天津市津南区人民法院
民 事 判 决 书
（2017）津0112民初1372号
原告：天津市南洋装饰工程有限公司，住所地天津市津南区咸水沽镇海河科技园区聚兴道9号。
法定代表人：么晓宇，执行董事。
委托诉讼代理人：张志荣，男，该公司法务经理。
委托诉讼代理人：王金超，天津世杰律师事务所律师。
被告：天津中富通建设实业有限公司，住所地天津市北辰区北仓道延吉道集贤市场。
法定代表人：楼军龙，总经理。
委托诉讼代理人：楼枫，该公司员工。
委托诉讼代理人：康明，天津捷音律师事务所律师。
原告天津市南洋装饰工程有限公司诉被告天津中富通建设实业有限公司建设工程施工合同纠纷一案，本院于2016年5月12日作出（2014）南民三初字第654号民事判决。被告天津中富通建设实业有限公司不服该判决，向天津市第二中级人民法院提起上诉。天津市第二中级人民法院于2016年12月14日作出（2016）津02民终5298号民事裁定，发回本院重审。本院依法另行组成合议庭，公开开庭进行了审理。原告天津市南洋装饰工程有限公司的委托诉讼代理人张志荣、王金超，被告天津中富通建设实业有限公司的委托诉讼代理人楼枫、康明到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告天津市南洋装饰工程有限公司向本院提出诉讼请求：1、被告给付原告工程款4046878.5元；2、被告给付原告文明施工措施费300000元；3、诉讼费由被告承担。
事实和理由：2012年4月8日，原、被告签订《天津市建设工程施工专业分包合同》一份，合同约定被告将其总包的天津津南农业科技园区研发创意楼外檐幕墙工程和门窗工程中的除辅楼玻璃盒子以外的外檐玻璃幕墙、铝单板门窗、石材干挂等装饰工程及施工图纸内的全部内容分包给原告进行施工，合同约定的总造价为14735313元。2012年4月8日，原、被告又签订补充协议一份，协议第二条约定，原、被告之间最终结算以建设单位天津旭晟投资有限公司审计的结算额为原、被告的结算额，并约定原告从结算额中扣减2600000元给被告。施工过程中，原告对合同外的其他项目进行了增项施工，工程实际总造价为20824490元。原告完全按照合同约定及增项内容进行施工，履行了自己应尽的全部义务，但被告仅支付工程款13136387元，至今尚欠7688103元未付。除了5%的质保金未到期以及应扣减的2600000元，被告尚欠原告工程款4046878.5元，该款经多次催要，被告以种种理由不结算并拒付。
被告天津中富通建设实业有限公司在原审中辩称，1、原告依据被告与发包方之间的审计结论主张其分包工程的工程款没有依据。双方应依据原、被告所签订的合同及实际施工量，结合工期违约和质量违约的实际情况，由发包方委托的审计单位进行审计，并作为本案判决的依据。2、原告施工的工程严重超期，致使被告的工程迟迟无法完工，最终被发包方中途清场，给被告造成巨大损失。其中第一项工程减让213万元，第二项后续还有3000多万元的工程转由其他单位施工。3、原告施工的工程有严重质量问题，且至今未整改。因此，发包方扣减被告的工程款2130000元应由原告承担，或者由原告继续整改，直到达到工程合格我方就整改部分向建设单位索要相关款项。由于原告至今未提供结算材料，导致该工程至今无法结算。
原审庭审中，原告将第一项诉讼请求的数额变更为5573932.25元，增加一项诉讼请求为要求被告给付逾期付款违约金787915元。
重审期间原告再次变更诉讼请求，要求被告给付工程款6395528元（含5%质保金），给付逾期付款违约金1061384元（2014年1月1日至2016年12月31日），放弃了文明施工措施费300000元的主张。
重审庭审中，被告天津中富通建设实业有限公司辩称，根据双方合同履行情况，被告实际向原告支付的工程款已经超出了应付工程款。原告至今没有向被告提供工程结算报告及其他结算材料，其主张拖欠工程款的违约责任，缺乏事实依据，请求依法驳回原告的诉讼请求。
