安徽省合肥市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2015）合民一终字第04272号
上诉人（原审原告、反诉被告）：安徽金煌建设集团有限公司，住所地合肥市瑶海区琅琊山路47号，组织机构代码75485730-X。
法定代表人：童光金，董事长。
委托代理人：吴梧生，男。
委托代理人：唐智君，安徽安天行律师事务所律师。
上诉人（原审被告、反诉原告）：安徽徽运物流有限公司，住所地安徽省合肥市经济技术开发区桃花工业园玉兰大道与汤口路交口，组织机构代码69897655-7。
法定代表人：隋勇军，总经理。
委托代理人：胡国杰，安徽承义律师事务所律师。
委托代理人：付海峰，安徽承义律师事务所律师。
上诉人安徽金煌建设集团有限公司（以下简称金煌公司）、安徽徽运物流有限公司（以下简称徽运公司）因建设工程施工合同纠纷一案，不服安徽省合肥高新技术产业开发区人民法院（2014）合高新民一初字第01499号民事判决，向本院提起上诉，本院受理后，依法组成合议庭进行了审理，本案现已审理终结。
原审法院经审理查明：2010年12月1日，徽运公司（发包方、甲方）与安徽湖滨建设集团金煌建筑安装有限公司（承包方、乙方，以下简称湖滨金煌公司）签订《建设工程施工合同》及补充协议，双方约定：徽运公司将安徽徽运家电分拣包装配送基地工程发包给湖滨金煌公司，工程造价暂定5500万元，开工日期为2010年12月6日（以开工报告日期为准），竣工日期为2011年8月23日，合同还就违约责任、工程结算、付款方式、双方责任及权利等其他事项进行了约定。《建设工程施工合同补充协议》中第7.1款规定，…工程竣工审计结算（甲方收到乙方完整的决算资料后三个月内审计完毕）全部完成且发包人与承包人都签字、盖章认可后一年内平均分四次付至审决算总价款的95%，余5%作为工程质保金；第7.2款规定，工程质保金在工程竣工验收合格满一年后20日内返还其60%。在工程竣工验收合格满两年后20日内返还其40%（扣除甲方垫付的维修费）；第8.2款规定，结算审计费的支付办法：承包方送审的决算，其审增额由审计单位向承包方收取服务费；审减额由审计单位向发包方收取服务费。工程审减率超过8%以上的，其超过部分审计费由承包方承担。无审减额按基本收费计收，由发包方支付；《建设工程施工合同补充协议》中还规定《建设工程施工合同》与补充协议不一致，以补充协议为准。
合同及补充协议签订后，湖滨金煌公司依约完成了施工任务。应徽运公司要求，2011年12月20日，湖滨金煌公司将未经竣工验收的工程交付给徽运公司使用。2012年6月22日，徽运公司、湖滨金煌公司、监理单位上海智达工程顾问有限公司、设计单位安徽国华建设工程项目管理有限公司四方代表对涉案工程进行了竣工验收，验收结果为优良。2013年9月5日，经安徽华安会计师事务所审计，工程定案金额为41752708元（送审金额为56727060元，审减金额为14996603元），徽运公司及金煌公司（湖滨金煌公司于2012年10月15日更名为金煌公司）予以确认，工程审减率超过8%。
此后，徽运公司支付金煌公司工程款37743264.68元。徽运公司与金煌公司签订的《房屋建筑工程质量保修书》中明确了保修期，其中地基基础工程为工程合理使用期限、防水防渗漏为五年、其他均为两年。
工程在使用过程中，因工程地面出现开裂、下沉等问题，徽运公司多次与金煌公司沟通，2013年10月15日，徽运公司与湖滨金煌公司共同委托安徽省建筑工程质量第二监督检测站进行工程检测。2013年12月25日，徽运公司与金煌公司组织了相关部门召开会议，对金煌公司提交徽运公司的《地面开裂处理方案》进行评审、确定对地面开裂、下沉的原因、针对地面具体维修事宜进行讨论。会议达成如下共识：1、专家确定地面下沉、开裂的原因是回填土压实度不达设计要求造成；2、针对承包方出具的《地面开裂原因分析及处理方案》，专家未完全予以认可，专家及发包方、承包方确认由原设计院出具《安徽徽运家电分拣包装配送基地地面开裂处理意见》，经发包方、承包方认可后实施；3、方案出具后，承包方与发包方签订《维修协议》，发包方支付未结清的二期工程的工程款（由双方法人代表协商），承包方确保春节前完成一个区的维修工作（一个区约5000平米）；4、本次维修所发生的费用在维修结束后，甲乙双方应本着公正友好的态度协商费用分摊比例。
