北京市西城区人民法院
民 事 判 决 书
（2017）京0102民初6564号
原告：菏泽市菏建劳务服务有限公司，住所地菏泽市牡丹区青年路9号。
法定代表人：牛银生，董事长。
委托诉讼代理人：邓洪杰，北京市恒顿律师事务所律师。
委托诉讼代理人：黄贤鲁，男，1986年7月27日出生，菏泽市菏建劳务服务有限公司施工队长。
被告：中铁三局集团有限公司，住所地山西省太原市迎泽大街269号。
法定代表人：刘宝龙，董事长。
委托诉讼代理人：彭玉龙，男，1986年12月8日出生，中铁三局集团有限公司法律顾问。
委托诉讼代理人：海胜，1972年3月11日出生，中铁三局集团有限公司项目经理。
原告菏泽市菏建劳务服务有限公司(以下简称：菏泽菏建公司)与被告中铁三局集团有限公司（以下简称：中铁三局公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院立案受理后，依法适用简易程序，公开开庭进行了审理。原告菏泽菏建公司委托诉讼代理人邓洪杰、黄贤鲁，被告中铁三局公司的委托诉讼代理人彭玉龙、海胜到庭参加了诉讼，本案现已审理终结。
原告菏泽菏建公司向本院提出诉讼请求：1.判令被告支付工程款4504434元；2.判令被告支付违约金6000元；3.判令被告以工程款本金4504434元为基数，按同期银行贷款利率支付自2014年12月28日起至实际付款之日止；4、判令被告以工程款本金1500000元为基数，按同期银行贷款利率支付自2014年12月28日起至2017年1月25日付款之日止的利息187500元；5.本案诉讼费由被告承担。
事实和理由：原告与被告围绕北京地铁7号线02合同段广安门内站工程，结合不同的施工内容，先后签订了六份《北京市房屋建筑和市政基础设施工程劳务分包合同》和五份增量协议，菏泽菏建公司依约完成了施工任务。根据菏泽菏建公司与中铁三局公司所签订的《北京市房屋建筑和市政基础设施工程劳务分包合同》约定，发包人、承包人应当在每月20日前对上月完成的劳务作业量及应支付的劳务分包合同价款予以书面确认，发包人在书面确认后5日内全额支付已确认的劳务分包价款。另外，该合同还约定，发包人不按约定向承包人支付分包合同价款的，除应向承包人支付违约金外，还应按同期银行利率向承包人支付利息。涉案工程已于2014年12月28日正式通车，但至今中铁三局公司仍未付清工程款，为便于计算，要求中铁三局公司自2014年12月28日正式通车之日起计付相应银行利息。在2015年12月20日，原告与被告签订了《合同封账协议》，进一步明确了中铁三局公司截至2015年12月20日尚欠工程款本金6004434元。后经菏泽菏建公司多次催要，中铁三局公司于2017年1月25日支付
1500000元，至今尚欠工程款本金4504434元，故诉至法院。
被告中铁三局公司辩称，不同意原告的诉讼请求，理由如下：一、双方结算时间为2015年12月20日，总价款为53053434元，截至当庭被告分次不定期向原告支付总价款为52773087.81元，因此原告请求被告支付利息的时间存在错误。二、被告根据合同没有违约金，被告在付款期间内不定期向原告支付履行付款义务，虽然双方约定付款时间，但双方实际关于验收结算的操作并没有按照合同严格执行，故被告依据双方竣工结算后在规定期限内履行付款义务。三、被告尚欠原告的28万余元，由山东省曹县人民法院（2017）鲁1721执315号执行裁定书要求我公司协助该扣留原告在被告的工程款28万元，我方现在不同意支付原告28万元，因为原告尚未向被告提供相应发票。另外，新疆工程项目中由被告代为支付款项，所以被告未将剩余130346.19元支付给原告。四、被告于2017年1月25日支付的150万元是因为双方就结算款项无法达成一致意见的情况下支付的，该笔款项逾期支付不是被告单方原因所致，原告不应向我方主张逾期付款利息。2014年12月28日，原告撤场的时候被告已支付了应付钱款，600万元是原告与被告协商调整的，封账协议虽然写的是质保金，但这是调整后的补差费。
