贵州省纳雍县人民法院
民 事 判 决 书
（2014）黔纳民初字第318号
原告（反诉被告）樊某某，男，1964年某月某日出生，汉族。汉族，住重庆市渝北区某路。
委托代理人（特别授权）莫华林，重庆康渝律师事务所律师。
委托代理人张健，重庆康渝律师事务所律师。
被告（反诉原告）贵州某矿业有限责任公司。
法定代表人杨某某，该公司董事长。
委托代理人（特别授权）赵某某，该公司企管科科长。
委托代理人（特别授权）张清发，贵州如松律师事务所律师。
原告樊某某与被告贵州某矿业有限责任公司（下至判决主文前简称“某矿业公司”）建设工程施工合同纠纷一案，本院于2014年3月28日立案受理后，依法适用普通程序由审判员陈鹏担任审判长，与审判员史云峰、王捷组成合议庭进行审理。诉讼中，被告某矿业公司对涉案工程申请造价鉴定。本院依被告申请委托贵州亚信司法鉴定所对被告某矿业公司申请的2006年-2009年四份合同所涉工程进行造价鉴定。贵州亚信司法鉴定所于2015年4月27日出具了《司法鉴定报告》，被告某矿业公司依据该《鉴定报告》向本院提起反诉，本院决定合并审理。本案于2015年3月25日、2015年7月20日及2015年7月30日公开开庭进行了审理，原告樊某某及其委托代理人莫华林，被告某矿业公司的委托代理人赵某某、张清发到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
诉讼中，樊某某向本院申请诉讼保全，提供其在中国建设银行股份有限公司纳雍县支行的存款人民币750万元存款作为保全担保，本院依法冻结了某矿业公司在中国工商银行股份有限公司六枝特区支行的现金存款人民币共计640万元、在中国工商银行股份有限公司六枝特区支行的现金存款人民币17万元及在中国建设银行股份有限公司纳雍县支行的现金存款人民币共计60万元，共计人民币717万元。某矿业公司亦在反诉后申请对樊某某的存款进行保全，因双方存款本院已分别冻结，故本院对其保全申请未另行采取保全措施。
原告（反诉被告）樊某某诉称：2005年12月10日，我以被告下属综掘六工区的名义与被告某矿业公司签订了《2006年内部承包合同》，约定以内部承包的管理模式实行区队独立核算费用总承包的市场化运作，由我对被告的矿井进行施工，承担施工区域内的通风、排水、用水、用电及原材料的采购、保管、发放和井下供料以及施工区域内至煤仓的提升运输等工程，并负责员工工资、社保、安全管理及工程质量标准化。工程质量主体工程分部需达到优良。合同还对工程验收和移交、工程进度款的拨付、工程款的结算及迟延付款应支付滞纳金等进行了约定。合同签订后，我即组织人员进行施工，严格按照有关技术规范、操作规程施工，并及时处理了生产过程中所出现的各种问题。之后，我与被告某矿业公司又相继于2007年3月22日、2008年1月1日及2009年1月1日分别签订了《2007年内部承包合同》、《2008年内部承包合同》和《2009年内部承包合同》，后三份合同的施工内容、工程款支付等方面与前述合同基本一致，我均及时全面履行了合同义务。现在所有的合同义务均已履行完毕，工程也全部验收交付给被告管理使用。
我与被告签订的合同名义为内部承包合同，但我并非被告的工作人员，也没有与被告订立劳动合同关系，与被告不存在管理与被管理的关系，我是该内部合同的实际履行人，双方之间无劳动合同和人身依附关系，是平等的民事主体，承包合同对工程的质量及付款方式等有约定，故本案应按建设工程施工合同纠纷适用合同法处理。我实施的工程已通过验收，其中2006年承包合同结算27次，双方确认金额为人民币16，289，886元。2007结算35次，双方确认金额为人民币12，374，912元。2009年对2008年工程进行结算17次，金额为人民币12，840，007元。