河南省西峡县人民法院
民 事 判 决 书
（2016）豫1323民再5号
原告：杨根建，男，生于1965年4月7日，回族，住西峡县。
委托代理人：马明，河南宇洋律师事务所律师，特别授权代理。
被告：西峡县刘巷建筑有限责任公司（以下简称：“刘巷建筑公司”）。住所地：西峡县建设西路。
法定代表人：张永福，该公司经理。
委托代理人：赵国忠，公司员工。
委托代理人：张有成，河南众信法律服务所律师。
原告杨根建诉被告西峡县刘巷建筑有限责任公司合同纠纷一案，本院于2013年10月30日立案受理后，经审理于2014年12月15日作出（2013）西民商初字第193号民事裁定书，裁定驳回杨根建起诉，后经本院院长提交审判委员会讨论决定，本案进入再审。该案决定再审后于2016年10月8日立案受理，并依法另行组成合议庭，对该案公开开庭进行了审理。原告杨根建及委托代理人马明、被告刘巷建筑公司委托代理人赵国忠、张有成到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告诉称：2010年5月，西峡县中鼎房地产开发有限责任公司通过邀请招标的方式对中鼎小区住宅楼1#、2#楼工程进行了招标，被告刘巷建筑公司中标。中标后，被告即与2010年9月20日同原告签订了中鼎小区住宅楼1#、2#楼施工管理合同。原告一直挂靠在被告公司，被告既未向原告支付工资，也未给原告缴纳三金五险，而是按承包的工程收取一定管理费。合同签订后，原告即组织施工人员按照被告的施工要求及工程款的发放速度进行安全施工。2011年工程如期完工，�告所承接的中鼎小区住宅楼1#、2#楼工程均被南阳市建设工程监督检查站评定为优质结构工程。可被告却迟迟不向原告结算工程款，后经原告多次索要，被告才于2013年元月份对该小区工程进行结算，原被告双方对中鼎小区住宅楼1#、2#楼工程及附加工程的工程量均无异议，但对该工程量的结算办法产生分歧。现诉至法院，要求被告向原告支付工程款1994700元；并由被告承担本案诉讼费用。
再审时，原告的诉请变更为：1、被告依法支付剩余的欠款1647084.44元；2、请求被告赔偿给原告造成的直接损失565420元（具体项目见应付款及索赔清单）自应付工程款之日（2011年6月21日）起支付拖欠原告工程款的利息，利息按同期中国人民银行的贷款利率计算；4、本案的诉讼费用由被告承担。
再审时，原告向本院提供以下证据：
第一组：（2015）南民一终�第01243号民事裁定书，证明：原告与被告系平等主体间的民事法律关系，该案件属于人民法院受理民事诉讼的受理范围。
第二组：（1）2010年9月20日签订的单位工程内部施工管理承包合同书一份；（2）中标备案登记表；（3）双方的决算单2页。证明：原告要求依据决算款下浮5%的理由。
第三组：①优质结构工程证书两份；②南阳市住房和城乡建设委员会文件[宛建质（2011）8号文件］。证明：原告所承建的工程获得优质工程，按合同约定应当奖励的依据。
第四组：（1）2011年6月2日内部转款申请表；（2）2011你那6月21日工程款拨付申请表；（3）2011年9月20日内部转款申请表；（4）2011年9月20日工程款拨付申请表。证明：造成工程延误系被告未按时拨付进度工程款所造成而非原告原因所致。
第五组：《2013工程量清单计价规范》GB50500-2013，证明：安全文明措施费、规费、税金不下浮的依据。
被告辩称：根据原被告双方所签订的单位工程内部施工管理承包合同的约定，经原被告结算，被告应支付原告工程款12722071.86元，但按照合同应当扣除的被告垫付的招标押金、农民工工资押金、公证费及水资源费等166000元，应当扣除的被告应交公司管理费1081376.11元，应缴纳的各项税费678086.26元，租赁费674753.1元，资料费40920元；扣减原告超工期罚款286246.62元、未达到优良工程罚款254441.43元、内部管理罚款47200元。现原告经手从被告处领取工程款10121734.48元，被告已超额支付了原告的工程款628686.14元。原告要求被告支付下余工程款1994700元，没有事实依据。原告系被告公司项目经理，原被告之间系公司内部管理的关系，原被告之间的内部承包合同系调整公司内部的公司与职工之间的管理关系，不属于�等主体之间的民事法律关系，人民法院应当依法驳回原告的起诉。
