四川省都江堰市人民法院
民 事 判 决 书
（2015）都江民初字第1320号
原告（反诉被告）：都江堰市玉垒民居小区三号楼A座玉垒名居业委会。住所地：四川省都江堰市灌口镇平义社区蒲阳路。
负责人：刘进，该业委会主任。
委托诉讼代理人：窦远腾，四川重德律师事务所律师。
被告（反诉原告）：四川明兴建设工程有限公司。住所地：四川省广安市五福南路。
法定代表人关祖明，董事长。
委托诉讼代理人：肖莉莎，北京市惠诚（成都）律师事务所律师。
委托诉讼代理人：邓君鹏，男，1992年11月18日，汉族，住四川省威远县，四川明兴建设工程有限公司职工。
原告都江堰市玉垒民居小区三号楼A座玉垒名居业委会（以下简称玉垒名居业委会）与被告四川明兴建设工程有限公司（以下简称明兴公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院于2014年8月27日作出（2014）都江民初字第1754号民事判决。明兴公司不服该判决，向成都市中级人民法院提起上诉。成都市中级人民法院于2015年1月30日作出（2014）成民终字第6525号民事裁定，发回重审。本院于2015年4月8日立案后另行组成合议庭，被告明兴公司于2015年6月3日提起反诉，本院审查后予以准许，本案审理期限从反诉受理之日起重新计算。原告（反诉被告）玉垒名居业委会的负责人刘进及其委托诉讼代理人窦远腾，被告（反诉原告）明兴公司的委托诉讼代理人肖莉莎、邓君鹏到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告玉垒名居业委会（反诉被告）向本院提出诉讼请求：1、判决明兴公司按合同约定和法律规定向玉垒明居业委会交付都江堰市玉垒名居小区X号楼A座房屋；判决明兴公司协助玉垒明居业委会办理综合验收、产权登记申请等手续。2、判决明兴公司按合同约定和法律规定向玉垒明居业委会提供完整的经济技术竣工资料和备案资料、工程质量保修书、住宅质量保证书和住宅使用说明书。3、判决明兴公司按合同约定和法律规定向玉垒明居业委会支付工期逾期违约金（①按合同原定总金额6613290.18元的1%按日计算，从2010年8月29日起计算至2011年7月26日止；②按合同原定总金额6613290.18元的1‰按日计算，从2011年7月27日起计算至2016年5月29日止）。4、判决明兴公司按合同约定和法律规定赔偿玉垒明居业委会逾期移交房屋（拒绝移交房屋和工程经济，技术档案资料和签署保修书）的违约、违法损害赔偿和侵权损害赔偿的损失（损失按照房屋租金标准进行计算，从2012年9月28日起计算至2016年5月29日止金额合计为4485111.83元）。5、判决明兴公司给玉垒明居业委会开具6779348.7元的建安发票。6、本案诉讼费用及鉴定费用由明兴公司承担。事实和理由：2010年8月29日，玉垒明居业委会与明兴公司签订了《建设工程施工合同协议书》，约定玉垒明居业委会将都江堰市玉垒名居小区3号楼A座房屋重建工程发包给明兴公司，工程建筑面积为5576.13平方米，工程单价为每平方米1186元，合同固定总金额为6613290.18元，合同工期为八个月。合同并对其他条款进行了约定。但合同签订后，明兴公司并未积极组织施工，2011年3月3日，该工程才实际开工。2011年7月27日，为加快进度，玉垒明居业委会与明兴公司签订了《建设工程施工合同补充协议》，明兴公司在《建设工程施工合同补充协议》中书面承认是自己的完全责任和违约行为，造成本工程不能正常开工和工期拖延，并完全遵守和承担原《工程建设施工合同协议书》中的权利和义务以及违约责任的前提下，协议对工期、违约责任等进行了重新约定，约定明兴公司每延误工期一天，按日支付合同总金额的1‰作为违约金。玉垒明居业委会在施工过程中按合同约定，按时并提前积极给付工程款，累计已经给付约6779348.7元工程款。但由于明兴公司违约造成工期严重延误。时至今日，明兴公司拒绝交付工程和工程技术、经济档案资料和签署工程质量保修书。工程于2012年9月28日竣工验收后，玉垒明居业委会即要求明兴公司移交房屋，但是明兴公司拒绝移交。为维护自身合法权益，玉垒明居业委会诉至贵院，请依法判决。
