江西省赣州市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2017）赣07民终1170号
上诉人（原审本诉原告、反诉被告）：赣州市百辰实业发展有限公司。住所地：赣州市章贡区健康路***号。
负责人：刘仕伟，系该公司经理。
委托诉讼代理人：郭明忠，大余县弘大法律服务所法律工作者。
上诉人（原审本诉被告、反诉原告）：赣州市南康区赤土畲族乡人民政府。住所地：南康区赤土老街上。
法定代表人：邹建华，系该乡乡长。
委托诉讼代理人：谢月烺，江西金蓉律师事务所律师。
第三人：罗福清，男，1949年7月19日出生，汉族，江西省赣州市人，住赣州市南康区。
第三人：罗春华，男，1969年4月29日出生，汉族，江西省赣州市人，住赣州市南康区。
上诉人赣州市百辰实业发展有限公司（下称百辰公司）因与上诉人赣州市南康区赤土畲族乡人民政府（下称赤土乡政府）合同纠纷一案，双方均不服赣州市南康区人民法院（2010）康民一重初字第55号民事判决，分别向本院提起上诉。本院立案后，依法组成合议庭审理了本案，现已审理终结。
百辰公司上诉请求：1、改判原审判决第四项为“由赣州市南康区赤土畲族乡人民政府赔偿赣州市百辰实业发展有限公司土地款计432146.2元（580.20㎡×831元/㎡）”；2、本案原一审、重审、上诉费，鉴定费等由赤土乡政府负担。其上诉理由如下：1、一审中江西中浩房地产评估有限公司的评估意见是经百辰公司申请，由一审法院委托的评估。但一审法院最后不认定该评估意见中的831元/㎡，而是自行以368元/㎡进行判决处理，该处理不妥。2、一审中，赤土乡政府反诉的标的额140827.90元，其反诉受理费应减半收取为1558元，而一审判决的主文中则认定反诉案件受理费3117元，由赤土乡政府负担935元，由百辰公司负担2182元，属适用法律错误。3、赤土乡政府反诉不符合法律，请求驳回其反诉。
赤土乡政府答辩称：1、一审虽然进行了评估，但合同中有明确约定补偿地价300元/㎡，是当事人意思自治行为。2、根据法律规定，案件受理费不能成为单独上诉的理由。3、我方反诉具有法律依据。
赤土乡政府上诉请求：改判驳回百辰公司的全部诉讼请求。其上诉理由如下：1、该16万元是补偿性质，赤土乡政府仅是暂时代管。百辰公司并未提交证据证明该16万元用于何处或确实用于了新建农贸市场的征地补偿。2、一审判决的判项一与判项二、三的内容相冲突，判项二、三的相关费用并未经赤土乡政府确认，此二项费用是否包含在判项一的16万元之中，一审判决并未进行查明。3、一审判决赤土乡政府支付百辰公司占用土地差额213513.60元是错误的。即使要计算此占用土地差额，也不能按一审法院仅仅根据“可比性、合理性”而得出单价368元/㎡。根据拆迁安置方案，此单价要计算，也只能按300元/㎡进行计算。4、百辰公司并非适格当事人，并且其起诉已经超过诉讼时效。
百辰公司答辩称：1、对于土地补偿价问题，赤土乡政府占用了多少土地就应按土地面积的市场价补偿，我方仅是要求按当时的市场价与现在的市场价进行平衡。2、我方没有超过诉讼时效。
两第三人对双方的上诉均没有意见，请求法院实事求是，依法处理。
百辰公司在一审重审中的诉讼请求为：1、判决赤土乡政府返还百辰公司为赤土乡政府垫资的拆迁征地费16万元、征地补偿费14923.75元、台班费9050元、三相电转让费2400元、支付附街、排水沟工程款48963.70元，合计人民币235337.45元，2、责令赤土乡政府退回配套费60083.25元给百辰公司；3、责令赤土乡政府补偿因短少宅基地1211.97平方米抵资100.71万元给百辰公司；4、因百辰公司代赤土乡政府退回给购房户的面积短少及审批费24510.03元、其他损失4023元，合计28533.03元，责令赤土乡政府补偿给百辰公司。上述款项从2002年5月29日开始按中国人民银行同期贷款利率给付利息。5、责令赤土乡政府承担本案鉴定费24100元及诉讼费19920元。