2013年12月31日，原设计单位出具《关于安徽徽运家电分拣包装配送基地地面开裂处理意见》，徽运公司与金煌公司皆盖章予以确认。《意见》载明：“安徽徽运家电分拣包装配送基地室内地面多处开裂，2013年12月25日，由建设单位组织各方责任主体单位和外请省厅专家在肥西县质检站监督下，达成共识，分析认为，地面砼强度满足设计要求。地面开裂主要原因是由于基层回填土压实度不满足要求，造成土壤不均匀下沉，底板下空鼓，地面荷载作用后，地面开裂。考虑本工程已使用近两年，土壤下沉趋于稳定，由于开裂范围比较广，拟准备全地面处理，具体措施如下：1、在地面沿粱边切缝，深度至切断砼内的钢筋网片，约60mm深，让地面砼与粱脱开；2、将整个地面凿毛，在每夸柱网内余额按1.5m＊1.5m的尺寸采用破路机将地面凿开，网络布置；3、分跨采用8T碾压机碾压破碎地面，严禁梁上碾压，柱子四周碾压机不好操作部分各1米范围内，采用大挖掘机拍实，施工操作时严禁碰撞框架柱；4、上述工序结束，待甲方验工合格后，在原破碎地面随浇随抹最薄100厚C25商品混凝土，铺设4钢丝网片，内掺矿物骨料干撒式地面硬化剂，随打随抹光。混凝土厚度控制以成型后比室内地面0.00标高100MM为准。”
2014年1月7日，徽运公司（甲方）与金煌公司（乙方）在《〈地面开裂处理方案〉专家评审》、《安徽徽运家电分拣包装配送基地地面开裂处理意见》的基础上达成《维修协议》，内容为：一、针对室内地面多处开裂现象，安徽国华建设工程项目管理有限公司出具了《关于安徽徽运家电分拣包装配送基地地面开列出意见》，双方同意按照此方案进行分区维修（包括对地面两边的月台进行分区维修），由甲方对维修过程进行监督；二、……；三、维修期限按区独立计算，乙方确保2014年春节前完成一个区（一个区约5000平米）的维修工作（2014年1月8日止清理完一个区货物），第二、三、四区的维修工期（包含对月台分区维修），自接到甲方进场施工通知之日起30日历天，但必须连续施工区与区之间维修不得中断，中断时限为10日内，如中断超过10日甲方应承担相关机械租赁费停工损失费。如乙方逾期，或无正当理由停工的，甲方将有权自行组织安排维修，其维修的费用由乙方承担；四、双方约定甲方按照地面和月台维修进度支付未结清的二期工程的工程款（二期工程施工合同约定的质保金除外），第一个区开工后5日内支付100万元。在维修过程中再支付50万元（2014年1月23日内支付）。第一个区维修完成后甲方应增加支付工程款50万元（由双方法人代表协商，以协商结果为准）。春节后每个区砼浇筑完后支付除质保金外剩余工程款的三分之一；五、在维修施工过程中，乙方应不干扰甲方正常的经营秩序，甲方应给予乙方配合和提供方便，因乙方原因施工所造成的人员人身伤害及财产损失由乙方负责。六、本次维修后，在《建设工程施工合同》原约定的保修期内若仍出现质量问题，乙方按照《建设施工合同》及《建设工程施工合同补充协议》所约定的内容履行相关义务；七、本次维修发生的费用在维修结束后，甲乙双方应本着公正友好的态度协商费用分摊比例。
此后，金煌公司依约进行维修。在维修过程中，2014年1月16日，徽运公司向金煌公司出具联系单，内容为：“关于安徽徽运家电分拣包装配送基地地面开裂处理意见中第三条采用大挖掘机拍实，因仓库净空间达不到大挖掘机操作要求，所以此工序难以实现；此外按照原维修方案将地面提高10cm，将导致仓库使用净空气达不到存货要求，影响仓库存货使用空间。综上所建议：1、将原地面混凝土凿出后外运。2、凿出后地面下沉部分用0.5-4厘米石子找平。3、混凝土厚度控制以成型后与原室内地面0.00标高统一为准。4、其他按照原方案执行。”