再审时，原审被告辩称：原告所诉要求赔偿的三项费用理由不能成立，杨根建与刘巷建筑公司关于幸福里小区1号、2号楼工程系杨根建与刘巷建筑公司之间签订的单位内部施工管理承包合同，该工程由杨根建自负盈亏、自担风险。工程竣工后，刘巷建筑工艺已经全部付清工程款，现在不欠杨根建的工程款。请法庭驳回原告的诉请。
再审时，被告向法庭提交以下证据：
（2016）单位工程内部施工管理合同，证实①我们双方是平等自愿签订的内部管理合同；②公司收取管理费和相关费用的依据；③缴纳税金的依据；④公司对未达到优良工程和工程延期罚款的依据；⑤双方的工程造价是按照刘巷建筑公司与建设单位中鼎房地产开发公司签订的合同工期造价为准，不是以中标价�准；⑥杨根建队对该工程自负盈亏、自担风险；2、中鼎小区1、2号楼及地下车库决算价款。证实是对工程价款的决算，不是对工程量的决算，证实刘巷建筑公司对杨根建的工程款已经结算完毕。至于后期，刘巷建筑公司将工程款给杨根建结付后，杨根建没有支付给农民，导致农民工到公司要钱，公司按照县里要求，公司又额外支付农民工的工资。3、证据①是杨根建实领工程款的票据，合计10257734.48元；证据②是公司根据内部合同第3条计算的该工程杨根建应该支付公司的管理费1081376.11元；未达到优良工程的罚款254441.43元；证据③是各项税费的依据，依据内部合同第3条的约定和工程税收的规定，税费计款678086.26元；证据④公司以及内部合同第3条第4项，对杨根建延迟工程的罚款单，计款286246.62元，资料费40920.40元（依据刘巷建筑公司刘建【2008】13号文件）；证据⑤施�安全质量等级的罚款，依据合同第三条第3项，计47200元；证据⑥租赁钢管、扣件其他设备的租赁费和租赁手续，计款674753.10元，依据内部承包合同的第4条第5项。主要证实工程截止工程结束后，已付总工程款的数额为13320758元减去工程的总造价12722071.86元，公司为该工程多支付给杨根建598686.14元。4、建设方中鼎房地产开发公司与刘巷建筑公司于2010年9月17日签订的建设工程施工合同，主要证实建设方按照工程中标价下浮14%，将该工程交给刘巷建筑公司承建，这是建设方和刘巷建筑公司的平等自愿的约定，而本案原告和刘巷建筑公司之间内部承包合同工期和工程造价的结算也应当以该合同为准，这是原告与刘巷建筑公司的平等自愿约定。在这个合同中，原告作为项目经理也签字认可下浮比例。
原审被告对原告所举证据的质证意见是：
对第一组证�无异议，它是内部管理承包合同。既有管理性质又有承包性质。所谓的管理主要是工程质量，所谓的承包就是该工程由杨根建自负盈亏、自担风险。第二组证据的内部承包合同无异议，第二组证据②中标备案登记表真实性无疑，与本案双方争议的没有因果关系，没有关联性。幸福里小区1、2号楼是中鼎房地产开发有限公司中标的项目，双方建筑合同约定在原中标价下浮14%由刘巷建筑公司承建，杨根建是根据刘巷建筑公司和中鼎当地产公司签订的建设工程承包合同约定的下浮14%后，和刘巷建筑公司签订单位内部管理承包合同。③决算价款的真实性无异议，这两页价款说明工程款已经结算完毕，由杨根建和刘巷建筑公司经理张永福双方签字。对两份证书，我们认为不符合双方合同约定的优质主体和优良工程，证书只是优质结构工程，达不到奖励标准。南阳市住房和城乡建设委员会文件宛建质（2011）8号文件真实性无异议，答辩意见同上。第四组证据只是证实公司拨款延期我们认为不存在，公司拨款都是按约定拨款的，不存在拨款延期。第五组证据真实性无异议，原告提供的这些证据与本案无关联性。
