江西省赣州市南康区人民法院
民 事 判 决 书
（2010）康民一重初字第55号
原告（反诉被告）：赣州市百辰实业发展有限公司。
住所地：赣州市章贡区健康路***号。
负责人：刘仕伟，系该公司经理。
委托诉讼代理人：郭明忠，大余县为民法律服务所法律工作者，特别授权。
被告（反诉原告）：赣州市南康区赤土畲族乡人民政府。
住所地：南康区赤土老街上。
法定代表人：邹建华，系该乡乡长。
委托诉讼代理人：谢月烺，江西金蓉律师事务所律师。
委托诉讼代理人：文祥家，赤土畲族乡人民政府公务员。
第三人：罗福清，男，1949年7月19日出生，汉族，江西省赣州市人，住赣州市南康区。
第三人：罗春华，男，1969年4月29日出生，汉族，江西省赣州市人，住赣州市南康区。
委托诉讼代理人：罗福清，男，系罗春华父亲，特别授权代理。
原告赣州市百辰实业发展有限公司与被告赣州市南康区赤土畲族乡人民政府合资合作开发房地产纠纷一案，本院宣判后，原告、被告均提出上诉，赣州市中级人民法院裁定将本案发回重审，本院依法另行组成合议庭，公开开庭进行了审理。原告的负责人刘仕伟及委托代理人郭明忠、被告赣州市南康区赤土畲族乡人民政府的委托代理人谢月烺、文祥家及第三人罗福清到庭参加了诉讼。在诉讼过程中，被告赣州市南康区赤土畲族乡人民政府的法定代表人由卢洸华变更为邹建华。本案现已审理终结。
原告向本院提出诉讼请求：1、判决被告返还原告为被告垫资的拆迁征地费16万元、征地补偿费14923.75元、台班费9050元、三相电转让费2400元、支付附街、排水沟工程款48963.70元，合计人民币235337.45元，2、责令被告退回配套费60083.25元给原告；3、责令被告补偿因短少宅基地1211.97平方米抵资100.71万元给原告；4、因原告代被告退回给购房户的面积短少及审批费24510.03元、其他损失4023元，合计28533.03元，责令被告补偿给原告。上述款项从2002年5月29日开始按中国人民银行同期贷款利率给付利息。5、责令被告承担本案鉴定费24100元及诉讼费19920元。
事实和理由：被告为加快赤土圩镇建设，拟修建黄金大街、新农贸市场。双方（原告的前身赣州地区中皇物业管理开发有限公司）分别于1998年12月30日、1999年8月23日、2002年5月22日签订了《联合开发代建农民街的协议书》、《补充协议书》、《协议书》三份合同。因为拆迁、征地问题，使原告的机器设备及人员闲置，被迫暂时撤出工地，造成了巨大的经济损失。之后，在未通知原告的情况下，被告竟然将合同的部分工程转包给罗福清、罗春华，直至2008年5月，原告的负责人刘仕伟接到罗福清的电话才知道，为此，找到被告多次协商补偿事宜均遭拒绝。
为证明上述事实，原告提交了以下证据：1、联合开发代建农民街的协议书；
2、补充协议书；
3、协议书，上述三份协议书证明原告与被告之间的权利与义务，被告已违约。
4、存折复印件、授权委托书，证明16万元存进杨开文的账户，赤土乡政府委托杨开文与刘仕伟控制这16万元。
5、调查笔录，罗福清证明被告未履行征地、拆迁工作。
6、开工通知、公证书、工程协议书，证明原告把工程转包给王家祥、曾祥文。
7、催办通知，证明被告已认可未履行协议中的义务。
8、市政府文件及批复、项目建设书、拆迁安置方案及请示、市政府抄告单，证明双方签订合同有效，被告严重违约。
9、建设用地规划许可证（面积1105平方米），证明双方签订合同合法。
10、赤土乡政府与罗福清、罗春华签订《关于黄金街开发善后工作的协议书》，证明被告把部分工程转包，系被告违约。
11、征（拨）地通知单、关于请求缓交“中心小学搬迁造地费”的报告，证明被告未按时完成征地、拆迁工作。
12、赣州市工商局证明，证明2002年12月12日因未按时年检被吊销了营业执照，但仍具有民事诉讼主体资格。
13、民事诉状，证明被告认同原、被告之间的合同。