本院经审理认定事实如下：2011年4月7日，中铁三局公司作为劳务作业发包人，菏泽菏建公司作为劳务分包承包人，双方签订《北京市房屋建筑和市政基础设施工程劳务分包合同》，约定工程名称北京地铁7号线工程土建施工02合同段广安门内站暗挖结构结构施工工程，约定承包人的分包范围为北京地铁7号线工程土建施工02合同段广安门站暗挖结构施工工程，约定合同价款总额998000元，合同价款采用固定合同价款方式计算。双方约定开工日期为2011年4月7日，但竣工日期未进行约定。双方在该合同专用条款中约定承包人委派的分包合同价款收取负责人为祝某（身份证号×××、职务：现场队长）。双方约定施工过程中，发包人、承包人应当在每月20日前对上月完成劳务作业量及应支付的劳务分包合同价款予以书面确认，书面确认时限自发包人收到承包人报送的书面资料之日起计算，最长不得超过3日。发包人书面确认后5日内全额支付已确认的劳务分包合同价款。后中铁三局公司作为发包人与承包人菏泽菏建公司签订了《增量协议》，约定将上述合同价款变更增加1500000元。
2011年4月11日，中铁三局公司作为发包人，菏泽菏建公司作为承包人，双方就北京市地铁7号线工程土建施工02合同段广安门站签订《北京市房屋建筑和市政基础设施工程劳务分包合同》，约定该合同分包范围北京市地铁7号线工程土建施工02合同段广安门站施工竖井施工、竖井挖土方、临时型钢支撑加工、安装、冠梁、挡墙、钢筋加工，并约定合同价款总额2480000元，合同价款采用固定合同价款方式计算，开工日期2011年4月11日，竣工日期为2012年9月30日，双方在该合同专用条款中约定承包人委派的分包合同价款收取负责人为祝某。双方约定施工过程中，发包人、承包人应当在每月20日前对上月完成劳务作业量及应支付的劳务分包合同价款以书面确认，书面确认时限自发包人收到承包人报送的书面资料之日起计算，最长不得超过3日。发包人书面确认后5日内全额支付已确认的劳务分包合同价款。发包人不按约定向承包人支付分包合同价款的，除应向承包人支付违约金2000元外，还应按同期银行利率向承包人支付利息；如该违约金不足以弥补承包人的损失，承包人可以要求发包人继续予以赔偿。
2011年4月11日，中铁三局公司作为发包人，菏泽菏建公司作为承包人，双方就北京市地铁7号线工程土建施工02合同段广安门站签订《北京市房屋建筑和市政基础设施工程劳务分包合同》，约定该合同分包范围北京市地铁7号线工程土建施工02合同段广安门站施工竖井施工、竖井挖土方、临时型钢支撑加工、安装、冠梁、挡墙、钢筋加工，并约定合同价款总额2490000元，合同价款采用固定合同价款方式计算，开工日期2011年4月11日，竣工日期为2012年9月30日，双方在该合同专用条款中约定承包人委派的分包合同价款收取负责人为祝某。双方约定施工过程中，发包人、承包人应当在每月20日前对上月完成劳务作业量及应支付的劳务分包合同价款以书面确认，书面确认时限自发包人收到承包人报送的书面资料之日起计算，最长不得超过3日。发包人书面确认后5日内全额支付已确认的劳务分包合同价款。后双方就该份合同签订《增量协议》，约定上述合同增加协议价款1500000元。
2011年12月31日，中铁三局公司作为发包人，菏泽菏建公司作为承包人，双方就北京市地铁7号线工程土建施工02合同段广安门站签订《北京市房屋建筑和市政基础设施工程劳务分包合同》，约定该合同分包范围北京市地铁7号线工程土建施工02合同段广安门站施工竖井施工、竖井挖土方、临时型钢支撑加工、安装、冠梁、挡墙、钢筋加工，并约定合同价款总额2490000元，合同价款采用固定合同价款方式计算，开工日期2011年12月31日，竣工日期为2012年12月31日。双方在该合同专用条款中约定承包人委派的分包合同价款收取负责人为祝某。