广东省珠海市金湾区人民法院
民 事 判 决 书
（2013）珠金法平民初字第38号
原告珠海市上山化工有限公司，住所地：珠海市。
法定代表人林海望，总经理。
委托代理人杨增荣，广东佳田律师事务所律师。
被告黄利辉，男，汉族，住广东省深圳市南山区。身份证号码：×××7212。
被告深圳市黄利辉实业有限公司，住所地：广东省深圳市南山区。
法定代表人黄利河。
上述二被告共同委托代理人杨俊杰，广东淳锋律师事务所律师。
上述二被告共同委托代理人陈楠楠，广东淳锋律师事务所律师。
原告珠海市上山化工有限公司诉被告黄利辉、被告深圳市黄利辉实业有限公司（简称黄利辉实业公司）返还原物纠纷一案，本院于2013年1月5日受理后，依法组成合议庭进行审理，被告黄利辉提出管辖权异议，经本院及珠海市中级人民法院审理，驳回了被告黄利辉的管辖权异议。后本院于2013年8月22日、10月25日、11月29日和2014年1月20日公开开庭审理本案。原告委托代理人杨增荣，二被告的共同委托代理人杨俊杰、陈楠楠到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告诉称，二被告于2008年5月起侵权使用原告名下的10000平方米土地及地上建筑物，该地上建筑物是以原告的名义建造，原告多次要求被告停止侵权使用上述土地及地上建筑物，并多次要求二被告返还，但二被告均无正当理由拒不配合。原告于是起诉至法院，请求判令：1.二被告停止侵权使用原告的土地，返还原告的土地及地上建筑物；2.二被告连带向原告支付土地使用费人民币216万元（使用费按被告侵权之日即2008年9月1日起计算至实际停止侵权之日止）。
原告向法院提交的证据有：1.《珠海市国有土地使用权出让合同书》；2.《高栏港经济区建设用地移交表》；3.《证明》；4.深圳市社会保险参保证明；5.《珠海市工商行政管理局金湾分局行政处罚决定书》；6.《珠海市工商行政管理局询问通知书》；7.红线图；8.契税完税证明；9.广东省其他非税收入通用票据。
被告黄利辉辩称：
一、原告未能举证证明是涉案土地的合法使用权人。原告既未提供土地使用权证，也未提供土地使用权登记查询资料，仅凭土地使用权出让合同书，不足以证明原告就是涉案土地的合法使用权人。
二、涉案土地是原告提供给被告黄利辉使用，原告诉称被告侵权使用完全是歪曲事实。被告黄利辉与深圳市上山化工物流有限公司法定代表人陈焕伟是在职MBA班的同学。2008年2月陈焕伟提出其老板林海望的公司即珠海市上山化工有限公司买了一块10000平方米土地，苦于没有合适项目，如果超过二年不开发建设，就要被国土局收回。而被告长期从事彩砖生产，有资金、技术和销售渠道，对拓展珠海彩砖市场也有兴趣。经陈焕伟提议，黄利辉同意，双方商定一方出土地，一方出资金和技术，以珠海市上山化工有限公司为合资公司，进行彩砖项目合作。根据林海望与黄利辉签订的合资经营合同约定，黄利辉收购珠海市上山化工有限公司75%的股份，林海望保留25%的股份组成合资公司。黄利辉投资1000万元，林海望以珠海市上山化工有限公司10000平方米土地作价出资350万元，共同投资经营合资公司。合同签订后，原告提供涉案土地给被告用于投资建设合资项目。被告黄利辉陆续完成1000万元的厂房及其附属设施、生产线及其附属设施的建设。同时，原告以自己的名义为合资项目办理国土、环保审批手续，办理生产车间报建手续，办理发改委基建项目备案手续。此外，还为合资项目办理消防、名称变更预先核准、公司住所变更、新型墙体材料认定等一系列手续。上述申办手续的费用均由黄利辉实际支出。在2008年至2012年期间，原告先后委派林志斌和陈焕宁作为代表至合资公司参与经营管理。林志斌为林海望表弟，陈焕宁是陈焕伟的弟弟，这二人均在合资公司工作，从合资公司领取工资。原告提供土地供被告黄利辉投资建设彩砖厂是无可否认的事实，有大量证据可以证明。原告是根据其法定代表人林海望签订的《合资经营合同》提供涉案土地给被告黄利辉用于合资项目使用的。被告黄利辉合法使用土地，原告无权要求返还。至于地上建筑物，包括围墙、办公楼一座和钢结构厂房一间，全部是被告黄利辉投资建设，原告也无权要求返还。
