湖南省高级人民法院
民 事 判 决 书
（2017）湘民终374号
上诉人（原审原告、反诉被告）：益阳高新技术产业资产经营总公司。住所地湖南省益阳市赫山区康富路益阳大剧院旁。
法定代表人：陶世群，该公司董事长。
委托诉讼代理人：李科，湖南天声律师事务所律师。
委托诉讼代理人：周家玉，湖南天声律师事务所律师。
上诉人（原审被告、反诉原告）：湖南德美生物工程有限公司。住所地湖南省益阳市高新技术产业开发区*号。
法定代表人：田大跃，该公司董事长。
委托诉讼代理人：罗广，湖南义剑律师事务所律师。
委托诉讼代理人：贺向明，湖南义剑律师事务所律师。
上诉人益阳高新技术产业资产经营总公司（以下简称高新公司）与上诉人湖南德美生物工程有限公司（以下简称德美公司）合同纠纷一案，湖南省益阳市中级人民法院于2015年3月19日作出（2014）益法民二初字第51号民事判决，高新公司与德美公司均不服，向本院提出上诉。本院于2015年10月8日作出（2015）湘高法民二终字第103号民事裁定，将本案发回湖南省益阳市中级人民法院重审。该院重审后于2017年5月27日作出（2015）益法民二初字第43号民事判决，高新公司与德美公司均不服，向本院提起上诉。本院于2017年7月17日立案受理后，依法组成合议庭，开庭进行了审理。高新公司的委托诉讼代理人李科、周家玉，德美公司的法定代表人田大跃及其委托诉讼代理人罗广、贺向明到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
高新公司上诉请求：1.请求撤销原审判决第二项，依法确认高新公司还应支付给德美公司的退出补偿款数额为6570200元；2.请求依法撤销原审判决第二项中“限在判决生效后三日内付清”的内容；3.本案诉讼费用由德美公司承担。事实与理由：1.原审判决高新公司支付德美公司“或有经济损失”6182800元错误。原审判决一方面认定《湖南德美生物工程有限公司项目退出协议书》（以下简称《退退出协议》）和《湖南德美生物工程有限公司项目退出协议补充协议》（以下简称《补充协议》）合法有效，另一方面又以《退出协议》明显有悖公平原则，认为湖南湘亚资产评估事务所（以下简称湘亚评估所）的评估报告符合德美公司的实际情况，对其结论予以整体采信，该裁判理由明显错误。在重审一审阶段，德美公司两次申请对其无形资产、或有损失进行鉴定，但两鉴定机构均认为上诉人所提供的资料不足，无法作出鉴定结论，由此可见，湘亚评估所作出的评估报告对于该部分损失的鉴定结论是不准确的，应当不予认定。2.原审判决超越原一审判决确认的补偿款数额是错误的。原审判决认定湘亚评估所的评估结论，其中包含或有损失6182800元错误，应核减680万元。3.原审判决违反民事诉讼不告不理的原则。德美公司并未提出显失公平的抗辩主张，更未依法行使撤销权，原审判决直接以显失公平为由裁判确认或有损失错误。原审判决要求高新公司在判决生效三日内向德美公司支付补偿款超出德美公司诉讼请求范围。4.原审判决自相矛盾。既认定《退出协议》和《补充协议》有效，又不按协议内容进行裁判，对于补偿款的支付时间、支付方式均作了变更；既驳回德美公司的全部反诉请求，又支持德美公司提出的或有损失和停产停业损失；既采信高新公司诉湘亚评估所的判决，又不引用其中对湘亚评估所不利的裁判说理内容；原审判决对原一审判决查明的事实予以认定，但又超越原一审判决认定的补偿款数额予以裁判。5.原审判决结果与双方有效协议约定的内容不符。《退出协议》第一条以及有关备忘录明确约定了退出补偿款所涵盖的范围，其中并没有或有损失的约定。两协议约定最终确认的剩余补偿款应打入双控账户，而非直接支付给德美公司。两协议对后续补偿款的支付有明确时间节点和所附条件，原审判决生效后三日内全部付清不符合协议约定。综上，高新公司不应承担德美公司扩能项目、或有经济损失和停产停业损失。
