辽宁省高级人民法院
民 事 判 决 书
（2016）辽民终721号
上诉人（原审原告、反诉被告）：大连宜华建设集团有限公司。
法定代表人：苏跃升，该公司董事局主席。
委托诉讼代理人：徐长胜、李大洋，辽宁建方律师事务所律师。
上诉人（原审被告、反诉原告）：辽宁宝林集团大连房地产开发有限公司。
法定代表人：王宝林，该公司董事长。
委托诉讼代理人：史晓丹、安佳，辽宁利金律师事务所律师。
上诉人大连宜华建设集团有限公司（以下简称宜华公司）因与上诉人辽宁宝林集团大连房地产开发有限公司（以下简称宝林公司）建设工程施工合同纠纷一案，均不服大连市中级人民法院（2015）大民二初字第00068号民事判决，向本院提起上诉。本院于2016年8月5日立案后，依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。上诉人宜华公司的委托诉讼代理人徐长胜、李大洋，宝林公司的委托诉讼代理人史晓丹、安佳到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
宜华公司向一审法院起诉请求：1、宝林公司向宜华公司支付工程款55,492,557元及违约金22,890,005元，共计78,382,562元。后原告根据鉴定报告意见和异议回复，调整诉讼请求为要求宝林公司支付工程款53,556,658元及违约金21,850,297元(自2014年7月25日暂计至2015年5月20日，按日承担工程总造价0.5‰的违约金)，两项合计76,446,663元；2、确认宜华公司对案涉工程享有建设工程价款优先受偿权。
事实与理由：2012年10月29日，宜华公司与宝林公司签订了《建设工程施工合同》（备案号：1211060702），工程名称大连金州新区宝林凤凰城1#-10#建筑、公建一、公建二，工程地点大连市金州区站前街道八湾路407号，工程内容大连金州新区宝林凤凰城1#-10#建筑、公建一、公建二施工，总建筑面积89,713.55m2，合同约定价款为118,026,021元。合同约定工期为开工日期为2012年10月30日，竣工日期2014年11月30日。宜华公司按上述约定完成全部工程，宝林公司及监理公司于2014年7月25日对案涉工程项目验收合格，宜华公司已将工程交付给宝林公司，宝林公司已实际销售案涉房屋。案涉工程总造价为152,600,034元，宝林公司按合同约定应支付工程总造价的95%，即144,970,032元，但宝林公司已付工程款为89,477,475元，欠付工程款为55,492,557元。
宝林公司一审辩称：一、宜华公司所主张的工程款尚未达到付款时间。双方约定付款时间应为质监站竣工验收合格10日内付至工程款的95%，结算前提为移交竣工资料，但是案涉工程至今未移交竣工资料，未通过质监站的验收，故宜华公司无权主张支付工程款。1、双方签订的《工程施工协议》第51.1条约定了工程完工经发包人及监理验收合格付至80%，质监站竣工验收合格后10日内付至总价款的95%，其余5%为质保金，质保期满后14日内支付完毕。由此可见，付款时间约定明确，案涉工程未通过质监站的竣工验收，宜华公司主张付款至总价款的95%，违反合同约定。2、案涉《工程施工协议》第51.2条第（三）项第2条约定，移交符合大连市城建档案馆要求的竣工资料是结算的前提条件，宜华公司至今尚未移交竣工资料。二、宝林公司实际支付的工程款已达到工程总价款的80%，如约履行了合同。宝林公司支付工程款89,477,475.32元，代垫安措费为2,360,524元，占约定总价款的68.83%，宝林公司还为宜华公司购买钢材290万元和木材74万元，承担了支付货款连带保证责任，款项共计3,640,000元，占约定总价款的2.8%。由于宜华公司的内部原因，导致了工程逾期完工和竣工，暂计至2014年7月25日的逾期完工的违约金约为15,600,000元，占约定总价款的12%。根据《工程施工协议》约定，违约金可以在进度款中扣除，故宝林公司支付工程款比例已超过了工程价款的80%。三、《工程施工协议》是双方在实际履行过程中所适用的合同依据。原因在于双方签订了《工程施工协议》和《建设工程施工合同》后，又签订了《补充协议书》，该《补充协议书》约定《建设工程施工合同》仅为备案和办理建设工程施工许可证需要，除此之外不发生任何法律效力。双方在合同履行过程中的权利义务应以《工程施工协议》约定内容为准。四、宜华公司所称的工程款总价款为152,600,034元不准确。