重庆市第四中级人民法院
民 事 判 决 书
（2013）渝四中法民初字第00062号
原告：重庆毕兹卡生物医药股份有限公司。住所地：重庆市石柱土家族自治县
法定代表人：黄文荣，该公司董事长。
委托代理人：李显锋，男，汉族，1979年9月30日出生，住重庆市江北区。
委托代理人：郑鑫龙，男，1988年8月4日出生，住重庆市沙坪坝区。
被告：重庆翔宇建筑（集团）有限公司。住所地：重庆市大足区
法定代表人：刘毅，该公司董事长。
委托代理人：陈伟，重庆川东南律师事务所律师。
委托代理人：曹德强，男，1970年1月12日出生，住重庆市涪陵区。
原告重庆毕兹卡生物医药股份有限公司（以下简称毕兹卡公司）与被告重庆翔宇建筑（集团）有限公司（以下简称翔宇公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院受理后，依法由审判员张泽端担任审判长，与代理审判员段成一、人民陪审员王贤江组成合议庭，并于2014年2月26日公开开庭进行了审理。原告毕兹医药公司的委托代理人李显锋、郑鑫龙及被告翔宇建筑公司的委托代理人陈伟、曹德强到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告毕兹卡公司诉称：2010年7月，原告与被告签订《建设工程施工合同》，原告将位于重庆市石柱土家族自治县南宾工业园区的生产厂房建设工程发包给被告进行施工建设，并签订了补充协议，约定了双方的权利义务。现工程已经完工，原告已支付约2000万元工程款，为合法正常使用工程，原告多次催促被告交付已支付工程款发票，并要求被告提供必要资料配合综合验收，被告始终以各种理由推脱。在未履行先行义务的情况下，被告要求进行竣工结算，在提供了一份32110525.6元的竣工结算报告后，原告委托第三方进行了审核，出具了审核金额为25126458.31元的《结算审核报告书》。请求：一、判令被告交付已支付2000余万元工程款发票（证据交换时该项变更为：判令被告交付原告已付工程款发票）；二、判令被告交付综合验收必要资料，配合进行综合验收；三、判令以原告委托重庆金源工程建设咨询有限公司对工程的审核金额25126458.31元进行工程结算，按照合同约定支付工程余款500万元；四、诉讼费由被告承担。本院在审理过程中，原告变更诉讼请求第一项为：判令被告交付原告已支付工程款的工程款发票，第二项请求中的必要资料为竣工验收报告原件和质量保修书原件等。
被告翔宇公司答辩称：一、原告诉称的事实不清，且不成立。被告多次要求原告核对已付工程款，但原告一直不予配合。原告要求被告提供2000余万元发票，但原告对自己支付多少工程款并不清楚。此外，原告一直拒绝按进度拨付工程款，导致被告多次停工、窝工。被告委托了重庆市耀誉建设工程造价咨询有限公司进行鉴定，工程造价为32110525.6元，被告向原告提供了该竣工结算书后原告一直不予答复，4个月后才委托了第三方金源工程建设咨询公司审核为25126458.31元。被告收到该报告后再次提交路华瑞刚造价事务所进行审核，结果为30151444.18元，并告知了原告，原告无任何异议，应以此次审核结果为结算依据。二、原告颠倒工程款的支付义务，且属恶意拖欠工程款的行为。三、关于发票的交付问题。被告已向原告提供了1000余万元的发票，尚差部分需要与原告对账确定后，按合同约定提供；关于综合验收问题。不能进行综合验收的原因是原告自己缺乏工程验收资料，工程项目未向主管部门备案登记，并不是被告不予配合的问题；关于工程结算金额的确认问题。不应以原告提供的结算数据确定工程造价，被告的结算报告原告迟迟不予答复，应根据建设工程施工合同司法解释的规定，按被告审核的30151444.18元确认工程造价。四、原告在履行《建设工程施工合同》过程中违约造成被告的各项损失，被告已经就此组织资料另行主张诉讼。综上，请求法院查明事实后判决驳回原告的各项诉求，并对该案查实后判令原告立即支付尚欠答辩人的工程款14021443.58元。
