重庆市高级人民法院
民 事 判 决 书
（2013）渝高法民提字第293号
再审申请人（一审原告、一审反诉被告、二审上诉人）：重庆曙光环保工程有限公司。
法定代表人：付廷祥，该公司总经理。
委托代理人：张思强，重庆百君律师事务所律师。
被申请人（一审被告、一审反诉原告、二审上诉人）：彭子能。
委托代理人：付剑波，重庆森吉律师事务所律师。
被申请人（一审被告、一审反诉原告、二审上诉人）：阮兴兵。
委托代理人：陶文昌，重庆洪宇律师事务所律师。
再审申请人重庆曙光环保工程有限公司（简称曙光公司）因与彭子能、阮兴兵合伙协议纠纷一案，不服重庆市第三中级人民法院（2012）渝三中法民终字第00549号民事判决，向本院提起再审申请。本院于2013年10月23日作出（2013）渝高法民申字第00510号民事裁定，提审本案。本院依法组成合议庭，公开开庭审理了本案。曙光公司法定代表人付廷祥及其委托代理人张思强，彭子能及其委托代理人付剑波，阮兴兵委托代理人陶文昌均到庭参加了诉讼，本案现已审理终结。
曙光公司一审向重庆市丰都县人民法院起诉称：由于阮兴兵在独立经营期间，未按照《合作经营补充协议》的约定向曙光公司缴纳成本费用及利润，经多次催收后仍拒绝履行，其行为已构成违约，失去继续履行《合作经营补充协议》的意义。至目前为止，阮兴兵尚欠曙光公司第一年度的成本、利润5万元，代缴的税费24493.87元。从2011年8月16日开始，阮兴兵明确拒绝按合同约定向曙光公司交纳成本、利润收益款，但又继续采砂。阮兴兵应向曙光公司缴纳自2011年8月16日起至2011年10月31日止的成本、利润收益款892219.17元［428.5万元÷365天×76天（8月16日-10月31日）＝892219.17元］。请求：1、判令阮兴兵补足差欠曙光公司第一年度的成本、利润收益款5万元；2、判令阮兴兵支付曙光公司采砂出让金成本、利润收益款1394816.71元（其中从2011年8月16日至2011年10月18日止的成本款876712.33元，2011年10月19日起至2011年11月13日止的一半的成本款356164.38元，自2011年11月14日到11月27日期间采砂10796吨的利润收益款161940元）；3、判令阮兴兵、彭子能二人均向曙光公司支付违约金50万元；4、判决解除曙光公司、阮兴兵、彭子能三人签订的《合作经营协议》及《合作经营补充协议》，确认阮兴兵、彭子能各占合作经营25%的股份份额全部归曙光公司所有。
阮兴兵、彭子能提起反诉称：曙光公司代表阮兴兵、彭子能竞买河砂开采权，所支付的全部费用由三方共同承担，该用益物权属合伙人共同所有。由于三方在《合作经营补充协议》中将河砂开采权交给阮兴兵一人经营，曙光公司在未参加经营的情况下直接收取经营利润，免除了其应当承担的风险责任，这违反了法律规定，该协议无效。在交纳第二年开采权出让金时，由于曙光公司强行要求阮兴兵、彭子能二人将款交给他们，阮兴兵、彭子能要求直接交给丰都县水务局，双方对此未能协商一致，阮兴兵、彭子能未实际付款系曙光公司违约所致。请求：1、确认《合作经营补充协议》无效；2、依法确认曙光公司与阮兴兵、彭子能于2010年6月29日所签订的《合作经营协议》合法有效，继续履行；3、曙光公司向阮兴兵、彭子能各承担违约金50万元；4、曙光公司向阮兴兵返还保证金50万元；5、依法确认阮兴兵、彭子能对以曙光公司之名义受让取得的砂石开采权分别享有25%份额。