2010年对2009年工程进行结算21次，金额为人民币12，247，364元，2010年结算15次，金额为人民币3，702，575元。经被告审批确认四年工程款总结算金额为人民币57，454，745元，被告也陆续向我支付了工程款人民币50，357，982.3元。但仍欠人民币7，096，761.7元未向我支付，经多次催要未果，故诉至法院。请求：1、依法判令被告某矿业公司立即向我支付拖欠的工程结算款人民币7，096，761.70元；2、依法判令被告自2013年4月12日起按中国人民银行同期贷款年利率6%向原告支付资金占用损失，直到付清本金为止，息随本清。截止2014年3月27日资金占用损失为人民币408，306元。
至于被告提起的反诉问题。本案涉及的工程已竣工验收，并经过双方119次结算。2013年4月11日，某矿业公司加盖公章确认的《付款申请单》不仅明确了其同意本次付款的额度，而且确认了其欠我工程结算款的额度，该申请单是双方当事人对相互间权利义务关系加以确认的书面协议，构成双方当事人之间真实有效的结算依据，某矿业公司认为有误并未在撤销权期限内行使撤销权，该欠款余额应作为其支付我工程结算款的依据，本案不需要进行工程造价鉴定，法院委托鉴定的程序和结果不合法，在双方权利义务关系明确的情况下，引入第三方鉴定机构对于双方已形成合意的工程价款进行造价鉴定，是对合同自由原则的背离，《鉴定报告》的意见不能推翻双方确认的欠款数额。关于贵州亚信司法鉴定所出具的鉴定报告，存在以下问题：1、鉴定机构的鉴定报告不专业，不认真，不负责，不客观。鉴定机构未到现场查看，鉴定人员出庭作证时未准确回答出我方提出的问题；2、鉴定报告不客观，鉴定涉及的井巷工程长度及是否是1、2、3期工程的问题，鉴定人不能向法庭做出有说服力的解释，而且《鉴定报告》都是按照低标准计取相关费用，子目错套情况多达几十处，少算很多项目，涉及工程价款1千多万元，与原、被告双方的结算数据相差较大；3、《鉴定报告》作为依据之一的《关于水矿集团公司2008年工程造价管理规定》（即水矿发（2008）422号）文件未经法院组织质证，不能作为鉴定依据；4、出庭的鉴定人员不具有从事井巷工程造价的鉴定资格，其是否实际参与本案涉及的工程鉴定不清楚。故鉴定意见不能作为本案定案依据。被告主张的鉴定费用人民币98.5万元的鉴定费用虚高，某矿业公司违背诚实信用原则，其是过错方，鉴定费用不应该由我承担。此外，某矿业公司未提供证据证实其向我方支付多少款项的的事实。
关于12013工作面瓦斯治理工程款的问题，是某矿业公司时任领导安排我把款项取出，通过我转款或取现金的方式交给被告财务人员杨某等人，涉及金额累计人民币3，165，133.1元及税金人民币111，908元。这只是一个过账行为，我并没有得到该笔款项。
综上所述，请求驳回某矿业公司的反诉请求，支持我方的本诉请求。
被告（反诉原告）某矿业公司辩称：2014年3月28日，樊某某以我公司欠其工程结算款人民币7，096，761.70元为由诉至法院，我公司在对樊某某所施工的2006年-2009年的工程款项审查时发现：1、12013工作面瓦斯治理工程款人民币3，340，522元系虚报，该工程是我公司自行完成，不是樊某某完成；2、该工程部分项目存在结算与合同约定不符、造价虚高等问题。因此，我公司向法院申请委托具有鉴定资质的鉴定机构，对涉案工程进行造价鉴定。根据法院委托的贵州亚信司法鉴定所出具的司法鉴定报告显示，原告樊某某具体施工的2006年-2009四个内部承包合同所涉及的工程造价总价款为人民币45，101，201元，与结算数据相差人民币12，353，544元，我公司已实际支付给樊某某人民币50，357，982.3元。樊某某因此多领取我公司的工程结算款人民币5，256，781.3元，构成不当得利，依法应予返还。故提起反诉，请求樊某某返还我公司人民币5，256，781.3元并支付鉴定费人民币98.5万元并驳回原告的本诉请求。