被告明兴公司（反诉原告）辩称，一、明兴公司不应当支付工期逾期违约金，理由是玉垒名居业委会在合同履行过程中，未按照合同约定时间节点支付工程款，违约拖欠工程款，导致工期延误。二、明兴公司不应当承担逾期移交房屋的违约责任，理由是明兴公司不交付房屋的行为是行使合同履行抗辩权，不应承担延期交房的违约责任。竣工验收后，玉垒名居业委会应该先向明兴公司支付工程款，明兴公司再向玉垒名居业委会交付房屋。综合以上答辩理由，请求法院依法驳回原告的诉讼请求。
反诉原告明兴公司向本院提出反诉诉讼请求：1、请求依法判令玉垒名居业委会向明兴公司支付剩余的工程款721544.84元；2、判令玉垒名居业委会向明兴公司支付违约金，截止2016年5月10日为3944775.9元（计算标准为承包人工金额的1‰每天，自2011年7月27日起至应付工程款支付完毕之日止）；3、判令玉垒名居业委会退还明兴公司的履约保证金30万元及延期退还的损失，截止2016年5月10日损失为90000元（自2011年7月27日起以中国人民银行同期贷款利率进行计算，计算至支付完毕之日止）；4、判令玉垒名居业委会赔偿因拖延支付工程款给明兴公司造成的经济损失及看守工地的人工工资，截止2016年5月10日经济损失为147196元，看守工地的人工工资为240800元合计387996元（经济损失以玉垒名居业委会拖延支付工程进度款金额为计算依据，自拖延支付之日起以中国人民银行同期贷款利率进行计算，计算至支付完毕之日止；人工工资按照每人每月2800元，共两人，自2012年9月28日起计算至工程款付清为止）；5、判令玉垒名居业委会承担全部诉讼费用及鉴定费用4万元。事实和理由：2010年8月29日，明兴公司与玉垒名居业委会签订了《建设工程施工合同》,约定由明兴公司对玉垒名居业委会的都江堰市玉垒名居小区三号楼A座项目进行重建，工程单价为1196元／㎡，合同总价款为6703197元，最终以实际工量结算。后于2011年7月27日，明兴公司与玉垒名居业委会签订了《建设工程施工合同补充协议》，对部分内容进行了变更和补充约定。并且明兴公司向玉垒名居业委会缴纳30万元履约保证金。工程项目完工后，经双方结算，工程总价款为7691656.12元。但是玉垒名居业委会否认该结算金额，于是明兴公司对增加的工程量申请司法造价鉴定，经鉴定增加的工程量造价为797696.54元，则最终的结算金额应为7500893.54元。而截止目前，玉垒名居业委会仅向明兴公司支付了6779348.7元工程款，尚久721544.84元工程款未支付。明兴公司已缴纳的30万履约保证金也未得到退还。在项目施工过程中，由于玉垒名居业委会拖延支付工程款、增加工程量、变更设计等原因，导致工期延误。在工期延误期间，明兴公司仍需对其工人支付人工工资，设备租金等，导致明兴公司产生了巨大的经济损失。故明兴公司提起反诉，请求法院将本诉与反诉合并审理，维护明兴公司的合法权益。