本案当事人围绕诉讼请求及争议焦点依法提交了证据，本院组织当事人进行了证据交换和质证。被告对原告证据1天津市建设工程分包合同、证据2补充协议书、证据8时间为2013年10月23日的会记纪要、证据10存款业务回单、证据11支票存根、证据13来源于北京泛华国金工程咨询有限公司的2015年2月天津市津南区国家农业科技园区研发创意中心工程核查发现的问题复印件真实性没有异议，原告对被告证据3（原告证据1、2）、证据5付款凭证十张（证明其已向原告付款38417387.10元（38490597.10元扣减垫付的电费67730元、5460元）、证据9纳税发票6张、证据10会议纪要的真实性没有异议，对当事人无异议的上述证据本院予以确认并在卷佐证。
对于双方有争议的证据本院认定如下：
原告提交的证据3天津市津南区国家农业科技园区研发创意中心工程结算审核造价汇总表一页，用于证实发包方与被告已经做了结算，结算中包含诉争工程的结算额。证据4时间为2012年12月20日的天津市津南区国家农业科技园区研发创意中心工程结算书三页，用于证实诉争工程的结算书早在2012年12月20日已经形成。证据5付款统计表一份用于证实原告实际收到包括诉争工程在内的工程款总额36787407.1元，且被告支付工程款已经逾期。被告表示证据3、4是被告与建设单位对工程进行审计的材料的一部分，原告以此为证属于断章取义，该证据不能作为本案结算依据，否认向原告提交过证据4，对证据5及上述证据的真实性、关联性均不认可。证据3、4是被告与发包方结算的材料，可以证明包括涉诉工程在内的天津津南国家农业科技园区研发创意中心工程的结算情况，其真实性本院予以确认。证据5系原告自行汇总，对其证明效力本院不予确认。
原告提交的证据6本院依原告申请从发包人天津旭晟投资有限公司处调取的工程结算资料，从天津市城建档案馆调取的涉案工程的报验资料各一套。用于证明原告施工的工程及完工时间。被告认可证据的真实性，提出工程结算资料中的审计报告是依据被告与发包方之间的合同做出的审计结论，与原告完全无关，不能作为判决的依据。原告施工的工程至今未验收合格，报验资料不能证明原告施工的工程已经竣工验收。上述证据系本院依据原告申请依法调取，原、被告对其真实性均无异议，本院予以确认。
原告提交的证据7天津市津南区国家农业科技园创意中心幕墙钢结构结算单一份，提出该份证据是被告出具并交付给原告，用于证明被告认可原告分包工程的内容、工程总价，认可从原告施工部分所对应的工程款中扣除2600000元，认可按照补充协议第二条的内容进行结算，双方对补充协议第二、三条的条款并没有歧义。对该证据中被告确认其违约不予认可，对扣减的款项不认可。被告否认出具该结算单，对其真实性不认可。该证据中没有出具人签字或盖章，被告亦不认可，对其真实性本院不予确认。
原告提交的证据9《总包工程遗留问题》一份，用于证实涉案工程已经竣工并移交发包方，不存在原告施工的工程未完工的情况。被告对其真实性不认可。该证据中没有出具人签字或盖章，被告亦不认可，对其真实性本院不予确认。
原告提交的证据12施工图纸，用于证明被告将变更以后的施工图纸交付原告，原告按照图纸施工，不存在工程再变更的情况。被告对其关联性不认可。原告提交的该证据系诉争工程的图纸，对其真实性本院予以确认。
原告提交的证据14为B座铝板幕墙检验批分项工程质量验收记录、B座铝合金窗安装分项工程质量验收记录、A、B座门窗玻璃安装分项工程质量验收记录、玻璃幕墙工程检验批质量验收记录表（主控项目）四页均为复印件，用于证明涉诉工程于2012年12月5日基本完成，经质量检验，结论均为合格。被告提出该证据是复印件，证据形式存在瑕疵，真实性需要核实，该证据为分项工程的验收记录，分项工程应该是预验收内容，没有总包方的签字、盖章。而且，所有的分项工程验收合格后，经过建设方、总包方、施工方、设计单位、监理单位进行工程竣工验收后，才能算验收合格。该证据能够否定竣工图的真实性。原告提交的证据14虽然证据形式存在瑕疵，但其内容与本院从天津市城建档案馆调取的分项报验材料相一致，可以证实该证据的真实性，对其证明效力本院予以确认。
原告提交的证据15津建科函【2012】488号文件及答疑四页（复印件），用于证明辅楼（裙楼）钢结构施工方面的问题。被告提出该证据与本案无关。原告提交的此证据系另案裙楼工程施工过程中的相关文件，与本案不具关联性，对本案不产生证明效力。