14、江西省高院（2001）赣民终字第32号民事判决书，证明原赣州中皇物业管理开发有限公司更名。
15、赤土黄金大街平面示意图、户主名单，证明被告占用原告宅基地（432平方米）去安置其他拆迁户。
16、配套费位置图，证明配套费归原告的依据。
17、司法鉴定书二份，证明二附街工程造价为48963.70元，赤土黄金街宅基地1211.97平方米价值100.71万元（831元/平方米），鉴定费收据二份，分别为8000元、16100元，合计24100元。
18、征地、拆迁补偿费凭证计11份，证明原告代替被告支付给征地、拆迁户补偿款14923.75元。
19、三相电转让费凭证，证明原告代替被告支付张正海2400元。
20、台班费凭证，证明原告支付（铲车）费用计9050元。
21、验收记录11张、工程施工协议书1份，证明原告将工程转包给李书琦并已完工。
22、日记数页，证明刘仕伟在2008年5月接到罗福清的电话才得知被告将部分工程转包给罗福清等人。
23、邱兴华等人的领条三份，证明退回邱兴华等人购房面积短少及审批费24510.03元。
24、收条一份、收据三份，证明彭金生收到刘仕伟预付赤土黄金街设计费1000元，南康建设局收取罗春华、罗春敏上级管理费分别为325元和378元。南康工程建设总公司收取赣州市百辰实业发展有限公司工程管理费2320元。
25、规划图、基础竣工图计三份，证明原告已履行完义务。
26、对张仁裕的录音笔录、调查笔录，证明张仁裕自己建房的土地是乡政府补偿给他的，所补偿的土地是协议书中所指的张仁裕地基，并且调查笔录所记载的内容也已经念给他听，从而印证乡政府占用了抵资给百辰公司的土地。
27、对张正洪的录音笔录、《赤土黄金大街第二条附街北面已安排村民土地情况》，证明经张正洪、张正勇、张君辉妻子郭东莲看《安排村民土地情况》中的张正洪、张正勇、张君辉签字，都确认是他们自己的签名，同时还证明张正洪、张正勇、张正连、张正雄的建房占地系乡政府拆迁安排的，张水西的房子还没有建，从而印证赤土乡政府占用了抵资给百辰公司的土地。
被告的委托代理人辩称：1、1998年12月30日，被告与原告签订了《联合开发代建农民街的协议书》，1999年8月23日，双方签订了一份补充协议书。2002年12月12日，原告因未向赣州工商局年检，被吊销营业执照，从2003年后原告不具备从事相关经营活动的资格。2002年5月22日，原告与案外人刘仕伟签订了一份协议书，约定原告与被告未完成工程由刘仕伟承建，重新改变了协议内容，而本案原告将案外人刘仕伟所承建的工程项目包含在诉争工程当中。由于案外人刘仕伟是自然人，不是本案的当事人，答辩人认为原告与案外人刘仕伟之间的争议范围和内容不能列入本案。由于原告在被告处代建工程项目过程中，原告的企业营业执照被主管部门吊销，不能对外进行承建工程项目的营业活动，使原告无法完成在被告处承建的工程，也导致原告承建的工程项目无法验收和清算。被告于2002年5月23日与案外人刘仕伟另签订了一份协议书，由刘仕伟承建原告未完成的工程项目。原告诉请的内容不是原告与被告之间的关系，而是被告与案外人刘仕伟之间的关系，由于案外人刘仕伟承建工程项目过程中，中途擅自搬离施工现场，也未与被告验收和清算，导致被告的圩镇开发一直搁置多年。因此被告在2006年1月将刘仕伟遗留下来的工程交给了罗福清、罗春华完成。综上，本案原告不能享有和承担案外人刘仕伟的权利义务，不具备诉讼主体资格，刘仕伟也不能享有和承担本案的权利义务，原告诉请的费用是否产生与被告无关，这些费用的产生是原告自身的意愿，而且原告本身存在违约，相关诉讼请求超过诉讼时效。2、原告起诉要求被告返还拆迁征地费16万元、拆迁征地补偿费14923.75元、台班费9050元、排水沟工程款48963.7元与事实不符，也没有依据。