樊某某为支持其主张，提供以下证据供质证：
1、2006年至2009《内部工程承包合同》4份，证明樊某某与某矿业公司之间存在建设工程施工合同关系，双方签订的合同虽为内部承包合同，实为平等主体间的民事合同；2、被告某矿业公司《付款申请单》，证明截止到2013年4月11日，某矿业公司尚欠樊某某工程结算款人民币7，696，761.70元；3、2010年6月30日综掘六工区移场材料移交清册，证明2010年6月30日原告退场时把留在施工现场的一些原材料移交给被告，这些设备的价值双方已经确认共计人民币1，309，571.52元，该笔款项包含在樊某某主张工程结算款人民币7，096，761.70元之中，未单独支付；4、樊某某在某矿业公司施工预（结）算审核统计表，证明所涉及的工程款项，双方已经进行结算。5、2014年11月10日对陈某安的调查笔录。证明12013工作面瓦斯治理工程是由某矿业公司领导决定由樊某某先把款项借支发工人工资，某矿业公司将此工程抵账的事实。
某矿业公司质证意见是：对四份合同及《付款申请单》的三性无异议，但《付款申请单》不是结算协议，达不到樊某某的证明目的；审核统计表只是樊某某的陈述，不属于证据；对综掘六工区移场材料移交清册载明的数额无异议；对陈某安的调查笔录，认为其证词形式不符合法律规定，但对陈某安陈述的12013工作面瓦斯治理工程不是樊某某完成的事实予以认可，其他的证词与本案无关。
本院对原告樊某某提供的证据作如下认证：四份内部承包合同符合证据的三性，双方质证无异议，本院予以采信；《付款申请单》不仅载明2013年4月11日，某矿业公司应支付的额度，也同时载明截至2013年4月11日止某矿业公司尚欠工程结算款的额度，该申请单有樊某某及某矿业公司相关领导签字并加盖有公司的公章，能真实反映某矿业公司欠樊某某工程结算款的准确额度。某矿业公司虽以申请单不是结算协议且欠款数额有误为由抗辩，但其未在期限内行使撤销权，故本院对该申请单予以采信；审核统计表为樊某某对119次工程结算的统计，属于陈述内容，不作为证据采信；对综掘六工区移场材料移交清册予以采信，但该笔款项樊某某已认可包含在樊某某主张支付的工程结算款中；对陈某安证实的12013工作面瓦斯治理工程不是樊某某所做的事实予以认定。
某矿业公司为支持其主张，提交下列证据进行质证：1、《施工图预（结）算审批意见书》，证明樊某某所编报的12013工作面瓦斯治理工程是虚构的，金额为人民币3，340，522元；2、12013工作面瓦斯治理工程相关的施工资料，证明12013工作面瓦斯治理工程是由某矿业公司的瓦斯抽放工区完成；3、2007年3月22日的《补充协议》，证明2007年的工程，某矿业公司同意支付樊某某的辅助费为60%，其他年度按照国家规定的40%计算辅助费用。该协议只对2007年的工程有效，对2006年、2008年及2009年工程无效；4、《鉴定报告》，证明2006-2009年的工程中，被告多支付给原告工程款人民币500多万元；5、《建设工程鉴定协议书》、发票2份以及收款收据一份，证明反诉原告预付鉴定费人民币98.5万元；6、原告代理人第一次庭审中，自认樊某某已收到某矿业公司已支付工程款人民币50，357，982.3元的陈述；7、《证明》一份，证明某矿业公司账务无樊某某借款的依据。
樊某某的质证意见是：对《施工图预（结）算审批意见书》及12013工作面瓦斯治理工程完工的材料，认为如果樊某某作假，请求把材料直接交公安机关侦查；对《补充协议》无异议，对《鉴定报告》有异议，认为《鉴定报告》的程序不合法，《鉴定报告》存在七个大问题，错误之处涉及一千多个项目，鉴定意见忽视了双方确认的金额，不能作证据使用；对《建设工程鉴定协议书》的真实性无异议，但对鉴定费用支付有异议；认为某矿业公司出具的《证明》达不到其证明目的。
