杭州市富阳区人民法院
民 事 判 决 书
（2017）浙0111民初2600号
原告：毛云峰，男，1976年5月21日出生，汉族，住浙江省杭州市富阳区。
委托诉讼代理人：闻华，浙江抱朴律师事务所律师。
被告：倪玉明，男，1956年12月26日出生，汉族，住江苏省无锡市梁溪区。
委托诉讼代理人：周小元，江苏沁园春律师事务所律师。
原告毛云峰与被告倪玉明合同纠纷一案，本院于2017年4月6日立案后，依法适用简易程序审理。后本案转为普通程序，分别于2017年7月27日、2018年5月25日公开开庭进行了审理。原、被告委托诉讼代理人到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告毛云峰向本院提出诉讼请求：一、被告赔偿原告损失3730000元，并赔偿利息（自2009年7月8日起算至款项付清日止，按银行同期贷款利率计算）；二、被告赔偿原告案件受理费40240元、保全费5000元，合计45240元及利息损失；三、本案诉讼费由被告承担。审理中，原告增加第一项诉讼请求为：被告赔偿原告损失4180000元，并赔偿利息（自2009年7月8日起算至款项付清日止，按银行同期贷款利率计算）。事实与理由：2010年5月27日，原、被告双方签订《股权转让协议》，同日又签订了《协议书》，约定原告将其拥有的无锡神州投资管理有限公司（以下简称神州公司）的50%及江祥敏5%的股权以4500000元的价格转让给被告。同时协议第六条约定，自协议生效之日起，原告对神州公司不再承担任何义务和责任，该等义务和责任均由被告承担。2013年，神州公司以原告损害公司利益为由向无锡市惠山区人民法院起诉原告要求返还占用的神州公司的4180000元资金。2014年3月20日，无锡市惠山区人民法院作出一审判决，判决原告返还神州公司占用款4180000元并赔偿自2009年7月8日起至判决应给付日止的利息损失。2014年8月11日，无锡中院维持原判。后神州公司向无锡市惠山区法院申请强制执行。截至今日，无锡市惠山区法院累计已执行案款3730000元。原告认为，原、被告之间的协议已明确约定，故原告的损失应由被告承担。
原告为支持其主张的事实，在举证期限内，向本院提供了下列证据：
1、协议书1份（复印件，加盖杭州市富阳区人民法院档案证明专用章）、股权转让协议1份（复印件）。用以证明自原告向被告出让股权时起，原告不再对神州公司承担任何责任，有关义务和责任均由被告承担的事实。
2、（2013）惠商初字第0327号民事判决书1份、（2014）锡商终字第0424号民事判决书1份（均系复印件，加盖无锡市惠山区人民法院综合档案室查阅档案专用章）。用以证明原告的损失及原告的损失应由被告承担的事实。
3、（2015）苏审三商申字第00055号民事裁定书1份（复印件，加盖无锡市惠山区人民法院综合档案室查阅档案专用章）。用以证明原告的损失及本案并未超过诉讼时效的事实。
4、根据原告的申请，本院从无锡市惠山区人民法院调取（2014）惠执字第2572-2号执行裁定书1份。用以证明原告实际被执行的金额为3729439元。
5、神州公司章程1份、神州公司股东会决议2份、神州公司董事会决议2份（均系复印件，加盖无锡市惠山区人民法院综合档案室查阅档案专用章）。用以证明：（1）被告与原告同时成为神州公司的股东，其中被告系隐名股东；（2）被告一直参与神州公司的经营管理，对公司的现状十分清楚。
6、（2013）惠商初字第0327号案笔录3份（均系复印件，加盖无锡市惠山区人民法院综合档案室查阅档案专用章）。用以证明李方生、韦烈、江祥敏及被告均系神州公司的隐名股东，且对支付给神州之旅（北京）投资有限公司（以下简称神州之旅公司）4180000元股权转让款均系知情的。
