日起至2010年2月9日，逾期9天；以100万元为基数，自2010年2月6日起至2010年2月10日，逾期5天；以200万元为基数，自2010年2月9日起至2010年2月12日，逾期4天；以200万元为基数，自2010年2月11日起至2010年4月21日，逾期70天；以200万元为基数，自2010年3月11日起至2010年4月27日，逾期48天；共计逾期136天，按每天2万元计算）；
4.判令被告支付工程部分结算款逾期违约金251093.13元（以13215428元为基数，按日万分之五计算，自2011年9月21日起至2011年10月28日的违约金）；
5.判令被告支付工期延误补偿款7959414.31元及利息（自2011年5月9日起至实际给付补偿款之日止，按人民银行同期贷款利率计算）；
6.判令被告支付甲方直接分包工程配合费72403.97元。
诉讼费由被告承担。
事实和理由：2007年8月10日，我公司与被告签订《建设工程施工合同》，约定由我公司承建被告开发的“世界名园一期B区”14栋楼工程，工程造价77340641元。约定的开工时间为2007年8月1日，竣工时间为2008年7月25日。同时约定“钢筋价格暂按每吨3500元计入，在结算时按施工当时市场价格进行调整”，并约定“如因发包方的原因造成工期延误，应对人工、机械、直接费用进行补偿”。合同签订后，我公司于2007年10月3日按被告要求进场，但施工现场不具备开工条件，且被告方放线验线迟延、未取得施工许可证等原因，导致我公司无法施工，造成窝工。直到2007年10月25日仅仅4栋楼具备开工条件。在我公司施工过程中，被告又进行重大设计变更，且未按约支付工程进度款，造成工程窝工停工。2010年1月8日，双方签订《付款协议书》后，被告仍未按约支付工程款，并且拖延结算，后在建委协调下，双方仅针对无争议的合同金额及洽商金额进行结算。但被告再次违约，仍未按约付款，经我公司多次催要才以房抵债。被告应返还的保修款至今未付，对有争议的钢筋调价款及工期延误补偿款至今没有确认及付款。请求依法维护我公司的合法权益，支持我公司诉讼请求。
汇金公司辩称：本案涉及的工程已经结算完毕，有双方结算单为证，原告再次起诉没有依据。第二，关于材料调价问题，合作协议约定原告采购时要由我公司确认，但原告采购的材料没有经过我公司确认，且结算已涵盖，原告无权再主张。第三，关于延误工期问题，延误工期完全是原告造成的，有原告道歉函和确认书为证。另外一个原因是奥运会，谁也不能承担责任。第四，关于保修金，防水的质保金没到期（大约20多万）没有付，其他的已全部支付给原告了。第五，原告主张的工程配合费没有任何依据。关于工程款逾期违约金，双方已经结算，互不追究，双方以房抵账，手续需要一定时间，且当时抵账是低于市场价30%的。另外，我公司已于2011年给付13215428元工程款，至今已四年有余，原告从未提出要求给付38天违约金的要求。即便违约，原告主张的违约金也过高。关于逾期付款违约金的请求已超过诉讼时效。综上，不同意原告的诉讼请求。
当事人围绕诉讼请求依法提交了证据，本院组织当事人进行了证据交换和质证。对当事人无异议的证据，本院予以确认并在卷佐证。
对双方当事人有争议的证据，本院分析认定如下：
原告提供的证据
1.《建设工程施工合同》，证明钢筋价格应调整及应对误工进行补偿。被告对真实性无异议，但不认可原告证明目的。被告也将该合同作为证据提供，证明为固定总价合同，一次包死,结算完毕后不得再调整。
本院认为：该合同不违反法律规定，应作为确定合同双方权利义务的依据。
2.建设工程测量成果报告书，证明涉案的5栋楼2007年10月23日完成工程测量成果报告书，此前无法施工。被告对真实性无异议，但认为与本案无关联性。
3.《工程定位测量记录》、《基槽验线记录》、《地基验槽检查记录》，证明定位放线、验线、验槽迟延，严重影响原告施工。被告对真实性无异议，但认为与本案无关联性。
4.建筑工程施工许可证，证明被告于2007年11月7日取得施工许可证。被告对真实性无异议，但不认可证明目的。
