山东省高级人民法院
民 事 判 决 书
（2017）鲁民终841号
上诉人（原审原告、反诉被告）：中国十五冶金建设有限公司，住所地湖北省黄石市西塞山区沿湖路700号。
法定代表人：马文洲，董事长。
委托诉讼代理人：陈璐华，男，1982年9月20日出生，汉族，该公司职工。
委托诉讼代理人：沈剑，山东上和律师事务所律师。
被上诉人（原审被告、反诉原告）：费县沂州水泥有限公司，住所地山东省费县费城镇南广丰村南。
法定代表人：李长河，董事兼总经理。
委托诉讼代理人：张泗军，山东康桥律师事务所律师。
委托诉讼代理人：张重，山东康桥（临沂）律师事务所律师。
上诉人中国十五冶金建设有限公司（以下简称十五冶金公司）因与被上诉人费县沂州水泥有限公司（以下简称沂州水泥公司）建设工程施工合同纠纷一案，不服山东省临沂市中级人民法院（2010）临民一初字第15号民事判决，向本院提起上诉。本院于2017年5月16日受理后，依法组成合议庭，开庭进行了审理。上诉人十五冶金公司的委托诉讼代理人、被上诉人沂州水泥公司的委托诉讼代理人到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
十五冶金公司上诉请求：撤销原审判决，查清事实，依法改判沂州水泥公司支付十五冶金公司剩余工程款总计7305590.96元。一、请求二审法院依法撤销一审法院扣除上诉人钢材负偏差款1299560.28元的错误判决，并依法改判再增加十五冶金公司钢材负偏差价款1299560.28元；二、依法撤销一审法院扣除十五冶金公司未完成工程量1049689.29元的错误判决；三、依法撤销一审法院扣除十五冶金公司合同让利款1400000.00元的错误判决；四、一审法院认定的利息数额偏低，计算方式错误，沂州水泥公司应支付十五冶金公司欠款利息3174867.23元，扣除一审法院认定利息966759.26元，还应支付利息2208107.97元；五、一审法院未认定沂州水泥公司将代缴300000.00元营业税的发票及完税凭证原件提交十五冶金公司错误；六、一、二审诉讼费及鉴定费由沂州水泥公司承担。事实和理由：一、原审判决将钢材负偏差值1299560.28元从工程总价款中扣除，违反了双方合同的约定和现行法律的规定，请二审法院依法改判被上诉人支付上诉人钢材负偏差值1299560.28元。首先，原审法院将钢材负偏差值1299560.28元做减法，计算错误。鉴定人山东中成信建设项目管理有限公司在《费县沂州水泥有限公司5000t/d熟料干法旋窑水泥生产线机电设备安装工程造价司法鉴定报告书》（以下简称《鉴定报告书》）“需特别说明的问题”中指出：“非标设备制作安装工程部分图纸工程量：425.4706吨，实际工程量：425.4706×0.95=404.197吨，争议价值170380.26元；非标准件制作安装工程部分图纸工程量：781.965吨，实际工程量：781.9561×0.95=742.867吨，争议工程量39.098吨，争议价值316693.80元；预热器制作安装工程部分图纸工程量：555.555吨，实际工程量：555.555×0.9357=519.8328吨，争议工程量35.7222吨，争议价值325072.02元；窑尾钢塔架新增工作量图纸工程量18.043吨，实际工程量：18.043×0.95=17.141吨，争议工程量O.902吨，争议价值8202.80元；窑尾钢塔架图纸工程量：1134.922吨，实际工程量：1134.922×95.36%＝1082.262吨，争议工程量52.66吨，争议价值479206.00元；以上争议价值合计为1299560.28元”。该《鉴定报告》与其报告中的《5000t/d回转窑生产线熟料段（A标段）安装工程量汇总表》（简称汇总表）相比较可以得出如下结论：非标设备制作安装实际工程量404.197吨与《汇总表》序号3非标设备制作安装工程量“404.197”数值完全相同，非标准件制作安装工程实际工程量742.867吨与《汇总表》序号4非标准件制作安装实际工程量“742.867”数值完全相同，预热器制作安装工程实际工程量519.83288吨与《汇总表》序号16和序号17工程量“519.8328”数值完全相同，窑尾钢塔架新增工作量的实际工程量17.141吨与《汇总表》序号15窑尾钢塔架新增工程量“17.141”数值完全相同，窑尾钢塔架实际工程量1082.26吨与《汇总表》序号20窑尾钢塔架制作安装工程量“1082.2618”数值完全相同。