广西壮族自治区防城港市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2015）防市民一初字第10号
原告桂林三建股份有限公司，住所地广西桂林市雉山路48号。
法定代表人赵建民，该公司董事长。
委托代理人王俊宏，系该公司副总经理。
委托代理人梁武灵，广西象山律师事务所律师。
被告广西防城港红树湾房地产开发有限公司，住所地广西防城港市港口区迎宾路市政府办公楼群西侧。
法定代表人孔仕才，该公司董事长。
委托代理人邝国凯，系该公司员工。
委托代理人张长荣，系该公司员工。
原告桂林三建股份有限公司（以下简称桂林三建）与被告广西防城港红树湾房地产开发有限公司（以下简称红树湾公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院于2015年11月10日立案受理后，依法组成合议庭，于2015年12月23日公开开庭审理了本案。原告桂林三建的委托代理人王俊宏、梁武灵，被告红树湾公司的委托代理人邝国凯、张长荣到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告桂林三建诉称，2012年12月6日，桂林三建和红树湾公司经协商，就红树湾公司开发的防城港市金海湾居住小区D2组团南区高层住宅楼工程签订施工合同。合同约定，工程内容：框剪结构，1#、2#、3#、5#楼4栋单体主楼（含商铺）及主楼地下室；承包方式：包工包料，承包综合单价按建筑面积1400元／㎡（含主楼、商铺及地下室），合同总价：实际完成建筑面积×1400元／㎡，建筑面积按国家有关规定进行计量；合同工期总日历天数730天；在确认计量结果后14天内，发包人应向承包人支付工程款（进度款），发包人不按合同约定支付工程款（进度款），承包人可停止施工，由发包人承担违约责任；单栋工程施工至六层楼面混凝土浇筑完成之日起14天内向承包人支付已完工程量80%的工程进度款，七层以上工程进度款按月支付，每月的30日前发包人按承包人当月实际完成工程量的80%向承包人支付工程进度款。如发包人未按合同约定支付工程进度款，从违约之日起，发包人每月按月利率1.5%向承包人支付违约金或者每年按年利率18%支付违约金，承包人的损失按实际发生计，所耽误的工期相应顺延。
合同签订后，桂林三建于2013年8月开始1#楼施工。2014年4月，桂林三建已完成1#楼六层楼面混凝土浇筑，经多次催促，至2014年5月初，红树湾公司仅陆续支付部分工程进度款350万元。2014年7月9日，红树湾公司（甲方）和桂林三建（乙方）协商签订《二期一区桂林三建施工合同—补充协议》（以下简称补充协议），约定：甲方同意在原合同包干价1400元／㎡（建筑面积）基础上增加320元／㎡，作为乙方再逐栋续垫资到主体结构封顶补偿差价，结算书按包干价1720元／㎡（建筑面积）×实际完成建筑面积结算；付款方式：在乙方浇筑完成承包范围内每一栋地下室框架顶板及主楼逐栋屋面混凝土25天内支付主体结构工程款，按建筑面积1150元／㎡实际支付，含水电、消防、预埋工程款，后期按每两个月完成工程量支付；甲方必须在逐栋浇筑完成屋面混凝土25天内按约足额支付工程款，如有拖欠按所拖欠款总额支付每天2‰的违约金至款项付清为止，如拖欠超过30天，甲方以防城港市金海湾居住小区商品房均价2500元／㎡和门面均价8000元／㎡的单价抵押出售给乙方，所得房款用于支付工程进度款及拖欠期间的违约金直到乙方收到按约应得工程款及违约金为止，甲方应无条件为乙方办理抵押出售房屋的产权证，税费由甲方承担；如甲方违约不能及时付款，乙方可停工，甲方负责赔偿乙方所有损失，含机械租赁费、工人停工工资、所有材料资金占用费、内外架租赁、超期费用及管理人员费用等所有损失按实际发生计。
