永 修 县 百 合 谷 箱 包 实 业 有 限 公 司 与 九 江 市 第 三 建 筑 工 程 公 司 建 设 工 程 施 工 合 同 纠 纷 二 审 民
事 判 决 书
江西省高级人民法院
民事判决书
（2015）赣民一终字第220号
上诉人（原审本诉被告，反诉原告）：永修县百合谷箱包实业有限公司，住所地：江西省永修县县城工业园集中区。
法定代表人：刘洋华，该公司执行董事。
委托代理人：胡绍珍，永修县建昌法律服务所法律工作者。
被上诉人（原审本诉原告，反诉被告）：九江市第三建筑工程公司，住所地：江西省九江市长虹大道288号。
法定代表人：罗江玉，该公司经理。
委托代理人：魏佳龙，该公司职工。
委托代理人：李耀华，该公司职工。
上诉人永修县百合谷箱包实业有限公司（以下简称百合谷公司）因与被上诉人九江市第三建筑工程公司（以下简称三建公司）建设工程施工合同纠纷一案，不服江西省九江市中级人民法院（2014）九中民一初字第4号民事判决，向本院提出上诉。本院受理后依法组成合议庭，于2015年11月9日公开开庭审理了本案。上诉人百合谷公司的法定代表人刘洋华及其委托代理人胡绍珍，被上诉人三建公司的委托代理人魏佳龙、李耀华到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原审法院经审理查明，2007年6月8日，百合谷公司将其厂房土方平整工程交与他人承包，为此支付平整费用36000元。2008年6月2日，百合谷公司以工程内部招投标方式收取李耀华报名费600元。同年7月20日，百合谷公司与三建公司签订《工程承包协议书》，主要内容包括工程概况、工程承包范围和承包方式、开竣工日期、付款方式、违约责任等。同年9月20日，百合谷公司为甲方，李耀华为乙方，双方签订《关于永修百合谷箱包实业有限公司厂房建设工程补充协议》约定：1、即日起一个月内甲方配合乙方完成建筑施工所有报建手续，乙方自行交纳各项费用，在一周内完成施工准备并开始施工。2、乙方按规划设计要求，六栋建筑（厂房、宿舍、综合楼）全面开工，2009年1月底前完成一层以下的全部施工，2009年12月底前完成全部合同施工项目并交付使用，若因乙方施工进度拖延造成政府收回土地由乙方承担全部责任。3、一周内乙方汇付50万元民工工资保证金和50万元工程进度保证金至甲方账户。工资保证金于工程全部完工后一个月内退还至乙方指定账户，工程进度保证金在乙方完成全部工程主体封顶以后一周内退还至乙方指定账户。同年9月22日，三建公司作为投标单位出具《授权委托书》，授权李耀华为百合谷公司综合楼、厂房、宿舍等工程施工负责人。
2008年10月16日至2009年9月4日，李耀华给付百合谷公司965000元（其中，案外人欧阳宗科于2008年10月16日通过银行汇款47万元给百合谷公司，李耀华于同年10月17日通过银行汇款10万元给百合谷公司法定代表人刘洋华，刘洋华分别于2009年6月9日、6月20日、9月4日收到李耀华10万元、195000元及5万元）。另刘洋华于2008年10月17日向李耀华出具收条一份，以其10万元承兑汇票兑换李耀华10万元人民币，如未兑换退还10万元。此后，刘洋华收回其承兑汇票。