本院对某矿业公司提供的证据作如下认证：第1、2组证据来源合法，符合证据的三性，能证明12013工作面瓦斯治理工程不是樊某某施工的事实，本院对该两组证据证明的事实予以认定；对2007年《补充协议》予以采信；对某矿业公司交纳鉴定费人民币98.5万元的事实予以认定；对某矿业公司出具的其财务未收到樊某某任何现金的证明，樊某某不予认可。经审查，该证明为被告的陈述性质，本院不作证据采用。
关于贵州亚信司法鉴定所出具的《鉴定报告》，由于鉴定意见与原、被告双方结算确认的数额相差过大，为有效核实该《鉴定报告》的科学性及合理性，本院依樊某某的申请，通知贵州亚信司法鉴定所鉴定人张某某出庭作证并接受询问。庭审中，鉴定人对樊某某提出的《鉴定报告》中存在的问题未能当庭答复。本院将樊某某当庭提出的《鉴定报告存在的问题》（A4纸小四号字长达60多页）书面意见送达给贵州亚信司法鉴定所后，该所作出了书面回复，双方对其书面回复发表了意见。经审查，12013工作面瓦斯治理工程已查实非樊某某完成，鉴定意见数额本身就未包含该笔款项人民币3，340，522元。2010年6月30日樊某某撤场时移交的材料价值1，309，571.52元，在提供鉴定材料时某矿业公司认为该款不属于工程款未向鉴定机构提交鉴定，樊某某则明确拒绝提交。因此，鉴定意见的数额亦未包含该笔款项。由于某矿业公司申请鉴定的事项属于专门性的问题，本院依申请委托有资质的鉴定机构对涉案工程进行了造价鉴定，目的是为了查清案件事实。但鉴定机构出庭作证的鉴定人及其书面回复的意见，对《鉴定报告》存在的七个大问题中涉及的1334个专门性问题未能作出令人信服的合理解释，《鉴定报告》还采用了未经本院质证的水矿集团《关于水矿集团公司2008年工程造价管理规定》（即水矿发（2008）422号）的文件作为鉴定依据计算相关工程价款。因此，《鉴定报告》不能准确反映涉案工程的真实造价，该鉴定意见不能推翻双方早已确认的结算款数额，鉴定意见因此不能作为认定本案事实的依据。
樊某某为证明其述称的12013工作面瓦斯治理工程涉及的工程款系受某矿业公司时任领导安排取出后全部返回某矿业公司的事实，申请证人毛某春、杨某出庭作证，毛某春、杨某均证实某矿业公司未向樊某某借钱发工资，并否认收到樊某某的任何款项，杨某还否认樊某某转账到其个人账户的事实。
樊某某质证称证人是某矿业公司员工，未讲真话，要求法院追究证人杨某作伪证的责任。
某矿业公司质证称证人证言真实。
经审查，证人毛某春、杨某的证言与樊某某需证明的事实不符，不能达到樊某某的证明目的。
某矿业公司为支持其主张，申请证人陈某生（时任某矿业公司通风工区副总工程师）、马某虎（时任某矿业公司通风工区副区长，瓦斯抽风工区的区长，综掘八工区支部书记）出庭作证，证实12013瓦斯工程面治理工程不是樊某某所做的事实。
樊某某对证人证言的质证意见是：证人的回答不符合常理，证人的身份均曾是某矿业公司的员工，证言证明力低于书面证据的证明力。
某矿业公司认为证人证言真实。
本院经审查，证人陈某生、马某虎关于12013工作面瓦斯治理工程为某矿业公司完成的证言符合客观事实，本院予以采信。
为查明案件事实，本院依双方申请，对樊某勇及某矿业公司的知情人卢某勇、王某、陈某安、毛某春、田某华及杜某华进行了调查，并调取了杨某2008年5月1日至12月在中国建设银行股份有限公司纳雍分公司阳长分理处开设的个人账户资金往来情况记录资料。樊某勇证实了2006年的《内部承包合同》是受樊某某委托代其与某矿业公司签订。卢某勇、王某、陈某安及杜某华证实了12０13工作面瓦斯治理工程不是樊某某完成的事实。毛某春、田某华证实某矿业公司未向樊某某借过钱的事实。