赤土乡政府在一审重审中的反诉请求为：请求法院判令百辰公司支付管理费和城市配套费合计140827.90元给赤土乡政府。
一审法院认定的事实：1998年12月30日，南康市赤土镇人民政府（甲方）与赣州地区中皇物业管理开发有限公司（乙方，简称中皇物业）签订《联合开发代建农民街的协议书》，约定：1、新建农民街地点为镇供销社和中心小学路口往南至桥北头，长约400米、水泥路面；2、新建主街一条，长约400米，宽20米，其中水泥路面8米。附街二条各50米长、10米宽；街道两旁是店面，每间宽4.8米，纵深根据地形安排并做好排水沟。3、开发形式:联合承办，乙方投资，自负盈亏，甲方收取管理费。4、甲方负责在1999年1月10日前办好用地手续和拆迁工作（拆迁补偿条款另行协商），拆迁补偿及征地费用由乙方承担（见“征地手续”后七天内付款20万元，包括青苗补助费）。乙方负责店面的基础（大脚）等工程资金投入，并选定施工队伍，按照双方确定的施工方案，工程达到“合格”标准。街道路基、排水设施在1999年6月底前完工，农贸市场在1999年8月底前完工，水泥路面在1999年12月底完工。5、新建的中心小学临街应留足80米宽，其余店面全部拍卖，并由镇政府办理各项手续（费用由农户或乙方负责），镇政府按每平方米收取30元的圩镇配套费。6、店面（宅基地）的价格由乙方确定后按程序办理（以甲方名义销售，开具政府收款收据，乙方派人直接收款），销售收入全部归乙方所有，甲方在销售收入的100%（除办证手续费和圩镇规划配套费）中收取3-5%的管理费。7、在原乡企办处建农贸市场，约1500平方米的钢栅架，由乙方垫资代建，预决算须经甲方认可，市场三面（即南、西、北面）的店面位置全归甲方销售，垫资从出售收入中返还。双方均在该协议盖章，并由甲方代表及乙方代表刘仕伟签字。1998年12月31日，中皇物业将黄金大街工程转包给李书琦，双方签订《工程施工协议书》。1999年3月23日，中皇物业将黄金大街部分工程转包给王家祥、曾祥文，双方签订《工程施工协议书》。1999年4月1日，原赤土镇人民政府制作《赤土镇黄金大街、农贸市场项目建议书》并向市计委请示，同时制定了拆迁方案并报请原南康市政府批准，1999年4月12日，原南康市计委批复同意建设，1999年5月17日，原南康市政府批复同意拆迁方案。1999年8月23日，双方签订《补充协议书》，约定：1、从老街供销社原店面临街外墙，黄金大街两边各长90米（包括原中心小学门口和该留的过道）划给甲方安排拆迁或出售。2、乙方除给付甲方20万元征地费用外，凡是为了开发“黄金大道及农贸市场”所要拆迁的房屋和其他设施，要征用田、土、道路、空坪、荒山荒坡、果林（含大道和两边的店面共58米宽）等，一概由甲方负责，安置补偿费用均由甲方负责。3、原合同中，甲方收取乙方城市配套费，每平方米30元改为15元。4、附街、农贸市场内所有工程由乙方投资代建，费用在城市配套费中抵扣，不足部分从甲方出售店面宅基地后补偿给乙方，在验收合格一个月内全部工程款付清。原告与被告已盖章确认，甲方代表及乙方代表刘仕伟签字。1999年7月27日，原告将20万元转入原赤土镇财政所作为征地费用。2000年4月17日，原告向被告发出《催办通知》，要求其4月30日前完成农贸市场和5月30日前完成黄金大街主街的征地拆迁，被告于同年4月25日签收该通知。2000年8月3日，原告办理了建设用地规划许可证，规划用地面积为1105平方米。2000年10月30日，原告与赣州市章贡区物资局代表张永华签订《关于赤土镇黄金开发区土地产承包经营协议》，原告将黄金大街约300米水泥路面及两边未完善的排水沟转包给赣州市章贡区物资局，其它工程由原告完善。2002年5月22日，因二条附街、新农贸市场建设及黄金大街拆迁、安置、补偿等问题，被告作为甲方，与原告负责人刘仕伟（乙方）签订《协议书》一份，约定：1、新农贸市场、二条主排水沟、明沟、副排水沟及二条附街、主排水沟、副排水沟由乙方垫资建造；2、黄金大街连接老街遗留的12栋房屋（包括中学食堂等建筑）未拆迁，其拆迁、征地补偿费约需16万元，费用由乙方垫资、甲方代付；3、以农贸市场四周的店面抵乙方的垫资，根据拆迁安置方案，被拆迁户的建筑占地面积少于安置面积部分应按300元/平方米的价格补差，此项收入抵乙方垫资。