2009年4月30日，百合谷公司为发包人，三建公司为承包人，双方签订《建设工程施工合同》约定：1、工程名称为综合楼、厂房及宿舍楼，工程地点位于永修县城工业园区；承包范围按双方确认的图纸组织施工；合同价款为46268596元；开工日期为2009年4月30日，竣工时间为2010年10月31日止，并注明具体完工时间以补充协议为准。2、该工程所有的合法手续由发包人负责，如因此导致承包人损失由发包人承担；另发包人需提供良好的施工环境，在开工前将施工所需的水、电、电讯线路接至施工现场，办理平整施工场地等工作，办理施工许可证及其他施工所需证件、批件的申请。3、本合同价款采用建筑面积据实计算，增加或减少项目按签证计算，工程总造价则相应调整；所有增减部分按实际工程量计算，材料调差以当地当期信息价格为准，承包人的报价需经发包人审核签字。4、工程达到三层后，发包人支付总工程款30%；工程主体封顶支付总工程款60%；工程验收后两个月内支付总工程款95%；余款5%留作工程保修金，保修期限为两年，期满后一次性付清。5、若发包人不按时支付工程款，造成停工由发包人承担损失；承包人在履行过程中无违约行为，发包人不得将工程发包给其他人，如违约给承包人造成损失，由发包人全部赔偿；承包人无故停工或拖欠民工工资，造成不良影响，由承包人承担全部责任，若承包人违约拖延工期，发包人有权终止本协议，由此导致发包人损失的，承包人应全部赔偿。6、发包人同意承包人有权将部分工程分包给其他有资质的施工单位，但应经发包人同意，按整体计划实施。7、本协议未尽事宜可签订补充协议，在施工过程中，双方来函、工作联系单与合同及协议具有同等法律效力，并作为双方结算依据。合同签订当日，三建公司出具《授权委托书》，授权李耀华为施工负责人。
2009年5月10日、三建公司为甲方，案外人欧阳宗科为乙方，双方签订《工程承包协议书》约定：由乙方承建甲方位于永修县工业园区内第4#、5#楼厂房工程，该工程开工日期为2009年5月，竣工时间为2010年11月止。并约定了工程承包范围、工程造价计算、工期约定及付款方式、违约责任等。同年5月22日，三建公司成立九江市第三建筑工程公司永修县百合谷箱包实业有限公司综合楼、厂房、宿舍楼工程项目经理部（以下简称“工程项目部”），任命李建辉为项目部经理，李耀华为项目部副经理，项目部管理人员为黄忠亮、廖玉林、王鑫贵、廖长江。同年5月27日，李耀华以九江三建公司百合谷公司综合楼、厂房、宿舍楼工程项目经理部的名义与案外人冯宝珠签订了一份《合作协议》约定：由冯宝珠承包施工百合谷公司厂房工程第1#、2#、3#楼，李耀华负责支付投标、建管规费、三建公司管理人员工资，并对付款方式、保证金、违约责任等进行约定。
2009年7月30日，百合谷公司致函九江三建百合谷项目部，主要内容为：由贵公司与我公司签订的《建设工程项目合同书》的规定，该工程项目的所有建筑合法手续由我公司负责，现经我公司请示县星火工业园管委会同意，该项目的城建手续允许边施工边报建，施工期间质监站人员由我公司负责请到工地，若贵公司在工程承建中因手续不全造成停工等原因，所造成的损失由我公司承担赔偿。
2010年8月2日，百合谷公司以《工作联系函》的方式告知三建公司：工程分两期施工，首批建三栋即1号厂房、4号办公楼和5号公寓楼，待首批三栋竣工验收合格后，再确定余下两栋的建设方案。同年9月20日，百合谷公司出具《聘用书》，聘请熊晓明为该公司基建工程项目负责人，负责处理工地日常事务和材料进出数量、价格审核。
2010年9月23日，案外人欧阳宗科以工程项目部名义出具《施工工期与现状》，主要内容为：“4#、5#楼在施工过程中，因报建手续不齐，建设方及工业园区有关领导于2010年6月7日口头通知停止施工（4#楼二层楼面模板安装基本完成，5#楼基础承台地梁工程全部完成），至同年7月5日收到建设方提供的规划许可证复印件（1#至4#楼），于7月7日恢复4#楼施工。2010年9月14日完成四层梁板浇筑，因等待建设方按约支付工程款及确定下一步施工方案故停工。5#楼至今未见任何合法手续停工等待”。同日，案外人冯宝珠以工程项目部名义出具《施工工期与现状》，主要内容为：“1#、2#、3#楼在施工过程中，因建设方报建手续未办齐，建设方在2010年8月2日下了工作联系函，要求分期施工，先做1、4、5#楼，因为5#楼规划手续未办齐所以导致无法施工，2010年9月14日，完成三层梁板浇筑，2010年10月6日浇筑完毕。目前做了2栋，1、4#楼做到三层梁板浇筑，按照合同付总工程量的30%。三层梁板浇筑后因等待建设方按约定支付工程款及下一步的施工方案停工至今，今未见任何有效合法手续停工等待”。监理公司总监理工程师熊根子在两份《施工工期与现状》文件上均签署“情况属实”的意见。
