贵州省黔南布依族苗族自治州中级人民法院
民 事 判 决 书
（2015）黔南民初字第106号
原告：都匀市第二建筑工程公司，住所地都匀市。
法定代表人：徐德斌，该公司经理。
委托代理人：朱玲青，贵州法治时代律师事务所律师。
委托代理人：龙祥文，该公司职工。
被告：长顺县人民医院，住所地长顺县城关卫生路。
法定代表人：胡和平，该医院副院长。
委托代理人：赵黔玉，贵州黔鹰律师事务所律师。
原告都匀市第二建筑工程公司与被告长顺县人民医院建设工程施工合同纠纷一案，本院立案受理后，依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。原告都匀市第二建筑工程公司及其委托代理人朱玲青、龙祥文，被告长顺县人民医院及其委托代理人赵黔玉到庭参加了诉讼，本案现已审理终结。
原告都匀市第二建筑工程公司向本院提出诉讼请求：1、判令被告长顺县人民医院一次性支付拖欠原告都匀市第二建筑工程公司的工程款4899065.24元；2、判令被告长顺县人民医院向原告都匀市第二建筑工程公司从工程款应付日即2013年12月21日至实际付清日期间的违约金，利率按中国人民银行同期贷款利率即6.15%计，暂计算至起诉之日即602585元（从2013年12月21日计至2015年12月21日）；3、判令被告长顺县人民医院向原告都匀市第二建筑工程公司赔偿损失617945.72元，其中包含用于支付贷款利息55665.72元；4、本案诉讼等相关费用由被告承担。主要事实及理由：被告长顺县人民医院建设的长顺县人民医院工程项目委托贵州环水工程招标造价咨询有限公司招标，原告都匀市第二建筑工程公司为该工程的中标单位，计价方式为工程量清单计价，施工图纸是在《建设工程施工合同》签订后由被告提供。2012年2月27日，原、被告双方签订了《建设工程施工合同》及补充协议，合同约定：被告将其建设的长顺县人民医院工程项目发包给原告承包施工，建筑面积为11147㎡，合同采用固定总价承包，签约合同价为16534976.19元，工期为365天。补充协议第3条“按招标文件的工程计量表，属于承包方范围超出招标文件工程量清单的按《贵州省2004年土建定额》和国家现行相关文件执行结算”，第10条“基础超深，新增工程，设计变更按《贵州省2004年土建定额》及国家现行相关文件进行结算和材料调差后下浮3%进行结算。”，专用合同条款17.3.3(2)“逾期付款的违约金按银行同等利率计算”。2012年6月9日，因各有关部门在对基础47#、48#、55#孔桩验槽时难以确认地基持力层承载力，所以47#、48#、55#的施工方式变更为机械成孔。因此，原、被告双方签订《关于长顺县人民医院47#、48#、55#孔桩采用机械成孔的承包协议》，协议约定：47#、48#、55#孔机械成孔工程均属本工程内容，承包价款为100000元整。2013年9月14日，原被告双方又签订《增加及附属工程协议》，协议约定：工程内容为挂号收费发药处柜台贴花岗岩及隔断装饰，门厅大门、电梯门贴花岗岩及装饰工程，门厅地面青石板、化粪池、残障通道、室外给水、排水管及地坪等工程，根据双方的现场签证记录，按《贵州省2004年土建定额》和《贵州省2004水电安装定额》及国家现行相关文件进行结算和材料调价后下浮3%进行结算付款。2013年11月21日，该工程经建设、设计、勘察、监理、施工单位共同验收，评定质量合格。2014年1月19日，工程款经监理贵州骅辉建设工程项目管理有限公司审核为22311963.26元。2015年4月13日，被告单方委托长顺县审计局初次审计核定，该工程结算金额17001887.79元。之后又于2015年9月22日经长顺县审计局二次审计核定，该工程结算金额为18019109.60元。而原告根据实际工程量核算工程款为22429065.24元，截止到2015年2月16日，原告收到被告支付的工程款17530000元。现被告不按实际工程量清单付款，而是按施工图纸的工程量付款，对此，原告认为，原、被告双方并未约定按审计的结果进行付款且施工图纸是在《建设工程施工合同》签订后提供的，被告应按实际完成的工程量清单支付尚欠工程款4899065.26元，并按照《建设工程施工合同》专用合同条款17.3.3(2)承担未付工程款银行同期利率的违约金以及延迟支付造成的损失。综上所述，为维护原告合法权益，特依据《中华人民共和国合同法》第一百零七条：“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。”及《中华人民共和国民事诉讼法》之相关规定诉至贵院，恳请人民法院依法支持原告诉讼请求为谢。
