湖北省十堰市中级人民法院
行 政 判 决 书
（2015）鄂十堰中行初字第00011号
原告刘功政（曾用名刘公正）。
委托代理人霍喜莲，湖北孔优旺律师事务所律师。代理权限：特别授权。
被告郧阳区人民政府（原郧县人民政府）。住所地，湖北省郧县城关镇金沙路2路。
法定代表人孙道军，该县县长。
委托代理人许峰，该区人民政府法制办公室主任。代理权限：特别授权。
原告刘功政（以下简称原告）不服被告郧阳区人民政府（以下简称被告）于2015年2月5日作出的公告废止土地权利人为刘功政的（1999）第16190195号土地使用权，于2014年9月6日向本院提起行政诉讼。本院于2015年9月11日立案后，于2015年9月14日向被告送达了起诉状副本及应诉通知书。本院依法组成由审判员宋志彪担任审判长并主审，审判员郭霞、审判员井家坤参加的合议庭，于2015年12月14日公开开庭审理了本案。刘功政的委托代理人霍喜莲，郧阳区人民政府的委托代理人许峰到庭参加了诉讼。因本案案情复杂，经批准后延长了审理期限。本案现已审理终结。
被告依据土地所有权人的申请和《土地登记办法》第五十八条第一款之规定，鉴于当事人在规定期限内未到国土部门申请办理土地使用更正或注销登记手续并交回原土地权利证书，批准决定于2015年2月5日公告废止刘功政于1999年11月23日取得的位于现郧阳区茶店镇茶店村四组（原证为七组）处《集体土地使用证》（即原茶店镇社会福利加工厂用地，证书编号“（1999）第16190195号”，用途为企业用地，面积696.3平方米）。
原告刘功政诉称，其于1996年经过工商登记注册成立郧县茶店福利加工厂，该工厂位于郧县茶店镇茶店村七组（原四组雷家沟口），1999年11月25日取得了该宗土地的使用权证，土地使用权证号为郧县集用（1999）第16190195号《集体土地使用权证》。2012年2月，该宗土地上的房屋被无故拆毁。2012年4月12日其向十堰市人民政府提起行政复议，2012年9月19日，十堰市人民政府作出十行复告字（2012）3号行政复议告知书，告知原告直接到郧县有关部门办理土地登记手续。2013年12月25日，经被告决定公告废止了原告位于郧阳区茶店镇茶店村四组处《集体土地使用权证》，原告不服提起行政复议，十堰市人民政府维持了被告的行政行为，原告仍不服提起诉讼。2015年5月15日，十堰市中级人民法院的终审判决查明被告又重新于2015年2月5日将原告的郧县集用（1999）第16190195号土地使用证予以公告废止。原告认为被告先将涉案土地性质改变并转让给第三人，后再撤销原告涉案土地证的行为程序上严重违法，请求撤销被告的公告废止行为。原告为支持其诉讼请求，向本院提交了以下证据：
证据1.公证书，拟证明代理人霍喜莲的代理资格。
证据2.郧县茶店镇福利加工厂营业执照和房产证。拟证明原告自1996年就有私自的加工厂，1999年就对涉案土地上的厂房办理了房产证。
被告辩称，1987年1月10日，原茶店镇茶店村在本村四组雷家沟口建茶店镇双扶食用菌厂，单位性质登记为集体，土地用途为建厂，占地面积468.1平方米，建筑面积200.6平方米，被征用土地面积0.7亩，被征土地权属为集体。1999年11月18日，茶店镇双扶食用菌厂更名为茶店镇社会福利加工厂，并到县土地局申请土地使用权变更登记，土地用途为企业，权属性质为集体，单位性质为农业，使用类型为划拨，土地使用权人直接登记为刘功政，并实际丈量土地使用面积，其中，占地面积为696.3平方米，建筑面积为197.4平方米。2004年10月17日，该宗土地使用权人刘功政与城关镇菜园村的王强签订“土地过户协议书”，将该宗地及地上房屋以过户为名卖给王强。2004年10月17日，王强持有其与刘功政签订的土地过户协议书和身份证等证件向原郧县国土资源局申请土地使用权变更登记。