山东省淄博市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2014）淄民一初字第44号
原告：乳山市鸿基房地产开发有限公司（以下简称鸿基公司）。住所地：威海市乳山银滩度假区海都花苑**号。
法定代表人：史培福，董事长。
委托代理人：于启光，山东圣德律师事务所律师。
被告：淄博中天置业有限公司（以下简称中天公司）。住所地：淄博高新技术产业开发区柳泉路北首（商业银行内）。
法定代表人：王瑞义，董事长。
委托代理人：高传，山东全正律师事务所律师。
原告鸿基公司诉被告中天公司建设用地使用权转让合同纠纷一案，于2014年6月18日向本院起诉。本院受理后，依法组成合议庭，于2014年8月7日、2014年11月14日两次公开开庭审理了本案。原告鸿基公司的法定代表人史培福及其委托代理人于启光，被告中天公司的委托代理人高传到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告鸿基公司诉称：2004年2月26日，原告鸿基公司、被告中天公司及威海泰浩房地产开发有限公司（以下简称泰浩公司）签订《房地产合作开发合同书》，约定三方共同开发乳山银滩旅游度假区丰华小区，后来泰浩公司和原告先后退出合作。之后，原、被告分别于2008年4月17日和2008年6月26日签订补充协议，约定原告负责将土地手续变更到被告指定的第三方名下，被告在原告将土地证办理完毕后支付原告合作款5745.80万元。协议签订后，原告按约定履行了义务，但被告仅支付2450万元，余款3295.80万元，虽经原告多次催要至今未付。为此，特向法院提起诉讼，请求：一、判决被告支付欠款3295.80万元及自2008年8月1日至实际付清欠款之日止的经济损失（暂定100万元），合计3395.80万元。二、由被告承担本案一切诉讼费用。
被告中天公司答辩称：一、本案并非合资、合作开发房地产合同纠纷，应为土地使用权转让合同纠纷，双方并未签订《房地产合作开发协议书》，也并未在涉案地块上进行任何房地产开发。被答辩人并不拥有涉案“乳山银滩旅游度假区丰华小区”地块土地使用权，土地使用权人为泰浩公司，并且，被答辩人承诺的土地使用权面积也与实际使用权面积不符(土地证显示使用权面积为70332平方米，约合105.6亩，而双方协议上写明的面积为198.62亩)。因此，双方之间存在的土地使用权转让合同也因被答辩人不具有土地使用权导致无权处分而归于无效。并且，在答辩人向被答辩人支付巨额款项后，被答辩人既未将合同约定198．62亩地块交付答辩人，也未将合同约定的198.62亩地块过户至答辩人名下。经答辩人调查得知，涉案地块已由其他单位建设了住房。二、被答辩人诉状中陈述的答辩人仅支付2450万元与事实不符，答辩人按照198.62亩计算，已支付给被答辩人3474万元，而土地证实际面积为105.6亩。并且，按照中共乳山市委乳发（20l0）第28号文件规定，企业有偿使用土地需再按每亩25万元标准收取使用费用。三、该案已逾法律规定的诉讼时效，并且没有诉讼时效中止、中断事由。综合以上理由，答辩人请求人民法院在查明事实的基础上，依法驳回被答辩人的诉讼请求。
原告鸿基公司为支持其诉讼请求，提供如下证据：
1、原、被告及案外人泰浩公司于2004年2月26日签订的《房地产合作开发协议书》，拟证实三方之间存在合作开发合同关系。
2、原、被告双方分别于2008年4月17日、2008年6月26日签订的两份补充协议，拟证实双方之间就涉案土地买卖及过户等达成一致意见。
3、涉案土地使用权证复印件一份，拟证实涉案土地具有合法的使用权。
4、承兑汇票三份及银行进账单二份，拟证实原告收到被告支付的涉案土地价款2450万元。
5、乳山市城乡规划管理局银滩分局关于涉案土地的红线图，拟证实涉案土地面积为198.62亩。
6、原告与案外人泰浩公司签订的土地使用权转让协议及支付转让费的相关单据一组，拟证实原告自泰浩公司购买的涉案土地使用权并支付了对价及交纳了土地规划税、使用费等共计4000余万元。
