湖南省芷江侗族自治县人民法院
行 政 判 决 书
（2016）湘1228行初4号
原告湖南君洋房地产开发有限公司，地址：湖南省怀化市芷江侗族自治县芷江镇河西农贸综合大楼103号门面，组织机构代码证：69857287-8。
法定代表人李复善，男，总经理。
特别授权委托代理人张剑，男，芷江侗族自治县恒泰法律服务所法律服务工作者。
被告芷江侗族自治县国土资源局，住所地湖南省芷江侗族自治县芷江镇凯旋路，机构代码证号：006670531。
特别授权委托代理人杨铁桥，男，侗族，系芷江侗族自治县国土资源局工作人员。
委托代理人吴衡，男，湖南泰阳律师事务所律师，执业证号：14312201310752817。
原告湖南君洋房地产开发有限公司诉被告芷江侗族自治县国土资源局确认行政行为违法一案，本院于2016年2月26日依法予以受理，并于2016年2月26日向被告送达了起诉状及应诉通知书。本院依法由审判员李光辉担任审判长，与人民陪审员杨俊、人民陪审员杨殿平组成合议庭，于2016年4月28日依法公开开庭审理了本案，由书记员冯晓琼担任庭审记录。原告湖南君洋房地产开发有限公司委托代理人张剑，被告芷江侗族自治县国土资源局委托代理人杨铁桥、吴衡到庭参加诉讼，原告公司法定代表人李复善与被告芷江侗族自治县国土资源局法定代表人杨武未到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
被告芷江侗族自治县国土资源局于2015年9月10日对原告湖南君洋房地产开发有限公司作出芷国土资缴字【2015】4号《限期补缴土地价款通知书》，认为原告开发建设的“黄甲新苑”项目，容积率由1.8调至2.95，为此，被告根据《国务院办公厅关于规范国有土地使用权出让收支管理的通知》（国发办【2006】100号）第一条、《国土资源部关于严格落实房地产调控政策促进土地市场健康发展的有关问题通知》（国土资发【2010】204号）第四条第一款的规定，责令原告缴清土地价款158.7837万元。
被告在法定期限内向本院提供了作出被诉行政行为的证据、依据：
1、《国有建设用地使用权出让合同》，证明原告房地产公司取得出让土地建筑容积率为1.8。
2、芷政函（2013）35号批复，证明原告的土地容积率调整为3.0。
3、芷变更字（2013）15号《通知书》，证明原告土地容积率调整为3.0。
4、芷江侗族自治县规划站情况说明，证明实际容积率核实为2.95。
5、怀地价（2013）字第203号《土地估价报告》，证明原告土地容积率提高后楼面价为每平方米446元，提高容积率后应当补缴土地价款3109713元。
6、国发办【2006】100号通知，证明原告应补缴的土地价款。
7、国土资发【2010】204号通知，证明以楼面价补缴土地价款的依据。
8、《怀化市人民政府关于房地产项目调整容积率补缴土地出让价款有关问题的通知》，证明以楼面价补缴土地价款的依据。
原告对被告所提交的证据1、2、3、4没有异议。对证据5、6、7、8有异议，认为不合法。
原告诉称：原告公司于2011年3月经被告组织公开拍卖，以812万元竞得“黄甲街新苑”房地产项目，容积率为1.8，由于该宗地道路用地面积大，安置户较多，经反复盘算，如当时动工，不但导致原告公司亏损很大，而且浪费土地资源，故多次向芷江县政府申请调整容积率，后经政府批准，将该项目用地用地容积率调整到3.0以内。同年6月底，被告根据县政府文件和土地评估报告向原告足额追缴调整容积率后土地差价款152.7876万元，同时与原告签订书面补充合同予以认定。“黄甲街新苑”验收合格竣工后进入办证流程时，却遭到了被告行政干预，被告置双方合同和《合同法》等法律法规于不顾，单方两次向原告下达补缴土地差价款通知，严重侵犯了原告的合法权益，遂原告请求法院：一、判决确认原、被告所签的《国有建设用地使用权出让合同》及补充条款合法有效；二、判决确认被告两次所做出的《催交土地价款通知书》及停办原告销售商品房相关手续的行为违法。