因宜华公司未移交符合大连市城建档案馆要求的竣工资料，结算条件尚未满足，故双方最终结算没有进行。但是双方有阶段性的结算结果，即2014年1月22日，双方对已施工部分的工程款进行造价核算，造价的合计数值为125,700,046.74元。双方对未核算部分的工程款进行了确认，各方代表也进行了确认签字。但是宜华公司对该部分的工程款项迟迟不进行对账。综上，宝林公司认为案涉工程造价应为双方已认可的造价审核值125,700,046.74元与已确认完毕的未核算部分的工程造价之和。五、宝林公司按时支付工程款，不存在逾期支付工程款的行为，不应承担逾期付款的违约责任。六、宜华公司不能享有工程价款的优先受偿权。1、前提条件尚不成就。优先受偿权的前提是发包人未按照约定支付价款，但是本案中宝林公司的付款时间尚未达到，不存在宝林公司未按约定支付价款的行为。2、优先受偿权不能对抗商品房的买受人。案涉工程已有绝大部分房屋出让给了买受人，根据优先权的司法解释第2条的规定，宜华公司无权对所有房屋行使优先受偿权。3、宜华公司在起诉之前也从未向宝林公司主张过工程价款的优先受偿权。
反诉原告宝林公司反诉请求：1、宜华公司移交符合大连市城建档案馆要求的全部竣工资料；2、宜华公司支付未按时竣工的违约金﹝以合同约定总造价为基数，自2013年12月26日起暂计至反诉之日2015年7月7日止）36,335,000元。
事实与理由：宝林公司与宜华公司于2012年7月1日签订《工程施工协议》，宜华公司承建宝林公司的宝林凤凰城住宅项目1#-10#、公建一、公建二建筑施工，协议中约定合同工期以双方商定进度表为准，协议中约定的工程总价款为1.3亿元。2012年10月30日双方签订了补充协议书约定双方于2012年10月29日签订的《建设工程施工合同》仅供办理政府合同备案及建设工程施工许可证等相关手续使用，除此之外不发生任何法律效力。《建设工程施工合同》与《工程施工协议》内容不一致地方以《工程施工协议》为准。宜华公司于2013年4月15日提供了施工进度表，协议项下的1#-4#楼开工日期为2012年9月1日，完工日期2013年12月10日；5#-8#楼的开工日期为2012年9月1日，完工日期2013年11月12日；地下室的开工日期为2012年7月1日，完工日期2013年11月9日。在工程施工过程中，宝林公司按进度向宜华公司支付进度款，共支付89,477,475.32元，另2012年10月26日宝林公司替宜华公司代垫安措费2,360,524元。根据《工程施工协议》第51.2条第（二）项中的1.2约定宜华公司承包的工程还尚未竣工（“竣工时间指承包人承包的工程及发包人指定分包工程全部完成，并按现行相关规定通过辖区的政府监管部门验收，达到合同规定的质量标准并将所有竣工资料及竣工报告提交发包人，经发包人代表签字接收的日期”）。宜华公司没有将符合大连市城建档案馆要求的竣工资料和竣工报告提交给宝林公司，也尚未通过质量监管部门的验收。依据《工程施工协议》中专用条款第38.2条约定工程每延期一天，承担工程总造价的0.5‰违约金，故宜华公司应承担逾期竣工的违约金。
反诉被告宜华公司辩称：不同意宝林公司的反诉请求。关于第一项反诉请求，竣工资料以及工程验收手续工作按照相关法律规定由宝林公司负责竣工验收，宜华公司配合。关于第二项反诉请求，一、案涉工程应以备案《建设工程施工合同》约定工期为准，工期为761天，原告履行了合同义务，没有违约。《工程施工协议》未经备案，且约定工期为759天，该施工协议是建筑法律领域的“黑合同”不能作为确定工期的法律依据，且这两份合同约定的工期仅差两天。从建设单位、监理单位、施工单位、设计单位联合出具的《单位（子单位）工程质量竣工验收记录》可知，案涉工程实际开工日期为2012年11月9日，竣工日期为2014年7月25日，总日历天数为624天，提前完工，没有工期违约。二、《补充协议书》因违反法律法规的强制性规定，对双方没有法律约束力。根据我国《招标投标法》第46条规定，招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。根据《招投法实施条例》第57条规定，补充协议书因违反法律法规的强制性规定，对双方没有约约束力。三、宝林公司提供的施工进度计划表是原告施工过程中的施工进度计划安排，不同于案涉工程的工期，施工进度计划表不是对施工合同约定工期的变更。1、施工进度计划表是对案涉工程各施工单项的具体施工程序和时间前后的具体计划安排，以便于施工单位购买施工材料、安排施工相关配套工作。2、施工进度计划表是工程施工过程中的计划安排，既然是计划，在客观上就有存在能够按计划施工和没有按计划施工的两种可能，如果没有完成计划，就需要在后续施工中进行调整，但不产生变更施工合同约定工期的法律后果，宝林公司提供的施工进度计划表是在履行过程中根据施工管理需要而制作的，作为案涉工程的工期是违背施工合同约定的。综上，宜华公司不存在工期违约的事实，宝林公司要求逾期竣工违约金没有事实和法律依据，应予驳回。