本院在审理本案过程中，原告向本院提交了以下证据：
第一组证据：建设施工合同及补充协议。证明原、被告签订了工程施工合同，对造价及付款等进行了约定；
第二组证据：费用报销单、收据、资金回划补充凭证、业务委托书回执、结算业务申请书等。证明原告已支付款项19237831.8元；
第三组证据：建筑业统一发票。证明被告于2013年12月起诉后才交付早于2011年12月开出的部分发票；
第四组证据：结算意见的回函、通知、工作联系函。证明原告于2013年开始就多次催促被告提供资料验收并交付已付款项发票；
第五组证据：新建工程施工项目核对情况及基本建设工程结算审核报告。证明双方对工程施工情况进行核对，委托第三方出具了结算审核报告并向被告寄送。
经质证，被告对原告提交的前述证据的真实性无异议，但证据二至证据五的合法性和关联性有异议，不能达到原告的证明目的。
被告向本院提交了以下证据：
第一组证据：原、被告签订的《重庆市建设工程施工合同》及《毕兹卡新建项目补充协议》各一份。证明原、被告间的合同关系，合同中约定了工程造价和竣工结算、工程验收等相关内容；
第二组证据：工程各项质量验收记录共13份。证明被告承建完工程后，组织相关部门进行质量验收，包括基础结构部分、主体结构部分、地基与基础部分等的单项验收，且已达到工程质量要求，故验收合格；
第三组证据：石柱县建设工程质量监督站《基础、主体、节能分部结构验收、工程竣工验收审批表》共9份、《工程质量监督抽查记录》1份。证明被告承建的工程分项验收符合要求，验收结果合法有效。并对工程施工项目的科技大楼B幢的结构、主体、装饰部分进行抽查合格；
第四组证据：《中间交接记录（通用表）》共8份。证明被告各项工程进经检查验收后，移交给原告实际使用；
第五组证据：《现场收方及签证单》共193页。证明工程各项内容经原告和监理单位现场验收并收方的事实；
第六组证据：翔宇公司《关于辣椒红色素车间灌注桩价格的函》（毕兹卡项目[2012]第14号）1份。证明原、被告双方就被告承建红色素车间的取费依据达成共识；
第七组证据：毕兹卡公司《通知》1份。证明原告对被告完成的相关施工项目予以确认，同时承诺节能验收资料与实际施工差异责任由原告自行承担；
第八组证据：翔宇公司《关于工程相关验收报告》（毕兹卡项目[2012]第18号）1份。证明原告因为更改科技大楼B栋节能设计而导致被告报请质监站验收未能通过，故被告告知原告完善相关手续；
第九组证据：翔宇公司《关于后期工作联系函》1份。证明被告承建的项目竣工验收，竣工结算书送达原告，要求进行核实。整个工程的综合验收属于原告的工作内容；
第十组证据：毕兹卡公司《关于工程结算的函》和翔宇公司《关于工程结算的回函》及送达依据各1份。证明原告新建厂房已全面结束，进入工程结算阶段。被告曾两次向原告送达结算书，双方认可被告提交的结算书部分内容存在分歧，被告以邮寄方式送达了回函；
第十一组证据：《毕兹卡生物新建工程施工项目核对情况》1份。证明原、被告双方对工程项目和工程量进行现场核对，各项内容均得到了双方的确认；
第十二组证据：翔宇公司《关于补齐竣工图章的函的回函》1份。证明因原告与监理公司存在经济纠纷致监理公司不加盖图章及被告再次要求原告对被告提交的结算书进行核实的事实；