三、法院未追加林海望作为本案第三人，程序违法。被告黄利辉使用原告土地，是基于与林海望签订的《合资经营合同》约定，因此原告起诉被告黄利辉侵权使用原告土地，第三人林海望与本案处理结果有法律上的利害关系。被告黄利辉向法院申请追加第三人，法院不予追加属程序违法。
四、原告请求二被告连带支付使用费216万元，没有事实和法律依据。首先，涉案土地是原告提供给被告黄利辉用于合资公司经营使用的，原告从未对此提出异议。原告也自认无偿提供给黄利辉使用，现在要求二被告支付使用费，没有任何法律依据。其次，原告早在2008年5月已经知道被告开始使用土地的事实，但直到2012年12月24日才起诉土地使用费，明显超过诉讼时效。
五、原告在（2012）珠金法平民初字第25号案中伪造了关键证据《租赁合同》，在起诉状中虚构了原、被告之间存在租赁关系的事实。恳请人民法院依法制裁原告妨害民事诉讼的严重违法行为。综上，被告黄利辉请求人民法院查明本案事实，依法驳回原告全部诉讼请求。
被告黄利辉向法院提交的证据材料有：1.《合资经营合同》；2.建设项目环境影响报告表及珠港环建（2008）034号审批意见；3.广东省企业基本建设投资项目备案证及备案项目网上查询结果；4.2010年3月19日、2011年12月21日珠海高栏港经济区管理委员会建设局《证明》、2011年12月21日珠海市工商行政管理局金湾分局《企业住所调查情况表》；5.原告住所变更登记工商查询资料；6.《公司名称预先核准变更登记审核表》及《公司名称核准变更通知书》；7.《珠海市新型墙体材料确认书》；8.建设工程竣工验收消防备案受理凭证及备案网上查询结果；9.2011年3月30日珠海裕顺消防工程公司催款函及发票；10.2010年3月23日签订的（配电安装）《工程合同书》；11.测量费发票、水管安装发票；12.珠海土建工程按合同结算款清单及收据；13.《珠海厂房钢架结构承包合同书》、结算清单及收据；14.《活动板房合同书》；16.林志斌、陈焕宁委托代理人的证明；15.深圳市上山化工物流有限公司的基本信息和变更信息查询单；16.深圳市黄利辉实业有限公司的基本信息、股东信息、变更信息查询单。
被告黄利辉实业公司辩称，被告黄利辉实业公司从未侵权使用过原告的土地及地上建筑物，珠海彩砖厂的投资全是黄利辉个人的行为，与被告黄利辉实业公司无关。请求法院驳回原告的全部诉讼请求。
被告黄利辉实业公司没有提交证据材料。
本院依被告黄利辉的申请调取的证据材料有：1.珠海市工商行政管理局现场笔录；2.珠海市工商行政管理局金湾分局2012年5月11日的询问（调查）笔录3份，2012年6月5日的询问（调查）笔录1份，2012年6月21日的询问（调查）笔录1份；3.深圳市汇利德邦环保科技有限公司印鉴1份；4.相片提取单6张；5.《合资经营合同》；6.深圳市黄利辉实业有限公司出具的《情况说明》；7.深圳市黄利辉实业有限公司珠海彩砖分公司工商登记查询资料。
本院依职权调取的证据材料有：1.建设项目环境影响报告表；2.原告向珠海市高栏港环保局提出的申请；3.《广东省企业基本建设投资项目备案证》；4.《建设用地批准书》；5.关于珠海市上山化工有限公司新建项目环境影响报告表审批意见；6.珠海高栏港经济区管理委员会出具的《证明》；7.珠海高栏港经济区管理委员会统筹发展局打印的备案证；8.《核准变更登记通知书》；9.有限责任公司变更登记申请书；10.指定代表或者共同委托代理人的证明；11.《关于给予珠海市上山化工有限公司办理变更登记的情况说明》；12.珠海市上山化工有限公司股东会决议；13.《企业住所调查情况表》；14.珠海市南水镇人民政府出具的《证明》；15.珠海市公安局南水派出所出具的《证明》；16.收取登记申请材料凭据存根；17.珠工商金经处字（2012）13号行政处罚决定书。