被告中天公司对原告鸿基公司提供的上述证据，质证意见为：对证据1、2、4的真实性无异议，但认为证据1是三方当事人为规避法律规定倒签的，实际签订协议的时间是2008年而非2004年，该合作开发协议并未履行；对证据2的协议中涉及的土地亩数有异议，认为原告并未按照198.62亩履行。对于证据4认可2450万元是被告支付给原告的土地价款。对于证据3真实性有异议，认为是复印件，且该土地使用权证上载明的土地面积为70332平方米，约合105亩土地，与双方签订的协议所约定的土地面积不符。对证据5的真实性无异议，但认为没有出图时间和出图用途、图的名称，该图不能证实原告的主张。对证据6因为是复印件，对其真实性不清楚，从其协议内容看，原告与泰浩公司系从2006年11月22日才开始合作，付款单据都是苑冬梅，与本案无关。
对于原告鸿基公司提供的上述六组证据，因被告中天公司对于证据1、2、4、5的真实性无异议，本院依法对该四组证据的真实性予以采信，该四组证据对于原告鸿基公司在本案中的诉讼请求的证明力，本院将结合其他证据及关联性综合予以认定。对于证据3、5真实性，被告中天公司虽提出异议，但因证据3系涉案土地的使用权证、证据5系涉案土地红线图，改图与办理涉案土地权属证书具有关联性；因此，对该二组证据真实性及证明力，本院将结合涉案土地登记档案作出是否采信和认定。对于证据6的真实性，被告中天公司亦提出异议，但因涉案土地使用权的登记、转让及变更，均涉及到案外人威海泰浩房地产开发有限公司，因此，对该证据的真实性，本院将结合其他关联证据作出是否采信和认定。
被告中天公司为支持其抗辩主张，提供如下证据：
1、原、被告双方于2008年2月1日签订的土地转让协议，拟证实与原告是土地使用权转让合同关系，而非合作开发合同关系。
2、2008年2月2日、2008年4月11日电汇凭证二份及收据二份，拟证实支付给原告土地价款600万元。
3、2008年7月7日收到条一份，拟证实支付原告土地价款2100万元。
4、收据一份、电汇凭证二份、代扣还款协议一份，拟证实2008年10月21日代替原告支付给乳山华油置业有限公司欠款324万元。
5、支票存根二份、收据二份，拟证实2008年10月17日、2008年11月1日支付原告土地价款450万元。
6、中共乳山市委（2010）第28号文件，拟证实企业有偿使用土地还需按每亩25万元标准收取使用费。
原告鸿基公司对被告中天公司提供的上述证据，质证意见为：对证据1、2的真实性无异议，该600万元即为2008年4月17日协议中载明的定金600万元，本次诉讼的标的额不包括该600万元；对证据3、5的真实性无异议，是被告的付款；对证据4代付款有异议，该付款与原告无关，系案外人高见个人收款，代扣款未经原告认可；对证据6无异议，但该文件与本案无关，因为原告在2008年7月底已经将涉案土地过户给被告指定的第三方，以后政府再收款与原告无关。
对于被告中天公司提供的上述六组证据，因原告鸿基公司对证据1、2、3、5、6的真实性无异议，对该五组证据的真实性本院予以采信；对于该五组证据与被告中天公司抗辩主张的关联性，本院将结合其他证据综合作出认定。对于证据4的真实性，原告鸿基公司虽提出异议，但因在原、被告双方于2008年6月26日签订的补充协议中，涉及到对于案外人高见的付款，故对于该证据的真实性，本院予以采信。
原告鸿基公司在本案审理过程中，申请调取在乳山市国土资源局的涉案土地使用权变更登记资料，本院依法调取了该证据一宗。原告鸿基公司对该证据的真实性无异议，认为档案资料中载明的2008年6月26日泰浩公司与淄博方正房地产开发有限公司（以下简称方正公司）的土地使用权转让合同即是原告按照被告的要求将涉案土地自原土地使用权人泰浩公司名下变更登记到被告指定的第三方方正公司名下，也证实涉案土地面积为198.62亩；同时证实方正公司挂失土地使用权证等相关证件正是因为被告未按约定付款，原告一直留置该土地使用权证等证件，方正公司即采取挂失方式重新补办手续。