原告提交的证据16天津市津南区农业科技园结算造价汇总表，证明工程量增加应相应增加工期至少90天。被告提出该证据没有签字也没有盖章，对真实性、关联性、合法性均不认可。该证据系原告单方汇总的情况说明，被告对此亦不认可，对其证明效力本院不予确认。
原告提交的证据17工作记录五页，用于证实现场收尾施工或受条件、工程量变更或交叉施工等影响，延误了工期。被告对其真实性、关联性、合法性均不认可。该证据系原告自行记载，被告对此亦不认可，其真实性本院不予确认。
原告提交的证据18津南区逐日降水量统计分析报告一份，证明涉诉工程施工期间，由于天气恶劣无法正常施工，造成停工61天。被告对该证据的证明目的不认可，提出确定合同工期时已经充分考虑了施工期间的天气情况，而且，因为特殊天气造成工程无法施工时，应当有监理单位签证确认。被告表示此证据无监理签证，不能证明其主张。该证据是气象部门出具的统计分析情况，对其真实性本院予以确认，该证据可以证实在原告施工过程中出现降雨天气。
被告提交的证据1两份特快专递凭证及“关于迅速提交工程结算报告及有关资料的通知”，用于证明2014年9月3日曾催促原告迅速提交相应的材料用于结算，但原告至今未回复，导致工程尚未结算。原告对该证据的真实性、合法性、关联性不予认可，表示未收到该通知，双方就结算另有约定，故该通知也没有意义。被告提交的该证据可以证明在本案诉讼过程中，其向原告发出了要求提交结算报告及材料的通知，对其真实性本院予以确认，但该证据不足以证实原告的证明目的。
被告提交的证据2工作联系函及结算审定签署表，用于证明北京泛华国金工程咨询有限公司以工作联系单的形式通知对不合格项目进行整改，其中涉及原告施工的有四项（1-4项），由于原告没有整改，导致2013年10月23日被告与发包方结算时，协商减少工程款2027893元。2014年11月28日现场查验时，上述不合格部分仍未整改。原告对工作联系函的真实性、合法性、关联性不予认可，提出该联络函是第三方发给被告的，与原告没有关系，其内容的真实性无法确定。认可结算审定签署表的真实性，提出该签署表中关于2027893元工程款是被告让利的款项并非扣减款项。工作联系函是结算审计机构北京泛华国金工程咨询有限公司向被告发出的，该证据能够证明到2013年9月26日，原告施工的工程中尚有部分项目的质量未达到结算审计要求，如不尽快解决，发包方将不予结算并在结算中扣除相应的损失。结算审定签署表，可以证实发包方与被告于2013年11月5日进行了结算，结算结果已经经过双方及北京泛华国金工程咨询有限公司审定。
被告提交的证据3原、被告签订的天津市建设工程施工专业分包合同及补充条款，内容同原告证据1、2，用于证明原告施工逾期且至今未完工。原告提出该证据不能体现双方约定的竣工时间，亦不能证明原告存在延误工期的情况，对其证明目的不予认可。该证据双方均作证据提交，其真实性本院予确认。
被告提交的证据4施工日志，用于证明原告2013年7月27日还在施工，却在第一次开庭时陈述2012年底就已竣工，其陈述不真实。原告对该证据的真实性认可，不认可其证明目的，提出该施工日志是维修期间的施工日志，不能证明原告工程完工的时间。被告提交的证据4可以证明2013年7月27日原告在对诉争工程进行修补，但不足以证明原告施工工程尚未完工。
被告提交的证据6分部分项工程量清单及计价表（投标文件一部分），证明分包工程本应进行招投标，经发包方协调，涉诉工程未经招投标程序直接分包给原告。原告表示此证据与本案无关。被告提交的证据6系其他单位投标文件的一部分，与本案不具有关联性。
被告提交的证据7工程变更图纸通知书（附图纸），证明原告的工程存在减项的情况。原告提出该证据不能证明玻璃幕墙的减项情况，对其真实性不认可。被告提交的证据7系工程施工过程中的变更图纸，由于被告与发包方是依据审计结论结合工程实际完工情况进行的结算，结算时对工程增减项均做了相应处理，因此，该施工图纸中体现的工程变更并不影响已做出的工程审计结论，该证据与本案不具有证明意义。
