新疆生产建设兵团第一师中级人民法院
民 事 判 决 书
（2015）兵一民终字第00066号
上诉人（原审原告，反诉被告）阿克苏地区鑫大建筑安装工程有限责任公司，组织机构代码74867772-4，住所地新疆维吾尔自治区阿克苏市团结路鑫大公寓29号楼1单元29层。
法定代表人刘功大，董事长。
委托代理人ＸＸ毅，男，阿克苏地区鑫大建筑安装工程有限责任公司员工。
上诉人（原审被告，反诉原告）新疆塔里木建筑安装工程（集团）有限责任公司，组织机构代码22968037-4，住所地新疆维吾尔自治区阿拉尔市塔里木大道。
法定代表人张忠其，董事长。
委托代理人侯长茂，新疆民祥律师事务所律师。
被上诉人（原审被告）殷东生，男，1965年出生。
上诉人阿克苏地区鑫大建筑安装工程有限责任公司（以下简称鑫大建筑公司）、新疆塔里木建筑安装工程（集团）有限责任公司（以下简称塔建集团公司）因建设工程施工合同纠纷一案，不服新疆生产建设兵团阿克苏垦区人民法院（2014）阿克苏垦民初字第139号民事判决，向本院提起上诉。本院受理后，依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。上诉人鑫大建筑公司的委托代理人ＸＸ毅与上诉人塔建集团公司的委托代理人侯长茂及其被上诉人殷东生到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原审查明，2010年11月16日，塔建集团公司中标第一师七团2010年购买改建廉租房建设项目，项目共计10栋住宅楼（32#-41#），砖混四层，该住宅小区命名为汇锦小区。当日，塔建集团公司与第一师七团签订了一份建设工程施工合同。合同签订后，塔建集团公司委托殷东生对中标工程进行管理，2010年11月25日，殷东生与鑫大建筑公司签订了一份《工程内部承包协议书》，协议约定：将第一师七团汇锦小区32#-36#住宅楼建设项目工程全部承包给鑫大建筑公司承建，工程造价为：公司中标价（包括工程上所有费用及税收），依建设单位经过造价咨询站审定的决算为准；工程工期：2010年11月25日开工至2011年7月30日竣工；本工程鑫大建筑公司向殷东生缴协助管理费陆拾万元（从本工程款中扣除）；本工程上缴公司管理费5%（从本工程款中扣除）；本工程保修期按公司与建设单位签订的合同为准，这期间如发现由鑫大建筑公司施工、材料质量等原因所造成的维修和返工的费用均由鑫大建筑公司全部承担；工地所发生的其他任何费用、安全、质量问题，均由鑫大建筑公司全部承担。
2013年1月11日，鑫大建筑公司向塔建集团公司出具一份委托书，内容为：“阿克苏地区鑫大建筑安装工程有限责任公司现委托ＸＸ毅代表本公司来办理农一师七团汇锦小区三期32#-36#住宅楼结算等一切事宜。”2012年7月6日，第一师七团工交建商科收到涉案工程住宅楼进户单元门、地下室、防盗门、信报箱钥匙全套。2013年1月9日，第一师七团工交建商科收到涉案工程住宅楼竣工资料，但该工程至今未进行交竣工验收。2012年8月19日，经第一师七团委托阿拉尔方正工程造价咨询有限责任事务所对涉案工程审定工程结算造价为9238664.66元，由第一师七团、塔建集团公司、阿拉尔方正工程造价咨询有限责任事务所盖章确认。双方当事人均认可按照该工程结算造价进行结算。
2013年1月11日，ＸＸ毅与殷东生达成了一份涉案工程结算的协议，内容为：小红砖0.32元／块，水泥716吨×490元／吨、500吨×380元／吨，钢筋按提货单的时间市场价额定价（按照钢材市场的市均价额为准）。2013年1月11日，ＸＸ毅向殷东生出具一份收到七团汇锦三期32#-36#楼材料及工程款清单，内容为：水泥1216吨，小砖181.9万块，钢筋166.176吨，收到工程款4497000元，并备注为：以上为ＸＸ毅本人价格清单。