本院认为：以上2、3、4证据可以证明合同约定的开工时间并不具备施工条件。
5.《关于B区工程进场事宜》、《关于建筑材料费、人工费上涨事宜》《关于B区27、31、34、37、41、44、42、45#楼资料问题及基础处理方案的报告》、《关于世界名园工程进度及催款报告》《世界名园小区一期、二期工程催款报告》《关于世界名园29#、33#、35#、39#及27#、31#、34#、37#工程进度延误的正式通知》《通知》《关于2008年9月25日通知的回复》《关于世界名园老年夕阳红工程复工的诸多问题》《催款函》等。被告对真实性无异议，但不认可证明目的。另外，被告称未通知原告进场，系原告私自进场。
本院认为：以上系列证据可以证明汇金公司未按约定期限支付工程款、部分楼栋缺乏施工条件、部分工程设计变更、施工期间曾停工、新兴公司多次催要工程款。
6.《世界名园B区工程竣工验收结算协议书》，证明被告未按约定履行，应支付违约金。被告对真实性无异议，但认为恰能证明工程款已全部结算。
本院认为：该证据可证明双方就工程竣工验收结算事宜达成一致。
7.《结算书》、《文件移交单》，证明原告提交的结算中包括钢筋调价款、分包管理费、补偿款等，结算书已移交汇金公司。被告对其中付款协议的真实性认可，该付款协议能证明由于施工单位原因不能复工；对其他证据，没有被告签字的不认可。
8.催促汇金公司结算及付款函，证明汇金公司未按期审核结算书，拖延结算。被告对真实性无异议，但认为系原告人员围堵汇金公司，致使工程一再延误。
本院认为：以上7、8证据可以证明新兴公司报送结算书的内容及双方未按期完成结算。
9.《世界名园B区建筑施工备案合同工程竣工结算协议书》，证明对合同金额及甲供材进行了结算，并约定了逾期付款责任，未涉及结算书剩余部分项目的结算。被告对真实性无异议，对证明目的不认可，认为工程款已全部结算。被告也作为证据提供，证明工程款已全部结算，原告无理由要求违约金和赔偿。
10.《世界名园B区备案合同以外的工程洽商部分及2个楼基座结算支付协议书》，证明对洽商金额及2个楼基座进行了结算，并约定了逾期付款责任，未涉及结算书剩余部分项目的结算。被告对真实性无异议，对证明目的不认可，认为工程款已全部结算。被告也作为证据提供，证明工程款已全部结算，原告无理由要求违约金和赔偿。
本院认为：以上9、10证据可以证明双方结算的情况。
11.《工程移交书》，证明2011年9月6日移交了工程，确认五方验收及对合同价款、洽商价款协商并签订结算协议书。被告对真实性无异议，对证明目的不认可，认为工程款已全部结算。被告也作为证据提供，证明工程移交情况。
本院认为：该证据可以证明工程进行五方验收和移交的时间。
12.《公证书》、发票、银行支付凭证，证明逾期付款38天，应支付违约金251093.13元。被告对真实性无异议，但认为已于2011年给付工程款，至今已四年有余，原告从未提出要求给付38天违约金的要求，已超过诉讼时效。
13.《2013年5月3日联络函》、《关于签署解除合同协议书告知函的回复函》，证明对未结算项目一直要求被告结算，并要求返还到期质保金4435935元。被告对真实性、证明目的均不认可，认为从未见到该函。
本院认为：以上12、13证据可以证明汇金公司的付款情况及新兴公司主张保修金、补偿款的情况。
14.民事起诉状、证据清单，证明被告自认收到《联络函》、《关于签署解除合同协议书告知函的回复函》。被告未明确质证意见。
15.（2015）二中民终字第04810号民事判决书，证明该判决对被告收到《联络函》、《关于签署解除合同协议书告知函的回复函》进行确认，原告曾在该案提出反诉，法院认为双方可另行解决。被告对真实性无异议，但不认可证明目的。
本院认为：以上14.15证据，可以证明汇金公司收到《联络函》、《回复函》及新兴公司曾提出相关请求。
被告提供的证据
