浙江省杭州市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2015）浙杭民终字第3781号
上诉人（原审原告）：浙江省工业设备安装集团有限公司。
法定代表人：张振荣。
委托代理人：施建华、王增，浙江浙经律师事务所律师。
上诉人（原审被告）：浙江省长城建设集团有限公司。
法定代表人：毛红卫。
委托代理人：胥袁。
上诉人浙江省工业设备安装集团有限公司（以下简称工业公司）因与上诉人浙江省长城建设集团有限公司（以下简称长城公司）建设工程合同纠纷一案，双方均不服杭州市上城区人民法院（2015）杭上民初字第1386号民事判决，向本院提起上诉。本院于2015年12月11日立案受理后，依法组成合议庭对本案进行了审理，本案现已审理终结。
原审法院经审理查明：2004年8月20日，长城公司（作为甲方）与工业公司（作为乙方）订立联合投标协议书一份，约定：甲方作为工程总承包单位，负责杭州市商业银行营业及办公用房主体工程投标的总体组织工作，并负责总体施工组织设计及投标报价；乙方作为甲方的分承包单位，如蒙中标，负责本工程施工图内的全部安装工程施工；在投标过程中，甲乙双方均需对投标书的各项承诺条款和报价负责；双方同意甲方为本工程的联合体代表人；双方并就其他事项作出约定。同日，工业公司向长城公司出具投标报价汇总表一份，载明安装工程分部工程量清单报价为20495493元，设备费用为4503093元，总计24998586元。
2004年8月29日，长城公司向杭州市商业银行（后变更为杭州银行股份有限公司）出具投标报价汇总表一份，载明土建工程分部工程量清单报价65001692元，安装工程分部工程量清单报价为20495493元，措施项目费为8999722元，设备费用为4503893元，税金为3395727元，总计102396527元。2004年9月29日，杭州市商业银行向长城公司就杭州市商业银行营业及办公用房主体工程招投标过程中尚不确认的有关问题或事项进行了询标。长城公司对工程项目质量，确保钱江杯、争创鲁班奖，工期，安全文明施工及施工中（包括分包工程）未达到省级安全文明双标化工地业主有权罚款1000000元等作出承诺并制作询标纪要一份，双方约定若长城公司中标，该询标纪要作为建设工程施工合同的附件。工业公司、长城公司均派代表参加该询标会议。
2004年11月19日，杭州市商业银行（作为发包人）与长城公司（作为承包人）订立建设工程施工合同一份，约定：工程名称为杭州市商业银行营业及办公用房主体工程；工程内容为施工图范围内土建、安装工程；质量标准为符合《建筑安装工程施工质量验收规范》标准，确保钱江杯，争创鲁班奖；合同价款为102396527元，采用固定价格合同方式确定，实际工程量的增减按实调整；工程经结算审定后一周内支付至审定结算价的95%，并按工程总价的5%扣留质量保修金，待工程保修期满后结清；双方并就其他事项作出约定。该工程于2005年1月21日开工，交付使用后于2009年8月28日经综合验收合格。
2005年1月26日，长城公司（作为总承包人、甲方）与工业公司（作为分包人，乙方）订立专业工程分包合同一份，约定：甲方将其总承包的杭州市商业银行营业及办公用房主体工程的安装工程分包给乙方；工程内容为招标施工图范围内的给排水系统、消防水、消防报警系统、强电系统、暖通系统；分包方式为包工包料；分包工程造价为24998586元（不包括税金）；分包工程质量要求达到钱江杯等级；乙方承诺确保达到省级安全文明双标化工地；工程保修期限为二年，保修金为工程造价的5%，该保修金从交付使用日起满一年没有质量问题的，一周内归还结算造价的3%款项，从交付使用日起满二年没有质量问题的，一周内归还结算造价的1.5%款项，余款按总合同执行；工程价款的支付与结算及违约均按总包合同规定处理；双方并就其他事项作出约定。后双方又达成补充协议，约定了甲方向乙方收取本合同造价的5%管理、配合、水电费；甲方按实支付当月完成的工程款，乙方收到工程款后再返还5%给甲方等事项。