涉案住宅楼入住时出现部分玻璃、纱窗、防盗门等损坏，由殷东生出资进行修复和赔偿，共计花费11944元。鑫大建筑公司安装的电表由于没有支付货款，卖家不同意交付电卡，无法使用；2012年9月16日，殷东生出资34100元重新购买电表并安装。2011年，涉案工程因安全问题塔建集团公司安全科罚款3000元。涉案工程质量保修期为：土建工程为1年，屋面防水工程为5年，电器管线、上下水管安装工程为2年，供热及供冷为2个采暖期及供冷期。双方当事人约定的保修金为5%，在庭审中，双方当事人一致同意保修金按审定结算造价的3%计算，塔建集团公司同意在本次诉讼中支付3%保修金，在质保期内出现问题不再找鑫大建筑公司；鑫大建筑公司也同意接受，并表示不再主张剩余2%。经查询，建筑业综合税率为3.39%，企业营业税3%，印花税0.03%。塔建集团公司反诉证据中有一份由ＸＸ毅出具的收据，内容为：“今收到新城建司218项目部（殷东生）钢材92吨（玖拾贰吨）”，塔建集团公司无其他证据证实ＸＸ毅收到的钢材型号及价格，并称上述钢材由ＸＸ毅领取后用在了其他工地。庭审中，塔建集团公司表示对该部分的主张待有证据后另案主张。塔建集团公司主张鑫大建筑公司承担投标时购买标书支出的10000元及聘用项目经理费用20000元，但未提供证据，鑫大建筑公司不予认可。
鑫大建筑公司收到的工程款、材料款及应支付的管理费和应承担的税费、保修金如下：工程款、人工工资、代付材料款及运费5233063元，小红砖582080元，水泥540840元，钢材824094元，协助管理费600000元，管理费461933元（9238664.66元×5%），应扣除的保修款为184773.3元（9238664.66元×2%），税费461933元（9238664.66元×5%），工程修复费11944元，电表款34100元，安全罚款3000元。
塔建集团公司未支付的剩余工程款为300904.36元（工程审定结算造价9238664.66元-税费461933元-工程修复费11944元-电表款34100元-安全罚款3000元-保修款184773.3元-已收到工程款、垫付材料款等5233063元-小红砖582080元-水泥540840元-钢材824094元-协助管理费600000元-管理费461933元）。
原审认为，塔建集团公司通过投标方式中标第一师七团2010年购买改建廉租房建设项目并与第一师七团签订的建设工程施工合同合法有效。本案争议的焦点：一、鑫大建筑公司与殷东生签订的《工程内部承包协议书》是否有效。首先，对于殷东生签订协议的行为塔建集团公司明确表示认可，根据合同法关于委托合同的规定，应当认定该签字行为系塔建集团公司的行为，其后果应由塔建集团公司承担；其次，协议内容系当事人双方真实意思表示，但该协议违反了《建设工程质量管理条例》第七十八条：“本条所称违法分包，是指下列行为（三）施工总承包单位将建设工程主体结构的施工分包给其他单位”，及《中华人民共和国合同法》第二百七十二条第二款：“承包人不得将其承包的全部建设工程转包给第三人或者将其承包的全部建设工程肢解以后以分包的名义分别转包给第三人”的规定，属《中华人民共和国合同法》第五十二条第（五）款所规定的无效情形，应当认定双方签订的《工程内部承包协议书》无效。二、塔建集团公司是否超额支付工程款。根据双方当事人提供的证据本院确认塔建集团公司还有300904.36元工程款未支付。鑫大建筑公司称塔建集团公司提供的部分ＸＸ毅出具的收据中金额已包含在鑫大建筑公司出具的收据中，没有提供证据证实。