反诉被告玉垒名居业委会辩称，一、玉垒名居业委会已经按时足额支付工程款，每次均提前支付，不存在逾期支付情况，且已经超付21万余元。明兴公司要求支付工程款及拖延付款损失的反诉请求不能成立。根据玉垒名居业委会提交的付款凭证及付款明细，截止2014年1月15日，玉垒名居业委会已经付款6779348.7元,在工程的各个阶段玉垒名居业委会在付款时均是提前支付。玉垒名居业委会不存在逾期付款的情形。明兴公司提出的变更增量价款部分，仅仅只有11000元的价款符合双方合同的约定，玉垒名居业委会认可变更增量的价款为11000元。同时根据成都古堰房地产评估咨询有限公司提供的测绘数据，实际工程面积为5529.70平方米，实际工程款为5529.70*1186元／㎡+11000元=6569224.2元。玉垒名居业委会已经付款6779348.7元减去实际应付工程款6569224.2元=210124.5元，此为玉垒名居业委会超付的金额，明兴公司应当予以返还，玉垒名居业委会保留此诉权。因此，明兴公司要求玉垒名居业委会支付工程款及承担逾期付款的违约责任不能成立。二、明兴公司提出的判令玉垒名居业委会向明兴公司支付违约金，暂定7.69万元（计算标准为承包人工金额的l‰，每天自2011年7月22日起至应结工程款支付完毕之日止的请求不能成立。事实上，发包人每次都提前几个月多支超百万元的工程结算款给明兴公司，不存在违约行为。明兴公司在整个合同履约过程中，至工程完工从未向发包人发出过任何索赔报告及有关资料。三、明兴公司要求退还履约保证金30万元的反诉请求不能成立。明兴公司并未提交其支付30万元履约保证金的转款凭证及收据，且根据协议书的约定，应当支付的履约保证金并不是30万元，玉垒名居业委会的函件因经办人不熟悉情况写错了函件，且明兴公司对函件的内容并未认可，其主张自相矛盾。故不能认定明兴公司已经支付了30万元履约保证金。四、明兴公司要求玉垒名居业委会承担看守工地的人工工资不合理。明兴公司拒不交付案涉房屋，看守责任应当由明兴公司自行承担。综上，明兴公司的反诉请求不能成立。请求法院驳回其全部反诉请求。
当事人围绕诉讼请求依法提交了证据，本院组织当事人进行了质证。对当事人无异议的下列证据：玉垒名居业委会和明兴公司工商登记信息、《建设工程施工合同协议书》、《建设工程施工合同补充协议》、地基与基础分布工程质量验收报告、主体结构分布工程质量验收报告、都江堰市质监站文件、付款凭证和付款明细、情况说明、竣工验收报告、《关于要求四川明兴建设工程有限公司严格按照工程施工合同法律约定内容履约移交房屋和资料的函》等，本院予以确认并在案佐证。
双方当事人当庭对以下事实表示无异议或者对以下文件的真实性予以认可，本院予以确认：一、2010年8月29日，玉垒名居业委会作为协议的甲方与明兴公司作为协议的乙方签订《建设工程施工合同协议书》。该协议书载明以下内容：“……一、工程承包范围：以发包人提供的施工图所示房屋散水以内，建筑面积5576.13平方米。三、合同工期：八个月。l、开工时间：中标通知签发后，7日内签订正式合同时间作为本工程合同工期的开工时间；……2、工程单价：每平方米1196元（其中监理费10元／m2，由甲方扣除后，直接拨付监理公司）。……八、本工程合同履约保证金：乙方在签订合同三日内，向甲方交纳本工程合同总金额的5%，即元作为本工程合同履约保证金，甲方在第一次拨付工程款时退还履约保证金总额的40%，第二次拨付工程款时退还履约保证金总额的40%，工程完工后退还剩余的全部的履约保证金。九、工程款（进度款）支付。l、本工程二层主体完工验收后（指三层地面以下的一层、二层和基础），由甲方向乙方支付合同总金额的40%工程款；2、工程主体断水完工验收后，甲方向乙方支付合同总金额的30%工程款；3、本工程全部工程完工验收后，甲方向乙方支付合同总金额的25%工程款；4、合同总金额5%的工程质保金：在交房后一年内全部退还。5、工程款的拨付：由业主和重建业委会承担连带责任。