樊某某的质证意见是：对樊某勇的证词无异议，认为其他证人均是某矿业公司员工，证词具有可变性，并掺杂一定的情感因素，证词不能否认书面证据。毛某春、田某华的证言与陈某安证言矛盾，12013工程面瓦斯治理工程确实不是樊某某做的，但是涉及的300多万元的款项已按某矿业公司时任领导安排交给某矿业公司出纳杨某等人。对杜某华所说12013工作面瓦斯治理工程不是樊某某所做及该工程是冲抵安全费或其他费用无异议，杨某个人账户资金往来情况的记录进一步证实原告的说法。
某矿业公司的质证意见是：对笔录中证人对12013工作面瓦斯治理工程不是原告做的陈述予以认可，但对某矿业公司给樊某某借钱发工资的事实不予认可。对法院调取杨某个人账户显示有大额资金往来的记录认为与本案无关。
经审查，本院对樊某勇、卢某勇、王某、陈某安、毛某春、田某华及杜某华的调查或询问笔录作如下认证：除樊某勇外，上述证人证言均证实了12013工作面瓦斯治理工程不是原告樊某某完成的事实，本院对笔录中涉及该事实的陈述予以认定，对毛某春、田某华称不知道樊某某借款的事实不予认定。载明杨某2008年5月1日至12月在中国建设银行股份有限公司纳雍分公司阳长分理处开设的个人账户有大额资金往来的记录，因不能证明樊某某已将12013工作面瓦斯治理工程涉及的款项返还某矿业公司，更不能证明杨某银行账户存入的大额资金就是樊某某交付，樊某某虽陈述是其交付却始终未提交证据证实该事实。
经审理查明：2005年12月10日，樊某某以某矿业公司下属综掘六工区的名义由樊某勇与某矿业公司签订了《2006年内部承包合同》，约定以内部承包的管理模式实行区队独立核算费用总承包的市场化运作，由樊某某对某矿业公司的矿井进行施工，承担施工区域内的通风、排水、用水、用电及原材料的采购、保管、发放和井下供料以及施工区域内至煤仓的提升运输等工程，并负责员工工资、社保、安全管理及工程质量标准化。工程质量主体工程分部需达到优良。合同还对工程验收和移交、工程进度款的拨付、工程款的结算及迟延付款应支付滞纳金等进行了约定。合同签订后，樊某某即组织人员进行施工。之后，樊某某与被告某矿业公司又相继于2007年3月22日、2008年1月1日及2009年1月1日分别签订了《2007年内部承包合同》、《2008年内部工程承包协议书》和《2009年内部工程承包协议书》。其中2006-2008年合同约定涉及的井巷工程结算均按“煤炭99统一基价”全额计费后下浮18%计结，2009年合同约定工程结算执行煤炭井巷工程07定额基价下浮30%＋价差计结。合同还对其他相关事项进行了详细约定。2007年3月22日，双方还签订《补充协议》约定井巷工程辅助费用在原承包合同结算办法的基础上，核减费用：1、辅助费用的40%；2、现场经费的15%。合同签订后，樊某某均按约定履行了所有合同义务。合同约定的工程已全部竣工经某矿业公司验收，交付给某矿业公司管理使用。
某矿业公司对樊某某实施的所有工程陆续进行了结算并对工程价款数额予以确认，其中2006年结算27次，金额为人民币16，289，886元。2007结算35次，金额为人民币12，374，912元。2009年对2008年工程进行结算17次，金额为人民币12，840，007元。2010年对2009年工程进行结算21次，金额为人民币12，247，364元，2010年结算15次，金额为人民币3，702，575元。经某矿业公司审批确认，樊某某四年工程款总结算金额为人民币57，454，745元。截至2013年4月11日，某矿业公司尚欠樊某某工程结算款人民币7，696，761.70元。之后，某矿业公司继续向樊某某付款人民币60万元，双方对某矿业公司陆续向樊某某支付工程结算款人民币50，357，982.3元的事实予以认可。至起诉时止，某矿业公司仍欠樊某某工程结算款人民币7，096，762.70元未支付，但樊某某主张支付工程结算款为人民币7，096，761.70元，该结算款包含12013工作面瓦斯治理工程涉及的工程价款人民币3，340，522元及2010年6月30日樊某某撤场时某矿业公司应支付给樊某某材料款人民币1，309，571.52元。
