山东省临沂市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2012）临民一初字第131号
原告临沂汇城再生资源有限公司，（下简称汇城公司）。
法定代表人孟现梅，总经理。
委托代理人陈朝玉，该公司职工。
委托代理人邰德见，山东金星伟业律师事务所律师。
被告山东金正大生态工程股份有限公司。（下简称金正大公司）。
法定代表人万连步，董事长。
委托代理人张为刚，山东苍马律师事务所律师。
委托代理人赵玉芳，该公司职工。
原告临沂汇城再生资源有限公司（以下简称汇城公司）与被告山东金正大生态工程股份有限公司（以下简称金正大公司）侵权赔偿纠纷一案，本院依法组成合议庭于2012年11月26日公开开庭审理了本案，原告临沂汇城再生资源有限公司委托代理人陈朝玉、邰德见，被告山东金正大生态工程股份有限公司张为刚、赵玉芳到庭参加诉讼，本案现已审理终结。
原告临沂汇城再生资源有限公司诉称，2000年10月16日，原告与原临沭县临沭镇李蒿科街居民委员会签订《土地承包合同》，约定居委将13亩土地承包给原告，承包期限20年，自2001年1月1日至2020年12月31日，前十年的承包费为每年6，500元，后十年的承包费为每年13，000元，交款方式一年一交，先交款后使用；合同还对其他事项作出了具体规定。合同签订后，李蒿科居委将上述13亩土地交付给原告，原告则如约交纳承包费，并在土地上建设了房屋、大井，栽植了树木等地上附着物经营使用。2007年3月28日，被告在没有任何事实及法律依据的情况下以原告汇城公司作为被告、以陈龙和陈朝玉作为第三人向临沭县人民法院提起诉讼，要求法院判令原告“将其享有土地使用权的土地及地上建筑物向其移交，停止侵权行为，将房屋腾空并退出，并不得妨害其对地上建筑物实施拆除，赔偿由此给其造成的经济损失2万元”，并同时向法院提出先予执行申请，要求“责令被告及第三人立即将房屋退出，停止对土地及其地上建筑物的占有，并不得妨害其对地上建筑物实施拆除”。
根据被告的申请，临沭县人民法院于2007年4月19日作出（2007）沭民二初字第33号民事裁定：原告及第三人陈龙、陈朝玉立即停止对沭国用（2004）第0519号土地及其地上建筑物的占有使用，并于五日内搬出。2007年7月9日，临沭县人民法院对上述先予执行裁定进行强制执行，将13亩土地范围内的动产全部搬走腾空，而后由被告将土地范围内的所有地上附着物全部拆除，此后原告承包的13亩土地一直由被告强占至今，被告并在前述土地上建设了办公楼等地上附着物。
2008年12月8日，临沭县人民法院就被告诉原告及陈龙、陈朝玉一案作出错误的（2007）沭民二初字第33号民事判决后，原告不服，上诉至临沂市中级人民法院，中院审理后裁定将此案发回重审，后指定由临沂市河东区人民法院审理此案。2011年11月11日，临沂市河东区人民法院作出（2010）河商初字第751号民事判决：“一、驳回原告金正大公司要求被告汇城公司将其所租赁的原临沭镇李蒿科街居委会土地及地上附着物交付给原告金正大公司、并不得妨害原告对地上附着物及土地的处置和使用的诉讼请求。二、驳回原告金正大公司主张被告汇城公司赔偿经济损失89，000元的诉讼请求。三、驳回原告金正大公司要求第三人对陈龙对上述赔偿承担连带清偿责任的诉讼请求。”。被告不服，提起上诉。2012年5月21日，临沂市中级人民法院作出（2012）临民一终字第548号民事判决：驳回上诉，维持原判。中院并认为：对于被告的侵权行为所造成的损失，原告可另行提起诉讼处理。
据上，生效法律文书已经确认被告对原告承包的13亩土地不享有任何的合法权利，其申请临沭县人民法院强制执行并强占13亩土地的行为严重损害了原告对前述土地所享有的合法的承包经营权利，给原告造成了巨额的直接经济损失及可得利益损失。鉴于被告已经在涉案土地上建设了地上建筑物，要求被告返还13亩土地在事实上已不可能。为此，特提起诉讼，请求判决被告立即赔偿原告各项直接经济损失及可得利益损失共计4，729，713元。