1.2007年5月13日燕都科学城世界名园一期工程合作协议，证明乙方采购材料必须报甲方审定，甲方书面认质认价后才能采购。原告对真实性认可，但不认可关联性，认为协议主体并非原告，另外，该协议在签订中标备案合同之前，双方权利义务应以中标备案合同为准。
本院认为：本案工程需进行招投标程序，该协议签订于招投标之前，不能作为确定本案双方权利义务的依据。
2.2010年1月8日签订付款协议，证明由于施工单位原因不能复工，应由施工单位承担违约责任。原告对真实性认可，不认可证明目的。
本院认为：该协议可以证明双方就付款1500万元及复工事宜达成一致。
3.原告道歉函及确认书，证明系原告造成工程延期，无权要求违约金。原告对真实性认可，不认可关联性及证明目的。
本院认为：道歉函可证明在施工中双方曾发生冲突。确认书涉及的非本案工程，与本案无关联性。
4.2011年7月15日工程款支付情况，证明工程款已全部结算，原告无理由要求违约金和赔偿。原告对真实性认可，不认可证明目的。
本院认为：工程款支付情况记载内容与结算协议内容不符，与本案争议无关联性。
5.承诺函，证明工程移交情况。原告对真实性认可，不认可证明目的。
本院认为：该承诺函可证明工程移交，其他的内容与本案争议无关联性。
6.2012年11月4日以房屋抵偿工程款协议书，证明被告以房屋折抵剩余工程款，且房价低于市场价30%，双方互不追究责任。原告对真实性认可，但不认可证明目的。
本院认为：该协议可证明被告以房屋折抵部分工程款。
7.本院（2014）房民初字第11335号民事判决书、（2015）二中民终字第04810号民事判决书，证明部分案件事实。原告对真实性认可，认为该案并未处理本案涉及问题。
本院认为：两份判决书已生效，判决书中认定的事实本案中予以采信。
8.2011年至2013年付款凭证，证明付款情况。原告对真实性认可，认为其中部分不是本案工程款。
本院认为：付款凭证可以证明付款情况，其中部分不是本案工程款。
根据当事人陈述和经审查确认的证据，本院认定事实如下：
2007年8月10日，经过招投标程序，汇金公司（发包人）与新兴公司（承包人）签订《建设工程施工合同》，约定由新兴公司承包位于房山区窦店镇望田路8号的燕都科学城世界名园一期27#、29#、31#、33-35#、37#、39#、41-46#楼工程。工程内容：1.图纸所含土建工程、装饰工程、电气、采暖（地板采暖）、给排水工程。2.电视、电话、网络、对讲等弱电系统只做管盒埋设，穿代线及箱体安装，与专业队伍对接协调。开工日期：2007年8月1日，竣工日期：2008年7月25日。合同工期总日历天数360天；合同价款为77430641元。合同第三部分专用条款23.2约定：本合同价款采用固定总价合同一次包死方式确定。47.补充条款4.3约定：钢筋价格暂按3500元／吨计入，在结算时按照施工当时实际市场价格及图纸钢筋用量进行调整。47.2（3）约定：本合同除钢筋外不发生暂估价调整等。47.7工期延误，约定：如因发包人的原因造成工期延误，工期顺延，由双方确认人工、机械、直接费用进行补偿，不计算任何其他费用。该合同还对双方其他权利义务做了约定。合同签订后，新兴公司进入施工现场。2007年11月7日，《建设工程施工合同》约定的工程取得施工许可证。
2010年1月8日，汇金公司与新兴公司签订付款协议书，就2010年春节前世界名园B区工程款支付约定：第一，汇金公司同意向新兴公司支付B区建设工程款共计人民币1500万元，新兴公司同意将上述工程款用于支付工程材料款及工人劳务费。后继工程款在2010年3月份复工后再行商讨。第二，具体付款时间为：2010年1月底前支付工程款800万元。2010年2月10日前支付工程款500万元（2月份支付说明：2月5日支付100万元，2月8日支付200万元，2月10日支付200万元）。2010年3月10日支付工程款200万元。第三，新兴公司承诺于2010年3月10日左右安排施工人员到位，并视具体情况进行复工，复工时间不迟于3月15日。若3月15日天气情况许可由于施工单位原因不能复工，则由施工单位承担延期违约赔偿。