双方约定施工过程中，发包人、承包人应当在每月20日前对上月完成劳务作业量及应支付的劳务分包合同价款以书面确认，书面确认时限自发包人收到承包人报送的书面资料之日起计算，最长不得超过3日。发包人书面确认后5日内全额支付已确认的劳务分包合同价款。后双方就该份合同签订《增量协议》，约定上述合同增加协议价款1500000元。双方在签订上述《增量协议》后，再次签订《增量协议》，约定：“发包人与承包人签订的原工程分包合同已在北京市建设工程专业劳务分包承包交易中心备案，合同价款399万元，……由于工程规模发生变化，目前建筑行业市场人工费、机械费用大幅度上涨，且现场实际施工过程中增加了部分二次倒运费用，间接造成了工程量增加（增量部分仍属于原合同范围之内）、施工难度大，经双方协商，现增量协议价款1000000元……同时，本协议竣工日期顺延为2014年12月28日。”
2012年8月29日，中铁三局公司作为发包人，菏泽菏建公司作为承包人，双方签订《北京市房屋建筑和市政基础设施工程劳务分包合同》，约定程名称为北京市地铁7号线工程土建施工02合同段广安门内站，承包人分包范围为北京地铁7号线工程土建施工02合同段广安门内站主体结构、附属结构、二次结构、地面亭结构等，约定合同价款8000000元，合同价款采用固定合同价款方式计算，开工日期2012年8月31日，竣工日期2013年12月31日。双方在该合同专用条款中约定承包人委派的分包合同价款收取负责人为祝某。双方约定施工过程中，发包人、承包人应当在每月20日前对上月完成劳务作业量及应支付的劳务分包合同价款以书面确认，书面确认时限自发包人收到承包人报送的书面资料之日起计算，最长不得超过3日。发包人书面确认后5日内全额支付已确认的劳务分包合同价款。发包人不按约定向承包人支付分包合同价款的，除应向承包人自付违约金1000元外，还应按同期银行利率向承包人支付利息；如该违约金不足以弥补承包人的损失，承包人可以要求发包人继续予以赔偿。后双方就上述合同签署《增量协议》，约定：“……由于工程规模发生变化，目前建筑行业市场人工费、机械费用大幅度上涨，且现场实际施工过程中增加了部分二次倒运费用，间接造成了工程量增加（增量部分仍属于原合同范围之内）、施工难度大，经双方协商，现增量协议价款4000000元……同时，本协议竣工日期顺延为2014年12月28日”。
2013年1月22日，中铁三局公司作为发包人，菏泽菏建公司作为承包人，双方签订《北京市房屋建筑和市政基础设施工程劳务分包合同》，约定工程名称为北京地铁7号线工程土建施工02合同段广安门内站附属工程。承包人分包合同内容为北京地铁7号线工程土建施工02合同段广安门内站附属结构2号出入口工程，约定合同价款总额8000000元，合同价款采用固定合同价款方式计算，开工日期为2013年2月15日，竣工日期为2014年2月15日。双方在该合同专用条款中约定承包人委派的分包合同价款收取负责人为祝某。双方约定施工过程中，发包人、承包人应当在每月20日前对上月完成劳务作业量及应支付的劳务分包合同价款以书面确认，书面确认时限自发包人收到承包人报送的书面资料之日起计算，最长不得超过3日。发包人书面确认后5日内全额支付已确认的劳务分包合同价款。发包人不按约定向承包人支付分包合同价款的，除应向承包人自付违约金2000元外，还应按同期银行利率向承包人支付利息；如该违约金不足以弥补承包人的损失，承包人可以要求发包人继续予以赔偿。后双方就上述合同签署《增量协议》，约定：“……由于工程规模发生变化，目前建筑行业市场人工费、机械费用大幅度上涨，且现场实际施工过程中增加了部分二次倒运费用，间接造成了工程量增加（增量部分仍属于原合同范围之内）、施工难度大，经双方协商，现增量协议价款4000000元……同时，本协议竣工日期顺延为2014年12月28日”。