被告金正大答辩称，原告所诉违背事实，答辩人是合法占有享有使用权的土地，何况与原告存在控制关系的业务主办人对此也予认可。原告并未因答辩人的行为造成损失，相反因其不能按时腾退房屋和土地、不能及时取走存放在答辩人所承租房屋内的物品，其行为已经给答辩人造成经济损失。原告的诉讼请求无事实和法律依据，请求依法驳回。一、原告所诉与事实多有不符。1、2000年7月28日，原告正式设立。2000年10月16日，涉案土地的原所有权人临沭县临沭镇李蒿科居委会与原告签订《土地承包合同》。根据其合同约定对该土地的经营范围只限于农业种植，但原告未经批准擅自在承包土地上建设了房屋，用于非农经营。同时，其双方所签订承包合同第9条也明确载明“政府征用，合同无条件终止”，一致约定如政府征用而自然终止双方间的土地承包关系，终止土地承包经营权。2、2004年8月31日，山东省人民政府批准征用包含该土地在内的农用地，由省人民政府按照法定程序依法启动征收程序，临沭县人民政府依照法定程序履行了征地公告、征地补偿等行政手续，将该土地依法征收为国有土地，原土地所有权人临沭县临沭镇李蒿科居委会配合政府办理了各项手续，土地征收程序顺利完结。至此，土地所有权依法发生了改变，发包人李蒿科居委会的土地权属依法终止，与原告的土地承包关系自然也终止，原告此时也对该土地不再享有承包经营权。原告理应自行清除地上附着物，将土地交归政府使用。原告没有对征地提出异议，也不再向居委会交纳土地承包费了，居委会也未曾提出该主张，说明双方当时一致认可土地承包关系终止的事实。3、2004年10月31日，临沭县人民政府依法向答辩人出让该宗地的土地使用权，双方签订了《国有土地使用权出让合同》，答辩人依法向政府交纳了土地出让金，并报经临沂市人民政府发文批准。2004年12月7日，临沭县人民政府依法向答辩人颁发了“沭国用（2004）第0519号”《建设用地使用权证》。自此，答辩人依法取得了涉案土地的建设使用权利。4、因原告迟迟不能自动退出对土地的占有，影响到答辩人土地使用权的行使，答辩人便主动与原告的实际控制人（最大控股股东、公司监事、公司事务主办人）陈龙进行协商，2005年8月31日，答辩人与陈龙代表的原告签订了《协议书》，其代表公司同意由答辩人向其支付20万元作为经济补偿，其将土地连同地上物一并转给答辩人处置。2005年9月5日，答辩人支付了其中的10万元后，原告只让与了一部分房屋，未能按照原定计划办理，导致答辩人长期无法使用自己的土地。2007年3月28日，答辩人便提起民事诉讼，向原告主张权利。5、民事案件诉讼中，原告提起行政诉讼，状告临沭县人民政府征地行为及土地出让行为违法，2008年7月15日临沂市中级人民法院裁定驳回原告对征地行为的诉讼。法院的生效判决确认土地出让行为违法，撤销了答辩人所取得的土地使用证。临沭县人民政府经过完善行政程序，2008年8月29日重新向答辩人颁发了“沭国用（2008）第255号”《建设用地使用权证》，再次确认答辩人的权利，并且强调权属终止时间是2034年11月19日，与先前所签订的《国有土地使用权出让合同》载明的三十年期限相对应，再次确认了答辩人的权利早已取得。该土地使用证合法有效，原告从未提出过行政复议和行政诉讼，未提出异议。6、2012年5月21日，临沂市中级人民法院作出了民事案件的最终生效判决，该判决否认的是答辩人的合同权利，并未否认答辩人对于涉案土地的使用权。民事判决所评价的仅仅是答辩人与原告的实际控制人陈龙所签订的《协议书》对原告不产生拘束力，未予支持答辩人的合同权利，驳回了答辩人的诉讼请求；对于答辩人的合法土地使用权，判决书作出了明确认定。