四川省乐山市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2016）川11民终1150号
上诉人（原审原告、反诉被告）：四川航天建筑工程有限公司。住所地：四川省成都市龙泉驿区龙泉街道星光中路*号。
法定代表人：陈国华，总经理。
委托诉讼代理人：赵绍舜，四川泓森律师事务所律师。
委托诉讼代理人：周明龙，四川泓森律师事务所律师。
上诉人（原审被告、反诉原告）：乐山特驱饲料有限公司。住所地：峨眉山市工业集中区建材产业园（乐都镇）。
法定代表人：王孝国，执行董事。
委托诉讼代理人：廖文全，男，公司员工。
委托诉讼代理人：王珍美，北京市高通（成都）律师事务所律师。
上诉人四川航天建筑工程有限公司（以下简称航天公司）因与上诉人乐山特驱饲料有限公司（以下简称特驱公司）建设工程合同纠纷一案，不服四川省峨眉山市人民法院（2015）峨眉民初字第1424号民事判决，向本院提起上诉。本院于2016年11月4日受理后，依法组成合议庭，于同年12月26日公开开庭进行了审理。上诉人航天公司的委托诉讼代理人赵绍舜、周明龙，上诉人特驱公司的委托诉讼代理人廖文全、王珍美到庭参加了诉讼。因当事人申请庭外和解，扣减相应审限。本案现已审理终结。
上诉人航天公司上诉请求：一、撤销原判并依法改判或发回重审；二、特驱公司承担一、二审诉讼费用。事实和理由：1、案涉工程经过招投标程序签订了中标合同并进行了备案，应以该合同作为结算依据；2、因当事人对中标合同约定的计价方式不能达成一致意见，且因2012年签订的合同约定了固定价款违反法律的强制性规定而无效，且该合同工程量约定没有依据，亦与事实不符，应对工程价款进行鉴定；3、因特驱公司的过错、失误，或增加工程量造成的损失不应包含在合同价款内，应予以赔偿，一审驳回其关于赔偿损失的请求依据不充分。
上诉人特驱公司上诉请求：一、撤销原判第一项、第三项，改判驳回航天公司的诉讼请求；二、判令航天公司支付逾期竣工违约金30万元、拖欠民工工资违约金45万元、转包、违法分包或者借用资质违约金144.20万元；三、航天公司承担一、二审诉讼费用。主要事实和理由为：1、根据实际完成的工程量，本案应付工程款为899.11295万元，已付工程款为909.0979万元，一审法院认定工程总价款及已付工程款错误；2、一审法院认定退还航天公司10万元履约保证金错误，如前所述，应付款应与已付款品迭；3、航天公司逾期300天竣工，应支付违约金30万元；4、因农民工堵门、上访，航天公司应支付违约金45万元；5、本案工程存在转包、违法分包或者借用资质的情形，航天公司应支付合同总价款20%的违约金。
上诉人特驱公司针对上诉人航天公司的上诉请求答辩称，一审认定事实清楚、适用法律正确，请求驳回航天公司的上诉。
上诉人航天公司针对上诉人特驱公司的上诉请求答辩称，一审认定事实清楚、适用法律正确，请求驳回特驱公司的上诉。
原审原告航天公司向一审法院起诉，请求判令：一、特驱公司按备案合同支付工程余款442.7525万元（含保证金10万元）并支付逾期付款违约金88.1533万元。以上两项共计530.9058万元；二、特驱公司按以上金额支付逾期付款利息140.1591万元（计算时间：2014年8月5日至2015年7月8日），以530.9058万元为基数，按每月0.024%支付逾期利息，至付清以上款项金额为止；三、特驱公司支付延误工程产生的误工费295.0567万元；四、本案诉讼费由特驱公司承担。在诉讼过程中，其明确诉讼请求，判令：一、特驱公司按2013年6月27日签订的备案合同支付工程余款356.7525万元、保证金10万元、逾期付款违约金88.1533万元，以上共计454.9058万元；二、特驱公司按以上金额支付逾期付款利息96.6778万元；三、特驱公司支付延误工程产生的误工费381.7146万元。
反诉原告特驱公司向一审法院反诉，请求判令：一、航天公司支付逾期竣工违约金30万元；二、航天公司支付拖欠民工工资违约金45万元；三、本案讼费用全部由航天公司承担。诉讼中，特驱饲料公司增加诉讼请求：一、请求判决航天公司支付因为违反转包的违约金144.2万元；二、增加的诉讼费用由被申请人承担；三、请求人民法院收缴被申请人已取得的非法所得。庭审过程中，特驱公司放弃增加的第三项诉请，即放弃请求人民法院收缴被申请人已取得的非法所得的诉讼请求。