为此，金煌公司多支出维修返工费8780元。在维修完《维修协议》中的第一区后，2014年3月18日，金煌公司书面通知徽运公司，通知主要内容为：“……协议签订后我公司积极调运机械设备，组织劳动力，筹集资金进入现场维修，经过工人加班加点在春节前那么忙的情况下，按协议约定时间完成一个区的维修工作（货梯边及月台因贵公司2014年春节前不同意维修），但贵公司没有按照维修协议条款履行，违反维修协议第三、第四条，故我公司提出以下意见：1、贵公司应立即补付我公司壹拾万元工程款并承担利息。2、因贵公司不能及时清仓，致使维修中断达1个半月，应承担机械租赁、人工工资等相关损失费。3、按维修协议的维修时间，我公司至少已维修完一个区以上，贵公司应再支付剩余款的三分之一。4、因维修中断时间太长，维修工人因中断时间长而另去其单位上班，故剩余维修工程款量由贵公司负责，维修费按第一区维修费结算从工程保修金中扣除”。此后，徽运公司将金煌公司未维修的二、三、四区以1936545元的合同价款发包给滁州市宏源建设有限公司维修完毕。在庭审中，徽运公司提供了《投标书》及与滁州市宏源建设有限公司的《建设工程施工合同》，金煌公司不予认可。
金煌公司诉至原审法院，请求判令：1、徽运公司支付工程款1921807.92元及利息损失111949.44元（暂计算至2014年7月13日，实际至款清时止）；2、徽运公司返还质保金2087635.4元及承担利息损失85593.08元（暂计算至2014年7月13日，实际至款清时止）；3、徽运公司承担本案诉讼费。徽运公司提起反诉，请求判令：1、金煌公司赔偿我公司工程维修费用1936545元、仓库租金损失1947746.82元、移仓损失150010.2元、工程检测费8000元、审计费198159元、预付工程款利息60000元，以上共计4300461.02元；2、判决金煌公司承担本案的全部诉讼费。
本案在审理过程中，根据徽运公司的申请，原审法院委托安徽省安邦工程项目管理有限公司对安徽徽运家电分拣包装配送基地二、三、四区仓库的地面维修工程造价进行鉴定。安徽省安邦工程项目管理有限公司于2015年3月18日出具皖安工鉴字（2014）010号鉴定报告书，鉴定意见为：维修造价为1907209.41元，并进行了说明：1、…其中四区办公区未维修部分尺寸为17.7m＊8.6m和8.2m＊7.7m，该部分未鉴定，不含在本报告中。2、…；3、因双方对破除的原地坪混凝土外运运距达不成一致意见，本报告按我市常规二环外工程10km考虑计入，外运造价为128904.78元，由贵院裁定。4、对原告主张的第三区不应在本次鉴定范围内，由贵院裁定。本报告三区部分造价鉴定为587705.96元，其中外运43588.78元。5、本次维修造价鉴定的取费、人工调整、优惠率是否受原被告间“安徽徽运家电分拣包装配送基地”的《建筑工程施工合同补充协议》约束，由贵院裁定。我司报告取费按零星工程（0.9）计入；人工根据合造计（2013）13号文按68元每工日调整（自2013年11月1日起执行，涉案工程维修时间为2014年1月以后）计入：优惠率本报告未考虑（我市建筑行业优惠比率一般在15%-30%），依据原、被告的《维修协议》第七条中甲乙双方应本着公正友好的态度协商费用分摊比例精神，由双方协商解决。6、对被告主张的地坪砼应为泵送，由贵院裁定。本报告按照地坪常规做法非泵送砼计入。涉案地坪做法每平方泵送砼与非泵送砼差价1.28元，其中二维修面积4725.7㎡，三维修面积4717.4㎡，四区维修面积4507，6㎡。金煌公司对鉴定报告不予认可。
另查明：2013年2月7日，经金煌公司申请，徽运公司提前支付其工程款164万元，金煌公司承诺因提前要求徽运公司支付工程款，自愿向徽运公司支付利息60000元。