一审法院审理查明：2012年9月，宝林公司通过大连理工招标代理有限公司作为代理机构，发出案涉工程的投标邀请函。
2012年10月29日，双方签订《建设工程施工合同》（备案号：1211060702，以下简称备案合同）约定，宜华公司承包案涉工程，开工日期为2012年10月30日，竣工日期为2014年11月30日。合同总价118,026,201元。第38条违约条款约定，发包人不按时支付工程竣工结算款应承担违约责任，并每天按工程总价0.5‰承担违约金及同期贷款利息。承包人未按时竣工应承担的违约责任为工程每延期一天，承担工程总价0.5‰违约金。第51.1条补充条款约定，承包范围内工程完工，经发包人及监理验收合格付至总价款的80%，质监站竣工验收合格10日内付至工程总价款的95%，留5%作为保修金，二年期满后除防水工程外14天内付清，防水工程保修金五年期满后14天付清。第51.2条工程款支付特别约定，甲方支付工程款时，必须直接与乙方财务部直接结算（财务人员：王辉或许静，如有变化须以乙方介绍信为准），其他任何人员无权代表乙方与甲方结算。附件3工程质量缺陷保修书第二条约定质量缺陷保修期从工程实际竣工之日算起。单项竣工验收工程，按单项工程分别计算质量缺陷保修期。……屋面防水工程、有防水要求的卫生间/房间和外墙面的防渗漏工程为5年，电气管线工程、给排水管道工程、设备安装工程为2年，供热和供冷系统工程为2个采暖期、供冷期，装饰装修工程为2年。第五条约定质量缺陷保修金银行利率为不采用。第六条约定发包人在工程质量保修期满后14天内将剩余工程质量缺陷保修金和利息返还给承包人。合同还约定双方其他权利义务。
在宝林公司提供的宜华公司分别在2012年10月25日及2013年4月15日出具案涉工程施工进度计划表中，均有对案涉工程1#-8#的外墙抹灰工程作出工期计划。
2013年7月15日，宝林公司针对案涉工程向宜华公司出具工作联系函载明：按照贵公司（宜华公司）报予我公司的2013年4月15日版施工进度计划计算，多项工程已经延期滞后，其中包括外墙抹灰计划开工时间为2013年7月1日，现已滞后15天。……望贵公司增加工人，加快施工速度，把各项工程拖延的工期抢回来，按施工进度计划如期交工，以免耽误业主入住。宝林公司对该工作联系函中其公司印章真实性无异议，但认为宝林公司仅是对案涉工程图纸中女儿墙压顶、连廊和阳台的外墙抹灰工程进行催促，未对图纸中所没有的外墙抹灰工程进行催促，对宜华公司超出图纸的外墙抹灰工程，不应支付工程款。
2014年7月25日，案涉工程施工完毕。同日，宜华公司、宝林公司、监理公司及设计公司共同验收案涉工程，并形成十二张单位（子单位）工程竣工验收记录，其上载明案涉工程开工日期为2012年11月9日，竣工日期为2014年7月25日。双方当事人均在庭审中认可该日期亦为宜华公司向宝林公司交付案涉工程的日期，且案涉工程至今没有经过金州新区质量监督站的验收，亦未完成初使登记，但案涉工程已经对外销售。截止起诉前，宝林公司共向宜华公司支付工程款89,477,475元，代付安措费2,360,524元，两项合计91,837,999元。
在本案审理过程中，一审法院依据宜华公司申请对案涉工程总造价进行司法鉴定。大连德利工程造价咨询事务所有限责任公司于2016年3月7日和4月12日分别出具鉴定报告和异议回复，得出案涉工程含外墙抹灰总造价为145,668,647元，不含外墙抹灰总造价为143,507,006元的鉴定意见。
另查，在备案合同签订以及案涉工程中标之前，宜华公司和宝林公司曾于2012年7月1日签订《工程施工协议》，该协议对案涉工程工期（开工日期为2012年7月1日，竣工日期为2014年7月30日，最终以双方商定的进度表为准）和总造价（1.3亿元）等约定内容均与备案合同不一致。且专用条款、附件3等部分亦存在与备案合同不一致之处。同年10月30日，双方签订《补充协议书》约定“由于《工程施工协议》不能进行政府备案，为满足政府合同备案要求，双方于2012年10月29日签订《建设工程施工合同》，双方在此声明该合同仅供办理政府合同备案及建设工程施工许可证相关手续使用，除此之外不发生任何法律效力。该合同与《工程施工协议》内容不一致之处以《工程施工协议》为准”。