同年12月30日，被告批准同意变更登记，将土地使用权登记为郧县国用（2005）16190195号，土地权属登记为国有，使用类型为划拨。随后，王强又将该宗土地上的房屋卖予茶店镇的何先平，何先平又转卖予王先珍，这两次转让均没办理相关产权变更登记手续。王先珍将该宗地上附着物拆除。2012年刘功政提请行政复议，十堰市人民政府认为将集体土地变更登记为国有土地程序不合法，2012年9月14日，被告根据十堰市人民政府《行政复议告知书》（十行复告字（2012）1号）公告废止给王强颁发的郧县国用（2005）16190195号。2013年10月28日，茶店镇茶店村民委员会以诉争土地为集体所有、地上附着物已经拆除、土地闲置为由向原郧县国土资源局申请，要求依法收回该宗土地集体土地使用权。2013年11月7日，原郧县国土资源局向被告请示，11月9日，被告批准同意茶店村委会收回该宗地的集体使用权。2014年5月5日，被告根据统一规划，将该宗土地及周边地块征为国有，并以出让方式为王先珍颁发（2014）出字第09号《土地使用权证》，因2013年12月27日作出的公告废止刘功政的郧县集用（1999）第16190195号土地使用证适用法律错误，重新适用《土地登记办法》第五十八条的规定于2015年2月25日重新作出公告废止刘功政的郧县集用（1999）第16190195号土地使用证。该行为并无不当，请求人民法院不予支持原告的诉讼请求。
郧阳区人民政府于2015年9月25日向本案提供了以下据以作出被诉行政行为的证据：
第一组：证据1、1987年颁发的《土地使用证》；证据2、1999年11月，郧县茶店镇社会福利加工厂提交的名称变更登记申请。拟证明郧县茶店镇社会福利加工厂提出申请要求将1987年颁发的《土地使用证》土地使用权人由郧县茶店镇双扶食用菌厂更名为郧县茶店镇社会福利加工厂。
第二组：证据3、1999年11月《土地登记申请书、审批表》、《宗地面积量算记录表》、《土地登记卡》、《土地归户卡》。拟证明1999年11月25日将位于郧县茶店镇茶店村七组（原四组雷家沟口）集体土地使用权人本应登记在茶店镇社会福利加工厂名下却登记在刘功政个人名下。
第三组：证据4、2013年10月28日《申请书》。拟证明郧县茶店镇茶店村民委员会向郧县国土资源局提交申请要求收回位于郧县茶店镇茶店村七组土地（原四组雷家沟口）使用权；证据5、2014年8月13日，郧县国土资源局向被告提交的《关于更正集体土地使用权的请示》；证据6、2015年2月5日，经被告批准决定，在十堰日报作出了《土地权利证书废止公告》。以上证据拟证明被告作出的废止刘功政的土地使用权程序合法。
第四组：证据7、关于注销王强《国有土地使用权》的请示》（郧土资发（2012）29号）；证据8、《土地登记送达回证》；证据9、给王强发的《关于注销土地使用权证书的通知》；证据10、《郧县国土局关于废止土地权利证书的公告》；证据11、《土地使用权变更登记申请审批表》；以上证据拟证明王强在申请转移登记时未经批准将将涉案土地由集体土地变更为国有土地，被告依法予以注销该转移登记行为。
第五组，证据12、王先珍申请建设用地审批呈报表；证据11、王先珍办证《申请书》；证据13、郧县国土资源局《关于处理建设用地历史遗留有关问题的会议纪要》；证据14、《王先珍的建设用地批准书》；证据15、《地籍调查表》；证据16、《证明》、《收据》。以上证据拟证明原郧县政府依法将涉案土地出让给王先珍。
第六组，证据17、（2015）鄂十堰中行终字第00013号行政判决书；证据18、（2014）鄂张湾行初字第00012号行政判决书，证据19、十行复决字（2014）4号行政复议决定书，拟证明刘功证提起本案诉讼已经超过起诉期限。
