江苏省苏州市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2015）苏中民终字第00712号
上诉人（原审原告）：东马棕榈工业（张家港）有限公司，住所地张家港市扬子江国际化学工业园北京路南侧。
法定代表人：关元崇，该公司董事长。
委托诉讼代理人：何海东，江苏国之泰律师事务所律师。
委托诉讼代理人：黄建新，江苏国之泰律师事务所律师。
被上诉人（原审被告）：无锡中粮工程科技有限公司，住所地无锡市惠河路186号。
法定代表人：姚专，该公司总经理。
委托诉讼代理人：秦卫国，该公司员工。
委托诉讼代理人：汪娟，该公司员工。
上诉人东马棕榈工业（张家港）有限公司（以下简称东马张家港公司）因与被上诉人无锡中粮工程科技有限公司（以下简称无锡中粮公司）建设工程合同纠纷一案，不服江苏省张家港市人民法院（2014）张民初字第0150号民事裁定，向本院提起上诉。本院立案受理后依法组成合议庭进行了审理。本案现已审理终结。
东马张家港公司上诉请求：依法撤销原审判决，予以改判；本案一、二审诉讼费用均由无锡中粮公司承担。事实和理由：一、一审法院认定本案超过诉讼时效认定事实有误。双方共签订了二十多分合同，一直未能进行对账结算，在无锡中粮公司主张工程款的（2013）张民初字第0825号案件中，一审法院认定：“各份合同的履行期间有重叠、延续关系等情况，因此要求支付工程款的诉讼请求的诉讼时效起算时间应以结算期限在后的合同为准”。据此，一审法院认为关于工程款结算的诉讼未超过诉讼时效，但在本案中适用双重标准明显不公。本案诉请在该案中曾经以反诉方式提出，但一审法院要求我方另行起诉，本案所涉四份合同包括在该案所涉合同中，同样存在履行期间重叠等情况，故诉讼时效起算时间也应当根据竣工验收日期在后的合同为准。四份合同中，编号为ZJG/DONGMA/2006-01-14的污水处理工程实际竣工验收时间为2011年1月18日，我方曾在2010年10月份向无锡中粮公司提起诉讼，在（2010）张民初字第1253、1254、1255、1256及（2012）张民初字第0513、0514、0515、0516号案件中，我方诉讼请求均明确“要根据重建工期确定损失”，事实和理由中均明确“同时按照双方对逾期完工违约责任的约定，根据该工程所需修复或改建时间来计算违约金予以弥补原告损失”，可以证明我方起诉时均提出了逾期违约金的要求，仅因为重建、改建会导致逾期时间的变化，故未能明确具体金额，以上每次诉讼都构成对本案诉讼时效的中断。二、一审法院认为无锡中粮公司不存在预期竣工或完工的事实，事实认定及法律适用不当。1、本案所涉四份合同均明确约定了工程竣工验收或完工的时间，而根据我方提交的证据，四份合同的实际竣工验收时间均已经超过了约定期限，我方已经完成了逾期竣工的举证责任，根据“谁主张谁举证”的原则，应由无锡中粮公司举证证明其存在工期顺延或免除责任的情况。2、一审法院认为我方无法证明已按期支付工程款以及存在增加工程，故无锡中粮公司免除逾期竣工的违约责任，该认定与事实不符。在之前的诉讼中，我方对工程款支付进行了举证，无锡中粮公司也予以确认。关于增加工程，都有独立的合同及履行期限，不会影响原合同的竣工时间。即使存在上述原因导致工期顺延，无锡中粮公司也应举证证明顺延的依据及顺延的时间，并不能完全免除逾期竣工、完工的责任。工程合同中约定了如果因发包人即我方原因导致延误，承包人即无锡中粮公司应当在该情形发生十四日内以书面形式提出，但是本案所涉四份合同履行过程中，无锡中粮公司从未有书面形式的提出任何我方导致工期延误的情况。三、本案系无锡中粮公司将工程非法转包、工程用材上以次充好等严重违法、违约行为导致，我方因此产生巨额经济损失，如果按照合同计算违约金达上亿，我方已经充分考虑实际情况对主张的逾期违约金，理应得到支持。
无锡中粮公司辩称，一、东马张家港公司在一审中提出的诉讼请求超过诉讼时效，本案诉讼涉及的四份合同竣工时间均在2006年，东马张家港公司于2006年年底就应当知道权利被侵害，其向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间应为两年，即应在2008年前向法院提起诉讼。东马张家港公司从未以任何形式向我方或法院提出这方面的诉讼请求，本案诉讼明显超过诉讼时效，起诉没有法律依据。（2013）张民初字第0825号案件解决的是承包人与发包人之间的工程款纠纷，与工程的逾期完工纠纷不属于同一类型的法律关系，两类法律关系中对于诉讼时效的认定也是不同的，逾期竣工的权利侵害之日不同于工程款逾期支付的权利侵害之日，不能将两者混为一谈。二、我方不存在逾期竣工的情形。1、东马张家港公司以竣工验收证明书上记载的日期主张逾期竣工，违反合同通用条款第32条的约定。2、未按约完工与逾期竣工并非同一概念，东马张家港公司起诉偷换概念。3、东马张家港公司也未按合同约定向我方支付工程预付款和工程进度款，影响我方施工进度，工期因此顺延符合双方合同约定。综上，一审判决正确，东马张家港公司上诉没有事实和法律依据，请求二审法院驳回上诉，维持原判。
