安徽省蚌埠市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2013）蚌民一初字第00005号
原告：蚌埠市永艳染料化工有限责任公司，住所地安徽省蚌埠市胜利路东段（长淮卫镇朝阳村），组织机构代码14989943-X。
法定代表人：邱勇，该公司董事长。
委托代理人：吴建农，安徽治邦律师事务所律师。
委托代理人：周文，安徽治邦律师事务所律师。
被告：南通海洲建设集团有限公司，住所地江苏省南通市海安县城宁海中路1号。
法定代表人：刘长明，该公司董事长。
委托代理人：赵明忠，该公司项目经理。
委托代理人：范建军，江苏钻石律师事务所律师。
原告蚌埠市永艳染料化工有限责任公司（以下简称蚌埠永艳公司）因与被告南通海洲建设集团有限公司（以下简称南通海洲公司）建设工程施工合同纠纷一案，于2012年12月24日向本院起诉。本院受理后，依法组成合议庭，于2013年2月19日公开开庭审理了本案。原告蚌埠永艳公司的委托代理人吴建农、周文，被告南通海洲公司的委托代理人赵明忠、范建军到庭参加诉讼。庭审后，原告于2013年2月22日提交鉴定申请，本院依法委托的鉴定机构作出鉴定意见后，于2013年12月19日第二次公开开庭审理了本案。原告蚌埠永艳公司的委托代理人吴建农、周文，被告南通海洲公司的委托代理人赵明忠到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告诉称：2008年5月31日，原、被告通过议标的形式签订了《建设工程施工合同》，原告将其开发建设的位于蚌埠市胜利东路北侧朝阳村境内的仓储、研发中心1-6号厂房发包给被告施工。合同总造价980万元。2008年6月，因钢材价格急剧变化，双方又签订了《建设工程施工合同补充协议》，确认：合同总造价变更为856万元，工期为180天。同年11月29日，又因建筑钢材市场价格变化，双方再次签订《〈建设工程施工合同补充协议书〉的补充协议》，约定：整个工程的总承包价随建筑钢材价格的上下浮动而浮动，并约定了钢材价格的确认依据和工程总造价的确认方法。
合同签订后，被告于2008年9月18日进场施工。2009年1月14日完成1-6号厂房的基础工程，5-6号厂房主体框架齐。2009年1月20日被告停工，后经原告多次催告，至同年3月12日方开始复工，但施工进度缓慢。在原告强烈要求下，被告承诺于6月底前竣工。同年7月2日召开工地例会，被告又承诺7月底前保证完工。当月底，被告无法兑现承诺，为此原、被告及监理三方召开协调会并形成《会议纪要》，约定：由于被告资金不足，建设主料由原告采购供应；被告承诺于2009年8月15日前1-2号厂房竣工交付使用，3-6号厂房应在2009年8月30日前具备初验条件，如不能按时完成，2009年8月31日前拖延工期的，每天支付违约金3000元，从同年9月1日起，每天加罚5000元违约金。原告按《会议纪要》的约定按时采购、供应了工程所需的材料，但被告直到2009年12月地坪、内外墙涂料、水电安装、消防等工程尚未动工，拖至2010年6月，工程仍未完工。经原告发律师函催告，被告直至2011年才基本完工，同年4月29日组织竣工验收，因工程存在诸多问题，未能通过验收。验收中提出的整改问题一直没有解决。2011年9月9日，蚌埠市建筑管理局给被告下达文件，责成其对工程存在的问题进行整改，但至今仍未解决。为减少损失，原告于2011年8月底开始使用厂房。
通过原告委托的工程造价师事务所咨询，本工程造价为5272167元（扣除甲供材及被告未施工或取消施工项目的部分）。截止2012年3月14日，原告已付工程款6679585元，由于被告采取中途停工、逢年过节封堵原告办公室等手段，迫使原告多付工程款1407418元。
被告拖延工期近两年的时间，使原告投资建设的厂房长期不能使用，整个工厂因搬迁没有生产场所被迫停产，市场丢失，造成了巨大经济损失。为维护原告合法权益，请求依法判令：1、被告返还多支付的工程款1407418元、借款利息36.6万元、支付工程延期竣工违约金301万元，合计4783418元。2、被告出具全额工程款发票，否则按工程总造价的3.413%承担税金。3、被告继续履行合同，完成整改项目，办理竣工验收。4、被告负担本案诉讼费用。