被告提交的证据8被告与安徽省豪伟建设集团有限公司签订于2011年8月8日签订的协议书一份及付款凭证27张，用于证明钢结构部分的施工问题。原告对该证据的真实性、关联性、合法性均不认可，提出证据所载施工的部分与原告施工的部分没有交叉。被告提交的证据8所载明的施工范围与原告的施工范围并不重合，该证据与本案不具有关联性。
被告提交的证据9发票六张，证明被告其重复交纳了税款，依据双方约定，该税款应从原告所主张的工程款中扣除。原告对该证据的真实性没有异议，强调缴纳税款是双方依法应承担的义务，不存在重复纳税的问题。原告认可告证据的真实性，对此本院予以确认，但该证据不足以证实其重复缴纳税款的事实，对其证明目的本院不予确认。
被告提交的证据10会议纪要一份，证明原告施工的钢结构部分仍未维修合格。原告认可该证据的真实性，否认被告的证明目的。被告提交的证据10与原告提交的证据8一致，对其真实性本院予以确认。
重审期间被告提交证据11审计报告第17页，用于证实双方没有按照合同单价结算而是按照审计价款结算，原告对此不认可，提出审计报告是被告与建设方的之间形成的不足以证明原、被告之间的结算情况。该证据是由第三方北京泛华国金工程咨询有限公司出具的，其真实性本院本院予以确认。
根据当事人陈述和经审查确认的证据，本院认定事实如下：
涉案工程为天津津南国家农业科技园区研发创意中心工程，建设方为天津旭晟投资有限公司，被告天津中富通建设实业有限公司为该项工程的承包方。北京泛华国金工程咨询有限公司是工程发包方委托的对被告与发包方之间工程进行结算审计的机构。2012年4月8日，原告作为乙方，被告作为甲方，双方签订《天津市建设工程施工专业分包合同》，约定原告分包涉案工程项下的外檐幕墙工程和门窗工程，承包范围为除辅楼玻璃盒子以外的外檐玻璃幕墙、铝单板、门窗、石材干挂等装饰工程施工图纸内的全部内容，分包合同价款14735313元，开工时间为2012年4月28日，竣工时间为2012年9月5日。质量标准为达到国家建筑装饰幕墙工程施工质量验收合格标准，国家建筑装饰幕墙、门窗设计标准、国家建筑装饰幕墙、门窗工程施工标准及天津市建筑装饰幕墙、门窗验收规范，并达到天津市海河杯标准。合同第19.2条约定“本合同价款采用（1）种方式确定。（1）采用固定价格的，合同价款包括的风险范围：所有风险范围已含在合同价款内。（2）采用可调价款的，合同价款的调整方法：不采用。（3）采用成本加酬金的，有关成本加酬金的约定为：不采用”。第19.3条约定“双方约定合同价款的其他调整因素：设计变更、工程量增减及经建设单位确认的其他因素”。第20.1条约定“分包人向承包人提交已完工程量报告的时间：每月22日”。第21.1条约定“承包人向分包人预付工程款（进度款）的时间和数额：合同签订后一周内预付工程款总价的15%，扣回时间和比例：每月按比例扣回”。第21.2条约定“承包人向分包人支付工程款的时间和方式：每月22日上报当月已完工程报表，经甲方、监理公司、建设单位审核确认后，在下月5日前支付已完工程量的80%工程款，工程竣工验收合格后付至合同价款的85%，经建设单位及审计公司审计完毕后30日内付至工程审核价的95%，余5%作为工程保修金，保修期满二年后一周内归还。”合同第26.1条约定“本合同关于承包人违约的具体责任：（1）本合同通用条款第21.5款约定的承包人违约应承担的违约责任：执行通用条款第21.5款（承包人不按分包合同约定支付工程款（预付款、进度款），导致施工无法进行，分包人可停止施工，由承包人承担违约责任），违约按未付工程款的日万分之二支付违约金。（2）本合同通用条款第24.3款约定的承包人违约应承担的违约责任：执行通用条款第24.3款（承包人收到分包工程竣工结算报告及结算资料后28天内无正当理由不支付工程竣工结算价款，从第29天起按分包人同期向银行贷款利率支付拖欠工程款的利息，并承担违约责任），违约按未付工程款的日万分之二支付违约金”。合同补充条款38.4条约定“工期延误超过十天，每天按合同总价款的千分之一支付违约金”。