双方在涉案工程施工过程中不存在对ＸＸ毅的每一笔收款均由鑫大建筑公司或其法定代表人确认的交易习惯，故本院对塔建集团公司出具的ＸＸ毅及鑫大建筑公司的收据的真实性予以认可。塔建集团公司反诉主张为了投标支出的费用，项目经理聘用费用及公司扣除的相应费用中除安全罚款3000元外，其余费用均无证据证实。双方协议中没有约定，故对塔建集团公司反诉要求该费用中除安全罚款外，其余费用由鑫大建筑公司承担的反诉请求不予支持。三、房屋修复费用及电表款是否应当由鑫大建筑公司承担。涉案工程虽然至今未进行交竣工验收，但2012年7月6日发包方将全部钥匙收到，并投入使用，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十四条第（三）款之规定，涉案工程视为2012年7月6日为竣工之日。鑫大建筑公司未提供证据证实，自己在交钥匙时对涉案工程完整交付，在住宅建设中出现纱窗、玻璃损坏属正常现象，殷东生出资修复，该费用应当由鑫大建筑公司负担；鑫大建筑公司在施工过程中，赊账购买电表安装到涉案工程，由于其没有支付货款，使安装的电表没有电卡不能正常使用，殷东生重新安装可以让业主正常使用的电表，该费用应当由鑫大建筑公司承担。鑫大建筑公司关于安装的电表因为塔建集团公司没有支付工程款，所以未能支付电表款，因此对殷东生支付的电表款不予认可的答辩意见没有事实依据，本院不予采纳。四、涉案工程税费由谁承担。双方签订的《工程内部承包协议书》第四条规定，工程造价：公司中标价（包括工程上所有费用及税收），依建设单位经过造价咨询站审定的决算为准。该条约定明确了税费应该由承建方承担。塔建集团公司主张的5%的税率未超过规定的税率，对其本院予以支持。五、鑫大建筑公司主张的利息是否成立。根据塔建集团公司与第一师七团签订的建设工程施工合同的约定，涉案工程最长保修期为五年，现塔建集团公司同意在没有到期之前按照3%支付保修款，该保修款金额为277159.94元，加上该款后塔建集团公司共支付鑫大建筑公司工程款300904.36元，可见如果将质量保修金到保修期满后支付，塔建集团公司在本案中不应再支付工程款，故对鑫大建筑公司要求支付逾期支付工程款利息的诉讼请求，本院不予支持。六、塔建集团公司收取的协助管理费600000元及管理费461933元（9238664.66元×5%）法院是否应当收缴。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第四条之规定，本院已将双方之间签订的《工程内部承包协议书》确认无效，并对工程款进行核算时已将上述款项从应支付款项中予以了扣除，塔建集团公司已收益，故应当予以收缴。综上，依据《中华人民共和国合同法》第五十二条第（五）款、第二百七十二条第二款，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条、第四条、第十四条第（三）款，《中华人民共和国民法通则》第四十三条、第一百三十四条，《中华人民共和国民事诉讼法》第五十一条、第六十四条第一款之规定，判决一、被告（反诉原告）新疆塔里木建筑安装工程（集团）有限责任公司于本判决生效之日起三日内支付原告（反诉被告）阿克苏地区鑫大建筑安装工程有限责任公司工程款300904.36元；二、收缴被告（反诉原告）新疆塔里木建筑安装工程（集团）有限责任公司非法所得1061933元（协助管理费600000元＋管理费461933元）；三、驳回被告（反诉原告）新疆塔里木建筑安装工程（集团）有限责任公司的反诉请求；四、驳回原告（反诉被告）阿克苏地区鑫大建筑安装工程有限责任公司其他诉讼请求。