以上事实足以证明本案工程造价30494300.68元中均已分别扣除了非标设备制作安装、非标准件制作安装、预热器制作安装、窑尾钢塔架新增、窑尾钢塔等五个方面有争议工程量的价值1299560.28元。然而，原审法院却在计算时又扣除了一次该争议工程量的价值1299560.28元，请二审法院予以纠正。其次，关于钢材厚度负偏差值1299560.28元，应做加法增补上诉人。第一，原审判决违背了合同约定。按图纸计算工程量是合同双方的共同约定。依据施工合同约定：1、非标准件制作及安装的工程量计算规则为：以设计图纸计算工程量为准。2、非标设备制作及安装的工程量计算规则为：以设计图纸计算工程量为准。3、预热器制作的工程量计算规则为：以设备实际重量和设备设计图纸提供的重量数据为准。4、窑尾塔架钢结构制作安装的工程量计算规则为：执行GB50500-2003《建设工程工程量清单计价规范》。本规范已明确金属结构制作安装按照设计图纸尺寸计算工程量。5、窑尾塔架钢结构新增：此项为窑尾塔架钢结构签证部分，工程量计算规则同窑尾塔架钢结构。第二，一审判决违背了现行法律规定。国家建设部、国家质量监督检验检疫总局2003年2月17日共同发布的GB50500-2003国家标准《建设工程工程量清单计算规范》已将“3、2、6”（1）款列为强制性条文，必须严格执行（见《中华人民共和国建设部公告》第119号、3“工程量清单编制”“3、2、6（1）”和附录A、6P54-57）。第三，钢材进入施工现场，建设单位、监理单位、施工单位和材料供应商联合查看材料质量证明书，对各种规格的钢材的几何尺寸（钢材厚度）用卷尺进行初步测量，用卷尺测量的数据作为初步认定材料是否合格的一种手段。凡是钢材厚度负偏差值符合国家允许范围的则为合格钢材，判定为施工用料，反之，凡是钢材厚度负偏差值超出国家允许范围的钢材则视为不合格产品，不合格产品必须立即退出施工现场，施工单位不得使用。这是各方保证工程质量的一条措施，而不是计算工程造价的依据。综上，原审法院扣除上诉人钢材厚度负偏差值1299560.28元，实为无理无据，给上诉人造成的损失1299560.28×2＝2599120.56元，二审法院应予纠正。二、原审判决将被上诉人主张的未完成的设备安装工程量1049689.29元从工程总价款中扣除错误。1、施工合同通用条款第九条竣工验收与结算第“32.8”款明确约定：“工程未经竣工验收或竣工验收未通过的，发包人不得使用。发包人强行使用时，由此发生质量问题及其他问题，由发包人承担责任”。2、2008年12月29日《临沂日报》第四版对涉案安装工程于2008年12月顺利投产的专题报道以及被上诉人反诉状关于上诉人的施工队伍于2009年1月4日撤离工地的内容已明确证实，被上诉人投产在前，上诉人撤离在后。被上诉人所谓的工程量未完成和设备安装问题造成的损失，完全与事实不符，未通知我方人员到场确认，也未经我方签字。被上诉人该生产线至2009年3月份达到正常，表明该生产线只经过2个月的调试就达到了设计水平，充分证明该生产线安装速度快，质量好。3、根据水泥生产线设备安装工程的实践和施工惯例，生产线点火之前必须完成生产线无负荷联运试车，不可能发生生产厂家未完成无负荷联运试车就点火烘窑的事情。该生产线于2008年12月26日点火，12月底投料试车。根据临恒会基审字（2015）第142号司法鉴定报告书所附的沂州经营【2009】12号《关于费县沂州水泥价格的通知》得出结论，被上诉人于2009年1月15日以前已形成批量生产。该鉴定书指出：“根据费县沂州水泥有限公司提供的会计资料，经核实，2009年1月至12月共计生产销售水泥和熟料2589725.8吨，实现净利润57484624.93元，平均每天净利润157492.12元。”被上诉人取得了良好的经济效益和社会效益。