被告南通海洲公司在庭审中辩称：1、案涉工程至今没有结算，故不存在原告多支付工程款问题。2、原告未按双方约定履行，被告归于无奈而向其借款，该借款是预支的工程款。3、工程逾期交付责任在于原告，原告未经招投标，由于赵明忠没有资质挂靠被告方，双方之间的建设工程施工合同无效。4、出具发票是法定义务，原告按照约定给付工程款，被告同意出具发票。5、案涉工程并不存在质量问题。请求法院依法驳回原告的诉讼请求。
原告为证实其诉讼主张，在举证期间内向本院提交如下证据：
第一组：营业执照、组织机构代码证。证明原告主体资格。
第二组：土地使用权证〔蚌国用（出让）第07163号〕、建设工程规划许可证〔房建字（2007）第063号〕、建筑工程施工许可证。证明案涉项目经合法审批及批准开工时间。
第三组：被告授权委托书、任命书、《联系函》、《关于杨传军等同志任职的通知》、被告投标文件、《建设工程施工合同》及《建设工程施工合同补充协议书》、被告出具的《投标预算书》、《〈建设工程施工合同补充协议书〉的补充协议》。证明：建设工程施工合同的签订及变更；被告的现场负责人等。
被告对上述第一、二、三组证据无异议，本院予以确认。
第四组：1、工程款进度支付申请表。2、1-6号楼设计变更、图纸会审纪要、施工过程中变更、取消的施工项目表。3、2009年3月12日原告致被告的函。4、2009年4月29日被告出具的工期安排表、2009年7月2日《工地例会记录》及《工期安排表》。5、原被告及监理于2009年7月30日签订的《会议纪要》。6、2010年6月28日和7月24日律师函。7、2011年4月29日工程竣工验收签到表、《竣工验收整改通知书》、《质量现场跟踪检查报告》、蚌埠市建管局向被告下达的文件（建管质[2011]210号）。证明：合同的履行、工程变更、项目取消及逾期竣工等事实。
被告的质证意见：对该组证据1、2、4、7无异议。被告之后进行了保修；该组证据3未收到；对该组证据5的真实性没有异议，但对该会议纪要的第三项违约条款有异议，双方未约定，系笔误，应付和已付工程款金额不属实，已付款没有550万元，只有510万元，当时被告迫于无奈签的字；该组证据6的2010年6月28日律师函收到并已给予了回复，后一份律师函未收到。
本院认证意见：对被告无异议的证据本院予以认定；对该组证据3及证据6中2010年7月24日律师函，原告未能举证证实被告确已收到，对此本院不予认定。
第五组：钢材采购的价格清单及价格确认材料、原告供应的材料清单及证明材料。证明：采购钢材价格及数量、原告供应的建材及取消的项目和原告自己所作项目。
被告质证认为有其签字的予以认可。
本院对该组证据予以认定。
第六组：被告施工的工程造价表。证明：原告方核算的工程造价为5272167元（含钢构）。
被告质证认为：对总承包价无异议，对于原告单方计算的工程价款不认可。
本院认证意见：因被告对此不予认可，且原告已申请对工程造价进行鉴定，故本案应以鉴定意见为准。
第七组：原告付款清单（包括附件33份，并含注明为借款的19笔款项）及证明材料。证明：已付工程款6679585元（其中附件33中合计的203850元未计入）。本案第二次庭审中，原告陈述已付被告工程款为6185585元，也即扣除了2009年1月14日160万元中的10万元、2009年4月7日的13.4万元、2009年10月22日的13万元、2009年11月2日的13万元，共计49.4万元（系原告通过被告支付给第三人的款项）。尚欠被告342908元（即鉴定意见中的工程造价6528493万元-
已付工程款6185585万元）。同时，尚欠被告的款额中应扣除5%的工程质保金即6528493元×5%=326424元及被告应承担的税金即6528493元×3.413%（鉴定意见确定的税率）=222817元，原告超额付款206334元。
被告质证意见：清单所列的借款系预支的工程款而不是借款；附件4的160万元应减去清场费23.4万元；附件14真实性无异议，但不应放在应支付给被告的工程款里；被告实际收到的工程款是6137576元。
第八组：被告借款数额及利息计算表。