2011年11月1日，杭州信达投资咨询估价监理有限公司出具关于杭州市商业银行营业及办公用房土建工程核算审核报告一份，审核结果：送审造价70369920元，审核结算造价64631336元，核减5738584元；其中措施费用（包含上部）为8421315元。2011年12月3日，杭州信达投资咨询估价监理有限公司出具关于杭州市商业银行营业及办公用房安装工程咨询报告书一份，审核结果：送审数50527716元，审定数47964287元，核减数2563429元。
2013年1月15日，杭州银行股份有限公司（原杭州市商业银行）出具说明一份，明确工程决算价112595623元，其中土建64631336元、安装47964287元；已付款111032646元，未付保修金562977元，由于土建、安装均未达到省级安全文明双标化工地，杭州银行股份有限公司处罚款1000000元，已在结算工程款中扣除。
截至2014年10月22日，长城公司共向工业公司支付工程款43299112元（42049060元＋1250052元）和保修金239821元。双方因剩余工程款发生争议，遂引本案讼争。现工业公司起诉至原审法院，请求判令：一、长城公司支付工业公司工程款3524148元；二、长城公司支付工业公司利息损失1056054元（暂计算至2014年11月6日），此后按每日万分之二点一计至判决确定的履行期限届满之日止；三、长城公司支付工业公司违约金1005766元（暂计算至2014年11月6日），此后按每日万分之二计至判决确定的履行期限届满之日止；四、本案诉讼费用由长城公司承担。
原审法院认为：工业公司与长城公司订立的联合投标协议书、专业工程分包合同、补充协议是双方当事人真实的意思表示，内容亦不违反法律、行政法规的强制性规定，应属合法有效。当事人应当全面履行合同约定。本案的争议焦点为：一、长城公司是否应当向工业公司另行支付措施项目费；二、管理、配合、水电费的计算是以“合同约定价款”24998586元还是“工程审定造价”47968287元为基数；三、1000000元罚款的承担问题；四、税金、利息及违约金的计算问题。
关于争议焦点一，长城公司是否应当向工业公司再行支付措施项目费，该院认为，投标人在投标报价时应对拟建工程可能发生的措施项目及计价作通盘考虑，若在报价清单中就措施项目未列项或不报价，但在施工中又必须发生的，应视为已摊到分项分部工程中。本案中，首先，联合投标协议书已约定在投标过程中双方均需对投标书的各项承诺条款和报价负责，而工业公司向长城公司出具的投标报价汇总表中对措施项目费未报价，工业公司在庭审中亦承认其未向长城公司报送过措施项目费，长城公司有理由相信，工业公司已就该费用摊到分项分部工程量清单报价中。其次，在对案涉安装工程进行结算审核时，亦未对措施项目费单列送审，安装工程分部审定造价为47964287元，工业公司至此未就措施项目费用提出异议，长城公司据此向业主方支取工程款，亦不另计措施项目费。故工业公司要求长城公司另行支付措施项目费的请求无事实与法律依据，该院不予支持。
关于争议焦点二，管理、配合、水电费的计算是以“合同约定价款”还是“工程审定造价”为基数，该院认为，首先，分包合同中双方对此费用并无约定，工业公司与长城公司系在补充协议中约定，长城公司向工业公司收取“本合同造价”的5%管理费、配合费、水电费。对“本合同造价”理解，双方当事人有争议，工业公司认为应为“合同约定价款”24998586元，长城公司则认为应为“工程审定造价”47968287元。该院认为，“本合同造价”的约定是存在歧义的，可理解为“本合同约定的造价”或是“本合同项下的造价”；其次，分包合同中对24998586元使用的冠名为“工程造价”，而补充协议并未使用“工程造价”的字眼，亦未在“本合同造价”后载明具体金额，可见双方当事人在使用专业术语时并不严谨；再次，在建设工程施工合同关系的交易惯例中，对管理费计算的基数为“工程审定造价”居多，且比例明显高于5%的比例，更何况案涉工程中5%的比例还包括配合费、水电费。最后，由于案涉工程的实际工程量有近一倍的增加，“工程审定造价”远高于“合同约定价款”。因此，该院认为，双方当事人对管理、配合、水电费的计算基数约定并不明确，结合上述因素、兼顾双方当事人的利益及依据公平、诚实、等价有偿原则，该院对管理、配合、水电费酌定为2000000元。