2010年11月12日，永修县人力资源和社会保障局向三建公司送达《调查询问通知书》，要求三建公司就拖欠民工工资事宜接受调查询问。同年11月19日，三建公司出具《承诺书》，主要内容：“由于本公司垫资承包的工程达到三层后，百合谷公司才支付工程款的30%，现工程未达到三层，因本公司资金困难，无力及时支付工人工资，致使近百名工人集体索讨和停工，造成社会的不稳定。为此，本公司要求百合谷公司先予垫付工人工资，之后再从本公司工程款中一次性扣除，原双方约定的工程款支付及其他专用条款的约定不改变，继续有效”。根据三建公司提供的欠款清单，百合谷公司垫付了案外人冯宝珠雇请的民工工资594700元。另在工程施工过程中，百合谷公司给付案外人欧阳宗科10万元工程款。除此之外，百合谷公司至今未付任何款项给三建公司。
2011年8月19日永修县建设工程质量监督站出具书面证明，内容为百合谷公司工程材料检测费等相关费用未交，费用由施工方支付。同日永修县劳动保障监察大队出具书面证明，内容为：“2010年底承建百合谷公司系列工程的九江三建因拖欠民工工资，我大队立案处理，此案已处理完毕”。
2014年3月18日，百合谷公司委托江西齐助建筑工程质量安全司法鉴定所对百合谷公司4#楼加固造价进行鉴定，经鉴定，4#楼加固造价为494467.28元。
另查明，2007年6月25日，百合谷公司取得了《建设用地规划许可证》；2007年7月5日，永修县国土资源局核发了《国有土地使用证》，确认百合谷公司位于永修县工业集中区的土地使用权面积为22192.4平方米；2010年7月2日，百合谷公司取得了《建设工程规划许可证》，核准建设规模39460.11平方米（1#至4#厂房）。三建公司承建百合谷公司的综合楼、厂房、宿舍楼工程共计1#至5#楼，其中，1#、2#、3#楼分包给案外人冯宝珠，4#、5#楼分包给案外人欧阳宗科。工程于2010年9月14日停工时，案外人冯宝珠承建的1#楼与案外人欧阳宗科承建的4#楼已完成三层工程量。
又查明，案外人欧阳宗科为催讨本案所涉工程款及其他损失，将三建公司、百合谷公司诉至法院，该案经九江市中级人民法院作出（2011）九中民一初字第26号民事判决，由江西省高级人民法院作出（2013）赣民一终字第37号生效判决，该生效判决采信九江市中级人民法院委托湖南大学司法鉴定中心对本案诉争工程即4#楼的修复费用为210134.60元，并在案外人欧阳宗科应得款项中予以扣除。另外，该案进入执行程序后，九江市中级人民法院作出（2013）九中执字第85-1号、第85-2号执行裁定书，经拍卖程序流拍后，裁定将百合谷公司所有的位于永修县工业集中区面积为22192.4平方米的土地【（证号为：永国用（2007）字第00222号）】和位于永修县工业集中区的4号、5号楼的在（停）建房屋，以保留价5870770元抵偿生效判决确定的债务5007356.70元向案外人欧阳宗科转移财产所有权。
再查明，案外人冯宝珠将三建公司、百合谷公司诉至法院追讨工程款及其他损失，该案由九江市中级人民法院作出（2013）九中民一初字第16号生效判决。
原审法院认为，本案争议的焦点为：1、本案所涉合同的法律效力；2、工程保证金的认定；3、工程停工责任的认定；4、工程停工损失的认定；5、对4#楼修复费用的认定。