重庆市丰都县人民法院一审审理查明：2010年6月24日，曙光公司报名参加了重庆市拍卖中心有限公司于2010年6月25日组织的重庆市河道砂石资源开采权拍卖，当日缴纳了竞买保证金300万元。同日，曙光公司通过竞标方式取得拍卖标的，并与丰都县水务局、重庆市拍卖中心有限公司签订了《砂石资源开采权出让成交确认书》。该成交确认书的主要内容为“……一、拍卖标的：赤溪河、麻坝、丰稳坝；以上三个采砂点整体拍卖；开采权出让期限：五年（从2010年7月1日至2015年6月30日，其中麻坝采砂点开采权出让期限为四年半，即从2011年1月1日至2015年6月30日）。二、砂石资源开采权总出让金：人民币2500万元；砂石资源开采权出让金采取一年一缴方式缴纳。买受人签订本《成交确认书》之日起3日内，按拍卖年成交价缴纳河道砂石资源首年开采权出让金后，取得中标河段砂石资源开采权。后四年须在每年6月30日前缴纳清次年出让金，并将价款打到丰都县水务局指定账户予以确认后，取得当年中标河段砂石资源开采权。三、履约保证金：人民币200万元；……四、安全保证金：人民币50万元……七、其他约定：……6、许可采砂期满，买受人全部履行了《重庆市河道砂石资源开采竞买（竞标）承诺书》且未发生安全责任事故，全部退还履约保证金和安全保证金。7、砂石资源开采权出让金不予退还。
2010年6月29日，曙光公司（甲方）与彭子能（乙方）、阮兴兵（丙方）签订了《合作经营协议》。该协议的主要内容：“……甲、乙、丙三方经过充分协商，就共同出资以甲方名义于2010年6月25日在重庆拍卖中心有限公司举行的拍卖会竞买的丰都县长江流域赤溪河、麻坝、丰稳坝三个采砂点开采权合作经营事项达成如下协议：一、合作经营期限五年，从本协议签订时起至甲方与丰都县水务局、重庆市拍卖中心有限公司签订的中标协议书（以下简称中标确认书）确定的开采权终止时间为止。二、甲方保证合作方式不违反重庆市拍卖中心有限公司就三个采砂点所发拍卖公告及竞买须知。三、合作经营各方的出资额：根据中标确认书，三方第一年出资额为1000万元，其中甲方出资额为500万元，即占股份50%，乙、丙的出资额各为250万元，各占股份25%。今后四年三个采砂点开采权出让金，甲、乙、丙三方按第一年的出资比例在成交确认书指定的时间缴纳。四、乙、丙两方第一年出资额共500万元，应于2010年6月30日之前汇入甲方账户，甲方应根据成交确认书指定的时间及方式缴款，并按成交确认书办理相关手续。……六、合作经营过程中的生产管理由甲、乙、丙三方共同负责，其中账务管理由甲方负责出纳、丙方负责会计、乙方监督签字。若合作经营期间，甲、乙、丙三方产生争议，按少数服从多数的原则执行，若三方意见不一致时，按甲方意见执行。八、……合作经营期间，向丰都县水务局缴纳的保证金作为三方共同财产（即甲方占50%，乙、丙各占25%。十一、甲、乙、丙三方任何一方违反协议，应付守约方每方违约金50万元，并承担由此造成的损失”。同年6月30日，曙光公司向重庆市拍卖中心有限公司缴纳了砂石资源开采权出让金500万元、拍卖佣金125万元、安全保证金50万元，履约保证金200万元，共计875万元（含拍卖时已支付的竞买保证金300万元）。曙光公司与彭子能、阮兴兵三方按《合作经营协议》共同从2010年7月1日经营至同年8月15日。同年8月16日，三方对共同经营期间的账务进行了结算，7月现金余额：160628.5元，8月账户余额：290585元，两月账户余额为：451213.5元。后三方对共同经营期间的盈余款进行了分配。同年8月15日，曙光公司（甲方）与彭子能（乙方）、阮兴兵（丙方）签订了《合作经营补充协议》。该协议的主要内容：现甲、乙、丙三方对原《合作经营协议》部分内容进行协商变更，三方经过充分协商达成如下补充协议：一、撤销原《合作经营协议》第六条，其内容变更为：1、合作经营过程中的生产管理由丙方负责，并自负盈亏。2、丙方每年给甲方缴纳本、利人民币428.5万元（每年9月15日前交535625元、10月15日前交535625元、11月15日前交535625元、12月15日前交535625元、次年1月15日前交535625元、2月15日前交535625元、3月15日前交535625元、4月15日前交535625元），每项款项丙方必须按时打到甲方指定账户（账户号：2701010120010008386）上……若丙方不交或逾期交纳则视为违约，按照原协议的约定承担违约责任。