广州铁路运输中级法院
行 政 判 决 书
（2018）粤71行终99号
上诉人(原审原告)：广州恒骏房地产开发有限公司，住所地广州市海珠区前进路54号AB座二层01房自编209。
法定代表人：杨某某，总经理。
委托代理人：李某某，广东四方三和律师事务所律师。
被上诉人(原审被告)：广州市国土资源和规划委员会，住所地广州市越秀区吉祥路80号。
法定代表人：彭某某，该委主任。
委托代理人：沈某某，该委工作人员。
委托代理人：唐某某，广东卓信律师事务所律师。
上诉人广州恒骏房地产开发有限公司(以下简称恒骏房地产公司)因诉被上诉人广州市国土资源和规划委员会(以下简称市国规委)土地出让金征收管理一案，不服广州铁路运输第一法院(2017)粤7101行初1615号行政判决，向本院提起上诉。本院依法组成合议庭进行审理，现已审理终结。
原审法院经审理查明，2015年12月14日，恒骏房地产公司向市国规委提交《申请报告》，就市国规委于2015年9月16日发出的关于签订广州市国有建设用地使用权出让合同的告知函中的国有建设用地使用权出让合同变更协议之三提出异议，申请市国规委对土地出让金的计算依据予以书面答复。市国规委受理后，于2016年1月8日作出穗国土规划［2016］19号《广州市国土资源和规划委员会关于海珠区前进路54号大院项目调整建筑面积涉及土地出让金计收问题的复函》(以下简称穗国土规划［2016］19号复函)，函复恒骏房地产公司：一、你司位于海珠区前进路54号大院地段项目为军转民用地，2000年10月11日、2003年5月28日、2004年10月12日，分别与我委签订《国有土地使用权出让合同》（穗国地出合［2000］403号及变更协议之一、之二号），变更协议之二号约定总建筑面积33985平方米，其中办公2135平方米、住宅26340平方米、首层住宅大堂70平方米、二层活动中心210平方米、消防中心25平方米、保卫办公室25平方米、首层架空层1000平方米、居委会80平方米、文化站50平方米、卫生站50平方米、地下室4000平方米。二、根据国土资源部、财政部、解放军总后勤部2007年1月31日下发的《关于加强军队空余土地转让管理有关问题的通知》（国土资发［2007］29号）的规定，军队空余土地转让后不再属于军用土地，纳入地方职能部门的监督管理；本通知下发之前，已领取《军用土地补办出让手续许可证》的，可按原有规定办理，并在2007年6月30日前办理完毕。三、2015年7月13日，你司向我委申请办理已出让国有土地的土地出让金调整业务。经核，现实测总建筑面积36339.73平方米，其中商业1711.92平方米、住宅29746.34平方米、其他功能（电梯）48.31平方米、活动中心413.89平方米、首层架空层824.48平方米、卫生站68.71平方米、居委会117.58平方米、文化站72.98平方米、人防报警室14.6平方米、地下室3320.92平方米。较变更协议之二号，办公及按办公计面积减少374.77平方米、住宅及按住宅计面积增加3490.23平方米，需按照《广州市人民政府办公厅关于土地节约集约利用的实施意见》（穗府办［2014］12号）第五十六条“用地单位申请调整容积率（或建筑面积）的……应当补交的土地出让金额＝规划调整计算容积率建筑面积×单价（调整建筑面积的单价，按申请补交土地出让金时市场评估楼面地价与原出让合同楼面地价相比较高者确定）；如计算的补交土地出让金减少，仍按原出让合同土地出让金执行”的规定调整土地出让金。四、依据评估机构对该项目按受理时点的标准出具的《土地估价报告》，经核算，调整建筑面积需补交国有建设用地使用权出让价款为50334831元，2015年9月15日经我委审定通过。我委以《关于签订广州市国有建设用地使用权出让合同（含变更协议）的告知函》告知你司须于2015年10月15日前签订《国有建设用地使用权出让合同变更协议》（穗国地出合［2000］403号的变更协议之三号），因你司未按规定时限将合同送回我委，我委于2015年10月20日将该案作退案处理。
另查明，1998年12月11日，中国人民解放军土地管理局颁发［1998］字第0502号《军用土地补办出让手续许可证》，载明：“广州市国土局：根据财政部、国家土地管理局、总后勤部（1993）财综字第159号文件规定，经（1997）后营字第568号文件批准，广州军区后勤工程建筑大队座落在广州市前进路54号，宗地（座落）号广粤字第××号，面积叁仟整平方米土地用于合作建房。请准予补办出让手续，免交土地出让金。特发此证。”