一、关于本案所涉合同的法律效力问题。三建公司系依法登记成立的建筑施工企业，具备房屋建设工程施工资质，其与百合谷公司签订的《建设工程施工合同》系双方当事人真实意思表示，合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，应认定有效。虽然合同约定三建公司可以进行工程分包，但其将全部工程肢解后分包给不具备施工资质的案外人欧阳宗科及冯宝珠，该行为违反法律强制性规定，其与案外人所签订的《工程承包协议书》均应无效。
二、关于工程保证金的认定问题。对三建公司主张的1065000元保证金，百合谷公司确认已收到965000元（其中包含保证金96万元，另5000元为三建公司代为垫付的工程款），并称对其法定代表人刘洋华于2010年10月17日向李耀华出具收款字据的10万元正是李耀华同一日以汇款方式向其支付的10万元，该款后计入工程保证金中。该字据载明：“对支票人民币壹拾万元整，注：银行承兑汇票人民币壹拾万元整给李先生兑换人民币壹拾万元整，如未兑换退还壹拾万元整，刘洋华”。对此，三建公司主张该笔10万元系现金交付，现金来源为其向案外人郭新的借款，三建公司出具其还款时由案外人出具的收条六张，但收条内容显示案外人系收到退还保证金和押金等共计16万元，该证据与其证明目的之间缺乏关联性，无法证明三建公司主张的2010年10月17日其除汇款10万元外，另还借款10万元给刘洋华，故对其证明目的不予采纳。对百合谷公司称至今合同的法律关系依然存在，三建公司要求返还保证金的前提条件不成就的抗辩意见，经查，本案诉争工程自2010年9月14日停工后未再施工，且部分工程已经抵给案外人欧阳宗科以偿还生效判决所确定的债务，该诉争工程合同目的已无法实现，故被告的抗辩意见无事实和法律依据，不予采纳。
三、关于工程停工责任的认定问题。三建公司主张因百合谷公司未按合同约定办理施工许可证等开工合法手续以及未按约定付款是导致工程停工，应承担全部责任。百合谷公司辩称该工程可以边报边建，且导致手续办理延后的责任在于三建公司未交纳相关费用，停工原因为三建公司违法分包以及无故拖欠民工工资等。经查，双方签订的《建设工程施工合同》中对开工条件约定：“百合谷公司应于开工前办理施工许可证及其他开工所需证件、批件”、“该工程所有的合法手续由甲方（即百合谷公司）负责，如因此给乙方造成的损失由甲方负责”。对付款条件约定：“工程达到三层后甲方支付总工程款的30%”、“发包人不按合同约定支付工程款（进度款），双方又未达成延期付款协议，导致施工无法进行，承包人停止施工，由发包人承担违约责任”。本案中，百合谷公司于2010年8月2日出具《工作联系函》要求三建公司分两期施工，即首批建1#、4#、5#楼。至2010年9月14日停工时，在建工程1#、4#楼已达到被告百合谷公司应支付30%进度款条件，5#楼因手续不全停止施工。此外，根据我国《建筑法》关于建筑工程开工前，建设单位应当按照国家有关规定申请领取施工许可证的规定，故百合谷公司答辩意见与相关法律规定、双方合同约定以及查明的事实相悖，应不予采信。综上所述，至三建公司停工时，百合谷公司仍未办理施工许可证，也未按约支付工程进度款，应按合同约定承担违约责任及停工损失，故停工责任在于百合谷公司，三建公司不承担责任。