3、经营过程中应缴的税和费由丙方承担（缴纳营业税的营业额最低不得低于550万／年，丙方必须于税务机关及相关部门规定的纳税和缴费日之前五日内将应缴纳的税和费打到甲方指定的账户（账户号：2701010120010008386）上，甲、乙两方只承担缴纳所得税。4、…①丙方必须于2010年9月1日前打款人民币50万元到甲方公司账户上缴纳并保持安全保证金和履约保证金，逾期不交则视为违约，按照原协议的约定承担违约责任。……③合同期满后，该款项本金（不计息）必须无条件的退还给丙方。……6、每次应缴水务局沙石资源费500万元时，三方须按股份按时间上交，谁耽误造成损失，由该方负责赔偿所造成的损失；如一方逾期不交该款，由其中另一方缴纳该款，则未缴款一方的股份归付款方，同时未交款方须向其余两方承担违约金各人民币50万元。二、原《合作经营协议》第八条变更为：合作经营终止时，甲、乙、丙三方应就合作经营期间的共同财产及债务进行清理。向丰都县水务局缴纳的保证金作为三方的共同财产（即甲方占50%，乙、丙各占25%）。同年8月17日，三方达成了《合作经营周转资金结算协议》，协议载明：1、原三方共同出资所交出资额1000万元中，已付第一年出让金500万元、拍卖佣金125万元、履约保证金250万元，共计875万元，余剩125万元系三方共同出资的周转资金；2、现三方约定由阮兴兵经营，则周转资金125万元按三方出资比例退还，即曙光公司退回62.5万元、彭子能退回31.25万元、阮兴兵退回31.25万元；3、原三方出资所占股份不变等。同年9月2日，阮兴兵向曙光公司支付了保证金50万元。同年10月18日，曙光公司（乙方）与丰都县水务局（甲方）签订了《丰都县长江河道砂石资源开采权出让合同》。该合同的主要内容《砂石资源开采权出让成交确认书》的内容一致。阮兴兵在经营期间按《合作经营补充协议》的约定，共计向曙光公司支付了本、利423.5万元。
2011年8月15日，丰都县水务局作出了《关于长江河道采砂许可证换证的紧急通知》。该通知限曙光公司于2011年8月19日前到该局财务科缴纳竞买的长江河道丰都王家渡至兴义泥巴溪砂石资源开采权出让金500万元（第二年度）。2011年8月22日至9月15日期间，曙光公司法定代表人付廷祥与阮兴兵、彭子能之间为是否继续履行合作经营补充协议、第二年度采砂出让金的交纳时间、方式等发生纠纷。三方通过手机短信、函件、告知书等形式未能达成一致。2011年10月9日，曙光公司向丰都县水务局电汇了兴义至王家渡长江干流砂石资源第二年出让金500万元。一审中，曙光公司撤回要求“判令阮兴兵支付曙光公司为其代缴的2011年8月税款24493.87元”的诉讼请求，一审法院予以准许。长江航运公安局重庆分局丰都派出所、丰都县水务局出具的《情况说明》以及“兴舟吸砂1号”负责人姚小勇出具的书面证词均证实了阮兴兵在2011年11月以前，双方发生纠纷期间有采砂的行为。曙光公司、阮兴兵、彭子能三方现共有下列财产：履约保证金200万元、安全保证金50万元、阮兴兵于2010年9月2日向曙光公司缴纳的保证金50万元，共计300万元。阮兴兵认为因拍卖佣金125万元是三方共同出资的，应根据砂石资源开采权按五年进行分摊，即每年25万元，合同履行了一年，还有四年未履行，尚余100万元应当作为共同财产。三方当事人尚有争议的原三方共同出资所交出资额1000万元中，剩余的125万元应按《合作经营周转资金结算协议》退还，彭子能、阮兴兵要求曙光公司对是否按出资比例退还提交证据证明。