2015年12月20日，中铁公司作为劳务作业发包人，菏泽菏建公司作为劳务作业承办人，双方签订《合同封账协议》，约定：“根据编号为《北京地铁7号线02标机械设备租赁》的合同，乙方所承建甲方的工程已于2015年12月20日全部决算完毕，工程决算总价人民币伍仟叁佰零伍万叁仟肆佰叁拾肆元整（￥53053434.00）。甲方已支付价款（大写）：肆仟柒佰零肆万玖仟元整（￥47049000.00），按合同规定留工程质量保证金（大写）：陆佰万肆仟肆佰叁拾肆元整（￥6004434.00），经双方核实，所清算的工程数量、单价、总价皆清楚无误，双方对工程决算无任何异议，不存在其他遗留问题……”。
2017年1月25日，中铁三局公司向菏泽菏建公司名下中国光大银行的账户中转款1500000元。
原告菏泽菏建公司向本院提出诉讼请求：1.判令被告支付工程款4504434元；2.判令被告支付违约金6000元；3.判令被告以工程款本金4504434元为基数，按同期银行贷款利率支付自2014年12月28日起至实际付款之日止；4、判令被告以工程款本金1500000元为基数，按同期银行贷款利率支付自2014年12月28日期至2017年1月25日付款之日止的利息187500元；5.本案诉讼费由被告承担。被告中铁三局公司以其答辩意见不同意原告菏泽菏建公司的上述请求。经询，菏泽菏建公司表示其所主张的工程款即双方《合同封账协议》中质保金剩余款项。
另查，一、庭审中，中铁三局公司为证明其在其他工程中向菏泽菏建公司多付款70万元的情况向本院提交付款凭证、收据（收款单位处印章印文为“菏泽市菏建劳务服务有限公司财务专用章（京）”）、《菏泽菏建劳务服务有限公司结算说明》及《菏泽菏建结算汇总》。菏泽菏建公司不认可上述70万元的付款凭证，认为祝某在其公司没有职务，付款凭证的财务专用章并非其公司的财务用章，该公章系伪造，且菏泽菏建公司除对涉案的地铁7号线02合同段进行施工外，还有北京地铁6号线西延的2标段及位于通州的六号线一期及二期项目，该款项与本案无关；菏泽菏建公司对于《菏泽菏建劳务服务有限公司结算说明》及《菏泽菏建结算汇总》上盖章均不予认可，并主张没有办理过该工程的结算。同时，菏泽菏建公司提交《关于劳务费支付与支付方式的函》两份、《关于结算和付款手续来往的函》及《关于工程结算和付款手续往来的函》及祝某于2016年5月25日出具的《承诺书》，载明：“我承诺本人私刻菏泽菏建劳务服务有限公司公章，由此公章出具所有文件及借据，结算清单等事项，祝某自愿承担责任。与菏泽市菏建劳务服务有限公司无任何关系”，证明菏泽菏建公司要求中铁三局支付款项的情况及祝某私刻公司公章，我公司发现予以收回。中铁三局公司对于函件的真实性认可，但主张没有收到上述函件，对于祝某出具承诺的真实性、合法性、关联性均不予认可。
二、庭审中，中铁三局公司为证明其代菏泽菏建公司支付民事判决书的款项3674087.81元，提交了（2016）新0104民初718号民事判决书、2016年4月25日的协议书、指定收款账户确认函。菏泽菏建公司不认可该份判决书，认为该判决系在菏泽菏建公司未出庭的情况下作出，正处于申诉阶段，且中铁三局公司付款条件尚未成就；对于协议书上的公章不认可，不是菏泽菏建公司加盖的，祝某没有签订上述协议的权力，付款凭证公章也不是菏泽菏建公司的，该款项没有进入菏泽菏建公司。
三、庭审中，中铁三局公司为证明法院扣留菏泽荷建公司的工程款28万元，提供了山东省曹县人民法院（2017）鲁1721执315号执行裁定书；菏泽荷建公司认可真实性，但对扣留上述款项不予认可。诉讼过程中，中铁三局公司提交中铁三局公司第四工程有限公司的《说明》，证明上述工程款及质保金权利人为中铁三局公司，菏泽荷建公司对上述《说明》表示认可。后菏泽荷建公司提交山东省曹县人民法院于2017年7月26日出具的（2017）鲁1721执315号执行裁定书，裁定终结该次执行程序，证明中铁三局无权扣留上述款项。经本院核查，山东省曹县人民法院于2017年11月13日出具（2017）鲁1721执315号执行裁定书，裁定冻结菏泽菏建公司在中铁三局第四工程有限公司的工程款及质保金收入4504434元。