第38.5条约定“本合同价款已包括材料费、人工费、机械费、措施费、管理费、文明施工费、临时设施费、水电费、保险费、税金、利润、总包服务费等各种费用，总包方开工程税票时需交纳的所得税、资料汇总编制费、现有的架子使用费、垂直运输费、统一布置的文明施工设施费、一二级配电设施费、总包服务费等，总计提取总包总价款的10.5%，此部分费用由承包方投入”。第38.6条约定“本工程结算价款以建设单位委托的审计公司的审定结算金额扣减38.5条内承包人相关费用（合同价款的10.5%）后，剩余金额为双方的最终结算额”。该合同附件一为天津市津南区农业科技园主楼幕墙报价单，该报价单载明了工程量、单价及合计金额，工程总造价合计为14735313元，与分包合同约定的分包合同价款相同。
同日，原告（乙方）与被告（甲方）签订补充协议书，双方约定对原合同进行修改补充：“一、结算原则：二份合同中的第38.6款约定的承包人相关费用，合同总价款的10.5%不计取。二、竣工结算若建设单位按甲乙双方合同清单单价（白本）乘以实际发生工程量为结算额时，甲方扣减260万元，剩余为双方结算额。三、竣工结算若建设单位按委托审计单位的原审计清单单价（蓝本）乘以实际发生工程量为结算金额时，在结算金额（主楼部分）下浮3%基础上（审计结算无任何下浮的前提下）甲方返额给乙方20万元，甲方扣减350万元后，剩余金额为双方结算金额。四、主楼合同价款中文明施工设施费、垂直运输费、超高费、竣工资料编制费核定为30万元，以上费用包干使用，不再调整。吊篮、脚手架费用根据需要向建设单位提出签证，无论确定多少价款，乙方除承担所有应交税金外，甲方不再收取其他费用。五、关于2%所得税问题，若乙方不能与地方税务机关就甲乙双方重复交纳所得税的问题达成一致时，则以建设单位委托的审计公司的审定结算金额（蓝本）扣减2%作为承包人开具工程税票的所得税后，剩余金额为双方的最终结算额”。
合同签订后，原告于2014年6月1日进场施工，施工过程中有超出合同约定的增项工程，期间也确遇雨雪不利天气影响工程施工。2012年10月至12月间涉案工程进行分项、分批报验，检查结论和验收结论均为合格。最后一项工程的验收时间为2012年12月30日。2013年9月26日，北京泛华国金工程咨询有限公司向被告发出工作联系函，提出被告承包的工程中存在部分遗留问题，如不尽快解决，将按工程未完工不予进行结算，并对给发包方造成的损失予以扣除。该联系函中涉及原告施工的主楼工程的问题有三项。2013年10月23日，发包方、承包方（被告）、监理方、咨询方代表就天津津南国家农业科技园区研发创意中心公司工程形成会议纪要，双方就涉案工程以人民币1.98亿元进行结算，并就其他问题达成一致。2013年11月5日，北京泛华国金工程咨询有限公司出具审核报告，审核结果为报审工程结算279018256元，审定工程结算199298076元，核减金额79，720，180元。同日，发包方、承包方（被告）、结算审计方签订结算审定签署表，确认了上述审核结果。该审计结果中涉及本案的总工程款为22131915元，该款中不包含文明施工费。
合同履行过程中，原告没有按照合同约定的每月固定时间向被告报告工程量，被告也没有完全按照约定的时间付款。
涉案工程整体验收暨实际交付使用时间为2013年10月23日，从该时间起算，质保期已经超过两年。
被告就其承包的天津津南国家农业科技园区研发创意中心工程向天津市津南区地方税务局缴纳过税款。
另查，原、被告共签署两份《天津市建设工程施工专业分包合同》，本案为主楼分包合同，另有辅楼（裙楼）分包合同原告也已另案主张权利。主、辅楼工程虽然签订了两份合同，但基本是同时履行，被告也是一并付款，没有区分两个合同分别付款的数额，原告在重审期间表示起诉时为了规避级别管辖人为拆分为两个案件。两份合同被告共计付款38417387.1元，该数额是在扣减了被告垫付的电费67730元、5460元后实际给付原告的工程款。