原判认为：金煌公司与徽运公司签订《建筑工程施工合同》及《建筑工程施工合同补充协议》，系双方当事人的真实意思表示，内容并不违反国家法律法规的强制性规定，依法应为有效。金煌公司依约完成了施工并竣工验收合格后，徽运公司理应按约支付工程款，其未按合同约定期限及方式支付款项，构成违约。徽运公司以工程质量不合格拒付工程款，理由不能成立，其应当承担向金煌公司支付工程款1921807.92元（41752708×95%－37743264.68）并承担赔偿逾期付款利息损失的民事责任。《建设工程施工合同补充协议》中约定“……工程竣工审计结算全部完成且发包人与承包人都签字、盖章认可后一年内平均分四次付至审决算总价款的95%，余5%作为工程质保金；工程质保金在工程竣工验收合格满一年后20日内返还其60%。在工程竣工验收合格满两年后20日内返还其40%（扣除甲方垫付的维修费）”，故徽运公司应于2014年9月6日后（2013年9月5日审计完毕＋1年）承担逾期支付工程款利息。扣除维修等费用后的工程质保金利息应自2014年7月13日（2012年6月22日竣工验收＋2年＋20日）起计息，徽运公司对此部分行使先履行抗辩权不符合双方的合同约定，不予认可。
应徽运公司要求，2011年12月20日，金煌公司将未经竣工验收的工程交付给徽运公司使用。2012年6月22日，徽运公司、金煌公司、监理单位上海智达工程顾问有限公司、设计单位安徽国华建设工程项目管理有限公司四方代表对涉案工程进行了竣工验收，验收结果为优良。可见徽运公司虽提前使用了涉案工程，但使用期间并未出现质量问题。此后，因出现质量问题，2013年10月15日，徽运公司与金煌公司共同委托安徽省建筑工程质量第二监督检测站进行工程检测时，工程尚在质量保修期内，承包方未能提供证据证实工程质量是建设方提前使用造成，理应按双方达成的《维修协议》全面履行维修义务。金煌公司未按《维修协议》全面履行维修义务并同意徽运公司委托他人维修，由此而产生的维修费用应由承包方金煌公司承担。
关于工程维修费用。在金煌公司对徽运公司提供的《投标书》及与第三方的《建设工程施工合同》不予认可的情况下，徽运公司向法院申请鉴定，鉴定机构将维修工程作为一个独立建设工程，根据双方认可的维修协议、工程施工图纸结合现场计算，并充分考虑了三区与二、四区的区别，依据相关规定和常规做法作出的鉴定意见，程序合法、证据确实，该院依法予以采信。但独立的建设工程，在建筑行业通常有15%-30%的优惠率，对此鉴定机构未考虑不妥，该院依法酌定优惠15%，维修造价调整为1621128（1907209.41×0.85）元。涉案工程三区虽无沉降，但存在开裂等瑕疵，双方的维修协议中皆认可需要维修，金煌公司辩称三区无需维修，与事实不符，该院不予采纳。金煌公司应赔偿徽运公司工程维修费用1621128元。金煌公司在维修一区期间的费用应自行承担，因徽运公司的原因而产生的返工费8780元，应由徽运公司承担，金煌公司主张抵扣，该院予以抵扣后，金煌公司还应支付徽运公司工程维修费用为1612348元。
工程检测费8000元是检测工程质量问题时实际产生的费用，施工方金煌公司理应承担。在履行建设工程施工合同中，双方就预付工程款利息60000元达成合意，亦应按约履行。因此对徽运公司的关于此部分的诉讼请求，该院依法予以支持。
依照法律的规定，在维修期间，建设方有协助承包方维修的义务，且按照《维修协议》的规定，在维修期间，徽运公司亦应给予金煌公司配合和提供方便，双方应本着公正友好的态度协商费用分摊比例。本案中，徽运公司为了配合维修的正常进行，进行移仓等是其应尽的合同及法律义务，亦可视为其分摊的费用，其要求金煌公司赔偿仓库租金损失1947746.82元、移仓损失150010.2，该院不予支持。徽运公司主张的审计费198159元，因未提供实际产生的证据，该院不予支持，待实际产生后，可另行主张解决。
