广西壮族自治区北流市人民法院
行 政 判 决 书
（2015）北行初字第9号
原告广西玉林新业公路有限公司，住所地：玉林民主南路石油公司宿舍旁。
法定代表人张展翔，董事长。
委托代理人陈锐，广西振祺律师事务所律师。
被告玉林市玉州区国家税务局，住所地：玉林市一环东路56号。
法定代表人梁明，局长。
委托代理人李天恒，广西金大地律师事务所律师。
委托代理人：梁晶，玉州区国家税务局干部。
原告广西玉林新业公路有限公司不服玉林市玉州区国家税务局税务行政征收决定，向玉林市中级人民法院提起行政诉讼。玉林市中级人民法院作出裁定，指定案件由北流市人民法院管辖。本院于2015年3月12日受理后，于2015年3月20日向被告送达了起诉状副本及应诉通知书。本院依法组成合议庭，于2015年4月16日公开开庭审理了本案。原告委托代理人、被告委托代理人到庭参加诉讼。本案现已审理完毕。
被告玉林市玉州区国家税务局依照《中华人民共和国企业所得税法》等法律、法规、规章及相关规范性文件在征收原告2013年度企业所得税时，按25%的税率征收了原告的企业所得税并加收税款滞纳金。
被告玉林市玉州区国家税务局于法定期限内向本院提供了作出被诉行政行为的证据、依据，（一）、事实和程序类证据：证据1、关于申请继续减按15%税率征收企业所得税的报告、新业公司营业执照及税务登记证、广西发改委关于认定新业公司为鼓励类外商投资企业的批复、企业所得税税收优惠年度复核表、收入明细表、总收入明细表、新业公司汇算清缴申报表、新业公司2013年度财务报表，证明2014年5月30日新业公司向玉州区国家税务局的提交资料办理2013年度企业所得税税收优惠审核确认手续，其年度总收入为26341106.78元，其收入明细表的“税收优惠产品名称”栏下写明是“通行费收入”；证据2、提前撤销324国道玉林秀水收费站补偿协议书、新玉公司2013年6月第20号记账作证、新业公司2013年6月第60号记账凭证、新业公司农业银行客户入账回单，证明新业公司所申报的总收入中包括因撤销秀水收费站而获得的政府补偿款8782200元，该笔补偿款不是公路通行费收入，其公司会计记账凭证也表明是因“其他业务收入”，因此该笔补偿款不是主营业务收入，新业公司2013年度的主营业收入达不到总收入的70%；证据3、玉市国税函（2014）37号批复，证明玉林市国家税务局于2014年7月14日作出批复，明确企业因撤销秀水收费站取得的补偿款不能计入鼓励类项目收入享受西部大开发减按15%税率征收企业所得税的优惠；证据4、玉区国税受（2014）第54号税收优惠事项受理通知书及送达回证、玉区国税不予确认（2014）3号税收优惠事项不予确认通知书及送达回证，证明玉州区国家税务局于2014年5月30日受理新业公司提出的企业所得税税收优惠事项申请，7月23日作出不予确认通知书，程序合法；证据5、新业公司2014年7月15日汇算清缴补充申报表、新玉公司2014年7月15日补缴税款及滞纳完税凭证，证明新业公司在玉州区国家税务局作出不予确认通知之前，已补充申报并补缴税款及滞纳金。（二）税务行政征收行为法律依据：1、企业所得税法；2、税收征收管理法；3、财税（2011）58号通知；4、国家税务总局2012年12号公告；5、国家税务总局税收减免管理办法（试行）；6、广西国家税务局企业所得税税收优惠管理办法（试行）；7、广西国家税务局企业所得税税收优惠管理办法（试行）补充事项的公告；8、公路经营企业会计制度。