关于争议焦点三，1000000元罚款的承担问题，该院认为，工业公司、长城公司在分包合同中约定，工业公司承诺确保达到省级安全文明双标化工地，如因工业公司原因未达标的，工业公司承诺的保证金全部没收，并处以罚款1000000元。同时，因土建、安装均未达到省级安全文明双标化工地，业主杭州银行股份有限公司已在结算工程款中扣除1000000元作为罚款。长城公司要求工业公司按比例承担罚款的主张在双方约定及法律许可的范围内，该院予以确认。故应扣减未达标罚款分摊费为425987.14元（1000000元×47964287元／112595623元）。
关于争议焦点四，税金、利息及违约金的计算问题，首先，关于税金的计算，该院认为，工业公司、长城公司之间签订了联合投标协议书原拟联合投标，但中标后实际由长城公司单独与业主杭州市商业银行签订总包合同，再由长城公司单独与工业公司签订分包合同，故工业公司、长城公司之间的关系已转为总包与分包的关系，从而产生了税费代扣代缴问题。现工业公司、长城公司一致认可长城公司于2010年前实际为工业公司代扣代缴的税金为1195087.26元［（42049060元－1311000元－6494872元）×3.49%］，工业公司主张将上述税金在长城公司应付工程款中扣减，该院予以确认。自2010年1月1日起由于国家税收政策的变化，工业公司可以自行缴纳相应税费，但长城公司主张实际履行中印花税和地方水利建设基金存在代扣代缴情况，该院认为其中印花税根据有关法律规定系签订分包合同时按合同价款一次性缴纳，自2010年1月1日后已无代扣代缴的必要，且长城公司未能提供上述税费代扣代缴的证据，该院不予采信，双方当事人应依法自行缴纳有关税费。
因此，根据上述计算方法，长城公司应向工业公司支付的工程款总额为44343212.6元（47964287元－2000000元－1195087.26元－425987.14元），扣除已支付的43538933元，尚应支付804279.6元（44343212.6元－42049060元－1250052元－239821元）。
其次，关于利息及违约金的计算，该院认为，其一，工业公司请求的逾期支付工程款的利息和违约金均属于长城公司应当承担的违约责任，其金额应相当于因违约所造成的损失。本案中，工业公司、长城公司在分包合同中明确约定，违约按总包合同规定办理，而总包合同关于违约金和逾期利息均有约定，该院认为支付违约金已足以弥补工业公司因长城公司违约所造成的损失，故对工业公司要求逾期利息的主张，该院不予支持。其二，关于违约金的计算，总包合同中约定工程经结算审定后一周内支付至审定结算价的95%，审定结算价的5%作为保修金的支付时间分别为交付使用日起满一年后一周内归还结算造价的3%款项、满二年后一周内归还结算造价的1.5%款项、满五年后一周内归还结算造价的0.5%款项，而分包合同则约定工程款的支付方法、结算方式按总包合同的规定处理，并约定工程款支付如因发包人原因造成工程款延迟支付，工业公司承诺不向长城公司要求支付，长城公司亦不因此承担违约责任。因此，结合本案情况，竣工验收之日为2009年8月28日，在未有证据的情况下可视为交付使用之日，审定结算之日为2011年12月3日，如按照上述约定及业主付款情况来看，截止2012年1月31日审定结算价95%的工程款和审定结算价4.5%的保修金的支付条件已满足，但按此方法计算，截止2012年1月31日应付工程款为45566072.65元、保修金2158392.92元，已经远远超过了长城公司实际应支付的工程款总额44343212.6元，不符合实际，该院无法采纳上述约定来计算违约金；同时，造成上述问题的原因在于双方当事人未及时结算，对措施项目费、1000000元罚款，税金及管理、配合、水电费等费用承担存在争议，工业公司未及时催讨，业主支付工程款、保修金亦存在一定的迟延支付情况等。综上，该院以工业公司实际损失为基础，兼顾合同的履行情况、双方当事人的过错程度以及预期利益等综合因素，根据公平原则和诚实信用原则予以衡量，酌定截止判决之日（2015年11月4日）长城公司应支付工业公司违约金160000元。