第十三组证据：毕兹卡公司《工作联系函》和翔宇公司《关于》<工作联系函>的复函》各1份。证明双方约定协商解决的时间，被告要求原告当面核实工程量；
第十四组证据：金源工程建设咨询公司出具的《基本建设工程结算审核报告》及翔宇公司《关于结算意见的函》各1份。证明原告单方委托第三方审核，被告再次要求原告组织双方审核确认工程量;
第十五组证据：毕兹卡公司《关于高纯度辣椒碱、辣椒红色素高技术产业示范项目工程结算意见的回函》及翔宇公司《关于毕兹卡公司2013年5月18日回函的复函》各1份。证明双方对结算报告的异议情况和被告表示工程款发票将在工程款拨付后交付；
第十六组证据：毕兹卡公司《工作联系函》及翔宇公司《关于工作联系函的回复》各1份。证明原告的行为是自己对其单方委托他人作出的审核结果的否定，因原告的前期报建手续问题导致综合验收无法进行；
第十七组证据：路华瑞刚造价事务所《关于毕兹卡生产厂房及附属工程结算审核报告》及原告《收条》各1份。被告对原告的审核结果有意见，再次委托重庆路华瑞刚工程造价咨询事务所对原告的结算报告进行审核，审核结果原告已收到；
第十八组证据：翔宇公司《关于退还履约保证金和支付工程款地函》1份。证明被告再次要求进行竣工结算，并要求退还保证金和支付工程款；
第十九组证据：毕兹卡公司《关于翔宇公司工程结算报告书地函》及翔宇公司《关于毕兹卡公司工程结算报告书的函的回函》各1份。证明双方对结算报告仍有争议，被告要求原告尽快组织结算，并表示工程发票于工程款拨付后交付给原告；
第二十组证据：重庆市第四中级法院《民事判决书》（<2013>渝四中法民初字第00019号）1份。证明原告尚欠被告工程款，被告正常行使催收工程款的行为合法。
经质证，原告认为，对被告提交的第一组、第六组、第七组、第十一组证据无异议。第二组和第三组证据形式不合法，部分无单位公章，欠缺质监站单位分管站长审查意见，与本案无关联，且不能证明工程已竣工验收合格。第五组证据与本案无关联。第八组证据的真实性不予认可，与本案无关联。第九组证据正好证明还需商讨竣工有关事宜，不能证明工程已竣工验收。第十组证据原告对被告提出的结算书给予积极回应，明确告诉被告结算书不实且工程量太多，要求现场勘查后重新编制审核。第十二组证据证明了原告已要求被告提供竣工资料，并对资料中的问题进行沟通。第十三组证据证明原告协调督促被告解决其擅自分包钢结构工程导致的施工人因欠款闹事事宜。第十四组证据证明被告收到原告寄送的结算审核报告，其函件内容与双方往来结算函件相矛盾。第十五组证据证明工程未竣工验收，还需施工单位提供资料及配合。第十六组证据证明原告一直督促被告提交验收资料，配合验收，被告却置之不理。第十七组证据证明被告单方委托进行结算审核，与其提供的结算金额不符，不能反映真实的工程造价。第十八组和第十九组证据证明原告对被告提供的审核报告及时进行了回复，发现的问题很多，要求实地审核。第二十组证据证明工程未结算，被告使用非法手段索要工程款，并唆使相关人员打架闹事。
本院审查认为，被告对原告提交的证据的真实性无异议,但对原告提交的已付款凭证中，认可已收到的工程款为1665.6万元，否认收到工程款的项目为：2011年3月8日两笔20万元、2011年3月9日10万元、2011年3月25日30万元、2011年3月18日150万元、2011年3月16日5万元、2011年8月10日20万元、2011年12月15日和16日相差款2.5万元及2012年12月的6831.8元。经审查，2011年3月8日第一笔20万元，汇入周某进个人账号：6228460470000936616。虽用途注明为劳务费，但没有被告的认可，不能证明系支付被告的工程费用，原告主张该款为工程款的证据不足。