原告对被告提供的证据发表如下质证意见：对第一组证据的证据1-2的真实性无异议，对证明目的有异议。相反能够证明原告将集体企业改制为个体工商户后，对相应的土地使用权进行了变更，该变更行为经过了茶店镇人民政府的同意。对第二组下的证据均无异议，能够证明刘功政在1999年取得涉案土地的使用权办证程序合法。对第三组证据真实性无异议，但不能证明其行政合法。对第四组证据7-11，认为这组证据与本案行政行为无关联，其注销王强土地使用权证属于被告自动纠错行为。对第五组名下的证据认为不具有合法性、关联性，其已经对政府将涉案土地出让给王先珍的行为提起行政诉讼，相反能够证明被告先将涉案土地登记在王先珍名下，再废止原告的土地使用权证，违反了先废止原土地使用权证后办理新的土地使用权的程序规定。对第六组证据的真实性无异议，但不能证明本案诉讼已超过起诉期限。
被告对原告的证据发表如下质证意见：对原告证据1真实性无异议，但代理行为只能代理诉讼，没有代理办理土地登记的权限。对原告证据2真实性无异议，但1999年刘功政申请的是名称变更，政府错误的将集体土地使用权登记在个人名下。
本院对双方当事人的证据作如下认定：被告提供的第一组和第二组项下的证据真实可靠，与本案具有关联性，证据形式符合法律规定，可以证明1987年郧县茶店镇双扶食用菌厂取得涉案土地的集体建设用地使用权，后茶店镇双扶食用菌厂更名为茶店镇社会福利加工厂，茶店镇社会福利加工厂申请变更涉案土地使用权人，被告为其办理了土地使用权证的事实，但被告以此来证明被告为刘功政颁发的土地使用权证违法的依据不足。对第三组项下的证据具有真实性、合法性和关联性，本院予以采纳，能够证明茶店村委会因涉案土地闲置申请收回该宗土地的使用权，后被告批准了该申请的事实，但不能证明被告作出的废止刘功政的土地使用权程序合法。对第四组项下的证据具有真实性、合法性和关联性，能够证明被告主动撤销了为王强办理的土地使用权证的事实，但不能证明涉诉行政行为的合法性。对第五组项下的证据具有真实性，但与本案涉诉行政行为的合法性无关联性，不能作为认定涉案行政行为合法性的依据，但能够证明涉案土地现已登记在王先珍名下的事实。对第六组项下的证据具有真实性、合法性和关联性，但不能证明原告起诉超过了起诉期限。
原告提供的证据具有真实性、合法性和关联性，可以作为认定本案事实的依据。
本院依据有效的证据及生效的（2015）鄂十堰中行终字第00013号行政判决认定如下事实：
1987年1月10日，郧县国土资源局（原名郧县土地管理局）为郧县茶店镇双扶食用菌厂使用的位于郧县茶店镇茶店村七组土地颁发了《土地使用证》，证书记载内容为：土地使用单位为茶店镇双扶食用菌厂；单位性质为集体；土地用途为建厂；土地权属为集体0.7亩；被征土地总面积0.7亩；建筑面积200.6平方米。1999年11月18日，郧县茶店镇社会福利加工厂向原郧县国土资源局提出（因名称更换）书面申请，要求将上述《土地使用证》中登记的土地使用权人由郧县茶店镇双扶食用菌厂更名为郧县茶店镇社会福利加工厂（营业执照为郧服个字5-00171号，负责人为刘公正，经济性质为个体经营户）。1999年11月25日，在刘公政土地登记申请表、审批表中，郧县土地管理局茶店土地管理所初审意见记载：“该户于1986年获得《土地使用权证》，土地使用权面积为468.1㎡，其中建筑占地200.6㎡，经实量实占地696.3㎡，其中建筑占地197.2㎡，超占地228.2㎡，同意依法处理后，按实占面积登记发证”。后经被告批准同意使用集体土地696.3㎡登记发证，并为其颁发了土地使用证号为郧县集用（1999）第16190195号土地使用权证。登记内容为：用途为企业；权利人为刘公政；土地权属性质为集体；权属来源为划拨；建筑物占地面积197.4㎡。2004年10月17日，王强持有其与刘功政签订的土地过户协议书向郧县国土资源局申请土地使用权变更登记。土地过户协议书约定：甲方刘功政愿意将位于茶店村四组的福利加工厂用地过户给乙方王强（实有土地面积及四至边界详见土地使用证），双方原存债权债务关系全部终结。