从判决次日至判决确定的履行之日止的违约金，按双方约定的日万分之二来计算。对工业公司的诉讼请求，合理合法部分，该院予以支持。据此，依照《中华人民共和国合同法》第五条、第六十条、第一百零七条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条、《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款及《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第九十条之规定，判决：一、浙江省长城建设集团有限公司应于判决生效之日起10日内支付浙江省工业设备安装集团有限公司工程款804279.6元及违约金160000元（截止至2015年11月4日，从2015年11月5日至判决确定的履行之日止的违约金，以804279.6元为基数，按日万分之二的标准计算）；二、驳回浙江省工业设备安装集团有限公司的其他诉讼请求。如果浙江省长城建设集团有限公司未按判决指定的期间履行给付金钱的义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。案件受理费58997元，实际收取25451元，由浙江省工业设备安装集团有限公司负担21061元，由浙江省长城建设集团有限公司负担4390元。
宣判后，工业公司不服，向本院提起上诉称：一、一审法院在本案长城公司应付款项中，扣减长城公司所谓的“未评上省级安全文明双标化工地罚款”是错误的。长城公司主张的所谓工地罚款425987元的性质是违约金，属于必须提起反诉的情形，长城公司未提起反诉，不应在本案中处理，而且也过了诉讼时效。1、“罚款”的性质是违约金，不属于工程价款，长城公司若要主张，必须提起反诉。2、即使长城公司提起了反诉，长城公司所谓罚款被划扣的凭证至今也没有出具，业主单位《说明》罚款100万元的对象是长城公司，即使存在违约条款，也是长城公司与业主单位之间的约定，不能突破合同相对性，工业公司与长城公司之间的合同依据是《专业工程分包合同》，长城公司要工业公司分摊没有合同依据。3、业主单位并非双标化的评定单位，没有权利来认定是谁的责任，在专业性上不能与浙江省安装协会相比。工业公司一审补充证据（二）即《安装工程施工质量证明》证明工业公司的安装工程满足业主要求，建设、监理单位评价很高，并就该安装项目荣获2010年度中国安装工程优质奖，即中国安装之星的事实。4、杭州市商业银行营业办公用房工程共有17个项目，对应有17个施工单位，安装仅是其中之一，双标化针对的是整个工地，而非安装工地，安装工地是不能单独进行双标化评比的，如果要分担，也是所有的单位一起分担（工业公司一审补充证据（二）《杭州银行工程合同价款、结算、送审、审定价款汇兑表》、《工程造价审定汇总表》，整个工程审定价为317259492.25元，工业公司的安装工程直接费及税金47964287元仅占其中很小的一部分）。而且，长城公司作为总包，向所有单位收取管理费，负有管理职责，应承担主要责任。二、一审法院不予支持本案款项利息是错误的，对违约金的认定也存在错误。长城公司应支付利息和违约金的起算时间，按合同约定应从2011年12月14日开始计算（工业公司安装工程直接费及税金47964287元的工程造价咨询报告书2011年12月7日已签章，按合同约定从第8天起应支付利息，并承担违约责任）。l、工业公司与长城公司在《专业工程分包合同》第九条“工程价款的支付与结算”中明确约定了“工程款的支付办法”、“工程款的结算方式”均“按总包合同规定办理”；第十二条“违约”亦明确约定了“按总包合同规定办理”。2、长城公司与发包人杭州市商业银行签订的《建设工程施工合同》（即总包合同）专用条款第33.3约定“竣工结算报告及结算资料经具有工程结算审核资格的单位审定，并经发包人确定后一周内发包人无正当理由不支付工程结算价款，从第8天起按承包人同期银行贷款利率支付拖欠工程价款的利息，并承担违约责任”；第35.1约定“发包人违约应承担的违约责任：按合同《通用条款》执行，每逾期一天，支付应付工程款万分之二的违约金”。