东马张家港公司向一审法院起诉请求：一、无锡中粮公司赔偿本案所涉工程中逾期竣工违约金500万元；二、本案诉讼费由无锡中粮公司承担。一审审理中，东马张家港公司多次变更诉讼事实及诉讼请求，最终确定为：要求无锡中粮公司承担合同编号为ZJGDM2006-0617的工程的逾期竣工违约金145万元、合同编号为ZJG/DONGMA/2006-01-14工程的逾期竣工违约金61.8万元、合同编号为DM2006-08-05工程的逾期竣工违约金70.7万元、合同编号为DONGMA/ZJG/2006-10-21工程的逾期竣工违约金216万元，共计493.5万元；二、无锡中粮公司承担本案诉讼费用。
一审法院认定事实：国家粮食储备局无锡科学研究设计院（以下简称国粮无锡设计院）于2011年9月15日变更名称为无锡中粮工程科技有限公司。国粮无锡设计院为工程总承包甲级资格单位，具有工程设计建筑行业（建筑工程）甲级资质及机电设备安装工程专业承包二级资质。本案所涉工程在国粮无锡设计院可承接工程范围内。
国粮无锡设计院与东马张家港公司签订以下合同，约定由国粮无锡设计院（乙方）承包东马张家港公司（甲方）的下列工程：
一、2006年2月22日签订，合同编号为ZJG/DONGMA/2006-01-04,工程内容污水处理厂工程（以下简称污水处理厂工程合同）。该合同约定：工程造价为169.5万元，至迟于2006年6月10日以前全部完工，自工程全部完工并验收完成日起，保修期为一年。不论是否经甲方同意，凡逾期完工按工程总造价每天罚款千分之三（天灾地变非人力所能抗力除外）。工程全部完工后要经土建验收，整个污水处理系统可以正常运转后，由甲方先进行预测，预测通过后由甲方配合乙方向市政府环保主管部门或其指定单位申请验收，所有验收相关费用由乙方承担。2007年11月22日上述工程中的土建部分通过了验收。因甲方未能提供测试条件，乙方完成上述污水处理工程后未能及时调试及完成工艺验收。
2008年8月12日东马张家港公司与国粮无锡设计院又达成了补充协议，约定：（污水处理厂工程）自安装结束有近二年时间，对于因工程闲置导致需更换材料的费用预计15.4万元由乙方承担，甲方在上述材料到达工地后再支付乙方20%工程款计33.9万元；乙方派技术人员对污水处理站进行全面检查，更换其他损坏的部件和上述材料后，甲方支付乙方10%的工程款计16.95万元；在甲方具备调试条件时，乙方及时派调人员到场进行调试，调试合格后，甲方支付乙方5%的工程款计8.475万元；调试合格后满12个月，甲方支付乙方工程余款5%计8.457万元。之后国粮无锡设计院提供了更换材料并进行了更换，但国粮无锡设计院未能使涉案工程通过甲方预测及环保验收。至2010年11月19日经东马张家港公司自行对涉案工程整改、维修并申请，涉案工程经张家港市环境保护局验收，于2011年1月18日通过了竣工环保验收。因皂粒项目设备未安装到位，尚未投入运行，故环保局要求：本次验收为阶段性验收，待皂粒车间正常运行后，还需再次验收。因对于涉案工程的整改费用、维修费用及整改、维修期间产生的污水处理费等费用、损失的金额、由谁承担责任等问题东马张家港公司与无锡中粮公司无法达成一致意见，为此东马张家港公司提起了诉讼。该案一审法院受理后立案为（2013）张民初字第0544号案件。目前该案判决已经生效。
东马张家港公司认为从污水处理厂工程合同约定的竣工日期2006年6月10日至实际竣工2011年1月18日，国粮无锡设计院共逾期竣工1675天，按合同价款169.5万元、每天千分之一的利率计算延期竣工罚款为324.69万元。现按年贷款利率6.12%的1.3倍计算，要求无锡中粮公司承担该工程的逾期竣工违约金为61.8万元。
无锡中粮公司认为该工程在2006年6月前已经完工，从2008年8月12日的补充协议来看，该工程已经在签订补充协议时完工近两年，因此国粮无锡设计院并没有逾期完工。在（2013）张民初第字0544号案件有关污水处理工程合同中，法院已经判决无锡中粮公司赔偿东马张家港公司58万元左右，现东马张家港公司又主张的违约金61.8万元，两项赔款已经接近工程总价款169.5万元。东马张家港公司对于污水处理厂工程未及时报建，也未提供污水源而造成不能调试，并且验收时间不是国粮无锡设计院交付工程的时间。验收期间非国粮无锡设计院可以掌控，而是要东马张家港公司到当地政府建设主管部门申请。因此，东马张家港公司要求违约金61.8万元证据不足。