补充协议签订后，桂林三建筹措资金投入工程施工，于2015年1月13日完成1#楼封顶。2015年1月15日，监理单位广西南宁信达慧建设监理有限责任公司经审核确认1#楼已完成主体框架封顶、F型填充墙砖砌体已完成至24层。2015年1月，3#楼也完成至8层结构。2015年1月20日，红树湾公司初步确认1#楼工程款为3024万元。2015年4月30日，红树湾公司在对桂林三建的复函中最终确认：1#楼实际完成工程量33525.94㎡，工程款为3855万元，并承诺未能履行单栋封顶后25天内支付工程款的合同约定应按约承担违约责任。至今红树湾公司未支付该项工程款，致使工程自2015年春节前停工至今。请求法院判令：一、红树湾公司向桂林三建支付工程进度款3855万元；二、红树湾公司向桂林三建支付从2015年2月7日起至2015年10月6日止的逾期付款违约金18504000元；从2015年10月7日起至工程进度款3855万元付清之日止按每日千分之二计付违约金；三、本案诉讼费用由红树湾公司负担。
原告桂林三建对其陈述事实提供的证据有：1、桂林三建的营业执照和组织机构代码证，证明桂林三建的身份情况；2、红树湾公司的营业执照和组织机构代码证，证明红树湾公司的身份情况；3、施工合同，证明桂林三建承包红树湾公司开发的金海湾居住小区二期D2组团南区高层住宅楼工程，双方存在工程施工合同关系以及合同约定的承包方式、违约责任等；4、二期一区桂林三建施工合同—补充协议，证明桂林三建施工至施工合同约定的拨款节点，红树湾公司未依约支付工程款以及补充协议约定的工程结算单价、付款方式、违约责任等；5、第2期：工程进度拨款申请单，证明2015年1月13日1#楼主体框架封顶，F型填充墙砖砌体已完成至24层，桂林三建为此申请拨付工程款；6、工作联系函，至2015年4月10日3#楼已完成至8层结构，合计完成总产值约7250万元，但红树湾公司仍未支付工程款，导致工程于2015年春节前停工，且造成桂林三建融资利息、设备租赁费等损失；7、回复函，证明红树湾公司确认1#楼主体结构工程款为3855万元，承诺依约承担违约责任；8、借款协议10份、借款担保合同6份、银行付款凭证64份，证明桂林三建为履行与红树湾公司签订的施工合同，高息融资借款3800万元，因红树湾公司未依约支付工程款，致桂林三建承受重大债务负担；9、钢材购销合同、金海湾二期钢材款详情表、民事起诉状、应诉通知书、开庭传票、劳务施工合同、补充协议、索赔报告、防城港市预伴（商品）混凝土供应合同、付款通知函，证明因红树湾公司未依约支付工程款，致使桂林三建遭到巨额索赔；10、商品房预售许可证，11、房屋信息查询证明，12、2015年11月防城港市在售／预约楼盘一览，均证明红树湾公司二期开发的商品房预售数量1863套、现在可售房源371套，已出售1492套，按3500元／㎡计算，红树湾公司回笼资金应有1亿元，其恶意拖欠工程款；13、通知，证明红树湾公司确认1#楼按合同约定已经完成封顶，承认未按约定支付工程款，同意按补充协议第五条第2项承担违约责任；14、付款申请／审批表、审批单，15、付款申请／审批表、审批单，均证明红树湾公司工程部经理、总工、常务副总、执行董事均认可1#楼已封顶，应按合同约定支付工程款。
被告红树湾公司辩称，一、涉案工程未达付款条件。1、桂林三建将涉案工程施工至最高层才是封顶，现其还有两层没有完成、未施工至封顶，约定的付款条件未成就。2、按照约定支付工程款的条件之一是工程要合格，而涉案工程未经验收合格，监理单位也没有提出工程质量合格的报告，故红树湾公司无需支付工程款。二、桂林三建所述与事实不符。1、红树湾公司虽在2015年4月30日的回复函中确认1#楼工程款为3855万元，因桂林三建尚未返还从2013年7月25日至2015年4月30日期间红树湾公司为其垫支的水电费161324.67元，该笔费用应从工程款中扣除，故红树湾公司尚欠的工程款数额并非3855万元。2、因双方签订的《工程质量保修书》约定：本工程约定的工程质量保修金为施工工程结算总价款的3%，发包人在工程竣工验收合格之日起满两年后14天内将保修金的80%返还给承包人，在工程竣工验收合格之日起满五年后14天内将剩余保修金全部返还承包人，故红树湾公司有权扣除3855万元×0.03=115.65万元作为质保金。3、除了桂林三建自认红树湾公司已支付的350万元外，2015年1月至2015年11月期间，红树湾公司又向桂林三建支付工程款701632元：2015年3月26日垫支给桂林三建劳务队工程款10万元、2015年5月11日以曾艳红购C4-3-2-304号房房款和陈巧丽购C4-3-2-203号房房款合计251632元抵工程款、2015年5月18日至2015年11月4日期间，按桂林三建申请向曾品品个人账户支付35万元工程款。