上海市崇明区人民法院
民 事 判 决 书
（2017）沪0151民初2351号
原告：同济工程集团有限公司，住所地浙江省。
法定代表人：洪国良，董事长。
委托诉讼代理人：胡鸿高，上海市申阳律师事务所律师。
被告：上海林同炎李国豪土建工程咨询有限公司，住所地上海市崇明区。
法定代表人：张纪衡，董事长。
委托诉讼代理人：管华洁，上海市同建律师事务所律师。
第三人：上海同济资产经营有限公司，住所地上海市杨浦区四平路XXX号。
法定代表人：丁洁民，董事长。
委托诉讼代理人：李晨，北京大成(上海)律师事务所律师。
委托诉讼代理人：夏凌，北京大成(上海)律师事务所律师。
原告同济工程集团有限公司与被告上海林同炎李国豪土建工程咨询有限公司(以下简称林李公司)、第三人上海同济资产经营有限公司(以下简称同济资产公司)股东名册记载纠纷、请求变更公司登记纠纷一案，本院于2017年4月10日立案后，被告林李公司提出管辖权异议，本院依法裁定驳回，该裁定已经发生法律效力。后本院依法组成合议庭于同年8月30日公开开庭进行审理。原告的委托诉讼代理人胡鸿高、被告林李公司的委托诉讼代理人管华洁、第三人同济资产公司的委托诉讼代理人李晨到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告同济工程集团有限公司诉称，请求判令：1、被告将原告记载于公司股东名册，并向原告签发出资证明书；2、确认2011年11月30日签署的林李公司《合同修正案》和《章程修正案》的有效；3、判令被告办理股东转让股权申请变更登记手续(包括向公司登记机关提交经法定代表人签署的股东变更登记申请书等)；4、确认股东变更后公司董事长由原告委派且由其担任公司法定代表人，任期自公司登记机关变更登记之日起算。
事实和理由：2011年9月，第三人将其持有的林李公司30%股权挂牌交易，原告通过竞价有偿受让该30%股权并支付了转让款3223.81万元。股权转让后，被告的股东应由第三人变更为原告，但经原告多次致函，被告一直设置障碍，拒绝履行相应的变更登记等法定义务。另据林李公司的章程，本届董事长由甲方暨同济资产公司委派，现原告受让了同济资产公司的股权，取得章程中甲方地位，故董事长应由原告委派，请求予以确认。
因原告的4项诉讼请求分别涉及股东名册记载、签发出资证明书、办理股权变更登记、公司合同、章程效力确认等不同的法律关系，经本院释明后，原告选择诉请1、3作为本案的诉讼请求，希望能将诉请2、4在本案中合并审理。对此，本院认为，原告之诉请2、4与诉请1、3属于不同法律关系，且所涉原、被告不一致，故不能合并审理。因此，本案仅处理股东名册记载、签发出资证明书、办理股权变更登记纠纷。
被告林李公司辩称，不同意原告的全部诉讼请求。整个股权转让过程中，由于原告的过错造成被告巨大损失，其他股东不愿接受原告作为股东参与公司；外方股东的优先购买权纠纷一案虽经高院终审，但外方股东已经提起申诉，现正在处理中；相关变更登记所需材料均在原告的掌握中，被告客观上无法帮助原告办理变更登记。
第三人述称，愿意配合法院查明相关事实，但纠纷发生于原、被告之间，与第三人无关。
经审理查明，林李公司系1993年3月23日成立的中外合资经营企业。经数次股权调整后，现在公司登记机关登记的股东为：美国林同炎中国公司(外方股东——本院注)、同济资产公司、上海世越科技发展有限公司、沈政忠。2010年11月8日，林李公司董事会决议，同意同济资产公司将其所持30%股权在上海联合产权交易所挂牌转让。原告通过竞价方式，以3223.81万元受让同济资产公司30%股权。双方于2011年9月26日签订了《上海市产权交易合同》一份。同年11月，原告支付了全部股权转让款。2012年1月9日，崇明县人民政府崇府发【2011】238号文批复同意林李公司股权转让，股权转让后，公司投资总额和注册资本保持不变，其中原告出资15万美元，占公司注册资本的30%，要求林李公司接到本批复后，在规定时间内到工商部门办理变更登记手续。