依据原告的申请，本院依法委托广东思远土地房地产评估咨询有限公司对涉案土地的租金进行评估，评估结论为：从2008年9月1日至2013年11月29日，如果不考虑宗地内水电及围墙，土地租金共计1，243，062元，其中，2008年的月租金按每平方米2.16元计算，2009年的月租金按每平方米2.20元计算，2010年的月租金按每平方米2.24元计算，2011年的月租金按每平方米2.28元计算，2012年的月租金按每平方米2.33元计算，2013年的月租金按每平方米2.38元计算；如果考虑宗地内水电及围墙，土地租金共计1，375，445元，其中，2008年的月租金按每平方米2.38元计算，2009年的月租金按每平方米2.43元计算，2010年的月租金按每平方米2.48元计算，2011年的月租金按每平方米2.53元计算，2012年的月租金按每平方米2.58元计算，2013年的月租金按每平方米2.63元计算。
经审理查明，2006年4月28日，原告从珠海市规划局取得珠海临港工业区精细化工区10000平方米土地的《建设用地规划许可证》；2006年7月12日，珠海市国土资源局作为出让人与原告作为受让人签订《国有土地使用权出让合同》一份，约定出让人出让给受让人位于珠海高栏港经济区精细化工区、宗地面积为10000平方米的土地，土地用途为工业；出让方同意在2006年9月30日前交付土地时，该宗地达到场地平整和周围基础设施“三通”，即提供通路、通电、通水到距离受让方用地红线边缘50米范围内，并平整好土地达到市政规划标高；土地使用权出让年限为五十年，自2006年7月12日至2056年7月11日，土地出让价格为人民币80万元；出让人应自受让人按合同约定支付全部地价款、缴纳契税并提交齐备资料后，在15个工作日内为受让人批出受让宗地的《建设用地批准书》。2006年9月21日，珠海市高栏港经济区管理委员会建设局与原告签订《高栏港经济区建设用地移交表》，将合同项下的土地移交给原告。2006年12月22日，原告向高栏港经济区管理委员会财政局支付了合同项下的地价款80万元，同年12月26日，珠海市金湾区财政局向原告出具土地使用权出让的《契税完税证》，同年12月27日，珠海市国土资源局为原告办理了涉案土地的《建设用地批准书》，内容包括：“根据《中华人民共和国土地管理法》、《中华人民共和国城市房地产管理法》和《中华人民共和国土地管理法实施条例》规定，本项建设用地业经有权机关批准，现准予使用土地。特发此书。本批准书在颁发之日起至2008年12月期间有效”。
2008年4月14日，宿州市环境科学研究所根据原告的委托，针对原告在涉案土地上的新建项目做出《建设项目环境影响报告表》，原告在该报告表后盖章并表示同意该报告表的内容。2008年5月26日，珠海高栏港经济区管理委员会环境保护局做出珠港环建（2008）034号《关于珠海市上山化工有限公司新建项目环境影响报告审批意见》，同意原告新建项目建设。2008年7月29日，原告取得《广东省企业基本建设投资项目备案证》，备案证的主要内容包括：项目名称：珠海市上山化工有限公司新建项目，项目申请单位：珠海市上山化工有限公司，建设规模：8100平方米，主要建筑物：厂房、宿舍，产品名称：环保高强度彩色砖，项目总投资：2200万元，计划开工时间：2008年7月，计划竣工时间：2008年10月。
2010年2月4日，陈焕宁以原告的名义为涉案土地上建设的临时制砖厂办理了网上竣工验收消防备案。2010年3月19日和2011年12月21日，珠海市高栏港经济区管理委员会建设局分局向珠海市工商行政管理局分别出具《证明》一份，内容均为：“兹有珠海市上山化工有限公司位于珠海高栏港经济区精细化工区浪湾路南侧，面积10000平方米的用地项目，该项目的第一期制砖厂房1388平方米已建设完成，并竣工投产，符合安全生产使用。”珠海市工商行政管理局金湾分局南水工商所于2011年12月21日作出《企业住所调查情况表》，证实了原告在珠海市高栏港经济区精细化工区浪湾路南侧有一块面积为1388平方米的经营场地。