二、2006年6月17日签订，合同编号ZJGDM2006-0617,工程名称：罐区桶槽制作安装工程（以下简称罐区桶槽工程合同）。该合同约定：开工日期2006年6月25日，竣工日期2006年8月31日，合同价款1600万元（固定价格），工程进度款支付为：合同生效后10日内支付合同总价款的60%，当月的进度款在下月的15日前支付，付款延误则工期顺延，合同总价款的5%作为质量保证金，由5%的保函专程，质保期为双方签署工程质量验收合格证明书后一年，质保金在质保期满后支付。本合同通用条款与建设工程施工合同（GF-1999-0201）中的通用条款相同。发包人工作：水准点与坐标控制点交验要求：开工前以书面形式交给承包人，进行现场校验，图纸会审和涉及较低时间：施工前7日。其他发包人工作已经具备。工期顺延按通用条款执行。一周内停电在16小时内、停水及农忙都不能作为工期顺延的理由。超出16小时以外的停电时间予以顺延工期。乙方如不能按约完成全部工程，自2006年9月1日起每延期一天，乙方向甲方缴纳10万元延期罚款，若提前10天完成工程，甲方奖励乙方20万元。
2007年10月22日国粮无锡设计院与东马张家港公司完成了上述工程的验收、交接。
东马张家港公司认为根据合同约定竣工时间为2006年8月31日，实际竣工时间2007年10月22日，逾期417天，按合同价款1600万元、年贷款利率6.12%的1.3倍计算，要求无锡中粮公司承担该工程的逾期竣工违约金为145万元。
另查明，建设工程施工合同（GF-1999-0201）中的通用条款中对于工期顺延约定：第三条第13点，13.1因以下原因造成工期延误，经工程师确认，工期相应顺延：（1）发包人未能按专用条款的约定提供图纸及开工条件；（2）发包人未能按约定日期支付工程预付款、进度款，致使施工不能正常进行；（3）工程师未按合同约定提供所需指令、批准等，致使施工不能正常进行；（4）设计变更和工程量增加；（5）一周内非承包人原因停水、停电、停气造成停工累计超过8小时；（6）不可抗力；（7）专用条款中约定或工程师同意工期顺延的其他情况；13.2承包人在13.1款情况发生后14日内，就延误的工期以书面形式向工程师提出报告。工程师在收到报告后14日予以确认，逾期不予确认也不提出修改意见，视为同意顺延工期。
再查明，除本案所涉罐区桶槽制作安装工程外，东马张家港公司与国粮无锡设计院在2006年9月22日签订了合同编号为ZJGDM2006-0617-补1的罐区桶槽制作安装工程合同、2007年5月11日签订了合同编号为DMZJG-070508的罐区桶槽制作安装工程合同。
三、2006年8月5日签订，合同编号DM2006.08.05，合同名称：厂区管道制作安装交钥匙工程（以下简称厂区管道工程合同）。该合同约定：合同价款685万元（闭口价，不因工程量增减而作任何调整）；在合同正式生效后50日内交付工程；如由于甲方原因影响工程进度，则工期顺延。甲方支付合同总价的30%则合同正式生效，80%材料进场后，甲方根据乙方申请支付合同总价的40%，工程量完成50%，甲方根据乙方申请支付合同总价的10%，安装结束后并经东马张家港公司确认一周内，甲方根据乙方申请支付合同总价的15%，余款即质保金5%在安装验收合同后一年内付清。质保期为验收合格签字之日起一年内。如乙方不能按期交货，将承担违约责任。损失费用的支付将由甲方从未付货款中扣除。损失费用比率为每迟交10天，按迟交部分金额的1%计算，不满10天按10天计算。损失费用的支付不超过迟交部分合同金额的10%。如果乙方在达到损失费用的最高限额后不能交货，甲方有权因乙方的违约终止合同，并向乙方追索造成的损失和全部设备款。
2008年1月16日上述工程通过竣工验收。
东马张家港公司认为，合同竣工时间约定2006年8月6日起往后50日，推算为2006年9月25日，实际竣工时间2008年1月19日，逾期竣工474天，按合同约定每天10万元计算，延期竣工罚款为4170万元。现按合同价款685万元、年贷款利率6.12%的1.3倍计算，要求无锡中粮公司承担70.7万元逾期竣工违约金。
东马张家港公司举证了2006年8月17日0752149号电汇凭证，其中反映东马张家港公司向国粮无锡设计院汇付205.5万元。东马张家港公司认为上述款项即为合同中的30%预付款，因此厂区管道工程合同在2006年8月17日生效。