诉讼中，某矿业公司以工程部分项目存在结算与合同约定条款不符、造价虚高，有可能导致多支付工程款为由，向本院申请委托具有鉴定资质的鉴定机构对涉案工程进行造价鉴定，本院组织双方对某矿业公司提供鉴定的所有资料组织双方进行了质证，并委托贵州亚信司法鉴定所对涉案的工程进行了造价鉴定，贵州亚信司法鉴定所出具的《鉴定报告》显示樊某某具体施工的2006年-2009四个合同所涉及的工程造价总价款为人民币45，101，201元（该数额未包含12013工作面瓦斯治理工程涉及的工程价款人民币3，340，522元及2010年6月30日樊某某撤场时某矿业公司应支付给樊某某材料款人民币1，309，571.52元），鉴定数额与双方的结算数据相差人民币12，353，544元。某矿业公司据此认为樊某某多领取了工程结算款人民币5，256，781.3元，构成不当得利，故提起反诉，请求樊某某返还多领的款项人民币5，256，781.3元并支付鉴定费人民币98.5万元。
另查明，樊某某主张的工程结算款中包含的2009年1月15日编报审批结算的12013工作面瓦斯治理工程为某矿业公司抽放工区负责实施，不是樊某某完成，该工程涉及的工程价款为人民币3，340，522元。此外，双方所签订的合同，除2006年签订的合同对延期支付工程进度款或尾款约定了应按当期银行利息支付滞纳金外，其余三份合同均未作明确约定。
庭审中，本院依樊某某的申请通知贵州亚信司法鉴定所鉴定人出庭作证并接受询问。出庭作证的鉴定人张某某未能对樊某某就《鉴定报告》提出的问题当庭回复，这些问题包括：把所有工程按照“井巷长度1000m以内”计取辅助费、所有工程作为“三期工程”计取辅助费、未按合同约定计取辅助费、预算子目套错、所有压风自救系统安设及喷雾装置安装未计算、炸药消耗量未调系数、取费费率未按规定取费及计算公式错误等。本院亦将樊某某当庭提出的《鉴定报告存在的问题》书面意见送达给贵州亚信司法鉴定所，该所作出的《关于对参建一方（综掘六工区）所提异议的回复》对樊某某提出的七个大问题中涉及的1334个专门性的小问题未能作出合理解释，《鉴定报告》还采用了未经本院质证的水矿集团《关于水矿集团公司2008年工程造价管理规定》（即水矿发（2008）422号）的文件作为鉴定依据计算相关工程价款。
综合双方当事人对事实和证据的分歧，本案争议的焦点是：（一）12013工作面瓦斯治理工程涉及的工程价款应否扣减；（二）原告樊某某所做的工程结算款如何确认。
本院认为，樊某某与某矿业公司分别签订的四份合同，是某矿业公司对下属采掘区队全面推行内部市场化运作，采取内部法人总承包并独立核算管理模式的背景下产生的合同，名义上虽是内部承包合同，但合同内容对双方的权利义务、工程验收和移交、预结算及工程价款的支付等进行了明确约定，合同并未涉及劳动争议内容，体现的是平等民事主体之间权利义务关系。该合同已实际履行，相关的工程也已竣工验收并移交某矿业公司管理使用，工程价款已结算，故应适用合同法及相关法律的规定处理双方发生的纠纷。
关于合同中涉及的12013工作面瓦斯治理工程涉及的工程价款应否扣减的问题。双方庭审中均认可该项工程不是樊某某完成。对该款项的性质，樊某某庭审中先是陈述为被告某矿业公司时任领导因公司无钱发工资向其借款，编报该工程抵账，后又称该款是被告公司时任领导要求其以列支安全费的名义取出交给某矿业公司的财务人员杨某等人，属于一种过账行为，樊某某并未实际得到该笔款。樊某某的说法前后矛盾，未能说清该笔款项的性质，且始终未提交相关证据证实其任何一种说法，本院依其申请调取的证据亦不能支持其意见。12013工作面瓦斯治理工程不是樊某某所做，樊某某亦未能提交证据证实某矿业公司应向其支付该笔款项。故涉及的价款人民币3，340，522元不应由某矿业公司向樊某某支付。因该款项已包含在樊某某主张的工程结算款之内，故应从其主张的工程结算款人民币7，096，761.70元中予以扣减。