被告质证认为：利率偏高，在付工程款时已经扣除，不应该支付利息。
本院对上述第七、八组证据结合其他相关证据于后评析。
经原告申请，本院委托安徽华宇会计师事务所对案涉工程造价进行鉴定。该所于2013年10月14日作出《关于蚌埠市永艳染料化工有限责任公司1-6号厂房建设工程合同纠纷造价鉴定意见书》（安徽华宇【2013】造价鉴字第001号），鉴定意见为：工程造价合计为6528493元。
原告对该鉴定意见无异议。
被告对该鉴定意见持有异议：1、双方的结算应以备案的《建设工程施工合同》为依据，而鉴定书却将两份补充协议作为鉴定的依据，存在重大缺陷。应以备案的《建设工程施工合同》中约定的980万元作为鉴定依据。2、将商品混凝土按自搅拌混凝土计算缺乏法律依据。3、鉴定书中存在多处计算错误。被告并于2013年12月25日向本院申请进行补充鉴定。
庭审中经本院释明，限被告于庭审后三日内提交补充鉴定申请书，逾期提交视为放弃。因被告在该期限内未向本院提交补充鉴定申请，同时被告亦无相反证据足以推翻鉴定结论，本院对该鉴定意见予以认定。
被告为证实其抗辩主张成立，在举证期限内向本院提交如下证据：
第一组：招标文件、工程中标通知书。
原告无异议，本院予以认定。
第二组：《建设工程施工合同》、《建设工程施工合同补充协议书》、《〈建设工程施工合同补充协议书〉的补充协议》（同原告所举第三组证据）。
原告对其真实性无异议，并陈述未约定违约责任。
本院对该组证据予以认定。
第三组：进场施工通知书、图纸会审纪要、工程开工会、委托对原告1-3#前期施工进行评估报告、委托基槽检验书、调查报告及处理方案、1-3#仓库前期施工基槽检验说明、水文设计院对1-3#前期施工基槽检验说明、关于《建筑工程质量整改通知单》的回复、施工现场交接及处理协议、王强的承诺书。证明工期顺延的原因。
原告对该组证据的真实性无异议，对其证明目的有异议，2009年1月14日被告是正常施工的。
本院对该组证据的真实性予以认定。
第四组：工作联系单、设计变更（墙体）、工作联系单（墙体）。
原告质证意见：未收到联系单；对变更文件的真实性有异议，应以原告的变更文件为准。
本院认证意见：因原告申请对工程价款进行鉴定，其中包括对工程量的确认，故应以鉴定意见为依据。
第五组：专题会议纪要。证明相关主材由原告提供。
原告对其真实性无异议，但认为达不到其证明目的。
本院对该组证据的真实性予以认定。
第六组：1、竣工验收消防备案表。2、关于工程竣工验收及保修期限计算情况的说明。3、关于请求组织工程竣工验收的报告。证明2009年工程已完工，仅存在保修问题，不存在未完工情形。
原告对该组证据1无异议；对该组其他证据有异议，认为情况说明仅是对保修期的约定，且不符合法律规定。双方没有进行竣工验收，亦未取得工程竣工验收合格证。
本院对该组证据的真实性予以认定。
第七组：1、主体结构分部质量验收记录表。2、工程决算书。3、监理单位出具的质量问题说明。证明工程已经完工。
原告对该组证据1真实性、合法性不予认可，认为缺少建设单位的盖章认可，不具法律效力；对该组证据2不予认可；对该组证据3的真实性无异议，但认为不能达到被告的证明目的。
本院认证意见：原告对该组证据1的异议理由成立；因原告已申请对案涉工程造价进行鉴定，且该组证据2系被告单方编制，原告亦不予认可，故本院不予认定；对该组证据3的真实性予以认定。
第八组：协议（复印件）。证明挂靠关系。
被告认为系复印件，对其真实性不予认可，且认为与本案无关联性。
本院认证意见：该协议为复印件，无法与原件核对，故不予认定。
综合当事人举证、质证意见及陈述，本院确认如下事实：
2008年5月31日，原、被告签订《建设工程施工合同》。主要内容：发包人蚌埠永艳公司，承包人南通海洲公司；工程名称为蚌埠永艳公司仓储、研发中心1-6#，工程内容为图纸所列土建、钢构、门窗、彩钢瓦、水电安装、装饰等（包括图纸变更内容及九台设备基础图纸内容）；开、竣工日期分别为2008年6月（以开工令为准）、2008年12月，工期总日历天数180天；合同价款980万元，采用固定价格合同，双方约定合同价款的其他调整因素为如遇重大调整双方协商；工程款（进度款）支付的方式和时间为基础施工完毕并验收合格后付工程中标价的20%，主体框架验收合格付40%，屋面施工完毕付20%，决算结束后付至工程中标价的95%，留5%的保修金；竣工验收与结算执行通用条款及发包方的《招标文件》有关内容，具体为全部竣工验收后决算结束，资料交接完毕，发票齐全后，付至工程中标价的95%,留工程中标价的5%作为保修金。保修期满后，如无质量问题一次性付清等内容。该合同于2008年8月20日在蚌埠市建筑管理局登记备案。