……十二、工程竣工后，乙方应通知甲方验收，甲方接到验收通知后应及时组织验收，并办理验收移交手续，若甲方未及时组织验收，应承认乙方验收通知日期为竣工日期，并承担乙方的现场看守费。十三、违约责任。1、因甲方的责任未能按约定的工程进度向乙方拨款（验收后五个工作日内）造成乙方停工的，除工期顺延外，同时赔偿乙方本工程合同总金额的1%的违约金。2、因乙方的原因造成本工程未能按期竣工，每拖延一天，乙方负责赔偿甲方本合同总金额1%的违约金。3、因乙方的原因，造成本工程无故停工3日以上，经甲方调解协商仍不复工，甲方有权单方面解除合同，并要求乙方赔偿相应的一切损失，同时乙方的合同履约保证金和未结算工程款，作为乙方向甲方交纳的违约赔偿损失处理……”。在协议落款处，有甲乙双方盖章和双方代表签名。
二、2011年7月27日，玉垒名居业委会与明兴公司签订《建设工程施工合同补充协议》（以下简称补充协议），该协议书载明以下内容：“……一、合同工期：按承包人协助发包人办理完施工许可证之日起；八个月（春节顺延15天）。……七、违约责任：承包人和发包人对等，若承包人每延误工期一天，赔偿发包人合同总金额的1‰每天作为违约金；若发包人按合同拖延一天，支付应结工程款，赔偿承包人工金额的1‰每天作为违约金……”。在协议落款处，有甲乙双方盖章和双方代表签名。该协议实质上变更了双方在《建设工程施工合同》中对工期天数、起算时间以及违约责任的约定。
三、《四川省房屋建筑工程和市政基础设施工程竣工验收报告》，该报告书载明工程名称、建设单位、建筑面积、工程地址、监理单位、勘察单位、设计单位、施工单位、质量监督机构、竣工验收等内容。该验收报告最后一页分别由建设单位，勘察单位，设计单位，施工单位，监理单位盖章及各相关单位负责人签名，案涉工程竣工验收之日为2012年9月28日。
四、在本案进行鉴定的过程中，双方认可案涉工程总建筑面积为5535.84㎡，案涉工程总造价根据双方签订的合同中对案涉工程是按固定单价1186元/㎡（合同约定为1196元/㎡，但是其中10元是监理费，由原告方直接支付给监理公司，实际的固定单价是1186元/㎡）来计算工程价款，则按双方合同约定计算的工程总造价应为：5535.84㎡×1186元/㎡=6565506.24元，经明兴公司申请对增加部分工程量造价进行鉴定，鉴定报告书确认增加工程量造价为797696.54元，明兴公司认定的工程总造价797696.54+6565506.24=7363202.78元。
五、至本案原告起诉之日2014年6月11日，玉垒名居业委会已支付给明兴公司案涉工程款合计为6779348.7元。
六、案涉房屋至今没有直接向业委会交付，明兴公司直接向部分业主交付了房屋。
七、明兴公司于2011年11月1日向玉垒名居业委会发出《公函》，该函内容为：“都江堰市玉垒名居3幢A座房屋（玉垒名居C-22-10）灾后重建业主委员会：我公司承建的玉垒名居3幢A座房屋（玉垒名居C-22-10）工程已全部竣工，并于2012年9月28日进行了竣工验收。竣工决算于2012年10月27日交于贵方。由于该工程单价偏低未支付完工人人工费，为了避免工人发生危险行为。请在收到该函后先于支付按照合同价款剩余工程款110万及工程风险保证金30万合计140万（大写壹佰肆拾万），来解决支付工人工资。若未解决支付工人工资，由此造成的一切后果由都江堰市玉垒名居3幢A座房屋（玉垒名居C-22-10）灾后重建业主委员会承担。该函由业主方的副主任匡宁签收。
八、玉垒名居业委会于2013年11月10日向明兴公司发出《关于要求四川明兴建设工程有限公司严格按照工程施工合同法律约定内容履约移交房屋和资料的函》，该函载明有以下内容：“……8、已支付合同全部工程款6322041元，退还履约保证金300000元，共计：6622041元……”。