2000年10月11日，原广州市国土资源和房屋管理局（以下简称广州市国土局）作为出让方甲方与恒骏房地产公司作为的受让方乙方，签订穗国地出合（2000）403号《国有土地出让合同》。该合同约定，甲方出让给乙方的地块位于海珠区前进路54号大院，面积为3253平方米，其位置与四至范围如该用地《建设用地批准书》附图所示；本合同项下的出让地块，按照批准的总体规划是建设商品住宅、办公项目。乙方在用地范围内，应按规定的土地用途和工程设计图纸的要求进行建设；该地块土地使用权出让金是根据本合同附件所列基本数据和广州市政府有关规定计算的。在出让期限内，如需改变本合同规定的土地用途、土地使用条件和用地单位名称时，应当取得国土局和城市规划行政主管部门批准，依照有关规定补充签订土地使用权出让合同，调整土地使用权出让价款，并办理土地使用权登记手续；注：军用土地补办出让手续据［1993］财综字第159号文，免收出让金；附件约定，计收国有土地使用权出让金基本数据：建筑容积率9.22；总建筑面积31290平方米，其中办公2550平方米、住宅24340平方米、其他400平方米、地下室4000平方米；建筑层数，最高/平均27层。
2003年5月28日，因规划原因，涉案地块的建筑面积或用途发生调整，原广州市国土局与恒骏房地产公司签订穗国地出合（2000）403号的变更协议之一号《广州市国有土地使用权出让合同变更协议》，协议第七条约定，根据《军用土地补办出让手续许可证》（［1998］字第0502号），本项目已办土地出让手续，可以免向地方政府缴纳土地出让金，但须缴交业务费5655元人民币；附件约定，计收国有土地使用权出让金基本数据：总建筑面积33985平方米，其中办公1275平方米、住宅26340平方米、地下室4000平方米、首层架空层1000平方米、居委会80平方米、文化站50平方米、卫生站50平方米、首层住宅大堂70平方米、二层活动中心1070平方米、消防中心25平方米、保卫办公室25平方米，建筑层数29层。2004年10月12日，因规划原因，涉案地块的建筑面积或用途发生调整，原广州市国土局与恒骏房地产公司签订穗国地出合（2000）403号的变更协议之二《广州市国有土地使用权出让合同变更协议》，协议第七条约定，根据《军用土地补办出让手续许可证》（［1998］字第0502号），本项目已办土地出让手续，可以免向地方政府缴纳土地出让金，但必须缴交业务费3563元；附件约定，计收国有土地使用权出让金基本数据：总建筑面积33985平方米，其中办公2135平方米、住宅26340平方米、地下室4000平方米、首层架空层1000平方米、居委会80平方米、文化站50平方米、卫生站50平方米、首层住宅大堂70平方米、二层活动中心210平方米、消防中心25平方米、保卫办公室25平方米，建筑层数29层。
2004年12月7日，原广州市城市规划局向恒骏房地产公司核发穗规验证［2004］575号《建设工程规划验收合格证》，其中记载，建设单位广州恒骏房地产开发有限公司，建设位置海珠区前进路君雅街33、35号（自命名鸿富大厦），项目使用性质为办公（另案办理规划验收）、住宅；地下建筑层数及面积另案办理验收；地上建筑层数及面积为二十六层（部分十九层）（即第四层及以上建筑部分）贰万捌仟肆佰捌拾贰平方米；总建筑面积为壹栋（第四层及以上建筑部分）贰万捌仟肆佰捌拾贰平方米等。备注：一、该验收合格证仅作为第4-29层（含第4层）建筑部分的验收凭证，地下2层及第1-3层待完善南侧道路建设和处理首层的违法建设后，仍需到我局办理验收手续；二、该工程的建筑面积以本证核定面积为准，整栋大楼的实际竣工建筑面积为36013平方米（含地下室、第1-29层），比原报建面积33290平方米超出了2723平方米建筑面积，领证前需补交差额面积的配套设施建设费。同时办理产权登记前，建议国土房管部门补收超出的2723平方米建筑面积的土地使用权出让金等。