2012年9月6日，原告向工商部门提交《有限责任公司变更登记申请书》，申请将公司住所地由“珠海市平沙镇美康村118号202房”变更为“珠海市南水镇港新路38号”，同日，原告委托陈焕宁办理上述企业变更登记事宜，委托期限自2012年9月6日至2012年10月31日。2012年9月9日，珠海市南水镇人民政府向珠海市工商行政管理局出具了《证明》一份，内容为：“兹有珠海市上山化工有限公司位于珠海市南水镇港新路38号，面积10000平方米的用地项目，该产权属于珠海市上山化工有限公司所有，该项目的第一期厂房1388平方米已建设完成，并竣工投产，结构符合安全，同意作为经营性场所使用”。2012年10月10日，珠海市工商行政管理局发出《核准变更登记通知书》，同意原告的住所地变更为珠海市南水镇港新路38号。
另查明，被告黄利辉实业公司和被告黄利辉均承认从2008年8月份开始在涉案土地上投资建设临时制砖厂的厂房，并于2008年11月份左右完工。被告黄利辉称：涉案土地上的建筑物和构筑物均由其投资建设，深圳市黄利辉实业有限公司珠海彩砖分公司成立后，产生的收益由被告黄利辉取得；涉案土地及其地上建筑物至今仍由被告黄利辉占用。深圳市黄利辉实业有限公司珠海彩砖分公司的营业地点即涉案土地所在地点。
2009年4月23日，珠海市工商行政管理局金湾分局向被告黄利辉实业公司作出珠工商金南处字（2009）30号行政处罚决定书，该行政处罚决定书查明：被告黄利辉实业公司于2008年8月中旬至2009年2月10日期间，未经珠海市工商行政管理部门核准登记的情况下，冒用“深圳市黄利辉实业有限公司珠海彩砖分公司”的名义在珠海市高栏港区化工专区内设立彩砖厂，从事彩砖的生产及销售；案发后，当事人对上述事实供认不讳。珠海市工商行政管理局金湾分局因被告黄利辉实业公司的上述违法行为，对其处以罚款人民币50，000元。
2012年5月10日，珠海市工商行政管理局金湾分局在接到投诉后前往珠海市金湾区南水镇化工专区的彩砖厂进行现场检查，现场情况显示：彩砖厂的围墙上标有“深圳市黄利辉实业有限公司珠海彩砖分公司”字样，彩砖厂内有办公楼1座、生产车间1个、成品堆放区1个，生产车间内摆由沙头、水泥罐等生产设备1套及沙、石、水泥等生产原料一批，现场有3名工作人员在工作；该彩砖厂负责人陈立荣无法提供该彩砖厂的营业执照，并称该彩砖厂至今未在工商部门办理营业执照；该彩砖厂主要生产水泥砖，现有管理人员及生产工人共42名；该彩砖厂的经营场所由珠海市上山化工有限公司提供。2012年7月25日，被告黄利辉实业公司出具《情况说明》一份，内容为：“2008年8月，我司在珠海市金湾区南水镇精细化工专区投资设立彩砖厂。从2010年开始，我司已将彩砖厂交由黄利辉个人经营，该彩砖厂与本公司无任何关系”。2012年8月10日，珠海市工商行政管理局金湾分局向被告黄利辉做出珠工商金经处字（2012）13号行政处罚决定书，该行政处罚决定书以被告黄利辉未经工商部门核准登记，冒用“深圳市黄利辉实业有限公司珠海彩砖分公司”的名义从事彩砖生产为由，对被告黄利辉处以人民币80，000元的罚款。
又查明，被告黄利辉提交了《合作经营合同》复印件一份，该合同尾部有“林海望”和“黄利辉”字样的签名，时间注明2008年，“月”和“日”部分为空白，主要内容包括：被告黄利辉以人民币1元的对价受让原告75%的股份，分别由原告股东深圳市上山化工物流有限公司转让7.5%的股份、股东林海望转让25%的股份、股东赖翠艳转让41.67%的股份、股东陈小林转让0.83%的股份给黄利辉；林海望持有原告25%的股份，林海望和黄利辉共同经营珠海市上山化工有限公司（简称合资公司）；合资公司的投资总额为人民币1350万元，林海望为350万元，占25%（出资方式：44041g-2006-000009《珠海市国有土地出让合同书》项下10000平方米土地作价为350万元投入）；黄利辉为1000万元，占75%；双方均应按照约定向合资公司履行投资义务，林海望协助办理投产前、后有关非生产性、非技术性事宜，协助办理生产厂房报建及验收事宜，因此产生的费用由合资公司承担等；黄利辉负责提供生产必须的生产设备、运输设备、原辅材料、生产必需的技术及工艺等；本合同自黄利辉经工商注册登记为珠海市上山化工有限公司股东之日起生效。