3、原告起诉要求被告返还配套费60083.25元与事实不符，也没有依据，根据合同约定配套费是被告收取。4、原告起诉要求被告返还宅基地1211.97平方米与事实不符，也没有依据。根据合同没有确定具体用地面积，故不存在返还宅基地1211.97平方米的事实。变更补偿100.71万元也没有依据，因为鉴定确认地价831元/平方米不符合当时的地价，合同约定的补偿地价为300元/平方米。5、原告起诉要求被告退回原告面积短小及审批费24510.03元、三相电转让费2400元，其他损失4023元与事实不符，也没有依据。综上，请求驳回原告的诉讼请求。
为证明上述事实，被告提交了以下证据：第一组证据，《函告》、《赤土畲族乡人民政府催告函》、《关于黄金街开发善后工作的协议书》，证明原告长期拖延工程，未按协议书履行义务，经被告催告后仍未履行完成，因此，被告有权将原告的部分权利义务由第三人罗福清、罗春华承接。第二组证据，巫资钱等36住户地基款及审批费收据，证明原告赣州市百辰实业发展有限公司开发黄金大街销售面积为3252.99平方米，金额为114.0748万元。还代收审批费、配套费，例如收据No0038533原告收取张正勇购地款及审批、配套费计21800元，按协议约定，被告不应向原告支付征地补偿款16万元、拆迁补偿款14923.75元、台班费9050元和投资损失48963.70元。第三组证据，授权委托书及存折，证明双控账户的钱由原告支配使用，故被告不用返还征地补偿款16万元。
第三人述称：原告赣州市百辰实业发展有限公司与被告赤土畲族乡人民政府合资合作开发房地产纠纷中追加罗福清和罗春华为第三人缺乏依据。由于圩镇建设情况复杂，协议签订后，曾一度处于停工状态，2006年，在派员和电话联系原告无果的情况下，被告才把原告未完成的黄金大街工程转包给第三人。《关于黄金街开发善后工作的协议书》与原告无关联，不应混为一案，不应列他们为第三人。
为证明上述事实，第三人提交了以下证据：
1、《关于黄金街开发善后工作的协议书》，证明原告未按协议履行的部分工程由被告发包给罗福清、罗春华，系另一合同，与原告、被告的纠纷无关联。2、南康区人民法院受理案件通知书，证明因拆迁问题政府还起诉了拆迁户张仁裕。3、领条二张，证明为完善赤土镇黄金大街剩余工程，第三人支付的部分工程款项。4、黄金大街浇筑水泥砼路面工程工资结算清单，证明原告对部分工程项目结算情况（属于原告未完成的部分工程）。
反诉原告（本诉被告）赣州市南康区赤土畲族乡人民政府诉称，根据1998年12月30日，赤土镇人民政府（甲方）与赣州地区中皇物业管理开发有限公司（乙方，简称中皇物业）签订《联合开发代建农民街的协议书》，甲方在销售收入的100%（除办证手续费和圩镇规划配套费）中收取3-5%的管理费。乙方的销售收入为1112148元，按5%计算，乙方应付管理费55607.40元。根据1999年8月23日签订的《补充协议书》，原合同中，甲方收取乙方城市配套费，每平方米30元改为15元，附街、农贸市场内所有工程由乙方投资代建，费用在甲方收取乙方的城市配套费中抵扣，城市配套费为85220.50元。综上，请求法院判令反诉被告（本诉原告）赣州市百辰实业发展有限公司支付管理费和城市配套费合计140827.90元给反诉原告。
为证明上述事实，反诉原告提交如下证据：1、巫资钱等36住户地基款收据，证明反诉被告赣州市百辰实业发展有限公司开发黄金大街销售面积为3252.99平方米，金额为111.2148万元，还代收了审批费、配套费。2、城市配套费统计表，16户计85220.50元。