2005年5月17日，原广州市国土局向恒骏房地产公司核发《广州市房地产权属证明书》，其中记载，权属人广州恒骏房地产开发有限公司；登记字号05登记字40868号；所有权来源新建、分割；占用份额全部；房屋所有权性质有限责任；房屋坐落海珠区前进××、××层；房屋用途居住用房；建筑结构及层数钢筋混凝土30层；（共）使用土地面积1351.77平方米；总建筑面积29760.95平方米；土地使用性质国有土地使用权；土地用途综合；附记：已征收国有土地使用权出让金，使用年限70年，从2000年10月11日起。2010年8月16日，原广州市城市规划局向恒骏房地产公司核发穗规验证［2010］1023号《建设工程规划验收合格证》，其中载明，建设单位广州恒骏房地产开发有限公司；建设位置海珠区前进路君雅街33、35号地段；建设规模地上3层（第1-3层）3631平方米、地下2层3901平方米等；备注：二、本工程（包括地上29层和地下2层）竣工测量面积计36013平方米，原报建核准面积33290平方米（不含外墙装饰厚度部分的面积），差额面积2723平方米等。
再查明，恒骏房地产公司向原广州市国土局申请办理涉案地块1-3层及地下2层的初始登记；该局于2015年1月12日作出穗房交登（业务）函［2015］00145号《补正申请资料通知书》，告知恒骏房地产公司提供补缴部分的土地出让金发票、土地契税完税证等材料；恒骏房地产公司不服上述《补正申请资料通知书》，向广州市人民政府申请行政复议，广州市人民政府于2015年4月14日作出穗府行复［2015］227号《行政复议决定书》，维持原广州市国土局作出的上述《补正申请资料通知书》。
2015年7月13日，恒骏房地产公司向市国规委提交《土地使用权出让金评审申请表》、恒骏房地产公司及代理人身份信息证明、建设用地规划批准文件、国有建设用地使用权出让合同及缴交出让金发票、房屋面积测量报告等材料，市国规委当日作为“已出让国有土地的土地出让金调整”业务受理。受广州市财政局委托，广东卓越土地房地产评估咨询有限公司于2015年8月5日作出粤卓越评［2015］估字第L158号《土地估价报告》，对海珠区前进路54号大院因调整建筑面积需核定土地出让金缴交标准的土地使用权市场价值进行评估，评估结果为：估价期日2015年7月13日，地上部分办公用途建筑面积土地使用权市场价值10555元/平方米，地上部分住宅用途建筑面积土地使用权市场价值15555元/平方米。2015年9月2日，广州市土地利用发展中心出具《广州市国有建设用地使用权出让金评估报告》，项目地址为海珠区前进路54号大院，建设项目为商品住宅、办公，土地出让金调整额为5033.4831万元，该报告得出的土地出让金调整额的单位面积土地使用权价格依据是案涉房地产开发项目在实际以及设定用途、开发程度等条件下“于估价日期2015年7月13日的正常市场条件下可实现的国有土地使用权市场价值”。2015年9月16日，原广州市国土资源和房屋管理局作出《关于签订广州市国有建设用地使用权出让合同（含变更协议）的告知函》，告知恒骏房地产公司其申请办理位于海珠区前进路54号大院的2959平方米用地已出让国有土地的土地出让金调整/土地有偿（划拨）使用手续和《建设用地批准书》/非标准化业务（收文号：NGZ150713013141）已于2015年9月15日审定通过，请恒骏房地产公司在2015年10月15日前将已签字盖章的《广州市国有建设用地使用权出让合同》（含变更协议）送回，逾期将作退案处理；2015年10月20日，因恒骏房地产公司未按上述告知函的要求签订穗国地出合［2000］403号的变更协议之三号《国有建设用地使用权出让合同变更协议》（其中约定因合同项下宗地建设项目建筑面积或用途发生调整，受让人须向出让人补交国有建设用地使用权出让价款50334831元），市国规委作出退案处理。
再查，原广州市国土局于2001年更名为广州市国土资源和房屋管理局；原广州市国土资源和房屋管理局对土地资源的管理职权现由市国规委行使。
本案重审过程中，原被告均确认案涉项目实测面积和2004年10月12日签订的穗国地出合（2000）403号的变更协议之二《广州市国有土地使用权出让合同变更协议》约定的建筑面积相比，实测办公及按办公面积计建筑面积减少374.77平方米，住宅及按住宅计的建筑面积增加3490.23平方米。市国规委提交了系统截屏打印件两页，拟证明：恒骏房地产公司非第一次办理土地出让金评估业务，其之前至少申请了三次，申请时间分别是2012年5月4日、2012年11月15日、2014年8月29日，每一次均因为恒骏房地产公司没有签订新的土地出让合同被退案，最后一次退案日期为2015年2月27日。市国规委还提交了《市国土房管局政务窗口办复结果签收表》，该表记载案号为NGZ150713013141的申请于2015年10月22日退案，并有恒骏房地产公司工作人员签收，拟证明：恒骏房地产公司办理业务提供的材料不符合条件，已将其提交的所有材料退还，恒骏房地产公司已经签收。市国规委称系统截屏打印件中案号NGZ150713013141是代表恒骏房地产公司于2015年7月13日向其申请。