7、答辩人申请法院对原告采取先予执行强制措施时，是在2007年7月9日，此时答辩人已经取得了土地使用权，该权利被《国有土地使用权出让合同》以及2008年8月31日的第255号土地使用证予以追认。采取强制措施时，原告对于土地的承包经营权已经终止，地上附着物本应予以清除。当时其地上附着物的正常价值大大低于20万元，否则其实际控制人陈龙也不会自愿与答辩人签订价款为20万元的协议书。原告房屋内可以搬走的物品，法院已委托答辩人租房保管，答辩人已多次要求原告将原物取回，减少答辩人的房租费开支，但是原告拒不理会。原告声称其存在巨额经济损失，无事实依据。二、原告的诉讼请求无事实和法律依据，依法不能成立。1、原告不具备合法的诉讼原告主体资格，应依法裁定驳回。原告现在对涉案土地不享有使用权利，对于土地上的附着物同样如此，在法院采取强制措施时原告同样也不具有任何权利。2、原告的诉求应纳入行政诉讼范畴，以民事诉讼受理不当，应裁定驳回。原告的土地承包经营权利的消灭源于政府行政行为，其地上附着物权利的灭失也因政府征收土地而产生，即便原告存在权利损害事实，也非答辩人造成其权利的损害。其损失应通过行政赔偿诉讼程序主张权利。其所损失应通过行政赔偿诉讼程序主张权利。其所承包土地系由政府征收，又是政府将土地出让给答辩人使用，答辩人对于土地的权利来源于政府的权利赋予，属于行政管理行为，答辩人的行为是依附于政府的行政行为的，是从属性质的行为，并非单独的民事行为。原告只能依行政诉讼程序救济权利，本案诉讼应当依法裁定驳回。3、原告并未因答辩人行使土地使用权而造成任何经济损失。原告的土地承包经营权在2004年土地征用程序终结时就已经终止，继续对土地进行占有并收益，是没有合法依据的不当得利；其占据不退的行为已经给答辩人造成了损失，构成侵权。所以，其未能继续占有土地取得经济利益所丧失的只是不当得利，本不属合法的损失范围。土地上的附着物本属不该存在的违法建筑物，无从考证其经济价值，随着其土地承包经营权的丧失，本来就应当立即清除，如果原告主张地上附着物的损失价值补偿，应当在土地被征收时向政府主张权利。参照原告的实际控制人陈龙所认可的数字，其地上附着物的实际价值也不会超过20万元。除此之外，原告再无任何损失。原告主张数百万元的经济损失，毫无任何依据。
经审理查明，原告汇城公司系2000年7月28日登记设立，股东为陈龙（持股60%）、赵得彩（持股20%）、刘敬义（持股20%），法定代表人为陈龙。2004年2月18日，原告公司的法定代表人由陈龙变更为王金连。2007年3月9日，原告公司法定代表人由王金连变更为孟现梅（系陈龙的妻妹），股东变为陈龙（持股60%）、孟现梅（持股40%）。2008年8月20日，股东变为陈鹏飞（持股60%）、孟现梅（持股40%）。
2000年10月16日，临沭县临沭镇李蒿科村委（甲方）与原告汇城公司（乙方）签订土地承包合同，约定：甲方将面积13亩的土地承包给乙方，租期为20年，自2001年1月1日至2020年12月31日。租金为2001年1月1日至2010年12月31日，每年租金为6500元，2010年1月1日至2020年12月31日，每年租金13000元。交款方式及时间为一年一交款，先交款后使用。2001年的承包费在签订合同时一次付清，后十九年的于当年的1月1日前一次性付清本年度承包费。承包用途为个人经营。在承包期间，承包地如因城建规划征用，甲乙双方应服从，甲、乙造成的损失由征用方赔偿。陈龙作为乙方的法定代表人在合同中签字并加盖公司公章。该土地承包后，原告建设了房屋（未办理批准手续），分为东西两院，栽植了树木。后陈龙之父陈朝玉使用东院进行经营。