被告中天公司对该组证据的真实性无异议，但认为根据档案资料中记载涉案土地使用权是由泰浩公司转让给方正公司，没有证据证实是由原告鸿基公司协调并由被告中天公司指定办理的涉案土地使用权变更登记。同时，该档案资料中记载的土地面积是70332平方米，而非13万多平方米；在该档案资料（2005）31号文件中，亦明确记载原土地证所涉土地位置东移需安排建设指标变更，也就说明用地指标变更后正好适用被告提交的乳发（2010）28号文件要求需每亩缴纳25万元费用。综上，对于本院依法调取的乳山市国土资源局的涉案土地使用权变更登记资料一宗，因原、被告对其真实性均未提出异议，故本院对该宗资料的真实性予以确认。同时，因在该宗土地使用权变更登记资料中，涉及到涉案土地占用地类面积：耕地65632平方米、园地39510平方米、交通7270平方米；以及红线图界址点，因此，本院依法确认原告鸿基公司提供的土地使用权证及红线图的真实性。
在本案审理过程中，原告鸿基公司又提供了案外人泰浩公司出具的情况说明一份，主要内容是泰浩公司与本案原、被告确实签订有《房地产合作开发合同书》，约定项目规划占地132412平方米，占用地类面积分别为耕地85632平方米、园地30510平方米、交通7270平方米，在该项目的土地使用权达到法定转让条件后，则将该项目及相关土地使用权转让给中天公司。在该项目的土地使用权具备法定转让条件且鸿基公司向泰浩公司付清了该项目的转让价款后，泰浩公司退出了该项目合作。泰浩公司本应按照上述《房地产合作开发合同书》约定将该项目的土地使用权转让给中天公司，但因鸿基公司和中天公司共同要求泰浩公司将该项目的土地使用权过户到第三人方正公司名下，据此，为了协助鸿基公司和中天公司将该项目土地使用权过户到方正公司名下，泰浩公司按照鸿基公司和中天公司的要求，于2008年6月26日和方正公司签订了《国有土地使用权转让合同》，因该《国有土地使用权转让合同》的目的仅仅是为了协助鸿基公司和中天公司将该项目土地使用权过户到方正公司名下，故该《国有土地使用权转让合同》签订后，除了将该项目的土地使用权过户到方正公司名下外，合同的其他权利义务并未实际履行。泰浩公司退出该项目合作后，该项目以及与该项目有关的权利义务及权益等均与泰浩公司无关。上述情况说明加盖有案外人泰浩公司印章及法定代表人王浩签名。经被告中天公司质证，其对该份证据的真实性有异议，称没见过，且说明的内容不属实，第一、双方并不是合作开发，而是土地使用权转让；第二、中天公司没有要求泰浩公司将土地使用权转让到方正公司名下；第三、土地的数量应当以提交的证据为准，而不应以出具的情况说明为准。因此，该份情况说明没有任何证明效力。对此，因涉案土地的有关权利义务涉及到案外人泰浩公司，被告中天公司也未提供反驳证据否定该情况说明的真实性，故本院依法对该情况说明的真实性及与本案的关联系予以确认。同时，因案外人泰浩公司在该情况说明中，已明确认可原告鸿基公司已向其支付完毕涉案土地价款，故本院对于原告鸿基公司提供的其与案外人泰浩公司签订的土地使用权转让协议及相应付款凭证的真实性予以采信。
在本案审理过程中，被告中天公司又提供其与案外人乳山华油置业有限公司签订的丰华小区土地使用权转让协议一份，该协议主要是证实被告中天置业自案外人乳山华油置业有限公司购买60亩土地，以及本案涉及的198.62亩土地其中60亩土地并非从原告鸿基公司购买的事实。该证据原告鸿基公司质证认为其真实性不能确认，且原告主张的涉案土地价款并不包括该60亩土地价款。对于被告中天公司提供的该证据，因原告鸿基公司主张土地价款的诉讼请求并不包括该60亩土地价款，因此，被告中天公司自案外人乳山华油置业有限公司购买60亩土地及支付相应价款，与本案无关，对该证据的真实性，依法不予确认。