德美公司答辩称：1.高新公司要求确认补偿款的数额，其请求本身就是错误的，该请求不可诉；2.原审判决高新公司在判决生效以后三日内支付补偿款，而不是按双方协议支付，是因为按照国务院590号令的规定，本来就应当先补偿再搬迁，原审判决要求高新公司立即支付是合法的。
德美公司上诉请求：1.请求撤销原审判决，在原评估价格基础上进行补充评估，并重新确认补偿价款；2.判令高新公司承担违约金17858315.88元（计算至2017年6月15日止），并赔偿德美公司停产期间及知识产权丧失损失1000万元；3.驳回高新公司起诉，恢复德美公司提起的行政诉讼案件的审理，或者按行政行为的补偿规定计算补偿费；4.判令高新公司承担全部诉讼费用。事实与理由：1.原审判决所依据的评估报告已经过时，以原有评估报告判决确定最后的补偿有失公平，应当对德美公司增加的损失进行补充评估。现在的人工、土地、房屋等价格都比2013年评估时大幅上涨，高新公司违约不履行协议，但获得价格上涨所带来的利益,有失公平原则。2.高新公司至少应当赔偿德美公司的损失17008922.5元。由于高新公司未按时支付补偿金，造成德美公司仅同期贷款利息直接损失就达7008922.05元。且导致德美公司的兽药生产许可证、GMP准入证、预混合饲料生产许可证等证书作废，高新技术产品停止生产，市场的客户流失等损失达1000万元以上。3.高新公司应当在评估报告生效后的三个工作日即2013年10月15日支付剩余款项，或至少应当在高新公司诉湘亚评估所案判决生效之日起三个工作日即2014年12月10日支付剩余款项。4.高新公司的行为应当按照行政法规予以处置。高新公司与益阳高新技术产业开发区管理委员会（以下简称高新区管委会）实际是一套人马，政企不分，“退二进三”的决定是由高新区管委会而不是高新公司作出的，实际为行政行为。本案的补偿应按照行政法律法规所规定的程序予以处理。评估报告的效力应按《国有土地房屋征收与补偿条例》（国务院第590号令，以下简称《征补条例》）之规定来确认，补偿款应按照评估报告被确认之日（2013年10月10日）起三个工作日内由高新公司支付，逾期则应当按《退出协议》之约定承担违约金17858315.88元(从2013年10月15日计算至2017年6月15日止)，并计算至实际付清之日止。
高新公司答辩称：1.德美公司认为原评估报告不能采信，能够进一步说明原审认定或有损失毫无依据，事实上双方的《退出协议》和《补充协议》已经部分履行，国有土地使用权已收储，所涉厂房产权已经过户登记，相关标的物所拥有的物权权益应当归有高新公司所有。因此，德美公司要求再进行重新评估没有依据。2.德美公司在原审时就湘亚评估所的评估并没有申请重新鉴定，其对于相关知识产权损失申请鉴定，也因资料等原因无法进行。因此，德美公司应当承担举证不能的法律后果。3.本案属于民事纠纷，不是行政征迁纠纷，应当遵照民事诉讼依法处理。据此，请求依法驳回德美公司的全部上诉请求。
原审法院认定事实，德美公司系生产动物药品、生物饲料等高新技术产品的企业。2000年10月8日，德美公司与益阳市朝阳综合经济开发总公司（以下简称朝阳公司，后变更为高新公司）签订《提供用地协议书》;2003年3月25日，德美公司又与朝阳公司签订《提供用地协议书》。德美公司经上述两次协议获得17.24亩生产建设用地，后在益阳市高新技术产业区8号地上先后修建了办公楼、厂房等设施，购置了生产设备，投入了生产。
2008年11月19日，益阳市发展和改革委员会对德美公司报送的《关于核准年产3000吨德美南参畜宝生物饲料添加剂产业化及仓储项目的请示》予以核准。2010年7月14日，德美公司向高新区管委会提交《关于请求新建德美科研综合办公大楼、职工住房、仓储及其他配套设施的请示》，未获高新区管委会批准。2011年11月7日，高新区管委会向德美公司作出《关于德美公司要求确认“退二进三”的回复函》，该函载明：德美公司所报《关于确认“退二进三”的函》收悉，根据益阳市中心城区整体规划，德美公司现有位置拟调整为第三产业用地，不再用于工业项目发展，德美公司用地属于该区域范畴，将依法依规对德美公司项目实行“退二进三”。