原审原告对被告所举证据的质证意见是：统一发表几点质证意见：1、对原被告之间签订的合同的真实性无异议，对合同中管理费8.5%约定，租赁费3%的约定，均无异议。对所有应扣减项目的数额均有异议，对应缴纳的税金数额部分有异议，我们认为应该按照中标合同工程预算价的税金缴纳，不存在下浮。租赁费、管理费应当按照13721086.24元的总价款乘以相应的比例予以缴纳。认可应该向被告缴纳的资料费40920元，对所有的罚款均不予认可，理由：①罚款是行政处罚措施，而原被告之间发生的是民事法律关系，而不是行政关系，被告不具有罚款的处罚权；②只有在行政关系中具有处罚权的主体才能向相对方事实施罚款，被告不是行政机关，而是平等主体，不具备向原告提出罚款的资格；③被告的罚款行为不产生约束力，该罚款是无效的。2、原告认可被告共向原告支付工程款数额为10121734.48元，现仍下欠1647084.44元未支付。3、造成工期延误是被告延期付款所致，被告除不应当罚款外还应当赔付给原告造成的合理损失即472000元,具体详见清单。4、因被告单方面摘除钢材给原告造成的直接损失即93420元，具体详见清单。其他质证意见同上。
此外，原告补充的质证意见是：合同当时签订合同价款是按标价是下浮5%，实际下浮14%，但是应该包给我所有工程包括水电、外粉、门窗、钢材等，但是他们把主体工程之外的工程摘除，包括主要材料在内的工程摘除。实际工程�不到50%，固定费用我都出了，包括简易房、路面硬化、水电拉到工地，但是活没有让我干。刘巷建筑公司把约50%的工程摘除了，再收我们8.5%的管理费不公平。
原告代理人补充意见为：按照双方承包合同的约定，我们认可承包合同中第6条关于工程造价的结算办法，但是该结算办法的依据是建设方和刘巷建筑公司合同工期造价，该工期造价有两个不同版本，其中一个是建设方中鼎公司和刘巷建筑公司在中标备案登记合同中下浮5%的造价，另一个是建设方中鼎公司和刘巷建筑公司于2010年9月17日另行签订的下浮14%的工程造价，在存在两种不同工程造价的同时，要严格依据法律的规定，按照中标合同价即下浮5%作为本案的结算依据。决算价款双方不应当再产生任何歧义，杨根建明确写明对1、2号楼工程及附加工程量核算无误，而并非对下浮14%的结算办法确认无误。被告仍应当按照下浮5%的方法给原告结算剩余款项。
经审理查明：2010年9月20日，被告刘巷建筑公司作为甲方与被告的项目经理原告杨根建（乙方）签订《单位工程内部施工管理承包合同》一份。合同内容为：“为有效组织建筑工程的施工管理，确保公司对建设单位签订施工合同的落实，明确双方在施工管理中的权利和义务，经甲乙双方协商，签订本工程的内部管理承包合同。具体条款如下：一、……；二、承包方式：甲方对该工程与乙方签订内部管理承包合同，乙方付给甲方承担该工程决算价款8.5%的管理费和所有应依法交纳的税金及与该工程有关的其他费用。工程决算以预算科出具的决算书为准。三、工程质量及安全生产标准与奖惩（遵守投标承诺）：1.安全生产：必须达到市级文明工地。2.工程质量：必须达到优良工程�若达到优良工程，奖励工程造价的1%，若达不到优良工程罚工程造价的2%。3.安全生产达不到标准的（以县城建局安监站下发的处罚、整改通知书为依据），一次罚款200元。公司下发整改通知书期满后整改不彻底的，按通知书上的规定执行。安监站下发整改通知书，期满后整改不彻底的，一次罚款500元。因安全、质量问题，上级下发不良记录的，公司将对其处罚1万元。4.合同工期要求：2011年4月20日1#楼高层主体封顶，最迟不超过2011年4月27日，每超过一天发工程总造价的0.05%，在2011年4月20日前每提前一天奖励0.01%。2#楼必须在5月15日前主体框架封顶，后续工程在合同工期内完工交付。四、甲乙双方的责任和义务1.公司各科室应积极为工程施工服务，负责对施工工程的技术指导、质量管理、工程款的划拨、结算核算、财务账目、资金管理。2.乙方项目部五大员必须持证上岗，本工程五大员不齐的，没缺1人按培训费600元扣除，缺几人扣几人，项目经理没培训五大员的，可扣除3000元。乙方必须分工明确，保证按施工图纸组织施工，确保安全生产，文明施工，施工中发生的一切质量问题、工伤事故所造成的经济损失、刑事责任均由乙方负担。乙方对该项目工程实行终身制。3.安全生产与文明施工：公司规定：建筑面积达到3500㎡或超过3500㎡的工程必须达到文明工地的标准，以拿到市级以上文明施工证书为准。3500㎡以下的工程必须满足安全生产和采取相应的文明施工措施，因为保障施工现场安全生产与文明施工措施必须的基本费用（2.08%）已计算在该工程的造价中，基本费用在经济上保证了施工县城安全体系的运营（如专职安全员，安全例会，安全培训等）和文明施工措施的落实（如架体防护，现场治理）。