反诉被告赣州市百辰实业发展有限公司辩称：1、关于收取管理费的问题，赤土乡政府于2002年1月26日收取肖诗龙、邱兴华、邱志阳管理费是按3%，因此，应按3%的标准收取，为33364.44元（1112148元×3%），其中肖诗龙等三人已交3240元，替政府安置郭美英土地97.5平方米（价格24300元），应抵扣管理费，合计27540元，只差管理费5824.44元。2、关于城市配套费85220.50元的问题，这其中包含审批费和其它费用，根据约定是按面积收取，即15元/平方米，只销售1769.8平方米，为26547元，肖诗龙已缴1105元，只差25442元。综上，管理费和城市配套费合计为31266.44元。
为证明上述事实，反诉被告赣州市百辰实业发展有限公司提供购地户的城市配套费一览表、协议书一份、收据三张。
经审理查明，1998年12月30日，南康市赤土镇人民政府（甲方）与赣州地区中皇物业管理开发有限公司（乙方，简称中皇物业）签订《联合开发代建农民街的协议书》，约定：1、新建农民街地点为镇供销社和中心小学路口往南至桥北头，长约400米、水泥路面；2、新建主街一条，长约400米，宽20米，其中水泥路面8米。附街二条各50米长、10米宽；街道两旁是店面，每间宽4.8米，纵深根据地形安排并做好排水沟。3、开发形式:联合承办，乙方投资，自负盈亏，甲方收取管理费。4、甲方负责在1999年1月10日前办好用地手续和拆迁工作（拆迁补偿条款另行协商），拆迁补偿及征地费用由乙方承担（见“征地手续”后七天内付款20万元，包括青苗补助费）。乙方负责店面的基础（大脚）等工程资金投入，并选定施工队伍，按照双方确定的施工方案，工程达到“合格”标准。街道路基、排水设施在1999年6月底前完工，农贸市场在1999年8月底前完工，水泥路面在1999年12月底完工。5、新建的中心小学临街应留足80米宽，其余店面全部拍卖，并由镇政府办理各项手续（费用由农户或乙方负责），镇政府按每平方米收取30元的圩镇配套费。6、店面（宅基地）的价格由乙方确定后按程序办理（以甲方名义销售，开具政府收款收据，乙方派人直接收款），销售收入全部归乙方所有，甲方在销售收入的100%（除办证手续费和圩镇规划配套费）中收取3-5%的管理费。7、在原乡企办处建农贸市场，约1500平方米的钢栅架，由乙方垫资代建，预决算须经甲方认可，市场三面（即南、西、北面）的店面位置全归甲方销售，垫资从出售收入中返还。双方均在该协议盖章，并由甲方代表及乙方代表刘仕伟签字。1998年12月31日，中皇物业将黄金大街工程转包给李书琦，双方签订《工程施工协议书》。1999年3月23日，中皇物业将黄金大街部分工程转包给王家祥、曾祥文，双方签订《工程施工协议书》。1999年4月1日，原赤土镇人民政府制作《赤土镇黄金大街、农贸市场项目建议书》并向市计委请示，同时制定了拆迁方案并报请原南康市政府批准，1999年4月12日，原南康市计委批复同意建设，1999年5月17日，原南康市政府批复同意拆迁方案。
1999年8月23日，双方签订《补充协议书》，约定：1、从老街供销社原店面临街外墙，黄金大街两边各长90米（包括原中心小学门口和该留的过道）划给甲方安排拆迁或出售。2、乙方除给付甲方20万元征地费用外，凡是为了开发“黄金大道及农贸市场”所要拆迁的房屋和其他设施，要征用田、土、道路、空坪、荒山荒坡、果林（含大道和两边的店面共58米宽）等，一概由甲方负责，安置补偿费用均由甲方负责。3、原合同中，甲方收取乙方城市配套费，每平方米30元改为15元。4、附街、农贸市场内所有工程由乙方投资代建，费用在城市配套费中抵扣，不足部分从甲方出售店面宅基地后补偿给乙方，在验收合格一个月内全部工程款付清。原告与被告已盖章确认，甲方代表及乙方代表刘仕伟签字。1999年7月27日，原告将20万元转入原赤土镇财政所作为征地费用。2000年4月17日，原告向被告发出《催办通知》，要求其4月30日前完成农贸市场和5月30日前完成黄金大街主街的征地拆迁，被告于同年4月25日签收该通知。2000年8月3日，原告办理了建设用地规划许可证，规划用地面积为1105平方米。2000年10月30日，原告与赣州市章贡区物资局代表张永华签订《关于赤土镇黄金开发区土地产承包经营协议》，原告将黄金大街约300米水泥路面及两边未完善的排水沟转包给赣州市章贡区物资局，其它工程由原告完善。