2013年4月3日，高新公司（甲方）与德美公司（乙方）签订《退出协议》，协议约定，德美公司退出现址，由高新公司给予一定补偿；补偿款由双方共同委托评估机构依据2011年1月国务院《征补条例》对德美公司资产进行评估，双方对评估结论进行认可后，由高新公司按约予以补偿；如一方对评估结论有异议，可要求评估机构对异议部分进行复核评估，如仍有分歧则依法依规通过法律途径确定；在双方协商确认结果或依法确认结果后十五日内，由高新公司向德美公司一次性支付补偿款的80%，剩余补偿款在德美公司全部退出后十五个工作日内由高新公司支付完毕；德美公司在收到高新公司第一笔补偿款后七日内启动搬迁工作；德美公司在启动退出工作后三十天内按照评估报告将可搬迁固定资产全部搬迁完毕，并对评估报告所列不可搬迁资产按照评估报告清单进行清点后移交高新公司；如履行协议过程中出现分歧，双方不能协商解决，需提起诉讼的，向履约地人民法院起诉；若甲方不能按时支付相应退出补偿款，乙方退出时间相应顺延，甲方按未付款项的同期贷款利率的二倍向乙方支付违约金，超过六十天，按四倍支付违约金，乙方未在合同约定的时间内搬迁完毕并退出，乙方按甲方已付款项的同期贷款利率的二倍向甲方支付违约金，超过六十天，按四倍支付违约金。《退出协议》签订后，双方于2013年5月9日签订《关于德美公司项目退出有关问题备忘录》，备忘录载明：《退出协议》系双方真实意思表示，双方承诺，严格遵守合同条款；评估内容确定为土地使用权价值、《征补条例》规定的补偿内容。《征补条例》第十七条规定，对被征收人给予的补偿包括：被征收房屋价值的补偿；因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿；因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。
高新公司与德美公司就评估问题协商后，于2013年5月10日与湘亚评估所签订了《资产评估项目委托服务合同书》，共同委托湘亚评估所对德美公司资产进行评估。该合同书约定，评估内容为德美公司土地使用权价值、《征补条例》规定的补偿内容。2013年9月18日，湘亚评估所出具湘亚评报字（2013）第02号《资产评估报告》，评估结果总计为39006700元,其中建筑物和构筑物10876500元、土地使用权14965000元、苗木和绿化497600元、设备及设备迁移费1440000元、地下网管设施265300元、电网及设施84200元、消防设施241600元、停产停业损失4453700元、德美南参畜宝产业化扩能项目停建或有经济损失6182800元。湘亚评估所在资产评估报告的评估方法中明确，或有经济损失的评估值仅作为双方协商补偿标准的参考依据，双方协商不成则依法确认；在资产评估说明中又注明，或有经济损失的评估值不作为全额确保补偿的直接结论，仅为补偿作协商参考依据。评估报告另载明，评估结论的使用有效期为一年，超过一年需重新进行评估（高新公司在本案重审时表示，除不认可或有经济损失外，其余评估结论可不另作评估；德美公司则表示原评估结论可继续有效）。该评估报告送达后，高新公司就“或有经济损失”明显超出委托评估范围、对停产停业损失作扩张解释、法理依据和事实证据不足、土地评估价过高、建筑物成新率过高等内容提出复核评估申请。湘亚评估所复核后，予以维持。之后，高新公司向湘亚评估所、德美公司分别发函表示不认可该评估报告。高新公司以湘亚评估所未按评估准则和操作规范以及委托内容进行评估，致使其委托合同目的不能实现为由，于2013年11月将湘亚评估所诉至法院（德美公司为第三人），要求解除三方签订的资产评估项目委托服务合同并赔偿相应损失。益阳市赫山区人民法院于2014年8月7日作出（2013）益赫民二初字第685号民事判决，驳回其诉讼请求，原审法院于2014年12月5日以（2014）益法民二终字第162号民事判决维持了前述一审判决。