2008年6月6日，双方签订《建设工程施工合同补充协议书》（以下简称补充协议一），主要约定：实际工程总承包价格中标价为856万元；每次工程款可分期给付。具体方式为每两栋基础验收合格后付工程中标价20%的三分之一，每两栋主体注浇齐时付40%的三分之一，每两栋屋面施工完毕时付20%的三分之一；乙方（承包方）结付首批工程款时扣减50万元作为履约保证金；本协议内容与合同文本有冲突的地方，执行本协议；考虑乙方中标时钢材价格变化较大的原因，经双方商定本工程中承包价格的适用基础为建筑钢材价格在5600±5%范围以内、超出此范围以外按建筑钢材实际价格双方协商调整等。
2008年9月18日，被告进场，同年10月16日正式开工建设。被告实际施工中不包括钢结构工程的施工内容。
2008年11月13日，原告致蚌埠市规划设计研究院、蚌埠市建苑建设工程监理咨询有限责任公司《委托对永艳公司仓储研发中心1#、2#、3#前期施工进行评估报告》，载明：原1#、2#、3#仓库工程由原蚌埠市建工集团施工。后该公司对工程进行了重新招标，由南通海洲建设集团有限公司中标。
2008年11月18日，原告致蚌埠市建筑工程质量监督站《关于建筑工程质量整改通知单的回复》，主要内容：经现场实际检验，针对原施工单位存在的问题，做如下整改方案：1、由新施工单位清除原蚌埠建工集团施工的1#2#3#基础的部分工作量全部内容。2、由新施工单位按照土质要求重新放线、重新施工。3、原有的1#2#基础中的钢筋、模板等一律不再使用。4、按照地质、设计要求将基槽挖至设计标高，请地质勘察部门先行确定土质情况，然后按照土质要求挖至合理深度，再组织五方单位进行地槽验收，验收合格后再进行下道工序。
2008年11月25日，5-6#仓库工程基础完工并经验收合格；2009年1月14日，1-6#仓库基础工程完工并经验收合格，5-6#仓库主体框架齐。2009年1月、4月、7月施工过程中，应原告及规划设计单位要求，对部分施工内容作了设计变更。施工中亦取消了部分施工内容。
2008年11月29日，双方又签订一份《〈建设工程施工合同补充协议书〉的补充协议》，主要内容：自2008年9月开始，建筑钢材及其他建筑材料价格急剧下降，且下降幅度较大，在本工程开工2008年10月16日，建筑钢材价格在3300元-3600元/吨。根据补充协议一中的约定，双方需要重新协商调整承包价格，经协商达成以下协议。建筑钢材价格按照实际购进的建筑钢材价格、数量计算出平均价格作为确定依据；总承包价格确认方法为本工程总承包价格=856-[（5600-建筑钢材平均价格）×500]万元；除总包价格外，双方已签订的合同及补充协议的其他条款继续生效；本协议作为工程合同及补充协议的附件等。
2009年7月2日，施工方召集各班组负责人召开工地例会，强调甲方（原告）对工期要求非常紧，对工期提出要求，并派员协调排出具体计划。要求抓紧施工和整改，保质保量完成工程。
2009年7月30日，原告（甲方）、被告（乙方）及监理方召开会议，形成《蚌埠市永艳染料化工有限责任公司仓储、研发中心工程施工过程中出现的问题如何解决专题会议纪要》，主要内容：施工现场存在的问题：目前，甲方按照合同约定已超额付给乙方工程进度款（应付450万元，现已付550万元），乙方由于缺少承包该工程所需的最起码自有资金导致该工程无法继续施工，直至目前，该工程竣工已拖延了3个多月仍然有以下项目因缺少资金无法进行施工，1、水电、消防安装施工工程。2、内外墙墙体涂料的施工工程。3、室内地坪、散水坡的施工工程。4、部分门窗工程；工期要求：2009年8月15日前，1、2#厂房全部竣工并交付使用。其余工程应在2009年8月30日前具备初验条件（因甲供主材、阴雨天气等无法施工原因影响经三方签证后工期顺延）。如乙方不能按时完成，甲方对乙方除按照原合同要求进行处罚（3000元/天）外，自9月1日起另行追加罚款5000元/天；甲方给予乙方的资金帮助及要求：为保障乙方正常施工甲方在此期间可以适当借给乙方部分生活费，此借款乙方须按照3%/月的利率付给甲方利息，自借款之日起计息。此借款本息从工程后续应付款中扣除；本会议纪要作为《建设工程施工合同》的附件等。