4、甲方负责拆迁、征地、安置等工作，调解好各项纠纷；乙方负责新农贸市场地面平整、硬化和二条附街的建设及资金；5、乙方应五天内将垫付的补偿费16万元存入银行，该资金由双方共同监控；甲方争取在二个月左右做好拆迁、征地工作，乙方应在三个月内把农贸市场、黄金大街及二条附街的所有工程完工（中学食堂必须在9月1日前完工）。被告委托杨开文以其名义分别在农村信用社、农行营业所设立双控账户（刘仕伟掌管存折，杨开文掌管密码和证件），刘仕伟分别于2002年5月29日存入20000元，11月10日存入50000元，11月14日存入20000元到农行账户，5月30日存入70000元，10月21日存入10000元到信用社账户，约定的16万元已全部到账,二账户余额分别为55.45元和169.67元。因征地拆迁工作未能按期完成，协议在不断变更之中，原告也未在约定的时间内完工。黄金大街的主街部分工程完工，先后出售了29套店面，共计2946.39㎡，共计金额为86.940063万元。包括审批费、配套费等费用（如收据No0038533张正勇购地款及审批、配套费计21800元）。黄金大街一套和二附街四套共计580.20㎡的宅基地给了张正洪、张正健、张正勇、张正连、张正雄、张水西、张仁裕。原告在农贸市场平整了部分土地，支付台班费（机械平整土地的工资/每台/小时，行业称为台班费）9050元，垫付征地、拆迁补偿费14923.75元，支付张正海三相电转让费2400元。完成二条附街排水沟的部分工程，经鉴定工程量总造价为人民币48963.70元。以上涉案工程未见原告与被告全面的、完整的竣工验收报告，购地款及审批费、配套费等费用也未进行结算，未说明双方的投资、收益金额，原审法院在审理过程中已向双方释明未结算的法律后果。2006年1月16日，被告在派员和电话联系原告无果的情况下把黄金大街剩余工程转包给第三人罗福清、罗春华，双方签订《关于黄金街开发善后工作的协议书》，第三人必须于2006年9月30日前拆迁安置黄金大街两侧用地的房屋、按标准硬化（稳定层厚度12厘米、路面厚度20厘米、路面宽度8米），修建好两侧水沟并加盖好盖板。被告将拍卖所得的农贸市场5间地皮划给第三人（见2004年10月8日赣市拍字第000057号），作为完善黄金大街工程的费用，有关剩余工程也未见第三人与被告的竣工验收报告，有关第三人罗福清、罗春华的投入和收益双方未提供证据，故无法查清。审理过程中，原告申请对两条附街及排水沟的工程量进行鉴定，2012年9月11日，赣州东升会计司法鉴定所根据本院委托，作出赣东司鉴字[2012]03号《司法技术鉴定书》，评定两条附街及排水沟（除农贸市场外）的工程量总造价为48963.70元，鉴定费8000元。另外，原告申请对短少宅基地1211.97㎡进行评估，经江西中浩房地产评估有限公司估价，以2009年11月19日为基准日，每平方米为831元，共计100.71万元，鉴定费16100元。有关短少宅基地补差，2002年9月4日，刘仕伟与肖诗龙、邱兴华签订协议，对店面短少面积分别按368元、358.80元/平方米进行补差。赣州市百辰实业发展有限公司前身系原赣州市中皇物业管理开发有限公司，刘仕伟系该公司总经理。百辰公司因未按时进行企业年检，于2002年12月12日被赣州市工商行政管理局吊销企业法人营业执照，但该公司尚未清算，也未办理注销公司登记，现由该公司总经理刘仕伟负责公司对外活动。赣州市百辰实业发展有限公司开发黄金大街销售面积为2946.39㎡，金额为869400.63元，城市配套费82010.90元，包含审批费、配套费、工本费。2002年1月26日，反诉原告按3%收取肖诗龙、邱兴华、邱志阳的管理费，计3240元，对收取标准和金额无明确的结算金额，但在反诉原告提交的购买地基人员中不包含邱兴华、邱志阳的管理费。城市配套费82010.90元包含审批费和其它费用，根据约定是按面积收取15元/㎡，统计表中销售面积为2946.39㎡，双方未提供建房审批表，只提供了收款收据，实际上还存在面积短少而退款的情况。