综上，依照《中华人民共和国合同法》第五条、第六十条、第一百零七条、第一百零九条、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条、《建设工程质量管理条例》第四十一条、《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条的规定，判决：一、安徽徽运物流有限公司于判决生效之日起十日内向安徽金煌建设集团有限公司支付工程款1921807.92元及逾期付款利息（以1921807.92元为基数，按中国人民银行同期同类贷款基准利率计，自2014年9月6日起计至判决确定的履行期限届满之日止）；二、安徽徽运物流有限公司应支付安徽金煌建设集团有限公司工程质保金2087635.4元。三、安徽金煌建设集团有限公司应支付安徽徽运物流有限公司支付工程维修费1612348元、工程检测费8000元、预付工程款利息60000元；四、本判决第二、三项冲抵后，安徽徽运物流有限公司于判决生效之日起十日内向安徽金煌建设集团有限公司返还工程质保金407287.4元并承担利息损失（以407287.4元为基数自2014年7月13日起，按中国人民银行同期同类贷款基准利率计至判决确定的履行期限届满之日止）；五、驳回安徽金煌建设集团有限公司的其它诉讼请求；六、驳回安徽徽运物流有限公司的其它反诉请求。本诉案件受理费40456元，减半收取为20228元，由安徽徽运物流有限公司承担；反诉案件受理费41204元，减半收取为20602元，由安徽金煌建设集团有限公司承担10000元，安徽徽运物流有限公司承担10602元。鉴定费29300元，由安徽金煌建设集团有限公司承担。
金煌公司上诉称：1、一审法院支持徽运公司支付工程款1921807.92元，却未支持徽运公司支付2014年9月6日之前的逾期付款利息156748元，有失公平。2、徽运公司应全额支付工程质保金2087635.4元及逾期付款利息200412元（实际至款清时止）。3、徽运公司的反诉请求与本诉不属于同一法律关系，不应与本诉合并审理。4、退一步说，即使反诉诉请成立，徽运公司也应自行承担擅自变更维修工程的结算方式所产生的后果，皖安工鉴字（2014）010号《鉴定报告》不能作为计算维修费用的依据，工程维修费应参照本公司维修涉案工程一区的费用，法院依据《鉴定报告》认定维修费用实属不当。5、若反诉成立，案涉工程维修的鉴定费用应由徽运公司自行承担，因其没有证据证明其是否委托他人施工、施工过程中实际产生的维修工程量及具体维修金额，其与所谓的施工单位签订的《建设工程施工合同》没有相关的施工资料及工程款审计资料，不能单独作为证据使用。因此，徽运公司应自行承担相关损失及法律后果，一审法院判决该费用由本公司承担实属错误。综上，请求二审法院：1、变更一审判决第一项，判决徽运公司支付2014年9月6日之前的逾期付款利息156748元；2、变更一审判决第二项，判决徽运公司支付逾期支付工程质保金的利息200412元；3、撤销一审判决第三项，驳回徽运公司的反诉请求；4、一、二审诉讼费用由徽运公司承担。
徽运公司辩称：1、本公司并未有逾期付款的违约行为，金煌公司认为原审未依法支持其2014年9月6日之前的逾期付款利息的主张不能成立。2、金煌公司上诉请求全额支付工程质保金2087635.4元及逾期付款利息，无任何依据，本公司不应支付任何所谓的保证金的逾期付款利息。3、本案反诉、本诉显然基于同一法律关系，合并审理符合法律规定，不存在程序瑕疵，原审认定准确。4、原审法院对案涉工程进行造价鉴定，造价事务所出具的《鉴定报告》依据充足，结论合理，原审法院以此作为认定维修费依据完全符合法律规定。金煌公司提出原审法院不应以此作为定案依据的主张不能成立。
徽运公司上诉称：原判既已查明案涉工程质量问题责任在于金煌公司，却并未对金煌公司的违约责任予以追究，有失公允，请求二审法院查明纠正。2、原判适用法律错误，请求二审法院依法改正。金煌公司违规施工造成质量问题显然违约在先，本公司行使先履行抗辩权，暂停支付工程款、保证金合法有据，退一步讲，即使认定本公司无权行驶先履行抗辩权但也未违约，不应承担支付利息的责任。原判仅以在建筑行业通常有15%-30%的优惠率为由，在维修费的基础上酌定扣除15%没有任何法律及事实依据。原判将仓库租金损失、移仓损失认定为本公司应尽义务，视为分摊费用，判定本公司全部承担，毫无依据。3、本公司提交的证据证明已实际支付了审计费，金煌公司应依法支付本公司198159元审计费。综上，请求二审法院判令：1、撤销一审判决第一、二、四、六项、变更第三项、维持第五项；2、在原判第三项维修费数额基础上增加判定294861.41元，即判令金煌公司支付维修费1907209.41元；改判金煌公司支付工程审计费198159元；3、驳回金煌公司的全部本诉请求；4、本案诉讼费、鉴定费全部由金煌公司承担。