2013年12月17日，高新公司与德美公司签订《补充协议》约定，高新公司同意先行支付首笔补偿款1800万元，专款用于办理收储德美公司土地、将房屋变更登记至高新公司名下；德美公司在首笔补偿款到账后十五个工作日内，配合高新公司办妥有关土地的收储手续和有关房屋的过户手续；高新公司在办妥上述手续后，协助德美公司将首笔补偿款1800万元支付到德美公司账户；德美公司在履行上述义务后，高新公司在十个工作日内再支付第二笔补偿款190万元，专款用于德美公司支付拖欠工人工资和启动搬迁工作的前期费用；高新公司应付德美公司的最终补偿款总额“依法依规通过法律途径确认”，并实行“多退少补”；如通过法律途径确认高新公司除上述1990万元以外还应支付德美公司退出剩余补偿款，则高新公司在最终确认结果生效后三个工作日内将剩余补偿款打入上述双控账号，并根据德美公司按《搬离时间表》搬迁实施程度分批次分段等额支付相应款项，其中最后一笔款项在德美公司按约全部搬离时立即支付；德美公司在最终确认结果生效后三个月内完成所有搬迁、移交、协助工作；甲方未按约付款和乙方未按时完成搬迁等工作，均应以未付款和已付款金额（为基数）按四倍同期贷款利率向对方支付违约金；该协议附有《搬离时间表》《拟移交财物清单》作为协议的组成部分。
2014年1月，高新公司先后四次通过银行转帐共向德美公司支付补偿款1990万元，德美公司配合国土部门办妥了土地收回手续，配合高新公司将房屋过户到了高新公司名下。但德美公司并未迁移生产设备和办理房屋交接手续。因高新公司不认可评估结论，高新公司与德美公司就补偿款数额进行了多轮协商，未能达成一致，酿成本案纠纷。
2016年6月及2017年1月，高新公司另给付德美公司共190万元。至此，高新公司共付款2180万元。
原审期间，高新公司提出《司法鉴定申请书》，申请对高新公司应支付给德美公司的退出补偿款数额进行鉴定，即对本案所涉德美公司的土地使用权价值、有关房屋价值、搬迁临时安置费、停产停业损失四项内容进行鉴定。原审法院依法委托益阳市资阳区价格认证中心对上述内容进行鉴定，因德美公司未提供鉴定所需资料，司法鉴定委托工作被终止。德美公司就其停产损失及停产导致的无形资产及知识产权损失申请司法鉴定。经原审法院委托后，益阳中天会计师事务所没有作出评估结论，国众联资产评估土地房地产估价有限公司湖南分公司则以德美公司未能取得国家专利局颁发的发明、专利证书等为由，未对德美公司无形资产（含知识产权和扩能项目）作出评估。
另查明，高新公司的营业执照载明，其经济性质为全民所有制企业。德美公司于2011年获得农业部颁发的兽药生产质量管理规范（GMP）证书及兽药生产许可证和添加剂预混合饲料生产许可证三证的有效期至2016年11月止，德美公司生产的兽医用药、兽医用饲料添加剂、兽医用制剂在国家商标局获得了商标注册证，德美公司法定代表人田大跃于2011年2月就该公司生产用药膜机、带润湿装置的泡药机、一种多功能中草药成药设备、制备兽药液剂的提取浓缩装置均获得了国家知识产权局颁发的四项实用新型专利证书。
原审法院认为，本案的争议焦点是：1.高新公司与德美公司签订的《退出协议》《补充协议》是否合法有效；2.高新公司是否应按资产评估报告评估的价值支付补偿款给德美公司；3.德美公司是否应在本案判决生效后三个月内完成所有搬迁、财物移交等协助工作；4.高新公司有无违约行为，应否承担违约责任，高新公司应否对德美公司的无形资产（含知识产权及扩能项目）损失承担赔偿责任。