2002年6月26日，被告金正大公司作为甲方，李蒿科村委作为乙方，双方签订协议，约定：征用土地面积包括陈龙租地西院，面积为55.33亩，土地补偿费用、赔青费补偿标准计每亩为15，400元，补偿费用852，082元，甲方征用土地中有乙方果树1，680棵，补偿标准为每棵8元，补偿费为13，440元，上述费用合计865，522元，协议签订之日起一次付清。甲方在征用陈龙所租土地和办理土地手续的过程中，乙方应积极配合，提供帮助。上述款项当日付清。2002年8月27日双方签订补充协议，约定：甲方再次征用乙方土地6.59亩（其中交通占地1.33亩），征地费用包括征地补偿费、安置补偿费即197，700元，鉴于该宗土地目前尚与第三方签订租赁合同，待乙方同第三方所签租赁合同解除后甲方一次性付清。该宗土地由甲方一次性买断并办理国有土地使用手续。
2004年8月31日，山东省人民政府以鲁政土字（2004）343号文批准征用李蒿科村集体土地5.3910公顷。2004年9月6日，临沭县人民政府根据山东省人民政府鲁政土字（2004）343号文件发布征用土地方案公案，限被征用土地所有人在10日办理土地补偿登记。2004年10月31日，被告金正大公司与临沭县国土资源局签订国有土地使用权出让合同两份，一份为出让给被告位于兴西大街总面积101，550平方米，其中出让面积86，051平方米，一份为出让给被告位于兴西大街总面积80，074平方米，其中出让面积为73，345平方米，出让年限均为30年，均约定自临沂市人民政府批准之日起生效。2004年11月19日，临沂市人民政府作出临政土字（2004）294号文，批复同意将73345平方米国有土地使用权出让给被告，出让期为30年，其余6729平方米用于规划道路建设，具体事项按国有土地使用权出让合同执行。2004年11月22日，临沂市人民政府作出临政土字（2004）298号文，批复同意将86051平方米国有土地使用权出让给被告，出让期为30年，其余15499平方米用于规划道路建设，具体事项按国有土地使用权出让合同执行。2004年12月7日，临沭县人民政府为被告金正大颁发了沭国用（2004）第0519号土地使用证，使用权类型为出让，使用权面积为147918平方米，终止日期为2034年11月19日。
2005年8月31日，被告金正大公司作为甲方，陈龙作为乙方，达成协议：乙方与临沭镇李蒿科村签订土地租赁协议，乙方同意负责中止与李蒿科村的租赁协议，乙方租赁期间应负的义务由乙方自行承担，与甲方无关。甲方同意给予乙方该宗土地地上建筑物折价补偿20万元，补偿后该宗地地上建筑物归甲方所有，在交接完成前乙方对地上建筑物有维护与保全的义务，本协议签订之日起10天内乙方将该宗土地地上建筑物移交给甲方，期间协议签订5日内甲方支付给乙方10万元，余款在甲乙双方办好交接手续5天内付清。陈龙作为乙方在该协议中签字。被告于2005年9月5日付给陈龙之父陈朝玉现金10万元，由陈朝玉出具收到条一份，陈龙未按协议移交土地及地上附着物。
2007年1月30日，李蒿科居委会收取原告汇城公司、陈龙交付的2007年度土地承包费6，500元。2007年3月28日，被告金正大公司向临沭县人民法院提起诉讼，要求依法判令原告汇城公司将其享有的土地使用权的土地及地上建筑物向其移交，停止侵权行为，将房屋腾空并退出，并不得妨害其对地上建筑物实施拆除，赔偿由此给其造成的经济损失2万元。被告金正大公司同时向临沭县人民法院提出先予执行申请，以原告汇城公司的侵权行为严重影响其正常生产和经营，要求责令原告汇城公司及该案第三人陈龙、陈朝玉立即将房屋退出，停止对土地及其地上建筑物的占有，不得妨害申请人对建筑物实施拆除，并提供担保，如申请有误愿承担损失赔偿责任。2007年4月19日，临沭县人民法院作出（2007）沭民二初字第33号民事裁定书，裁定原告汇城公司、该案第三人陈龙、陈朝玉立即停止对沭国用（2004）第0519号土地及其地上建筑物的占有使用，并于5日内搬出。