一审法院认为：一、关于原告是否具备诉讼主体资格及本案是否超过诉讼时效问题。原告前身系原赣州市中皇物业管理开发有限公司，刘仕伟系该公司法定代表人，原告的企业法人营业执照被吊销，但该公司尚未清算，也未办理注销公司登记，由总经理负责公司对外活动，故刘仕伟与被告签订《协议书》应认定为履行职务行为。因此，赣州市百辰实业发展有限公司系适格的原告。原告于2008年5月知道被告将遗留工程发包给了第三人罗福清、罗春华，2010年1月6日提起诉讼，故被告辩称本案已超过诉讼时效，因缺乏事实和法律依据，本院不予采信。二、关于三份《协议书》的效力及关联性。原、被告签订的《联合开发代建农民街的协议书》、《补充协议书》、《协议书》，从内容的表述上，如第一份（按时间顺序表述）协议为“联合开发代建农民街（黄金大街）”；第二份协议为“就联合开发黄金大街及农贸市场的有关事项达成如下补充协议”；第三份协议为“就二条附街、新农贸市场建设及黄金大街拆迁、安置、补偿等问题订立协议如下”，后协议是对前面协议补充，都是为了完成第一份协议的工程，但权利义务上作了重大调整，如第一份协议为“联合开发大街约300米，乙方投资，销售收入全部归乙方所有，自负盈亏，甲方收取3-5%管理费及城市配套费”；第二份协议为“大街90米划给甲方出售；乙方除付给甲方20万元征地费用外，凡是拆迁、征地一概由甲方负责，补偿费用均由甲方负责”；第三份协议为“二条附街、新农贸市场建设由乙方垫资建造，补偿费约16万元由乙方垫资、甲方代付”。上述协议系双方真实意思表示，且开发黄金大街有政府的批复、抄告单，并不违法，应认定三份《协议书》具有法律效力且有关联性，对双方均具约束力。三、关于三份《协议书》的履行情况。原告付给甲方20万元和16万元征地费用，被告未提出异议。但原告未按时按量完成工程（从原告于2002年3月5日向原南康市人民政府的报告和被告与第三人签订的协议书可以看出原告未完成的工程），涉案工程缺验收报告，没有证明工程达到“合格”的依据，说明工程仍处于未竣工状态。黄金大街及二附街只有部分开发，被告未按协议完成拆迁、征地工作是原因之一，新农贸市场未能如期开发，双方不断变更协议内容，主要是被告违约，虽对违约行为的处理没有明确的约定，但原告可依法请求赔偿损失。原告与被告签订协议后，把大部分工程转包给李书琦、王家祥、曾祥文、章贡区物资局，造成原告与被告之间、被告与第三人之间的工程量无法确定，又没有全面完整的验收、结算报告，影响本案有关违约、履行事实的查明、认定和处理。根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百五十三条规定，人民法院审理案件，其中一部分事实已经清楚，可以就该部分先行判决。第三人与被告是另一合同（剩余工程）的当事人，不属同一法律关系，不涉及本案原告与被告之间的权利义务。四、关于本案原告诉讼请求的依据及处理。1、关于原告请求判决被告返还垫资兴建农贸市场拆迁费16万元、征地补偿费14923.75元、台班费9050元、三相电转让费2400元、支付附街工程款48963.70元，合计人民币235337.45元，并从2002年5月29日开始按中国人民银行同期贷款利率给付利息。根据协议“附街、农贸市场内所有工程由乙方投资代建，费用在城市配套费中抵扣，不足部分从甲方出售店面宅地后补偿给乙方，在验收合格一个月内全款付清。补偿费约16万元由乙方垫资、甲方代付”，双方对原告存入指定银行账户16万元没有异议，主要争议是16万元用于何处，原告诉称用于征地拆迁，被告辩称是原告个人开支，因“甲方（政府）代付”，证明16万元用于何处的责任在被告，如其举证不能，应承担相应的法律后果，从现有的证据，被告未能举证，且农贸市场未能开发，被告未按协议完成拆迁、征地工作是原因之一，原告请求返还垫资16万元应予支持，被告如有新证据证明这16万元被刘仕伟挪着他用，可另行依法处理。