一审法院认为，依据已查明的事实，双方当事人对于《工程施工协议》签订于中标前而备案合同签订于中标后，且案涉工程已于2014年7月25日竣工并交付给宝林公司以及宝林公司已支付工程款和安措费共计91,837,999元等事实均没有争议。现双方当事人争议焦点有二：1、以《工程施工协议》还是备案合同作为履行依据；2、案涉外墙抹灰工程是否应计于工程总造价中。
针对第一个焦点问题，一审法院认为，根据《中华人民共和国合同法》第八条、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条之规定，本案中，依据已查明的事实，案涉《建设工程施工合同》系业经招投标程序并已备案的合同，该合同内容不违反法律法规效力性强制性规定，合法有效，对双方当事人均应具有法律约束力。而案涉《工程施工协议》却系宝林公司在对外发出投标邀请函之前，便与宜华公司达成的协议，未经招投标，亦未经备案，且案涉《工程施工协议》在工期、总造价等实质性内容均与备案合同不一致。因此，依法应当以备案合同作为宜华公司和宝林公司行使权利和履行义务的依据。
针对第二个焦点问题，一审法院认为，根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第七十四条之规定，本案中，在宝林公司提供的两份宜华公司制作的施工进度计划表中明确载明了案涉工程存在着1#至8#楼外墙抹灰施工内容，且在2013年7月15日工作联系函中，宝林公司又再次要求宜华公司进行外墙抹灰工程施工，宜华公司亦确实完成了此项工程施工。虽然宝林公司辩称其仅是催促宜华公司对女儿墙压顶、连廊和阳台的外墙抹灰工程，未催促其他外墙抹灰工程，但是在该份工作联系函中却未区别外墙抹灰工程位置，亦与其提供的施工进度计划表载明内容自相矛盾。故宝林公司以此理由拒付外墙抹灰工程的工程款，没有事实和法律依据，一审法院不予支持。因此，案涉外墙抹灰工程应计于案涉工程总造价中，案涉工程总造价应为145,668,647元。
由此可见，案涉工程剩余工程款应为53,830,648元（145,668,647元-91,837,999元），其中质保金为7,283,432元（145,668,647元×5%），因案涉工程竣工时间为2014年7月25日，防水工程质保期为五年，其他工程质保期为两年，质保期均未届满。故扣除案涉工程质保金后，剩余工程款数额为46,547,216元（53,830,648元-7,283,432元）。故宜华公司主张宝林公司支付防水工程质保金以外的其他质保金，没有事实和法律依据，一审法院不予支持。至于宜华公司主张宝林公司自2014年7月25日暂计至2015年5月20日止，按日承担案涉工程总造价0.5‰的违约金21,850,297元一节，一审法院认为，虽然案涉工程在2014年7月25日竣工验收，但当时双方未就案涉工程进行竣工结算，直到诉讼后，通过司法鉴定才在2016年4月12日最终确认案涉工程总造价（结算数额），故宜华公司要求宝林公司承担自2014年7月25日暂计至2015年5月20日期间的逾期支付结算款的违约责任，没有事实和法律依据。至于宝林公司辩称案涉工程未经质监站验收合格，未达到付款条件一节，一审法院认为，如前所述，宜华公司和宝林公司会同监理公司及设计公司已于2014年7月25日对案涉工程进行竣工验收合格，而宝林公司未能提供证据以证明质监站未对案涉工程进行验收合格系因案涉工程存在着不具备质监站验收条件的质量问题，或是宜华公司原因造成无法完成质监站验收。故宝林公司以此为由拒付剩余工程款，无事实和法律依据。据此，宝林公司应向宜华公司支付工程款数额为46,547,216元，宜华公司的此项诉讼请求中合理部分，有事实和法律依据，一审法院予以支持，其诉讼请求中不合理部分，无事实和法律依据，一审法院不予支持。