四、关于工程停工损失的认定问题。因百合谷公司开工手续不全且未按约支付工程进度款导致工程停工，客观上给三建公司造成一定的损失。其中：（一）管理人员工资，百合谷公司称该费用已在案外人欧阳宗科、冯宝珠分别起诉被告的工程造价中予以载明，不应重复计算。该抗辩意见与百合谷公司提供的三建公司与案外人冯宝珠签订的《合作协议》约定三建公司管理人员的工资由李耀华负责支付相矛盾，且百合谷公司对其抗辩意见未提供证据证明，故百合谷公司应按合同约定支付五位管理人员停工期间的工资损失（从工程2010年9月14日停工之日起计算至劳动期限届满之日止），即李耀华18821元（5180元／月÷30天×109天）＋黄忠亮16641元（4580元／月÷30天×109天）＋廖玉林16641元（4580元／月÷30天×109天）＋王鑫贵166**元（（4580元／月÷30天×109天）＋廖长江16641元（4580元／月÷30天×109天），合计85385元。（二）招投标费用，百合谷公司对其收到李耀华600元内部招投标报名费不持异议，且百合谷公司举证的由三建公司向李耀华出具的授权委托书亦载明三建公司为投标单位，可以认定三建公司为投标百合谷公司工程已作工程预算等前期准备工作并发生相关费用，但该费用系其为缔结合同所发生的必要费用，与其主张的停工损失之间缺乏关联性，且其提供的证据亦无法核实费用支出的真实性，故不予采纳。（三）对三建公司主张的其他费用损失包括场地平整费用、奠基庆典费用、招待及差旅费用、房租水电费、工地水电费、机械租赁费等，原审法院认为，三建公司与案外人欧阳宗科签订的《工程承包协议》约定，水电费由案外人欧阳宗科承担，且三建公司在该工程中未实际施工，故其主张水电费、机械租赁费无事实依据。其他费用亦与三建公司主张的停工损失之间缺乏关联性，故不予采纳。综上，对三建公司主张的停工损失，予以部分支持。另对百合谷公司主张的100万元违约金以及赔偿因拖欠民工工资导致民工闹事造成百合谷公司的直接损失1361920元，因百合谷公司对其主张未提供证据证明，且停工及违约责任在于百合谷公司，故对其上述主张不予采纳。
五、关于4#楼修复费用的认定问题。对百合谷公司主张修复费用100万元（原湖南大学估算的修复费210124.60元除外），生效的（2013）赣民一终字第37号民事判决对4#楼修复费用已采信湖南大学司法鉴定中心作出的210134.60元的鉴定意见，依据一事不再诉原则，百合谷公司主张于法无据，不予采信。
综上所述，对三建公司要求百合谷公司支付保证金及停工损失的诉请，予以部分支持，百合谷公司应给付三建公司1050385元（保证金960000元＋代垫费用5000元＋停工损失85385元）。对百合谷公司要求三建公司支付违约金、修复费用及停工损失的诉请，无事实和法律依据，不予支持。据此，依照《中华人民共和国合同法》第四十四条、第五十二条第一款第（五）项、第二百八十四条、《中华人民共和国建筑法》第二条、第七条、第八条、第二十六条、《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条、第八条第一款、第七十六条之规定，判决：一、百合谷公司于本判决生效后十日内给付三建公司1050385元；二、驳回三建公司的其他诉讼请求；三、驳回百合谷公司的反诉请求。如果被告未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。本案本诉案件受理费23555元，反诉诉讼费用16848元，合计40403元，由三建公司负担11730元，由百合谷公司负担28673元。