被告倪玉明在法定答辩期间未提交书面答辩状，在庭审中口头答辩称，一、原告主张要求被告赔偿损失，原告是依据生效判决判令其向神州公司履行返还义务并赔偿相关损失为由。原告被判承担还款责任是因为其占用了公司款项。根据生效判决认定的事实，原告占用神州公司款项的行为属于侵害公司利益，原告是责任人，其实施侵害公司财产权的行为，根据责任自负原则，该侵权责任应当由原告自负。二、原告主张诉请依据原、被告股权转让协议所约定的内容。原告认为和被告所约定的内容可由被告来承担原告的相关侵权责任，属于对该条文理解的偏差，在本案中据此主张权利，实属生搬硬套。首先，被告并未有实施侵害公司利益的行为，也并未占用神州公司的款项，原告占用的款项被告也未曾获得。其次，被告并无和原告共同实施侵害公司利益的行为，也并不存在原告向被告实施基于追偿的情形。再次，原、被告在签订股权转让协议时，也并未协商约定类似原告先前对公司侵害所应负之责任由被告承担。原告实施违法侵权，却妄图让被告为其应负责任买单，完全无道理。三、关于本案诉讼时效，被告认为，根据无锡市中级人民法院（以下简称无锡中院）二审判决并结合原告诉讼请求内容，原告主张其有权向被告主张权利，即便原告认为有权，其权利自侵害之日起应当自2014年8月11日起算，而原告起诉之日已超过法律规定的2年诉讼时效，因此原告主张权利超过诉讼时效。四、原告诉请的金额没有事实依据，也缺乏法律依据，因此被告认为原告的主张不应得到支持，故请求驳回原告的诉讼请求。
被告倪玉明为支持其答辩意见，在庭审中出示并陈述了下列证据：
1、（2013）杭富商初字第1077号民事判决书1份。用以证明原告就本案股权转让协议已经向被告主张过相关权利的事实。
2、（2012）锡商初字第0153号民事判决书1份（复印件）。用以证明富阳会计师事务所审计结论意见被生效判决认定，该结论进一步证明被告是不可能在前期知道原告占用4180000元的事实，同时该判决明确了原告和神州公司就4180000元的占用事实构成其他法律关系。
原、被告双方提供的证据，经庭审质证，本院认证如下：
原告提供的证据1，被告质证后对真实性、合法性、关联性没有异议，但认为股权转让协议不能证明原、被告在签订协议时曾经约定原告先前对公司所负的债务均由被告承担，也不能证明双方在签订协议时对原告和神州公司之间相关的债权债务有过磋商及产生相关合意。协议书第六条及股权转让协议第三条不能作为认定被告在协议签订后应当无条件接受原告在公司可能存在任何数额不确定的债务，否则于理不通。本院经审查后对该组证据的真实性、合法性、关联性予以认定；证据2，被告质证后对该组证据的真实性、合法性、关联性没有异议，但认为根据原告在该两案审理中的陈述，原告先前是否占用神州公司的资金原告始终持否定意见，原告在两案审理中坚持认为没有占用神州公司的款项，上述事实可从判决书中体现，进一步证明原、被告在签订股权转让协议时，根本不可能和被告就相关侵害神州公司利益所产生债务与被告进行沟通，也就没有原告所称的与被告之间存在被告为其担责的合意或约定。同时无锡中院的判决日期为2014年8月11日，也就证明原告的主张已经超出诉讼时效。本院经审查后对该组证据的真实性、合法性、关联性予以认定；证据3，被告质证后对真实性、合法性、关联性没有异议，认为根据再审过程中原告申请内容也能反映原告至申请再审程序期间仍坚持认为未占用公司款项这一事实，申请再审最终的结果是被驳回，而法律规定二审判决经作出生效，因此该证据不能作为原告主张本案诉讼时效未超过的证据。本院经审查后对该证据的真实性、合法性、关联性予以认定；证据4，被告质证后对真实性、合法性、关联性没有异议，但认为该证据无法反映原告被执行款项的金额区分，无法确定实际执行的本金、利息及逾期罚息的数额。本院经审查后对该证据的真实性、合法性、关联性予以认定；证据5，被告质证后对真实性没有异议，但认为公司章程没有到工商局进行备案，所以不生效。