重庆市丰都县人民法院一审认为：曙光公司用其取得的“砂石开采权”与彭子能、阮兴兵以合作经营为目的而签订的《合作经营协议》，不违反法律、行政法规的“效力性强制性规定”，具有法律效力，应当受到法律保护，合同当事人均应当履行各自义务。2010年8月15日，曙光公司与彭子能、阮兴兵通过签订《合作经营补充协议》将曙光公司所获得的砂石开采权交给阮兴兵独立经营，违反了《中华人民共和国矿产资源法》第六条“采矿权转让必须经依法批准，转让的具体办法由国务院制定”以及《国务院探矿权采矿权转让管理办法》第十五条“以承包等方式擅自将采矿权转让给他人进行采矿的，由县级人民政府负责地质矿产管理工作的部门按照国务院地质矿产主管部门的权限，责令改正，没收违法所得，处10万元以下罚款；情节严重的，由原发证机关吊销采矿许可证”的规定，该协议规避了“经依法批准”才能转让采矿权的条件，同时该协议因违反了合伙成员应当共负盈亏，共担风险的原则，该协议无效。《合作经营补充协议》无效，系曙光公司与彭子能、阮兴兵的混合过错所致，曙光公司与彭子能、阮兴兵三方各自承担相应的责任。曙光公司与彭子能、阮兴兵三方已经按照《合作经营补充协议》履行的部分不再清退或补偿；未履行的部分亦不再履行。由于曙光公司明确表示不愿意继续履行《合作经营协议》，继续履行该协议已无可能，故依法应当予以解除。在《合作经营协议》解除后，曙光公司应给予彭子能、阮兴兵适当补偿。考虑合作协议履行期间的利润收益、余剩的经营年限、以及合作经营协议约定的违约金等因素，同时考虑曙光公司在三方发生纠纷期间未能正常采砂已造成损失不再另行补偿等综合因素，酌定由曙光公司向彭子能、阮兴兵各补偿20万元。从查明的事实看，曙光公司与彭子能、阮兴兵在合作经营期间未作清算处理的共同财产有：履约保证金200万元、安全保证金50万元、拍卖佣金（向拍卖公司缴纳125万元，应当按照矿产权的开采期限五年进行分摊计算，每年为25万元。因三方共同经营一年，尚余四年，共计100万元）100万元，三项合计350万元。按照三方各自的投资比例计算，曙光公司占投资比例的50%，应当分得175万元；彭子能、阮兴兵各占投资比例的25%，彭子能、阮兴兵各应分得87.5万元，应当由曙光公司向彭子能、阮兴兵支付。对于三方共同出资1000万元中尚余的125万元，应按《合作经营周转资金结算协议》退还的问题，因三方当事人已作结算，三方当事人均未提出该款项应列入共同财产的主张，故该款项不应列入共同财产进行处理。阮兴兵独立经营时向曙光公司缴纳的安全保证金50万元，曙光公司应当退还阮兴兵。依照《中华人民共和国合同法》第五条、第九十四条第（二）项、第九十七条、第九十八条、《中华人民共和国矿产资源法》第六条、《国务院探矿权采矿权转让管理办法》第十五条之规定并经本院审判委员会讨论，判决：一、曙光公司与阮兴兵、彭子能于2010年8月15日签订的《合作经营补充协议》无效；二、解除曙光公司与阮兴兵、彭子能于2010年6月29日签订的《合作经营协议》；三、曙光公司应退还彭子能87.5万元；四、曙光公司应退还阮兴兵137.5万元；五、曙光公司向阮兴兵、彭子能各补偿20万元；六、驳回曙光公司的其他诉讼请求；七、驳回彭子能、阮兴兵的其他反诉请求。上列款项在判决发生法律效力后10日内给付。如未按照判决指定的期间履行金钱给付义务，则应当按照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百二十九条的规定，加倍支付迟延期间的债务利息。并决定一审案件受理费26848元，反诉案件受理费13800元，共计40648元，由曙光公司负担20324元，阮兴兵、彭子能各负担10162元。