被告长顺县人民医院答辩称,1、原告诉请不实，不应支持；2、被告已按约履行完毕向原告支付工程款义务；3、被告无违约、无欠款，请求人民法院驳回原告诉请；4、本案诉讼费用由原告自行承担。事实及理由：一、被告长顺县人民医院属完全国有事业医疗单位，为改善被告医疗卫生条件，根据中央2011年对黔南州农村医疗卫生服务体系建设项目预算内投资计划（县级医院，中心乡镇卫生院、村卫生室），贵州省发改委下达批复，黔南州财政局财政拨款，建设项目资金支出预算为2200万元，除中央补助投资外，其余资金由县财政局配套解决。即，被告建设项目属国有，资金来源系国家全额财政投资。二、被告建设工程项目合法合规运行。被告委托贵州环水工程招标造价咨询有限公司代理该工程施工招标工作，在众多投标单位中，原告投标报价16534976.19元，经确定原告为该工程的中标单位，原告中标价即为其投标价。为此，原、被告双方以中标价签订了固定总价承包施工合同，被告委托贵州骅辉建设工程项目管理有限公司对该工程施工实施监理。三、原、被告共签订的三份合同真实、合理、有效。1、《建设工程施工合同》，固定总价承包16534976.19元，与原告投标价、中标价一致。2、《关于长顺县人民医院47#、48#、55#孔桩采用机械成孔的承包协议》，承包价款10万元整。3、《增加及附属工程协议》，双方约定“付款方式：该工程不预付工程款，待工程完工验收合格后，报审计部门结果审定后一月内付清”。四、原、被告合同结算依据及实收实付款。1、《建设工程施工合同》中“固定总价承包”，按本合同通用合同条款17.1.5第(4)项：“在竣工结算时总价子目的工程量不应当重新计量，签约合同价所基于的工程量即是用于竣工结算的最终工程量”。2、《建设工程施工合同》通用合同条款中监理人3.1.1约定：“须经发包人批准行使的权力，所有监理工程师发出的书面通知、指示、同意、批准、证书、决定等，只要与本工程的合同价格、款项支付、计量、计价、工期、建筑使用功能、分包人和供应商的选择，须经发包人审核和批准。”同条第2项又约定：“不管通用合同条款第3.1.1项如何约定，监理人履行须经发包人批准行使的权力时，应当向承包人出示其行使该权力已经取得发包人批准的文件或者其它合法有效的证明”。3、《建设工程施工合同》中补充协议第8项：“工程尾款待验收合格审计结束后一月内全部付清。”该项约定与原、被告签订的第三份合同《增加及附属工程协议》中的付款方式约定一致，均为“报审计部门审计结束后一月内全部付清”。4、《建设工程施工合同》第9项：“维修质保金按结算总价的5%扣”。以及第12项：“质保期满五年后全额返还质量保证金”。5、《建设工程施工合同》第八条“合同文件的组成”约定，“上述文件互相补充和解释，如有不明确或不一致之处，以合同约定次序在先者为准。”即以排第一位的《建设工程施工合同》为准。6、被告按约支付原告工程款财务单据及明细分类帐体现已支付17530000元，与原告诉状“原告收到被告支付的工程款17530000元”一致无争议。五、长顺县审计局两份《审计决定书》和《审计报告》是本案工程款约定的和法定的结算依据。长顺县审计局是国家行政机关，依照《中华人民共和国审计法》、《中华人民共和国审计法实施条例》以及国家审计署等六部委《建设项目审计处理暂行规定》，对政府财政投资依法进行独立审计监督，对建设项目中的建设单位、施工单位、设计单位、供货单位等均有法律约束力。长顺县审计局作出的《关于长顺县人民医院建设项目竣工结算审计的审计决定》长审投资字(2015)12号以及长审投资报(2015)15号《审计报告》。对原、被告本案的建设项目竣工结算得出审计报告。