同时章程所登记的股东李方生、江祥敏、韦烈及被告均未按照投资约定及公司章程履行出资义务，被告在之前的诉讼中作为证人在（2013）惠商初字第0327号及（2013）杭富商初字第1077号中并没有认可包括被告在内的4人是隐名股东，因此该组证据不能证明4人是神州公司的隐名股东，仅仅是4人在2009年7月18日形成了共同投资神州公司的意向，最终并没有落实，同时该组证据也无法证明被告一直参与神州公司的经营管理并对神州公司的现状十分了解，因为神州公司自设立开始先后由神州之旅公司及原告直接管理，被告并未参与实际的管理，也未担任任何职务。本院经审查后对该组证据的真实性予以认定；证据6，被告质证后对真实性、合法性、关联性均没有异议，但认为该证据虽反映李方生、江祥敏陈述过系神州公司的股东，并证明对于原告占用神州公司4180000元是知情的，也反映被告曾陈述其系神州公司的股东，但不能证明被告对原告占用4180000元是知情的，也不能证明被告对原告占用4180000元是知情的，也不能证明江祥敏、李方生及被告系神州公司的隐名股东。本院经审查后对该组证据的真实性、合法性、关联性予以认定。
被告提供的证据1，原告质证后对真实性、合法性没有异议，对关联性及证明目的有异议，认为该判决并未涉及股权转让的权利义务，只涉及股权转让款。本院经审查后对该证据的真实性、合法性予以认定；证据2，原告质证后对真实性没有异议，对证明目的有异议，认为原告之前已经举证证明其他几个股东均系隐名股东。在经营过程中，原告出面经营，故审计报告中只载明原告也是正常的现象，（2013）惠商初字第0327号判决书第3页能说明隐名股东对4180000元转账是知情的。本院经审查后对证据的真实性予以认定。
本院经审理认定事实如下：
一、神州公司成立于2008年10月7日，注册资本18000000元，由神州之旅公司独资设立。2008年12月6日，神州之旅公司增加注册资本投入至30000000元，神州公司办理了相关增加注册的工商变更登记手续。2009年6月16日，神州之旅公司与原告签订股权转让协议，约定神州之旅公司将其拥有的神州公司100%股权转让给原告，股权转让价格为4180000元，无锡西站物流园区管委会（以下简称西站物流）以见证方身份在该股权转让协议上盖章。同日，神州之旅公司与原告又签订1份股权转让补充协议，其中第一条载明，神州之旅公司在本次股权转让前，通过多种形式已收回其对神州公司的投资款（注册资本金）30000000元，原告同意对该投资款在股权转让后予以补足。第二条约定，股权转让款4180000元由原告支付至见证方西站物流后，由西站物流转付神州公司。协议签订后，神州公司办理了股东变更手续，变更为原告担任法定代表人的自然人独资的有限公司。2009年7月7日，原告在由李方生签署“请董事长审批”意见，向西站物流转帐支付4180000元股权转让款的付款审批单上董事长一栏内签名。2009年7月8日，原告应支付的4180000元股权转让款实际由神州公司打入西站物流帐户，后由西站物流转付至神州之旅公司。
2009年7月18日，神州公司召开关于修改公司章程和关于成立公司董事会的决议的股东会议，原、被告及案外人李方生、江祥敏、韦烈作为全体股东出席会议。同日，神州公司召开关于选举公司董事长和关于公司组织机构设置和人员任命的董事会会议，原、被告及案外人李方生作为全体董事会成员出席会议。当日通过的公司章程载明，神州公司的注册资本为30000000元，全部股东包括原、被告及案外人李方生、江祥敏、韦烈，其中原告认缴出资15000000元，被告认缴出资3000000元，李方生认缴出资6000000元，江祥敏认缴出资1500000元，韦烈认缴出资4500000元。上述款项的出资时间为2009年7月20日前。庭审中，原告自认，上述公司章程未经工商登记备案。
2009年8月15日，富阳至远会计师事务所对神州公司2009年7月31日的资产负债表进行了审计，审计报告载明：根据原股东神州之旅公司和现股东原告签订的股权转让协议，现股东原告共交入财务30000000元，作为抵补款；该30000000元中，毛云峰以个人现金方式交入13840000元，向其他单位融入16160000元（财务以毛云峰个人融资名义开具收据，款项由融资公单位划入）。