然而，被上诉人竟然在取得了良好经济效益和社会效益的情况下违背双方约定，不与上诉人进行工程结算，恶意拖欠工程款，恶人先告状。4、被上诉人沂州水泥公司严重违背了索赔程序。施工合同通用条款第十条违约、索赔和争议第36款第36.2项明确约定“索赔事件发生后28天内，向工程师发出索赔意向通知”。根据第142号司法鉴定报告书所附证据《说明》的出具时间，被上诉人提出索赔的时间为2009年3月15日，早已超过了合同约定的时间，该鉴定应属无效鉴定。被上诉人在2014年11月21日申请司法鉴定时，上诉人当即提出了异议书，表达了强烈的反对意见，上诉人认为，被上诉人申请司法鉴定是为了拖延诉讼时间和付款时间。上诉人从未收到相关资料和通知，因而本次鉴定是鉴定机构仅凭被上诉人提供的资料做出的，不能作为有效证据使用。5、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十三条规定：“建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，不予支持”。三、原审判决未撤销合同让利条款错误。虽然我方在该合同中承诺同意按固定价格计算工程造价，但是依据相关法律规定和司法解释的规定，固定价格并不是一成不变的，也可以根据有关规定进行变更。最高人民法院发布的《合同法司法解释二》第26条规定：“合同成立以后客观情况发生了当事人在订立合同时无法预见的、非不可抗力造成的不属于商业风险的重大变化，继续履行合同对于乙方当事人明显不公平或者不能实现合同目的，当事人请求人民法院变更或者解除合同的，人民法院应当根据公平原则，并结合案件的实际情况明确是否变更或者解除。”2008年实施的《建设工程工程量清单计价规范》第“4.7.6”款同样规定：“若施工期间市场价格变动超过一定幅度时，应按省级或者行业建设主管部门或其授权的工程造价管理机构的规定调整。”在涉案工程施工期间，钢材价格、人工费、设备租赁费大幅上涨，远远超过了合同约定的固定价格，加上抢工期，日夜苦干，已达到情势变更的情形。该让利条款应予撤销。四、原审判决对利息的认定错误。利息从2009年1月1日起按年利率5.5%计算（低于银行同期贷款利率5.94%），被上诉人应再支付利息2208107.97元。具体计算如下：l、总工程造价：30494300.68元（鉴定造价）＋1000000.00元（补钢材安装费）＋1299560.28元（补争议钢材厚度负偏差值）＝32793860.96元。2、质保金利息按七年计算：32793860.96元（总工程造价）×5%×5.5%×7＝631281.82元。3、剩余工程款利息按八年计算：【7305590.96元（工程欠款）－1639693.048元（质保金）】×5.5%×8＝2543585.41元。总利息（2＋3）：631281.82元＋2543585.4元＝3174867.23元。上诉请求利息：3174867.23元（总利息）－966759.26元（一审法院认定的利息）＝2208107.97元。综上所述，一审法院认定事实错误，判决结果不当。请二审法院查明事实，依法作出公正裁决，以维护上诉人的合法权益。
沂州水泥公司辩称，原审认定事实清楚，适用法律正确，应予维持。
十五冶金公司向一审法院起诉请求：一、判令沂州水泥公司立即支付工程款13139569元及利息。二、判令撤销施工合同中“乙方在结算总价基础上让利140万元”之条款。后申请增加诉讼请求为判令本案所涉工程的法定税收由被告代扣代缴，变更第一项诉讼请求为判令被告支付工程款8805590.96元（含利息），变更第二项诉讼请求为判令解除施工合同中“乙方在结算总价基础上让利140万元”之条款。
沂州水泥公司向一审法院反诉请求：判令十五冶金公司承担延误工期违约金43.5万元、分包违约金150万元，全部诉讼费用由十五冶金公司承担。