关于宜华公司主张其对案涉工程款享有优先受偿权一节，一审法院认为，根据《最高人民法院关于建设工程价款优先受偿权问题的批复》第四条“建设工程承包人行使优先权的期限为六个月，自建设工程竣工之日或者建设工程合同约定的竣工之日起计算。”本案中，备案合同约定竣工时间为2014年11月30日，宜华公司于2015年5月21日起诉请求对案涉工程款享有优先受偿权，未超出六个月期限。虽然案涉工程实际竣工验收时间为2014年7月25日，但宜华公司早于约定时间竣工，若以实际竣工时间起算优先受偿权的期间，有违公平原则。因此，宜华公司的此项诉讼请求，一审法院亦予以支持。
关于宝林公司反诉要求宜华公司提供符合大连市城建档案馆要求的竣工资料以及宜华公司承担逾期竣工违约金一节，一审法院认为，宝林公司提出前述两项反诉请求，实际上均是以案涉《工程施工协议》第51.2条为依据的。即宝林公司主张宜华公司未依照案涉《工程施工协议》第51.2条约定，将符合大连市城建档案馆要求的竣工资料和竣工报告提交给宝林公司，则案涉工程未竣工，宜华公司应给付相关竣工资料和承担逾期竣工的违约责任。然而，如前所述，备案合同是约束双方当事人权利义务的依据，非案涉工程施工协议。而且即使《工程施工协议》的该条约定亦未明确要求宜华公司按照大连市城建档案馆要求提供竣工材料以及提供哪些竣工资料。因此，宝林公司的此两项反诉请求，均没有事实和法律依据，一审法院不予支持。
此外，关于宝林公司辩称根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十三条，大连杰威工程造价咨询有限责任公司已对截至2014年1月22日的工程量作出工程款额为125,700,046.74元的结算审核报告，双方对此数额无争议，宜华公司应自行承担此数额对应的鉴定费，双方分担超出此数额外的鉴定费一节，一审法院认为，因该份结算审核报告中没有宜华公司的盖章确认，仅有工作人员签名，宜华公司在诉讼中明确表示不认可该阶段性结算数额，且宝林公司并未提供证据证明宜华公司曾授权该工作人员签名以确认阶段性结算数额，故依据现有证据，一审法院无法直接认定双方对2014年1月22日前工程量和工程造价无争议，从而适用该条法律规定。因此，宝林公司的此项抗辩观点，无事实和法律依据，一审法院不予采纳。
综上，依照《中华人民共和国合同法》第八条、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条、《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第七十四条、《最高人民法院关于建设工程价款优先受偿权问题的批复》第四条之规定，判决如下：
一、被告（反诉原告）辽宁宝林集团大连房地产开发有限公司于本判决生效之日十五日内支付给原告（反诉被告）大连宜华建设集团有限公司剩余工程款46,547,216元；
二、确认原告（反诉被告）大连宜华建设集团有限公司在前述工程价款的范围内对案涉工程享有优先受偿权；
三、驳回原告（反诉被告）大连宜华建设集团有限公司的其他诉讼请求；
四、驳回被告（反诉原告）辽宁宝林集团大连房地产开发有限公司的反诉请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费433,712元，保全费5000元，鉴定费1,164,000元,合计1,602,712元（大连宜华建设集团有限公司已预交），由大连宜华建设集团有限公司负担169,631元，由辽宁宝林集团大连房地产开发有限公司负担1,433,081元；反诉费111,738元（辽宁宝林集团大连房地产开发有限公司已预交），由辽宁宝林集团大连房地产开发有限公司负担。
宜华公司上诉请求：一、请求判决宝林公司支付工程质量保修金7，009,442元；二、请求判决宝林公司向宜华公司支付自2014年7月25日起至工程款付清之日止的工程款违约金、利息；三、宝林公司承担诉讼费用。
事实与理由：根据备案的《施工合同》51.1条：“留5%作为保修金，二年期满后除防水工程外14天内付清，防水工程保修金五年期满后14天内付清。”的约定，案涉工程的总造价为145，668,647元，工程的保修金为7,283,432元。根据鉴定机构的《回复函，案涉工程防水部分总造价为5,479,818，防水保修金为5,479,818元×5%=273,990元。除防水工程保修金外的工程保修金7,283,432元-273,990元=7，009,442元。
以上数额已经过工程造价鉴定，双方均没有异议。一审法院没有支持的原因是一审当时还差一个多月没有到期，现已经到期，故请求二审法院给予支持。
2014年7月25日宜华公司、宝林公司、监理方及设计单位对案涉工程验收合格。参照建设工程施工合同司法解释第十八条的规定，利息的起算时间应为2014年7月25日。