四、庭审中，菏泽菏建公司为证明2016年4月25日《协议书》上加盖的“菏泽市菏建劳务服务有限公司（京）”字样的印章并非菏泽菏建公司公章加盖，申请对该印章与双方开庭时确认的《增量协议》及《合同封账协议》中的公章、2016年5月25日祝某出具的《承诺书》中的公章是否为同一公章加盖进行鉴定。经本院委托，北京明正司法鉴定中心于2017年6月5日出具京正[2017]文鉴字第138号司法鉴定意见书，鉴定意见为2016年4月25日《协议书》上加盖的印文与上述《增量协议》及《合同封账协议》中的公章不是同一枚印章盖印形成，2016年4月25日《协议书》上加盖的印文与2016年5月25日祝某出具的《承诺书》中的印文为同一枚印章盖印形成。中铁三局公司为证明菏泽菏建公司及祝某多次使用2016年4月25日《协议书》上加盖的“菏泽市菏建劳务服务有限公司（京）”字样的印章，申请将该印章印文作为检材与样本一“2013年10月30日《计量支付月报》”的印文、样本二“2013年1月3日《补充协议（钢管柱安装、综合接地）》（第3页）”、样本三“2013年12月13日《北京地铁6号线一期一标菏泽市菏建结算说明》（第3页）”、样本四“2011年3月23日《法人委托书》”印章中带有“菏泽市菏建劳务服务有限公司（京）”的印文进行比对，确认检材与上述样本是否为同一枚印章盖印。经本院委托，法大法庭科学技术鉴定研究所于2017年9月8日出具法大[2017]物鉴字第215号司法鉴定意见书，鉴定意见为检材中的“菏泽市菏建劳务服务有限公司（京）”印章印文与样本一、二、四中的“菏泽市菏建劳务服务有限公司（京）”印章印文不是同一枚印章盖印；检材中的“菏泽市菏建劳务服务有限公司（京）”印章印文与样本三中的“菏泽市菏建劳务服务有限公司（京）”印章印文是同一枚印章盖印。
五、庭审中，菏泽菏建公司申请祝某出庭，说明祝某私刻公章并使用的情况，祝某称：“双方在一期施工时并没有书面合同，在一期没有做过确认。在一期给我付了240多万元，在做完封账协议后到2017年1月20几号我们去要钱才扣的70万元，但一期我们没有做过确认”、“367万元是新疆乌鲁木齐的钱……在中铁三局施压下我在三方协议上签字并盖章，但是中铁三局让我刻的章，是2016年4月24日刻的，我只刻了这么一个章，没有私刻其他公章”、“2016年1月26日所签的协议这些钱用的广安门的钱支付”、“对于结算书我不清楚，加上2012年1月21日（70万元）对方支付我六号线一期项目款项与结算说明书的款项一致，但双方没有履行结算手续”、“被告刚才提交的具有收据的付款凭证及拨款申请单上的盖章都是我私刻的盖章，我用私刻的印章是乌鲁木齐和中铁三局的三方协议及所涉该笔款项的申请单上使用的私刻印章，其余均为公司印章”。祝某的上述证言中关于其私刻公章的原因称为中铁三局公司施压所刻，与其在2016年5月25日自行出具的《承诺书》存在矛盾；祝某对于其私刻公章仅私刻一枚，系其上述《承诺书》所显示的印章印文，但其又认可在2012年1月其收取70万元所出具收据中的印章为其私刻，但该印章印文为“菏泽市菏建劳务服务有限公司财务专用章（京）”，与其承诺书印章印文并不一致；祝某称其私刻印章使用文件为2016年4月25日《协议书》及该协议书所涉款项的拨款申请单，但经鉴定，2016年4月25日《协议书》中“菏泽市菏建劳务服务有限公司（京）”印章印文与2013年12月13日《北京地铁6号线一期一标菏泽市菏建结算说明》第三页中“菏泽市菏建劳务服务有限公司（京）”印章印文系同一盖章形成，结合上述情形，本院对祝某证人证言中关于私刻公章的原因及使用私刻公章所涉文件材料的证言不予采信。