原告以上述合同没有原件为由，对上述合同的真实性不予认可，且认为即使上述合同是真实的，也没有生效，同时也没有得到实际履行。
再查明，原告曾于2012年11月8日向本院提起诉讼，要求二被告向原告支付涉案土地的租金216万元和滞纳金5万元，后向本院申请撤回起诉，本院依法作出（2012）珠金法平民初字第25号民事裁定书，准许原告撤回该案的起诉。
本院认为，一、关于原告是否为涉案土地的使用权人问题。
珠海市国土资源局与原告签订的《国有土地使用权出让合同》是双方真实意思表示，内容不违反法律和行政法规的强制性规定，合法有效。原告根据合同的约定支付了地价款80万元，珠海市高栏港经济区管理委员会建设局于2006年9月21日向原告交付了合同项下的土地，同年12月27日，珠海市国土资源局为原告办理了涉案土地的《建设用地批准书》。虽然原告没有取得涉案土地的土地使用权证，但根据《中华人民共和国物权法》第十五条的规定：“当事人之间订立有关设立、变更、转让和消灭不动产物权的合同，除法律另有规定或者合同另有约定外，自合同成立时生效；未办理物权登记的，不影响合同效力。”未办理土地使用权登记，并不影响《国有土地使用权出让合同》的效力，因该合同已经得到合同双方当事人的实际履行，根据《中华人民共和国土地管理法》第五十五条第一款的规定：“以出让等有偿使用方式取得国有土地使用权的建设单位，按照国务院规定的标准和办法，缴纳土地使用权出让金等土地有偿使用费和其他费用后，方可使用土地”，原告已经交纳了土地出让金并取得了《建设用地批准书》，无证据证明涉案土地已经被珠海市国土资源局收回，因此，原告有权使用涉案土地，系涉案土地的使用权人。
二、关于二被告是否构成侵权的问题。
原告系涉案土地的使用权人，其主张二被告未经其同意使用涉案土地及其地上建筑物，已经构成侵权。被告黄利辉对占用并使用涉案土地的事实不持异议，也认可涉案土地上的建筑均系由其投资建设，但认为其使用涉案土地是基于原告法定代表人林海望与之签订的《合资经营合同》，根据《合资经营合同》的约定，原告提供涉案土地给被告黄利辉用于投资建设合资公司即珠海市上山化工有限公司，因此，被告黄利辉使用涉案土地的行为完全是履行《合资经营合同》的行为，并未侵犯原告对涉案土地的使用权。而被告黄利辉实业公司认为：其从未侵权使用过原告的土地，珠海彩砖厂的投资全是黄利辉个人的行为，与黄利辉实业公司无关。对此，本院认为，无论是被告黄利辉还是被告黄利辉实业公司使用涉案土地，该使用涉案土地的行为实际上包含二种行为，第一种是在涉案土地上投资建设建筑物的行为，第二种是使用涉案土地及其地上建筑物取得收益的行为。
对于第一种行为，被告黄利辉认为其行为的合法依据是《合资经营合同》，而原告认为《合资经营合同》并未生效且未实际履行，但无论《合资经营合同》是否有效或是否得到实际履行，认定在涉案土地上建设建筑物的行为是否构成侵权，关键是原告是否知道并同意上述行为。在涉案土地投资建设的建筑物为彩砖厂的厂房和办公楼等，而早在2008年，原告为彩砖厂项目申请进行项目环境影响报告，并取得了彩砖厂的《广东省企业基本建设投资项目备案证》；2010年2月4日，陈焕宁以原告的名义为涉案土地上建设的彩砖厂办理了网上竣工验收消防备案；之后，珠海市高栏港经济区管理委员会建设局分局向珠海市工商行政管理局出具的《证明》也印证：涉案土地上的制砖厂房1388平方米属于原告的第一期工程；2011年12月21日，珠海市工商行政管理局金湾分局南水工商所作出《企业住所调查情况表》，证实了原告在珠海市高栏港经济区精细化工区浪湾路南侧有一块面积为1388平方米的经营场地；2012年9月6日，原告向工商部门提交《有限责任公司变更登记申请书》，申请将公司的原住所地变更至涉案土地所在地，即珠海市南水镇港新路38号；2012年10月10日，珠海市工商行政管理局发出《核准变更登记通知书》，同意原告的住所地变更为珠海市南水镇港新路38号。