该系统截屏打印件显示：案号NGZ150713013141业务的登记日期为“2015-10-22”，申请单位为恒骏房地产公司，业务类型为“已出让国有土地的土地出让金调整”。
原审法院认为：《中华人民共和国土地管理法》第五十五条第一款规定：“以出让等有偿使用方式取得国有土地使用权的建设单位，按照国务院规定的标准和办法，缴纳土地使用权出让金等土地有偿使用费和其他费用后，方可使用土地。”《国有土地使用权土地出让收支管理办法》第五条规定：“土地出让收入由财政部门负责征收管理，可由市、县国土资源管理部门具体负责征收。”据此，市国规委有征收土地出让金的职权。
穗国土规划［2016］19号复函的第一、二点内容均有相关事实证据证实及法律依据。
关于穗国土规划［2016］19号复函的第三、四点内容。原被告均确认案涉项目实测面积和2004年10月12日签订的穗国地出合（2000）403号的变更协议之二《广州市国有土地使用权出让合同变更协议》约定的建筑面积相比，实测办公及按办公面积计建筑面积减少374.77平方米，住宅及按住宅计的建筑面积增加3490.23平方米。国土资发［2007］29号《国土资源部、财政部、解放军总后勤部关于加强军队空余土地转让管理有关问题的通知》第四点规定：“军队空余土地转让后不再属于军用土地，纳入地方职能部门的监督管理。土地用途、开发利用和规划设计条件应当作为军队空余土地转让的前置条件，并在转让文件和《国有土地使用权出让合同》中明确。用地者应当严格按照军队空余土地转让批准文件和《国有土地使用权出让合同》的约定开发利用土地，国土资源管理部门应当加强《国有土地使用权出让合同》管理。对于改变土地用途、容积率等土地使用条件的，应当严格按照《国有土地使用权出让合同》的约定，补交不同用途、容积率的土地价款差额或收回土地使用权重新公开出让。……各级国土资源管理部门、财政部门以及军队单位要切实做好政策衔接工作。本通知下发之前，已领取《军用土地补办出让手续许可证》的，可按原有规定办理，并在2007年6月30日前办理完毕。”本案中，根据原广州市国土局与恒骏房地产公司签订的穗国地出合（2000）403号《国有土地出让合同》的约定，在出让期限内，如需改变合同规定的土地用途、土地使用条件时，应当取得国土局和城市规划行政主管部门批准，依照有关规定补充签订土地使用权出让合同，调整土地使用权出让价款，并办理土地使用权登记手续，虽然恒骏房地产公司在2003年5月、2004年10月调整项目建筑面积或用途时，分别与原广州市国土局签订了《国有土地使用权出让合同变更协议》，根据[1998]字第0502号《军用土地补办出让手续许可证》，免向地方政府缴纳土地出让金，但恒骏房地产公司在2004年12月7日取得建设工程规划验收合格证时，明知其建筑面积超出原报建面积等，土地用途、土地使用条件已有变化，却一直未按《国有土地出让合同》的约定，依照有关规定补充签订土地使用权出让合同，调整土地使用权出让价款，由于《国土资源部、财政部、解放军总后勤部关于加强军队空余土地转让管理有关问题的通知》明确已领取《军用土地补办出让手续许可证》的，可按原有规定办理，并在2007年6月30日前办理完毕，恒骏房地产公司至今未办理完毕，故恒骏房地产公司应按《国有土地出让合同》的约定，依照有关规定补充签订土地使用权出让合同，调整土地使用权出让价款，并办理土地使用权登记手续。穗府办［2014］12号《广州市人民政府办公厅关于土地节约集约利用的实施意见》第五点规定：“强化建设用地供后监管……（五十六）明确调整规划容积率（或建筑面积）补交土地出让金标准。以划拨方式取得土地调整容积率的，无须调整土地综合开发费。以出让方式取得土地的住宅、商业、办公类建设项目，应当严格执行规划条件，不得提高容积率，不得降低绿地率，不得减少基础设施和公共服务配套。以出让方式取得土地的其他建设项目，用地单位申请新建、改建、扩建、拆除重建等涉及调整容积率（或建筑面积）的，由规划部门依据控制性详细规划进行审批（涉及控规调整的须提交市规划委员会审议，报市政府审定）。项目经批准后应签订土地出让合同变更协议，相应调整土地出让金。出让合同对调整土地出让金已有约定的，从其约定。