甘肃省兰州市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2016）甘01民初85号
原告（反诉被告）甘肃煤田地质勘探物资装备公司，住所地甘肃省兰州市城关区。
法定代表人杨某某，该公司总经理。
委托代理人鲁和平，甘肃正鼎律师事务所律师。
委托代理人成鼎，甘肃正鼎律师事务所律师。
被告（反诉原告）甘肃省合作房地产开发有限公司，住所地甘肃省兰州市城关区。
法定代表人许某某，该公司总经理。
委托代理人许秀慧，甘肃正天合律师事务所律师。
原告（反诉被告）甘肃煤田地质勘探物资装备公司（以下简称甘肃煤田地质公司）诉被告（反诉原告）甘肃省合作房地产开发有限公司（以下简称甘肃合作房地产公司）建设用地使用权纠纷一案，本院受理后，依法组成合议庭公开开庭审理了本案。原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司法定代表人杨某某及委托代理人鲁和平、被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司委托代理人许秀慧到庭参加诉讼。本案现审理终结。
原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司诉称：2006年1月8日原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司与被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司协商一致签订《国有土地使用权转让合同》一份，同年4月26日再签订《国有土地使用权转让补充协议》一份，约定原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司将其合法取得的位于兰州市城关区九州开发区九州中路15-5号地块27.6亩国有土地使用权以单价每亩60万元转让给被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司，地类用途为住宅，被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司应向原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司支付土地转让价款1656万元，付款方式为：土地转让合同与补充协议签字盖章后支付100万元；土地过户手续登报公示之日支付156万元；过户手续办完后三日内支付400万元；剩余1000万元从核发土地证之日起两年内付给原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司，同时向原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司按年息18%支付资金占用费，资金占用费不满年按月计算，当年付给原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司。
上述国有土地使用权转让合同及补充协议签订后，被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司遂将受让土地用于房地产开发建设，并支付土地转让价款100万元，原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司即全力配合办理土地过户手续。2006年9月12日被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司取得兰州市城关区人民政府核发的兰国用(2006)第J167号国有土地使用证，至此原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司已完全履行合同义务。
按照补充协议约定，在取得土地证后三日内被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司应将土地转让价款支付到656万元，但被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司实际支付仅2532028.2元；而对于剩余的1000万元土地转让价款被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司也只是每年支付少量的资金占用费，并未按约定在核发土地证后两年内付清。后原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司多次催要，被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司一直称其地产开发资金紧张，钱他先占用着，资金占用费由他承担。可是，2015年4月29日在原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司催要欠款时，被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司突然短信回复称：“我的理解是合同约定两年期，现本金给完后，又付了两年的利息，如果不行就起诉法院解决。”对此原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司认为，被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司将每年仅有少量支付的资金占用费累计相加后折抵其所欠土地转让价款的本金，这样的理解和行为实属偷奸耍滑，违背诚信，其已严重违约，损害了原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司的合法权益。因协商不成诉至法院，请求：l、判决甘肃省合作房地产开发有限公司向甘肃煤田地质勘探物资装备公司支付土地转让款14027971.8元及资金占用费(截止2016年1月15日的资金占用费为6417838.96元，2016年1月15日以后的资金占用费以所欠土地转让价款14027971.80元为基数按年息18％计算至实际还清之日)；2、诉讼费由甘肃省合作房地产开发有限公司承担。
被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司辩称：原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司无权主张14027971.8元的土地转让款和6417838.96元资金占用费。首先，答辩人已经按约支付了土地转让款。原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司与答辩人就转让涉案土地达成合意后先后签订两份合同，一份是《兰州市城镇国有土地使用权转让合同书》是双方当事人签订的经法定部门备案认可的合同以下简称备案合同，备案合同约定的转让价款是4065705元。另一份是《国有土地使用权补充协议》以下简称补充协议，补充协议约定的合同转让价款是1656万元。两份合同签订后答辩人先后已经向原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司支付款项20925982.2元，对于这一点本案开庭前双方代理律师已经进行对账核实，因此原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司陈述答辩人仅支付2532028.2元土地转让款是与事实不符的。所以答辩人支付的上述款项已经超过了答辩人应当支付的土地款。其次，本案当事人先后签订两份价款相差如此悬殊合同的目的何在，不言而喻就是为了逃避转让土地而由原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司应当承担的税费，也就是以合法形式掩盖非法目的，很显然这一行为损害了国家依法收取税款的利益。根据《合同法》第52条的规定，本案当中的这份补充协议应违反该条第(二)(三)款而无效，所以答辩人认为原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司不能依据一份无效合同主张任何权利。