2011年3月8日第二笔20万元和2011年3月9日10万元、2011年3月25日30万元均系原告直接支付至其与被告合同约定的收款账号820501040002052，应认定被告收到该款。2011年3月18日150万元，该款有被告项目部向原告出具的收到工程款的收据一张，且项目部负责人周某进作为经手人签字，应认定为已支付工程款。2011年3月16日5万元，该款被告项目部向原告出具了收到工程款的收据，且经手人为被告项目部责任人周某进，应认定为已付工程款。2011年8月10日20万元，系原告应周某进的要求支付至张宗胜的个人账号内，虽然周某进出具了收条一张，但没有被告方的确认，也没有其他证据证明该款属工程款范围，故认定为工程款的证据不足。2011年12月15日和16日相差款2.5万元，系原、被告双方因其他事项的往来款中的差款，不属工程款范围，不予认定。2012年12月的6831.8元，原告庭后提交补充证据后，被告予以认可，应认定为已支付工程款范围。综上，原告已支付的工程款总计为1881.28318万元。对原告提交的其他证据本院予以采信。被告提交的证据中，原告对被告提交的第八组证据的真实性有异议，但该组证据有建设方杨秀武的签名，其真实性予以采信，其余证据的真实性原告未提出异议，符合证据的客观性、合法性和关联性，本院予以采信。
本院审理查明：2010年7月29日，原告毕兹卡公司作为发包人与翔宇公司作为承包人签订《重庆市建设工程施工合同》，原告将其生产厂房建设发包给被告承建。合同第2条约定的承包范围为：“生产厂房、科研大楼、办公区、宿舍、厂区道路、安装、管网等（环境绿化施工由甲乙双方协商确定）。”第3条的约定合同价为：暂定约5000万元，其中安全施工专项费用以重庆市2008定额计算为准。第4条约定承包人项目经理为唐仲权。第8条约定工期为360日历天。第二部分通用合同条款第18条第18.2款约定：“当工程具备以下条件时，承包人即可向监理人报送竣工验收申请报告：（1）除监理人同意列入缺陷责任期内完成的尾工（甩项）工程和缺陷修补工作外，合同范围内的全部单位工程以及有关工作，包括合同要求的试验、试运行以及检验和验收均已完成，并符合合同要求；（2）已按合同约定的内容和份数备齐了符合要求的竣工资料；（3）已按监理人的要求编制了在缺陷责任期内完成的尾工（甩项）工程和缺陷修补工作清单及相应施工计划；（4）监理人要求提交的竣工验收资料清单。”第18.3款18.3.1项约定：“监理人审查后认为尚不具备竣工验收条件的，应在收到竣工验收申请报告后的28天内通知承包人，指出在颁发接收证书前承包人还需进行的工作内容。承包人完成监理人通知的全部工作内容后，应再次提交竣工验收申请报告，直至监理人同意为止。”第18.3款18.3.2项约定：“监理人审查后认为已具备竣工验收条件的，应在收到竣工验收申请报告后的28天内提请发包人进行工程验收。”专用条款第18条约定，竣工验收按通用条款执行。同日，原告毕兹卡公司作为甲方与被告翔宇公司作为乙方签订《补充协议》，约定：进场开工时期暂定为2010年8月3日。工程内容：厂房、科研大楼、厂区道路、管网（环境绿化工程施工由甲、乙双方另行协商确定，同等条件下，乙方有环境、绿化工程施工的承接优先权）。计价方式：“1.该建筑工程，执行2008年《全国统一建筑工程基础定额重庆市基价表》定额，安装工程，执行2008年《重庆市安装工程单位基价表》定额或相关定额。2.以上工程定额统一按二级二类以及重庆市建委相关配套文件取费不下浮；材料、人工费（超出定额部分）按重庆市同期造价信息调差，材料信息价没有的，甲方核质核价。”付款结算方式：“1.