综合上述3点，红树湾公司尚欠桂林三建的工程款为33030543.33元。补充协议约定，红树湾公司如有拖欠按所拖欠欠款总额支付每天2‰的违约金至款项付清为止，故桂林三建以3855万元为基数计算违约金错误。三、桂林三建主张的违约金过高。1、补充协议约定红树湾公司承担的逾期付款违约金每天2‰过高，致使桂林三建获得超过法律允许限度的利益，红树湾公司因此可能遭受重大损失，导致当事人事实上的不平等。2、根据《最高人民法院关于适用﹤中华人民共和国合同法﹥若干问题的解释（二）》第二十九的规定，补充协议约定按每日2‰计付违约金，属于过分高于造成的损失。桂林三建未能举证红树湾公司的违约行为给其造成的实际损失，红树湾公司因国内房价市场低迷、国家政策调整等客观因素造成红树湾公司资金链断、至今未付清工程款，并非红树湾公司主观故意不支付工程款，故红树湾公司认为逾期付款损失可以中国人民银行同期同类人民币贷款基准利率为基础，参照逾期罚息利率标准计算。
被告红树湾公司为其辩解提供的证据有：1、银行电汇凭证和付款申请表，证明红树湾公司向桂林三建支付350万元工程款的事实；2、付款凭单和银行回执单，证明红树湾公司帮桂林三建向其劳务队支付10万元；3、项目章使用报验申请表、申请表、付款申请／审批表、房款抵工程款审批表、收据，证明红树湾公司按桂林三建的申请将两套房款抵工程款251632元；4、付款申请／审批表、银行电汇凭证、标准回单和中国建设银行客户专用回单，证明红树湾公司按桂林三建的申请已支付工程款35万元；5、桂林三建公司水、电费明细表，证明红树湾公司代桂林三建垫付水电费161324.67元；6、金海湾小区二期南区D2组团一区桂林三建公司施工用水、电费明细表统计、广西桂林三建公司2013年7月-2015年3月用水、用电度数单、特种转账贷方凭证、中国南方电网发票、中国建设银行客户专用回单，证明桂林三建每月用水、用电数据及项目人员签字附件，红树湾公司代桂林三建垫付水电费161488.47元；7、D户型建施图JS-10、D户型建施图JS-11、D户型建施图JS-14、现场图片2张，证明D户型封顶最高点107.5米，屋面有两部分，一部分为32层（标高99.70米），另一部分为电梯机房屋面（标高107.50米）；8、F户型建施图JS-14、F户型建施图JS-15、F户型建施图JS-16、现场图片1张，证明F户型封顶最高点110.30米，屋面有两部分，一部分为32层（标高99.00米），另一部分为电梯机房屋面（标高105.30米）；9、委托监理合同，证明桂林三建施工工程的质量标准符合国家验收标准等级，红树湾公司才能支付工程款；10、旁站监理记录表，证明32层现浇板最后完成浇筑时间为2015年1月19日，是计算利息的依据。
经质证，原告桂林三建对被告红树湾公司提供的证据1-4无异议；对被告提供的证据5有异议，认为红树湾公司垫付水电费应提供相应的交费凭据；对证据6中2013年7月25日-2014年11月28日的十六张用电、用水度数单的真实性无异议，但2013年12月28日的度数单438立方米错误，应为431立方米，2014年5月30日的度数单914立方米错误，应为390立方米，且红树湾公司未提供相关缴费赁证，不能证明其为桂林三建垫付水电费；而2014年12月29日-2015年8月水电费因红树湾公司未提供相应度数单，或虽提供度数单但未经桂林三建审核确认，且其提供的2015年1月电费缴费单和2015年3月水费缴费单不能证实系桂林三建工地开支的水电费，对红树湾公司的证明目的不予认可；认为证据7、8仅能说明屋面标高以及作为附属设施的电梯房屋面标高，并不能证明主体框架封顶必须施工至电梯房屋面，且桂林三建庭后提供的证据能够证明红树湾公司认可桂林三建按合同约定已完成1#楼封顶，已到付款节点；对证据9监理合同的真实性无法确认，因桂林三建诉请的是其完成主体框架封顶的工程进度款，而工程竣工验收合格是工程结算及支付结算价款的条件，故该份证据不能证明红树湾公司的主张；认为证据10系事后补签，桂林三建提供的工程进度款申请表载明1#楼主体框架封顶时间为2015年1月13日，监理单位审核认定时间是2015年1月15日，红树湾公司也对此签字盖章确认，故该份证据不能证明红树湾公司的主张。
