重庆市第五中级人民法院
民 事 判 决 书
（2015）渝五中法民终字第05659号
上诉人（原审被告）重庆长坪建设集团有限公司，住所地：重庆市巴南区渝南大道162号。
法定代表人周陵，董事长。
委托代理人刘瑛，北京大成（重庆）律师事务所律师。
委托代理人魏娜，北京大成（重庆）律师事务所律师。
被上诉人（原审原告）重庆南迪建筑劳务有限公司，住所地：重庆市巴南区鱼洞下河路42号2-4#。
法定代表人彭建华，总经理。
委托代理人余治发，重庆诺绅律师事务所律师。
上诉人重庆长坪建设集团有限公司（以下简称长坪公司）与被上诉人重庆南迪建筑劳务有限公司（以下简称南迪公司）因建设工程施工合同纠纷一案，不服重庆市巴南区人民法院（2014）巴法民初字第04843号民事判决，向本院提起上诉，本院依法组成合议庭审理了本案，现已审理终结。
原审法院审理查明：2011年7月15日，南迪公司（乙方）与长坪公司（甲方）签订建设工程施工劳务分包合同约定，甲方将位于重庆市南岸区茶园新区的同景国际城L组团I标段建筑面积约为3.7万平方米的建设工程劳务分包给乙方。工程范围：施工图所示土建范围底层室内地坪（含地坪、垫层）标高以上所有主体结构（含钢筋制安、模板制安、商品砼自拌砼浇灌、砖砌体、抹灰、地坪外墙抹灰、补烂、户外1.2米宽的散水及清洁卫生）的全部土建人工费及各工种工器具、机械，材料上下车及重复转运，辅材（铁钉、铁丝、双面胶、封口胶及脱模剂等）、电渣焊、扎丝、焊条、对拉螺杆螺帽、拉杆导管、机械连接、二次结构植筋、安全文明施工防护架、棚及栏杆（含二次搭拆、钢管油漆），其余材料设备均由乙方提供如塔吊、强力搅拌机、操作工、指挥工、三级配电箱以及电缆、电箱、灰盆、吊篮、吊斗、卸料平台、架管、木方、九夹板、安全网、钢丝网、油漆（防护架用）、外加剂、高强丝杆等全部工程所需的工具、机械设备及主要材料，安装工程及其他分包工程的修补清洁等工作内容。除甲方提供钢材、砼、水泥、砖、砂、石子外的其他材料外均由乙方提供。水电安装、防雷、电梯安装、防水、涂料、油漆、门窗、外墙保温、烟道安装、外墙漆、外墙面砖（石材）、栏杆不属此承包范围。劳务费用按建筑面积计算，综合包干单价380元／㎡。工期为2011年7月10日至2012年6月30日。甲方委派周正为工地项目经理，乙方委派李明福为工地项目经理。甲方若不按时支付劳务费，每日按拖欠金额的0.06%向乙方计付违约金，若拖欠超过30天，每日按拖欠金额的0.5%向乙方计付违约金。合同签订后3天内乙方向甲方交履约保证金80万元。
合同签订后，南迪公司向长坪公司支付履约保证金60万元并进场施工，2011年12月28日，双方签订补充协议（以下简称11-12-28补充协议）约定：同景国际城L组团I标段项目所有的栋号＋00基础以下部位（包括架空层）的模板材料费、钢管木方周转材料使用费、人工费、铁丝铁钉、零星材料费等以50元／㎡计，如果逾期罚1-2万元。工期从2012年1月1日起至2012年3月15日止。工程全部完工60日内付清所有材料费及人工费。2012年3月2日，双方就同景国际城L组团I标段1～6楼剔打砼线条劳务达成补充协议（以下简称12-3-2补充协议）约定：1-6号楼砼线条由南迪公司完成，按13元／㎡计劳务费。
2013年1月14日，双方就涉案工程付款及结算等问题签订2013年春节前协调会议纪要（以下简称13-1-14纪要）约定：2013年2月5日前，长坪公司支付南迪公司至少200万元劳务费。2013年9月16日，涉案工程竣工验收。