一审法院认定事实：2008年2月26日，十五冶金公司（乙方）与沂州水泥公司（甲方）签订了《费县沂州水泥有限公司5000t/d熟料新型干法旋窑水泥生产线机电设备安装工程施工合同》，约定沂州水泥公司建设的该项工程由十五冶金公司施工，开工日期为2008年3月10日，竣工日期为2008年10月10日。质量标准为全部安装工程合格率达到100%，采用固定综合单价计价。组成合同的文件有：一、本协议书，二、投标书及其附件，三、本合同专用条款，四、本合同通用条款，五、标准、规范及有关技术文件，六、图纸，七、工程报价单及预算书，双方有关工程的洽商、变更等书面协议或文件视为本合同的组成部分。在合同专用条款第六条为合同价款与支付，约定采用固定综合单价计价方式确定，价格不随市场变化波动。双方约定合同价款无其他调整因素。合同签署后10日内预付工程款为合同参考总价的20%，此款只能用于乙方购买材料、组织人员和设备进场、施工准备等。乙方进场并开始安装施工后的第三个月开始扣回预付款，四个月内扣完。按照工程实际进度，经甲方审核批准的工程量按照相应的合同固定综合单价计算出的总价的85%支付工程款。生产线点火后15日内支付相应固定综合单价总价95%，余款作为质保金在生产线点火并顺利投产满一年后15日内付完。作为优惠条件，乙方承诺在竣工投产结算确认后，乙方在结算总价的基础上让利140万元。第九条约定：竣工验收与结算，在工程竣工验收合格，生产线点火并投入生产运转满一个月后，甲方接收乙方竣工决算报告，并审核批复。最终结算值按本合同确定的固定综合单价乘以实际完成的工程量。工程量计算依据：施工图纸、设计变更、现场签证等。第十一条约定发包人同意承包人分包的工程为“无”。补充条款规定，未经甲方批准，乙方不得以任何方式分包本工程或本工程部分内容，一旦发现除乙方向甲方提供具有真实可信的书面资料外，同时给予其分包总价30%的经济处罚。由于乙方原因造成工程延误，每延期一天罚款20000元整。如乙方在机具、人员方面组织不力，未能在双方协商的日期完成，每拖延一天罚款5000元。在工期保证合同中约定，乙方违约造成工期延误，除承担由此造成的损失外，每延误一天罚款5000元，最高罚款不超过合同总价的5%。预算合同价款为27364900.94元。
合同签订后，十五冶金公司开始施工，沂州水泥公司支付工程款合计25488270.80元。
另查明，2008年4月1日，十五冶金公司项目部向沂州水泥公司出具报告一份，内容为：沂州水泥公司：因钢材价格的快速上涨，目前已使项目部材料亏损200多万元，给工程施工造成极大困难，在此，恳请业主给予酌情支持等。沂州水泥公司领导张怀连在该报告上书写内容如下：因钢材价格上浮，最后结账时给补安装费壹佰万元（如果材料下落或平时按合同执行）。2009年12月26日，沂州水泥公司该项工程举行投产庆典仪式。但因双方对合同履行等存在争议，2009年6月19日，沂州水泥公司向费县人民法院提起民事诉讼，要求法院判令十五冶金公司承担延误工程违约金43.5万元，承担分包违约金450万元，合计493.5万元。其余部分保留追偿的权利。
经十五冶金公司申请，一审法院委托山东中成信建设项目管理有限公司对工程造价进行鉴定。该会计师事务所作出鲁中成信司法鉴定第2013（001）号司法鉴定报告书，其鉴定结果为：30494300.68元（不含争议部分）。争议部分价值1299560.28元，即由于国标钢材厚度存在一定的负偏差，图纸工程量与实际工程量存在差异，其中非标设备制作安装工程部分图纸工程量为425.4706吨，实际工程量为404.197吨，差价为170380.26元；非标准件制作安装工程部分图纸工程量为781.965吨，实际工程量为742.867吨，差价316693.80元；预热器制作安装工程图纸工程量为555.555吨，实际工程量为519.8328元，差价325072.02元；窑尾钢塔架新增工作量图纸工程量为18.043吨，实际工程量为17.141吨，差价为8202.80元；窑尾钢塔架图纸工程量为1134.922吨，实际工程量为1082.262吨，差价为479206元，以上差价合计为1299560.28元。设备安装未完成工程量及沂州水泥公司主张的设备安装存在问题造成的损失等未涉及。十五冶金公司缴纳鉴定费300000元。