原告上述一系列行为以及相关证据表明，原告对在涉案土地上建设彩砖厂的行为是知情并且同意的，因此，本院认为在涉案土地上投资建设彩砖厂的行为并不属于侵权行为。
对于第二种行为，根据珠工商金南处字（2009）30号行政处罚决定书的内容，被告黄利辉实业公司于2008年8月中旬至2009年2月10日期间，未经珠海市工商行政管理部门核准登记，冒用“深圳市黄利辉实业有限公司珠海彩砖分公司”的名义在涉案土地设立彩砖厂，从事彩砖的生产及销售，并因此被处以罚款5万元；又根据珠海市工商行政管理局金湾分局2012年5月10日的现场检查记录及珠工商金经处字（2012）13号行政处罚决定书，从2010年至2012年8月10日期间，黄利辉仍然在以“深圳市黄利辉实业有限公司珠海彩砖分公司”名义经营涉案土地上的彩砖厂，并因此被处以8万元的罚款；而被告黄利辉亦承认，涉案土地上的彩砖厂的经营收入全部归其所有。可见，虽然被告黄利辉认为使用涉案土地及地上建筑物取得收益的行为是履行《合资经营合同》的行为，但即使《合资经营合同》真实有效，根据合同约定也是合资建立“珠海市上山化工有限公司”，因此，原告才是涉案土地及地上建筑物的合法使用权人，而被告黄利辉和被告黄利辉实业公司却以“深圳市黄利辉实业有限公司珠海彩砖分公司”的名义对外经营，且经营所得从未交给原告，可见，被告黄利辉和被告黄利辉实业公司是为自己的利益使用涉案土地并取得收益，被告黄利辉称其上述行为是履行《合资经营合同》，理据不足，本院不予采信。而涉案土地的使用权人系原告，无证据证明被告黄利辉和被告黄利辉实业公司为自己的利益使用涉案土地的行为得到过原告的同意或者有其他合法依据，因此，该行为侵犯了原告对涉案土地享有的使用和收益的权利。
三、关于侵权主体的问题。
被告黄利辉实业公司出具的《情况说明》显示，2008年8月，被告黄利辉实业公司在珠海市金湾区南水镇精细化工专区投资设立彩砖厂；从2010年开始，被告黄利辉实业公司已将彩砖厂交由被告黄利辉个人经营，该彩砖厂与被告黄利辉实业公司无任何关系。但被告黄利辉和被告黄利辉实业公司在庭审中均承认涉案土地上的建筑物系由被告黄利辉个人投资并由黄利辉个人取得收益。上述两份证据存在矛盾，但珠海市工商行政管理局金湾分局作出的珠工商金南处字（2009）30号和珠工商金经处字（2012）13号行政处罚决定书显示，被告黄利辉实业公司于2008年8月中旬至2009年2月10日期间冒用“深圳市黄利辉实业有限公司珠海彩砖分公司”的名义在涉案土地上设立彩砖厂，从事彩砖的生产及销售，而被告黄利辉从2010年至2012年8月10日期间冒用“深圳市黄利辉实业有限公司珠海彩砖分公司”的名义对外经营，二被告均因此受到行政处罚，上述两份行政处罚决定与被告黄利辉实业公司出具的《情况说明》能够相互印证，因此，《情况说明》的内容应予采信。结合上述《情况说明》、二份行政处罚决定书及二被告的相关陈述，被告黄利辉实业公司从2008年8月中旬开始至2009年2月10日期间使用涉案土地并取得收益，因此，被告黄利辉实业公司从2008年9月1日起至2009年12月31日期间系涉案土地及地上建筑物的侵权人；被告黄利辉从2010年起至2012年8月10期间使用涉案土地并取得收益，并至今占用涉案土地及地上建筑物，因此，被告黄利辉从2010年1月1日起至今系涉案土地及地上建筑物的侵权人。
四、关于诉讼时效问题。