曙光公司不服一审判决，向重庆市第三中级法院提起上诉称：请求撤销原判，改判支持其一审诉讼请求。1、《合作经营补充协议》并不是将开采权交给阮兴兵个人承包经营的协议，仅仅是合伙三方当事人对具体采砂事务的分工合作；《矿产资源法》第六条及《国务院探矿权采矿权转让管理办法》第十五条属管理性规定，不属于合同效力性规定，一审判决适用以上行政法规认定《合作经营补充协议》无效，适用法律错误；一审判决以《合作经营补充协议》违反合作成员之间共负盈亏、共担风险的原则认定该协议无效，没有相应的法律依据。2、一审判决认定已支付给拍卖公司的拍卖佣金125万元，支付给丰都县水务局的履约保证金200万元、安全保证金50万元属于曙光公司与彭子能、阮兴兵的合伙共同财产错误，在双方当事人均没有请求的情况下，判决曙光公司退还阮兴兵137.5万元、彭子能87.5万元以及由曙光公司补偿彭子能、阮兴兵各20万元违反不告不理的诉讼原则，审判程序违法。3、曙光公司已在一审举示了充分证据证明阮兴兵拒绝按照《合作经营补充协议》约定向曙光公司支付其余经营成本费5万元，彭子能、阮兴兵二人拒绝按照《合作经营协议》规定的时限支付每年度的开采权出让金250万元，这充分证明了彭子能、阮兴兵二人不愿继续履行《合作经营协议》，二人应当依法承担违约责任及赔偿责任。一审法院却未按《合作经营补充协议》的约定判决由彭子能、阮兴兵各支付违约金50万元，适用法律不当。由于阮兴兵在个人单独经营的期限届满后继续采砂，实际使用了开采权，基于公平原则，其应当分摊从2011年8月16日起至同年10月18日单独开采期间的开采出让金876712.33元，分摊2011年10月19日至同年11月13日期间的开采出让金356164.38万元。4、按照《合作经营补充协议》第一条第6项“每次应缴水务局砂石资源费500万元时，三方须按照股份在规定时间内上交，谁耽误造成损失，由该方负责赔偿所造成的损失；如一方逾期不交该款，由其中另一方缴纳该款，则未缴款一方的股份归付款方，同时未交款方须向其余两方各承担违约金50万元”的约定，由于阮兴兵、彭子能均没有缴纳125万元开采权出让金，曙光公司迫不得已才向丰都县水务局全额缴纳了500万元，因此，阮兴兵、彭子能各自所占的经营股份25%就应当归曙光公司所有。
阮兴兵、彭子能亦不服一审判决，提起上诉称：请求维持原判第一项，撤销原判第二、三、四、五、六、七项，改判继续履行《合作经营协议》或解除《合作经营补充协议》，由曙光公司向阮兴兵、彭子能各支付违约金50万元，赔偿二人在剩余四年期间可得利益损失各320万元。1、一审判决在认定《合作经营协议》有效的基础上，又基于曙光公司单方表示不再履行协议的事实判决解除该协议，应当认定曙光公司对解除合同存在违约行为，但一审判决未确认由曙光公司按照协议约定向阮兴兵、彭子能支付违约金50万元适用法律不当。2、一审法院既然认定《合作经营补充协议》无效，按照合同法第58条的规定，合同无效后，因该合同取得的财产应当予以返还，但一审判决未将曙光公司依据该合同所收取的428.5万元返还给阮兴兵，在支付相应的成本费用后，按照三方合伙人出资比例进行分配。一审判决确认三方已经按照该协议履行的部分不再清退，未履行的部分不再履行的判项，违反法律规定。3、由于《合作经营协议》系因曙光公司的单方原因解除，则曙光公司应当赔偿彭子能、阮兴兵在剩余四年的可得利益损失。参与曙光公司在阮兴兵单独经营第一年所获得的收益160万元，则彭子能、阮兴兵预期每年的收益为80万元／人，曙光公司应分别向阮兴兵、彭子能支付的预期利益损失320万元。
重庆市第三中级法院二审审理查明：2011年8月22日，曙光公司法定代表人付廷祥用自己的手机分别给阮兴兵、彭子能发短信，内容为“……按照我们所签协议约定，我们三方第二年出资总额（即应缴水务局出让金）500万元，你们各应出资125万元，并应于6月30日前汇入我的账户，然后加上我的出资额250万元划给水务局。之前我多次通知你们及时缴纳出资，以便我及时向水务局划款，可是你们至今未缴纳出资。现再次短信通知你们，请务必于本月底前缴付，否则，造成损失后果自负。”同年9月13日，曙光公司以邮政特快专递方式给彭子能、阮兴兵发函要求二人及时缴纳出资款，并要求于当月15日前将各自应缴纳的款项付至曙光公司银行账户，且写明了开户银行，账号，告知逾期不支付，视为终止并解除合作关系，由曙光公司独立经营。同月15日，彭子能、阮兴兵给丰都县水务局送达《告知书》，内容为“……现因合伙人对将出让金通过曙光公司缴至贵局有不同意见，因此，特通知贵局请在需缴纳第二年时通知我，将我应缴纳的部分直接缴于你处。”二审法院查明的其他事实与一审法院查明的事实相同。