《审计报告》15号第2页第二项“项目结算及审计核定情况”：经审阅该工程的结算书等相关资料，该工程送审金额经监理审核后为22134959.13元；其中：合同内总价16311825.59元；孔桩机械成孔包干费100000元；增加工程5723133.54元。通过对送审资料的查阅和部分工程的实地测量，经审计，该工程结算金额为18019109.60元，其中：合同内总价16159948.63元；孔桩机械成孔包干费100000元；增加工程1759160.97元。审计核减金额共计4115849.53元，其中：合同内总价151876.96元；孔桩机械成孔包干费0元；增加工程3963972.57元。审减的主要原因为未按总价合同约定进行结算，部分合同内工程作为增加工程重复结算、重复计取措施项目费及签证人工单价计取费用不合理等。依据两份《审计决定书》和《审计报告》，原、被告建设项目竣工结算工程款数据如下：1、18019109.60元（审计全部工程款）-17530000元（被告已支付工程款）=489109.60元（被告尚欠工程款）；2、18019109.60（审计结算总价）×5%（约定质保金比例）=900955.48元（被告按约应留置原告质保金，竣工五年后退）；3、900955.48元（被告应留置质保金）-489109.6元（被告欠工程款）=411845.88元（原告欠被告质保金）。上述计算数据得出，被告不仅依约完全支付了原告的工程款，且多支付了原告部分应留置的质保金411845.88元，这将在工程竣工五年后与原告结算扣减，目前尚未满五年。综上所述，原告诉请的被告欠工程款以及违约与事实不符，其单方预结算数据无依据，其对审计决定和审计报告不服，但未按法律规定的行政程序和要求申请撤销或解除，人民法院应认可审计机关作出的审计结论的真实、合法、有效性，维护审计行政机关行政执法权，被告无欠款、无违约，对原告的不实诉请，被告请求人民法院依法驳回。
原告都匀市第二建筑工程公司为证明其主张，向本院提供如下证据：
证据一、（1）公司营业执照；（2）法定代表人身份证；（3）组织机构代码证；（4）安全生产许可证；（5）税务登记证。证明：原告主体适格。
被告及其委托代理人质证认为，对该组证据无异议。
证据二、（1）招标文件；（2）建设工程施工合同及补充协议；（3）关于长顺县人民医院47#、48#、55#孔采用机械孔的承包协议；（4）增加及附属工程协议。证明：双方经招投标签订《建设工程施工合同》，约定超出招标文件工程量清单的按《贵州省2004年度土建定额》和国家现行相关文件计算，对施工图纸的提供时间、增加工程的内容及价款、工程款的支付期限、违约责任也有约定。
被告及其委托代理人质证认为，对该组证据真实性无异议，但对原告证明目的及证明内容有异议。
证据三、工程验收备案表。证明：该工程2013年11月21日质量验收合格。
被告及其委托代理人质证认为，对该组证据的真实性无异议，工程主体是验收合格了，但没有下发竣工验收合格证，原因是消防验收没有通过。双方都有责任，造成工程延期半年。
证据四、（1）工程项目预结算书；（2）工程项目总造价表；（3）建设工程预（结）算书。证明：原告根据实际工程量核算的工程总造价为22429065.24元，建筑面积是11147平方米。
被告及其委托代理人质证认为，对原告预算的造价不予认可，应以审计部门的审计为准。
证据五、收款凭证。证明：被告从2012年5月28至今已支付的工程款数额1753万元。
被告及其委托代理人质证认为，对该组证据无异议。
证据六、（1）审计初审报告；（2）审计二审报告；（3）关于长顺县人民医院综合大楼建设工程计算初审意见的回复报告的回复。证明：长顺县审计局的初审结果、二审结果要求严格依照设计图纸内容进行结算，原告方认为不合理，缺乏客观性，原告不能接受。
被告及其委托代理人质证认为，对长顺县审计局作出的审计报告无异议，认可审计部门的审计结果。对于回复报告，与被告无关，原告对审计结果不服，应按照审计法规定的程序和步骤提起行政复议或行政诉讼，但原告未提起。