第四，在支付每笔工程款同时，新兴公司为汇金公司提供等额发票。该协议尾部，由新兴公司人员用笔添写了“如建设单位未按约定日期付款，需向我司支付每笔款额每日20000元的违约金”。协议签订后，汇金公司于2010年1月26日至2010年4月27日期间陆续支付了协议约定的工程款1500万元。具体支付时间和金额为：2010年1月26日300万元、2月4日100万元、2月8日200万元、2月9日200万元、2月10日200万元、2月12日150万元、3月24日50万元、4月15日50万元、4月21日100万元、4月27日150万元。
施工期间，由于迟延付款、设计变更、奥运会等原因，导致工期延误。施工中，汇金公司将GRC构件工程、北立面门头GRC工程、27#-45#天窗工程、27#-46#钢结构门头工程、12楼南阳台窗和首层台阶栏杆工程另行分包他人施工。另外，世界名园一期B区43#、46#楼新兴公司未进行施工建设，新兴公司于2009年9月6日撤离世界名园一期B区施工场地。
2011年5月8日，汇金公司（甲方）与新兴公司（乙方）签订《世界名园B区工程竣工验收结算协议书》，该协议约定双方先组织四方验收，确认在2011年5月8日至20日完成工程四方验收，对工程资料交接、完成工程结算时间、付款、违约金等进行了初步约定。2011年5月9日，新兴公司向汇金公司移交了涉案工程结算书（上、中、下三册）。该结算书中补偿5为2010年1月8日签订的付款协议书的逾期违约金。
2011年5月24日，新兴公司施工的涉案工程由房山区建设工程质量监督站与建设单位、施工单位、监理单位、设计单位进行了五方验收。2011年8月10日，新兴公司向汇金公司致函，主张了逾期支付工程款的违约利息等款项。
2011年9月5日，汇金公司与新兴公司分别签订《世界名园B区建筑施工备案合同工程竣工结算协议书》和《世界名园B区备案合同以外的工程洽商部分及2个楼基座结算支付协议书》两份协议。《世界名园B区建筑施工备案合同工程竣工结算协议书》协议载明：截至2011年7月14日，甲方（汇金公司）与乙方（新兴公司）就世界名园B区工程竣工备案合同（【2007033】号以及汇金（房）字【200705013-1】）总结算中的合同金额以及甲供材金额达成一致，就B区备案合同工程款总结算事宜，甲方按照如下计划向乙方进行支付。一、应付工程款1321.5428万元，1.B区工程款7743.0691万元（备案合同价）；2.B区已支付工程款4147.7022万元（若该金额与实际金额不符，差额部分则在保修款中扣除）；3.减甲方直供材款800.2306万元（双方结算价）；4.减未建43号楼工程款526万元；5.减未建46号楼工程款504万元；6.维修保证金443.5935万元{8871.87万元×5%=443.5935万元（7743万元-526万元-504万元合同价+2022.8万元洽商价+楼基础136万元）}。合计：未付工程款1321.5428万元。具体支付计划：2011年9月8日支付500万元；2011年9月20日支付500万元；2011年10月30日支付321.5428万元。双方约定本协议签字盖章并经公证后，乙方向甲方提交工程款支付证明函等相关材料。若任何一方违反本协议的约定，则违约方须承担本协议金额每日万分之五的违约金并向守约方支付（双方于2011年5月8日签署的B区工程竣工验收协议书中约定的延期付款违约金比例作废）。《世界名园B区备案合同以外的工程洽商部分及2个楼基座结算支付协议书》载明：截至2011年7月14日，甲方（汇金公司）与乙方（新兴公司）就世界名园B区工程备案合同【2007033】号以及汇金（房）字【200705013-1】）协议书以外总结算中的洽商金额以及42#45#楼基础工程金额达成一致，B区洽商工程总金额及42#45#楼基础工程总金额为2158.8万元，该协议还载明了分5次支付的具体计划及违约责任。