九、本案审理过程中，经玉垒名居业委会申请，本院组织双方当事人共同选定的鉴定机构四川天衡房地产评估有限公司于2016年3月30日作出川天衡房评[2016]字第04-03号《房地产司法鉴定估价报告》。该报告书载明如下内容：“……价值时点：本欢估价的价值时点为价值期间，根据人民法院《司法鉴定委托书》要求价值期间为2012年9月28日起至明兴公司实际交付房屋之日止。由于明兴公司至今尚未交付房屋给重建业委会，估价人员现场查勘完成时间为2016年3月18日，故价值期间确定为2012年9月28日起至2016年3月18日为止。……估价对象：都江堰市玉垒名居小区三号楼A座1-5层，规划用途为3-5层住宅、1-2层为商业，框架结构，建筑面积合计为5529.70㎡，竣工于2012年。……在满足本报告所述估价假设与限制条件，并符合价值类型及定义条件下，评估结果如下：评估结果分别将2-5层住宅租金、1层商业租金、2层商业租金在2012年9月-2013年9月，2013年9月-2014年9月，2014年9月-2015年9月，2015年9月-2016年3月，2016年3月-2017年3月的平均租金进行了评估”。
十、本案审理过程中，经明兴公司申请，本院组织双方当事人共同选定的鉴定机构四川京都君益工程造价咨询事务所有限公司作出川京都工鉴字[2015]第009号《司法鉴定书》，该鉴定书载明以下内容：“……（四）鉴定对象：对明兴公司与玉垒名居重建业委会建设工程施工合同纠纷一案所涉的增加的工程量造价进行鉴定。……二、鉴定过程：1、接受鉴定业务委托，组建项目部。2、明确鉴定目的、鉴定对象和范围。3、拟定鉴定方案。4、现场勘验，测量。5、分析确定鉴定结果，撰写鉴定说明。6、本所内部审核检验鉴定结果。7、提交建筑工程造价司法鉴定报告。8、建立项目档案。……（四）鉴定程序l、四川省都江堰市人民法院于2015年12月4日组织我公司相关工程师、明兴公司现场代表、玉垒名居重建业委会代表，对工程现场进行了查勘，并对若干问题进行记录。2、我公司相关工程师根据法院送鉴资料及现场查勘的情况，对委托鉴定范围的工程内容进行了工程量计算及定额组价。四、鉴定意见。明兴公司建设施工的“江堰市玉垒名居小区三号楼A座”项目委托鉴定范围的工程内容，工程造价金额为691699.81元。在司法鉴定书作出后，鉴定机构又向本院补充提交了《对“川京鉴[2015]工鉴字第009号司法鉴定书”的补充鉴定意见书》。该补充鉴定意见书载明以下内容：“……现对该部分工程量进行补充鉴定意见如下：1、根据提供的安全文明评分表计取相应费率后，增加造价金额为14041.50元（含税金）。2、根据提供的规费取费证计取相应费率后，增加造价金额为7241.86元（含税金）。3、基础超深增加地梁补充鉴定增加造价金额为：84713.37元。以上三项增加费用合计为：105996.73元。因此，明兴公司施工的“江堰市玉垒名居小区三号楼A座”项目委托鉴定范围的工程内容，除已出具（川京鉴[2015]工鉴字第009号司法鉴定书）工程造价691699.81元外，补充鉴定计取安全文明施工费及规费、基础超深增加地梁后增加造价金额为105996.73元。