原告广西玉林新业公路有限公司诉称：原告是经工商管理部门依法登记的中外合作有限责任公司，经营范围是石南过境路和石南至大江口公路及附属设施、沿线设施及配套与服务设施的经营管理。经批准设立的玉林秀水收费站收取的车辆通行费，是原告取得公路经营收入的主要来源。批准的收费期限是1997年起至2026年12月31日止。该经营项目属于国家发改委第9号令《产业结构调整指导目录（2011年末）》、《外商投资产业指导目录》（2011年修订）第一大类《鼓励外商投资产业目录》第五类第4：“公路、独立桥梁和隧道的建设、经营”所列范围，根据财政部、海关总署、国家税务总局《关于深入实施西部大开发战略有关税收政策问题的通知》（财税【2011】58号）第二条：“自2011年1月1日至2020年12月31日对设在西部地区的鼓励类产业企业减按15%的税率征收企业所得税”的规定，原告依法可以享受且在2011、2012年度中也实际得到了享受该项税收优惠政策。2013年，玉林市政府根据城市发展的需要，要求提前撤销秀水收费站，玉林市政府与包含原告在内的六家相关公司反复协商，于2013年6月14日签订了《提前撤销324国道玉林秀水收费站补偿协议》，确定秀水收费站于2013年6月30日前撤销，由玉林市政府分六年支付补偿款3.06亿元给六家公司，补偿原告的路费收入损失。协议生效后，玉林市政府向原告支付了首期补偿款8782200元。在被告征收企业所得税前，玉林市玉州地税部门已经认定补偿款实质是政府提前为车主支付公路通行费，应视同取得了公路通行费收入，应按规定征收营业税，并于2013年7月15日，以原告取得的8782200元补偿款收入为基数，按5%的税率实际向原告征收了营业税税款491803.2元。而被告玉州区国税局在按15%的税率预征了原告2013年度的企业所得税后，一直到玉林市国税局于2014年7月14日给玉州区国税局的批复明确撤站补偿款不属于营业收入，不能享受西部大开发优惠政策中关于按15%征收企业所得税的态度后，被告才于2014年7月中旬核定原告2013年度的企业所得税按25%计证，除去已预征的15%外，需补征10%税款，另外还加收了滞纳金，并于2014年7月15日完税。被告核定原告的2013年度企业所得税能否享受西部大开发政策中减按15%税率征收的优惠待遇时，错误认定原告的补偿款收入不是营业收入，而是其他收入，导致其在核定原告2013年的企业所得时，原告通过收费站所收取的车辆通行费无法达到主营业收入70%以上，从而认定原告的2013年度企业所得税不能享受西部大开发政策中减按15%税率征收的优惠待遇，被告按25%税率征收原告的企业所得税并加收滞纳金的征税行为，没有事实和法律依据。原告向上级税务机关复议后在法定期限内向人民法院起诉，没有超过起诉期限，请求法院判决撤销被告的税务行政征收决定，被告重新依法征收原告的企业所得税，将多征收的税款退回给原告。原告为证明其诉讼主张，提供如下证据：证据1、原告营业执照副本、广西区发改委关于认定新业公司为从事国家鼓励类项目生产经营外商投资企业批复书、税务登记证副本，证明原告的诉讼主体资格及原告的经营项目属于享受国家西部大开发税收优惠政策的范围；证据2、企业所得税及滞纳金完税证明，证明被告作出了按25%税率征收原告2013年度企业所得税及加收滞纳金的行为及原告已按要求缴交了税款和滞纳金；证据3、营业税及随征税专用完税证，证明兴业县地税局对原告所得补偿款征收了营业税，两税务机关对同一事实作出不同定性并导致原告税负加重；证据4、提前撤销324国道玉林秀水收费站补偿协议，证明原告取得玉林市政府撤站补偿费的依据；证据5、原告等六公司给玉林市政府函、原告向被告的申请、玉林国税局【2014】37号批复，证明原告取得补偿费收入后一直申请税务机关及政府核定应税税种及税率，国税部门直至2014年7月才明确其意见，不应加收原告的滞纳金；证据6、玉林市国税局玉市国税复决字【2014】第1号行政复议决定书，证明本行政争议已经过行政复议程序但复议机关没有依法纠正。