经沂州水泥公司申请，一审法院委托临沂恒正有限责任会计师事务所对涉案工程未完成工程量和损失进行司法鉴定。后该会计师事务所依据有关资料，对涉案双方当事人签订的施工合同、工作联系单等资料进行了查阅分析，并对工程现场进行实际勘察，作出临恒会基审字（2015）第142号司法鉴定报告书，其鉴定结果为：1、根据建筑工程施工合同、工作联系单及沂州水泥公司举证等有关资料，设备安装未完成工程量造价合计：1049689.29元，设备安装存在问题工程量造价合计815201.29元。2、根据沂州水泥公司提供的会计资料，经核实2009年1月至12月共计生产销售水泥和熟料2589725.8吨，实现净利润57484624.93元，平均每天净利润157492.12元。对于拖延工期天数问题，基于施工合同、工程竣工验收、场地设备材料供应情况等原因，双方对拖延工期天数争议很大，无法确定因拖延工期造成的全部损失。沂州水泥公司缴纳鉴定费40000元。
以上事实，主要有施工合同、鉴定报告、报告单、诉状、当事人陈述等为证，均已收集记录在卷中。
一审法院认为，十五冶金公司与沂州水泥公司签订施工合同，承揽涉案设备安装工程，系双方的真实意思表示，双方均无异议，予以确认。双方主要存在以下几个方面的争议。
一、关于施工合同中“乙方在结算总价基础上让利140万元”的条款是否应当解除的问题。施工合同中专用条款第六条约定：作为优惠条件，乙方承诺在竣工投产结算确认后，乙方在结算总价的基础上让利140万元。该条款已经双方协商一致，且与合同其他条款相辅相成，是双方合同能够签订成功的条件之一，因此，十五冶金公司要求撤销该条款没有事实和法律依据，不予支持。
二、关于沂州水泥公司是否应补偿原告安装费100万元的问题。2008年4月1日，十五冶金公司向沂州水泥公司递交报告一份，因钢材价格上涨，要求被告给予酌情支持。沂州水泥公司领导张怀连在该报告上书写内容如下：因钢材价格上浮，最后结账时给补安装费壹佰万元（如果材料下落或平时按合同执行）。虽然双方合同约定价格不随市场变化波动，合同价款无其他调整因素，但该承诺在合同签订之后，应视为对合同的补充或变更。同时，沂州水泥公司在向费县人民法院提起诉讼的诉状中也认可上述承诺。为此，被告认可钢材价格上涨并同意补给原告100万元的事实可以认定。现沂州水泥公司主张不应补偿100万元，不予支持。
三、关于十五冶金公司施工的工程量及工程价款的确认问题。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十九条规定：当事人对工程量有争议的，按照施工过程中形成的签证等书面文件确认。承包人能够证明发包人同意其施工，但未能提供签证文件证明工程量发生的，可以按照当事人提供的其他证据确认实际发生的工程量。本案中，经当事人申请，两次鉴定，山东中成信建设项目管理有限公司作出鲁中成信司法鉴定第2013（001）号司法鉴定报告书，对工程造价的鉴定结果为：30494300.68元（不含争议部分），争议的实际工程量比合同图纸工程量少145.79778吨，差价1299560.28元。由于双方在合同中约定：采用固定综合单价计价，工程结算时按实际工程量为准，因此对于工程量的差价，在本案中应予扣除。该鉴定报告对于设备安装未完成工程量及沂州水泥公司主张的设备安装存在问题造成的损失等未涉及。临沂恒正有限责任会计师事务所对涉案工程未完成工程量和损失进行司法鉴定，作出了恒会基审字（2015）第142号司法鉴定报告书，认定设备安装原告未完成工程量造价合计：1049689.29元，设备安装存在问题工程量造价合计815201.29元。《中华人民共和国民事诉讼法》第一百五十三条规定，人民法院审理案件，其中一部分事实已经清楚，可以就该部分先行判决。本案中，设备安装存在问题工程量造价虽然明确，但未就工程修复费用予以明确。所涉工程是否修复及修复费用，在本案中不再予以审理，当事人可另行主张，未完成工程量按双方约定应从工程款中予以扣除。
四、关于反诉问题。沂州水泥公司反诉十五冶金公司工期延误、违反合同约定进行分包，应承担违约金和损失。对于拖延工期天数问题，基于施工合同、工程竣工验收、场地设备材料供应情况等原因，双方对拖延工期天数争议很大，鉴定单位无法确定因拖延工期造成的损失，根据民事诉讼证据规则的规定，当事人对于自己的主张应提供证据予以证明，证据不充分的应承担举证不足的不利后果。对于沂州水泥公司反诉十五冶金公司拖延工期造成损失的主张，不予支持。同时对于沂州水泥公司反诉十五冶金公司违反合同分包的主张，因为只提交了分包合同的复印件，十五冶金公司不予认可，且沂州水泥公司没有提交其他证据证明，对沂州水泥公司反诉十五冶金公司承担分包违约金的主张，不予支持。