宣判后，鑫大建筑公司、塔建集团公司均不服，向本院提出上诉。鑫大建筑公司上诉称，原审认定被上诉人塔建集团公司违法分包正确，但未认定被上诉人殷东生挂靠塔建集团公司不当，被上诉人殷东生的挂靠行为违反了合同法及建筑法的强制性规定；原审认定事实有误，2012年3月14日的50000元和2012年4月9日的50000元是重复计算。2012年6月4日，虽上诉人鑫大建筑公司给上诉人塔建集团公司了一份收到70000元的收条，但实际只收到20000元。2011年11月30日鑫大建筑公司的645500元包括2011年10月18日的苯板款100000元，不应重复计算；原审认定小红砖单价没有依据，应当按照0.26元／块计算单价；工程修复款11944元不予认可，未经有关部门认定需要修复及价格评估，仅凭被上诉人殷东生出具的白条不能作为定案依据；电表款及安全罚款没有证据予以证实，不应由鑫大建筑公司承担；扣除保修款2%没有根据，双方合同无效，不应保留保修款；原审法院未支持工程款利息不当，依法应当得到支持；原审认定税金461933元由上诉人承担不当，双方合同没有约定税金由谁承担及税率如何计算，且工程三大主材均由被上诉人殷东生提供，且全部经过加价，税金应由其承担。故原审认定事实有误，请求二审法院依法改判塔建集团公司和殷东生连带支付上诉人鑫大建筑公司工程款1473314.66元及利息196489元。
上诉人塔建集团公司与被上诉人殷东生当庭提交答辩状称，鑫大建筑公司的上诉请求无事实和法律依据，塔建集团公司与七团签订建设工程施工合同，塔建集团公司有权就承包的工程对外进行分包，鑫大建筑公司是有资质的建筑企业，被上诉人殷东生负责办理施工工程的开工手续，其与鑫大建筑公司签订的《工程内部承包协议书》合法有效；鑫大建筑公司所称各项费用无事实依据，原审未予支持正确；请求驳回鑫大建筑公司的上诉请求。
塔建集团公司上诉称，原审认定双方当事人于2010年11月25日签订的《工程内部承包协议书》无效错误，塔建集团公司有权将承包工程对外分包，鑫大建筑公司是有资质的建筑企业，双方签订《工程内部承包协议书》不违反法律规定，鑫大建筑公司施工过程中，施工所需的各种有资质的人员均系塔建集团公司所派人员，工资也是塔建集团公司承担，鑫大建筑公司施工所需手续均由被上诉人殷东生出资办理，因此《工程内部承包协议书》合法有效；原审判决认定鑫大建筑公司使用上诉人的钢筋按照提货价格结算有误，应当按照双方认可的《工程款结算书》中三大主材的价格标准进行结算材料款；原审判决收缴上诉人1061933元错误，双方签订《工程内部承包协议书》有效，被上诉人殷东生因本案所涉及工程给鑫大建筑公司累计垫付工程款近600万元，其收取60万元协助费是双方的真实意思表示且不违反法律规定，上诉人塔建集团公司为鑫大建筑公司施工提供的有资质的施工人员并支付工资，付出大量人力、物力，收取管理费不违反法律规定，原审将此费用认定为违法所得予以收缴不当，也不符合法院解决民事诉讼案件的原则。故请求二审法院撤销原审判决第一、二项，发回重审或改判。
上诉人鑫大建筑公司当庭提交书面答辩状称，原审认定双方签订的《工程内部承包协议书》无效正确，但未认定塔建集团公司与殷东生系挂靠关系不当；原审法院认定三大主材价格正确，判决收缴上诉人非法所得正确，故请求驳回上诉人塔建集团公司的上诉请求。
被上诉人殷东生答辩称，塔建集团公司的上诉理由成立，应当予以支持。
二审审理过程中，上诉人鑫大建筑公司未向法庭提交新的证据材料。
上诉人塔建集团公司和被上诉人殷东生向法庭提交以下证据材料：1、第一师七团购买改建廉租房工程结算书中分部分项工程量清单计价表（复印件），用以证明三大主材（水泥、钢筋、砖）的单价；2、七团2010年购买改建廉租房汇锦三期32#-41#楼建筑施工许可证（复印件），证明塔建集团公司收取管理费是为了支付八大员（施工员、质检员、安全员、材料员、机械员等）的工资，八大员是塔建集团公司提供，被上诉人殷东生支付费用，因此收取管理费用是合理的。