没有约定的，应当补交的土地出让金额＝规划调整计算容积率建筑面积×单价（调整建筑面积的单价，按申请补交土地出让金时市场评估楼面地价与原出让合同楼面地价相比较高者确定）；如计算的补交土地出让金减少，仍按原出让合同土地出让金执行。”恒骏房地产公司多次申请办理土地出让金评估业务，申请时间分别是2012年5月4日、2012年11月15日、2014年8月29日，每一次均因为恒骏房地产公司没有签订新的土地出让合同被退案，最后一次退案日期为2015年2月27日。另外，市国规委提供的系统截屏打印件显示：案号NGZ150713013141业务的登记日期为“2015-10-22”，申请单位为恒骏房地产公司，申请日期为2015年7月13日，业务类型为“已出让国有土地的土地出让金调整”，该案又因为恒骏房地产公司没有签订新的土地出让合同于2015年10月22日被退案，并有恒骏房地产公司工作人员签收。恒骏房地产公司未提供证据证明其在案涉项目比原规划许可多建部分建筑面积已经经过规划部门重新批准。根据《广州市人民政府办公厅关于土地节约集约利用的实施意见》的规定，调整建筑面积的单价，按申请补交土地出让金时市场评估楼面地价与原出让合同楼面地价相比较高者确定，因此市国规委认为恒骏房地产公司土地出让金调整评估时点以其最后一次申请“已出让国有土地的土地出让金调整”业务的时间，即2015年7月13日为评估时点并无不当。受广州市财政局委托，广东卓越土地房地产评估咨询有限公司于2015年8月5日作出粤卓越评［2015］估字第L158号《土地估价报告》，对海珠区前进路54号大院因调整建筑面积需核定土地出让金缴交标准的土地使用权市场价值进行评估，评估结果为：估价期日为2015年7月13日，地上部分办公用途建筑面积土地使用权市场价值10555元/平方米，地上部分住宅用途建筑面积土地使用权市场价值15555元/平方米。案涉项目实测面积和2004年10月12日签订的穗国地出合（2000）403号的变更协议之二《广州市国有土地使用权出让合同变更协议》约定的建筑面积相比，实测办公及按办公面积计建筑面积减少374.77平方米，住宅及按住宅计的建筑面积增加3490.23平方米。土地出让金调整额计算为：15555元/平方米×3490.23平方米=54290527.65元，四舍五入为54290528元，10555元/平方米×374.77平方米=3955697.35元，四舍五入为3955697元，54290528元－3955697元=50334831元。市国规委作出的涉案复函认定土地出让金调整额为50334831元，并要求恒骏房地产公司按此调整金额重新签订国有建设用地使用权出让合同变更协议，否则退案处理，并无不当。恒骏房地产公司的诉讼请求缺乏事实和法律依据，原审法院不予支持。综上所述，依照《中华人民共和国行政诉讼法》第六十九条的规定，判决驳回原告恒骏房地产公司的诉讼请求。
上诉人恒骏房地产公司不服原审判决，向本院上诉称：被上诉人市国规委认定上涉案项目住宅面积欠缴土地出让金没有事实依据。涉案土地原属军用土地，已取得《军用土地补办手续许可证》，根据《军用土地使用权转让管理暂行规定》的有关规定，上诉人向地方国土行政部门申请补办涉案建设项目地块的出让手续，可免缴土地出让金。涉案建设项目在2004年建设过程中，对超出规划的2723建筑面积已按要求缴纳广州市配套设施建设费952096元。2005年5月17日被上诉人对涉案项目住宅部分即海珠区前进路君雅33号、35号第4-30层住宅总建筑面积29760.95平方米核发了《广州市房地产权属证明书》，并明确注明免交土地出让金。涉案项目的住宅建筑面积部分超出规划3490.23平方米，2012年至2015年当上诉人办理大确权时，被上诉人以超出规划面积为由要求重新签订变更协议并补缴国有土地出让金，并按签订变更协议时间标准核算需补缴国有土地出让金。上诉人早已将该部分的住宅商品房已基本销售完毕后，现被上诉人要求上诉人就超出规划面积部分按现时国有土地出让价格计算补缴巨额国有土地出让金，违反信赖利益保护原则，严重损害上诉人的合法权益，依法应予撤销，上诉人认为应按照2005年的基准地价补交土地出让金。请求二审法院撤销原审判决，撤销被上诉人作出的穗国土规划［2016］19号复函，本案诉讼费由被上诉人承担。