一、高新公司系全民所有制企业，德美公司系公司制企业，双方均系平等的民事主体。高新公司与德美公司签订《退出协议》《补充协议》，就德美公司退出现址，不再从事工业项目生产，由高新公司给予一定补偿，以及对补偿额的确定、支付方式、退出时间、违约责任、争议解决方式等内容作出的约定，是双方自愿、平等协商后的结果，协议内容是双方的真实意思表示，不违反法律、行政法规强制性规定，故《退出协议》《补充协议》合法有效，双方应继续履行。《退出协议》虽然约定项目退出补偿款由评估机构依据《征补条例》进行评估，但双方在委托评估合同中又明确了评估内容为项目占用的土地使用权价值及《征补条例》规定的内容，且双方在协议中还明确了补偿款需根据项目搬迁进度分批给付，高新公司亦已支付了部分补偿款，德美公司也配合办理了土地及房产过户手续，而双方并未在协议中约定补偿款先到位、项目再搬迁，所以，本案并非具有行政隶属关系的单一房屋（征收）拆迁补偿纠纷，而是具有多项内容的平等民事主体之间的项目退出合同纠纷。据此，德美公司所提高新公司是民事兼行政主体，《退出协议》不是平等主体之间的合同行为，而是行政征收行为；认为补偿数额只能依《征补条例》的规定通过房地产专家委员会复核评估解决，不应通过诉讼确认；《退出协议》及《补充协议》因未遵循先补偿后搬迁的原则而违反了法律禁止性规定、《补充协议》不应受到法律保护的诉辨意见，因与客观事实不符，与协议约定不符而不能成立，不予采信。
二、高新公司是否应按资产评估报告评估的价值支付补偿款给德美公司，因《征补条例》是针对国有土地上房屋被征收情况下规范的补偿等事项，它并未涉及非征收情况下的绿化补偿、设备迁移补偿、企业或有损失补偿等内容，而本案涉及的补偿对象并非被征收，是一个已经依法注册成立，经出让程序取得国有土地使用权，正在生产经营的有一定规模且有较好发展前景的高新技术企业，故仍依《征补条例》限定本案补偿范围或内容，明显有悖公平原则，应根据退出企业的实际情况进行全面、合理评估。湘亚评估所作出的评估报告，符合德美公司的实际情况，其结论具有客观真实性和合理性，对其评估结论予以整体采信。评估报告中就德美公司南参畜宝扩能项目或有经济损失作出的评估，是双方当事人在一年有效期内可协商（变更）的参考值，在时隔若干年后，在双方协商不成的情况下，在德美公司兽药及饲料许可证失效的情况下，且“退二进三”是该扩能项目不能上马的直接原因之一，该“或有经济损失”值不应再作变更。高新公司所提评估报告中的或有经济损失系超出委托内容而不应给付的诉讼理由，因与本案实际情况不符而不能成立，不予支持，高新公司应按整体评估结论向德美公司支付剩余补偿款即17206700元。
三、德美公司是否应在本案判决生效后三个月内完成所有搬迁、财物移交等协助工作。因《退出协议》和《补充协议》合法有效，协议对补偿数额的确定、补偿款的给付方式、搬迁移交工作等事项均作了约定，但并未约定先补偿后搬迁，故在本案补偿数额确认后，德美公司应在剩余补偿款到位后的三个月内完成所有搬迁、财物移交等协助工作。德美公司所提《补充协议》无效、高新公司不应提起诉讼的答辨意见因与客观事实不符且无行政征收决定等相关证据证实而不能成立，不予支持。
四、湘亚评估所的评估报告作出后，因双方对其中的应付补偿额未能达成一致意见且形成诉讼，而《退出协议》和《补充协议》均明确双方对补偿额有争议且协商不成时依法律途径确定，故在本案终结前，双方当事人均无明显违约行为。德美公司所提高新公司存在违约行为，应对其支付（几倍贷款利率）违约金的反诉请求不能成立，不予支持。德美公司作为生产兽药及相关饲料的企业，其许可证和专利证的功能均系服务于该企业的生产经营，故在湘亚评估所已对其停产停业损失及扩能项目的损失予以了评估的情况下，德美公司另就无形资产或知识产权损失所提赔偿请求，属于重复请求，对其该项反诉请求亦不予支持。