证据七、（1）关于长顺县人民医院综合大楼工程结算延期审计的申请说明；（2）关于长顺县人民医院综合大楼建设工程计算初审意见的回复报告；（3）关于长顺县人民医院综合大楼建设工程初审意见的回复的回复。（4）关于长顺县人民医院综合大楼建设工程计算审核的意见。证明：原告对审计结果中存在的问题逐一回答，充分说明原告对审计结果不予认可的原因。
被告及其委托代理人质证认为，原告对审计部门提出的意见，未被审计部门采纳。长顺县审计局属于国家审计部门，有权利对国有资金运作及国家投资的工程依职权介入，且双方在所有合同中都约定了，工程结算需要审计部门审计。按照双方合同的约定，监理部门无权与原告审定工程造价，对于工期造价的结算，需要长顺县医院的批准，才可以审定。
证据八、讨薪工资及各种费用汇总表。证明：被告未支付工程款造成原告的损失，金额为617945.72元，其中，银行贷款利息为55665.72元，剩余部份为讨薪工资。
被告及其委托代理人质证认为，对该组证据不予认可，被告不存在欠款和违约，不应承担原告主张的上述费用。
被告长顺县人民医院为证实其主张，向本院提供如下证据：
证据一、长顺县人民医院资质材料。证明：长顺县人民医院是完全国有的事业单位，使用的是国家财政资金。
原告及其委托代理人质证认为，对该组证据无异议。
证据二、工程事项、审批资质来源文件批复等。证明：工程项目来源合法有效。
原告及其委托代理人质证认为，对该组证据无异议。
证据三、招投标主要资料。证明：工程项目合法合规，同时印证招标价、中标价、合同价是一致的。
原告及其委托代理人质证认为，对该证据的真实性无异议，对证明目的有异议。
证据四、建设工程施工合同及两份补充合同。证明：原、被告的权利义务。在第一份建筑施工合同中，原被告签订的是固定价格承包，总价为16534976.19元。投标价、中标价，合同价三个价格都是一致的。《关于长顺县人民医院47#、48#、55#孔桩采用机械成孔的承包协议》承包价款是10万元，双方约定了承包总价。《增加及附属工程协议》双方约定的付款方式是工程被告不先支付工程款，等待工程竣工验收报审计部门结果审定后一月内付清。对原告认为双方按照《建设工程施工合同》按定额以及施工图纸的施工量来支付工程款及违约责任，我方认为三份合同都要经过审计部门审计后才能结算。
原告及其委托代理人质证认为，招标文件和《建设工程施工合同》的招投标、中标价、及合同价都只是清单报价，施工图纸的工程量是超出了清单的工程量的。被告方提出应当按合同总价及招投标价结算工程，我方不认可。《增加及附属工程协议》的约定，并不涉及其他合同。
证据五、长顺县人民医院支付工程款明细账及凭证。证明：被告支付原告工程款为1753万元，履行义务完毕。
原告及其委托代理人质证认为，对于金额无异议，但对证明目的不认可。
证据六、长顺县审计局审计报告(长审投资决字[2015]12号、长审投资报[2015]15号)。证明：工程款结算的依据。包括增加工程等全部工程造价为1800余万。按照审计局审计的数据，被告目前并不欠原告的款项。实际上有41万多的余额还未付，但被告要按照总工程造价的5%滞留质保金。质保金要在5年后才能结算，被告已经付超了质保金。
原告及其委托代理人质证认为，合同约定的质保金的退还不是在5年后一次性退还，而是逐年退还。对于审计我方不认可。在施工过程中，双方签订了多份补充协议，对工程项目和工程造价进行了更改，应该按照实际工程量进行结算，原告已与被告聘请的监理单位进行了结算，审计对我方无约束。对于增加工程的尾款约定了在审计结算后付清，而不是对整个工程总价款进行约束。对方提出对审计结果不服应提起行政复议和行政诉讼，我方认为对我方没有约束。
证据七、黔南州公安消防支队建设工程消防验收意见书。证明：消防验收不合格造成工期延期半年。
原告及其委托代理人质证认为，对该证据的真实性无异议，但对证明目的有异议。消防最终验收不合格是由于被告的原因，被告方的设计不符合消防的要求。意见书所列举的13条整改意见属于原告方责任的可以整改，其中4、6、7、8、11、13项已经整改完毕，责任不在我方。对于延期6个月的事实原告方认可，双方有专门的会议纪要，工期延期有多方原因，实际工程量工程项目发生了变更，工程量增加肯定工期就会顺延。