被上诉人市国规委答辩称：一、涉案建设项目改变土地使用条件，应补交土地出让金。根据被上诉人与上诉人签订的穗国地出合［2000］403号《国有土地使用权出让合同》的约定，上诉人在2003年5月、2004年10月调整项目建筑面积或用途时，与被上诉人分别签订《国有土地使用权出让合同变更协议之一、之二号》，同时依照［1998］字第0502号《军用土地补办出让手续许可证》，免向地方政府缴纳土地出让金。上诉人在2004年、2010年在涉案建设项目在划验收合格时，明知该项目的土地使用条件即建筑面积已发生改变，需按规定签订变更协议，调整土地使用权出让价款。由于案涉项目不符合依照《军用土地补办出让手续许可证》须在2007年补办完相关土地出让手续的要求，军队空余土地转让后不再属于军用土地。上诉人在签订变更协议之二号，土地用途、土地使用条件再次发生变化，上诉人至今未办理补充签订土地使用权出让合同，调整土地使用权出让价款的手续。该委征收土地出让金是根据合同约定对整个项目进行核算计收，而不是对项目的某一个部分进行核算计收，即使部分建筑面积已办理产权登记，已登记部分仍属于合同的构成部分，仍需按合同的约定补交不同用途、容积率的土地价款差额。该委依照国土资发［2007］29号文规定的内容，有权要求上诉人补交不同用途、容积率的土地价款差额。二、该委对案涉项目改变土地用途、容积率涉及土地出让金计收标准正确。2015年7月13日，上诉人向该委申请办理已出让国有土地出让金调整业务，该委根据穗府办［2014］12号文第五十六条规定，依据专业评估机构出具的《土地估价报告》，按受理时点评估市场楼面地价，按调整面积上诉人需补交国有建设用地使用权出让价款5033.4831万元，适用规定、计算方法正确。上诉人认为应按照2005年时的基准地价补交土地出让金，没有法律政策依据。上诉人的请求没有事实和法律依据，请求法院依法予以驳回。
经审理查明，原审判决认定事实清楚，且有相应的证据证明，本院予以确认。
另查，恒骏房地产公司位于海珠区前进路54号大院地段项目系办公、住宅楼，在2005年验收时记载位置为海珠区前进路君雅街33号、35号(以下简称涉案建设项目)。2004年恒骏房地产开发公司在涉案建设项目开发过程中，按照原广州市建设委员会要求，对超出《广州市国有土地使用权出让合同变更协议》约定33985平方米总建筑面积外的2723平方米缴纳广州市配套设施建设费，计费基数3330元/平方米，按基本建设投资额906.759万元的10.5%缴费95.2096万元，缴费通知书编号为2004-7290，交费收据编号AB09514451。恒骏房地产公司称涉案建设项目住宅部分29760.95平方米建筑面积在2005年取得了房地产权属证明后，即对外进行销售，现已基本销售完毕。
2012年5月4日，恒骏房地产公司向原广州市国土局申请办理已出让国有土地的土地出让金调整，同年8月经该局评审通过，并电话通知恒骏房地产公司到该局签订土地出让合同变更协议，恒骏房地产公司认为该局核定补交国有建设用地使用权出让价款1680.173万元不合理，未同意签订穗国地出合（2000）403号的变更协议之三号。2012年11月8日，原广州市国土局将此次申请作退案处理。
以上事实有恒骏房地产公司在原审提交的《广州市国土资源和房屋管理局窗口办文退案通知书》、及在二审提交的《广州市配套设施建设费缴费证明书》、《广州市配套设施建设费缴费通知书》、穗国地出合（2000）403号的变更协议之三号（草稿）及双方当事人在原审当庭陈述等证据证明。
本院认为，上诉人恒骏房地产公司对市国规委作出穗国土规划［2016］19号复函不服提起本案诉讼，该复函是对2015年恒骏房地产申请签订穗国地出合(2000)403号国有土地出让合同变更协议之三中的相关计算补缴土地出让金计算依据的解释说明，上诉人实质是对涉案建设项目超出合同约定的新增2723平方米建筑面积是否应补缴土地出让金及其数额的计算标准不服而引发争议。
一、涉案建设项目的地块性质作为军转民用的历史用地是否应补缴土地出让金的问题