综上所述，高新公司请求确认其与德美公司签订的《退出协议》《补充协议》合法有效，应继续履行的诉讼请求成立，予以支持。对高新公司要求确认其应支付给德美公司补偿款数额，依法确认为39006700元。德美公司的反诉请求依法不能成立，不予支持。依照《中华人民共和国合同法》第四十四条、第六十条规定，判决：一、确认高新公司与德美公司于2013年4月3日签订的《退出协议书》、2013年12月17日签订的《补充协议》合法有效；二、确认高新公司支付德美公司退出补偿款39006700元，剔除已支付的2180万元，高新公司还应支付德美公司退出补偿款17206700元，限在判决生效后三日内付清；三、德美公司继续履行《退出协议》《补充协议》，即在判决生效后三个月内完成所有搬迁、移交、协助工作；四、驳回德美公司的反诉请求。一审案件受理费136400元，评估费54000元，反诉案件受理费100000元，共计290400元，由高新公司负担174240元，德美公司负担116160元。
本院二审期间，当事人围绕上诉请求依法提交了证据。本院组织双方当事人进行了质证。对双方提交的证据，本院认为均无法达到各自的证明目的，与本案的审理不具有关联性，不予采信。
本院二审查明的事实与原审查明的事实一致，予以确认。
本院认为，本案的争议焦点有三，分别评析如下：
一、高新公司能否提起本案民事诉讼。从高新公司向原审法院提起的诉讼请求来看，为请求确认《退出协议》和《补充协议》有效，确认其应付给德美公司的补偿款数额，以及要求德美公司继续履行《退出协议》和《补充协议》。其诉讼请求主要依据双方签订的《退出协议》。而从《退出协议》的内容来看，首部明确系因规划调整及市经信委项目专家评审意见，高新区通知德美公司退出现址，不再从事工业项目生产。由此可以看出，决定让德美公司退出现址确实为政府的行政决策行为。但在德美公司同意配合政府规划、退出现址之后，高新公司才代表政府与德美公司签订《退出协议》，《退出协议》中关于补偿款数额的确定、支付方式、退出时间、违约责任等内容均系高新公司与德美公司协商的结果，是高新公司代表政府与德美公司达成的民事协议，而非高新公司代表政府所作的具体行政行为。双方在“合同争议解决”中还约定，如履行协议过程中出现分歧，双方协商不能解决，则向履约地人民法院起诉，而非约定以作出具体行政行为行政机关所在地法院为管辖法院，也符合双方对《退出协议》为民事法律关系的基本认识。故高新公司以德美公司为被告向原审法院提起本案民事诉讼，符合法律规定，德美公司提出《退出协议》并非平等主体之间的平等交易，而系行政征收关系的主张不能成立，本院不予支持。
二、高新公司应支付德美公司多少补偿款。原审判决高新公司还应支付德美公司17206700元，高新公司上诉请求为确认还应支付德美公司6570200元,并提出对湘亚评估所的评估结论中6182800元或有经济损失以及4453700元停产停业损失应予扣减。本院认为，高新公司与德美公司签订的《退出协议》约定，德美公司负责督促评估公司按照2011年1月中华人民共和国国务院令第590号《征补条例》进行评估，同时约定如一方对评估结果有异议，可要求评估机构对异议部分进行复核评估，如仍有分歧则通过法律途径确定。从双方的约定来看，并未对补偿的范围予以限定，仅明确以《征补条例》作为评估标准。而双方对于“或有经济损失”是否为《征补条例》规定的内容存在争议，在高新公司对评估报告多次提出异议后，湘亚评估所经几次复核，仍维持原评估结论，且在评估结论中注明“或有经济损失评估的预设前提为，评估依据德美公司提供的停产停业经济损失申报表进行评估，并认定符合《征补条例》关于停产停业经济损失的界定范畴；高新区'退二进三'是影响第三人扩能项目不能上马的直接原因；该项目持续经营、按规定正常纳税；”从该描述来看，若预设的条件均成立，就可以认定“或有经济损失”。