一审法院认定事实：2012年10月11日，特驱公司作为发包人、航天公司作为承包人签订《乐山特驱饲料有限公司新建厂房土建施工合同》（合同编号为LSTQ-2012，以下简称2012年合同）。主要内容为：工程名称为乐山特驱饲料有限公司新建厂房土建工程；工程地点峨眉山市工业集中区建材产业园乐都顺江村；工程内容：1、办公楼，2、成品库，3、主车间土建工程，4、原料库土建工程，5、场地平整，6、大门、铭墙工程，7、室外道路，8、筒仓土建工程，9、卸料坑工程，10、防雷工程，11所有预埋件工程等（图纸包干）；承包范围：1、办公楼1307.22㎡，2、成品库土建工程4965.29㎡，3、主车间土建工程1026㎡，4、原料库土建工程11084.72㎡，5、场地平整30000㎡，6、大门、铭墙工程，7、室外道路9000㎡，8、筒仓土建工程4座，9、卸料坑工程，10、防雷工程，11、所有预埋件工程等（图纸包干）；合同工期总日历天数：100日历天；合同价款：总造价721万元，采用固定价格，合同价款中包括的风险范围为所有材料及人工费均不调整；工程款支付方式：按月工程进度支付工程款；工程款支付时间：各节点按约定工期完工，各分项工程初步验收合格，所至所完工工程总额的80%，发包人委托四川特驱投资集团总部审计法务部对工程进行审计，在工程竣工验收合格并审计完成后十日内，承包人提供符合发包人要求的合规发票后付至审计确认总金额的95%，剩余5%作为工程质保金，工程验收合格质保期满后，若无质量问题，一个月内一次性付清（无息）；工程竣工结算：竣工验收报告经发包人认可后15日内，承包人向发包人递交竣工结算报告及完整的结算资料，双方按照协议书约定的合同价款及专用条款约定的合同价款调整内容，进行工程竣工结算。
承包人应做的其他工作：由承包人自本合同生效之日起7日内向发包人缴纳履约保证金为10万元，工程验收合格后，履约保证金退还给承包人，对承包人因违约应支付给发包人的违约金，发包人有权直接从履约保证金中扣除；本合同中关于承包人违约的具体责任如下：因承包人原因不能按照协议书约定的竣工日期或发包人未同意顺延的工期竣工的，承包人应承担违约责任，每延误一天承包人向发包人支付1000元违约金。
上述合同签订后，特驱公司于2012年10月17日向航天公司出具开工令，开工时间为2012年10月17日，工期100天。2014年8月5日，该工程竣工验收合格。
2013年5月，特驱公司委托峨眉山诚信建设工程招标有限公司对乐山特驱饲料生产基地建设项目进行招标，招标控制价为1153.6352万元。2013年6月27日，乐山特驱饲料生产基地建设项目通过邀请招标的招标形式在四川省峨眉山市招标投标交易中心进行开标。投标申请人成都金梅建筑工程公司投标报价为1157.7826万元及四川南部兴发建筑公司投标价为1170.0069万元，以上两公司投标价均高于控制价而流标，航天公司以投标报价1151.2358万元中标。
2013年6月27日，特驱公司与航天公司签订编号为LSTQ-2013号《乐山特驱饲料生产基地建设项目合同》（以下简称2013年合同），主要内容为：工程名称：乐山特驱饲料生产基地建设项目；工程地点：峨眉山市工业集中区建材产业园（乐都镇）；工程内容：1、办公楼，2、成品库，3、原料库，4、场地平整，5、大门、铭墙工程，6、总平道路；承包范围：1、办公楼1307.22㎡，2、成品库工程4965.29㎡，3、原料库工程11084.72㎡，4、场地平整30000㎡，5、大门、铭墙工程1处，6、总平道路9000㎡；合同工期总日历天数：180日历天；合同价款：1151.2358万元，合同形式采用单价合同形式；进度款支付方式：进场后7天内支付合同总价的20%，工程施工到进度计划一半时支付至合同总价的50%，竣工验收合格后支付至合同总价的70%，经峨眉山市审计中心结算评审完毕提供完整竣工资料后30日内，工程款拨付至结算认定价的90%，10%质保金待工程竣工验收合格满一年后，无息支付保证金50%，缺陷责任期满后，无息支付剩余保证金；最终清算：工程采用固定总价方式，发包价为最终结算价，承包人在施工过程中，发包价即为工程施工图和工程施工量清单的包干价，承包人不得对工程结算价款进行调整。
2013年6月27日，特驱公司与航天公司签订一份《协议书》，该协议书载明：双方签订的2013年合同只作为办理施工许可证提供材料，不用于其他任何用途，乐山特驱土建施工项目仍按照原签订合同即2012年合同执行。2013年7月15日，峨眉山市住房和城乡规划建设局颁发乐山特驱饲料生产基地建设项目工程的建筑工程施工许可证。
2013年8月8日，航天公司与特驱公司签订协议编号为LSTQ-2013-01号《乐山特驱饲料生产基地建设项目合同补充协议》，协议约定因车间设计变更，减少主车间D-