以上两份结算协议书签订的次日（即2011年9月6日），新兴公司向汇金公司移交了世界名园一期B区27#、29#、31#、33-35#、37#、39#、41#、42#、44#、45#楼工程。
为履行《世界名园B区建筑施工备案合同工程竣工结算协议书》，汇金公司于2011年9月8日向新兴公司付款500万元，于2011年10月28日付款821.5428万元，共计1321.5428万元。
2012年11月4日，汇金公司（甲方）与新兴公司（乙方）签订以房屋抵偿工程款协议书，约定汇金公司以世界名园一期B2组团房屋共计13套，按单价7900元/㎡计算，抵偿新兴公司工程款11939665元。甲方于2012年11月6日将上述房屋钥匙交乙方，待2013年3月30日前由甲方办理完房屋销售许可证后，双方网签。双方定于2013年4月30日前办理完过户手续。上述房屋过户及《世界名园B区备案合同以外的工程洽商部分及2个楼基座结算支付协议书》中应付工程款差额314613元支付后，双方于2011年9月5日签订的《世界名园B区备案合同以外的工程洽商部分及2个楼基座结算支付协议书》当中的2158.8万元中，除5%的质保金（含在双方2011年9月5日所签订的《世界名园B区建筑施工备案合同工程竣工结算协议书》第一款第6条维修保证金443.5935万元之内）没有支付外，其他全部支付执行完毕。此后，汇金公司陆续进行了房屋交付、网签等工作。
2013年4月29日，汇金公司向新兴公司发出函件，告知新兴公司应履行解除世界名园一期B区43#、46#楼的相关义务。2013年5月3日，新兴公司向汇金公司发出《联络函》，表示不同意解除关于43#、46#楼的施工协议，要求汇金公司尽快支付保修金，同时认为最终结算尚未完成，要求汇金公司尽快对索赔补偿事宜进行解决。2014年8月13日，汇金公司向新兴公司发出《签署〈解除合同协议〉告知函》。2014年8月18日，新兴公司向汇金公司发出关于签署《解除合同协议》告知函的回复函，其中要求汇金公司尽快支付保修金，同时尽快对索赔补偿事宜进行解决。
另查，2007年5月13日，新兴公司一公司以新兴公司名义（乙方）与汇金公司（甲方）签订《燕都科学城世界名园一期工程合作协议》汇金房字200705013-1，约定乙方承包甲方燕都科学城世界名园一期项目B区14栋楼，预算造价7743万元。关于材料采购，约定乙方采购材料，必须报给甲方审定主要建材的厂家、品牌、品质和价格（附主要材料清单），甲方书面认质认价后才能采购等。协议还约定了其他权利义务。本案工程施工中，有部分施工记录、协议、函件加盖的新兴公司一公司印章。经核实，新兴公司一公司系新兴公司下属机构，未依法登记。
2014年8月，汇金公司诉至本院，要求与新兴公司解除世界名园B区43#、46#楼进行工程承包施工的约定。该案审理中，新兴公司提出反诉，要求汇金公司支付价格上涨钢材款、工期顺延补偿款、《世界名园B区建筑施工备案合同工程竣工结算协议书》逾期付款违约金、返还保修金及利息。本院未受理该反诉，告知可另行解决。本院就该案作出（2014）房民初字第11335号民事判决。新兴公司提出上诉后，北京市第二中级人民法院作出（2015）二中民终字第04810号民事判决:驳回上诉，维持原判。
本案审理中，经原告新兴公司申请，本院依法委托北京华建审工程造价咨询事务所有限公司对涉案工程增加的钢筋价款、工期延误的人工、机械、直接费和分包工程配合费进行鉴定。鉴定最终意见为：一、无争议部分：钢筋调价款4126048.96元；工期延误补偿款5119108.62元；分包配合费35975.74元。二、有争议部分：钢筋运费95837.14元；121天冬季施工2840305.69元；分包配合费36428.23元。
本案审理中，中国新兴保信建设总公司名称变更为中国新兴建筑工程总公司。
本院认为：原告新兴公司与被告汇金公司签订的建设工程施工合同，依法经过招投标程序，系双方真实意思表示，内容不违反法律和行政法规的规定，该合同合法有效。原、被告双方均应按合同履行义务。本案的争议焦点为：
一、原、被告对于涉案工程是否结算完毕