1995年发布的《军用土地使用权转让管理暂行规定》第十三条第三项规定，转让军用土地使用权经军委、总部批复后，按规定向总后勤部和大单位后勤部缴纳土地转让费和土地管理费，领取《军用土地补办出让手续许可证》，凭《军用土地补办出让手续许可证》到当地人民政府土地管理部门办理土地出让、权属过户手续。2007年1月31日发布的《国土资源部、财政部、解放军总后勤关于加强军队空余土地转让管理有关问题的通知》第四条“加强军队空余土地转让后的监督管理”中规定，军队空余土地转让后不再属于军用土地，纳入地方职能部门的监督管理。用地者应当严格按照军队空余土地转让批准文件和《国有土地使用权出让合同》的约定开发利用土地。对于改变土地用途、容积率等土地使用条件的，应当严格按照《国有土地使用权出让合同》的约定，补交不同用途、容积率的土地价款差额或收回土地使用权重新公开出让。第五条“军队空余土地转让收益分配和管理”中规定，各级国土资源管理部门、财政部门以及军队单位要切实做好政策衔接工作。该通知下发之前，已领取《军用土地补办出让手续许可证》的，可按原有规定办理，并在2007年6月30日前办理完毕。我国实行国有建设用地有偿使用制度，土地出让金是建设用地使用权人以出让方式取得建设用地使用权而支付的土地对价，土地出让金具体数额的确定，通常与出让土地的地段、用途以及出让方式有关。根据前述规定，在2007年前属于军队空余土地使用权转让性质的地块，对于已向总后勤部和大单位后勤部缴纳土地转让费和土地管理费，领取《军用土地补办出让手续许可证》的，用地人可凭该证到当地人民政府土地管理部门办理土地出让等手续，免交土地出让金，但须在2007年6月30日之前办理完毕。在此截止期限后，原属军队空余土地已转让的将纳入地方职能部门的监督管理。用地者应严格按照《国有土地使用权出让合同》的约定开发利用土地，如改变土地用途、容积率等土地使用条件的，须按照《国有土地使用权出让合同》的约定，补交不同用途、容积率的土地价款差额。
本案涉案建设项目地块面积3253平方米原属军用土地，在1998年军转民用，进行合作建房。2000年，恒骏房地产公司办理该地块的有关《军用土地补办出让手续许可证》后，与原广州市国土局签订穗国地合(2000)403号《国有土地出让合同》，根据该地块性质免缴土地出让金，双方约定总建筑面积为31290平方米，建筑层数27层。之后，因涉案建设项目经批准调整土地开发使用条件，2003年、2004年恒骏房地产公司与原广州市国土局先后两次补充签定穗国地合(2000)403号的变更协议之一、之二《广州市国有土地使用权出让合同变更协议》，总建筑面积增加至33985平方米，建筑层数29层，均免缴土地出让金。2004年恒骏房地产公司在涉案建设项目实际施工过程中总建筑面积再次增加至36013平方米，超出合同约定2723平方米，该部分面积已按规定缴交广州市配套设施建设费，恒骏房地产公司因对补缴土地出让金标准有异议，至今未与市国规委签订相关土地使用权出让合同变更协议。由于恒骏房地产公司改变了穗国地合(2000)403号《国有土地使用权出让合同》的约定土地用途、容积率等土地使用条件，额外新增的2723平方米建筑面积没有依照《国土资源部、财政部、解放军总后勤关于加强军队空余土地转让管理有关问题的通知》要求在2007年6月30日截止期限前完成办理相关土地出让手续，故涉案建设项目的地块不再属于军用土地，应纳入地方职能部门的监督管理。根据上述规定和合同约定，因涉案建设项目存在改变土地利用条件情形，恒骏房地产公司须与市国规委补充签订国有土地使用权出让合同变更协议，并补交相应土地价款差额。恒骏房地产公司认为涉案建筑项目地块具有军转民用性质，不应再补交土地出让金的理由，没有事实和法律依据，本院不予支持。
二、市国规委作出穗国土规划［2016］19号复函中确定补缴土地出让金数额计算标准是否正确的问题
土地使用者通过签订土地使用权出让合同并缴纳土地出让金后获得一定年期的土地使用权，按照合同约定的开发强度即建筑面积进行开发利用，通过自营或出售等方式获得土地增值收益。对于签订国有土地使用权出让合同后发生经依法批准改变容积率如何补交土地出让金的，国土资源部《关于严格落实房地产用地调控政策促进土地市场健康发展有关问题的通知》（国土资发［2010］204号）中明确规定：“坚决制止擅自调整容积率行为。经依法批准调整容积率的，市、县国土资源主管部门应当按照批准调整时的土地市场楼面地价核定应补缴的土地出让价款。”国土资源部土地利用管理司于2011年10月26日对山西省国土资源厅《关于房地产用地调整容积率后如何补缴地价款有关问题的请示》作出的《关于房地产用地调整容积率后补缴地价款有关问题的函》中进一步明确：“征收应补缴的土地出让价款，应严格遵循地价评估、集体决策程序，以原出让方同意调整容积率的日期为评估期日，参照市场价格水平，优先采用市场比较法、假设开发法等评估方法，评估测算新旧容积率规划条件下的土地市场楼面地价，并择高作为补缴土地出让价款的标准。……核定新增建筑面积，可以相关部门批准变更规划条件所新增的建筑面积为准，或竣工验收时实测的新增建筑面积为准。核定楼面地价时不能以土地出让金、土地增值收益或土地纯收益代替。”