案涉工程于2009年12月完工，《建设工程竣工验收消防备案表》载明备案时间是2009年12月9日。
原告与安徽华星金属结构工程有限公司（乙方）签订《夹芯板推拉门工程施工承包合同》，由乙方制作安装案涉工程夹芯板推拉门制作安装工程、包工包料，工期自2009年11月28日至同年12月18日。
2010年2月20日，原告作为发包人将案涉工程厂区内砼道路、车间前道路、大门前行车桥梁及下水管网道路工程等发包给乔术雨施工，约定工期60天（2010年2月18日-4月28日的日历天数）。
2010年6月28日，原告向被告发出律师函，催促被告接函后一周内按照合同要求完成余下的工程施工，按合同约定的标准进行竣工验收，按照合同及附件的约定结算工程款。
2010年10月20日，被告致原告《关于请求组织工程竣工验收的报告》：由贵单位建设、我单位承建的案涉工程经过双方共同努力，于2009年12月竣工。竣工后，贵单位组织消防道路建设及市政用水接驳施工，消防未能及时验收，而在此期间，我单位根据贵单位要求及提出的需要整改问题及贵单位指定分包部分还需要整改的工作已整改完毕，贵公司已于2010年8月中旬组织了消防验收。现特具此报告，恳请尽快组织工程竣工验收。
落款日期为2011年1月25日、由原告法定代表人邱勇及被告项目部工作人员苏纯、赵明忠签名的《关于蚌埠市永艳染料化工有限责任公司仓储、研发中心工程竣工验收及保修期限计算情况的说明》载明：案涉工程完工后，发现墙体、窗沿等许多地方出现渗漏水现象，施工方组织了整改，但整改后在2010年8月份下大雨时发现，渗漏情况依然存在，甚至更厉害。施工方随后又组织了整改，但整改后一直未下雨，没有经过检验。以后下雨是否渗漏无法判断，以致竣工验收不能进行。现经建设方、施工方协商，现不组织工程竣工验收，但原双方签订的施工合同中的质保期开始日从2011年1月26日起算。
2011年4月29日，在案涉工程现场各相关单位参与组织了对案涉工程的竣工验收。同日，蚌埠市建筑工程质量监督站出具《竣工验收整改通知书》，载明验收中存在和发现的主要问题及整改意见。存在的问题：1、该项目工程墙体、屋面及屋面檐口多处出现渗漏。2、外窗根部有渗漏点，外墙局部有开裂现象。3、外墙涂料局部部位有裂纹。4、外窗玻璃胶有脱落现象。5、地坪局部部位有开裂现象。6、电气钢管连接采用软管，且未做接地跨接。整改意见：以上问题施工、监理单位全面调查，拿出具体的处理方案经审批后实施处理并报我站备案。以上问题调查不清楚，未按方案处理，处理资料不齐全，不予进行竣工验收。因上述原因，案涉工程未能通过竣工验收。
2011年9月9日，蚌埠市建筑管理局向被告下发《关于责成处理蚌埠市永艳染料化工有限责任公司仓储、研发中心工程质量问题的通知》（建管质[2011]210号），责成被告迅速组织人员对存在问题进行返修，否则将依照有关法律法规予以处罚。
本院另查明：本案在审理过程中，原告申请对案涉工程造价进行鉴定。本院委托的安徽华宇会计师事务所于2013年10月14日作出《关于蚌埠市永艳染料化工有限责任公司1-6号厂房建设工程合同纠纷造价鉴定意见书》（安徽华宇【2013】造价鉴字第001号），鉴定意见为：工程造价合计为6528493元。庭审中，原告陈述已付工程款6185585元，尚欠被告342908元。同时，该尚欠款额中应扣除5%的工程质保金326424元及被告应承担的税金222817元，其超额付款206334元。被告则陈述实际收到的工程款为6137576元。原告提交的已付款清单中，包含注明为借款的19笔款项。其主张的利息，系依据2009年7月31日借条、2009年9月7日借条，本金各20万元共计40万元计算得出。该两份借条均载明月息3%、本息在被告应得工程款中扣减。