原告鸿基公司在诉讼过程中，又提供史某证言、原告法定代表人史培福与被告公司经理张功军于2014年6月份的录音，本案第一次庭审后于2014年9月份原告法定代表人史培福与被告诉讼代理人高传及赵经理和张功军的录音。以此证实原告鸿基公司至2008年8月至今其于被告方一直在协商土地价款的支付事宜，证实原告提起本案诉讼未超过诉讼时效。被告中天公司质证认为，证人应当出庭作证，对2014年6月份录音，不能确定录制日期，张功军原来是被告方经理，后来已经不是被告方工作人员了，该录音与本案无关；对于2014年9月份录音，认为模糊不清，张功军身份同上述意见，赵经理不是被告方工作人员，且依据证据规则67条规定，在诉讼过程中录音不能作为证据使用，该录音也与本案无关。因此，原告提供的证人证言及录音不能证实原告起诉未超诉讼时效。
对于原告鸿基公司提供的上述证人证言，因证人史某未出庭作证，且系原告方工作人员，又是原告法定代表人史培福父亲，故史某证言不能作为有效证据认定。对于2014年6月份录音，因张功军系被告方经理，且涉案原被告双方签订的三份协议均是张功军代表被告所签，被告对于录音的真实性亦未提供反驳证据，因此，对该份录音的真实性依法予以确认。对于2014年9月份录音，被告对其真实性亦未提供反驳证据，且证据规则第67条系规定调解或和解中的让步不构成自认，与该录音反映的双方曾多次协商土地价款的支付事实不同，因此，对该份录音证据的真实性亦依法予以确认。
本院经上述庭审举证、质证，以及对原、被告双方提供证据的审查认定，对本案事实综合分析认定如下：
2004年2月26日，原告鸿基公司、被告中天公司及案外人泰浩公司三方签订房地产合作开发合同书，就乳山市银滩旅游度假区丰华小区房地产开发项目的合作开发及该项目、土地使用权转让等相关事宜进行协商达成一致意见，并对丰华小区项目概况、该项目先期合作开发方式及利润分成、该项目及土地使用权的后期转让、各方的权利义务、该项目相关证件、技术资料的移交、违约责任等进行了具体约定；合同签订后，三方当事人均未按照该合同约定的内容履行相关权利义务。
2007年，原告鸿基公司与案外人泰浩公司签订补充协议，根据2006年11月22日双方签订的合作开发协议，经甲乙双方友好协商，就乳山银滩丰华小区合作开发达成如下补充协议：一、至2007年12月31日乙方（原告鸿基公司）欠甲方合作款人民币大写壹仟伍佰玖拾万元整（小写：15900000.00元），双方协商自合同签订之日起七日内付人民币壹仟万元整（小写：10000000.00元）。款到账后一周内甲方将土地证原件移交乙方。余款预留贰佰万元整半年内付清，其余三佰玖拾万元于2008年1月12日付清。款到账后三日内甲方将项目有关证件移交乙方。二、甲方欠乳山银滩管委会土地补偿款由甲方积极协调付清所欠土地补偿款，不影响乙方开工建设。三、其他未尽事宜，双方另行协商。四、本协议一式二份，双方各执一份。原告鸿基公司依据上述合作开发协议及补充协议，共计向案外人泰浩公司支付土地价款、土地规划税、使用费等共计4000余万元。
2008年2月1日，原告鸿基公司与被告中天公司签订土地使用权转让协议书，约定：一、地块概况：1、该地块位于乳山市银滩度假区小滩新村正南、名为丰华小区，面积约140亩，土地面积为／平方米（折／亩），宗地四至及界址点坐标详见附件指界图。还有60亩地待甲方（原告鸿基公司）收回同等价位给乙方。2、该地块的用途为住宅用地。二、转让方式：1、甲方所拥有的土地、应取土地合法证件（即拥有出让土地证）。2、甲方协助乙方办理此地段开发所需各项手续包括五证一书，办结各项开发手续后，乙方独立开发该地段住宅项目，自主经营，自负盈亏。3、甲方不得以任何理由阻碍和干扰乙方开发，摊派强卖建筑材料。三、价款与支付：1、甲乙双方约定上述土地转让价格为46.5万元／亩，转让面积约为140亩（以乙方实际取得的国有土地证所标的面积为准计算）转让总价款为人民币65100000.00元（含甲方向土地管理部门支付的土地出让金等一切费用）。2、甲方应做好乙方进地前的各项工作，并承担其费用，以便乙方施工建设。3、乙方取得土地使用权并办理土证后十日内支付甲方总款50%，余款进地30日内付清。