国粮无锡设计院认为与东马张家港公司之间存在多份合同，东马张家港公司在付款时未列明所付款项付款原因，上述付款不能认为是厂区管道工程合同的预付款，因此东马张家港公司未能证明合同生效时间；并且，在东马张家港公司将上述205.5万元付款计入的会计科目是外围管线制作，非厂区管道工程，所以上述205.5万元付款与厂区管道工程无关。
东马张家港公司认为外围管线合同就是厂区管道工程合同。
另查明，无锡中粮公司起诉东马张家港公司、东马张家港公司提起反诉的（2013）张民初字第0825号案件中，双方确认双方之间除本案所涉四份合同之外还签订了20多份合同，均是国粮无锡设计院（现无锡中粮公司）为承包方，东马张家港公司为发包方。根据这些合同，东马张家港公司应付给无锡中粮公司的工程款总计达950多万。东马张家港公司已经支付的款项中，哪笔付款对应哪份合同无法查实。
在本案中，东马张家港公司对于上述罐区桶槽工程合同及厂区管道工程合同的工程款是否按期支付也未能举证说明。
再查明，2006年6月18日东马张家港公司与国粮无锡设计院签订有外围管线制作安装工程合同。
四、2006年10月21日签订，合同编号为第dongma/ZJG/2006-10-21；工程名称为：厂区内办公楼，食堂，包转车间1、2，皂粒车间，氢化车间，油化车间及电房、消防池等构建筑工程（以下简称2006年10月21日工程合同）。该合同约定：工程固定造价3888万元；工程因前期已经施工，工期以签订本合同天开始计算，在2006年11月20日内必须完工（以不影响工厂试运行为准，其余如部分扫尾工作最晚必须在60天内完成并撤场；工期已包含冬季、雨天、停水等因素影响）。因乙方原因造成的工期延误，每延误一天罚款合同价款千分之五金额。自竣工验收之日起保修期一年；工程款每月支付一次，月底由乙方申报进度，按每月实际完成工程量的85%支付；在本工程乙方责任范围工作竣工完成且通过质监站、工程监理、设计院、业主、地勘验收合格，提交齐竣工资料15天内付至总造价的95%，剩余5%留作工程质量保证金，施工单位履行质量保修工作后退还；甲方责任有：协助办理施工报建、临时场地、占用道路等报批手续，费用由国粮无锡设计院全包，提供本工程建设政府有关部门的批文复印件一套及施工图纸四套（其中包括竣工用图纸上2套）；开工前七天主持完成由国粮无锡设计院设计、监理等方面参加的施工图会审等。乙方的责任有：合同签订后，在开工前二天内完成图纸会审，在五天内编制施工组织设计和材料、设备进场计划、施工进度计划，开工报告，并送甲方和监理公司；工程报建手续的办理（含规划报建和施工报建）和费用等等。
上述工程于2007年11月17日通过了竣工验收。
东马张家港公司认为，合同约定竣工时间为2006年11月20日，实际竣工时间2007年11月17日，逾期竣工362天，按合同约定每天千分之五计算，延期竣工罚款为7037.28万元。现按合同价款3888万元、年贷款利率6.12%的1.3倍计算，酌情要求无锡中粮公司承担216万元逾期竣工违约金。
另查明，2006年10月21日工程合同签订后，东马张家港公司与国粮无锡设计院又在2006年12月19日签订氢化车间、油化车间、皂粒车间、总图等电气照明工程合同；在2007年4月28日签订合同编号为ZK-07-10的配电房A、B、C低压配电柜改造和增加项目合同；在2007年5月18日签订了办公楼外架拆除协议；在2008年1月8日签订合同编号为DM20080124的土建、给排水、电器等零星工程的合同。
对于东马张家港公司主张的上述逾期竣工违约金，无锡中粮公司不予认可，为此引起本案纠纷。
上述事实有国粮无锡设计院的工商登记变更资料、国粮无锡设计院与东马张家港公司签订的污水处理厂工程、罐区桶槽制作安装工程、厂区管道制作安装交钥匙工程合同、合同编号为第dongma/ZJG/2006-10-21的四份合同、2008年8月12日关于污水处理站工程的补充协议、东马张家港公司年产硬脂酸83kt、皂粒车间57.6kt、甘油16.3kt项目及增加二台锅炉项目的建设项目竣工环境保护验收申请（其中涉及污水处理厂工程）、2007年10月22日国粮无锡设计院与东马张家港公司及监理单位签署的桶槽制安工程交接清单、单位工程竣工验收证明书、2008年1月16日签署的厂区管道制作安装交钥匙工程现场验收情况总结、室外管线工程的工程交接检验书、东马张家港公司向国粮无锡设计院发出的函件、一审法院（2013）张民初第字0544号民事判决书及污水处理厂工程的建设项目竣工环境保护验收申请、0752149号电汇凭证、一审法院（2013）张民初字第0825号民事判决书及当事人陈述佐证。
一审法院认为，本案争议焦点如下：