被上诉人逾期付款违约是客观事实，依照合同约定，按照鉴定后的工程总造价145,668,647元为计算基数，宝林公司应向宜华公司支付逾期支付工程款违约金。一审判决不支持逾期支付工程款违约金的理由显属不公。
宝林公司二审辩称：一、宝林公司无需支付保修金。双方签订的《工程施工协议》约定，质监站竣工验收合格10日内付至总价款的95%，其余5%为质保金，质保期满后14日内支付完毕。因此，质保期的起算点应为质监站验收合格后起算，而宜华公司还未移交档案材料，质监站的验收也未通过，故质保期并未开始起算，并未达到支付质保金时间点。二、宝林公司无需支付违约金、利息。双方在2014年1月22日阶段性结算后，双方再也没有进行最终的结算，宜华公司也没有完成先履行义务，未将符合要求的施工档案移交给宝林公司，最终直到法院的委托机构鉴定才明确工程总造价。宜华公司存在过错。依工程施工协议的约定，宜华公司应在2013年12月25日完成竣工验收，而时至今日，尚未完成。
宝林公司的上诉请求：撤销原审判决第一项、第二项、第四项，发回重审或依法改判驳回原审宜华公司的诉讼请求；支持宝林公司一审诉讼请求。
事实与理由：一、原审法院认定应以备案合同为履行依据，系认定事实错误。本案实际履行的是《工程施工协议》，原审法院的认定超越了双方的本来意图。双方2012年10月30日签订的《补充协议书》明确约定，《建设施工合同》仅供办理备案等相关手续使用，《工程施工协议》才是适用合同依据。《建设施工合同》的签订时间为2012月10月29日，《补充协议书》的签订时间为2012月10月30日，《补充协议书》签订的时间晚于备案合同签订的时间，由此可见，双方在签订合同时的真实意思应为适用《工程施工协议》。
《工程施工协议》的约定更加细化，除了固定条款外，还有关于人员、工期、工程的结算方式、工程质量、承包人责任、工程验收等更具操作性的补充条款，而《建设施工合同》不具有实际履行的操作性。《建设施工合同》只是最普通的格式范本，双方签订此合同的目的只是为了备案，宜华公司在庭审中也同意按《工程施工协议》约定的结算方式所确定的标准和项目进行工程造价鉴定，说明宜华公司认可《工程施工协议》为实际履行合同依据。
案涉工程并不是强制性招标工程，《工程施工协议》并没有损害他人的合法权益。
二、原审法院将宜华公司超图纸施工的外墙抹灰工程计于工程总造价，系认定事实错误。宝林公司不当支付超图纸的外墙抹灰工程价款。
设计图纸中并没有双方诉争的外墙抹灰工程，签证单也没有宝林公司的签章，施工单位不应超越图纸范围施工。
就宜华公司提出的2013年7月15日的工作联系函中所称的外墙抹灰指的是图纸中已有的连廊、阳台、女儿墙压顶部位的外墙抹灰，没有包含其它外墙抹灰工程。
三、原审法院认定付款比例应付至工程总造价95%系认定事实错误。
双方在《工程施工协议》中约定，质监站竣工验收合格10日内付至总价款的95%，其余5%为质保金，质保期满后14日内支付完毕。由此可见质监站竣工验收合格为硬性指标，案涉工程并没有通过质监站的竣工验收是双方确认的事实。原审法院违背当事人的意思，曲解付款时间明显有误。
四、原审法院应在工程总造价中扣除安措费用。根据《工程施工协议》第51.2条第（三）项规费部分中约定：“安全生产文明施工费由甲方缴纳，不计入预算，若按合同金额缴纳，以工程实际竣工结算总价与合同金额差价的2%计取支付承包人”。具体的计算方法为双方约定的条款，应以约定为准。鉴定机构在鉴定报告中，超合同值部分确定的安措费外又计取了安措费的鉴定结论，违背双方约定的行为，故应扣除鉴定结论中不应计取的安措费。
四、宜华公司尚不享有工程价款的优先受偿权。优先受偿权的前提条件为发包人未按照约定支付价款，但是本案中发包人的付款时间尚未到来，不存在发包人未按约支付价款的行为。优先受偿权不能对抗商品房的买受人。案涉工程已有绝大部分房屋出让给了买受人，根据优先权的司法解释第2条的规定，宜华公司无权对所有房屋行使优先受偿权。
五、宜华公司应移交全部符合大连市城建档案馆要求的竣工资料并支付未按时竣工的违约金。根据《工程施工协议》中第51.2条第（三）项中的3约定，提交大连市档案馆要求的竣工资料是宜华公司应先履行的义务，也是作为承包人的基本义务。本案中，宜华公司迟迟不移交符合档案馆要求的资料，原审法院对该节事实并没有查清。