3、业主银行就安装工程分部的结算（未包括安装工程分部对应的措施项目费），委托第三方审核的《工程造价咨询报告书》，业主银行和长城公司于2011年12月7日已签章确定工业公司的安装工程直接费及税金47964287元，按合同约定从第8天起应支付利息，并承担违约责任，加7天为2011年12月14日，所以，从这一天起，长城公司应支付利息和违约金。三、一审法院对“本合同造价的5%”的管理、配合、水电费的认定也存在错误。“本合同造价的5%”的管理、配合、水电费就是《专业工程分包合同》第一条第五款载明的“2499.8586万元（不包括税金）”的5%，既非决算价，也非结算价，更非审核价。“本合同造价”的概念是确定的，在同一份分包合同中的第二条“履约保证金”中就已经明确，该条约定了“本合同签订后七天内乙方支付给甲方本合同造价的10%履约保证金”，而在“本合同签订后七天内”，根本不可能存在“决算价”、“结算价”、“审核价”，“本合同造价”就是合同第一条第五款载明的“2499.8586万元（不包括税金）”的5%。这也同时说明了“本合同造价的5%”的管理、配合、水电费是不包括税金的。综上，工业公司认为罚款不应分摊，管理费、配合费、水电费的计算基数应是合同约定的24998586元；违约金的计算应按照合同约定，而不是法院酌定，违约金从2011年12月14日起算，2011年12月14日应支付至95%。请求：l、撤销杭州市上城区人民法院（2015）杭上民初字第1386号民事判决；2、改判支持工业公司一审的全部诉讼请求；3、一、二审诉讼费用由长城公司承担。庭审过程中，工业公司变更上诉请求为：l、撤销杭州市上城区人民法院（2015）杭上民初字第1386号民事判决；2、改判长城公司支付工业公司工程款本金1980345元、违约金565176元（暂计算至2014年11月6日前），此后按每日万分之二计至判决确定的履行期限届满之日止；3、一、二审诉讼费用由长城公司承担。
针对工业公司的上诉，长城公司答辩称：一、关于未评上省级安全文明双标化工地的罚款问题。首先，工业公司全程参与案涉工程的询标，签字确认询标内容，并且知晓工程的处罚情况。其次，工业公司与长城公司签订的《专业工程分包合同》第五、九条约定内容明确了工业公司对罚款承担责任的合同依据。第三、案涉工程施工范围仅包括土建、安装两个部分，业主单位出具的情况说明中也明确说明：“因土建、安装均未达到省级安全文明双标化工地，扣除100万元作为罚款。”可见系针对本案双方当事人的施工内容进行罚款的。长城公司是依据双方合同约定、业主单位扣罚说明来按照工程造价比例扣除的。二、关于利息和违约金问题。工业公司与长城公司签订的《专业工程分包合同》第九条的内容表明在业主单位迟延支付款项的情况下，长城公司不因此承担违约责任。案涉工程因业主单位迟延付款、双方当事人对工程结算、罚金扣罚等问题存在争议等原因而未能及时结算，长城公司也不存在恶意拖欠工业公司工程款的事实行为，长城公司从业主单位领取每一笔工程款后就及时支付给工业公司，在整个交易过程中，并无违约情形。工业公司认为利息和违约金从2011年12月14日起算，无事实依据。工业公司于2013年9月30日才开具了一张金额为1250052元的工程发票交予长城公司要求领取相应工程款，因双方当事人未就结算事宜达成一致意见，故长城公司迟延付款了。长城公司仅在2013年9月30日这笔未付款上存在延迟支付情形，并且还是双方共同责任导致。另外，利息和违约金同时计算不符合以补偿为主，惩罚为辅的立法原则。三、关于管理费的问题，参照长城公司的上诉意见。综上，请求驳回工业公司的上诉。