E轴双层双向HRB400筏板钢筋，主车间D-
E轴C30P8抗渗砼工程，减少工程价款2.8158万元，减少工程生产的合同价款调整，不得进入工程进度款，工程竣工验收合格后，一律并入合同金额进行结算审计。同日，航天公司与特驱公司签订协议编号为LSTQ-2013-02号《乐山特驱饲料生产基地建设项目合同补充协议》，协议约定因成品库基础超深，增加成品库房基础超深C15混凝土85.202立方米增加C15石混凝土12.47立方米，增加挖方量97.272立方米，增加工程价款2.7455万元，总工期15日历天，增加工程生产的合同价款调整，不得进入工程进度款，工程竣工验收合格后，一律并入合同金额进行结算审计。同日，航天公司与特驱公司签订协议编号为LSTQ-2013-03号《乐山特驱饲料生产基地建设项目合同补充协议》，协议约定因原料库基础超深，增加原料库房基础超深，增加C25混凝土2.063立方米等，增加工程价款2.8782万元，总工期15日历天，增加工程生产的合同价款调整，不得进入工程进度款，工程竣工验收合格后，一律并入合同金额进行结算审计。同日，航天公司与特驱公司签订协议编号为LSTQ-2013-04号《乐山特驱饲料生产基地建设项目合同补充协议》，协议约定因厂区呈阶梯式，需增加梁下挡土墙工程，在成品库砖墙基础上增加…等工程量，增加总价款4.1392万元，总工期20日历天，增加工程生产的合同价款调整，不得进入工程进度款，工程竣工验收合格后，一律并入合同金额进行结算审计。同日，航天公司与特驱公司签订协议编号为LSTQ-2013-05号《乐山特驱饲料生产基地建设项目合同补充协议》，协议约定因电气调整，增加对一层电源进线柜、插座…等工程量，增加工程价款1.4万元，总工期15日历天，增加工程生产的合同价款调整，不得进入工程进度款，工程竣工验收合格后，一律并入合同金额进行结算审计。同日，航天公司与特驱公司签订协议编号为LSTQ-2013-06号《乐山特驱饲料生产基地建设项目合同补充协议》，协议约定因场地回填建渣采取换填方式，增加建渣区域面积…等工程量，增加工程价款1.6万元，总工期20日历天，增加工程生产的合同价款调整，不得进入工程进度款，工程竣工验收合格后，一律并入合同金额进行结算审计。同月20日，航天公司与特驱公司签订协议编号为LSTQ-2013-07号《乐山特驱饲料生产基地建设项目合同补充协议》，协议约定因发货坪块石换填，增加土石开挖…等工程量，增加工程价款69000元，总工期5日历天，增加工程生产的合同价款调整，不得进入工程进度款，工程竣工验收合格后，一律并入合同金额进行结算审计。2013年9月10日，航天公司与特驱公司签订协议编号为LSTQ-2013-08号《筒仓道路及原料库局部换填工程土建工程施工合同》，合同约定承包范围为筒仓道路及原料库局部换填工程，总计换填建渣4700方，总造价为10.5万元，总工期20日历天。2013年8月28日，航天公司与特驱公司签订协议编号为LSTQ-2013-09号《乐山特驱饲料生产基地建设项目合同补充协议》，协议约定因办公楼外墙砖调整，变更外墙涂料为墙砖，增加工程价款7.9万元，总工期20日历天，增加工程生产的合同价款调整，不得进入工程进度款，工程竣工验收合格后，一律并入合同金额进行结算审计。2013年9月16日，航天公司与特驱公司签订协议编号为LSTQ-2013-10号《乐山特驱环厂挡土墙及排水沟土建工程施工合同》，合同约定承包范围为包括图纸范围内乐山特驱环厂挡土墙及排水沟修建，总造价为58万元，总工期45日历天。2013年9月12日，航天公司与特驱公司签订合同编号为SCTQ-2013-12号《主车间二楼及三楼预混料地面做金刚砂耐磨地坪土建工程施工合同》，合同承包范围为主车间二楼及三楼预混料地面做金刚砂耐磨地坪，总造价1.78万元，总工期15日历天。2013年11月10日，航天公司与特驱公司签订合同编号为20131120号《地磅基础土建施工项目土建工程施工合同》，合同约定承包范围为地磅基础土建施工，含施工图纸上所有内容，总造价为6.5万元，总工期20日历天。2013年11月20日，航天公司与特驱公司签订合同编号为LSTQ-2013-14号《原料库增设地梁及挡土墙土建工程施工合同》，合同约定承包范围为原料库增设地梁及挡土墙工程，总造价为7.3万元，总工期15日历天。2014年1月6日，航天公司与特驱公司签订《乐山特驱饲料生产基地建设项目合同补充协议》，协议约定新增筒仓室外排水沟工程，增加工程价款1.75万元，总工期10日历天，增加工程生产的合同价款调整，不得进入工程进度款，工程竣工验收合格后，一律并入合同金额进行结算审计。