对有争议的证据和事实，本院认定如下：一、玉垒名居业委会和明兴公司在合同履行过程中均有违约行为。《建设工程施工合同协议书》第九条约定：“工程款（进度款）支付。l、本工程二层主体完工验收后（指三层地面以下的一层、二层和基础），由甲方向乙方支付合同总金额的40%工程款；2、工程主体断水完工验收后，甲方向乙方支付合同总金额的30%工程款；3、本工程全部工程完工验收后，甲方向乙方支付合同总金额的25%工程款”，依据本院查明的事实，因为双方合同实际的履行过程中，并没有对二层进行验收，所以，第一次支付工程款时间应以《地基与基础分部工程质量验收报告》中载明的时间作为双方约定的第一次工程款支付时间，即2011年10月28日作为双方第一次支付工程款的时间，这时玉垒名居业委会依照合同约定应付2626202元，实际已付390万，故玉垒名居业委会在约定的第一次付款时间到达时，足额支付了工程款；第二次付款的时间应以《主体结构分部工程质量验收报告》载明的时间即2011年12月7日作为双方第二次付款时间，这时玉垒名居业委会依照合同约定应付1969651元，实际已付260余万，故玉垒名居业委会在约定的第二次付款时间到达时，也足额支付了工程款；案涉工程全部工程完工验收的时间，应以《竣工验收报告》载明的时间即2012年9月28日作为全部工程完工之日，在第三次约定的付款时间到达时，案涉工程总造价7363202.78元减去玉垒名居业委会已支付给明兴公司案涉工程款6779348.7元=583854.08元，玉垒名居业委会因欠付583854.08元在第三次约定的时间点上也构成了违约。明兴公司没有在合同约定的时间竣工，并在玉垒名居业委会已经付清大部分工程款的情况下拒不交付房屋等行为构成违约。
二、关于案涉房屋的具体交付情况。因原、被告双方对案涉房屋的交付情况不能形成一致意见，二〇一六年八月三十日，经本院承办法官到都江堰市玉垒名居小区3号楼A座房屋现场查看案涉房屋的交付情况，确认以下交房情况：1、案涉商铺全部没有交付给业主，经现场查看，一楼和二楼的商铺全部处于被查封的现状；2、双方确认的已经交房的业主为杜荣华、汪靖、许蓉、刘秀玲、李康、孙剑飞、谢凯、丁宇共八户；3、至今没有交房的住宅业主系吴强、倪秀忠、金燕、苏国华、王春梅、林广蜀、朱玉平共七户。4、双方没有确认，但是，承办法官现场查看已经入住的有冉红卫、古荣华、刘斌等三户。一楼、二楼商铺和没有交房的七户业主根据司法鉴定报告书确定的各年度租金标准，从2012年9月28日起计算至2016年5月29日止的租金共计2347626.21+1270821.12+335698.52=3954145.85元。
本院认为，本案本诉部分双方争议焦点为：一、被告明兴公司是否存在延误工期和逾期移交工程的违约行为；二、明兴公司是否应当赔偿逾期交付房屋给玉垒名居业委会造成的损失。
本案反诉双方争议焦点为：一、玉垒名居业委会是否应当给付明兴公司增加工程量相应的工程款；二、重建业委会是否存在拖延给付工程款的违约行为；三、玉垒名居业委会是否应当退还明兴公司履约保证金30万元；四、玉垒名居业委会是否应当支付明兴公司拖延工程款的经济损失及看守工地的人工工资损失。
一、在整个施工合同履行过程之中，玉垒名居业委会与明兴公司是否存在违约行为的问题。经查明，合同双方在合同履行过程中，签订了补充协议，对部分内容进行了变更和补充约定。但在双方协议签订了补充协议后，在合同的履行中双方均存在违约行为，在实际施工过程中双方也并未完全按照合同约定的施工内容履行合同。因此，原告玉垒名居业委会要求被告明兴公司支付工期逾期违约金的诉讼请求与被告明兴公司反诉中要求原告玉垒名居业委会支付违约金的反诉诉讼请求，本院均不予支持。
二、明兴公司是否应当赔偿玉垒名居业委会因逾期移交房屋的损失。明兴公司依照合同约定，在工程竣工验收后，有义务向玉垒名居业委会交付案涉房屋，但在玉垒名居业委会仅欠付占总工程款不到十分之一的工程款，并且该部分工程款还是在本次发回重审后，经过司法鉴定才确定欠付工程款具体金额的情况下，明兴公司迟延交付案涉房屋扩大了损失，明兴公司理应对此损失承担赔偿责任。但鉴于玉垒名居业委会自身也存在违约行为，对此项损失的发生也有一定的责任，本院认为，应由玉垒名居业委会对该项损失承担40%的违约责任。