同年12月30日，原郧县人民政府批准同意变更登记发证，为王强颁发了郧县国用（2005）第16190195号国有土地使用权证，土地权属为国有，使用权类型为划拨，用地总面积696.3㎡，建筑占地面积197.4㎡，地址为茶店镇居委会四组。2006年9月29日，王强将该宗土地的房屋及附属机械设备以102000元的价格全部卖给何先平，但未办理房屋和土地转移登记过户手续，2011年12月14日，何先平与王先珍签订《土地使用权转让及房屋买卖协议》，约定何先平以18万元的价格将位于郧县茶店镇茶店村四组雷家沟（原茶店福利加工厂），土地使用权面积为696.3平方米，地上附着物面积为207.6平方米的房屋及土地转让给王先珍。后被告为王先珍颁发了（2011）第1619015号土地使用权证，随后王先珍将此土地上的附着物拆除。
另查明，2012年2月20日，刘功政得知上述土地上的房屋被拆除遂向郧县国土资源局查询，获知2005年原属于本人的土地使用证变成了王强，2011年又变成了王先珍。故于2012年4月12日，刘功政以不服被告颁发的（2005）第16190915号土地使用权证和（2011）第1619015号的土地使用权证为由，向十堰市人民政府提出行政复议。在复议程序中，被告审查发现，2005年12月30日，刘功政变更登记到王强名下的土地使用权证在办理过程中存在以下问题：一是办理变更登记时，原土地使用权人刘功政并未到场，也没有提供授权委托书，被告仅依据一份《土地过户协议书》复印件，就将该宗土地直接变更到王强名下，程序上存在严重瑕疵；二是在未办理征地手续的前提下，将涉案土地性质由集体土地变更为国有土地。被告于2012年9月14日依法批准废止王强取得的（2005）第16190915号土地使用权证。2012年9月19日，十堰市人民政府作出十行复告字（2012）3号行政复议告知书，告知刘功政：经查，郧国用（2011）第16190195号土地使用权证在你提出复议申请之前，已由郧县国土资源局收回，在案件办理期间，郧县国土资源局依法公告废止了（2005）第16190915号土地使用权证。请你依照相关法律规定自行到郧县有关部门办理土地登记手续。该土地上涉及的房产、合同等问题应依法采取诉讼方式寻求解决。2013年12月1日，刘功政委托律师向郧县国土资源局申请办理土地登记变更手续。2013年12月11日，郧县国土资源局向刘功政发出《土地登记申请不予受理通知书》，决定不予受理办理补发该土地证相关事宜，即不予重新登记和补发土地使用证。
2013年10月28日，郧县茶店镇茶店村民委员会向郧县国土资源局申请，认为“原茶店福利加工厂位于我村四组雷家沟口，属于村办企业，占地696.3㎡，…用地性质属于集体土地。…其中一个买受人以原土地使用证丢失为由，欺骗相关部门，将该宗集体土地办理为国有划拨土地，…后经你局依法注销该宗土地国有土地使用手续，恢复原集体土地状态，鉴于集体土地上的附着物已灭失，我村特申请依法收回该宗土地集体土地使用权”。同年11月7日，郧县国土资源局向被告报送《关于收回集体土地使用权的请示》（郧土资发（2013）128号），认为涉案土地已被依法注销国有土地使用权证，应当恢复为集体所有，按照相关法律法规的规定，其土地使用权人只能为该村（组）或者该村村民，为此茶店镇茶店村委会于2013年10月28日向我局提出收回原茶店福利加工厂（刘公（功）政集体土地使用权的申请，鉴于目前原茶店福利加工厂（刘公（功）政土地附着物已拆除，土地荒废闲置，根据《确认土地所有权和使用权若干规定》第二十三条第三款规定，建议确认该宗土地的所有权归茶店镇茶店村集体所有，由茶店村收回该宗集体建设用地使用权，依法注销原茶店福利加工厂（刘公（功）政集体建设用地使用权。时任原郧县人民政府焦县长于2013年11月19日作出“请国土局执法局和地籍股按照程序操作到位”的批示。后郧县国土资源局执法局建议不再对该宗地的土地使用者刘公政作出《收回集体土地使用权决定书》的处罚，由地籍股负责直接注销刘公政持有的《集体土地使用权证》。