2007年4月20日，原告汇城公司向临沭县人民法院提出中止案件审理申请，理由是：2007年4月16日，该案第一次庭审中，原告才得知临沭县人民政府已为被告办理了国有土地使用证，原告作为该土地的合法使用权人对此已向临沂市人民政府提出行政复议，临沂市人民政府已依法受理，并附临沂市人民政府于2007年4月19日作出的临政得字（2007）25号受理通知书。2007年4月23日，原告汇城公司向临沭县人民法院提出先予执行裁定复议申请，认为临沭县人民法院的裁定没有事实和法律依据，应依法撤销并裁定驳回被告金正大公司的先予执行申请。2007年4月26日，被告金正大公司向临沭县人民法院提出强制执行申请及证据保全申请，要求对先予执行裁定的内容予以执行，并要求进行证据保全，将原告汇城公司所占有土地的建筑物及建筑物内的物品进行清点、登记，由被告金正大公司保管。2007年5月16日，临沭县人民法院驳回了原告汇城公司的先予执行复议申请。2007年5月18日，临沭县人民法院向原告汇城公司、陈龙、陈朝玉发出强制执行通知。2007年5月21日，临沭县人民法院委托山东天元同泰会计师事务所有限公司对原告公司东院的房屋及其他物品进行评估。2007年7月4日，临沭县人民法院再次向原告、陈龙、陈朝玉发出强制执行通知，并于当日至9日强制执行完毕，对东院房内物品经公证处公证后，放至被告提供的租赁房屋指定由被告保管。2007年7月5日，山东天元同泰会计师事务所有限公司向临沭县人民法院出具了鲁天元同泰会评报字（2007）第189号资产评估报告书，结论为东院地上建筑及附着物资产评估价值为18.88万元。2007年7月6日，临沭县人民法院将鲁天元同泰会评报字（2007）第189号资产评估报告书向陈朝玉送达。2007年7月9日，临沭县人民法院告知陈朝玉搬走执行时由被告保管的物品。2007年7月11日，临沭县人民法院再次通知陈朝玉于七日内将该物品搬走，但陈朝玉一直未领取。2007年7月23日，经临沭县人民法院委托临沭县价格认证中心对争议土地上的西院的平房两间和大井一口进行鉴定，结论为价值49，520元。原告对临沭县人民法院就东、西院所作的评估、鉴定结论均有异议，申请重新评估，但在法定指定的期限内未交纳评估费用。
2007年6月18日，临沂市人民政府作出的临政复字（2007）25号行政复议决定书，维持临沭县人民政府颁发沭国用（2004）第0519号国有土地使用证的具体行政行为。原告不服对土地征用行为、土地行政登记行为提起行政诉讼，临沂市罗庄区人民法院于2008年2月24日作出（2007）临罗行初字第56号行政裁定书，以土地征用行为批准主体为为山东省人民政府，原告起诉临沭县人民政府为被告不适格，裁定驳回原告的起诉。同日，该院还作出（2007）临罗行初字第56号行政判决书，以主要证据不足，违反法定程序及被告未对原告是否享有补偿权利及如何补偿进行处理即为金正大公司颁发土地使用证不符合法律规定，判决撤销临沭县人民政府为金正大公司颁发的沭国用（2004）第0519号国有土地使用证。原告对上述裁定、临沭县人民政府及被告金正大公司对上述判决不服，提起上诉，本院于2008年7月15日以（2008）临行终字第83-1行政裁定、第83-2号行政判决，均予维持。2008年8月29日，临沭县人民政府重新为被告金正大公司颁发沭国用（2008）255号土地使用证，使用权类型为出让，使用权面积149，779.50平方米，终止日期为2034年11月19日。
2008年9月1日，被告金正大公司在临沭县人民法院申请将案由变更为转让合同纠纷，将诉讼请求第一项变更为请求法院依法确认原告汇城公司继续占有所承包土地及地上建筑物的行为已构成违约，判令其立即履行合同义务，将其所承包的土地及地上建筑物交付给被告金正大公司，并不得妨害被告对地上建筑物及土地的处置和使用。2008年12月8日，临沭县人民法院作出（2007）沭民二初字第33号民事判决，认定陈龙作为原告汇城公司的原法定代表人，一直参与公司经营管理，代理公司处理事务，被告金正大公司有理由相信其代理原告汇城公司，因此陈龙与被告签订的协议有效，原告继续占有土地及地上建筑物构成违约，判决原告将其所租赁的原临沭镇李蒿科居委会土地及地上建筑物交付给被告，并不得妨害被告对地上建筑物及土地的处置和使用。2009年11月20日，本院以（2009）临商终字第165号民事裁定撤销原审判决，发回重审。该案经指定由临沂市河东区人民法院审理。