逾期移交房屋的损失是以案涉房屋的租金为标准计算损失金额的，对明兴公司已经交付的房屋和法院现场调查事实上已经占有并使用案涉房屋的业主所占房屋的面积不应当再计算该项赔偿金。部分业主在本院调查现场时提出其系今年才自行进入房屋，要求明兴公司赔偿租金的请求，因在本案法庭辩论终结之前，原告玉垒名居业委会没有提交过相关的证据对该事实加以佐证，依据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第九十条第二款“在作出判决前，当事人未能提供证据或者证据不足以证明其事实主张的，由负有举证证明责任的当事人承担不利的后果”之规定，因为部分已经占有房屋的业主没有提交相应的证据证明其事实主张，其请求本院不予支持。对案涉房屋中商铺和住宅部分根据司法鉴定书中确定的租金标准应得的赔偿金额为3954145.85元，玉垒名居业委会自行承担该损失金额的40%，明兴公司承担该项损失的60%即2372487.51元。
三、对于玉垒名居业委会对明兴公司在案涉工程中增加的工程量是否应当支付相应工程款的问题。对于增加工程量，原、被告双方在最初签订的合同中有明确约定，至双方诉至本院时，因双方没有办理结算，经明兴公司申请，本院委托鉴定机构对明兴公司增加工程量进行了司法鉴定，鉴定机构及鉴定人员具有相关资质，整个鉴定程序科学、合法，鉴定结论本院应予采纳，明兴公司增加的工程量造价有司法鉴定书和后来的补充鉴定意见书加以确定，金额为691699.81元和105996.73元，两者相加为797696.54元。案涉工程总造价为7363202.78元减去玉垒名居业委会已支付给明兴公司案涉工程款6779348.7元，玉垒名居业委会尚欠付明兴公司工程款583854.08元，明兴公司诉讼请求中超越该金额的部分，本院不予支持。
四、关于玉垒名居业委会是否应当退还明兴公司履约保证金30万元的问题。虽然明兴公司没有提交支付该项保证金的付款凭证，但综合全案的证据，履约保证金在双方最初签订的协议第八条有明确约定，这是明兴公司的一项权利，双方在签订合同的三天内，明兴公司即应当向玉垒名居业委会交付该款。明兴公司于2011年11月1日向玉垒名居业委会发出《公函》中，明确表示了要求玉垒名居业委会“请在收到该函后先于支付按照合同价款剩余工程款110万及工程风险保证金30万合计140万”，而且玉垒名居业委会于2013年11月10日向明兴公司发出函的第二条第8项中载明：“已支付合同全部工程款6322041元，退还履约保证金300000元，共计6622041元”，依据该函表述内容，玉垒名居业委会认可了履约保证金，并表示该项保证金已经退还，因此，本院认为，综合全案证据，在玉垒名居业委会已经自认收取了履约保证金的情况下，应当依照合同约定，在工程完工后全部退还该履约保证金。庭审查明在双方认可的已付款中均是工程款，并没有明确该保证金已经支付在其中任何一笔款中。如果玉垒名居业委会认为已经退还给了明兴公司，则应当补交相应的工程款。至于明兴公司要求玉垒名居业委会给付延期退还履约保证金的利息损失，因该履约保证金并没有约定逾期支付的违约责任，故明兴公司请求玉垒名居业委会支付逾期利息的诉讼请求本院不予支持。
五、关于明兴公司反诉诉讼请求中要求玉垒名居业委会赔偿因拖延支付工程款给明兴公司造成的经济损失及看守工地的人工工资的问题。因工程完工后，逾期交房的主要责任在明兴公司，明兴公司答辩中称不交房是因为玉垒名居业委会没有支付完工程款的理由不能成立，明兴公司如果认为玉垒名居业委会欠付本公司工程款，理应采取合法的方式如向法院提起诉讼等加以解决。其拒不移交房屋的行为扩大了损失，看守工地的人工工资等也理应由明兴公司自行承担，故明兴公司的该项反诉诉讼请求本院依法不予支持。