恒骏房地产公司在涉案建设项目开发过程中新增2723平方米建筑面积，在2004年已按要求缴纳相应的广州市配套设施建设费。在2005年、2010年原广州市城市规划局对涉案建设项目分二次规划验收过程中时，对该部分增加面积未认定为违法建设，在发出的《建设工程规划验收合格证》中均载明，该工程实际竣工建筑面积36013平方米，超出原报建核准总建筑面积2723平方米。故可认为新增2723平方米建筑面积在2004年已获得规划部门的认可。原广州市国土局早在2005年5月向恒骏房地产公司核发涉案建设项目住宅部分29760.95平方米时，已获知此情况。2012年恒骏房地产公司首次向原广州市国土局申请办理已出让国有土地的土地出让金调整业务，并经评审通过，按照恒骏房地产公司提供的变更协议草稿显示当时需补交的土地出让金为1680.173万元，因恒骏房地产公司拒绝按此条件签订合同变更协议，该次申请作退案处理。此后，恒骏房地产公司曾多次申请办理该项业务。2015年，恒骏房地产公司向市国规委再次申请办理已出让国有土地的土地出让金调整业务，市国规委按申请补交土地出让金时市场评估楼面地价为标准，即以2015年7月作为估价日期，采取土地使用权市场价值评估法，按照涉案建设项目发生调整的建筑面积及用途，确定须补交土地出让金为5033.4831万元。我国自改革开放以来，城市化进程不断加快，经济发展迅猛，特别是近10余年国有土地使用权土地出让价款存在逐年快速递增的客观情况。恒骏房地产公司就涉案建设项目新增建筑面积在2004年获得规划认可后，本应及时申请补充签订国有土地使用权出让合同变更协议，依照涉案建设项目的实际情况，按要求补缴土地出让金。由于恒骏房地产公司未及时申请签订国有土地出让合同变更协议及与市国规委对土地出让金缴交标准产生争议，造成市国规委对其提出调整国有土地出让金的申请不断作退案处理，进而引发本案补缴巨额土地出让金争议。
财政部、国土资源部、中国人民银行《国有土地使用权出让收支管理办法》第二条、第五条之规定，“国有土地使用权出让收入包括改变出让国有土地使用权土地用途、容积率等土地使用条件应当补缴的土地价款。而土地出让收入由财政部门负责征收管理，可由市、县国土资源管理部门负责具体征收”。土地出让金征收涉及国家和公共利益，原广州市国土局作为广州市人民政府的土地行政主管部门，负有对土地使用权出让合同的实施进行监督和管理的职责，依法征缴辖区内建设用地土地出让金的法定职责。原广州市国土局在已获知涉案建设项目存在调整新增建筑面积，恒骏房地产公司亦申请办理相应土地出让金调整业务未果的情况下，放任恒骏房地产公司拒绝签订相关国有土地使用权出让合同变更协议、拖延缴纳应补缴的土地出让金，怠于履行督促征收职责。市国规委在2015年核定涉案建设项目需补交土地出让金时，未考虑涉案建设项目属于历史用地，恒骏房地产公司在2004年已获得规划认可增加建筑面积，涉案建设项目的住宅部分早在2005年已领取房地产权属证明进行销售，至今已基本售磬，原广州市国土局曾在2012年评审通过恒骏房地产公司申请办理补缴国有土地出让金等事实，仅以恒骏房地产公司最近一次提交申请时间即2015年7月作为土地市场楼面价评估基准日，核定出需补交巨额的土地出让价款，此计算方法导致涉案建设项目早在2005年竣工对外销售多年情况下，仅因恒骏房地产公司申请办理补缴土地出让金时间节点差异，造成计收的土地出让金数额巨大差异，违反公平原则，不符合前述国家制定的相关规定要求，不具有合法性和合理性，该计收数额，本院不予以支持。
综上所述，市国规委作出的穗国土规划［2016］19号复函，没有事实和法律依据，应予撤销。原审判决适用法律错误，本院予以纠正。根据《中华人民共和国行政诉讼法》第八十九条第一款第(二)项、第三款规定，判决如下：
一、撤销广州铁路运输第一法院(2017)粤7101行初1615号行政判决；
二、撤销广州市国土资源和规划委员会于2016年1月8日作出的穗国土规划［2016］19号《广州市国土资源和规划委员会关于海珠区前进路54号大院项目调整建筑面积涉及土地出让金计收问题的复函》。
一、二审案件受理费各50元，由广州市国土资源和规划委员会负担。
本判决为终审判决。
审判长 杨立志
审判员 杨 芳
审判员 石晓利
二〇一八年六月十二日
书记员 陈土飞