因约定“凡是拆迁、征地一概由甲方负责，补偿费用均由甲方负责”，原告垫付的征地补偿费14923.75元、三相电转让费2400元都与征地有关，故此费用应由被告支付。原告垫付的平整农贸市场土地开支的台班费9050元、附街排水沟工程款48963.70元，也应由被告支付。原告主张上述款项按中国人民银行同期贷款利率给付利息，符合相关法律规定，但起息时间应从实际中止合同（将剩余工程转包给第三人）之日（2006年1月16日）开始计算。2、关于责令被告退回配套费60083.25元给原告。根据协议“甲方收取3-5%管理费及城市配套费”，因此，配套费的收取属于被告的权利，原告的请求缺乏合同约定的依据，故本院不予支持。3、关于责令被告退还宅基地1211.97㎡抵资100.71万元给原告。首先，退还宅基地1211.97平方米的依据。第一，根据协议“联合开发大街约300米”，起止位置不明确；“约300米”是个概数；黄金大街到月形桥头具体位置不明确；涉案工程没有验收报告，原告浇灌水泥路面距月形桥头的距离不明确，无法说明大街的长度是否有300米。原告要求补偿月形桥头黄金大街两边分别为10米计195㎡、15米计292.5㎡（示意图中标注的35、36号位置）宅基地缺乏依据。第二，根据协议“街道两旁是店面，每间宽4.8米，纵深根据地形安排”，未明确店面的纵深长度，原告要求补偿黄金大街上部分店面深度不足的宅基地缺乏依据。第三，已出售29套店面共计2946.39㎡，已经超出《建设用地规划许可证》确定的用地面积（1105㎡）。第四，被告将黄金大街一套和二附街四套共计580.20㎡用于安置张正洪、张正健、张正勇、张正连、张正雄、张水西、张仁裕，这些宅基地的出售权属于原告，虽没有安置合同或政府的审批表，但有收款收据和证人证言，可以说明是被告占用原告宅基地580.20㎡用于安置。其次，抵资100.71万元存在争议，虽然经过了鉴定，因为基准日不同，价格就不同，经江西中浩房地产评估有限公司估价，以2009年11月19日为基准日，831元/㎡，根据拆迁安置方案，被拆迁户的建筑占地面积少于安置面积部分应按300元/㎡的价格补差，此项收入抵乙方垫资。2002年9月4日，刘仕伟与肖诗龙、邱兴华签订协议，对店面短少面积分别按368元、358.80元/㎡进行补差，如何确定合理的价格也是焦点之一。因为都是处理店面短少面积问题，时间又接近纠纷发生，具有可比性、合理性，可按368元/㎡进行补差，由被告补偿原告213513.60元（580.2㎡×368元/㎡）。4、关于责令被告退回因原告代被告退回给购房户的面积短少及审批费24510.03元、其他损失4023元，合计28533.03元。因双方没有约定店面的面积，是否面积短少没有依据，本院不予支持。5、关于利息起算时间的问题，原告主张从2002年5月29日开始按中国人民银行同期贷款利率给付利息。结合本案情况，被告将剩余工程转包给第三人之日（2006年1月16日），标志从此对原告工程款项的确认，被告未按时给付工程款项，即造成原告财产的损失，故应开始计算利息。同期中国人民银行贷款年利率为5.22%。6、关于责令被告承担本案鉴定费用24100元。鉴定费24100元属合理损失，本院予以确认，因涉案工程缺乏验收“合格”报告，原告有部分工程未完，被告有部分拆迁、征地工作未完，导致本起纠纷，双方均有责任，根据双方责任分担。五、关于反诉的处理。反诉原告请求法院判令反诉被告（本诉原告）赣州市百辰实业发展有限公司支付管理费和城市配套费合计140827.90元给反诉原告。反诉被告赣州市百辰实业发展有限公司认可管理费按3%计算，城市配套费按面积计算，但已折抵部分，实际只欠管理费和城市配套费31266.44元。因双方没有结算，根据收据反映的地皮面积为2946.39㎡，收入869400.63元，管理费为26082元，城市配套费为44195.85元。