每月25日前乙方向甲方提交月施工工程量报表，经监理审核，甲方审计后，在次月5日前甲方按约定支付乙方工程款项。2.乙方垫资至工程进度款达到600万元人民币为一个支付节点，甲方支付垫资工程款的90%，在垫资工程量完成后分6个月平均支付，另10%待工程竣工验收结算后支付。3.甲方在垫资工程量600万元人民币完毕后，超出部分甲方按月工程量进度支付乙方月进度工程款80%。4.竣工验收合格后十日内付至工程月进度审计（实际施工部量）总金额的90%，乙方提交竣工验收资料以及工程结算书报告甲方，甲方须在30日内审计完毕，经甲、乙双方认可并在审计完毕后15日内支付除质量保修金3%以外的所有工程余款。5.在工程竣工验收结算后预留质量保修金3%，甲方在一年内支付给乙方……。”工程结算期限：“工程完工后，施工方办理工程结算报表送达甲方30日内甲方必须审核并给予回复，否则视为甲方默认乙方的工程结算金额并在20日内结清支付工程款项。”违约责任：“1.甲、乙双方不得违约，如单方违约按工程总造价的10%处罚违约金……。”2011年3月23日，原告作为甲方与被告作为乙方、重庆实佳工程建设监理公司作为丙方签订了《毕兹卡新建项目补充协议》，该协议第二条约定：“甲方拨付工程款和退还履约保证金，一律按乙方指定的银行账户（中国农业银行石柱县南宾镇支行、账号：820501040002052）划拨款项。不能拨付给任何个人或者其他账户、账号……。”2011年11月14日，原告作为甲方与被告作为乙方、重庆实佳工程建设监理公司作为丙方签订了《毕兹卡新建项目补充协议（三）》，对当时被告已完工程量和继续施工的相关事项进行约定。
另查明：合同签订后，被告进场施工。2012年5月8日，被告向原告发出《关于工程相关验收的报告》，载明节能部门未通过验收，要求原告完善相关手续。后向原告提交了工程结算书，结算金额为3211.05256万元。2013年4月，原告单方委托重庆金源工程建设咨询有限公司对被告提交的结算金额进行审查，该公司作出重金源[2013]6－48号《基本建设工程结算审核报告》，审定的金额为2512.645831万元。2013年3月5日和6日，双方对建设工程项目进行核对，并以原告为甲方、被告为乙方于2013年3月8日达成《毕兹卡生物新建工程施工项目核对情况》，具体内容为：A、各建筑物施工情况。各建筑物基本按图纸及变更通知施工（消防管网室内地下预埋部分及1米立管均由翔宇公司施工，其余未施工），未施工项目如下：一、辣椒食品车间。1.一、二层地坪混凝土；2.灯具及开关材料为甲方购买，乙方安装；3.D-E/1-2轴不锈钢栏杆为甲方安装；4.未装防火门，车间所有的门由甲方安装；5.窗户窗框及护窗窗扇为乙方安装，其余窗扇为甲方安装；6.本车间的消防给水埋地部分由乙方预埋；7.车间四周未做散水砼。二、浸提车间及去籽车间。1.地坪混凝土为甲方做；2.门未做；3.给排水及电安装为甲方做，雨水排水为乙方做；4.去籽车间女儿墙内侧水泥砂浆抺灰由乙方做，女儿墙内侧砖由甲方做；5.浸提车间女儿墙内侧水泥砂浆抺灰及贴墙砖由甲方做；6.去籽车间及浸提车间散水砼均未做。三、中药提取车间。1.图纸上“水冷机房”未施工；2.一、二层地坪混凝土均未做；3.所有门未做；4.一层给排水仅做了预埋电线和线盒，一楼仅做了PVC线管预埋，灯具及开关均未安装；6.楼梯及一楼只做了水泥砂浆抺灰，未做内墙漆，二楼做了内墙漆；7.10轴线的进门道路未做；8.未做四周散水砼。四、配电机房。1.内墙仅水泥砂浆抺灰，未做内墙漆；2.机修房地坪混凝土已做（108㎡），其余地坪混凝土未做；3.门均未安装；4.除雨水管及防雷外，给排水及电均未安装和预埋；5.未做四周散水砼。五、锅炉房。1.