2002年5月22日，因二条附街、新农贸市场建设及黄金大街拆迁、安置、补偿等问题，被告作为甲方，与原告负责人刘仕伟（乙方）签订《协议书》一份，约定：1、新农贸市场、二条主排水沟、明沟、副排水沟及二条附街、主排水沟、副排水沟由乙方垫资建造；2、黄金大街连接老街遗留的12栋房屋（包括中学食堂等建筑）未拆迁，其拆迁、征地补偿费约需16万元，费用由乙方垫资、甲方代付；3、以农贸市场四周的店面抵乙方的垫资，根据拆迁安置方案，被拆迁户的建筑占地面积少于安置面积部分应按300元/平方米的价格补差，此项收入抵乙方垫资。4、甲方负责拆迁、征地、安置等工作，调解好各项纠纷；乙方负责新农贸市场地面平整、硬化和二条附街的建设及资金；5、乙方应五天内将垫付的补偿费16万元存入银行，该资金由双方共同监控；甲方争取在二个月左右做好拆迁、征地工作，乙方应在三个月内把农贸市场、黄金大街及二条附街的所有工程完工（中学食堂必须在9月1日前完工）。被告委托杨开文以其名义分别在农村信用社、农行营业所设立双控账户（刘仕伟掌管存折，杨开文掌管密码和证件），刘仕伟分别于2002年5月29日存入20000元，11月10日存入50000元，11月14日存入20000元到农行账户，5月30日存入70000元，10月21日存入10000元到信用社账户，约定的16万元已全部到账,二账户余额分别为55.45元和169.67元。因征地拆迁工作未能按期完成，协议在不断变更之中，原告也未在约定的时间内完工。
黄金大街的主街部分工程完工，先后出售了29套店面，共计2946.39平方米，共计金额为86.940063万元。包括审批费、配套费等费用（如收据No0038533张正勇购地款及审批、配套费计21800元）。黄金大街一套和二附街四套共计580.20平方米的宅基地给了张正洪、张正健、张正勇、张正连、张正雄、张水西、张仁裕。原告在农贸市场平整了部分土地，支付台班费（机械平整土地的工资/每台/小时，行业称为台班费）9050元，垫付征地、拆迁补偿费14923.75元，支付张正海三相电转让费2400元。完成二条附街排水沟的部分工程，经鉴定工程量总造价为人民币48963.70元。以上涉案工程未见原告与被告全面的、完整的竣工验收报告，购地款及审批费、配套费等费用也未进行结算，未说明双方的投资、收益金额，本院在审理过程中已向双方释明未结算的法律后果。
2006年1月16日，被告在派员和电话联系原告无果的情况下把黄金大街剩余工程转包给第三人罗福清、罗春华，双方签订《关于黄金街开发善后工作的协议书》，第三人必须于2006年9月30日前拆迁安置黄金大街两侧用地的房屋、按标准硬化（稳定层厚度12厘米、路面厚度20厘米、路面宽度8米），修建好两侧水沟并加盖好盖板。被告将拍卖所得的农贸市场5间地皮划给第三人（见2004年10月8日赣市拍字第000057号），作为完善黄金大街工程的费用，有关剩余工程也未见第三人与被告的竣工验收报告，有关第三人罗福清、罗春华的投入和收益双方未提供证据，故无法查清。
审理过程中，原告申请对两条附街及排水沟的工程量进行鉴定，2012年9月11日，赣州东升会计司法鉴定所根据本院委托，作出赣东司鉴字[2012]03号《司法技术鉴定书》，评定两条附街及排水沟（除农贸市场外）的工程量总造价为48963.70元，鉴定费8000元。另外，原告申请对短少宅基地1211.97平方米进行评估，经江西中浩房地产评估有限公司估价，以2009年11月19日为基准日，每平方米为831元，共计100.71万元，鉴定费16100元。有关短少宅基地补差，2002年9月4日，刘仕伟与肖诗龙、邱兴华签订协议，对店面短少面积分别按368元、358.80元/平方米进行补差。