长城公司亦不服一审判决，向本院提起上诉称：原审法院关于争议焦点二认定事实错误。一、双方当事人签订的《专业工程分包合同》中约定，分包工程内容及范围是招标、施工图范围内的给排水系统、消防水、消防报警系统、强电系统、暖通系统；工程造价为2499.8586万元。然，工业公司除了按照合同约定的招标施工图范围进行施工外，还按照建设单位要求新增了近一倍工程量，总工程量达4796.4287万元，这一事实在安装工程《工程造价咨询报告书》中也予以明确说明。因此，案涉工程的工程价包括合同约定价格和新增工程造价，即“本合同造价”指结算审定总造价。二、双方签订的《专业工程分包合同》第九条约定：工程款的支付办法和结算方式按总包合同规定办理。而总包合同约定“（23.2）采用固定价格合同，合同价款中包括的风险范围按承包人投标文件中实物工程量清单所报综合单价不作调整。（23.3）双方约定合同价款的其他调整因素：按实际工程量（含工程设计变更和联系单变更所引起）的增减按实调整。”也就是说，案涉工程风险范围为合同约定的2499.8586万元，在此以外增加的工程量是要根据实际工程量来按实调整结算的，即增加的工程量也属于分包合同及补充协议项下合同内容。因此，应按总的工程价4796.4287万元为基数来计算5%的管理、配合、水电费。三、工业公司与长城公司签订的《补充协议》除了约定收取5%管理、配合、水电费外，还约定了结算方式：甲方按实支付当月完成的工程款，乙方收到工程款后，再返还5%给甲方。协议的描述为“乙方收到工程款后再返还5%”，由此可知，工业公司与长城公司在签订协议时的双方合意就是根据总的工程造价来算取5%费用，长城公司支付给工业公司的工程款就包括了新增部分的工程价款。而原审法院认定，双方对计算基数约定不明确，显然认定是错误的。案涉工程双方约定非常明确，就是按照工程总造价为基数计算5%的管理、配合、水电费。四、5%包含了管理费、配合费和水电费三类，原审法院也认可了按照惯例，5%的计算比例在众多建设工程施工合同分包工程中是较低的。且案涉工程的工程量增加了近一倍，工程所需配合的人员、机械设备、物资、活动板房等一切需要长城公司进行配合的工程量及费用都增加了，且施工所用水电费都是由长城公司进行缴纳的，近一倍工程量所支出的水电费肯定是增加了近一倍。就算按照原审法院所诉，兼顾双方当事人的利益及依据公平、诚实、等价有偿的原则，更应认定本案按照工程总造价为基数计算5%管理、配合、水电费。综上，工业公司与长城公司签订的《分包合同》、《补充协议书》都是经双方真实意思表示，且合法有效。双方签订合同的目的是工业公司承包案涉工程的安装工程，长城公司给予配合管理收取5%的费用。故，原审判决认定双方对5%费用约定不明系错误的，本合同约定明确，本案不应采用法官的自由裁量权酌定工业公司承担200万元费用。事实一旦认定清楚，是多少就应当是多少。请求二审法院查明事实，改判工业公司按照工程审定造价承担5%的费用。请求：1、撤销原审法院判决第一项，改判长城公司支付工业公司工程款405865.25元。2、二审诉讼费由工业公司承担。
针对长城公司的上诉，工业公司的答辩意见与其上诉意见中的相关陈述一致。工业公司认为补充协议第一条是确定金额，第二条是支付方式，长城公司也已明确表明补充协议第二条未实际履行，长城公司的上诉事实和理由与其所确认的事实相悖。请求驳回长城公司的上诉。
二审中，双方当事人均未向本院提交新证据。
本院经审理查明的事实与原审法院查明事实基本一致。
本院认为：二审人民法院应当围绕当事人的上诉请求进行审理。当事人没有提出请求的，不予审理。针对工业公司的上诉理由，本院作如下评述：一、原审法院对1000000元罚款的分担是否不当的问题。首先，长城公司主张在其应付工程款中扣除工业公司需要承担的罚款金额，该主张系在工业公司诉讼请求范围内要求减少自己的责任，并不能使自己的利益增加，长城公司的该主张属于抗辩内容，不是针对本诉提出的独立诉讼。故工业公司认为长城公司未提出反诉，在本案中不应处理的上诉理由不成立，本院不予采纳。其次，工业公司与长城公司所签订的《专业工程分包合同》明确约定：“工业公司承诺达到省级安全文明双标化工地，如因工业公司原因达不到，工业公司承诺的保证金全部予以没收，并处罚款100万元”。现案涉工地未达到“省级安全文明双标化”工地，工业公司所获得的“安装工程优质奖”与“省级安全文明双标化”考核标准不同，工业公司并未举证证明未达到“省级安全文明双标化”工地原因完全在于长城公司。故原审法院判决工业公司分担100万元罚款有合同依据。再次，长城公司从业主单位承包的工程包括土建和安装两部分，其中土建部分由长城公司施工，安装部分由工业公司施工。现业主单位已经明确因长城公司、工业公司施工的土建和安装均未达到“省级安全文明双标化”工地，业主单位处以罚款100万元并已在工程款中扣除。