综上，可以确认：工程造价30494300.68元（不包括钢材不足的吨数的价值1299560.28元），十五冶金公司未完成工程量为1049689.29元，按合同约定让利140万元，沂州水泥公司因钢材价格上涨补偿十五冶金公司100万元，沂州水泥公司已经支付工程款25488270.80元。可以认定沂州水泥公司还应支付十五冶金公司2256780.31元。依照《中华人民共和国民法通则》第一百零八条、第一百三十四条第一款第四项规定，判决：一、费县沂州水泥有限公司于十日内支付中国十五冶金建设有限公司2256780.31元及利息（工程价款5%质保金1524715.03元的利息自2010年3月15日开始计算，余款732065.28元自2009年1月1日计算，均至本判决确定的履行之日止，按照中国人民银行同期贷款利率计算）。二、驳回中国十五冶金建设有限公司的其他诉讼请求。三、驳回费县沂州水泥有限公司的反诉请求。如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。本诉案件受理费100637元，由十五冶金公司负担83352.14元，由沂州水泥公司负担17284.86元；反诉案件受理费22514元，由沂州水泥公司负担。鉴定费合计340000元，由被告沂州水泥公司负担58396.53元，由十五冶金建公司负担281603.47元。
本院二审期间，经十五冶金公司申请，山东中成信建设项目管理有限公司的鉴定人员出庭接受了当事人质询，称：工程总造价30494300.68元中不含钢材负偏差值1299560.28元，计算工程量时是按实际钢材的重量计算的。本院据此认定，涉案工程总造价30494300.68元中不含钢材负偏差值1299560.28元。对一审查明的其他事实，本院予以认定。
本院认为，本案争议的焦点有五个：一是一审判决将钢材负偏差值1299560.28元从鉴定结论30494300.68元中扣除是否正确；二是一审判决十五冶金公司未完成工程量1049689.29元是否正确；三是一审判决未撤销合同让利条款并将合同约定的140万元让利款从工程款中扣除是否正确；四是一审判决对利息计算基数的认定是否正确；五是十五冶金公司主张的营业税发票及完税凭证问题。
一、关于一审判决将钢材负偏差值1299560.28元从鉴定结论30494300.68元中扣除是否正确的问题。从鲁中成信司法鉴定第2013（001）号《鉴定报告书》的鉴定结果【工程总造价30494300.68元（不含争议部分）】、《5000t/d回转窑生产线熟料段（A标段）安装工程量汇总表》及鉴定人员二审接受质询的意见看，该《鉴定报告书》在计算工程造价时是按钢材实际重量计算的，不包含有争议的钢材负偏差值。因此，一审法院将双方有争议的钢材负偏差值1299560.28元从鉴定总价30494300.68元中扣除，属于认定事实错误，应当予以纠正。十五冶金公司关于钢材负偏差值不应从30494300.68元工程造价中扣除的上诉理由成立，本院予以支持。当事人双方签订的《施工合同》第九条（竣工验收与结算）约定：“最终结算值按本合同确定的固定综合单价乘以实际完成的工程量计算；工程量依据施工图纸、设计变更、现场签证单等计算。”鉴定机构对于涉案工程，按照固定综合单价乘以实际完成的工程量计算工程总造价，符合该合同的约定。而且，据实结算对当事人双方来讲亦更为公平合理。因此，十五冶金公司关于还应在鉴定总造价30494300.68元的基础上增加有争议的钢材负偏差值1299560.28元的理由不能成立，本院不予支持。
二、关于一审判决十五冶金公司未完成工程量1049689.29元是否正确的问题。恒会基审字（2015）第142号未完成工程量司法鉴定报告是经当事人申请，由一审法院委托有关鉴定机构作出的，已经双方当事人质证，一审法院予以采信并据此对未完成工程造价作出认定是正确的。十五冶金公司主张鉴定材料是沂州水泥公司单方证据，鉴定结论与事实不符，但未提交其已完成该工程项目的具体证据予以反驳，一审法院对其主张不予支持正确。上诉人的其他上诉理由与所涉工程项目是否完成没有直接证明关系，不足以否定该鉴定报告的效力，本院不予采信。