再查，2017年3月14日，北京市第一中级人民法院受理菏泽菏建公司因与张明李、中铁三局公司建设工程合同纠纷的上诉案件，并于2017年4月25日出具（2017）京01民终2687号民事判决书，其中经本院核实，北京市第一中级人民法院出具的（2017）京01民终2687号民事判决书中载明：“……一审法院认定事实：北京地铁6号线西延2标项目位于北京市海淀区田村……就拖欠工程款数额及支付问题，在2016年1月26日，菏建公司（甲方）与张明李班组、郭龙震班组、邓加平班组、朱光富班组（乙方）及丙方中铁三局集团有限公司北京地铁6号线西延02标项目经理部签订《协议书》，约定：……经友好协商，甲乙丙三方达成一致协议如下：……二、授权代理人祝某同意在2016年春节前，将中铁三局其他项目为甲方拨付资金总额的75%用来支付张明李班组、邓加平班组、朱光富班组的工序费用。三、授权代理人祝某同意在2016年春节后，将中铁三局其他项目每次为甲方拨付资金总额的75%用来支付张明李班组、郭龙震班组、邓加平班组、朱光富班组的工序费用……七、上述约定中提到的中铁三局其他项目为中铁三局集团有限公司北京地铁6号线西延02标项目经理部以外的与甲方菏建公司存在合同关系的中铁三局项目部。甲方由祝某签字、菏建公司盖章……二审中，中铁三局和菏建公司均认可，2016年4月26日，中铁三局依据新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市新市区人民法院（2016）新0104民初718号民事判决，代菏建公司向新市区百园路明嘉建筑设备租赁站支付3674087.81元……本院查明的其他事实与原审法院查明的事实一致，本院予以确认。本院认为……三方协议签订后，中铁三局给付菏建公司款项共计420万元，并代为支付了菏建公司拖欠新市区百园路明嘉建筑设备租赁站支付3674087.81元。按照三方《协议书》约定的比例，上述款项足以供菏建公司将欠付张明李、朱光富、邓加平、郭龙震等班组的工程款支付完毕。但菏建公司未按《协议书》约定支付相应款项，故一审法院判决菏建公司支付欠付的工程款是正确的，本院予以维持……”。
本院认为：行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后，仍实施代理行为，相对人有理由相信行为人有代理权的，代理行为有效。当事人互负到期债务，该债务的标的物种类、品质相同的，任何一方可以将自己的债务与对方的债务抵消。当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或反驳对方诉讼请求所依据的事实，应当提供证据加以证明。在作出判决前，当事人未能提供证据或者证据不足以证明其事实主张的，由负有举证证明责任的当事人承担不利后果。
本案中，中铁三局公司与菏泽菏建公司就北京地铁7号线工程土建施工02合同段广安门内站相关工程先后签订了六份《北京市房屋建筑和市政基础设施工程劳务分包合同》及六份《增量协议》，均系双方当事人真实意思表示，未违反法律、行政法规的强制性规定，应属有效合同。双方于2015年12月20日签订《合同封账协议》，确认菏泽菏建公司所承建的工程已于2015年12月20日全部决算完毕，工程决算总价款53053434元，中铁三局公司已支付47049000元，中铁三局公司按照合同规定留工程质保金6004434元。菏泽菏建公司所主张的剩余工程款应为中铁三局尚未返还的质保金。
因中铁三局公司所提交的2013年12月13日《北京地铁6号线一期一标菏泽市菏建结算说明》中的《菏泽菏建结算汇总》载明该项工程其实际付款金额多支付了700000元，中铁三局公司主张在该案所涉项目中抵销，本院对其该项抗辩意见予以采纳。菏泽菏建公司虽主张该结算说明并非其公司公章所加盖，但经鉴定《菏泽菏建结算汇总》上的“菏泽市菏建劳务服务有限公司（京）”印章印文与祝某《承诺书》中自认私刻的公章印文一致，故应当认定该印章为祝某所盖。根据中铁三局公司与菏泽菏建公司签订的劳务分包合同中关于祝某劳务分包负责人的身份及其职责、权限等约定，结合祝某在工程实际施工过程中的具体工作，足以认定祝某系菏泽菏建公司的的合法代理人，有权代表菏泽菏建公司办理包括合同价款的结算和领取等在内的相关工作，其后果应由菏泽菏建公司承担。因此，菏泽菏建公司仅以该印章并非公司印章且未收到上述款项而不同意抵扣的意见，本院不予支持。