重庆市第三中级法院二审认为：曙光公司在依法获得砂石开采权后，根据自身经营需要，以签订《合作经营协议》的方式与阮兴兵、彭子能共同出资合伙经营，该经营方式并未违反法律、行政法规的强制性规定，合法有效。三方当事人其后签订的《合作经营补充协议》，虽系当事人的真实意思表示，但其主要内容为将以曙光公司获得的砂石开采权承包给阮兴兵经营，曙光公司、彭子能在未参与经营的情况下分配利润，属变相将砂石开采权进行了承包，这违反了《矿产资源法》第六条及《国务院探矿权采矿权转让管理办法》第十五条规定，三方当事人所签订的《合作经营补充协议》无效。合同无效后，按照法律规定，依据该合同所取得的财产应当返还。但由于阮兴兵无法提供完整、真实的经营财务资料，无法核实其经营状况，加之阮兴兵已实际使用了砂石开采权，双方无法进行返还，故曙光公司依据该协议所获得的423.5万元应视为因合同无效给其造成的损失，该损失应由阮兴兵给予赔偿。故对彭子能、阮兴兵要求曙光公司返还所获得的423.5万元收益的请求不予支持。彭子能、阮兴兵之间就履行该补充协议所产生的法律关系，因二人有其他约定，且未进入诉讼，本院不予审查。
按照曙光公司与丰都县水务局签订的《丰都县长江河道砂石资源开采权出让合同》的约定“曙光公司须在每年6月30日前缴纳清次年出让金，并将价款打到丰都县水务局指定账户予以确认后，取得当年中标河段砂石资源开采权”，但由于曙光公司、彭子能、阮兴兵对在履行《合作经营协议》以及《合作经营补充协议》存在争议，未能按期缴纳砂石开采出让金。为此，丰都县水务局于同年8月15日以书面通知方式通知曙光公司及时缴纳，其后曙光公司亦通过手机短信、信函等方式多次通知彭子能、阮兴兵及时缴纳，但彭子能、阮兴兵以直接向丰都县水务局缴纳为由，一直拒绝缴纳。曙光公司为保全自己的重大利益不受损失，最终于2011年10月9月向丰都县水务局支付了第二年度开采出让金500万元。彭子能、阮兴后的上述履行行为，导致三方当事人已无法继续履行《合作经营协议》，故对曙光公司要求解除《合作经营协议》的请求予以支持。在《合作经营协议》解除后，二人所享有的合伙份额应归曙光公司，即三人共同出资所获得的砂石开采权应归曙光公司单独所有。一审法院在基于合同解除原因，三方当事人造成合同解除的各自过错，阮兴兵在第一年单独开采期限届满后仍继续开采数月余应当分摊第二年度开采出让金，以及曙光公司现单独享有剩余四年开采权的诸多因素，运用自由裁量权判决确认由曙光公司支付给彭子能、阮兴兵各20万元并无不当，故对彭子能、阮兴兵各自要求曙光公司支付补偿金320万元的请求不予支持。由于彭子能、阮兴兵退出砂石开采经营后由曙光公司单独继续经营，三方共同向丰都县水务局支付的履约保证金200万元，安全保证金50万元即归曙光公司所有，但该部分财产属共同财产，则曙光公司应当将彭子能、阮兴兵享有份额予以退还，按照各自比例，彭子能、阮兴兵各享有62.5万元。至于三方当事人在拍卖竞得开采权时支付的拍卖佣金125万元，虽不是三方当事人的共同财产，但这系为五年砂石开采权支付的全部佣金，该部分费用应当在五年中分摊。由于彭子能、阮兴兵不再经营，故他们二人对剩余四年的拍卖佣金不应再分摊，这部分费用就由曙光公司单独承担。曙光公司应当将彭子能、阮兴兵多支付的佣金（125÷5×4×25%＝25万元）予以退还。阮兴兵在独立经营期间向曙光公司支付50万元履约保证金，因《合作经营补充协议》无效，故该保证金应由曙光公司予以退还。综上，曙光公司与彭子能、阮兴兵的上诉理由均不能成立，二审法院不予支持。一审判决认定事实清楚，适用法律并无不当，应予以维持。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百五十三条第一款第（一）项之规定，判决：驳回上诉，维持原判。