金煌公司辩称：1、本公司不存在质量问题，2012年6月22日涉案工程经组织验收、质量合格，双方对此无争议。至于地面开裂原因，实际是因为徽运公司使用不当。涉案工程是在2011年12月10日擅自使用，而关于涉案工程《开裂处理意见》是2013年12月30日。在涉案工程质保期满2年后，徽运公司主张质量责任的理由不能成立。2、徽运公司不享有先履行抗辩权。诉争事实清楚，涉案工程质量合格，徽运公司有义务支付工程款，并在质保期满后，支付质保金。徽运公司拖延支付工程款，应承担相关违约责任，支付逾期利息。3、徽运公司反诉称的维修费用与其应当支付给本公司的质保金是两个法律关系，徽运公司无权抵扣，支付质保金应在先。4、本公司与徽运公司的工程结算显示双方按照18%的优惠率予以结算，一审判决酌定扣除15%没有事实和法律依据，损害了本公司的合法权益，并且徽运公司在一审中，自始至终不能提交其维修费用的依据，应承担举证不能的后果，一审法院站在徽运公司的角度指定鉴定，侵害了本公司的合法权益。徽运公司反诉诉请基于双方签订的维修协议，该协议签订的时间是2014年1月7日，在涉案工程质保期满后该协议约定了双方分摊维修费用，徽运公司配合本公司维修，因此徽运公司有义务腾空需要进行维修的仓库，徽运公司主张仓库租金损失和移仓损失没有依据。
二审期间，徽运公司向本院提供向李彩霞个人转账的银行电子回单，欲证实其已实际支付审计费254942元，金煌公司应依据合同约定支付徽运公司审计费198159元。金煌公司对该份证据不予认可，认为审计费应由审计单位出具发票或收据，李彩霞作为个人其所收款项是否与审计费用有关无法证明。
本院对原审法院查明的其他事实予以确认。
本院认为：金煌公司与徽运公司签订的《建设工程施工合同》及补充协议合法有效，双方均应按约履行。
本案中，金煌公司向徽运公司主张已施工工程款，徽运公司就该施工工程存在的质量问题主张保修责任等，两者系基于同一事实引发的纠纷，原审法院并案审理并无不当。
由于双方当事人对于案涉工程总价款为41752708元及已付款为37743264.68元无异议，一审法院据此认定徽运公司应向金煌公司支付95%的工程款1921807.92元适当，本院予以确认。一审法院根据双方签订的补充协议约定的付款条件，认定徽运公司还应支付金煌公司上述欠款自2014年9月6日以后的利息适当，本院予以确认。对于金煌公司上诉主张的徽运公司应支付上述欠款2014年9月6日之前的利息，与双方所签补充协议的约定不符，本院不予支持。
由于金煌公司所施工的案涉工程在质保期内出现质量问题，金煌公司应承担保修责任。金煌公司没有全面履行双方签订的《维修协议》，致使徽运公司另行委托他人维修，所产生的维修费用应由金煌公司承担。原审法院在金煌公司不认可徽运公司主张的维修费用的情形下，依法委托鉴定单位根据双方认可的维修方案、施工图纸及现场情形出具的鉴定报告符合法律规定，应当作为确定维修费用的定案依据。原审法院在双方当事人未就维修费用的优惠问题协商一致的情形下，仅以建筑行业的通例为由扣除15%的维修费用，有失妥当，本院予以纠正并确定维修费用为1907209.41元。扣除徽运公司的返工费8780元，应为1898429.41元。
金煌公司本身即负有承担案涉工程质量保修责任，但金煌公司未能全面履行保修义务，势必给徽运公司造成损失。徽运公司主张的仓库租金损失、移仓损失，虽然所举证据不足以证实实际损失的数额，但该损失应当存在。考虑到双方当事人在《维修协议》中曾约定协商费用分摊比例，原审法院据此认定徽运公司的上述损失作为其对维修费用的分摊较为合理，本院予以维持。