2014年1月20日，双方签订《同景国际L组团项目南迪劳务费结算会议纪要》约定：1、原劳务施工合同380元／㎡，除去钢筋、砼、外架三个分项工程由项目部（苏麒麟）直接支付后按328元／㎡结算；2、南迪公司向陈世礼、黄明康、何灼清三人共支付工伤事故赔偿28万元（其中何灼清按11万元计）扣除南迪公司已按2万元／人共计支付6万元外，余22万元由项目部（苏麒麟）与南迪公司各承担11万元，若终审判决书确定何灼清赔偿金额超出或减少预计9万元，双方各承担50%；3、钢管、扣件及塔吊费用13-1-14纪要，原合同约定塔吊18元／㎡、架管及扣件20元／㎡，超出38元／㎡的部分由项目部（苏麒麟）与南迪公司各承担50%，即结算暂按南迪公司报送的639088.88元各承担50%，具体金额以双方于2014年3月31日前核实为准，项目部（苏麒麟）直接支付的塔吊、架管及扣件所产生的租赁费、塔吊工资由项目部（苏麒麟）承担。13-1-14纪要第二条不再执行；4、同景国际L组团劳务费结算总金额为13425110.43元，详细清单为附件《同景国际L组团南迪劳务费结算表》，除会议纪要第一项的第2条、第3条可调整外，双方不得对结算总额进行调整；5、2014年1月28日前项目部（苏麒麟）支付南迪公司劳务费100万元，同年7月31日前付足劳务费总额的92%，同年9月30日前支付至98%，留2%为质保金，按原合同约定时间支付。若项目部（苏麒麟）未按上述约定支付劳务费，每日按未付金额的0.1%承担违约金。已收款项以双方签字确认金额为准，并于2014年3月31日前确定。2014年8月6日，双方就《同景国际L组团项目南迪劳务费结算会议纪要》签订补充协议（以下简称14-8-6补充协议）约定：1、由乙方（南迪公司）向法院提起诉讼，法院一审判决的结算金额为甲方（长坪公司）先行支付的付款依据；2、甲方在2014年8月12日前付给乙方60万元劳务工程款，如果法院在9月30日未判决则甲方支付劳务工程款60万元给乙方，如判决金额少于累计已付款，则从多付款之日起按多付金额每日以千分之一计付利息，余款依据法院一审判决甲方未付款金额的付款之日甲方无条件全额付给乙方。长坪公司于2014年9月30日前支付南迪公司劳务费共计11496154.12元，其中，长坪公司于2014年1月27日支付南迪公司劳务费100万元，同年9月30日，借支南迪公司劳务费60万元。同年8月12日，长坪公司归还南迪公司保证金60万元。南迪公司向长坪公司催收工程款未果，遂向法院提起诉讼。
另查明，重庆市第五中级人民法院（以下简称五中院）（2014）渝五中法民终字第00980号民事调解书（以下简称00980号民事调解书）于2014年4月9日确认南迪公司与何灼清达成的调解协议即南迪公司支付何灼清工伤保险待遇赔偿款及其他补偿费用共计6万元。
原审原告南迪公司诉称：2011年7月15日，南迪公司与长坪公司签订建设工程施工劳务分包合同约定，长坪公司将位于重庆市南岸区茶园新区的同景国际城L组团I标段的建设工程劳务分包给南迪公司施工，劳务费实行综合单价包干380元／平方米；劳务报酬支付：由劳务分包人垫资施工第一批（1-6栋）封顶后，业主方付款7天内支付人工费及完成产值的75%，第二批（共6栋）结构全封顶后，业主方付款7天内支付垫资部分人工费的75%；以后每月25日报上月25日至当月24日期间完成工程量，次月20日前支付上月完成工程量的75%，工程完工后3个月支付到已完工程量的85%；竣工验收后1个月内支付已完工程量的90%；3个月支付已完工程量的98%；留2%为质量保修金，质量保修期满1年后30天内付清余款；进度款支付原则参照开发公司与总包单位时间进行支付。合同签订后，南迪公司按约定进场施工并于2013年9月16日竣工验收。2014年1月20日，双方达成会议纪要（以下简称14-1-20纪要）确认涉案工程劳务费结算总金额为13425110.43元。因何灼清工伤赔偿6万元，据该纪要约定各方承担比例，应从劳务费中扣减长坪公司承担的何灼清工伤赔偿19551元，即长坪公司应支付劳务费共计13405559.43元。长坪公司已付款12096154.12元，其中60万元系退还南迪公司的履约保证金，另60万元系南迪公司向长坪公司借支的劳务费，该二笔款项120万元不应抵扣长坪公司应付的工程款，故长坪公司已支付工程款10896154.12元，长坪公司欠劳务费2509405.31元。