反诉被告提出的抵扣项目，证据不足，不予支持，如果有新证据可另行主张予以核减。综上，经一审法院审判委员会讨论决定，依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百一十九条、第一百二十条，《中华人民共和国民法通则》第四十五条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条、第一百五十三条规定，判决:一、由被告赣州市南康区赤土畲族乡人民政府支付原告赣州市百辰实业发展有限公司垫付新建农贸市场征地补偿款16万元。二、由被告赣州市南康区赤土畲族乡人民政府支付原告赣州市百辰实业发展有限公司垫付新建农贸市场的拆迁征地补偿费14923.75元、三相电转让费2400元、台班费9050元。三、由被告赣州市南康区赤土畲族乡人民政府补偿原告赣州市百辰实业发展有限公司对二条附街及排水沟工程的投资48963.73元。四、由被告赣州市南康区赤土畲族乡人民政府补偿原告赣州市百辰实业发展有限公司占用土地差额213513.60元。五、反诉被告赣州市百辰实业发展有限公司支付给反诉原告赣州市南康区赤土畲族乡人民政府管理费和城市配套费70277.85元。六、上述第一至第四项合计448851.08元，第五项70277.85元，抵扣后被告赣州市南康区赤土畲族乡人民政府仍应支付给378573.23元给原告，被告在付款的同时，按中国人民银行同期贷款年利率5.22%给付利息，从2006年1月16日开始计算利息至付清之日止，限被告于本判决发生法律效力之日起一个月内履行完毕。七、驳回原告赣州市百辰实业发展有限公司其他诉讼请求。八、驳回反诉原告赣州市南康区赤土畲族乡人民政府的其他诉讼请求。如果未按本判决规定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。案件受理费19920元（原审预交6056元、重审时补交13864元），鉴定费24100元，由原告负担13206元，由被告负担30814元。反诉受理费3117元，由反诉原告赣州市南康区赤土畲族乡人民政府负担935元，反诉被告赣州市百辰实业发展有限公司负担2182元。
二审审理中，上诉人赤土乡政府向法庭提交张正勇、张仁裕、张龙洪房屋的《集体土地使用权证》各一份及张正勇的交费凭证。百辰公司质证认为，该几份《集体土地使用权证》不是案涉土地上的土地使用权证。本院对其真实性予以确认。
二审审理中，上诉人百辰公司向法庭提交：1、赤土镇中心小学征地示意图、赤土镇中心小学平面图、关于请求缓交中心小学搬迁造地费报告各一份、1999年征（拨）地通知单两份；2、赤土镇中心小学征地领款表一份。上述证据用以证明案涉土地为国有土地，且涉案征地户已领取征地款。赤土乡政府质证认为，上述证据仅能证明赤土镇中心小学及其基础设施的用地，不属本院涉及的土地范围，不能涵盖本案诉争土地之范围。
本院经审查，对赤土镇中心小学提交的张正勇、张仁裕、张龙洪房屋的《集体土地使用权证》真实性、合法性和关联性予以认定。对百辰公司提交的上述证据与本案的关联性不予认定。
二审审理中，两第三人未提交新的证据。
二审确认一审查明的事实。
二审另查明：赤土乡政府占用按协议应由百辰公司处分的宅基地580.20㎡用于安置张正洪、张正健、张正勇、张正连、张正雄、张水西、张仁裕，这些安置宅基地为集体土地，并非国有出让土地。
本院认为：关于诉讼时效问题。虽然双方的协议始于1998年，中间还签订了几份补充协议。双方的协议距今时间跨度大，但双方并未就协议款项进行结算，百辰公司在该项目中是盈是亏并未确定，债权债务的数额并未明确。诉讼时效的起算点是债权确定之日起，而债权数额未确定，则债权不确定。故赤土乡政府主张本案超过诉讼时效，没有法律依据。赤土乡政府主张，其是与刘仕伟个人签订的合同，百辰公司不具有诉讼主体资格。但刘仕伟本来就是百辰公司的法定代表人，其在本案诉讼过程中，也认可其是代表百辰公司签订的合同，并认可合同的履行以及合同债权均属于百辰公司。故百辰公司提起诉讼，具有诉讼主体资格。关于16万元的问题。根据查明的事实，该16万元是百辰公司按照协议约定打入赤土乡政府指定的其工作人员的银行账户中，可视为已经给付到了赤土乡政府。但赤土乡政府并未提交证据证明其已经将该16万元为百辰公司垫付了百辰公司按约定应当承担的款项。故百辰公司诉请返还具有事实与法律依据。