一、2006年10月21日工程合同是否有效。
无锡中粮公司认为该工程规模超过3000万元，为必须通过招标投标方式订立合同的工程，现未经招投标订立合同，因此该合同无效。
一审法院认为，根据招标投标法第三条规定，必须进行招标的工程有：大型基础设施、公用事业等关系社会公共利益、公共安全的项目；全部或者部分使用国有资金投资或者国家融资的项目；使用国际组织或者外国政府贷款、援助资金的项目。而2006年10月21日工程合同所涉工程均不属于上述三类工程，因此不论其规模标准是否超过3000万元均不属于必须招标的工程。无锡中粮公司认为该工程合同无效的意见无法律依据，不予采纳。2006年10月21日工程合同应为有效。因此，该合同约定对当事人双方均有约束力。
二、东马张家港公司的诉讼请求是否超过了诉讼时效期间。
民法通则第一百三十五条规定：向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为二年，法律另有规定的除外。第一百三十七条规定：诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。……。第一百四十条规定：诉讼时效因提起诉讼、当事人一方提出要求或者同意履行义务而中断。从中断时起，诉讼时效期间重新计算。
一审审理中，东马张家港分公司举证了2009年9月18日、10月16日、12月2日向国粮无锡设计院寄送的函件，其中未反映有要求国粮无锡设计院承担逾期竣工违约金的内容。
东马张家港公司举证:1、一审法院2010年9月27日受理的（2010）张民初字第1253号的起诉状及2012年3月21日受理的（2012）张民初字第0515号的起诉状，其中东马张家港公司在事实与理由部分提出要求按照罐区桶槽工程合同中关于逾期完工违约责任的约定及罐区桶槽工程修复或重建所需时间来计算损失，以弥补东马张家港公司在罐区桶槽工程修复、重建期间的损失。2、一审法院2010年9月27日受理的（2010）张民初字第1255号的起诉状及2012年3月21日受理的（2012）张民初字第0514号的起诉状，其中东马张家港公司在事实与理由部分提出要求按照污水处理厂工程合同中关于逾期完工违约责任的约定及污水处理厂工程修复或重建所需时间来计算损失以弥补东马张家港公司在污水处理厂工程修复、重建期间的损失。3、一审法院2010年9月27日受理的（2010）张民初字第1256号的起诉状及2012年3月21日受理的（2012）张民初字第0513号的起诉状，其中东马张家港公司在事实与理由部分提出要求按照2006年10月21日工程合同中关于逾期完工违约责任的约定及厂区管道制作安装工程修复或重建所需时间来计算损失，以弥补东马张家港公司在厂区管道制作安装工程修复、重建期间的损失。但在上述案件中，东马张家港公司均未提出要求国粮无锡设计院承担逾期竣工违约金的诉讼请求。东马张家港公司认为从上述证据来看，东马张家港公司在诉讼时效期间内向国粮无锡设计院主张了逾期竣工违约金，因此本案诉讼请求的诉讼时效期间未超过。
上述事实有（2010）张民初字第1253号案件中的起诉状及民事裁定书、（2010）张民初字第1255号案件中的起诉状及民事裁定书、（2010）张民初字第1256号案件中的起诉状及民事裁定书、（2012）张民初字第0513号案件中的起诉状及民事裁定书、（2012）张民初字第0514号案件中的起诉状及民事裁定书佐证。
无锡中粮公司认为，东马张家港公司在本案中的诉讼请求均已经超过诉讼时效期间。
一审法院认为，本案东马张家港公司向无锡中粮公司主张的债权是有关工程逾期完工或逾期通过竣工验收而产生的违约金债权，东马张家港公司应在国粮无锡设计院未能按合同约定时间完工或通过验收之日就知道其要求国粮无锡设计院按时完工的权利被侵害，可以要求国粮无锡设计院承担有关逾期竣工违约金。从东马张家港公司主张权利的情况来看，东马张家港公司认为污水处理厂工程应完工时间为2006年6月10日、罐区桶槽工程应完工时间为2006年8月31日、厂区管道制作安装交钥匙工程应竣工时间推算为2006年9月25日，2006年10月21日工程应完工时间为2006年11月20日，在在国粮无锡设计院未按上述时间完工或通过竣工验收的情况下，东马张家港公司应该知道其相应的权利已经受到侵害，也即东马张家港公司要求国粮无锡设计院承担逾期竣工违约金的诉讼请求应从东马张家港公司确认的、合同约定完工或竣工日开始计算，但东马张家港公司直至本案起诉之日：2014年1月4日才明确提出要求无锡中粮公司承担有关逾期完工的违约责任，可见东马张家港公司的诉讼请求明显已经超过一般债权两年的诉讼时效。