该协议签订后，被告中天公司分别于2008年2月2日、4月11日支付给原告鸿基公司1000000.00元、5000000.00元。2008年4月17日，原告鸿基公司与被告中天公司签订补充协议：1、自签订协议起三日内乙方付给甲方（原告鸿基公司）陆佰万元人民币定金，同时甲方办理好土地过户手续到泰浩公司盖好过户章。2、土地过户后，乙方二日内再付给甲方5846万元人民币（即138.62亩的土地全部费用）。3、剩余60亩土地待甲方收回，再跟乙方合作，乙方三十日内全部付清。4、土地过户的全部相关费用或由过户引起的相关费用，全部由乙方承担。5、剩余60亩土地甲方尽全力收回，价格同138.62亩一样，如收回有困难，乙方配合甲方做好后期开发。5、甲方支付的除土地以外的费用，经乙方核对后如数支付给甲方。
2008年6月26日，原告鸿基公司（甲方）与被告中天公司（乙方）签订土地使用权转让补充协议书：一、甲、乙双方同意将乙方开出的农业银行承兑汇票肆仟贰佰伍拾万元交由第三方—伊茂花保管。二、乙方同时将其土地使用权差额部分用转账支票的形式交由双方指定的第三方——伊茂花保管。支票余额1495.82万元，包括甲方应付给高见的286.50万元。三、乳山市丰华小区198.62亩土地过户到乙方指定的名下后，两月后由第三方将上述此款自动转交甲方。四、甲方在此同时，将其丰华小区土地证原件移交乙方，以供土地过户之用。五、上述汇票交割后，甲方需提前贴现，其发生的计息由乙方支付。六、土地过户过程中发生的费用（营业税和契税）甲乙双方各负担50%，其他发生的税费由乙方承担，不尽事宜，双方协商解决。在票据交接明细中记载肆拾柒张承兑汇票，总计金额肆仟贰佰伍拾万元正（￥42500000.00）。转账支票2张中天置业有限公司壹仟肆佰玖拾伍万。其中记载：出票人为山东北金集团有限公司，出票帐号23×××73，付款行临淄农行，付款行帐号10×××97，收款人桓台县候鑫铁矿，帐号20×××18，开户行果里信用社的银行承兑汇票42份；出票人为山东方正建工有限公司，出票人帐号15×××96，付款行临淄农行，付款行帐号10×××97，收款人为淄博市临淄北金水泥制品有限公司，帐号30×××36，开户银行召口农信的承兑汇票5份。但对于上述协议及票据交接明细中涉及的42500000.00元银行承兑汇票及14950000.00元转账支票，并未实际交付给原告鸿基公司。被告中天公司又于2008年7月7日以汇票形式支付原告鸿基公司土地价款2100万元，于2008年10月17日、11月1日分别支付原告鸿基公司土地价款1000000.00元、3500000.00元；于2008年10月17日、10月21日以电汇方式代原告鸿基公司支付案外人高见土地价款1500000.00元、1740000.00元。
依据本院依法自乳山市国土资源局调取的涉案土地变更登记材料记载：2008年6月26日，案外人泰浩公司与案外人方正公司签订国有土地使用权转让合同，对买卖涉案土地的相关事项进行了约定，其中第一条约定，甲方（泰浩公司）转让的国有土地使用权已领有《国有土地使用证》（证书编号银（2005）411号），具有合法的土地使用权，地上建筑物具有合法的房屋所有权。第二条约定，甲方转让的地块位于丰华小区，面积70332.00平方米。用途住宅用地，批准使用年限为／年，已使用／年，剩余使用年限2071.9.22年。第三条约定，甲方转让给乙方土地使用权标定地价为582.00元∕㎡，土地总价为4093.32万元。第四条约定，乙方（方正公司）享有并承担土地使用权出让合同和登记文件中所载明的权利义务，再次转让土地使用权时应按规定缴纳土地增值税，办理变更土地登记。第六条约定，甲乙双方在本合同签订十五日内，凭本合同，《国有土地使用证》，转让金交付凭证及有关文件，到土地管理部门办理国有土地使用权注销登记和变更登记，换领《国有土地使用证》。第八条约定，本合同于08年6月26日在山东乳山市国土局签订。