本案诉讼中，原告都匀市第二建筑工程公司对长顺县审计局审计报告持有异议，向本院提出司法鉴定申请。本院依法委托贵州弘典工程造价司法鉴定所对长顺县人民医院综合大楼建设工程的工程总价款进行了鉴定，贵州弘典工程造价司法鉴定所作出弘典司法鉴定所[2016]年造价鉴字第6号司法鉴定意见书，经鉴定本案工程总造价为19464482.51元。
原告及其委托代理人质证认为，除对钢材价格调差及孔桩土石方造价不认可外，其他均无异议。
被告及其委托代理人质证认为，对鉴定意见不予认可。
对于本案双方当事人提交的证据及本院委托鉴定机构作出的鉴定意见，本院作如下认证：对原告提供的证据一，证实原告的诉讼主体身份适格，应予以认定；对原告提供的证据二，证实案涉合同签订的过程及原、被告双方的权利义务，应予以认定；对原告提供的证据三，证实案涉工程已经验收合格，应予以认定；对原告提供的证据四，其中2014年1月19日建设工程预（结）算书，证实了原告与被告聘请的监理单位对工程造价进行了预结算的事实，故对该事实予以认定，2015年10月25日建设工程预（结）算书、工程项目汇总表仅系原告单方编制，被告未予以认可，应不予认定；对原告提供的证据五，证实原告已收到被告给付的1753万元工程款，应予以认定；对原告提供的证据六、七，证实审计部门两次对本案工程项目竣工结算进行审计，原告对审计结果不认可并提出异议的事实，鉴于本案已启动鉴定程序对原告完成的工程量进行鉴定，故对审计结果不予认定；对原告提供的证据八，被告不予认可，且缺乏其他证据佐证，应不予以认定。对被告提供的证据一，证实被告的诉讼主体身份适格，应予以认定；对被告提供的证据二，证实长顺县人民医院建设项目经省发改委批复同意，工程项目的来源合法有效，应予以认定；对被告提供的证据三，证实长顺县人民医院建设项目的招投标程序符合法律规定，应予以认定；对被告提供的证据四，证实原、被告双方的权利义务，应予以认定；对被告提供的证据五，证实被告已支付原告1753万元工程款，应予以认定；对被告提供的证据六，由于原告对审计结果提出异议，且本案已启动鉴定程序对原告完成的工程量进行鉴定，故对审计结果不予认定；对被告提供的证据七，因本案工程被告已投入使用，应不予以认定。对于本院委托贵州弘典工程造价司法鉴定所作出的司法鉴定意见书，该证据与本案具有关联性，应予以认定。
经审理查明：被告长顺县人民医院属国有事业医疗单位，为改善医疗卫生条件，经贵州省发展和改革委员会批准，被告委托贵州环水工程招标造价咨询有限公司对建设长顺县人民医院工程项目公开向社会进行招标，招标方式是以招标文件载明的工程量清单进行，招标文件载明该工程的资金来源为财政资金。原告都匀市第二建筑工程公司参与了本次招标，并以16534976.19元的价格成功中标。
2012年2月27日，原、被告双方签订《建设工程施工合同》，合同约定的主要内容有：被告（发包人）将其医院大楼的建设工程发包给原告（承包人）施工，工程内容为设计图所设计土建工程、电器照明工程、弱电工程（火灾报警系统、呼叫系统）、给排水及消防工程、通风工程、室外工程（水、电等），建设规模11147㎡，开工日期为2012年3月1日，竣工日期为2013年3月1日，总工期为365天，工程质量标准为达标。合同采用固定总价承包的形式，合同签约价款为16534976.19元。同日，双方又签订《补充协议》，其中，第3条约定：按招标文件的工程计量表，属于承包方范围超出招标文件工程量清单的按《贵州省2004年度土建定额》和国家现行相关文件执行结算；第8条约定：装饰工程完工并申请工程验收时付中标价的10%工程进度款，工程尾款待验收合格审计结束后一月内全部付清；第9条约定：维修质保金按结算总价的5%扣；第10条约定：基础超深，新增工程，设计变更按《贵州省2004年土建定额》及国家现行相关文件进行结算和材料调差后下浮3%进行结算付款；第12条约定：质量保修金的返还时间及比例，工程竣工验收合格后一年内，返还质量保修金总额的30%，两年返还质量保修金总额的30%，质保期满五年后全额返还质量保修金。通用合同条款第17.5.2（2）目约定，发包人应当在监理人出具竣工付款证书后的14天内，将应支付款支付给承包人。发包人不按期支付的，按第17.3.3（2）目的约定，将逾期付款违约金支付给承包人。专用合同条款17.3.3（2）目约定，发包人逾期未按通用合同条款第17.5.2（2）目约定的期限支付承包人依合同约定应当得到的款项，应当从应付之日起向承包人支付逾期付款违约金。逾期付款违约金的计算标准为银行同等利率计算，计算方法为从逾期开始到支付为止。合同签订后，被告将施工图纸交付原告，原告即组织人员开始施工，施工期间被告委托贵州骅辉建设工程项目管理有限公司对该工程施工实施监理。