根据《工程施工协议》中第51.2条第（二）项中的1.2约定，宜华公司承包的工程还尚未竣工。竣工时间指承包人承包的工程及发包人指定分包工程全部完成，并通过政府监管部门验收，达到合同规定的质量标准并将所有竣工资料及竣工报告提交发包人，经发包人代表签字接收的日期。而2014年7月25日的竣工验收记录，只表明宜华公司交付案涉工程的时间，并不符合双方对竣工时间的约定。
依据《工程施工协议》中专用条款的第38.2条约定工程每延期一天，承担工程总价的0.5‰，故宜华公司应承担逾期竣工的违约金。
六、原审法院判定上诉人承担的诉讼费比例过高。宜华公司应对125,700,046.74元所对应鉴定费自行承担，对于超出该数值的所对应的鉴定费用，才应由法院来确定分担数额。
本案中，双方对截至到2014年1月22日的工程量、工程款无争议（有三方在杰威《结算审核报告》的签字确认），故无需鉴定。对此，在宜华公司申请鉴定时上诉人既已提出，但宜华公司不顾上诉人的意见，执意对上述工程量进行鉴定，结果导致鉴定费用高达100多万元，造成了不必要的损失。
综上，原审法院判决数额的基础数据来源于依据《工程施工协议》确定的工程总造价，而适用合同的依据又变成了《建设工程施工合同》，明显存在自相矛盾之处。认定事实错误和适用法律均错误。
宜华公司二审辩称：一、双方2012年7月1日签订的《工程施工协议》和2012年10月30日签订《补充协议书》因违反法律、法规强制性规定，应当认定为无效。但按照有关法律规定，可以参照《工程施工协议》中关于工程价款的较为详细的约定结算工程价款，对此，双方在一审中均同意工程款造价鉴定机构按照《工程施工协议》进行工程造价鉴定。
二、宝林公司应当支付外墙抹灰工程工程价款。第一，经鉴定人现场核实，外墙抹灰工程宜华公司确已施工完毕。
第二，宝林公司对向宜华公司发送的《工作联系函》（2013年7月15日）真实性没有异议，该《工作联系函》证明宝林公司催促宜华公司对外墙抹灰进行施工。第三，2015年12月29日《询问笔录》载明，宝林公司对2013年9月13日《图纸会审记录》的真实性是没有异议，该《图纸会审记录》是建设单位、监理单位、施工单位、各种设备厂家在收到设计院施工图设计文件后，对图纸进行全面细致的熟悉，审查出施工图中存在的问题及做法不明确的项目，并提交设计院确认的一项重要事宜，在《图纸会审记录》中增加了外墙抹灰的内容及要求是事实。
三、安措费不应从工程总造价中扣除。安措费是由建设单位缴纳给政府安检部门，施工单位领取后购买安全网、安全帽等安全施工材料，宝林公司缴纳的安措费不应视为其已付工程款。根据《大连市建筑工程安全防护文明施工措施费用管理办法》规定，安措费为不可竞争性费用，不得删减，在计价中单列并计入总价。
四、宜华公司认为不应支付宝林公司逾期竣工违约金。按照《建设工程施工合同》工期为761天，宜华公司履行了施工合同约定的义务，没有工期违约。即使按照宝林公司主张的2012年7月1日签订《工程施工协议》约定的工期为759天，宜华公司也没有工期违约。宝林公司所举证的《施工进度计划表》是宜华公司施工过程中的施工进度计划安排，不同于案涉工程的工期，它们是建设工程法律领域里完全不同的两个概念。
五、工程款鉴定费用均应由宝林公司承担。一审法院认定，结算审核报告没有宜华公司盖章，仅有工作人员签名，宜华公司在诉讼中明确表示不认可该阶段性结算数额，且宝林公司并未提供证据证明宜华公司曾授权盖工作人员（郑茹）签名以确认阶段性结算数额，故依据现有证据，无法直接认定双方对2014年1月22日前工程量和工程造价无异议，因此，宝林公司主张鉴定费用应由宜华公司承担承担没有法律依据。
综上，宝林公司上诉请求没有事实和法律依据，应当予以驳回。
本院二审期间，当事人围绕上述请求依法提交了证据，本院组织当事人进行了证据交换和质证。
对当事人二审争议的事实，本院认定如下：
关于宜华公司上诉请求给付工程质量保修金7，009,442元问题。除防水工程之外其他工程质保期已达质保期限，按照合同约定，该质保金应当予以返还。一审法院没有判决给付工程质量保修金的原因是“因案涉工程竣工时间为2014年7月25日，防水工程质保期为五年，其他工程质保期为两年，质保期均未届满。”现除防水工程外，其他工程质保期间已届满，宝林公司应当返还工程质量保证金。
关于宜华公司上诉请求宝林公司支付自2014年7月25日起至工程款付清之日止的工程款违约金、利息问题。对此问题，一审判决阐明的理由和观点是正确的，宜华公司的该项请求缺乏法律依据本院不支持。