综上所述，答辩人认为原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司无权主张14027971.8元的土地转让款和6417838.96元资金占用费。请求：依法驳回原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司的全部诉讼请求。
反诉原告（本诉被告）甘肃合作房地产公司诉称：2006年4月26日，反诉人与被反诉人签订《国有土地使用权转让补充协议》，约定将被反诉人位于兰州市城关区九州开发区九州中路15-5号地块27.6亩国有土地使用权转让给反诉人。2006年5月18日双方又签订《兰州市城镇国有土地使用权转让合同书》，被反诉人要求将转让价款约定低于第一份合同。双方依据《兰州市城镇国有土地使用权转让合同书》已经完成了土地转让登记，现该地块已经开发完成。又，两份合同签订后反诉人已经按照约定付清土地转让款，现被反诉人自认反诉人还应当向其支付14027971.8元土地转让款和资金占用费。请求：1、依法确认反诉人与被反诉人于2006年4月26日签订的《国有土地使用权转让补充协议》为无效合同；2、判令被反诉人返还款项675816.4元；3、判令被反诉人向反诉人开具收取土地转让款的发票。4、本案诉讼费用由反诉被告甘肃煤田地质公司承担。
反诉被告(本诉原告)甘肃煤田地质公司辩称：1、2006年4月26日双方所签《国有土地使用权转让补充协议》属于有效合同，亦是双方认可并在实际履行的合同，2006年5月28日的《兰州市城镇国有土地使用权转让合同书》仅是为办理过户而签订的，不是双方实际结算和付款的依据。首先，该合同中的转让金额4065705元是被答辩人填写的，并非像反诉状所说“是答辩人要求降低转让价款”，答辩人作为土地转让方不会、也不可能要求降低转让价款，因为这不符合答辩人的利益最大化。当时被答辩人称，合同金额填多少没关系，这只是为了办过户，不是实际的付款依据。对答辩人而言，无需考虑土地过户合同的金额，被答辩人同意向答辩人支付税后价款1656万元。其次，用于过户的合同中约定在签约当日即2006年5月18日应向答辩人转账支付4065705元，但实际上并没有履行。被答辩人在榆中县地税局以原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司名义代开了发票，发票记载转让土地27亩，单价每亩60万元，合计转让价款是1620万元，这说明被答辩人完全认可补充协议。被答辩人在代开发票前还让答辩人出具了一张事由为代扣土地营业税、金额为874800元的收据，该税金也是按照土地转让价款1620万元为基数，再乘以5.4%的营业税率(含教育附加费)得出的。再次，2010年被答辩人聘请兰州正邦税务师事务有限公司在对其开发的合作新村一区7-12号楼进行土地增值税清算鉴证时，税务师事务所发现土地转让合同中的转让价格为4065705元，而被答辩人财务挂账实际应付款金额为1620万元，合同金额与实际应付金额相差12134295元。对此被答辩人的法定代表人许新科在给税务师事务所的询证函上亲笔填写了存在差额的原因，即“由于没有及时付款，后重新协商价”，并让答辩人在被询证单位一栏进行盖章确认。这说明被答辩人确认实际的土地转让是1656万元。最后，2015年4月29日答辩人在催要欠款时，被答辩人用手机短信回复称：“我的理解是合同约定两年期，现本金给完后，又付了两年的利息，如果不行就起诉法院解决。这里被答辩人所说的“合同约定两年期”以及“本金”和“两年的利息”，均是补充协议中的内容，而过户时的合同中根本就没有这些内容，说明被答辩人始终还是按补充协议履行债务的。2、被答辩人称“已经按照约定付清土地转让款”，这与事实严重不符。首先，根据补充协议约定的具体付款方式，在2006年9月15日(即取得土地证后三日)前被答辩人付款应达到656万元，但实际付款仅为2532028．20元，欠付土地款4027971．80元。再次，在2006年9月15日(即取得土地证后三日)后两年内付清剩余1000万元及相应的资金占用费，但被答辩人也是没有按期足额支付，除了支付部分资金占用费外，剩余的1000万元土地价款和部分资金占用费至今未能支付。因此，被答辩人并未按照约定付清土地转让款及相应的资金占用费，更不存在超付和需要返还款项的情况。3、被答辩人关于开具土地转让款发票的请求不能成立。土地使用权转让的发票已经由被答辩人法定代表人许新科以答辩人名义从榆中县地税局代开过了。当时为办理发票代开手续，应许新科的要求答辩人还给被答辩人开具过一张代交土地营业税的收据，金额是874800元。根据补充协议第二条的约定，被答辩人应当支付的款项1656万元是税后的金额，即开具发票涉及的税金是由被答辩人承担的。综上所述，补充协议合法有效，是双方确认的唯一结算依据，土地转让款没有付清，发票已经代开，被答辩人的反诉请求没有事实和法律依据，请求：依法驳回反诉请求。
本院经审理查明，2006年1月8日原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司与被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司签订《国有土地使用权转让合同》约定：原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司将其合法取得的位于兰州市城关区九州开发区九州中路15-5号地块27.6亩国有土地使用权以每亩10万元人民币转让被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司使用。同年4月26日双方再签订《国有土地使用权转让补充协议》约定：原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司将其合法取得的位于兰州市城关区九州开发区九州中路15-5号地块27.6亩国有土地使用权以单价每亩60万元转让给被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司，地类用途为住宅，被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司应向原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司支付土地转让价款1656万元，付款方式为：土地转让合同与补充协议签字盖章后支付100万元；土地过户手续登报公示之日支付156万元；过户手续办完后三日内支付400万元；剩余1000万元从核发土地证之日起两年内付给原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司，同时向原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司按年息18%支付资金占用费，资金占用费不满年按月计算，当年付给原告。2006年5月28日双方再次签订《兰州市城镇国有土地使用权转让合同书》约定：原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司将涉案土地以总价4065705元转让被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司使用。该合同在兰州市城关区九州经济开发区管理委员会办公室备案。