据劳务分包合同约定，长坪公司不按约定支付劳务费的，应按拖欠金额以每日千分之六的标准支付违约金，拖欠超过30天，按每日千分之五支付违约金。南迪公司遂诉请长坪公司支付劳务费2509405.31元、并以欠款金额为基数，拖欠30天内的以每日万分之六的标准计付违约金，拖欠超过30天的以每日千分之五的标准计付违约金，即自2013年10月16日至起诉之日2014年8月24日的违约金3246096.98元及以2509405.31元为基数每日按0.5%支付自2014年8月25日至付清时止的违约金。
原审被告长坪公司辩称：南迪公司未按合同约定完成钢筋制安、商品砼、安全外架搭撤劳务，并存在工程逾期、施工质量不合格等违约行为，应承担违约责任。双方未就涉案工程予以结算，长坪公司向南迪公司支付劳务费10896154.12元、且退还60万元履约保证金及借支劳务费60万元，另代南迪公司支付材料费、钢管、扣件、塔吊款、赔偿费及罚款等费用共计2567466.09元，共计14663620.21元，作为长坪公司的已付工程款抵扣后，已超出南迪公司应收款，长坪公司保留请求返还的权利。南迪公司主张的违约金过高，请求驳回南迪公司的诉讼请求。
原审法院认为：南迪公司具有从事涉案工程劳务资质，其与长坪公司签订的涉案工程劳务分包合同、补充协议及会议纪要合法有效。涉案工程已于2013年9月16日竣工验收，长坪公司应按《同景国际L组团项目南迪劳务费结算会议纪要》确认的劳务费结算金额13425110.43元及付款时间、比例向南迪公司履行付款义务。庭审中，南迪公司主张因何灼清的工伤损失赔偿减少长坪公司应支付劳务费19551元，长坪公司无异议，法院予以确认。关于钢管、扣件及塔吊费用的结算及是否应另行抵扣，双方各执一词，双方均未举示已按《同景国际L组团项目南迪劳务费结算会议纪要》约定于2014年3月31日对该部分费用予以核实的证据，长坪公司举示记帐凭证、借款审批单、收据、借条、费用报销单、代付钢管、扣件、顶托、塔吊租金明细、罚款明细、通知、关于同景国际城L组团I标段工程南迪劳务结算价的函、同景国际城L组团长坪建设材料移交清单、材料运费清理明细、（2013）南法民初字第04066号、04067号民事调解书及材料款、设备款、租赁款支付申请表等证据，均形成于《同景国际L组团项目南迪劳务费结算会议纪要》前，南迪公司对其关联性亦予以否认，故对以上证据，法院不予采信，对长坪公司提出应抵扣其垫付的钢管、扣件及塔吊费用2567466.09元的抗辩意见，不予采纳，并确认钢管、扣件及塔吊费用以《同景国际L组团项目南迪劳务费结算会议纪要》中南迪公司报送的639088.88元为最终结算金额。据《同景国际L组团项目南迪劳务费结算会议纪要》确认劳务费结算总额13425110.43元，扣减双方确认的何灼清工伤赔偿款，长坪公司应向南迪公司支付劳务费13405559.43元。据14-8-6补充协议约定，南迪公司于2014年9月30日向长坪公司借支劳务费60万元，实为支付的工程款，长坪公司提出应予抵扣应付工程款的抗辩，予以采纳。庭审中，长坪公司对其于2014年8月12日支付南迪公司的60万元系退还的履约保证金无异议，予以确认。因履约保证金系南迪公司为履行劳务分包合同而支付的担保金，并非长坪公司支付的工程款，故对长坪公司提出应付款中应抵扣60万元保证金的抗辩，不予支持。综上，法院确认长坪公司应付款13405559.43元，已付款11496154.12元，尚欠南迪公司劳务费1909405.31元，其中含质保金268111.19元。