2014年1月20日，航天公司与特驱公司签订《乐山特驱饲料生产基地建设项目合同补充协议》，协议约定新增地磅排水系统及基础标高工程，增加工程价款1.38万元，总工期5日历天，增加工程生产的合同价款调整，不得进入工程进度款，工程竣工验收合格后，一律并入合同金额进行结算审计。2014年3月12日，航天公司与特驱公司签订《乐山特驱饲料生产基地建设项目合同补充协议》，协议约定对综合楼盥洗台进行变更调整，增加工程价款2.1424万元，总工期15日历天，增加工程生产的合同价款调整，不得进入工程进度款，工程竣工验收合格后，一律并入合同金额进行结算审计。2014年3月14日，航天公司与特驱公司签订《乐山特驱饲料生产基地建设项目合同补充协议》，协议约定对综合楼土建进行变更调整，增加工程价款5.4432万元，总工期20日历天，增加工程生产的合同价款调整，不得进入工程进度款，工程竣工验收合格后，一律并入合同金额进行结算审计。2014年3月24日，航天公司与特驱公司签订《乐山特驱饲料生产基地建设项目合同补充协议》，协议约定对零星工程进行变更调整，增加工程价款12.49万元，总工期30日历天。2014年3月24日，航天公司与特驱公司签订《乐山特驱饲料生产基地建设项目合同补充协议》，协议约定新增办公楼零星工程及卸粮坑防水工程，增加工程价款1.95万元，总工期15日历天，增加工程生产的合同价款调整，不得进入工程进度款，工程竣工验收合格后，一律并入合同金额进行结算审计。2014年4月16日，航天公司与特驱公司签订《原料库南边道路换填与砌井工程土建工程施工合同》，合同约定对原料库南边道路换填与砌井工程，工程价款3.44万元，总工期15日历天。2014年6月13日，航天公司与特驱公司签订《乐山特驱饲料生产基地建设项目合同补充协议》，协议约定增加环场水沟、挡墙工程，增加工程价款25万元，总工期15日历天，增加工程生产的合同价款调整，不得进入工程进度款，工程竣工验收合格后，一律并入合同金额进行结算审计。2014年6月13日，航天公司与特驱公司签订《乐山特驱饲料生产基地建设项目合同补充协议》，协议约定增加小药添加房复合楼面工程，增加工程价款6000元，总工期5日历天，增加工程生产的合同价款调整，不得进入工程进度款，工程竣工验收合格后，一律并入合同金额进行结算审计。2014年8月27日，航天公司与特驱公司签订《乐山特驱饲料生产基地建设项目合同补充协议》，协议约定增加土建零星工程，增加工程价款8.856万元，总工期30日历天，增加工程生产的合同价款调整，不得进入工程进度款，工程竣工验收合格后，一律并入合同金额进行结算审计。
2012年10月20日，特驱公司与航天公司对坐标点进行交接。2013年9月27日至2015年1月30日期间发生4次特驱公司大门被堵上访事件，主要系特驱公司厂房修建过程中工人工资、供货商货款等纠纷引起。
另查明：航天公司向特驱公司支付了履约保证金15万元，航天公司自认特驱公司已退还其履约保证金5万元及已经支付工程款数额为906万元。
2012年9月21日，龙伦强与龚仕安、陈登富签订一份《乐山特驱饲料有限公司新建厂区土建、钢构工程项目投标操作协议》，约定由陈登富、龚仕安使用中国航天建筑工程公司营业执照参与该项目的招投标。
诉讼过程中，第三人陈登富、龚仕安申请参加本案诉讼，经该院审查后，认为陈登富可能与本案具有利害关系，故准许第三人陈登富、龚仕安参与本案诉讼。2016年4月26日，第三人陈登富、龚仕安申请撤回第三人参加诉讼的申请，该院审查后，依法准许第三人陈登富、龚仕安撤回参加该案诉讼的申请。
航天公司请求对备案合同的工程款、18份补充协议及6个增加工程内容的工程款、增加无合同内容（筒仓、主车间）的工程款、工程变更增加工程的工程款进行鉴定。
以上事实有《民事起诉状》、《民事反诉状》、《工商营业执照》、《组织机构代码证》、《乐山特驱饲料有限公司新建厂房土建施工合同》、《开工令》、《评标报告》、《招标文件》、《中标通知书》、《协议书》、《投标操作协议》、《工作联系函》、《乐山特驱饲料生产基地建设项目合同》、《建筑工程施工许可证》、《乐山特驱饲料生产基地建设项目合同补充协议》、《筒仓道路及原料库局部换填工程土建工程施工合同》、《乐山特驱环厂挡土墙及排水沟土建工程施工合同》、《主车间二楼及三楼预混料地面做金刚砂耐磨地坪土建工程施工合同》、《地磅基础土建施工项目土建工程施工合同》、《原料库增设地梁及挡土墙土建工程施工合同》、《原料库南边道路换填与砌井工程土建工程施工合同》、《竣工验收报告》、《账户交易明细回单》、《接（报）处警登记表》以及该案庭审笔录予以证实。