关于赤土乡政府占用按协议应由百辰公司处分的宅基地580.20㎡用于安置的补偿价格问题。双方在各自的上诉中，对于土地面积差为580.20㎡这一点没有异议，但对补偿的价格标准有异议。赤土乡政府称，双方协议约定的土地面积补差的价格为300元/㎡，即便应当补差，也应当按300元/㎡进行补差。而百辰公司认为，既然法院委托了江西中浩房地产评估有限公司进行评估，就应当按照该评估结果进行判决。本院认为，江西中浩房地产评估有限公司的评估结论所依据的土地是国有出让土地，而本案协议中，由百辰公司处分并收益的土地并未明确约定为国有出让土地。而且，赤土乡政府占用的该580.20㎡是用于安置张正洪、张正健、张正勇、张正连、张正雄、张水西、张仁裕的，但从二审中赤土乡政府提交的张仁裕、张正勇、张龙洪住宅所占用宅基地的《土地使用权证》来看，这些安置的土地为集体土地，并非国有出让土地。百辰公司认为二审中赤土乡政府提交的张仁裕、张正勇、张龙洪住宅所占用宅基地的《土地使用权证》不是案涉580.20㎡土地的使用权证，但又不能提交证据支持，而二审中赤土乡政府提交的《土地使用权证》所载明的土地座落明确载明为赤土圩黄金大街。故江西中浩房地产评估有限公司的评估结论不应作为本案土地补差的依据。对于赤土乡政府主张的按约定价300元/㎡进行补偿的问题。经查，2002年5月22日双方的协议第三条第2款中约定，“根据黄金大街拆迁安置方案，被拆迁户的建筑占地面积少于安置面积部分，应按300元/㎡的价格向赤土乡政府缴地基款，此款收入抵百辰公司垫资”。由此可见，该款是针对被拆迁户的土地面积补偿，并非针对赤土乡政府占用原本属于百辰公司使用的该580.20㎡土地的补偿约定。因此，一审法院结合本案实际情况，酌定按368元/㎡进行补差，该项处理是妥当的。
另外，赤土乡政府的一审反诉请求数额为140827.90元，该诉讼请求金额所对应的案件受理费数额为3117元，但由于赤土乡政府系反诉，根据中华人民共和国第481号国务院令《诉讼费用交纳办法》第十八条“被告提起反诉、有独立请求权的第三人提出与本案有关的诉讼请求，人民法院决定合并审理的，分别减半交纳案件受理费”之规定，对赤土乡政府的反诉应减半收取案件受理费1558.50元。一审法院未减半收取，处理不当。一审法院虽不是收取百辰公司的诉讼费错误，但分配诉讼费后势必增加百辰公司的诉讼费负担，且百辰公司并非单独对一审诉讼费用的收取和分配有异议，而是在提出其他上诉请求中一并提出该项上诉理由，故应予纠正。
本案合同签订时间久远，合同履行时间跨度大，部分事实无法查清，一审对于查清的部分先行处理，是妥当的。本院二审也仅就上诉人的上诉请求部分进行审理。除一审反诉费收取错误之外，两上诉人的其他上诉请求均不成立，本院不予支持。依据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十三条第一款第（一）项之规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
一审案件受理费19920元（原一审预交6056元、重审时补交13864元），鉴定费24100元，由百辰公司负担13206元，由赤土乡政府负担30814元。一审反诉受理费1558.50元，由赤土乡政府负担558.50元，百辰公司负担1000元。二审案件受理费28453元（百辰公司已预交8533元，赤土乡政府已预交19920元），由百辰公司负担8533元，由赤土乡政府负担19920元。
本判决为终审判决。
审判长 郑小兵
审判员 赖国东
审判员 王阿婷
二〇一七年七月二十八日
书记员 钟 琳