徽运公司主张金煌公司承担审计费用的问题，徽运公司二审期间提供了向李彩霞个人转款的凭证，但确定审计费用的有效证据应当是审计单位出具的收费发票，在徽运公司不能提供上述发票的情形下，原审法院对此不予支持适当，本院予以维持。
综上，根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（一）、（二）项之规定，判决如下：
一、维持安徽省合肥高新技术产业开发区人民法院（2014）合高新民一初字第01499号民事判决第一项、第二项、第五项、第六项，即“安徽徽运物流有限公司于判决生效之日起十日内向安徽金煌建设集团有限公司支付工程款1921807.92元及逾期付款利息（以1921807.92元为基数，按中国人民银行同期同类贷款基准利率计，自2014年9月6日起计至判决确定的履行期限届满之日止）”、“安徽徽运物流有限公司应支付安徽金煌建设集团有限公司工程质保金2087635.4元”、“驳回安徽金煌建设集团有限公司的其它诉讼请求”、“驳回安徽徽运物流有限公司的其它反诉请求”；
二、变更安徽省合肥高新技术产业开发区人民法院（2014）合高新民一初字第01499号民事判决第三项“安徽金煌建设集团有限公司应支付安徽徽运物流有限公司支付工程维修费1612348元、工程检测费8000元、预付工程款利息60000元”为：安徽金煌建设集团有限公司应支付安徽徽运物流有限公司支付工程维修费1898429.41元、工程检测费8000元、预付工程款利息60000元；
三、撤销安徽省合肥高新技术产业开发区人民法院（2014）合高新民一初字第01499号民事判决第四项，即：“本判决第二、三项冲抵后，安徽徽运物流有限公司于判决生效之日起十日内向安徽金煌建设集团有限公司返还工程质保金407287.4元并承担利息损失（以407287.4元为基数自2014年7月13日起，按中国人民银行同期同类贷款基准利率计至判决确定的履行期限届满之日止）”；
四、本判决第一项中安徽徽运物流有限公司应支付安徽金煌建设集团有限公司工程质保金2087635.4元与本判决第二项冲抵后，安徽徽运物流有限公司应于本判决生效之日起十日内向安徽金煌建设集团有限公司返还工程质保金121205.99元并承担利息损失（以121205.99元为基数自2014年7月13日起，按中国人民银行同期同类贷款基准利率计至本判决确定的履行期限届满之日止）。
本案一审本诉案件受理费40456元，减半收取为20228元，由安徽徽运物流有限公司承担；反诉案件受理费41204元，减半收取为20602元，由安徽金煌建设集团有限公司承担10000元，安徽徽运物流有限公司承担10602元。鉴定费29300元，由安徽金煌建设集团有限公司承担。二审案件受理费64304元，由安徽徽运物流有限公司承担40000元，安徽金煌建设集团有限公司承担24304元。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本判决为终审判决。
审 判 长 张 勇
审 判 员 马枫蔷
代理审判员 余海兰
二〇一五年十二月八日
书 记 员 胡梦云
附相关的法律条文：
《中华人民共和国民事诉讼法》
第一百七十条第二审人民法院对上诉案件，经过审理，按照下列情形，分别处理：
（一）原判决、裁定认定事实清楚，适用法律正确的，以判决、裁定方式驳回上诉，维持原判决、裁定；
（二）原判决、裁定认定事实错误或者适用法律错误的，以判决、裁定方式依法改判、撤销或者变更；
（三）原判决认定基本事实不清的，裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审，或者查清事实后改判；
（四）原判决遗漏当事人或者违法缺席判决等严重违反法定程序的，裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审。
原审人民法院对发回重审的案件作出判决后，当事人提起上诉的，第二审人民法院不得再次发回重审。