一审法院认为：依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务。根据本案查明的事实，并结合本诉、反诉双方的诉、辩主张，对本案的争执焦点评析如下：
一、关于“黑白合同”的问题。本案案涉工程并非必须招投标的工程项目。本案中，双方当事人分别于2012年10月11日、2013年6月27日签订了两份建设工程施工合同，两份合同在工程价款、工期、承包范围等方面存在不同的约定，应认定两份合同实质性内容不一致。虽然2013年6月27日合同系通过招标程序所签订并向相关部门进行了备案，但在该邀请招标程序中，除航天公司外的两家公司投标价格均高于投标控制价，显然有悖于常理，故不应视为经过实质意义的招投标程序。并且，本案“黑合同”签订时间早于“白合同”的签订时间，双方当事人均明确表示2013年6月27日合同仅用于向当地建设行政主管部门备案之用以及“黑合同”签订后航天建筑公司即已进场施工。综合以上情况，应认定“白合同”系双方串通签订，并非双方真实意思表示，且与工程实际情况不符，而2012年10月11日的施工合同符合双方当事人的真实意思，合同内容不违反国家法律法规的效力性强制性规定，也系双方实际履行的合同，应以此作为工程价款的计算依据，即工程价款结算方式为固定总价721万元。航天公司主张应按照其与特驱公司所签的备案合同计算工程款，因本案情形并非属于《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。”规定的情形，不应适用上述法律规定。
二、关于案涉工程施工合同效力的问题。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第一条规定：“建设工程施工合同具有下列情形之一的，应当根据合同法第五十二条第（五）项的规定，认定无效：（一）承包人未取得建筑施工企业资质或者超越资质等级的；（二）没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的；（三）建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效的。”本案中，从案外人陈登富、龚仕安与龙伦强签订的《投标操作协议》来看，该协议仅有其个人的签名而无航天公司的公章，也无证据证明龙伦强签订该协议时已取得航天公司的授权，虽现有证据可证明陈登富等人确实参与了案涉工程的部分施工工作，但案涉工程的项目负责人和大部分参与人员均为航天公司工作人员，案涉施工合同的履行主要由航天公司完成，特驱公司也不能举证证明陈登富、龚仕安为案涉工程的实际施工人，且航天公司也对该二人的身份作出较为合理的解释说明。经庭审调查不能认定案涉工程存在转包或违法分包以及借用资质的情形，难以据此认定案涉工程施工合同无效。因此，该院认定案涉工程施工合同有效。
三、关于航天公司诉讼请求。案涉施工合同约定工程总价721万元，该价格为固定总价，因此航天公司申请对工程造价进行鉴定，该院不予准许。另外，双方就新增工程陆续签订了25份补充协议，约定增加工程价款共计190.7287万元，以上合计911.7287万元，现案涉工程已通过竣工验收，故特驱公司应当支付剩余工程价款。特驱公司目前未付工程价款金额为：911.7287万元-
已支付的906万元=5.7287万元。同时，由于双方在案涉合同中约定将工程价款的5%计36.05万元作为工程质保金，因而特驱公司已经超额支付了除质保金之外的工程价款。根据航天公司出具的质量保修书，目前质量保修期尚未届满，故该5.7287万元工程尾款目前尚未到支付期限，航天公司现要求支付剩余工程价款的诉讼请求，不予支持。因特驱公司已超额支付了工程价款，航天公司也未提交证据证明特驱公司存在违反合同约定期限支付工程价款的情况，故对其主张的拖欠工程价款的逾期付款违约金、逾期付款利息不予支持。
对于航天公司交纳的履约保证金10万元，因案涉工程已经竣工验收并投入使用，应予退还，特驱公司也未提交证据证明其所支付的款项中包含该履约保证金，故对航天公司要求退还履约保证金10万元的诉讼请求予以支持。航天公司要求特驱公司支付因此造成的逾期付款违约金、逾期付款利息，因合同并未对违约金进行约定，该项诉请无法律及合同依据，该院不予支持。