本案中，工程完工后，新兴公司曾向汇金公司提交工程结算书。结算书中包括钢筋调价内容、工期延误补偿及分包配合费等项目。汇金公司与新兴公司于2011年9月5日分别签订《世界名园B区建筑施工备案合同工程竣工结算协议书》和《世界名园B区备案合同以外的工程洽商部分及2个楼基座结算支付协议书》两份结算协议，分别就总结算中的合同金额以及甲供材金额、洽商金额以及42#45#楼基础工程金额达成一致，两份协议并未涉及钢筋调价内容、工期延误补偿及分包配合费。在两份协议并未记载涉案工程款全部结算完毕或新兴公司明确表示放弃上述款项的情况下，汇金公司主张工程款已全部结算完毕的意见，依据不足，本院不予采纳。
二、钢筋价款是否应当调整和调整的数额
本案工程是需要经过招投标程序的工程。在经过招投标程序签订施工合同之前的协议，不能作为确定承、发包双方权利义务的依据。汇金公司以2007年5月13日新兴公司一公司（乙方）与其签订《燕都科学城世界名园一期工程合作协议》中约定乙方采购材料必须报给甲方审定，甲方书面认质认价后才能采购为由，不同意钢筋价格调整的意见，本院不予采纳。虽然《建设工程施工合同》专用条款约定采用固定总价合同一次包死方式确定，但该合同补充条款同时约定：钢筋价格暂按3500元／吨计入，在结算时按照施工当时实际市场价格及图纸钢筋用量进行调整；本合同除钢筋外不发生暂估价调整等。根据以上约定，汇金公司不同意调整钢筋价款的意见，不能成立，本院不予采纳。
关于钢筋调价数额问题，在新兴公司提供由汇金公司工作人员确认的价格表中并未明确记载运费，新兴公司以运费系实际发生为由，要求计入调价的意见，依据不足，本院不予采纳。
该款属于工程价款，对此款双方没有约定付款时间，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十八条的规定，利息应自工程实际交付即2011年9月6日起计算。
三、工程保修金是否已支付
根据2011年9月5日新兴公司与汇金公司签订的两份结算协议，在协议后汇金公司应付款总额（含保修金4435935元）应为39239363元，而汇金公司提供的付款证据为34803428元（含房屋抵账11939665元），相差4435935元，恰好为保修金数额，故汇金公司称保修金已支付的意见，本院不予采信。新兴公司要求利息自2016年5月25日起算并无不当，本院予以支持。
四、工期延误补偿款的数额
本案工程施工期间，由于迟延付款、设计变更、奥运会等原
因，导致工期延误。鉴定机构根据双方合同及相关规定，作出的误工补偿，依据充分，本院予以认定。对于2008年11月15日至2009年3月15日期间的121天冬季误工，系由于此前工期延误累积形成，新兴公司和汇金公司均未提供充分证据证明系单方原因形成，故对于有争议的121天冬季施工2840305.69元由双方分担。工期延误补偿属于赔偿损失性质，原告要求延误补偿款的利息缺乏依据，本院不予支持。
五、甲方直接分包配合费是否应当支付及数额
涉案工程施工中，新兴公司承包范围内的部分工程由汇金公司另行分包给他人施工，根据建设工程造价相关规定，汇金公司应当支付相应费用。造价鉴定中，鉴定单位根据双方提供材料情况出具的鉴定结果（含无争议和有争议部分）并无不当，本院均予以认定。
六、工程款逾期违约金问题
新兴公司请求的逾期付款违约金分为两部分，一是基于2010年1月8日付款协议要求的逾期付款违约金。汇金公司于2010年4月27日付清该协议约定的工程款。2011年5月9日，新兴公司向汇金公司移交的结算书中含有该违约金内容。2011年8月10日，新兴公司向汇金公司致函，该函中主张了逾期支付工程款的违约利息。2013年5月3日，新兴公司向汇金公司发出《联络函》，其中要求汇金公司尽快对索赔补偿事宜进行解决。2014年8月18日，新兴公司向汇金公司发出关于签署《解除合同协议》告知函的回复函，其中要求汇金公司尽快对索赔补偿事宜进行解决。以上情况说明，新兴公司一直在主张该项违约金，汇金公司辩称该请求超过诉讼时效期间的意见，没有依据，本院不予采纳。