上诉人鑫大建筑公司质证认为，塔建集团公司提供的第一份证据是真实的，但不能证明三大主材的单价；第二份证据不予认可，认为不能证明塔建集团公司和殷东生的主张。
本院认证认为，上诉人塔建集团公司提交的工程结算书中分部分项工程量清单计价表不能证明三大主材的单价，故不予采信；建筑施工许可证系复印件，上诉人鑫大建筑公司不认可，且不能证明上诉人塔建集团公司的主张，与本案无关联性，故不予采信。
本院经审理查明，除保修款认定应扣除2%之外，其余与原审查明事实基本一致。
另查明，双方均认可按照合同约定保修款为合同总价的5%，即461933元（9238664.66元×5%）。
本院认为，上诉人鑫大建筑公司与上诉人塔建集团公司均为有资质的建设施工企业，以及上诉人塔建集团公司通过投标方式中标第一师七团2010年购买改建廉租房建设项目并与第一师七团签订的建设工程施工合同合法有效的事实，双方当事人均无异议，本院予以确认。双方争议的焦点问题是：上诉人鑫大建筑公司与被上诉人殷东生于2010年11月25日签订的《工程内部承包协议书》的效力；上诉人塔建集团公司是否尚欠上诉人鑫大建筑公司工程款；上诉人塔建集团公司是否有非法所得，是否应当予以收缴。
关于《工程内部承包协议书》的效力问题。被上诉人殷东生与上诉人鑫大建筑公司于2010年11月25日签订《工程内部承包协议书》，被上诉人殷东生系上诉人塔建集团公司委派的管理人与上诉人鑫大建筑公司签订合同，上诉人塔建集团公司对其身份予以认可，且被上诉人殷东生并未对该工程进行施工，上诉人塔建集团公司与被上诉人殷东生之间系委托合同关系，不存在挂靠的法律关系。上诉人鑫大建筑公司关于塔建集团公司与殷东生之间系挂靠关系，被上诉人殷东生应承担连带责任的上诉理由不能成立，本院不予支持。上诉人塔建集团公司通过合法的方式承建了第一师七团2010年购买改建廉租房建设项目，但其并未履行承建工程的责任和义务，而是将其承包的工程全部转给他人施工，属非法转包，违反法律的强制性规定，属于合同法关于无效的情形，故被上诉人殷东生与上诉人鑫大建筑公司于2010年11月25日签订《工程内部承包协议书》系无效合同。
关于上诉人塔建集团公司是否尚欠上诉人鑫大建筑公司工程款问题。上诉人鑫大建筑公司称2012年3月14日的50000元和2012年4月9日的50000元是重复计算，但未提交证据予以证明。上诉人塔建集团公司提交的借条、收据等足以证明上诉人鑫大建筑公司的委托代理人ＸＸ毅借款和收款的事实。上诉人鑫大建筑公司认为2012年3月14日和2012年4月9日ＸＸ毅出具的借据重复计算，但不能明确指出在哪一份收据中重复计算，上诉人鑫大建筑公司既未将借条收回，亦未在任何一份收据中注明收到款项包括这两笔借款，上诉人鑫大建筑公司关于重复计算这两笔款的主张不能成立。上诉人鑫大建筑公司称忘记将借条收回，理由不能成立，即便有该事实存在，也系上诉人自身原因导致，后果由其自己承担。上诉人鑫大建筑公司称2012年6月4日，虽上诉人鑫大建筑公司给上诉人塔建集团公司出具一份收到70000元的收条，但实际只收到20000元，无证据予以证明，该收条明确写明收到预付工程款70000元，亦未注明实际付款情况，因此上诉人鑫大建筑公司的该主张不能成立。对于被上诉人殷东生给上诉人鑫大建筑公司代付100000元苯板款的事实，上诉人鑫大建筑公司予以认可，但认为该款已包括在2011年11月30日出具的收条中，不应再重复计算。上诉人鑫大建筑公司的主张无事实依据，其于2011年11月30日给上诉人塔建集团公司出具的收条中未注明收到款项中已扣除殷东生代付的100000元苯板款，上诉人鑫大建筑公司也未收回该收据，因此不能证明收据中包括100000元苯板款。