赣州市百辰实业发展有限公司前身系原赣州市中皇物业管理开发有限公司，刘仕伟系该公司总经理。百辰公司因未按时进行企业年检，于2002年12月12日被赣州市工商行政管理局吊销企业法人营业执照，但该公司尚未清算，也未办理注销公司登记，现由该公司总经理刘仕伟负责公司对外活动。
反诉被告赣州市百辰实业发展有限公司开发黄金大街销售面积为2946.39平方米，金额为86.940063万元，城市配套费82010.90元，包含审批费、配套费、工本费。2002年1月26日，反诉原告按3%收取肖诗龙、邱兴华、邱志阳的管理费，计3240元，对收取标准和金额无明确的结算金额，但在反诉原告提交的购买地基人员中不包含邱兴华、邱志阳的管理费。城市配套费82010.90元包含审批费和其它费用，根据约定是按面积收取15元/平方米，统计表中销售面积为2946.39平方米，双方未提供建房审批表，只提供了收款收据，实际上还存在面积短少而退款的情况。
以上事实有当事人提交的协议书、受理案件通知书、领条、结算清单、授权委托书、存折、市政府的批复及文件、项目建设及拆迁安置方案、合同及收款收据、鉴定报告书及当庭陈述等予以证实，本院予以采信。
本院认为，一、关于原告是否具备诉讼主体资格及本案是否超过诉讼时效问题。原告前身系原赣州市中皇物业管理开发有限公司，刘仕伟系该公司法定代表人，原告的企业法人营业执照被吊销，但该公司尚未清算，也未办理注销公司登记，由总经理负责公司对外活动，故刘仕伟与被告签订《协议书》应认定为履行职务行为。因此，赣州市百辰实业发展有限公司系适格的原告。原告于2008年5月知道被告将遗留工程发包给了第三人罗福清、罗春华，2010年1月6日提起诉讼，故被告辩称本案已超过诉讼时效，因缺乏事实和法律依据，本院不予采信。
二、关于三份《协议书》的效力及关联性。原、被告签订的《联合开发代建农民街的协议书》、《补充协议书》、《协议书》，从内容的表述上，如第一份（按时间顺序表述）协议为“联合开发代建农民街（黄金大街）”；第二份协议为“就联合开发黄金大街及农贸市场的有关事项达成如下补充协议”；第三份协议为“就二条附街、新农贸市场建设及黄金大街拆迁、安置、补偿等问题订立协议如下”，后协议是对前面协议补充，都是为了完成第一份协议的工程，但权利义务上作了重大调整，如第一份协议为“联合开发大街约300米，乙方投资，销售收入全部归乙方所有，自负盈亏，甲方收取3-5%管理费及城市配套费”；第二份协议为“大街90米划给甲方出售；乙方除付给甲方20万元征地费用外，凡是拆迁、征地一概由甲方负责，补偿费用均由甲方负责”；第三份协议为“二条附街、新农贸市场建设由乙方垫资建造，补偿费约16万元由乙方垫资、甲方代付”。上述协议系双方真实意思表示，且开发黄金大街有政府的批复、抄告单，并不违法，应认定三份《协议书》具有法律效力且有关联性，对双方均具约束力。
三、关于三份《协议书》的履行情况。原告付给甲方20万元和16万元征地费用，被告未提出异议。但原告未按时按量完成工程（从原告于2002年3月5日向原南康市人民政府的报告和被告与第三人签订的协议书可以看出原告未完成的工程），涉案工程缺验收报告，没有证明工程达到“合格”的依据，说明工程仍处于未竣工状态。黄金大街及二附街只有部分开发，被告未按协议完成拆迁、征地工作是原因之一，新农贸市场未能如期开发，双方不断变更协议内容，主要是被告违约，虽对违约行为的处理没有明确的约定，但原告可依法请求赔偿损失。原告与被告签订协议后，把大部分工程转包给李书琦、王家祥、曾祥文、章贡区物资局，造成原告与被告之间、被告与第三人之间的工程量无法确定，又没有全面完整的验收、结算报告，影响本案有关违约、履行事实的查明、认定和处理。根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百五十三条规定，人民法院审理案件，其中一部分事实已经清楚，可以就该部分先行判决。第三人与被告是另一合同（剩余工程）的当事人，不属同一法律关系，不涉及本案原告与被告之间的权利义务。