对于航天建筑公司主张误工损失3817146万元的诉讼请求。1、对厂房坐标、标高不能确定所造成的停工损失95798元，根据本案查明的事实，工程开工时间为2012年10月17日，确定坐标点时间为2012年10月20日，但因本案工程项目施工地点确定无误，并非影响开工的因素，事实上航天公司在此期间也进行了相应的施工作业，故航天公司主张的该项损失并不存在；2、对航天公司主张的等待解决淤泥问题所造成的停工损失307071元、换填块石增加的工程造价246973元、因地勘报告不准确导致平整工程量增大的损失1011531元及特驱公司多次设计变更所造成的损失791250元、未按时支付工程进度款、设计变更、处理淤泥等原因造成的工期延误483天所造成的损失866570元，因双方明确约定按照固定总价结算，风险范围为所有材料及人工费均不调整，航天公司在与特驱公司签订施工合同前，对工程地质情况以及施工工程量等应进行了必要了解，对相应风险应有必要程度的预期，航天公司主张的因工程变更造成的损失，未按双方施工合同约定的程序进行变更，且双方也对因地质原因导致的换填块石等工程量增加达成多份补充协议，双方已就增加工程量的工程价款已达成一致，现航天公司再行主张增加工程的工程价款及停工损失，缺乏事实依据，不予支持；3、对航天公司主张的不能满足施工用水用电条件造成的损失70400元，因双方合同约定工程用水用电均由航天公司自行承担，航天公司不能举证证明特驱公司在用水用电问题上存在违约之处，也未能就此主张的损失的构成情况提交充分证据，故也不予支持；4、对航天公司主张的住建局责令停工所造成的损失427544元，因其所举证据不足以证明系特驱公司的原因导致停工，且其所主张的各项损失也多为自行估算，缺乏充分证据予以证明，故也难以支持。
四、关于特驱公司反诉请求。对于特驱公司要求航天公司支付逾期竣工违约金30万元的反诉请求，本案施工合同约定工期为100天，双方达成的系列补充协议约定共计延长工期415天，庭审中特驱公司认可因天气等原因顺延工期187天，故总工期为702天。案涉工程于2012年10月17日开工，2014年8月5日竣工验收，实际工期共计657天，并不存在工期延误的情形，故对该项反诉请求不予支持。
对于特驱公司要求航天公司支付拖欠民工工资堵门讨薪的违约金45万元的反诉请求，该院认为，本案中确实存在农民工、供货商前往特驱公司要求解决相关款项的情况，但因上访是公民行使申诉权的一种方式，如在此过程中存在不当行为，可依照治安管理法规由行政机关予以处罚，但双方当事人将此作为违约情形，变相限制公民上访的权利，明显不当，该约定应属无效，故对该项反诉请求不予支持。
对于特驱公司要求航天公司支付因为违法转包的违约金144.2万元的反诉请求，根据上述分析，因本案无法认定案涉工程存在转包或违法分包以及借用资质的情形，故对该项反诉请求也不予支持。
综上所述，依照《中华人民共和国合同法》第八条、第五十二条、第一百零七条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条、第二十二条，《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条之规定，判决如下：
一、本诉被告特驱公司于本判决生效后十日内支付本诉原告航天公司履约保证金10万元；
二、驳回本诉原告航天公司的其他诉讼请求；
三、驳回反诉原告特驱公司的全部反诉请求。
本诉案件受理费79428元，由航天公司负担77128元，由特驱公司负担2300元；反诉案件受理费14539元，由特驱公司负担。
二审中，本院组织双方当事人进行举证、质证。本院对上诉人特驱公司提交证据的证据资格予以确认，对其证明力将结合其他证据予以评判。
二审中，上诉人航天公司申请对2013年合同约定的施工内容工程价款（办公楼、成品库、原料库、场地平整、大门和铭墙）、筒仓和主车间工程价款、施工中的损失进行鉴定，之后撤回了对施工中的损失进行鉴定的申请。
二审查明的事实除以下事实外与一审查明的事实一致，本院予以确认。
二审另查明，乐山特驱饲料生产基地建设项目于2012年12月17日取得建设工程规划许可证。
《乐山特驱饲料有限公司新建厂房土建施工合同》（合同编号为LSTQ-2012）通用条款第13项工期延误载明：13.1因以下原因造成工期延误,经发包方负责人签字并盖章的书面确认,工期可相应顺延:(1)发包人未能按专用条款的约定提供图纸及开工条件;(2)工程师未按约定提供所需指令、批准等，致使施工不能正常进行；（3）设计变更和工程量增加；（4）一周内非承包人原因停水、停电、停气造成停工累计超过8小时顺延一天；(5)不可抗力，不可抗力见39.1条款。13.2承包人在13.1条款情况发生后3天内，就延误的工期以书面形式向发包人工程部或其他内部授权部门提出报告。报告接收部门在收到报告后15天内作出同意或不同意（或修改）的决定。第14项工程竣工载明：14.2因承包人原因不能按照协议书约定的竣工日期或发包人未同意顺延的工期竣工的，承包人应承担违约责任。