再查明，原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司向法庭提交的证载日期为2006年9月12日的《国有土地使用权证书》被国土部门加注作废印章。被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司持有的《国有土地使用权证书》证载日期为2007年10月31日。涉案土地已由被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司开发使用完毕。被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司从合同签订之日至起诉之日共计向原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司支付款项20925982.2元。原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司认可收到款项数额为19781182.2元。
以上事实，有各方当事人提交的《国有土地使用权转让合同》、《国有土地使用权转让补充协议》、《兰州市城镇国有土地使用权转让合同书》、《付款明细表》、《国有土地使用权证书》及各方当事人的陈述等证据在卷作证，并经庭审质证，足以认定。
本院认为，本案争议的焦点为：一、双方于2006年4月26日签订的《国有土地使用权转让补充协议》是否有效；二、被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司是否存在向原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司迟延支付土地转让款的事实，数额是多少。
针对第一个焦点：首先，原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司于2005年7月22日取得涉案土地的国有土地使用权，其有权就涉案土地进行转让。其次，庭审中被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司亦认可双方是依据2006年4月26日签订的《国有土地使用权转让补充协议》履行付款义务，故该《补充协议》系双方真实意思的表示，亦不违反法律、行政法规强制性规定，该协议合法有效，对双方当事人均有法律约束力，双方均应按照协议约定履行义务。最后，2006年5月28日双方签订的《兰州市城镇国有土地使用权转让合同书》中约定土地转让金明显低于《补充协议》约定的价款，该份合同仅是作为办理过户使用，该份合同并未得到实际履行。综上，双方于2006年4月26日签订的《国有土地使用权转让补充协议》有效。被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司请求确认该合同无效无事实及法律依据，本院不予采信。
针对第二个焦点：关于被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司是否存在向原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司迟延支付土地转让款的事实
《中华人民共和国合同法》第六十条规定：当事人应当按照约定全面履行自己的义务。本案中《补充协议》第二条约定：甲乙双方约定乙方在取得土地使用权后两年内向甲方分次支付总额为1656万元人民币作为税后分成。首先应当确定被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司取得涉案土地《国有土地使用权证书》的时间。本案中，原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司向法庭提交的《国有土地使用权证书》载明被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司取得涉案土地使用权时间为2006年9月12日，被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司亦向法庭提交《国有土地使用权证书》载明其取得涉案土地使用权时间为2007年10月31日。经当事人申请，本院向兰州市国土资源局城关分局调取涉案土地登记档案5份，其中就载明2006年9月12日的《土地登记审批表》、《国有土地使用权证书》被加注作废印章，并在记事栏中记载“因工作失误截止日期变更5月24日核证现更改”。在对截止日期更改后，兰州市国土资源局城关分局于2007年10月31日就涉案土地向被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司核发《国有土地使用权证书》。2006年9月12日的《国有土地使用权证书》被作废的原因系国土部门工作人员失误导致，并非当事人原因所致。且证载截止日期变更并不影响涉案土地使用权在2006年9月12日已经由原告转移至被告这一客观事实。故被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司取得涉案土地《国有土地使用权证书》时间应确定为2006年9月12日。根据上述约定，被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司应于2008年9月12日之前向原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司支付土地转让款1656万元并支付约定的资金占用费。但截止2008年9月15日被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司向原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司支付的款项数额为5100190.2元。故被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司存在迟延支付土地转让款的事实。
关于被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司欠付的土地转让款及资金占用费的数额问题
《中华人民共和国合同法》第一百零七条规定：当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。本案中，被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司存在迟延支付土地转让款的事实，应承担相应的违约责任。
（1）被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司向原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司已支付款项的数额。被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司向法庭提交自2005年5月6日至2015年3月16日共计89张付款凭证合计20925982.2元。原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司认可其中85张付款凭证共计19781182.2元，但对其中四张付款凭证不予认可分别是：①、2005年5月6日付款5万元，该笔款项从被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司出具的证据中显示系原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司向许新科的借款且发生时间在本案所涉土地转让之前，与本案并无直接的关联性。