公司在本工�的总价中扣除2%作为安全生产、文明施工保证金。其中1%作为安全设施费用，如购买安全帽、安全网、安全带和采用相应的文明施工措施费用，若本工程没有发生安全设施费用，该费用由公司收回，用于其他工程的安全生产、文明施工的创建费用。另外1%用作文明工地的奖励，以下发市级以上文明证书为准。4.乙方必须按国家规定的强制性标准组织施工，接受主管部门、质检部门的监督检查、接受公司的技术指导、质量监督检查，并按省《建安工程质监评定标准实施细则》对工程检查验收，并对该工程施行质量终身制。日常检查公司质检科长负责，公司每月21日前组织一次安全、质量综合检查，在建的项目经理必须参加，若项目经理外出，必须派工地负责人参加。本工程全部原材料购进必须经公司技术科、质检科同意。在本工程的施工中，严禁使用混合料�砂、石分开堆放严禁使用推板，可用方斗大型搅拌机，用铲车和方斗车装料，严格按配合比进行施工。现浇砼、梁、柱、板必需使用相应的钢筋保护层垫铁，柱、梁不用砼垫块的，按柱、梁长度每一米罚款2元，现浇板不用垫块的，每一平方米罚款1元。公司对工程质量进行跟踪、监测、检查，如发现质量问题，以经济核算的2倍进行罚款，现浇板上部钢筋对照图纸在现浇时划开板上面进行排查，板的厚度在现浇板时检查，拆模板对板周边进行尺量，砼标号以试块试验和回弹仪测试为准。砼试块试验一组不合格罚款500元，回弹仪测试一处不合格罚款200元。最后可根据不合格点位置，对工程质量的影响程度重新制定处理办法。现浇板上部裂缝每1米罚款100元。现浇饭渗水，每一处0.5㎡以下罚款50元，超过0.5㎡，每超过0.1㎡罚款增加10元。（注：卫生间、厨房要特别另论，如发现有渗水现象，除处以上述罚款外，要求乙方施工的所有该项部位全部刷防水涂料。）5.甲方负责供应施工所需的设备机械及周转材料。从2010年开始，凡新开工工程租赁费收取标准：①框架结构-
最低按工程决算价的3%收取；②砖混结构-
最低按工程决算价的2.6%收取（注：该收取的费用不包括使用物料提升机在内）。租赁费用超出部分按实际计算。6.乙方使用的提升机的安装、拆卸必须由具备相应安装资质的单位和经过安、拆培训且考核合格的人员安拆，并必须在公司备案。7.乙方在进行工程施工过程中，严禁将工程的主体部分肢解分包给他人；对附属工程要择优选择分包队伍，并及时通知公司技术、质检、安全科，不具备技术、组织、作业条件的不允许分包，在分包过程中产生的一切责任均应由乙方承担。8.甲乙双方必须密切配合，按照与建设单位所签合同�款，及时向建设单位收转工程款，执行甲方内部财务规章制度。9.乙方在册人员应缴纳的养老统筹、医疗保险、福利费、职工教育费及工资附加费统一按照国家规定比率由甲方财务负责，从乙方承包额中扣取。（基数为档案工资额）五、工程结算，资金核拨办法：1.为有效利用资金，乙方不允许以任何理由挪用该工程资金，确保专款专用，并负责对各工程建立台账，单独核算，工地支付资金时，登记袖珍账册以控制资金，确保工程进度，甲方不承担因资金缺口而影响工程进度的责任。2.该工程发生的一切票据支款，均由乙方项目经理签字生效后入账，款由财务直接从乙方工程款中扣出，如发现乙方从建设单位坐支款，按坐支款的20%罚款。3.本工程（包括附属工程）一律由甲方统一决算，按建设单位拨付的工程款予扣（空）%的税金和管理费，在工程款付至造价70%时一次扣清税金及管理费。待工程竣工验收合格后，乙方负责与建设单位结清工程款，同时与甲方经理和乙方承包人签字生效。甲方只对准乙方承包负责人结算，凡因该工程施工所涉及的经济业务尤其是债务纠纷均由乙方负责。4.为督促施工工程安全、有序的顺利进行，从2010年开始凡是新开工工程，承建工程的项目经理未考取建造师的，将按工程总额的千分之三收取建造师证件使用费。六、本工程工期、造价按甲方与建设单位签订的合同工期造价为准，超工期及超工程总款，罚款由乙方承担。乙方在建设单位后期所附加的工程同样履行工程合同的条款，对施工中发生的设计变更或工程量的增减，应随时变更，随时签证，并及时报公司技术、财务科，以利于及时调整，否则，由此发生的财务可以不结算，由承包方自负责任。