中铁三局公司主张代菏泽菏建公司向新疆新市区百园路明嘉建筑设备租赁站支付3674087.81元并要求抵扣的意见，菏泽菏建公司虽在本案中不认可2016年4月25日《协议书》中的“菏泽市菏建劳务服务有限公司（京）”印章印文，但菏泽菏建公司在（2017）京01民终2687号民事案件中认可中铁三局公司上述代付事实，且该协议书虽为祝某使用私刻印章签订，但菏泽菏建公司提交证据不足以证明其在该份协议签订前已向中铁三局公司告知祝某私刻公章事宜；另，结合祝某在涉案工程中的身份、职责、权限及祝某的盖印“菏泽市菏建劳务服务有限公司（京）”印章的行为，中铁三局有理由相信祝某有代理权，故其后果应由菏泽菏建公司承担。因前诉案件中载明菏泽菏建公司支付实际施工人的款项为“中铁三局集团有限公司北京地铁6号线西延02标项目经理部以外的甲方菏建公司存在合同关系的中铁三局项目部”支付的款项，中铁三局公司在本案中明确其所代付该款项为涉案工程款项，故本院对中铁三局公司要求抵扣该部分款项的意见予以采纳。
因中铁三局公司已于2017年1月25日退还菏泽菏建公司质保金1500000元，结合上述两项抵扣款项，中铁三局公司尚应退还菏泽菏建公司130346.19元。另因，山东省曹县人民法院（2017）鲁1721执315号执行裁定书要求中铁三局公司扣留菏泽荷建公司在中铁三局公司工程款及质保金收入280000元，但之后山东省曹县人民法院亦出具裁定终止执行，故中铁三局应当退还菏泽菏建公司剩余质保金130346.19元。
对于菏泽菏建公司要求中铁三局公司支付违约金的诉讼请求，因双方对退还质保金未做明确约定，菏泽菏建公司所主张违约金依据并不当然适用质保金退还的情况，故本院对于菏泽菏建公司要求中铁三局公司支付违约金的诉讼请求不予支持。
对于菏泽菏建公司要求中铁三局公司赔偿逾期支付款项利息的诉讼请求，因双方在签订《合同封账协议》后，发生以涉案工程款代付菏泽菏建公司其他工程款等事宜，双方对抵扣事宜存在争议，故双方对最终的剩余退还质保金款项未达成一致，结合证人祝某陈述其向中铁三局公司主张款项的时间以及中铁三局公司返还质保金的时间，本院对菏泽菏建公司要求支付工程款利息的诉讼请求不予支持。
综上所述，根据《中华人民共和国民法总则》第一百七十二条、《中华人民共和国合同法》第八条、第九十九条，《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第九十条之规定，判决如下：
一、自本判决生效之日起七日内，中铁三局集团有限公司返还菏泽市菏建劳务服务有限公司工程质保金130346.19元。
二、驳回菏泽市菏建劳务服务有限公司的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费24340元，由菏泽市菏建劳务服务有限
公司负担23665元（已交纳），由中铁三局集团有限公司负担675元（于本判决生效之日起七日内交纳）。鉴定费67700元，其中由菏泽市菏建劳务服务有限公司负担49700（已交纳43800元，剩余5900元，于本判决生效后七日内交纳），由中铁三局集团有限公司负担18000元（已交纳）。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，交纳上诉案件受理费，上诉于北京市第二中级人民法院。如在上诉期满后七日内未交纳上诉案件受理费的，按自动撤回上诉处理。
代理审判员 徐澜涛
二〇一八年四月十八日
书 记 员 郭莹莹
书 记 员 姜 洁