庭审中，双方就被告不再出具工程款发票并由被告按工程总造价的3.413%承担税金协商一致。
原告于2011年8月底开始使用案涉工程。
本案的争议焦点：一、原告请求被告返还多支付的工程款及借款的利息是否有充分依据。二、被告应否承担延期竣工的违约责任及违约金额应如何计算。三、原告请求被告继续履行合同、完成整改项目并办理竣工验收手续能否支持。
本院认为：一、原告请求被告返还多支付的工程款及借款的利息没有充分依据。依据鉴定意见，案涉工程造价为6528493元。原告在庭审中自认已支付被告工程款6185585元，尚欠342908元，并陈述尚欠被告的款额中应扣除5%的工程质保金326424元及被告应承担的税金222817元，其已超额付款206334元。因原告在其第2项诉讼请求中，已要求被告承担工程总造价3.413%的税金，而在其要求返还多支付工程款的数额计算中，又将该税金作为其已支付的工程款，系重复计算。故原告自认尚欠被告工程款342908元，即使应扣除约定的5%质保金即326424元，仍未足额付款。原告要求返还多支付工程款的诉讼请求，缺乏依据，本院不予支持。
原告所提交的工程款支付情况清单中，将被告的借款纳入了其已支付工程款的总额中。如果系借款而非预支的工程款，则原告付款总额即应相应扣减上述借款，已支付的工程款额又与原告的上述陈述不相吻合。故清单中载明的借款部分，应认定为工程施工过程中被告预支工程款。且被告出具的借条和2009年7月30日会议纪要中明确了本息在应得工程款中扣减，故即便确为借款，其利息应已在支付工程款时扣除，被告该项辩解理由成立。对于原告要求被告支付借款利息36.6万元的诉讼请求，本院亦不予支持。
因双方已就被告不再出具工程款发票并由被告承担税金协商一致，故对原告要求被告按工程总造价的3.413%承担税金的诉讼请求，本院予以支持。
二、被告应否承担延期竣工的违约责任及违约金额应如何计算。案涉工程于2009年12月初完工。施工过程中，应原告及规划设计单位要求，对部分施工内容作了设计变更，且前期又对原施工单位所作的工程进行了整改。故双方合同虽然约定了180天的工期，但因出现工程量的变更，致使未能如期完工，此期间不应视为被告延期竣工。但2009年7月30日，原、被告及监理方召开会议形成会议纪要，对工期作出要求即“2009年8月15日前，1、2#厂房全部竣工并交付使用；其余工程应在2009年8月30日前具备初验条件。”应认定为原、被告对原工期协商一致予以变更，被告应在该会议纪要商定的期间内即至迟在2009年8月15日前完工。而被告完工的时间是2009年12月初，并未如期完工，亦未能举出充分证据证实存在顺延工期的法定或约定情形，故应承担相应逾期竣工的违约责任。
该会议纪要载明了“如乙方不能按时完成，甲方对乙方除按照原合同要求进行处罚（3000元/天）外，自9月1日起另行追加罚款5000元/天”。经审查，原告要求的2009年9月1日之后的违约金按照8000元（即3000元+5000元）/天计算，约定过高，且被告亦对违约金过高提出异议，故本院酌定按双方约定的每日3000元，自2009年8月16日起计算至2009年11月30日工程竣工时止。因工程已于2009年12月初竣工，故原告要求被告支付至2011年8月31日止的延期竣工违约金的诉讼请求，缺乏相关依据，本院不予支持。
三、原告请求被告继续履行合同、完成整改项目并办理竣工验收手续能否支持。双方签订的建设工程施工合同系出于真实意思表示，且不违反法律规定，应为合法有效。各方均应按照约定履行其义务。根据查明的事实，案涉工程完工后出现质量问题，经整改仍未达到合格标准，导致未能通过竣工验收，被告应依法承担施工质量不符合约定的违约责任。但是，依据《最高人民法院〈关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释〉》第十三条的规定：建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，不予支持；但是承包人应当在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。原告在明知工程存在需整改的质量问题，且未能通过竣工验收合格的情况下，于2011年8月底接收使用该工程至今，应视为其对工程质量的认可或者虽然质量不合格而其自愿承担质量责任。故原告要求被告继续履行合同、完成整改项目并办理竣工验收手续的诉讼请求，本院依法不予支持。