百合谷公司上诉称，1、一审认定违约责任在百合谷公司是错误的。首先，一审认定双方签订的《建设工程施工合同》有效。合同约定三建公司对工程进行分包要经百合谷公司书面同意，且必须分包给有建筑资质的施工队伍。三建公司却违背上述约定，未经百合谷公司同意将工程发包给无资质的自然人施工；其次，工程存在严重的质量问题，已由法院委托司法鉴定部门作出了鉴定认定，对三建公司的此违约行为，一审审理避而不谈；再次，关于停工原因及责任问题。由于三建公司将工程分包给无资质的自然人，根本没有垫资的能力，造成拖欠农民工工资，直接导致停工。对于这一点，三建公司在2010年11月19日“承诺书”已经说得明明白白、清清楚楚。而一审对此证据不采信，强行认定是百合谷公司的个别施工许可证没有到位，没有按期支付工程款造成停工，完全违背客观事实；第四，百合谷公司主张工程保证金不应退回有事实和法律依据。合同有效，但双方既没有协商终止合同，也没有哪一方提出过“终止合同”的诉求。工程停工不等于合同解除，诉争工程还现实存在，至今日还未抵给任何债权人。保证金是为了保证合同履行而支付的，既然双方法律关系仍然存在，要求退回保证金的条件当然不成就。2、一审认定三建公司停工损失85385元并裁判百合谷公司承担及对4号楼实际修复费用不认定是错误的。首先，对三建公司主张损失证据的合法性、关联性、证明目的，百合谷公司均提出了异议，三建公司作为一个合法公司，其财务管理应符合“公司法”的有关规定。一审诉讼中，三建公司持一堆乱七八糟的个人白条等垃圾证据，竟然得到一审法院的认定和采信。再说，至于损失问题，在前二次诉讼已作出认定与裁判，为何不适用一事不再诉的原则呢？而百合谷公司主张的4号楼实际修复费用已经过司法鉴定作出认定。湖南大学当时的评估书面材料已说明：“只是估算，应以实际修复费用为准”。百合谷公司主张的4号楼修复费用已扣除了湖南大学估算的部分，再说，在原诉讼中，百合谷公司既未诉求过4号楼的修复费用，案件其他当事人也没有谁诉求过做修复费用鉴定，而是一审法院原审中自行决定委托的鉴定，现百合谷公司在本案中诉请，怎么叫一事不再诉呢？明显是适用法律错误；3、百合谷公司的反诉请求有事实和法律依据。一审法院予以驳回明显是枉法裁判，偏袒三建公司，严重损害了百合谷公司的合法权益。综上，请求二审法院依法撤销原审判决第一项、第二项、第三项重新作出判决。本案一、二审诉讼费由三建公司承担。
三建公司答辩称，百合谷公司的上诉理由不成立。关于工程质量和赔偿损失的问题，已经另案处理了，不属于本案的审理范围。合同有效，三建公司不存在违约的问题。合同约定工程建设达到三层就应该付款，而对方并未按约定付款，三建公司不存在违约。关于保证金，由于百合谷公司违约没有支付工程款，其违约在先，保证金应当退还，并赔偿三建公司的损失。
二审中，百合谷公司提供了一组新证据，即九江市价格认证中心九价认鉴字（2013）147号《关于永修县百合谷箱包实业有限公司工业用地土地使用权、在建厂房及附属设施价格评估报告》、实际施工人员的证明材料两份、江西省九江市中级人民法院（2014）九中执异字第8号执行裁定书、三建公司与欧阳宗科签订的承包施工合同。证明：三建公司工程存在严重质量问题，属于烂尾楼工程。原裁判采信不具有司法鉴定资质的鉴定机构，对百合谷公司应支付的工程造价款的计算方法与工程价款总额的认定不符合相关法律规定，一审认定百合谷公司土地和房屋财产已抵偿给案外人欧阳宗科与事实不符。三建公司也认可双方的约定是整体达到三层才付款，工地上没有管理人员，不存在开支管理人员的工资问题。5号楼工程未施工不是因手续问题，而是施工人员自行安排的分期施工。
三建公司质证对这些证据的真实性没有异议，但认为这些证据与本案无关，对关联性有异议。工程建到三层就要付款。整个工地也不可能会没有管理人员。由于百合谷公司未付款，已违约，应赔偿三建公司的损失。
本院认为，百合谷公司提供的上述证据，三建公司质证对其真实性无异议，对关联性有异议。对这些证据的真实性予以确认。关联性则结合本案其他证据与事实综合认定。
二审查明，本案诉争工程尚未完工，三建公司及实际施工人均已停止施工。原审法院曾下发（2013）九中执字第85-2号执行裁定，裁定将百合谷公司土地和房屋财产抵偿给案外人欧阳宗科，但因违反法定程序，该裁定被原审法院以（2014）九中执异字第8号执行裁定撤销。其他事实与一审查明的事实一致。