关于宝林公司上诉提出应以《工程施工协议》作为本案裁判依据，一审认定以《建设工程施工合同》为裁判依据错误问题。本院认为，最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》（法释[2014]14号）第二十一条明确规定“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。”本案工程结算的核心是对工程造价的认定，而对此，诉讼双方已经在一审中达成共识，即工程造价的计价以《工程施工协议》约定为准。因此，一审虽然没有认定《工程施工协议》，但并未对工程造价的结算标准作出不利于宝林公司的认定。
关于宝林公司上诉提出，原审法院将宜华公司超图纸施工的外墙抹灰工程计于工程总造价，系认定事实错误，宝林公司不当支付超图纸的外墙抹灰工程价款问题。对此，本院认为，根据一审法院查明的2013年7月15日《工作联系函》载明的内容，宝林公司催告有关工程施工已延期滞后的内容中，明确包含了外墙抹灰。而根据该内容的表述，外墙抹灰在建筑规范内，不能得出仅限于连廊、阳台、女儿墙压顶部位外墙抹灰的结论。另外，外墙抹灰工程并非隐蔽工程，且为大面积的外在展露形式体现，在施工过程中，作为建设单位的宝林公司应当知道，但其并未提出过异议，故一审法院对此予以肯定性认定，并无不当。
关于宝林公司上诉提出，原审法院应在工程总造价中扣除安措费用问题。依照建设工程造价构成及政府规费收取的相关规定，安措费为建设工程造价的组成部分，宝林公司已经交纳。该款项是否进入工程造价是客观归入问题，不存在所谓扣除之说。宝林公司主张扣除的目的在于将此款抵作已付工程款，而已付工程款也是客观存在问题，参照宝林公司上诉主张的《工程施工协议》（5）规费B项的文意，得不出规费不进入工程造价并以此抵作已付工程款的解释，故宝林公司的该项主张缺乏事实和法律论据，本院不予支持。
关于宝林公司上诉提出，宜华公司应移交竣工资料并支付未按时竣工的违约金问题。首先，宜华公司应移交竣工资料是其应尽的合同义务，宝林公司上诉有理应予支持。其次，关于未按时竣工的违约金问题，一审查明，诉讼双方及监理公司、设计公司在十二项子单位工程验收中，共同确认竣工日期为2014年7月25日，该时点并未超过双方各自主张的《建设工程施工合同》和《工程施工协议》中约定的竣工日期，故不存在逾期竣工的违约金问题。至于尚未通过政府质监部门对工程的整体验收，属于政府行业监管认定问题，不影响对三方对竣工日期和按时完工性质的认定，故一审法院不支持逾期竣工违约金请求并无不当。
关于宝林公司上诉提出宜华公司不享有工程价款的优先受偿权问题。依照《中华人民共和国合同法》关于建设工程优先受偿权及相关解释的规定，一审法院认定宜华公司享有优先受偿权理由适当，符合法律规定。
关于宝林公司上诉提出原审法院判定上诉人承担的诉讼费比例过高问题。对于宝林公司提到的杰威《结算审核报告》的签字确认，宜华公司在一审中已提出反悔，一审法院根据本案具体情况，将该部分造价列入鉴定范围并无不妥。经了解鉴定单位，在实际鉴定中，鉴定单位并未直接移植杰威《结算审核报告》的结论，故对宝林公司主张杰威《结算审核报告》所涉造价部分的鉴定费由宜华公司自行承担，缺乏法律依据。
综上，依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（二）项规定，判决如下：
一、维持大连市中级人民法院（2015）大民二初字第00068号民事判决第一、二、四项；
二、撤销大连市中级人民法院（2015）大民二初字第00068号民事判决第三项；
三、宜华公司于本判决生效后十日内，按照政府工程质量监管部门关于建设工程档案归档的要求，向宝林公司移交全部建设工程施工档案资料。
四、宝林公司于本判决生效后十日内向宜华公司返还工程质量保证金7,009,442元。
如未在本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审案件受理费433,712元，保全费5000元，鉴定费1,164,000元,合计1,602,712元，由宜华公司负担169,631元，宝林公司负担1,433,081元；反诉费111,738元，由宝林公司负担91,738元,宜华公司负担20,000元。二审案件受理费386,274元，由宜华公司负担88,843元,由宝林公司负担297,431元。
本判决为终审判决。
审判长 潘志斌
审判员 刘 军
审判员 赵碧涛
二〇一七年五月十五日
书记员 刘文静