由于原告在施工至基础验槽时，各有关部门在对基础47#、48#、55#孔桩地基持力层承载力难以确认，47#、48#、55#的施工方式变更为机械成孔。原、被告双方遂于2012年6月9日签订《关于长顺县人民医院47#、48#、55#孔桩采用机械成孔的承包协议》，被告长顺县人民医院将47#、48#、55#孔机械成孔工程发包给原告都匀市第二建筑工程公司进行施工，约定的结算方式为：该工程总承包价款共计人民币壹拾万元整（￥100，000.00元）；付款方式为：该工程不预付工程款，待基础工程完工验收合格后，乙方凭税务发票与甲方一次性结清。
此后，原、被告双方又于2013年9月14日签订《增加及附属工程协议》，被告长顺县人民医院将挂号收费发药处柜台贴花岗岩及隔断装饰，门厅大门、电梯门贴花岗岩及装饰工程，门厅地面青石板、化粪池、残障通道、室外给水、排水管及地坪等工程发包给原告都匀市第二建筑工程公司进行施工，约定的结算方式为：按双方签证的现场记录，按《贵州省2004年土建定额》和《贵州省2004年水电安装定额》及国家现行相关文件进行结算和材料调价后下浮3%进行结算付款；付款方式为：该工程不预付工程款，待工程完工验收合格后，报审计部门结果审定后一月内付清。
2013年11月26日，本案工程经原、被告及勘察、设计、监理单位共同验收，评定为质量合格后，原告将本案工程交付被告使用。2014年1月19日，原告与监理单位贵州骅辉建设工程项目管理有限公司对本案工程进行了预结算，预结算工程造价为22311963.26元。因本案工程项目属于政府投资项目，长顺县审计局于2015年4月13日、2015年9月22日两次对工程项目竣工结算进行了审计，期间原告曾多次以书面形式向审计部门及被告反馈意见，但其意见大多未被审计部门采纳。此后，针对工程款结算依据问题，被告认为本案工程属于政府投资项目，双方应当按照审计部门的审计报告作为最终结算依据。原告则认为，审计部门核定的工程价格与其与监理部门所作工程预结算的价格差异巨大，双方虽是按招标工程量清单中的工程量以投标价16534976.19元签订的总价固定包干合同，但在实际施工过程中，原告按照被告在合同签订后提供的图纸施工，存在工程量清单漏项和工程量增加的情况，原告实际完成的工程量大于工程量清单载明的工程量，且原告是按照被告的指示施工，有现场签证予以证实，故对审计部门出具的审计报告不予认可，并主张按照其实际完成的工程量清单支付尚欠工程款。因原、被告双方对本案工程造价的结算依据存在争议，被告拒绝按照原告的要求支付剩余工程款，原告遂向本院起诉，请求判如所请。
本案审理过程中，原告于2016年3月6日向本院提出工程造价鉴定申请，要求对长顺县人民医院综合大楼建设工程的工程总价款进行工程造价司法鉴定。由于本案工程系政府投资项目，且审计机关已对涉案工程项目造价进行了审计，为了查明案件的事实，本院先是与黔南州审计局进行协调，请黔南州审计局对长顺县审计局作出的审计报告进行审计复核，黔南州审计局也组织本案双方当事人及长顺县审计局进行了协商，但因种种原因未能启动审计复核程序，在此情形下，本院依法审查了原告提出的鉴定申请，认为原告的申请符合《中华人民共和国民事诉讼法》第七十六条的规定，应予以准许。本院对外委托办公室遂委托贵州弘典工程造价司法鉴定所为本案鉴定人，并于2017年1月12日作出弘典司法鉴定所[2016]年造价鉴定第6号鉴定意见，鉴定结论为：长顺县人民医院工程造价为19464482.51元。其中：1、合同总价构成为土建部分13950010.87元、安装部分2584965.32元；2、合同内增加工程造价土建部分2246010.86元、安装部分306196.37元；3、合同内减少工程造价土建部分957898.11元、安装部分761653.06元；4、合同外工程造价土建部分1800710.11元、安装部分196140.15元、机械成孔100000元。原告收到该鉴定报告后，于2017年1月17日向本院提交补充鉴定申请，申请本院指定贵州弘典工程造价司法鉴定所对本案涉及的孔桩基础土石方的工程量进行鉴定。