上诉人鑫大建筑公司关于100000元苯板款重复计算的上诉理由不能成立，本院不予支持。关于上诉人鑫大建筑公司收到上诉人塔建集团公司砖块数量问题，上诉人鑫大建筑公司在2013年1月11日流水帐上记录收到砖181.9万块，且庭审中也认可该数量，属其自认，至于上诉人鑫大建筑公司在2014年10月28日的一份流水帐记录其收到砖块为147.4万块，其解释是因为上诉人鑫大建筑公司认为其已向上诉人塔建集团公司退还部分砖块，实际使用了147.4万块，但上诉人鑫大建筑公司未向法庭提交证据证明退还砖块的事实，故应当认定上诉人鑫大建筑公司收到上诉人塔建集团公司砖块181.9万块。关于砖块单价问题，上诉人塔建集团公司的委托代理人殷东生与上诉人鑫大建筑公司的委托代理人ＸＸ毅于2013年1月11日签订《关于七团汇锦小区32#-36#楼结算的协议》明确约定砖块单价为0.32元／块，双方均签字认可，应当作为双方结算依据。上诉人鑫大建筑公司主张按照单价0.26元／块计算，系其自己计算，未得到上诉人塔建集团公司的认可，故对其主张不予支持。关于工程修复款11944元，上诉人鑫大建筑公司认可其应当履行维修义务，但未向法庭提供证据证明其实际履行了维修义务，上诉人塔建集团公司虽提供的是购房者的收据等，但维修房屋所在地址及维修项目明确，上诉人鑫大建筑公司亦未提交证据予以反驳，故对上诉人塔建集团公司实际履行了维修义务的事实可以认定，工程修复款应当在总工程款中予以扣除。关于电表款34100元，上诉人鑫大建筑公司认可因其拖欠卖电表商户的电表款，故商户未将电表卡给付，由于上诉人鑫大建筑公司在工程已交付的情况下，不积极履行交付电表卡的义务，可能严重影响居民生活用电，上诉人塔建集团公司为减少损失，重新安装电表发生的费用，应当由上诉人鑫大建筑公司承担。关于安全罚款3000元，上诉人鑫大建筑公司不认可收到该罚款通知，但上诉人塔建集团公司向法庭提交了证据，虽未送达，但符合建筑施工企业的习惯性作法，故应当认定上诉人鑫大建筑公司应承担3000元安全罚款。关于是否应扣除2%保修款184773.3元的问题，因上诉人鑫大建筑公司提出扣除2%的保修款系双方在原审调解过程中的意向，而双方最终未达成调解协议，故不能作为定案依据。上诉人鑫大建筑公司关于不应扣除2%保修款的上诉理由成立，本院予以支持。关于税费，原审对税率认定适当，税费应当为461933元。因双方《工程内部承包协议书》约定工程造价以公司（塔建集团公司）中标价（包括工程上所有费用及税收），虽然双方合同无效，但根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条：“建设施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。”之规定，支付价款应当参照双方约定计算，因此税费应由上诉人鑫大建筑公司承担，上诉人鑫大建筑公司关于不承担税费的上诉理由不能成立，本院不予支持。关于利息，通过计算：工程审定结算造价9238664.66元-税费461933元-工程修复费11944元-电表款34100元-安全罚款3000元-已收到工程款、垫付材料款等5233063元-小红砖款582080元-水泥款540840元-钢材款824094元=1547610.66元，另外双方约定保修款为工程结算造价的5%，即461933元，因保修款未进行分项，故应当按照最长保修期保留保修款，双方均认可工程于2012年7月竣工使用，那么最长5年保修期尚未到期，保修款应当予以扣除。双方约定的上诉人鑫大建筑公司应当给付上诉人塔建集团公司的协助管理费60万元和管理费461933元亦应当在总工程款中扣除。