东马张家港公司所举证的函件反映东马张家港公司提出了工程质量问题、起诉状反映了要求按有关逾期完工违约金的计算标准来计算修复、重建工程期间的损失而非逾期竣工违约金，而上述修复、重建工程期间的损失与东马张家港公司在本案中提出的直接要求无锡中粮公司承担逾期竣工违约金的诉讼请求是不同的债权。因此，东马张家港公司也未能举证说明其逾期竣工违约金的债权存在诉讼时效中断的情况。
因此，东马张家港公司的诉讼请求超过了诉讼时效期间。
三、无锡中粮公司是否存在逾期完工的事实？
一审法院认为，实际完工日、竣工验收日晚于合同约定，并非就表示承包人必然存在逾期完工、应承担逾期完工责任，而是要审查承包人是否有顺延工期的理由，如果有顺延工期的合理理由，则即使实际完工日期晚于合同约定日期也不能认为是逾期完工。
从上述查明情况来看，污水处理厂工程中工程完工和工程通过验收是两个步骤，而合同中逾期完工按工程总造价每天罚款千分之三计算的约定明显针对工程完工日。根据合同约定，工程应在2006年6月10日完工，工程完工后才进行验收，而工程完工后何时验收、何时预测、有无预测条件等均需要甲方与乙方双方配合，非乙方一方能够独立完成。并且在2008年8月12日协议中也明确至签订该协议时，污水处理厂工程已经完工近两年，因东马张家港公司无法提供预测条件而导致工程闲置。可见国粮无锡设计院基本按合同约定完工，不存在逾期完工的事实。工程完工后无法调试、验收的责任也不应由国粮无锡设计院单方承担。至于在调试、验收中产生的纠纷已经在一审法院（2013）张民初第字0544号中处理，非本案逾期竣工违约金纠纷所理涉范围。
罐区桶槽工程中在本案所涉合同之后仍有同样工程名称的合同在签订，也足以说明罐区桶槽工程的工程量在实际施工中有增加，因此对增加工程量部分补签合同。而根据工期顺延的通用条款约定，工程量增加是工期顺延的合理理由。由此，东马张家港公司也未能证明国粮无锡设计院在该工程中的逾期竣工事实。
厂区管道工程中预付款预付时间是合同生效并起算工期的关键时点，但是由于东马张家港公司与国粮无锡设计院存在多份合同，付款又未明确针对哪份合同，因此东马张家港公司未能证明厂区管道工程的生效时间，由此东马张家港公司计算逾期竣工违约金的起算点依据不足，也不能证明国粮无锡设计院从何时开始算逾期竣工。从东马张家港公司要求无锡中粮公司承担70.7万元逾期竣工违约金来看，该计算方式也已经超过合同约定的损失费用的支付不超过迟交部分合同金额的10%，可见东马张家港公司也并未按合同约定计算逾期竣工违约金。对于因国粮无锡设计院逾期竣工导致的具体损失，东马张家港公司也未能说明。可见东马张家港公司要求国粮无锡设计院承担该合同的逾期竣工违约金没有事实依据。
2006年10月21日工程合同签订后，该工程中的办公楼、车间、电房、零星工程等有关后续施工合同的签订，足以说明该工程合同在施工中有工程量的增加。根据工期顺延的通用条款约定，工程量增加是工期顺延的合理理由。并且后续施工合同也对工期进行了约定。由此，东马张家港公司也未能证明国粮无锡设计院在该工程中存在逾期竣工事实。
一审审理中，无锡中粮公司举证的2007年5月30日会议纪要中反映：厂区管道制作安装交钥匙增加工程在6月2日前签订合同；罐区增加照明工程及氢化、油化、皂粒三个车间控制系统增加工程在6月10日洽商。在会议纪要附件中，氢化、油化、皂粒三个车间的施工中土建工程收尾及防火涂料未完成，需要协调具备施工条件、防火涂料施工的工期雨天顺延、皂粒车间钢大门选型5月31日确定、屋面收边施工图6月8日确定等。从该会议纪要也反映了本案所涉罐区桶槽工程及2006年10月21日工程工程量的增加及有关工期顺延问题。
无锡中粮公司举证的2006年1月9日工程付款申请表中反映，国粮无锡设计院申请支付2006年10月21日工程合同中所涉工程2005年11月至12月的工程款，并反映整个项目图纸不齐全，预算书业主未确认等情况。
无锡中粮公司举证2007年5月9日、10日、16日、22日、23日、6月1日、7月9日工程联系单及2007年5月25日的工程进度款催告函，其中反映2006年11月26日至2007年4月23日的工程进度款东马张家港公司未能及时支付，为此国粮无锡设计院多次催促。
无锡中粮公司举证：1、2007年6月4日工程联系单，其中反映国粮无锡设计院正在办理规划许可证，要求东马张家港公司提供有关建设项目选址意见书等资料，以免影响工程竣工验收。2、2007年6月11日建设单位联系函，其中东马张家港公司反映立项、报建、报批资料中个别资料正在办理中，需要约30天时间，办理完毕后向国粮无锡设计院提供。3、2007年7月26日工程联系单，其中反映污水处理厂土建设计由国粮无锡设计院设计，但未签订设计合同，因此联系要求与东马张家港签订设计合同，以便国粮无锡设计院办理入市许可证。