另查明：截止2015年2月16日，原告共收到被告支付的工程款17530000元。
综合原、被告双方的诉辩请求和理由，归纳本案争议的主要焦点为：1、本案工程造价及未付工程款的金额应如何确定；2、被告是否存在违约行为，应否向原告支付违约金；3、原告是否存在损失以及被告应否向原告赔偿损失。
本院认为：本案原、被告双方于2012年2月27日签订的《建设工程施工合同》及《补充协议》、2012年6月9日签订《关于长顺县人民医院47#、48#、55#孔桩采用机械成孔的承包协议》、2013年9月14日签订《增加及附属工程协议》，系双方的真实意思表示，内容不违反法律、行政法规的强制性规定，应为有效合同。根据《中华人民共和国合同法》第八条之规定，上述合同内容对双方当事人具有法律约束力，双方应当按照约定履行自己的义务。合同签订后，原告已按约定完成了被告综合大楼的修建工作，并将建成的房屋交付被告使用，被告亦应当按约定履行向原告履行支付工程款的义务。本案诉讼中，双方当事人对被告已支付原告17530000元工程款的事实无异议，本院予以确认。
关于本案工程造价及未付工程款的金额应如何确定的问题。本案中，因原告认为长顺县审计局出具的审计报告存在工程量清单漏项和工程量增加未列入审计的情况，对审计报告不予以认可，并向本院提出了对涉案工程的工程量进行司法鉴定的申请。本院依法委托贵州弘典工程造价司法鉴定所对涉案工程造价进行了鉴定，鉴定机构认定本案工程造价为19464482.51元。被告以本案工程属政府工程，应以审计部门出具的审计报告作为工程量的结算依据为由进行抗辩。本院认为，从双方当事人签订的《补充协议》第8条“工程尾款待验收合格审计结束后一月内全部付清”、《增加及附属工程协议》第4条“报审计部门结果审定后一月内付清”的约定看，虽然本案原、被告约定了工程尾款待审计结束后支付，审计部门也出具了本案工程造价的审计报告，但是在民事合同中，当事人对接受行政审计作为确定民事法律关系依据的约定，应当具体明确，本案双方并未明确约定以审计结果作为工程款结算的依据，因此，不能因合同中出现了“审计”的字样，就认为合同签订时，原告已经同意接受国家机关的审计行为对民事法律关系的介入。另外，虽然本案工程属于政府投资项目，但是根据审计法的规定及其立法宗旨，法律规定审计机关对政府投资和以政府投资为主的建设项目的预算执行情况和决算进行审计监督，目的在于维护国家财政经济秩序，提高财政资金使用效益，防止建设项目中出现违规行为。原、被告之间关于涉案工程款的结算，属于平等民事主体之间的民事法律关系。因此，本案诉争工程款的结算，与法律规定的国家审计的主体、范围、效力等，属于不同的法律关系问题，国家审计机关的审计结论，并非是确定本案双方当事人之间结算的当然依据，故长顺县审计局就本案工程所作的审计报告，对原告不具有约束力，对于被告长顺县人民医院的上述抗辩主张，本院不予以采纳。庭审中，原告虽对司法鉴定意见书载明的钢材价格调差和孔桩土石方造价提出异议，并提出对本案涉及的孔桩基础土石方的工程量进行补充鉴定的申请，但经本院组织双方对该司法鉴定意见书进行质证时，鉴定机构出庭人员明确表示原告所提异议系因原告提供的鉴定资料不齐全造成。原告作为提出鉴定申请的当事人，应当知晓其提供的鉴定材料是否齐全将会对鉴定结论造成直接影响，因其未能在本院规定的期限向鉴定机构一次性提供鉴定材料，应当承担对其不利的后果。故原告对鉴定结论提出的上述异议不能成立，本院不予采纳。对原告提出的补充鉴定申请，本院亦不予支持。本院依法采纳贵州弘典工程造价司法鉴定所出具的[2016]年造价鉴定第6号鉴定意见书的鉴定结论作为认定本案工程造价的依据，即本案双方争议的工程造价为19464482.51元。