为支持其诉讼请求，原告向本院提交如下证据：
《行政复议申请书》，证明原告要求撤销“芷国土资缴字（2015）4号《限期补缴土地价款通知书》”及撤销为原告停办相关手续通知。
《成交确认书》，证明原告以812万元的价格竞买到芷江县乐翔塑料厂土地使用权。
《国有建设用地使用权出让合同》，证明原告依法竞拍取得出让土地，建筑容积率1.8。
《国有土地使用权证》，证明原告取得芷江县乐翔塑料厂这块地的使用权。
芷政函（2013）35号函，证明原告取得出让土地建筑容积率不大于3.0。
芷变更字（2013）15号《通知书》，证明原告取得建设方容积率调整为3.0以内。
芷江县规划站情况说明，证明建筑实际容积率为2.95。
《土地评估报告书》，证明原告应补缴土地价款152.7876万元。
《国有建设用地使用权出让合同补充条款》，证明建筑容积率调整为2.95后，价款为788.6207万元。
《缴款书》，证明建筑容积率调整为2.95后，原告补缴款152.7876万元。
《规划许可证》，证明原告可建设3-7层楼房。
《施工许可证》，证明建设规模16500平方米。
《规划核实证明书》，证明建设1-4栋楼房，面积规模16500平方米。
《停办相关手续通知》，证明补缴土地价款158.1837万元。
《限期补缴通知书》，证明补缴土地价款158.1837万元。
《减免土地差价款报告》，证明原告向县政府请求减免再次补缴土地价款的报告。
被告对原告所提交的证据1、2、3、4、5、6、7、10、14、15无异议。对证据8有异议，认为应补缴3109713元。对证据9有异议，认为这个价款是土地差价款。对证据11、12、13、16的关联性有异议。
被告辩称：被告与原告于2011年5月27日签订《国有建设用地使用权出让合同》，约定土地容积率为1.8，经批准原告的容积率提高在3.0以内。原告的建设项目最终核定的容积率为2.95。根据《国务院办公厅关于规范国有土地使用权出让收支管理的通知》第一条、《国土资源部关于严格落实房地产调控政策促进土地市场健康发展的有关问题的通知》第四条第一款的规定，参照《怀化市人民政府关于房地产用地项目调整容积率补缴土地出让价款有关问题的通知》的规定，对原告于2010年12月19日之后提高土地容积率补缴的土地价款应当按照评估的楼面价格补缴土地出让金价款。因此，被告作出的芷国土资缴字（2015）4号《限期补缴土地价款通知书》的行政行为，有上级的规范性文件为依据。被告委托有资质的土地评估机构对原告提高土地容积率应当补缴的楼面价进行评估，之后多次催告原告，告知了原告救济的权利，被告作出的行政行为程序合法，请求法院驳回原告的诉讼请求。
经庭审举证和质证，本院对原告和被告所提交的证据作如下确认：对于原告所提交的证据1、2、3、4、7、8、9、10、14和被告所提交的证据1、2、3、4、5，因其能客观真实反映案件的事实，且来源合法，并与案件具有关联性，本院予以采信；对原告提交的证据11、12、13、16因其与本案无关联性，本院不予采信；对原告提交的证据15系本案被诉行政行为，本院不予认定；对被告的证据6、7、8系被告作行政行为所依据的规范性文件，本院予以确认。