2013年12月4日，郧县国土资源局在十堰日报刊登《关于限期办理土地使用权注销登记的公告》，要求：刘功政在公告刊登之日15日内到郧县国土资源局办理注销土地使用权登记手续，并交回原土地使用证；若有异议，限本公告刊登之日起15日内以书面形式向本部门提出；在规定期限内不提出异议也不申请办理注销原土地权利证书手续，本部门将公告废止已颁发的土地使用权证，并直接办理注销登记。2013年12月25日，郧县国土资源局对刘功政土地注销审批登记表提出如下初审意见：“鉴于地上建筑物已拆除，土地权利已灭失，且经郧县人民政府批准决定收回刘功政于1999年11月23日位于现茶店镇四组处集体土地使用权，为此，国土局于2013年12月4日发布了《关于限期办理土地使用证注销登记的公告》，在此期间，霍喜莲代表刘功政对限期办理土地使用权注销登记提出异议，经局领导审核决定对该异议不予采纳。基于当事人在规定期限内未到国土部门办理土地使用权注销登记手续并交回原土地权利证书，经初审，建议直接办理土地使用权注销登记并公告废止刘功政已获土地使用证。被告于当日批准盖章同意郧县国土资源局直接办理土地使用权注销登记，并委托郧县国土资源局公告废止刘功政已获土地使用证。郧县国土资源局于2013年12月27日在十堰日报刊登《关于废止土地权利证书的公告》，依据土地所有权人申请和《土地登记办法》第五十四条、第五十六条规定，经被告批准，现公告废止刘功政于1999年11月23日取得的位于郧县茶店镇茶店村四组（原证为七组）处的《集体土地使用证》（原郧县茶店镇社会福利加工厂用地，证号（1999）16190195、用途为企业用地、面积696.3平方米）一本。2014年2月12日，刘功政不服被告公告废止并注销其土地使用权证的行为，向十堰市人民政府提出行政复议，2014年3月24日，十堰市人民政府作出十行复决字第（2014）4号行政复议决定，维持被告公告废止并注销郧县集用（1999）第16190195号土地使用证的具体行政行为。后刘功政依法向人民法院提起诉讼，张湾区人民法院依法作出（2014）鄂张湾行初字第00012号行政判决，刘功政不服该判决，依法向本院提起上诉，在二审过程中，被告认识到在公告废止刘功政土地使用权证时适用法律错误，自行撤销该公告废止行为，于2015年2月5日重新作出公告废止刘功政于1999年11月23日取得的郧县集用（1999）第16190195号土地使用证。2015年5月15日，本院对刘功政不服郧阳区人民政府于2013年12月27日公告废止郧县集用（1999）第16190195号土地使用证的行政行为作出终审判决，认为被告在作出该行政行为时适用法律错误，且被告主动撤销该公告废止行政行为，因原告不同意撤诉，且无撤销内容，作出依法确认该行政行为违法的（2015）鄂十堰中行终字第00013号行政判决。后刘功政对被告于2015年2月5日作出该公告废止刘功政集体土地使用权的行为不服，向十堰市人民政府申请复议，十堰市人民政府于2015年9月7日，以刘功政申请复议超过法定60日复议申请期限为由，作出十行复驳字（2015）3号驳回行政复议申请决定，后刘功政仍不服，向本院提起本案的行政诉讼。
再查明，2014年2月25日，茶店村委会与王先珍签订《征（拨）用地协议书》，约定将茶店村委会集体所有的位于郧县茶店镇茶店村四组（即刘功政取得的（1999）第16190195号使用权证下的土地），土地面积为696.3平方米（折1.044亩）的集体土地，王先珍以36800元的价格作为土地补偿款征用，该征地协议于2014年2月27日由郧县茶店镇人民政府盖章审查同意，并于2月28日由郧县国土资源局盖章审核同意。2014年2月28日，郧县茶店镇茶店村委会出具证明，补偿款36800元已经兑付给农户，手续已完善。