在河东区法院审理期间，被告金正大公司变更诉讼请求为判令原告汇城公司将被告金正大公司享有土地使用权的土地及地上建筑物向被告移交，停止侵权行为，将房屋腾空并退出，并不得妨害被告对地上建筑物实施拆除，赔偿由此给被告造成的损失89，000元，陈龙承担连带赔偿责任，原告将存放在被告租赁房屋内的物品全部搬走。原告汇城公司提起反诉，要求被告金正大公司停止侵权，返还土地，并赔偿因其申请法院先予执行造成的经济损失1，929，713元。2011年11月11日，河东区人民法院作出（2010）河商初字第751号民事判决，其中认定东院实际由陈朝玉使用。该判决认为陈龙与被告签订的协议，未加盖原告公司公章，陈龙已不是法定代表人，也无公司授权，协议无效，被告要求原告交付土地及地上建筑物的请求不予支持，被告要求赔偿，因取得土地使用权时间晚于起诉时间，请求无依据，原告反诉与本案不是同一法律关系，应通过行政诉讼进行维权，据此判决：一、驳回金正大公司要求汇城公司将其所租赁的原临沭县李蒿科街居委会土地及地上建筑物交付给金正大公司，并不得妨害金正大公司对地上建筑物及土地的处置和使用的诉讼请求。二、驳回金正大公司主张汇城公司赔偿经济损失89，000元的诉讼请求。三、驳回金正大公司要求陈龙对赔偿承担连带清偿责任的诉讼请求。
被告金正大公司不服，提起上诉。2012年5月21日，本院作出（2012）临民一终字第548号民事判决，该判决认为陈龙将属于原告汇城公司的财产权益转让给被告金正大属无权处分，在原告未追认的情况下，该协议为无效协议，被告以协议主张权利，不应支持。对被告要求赔偿问题，原审判决适当。另外，原告汇城公司如认为被告金正大公司存在侵权行为，对其造成损失，原告可另行诉讼处理，原告交纳的反诉费应予退回，据此判决：驳回上诉，维持原判。
原告随后向我院提起本案诉讼。在诉讼中明确其损失为：1、土地使用权可得利益2，800，000元。2、东、西院房屋和附属设施1，141，640元。3、西院的香椿树200棵、银杏数1490棵318，000元。4、复垦造地3.5亩63，629元。5、3亩地的蔬菜、农作物16，000元。6、交纳契税、水土保持费2，000元，合计2，195元。7、拉走养殖设备、物品388，249元。以上合计4，729，713元，原告还申请对其损失进行评估。
以上事实有当事人陈述、土地承包合同、土地批文、土地出让合同、生效法律文书、庭审笔录等证据为证，均收录在卷。
本院认为，一、关于原告汇城公司主体资格和双方纠纷处理程序问题。被告金正大公司以原告汇城公司侵权提起诉讼，在诉讼中因急需土地申请临沭县人民法院先予执行，根据当时生效的1991年4月9日颁布的《中华人民共和国民事诉讼法》第九十八条规定：“人民法院裁定先予执行的，应当符合下列条件：（一）当事人之间权利义务关系明确，不先予执行将严重影响申请人的生活或者生产经营的；（二）被申请人有履行能力。人民法院可以责令申请人提供担保，申请人不提供担保的，驳回申请。申请人败诉的，应当赔偿被申请人先予执行遭受的财产损失。”，临沭县人民法院先予执行合法，原告以被告金正大公司申请临沭县人民法院强制执行并强占13亩土地的行为损害其对涉案土地的承包经营权利提起侵权诉讼，属于双方之间的民事纠纷，应适用民事诉讼程序解决，原告作为被申请执行人，具备原告主体资格。被告主张原告不具备主体资格，主张原告的诉求应纳入行政诉讼范畴，本院不予支持。