被告红树湾公司对原告桂林三建提供的证据1-7、10-11、13-15的真实性无异议；对证据8的关联性有异议，认为涉案工程系桂林三建垫资施工，红树湾公司对其如何垫资施工不清楚；对证据9的关联性有异议，认为涉案工程约定包工不包料，红树湾公司虽未支付工程款，但桂林三建受材料供应商追索与本案无关；认为证据12政府的信息网评估价仅是信息网的参考信息，不能证明桂林三建的主张；认为证据13双方约定的利息过高，不符合国家规定；对证据14、15的关联性有异议，认为红树湾公司虽同意将房款抵作工程款，但双方对工程封顶的理解不同。
本院对双方均无异议的原告桂林三建提供的证据1-7、10-11、13-15、被告红树湾公司提供的证据1-4予以确认。对双方有异议的证据本院认证如下：原告桂林三建提供的证据8、9涉及案外人利益，所涉款项并非全部用于涉案工程，且被告红树湾公司均不认可，不予采纳；证据12系打印件，本院对其真实性无法查实，不予采纳。被告红树湾公司提供的证据5系其单方制作，桂林三建亦不认可，不予采纳；证据6中的金海湾小区二期南区D2组团一区桂林三建公司施工用水、电费明细表统计系红树湾公司单方制作，且数据统计错误，不予采纳，广西桂林三建公司2013年7月-2014年11月用水、用电度数单十六张因有桂林三建工作人员签字，桂林三建对其真实性无异议，予以采纳，对2014年12月-2015年3月用水、用电度数单因无工作人员签字，且桂林三建亦不认可，不予采纳，特种转账贷方凭证、中国南方电网发票和中国建设银行客户专用回单，未载明用途，不能证明红树湾公司缴纳的水电费用于涉案工程，不予采纳；证据7、8仅能证明屋面标高及作为附属设施的电梯房屋面标高，不能证明涉案工程没有封顶，不予采纳；证据9因涉及案外人利益，不予采纳；证据10不能证明红树湾公司的主张，不予采纳。
综合全案证据，本院确认以下法律事实：2012年12月6日，红树湾公司（发包人）与桂林三建（承包人）签订施工合同，约定工程名称：金海湾居住小区二期D2组团南区高层住宅楼工程；工程内容：框剪结构；1#、2#、3#、5#号楼4栋单体主楼（含商铺）及主楼地下室，总建筑面积约13万㎡；资金来源自筹；承包方式包工包料，承包综合单价按建筑面积1400元／㎡（含主楼、商铺及地下室），合同总价：实际完成建筑面积×1400元／㎡，建筑面积按国家有关规定进行计量；开工日期以书面开工通知为准，合同工期总日历天数730天；工程质量标准按现行国家有关标准评定为合格工程；合同总价暂定18200万元，工程最终结算根据实际完成建筑面积及合同约定进行结算；发包人以银行转账的方式将所有工程款（进度款）转入本合同承包人指定的公司开户银行及账号内。单栋工程施工至六层楼面混凝土浇筑完成之日起14天内向承包人支付已完工程量（含工程变更及签证增加的合同价款等）80%的工程进度款；七层以上工程进度款按月支付，每月的30日前发包人按承包人当月实际完成工作量（含工程变更及签证增加的合同价款等）的80%向承包人支付工程进度款，单栋工程竣工支付至承包人所有已完工程量的90%，工程竣工验收合格之日起28天内支付至合同价款（含工程变更及签证增加的合同价款等）的95%，余款在办理工程竣工结算并经有资质的工程造价咨询部门审定且双方确认之日起7天内，除预留工程结算总造价的3%保修金外，一次性结清；如发生违约，从违约之日起，发包人每月按月利率1.5%向承包人支付违约金或者每年按年利率18%；承包人的损失按实际发生计，所耽误的工期相应顺延；施工合同还对双方的权利义务、施工工期、质量与验收、竣工验收与结算等进行了约定。