对隐瞒不报的，一经甲方发觉，甲方有权扣罚款承担后期工程价款的30%。七、责任承担问题：1.乙方对该工程实行自负盈亏、自担风险，对外所发生的一切债权债务乙方承担。乙方因材料使用拖欠钱款或拖欠民工工资，导致卖方或民工到公司要账或者到法院起诉、上访等，严重影响了企业形象，除由乙方如数归还欠款外，按欠款额度的20%进行处罚，由甲方财务直接从工程款中扣除。2.严禁乙方以任何理由到甲方（公司）大吵大闹，违者一次罚款300元。3.在承建该工程的过程中如果出现工伤及人身伤亡事故，责任由乙方承担，甲方不承担任何责任。因该事故的原因，上级主管部门对甲方（公司）的罚款全部由乙方承担。4.如果涉及甲方（公司）承担责任后，有权向乙方追偿。……”。2013年1月28日，原告在被告出具的总工程决算价款为12722071.86元的《中鼎小区1、2#楼及地下车库决算价款单》上签署“刘�建筑公司预算、公司开发1#、2#楼工程及附加工程量确认核算无误，已全部结算完毕。杨根建2013年元月28号”。原告经手从被告处领取款项共计10121734.48元。
另查：（一）原告所请求的余额项目及计算方式是：
（2016）应付工程款:
[14066577.86(扣除钢筋材料费的工程造价)－3599391.05－1139351.41（规费和税金）］×0.95（下浮5%）＋3599391.05（扣除钢筋的主要材料费）＋120900.15（增加工程量）＋1139351.41（规费扣税金）＝13721086.24元
（2016）完成优质主体奖励：13721086.24×1%＝137210.86元
（2016）应交的管理费：13721086.24×8.5%＝1166292.33元
（2016）应交的税金：13721086.24×3.43%＝470633.26元
（2016）应交的租赁费：13721086.24×3%＝411632.59元
（2016）应交的资料费：20460×2＝40920元
（2016）因被告未按时拨付工程款造成工期延误索赔：472000元
①管理人员工资：6人×3000元/人×2月＝36000元
②租赁费：2000元/人×60天＝120000元
③业主处罚：286000元
④塔吊租赁费：15000元/月×2月＝30000元
（2016）因被告单方面摘除钢材造成原告的直接损失：93420元
①钢材试验费：30000元
②钢材资料费：10000元
③保管费：1068.4吨×50元/吨＝53420
（2016）已付工程款：10121734.48元
被告应付的款项为：
13721086.24＋137210.86－1166292.33－470633.26－411632.59－40920＋472000＋93420－10121734.48＝2212504.44元
（2016）原被告于2013年元月28日进行决算时的价款项目及计算办法是：
（2016）扣除钢筋材料费的工程造价：
Σ＝（1）＋(2)＋(3)＋(4)＝14066577.86元
（1）1#楼：5160155.09元
（2）2#楼：4758116.44元
（3）地下车库：3889595.5元
（4）措施费：258710.83元
2、主要材料费：
Σ＝（1）＋(2)＋(3)＋(4)＝3599391.05元
（1）1#楼：Σ＝1202498.4元
①水泥325#：241.79T×380元/T＝91880.2元
425#：1111.0T×440元/T＝488840.0元
②加气砼块：1203.6m3×260元/T＝312936.0元
③机砖：45.87千块×260元/千块＝11926.2元
④中砂：2010.41m3×75元/m3＝146135.25元
(2)2#楼：Σ＝1124662.5元
①水泥325#：222.53T×380元/T＝84561.4元
425#：1022.11T×440元/T＝449728.4元
②加气砼块：1169.09m3×260元/T＝303963.4元
③机砖：44.38千块×260元/千块＝11538.8元
④中砂：1867.84m3×75元/m3＝140088.0元