原审庭审中，原告表示其施工的工程最后一项验收时间为2012年12月30日，强调验收即为交付，也就是工程竣工的时间。承认双方尚未结算。重审期间又说工程验收是2012年11月25日，此日期应当是竣工时间，承认工程逾期一个半月。第一次开庭时主张防火窗款24765元，第二次开庭时又否认防火窗是其施工，表示本案中也不主张权利。认可未施工部分应当扣款52694.46元。放弃文明施工费的主张。另称下述给付的工程款2012年6月11日1300000元，2012年7月18日的1836387元，2013年1月15日的11000000元是被告支付本案工程的工程款，合计13136387元。应当返还被告1630000元，其中1000000元是就本案工程应当给付。
被告认可原告施工的工程已经完工，只是没有对问题部分进行整改，表示工程有缺陷，但并不影响正常使用，增项工程是随主合同工程一并交付。提出以下是给付本案工程的工程款2012年6月11日1300000元，2012年9月28日6000000元，2012年11月9日5000000元，2014年1月7日4281020.1元,共计付款16581020.1元，扣减原告应当返还的1630000元，实际支付给原告的工程款是14951020.1元。
重审期间双方在辩论意见中均认可本案工程合同内及增项总工程款为22131915元。
再查，2016年8月30日，原告企业名称经天津市市场和质量监督管理委员会核准，变更为天津市南洋装饰工程有限公司。原告变更核准的企业名称保留期至2017年2月28日。
原、被告争议的焦点1.原告施工的工程质量。2.双方各自主张的违约责任。3.工程款结算应当适用的合同条款。4.被告主张的各项扣款是否成立。
本院认为，原、被告签订的天津市建设工程施工专业分包合同及补充协议均系双方当事人真实意思表示，内容未违反国家法律、行政法规的效力性强制性规定，应为合法有效。双方当事人均应按照合同约定履行各自的义务。
关于焦点1本案工程质量问题，虽然原告施工的工程在涉案工程整体验收前存在少许瑕疵，但涉案的整体工程已在2013年10月交付使用，发包人对其质量瑕疵也没有再提出异议，并且被告与发包人对整体工程已经进行了结算审计，且工程交付使用超过了约定的两年保修期。因此，被告抗辩工程质量问题没有事实依据，其抗辩依法不能成立。也因此，原告主张质保金依法有据本院应予支持。
关于焦点2双方各自主张的违约责任问题，依据本院查明的事实，原告最后一项工程验收时间是2012年12月30日，该日期应当认定是原告施工工程完工时间，此时超出合同约定的完工时间116天。按照双方合同约定，不可抗力及甲方认可的其他原因可以顺延工期。原告提交的气象部门出具的统计分析可以认定施工期间确有雨雪天气可能影响施工，但该证据内容不足以满足双方约定的顺延工期的条件，原告的该项理由不能成立。由于工程增量，必然需要履行时间，虽然双方在合同履行过程中就增项的履行期间没有按照约定进行确认，但从实际情况考虑，涉案工程有大量增项，工期适当延长应在情理之中，但是延期多少为合理，双方没有进行确认，也没有提交相应的证据，本院无法就此进行确认。因此对于被告主张原告违约的事实本院不予确认。也因此，被告提出原告延误工期应从其工程款中扣减违约金的抗辩不能成立。原告没有严格按照合同约定的节点履行工程量报告的义务，是被告没有完全按照合同约定的时间付款的原因之一，加之工期延长，必然导致付款时间上的变化。由于双方没有对此进行确认，也没有提交可以证实工程量变更后如何付款的证据，因此原告主张被告逾期付款的事实本院不予确认。也因此原告主张逾期付款违约金本院不予支持。
关于焦点3工程款结算应当适用的合同条款问题。双方签订的补充合同第一条对原《天津市建设工程施工专业分包合同》第38.5条、38.6条中关于最终结算额的内容进行了修改，也即上述条款不再履行。补充合同第二条、第三条对结算方式进行了有选择的约定，按照该约定，如果建设单位按甲乙双方合同清单单价（白本）乘以实际发生工程量为结算额时，甲方扣减260万元，剩余为双方结算额（第二条）。如果建设单位按委托审计单位的原审计清单单价（蓝本）乘以实际发生工程量为结算金额时，在结算金额（主楼部分）下浮3%基础上（审计结算无任何下浮的前提下）甲方返额给乙方20万元，甲方扣减350万元后，剩余金额为双方结算金额（第三条）。由于双方在庭审中认可的工程总价款22131915元是按照审计单位的原审计清单单价（蓝本）乘以实际发生工程量得出的，因此，原、被告之间的结算应当适用补充合同第三条的约定。