施工合同签订后，桂林三建进场对涉案工程进行施工。2014年7月9日，红树湾公司（甲方）与桂林三建（乙方）签订补充协议，约定：甲方同意在原合同包干价1400元／㎡（建筑面积）基础上增加320元／㎡，作为乙方再逐栋续垫资到主体结构封顶补偿差价，结算时按包干价1720元／㎡（建筑面积）×实际完成建筑面积结算，合同未约定的项目或签证按最新定额中值取费不下浮进行决算；在乙方浇筑完承包范围内的每一栋地下室框架顶板及主楼逐栋（每一栋）屋面混凝土25天内支付主体结构工程款，按建筑面积1150元／㎡实际支付，水电、消防、预埋工程款，后期按每两个月完成工程量支付，砖砌工程、内外粉刷、铝合金门窗、消防、水电、涂料、屋面防水及楼梯砖、扶手按实际支付，在单栋工程竣工15天内按建筑面积60元／㎡实际支付，在竣工验收合格一个月内实际支付113元／㎡，余下42元／㎡作为保修金；甲方必须在逐栋（每一栋）浇筑完屋面混凝土25天内按以上约定足额支付工程款，如有拖欠按拖欠款总额支付每天2‰的违约金至款项付清为止；甲方积极筹款，如在双方签订此协议后封顶前有款项提前付给乙方工程款，乙方可按甲方提前支付款项的2‰每日返利给甲方，时间从签订协议后付款至实际浇筑完屋面之日止；乙方必须保证在2015年1月30日之前1#楼封顶，按约足额缴纳施工用水用电费用，甲方每月25日抄表，次月5日之前施工单位付清水电费；补充协议还对双方的其他权利义务进行了约定。
2015年1月13日，桂林三建向红树湾公司申请第2期工程进度款，称其完成合同内工程造价42456160元。监理单位2015年1月15日的审核结果为：1、D2组团1#楼已完成主体工程框架封顶，F型填充墙砖砌体已完成至24层，已完成工程量由双方预算部门核定；2、签证工程量以三方签认的签证单为准。2015年1月20日，红树湾公司的工程部审核意见为：经核本次工程款为3024万元。2015年3月10日，红树湾公司向桂林三建发出通知，称桂林三建承建的1#楼按合同约定已完成封顶，红树湾公司受到各种形势原因的影响，未能按约支付工程款，经董事会讨论决定：红树湾公司违约责任按2014年7月9日签订的补充协议第五条中的第2项执行，望桂林三建接到通知后尽快来红树湾公司对接办理以房款冲抵工程款或按所拖欠款总额支付每天2‰的违约金事宜。2015年4月10日，桂林三建向红树湾公司发工作联系函称，其完成总产值约7250多万元，至今红树湾公司仅支付工程进度款350万元，红树湾公司的拖欠工程款行为造成其受到巨大经济损失，如红树湾公司仍不答复，其将采取相应措施减少损失和维护其合法权益。2015年4月21日，红树湾公司法定代表人孔仕才在该工作联系函上签署意见：收阅，其公司将在3天给答复。2015年4月30日，红树湾公司回复桂林三建：其于2015年1月20日已回复确认1#楼工程量为33525.94㎡，工程款为3024万元；2015年4月27日最终确认桂林三建实际完成工程量为33525.94㎡，工程款为33525.94㎡×1150元／㎡=3855万元；根据合同约定单栋封顶后25天内支付工程款，如未能履行其应按约承担违约责任；其他款项按合同约定未达到付款节点暂不计算；望桂林三建接函后，公司负责人于2015年5月4日至5月6日与红树湾公司协商违约责任及复工事宜。2015年11月因尹超购买金海湾居住小区C4-2-2-304、C4-2-2-404住宅2套（房款总价786350元），陈巧丽购买金海湾居住小区C3-5-1-203、C3-5-1-204、C3-5-1-303住宅3套（房款总价1179525元），桂林三建向红树湾公司申请其中房款251632元和房款377448元在桂林三建金海湾居住小区二期工程款中冲扣，红树湾公司的工程部现场管理人员谢石伟、总工张长荣签字确认涉案工程1#楼已封顶，红树湾公司的工程部经理、常务副总、执行董事均签字同意办理申请抵扣事宜。
2014年1-12月，红树湾公司共向桂林三建转账支付工程款350万元。2015年3月26日、3月30日，红树湾公司分别向安仁江（桂林三建劳务队）转账劳务费3万元、7万元。2015年5月19日至11月4日期间，红树湾公司经桂林三建授权共向曾品品支付涉案工程劳务款35万元。2015年5月11日，因曾艳红购买金海湾居住小区C4-3-2-304号商品房（房款总价393175元）、陈巧丽购买C4-3-2-203住商品房（房款总价393175元），桂林三建向红树湾公司申请其中房款各125816元冲抵桂林三建在金海湾居住小区二期工程款。2015年5月11日，红树湾公司向曾艳红、陈巧丽各出具收据一张，载明共收到交来房款251632元，注明桂林三建用二期D2组团工程款抵房款。红树湾公司共支付涉案工程款4201632元。