扣除以上款项后，上诉人塔建集团公司尚余23744.66元未向上诉人鑫大集团公司支付。因上诉人鑫大建筑公司交付工程后，上诉人塔建集团公司仍向其支付了部分工程款，上诉人鑫大建筑公司亦未提出异议，且双方对已支付工程款有争议，至法院审理才查明，数额亦不大，故不应再计算利息损失。关于三大主材的单价，上诉人塔建集团公司向法庭提交了结算书用以证明三大主材的单价，但通过审查该证据材料不足以证明其主张，原审根据双方确认砖块、水泥的价格以及钢筋提货单计算三大主材单价及价款并无不当，上诉人塔建集团公司关于三大主材的单价计算有误的上诉理由不能成立，本院不予支持。
关于上诉人塔建集团公司是否有非法所得，是否应当予以收缴问题。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第四条：“承包人非法转包、违法分包建设工程或者没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义与他人签订建设工程施工的行为无效。人民法院可以根据《民法通则》第一百三十四条规定，收缴当事人已经取得的非法所得。”之规定，因双方之间签订的《工程内部承包协议书》无效，在工程款进行核算时已将双方约定的协助管理费60万和管理费441933元从应支付款项中予以了扣除，塔建集团公司已收益，故以上费用认定为非法所得，应当予以收缴。由于收缴非法所得系人民法院民事制裁措施，不属当事人诉权，故原审法院在判决主文中予以判决有误，而应另行制作制裁决定书。
综上，原审认定事实基本清楚，但适用法律部分不当，上诉人的部分上诉理由成立。依照《中华人民共和国合同法》第五十二条第一款（五）项，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条、第四条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款、第一百七十条第一款（二）项之规定，判决如下：
一、维持新疆生产建设兵团阿克苏垦区人民法院（2014）阿克苏垦民初字第139号民事判决第三、四项，即驳回被告（反诉原告）新疆塔里木建筑安装工程（集团）有限责任公司的反诉请求；驳回原告（反诉被告）阿克苏地区鑫大建筑安装工程有限责任公司其他诉讼请求；
二、撤销新疆生产建设兵团阿克苏垦区人民法院（2014）阿克苏垦民初字第139号民事判决第二项，即收缴被告（反诉原告）新疆塔里木建筑安装工程（集团）有限责任公司非法所得1061933元（协助管理费600000元＋管理费461933元）；
三、变更新疆生产建设兵团阿克苏垦区人民法院（2014）阿克苏垦民初字第139号民事判决第一项为“上诉人新疆塔里木建筑安装工程（集团）有限责任公司于本判决生效之日起三日内支付上诉人阿克苏地区鑫大建筑安装工程有限责任公司工程款23744.66元；
四、驳回上诉人阿克苏地区鑫大建筑安装工程有限责任公司的其他上诉请求；
五、驳回上诉人新疆塔里木建筑安装工程（集团）有限责任公司的其他上诉请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审案件受理费9914元，反诉费4850元，合计14764元，上诉人阿克苏地区鑫大建筑安装工程有限责任公司负担9773元，上诉人新疆塔里木建筑安装工程（集团）有限责任公司负担4991元；二审案件本诉受理费19828元，反诉费4864元，合计24692元，上诉人阿克苏地区鑫大建筑安装工程有限责任公司负担19546元，上诉人新疆塔里木建筑安装工程（集团）有限责任公司负担5146元。
本判决为终审判决。
审 判 长 熊芳
代理审判员 徐敏
代理审判员 张婕
二〇一五年四月七日
书 记 员 冯燕