经审理查明：原告湖南君洋房地产开发有限公司与被告芷江侗族自治县国土资源局于2011年5月27日签订合同编号：067428《国有建设用地使用权出让合同》，上载：“受让人湖南君洋房地产开发有限公司；宗地总面积6063平方米，出让宗地坐落于芷江镇黄甲街；建筑总面积109000平方米，建筑容积率不高于1.8”。2013年4月11日芷江侗族自治县人民政府出具芷政函【2013】35号《关于县城投公司1#、2#配置用地和飞虎路等3条道路安置区规划设计条件及调整原乐翔塑料厂规划条件的批复》，同意调整原乐翔塑料厂规划条件，容积率不大于3.0，县国土资源局按照调整后的规划条件追缴土地出让金。2013年4月12日，芷江侗族自治县住房与城乡建设局出具芷变更字【2013】15号《规划条件变更通知书》变更容积率不大于3.0。2013年8月6日原、被告签订《国有建设用地使用权出让合同》补充条款，约定出让/划拨价款由635.8331万元改为788.6207万元，容积率上限由1.8改为2.95，支付金额由635.8331万元改为788.6207万元。被告于2015年9月10日向原告作出芷国土资缴字【2015】4号《芷江侗族自治县国土资源局限期补缴土地价款通知书》，上载：“根据芷江侗族自治县住房和城乡建设局规划条件变更通知书（芷变更字【2013】15号），你单位开发建设的“黄甲街新苑”项目，容积率由1.8调至2.95。调整容积率后应补交的土地价款为310.9713万元，现你单位已补交152.7876万元，尚欠158.1837万元。”原告不服，遂向本院提起行政诉讼。
本院认为，原、被告签订的合同编号：067428《国有建设用地使用权出让合同》及其补充条款，系双方当事人真实意思表示，且并未失效，原告要求确认合同合法有效的诉讼请求，本院不予支持。根据《中华人民共和国行政处罚法》及2004年《国务院全面推进依法行政实施纲要》规定，行政机关作出对行政相对人、利害关系人不利的行政决定之前，应当告知相对人、利害关系人，并给予其陈述和申辩的权利，对重大事项，还应告知其有依法要求听证的权利。本案中被告决定对原告征收调整容积率补缴土地出让金158.1837万元，但被告未能提供其已告知原告相关权利的证据、依据，应视为没有告知原告相关权利，属程序违法，故原告请求确认被告作出《限期补缴土地价款通知书》违法，并予以撤销该通知的诉讼请求，本院予以支持。本案中，产权登记部门停办该商品房房屋权证登记系行政机关自身的履职行为，被告告知登记部门的行为系行政机关行政内部职务行为，办理行政登记属于被告依申请作出的行政行为，原告须向行政机关提出申请并具有符合办理登记资格的合法要件，原告的第三项诉讼请求于法无据，本院不予支持。
综上所述，依照《中华人民共和国行政诉讼法》第六十九条、第七十条第（三）项之规定，判决如下：
一、撤销被告芷江侗族自治县国土资源局于2015年9月10日作出芷国土资缴字【2015】4号限期补缴土地价款通知书；
二、驳回原告湖南君洋房地产开发有限公司其他诉讼请求。
本案案件受理费50元，由被告芷江侗族自治县国土资源局负担。
如不服本判决，可以在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数或者代表人的人数提出副本，上诉于湖南省怀化市中级人民法院。
审 判 长 李光辉
人民陪审员 杨 俊
人民陪审员 杨殿平
二〇一六年六月二十九日
书 记 员 冯晓琼
附相关法律条文：
《中华人民共和国行政诉讼法》第六十九条：行政行为证据确凿，适用法律、法规正确，符合法定程序的，或者原告申请被告履行法定职责或者给付义务理由不成立的，人民法院判决驳回原告的诉讼请求。
第七十条：行政行为有下列情形之一的，人民法院判决撤销或者部分撤销，并可以判决被告重新作出行政行为：
（一）主要证据不足的；
（二）适用法律、法规错误的；
（三）违反法定程序的；
（四）超越职权的；
（五）滥用职权的；
（六）明显不当的。