经红树湾公司和桂林三建共同确认，桂林三建2013年7月用水307立方米、用电1280度；2013年7月25日至8月26日用水183立方米、用电1680度；2013年8月26日至9月26日用水204立方米、用电5840度；2013年9月26日至10月28日用水338立方米、用电8480度；2013年10月28日至11月28日用水511立方米、用电12320度；2013年11月28日至12月28日用水431立方米、用电5760度；2014年1月至2月用水635立方米、用电7440度；2014年3月用水390立方米、用电7520度；2014年4月用水843立方米、用电6480度；2014年5月用水390立方米、用电5440度；2014年6月用水766立方米、用电6160度；2014年7月用水847立方米、用电6400度；2014年8月用水837立方米、用电9498度；2014年9月用水474立方米、用电9070度；2014年10月用水567立方米、用电10282度；2014年11月用水525立方米、用电10551度。
综合双方当事人的诉辩意见，本案的争议焦点为：一、桂林三建主张红树湾公司支付工程进度款3855万元有无事实和法律依据；二、桂林三建主张红树湾公司从2015年2月7日起至款项付清之日止按每日2‰支付逾期付款违约金有无事实和法律依据。
本院认为，桂林三建和红树湾公司在平等、自愿基础上于2012年12月6日签订的施工合同和2014年7月9日签订的补充协议，是双方当事人的真实意思表示，内容不违反法律、法规的强制性规定，为有效合同。
一、关于桂林三建主张红树湾公司支付工程进度款3855万元有无事实和法律依据的问题。
关于1#楼是否已完成主体封顶的问题。红树湾公司辩称因D2组团1#楼尚未封顶，约定付款条件未成就，其无需支付该笔款项。本院认为，从《第2期：工程进度拨款申请单》、红树湾公司2015年3月10日向桂林三建发出的通知、红树湾公司2015年4月30日对桂林三建的回复函、2015年5月18日桂林三建申请红树湾公司向曾品品转帐支付涉案工程款的付款申请／审批表、尹超和陈巧丽因购买金海湾居住小区商品房填写的付款申请／审批表来看，红树湾公司的工程部现场管理人员谢石伟、总工程师张长荣等多名工作人员已签字认可1#楼已完成主体封顶，且红树湾公司也两次发函确认1#楼已完成封顶，监理单位亦签字盖章1#楼主体已封顶，应当确认1#楼已完成主体封顶，达到双方约定的付款条件，故对红树湾公司的该项辩解，本院不予采信。
关于涉案工程未经验收合格桂林三建能否主张3855万元工程进度款的问题。红树湾公司辩称，涉案工程未经验收合格，付款条件不成就，其不应支付该笔款项。本院认为，工程进度款是工程完成到某一进度部位对承包方已完工程量确认后，发包方应向承包方支付的款项，而工程结算才是对整个工程进行验收基础上的工程款决算。桂林三建在本案中主张的是工程进度款，而红树湾公司在2015年3月10日和4月30日均对桂林三建已完工程量进行确认，并认可该笔款项已达付款节点，故对红树湾公司的该项辩解本院不予采信。
红树湾公司和桂林三建签订施工合同后，桂林三建进场施工。红树湾公司对桂林三建实际完成工程量确认为33525.94㎡，工程款为3855万元，扣除其2014年1-12月向桂林三建支付的工程款350万元、向安仁江支付的劳务费10万元、向曾品品支付的工程劳务款35万元、桂林三建用二期D2组团工程款抵房款的251632元，红树湾公司尚欠桂林三建的工程进度款为34348368元。《中华人民共和国合同法》第二百八十六条规定：“发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款……”，如前所述，桂林三建主张的工程进度款已达双方约定的付款条件，故桂林三建主张红树湾公司支付工程进度款3855万元，本院仅支持红树湾公司尚欠的工程进度款34348368元，超过部分不予支持。红树湾公司辩解应从3855万元中扣除上述款项与事实相符，本院予以支持。