本院认为，百合谷公司与三建公司签订的《建设工程施工合同》系双方当事人真实意思表示，内容不违反法律、行政法规的强制性规定，应认定有效。
根据当事人双方诉辩主张，本案二审争议焦点为：1、百合谷公司、三建公司哪方存在违约行为？哪方应承担违约责任？2、工程保证金是否应予退还？3、百合谷公司是否应承担停工损失85385元？4、三建公司是否应向百合谷公司支付100万元违约金、100万元修复费用以及赔偿直接损失1361920元？针对上述争议焦点问题，本院分别评述如下
关于百合谷公司、三建公司哪方存在违约行为、哪方应承担违约责任的问题。《建设工程施工合同》约定：百合谷公司应于开工前办理施工许可证及其他开工所需证件、批件。该工程所有的合法手续由百合谷公司负责，如因此给三建公司造成的损失由百合谷公司负责。工程达到三层后百合谷公司支付总工程款的30%。百合谷公司不按合同约定支付工程款（进度款），双方又未达成延期付款协议，导致施工无法进行，三建公司停止施工，由百合谷公司承担违约责任。经百合谷公司同意，三建公司有权将部分工程分包给其他有资质的施工单位。但是，三建公司停工时，百合谷公司仍未办理施工许可证，也未按约支付工程进度款。同时，三建公司在未经百合谷公司同意的情况下，将全部工程肢解后分包给不具备施工资质的案外人欧阳宗科及冯宝珠，而且所做部分工程经鉴定确有质量问题，故百合谷公司、三建公司均存在违约行为，均应承担相应的违约责任。
关于百合谷公司是否应承担三建公司停工损失85385元、三建公司是否应向百合谷公司支付100万元违约金并赔偿直接损失1361920元的问题。如上，三建公司存在违约行为，其停工损失85385元应自行承担。百合谷公司也存在违约行为，其无权请求三建公司支付违约金，因工程停工造成的实际损失也应自行承担。
关于百合谷公司是否应向三建公司退还工程保证金的问题。虽然百合谷公司与三建公司未协议解除双方之间的《建设工程施工合同》，但是，本案诉争工程自2010年9月14日停工后未再施工，已成烂尾工程，百合谷公司、三建公司、实际施工人就已施工工程部分的工程款支付、质量争议等问题诉至法院，并经法院生效裁判所确定。该《建设工程施工合同》事实上已不能继续履行。原审判决百合谷公司向三建公司退还工程保证金有事实依据，予以维持。
关于三建公司是否应向百合谷公司支付100万元修复费用的问题。百合谷公司主张的本案工程4#楼修复费用100万元，因本院（2013）赣民一终字第37号民事判决对此已经做出处理，百合谷公司再次提出该主张有违民事诉讼“一事不再理”原则，故原审法院对百合谷公司该主张不予支持并无不当。
综上，原审判决认定事实部分有误，应予纠正。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（一）项、第（二）项之规定，判决如下：
一、维持江西省九江市中级人民法院（2014）九中民一初字第4号民事判决第二项、第三项；
二、变更江西省九江市中级人民法院（2014）九中民一初字第4号民事判决第一项为：永修县百合谷箱包实业有限公司于本判决生效后10日内给付九江市第三建筑工程公司965000元。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审案件受理费按一审判决执行。二审案件受理费42098.44元，由永修县百合谷箱包实业有限公司承担40000元，九江市第三建筑工程公司承担2098.44元。
本判决为终审判决。
审 判 长 胡国运
代理审判员 肖童亮
代理审判员 吴 狄
二〇一五年十一月十三日
书 记 员 张 英