曙光公司向本院申请再审请求：1、依法撤销重庆市第三中级法院（2012）渝三中法民终字第549号民事判决书及重庆市丰都县人民法院（2011）丰法民初字第2132号民事判决书第一、三、四、五、六、七项，维持丰都县人民法院（2011）丰法民初字第2132号民事判决书第二项；2、改判由被申请人阮兴兵补足差欠曙光公司2010年8月16日到2011年8月15日期间的成本、利润收益款5万元；3、改判由阮兴兵支付曙光公司采砂出让金成本、利润收益款1394816.71元；4、改判由阮兴兵、彭子能向曙光公司各支付违约金50万元；5、改判确认阮兴兵、彭子能各占合作经营25%的股份份额全部归曙光公司；6、改判驳回阮兴兵、彭子能的反诉请求；7、一、二审诉讼费用由阮兴兵、彭子能承担。
被申请人阮兴兵、彭子能答辩：曙光公司的七项再审不申请均能成立，应依法驳回。
本院经再审审理查明：本院再审审理查明的事实与原审一、二审审理查明的事实一致，本院予以确认。
本院认为：关于一、二审判决认为《合作经营补充协议》无效是否属于法律适用错误的问题。根据《中华人民共和国矿产资源法》第六条“采矿权转让必须经依法批准，转让的具体办法由国务院制定”；《国务院探矿权采矿权转让管理办法》第十五条“以承包等方式擅自将采矿权转让给他人进行采矿的，由县级人民政府负责地质矿产管理工作的部门按照国务院地质矿产主管部门的权限，责令改正，没收违法所得，处10万元以下罚款；情节严重的，由原发证机关吊销采矿许可证”。《中华人民共和国矿产资源法》和《国务院探矿权采矿权转让管理办法》属于合同法第五十二条第五项规定的法律或行政法规，且从内容来看属于强制性规范。其不仅规定了采矿权承包的准入条件，还规定了违反该准入条件的强制性义务，属于强制性规范而非任意性规范。再审申请人提出应该适用《长江河道采砂条例》，该条例系水利部制定，属于部门规章，其效力应服从上位法。一、二审根据《中华人民共和国矿产资源法》和《国务院探矿权采矿权转让管理办法》判决《合作经营补充协议》无效不属于法律适用错误。
关于一、二审判决是否超出了诉讼请求的问题。一审判决的第三、四、五判项是以对《合作经营协议》的解除以及对《合作经营补充协议》认定无效为基础的。根据合同法第五十八条的规定：合同认定无效后，因该合同取得的财产应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方均有过错的，应当各自承担相应的责任。根据合同法第九十七条的规定：合同解除后，尚未履行的，终止履行；已经履行的，根据履行情况和合同性质，当事人可以要求恢复原状、采取其他补救措施并有权要求赔偿损失。一审法院在解除《合作经营协议》以及对认定《合作经营补充协议》无效后，根据曙光公司与彭子能、阮兴兵的混合过错以及曙光公司与彭子能、阮兴兵三方各自承担相应的责任，并综合考虑合作协议履行期间的利润收益、剩余的经营年限、以及合作经营协议约定的违约金等因素对合同解除后的后果进行公平处理，以达到彻底解决讼争和提高司法效率的目的，并不违反法律规定。
综上所述，原审二审判决事实清楚，证据充分，适用法律正确，依法应予维持。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百零七条、第一百七十条第一款第（一）项的规定，判决如下：
维持重庆市第三中级人民法院（2012）渝三中法民终字第549号判决书。
本判决为终审判决。
审 判 长 阎 强
审 判 员 宋汀汀
代理审判员 余 晨
二〇一四年十二月十六日
书 记 员 王皓骅