综上，依照《中华人民共和国建筑法》第六十一条、《中华人民共和国合同法》第八条、第一百零七条、第一百一十四条、第二百八十一条及《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国合同法〉若干问题的解释（二）》第二十七条、第二十九条第一款、《最高人民法院〈关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释〉》第十三条的规定，判决如下：
一、被告南通海洲建设集团有限公司于本判决生效之日起十日内，给付原告蚌埠市永艳染料化工有限责任公司延期竣工违约金321000元（自2009年8月16日起按每日3000元计算至2009年11月30日止共计107天）；
二、被告南通海洲建设集团有限公司按本案工程总造价6528493元的3.413%承担税金即222817元；
三、驳回原告蚌埠市永艳染料化工有限责任公司的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费45067元，由原告蚌埠市永艳染料化工有限责任公司负担40000元（已交纳），被告南通海洲建设集团有限公司负担5067元（于本判决生效之日起七日内交纳）；鉴定费150000元，由原告蚌埠市永艳染料化工有限责任公司负担100000元，被告南通海洲建设集团有限公司负担50000元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于安徽省高级人民法院。
审 判 长 王国强
审 判 员 潘伟荣
代理审判员 陈二伟
二〇一四年二月十一日
书 记 员 胡 敏
附：相关法律、司法解释条文
《中华人民共和国建筑法》第六十一条交付竣工验收的建筑工程，必须符合规定的建筑工程质量标准，有完整的工程技术经济资料和经签署的工程保修书，并具备国家规定的其他竣工条件。
建筑工程竣工经验收合格后，方可交付使用；未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。
《中华人民共和国合同法》第八条依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。
依法成立的合同，受法律保护。
第一百零七条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
第一百一十四条当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
第二百八十一条因施工人的原因致使建设工程质量不符合约定的，发包人有权要求施工人在合理期限内无偿修理或者返工、改建。经过修理或者返工、改建后，造成逾期交付的，施工人应当承担违约责任。
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国合同法〉若干问题的解释（二）》第二十七条当事人通过反诉或者抗辩的方式，请求人民法院依照合同法第一百一十四条第二款的规定调整违约金的，人民法院应予支持。
第二十九条第一款当事人主张约定的违约金过高请求予以适当减少的，人民法院应当以实际损失为基础，兼顾合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等综合因素，根据公平原则和诚实信用原则予以衡量，并作出裁决。
《最高人民法院〈关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释〉》第十三条建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，不予支持；但是承包人应当在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。