无锡中粮公司举证本案所涉工程的有关施工许可证摘抄记录，其中反映涉及罐区桶槽制作、厂区管道制作、土建等有关工程的施工许可证上表明开工日期为2006年4月30日，竣工日期为2008年1月24日；有关桶装车间地基、土建、污水处理安装、污水处理道路工程的施工许可证中表明开工日期为2006年2月26日，竣工日期为2007年6月20日，而该两份施工许可证是2008年6月10日工程完工后补发。
因此，无锡中粮公司认为东马张家港公司未能及时支付工程进度款，影响国粮无锡设计院施工进度。国粮无锡设计院在取得施工证前已经施工，施工许可证是之后补办，国粮无锡设计院在施工中随时都会受到建设管理部门的停工和处罚。并认为东马张家港公司也未能按合同约定尽到发包方义务。上述情况均影响了国粮无锡设计院的施工进程。因此东马张家港公司要求无锡中粮公司承担逾期竣工的责任不应支持。
东马张家港公司对无锡中粮公司举证的会议纪要、联系函、工程付款申请表认为均为复印件，真实性无法确认。对施工许可证摘抄记录认为形式上不具备原始性、客观性，对真实性无法确认。但是国粮无锡设计院已经在取得施工许可证前开工，施工许可证补办不影响国粮无锡设计院的施工进度，也不能免除国粮无锡设计院逾期竣工的违约责任。东马张家港公司已经支付了工程款，不存在逾期付款情况。东马张家港公司举证了：1、2006年7（8）月14日国粮无锡设计院申请对非标油罐工程开工的报告，认为该开工报告就是罐区桶槽工程的开工报告。2、东马张家港公司举证了2006年10月21日工程合同开工报告，其中国粮无锡设计院表示开工准备工作已经就绪，申请在2005年7月19日开工，东马张家港公司的监理单位同意开工。
一审法院认为，东马张家港公司举证的开工报告与2006年10月21日工程合同中明确在合同签订前已经实际开工的约定一致，且无锡中粮公司也确认在施工许可证取得前确已实际开工，无锡中粮公司举证的付款申请中也反映工程款涉及2005年11月的工程款，可见未取得施工许可证并未影响国粮无锡设计院的开工，并不影响国粮无锡设计院的施工工期。但是，有关施工许可证上所记载的工程将几份合同约定的工期进行了综合，而施工许可证又是在2008年6月10日补办即在本案工程甲方验收之后，可见在本案所涉工程完工并补办有关证件时，东马张家港公司并未将本案工程及本案合同之后增加的工程各个单独验收，因此本案工程之外增加工程的施工期限也不能排除在工期之外。在有增加工程情况下，东马张家港公司仅挑出本案四份合同，不顾前后工程间的关联性，认为国粮无锡设计院对某份合同逾期竣工依据不足。
从无锡中粮公司的举证及一审法院查证来看，国粮无锡设计院有顺延工期的合理理由。东马张家港公司在工程完工或通过竣工验收多年后提出本案诉讼，国粮无锡设计院表示有关证据无法收集递交，属于合理抗辩。并且，在工程竣工验收时施工单位已经将工程资料移交发包方即东马张家港公司，因此东马张家港公司应承担“谁主张谁举证”的举证责任，以证明东马张家港公司已经完全履行了发包方义务，非发包方原因导致工期延误。但是，在审理中，对于无锡中粮公司举证的有关施工资料：施工许可证摘录、工程付款申请、会议纪要等证据未能举证反驳证据；东马张家港公司也未能举证说明其履行了按期支付工程进度款、及时对增加工程量、变更设计等情况作出答复、及时与国粮无锡设计院确定施工图纸、在国粮无锡设计院延误工期时予以了催告的证据，也即东马张家港公司未能证明工期延误是国粮无锡设计院单方责任。
因此，无锡中粮公司（原国粮无锡设计院）存在逾期竣工或完工的事实不能确认。
综上所述，一审法院认为，东马张家港公司的诉讼请求已经超过诉讼时效期间，且其认为无锡中粮公司存在逾期竣工的事实依据不足，应承担举证不能的不利后果。因此，东马张家港公司的诉讼请求没有事实与法律依据，应予以驳回。依照《中华人民共和国招标投标法》第三条、《中华人民共和国民法通则》第一百三十五条、第一百三十七条、第一百四十条、《中华人民共和国合同法》第二百六十九条、《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款、《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条的规定，一审法院判决：驳回东马棕榈工业（张家港）有限公司的诉讼请求。案件受理费46800元、财产保全费5000元，共计51800元由东马棕榈工业（张家港）有限公司负担。