嗣后，因林李公司的其他股东与原告产生纷争，致原告至今未登记为林李公司股东，林李公司也未向原告签发出资证明书、未将原告记载于股东名册。原告遂于2013年3月起诉来院，要求林李公司将原告记载于股东名册等，后因故撤回起诉。原告又于2014年4月再次起诉，要求林李公司将原告记载于股东名册等。该案审理中，林李公司的外方股东对原告与第三人之间的股权转让协议效力提出异议，并向上海市第二中级人民法院提起诉讼，故原告再次撤诉。上述外方股东起诉的纠纷经(2013)沪二中民四(商)初字第S6号民事判决，驳回了外方股东美国林同炎中国公司的全部诉讼请求，该判决经上海市高级人民法院(2016)沪民终34号维持，已于2016年12月14日发生法律效力。原告遂提起本案之诉。
诉讼中，被告认可公司设有股东名册，并向工商登记的四名股东签发过出资证明书。
以上事实，由原告提供的《竞价须知》、《林李公司董事会决议》、产权交易凭证、《上海市产权交易合同》、付款凭证、崇明县人民政府崇府发【2011】238号文件、要求召开临时董事会的函、(2013)崇民二(商)初字第174号受理案件通知书、(2016)沪民终34号民事判决书，被告提供的其与原告及原告与第三人之间的往来函件等证据，以及原、被告、第三人的陈述所证实。
本院认为，原告与同济资产公司之间的股权转让合同关系合法有效。原告通过竞价有偿受让了同济资产公司原持有的林李公司30%股权，并已付清全部股权转让款，已经取代同济资产公司成为林李公司股东。根据法律规定，有限责任公司应当向股东签发出资证明书，出资证明书应当载明公司名称、成立日期、公司注册资本、股东姓名或名称、缴纳的出资额和出资日期、出资证明书的编号和核发日期。公司应当置备股东名册，记载股东的姓名或者名称及住所、股东的出资额、出资证明书编号。公司应当将股东的姓名或者名称向公司登记机关登记，登记事项发生变更的应当办理变更登记。现原告要求林李公司将原告记载于股东名册，并办理变更登记之诉请，符合法律规定，本院予以支持。被告曾向股权出让方同济资产公司签发出资证明书，原告受让同济资产公司所持股权后，被告应当注销原股东出资证明书，向新股东暨原告签发出资证明书。据此，本院对原告的该项诉请亦予支持。
依照《中华人民共和国公司法》第三十一条、第三十二条、第七十三条之规定，判决如下：
一、被告上海林同炎李国豪土建工程咨询有限公司于本判决生效之日起十日内向原告同济工程集团有限公司签发出资证明书；
二、被告上海林同炎李国豪土建工程咨询有限公司应于本判决生效之日起十五日内将原告同济工程集团有限公司记载于公司股东名册；
三、被告上海林同炎李国豪土建工程咨询有限公司应于本判决生效之日起十五日内协助原告同济工程集团有限公司向公司登记机关办理将上海同济资产经营有限公司变更为同济工程集团有限公司的股东变更登记。
本案案件受理费80元，由被告负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于上海市第二中级人民法院。
审 判 长 王 怡
人民陪审员 黄国军
人民陪审员 宋轶梅
二〇一七年九月十一日
书 记 员 高雅静
附：相关法律条文
《中华人民共和国民事诉讼法》
第三十一条有限责任公司成立后，应当向股东签发出资证明书。
出资证明书应当载明下列事项：
（一）公司名称；
（二）公司成立日期；
（三）公司注册资本；
（四）股东的姓名或者名称、缴纳的出资额和出资日期；
（五）出资证明书的编号和核发日期。
出资证明书由公司盖章。
第三十二条有限责任公司应当置备股东名册，记载下列事项：
（一）股东的姓名或者名称及住所；
（二）股东的出资额；
（三）出资证明书编号。
记载于股东名册的股东，可以依股东名册主张行使股东权利。
公司应当将股东的姓名或者名称向公司登记机关登记；登记事项发生变更的，应当办理变更登记。未经登记或者变更登记的，不得对抗第三人。
第七十三条依照本法第七十一条、第七十二条转让股权后，公司应当注销原股东的出资证明书，向新股东签发出资证明书，并相应修改公司章程和股东名册中有关股东及其出资的记载。对公司章程的该项修改不需再由股东会表决。