被告黄利辉辩称，原告早在2008年5月已经知道被告开始使用土地的事实，但直到2012年12月24日才起诉土地使用费，明显超过诉讼时效。《中华人民共和国民法通则》第一百三十五条规定：“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为二年，法律另有规定的除外。”第一百三十七条规定：“诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。”本案中，被告黄利辉至今仍占用涉案土地，被告黄利辉的侵权行为处于持续状态，原告要求被告黄利辉支付涉案土地的使用费未超过诉讼时效。至于原告可以主张的涉案土地使用费的时间起始点，本院认为，要求被告黄利辉支付涉案土地的使用费属于行使债权请求权的行为，诉讼时效为二年。原告于2012年11月8日向本院第一次起诉要求二被告支付涉案土地的租金，因此，根据二年的诉讼时效，自2012年11月8日开始向前倒推二年，即从2010年11月9日开始的土地使用费，原告可以主张并受到法律保护。原告于2012年11月8日起诉导致诉讼时效中断，从2012年11月9日开始，诉讼时效重新计算。因此，原告于2013年1月5日提起本案诉讼，原告仍然可以主张自2010年11月9日起的土地使用费。
五、关于侵权责任的问题。
根据《中华人民共和国侵权责任》第六条的规定：“行为人因过错侵害他人民事权益，应当承担侵权责任。”《中华人民共和国物权法》第三十四条的规定：“无权占有不动产或者动产的，权利人可以请求返还原物。”本案中，被告黄利辉和被告黄利辉实业公司在没有合法依据的情况下使用涉案土地，侵害了原告的土地使用权，二被告应当承担相应的侵权责任。对于原告要求返还涉案土地的诉讼请求，被告黄利辉称其从2012年6月1日起将4500平方米的土地返还给原告使用，其实际占用的土地面积变更为5500平方米，对于被告黄利辉的上述主张，原告承认在2012年6月1日之后确实在涉案土地中占用了4500平方米的土地用于存放原告物品，但因为被告的阻扰，原告根本无法使用该4500平方米土地。本院认为，涉案土地及其地上建筑物目前仍由被告黄利辉实际占用，因此，被告黄利辉为涉案土地的实际控制人，虽然其中有4500平方米的土地用于存放原告物品，但原告并不能自由支配上述4500平方米的土地，因此，涉案的10000平方米土地仍然应当作为一个整体，由被告黄利辉返还给原告。关于原告要求返还地上建筑物的诉讼请求，根据上文分析，虽然涉案土地上的建筑物并非由原告实际投资，但是以原告的名义建设，且涉案土地的使用权人系原告，因土地和地上建筑物具有不可分性，涉案土地返还给原告，则涉案土地上的建筑物也应一并返还给原告；另外，根据二被告的陈述，其投资行为是为了履行《合作经营合同》，成立“珠海市上山化工有限公司”，故即便如被告黄利辉所称，涉案土地的地上建筑物由其投资建设，则涉案土地的地上建筑物的使用权也应当归属于原告，因此，该地上建筑物理应返还给原告。综上，原告要求被告黄利辉将涉案土地及地上建筑物返还给原告，合理合法，本院予以支持。至于地上建筑物的范围，根据双方当事人陈述、珠工商金经处字（2012）13号行政处罚决定书以及鉴定报告的内容，涉案地上建筑物包括办公楼1座、生产车间1个以及围墙1座。
至于原告要求二被告连带赔偿土地使用费的诉讼请求，根据《中华人民共和国物权法》第三十七条规定：“侵害物权，造成权利人损害的，权利人可以请求损害赔偿，也可以请求承担其他民事责任。”《中华人民共和国侵权责任法》第十二条的规定：“二人以上分别实施侵权行为造成同一损害，能够确定责任大小的，各自承担相应的责任，难以确定责任大小的，平均承担赔偿责任。”二被告使用涉案土地时间段不同，因此，应当根据使用土地的时间段分别向原告赔偿使用费。原告要求按照土地租金标准计算使用费，合理合法，本院予以支持。鉴定机构出具的鉴定报告理据充分，可以作为认定本案事实的依据。被告黄利辉实业公司从2008年9月1日起至2009年12月31日使用涉案土地，但因为超过诉讼时效，原告对2010年11月9日以前的土地使用费已经丧失胜诉权，本院不予支持。又因在2012年6月1日之后，涉案10000平方米的土地中有4500平方米土地用于存在原告物品，导致被告黄利辉无法使用，故原告要求被告黄利辉支付这部分土地的使用费，无法律依据，本院不予支持，因此，2012年6月1日之后，土地使用费应当按照5500平方米计算。