本院二审期间，东马张家港公司围绕上诉请求提交如下证据：1、（2013）张民初字第2043号民事判决书及该案件审理时的开庭笔录以及银行电汇凭证一份，证明在本案所涉罐区桶槽制作安装工程及厂区管道制作安装交钥匙工程合同中，东马张家港公司履行付款义务的情况已经查明，双方对付款事实进行了确认。2、（2013）张民初字第0825号民事判决书，证明对工程款结算的诉讼时效确认未超期，东马张家港公司实际付款情况是已经超额支付了建设合同相关的应付工程款。本院组织当事人进行了证据交换和质证，无锡中粮公司对上述证据质证认为：对于两份判决书的真实性没有异议。对开庭笔录真实性不认可，该开庭笔录上没有双方当事人的签字。该开庭笔录中关于罐区桶槽安装工程付款情况的陈述，实际上与双方合同中约定的付款方式和时间并不吻合，恰恰证明了其存在逾期付款。关于厂区管道工程的付款记录，我方认为与合同约定的付款时间节点不符，无法证明其按期付款。东马张家港公司陈述的付款情况只是一个付款记录，不代表其没有逾期付款，双方之间签订了28份建设工程合同，东马张家港公司没有任何一笔付款是能够与合同约定对应的，都是采用整体付款的方式，无法区分出具体针对哪一份合同的哪一笔款项。电汇凭证只提供复印件，对其真实性不予认可。
本院另查明，在（2010）张民初字第1253、1254、1255、1256号及（2012）张民初字第0513、0514、0515、0516号案件中，东马张家港公司的诉讼请求为相应工程的修复改建费用及质量问题造成的损失。再查明，一审法院于2013年4月8日立案受理（2013）张民初字第0825号案件，该案中东马张家港公司答辩提出：“本案所涉工程大多未能按时完工，并存在质量不合格等情况，对于逾期竣工的违约金及质量赔款，我方另行提起诉讼。”
本院认为，本案二审中双方的争议焦点首先在于东马张家港公司关于逾期竣工违约金的诉讼请求有无超过诉讼时效。东马张家港公司认为本案诉讼时效应自实际竣工验收时间在后的污水处理工程实际竣工时间起计算两年，期间其曾提起多次诉讼，应构成诉讼时效的中断。无锡中粮公司认为本案诉讼时效应自合同约定的完工期限起计算两年，东马张家港公司之前的诉讼中并未提出逾期完工违约金的诉讼请求，不能构成诉讼时效中断。
对此，本院认为，本案诉讼时效期间应从当事人知道或者应当知道权利被侵害时起计算两年；诉讼时效因提起诉讼、当事人一方提出要求或者同意履行义务而中断。本案东马张家港公司主张的是逾期竣工或完工的违约责任，东马张家港公司自工程实际竣工、完工之日起应当知道是否逾期竣工、完工，其自身权益是否受到侵害，故其主张逾期竣工、完工违约责任的诉讼时效应从本案所涉四项工程实际竣工、完工之日起计算两年。一审法院关于本案诉讼请求应从东马张家港公司确认的、合同约定完工或竣工日开始计算的认定有误，应予纠正。东马张家港公司认为逾期竣工、完工违约金可以从工程款中抵扣并无合同依据和法律依据，逾期竣工、完工违约金诉讼时效的起算时间不能与工程款支付诉讼时效的起算时间等同。在东马张家港公司提起的（2010）张民初字第1253、1254、1255、1256号案件及（2012）张民初字第0513、0514、0515、0516号案件中，东马张家港公司的诉讼请求为相应工程的修复、改建费用及质量问题造成的损失，并未涉及逾期竣工、完工责任，上述诉讼不能造成本案诉讼时效的中断。东马张家港公司在（2013）张民初字第0825号案件答辩时提出另行主张逾期竣工违约金，可以视为本案诉讼时效的中断。综上，即使按照东马张家港公司的主张，本案所涉的四项工程分别于2011年1月18日、2007年10月22日、2008年1月16日、2007年11月17日竣工或完工，东马张家港公司于2014年1月4日提出本案诉讼，已经超过两年的诉讼时效；东马张家港公司在2013年4月8日受理的（2013）张民初字第0825号案件中提出另行主张逾期竣工违约金也已经超过两年的诉讼时效，诉讼时效期间不能重新计算。故东马张家港公司主张权利超过法定诉讼时效，无论无锡中粮公司是否构成逾期竣工，东马张家港公司主张逾期竣工违约金已丧失胜诉权。
综上，上诉人东马张家港公司的上诉主张不能成立，应予驳回；一审判决适用法律有误，本院予以纠正，但实体处理并无不当。依据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第一项之规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费46800元，由东马棕榈工业（张家港）有限公司负担。
本判决为终审判决。
审 判 长 王稚群
审 判 员 叶 刚
代理审判员 郭 锐
二〇一六年八月三十一日
书 记 员 沈华君