除防雷外，给排水及电均未安装和预埋；2.地坪混凝土未做；3.女儿墙做了水泥砂浆抺灰，未做涂料；4.未做四周散水砼；5.门均未做。六、综合制剂车间。1.地坪混凝土未做；2.雨水排水已完成，给排水仅做预埋；3.门均未做；4.内墙只做了水泥砂浆抺灰，未做涂料；5.除防雷外，照明电未安装；6.未做四周散水砼。七、科技大楼B栋。1.除卫生间、电梯井墙体外，3、4楼内部未做隔墙（3楼墙体造柱、拉结筋已植筋；3楼4－11/A-D轴砖砌体已施工，未做水泥砂浆抺灰），未做水泥砂浆抺灰，未做内墙漆；2.防火门由乙方安装，其余门均未做；3.电线及线盒由乙方预埋，灯具仅安装了楼梯间，1、5层房间内灯具及开关由乙方安装（过道除外）；4.一楼大厅、过道及楼梯由乙方贴砖；5.2、3、4、5楼及1楼8－11/A-D轴、1－3/A-E轴地坪混凝土均未做；6.给排水主管道由乙方做，2、3、4、5楼卫生间内部给排水未做；7.未做四周散水砼落。B、室外道路。根据乙方提供竣工总平面图，经现场复测，图纸上所表示道路长度及宽度无误，施工方式按相关通知执行，结算应根据该图及相关签证单和通知进行。C、室外管网。室外雨水、污水、废水管网基本按图纸施工，结算按签证单及通知执行。此后，被告单方委托重庆路华瑞刚工程造价咨询事务所对工程结算造价进行审核，该公司于2013年11月12日作出路瑞所基[2013]第686号《关于重庆毕兹卡生物医药股份有限公司生产厂房及附属工程结算审核报告》，审核确定的工程费为3015.144418万元。
被告承建的重庆市石柱土家族自治县南宾工业园区的生产厂房建设工程至今未向原告提交竣工验收申请报告，且至今未进行整体工程验收。原告已支付被告工程款1881.28318万元，被告已向原告开据工程款发票1000万元。因双方无法就工程结算金额问题达成协议，被告于2014年2月24日向本院申请进行司法鉴定。2014年3月18日，被告撤回前述鉴定申请。
本院在审理本案过程中，原告变更第一项诉讼请求为：判令被告交付原告已付工程款发票。第二项诉讼请求具体为：被告向原告提交工程竣工报告书原件及工程质量保修书原件等建设工程竣工验收备案等必要资料。
本院认为，本案双方当事人争议的主要焦点为：一、被告应否向原告交付已付工程款发票；二、被告应否向原告提交竣工验收必要资料，并配合验收。三、原告应否按照自己审核的工程结算金额向被告支付工程款。现作如下评述。
关于焦点一。依法成立的合同，自成立时生效。原、被告之间签订的《重庆市建设工程施工合同》及其补充协议，是双方当事人的真实意思表示，符合法律的规定，合法有效，双方应当按照合同的约定全面履行义务。原、被告双方对工程款发票的提供问题未在合同中约定，但《中华人民共和国企业所得税法》第一条规定：“中华人民共和国境内，企业和其他取得收入的组织（以下统称企业）为企业所得税的纳税人，依照本法规定缴纳企业所得税。”结合原、被告双方在实际履行合同中，被告向原告提供了1000万元的工程款发票的事实，被告有向原告提供已付工程款发票的义务。本案中，原、被告双方虽未进行工程结算，但原告至今已向被告支付了工程款1881.28318万元，被告仅向原告提供工程款发票1000万元，还应向原告提供881.28318万元工程款发票。原告主张被告提供已付工程款发票的请求符合法律规定，本院予以支持。