《中华人民共和国合同法》（以下简称《合同法》）第七十七条第一款规定“当事人协商一致，可以变更合同”，本案中，《同景国际L组团项目南迪劳务费结算会议纪要》对涉案工程款的支付时间及逾期付款违约责任的约定，系对劳务分包合同相关内容的变更，系双方真实意思表示，合法有效。长坪公司应按《同景国际L组团项目南迪劳务费结算会议纪要》约定承担至今尚欠南迪公司工程款1909405.31元逾期付款违约责任。据《同景国际L组团项目南迪劳务费结算会议纪要》，长坪公司应于2014年1月28日前支付劳务费100万元，同年7月31日前付足劳务费结算总额的92%即12351101.6元，同年9月30日前付足至98%即13156608.22元，留2%为质保金，按原合同执行即质保期满一年后30日内付清。长坪公司于2014年1月27日支付劳务费100万元，同年7月31日前支付劳务费共计10296154.12元，应以《同景国际L组团项目南迪劳务费结算会议纪要》约定的该时点应付金额之差额2054947.48元为基数，计付2014年8月1日至同年9月29日止的违约金。同理，长坪公司于2014年9月30日前支付劳务费11496154.12元，亦应以《同景国际L组团项目南迪劳务费结算会议纪要》约定的该时点应付款差额1660454.1元为基数，计付2014年10月1日后的违约金。涉案工程已于2013年9月16日竣工验收，据双方签订的劳务分包合同约定质量保证金待质量保修期满一年后30天内付清即长坪公司应于2014年10月16日前支付质量保证金268111.19元，长坪公司亦逾期未付，应以质保金268111.19元为基数，计付2014年10月16日后的违约金。审理中，南迪公司未举示资金占用损失以外另有损失的证据，法院确认长坪公司逾期付款造成南迪公司的损失仅为资金占用利息损失，长坪公司提出降低违约金的抗辩，法院予以支持。鉴于《同景国际L组团项目南迪劳务费结算会议纪要》已约定违约金，法院调整按中国人民银行发布的同期同类贷款基准利率的4倍计付上述期间的违约金。
综上所述，长坪公司应支付南迪公司劳务费1909405.31元，并以2054947.48元为基数按中国人民银行发布的同期同类贷款基准利率的4倍支付南迪公司2014年8月1日至同年9月29日的违约金，以1660454.1元为基数按中国人民银行发布的同期同类贷款基准利率的4倍支付2014年10月1日至判决确定履行之日的违约金，以268111.19元为基数按中国人民银行发布的同期同类贷款基准利率的4倍支付2014年10月17日至判决确定履行之日止的违约金。南迪公司的诉请，法院部分支持，对长坪公司减少违约金的意见，法院部分采纳。综上，依照《中华人民共和国合同法》第四十四条第一款、第六十条第一款、第七十七条第一款、第一百零七条、第一百一十四条第一款，最高人民法院《关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第九十条之规定，遂判决：一、被告重庆长坪建设集团有限公司支付原告重庆南迪建筑劳务有限公司劳务费1909405.31元；二、被告重庆长坪建设集团有限公司以2054947.48元为基数按中国人民银行发布的同期同类贷款基准利率的4倍支付原告重庆南迪建筑劳务有限公司2014年8月1日至同年9月29日的违约金；三、被告重庆长坪建设集团有限公司以1660454.1元为基数按中国人民银行发布的同期同类贷款基准利率的4倍支付原告重庆南迪建筑劳务有限公司2014年10月1日至判决确定履行之日的违约金；四、被告重庆长坪建设集团有限公司以268111.19元为基数按中国人民银行发布的同期同类贷款基准利率的4倍支付原告重庆南迪建筑劳务有限公司2014年10月17日至判决确定履行之日止的违约金；五、驳回原告重庆南迪建筑劳务有限公司的其他诉讼请求。上述第一至第四项，限被告重庆长坪建设集团有限公司于本判决生效之日起15日内履行完毕，逾期按《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。本案案件受理费51800元，由被告重庆长坪建设集团有限公司负担40000元，原告重庆南迪建筑劳务有限公司负担11800元，此款已由原告重庆南迪建筑劳务有限公司自愿垫付，限被告重庆长坪建设集团有限公司于本判决生效之日起15日内径付原告重庆南迪建筑劳务有限公司40000元。