⑤石子：1797.1m3×75元/m3＝134782.5元
（2016）地下车库�Σ＝1256854.15元
①水泥325#：125.95T×380元/T＝47861.0元
425#：1690.43T×475元/T＝802954.25元
②加气砼块：32.75m3×260元/T＝8515.0元
③机砖：34.39千块×260元/千块＝8941.4元
④中砂：2098.39m3×75元/m3＝157379.25元
⑤石子：3082.71m3×75元/m3＝231203.25元
（2016）措施费：Σ＝15376.0元
①水泥325#：14.8T×380元/T＝5624.0元
②机砖：4.3千块×260元/千块＝1118.0元
③中砂：17.41m3×75元/m3＝1305.75元
④石子：97.71m3×75元/m3＝7328.25元
（2016）不下浮项目:Σ＝(1)＋(2)＋(3)＋(4)＝120900.15元
（1）院内附加项目：90280.48元
（2）2#楼处C15砼挡土墙：13354.67元
（3）外墙落水管：117根×45元/根＝5265.00元
（4）独院回填砂石料：12车×1200/车＝12000.00元
四、总工程决算价款：
Σ＝（14066577.86－3599391.05）×0.86＋3599391.05＋120900.15＝12722071.86元
（三）西峡县中鼎房地产开发有限责任公司与西峡县刘巷建筑有限责任公司虽然经营场所及相关人员相同，但分属性质不同的两个公司，“中鼎公司”具有开发资质，“刘巷公司”具有建设资质。在建设“中鼎小区”住宅楼招标过程中，西峡县刘巷建筑公司中标，中标书“中标内容及条件”中载明“中标造价”为：“按标底价下浮5%”。2010年9月17日西峡县中鼎房地产开发有限责任公司与西峡县刘巷建筑有限责任公司约定的合同价款“按2008年定额下浮14%”进行的决算。该决算由原告杨根建书写“刘巷建筑公司预算、公司开发1#、2#楼工程及附加工程量确认核算无误，已全部结算完毕、杨根建、2013年元月28号”但杨根建称该决算中对工程量的计量无异议，但对计算方�及价款有异议。“刘巷建筑公司”称既然该决算杨根建已签字，说明该工程已结算完毕。
（四）原被告订立的“内部承包合同”约定的“工程质量：必须达到优良工程，若达到优良工程，奖励工程造价1%，若达不到优良工程罚工程总造价的2%”，本案审理过程中原告向法庭出具了南阳市建设工程质量监督检验站于2011年10月21日分别为“西峡县刘巷建筑有限责任公司”颁发的“西峡县中鼎小区1#楼框剪十四层”“西峡县中鼎小区2#楼框剪十四层”的优质结构工程证书。以此来要求“刘巷公司”奖励原告137210.86元。“刘巷建筑公司”称“优质结构工程”不是“优良工程”，优良工程还应包括内粉、门窗、装修等项目的优质。原告称其他项目刘巷建筑公司割出来不让原告干。
（五）关于税金和规费问题，《2013工程量清单计价规范》GB50500-2013规定�规费和税金必须按国家或省级、行业建设主管部门的规定计算，不得作为竞争性费用”。但被告在为原告结算时实扣工程造价5.33%（预算中是3.348%），而税务部分实际收税标准为5.33%（含建筑税、所得税、城市附加费和教育附加费）。涉案工程中，被告实际扣税金额为678086.42元。原告认为被告收取了管理费，2%的企业所得税应由被告交纳，不应从原告工程款中扣254441.43元。
（六）关于延迟工期问题，原告向法庭提交了部分“拨付工程款申请表，显示原告申请时间与被告公司各相关部门有关人员签字时间差一个月以上，被告实际拨付款时间又延误一月以上，以此证明原告工程工期延误是原告拨款不及时造成。”
（七）原告申请要求被告赔付单方面摘除钢材造成原告的直接损失93420元。1、原告称总的交试验费12万元，总的材料费为：3599391.05元（扣除钢筋的只要材料费）＋（钢筋抵款材料费）4651684元＝8251075.05元，故请求扣减钢材试验费30000元；
2、总的资料费为40920元，其中20920元（根据施工日誌属工资），还有2万元，包括钢筋、水泥、砖，钢筋按50%比例算，应扣10000元。