该笔款项作为被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司的付款本院不予认可。②、2010年10月20日付款87.48万元，该笔款项的收据存根中收款方式载明为：“代交”，交款事由载明：“代扣土地营业税”。《补充协议》第二条约定：甲乙双方约定乙方在取得土地使用权后两年内向甲方分次支付总额为1656万元人民币作为税后分成。故该笔款项应视为由原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司代被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司交纳的土地营业税而非被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司向原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司支付的土地转让款，该笔款项作为被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司的付款本院不予认可。③、2009年7月20日付款2万元。原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司主该笔款项包含在2008年1月28日12万元的收据中，但并未提交有效的证据予以证明，故该笔款项作为被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司的付款本院予以确认。④、2013年10月28日付款20万元，该笔款项系通过中国建设银行转帐支票付款。在被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司提交的2013年10月17日由原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司出具的50万元收据存根中载明：“本单据2013年10月28日付20万元”，经被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司庭后对该笔款项核实后亦认可属重复计算，故该笔款项作为被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司的付款本院不予认可。综上被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司向原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司支付的款项合计为19801182.2元。
（2）被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司向原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司已支付款项的性质。针对19801182.2元付款，原、被告对其中自2006年9月15日之后17269154元款项还款性质存在分歧。原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司认为该17269154元优先偿还的是资金占用费，被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司则认为该17269154元优先偿还的是土地转让款。《最高人民法院关于适用<中华人民共和国合同法>若干问题的解释(二)》第二十一条规定：债务人除主债务之外还应当支付利息和费用，当其给付不足以清偿全部债务时，并且当事人没有约定的，人民法院应当按照下列顺序抵充：(一)实现债权的有关费用;(二)利息;(三)主债务。因双方在《补充协议》中约定了资金占用费，根据上述法律规定土地转让款是作为主债务最后偿还的，故该17269154元应当优先充抵每年产生的资金占用费，剩余部分再扣减土地转让款。
（3）、被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司欠付原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司土地转让价款数额
《补充协议》第二条约定：甲乙双方约定乙方在取得土地使用权后两年内向甲方分次支付总额为1656万元人民币作为税后分成。第三条约定：具体付款方式，土地转让合同与补充协议签字盖章后，乙方向甲方支付人民币100万元；第四条约定：甲方全力配合乙方办理土地过户手续，待登报公示之日乙方向甲方支付人民币156万元；第五条约定：土地过户手续办完后三日内乙方向甲方支付人民币400万元。根据上述约定被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司应在2006年9月15日之前向原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司支付土地转让价款656万元，依据被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司提交的付款明细表计算实际付款为2532028.2元，故截止2006年9月15日被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司欠付原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司土地转让价款为14027971.8元。
（4）、截止2016年1月15日被告欠付的资金占用费及土地转让价款
《中华人民共和国合同法》第一百一十三条规定：当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，给对方造成损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益，但不得超过违反合同一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违反合同可能造成的损失；第一百一十四条第三款规定：当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。本案中，双方在《补充协议》第六条约定：剩余1000万元从核发土地证之日计算乙方每次500万元，两年内付给甲方，资金占用费按年息18%计算，不足满年按月计算，当年付给甲方。故对于原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司主张的1000万元两年内按照年18%计算资金占用费系双方约定，本院予以认可。对于被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司2006年9月15日之前欠付的4027971.8元以及2008年9月15日之后迟延履行的土地转让款双方并未约定资金占用费。现原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司主张仍然按照18%的确认资金占用费，对被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司显失公平。但鉴于被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司存在迟延支付土地转让款的事实亦给原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司造成了一定的损失，对于该部分的资金占用费被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司按照同期银行贷款利率支付更为妥当，亦能够弥补原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司的损失。现就被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司欠付原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司的土地转让款及资金占用费计算如下：