2008年6月26日方正公司向乳山市国土局提请变更土地登记申请书，其中记载土地坐落丰华小区，土地证号银（05）4**号，申请变更登记依据附转让合同；占用地类面积表，乳山市白沙滩镇，单位平方米：小滩村，耕地85632，园地3951，交通7270，合计132412。2008年6月27日，涉案土地使用权变更登记至方正公司名下。2008年10月16日，乳山市国土资源局在威海日报上登出公告，内容为：淄博方正房地产开发有限公司有土地使用证因公司人员保管不善丢失，丢失土地证具体内容为：证号为乳银国用（2008）第249号，土地坐落为银滩丰华小区，用途为住宅用地，土地使用面积为70332平方米，使用权类型为出让，终止日期为2071年9月22日。原土地使用者已向登记机关申请公告此证作废，现公告此证作废，自登报之日起60日内无异议，予以补发新证。2008年12月24日，方正公司向乳山市国土资源局提出申请，为涉案土地补办了新证。
上述事实，有原、被告双方提供的，经质证后本院依法采信的相关证据及双方当事人的陈述在卷为证。
本院认为，本案原告鸿基公司、被告中天公司与案外人泰浩公司虽然签订有房地产合作开发合同书，但该合同的三方当事人均未按照合同的所有约定履行相应的权利义务，即该合同的三方当事人虽订立了房地产合作开发合同，但该合同并未履行，因此，该房地产合作开发合同对于本案不具有证据的效力；故被告中天公司关于该房地产合作开发合同订立时间及目的的相关抗辩理由，与本案原告鸿基公司的诉讼请求不具有直接的关联性。从本案原、被告双方提供的土地使用权转让协议书、补充协议书、土地使用权转让补充协议书及证明的事实，能够认定原告鸿基公司与被告中天公司之间已形成建设用地使用权转让合同关系，故此，对于本案的审理应当依据有关建设用地使用权转让合同的法律、法规予以调整和处理。
关于原、被告双方签订的土地使用权转让协议书、补充协议书、土地使用权转让补充协议书的效力问题。从原、被告双方签订的该三份土地使用权转让协议的内容及双方对三份协议的履行情况，以及案外人泰浩公司作出的情况说明和涉案土地使用权的变更登记情况，能够证实涉案建设用地系经规划审批后，由案外人泰浩公司通过出让方式取得的建设用地使用权，然后由本案原告鸿基公司与案外人泰浩公司签订补充协议（土地使用权转让协议），由原告鸿基公司支付给泰浩公司全部土地价款及税金后，将涉案土地使用权转移给原告鸿基公司，之后，再由原告鸿基公司与被告中天公司签订上述三份协议，由被告中天公司按照双方签订的该三份协议约定的价款及交付方式将全部土地价款支付给原告鸿基公司，并将土地使用权变更登记到被告中天公司指定的名下（从变更登记档案材料证实为方正公司）。因此，原、被告双方之间的上述合同订立及履行行为，并不违反我国现行有关建设用地使用权转让法律的强制性规定，也是原、被告双方当事人的真实意思表示，故原、被告双方签订的上述三份协议为有效协议，对原、被告双方具有同等的约束力，对于原告鸿基公司的诉讼请求具有证据的效力。
关于原告鸿基公司主张的被告中天公司应当支付的土地价款问题。从原、被告双方签订的上述三份协议及履行情况，能够证实双方实际转让的土地数量为138.62亩，按照双方约定的46.5万元／亩计算，总价为6445.83万元。双方在协议中约定的剩余60亩土地，原告鸿基公司并未依约收回，而是由被告中天公司直接支付相应土地价款而买受。且通过本案查明事实，被告中天公司已按照双方约定支付定金600万元，又支付土地价款2550万元，替原告鸿基公司支付案外人高见324万元；但因双方在协议中仅约定被告中天公司应支付给原告鸿基公司土地价款中包含应支付给案外人高见的286.50万元，故被告中天公司多支付给案外人高见的37.50万元（324万元-286.50万元）不符合双方的协议约定，原告鸿基公司亦不予认可和追认，该多支付的37.50万元，不能计算在被告中天公司已经支付给原告鸿基公司的土地价款中；因此，被告中天公司已经支付给原告鸿基公司的土地总价款为3436.50万元（定金600万元+2550万元+286.50万元），按照双方约定的土地总价款6445.83万元，减去已支付价款3436.50万元，被告中天公司拖欠原告鸿基公司土地价款为3009.33万元。