六、建设工程施工合同的主体是玉垒名居业委会，依据合同的相对性原理，明兴公司应当向玉垒名居业委会交付案涉房屋，而不应当直接向玉垒名居小区的业主交付房屋。因本案中，明兴公司在案涉工程竣工验收后，已经向小区业主交付一部分房屋，故玉垒名居业委会请求明兴公司交付案涉房屋的诉讼请求，本院应予支持。但对于明兴公司已经交付房屋以及已经实际占有房屋的业主，则无权再要求明兴公司交付房屋。
七、明兴公司是否应当协助玉垒名居业委会办理产权登记申请等手续的问题。明兴公司作为案涉工程的承建方，有义务提交与案涉工程相关的经济技术竣工资料和备案资料、工程质量保修书、住宅质量保证书和住宅使用说明书及案涉房屋竣工综合验收备案资料，但明兴公司没有法定义务要协助发包方玉垒名居业委会办理房屋产权证和国有土地使用权证。故玉垒名居业委会请求判决明兴公司协助玉垒名居业委会办理产权登记申请等手续的诉讼请求本院依法不予支持。
八、玉垒名居业委会已经支付给明兴公司案涉工程款6779348.7元，明兴公司理应向玉垒名居业委会开具6779348.7元的建安发票，玉垒名居业委会的该项诉讼请求本院予以支持。
综上所述，依照《中华人民共和国合同法》第八条、第四十四条、第六十条、第一百零九条、第一百一十三条、第一百一十四条、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十三条、《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第九十条第二款之规定，判决如下：
一、四川明兴建设工程有限公司于本判决生效之日起七日内向都江堰市玉垒民居小区三号楼A座玉垒名居业委会交付都江堰市玉垒名居小区3号楼A座房屋；
二、四川明兴建设工程有限公司于本判决生效之日起七日内向都江堰市玉垒民居小区三号楼A座玉垒名居业委会提供完整的经济技术竣工资料和备案资料、工程质量保修书、住宅质量保证书和住宅使用说明书及案涉房屋竣工综合验收备案相关资料；
三、四川明兴建设工程有限公司于本判决生效之日起七日内向都江堰市玉垒民居小区三号楼A座玉垒名居业委会支付逾期移交房屋的损害赔偿金2372487.51元；
四、四川明兴建设工程有限公司于本判决生效之日起七日内给都江堰市玉垒民居小区三号楼A座玉垒名居业委会开具6779348.7元的建安发票;
五、都江堰市玉垒民居小区三号楼A座玉垒名居业委会于本判决生效之日起七日内向四川明兴建设工程有限公司支付欠付工程款583854.08元；
六、都江堰市玉垒民居小区三号楼A座玉垒名居业委会于本判决生效之日起七日内退还四川明兴建设工程有限公司的履约保证金30万元;
七、驳回原告都江堰市玉垒民居小区三号楼A座玉垒名居业委会的其他诉讼请求；
八、驳回反诉原告四川明兴建设工程有限公司的其他诉讼请求。
如未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本诉案件受理费42880元，鉴定费26000元，两项合计68880元，由都江堰市玉垒民居小区三号楼A座玉垒名居业委会负担27552元，四川明兴建设工程有限公司负担41328元。反诉案件受理费33201元，减半收取16600元，由都江堰市玉垒民居小区三号楼A座玉垒名居业委会负担3320元，四川明兴建设工程有限公司负担13280元，反诉案件鉴定费40000元，由都江堰市玉垒民居小区三号楼A座玉垒名居业委会负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于四川省成都市中级人民法院。
审 判 长 邹荣杰
审 判 员 邓安宁
人民陪审员 肖 星
二〇一六年八月三十一日
书 记 员 王梦曦