2010年5月27日，原告毛云峰（出让方、甲方）与被告倪玉明（受让方、乙方）签订《股权转让协议》1份，约定：1、甲方同意将其持有神州公司100%的股权转让给乙方。2、甲乙双方一致确认上述股权转让的价格为人民币肆佰伍拾万元，该款项在神州公司收到神州之旅公司与无锡西站物流中心投资开发有限责任公司签订的《无锡港藕塘港区铁路专用线工程项目投资、建设与移交协议书》中的约定首期回购款后三日内由乙方一次性支付给甲方，但是无论如何乙方最迟必须在2011年1月30日前一次性付清上述股权转让款肆佰伍拾万元。如乙方未按上述约定的时间支付股权转让款的，乙方应按股权转让款总额每日千分之三的标准向甲方支付逾期付款违约金。3、股权转让后，甲方对神州公司不再承担任何义务和责任，该等义务和责任均由乙方承担。4、本协议生效后十五日内，甲乙双方共同委托公司办理股权转让工商变更登记。5、本协议未尽事宜，双方可另行协商签订补充协议，补充协议与本协议具有同等效力。6、本协议一式四份，甲乙双方各执1份，神州公司存档1份，其余报有关部门审理备案。同日，原告（甲方）与被告（乙方）及案外人江祥敏（丙方）和案外人无锡市明诚工程建设有限公司(保证人，以下简称明诚公司)签订《协议书》1份，约定：第一条甲、乙双方于2010年5月27日签订的《股权转让协议》中约定，甲方将神州公司的100%股权转让给乙方，股权转让款为肆佰伍拾万元。乙方确认，乙方知道甲方实际持有神州公司50%的股权，另外神州公司5%的股权是代丙方持有的，10%的股权是代乙方持有，35%的股权是代李方生、韦烈持有，因此，虽然甲乙双方于2010年5月27日签订的《股权转让协议》中的约定，甲方将神州公司的100%股权转让给乙方，但是甲方实际转让给乙方的是其实际持有的神州公司50%的股权。乙方自愿受让甲方50%的股权及丙方5%的股权，对于上述股权乙方应向甲方和丙方支付股权转让款共肆佰伍拾万元。另外根据乙方的要求，甲方代持45%的股权无偿转让予乙方，由乙方代李方生、韦烈持有35%的股权。乙方确认，乙方根据上述《股权转让协议》受让神州公司100%的股权后，其实际持有神州公司65%的股权，另外神州公司35%的股权是代李方生、韦烈持有。乙方进一步确认，自《股权转让协议》及本协议生效之日起，由其负责解决李方生、韦烈持有神州公司股权问题及由此可能产生的任何纠纷，且该等纠纷均与甲方、丙方无关，甲方、丙方也无需承担任何责任，也无需对李方生及韦烈等承担任何义务和责任。在本协议签订前，甲方、乙方及丙方、李方生、韦烈之间原先签订的股权转让协议及相应工商变更材料应全部作废，该等事宜由乙方负责解决，如因上述事宜产生任何责任均由乙方承担。第二条甲、乙、丙三方一致确认本协议第一条约定的股权转让款人民币肆佰伍拾万元，该款项在神州公司收到神州之旅公司与无锡西站物流中心投资开发有限责任公司签订的《无锡港藕塘港区铁路专用线工程项目投资、建设与移交协议书》中约定的首期回购款后三日内由乙方一次性支付给甲方和丙方，但是无论如何乙方最迟必须在2011年1月30日前一次性付清上述股权转让款肆佰伍拾万元。如乙方未按上述约定的时间支付股权转让款，乙方应按股权转让款总额每日千分之三的标准向甲方及丙方支付逾期付款违约金。在付清上述股权转让款前，乙方不得将其拥有的神州公司的股权转让给其他人，否则应向甲方、丙方承担股权转让款总额10%的违约金。……。第五条乙方确认，在签署本协议时，李方生、韦烈已知悉本协议的内容，并完全同意本协议的安排。乙方对神州公司的现状非常了解，并愿意按照该公司的现状按照本协议的约定受让该公司的股权。第六条乙方确认，自本协议生效之日起，甲方对神州公司不再承担任何义务和责任，该等义务和责任均由乙方承担。第七条本协议自甲乙丙三方签字之日生效。