宣判后，长坪公司不服，向本院提起上诉。其上诉理由是：《同景国际L组团项目南迪劳务费结算会议纪要》是在被上诉人南迪公司组织人员到上诉人长坪公司、业主单位及相关部门聚众闹事的情况下，迫使上诉人长坪公司签订的，并非上诉人长坪公司的真实意思表示。同时，双方签订的《同景国际L组团项目南迪劳务费结算会议纪要》中明确约定，钢管、扣件、塔吊费应以双方于2014年3月31日前核实的金额为准，由此说明，双方在签订《同景国际L组团项目南迪劳务费结算会议纪要》时对上诉人长坪公司在工程建设过程中垫付的钢管、扣件、塔吊费没有进行最终结算，一审法院对上诉人长坪公司垫付的钢管、扣件、塔吊费用2567466.09元不予主张，并以被上诉人南迪公司报送的639088.88元为最终结算金额不当。而且上诉人长坪公司在合同履行过程中并不存在违约行为，即使存在违约行为，一审法院主张的违约金标准也过高。现上诉请求二审法院撤销原判，依法改判驳回被上诉人南迪公司的全部诉讼请求。
被上诉人南迪公司答辩称：一审法院认定事实清楚，适用法律恰当，一审法院按照同期银行贷款利率的4倍，主张被上诉人请求的逾期付款违约金，符合规定，请求二审法院驳回上诉，维持原判。
二审查明：审理中，上诉人长坪公司举示了双方于2014年1月20日签订《同景国际L组团南迪劳务费结算会议纪要》前形成的记帐凭证、借款审批单、收据、借条、费用报销单、代付钢管、扣件、顶托、塔吊租金明细、罚款明细、通知、同景国际城L组团长坪建设材料移交清单、材料运费清理明细、材料款、设备款、租赁款支付申请表及（2013）南法民初字第04066号、04067号民事调解书等证据，用以证明在工程施工建设中，上诉人长坪公司为南迪公司代付了钢管、扣件、顶托及塔吊租金1013125.84元（其中钢管、扣件、顶托租金为401125.84元，塔吊租金为612000元）、材料费360897.50元、工人工资352670.42元、外墙抹灰工程款和地坪及公共部位面砖款976961.52元、维修费268502.21元、其他费用25120.86元，合计2997278.35元，要求从欠付南迪公司的工程款中抵扣上述款项。
被上诉人南迪公司质证后认为，长坪公司代付的钢管、扣件、顶托及塔吊租金1013125.84元，其中钢管、扣件、顶托的租金401125.84元，根据重庆市南岸区人民法院调解书载明的支付主体是重庆麒荣建筑劳务有限公司，苏麒麟系该公司法人，而依据长坪公司与南迪公司签订的《同景国际L组团南迪劳务费结算会议纪要》约定，项目部（苏麒麟）直接支付的塔吊、架管及扣件所产生租赁费、塔吊工资由项目部（苏麒麟）承担。故钢管、扣件、顶托的租金401125.84元，不应由南迪公司承担。其余塔吊租金612000元，长坪公司在付款时，未经南迪公司的授权委托和签字确认，不应由南迪公司承担。
关于工人工资352670.42元，长坪公司在付款时，亦未经南迪公司的授权委托和签字确认，不应由南迪公司承担。
关于代付材料费360897.50元。除2011年8月29日二笔材料款206272.50元和2011年12月29日材料款95380元有南迪公司项目负责人杨相奇、李明福签字确认的外。其余付款均未有南迪公司的授权委托和签字确认，不应由南迪公司承担。对于2011年8月29日的材料款200058元，南迪公司仅认可材料移交清单中载明的新采购材料款66785元，至于参照合同确定的材料款45655元和大足运来的材料款87618元，因移交清单中明确载明需双方协商处理，但至今双方均未进行协商，故不应从长坪公司应付工程款中进行抵扣。
关于代付外墙抹灰工程款和地坪及公共部位面砖款976961.52元。南迪公司认为，长坪公司并未举证证明南迪公司就该部分工程没有进行施工，且双方进行结算时，该部分已经进行了结算，在双方签订的《同景国际L组团南迪劳务费结算会议纪要》也明确约定对工程结算总额，不因任何原因作相应调整。