四、关于本案原告诉讼请求的依据及处理。
1、关于原告请求判决被告返还垫资兴建农贸市场拆迁费16万元、征地补偿费14923.75元、台班费9050元、三相电转让费2400元、支付附街工程款48963.70元，合计人民币235337.45元，并从2002年5月29日开始按中国人民银行同期贷款利率给付利息。根据协议“附街、农贸市场内所有工程由乙方投资代建，费用在城市配套费中抵扣，不足部分从甲方出售店面宅地后补偿给乙方，在验收合格一个月内全款付清。补偿费约16万元由乙方垫资、甲方代付”，双方对原告存入指定银行账户16万元没有异议，主要争议是16万元用于何处，原告诉称用于征地拆迁，被告辩称是原告个人开支，因“甲方（政府）代付”，证明16万元用于何处的责任在被告，如其举证不能，应承担相应的法律后果，从现有的证据，被告未能举证，且农贸市场未能开发，被告未按协议完成拆迁、征地工作是原因之一，原告请求返还垫资16万元应予支持，被告如有新证据证明这16万元被刘仕伟挪着他用，可另行依法处理。因约定“凡是拆迁、征地一概由甲方负责，补偿费用均由甲方负责”，原告垫付的征地补偿费14923.75元、三相电转让费2400元都与征地有关，故此费用应由被告支付。原告垫付的平整农贸市场土地开支的台班费9050元、附街排水沟工程款48963.70元，也应由被告支付。原告主张上述款项按中国人民银行同期贷款利率给付利息，符合相关法律规定，但起息时间应从实际中止合同（将剩余工程转包给第三人）之日（2006年1月16日）开始计算。
2、关于责令被告退回配套费60083.25元给原告。根据协议“甲方收取3-5%管理费及城市配套费”，因此，配套费的收取属于被告的权利，原告的请求缺乏合同约定的依据，故本院不予支持。
3、关于责令被告退还宅基地1211.97平方米抵资100.71万元给原告。首先，退还宅基地1211.97平方米的依据。第一，根据协议“联合开发大街约300米”，起止位置不明确；“约300米”是个概数；黄金大街到月形桥头具体位置不明确；涉案工程没有验收报告，原告浇灌水泥路面距月形桥头的距离不明确，无法说明大街的长度是否有300米。原告要求补偿月形桥头黄金大街两边分别为10米计195平方米、15米计292.5平方米（示意图中标注的35、36号位置）宅基地缺乏依据。第二，根据协议“街道两旁是店面，每间宽4.8米，纵深根据地形安排”，未明确店面的纵深长度，原告要求补偿黄金大街上部分店面深度不足的宅基地缺乏依据。第三，已出售29套店面共计2946.39平方米，已经超出《建设用地规划许可证》确定的用地面积（1105平方米）。第四，被告将黄金大街一套和二附街四套共计580.20平方米用于安置张正洪、张正健、张正勇、张正连、张正雄、张水西、张仁裕，这些宅基地的出售权属于原告，虽没有安置合同或政府的审批表，但有收款收据和证人证言，可以说明是被告占用原告宅基地580.20平方米用于安置。其次，抵资100.71万元存在争议，虽然经过了鉴定，因为基准日不同，价格就不同，经江西中浩房地产评估有限公司估价，以2009年11月19日为基准日，每平方米为831元，根据拆迁安置方案，被拆迁户的建筑占地面积少于安置面积部分应按300元/平方米的价格补差，此项收入抵乙方垫资。2002年9月4日，刘仕伟与肖诗龙、邱兴华签订协议，对店面短少面积分别按368元、358.80元/平方米进行补差，如何确定合理的价格也是焦点之一。因为都是处理店面短少面积问题，时间又接近纠纷发生，具有可比性、合理性，可按368元/平方米进行补差，由被告补偿原告213513.60元（580.2×368元）。