2006年9月16日至2007年9月15日，被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司付款数额为126万元，当年应支付资金占用费为2046511元（1000万元×18%+4027971.8元×6.12%），欠付资金占用费为786511元（1000万元×18%+4027971.8元×6.12%-126万元）；
2007年9月16日至2008年9月15日，被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司付款数额为1308162元，当年应付资金占用费为2100889元（1000万元×18%+4027971.8元×7.47%），累计欠付的资金占用费为1579238元（1000万元×18%+4027971.8元×7.29%+786511元-1308162元）；
2008年9月16日至2009年9月15日，被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司付款数额为162万元，当年应付的资金占用费为1010013元（14027971.8元×7.2%），累计欠付的资金占用费为969251元（1579238元+1010013元-162万元）；
2009年9月16日至2010年9月15日，被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司付款数额为260万，当年应付的资金占用费为744885元（14027971.8元×5.31%），其中付资金占用费为1714136元（969251元+744885元），付土地转让款885864元（260万-1714136元）；
2010年9月16日至2011年9月15日，被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司付款数额为200万，其中付资金占用费为697845元（（14027971.8元-885864元）×5.31%），付土地转让款1302155元（200万元-697845元）；
2011年9月16日至2012年9月15日，被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司付款数额为140万，其中资金占用费为776700元（（14027971.8元-885864元-1302155元）×6.56%），付土地转让款623300元(140万元-776700元)；
2012年9月16日至2013年9月15日，被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司付款数额为270万，其中资金占用费为672999元（（14027971.8元-885864元-1302155元-623300元）×6%），土地转让款2027001元（270万元-672999元）；
2013年9月16日至2014年9月15日，被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司付款数额为3080992元，其中资金占用费为551379元（（14027971.8元-885864元-1302155元-623300元-2027001）×6%），土地转让款2529613元（3080992元-551379元）；
2014年9月16日至2015年9月15日，被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司付款数额为130万元，其中资金占用费399602元（（14027971.8元-885864元-1302155元-623300元-2027001-2529613元）×6%），土地转让款900398元（130万元-399602元）；
2015年9月16日至2016年1月15日，被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司欠付资金占用费为88314元（（14027971.8元-885864元-1302155元-623300元-2027001-2529613元-900398元）×4.6%÷12月×4月），欠付土地转让款5759640.8元（14027971.8元-885864元-1302155元-623300元-2027001-2529613元-900398元）。
截止2016年1月15日被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司欠付原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司土地转让款为5759640.8元，资金占用费为88314元。故被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司诉请原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司返还款项675816.4元无事实依据，本院不予支持。关于被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司要求原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司开具收取土地转让款发票的诉请，双方在《补充协议》中并未对该行为履行的主体进行约定，若原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司拒绝为被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司开具发票，被告应向有权机关反映并要求处理。故该诉请本院不予支持。
综上所述，被告（反诉原告）甘肃合作房地产公司应当向原告（反诉被告）甘肃煤田地质公司支付土地转让款及资金占用费。依据《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条、第一百一十三条第一百一十四条第三款、《最高人民法院关于适用<中华人民共和国合同法>若干问题的解释(二)》第二十一条之规定，判决如下：
一、被告（反诉原告）甘肃省合作房地产开发有限公司于本判决生效之日起三十日内向原告（反诉被告）甘肃煤田地质勘探物资装备公司支付土地转让款5759640.8元，资金占用费为88314元，共计5847954.8元（截止2016年1月15日）；
二、被告（反诉原告）甘肃省合作房地产开发有限公司于本判决生效之日起三十日内向原告（反诉被告）甘肃煤田地质勘探物资装备公司支付资金占用费（自2016年1月16日起以5759640.8元为基数按人民银行同期贷款利率计算至实际还清之日止）；
三、驳回被告（反诉原告）甘肃省合作房地产开发有限公司反诉请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费本诉144029元，反诉10558元，合计154587元，由原告（反诉被告）甘肃煤田地质勘探物资装备公司承担100820元，被告（反诉原告）甘肃省合作房地产开发有限公司承担53767元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于甘肃省高级人民法院。
审 判 长 李志勇
代理审判员 张煜枫
代理审判员 王 博
二〇一六年八月十二日
书 记 员 刘艺涵