二、关于涉案土地使用权的权属问题。虽然原告汇城公司于2000年10月16日通过与临沭县临沭镇李蒿科居委签订土地承包合同，取得了涉案土地的集体土地承包经营权，承包期限20年，自2010年1月1日起至2020年12月31日止。但涉案土地2004年8月31日经山东省人民政府批准征用，临沭县人民政府2004年9月6日发布征地公案，该土地性质即变为国有，原告与李蒿科居委签订的土地承包合同依法应当终止，原告不再享有涉案土地的集体承包经营权。原告现起诉主张涉案土地的合法承包经营权利，与事实不符，于法无据，本院不予采纳。
被告金正大公司因建设需要占用土地于2002年6月26日、2002年8月27日分两次与土地的所有人临沭县临沭镇李蒿科街居委会就土地征用和补偿问题与达成协议，其中包含涉案土地。2004年8月31日山东省人民政府予以批准，2004年10月31日，被告金正大公司与临沭县国土资源局签订两份国有土地使用权出让合同，2004年11月19日、22日，临沂市人民政府分别批准出让，2004年12月7日，临沭县人民政府为被告金正大公司颁发了沭国用（2004）第0519号土地使用证。本院于2008年7月15日以（2008）临行终字第83-2号终审行政判决撤销沭国用（2004）第0519号土地使用证后，临沭县人民政府又于2008年8月29日重新为被告颁发沭国用（2008）255号土地使用证。对沭国用（2008）255号土地使用证，原告没有提出行政复议和行政诉讼，目前为确定有效的权利证书。被告起诉原告退出土地，本院生效的（2012）临民一终字第548号民事判决书虽然判决被告败诉，但该判决只是否认其与陈龙所签协议的效力，认为被告以协议主张权利不应支持，并未否定沭国用（2008）255号土地使用证的效力，依据该土地使用证被告享有涉案土地使用权。
对于被告金正大公司取得涉案国有土地使用权的时间，2008年8月29日沭国用（2008）255号土地使用证没有载明，但该证载明的终止时间与被撤销的沭国用（2004）0519号土地使用证载明的终止时间一致，均为2034年11月19日，两份证书颁发的依据也是同一批准手续和国有土地使用权出让合同，因此沭国用（2008）255号土地使用证是仅对沭国用（2004）0519号土地使用证的程序补正，而不是重新颁发，被告金正大公司取得涉案土地使用权的时间应以其与临沭县国土资源局签订的两份出让合同的约定时间开始计算，两份出让合同均约定自临沂市人民政府批准之日生效，而临沂市人民政府批准时间分别是2004年11月19日、22日，故被告金正大公司享有涉案土地使用权的时间应分别从该时间计算。
三、关于原告诉求的合法性问题。1、赔偿土地使用权可得利益2，800，000元的请求。因涉案土地被临沭县人民政府2004年9月6日征用，原告不再享有集体土地承包经营权，被告于2004年11月即取得涉案土地的国有土地使用权，临沭县人民法院根据被告的申请强制执行为2007年7月4日-9日，原告要求先予执行后的土地使用权收益无事实和法律依据，不予支持。2、赔偿东、西院房屋和附属设施1，141，640元的请求。该房屋和附属设施是由法院先予执行交付给被告的，原告起诉侵权，由于原告不再享有土地承包经营权，故其实质是征用土地产生的补偿争议，因征用土地是被告直接与村委、个人进行协商达成的补偿协议，而后由政府办理征用手续的，因此本案补偿主体应为被告。原告的房屋虽未办理批准手续，应为违法建筑，但考虑原告的投入，亦应进行补偿。对于东、西院房屋和附属设施的价值，临沭县人民法院先予执行时已进行了评估，原告虽曾申请重新评估，但在法院指定期限内未交纳鉴定费用，应视为放弃权利，现该不动产均已灭失，无法评估，原告在本案中申请重新评估，本院不予采纳，应以临沭县人民法院的评估结论作为补偿依据。