二是基于2011年9月5日《世界名园B区建筑施工备案合同工程竣工结算协议书》要求的逾期付款违约金。该协议约定的款项于2011年10月28日支付完毕。2013年5月3日，新兴公司向汇金公司发出《联络函》，其中要求汇金公司尽快对索赔补偿事宜进行解决。2014年8月18日，新兴公司向汇金公司发出关于签署《解除合同协议》告知函的回复函，其中要求汇金公司尽快对索赔补偿事宜进行解决。同样，汇金公司辩称该请求超过诉讼时效期间的意见，没有依据，本院不予采纳。关于被告辩称原告主张的违约金过高问题，本院认为，原告未就被告逾期付款给其造成的损失提供证据，但被告逾期付款，势必影响原告的资金周转。因此，本院综合考虑逾期付款给原告造成的损失、合同履行情况、双方过错程度、预期利益等因素，参照中国人民银行规定的同期贷款利率的一点三倍的标准酌情调整违约金，过高部分不予支持。
综上，依照《中华人民共和国合同法》第一百零七条、第一百零九条、第一百一十四条、《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国合同法〉若干问题的解释（二）》第二十九条、《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条之规定，判决如下：
一、被告北京汇金房地产开发有限公司于本判决生效之日起十日内给付原告中国新兴建筑工程总公司钢筋调价款四百一十二万六千零四十八元九角六分，并按中国人民银行规定的同期贷款利率支付利息，自二○一一年九月六日起至付清之日止；
二、被告北京汇金房地产开发有限公司于本判决生效之日起十日内给付原告中国新兴建筑工程总公司工程保修金四百四十三万五千九百三十五元，并按中国人民银行规定的同期贷款利率支付利息，自二○一六年五月二十五日起至付清之日止；
三、被告北京汇金房地产开发有限公司于本判决生效之日起十日内给付原告中国新兴建筑工程总公司工程款逾期违约金，按中国人民银行规定的同期贷款利率的1.3倍计算（计算方法详见清单）；
四、被告北京汇金房地产开发有限公司于本判决生效之日起十日内给付原告中国新兴建筑工程总公司部分结算款逾期违约金（以五百万元为基数，按中国人民银行规定的同期贷款利率的1.3倍计算，自二○一一年九月二十一日起至二○一一年十月二十八之日止）；
五、被告北京汇金房地产开发有限公司于本判决生效之日起十日内给付原告中国新兴建筑工程总公司工期延误补偿款六百五十三万九千二百六十一元四角七分；
六、被告北京汇金房地产开发有限公司于本判决生效之日起十日内给付原告中国新兴建筑工程总公司分包工程配合费七万二千四百零三元九角七分。
七、驳回原告中国新兴建筑工程总公司的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
鉴定费二十三万四千九百三十九元，由原告中国新兴建筑工程总公司负担十一万七千四百六十九元（已交纳），由被告北京汇金房地产开发有限公司负担十一万七千四百七十元（本判决生效后七日内交纳）。
案件受理费十三万九千七百六十四元，由原告中国新兴建筑工程总公司负担九千零九十六元（已交纳）,由被告北京汇金房地产开发有限公司负担十三万零六百六十八元（本判决生效后七日内交纳）。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数或者代表人的人数提出副本，上诉于北京市第二中级人民法院。
审 判 长 赵洪波
人民陪审员 侯云峰
人民陪审员 娄淑菊
二〇一七年十二月二十二日
书 记 员 李长凤
附：判决第三项违约金清单
序号
计算基数
起始时间
截止时间
800万元
2010年2月1日
2010年2月9日
100万元
2010年2月6日
2010年2月10日
200万元
2010年2月9日
2010年2月12日
200万元
2010年2月11日
2010年4月21日
200万元
2010年3月11日
2010年4月27日