故原审法院确认案涉罚款100万元已经实际产生，并且根据土建和安装的造价比例分担罚款，并无不当，工业公司关于100万元罚款应该根据项目数来分担的理由不成立。二、原审法院对工业公司要求长城公司支付逾期付款利息以及违约金请求的处理，有无不当的问题。首先，逾期付款利息和违约金均为长城公司承担违约责任的表现，在工业公司未举证证明因长城公司的逾期付款行为给其造成的损失大于双方所约定的违约金的情况下，原审法院根据损失补偿原则未支持工业公司在违约金之外的利息主张，并无不当。其次，关于违约金计算的起算点。虽然工业公司上诉引用的合同条款内容属实，但是由于双方对一些结算项目存在争议，双方对应付款数额无法达成一致，长城公司并非无正当理由不支付工程款，故工业公司引用的合同条款不能成为其主张违约金起算点的合同依据。另根据一审法院的计算，截止到2012年1月31日，长城公司实际已付款数额已经超过了其应付款数额，即长城公司不存在逾期付款，故工业公司主张自2011年12月14日开始起算逾期付款违约金无事实依据，本院不予采纳。三、原审法院关于管理、配合、水电费计算基数的确定有无不当的问题。该问题同时也是长城公司的上诉理由，本院就该问题针对双方当事人的上诉一并进行评述。本案双方当事人在补充协议中约定管理、配合、水电费的计算基数为“本合同造价”，双方当事人未进一步明确“本合同造价”是指合同约定价还是指合同项下工程的总造价，并且双方也均能从分包合同中找到相应有利于己方解释的条款。故本案属双方当事人对合同价款内容约定不明确且不能达成补充协议，根据有关合同条款也难以确定的情形，在这种情形下应该根据交易习惯确定。根据建设工程施工合同关系的交易习惯，管理费的计算基数多为“工程审定造价”。况且，案涉工程量有近一倍的增加，双方当事人约定的管理、配合、水电费的总比例为5%，比例并不高。故本案以工程审定造价为计算基数更加符合合同解释规则以及公平原则。在工程审定造价明确、双方当事人有明确约定比例的情况下，原审法院酌定管理、配合、水电费的金额缺乏依据，本院予以纠正。故就该问题工业公司的上诉理由不成立，长城公司的上诉理由成立。经计算，工业公司应该支付长城公司的管理、水电、配合费为2398214元（47964287×5%），长城公司应向工业公司支付的工程款总额为406066元。综上，原审法院认定事实基本清楚、适用法律有误，本院予以纠正。根据《中华人民共和国合同法》第六十条、第六十一条、第一百零七条、第一百一十三条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条，《最高人民法院关于适用﹤中华人民共和国民事诉讼法﹥的解释》第九十条，《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（二）项的规定，判决如下：
一、撤销杭州市上城区人民法院（2015）杭上民初字第1386号民事判决。
二、浙江省长城建设集团有限公司于本判决生效之日起十日内支付浙江省工业设备安装集团有限公司工程款406066元及违约金160000元（违约金计算至2015年11月4日，从2015年11月5日至判决确定的履行之日止的违约金，以406066元为基数，按日万分之二的标准计算）。
若浙江省长城建设集团有限公司未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
三、驳回浙江省工业设备安装集团有限公司其他诉讼请求。
一审案件受理费50902元，减半收取25451元，由浙江省长城建设集团有限公司负担2579元，由浙江省工业设备安装集团有限公司负担22872元。二审案件受理费19031元，由浙江省工业设备安装集团有限公司负担。（浙江省工业设备安装集团有限公司已交纳58997元，余款39966元于本判决生效之日起十五日内至本院办理退费；浙江省长城建设集团有限公司已交纳7388元，于本判决生效之日起十五日内至本院办理退费）。
本判决为终审判决。
审 判 长 徐 丹
审 判 员 金瑞芳
代理审判员 毕克来
二〇一六年三月十五日
书 记 员 吴梦姣