双方签字确认的桂林三建用水、用电度数单仅能证明双方对桂林三建实际用水、用电度数的确认，补充协议约定红树湾公司每月25日抄表，次月5日之前桂林三建付清水电费，现因红树湾公司未能提供相应的缴费凭证，故不能证明其已对上述水电费进行垫付，故对红树湾公司要求在3855万元中扣除垫付水电费的辩解本院不予支持。因双方在施工合同中约定支付95%工程进度款后余款在办理工程竣工结算并经有资质的工程造价咨询部门审定且双方确认之日起7天内，除预留工程结算总造价的3%保修金外，一次性结清，而涉案工程尚未竣工结算，桂林三建主张的3855万元是工程进度款并非工程结算总造价，故对红树湾公司主张应从3855万元中扣除3%质保金的辩解不予支持。
二、关于桂林三建主张红树湾公司从2015年2月7日起至款项付清之日止按每日2‰支付逾期付款违约金有无事实和法律依据的问题。
2014年7月9日签订的补充协议是双方对如何支付工程款的约定，双方均应遵守协议之约定。《补充协议》约定在桂林三建浇筑完承包范围内的每一栋地下室框架顶板及主楼逐栋屋面混凝土25天内支付主体结构工程款。监理单位于2015年1月15日确认1#楼主体封顶，红树湾公司应按约在2015年2月9日前足额支付欠付款项，现其仍欠付桂林三建工程款已构成违约。根据《中华人民共和国合同法》第一百一十四条第一款：“当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。”的规定，补充协议约定如有拖欠红树湾公司承担逾期付款违约金，且红树湾公司在2015年3月10日发给桂林三建的通知中明确承诺其违约责任按补充协议执行，故对桂林三建主张红树公司支付逾期付款违约金予以支持，但应从2015年2月10日起计算，而非桂林三建主张的2015年2月7日。
补充协议约定如有拖欠按拖欠款总额支付每天2‰的违约金至款项付清为止。红树湾公司辩称逾期付款违约金约定为每天2‰过高，红树湾公司因国内房价市场低迷、国家政策调整等客观因素至今未付清工程款，并非红树湾公司主观故意不支付工程款，请求调整逾期付款损失以中国人民银行同期同类人民币贷款基准利率为基础，参照逾期罚息利率标准计算。而桂林三建则认为其为履行与红树湾公司签订的施工合同，高息融资借款3800万元，红树湾公司拒不支付工程进度款，致使桂林三建承担重大债务并遭到材料商和劳务队的巨额索赔，逾期付款违约金不应调整。本院认为，庭审中桂林三建自认其提供的融资凭证有些发生在1#楼主体封顶之前，而施工合同约定是桂林三建垫资施工，且这些凭证所涉款项并非全部用于1#楼的施工，根据《中华人民共和国合同法》第一百一十四条第二款：“约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少”和《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国合同法〉若干问题的解释（二）》第二十九条第一款：“当事人主张约定的违约金过高请求予以适当减少的，人民法院应当以实际损失为基础，兼顾合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等综合因素，根据公平原则和诚实信用原则予以衡量，并作出裁决”的规定，从公平原则出发，综合考虑合同的履行情况和红树湾公司的过错程度，本院酌定红树湾公司应当支付的逾期付款违约金标准按年利率18%计算。
因补充协议约定的逾期付款违约金是以所拖欠款总额为基数，而红树湾公司已于1#楼主体封顶之前支付350万元、2015年3月26日支付安仁江3万元、2015年3月30日支付安仁江7万元、2015年5月11日抵房款251632元、截至2015年11月4日支付曾品品35万元，故红树湾公司应承担的逾期付款违约金应按年利率18%计算，从2015年2月10日起以3505万元为基数计至2015年3月26日止；从2015年3月27日以3502万元为基数计至本月30日止；从2015年3月31日起以3495万元为基数计至2015年5月11日止；从2015年5月12日起以34698368元为基数计至2015年11月4日止；从2015年11月5日起以34348368元为基数计至债务还清之日止。