2010年5月27日，原告（甲方）、被告（乙方）、明诚公司（保证人）签订股权转让连带责任保证协议1份，约定：鉴于甲方与乙方就神州公司股权转让事宜于2010年5月27日签订了股权转让协议，根据主合同约定，保证人愿意就乙方履行主合同约定的义务以无限连带责任保证的方式向甲方提供如下担保：一、保证范围：保证人的保证范围是乙方未按照主合同的约定履行义务或违背其陈述与承诺，依约定应支付的违约金和／或因给甲方造成损失应给予的赔偿，并包括甲方为追求赔偿而支付的合理费用（包括但不限于诉讼费用、律师费、公证费用、保全费、执行费等费用）。二、保证方式及保证期间保证人的保证方式为：连带责任保证。保证期间为：自主合同约定的债务履行期限届满后二年。协议对其他权利义务作了约定。2010年7月16日，无锡市工商行政管理机关核准神州公司股东由原告变更为被告。
二、2011年2月22日，原告就4091000元股权转让款及相应违约金等款项起诉被告、明诚公司，本院予以受理，案号为（2011）杭富商初字第316号。2011年3月31日，原告（甲方）、被告（乙方）签订协议1份，约定：甲、乙双方遵循平等自愿、诚实信用原则，就甲方将其持有的神州公司100％股权转让给乙方的股权转让款事宜，经协商一致，达成如下付款协议：一、根据甲乙双方于2010年5月27日签订的《股权转让协议》之约定，乙方应支付甲方100％股权转让款为人民币4500000元整。二、甲、乙双方商定上述股权转让款由乙方分三期支付甲方，具体支付时间为：l、本协议签订后三日内，乙方支付甲方1500000元；2、在2011年4月30日前，乙方支付甲方1500000元；3、在2011年5月30日前，乙方支付甲方1500000元；4、上述款项之逾期利息为90000元，在第三期付款时一并付清。三、……；如乙方逾期付款，应承担应付款项5％的违约金。四、本协议自甲乙双方签字确认并在乙方支付第一笔股权转让款和甲方撤诉后生效。2011年4月6日，毛云峰就（2011）杭富商初字第316号案件申请撤诉。同日，本院裁定予以准许。审理中，被告、明诚公司认可协议签订后付款3000000元的事实。
2012年7月11日，被告分别与案外人徐锡峰、周晓云签订股权转让协议1份，将其在神州公司所持股权中的20%以6000000元转让给徐锡峰，80%股权以24000000元转让给周晓云。同年7月16日，无锡市惠山工商行政管理局核准神州公司股东由倪玉明变更为徐锡峰、周晓云。
三、2012年9月12日，神州公司以股东出资纠纷为案由向无锡中院起诉神州之旅公司、李苏清及原告，要求判令：一、神州之旅公司返还神州公司出资款30000000元并支付利息（自抽逃出资之日至出资款本金还清为止，按银行同期贷款利率计算）；二、李苏清、原告对神州之旅公司返还出资本息的责任承担连带责任。2013年5月3日，无锡中院作出（2012）锡商初字第0153号民事判决，判决：驳回神州公司的诉讼请求。该案宣判后，神州公司不服上诉到江苏省高级人民法院，该院予以受理，案号为（2013）苏商终字第0177号。2013年10月10日，神州公司撤回上诉，江苏省高级人民法院裁定予以准许，原判决生效。
四、2012年9月12日，神州公司以2009年7月至2010年6月期间原告多次占用神州公司资金计12650000元，李方生作为神州公司高级管理人员在原告损害公司利益行为中起协助作用，存在过错为由诉至无锡中院，要求原告返还占用款项12650000元并赔偿利息损失；李方生对原告的返还及赔偿责任承担连带责任。后，神州公司撤回对李方生起诉并变更诉讼请求，称：因原告占用神州公司4180000元资金用于支付其向神州之旅公司的股权转让款，损害了公司利益，故明确诉讼请求为：要求原告向神州公司返还上述4180000元款项并赔偿利息损失。因神州公司变更诉讼请求后的诉讼标的不属于无锡中院级别管辖范围，故该案移送至无锡市惠山区人民法院（以下简称惠山法院）审理。