被告辩称，原告因撤销玉林秀水收费站取得的补偿款不属于公路通行费，不能认定为其主营业务收入，原告的2013年度主营业收入达不到企业收入总额70%以上，被告认定原告不得享受减按15%税率征收企业所得税的优惠，被告按25%税率征收原告的企业所得税，并加收原告逾期缴纳税款的滞纳金的税务征收行政行为证据确凿，事实清楚，适用法律、法规正确，符合法定程序，原告的起诉超过了法定的起诉期限，请求法院判决驳回原告的诉讼请求，维持被告的行政行为。
经庭审质证，本院对以下证据作如下确认：原告和被告提供的证据，各方当事人对证据的真实性和合法性均没有异议，只是对证据的关联性和证明作用有异议，原告和被告提供的证据真实、合法，并且与本案有关联，本院认定以上证据都可以作为证明本案事实的证据采用。
经审理查明，原告是经工商管理部门依法登记的中外合作有限责任公司，经营范围是石南过境路和石南至大江口公路及附属设施、沿线设施及配套与服务设施的经营管理。玉林秀水收费站收取的车辆通行费，是原告取得公路经营收入的主要来源。批准的收费期限是1997年起至2026年12月31日止。2013年，玉林市政府根据城市发展的需要，要求提前撤销秀水收费站，玉林市政府与包含原告在内的相关六家公司反复协商，于2013年6月14日签订了《提前撤销324国道玉林秀水收费站补偿协议》，确定秀水收费站于2013年6月30日前撤销，由玉林市政府分六年支付补偿款3.06亿元给六家公司。原告取得第一期补偿款后向税务部门申请完税时，被告核定原告取得的撤站补偿收入属于补偿收入，归入企业所得税法上规定的其他收入，不是西部大开发地区鼓励类产业目录中规定的主营业务取得的收入，因此被告核定原告2013年度的“主营业收入”占企业收入总额未达到享受西部大开发税收优惠政策规定的70%以上的比例，不能享受减按15%征收企业所得税的西部大开发税收优惠政策，被告按25%的税率向原告征收了2013年度企业所得税及加收税款滞纳金。原告向被告完税后，原告向玉林市国家税务局申请行政复议，玉林市国家税务局于2014年12年2日作出玉市国税复决字【2014】第1号税务征复议决定书，复议决定维持被告对原告2013年度企业所得税按25%税率征收的征税行为及在征收申请人2013年度企业所得税中加收滞纳金的行为。原告不服在法定起诉期限内向法院起诉。
本院认为，被告是法定向属于外资企业的原告征收企业所得税的税务部门，依法征收企业所得税是被告的法定职权，但被告在向原告征收企业所得税时，没有查清原告因撤销秀水收费站所取得的补偿款，是玉林市政府补偿其因撤站而造成的通行路费收入损失，而认定原告因撤销秀水收费站取得的补偿款是其他收入，否认补偿款是公路公司的主营业收入，与事实不符，没有法定依据，可能影响原告能否享受西部大开发政策中减按15％税率征收企业所得税的优惠待遇，损害了原告的合法权益，因此被告对原告征收2013年度企业所得税的税务行政征收行政行为事实不清，依据不足。原告在向被告完税后，向玉林市国家税务局申请行政复议，在玉林市国税局作出复议决定后，原告在法定期限内向人民法院起诉，并没有超过法定的起诉期限，被告认为原告的起诉超过起诉期限没有事实依据，依法不予支持。综上，根据《中华人民共和国行政诉讼法》第五十四条第（二）项第1目的规定，经本院审判委员会讨论决定，判决如下：
撤销玉林市玉州区国家税务局向广西玉林新业公路有限公司按25%的税率征收2013年度企业所得税并加收税款滞纳金的税务行政征收决定。
案件受理费50元（原告已预交），由被告玉林市玉州区国家税务局负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内提起上诉，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数递交上诉状副本，上诉于玉林市中级人民法院。
审判长 杜 洪
审判员 刘 迎
审判员 王文广
二〇一五年五月二十五日
书记员 李 猛