综上，原告鸿基公司要求被告中天公司支付拖欠土地价款3295.80万元的诉讼请求，应予部分支持即支持3009.33万元。被告中天公司在诉讼中辩称另有6亩土地的价款系其直接支付给案外人乳山华油置业有限公司，并提供其与乳山华油置业有限公司签订的代扣还款协议及收据予以证实，但因在原、被告双方签订的三份协议中均未涉及该6亩土地的价款支付问题，且在代扣款协议中也无原告鸿基公司盖章、签字予以确认，原告鸿基公司在本案诉讼中亦不予认可，因此，被告中天公司要求从拖欠原告鸿基公司土地价款中予以扣减的抗辩主张，不予采信。
关于原告鸿基公司主张的被告中天公司应支付的拖欠土地价款经济损失问题。按照原、被告双方所签订协议的约定，在原告鸿基公司将涉案建设用地使用权自案外人泰浩公司名下变更登记至被告中天公司指定第三方名下（方正公司）二个月后，被告中天公司应当支付给原告鸿基公司全部协议约定的土地使用权转让价款。而依据本案上述查明事实，涉案土地使用权已经于2008年6月27日自案外人泰浩公司名下变更登记至方正公司名下，但被告中天公司并未在二个月后付清协议约定的全部土地价款，故被告中天公司应自2008年8月28日起赔偿原告鸿基公司经济损失，经济损失的计算标准，依照有关法律规定及公平原则，应以中国人民银行公布的同期同类贷款基准利率计算；据此，被告中天公司应当赔偿原告鸿基公司的经济损失为1000余万元【拖欠土地价款3009.33万元×6.55%（中国人民银行公布的5年期贷款基准利率）×6年（2008年8月28日至2014年7月31日）】，现原告鸿基公司仅在本案中主张100万元，对此，应予支持。被告中天公司辩称原告鸿基公司不存在经济损失及不认可其主张的经济损失数额的抗辩理由，不予采信。
关于原告鸿基公司提起本案诉讼是否已经超过诉讼时效的问题。因原告鸿基公司与被告中天公司之间，是因履行双方签订的建设用地使用权转让合同而产生的纠纷，原告鸿基公司要求被告中天公司履行其应支付土地价款的合同义务，且原告鸿基公司在诉讼过程中提供的二份录音证据，能够证实原告鸿基公司自2008年至今就涉案土地价款支付问题一直与被告中天公司进行协商，被告中天公司也从未明确过拒绝支付涉案土地价款，因此，原告鸿基公司提起本案诉讼，要求被告中天公司履行支付土地价款合同义务的诉讼请求，未超诉讼时效。被告中天公司辩称原告鸿基公司起诉已经超过诉讼时效的抗辩理由，不予采信。
综上所述，案经调解原、被告双方不能达成一致意见，依照《中华人民共和国民法通则》第一百零八条、《中华人民共和国合同法》第八条、第四十四条、第六十条、第一百一十二条、第一百一十三条、《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条、最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第四十七条之规定，判决如下：
一、被告淄博中天置业有限公司于本判决生效后十日内支付原告乳山市鸿基房地产开发有限公司土地价款3009.33万元。
二、被告淄博中天置业有限公司于本判决生效后十日内支付原告乳山市鸿基房地产开发有限公司经济损失100万元。
三、驳回原告乳山市鸿基房地产开发有限公司的其他诉讼请求。
如果未按照本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费211590.00元，由原告乳山市鸿基房地产开发有限公司负担18877.00元；由被告淄博中天置业有限公司负担192713.00元。诉讼保全费5000.00元，由被告淄博中天置业有限公司负担。
如不服本判决，可在本判决书送达之日起十五日内向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于山东省高级人民法院。
审 判 长 戴永成
代理审判员 刘 宁
人民陪审员 田秀珍
二〇一五年三月三十日
书 记 员 赵树一