2014年4月8日，王先珍向郧县国土资源局提出重新办理该宗土地使用权证的申请，2014年4月24日，郧县国土资源局对王先珍的申请进行会审，会审结论为：1.该宗地按照历史遗留问题补办用地手续；2.土地性质按国有建设用地处理；3.土地用途按住宅用地处理；4.土地使用者不得改变当前空闲建设用地现状；5.以出让方式供地（协议）；6.免缴供地价款，不签订出让合同。2014年5月4日，郧县国土资源局为王先珍下发《建设用地批准书》，批准王先珍使用国有出让用地696.3平方米，使用期限为70年。2014年5月5日，被告为王先珍办理了国有土地使用权初始登记，为其颁发了（2014）出字第09号《国有土地使用权证》，证书显示：土地坐落：郧县茶店镇茶店村四组，土地用途：住宅，用地面积：696.3平方米，供地方式：出让。
本院认为，《中华人民共和国土地管理法》第十一条第二款规定，农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由县级人民政府登记造册，核发证书，确认建设用地使用权。土地使用权证的核发和废止均由需县级人民政府批准确认，郧阳区国土资源局作为土地主管部门，经县级人民政府决定，对外发布公告废止刘功政集体土地建设用地使用权的行为，并导致刘功政的土地使用权利的消灭，该法律后果应当由郧阳区人民政府承担，本案以郧阳区人民政府作为被告，主体适格。本案的审理对象为被告于2015年2月5日作出公告废止刘功政土地使用权导致刘功政土地使用权消灭的行为的合法性。故本案的争议焦点为被告于2015年2月5日作出公告废止刘功政于1999年11月23日取得的郧县集用（1999）第16190195号土地使用权证的行为是否合法。
刘功政认为，被告适用《土地登记办法》第58条的规定作出公告废止其土地使用权在实体和程序上都存在违法之处，《土地登记办法》第58条是关于国土部门发现登记事项记载有误，需要办理更正登记的操作程序，并不适用公告废止并注销登记的情形，且涉案土地早已于2014年5月5日登记在案外人王先珍名下，再作出公告废止并注销土地使用权的行为在程序上严重违背了《土地登记办法》的规定。被告于1999年11月23日为其办理的土地使用权证并无错误之处，依据当时适用的《土地登记规则》第十条第三款“农村集体土地建设用地使用权，由使用土地的单位及法人代表或者使用集体土地的个人申请登记”的规定，刘功政作为个体工商户茶店镇福利加工厂的业主，其集体土地建设用地使用权证只能登记在个人名下，故不存在被告辩称的登记错误一说。
被告认为，1999年11月23日，茶店镇社会福利加工厂向原郧县国土局申请的是更名登记，其为刘功政颁发的集体建设用地使用权登记错误，不应当登记在刘功政个人名下，而应当登记在茶店镇社会福利加工厂名下，本着有错就改的原则，适用《土地登记办法》第五十八条将刘功政的土地使用权证予以废止并无不当。
本院认为，注销登记与更正登记属于不同性质的土地登记类型，注销登记是因土地权利的消灭等而进行的登记，更正登记是土地登记记载事项错误而进行更正的登记，其并不导致土地权利的消灭。一般情形下，注销登记和更正登记是依权利人和利害关系人申请而作出的行政行为，但特殊情形下，县级以下人民政府及其土地管理部门可以依职权作出注销和变更登记行为。《土地登记办法》（国土资源部令第40号）第五十条规定，有下列情形之一的，可直接办理注销登记：（一）依法收回的国有土地；（二）依法征收的农村集体土地；（三）因人民法院、仲裁机构的生效法律文书致使原土地权利消灭，当事人未办理注销登记的；在上述情形中，不需要经土地权利人申请，即可作出注销登记行为。《土地登记办法》第五十八条规定：国土资源行政主管部门发现土地登记簿记载的事项确有错误的，应当报经人民政府批准后进行更正登记，并书面通知当事人在规定期限内办理更换或者注销原土地权利证书的手续。当事人逾期不办理的，国土资源行政主管部门报经人民政府批准并公告后，原土地权利证书废止。