专用条款部分第八项工程变更，18.2签证时间要求:(1)对于现场签证承包人应及时报送,发包人应及时确认；(2)承包人在工程变更内容完工后三日之内必须填报完毕签证单,否则,发包人视承包人已放弃增加费用的请求权,且一律不予以受理、认可与结算。若已受理或认可或结算，在审计时追究相关责任人的责任，并将该项签证视为无效签证；（3）承包人对工程变更得出延长工期的调整要求，必须在收到发包人变更指令后3天内提出，否则，视为承包人放弃工期的请求权。承包人在上报进度款申请时，应将每月已签认的签证（含相关资料）上报。
2013年6月、7月监理工作月报进度滞后原因载明：“3、牧羊钢结构公司施工组织不力，相关管理人员不到位，故意拖延工期，导致主车间施工进度缓慢。”2013年6月28日监理例会会议纪要工程形象进度情况载明：“3、考虑到车间内地坪施工须在厂房钢构施工后才能进行，….”。2013年7月27日项目建设质量、安全、工程推进会议暨监理例会会议纪要载明：“6、主车间钢构施工现场管理混乱，总平布置不明确，材料堆放…”。
双方当事人履行合同中签订的增加工程量协议约定了开工日期及竣工日期。
本院认为，本案的争议焦点为:1、以2012年合同还是2013年合同作为结算依据？2、应否对已完工工程价款进行鉴定？3、特驱公司应付款如何认定？4、航天公司主张的损失如何认定？5、特驱公司主张的违约金应否支持？
关于焦点一，即以2012年合同还是2013年合同作为结算依据问题。本院认为，首先，双方当事人均一致认可2012年合同系通过企业自主组织招标予以签订，且实际施工的范围、付款方式与该合同约定一致；其次，案涉工程并非法律法规规定属于必须进行招投标的工程，双方当事人在签订2013年合同时亦明确了该合同的用途，并继续履行2012年合同，航天公司虽主张应以2013年合同作为结算工程价款的依据，但其并未提供证据证明双方当事人实际履行了2013年合同，即应以2012年合同作为结算依据，故航天公司该项上诉理由不能成立，本院不予支持。
关于焦点二，即应否对已完工工程价款进行鉴定问题。本院认为，航天公司主张2012年合同约定的工程量及工程价款没有依据并申请对2013年合同约定的施工内容工程款、筒仓和主车间工程款进行鉴定，但2012年合同明确约定了施工范围、工程量及工程价款，且双方当事人亦对合同约定工程量之外的增减工程量签订协议，明确了工程价款。虽竣工报告载明主车间的面积与合同约定的面积不一致，然在主车间设计无重大变更及无其他证据证实主车间建筑面积增加之情形下，航天公司之该项申请没有事实与法律依据；2012年合同约定筒仓系按座计收工程款，并明确了工程款数额，其申请对该部分工程款进行鉴定本院不予准许，故航天公司该项上诉理由不能成立，本院不予支持。
关于焦点三，即特驱公司应付款如何认定问题。本院认为，2012年合同和补充协议约定了工程量、工程总价款及增减工程价款，航天公司虽主张其完成了约定范围之外的工程，但其并未提供证据证明其主张，故应以2012年合同和补充协议约定，结合施工情况结算价款。因2012年合同约定的室外道路为9000平方米，但结合道路现场收方确认单、工程量确认单、进度款支付申请表等证据，航天公司实际完成7798.50平方米，合同单价105元/平方米，工程量差1201.5平方米，未完部分价款为12.61575万元，即总价款为721万元+193.5445万元-12.61575万元-2.8158万元=899.11295万元；特驱公司主张已支付的款项为909.0979万元，但对于3万元的民工工资保证金，航天公司不予认可系特驱公司缴纳，特驱公司亦无证据证明系受航天公司委托缴纳该款项，且其提交的证据不足以证明其替航天公司缴纳此款，其以3万元的民工工资保证金抵扣工程款的主张本院不予支持，故已付款为906.0979万元。至于履约保证金10万元，因特驱公司已付工程款超过了应付工程款，为减少诉累，结合本案工程款的支付时间，对于特驱公司在已付工程款中一并抵扣履约保证金的主张予以支持，即已付款为906.0979万元包含了应退回的履约保证金10万元，一审法院关于已付款的认定错误，本院予以纠正，故特驱公司该项上诉理由成立，本院予以支持。