三、关于一审判决未撤销合同让利条款并将合同约定的140万元让利款从工程款中扣除是否正确的问题。《施工合同》专用条款第六条（合同价款与支付）约定：“本合同价款采用固定综合单价方式确定，价格不随市场变化波动。”“作为优惠条件，乙方承诺在竣工投产结算确认后，乙方在结算总价的基础上让利140万元。”从上述约定内容看，该让利条款是双方签订该合同的条件之一，该让利条款的效力未附加任何条件，不受钢材价格上浮的影响。钢材价格上涨属于正常的商业风险，十五冶金公司应该能够预见到。十五冶金公司关于钢材价格大幅上涨，属于《最高人民法院关于适用<中华人民共和国合同法>若干问题的解释（二）》第二十六条规定的“合同成立以后客观情况发生了当事人在订立合同时无法预见的、非不可抗力造成的不属于商业风险的重大变化，继续履行合同对于一方当事人明显不公平或者不能实现合同目的，当事人请求人民法院变更或者解除合同的，人民法院应当根据公平原则，并结合案件的实际情况确定是否变更或者解除。”情形的理由，不能成立。而且，当钢材价格在合同履行期间出现上浮时，为支持十五冶金公司的施工，沂州水泥公司已同意补偿给十五冶金公司100万元。因此，十五冶金公司再以钢材价格出现上浮为由，要求撤销该让利条款，既不符合合同约定，也没有法律依据，本院不予支持。
四、关于一审判决对利息计算基数的认定是否正确的问题。鉴于钢材负偏差值1299560.28元未包含在工程造价中，因此，十五冶金公司将该1299560.28元钢材负偏差值计入工程造价中并作为计算利息基数的上诉理由成立，本院予以支持。
五、关于十五冶金公司主张的营业税发票及完税凭证问题。十五冶金公司在一审诉讼期间虽申请增加诉讼请求，但请求是判令本案所涉工程的法定税收由沂州水泥公司代扣代缴，而非上诉所主张的沂州水泥公司将代缴300000.00元营业税的发票及完税凭证原件提交十五冶金公司，且十五冶金公司也未按一审法院的要求补交诉讼费用，故一审法院对该诉讼请求未予审理，本院也依法不予审理。
综上所述，一审法院认定事实部分错误，十五冶金公司的上诉请求部分成立。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第二项规定，判决如下：
一、维持山东省临沂市中级人民法院（2010）临民一初字第15号民事判决第三项，即驳回反诉原告费县沂州水泥有限公司的诉讼请求；
二、撤销山东省临沂市中级人民法院（2010）临民一初字第15号民事判决第二项，即驳回原告中国十五冶金建设有限公司的其他诉讼请求；
三、变更山东省临沂市中级人民法院（2010）临民一初字第15号民事判决第一项为：费县沂州水泥有限公司于本判决生效后十日内支付中国十五冶金建设有限公司工程款3556340.59元（2256780.31元＋1299560.28元）及利息【质保金1524715.04元（工程造价30494300.68元×5%）的利息自2010年3月15日开始计算，余款2031625.55元（3556340.59元－1524715.04元）的利息自2009年1月1日开始计算，均计算至本判决确定的履行之日止，按照中国人民银行同期贷款利率计算】；
四、驳回原告中国十五冶金建设有限公司的其他诉讼请求。
如未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审本诉案件受理费100637元，由费县沂州水泥有限公司负担40255元，由中国十五冶金建设有限公司负担60382元；一审反诉案件受理费22514元，由费县沂州水泥有限公司负担。鉴定费合计340000元，由费县沂州水泥有限公司负担204000元，由中国十五冶金建设有限公司负担136000元。二审案件受理费62598元，由中国十五冶金建设有限公司负担46453元，由费县沂州水泥有限公司负担16145元。
本判决为终审判决。
审判长 崔勇
审判员 张豪
审判员 张磊
二〇一七年六月二十八日
书记员 李倩