关于代付维修费268502.21元。南迪公司认为，长坪公司未履行维修整改的通知义务，由此产生的维修费，应由长坪公司自行承担。
关于代付其他费用25120.86元。南迪公司认为，除有南迪公司项目负责人杨相奇签字确认的材料运费6370元外。其余费用均与南迪公司无关，不应由南迪公司承担。
二审审理查明的其余事实与一审法院审理查明的事实相同。
本院认为：上诉人长坪公司与被上诉人南迪公司签订的涉案工程劳务分包合同、补充协议及会议纪要合法有效。涉案工程已于2013年9月16日竣工验收，长坪公司应按《同景国际L组团项目南迪劳务费结算会议纪要》确认的劳务费结算金额13425110.43元及付款时间、比例向南迪公司履行付款义务。至于长坪公司认为，《同景国际L组团项目南迪劳务费结算会议纪要》系受胁迫的情况下签订，并非其真实意思表示的理由，长坪公司并未提供证据证明双方签订的《同景国际L组团项目南迪劳务费结算会议纪要》存在可撤销的情形，因此，一审法院以双方签字确认的《同景国际L组团项目南迪劳务费结算会议纪要》中明确的劳务费结算金额作为双方的结算依据，具有事实和法律依据，并无不当。同时，鉴于双方对一审法院确认的已付工程款金额11496154.12元均无异议，本院予以确认。目前，双方对涉案工程存在的主要争议焦点为：上诉人长坪公司代付的钢管、扣件、顶托及塔吊租金1013125.84元（其中钢管、扣件、顶托租金为401125.84元，塔吊租金为612000元）、材料费360897.50元、工人工资352670.42元、外墙抹灰工程款和地坪及公共部位面砖款976961.52元、维修费268502.21元、其他费用25120.86元，合计2997278.35元，应否作为已付工程款从南迪公司享有的工程价款中进行抵扣的问题。现本院分别评析如下：
一、关于长坪公司代付的钢管、扣件、顶托及塔吊租金1013125.84元（其中钢管、扣件、顶托租金为401125.84元，塔吊租金为612000元）应否作为已付工程款进行抵扣的问题。
关于钢管、扣件、顶托的租金401125.84元，根据重庆市南岸区人民法院（2013）南法民初字第04066号、04067号调解书载明，履行付款义务的主体是重庆麒荣建筑劳务有限公司，苏麒麟系该公司法人，而依据长坪公司与南迪公司签订的《同景国际L组团南迪劳务费结算会议纪要》约定，项目部（苏麒麟）直接支付的塔吊、架管及扣件所产生租赁费、塔吊工资由项目部（苏麒麟）承担。故钢管、扣件、顶托的租金401125.84元，不应作为长坪公司已付南迪公司的工程款进行抵扣。
关于塔吊租金612000元、工人工资352670.42元。虽然长坪公司存在付款行为，但长坪公司的付款行为并未得到南迪公司的授权和签字确认，因此，该二笔款项也不应作为长坪公司已付南迪公司的工程款进行抵扣。
二、关于长坪公司代付的材料费360897.50元，应否作为已付工程款进行抵扣的问题。根据长坪公司举示的证据显示，除2011年8月29日二笔材料款206272.50元和2011年12月29日材料款95380元有南迪公司项目负责人杨相奇、李明福签字确认外。其余59245元付款均未有南迪公司的授权和签字确认，因此，该59245元付款不应作为长坪公司已付南迪公司的工程款进行抵扣。对于2011年8月29日的材料款200058元，南迪公司虽然仅认可材料移交清单中载明的新采购材料款66785元，对于参照合同确定的材料款45655元和大足运来的材料款87618元不予认可，但因移交清单中对参照合同确定的材料款45655元和大足运来的材料款87618元明确载明需双方协商处理，但至工程结算完成双方均未进行过协商，应视为南迪公司认同。因此，长坪公司于2011年8月29日和2011年12月29日有南迪公司项目负责人杨相奇、李明福签字确认的代付材料款共计301652.50元，应作为长坪公司已付南迪公司的工程款进行抵扣。