2014年3月20日，惠山法院作出（2013）惠商初字第0327号民事判决，判决：原告于本判决生效后10日内返还神州公司占用款4180000元并赔偿利息损失（自2009年7月8日起至判决应给付之日止，按银行同期贷款利率计付）。案件受理费40240元、财产保全费5000元，合计45240元，由原告负担。后原告不服该判决，上述至无锡中院。2014年8月11日，无锡中院作出（2014）锡商终字第0424号民事判决，判决驳回上诉，维持原判。判决生效后，神州公司即向惠山法院提出强制执行申请，执行标的为5469887元（含诉讼费）、利息及逾期罚息。执行中，惠山法院依法扣划原告银行存款5700元，提取了原告在无锡市南长区人民法院的（2014）南执字第495号案件执行应收款480500元，后神州公司与（2014）南执字第495号案件的被执行人即被告及无锡市华通道路养护工程有限公司达成由上述被执行人代原告支付1093239元的债务抵扣协议。因原告以浙江伟达建设工程有限公司（以下简称伟达公司）名义承建了由神州公司发包的工程，神州公司确认结欠伟达公司（毛云峰）工程款2150000元，惠山法院依法裁定该工程款冲抵本案执行款。上述款项扣除执行费54750元后，余款已发还申请执行人。惠山法院于2014年9月25日查封了原告名下坐落于杭州市富阳区的房产，于2014年9月29日查封了原告在无锡众之和资产管理有限公司40%的股权。现本案尚余1800898元及利息未执行到位。
在（2013）惠商初字第0327号一审的审理过程中，被告作为证人在回答原告的发问“据我们了解，2009年6月神州公司将股权转让给毛云峰后，你是隐名股东又是董事？”时回答“是的”；被告在回答原告的发问“除了你以外，还有李方生、韦烈、江祥敏都是实际的隐名股东？同时韦烈是副总经理，李方生是总经理，江祥敏是监事，是这个情况对吧？”时回答“是的”。江祥敏作为证人在回答原告的发问“毛云峰转出的4180000元的钱中你认为是否有你们隐名股东的份额？”时回答：“有的，后期我们把不到位的都补进来了。”李方生作为证人在回答原告的发问“毛云峰给北京神州公司的4180000元里是否有你们的份额？”时回答：“有。4180000元是我们几个隐名股东一致同意从公司账上支付出去的，毛云峰只是我们的代表。”
后原告对（2014）锡商终字第0424号民事判决仍不服，向江苏省高级人民法院（以下简称江苏高院）申请再审。2015年4月17日，江苏高院作出（2015）苏审三商申字第00055号民事裁定，裁定驳回原告的再审申请。
五、2013年5月28日，原告及案外人江祥敏以股权转让纠纷为案由向本院起诉被告、案外人明诚公司，要求判令：一、被告支付股权转让款1500000元；二、被告支付未付清股权转让款前向第三方转让股权的违约金3000000元；三、被告支付逾期付款利息90000元；四、被告支付逾期付款违约金79500元；五、明诚公司对上述款项承担连带责任；六、被告及明诚公司承担本案诉讼费及诉讼中发生的一切费用。2013年11月8日，本院作出（2013）杭富商初字第1077号民事判决，判决：一、被告支付原告股权转让款1091000元；二、被告支付原告截至2011年3月逾期利息65459元；三、被告支付原告自2011年5月30日到2013年7月30日逾期付款利息99372元；四、被告支付原告逾期付款违约金57822元；五、被告支付原告违约转让股权违约金327299元。上述一、二、三、四、五项款项，被告于本判决生效后十日内履行完毕。六、驳回原告的其他诉讼请求。该判决已生效。