4、关于责令被告退回因原告代被告退回给购房户的面积短少及审批费24510.03元、其他损失4023元，合计28533.03元。因双方没有约定店面的面积，是否面积短少没有依据，本院不予支持。
5、关于利息起算时间的问题，原告主张从2002年5月29日开始按中国人民银行同期贷款利率给付利息。结合本案情况，被告将剩余工程转包给第三人之日（2006年1月16日），标志从此对原告工程款项的确认，被告未按时给付工程款项，即造成原告财产的损失，故应开始计算利息。同期中国人民银行贷款年利率为5.22%。
6、关于责令被告承担本案鉴定费用24100元。鉴定费24100元属合理损失，本院予以确认，因涉案工程缺乏验收“合格”报告，原告有部分工程未完，被告有部分拆迁、征地工作未完，导致本起纠纷，双方均有责任，根据双方责任分担。
五、关于反诉的处理。反诉原告请求法院判令反诉被告（本诉原告）赣州市百辰实业发展有限公司支付管理费和城市配套费合计140827.90元给反诉原告。反诉被告赣州市百辰实业发展有限公司认可管理费按3%计算，城市配套费按面积计算，但已折抵部分，实际只欠管理费和城市配套费31266.44元。因双方没有结算，根据收据反映的地皮面积为2946.39平方米，收入86.940063万元，管理费为26082元，城市配套费为44195.85元。反诉被告提出的抵扣项目，证据不足，不予支持，如果有新证据可另行主张予以核减。
综上，经本院审判委员会讨论决定，依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百一十九条、第一百二十条，《中华人民共和国民法通则》第四十五条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条、第一百五十三条规定，判决如下:
一、由被告赣州市南康区赤土畲族乡人民政府支付原告赣州市百辰实业发展有限公司垫付新建农贸市场征地补偿款16万元。
二、由被告赣州市南康区赤土畲族乡人民政府支付原告赣州市百辰实业发展有限公司垫付新建农贸市场的拆迁征地补偿费14923.75元、三相电转让费2400元、台班费9050元。
三、由被告赣州市南康区赤土畲族乡人民政府补偿原告赣州市百辰实业发展有限公司对二条附街及排水沟工程的投资48963.73元。
四、由被告赣州市南康区赤土畲族乡人民政府补偿原告赣州市百辰实业发展有限公司占用土地差额213513.60元。
五、反诉被告赣州市百辰实业发展有限公司支付给反诉原告赣州市南康区赤土畲族乡人民政府管理费和城市配套费70277.85元。
六、上述第一至第四项合计448851.08元，第五项70277.85元，抵扣后被告赣州市南康区赤土畲族乡人民政府仍应支付给378573.23元给原告，被告在付款的同时，按中国人民银行同期贷款年利率5.22%给付利息，从2006年1月16日开始计算利息至付清之日止，限被告于本判决发生法律效力之日起一个月内履行完毕。
七、驳回原告赣州市百辰实业发展有限公司其他诉讼请求。
八、驳回反诉原告赣州市南康区赤土畲族乡人民政府的其他诉讼请求。
如果未按本判决规定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费19920元（原审预交6056元、重审时补交13864元），鉴定费24100元，由原告负担13206元，由被告负担30814元。反诉受理费3117元，由反诉原告赣州市南康区赤土畲族乡人民政府负担935元，反诉被告赣州市百辰实业发展有限公司负担2182元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提交副本，上诉于江西省赣州市中级人民法院。
审判长 吉小燕
审判员 赖新民
审判员 邱旭林
二〇一六年十二月二十九日
书记员 黄 薇