三、关于长坪公司代付外墙抹灰工程款和地坪及公共部位面砖款976961.52元，应否作为已付工程款进行抵扣的问题。长坪公司认为，该部分工程南迪公司没有进行施工，不应享有工程价款，但长坪公司并未举证证明。鉴于双方进行结算时，该部分工程已经进行了结算，且双方签订的《同景国际L组团南迪劳务费结算会议纪要》中也明确约定对工程结算总额，不因任何原因作相应调整。因此，长坪公司要求将该部分工程价款作为长坪公司已付南迪公司的工程款进行抵扣，缺乏事实和法律依据，本院不予支持。
四、关于长坪公司代付维修费268502.21元，应否作为已付工程款进行抵扣的问题。由于长坪公司并未举证证明，在进行维修整改时，已向南迪公司履行了维修整改的通知义务，因此，该维修费用，应由长坪公司自行承担。
五、关于长坪公司代付的其他费用25120.86元，应否作为已付工程款进行抵扣的问题。根据长坪公司举示的证据表明，除有南迪公司项目负责人杨相奇签字确认的材料运费6370元外。其余费用长坪公司并未举证证明均与南迪公司有关。因此，南迪公司项目负责人杨相奇签字确认的材料运费6370元，应作为长坪公司已付南迪公司的工程款进行抵扣。
综上，南迪公司应享有的工程价款为13425110.43元，扣除长坪公司已支付的工程价款11496154.12元，南迪公司应承担的何灼清工伤赔偿款19551元，长坪公司代付的材料款及材料运费308022.50元，长坪公司尚欠南迪公司工程款1601382.80元。
至于逾期付款的违约金，应依据双方签订的《同景国际L组团南迪劳务费结算会议纪要》约定的付款时间节点作为计付违约金依据，对于违约金的计付基数，由于长坪公司代付的材料款及材料运费308022.50元均发生在双方约定的付款时间节点之前，因此，违约金的计付基数应作相应调整，即2014年8月1日至2014年9月29日的违约金计付基数为1746924.98元，2014年10月1日至判决确定履行之日的违约金计付基数为1352431.60元。
关于长坪公司认为一审法院主张违约金过高的问题。一审法院依据双方合同约定，对逾期付款违约金按中国人民银行同期同类贷款基准利率的4倍作出调整，符合法律规定，并无不当。
综上所述，原审判决认定事实基本清楚，适用法律正确，但因二审中出现的新事实，本院予以改判。据此，依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（二）项之规定，判决如下：
一、维持重庆市巴南区人民法院（2014）巴法民初字第04843号民事判决书第四项；
二、撤销重庆市巴南区人民法院（2014）巴法民初字第04843号民事判决书第一、二、三、五项；
三、重庆长坪建设集团有限公司在本判决生效后15日内支付重庆南迪建筑劳务有限公司工程劳务费1601382.80元；
四、重庆长坪建设集团有限公司在本判决生效后15日内以1746924.98元为基数，按中国人民银行同期同类贷款基准利率的4倍支付重庆南迪建筑劳务有限公司2014年8月1日至2014年9月29日的逾期付款违约金；
五、重庆长坪建设集团有限公司在本判决生效后15日内以1352431.60元为基数，按中国人民银行同期同类贷款基准利率的4倍支付重庆南迪建筑劳务有限公司2014年10月1日至判决确定履行之日的逾期付款违约金；
六、驳回重庆南迪建筑劳务有限公司的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百二十九条的规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审案件受理费，按一审判决执行，二审案件受理费21984元，由上诉人重庆长坪建设集团有限公司负担17984，被上诉人重庆南迪建筑劳务有限公司负担4000元。
本判决为终审判决。
审 判 长 苏渝
代理审判员 于利
代理审判员 黎明
二〇一五年十二月七日
书 记 员 张坤