关于焦点4被告主张的各项扣款:1.防火窗款24765元，重审期间原告认可对此没有施工，也不主张该项权利，故该款项应从总工程款中扣减。2.未完工扣款52694.46元，原告同意扣减，本院予以准许。3.工程质量扣款2027983元，该款是被告与建设方结算时被核减中的一部分，其提交的证据不足以证实是因原告施工的工程质量问题而被扣减，因此，被告该项抗辩没有事实依据，依法不能成立。4.文明施工费300000元，该款并不在双方认可的总合同价款中，被告主张扣减没有事实依据，该项抗辩依法不能成立。5.一类调差款259074元，6.水电费322315元。虽然双方在原合同中约定的是固定价款，但由于结算方式改变，相应的扣款增加，并且审计报告中就工人工资确实调差，原告主张一类调差款中的259074元，符合补充合同第三条的约定，依法应予支持。被告按照原合同抗辩上述部分应当扣减，理由并不充分。另外，被告在其提交的证据中明确说明扣减过电费，再行主张依据不足，该抗辩依法不能成立。7.税款，原、被告作为企业法人均有就企业所得向税务机关缴纳税款的义务，双方均应按照相关法律、法规的规定缴纳税款，如涉及重复纳税，应当通过其他途径解决，要求原告给付没有法律依据，该抗辩依法不能成立。
另外，原、被告在庭审中提出的原告应该给付被告1630000元和被告实际付款的数额问题，原告主张1630000元涉及本案的是1000000元，被告实际付款数额是13136387元。被告表示1630000元是提取本案合同约定的10.5%的总包服务费，本案给付的工程款数额为16581020.1元，原告退回1630000元，实际付款金额为14951020.1元。由于原告人为拆分案件，致使该部分内容产生争议，举证责任应当由原告承当，因其举证不能，本院按照被告认可确认。按照被告的自认，被告收取1630000元依据的合同条款已经被修改，应当纳入补充协议中的3500000元扣款当中。按照原、被告签订的补充协议，本案主楼和另案辅楼共同返还和扣减的数额分别是20万元和3500000元，同样由于原告人为拆分案件，致使该部分款项无法区分，因此被告主张在本案中扣减和返还本院予以准许。
综上所述，总工程款22131915元扣减防火窗款24765元，未完工扣款52694.46元后余款22054455.54元（22131915元-24765元-52694.46元=22054455.54元），应当是原告实际施工的工程款。按照补充合同第三条扣减和返额后为18092821.87元【22054455.54元-（22054455.54元×3%）+200000元-3500000元=18092821.87元】。减去原告实际收到的14951020.1元，被告尚欠原告工程款3141801.77元（含质保金），该款应当由被告给付原告。
原告在庭审中放弃文明施工费的主张是其真实意思表示，本院予以准许。
综上所述，根据《中华人民共和国民法通则》第一百零六条第一款、第一百零八条，《中华人民共和国合同法》第五十八条、第一百零九条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款、第一百四十二条，《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条第一款、第二款之规定，判决如下：
一、被告天津中富通建设实业有限公司于本判决生效后给付拖欠原告天津市南洋装饰工程有限公司的工程款3141801.77元。
二、驳回原告天津市南洋装饰工程有限公司的其他诉讼请求。
如果被告未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费66950元，保全费5000元，共计71950元，由原告承担41635元，被告承担30315元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数或者代表人的人数提出副本，上诉于天津市第二中级人民法院。
审 判 长 张 艳
代理审判员 刘 静
人民陪审员 孟凡良
二〇一七年七月十八日
书 记 员 孙树胜