关于焦点二。竣工验收是指建设工程项目竣工后开发建设单位会同设计、施工、设备供应单位及工程质量监督部门，对该项工程是否符合规划设计要求以及建筑施工和设备安装质量进行全面检验，取得竣工合格资料、数据和凭证。竣工验收是全面考核建设工作，检查是否符合设计要求和工程质量的重要环节。根据原、被告双方签订的合同约定，工程竣工后，承包人应可向监理人报送竣工验收申请报告，监理人审查后认为已具备竣工验收条件的，应在收到竣工验收申请报告后的28天内提请发包人进行工程验收。因此，被告负有向原告提供经监理单位审核认可的竣工验收报告的义务。《中华人民共和国合同法》第二百七十九条规定，建设工程竣工后，发包人应当根据施工图纸及说明书、国家颁发的施工验收规范和质量检验标准及时进行验收。《建设工程质量管理条例》第十六条的规定：“建设单位收到建设工程竣工报告后，应当组织设计施工、工程监理等有关单位进行竣工验收，建设工程竣工验收应当具备下列条件：（一）完成建设工程设计和合同约定的务项内容；（二）有完整的技术档案和施工管理资料；（三）有工程使用的主要建筑材料、建筑配件和设备进场试验报告；（四）有勘察、设计、施工、工程监理等单位分别签署的质量合格文件；（五）有施工单位签署的工程保修书。”第三十九条规定，建设工程承包单位在向建设单位提交竣工验收报告时，应当向建设单位出具质量保修书。质量保修书应当明确建设工程的保修范围、保修期限和保修责任等。因此，被告应当向原告提交竣工验收报告、工程质量保修书及其他综合验收必要资料，并具有协助原告进行综合验收的义务。原告的该项请求成立，本院予以支持。
关于焦点三。工程竣工结算是指施工企业按照合同的约定的内容全部完成所承包的工程，经验收质量合格，并符合合同要求之后，向发包单位进行的最终工程款结算。工程结算所确定的工程价款应当具有合法性、客观性。原告单方委托重庆金源工程建设咨询有限公司对被告工程结算书的工程结算金额进行审查，其审查材料未经被告质证，被告亦不认可，不能由此作为双方工程结算的依据，且原告未向本院提交申请进行司法鉴定确定其主张金额的客观性，被告申请后亦撤回了申请，故原告主张以该公司所作出的重金源[2013]6－48号《基本建设工程结算审核报告》审定的金额2512.645831万元作为支付被告工程款的依据，本院不予支持。
综上，原告的部分诉讼请求成立，其相应的诉讼请求予以支持。根据《中华人民共和国合同法》第四十四条第一款、第六十条第一款、第二百七十九条，《中华人民共和国企业所得税法》第一条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条的规定，判决如下：
一、被告重庆翔宇建筑（集团）有限公司于本判决生效后二十日内向原告重庆毕兹卡生物医药股份有限公司提供881.28318万元工程款发票；
二、被告重庆翔宇建筑（集团）有限公司于本判决生效后二十日内向原告重庆毕兹卡生物医药股份有限公司提交工程竣工验收报告、工程质量保修书等综合竣工验收必要资料，并协助原告重庆毕兹卡生物医药股份有限公司对其厂房建设工程进行综合竣工验收；
三、驳回原告重庆毕兹卡生物医药股份有限公司的其他诉讼请求。
案件受理费46800元，由原告重庆毕兹卡生物医药股份有限公司负担40000元，被告重庆翔宇建筑（集团）有限公司负担6800元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于重庆市高级人民法院。同时，直接向该院预交上诉案件受理费。递交上诉状后上诉期满七日内仍未预交案件受理费又不提出缓交申请的，按自动撤回上诉处理。
双方当事人在法定上诉期限内均未提出上诉或仅有一方上诉后又撤回的，本判决发生法律效力，当事人应自觉履行判决确定的全部义务。一方不履行的，自判决生效后，权利人可以向本院申请强制执行。申请执行的期限为两年，该期限从法律文书规定履行期间的最后一日起计算。
审 判 长 张泽端
代理审判员 段成一
人民陪审员 王贤江
二〇一四年四月二十五日
书 记 员 候 睿