综上所述，依照《中华人民共和国民法通则》第一百零六条第一款，《中华人民共和国合同法》第八条、第一百一十四条第一款、第二款、第二百八十六条，《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国合同法〉若干问题的解释（二）》第二十九条第一款之规定，判决如下：
一、被告广西防城港红树湾房地产开发有限公司向原告桂林三建股份有限公司支付工程进度款34348368元；
二、被告广西防城港红树湾房地产开发有限公司向原告桂林三建股份有限公司支付逾期付款违约金（违约金计算方法：按年利率18%计算，从2015年2月10日起以3505万元为基数计至2015年3月26日止；从2015年3月27日以3502万元为基数计至本月30日止；从2015年3月31日起以3495万元为基数计至2015年5月11日止；从2015年5月12日起以34698368元为基数计至2015年11月4日止；从2015年11月5日起以34348368元为基数计至债务还清之日止）；
三、驳回原告桂林三建股份有限公司的其他诉讼请求。
案件受理费340177元（原告桂林三建股份有限公司已预交），由原告桂林三建股份有限公司负担118032元、被告广西防城港红树湾房地产开发有限公司负担222145元。保全费5000元（原告桂林三建股份有限公司已预交），由被告广西防城港红树湾房地产开发有限公司负担。
本案债务，义务人应于本案判决生效之日起十日内履行完毕，逾期则应加倍支付迟延履行期间的债务利息。债权人可在本案生效判决规定的履行期限的最后一日起两年内向本院申请执行。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院或广西壮族自治区高级人民法院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于广西壮族自治区高级人民法院，同时预交上诉案件受理费340177元（收款单位：广西壮族自治区高级人民法院，开户行：中国农业银行南宁市万象支行，账号：20×××77）。逾期不交也不提出缓交申请的，按自动撤回上诉处理。
审 判 长 崔 静
审 判 员 禤汉奇
代理审判员 刘帅武
二〇一六年五月十日
书 记 员 廖 兰
附：本案判决所依据的相关法律条文
《中华人民共和国民法通则》
第一百零六条公民、法人违反合同或者不履行其他义务的，应当承担民事责任。
公民、法人由于过错侵害国家的、集体的财产，侵害他人财产、人身的，应当承担民事责任。
没有过错，但法律规定应当承担民事责任的，应当承担民事责任。
《中华人民共和国合同法》
第八条依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。
依法成立的合同，受法律保护。
第一百一十四条当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
第二百八十六条发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。发包人逾期不支付的，除按照建设工程的性质不宜折价、拍卖的以外，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以申请人民法院将该工程依法拍卖。建设工程的价款就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿。
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国合同法〉若干问题的解释（二）》
第二十九条当事人主张约定的违约金过高请求予以适当减少的，人民法院应当以实际损失为基础，兼顾合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等综合因素，根据公平原则和诚实信用原则予以衡量，并作出裁决。
当事人约定的违约金超过造成损失的百分之三十的，一般可以认定为合同法第一百一十四条第二款规定的“过分高于造成的损失”。