根据原、被告双方签订的《补充协议》第9条“维修质保金按结算总价的5%扣”的约定，本案工程的维修质保金应认定为973224.13元（19464482.51元×0.05），另根据该《补充协议》第12条“质量保修金的返还时间及比例，工程竣工验收合格后一年内，返还质量保修金总额的30%，两年返还质量保修金总额的30%，质保期满五年后全额返还质量保修金”的约定，本案工程竣工验收已超过2年，不足5年，故被告应返还原告维修质保金总额的60%，即583934.49元（973224.13元×0.6），剩余389289.64元（973224.13元-583934.49元），应待五年质保期满后再由被告向原告返还。被告提出质保金应在工程竣工五年后再全部退还的主张，于法无据，本院不予以采纳。
根据《中华人民共和国合同法》第六十条第一款“当事人应当按照约定全面履行自己的义务。”、第一百零九条“当事人一方未支付价款或者报酬的，对方可以要求其支付价款或者报酬。”之规定，被告还应向原告支付的工程尾款金额为1545192.87元（本案工程造价款19464482.51元-被告已支付工程款17530000元-质保期三至五年的质保金389289.64元），故，对被告提出已按约履行完毕向原告支付工程款义务的答辩意见，本院不予以采纳。对原告提出判令被告支付拖欠工程款4899065.24元的诉讼请求，本院予以支持1545192.87元，对于超出部分，本院不予支持。
关于被告是否存在违约行为，应否向原告支付违约金的问题。原、被告双方签订的《建设工程施工合同》通用合同条款、专用合同条款虽然约定了支付工程尾款的条件及逾期付款违约金的计算标准和计算方法，但因原、被告双方系对工程造价的结算依据存在争议，一直未能完成工程结算，在工程造价未经裁判确定之前，被告向原告支付剩余工程款的条件并未成就，因此，被告并无违反合同约定故意拖欠原告工程尾款不付的行为，不应向原告支付违约金。故，对原告提出的判令被告向原告支付从工程款应付日至实际付清日的违约金的诉讼请求，本院不予以支持。
关于原告是否存在损失以及被告应否向原告赔偿损失的问题。根据《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第九十条“当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实，应当提供证据加以证明，但法律另有规定的除外。在作出判决前，当事人未能提供证据或者证据不足以证明其事实主张的，由负有举证证明责任的当事人承担不利的后果。”之规定，由于原告提供的讨薪工资及各种费用汇总表仅是其单方制作，并无相关证据印证，不足以证明被告未支付工程款给其造成了损失，且本案系因双方对工程造价的结算依据存在争议引发，并非被告故意拖欠原告工程尾款。故，原告提出因被告未支付工程款造成其损失要求赔偿的诉讼请求，无事实和法律依据，本院不予以支持。
综上所述，依照《中华人民共和国合同法》第八条、第六十条、第一百零九条，《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第九十条之规定，判决如下：
一、被告长顺县人民医院于本判决生效之日起十五日内支付原告都匀市第二建筑工程公司欠付工程款1545192.87元；
二、驳回原告都匀市第二建筑工程公司的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期限履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费54637.17元、鉴定费260000元，共计314637.17元，由原告都匀市第二建筑工程公司负担235977.17元；由被告长顺县人民医院负担78660元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于贵州省高级人民法院。
审 判 长 陆育义
审 判 员 莫玉魁
代理审判员 郑 晔
二〇一七年二月三日
书 记 员 李才福