关于焦点四，即航天公司主张的损失如何认定问题。本院认为，1、厂房坐标、标高不能确定所造成的停工损失。航天公司主张该项损失的证据系其单方制作，特驱公司对此不予认可，且并无证据证明案涉工程存在坐标、标高变动的事实，对于航天公司该项主张不予支持。2、对于航天公司主张等待解决淤泥问题所造成的停工损失、换填块石增加的工程造价、因地勘报告不准确导致平整工程量增大的损失及特驱公司多次设计变更所造成的损失、未按时支付工程进度款、设计变更、处理淤泥等原因造成的工期延误损失。因合同约定以固定总价结算工程款，地勘报告载明了地址结构，且在履行合同中双方当事人对换填块石等工程量增加达成多份协议，施工合同亦约定工期延误及工程变更应按约定程序进行变更，航天公司未提交已按约定办理变更的证据，应视为其放弃了工期延误及工程变更索赔权利，其自行制作的证据无法达到其证明目的，对于航天公司该项主张不予支持。3、不能满足施工用水用电条件造成的损失。因航天公司提交的证据不能证明特驱公司履行合同约定的用水用电义务中存在违约行为及对其造成的损失，其该项主张不予支持。4、住建局责令停工所造成的损失。因航天公司未能提交停工事实存在的证据，且其关于主张该项损失的证据难以达到其证明目的，对其该项主张亦不予支持。一审法院对于航天公司损失的处理并无不当，故航天公司该项上诉理由不能成立，本院不予支持。
关于焦点五，即特驱公司主张的违约金应否支持问题。本院认为，1、逾期竣工违约金。由于航天公司仅对案涉工程中土建部分进行施工，施工过程中存在钢结构交叉施工情形，对施工工期有一定影响；且结合增加工程量、增加工程量时间因素，特驱公司未能举证证明工期延误的责任在于航天公司，对特驱公司提出的由航天公司支付逾期竣工违约金的请求不予支持。2、拖欠民工工资违约金。本案中虽存在农民工前往特驱公司要求解决相关款项的事实，但农民工索取报酬系行使自身权利，将此作为违约情形，不利于公民行使权利，该约定应属无效，对该项请求不予支持。3、转包或违法分包及借用资质违约金。本案中工程投标、施工合同的签订、履约保证金缴纳均以航天公司名义进行，且特驱公司支付工程款均向航天公司支付，航天公司对于相关人员参与施工问题进行了合理说明。因航天公司不认可存在转包或违法分包及借用资质的事实，特驱公司应对其案涉工程存在转包或违法分包及借用资质的主张承担举证证明责任，但其提交的昆明特驱公司会议签到表、中标通知书、会议纪要及户名为陈登富的银行业务凭证等证据均不足以证明其主张的案涉工程存在转包或违法分包及借用资质的主张，本院不予支持。故特驱公司该项上诉理由不能成立，本院不予支持。
综上所述，上诉人四川航天建筑工程有限公司的上诉请求不能成立，应予驳回；上诉人乐山特驱饲料有限公司的上诉请求部分成立，予以支持；因出现新证据，一审认定事实不清，本院予以纠正。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第三项之规定，判决如下：
一、撤销四川省峨眉山市人民法院（2015）峨眉民初字第1424号民事判决；
二、驳回上诉人四川航天建筑工程有限公司的诉讼请求；
三、驳回上诉人乐山特驱饲料有限公司的反诉请求。
一审本诉案件受理费79428元，由上诉人四川航天建筑工程有限公司负担；反诉案件受理费14539元，由乐山特驱饲料有限公司负担。
二审案件受理费105364元，由上诉人四川航天建筑工程有限公司负担79428元，由上诉人乐山特驱饲料有限公司负担25936元。
本判决为终审判决。
审 判 长 李金伟
审 判 员 王 进
代理审判员 童渝婷
二〇一七年二月二十日
书 记 员 黄学勤
附适用的法律条文
《中华人民共和国民事诉讼法》
第一百七十条第二审人民法院对上诉案件，经过审理，按照下列情形，分别处理：
（一）原判决、裁定认定事实清楚，适用法律正确的，以判决、裁定方式驳回上诉，维持原判决、裁定；
（二）原判决、裁定认定事实错误或者适用法律错误的，以判决、裁定方式依法改判、撤销或者变更；
（三）原判决认定基本事实不清的，裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审，或者查清事实后改判；
（四）原判决遗漏当事人或者违法缺席判决等严重违反法定程序的，裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审。
原审人民法院对发回重审的案件作出判决后，当事人提起上诉的，第二审人民法院不得再次发回重审。