湖南省益阳市中级人民法院作出的（2014）益法民二终字第162号生效民事判决已经认定湘亚评估所的评估结论并未违反法律法规和行业准则，高新公司在未提供证据证明湘亚评估所评估结论所预设的条件不能成立的情况下，请求核减6182800元“或有经济损失”没有依据。关于停产停业损失4453700元。德美公司系因落实政府的“退二进三”决策而导致停产停业，对其因停产停业造成的损失应该予以补偿，高新公司提出应核减该部分损失，但未提供核减的具体内容且无相应的证据证明，故对高新公司该上诉理由亦不予支持。原审法院按照湘亚评估所评估结论确定的数额，核减高新已经支付的2180万元，认定高新公司还应支付德美公司补偿款17206700元正确。
三、关于德美公司要求高新公司承担17858315.88元违约金及知识产权丧失损失1000万元能否支持的问题。高新公司与德美公司在《退出协议》中已经明确约定对德美公司的补偿以评估报告为准，而德美公司主张的1000万元知识产权损失不在该评估范围之内，也不在《退出协议》约定的赔偿范围之中，故对德美公司该主张不应予以支持。关于德美公司主张的17858315.88元违约金问题。《退出协议》对高新公司不能按时支付退出补偿款约定了按未付款项的同期贷款利率的二倍向德美公司支付违约金，虽然双方一直因补偿款的数额存在争议，高新公司也支付给了德美公司2180万元，但在双方共同委托的湘亚评估所的评估结论出具后，高新公司作为代表政府“退二进三”规划的实施者、合同相对方，未能积极配合妥善解决企业的搬迁补偿、退出等后续问题，造成双方纠纷至今未能解决，应负较大责任。对此，本院酌定由高新公司以未付款17206700元为基数，按人民银行同期同类贷款利率为标准自2013年11月8日（高新公司提起本案诉讼之日）起至付清之日止向德美公司支付逾期付款利息。对于德美公司主张的其他违约金损失因缺乏充分的事实和法律依据，本院不予支持。
高新公司与德美公司因补偿款数额的确认已经多年诉讼，补偿款的支付时间以及德美公司的搬迁时限已经远远超出《退出协议》的约定，原审法院根据实际情况确定高新公司在判决生效后三日内付清补偿款，德美公司在判决生效后三个月内完成搬迁、移交、协助工作并无不当，故高新公司提出原审判决超出德美公司诉讼请求的主张不能成立。
综上所述，高新公司的上诉请求不能成立，应予驳回；德美公司的上诉请求部分成立，部分予以支持。依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百一十四条，《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第二项规定，判决如下：
一、维持湖南省益阳市中级人民法院（2015）益法民二初字第43号民事判决第一、三项；
二、撤销湖南省益阳市中级人民法院（2015）益法民二初字第43号民事判决第四项；
三、变更湖南省益阳市中级人民法院（2015）益法民二初字第43号民事判决第二项为“确认益阳高新技术产业资产经营总公司支付湖南德美生物工程有限公司退出补偿款39006700元，剔除已支付的2180万元，益阳高新技术产业资产经营总公司于本判决生效之日起三日内支付湖南德美生物工程有限公司退出补偿款17206700元及其利息（按人民银行同期同类贷款利率，自2013年11月8日起计算至付清之日止）；
四、驳回湖南德美生物工程有限公司其他反诉请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
二审案件受理费81100元，由益阳高新技术产业资产经营总公司负担48660元，湖南德美生物工程有限公司负担32440元。
本判决为终审判决。
审 判 长 张 兰
审 判 员 张 隽
审 判 员 贾小弟
二〇一七年十月十六日
代理书记员 程似锦