经临沭县人民法院委托评估，西院两间平房和大井价值49，520元，东院评估价值18.88万元，合计238，320元。另外被告支付给陈朝玉的10万元，应当属于被告对原告地上物的补偿，应从补偿款中扣除。被告实际应支付原告补偿款138，320元，另应从强制先予执行之日2007年7月4日起开始按同期银行贷款利率支付利息。3、赔偿西院的香椿树200棵、银杏数1，490棵318，000元的请求。在被告与李蒿科村委签订的补偿协议中，包含树木，并已支付村委，应另行处理。4、赔偿复垦造地3.5亩63，629元的请求。对此原告只提供了证人证言和白某，证人亦未出庭，是否存在无法查清，且现场已不存在，原告请求依据不足，本院不予采纳，5、赔偿3亩地的蔬菜、农作物16，000元的请求。原告未提供证据证明，依据不足，本院不予支持，6、赔偿交纳契税195元、水土保持费2，000元的请求。该税费系原告承包时交纳的当年税费，其要求被告赔偿无依据。7、赔偿先予执行拉走养殖设备、物品388，249元。该物品属于原告代理人陈朝玉，原告起诉要求被告赔偿无依据，本院不应支持。
案经本院审判委员会研究，依照《中华人民共和国民法通则》《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十条、第二百零四条，最高人民法院《关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉执行程序若干问题的解释》第十九条，《中华人民共和国物权法》第九条的规定，判决如下：
一、被告山东金正大生态工程股份有限公司于本院判决生效之日起五日支付原告临沂汇城再生资源有限公司房屋及地上附着物补偿款138，320元及利息（自2007年7月4日起，按同期银行贷款利率支付至本判决履行之日止）。
二、驳回原告临沂汇城再生资源有限公司的其他诉讼请求。
被告未按判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条的规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费44，638元，由原告临沂汇城再生资源有限公司负担22，319元，被告山东金正大生态工程股份有限公司负担22，319元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于山东省高级人民法院。
审判长 葛志龙
审判员 尤洪杰
审判员 孙兴欣
二〇一四年一月十五日
书记员 张洪亮
附相关法条：
《中华人民共和国民事诉讼法》
第一百二十条起诉应当向人民法院递交起诉状，并按照被告人数提出副本。
书写起诉状确有困难的，可以口头起诉，由人民法院记入笔录，并告知对方当事人。
第二百零四条人民法院应当自收到再审申请书之日起三个月内审查，符合本法规定的，裁定再审；不符合本法规定的，裁定驳回申请。有特殊情况需要延长的，由本院院长批准。
因当事人申请裁定再审的案件由中级人民法院以上的人民法院审理，但当事人依照本法第一百九十九条的规定选择向基层人民法院申请再审的除外。最高人民法院、高级人民法院裁定再审的案件，由本院再审或者交其他人民法院再审，也可以交原审人民法院再审。
最高人民法院关于适用《中华人民共和国民事诉讼法》执行程序若干问题的解释
第十九条案外人依照民事诉讼法第二百零四条规定提起诉讼的，执行法院应当依照诉讼程序审理。经审理，理由不成立的，判决驳回其诉讼请求；理由成立的，根据案外人的诉讼请求作出相应的裁判。
《中华人民共和国物权法》
第九条不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但法律另有规定的除外。
依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。