该办法第五十八条是县级人民政府及其土地主管部门依职权进行更正登记的适用条件和程序。本案中，被告决定直接办理土地使用权注销登记并公告废止刘功政土地使用权证的事实依据并非刘功政土地使用权登记簿记载的事项错误，而是因原茶店福利加工厂（刘公（功）政土地附着物已拆除，土地荒废闲置，作为土地所有权人的茶店村委会申请将该土地使用权收回，被告批准同意其收回。但被告于2015年2月5日适用《土地登记办法》第五十八条的规定作出公告废止刘功政土地使用权证的行为，是用更正登记的条款来达到注销刘功政的土地使用权的目的，混淆了更正登记与注销登记的概念和适用范围，属于适用法律错误。
另外，被告于2015年2月5日作出被诉行政行为没有考虑到涉案土地早已于2014年5月登记在案外人王先珍名下，其在为王先珍颁发土地使用权证时必然要先废止并注销前手土地权利人，而被告却先将涉案土地登记在案外人王先珍名下，而后作出废止并注销前手权利人的土地使用权，其变相承认在2015年2月之前刘功政仍然是涉案土地的使用权人，不符合同一时期在同一土地上不能同时存在两个土地使用权人的物权法的基本原则。被告在明知该涉案土地已登记在案外人王先珍名下，已经无法办理更正登记的情况下，以1999年国土部门在为刘功政办理土地登记时登记簿记载事项错误且刘功政未在规定期限内到国土资源部门申请办理土地使用权更正登记手续为由，作出废止刘功政依法取得的郧县集用（1999）第16190195号土地使用证，属于认定事实错误，程序违法。
综上所述，因涉案土地使用权经被告批准收归茶店村委会集体使用后，被告以解决历史遗留问题将涉案土地作为国有土地处理并出让给案外人王先珍，且为王先珍颁发了（2014）出字第09号《国有土地使用权证》。被告作出的被诉行政行为虽然认定事实错误、适用法律错误、程序违法，依法应当予以撤销，但因涉案土地已经登记在案外人王先珍名下，撤销该公告废止行为涉案土地亦无法恢复到刘功政名下，如适用撤销判决将导致一个物权上有两个物权人的情形，违反了一物一权的物权法的基本原则，故撤销被诉行政行为在法律上存在障碍，符合不具有可撤销内容，但应当依法确认被告作出的行政行为违法的情形。依据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十四条第二款第（一）项之规定，判决如下：
确认被告郧阳区人民政府于2015年2月5日作出公告废止刘功政于1999年11月23日取得的郧县集用（1999）第16190195号土地使用权证的行为违法。
案件受理费用50元，由被告郧阳区人民政府负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提交副本，上诉于湖北省高级人民法院，同时应预交上诉案件受理费用50元，收款人：湖北省财政厅非税收入财政专户，帐户：0569-1。开户银行：中国农业银行武汉市东湖支行。缴款人采用银行转账、银行汇兑等方式缴款时，必须在银行凭据用途栏内简要注明“湖北省高级人民法院”或者湖北省高级人民法院单位编码“103001”以免耽误立案。上诉人在上诉期届满后七日内仍未预交诉讼费用的，按自动撤回上诉处理。
审判长 宋志彪
审判员 郭 霞
审判员 井家坤
二〇一六年七月十二日
书记员 罗 琴
附本案适用的相关法律依据：
《中华人民共和国行政诉讼法》
第七十四条行政行为有下列情形之一的，人民法院判决确认违法，但不撤销行政行为：
（一）行政行为依法应当撤销，但撤销会给国家利益、社会公共利益造成重大损害的；
（二）行政行为程序轻微违法，但对原告权利不产生实际影响的。
行政行为有下列情形之一，不需要撤销或者判决履行的，人民法院判决确认违法：
（一）行政行为违法，但不具有可撤销内容的；
（二）被告改变原违法行政行为，原告仍要求确认原行政行为违法的；
（三）被告不履行或者拖延履行法定职责，判决履行没有意义的。