关于樊某某主张的工程结算款如何确认的问题。双方庭审中认可樊某某所做工程经过119次结算，某矿业公司对结算总金额为人民币57，454，745元的事实予以认可，仅是辩称该数据计算有误，但支撑其辩论意见的《鉴定报告》未能作为证据采用，故其辩论意见本院不予采纳。樊某某在第二次庭审中否认其第一次庭审中认可的某矿业公司已支付人民币50，357，982.3元的事实，某矿业公司称该支出数据经核对与其财务账上数据相符不需举证，故本院对某矿业公司已支付给樊某某人民币50，357，982.3元工程款的事实予以确认，对樊某某第二次庭审时以案情发生变更，对第一次庭审自认的事实不再认可的意见不予采纳。此外，樊某某在庭审中认可其2010年6月30日撤场时移交的材料价款人民币1，309，571.52元已包含在其主张的工程结算款人民币7，096，761.70元之内，庭审结束后其代理人提交的代理词中又称某矿业公司尚欠该笔款项，因其未提供证据证实，且该主张超出其诉讼请求数额，本院不予采纳。因此，扣除不属于樊某某施工的12013工作面瓦斯治理工程的价款人民币3，340，522元后，某矿业公司应支付给樊某某的工程结算款为人民币3，756，239.70元（即7，096，761.70元-3，340，522元）。
由于双方签订的合同未明确约定延期付款利息，樊某某亦未提交证据证实某矿业公司拒绝付款的最后期限。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条“当事人对欠付工程价款利息计付标准有约定的，按照约定处理；没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息。”的规定，逾期付款利息需以人民币3，756，239.70元为本金，从樊某某2014年3月28日主张权利之日（即起诉之日）起计算至债务清偿完毕之日止较为适宜。
由于贵州亚信司法鉴定所出具的鉴定意见未能作为本案认定事实的依据，樊某某在本诉中提出以2013年4月11日《付款申请单》作为本案的结算依据计算某矿业公司应向其支付工程结算余款的主张符合当事人意思自治原则，本院予以支持。某矿业公司仅依据鉴定意见提出的反诉请求无充分的证据支撑，依法应予驳回。
据此，根据《中华人民共和国合同法》第六十条、第二百六十九条第一款，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条，《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第九十条、第九十二条第一款的规定，判决如下：
一、被告（反诉原告）贵州某矿业有限责任公司于本判决生效之日立即向原告（反诉被告）樊某某支付工程结算款人民币3，756，239.70元；
二、驳回原告（反诉被告）樊某某的其他诉讼请求及被告（反诉原告）贵州某矿业有限责任公司的反诉请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本诉案件受理费人民币64，336元，诉讼保全费人民币5000元，由原告樊某某负担人民币32，637元，被告贵州某矿业有限责任公司负担人民币36，699元。反诉案件受理费人民币27，746元，鉴定费人民币98.5万元，由被告贵州某矿业有限责任公司负担。
如不服本判决，可以在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于贵州省毕节市中级人民法院。
本判决发生法律效力后，如义务人不自动履行义务，权利人可在判决书确定的履行义务期限届满之日起二年内向本院申请强制执行。
审判长 陈 鹏
审判员 史云峰
审判员 王 捷
二〇一五年八月十八日
书记员 陈姿锜