因涉案土地在交付给原告时已经实现“三通一平”，且被告黄利辉使用涉案土地时已经存在围墙，因此，应当参照鉴定报告中考虑宗地内水电及围墙的标准计算土地使用费。被告黄利辉从2010年1月1日至今一直占用涉案土地，原告主张被告黄利辉支付2010年11月9日之前的土地使用费已经超过诉讼时效，本院不予支持。因此，被告黄利辉应当支付的土地使用费为：从2010年11月9日至2010年12月31日的租金，以10000平方米为基数，按每平方米每月租金2.48元计算，则租金为42，904元；从2011年1月1日至2011年12月31日的租金，以10000平方米为基数，按每平方米每月租金2.53元计算，则租金为303，600元；2012年1月1日至2012年5月31日的租金，以10000平方米为基数，2012年6月1日至2012年12月31日，以5500平方米为基数，均按每平方米每月租金2.58元计算，则租金合计228，330元；2013年1月1日至2013年12月31日的租金，以5500平方米为基数，按每平方米每月租金2.63元计算，则租金为173，580元；由于被告黄利辉一直占用涉案土地，至今没有返还，原告要求使用费计至实际返还土地及地上建筑物之日止，合理合法，本院予以支持。原告同意2013年12月31日之后的土地使用费按照2013年的租金标准计算，即以5500平方米为基数，按照每平方米每月租金2.63元的标准，计算至返还涉案土地之日止。综上，被告黄利辉应当赔偿2010年11月9日至2013年12月31日的土地使用费合计748，414元，2013年12月31日以后，以5500平方米为基数，按照每平方米每月租金2.63元的标准计算至返还土地及其地上建筑物之日止。
综上，依照《中华人民共和国民法通则》第一百一十七条、第一百三十五条和第一百三十七条，《中华人民共和国侵权责任》第六条、第十二条、第十五条、第十九条，《中华人民共和国物权法》第三十四条、第三十七条，《中华人民共和国土地管理法》第五十五条第一款，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款和《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条之规定，判决如下：
一、被告黄利辉在本判决生效之日起三十日内向原告珠海市上山化工有限公司返还位于珠海市南水镇港新路38号的10000平方米的土地及该土地上的围墙一座、办公楼一座、生产车间一座；
二、被告黄利辉在本判决生效之日起七日内向原告珠海市上山化工有限公司赔偿自2010年11月9日起的土地使用费（计算方法：从2010年11月9日起至2013年12月31日止为748，414元，从2014年1月1日起，以5500平方米为基数，按照每平方米每月租金2.63元计算至返还上述土地及地上建筑物之日止）；
三、驳回原告珠海市上山化工有限公司的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本案受理费24，130元，由原告珠海市上山化工有限公司负担15，769元，由被告黄利辉负担8361元；鉴定费24，000元，由原告珠海市上山化工有限公司负担15，684元，由被告黄利辉负担8316元；管辖权异议费100元，由被告黄利辉负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于广东省珠海市中级人民法院。
审 判 长 吴明星
代理审判员 朱 全
人民陪审员 许腾云
二〇一四年一月二十二日
书 记 员 陈丽冰