本院认为，原告毛云峰与被告倪玉明于2010年5月27日签订的《股权转让协议》及《协议书》系双方的真实意思表示，涉及双方权利义务的内容也不违反法律、行政法规的强制性规定，应属合法有效，双方均应按约定履行。根据原、被告的诉辩主张，本案的争议焦点为：一、原、被告所签订的《股权转让协议》和《协议书》中关键条款的意思如何理解；二、对于原告占用神州公司资金4180000元用于支付其个人应向神州之旅公司支付的股权转让款，被告是否应承担赔偿责任；三、本案是否超出诉讼时效。针对争议焦点一，原、被告在《股权转让协议》及《协议书》中分别约定：“股权转让后，甲方（指原告，下同）对神州公司不再承担任何义务和责任，该等义务和责任均由乙方（指被告，下同）承担。”、“乙方确认，自本协议生效之日起，甲方对神州公司不再承担任何义务和责任，该等义务和责任均由乙方承担。”故，关于上述内容约定的具体意思如何理解对本案至关重要。《中华人民共和国和合同法》第一百二十五条规定，当事人对合同条款的理解有争议的，应当按照合同所使用的词句、合同的有关条款、合同的目的、交易习惯以及诚实信用原则，确定该条款的真实意思。虽然在神州之旅公司将其持有的神州公司100%股权转让给原告后，在工商登记中载明的原告系神州公司唯一的股东，但未经登记备案的神州公司章程载明，被告亦系神州公司的隐名股东，且被告在另案中亦认可其隐名股东的身份，故在原告受让神州公司股权后至再次转让股权期间，原、被告作为神州公司实际股东的身份应予以确认。原、被告均作为神州公司的股东，地位平等，且双方在《协议书》中明确“乙方对神州公司的现状非常了解”，故“股权转让后，甲方对神州公司不再承担任何义务和责任，该等义务和责任均由乙方承担。”及“乙方确认，自本协议生效之日起，甲方对神州公司不再承担任何义务和责任，该等义务和责任均由乙方承担。”应理解为协议生效后，所有涉及神州公司的债务均应由被告承担，原告对神州公司无需再承担任何义务。针对争议焦点二，根据神州公司在原告受让神州公司股权后至再次转让股权期间的隐名股东江祥敏及李方生的陈述，包括被告在内的股东均知晓原告通过神州公司支付神州之旅公司4180000元的事实，且认为4180000元款项系原告代表所有股东的行为，再结合原、被告签订股权转让协议时商定的股权转让价格因素，应认定上述款项最终应由被告实际承担。虽然已经生效的（2013）惠商初字第0327号民事判决认定原告占用神州公司资金4180000元用于支付其个人应支付给神州之旅公司的股权转让款已构成损害神州公司利益并据此判决原告返还神州公司4180000元并赔偿相关的利息损失，但被告对上述费用的最终承担仅系根据协议中对终局责任的约定，并不意味着法院对侵权行为的容忍。鉴于原告至今已实际履行款项3623749元（5469887元-45240元-1800898元），故该款项最终应由被告承担。由于原告在此过程中本身也存在过错，故相关利息损失应由其自行承担。原告同时诉请要求被告赔偿案件受理费40240元、保全费5000元，合计45240元及相应利息损失，没有事实和法律依据，本院不予支持。针对争议焦点三，（2014）锡商终字第0424号判决生效后，原告向江苏高院申请再审，江苏高院于2015年4月17日作出驳回原告再审申请的裁定后，原告于2017年4月6日向本院提起诉讼，故本案并未超出诉讼时效。综上，依照《中华人民共和国合同法》第一百零七条、第一百一十三条规定，判决如下：
一、被告倪玉明于本判决生效之日起十日内赔偿原告毛云峰损失3623749元；
二、驳回原告毛云峰的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费40602元、保全申请费5000元，合计45602元，由原告毛云峰负担6492元，被告倪玉明负担39110元。
原告毛云峰于本判决生效之日起十五日内向本院申请退费；被告倪玉明于本判决生效之日起七日内，向本院交纳应负担的诉讼费。
如不服本判决，可以在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按照对方当事人或者代表人的人数提出副本，上诉于浙江省杭州市中级人民法院。
审 判 长 吴贤祥
人民陪审员 何 伟
人民陪审员 朱琳莲
二〇一八年六月六日
代书 记员 胡佳玲