3、保管费，被告公司认可的吨数为1068.4吨×50元/吨＝53420元（钢筋卸车、过磅、保管员工资、每吨50元）。
（八）被告“刘巷公司”在与原告工程款结算时，从应付原告工程款中扣罚款3项：（1）超工期罚款286246.62元；（2）未达优良工程罚款254441.43元；（3）内部管理罚款47200元，共计587888.05元。
（九）在原告诉请项目中，有因被告未按时拨付工程款造成工期延误的损失472000元，包括①管理人员（项目经理、安全员、技术员、质检员、电工员、看场员、材料保管员）6人×3000元/人×2个月＝36000元；②租赁费2000元/天×60天（2个月）＝120000元；③业主处罚：286000元；④塔吊租赁费15000元/月×2个月＝30000元（主体建好后，延误工期，无法支付租赁费，塔吊不拆多交租赁费）。但原告对该项损失没有提供证据。
（十）原告再审时变更诉请为要求被告支付工程款1647084.44元及赔偿原告的损失56420元及各项利息，但未在指定期限补交增加诉请部分的诉讼费用。
本院认为，杨根建虽然不属“刘巷建筑公司”在编职工，但属“刘巷建筑公司”名誉项目经理，其注册建造师资质挂靠在该公司，双方于2010年9月20日订立的“承包合同”合法有效。该合同既有自负盈亏，独立核算的平等主体约定，又有工程进度和工程质量要求的奖、罚内容，合同的约定自愿、合法应当由双方遵守执行。但从合同整体履行情况看，被告没有按照原告的申请及被告方相关部门�审批时间按时拨付原告的工程款，应当对原告的工期延误承担一定责任。被告擅自决定对原告超工期罚款依据不足，对于未达优良工程罚款也缺乏依据，原告杨根建本身所施工的主体结构工程已评定为优质结构工程，没有达到优良工程是因为部分工程项目原告未交原告施工，而不是原告自身施工质量不达标造成。被告的内部管理罚款47200元依据不足。原告认为被告罚款不当的诉请，本院予以支持。且根据行业规定，规费和税金及材料费等不应作为工程计价下浮范围内。因此，本院对被告应付原告工程款核定如下：
一、工程造价[140××××7386（扣除钢筋材料费的工程造价）－3599391.05（材料费）－1162653.23元（规费和税金）］×86%＋3599391.05元（材料费）＋120900.15元（增加工程量）＋1162653.23（规费和税金）＝12776843.31元
二、应交管理费12776843.31元×8.5%＝1086031.68元
三、应交税金12776843.31元×5.33%＝681005.75元
四、应交租赁费12776843.31×3%＝383305.30元
五、应交资料费40920元。
六、“刘巷公司”已付工程款10121734.48元。
下欠463846.10元工程款应予支付。原告请求的因被告单方面摘除钢材造成原告的直接损失93420元及因被告未按时拨付工程款而请求索赔472000元证据不足，不予支持。被告要求原告奖励优质主体137210.86元因优质结构不等同于优良工程，故本院不予支持。原告要求按招标合同价下浮5%的请求与双方实际履行的项目经理内部承包合同的约定及行业惯例不符，本院不予支持。依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条之规定，《中华人民共和国民事诉讼法》第二百零七条之规定，判决如下：
（2016）撤销本院（2013）西民商初字第193�民事裁定书；
（2016）判决被告西峡县刘巷建筑有限责任公司于十日内日偿付原告杨根建工程款463846.10元；
（2016）驳回原告杨根建的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期限履行以上给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本案受理费21000元，原告杨根建负担12742元，被告西峡县刘巷建筑有限责任公司负担8258元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于南阳市中级人民法院。
审判长 胡兴伟
审判员 张付山
审判员 黄 蒙
二〇一七年八月十八日
书记员 王娅斌