广西壮族自治区百色市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2014）百民再字第13号
申请再审人（一审原告、反诉被告；二审上诉人）广西建工集团第一建筑工程有限责任公司，住所地南宁市衡阳东路1号。
法定代表人钟逢颂，该公司董事长。
委托代理人韦显相，广西建工集团第一建筑工程有限责任公司直属分公司职工。
委托代理人赵善红，南宁竭诚法律事务所法律工作者。
被申请人（一审被告、反诉原告；二审被上诉人）广西恒升集团有限公司，住所地百色市新兴路体育广场南侧。
法定代表人丁俊杰，该公司董事长。
委托代理人覃晓晗，该公司法律顾问。
一审第三人黄飞，男，1968年7月26日出生。
申请再审人广西建工集团第一建筑工程有限责任公司（以下简称一建公司）与被申请人广西恒升集团有限公司建设工程施工合同纠纷一案，原经百色市右江区人民法院审理作出（2011）右民二初字第137号民事判决。一建公司不服，上诉至本院，本院经审理作出（2013）百中民一终字第202号民事判决，该判决已经发生法律效力。一建公司向广西壮族自治区高级人民法院申请再审后，广西高院作出（2014）桂民申字第94号民事裁定，裁定指令本院再审本案。本院依法另行组成合议庭，公开开庭审理了本案。一建公司委托代理人韦显相、赵善红，广西恒升集团有限公司委托代理人覃晓晗，原审第三人黄飞到庭参加诉讼。本案现已审理完毕。
一建公司于2011年7月7日起诉至一审法院称，原、被告双方于2008年5月7日签订建设工程施工合同，由原告以包工包料方式承包被告水岸花园6号公寓楼的施工。合同约定，发包人收到承包人递交的工程竣工结算报告及结算资料之日起28天内进行审核，给予承包人确认，逾期确认无果的，视为同意承包人的该工程竣工结算报告。合同签订后，原告如约履行了合同义务，2010年9月30日该工程竣工并经验收合格。由于被告怠于与原告结算，2010年12月7日，原告向其送达《百色市恒升、水岸花园6#公寓楼工程结算造价汇总表》，其工程造价合计18514804.48元。被告收到结算报告后，既未与原告结算，亦未对原告提交的结算资料提出异议。根据双方合同约定，按照工程总价下浮2%并扣除2%的工程保修金作为工程结算款，扣除被告代扣代缴的税费及原告的合作人黄飞已领款项，被告尚欠原告工程款3015404.4元。被告在该项工程施工过程中多处存在违约行为，其中不按时支付工程进度款产生的违约金1528887.3元，因被告原因导致的停工损失661453.47元，逾期支付工程款产生的违约金214052.24元，三项共计2404392.9元。故被告尚欠原告工程款及违约金合计5419797.3元。经催缴未果，诉请判令被告支付该款项。
被告广西恒升集团有限公司答辩及反诉称，2008年5月到10月间，原、被告双方签订了《建设工程施工合同》及《补充协议》、《补充协议二》，由反诉被告承建反诉原告开发的水岸花园6号公寓楼。该工程于2010年9月30日竣工并验收合格。收到原告提交的结算材料后，被告多次通过电话、面谈、邮件往来等方式对原告提交的结算材料提出异议，并于2011年1月19日向原告提交核对后的结算书，工程造价为14050083.56元。被告尚欠原告的违约金1140935.72元，故应付的工程款及违约金共计15191019.28元。被告已向原告预支款项17051997元，超额预支1860977.72元。故被告反诉请求判令原告返还1860977.72元。
百色市右江区人民法院（2011）右民二初字第137号民事判决认定，2008年5月7日，原、被告双方签订《建设工程施工合同》，由原告以包工包料的方式承包被告水岸花园6号公寓楼的施工，合同约定发包人不按约支付进度款则按日万分之四向承包人支付违约金。2008年5月8日，双方签订《补充协议》，约定按合同规定计算得出的结算总价下浮4%作为结算款，结算款从双方在审定结算书上签字盖章之日起，在一个月内付清余款。同年10月9日，双方签订《补充协议二》，约定按合同规定计算得出的结算总价下浮2%作为结算款，结算款从双方在审定结算书上签字盖章之日起，在一个月内付清；发包人不能按时支付工程进度款的，按日千分之一支付违约金；因发包人原因导致的停工给承包人造成的损失，由发包人按每人每天50元支付工人误工费。上述合同及补充协议签订后，原告按合同及补充协议履行了相应义务，该工程于2010年9月30日竣工并验收合格。2010年12月7日，原告向被告送达《百色市恒升、水岸花园6#公寓楼工程结算造价汇总表》，工程造价合计18514804.48元。被告收到结算材料后，怠于与原告结算，原告催款无果成讼。
另查明，截止2011年7月，被告已向原告支付款项19499997元，其中含工程款15399997元（包含原告质证时认为虽然注明是工程款但实际是用于支付违约金的60万元），违约金1100000元，退还保证金3000000元。再查，经委托广西众益工程造价咨询有限公司对涉案工程的工程造价进行评估，该公司对其工程造价的评估结论为15019024.61元。原告及第三人认为该评估程序不符合法律规定且偏离客观事实，也反对重新评估；被告同意该评估结论。
（2011）右民二初字第137号民事判决认为：第一，原告与被告签订的《建设工程施工合同》是双方的真实意思表示，不违反法律法规的强制性规定，为有效合同。双方签订的《补充协议》和《补充协议二》亦是双方的真实意思表示，不违反法律法规强制性规定的部份有效，但违反法律法规强制性规定的部份无效。《补充协议二》签订在《建设工程施工合同》及《补充协议》之后，该协议对工程结算款的计算、被告逾期退还保证金的违约金计算、被告逾期支付进度款的违约金计算、停工损失的计算等进行了补充约定，应视为是对《建设工程施工合同》及《补充协议》中关于工程结算款、被告逾期退还保证金的违约金、被告逾期支付进度款的违约金、停工损失等的计算方式的修改，故根据《补充协议二》第四条“按合同规定计算得出的结算总价下浮2%作为结算款，结算款从双方在审定结算书上签字盖章之日起，一个月内付清余款（保修金除外）。”《建设工程施工合同》第26条“……工程结算总价的2%作工程质量保修金……”，该工程应按照工程总价下浮2%并扣除2%的工程保修金作为工程结算款。此处《补充协议二》第四条“……结算款从双方在审定结算书上签字盖章之日起，一个月内付清余款……”的约定应视为双方对确认结算书方式的新约定，设立了新的结算书确认规则。自起诉时止，双方未在审定结算书上签字盖章，故原告诉称被告逾期支付工程款的诉讼主张与双方签订《补充协议二》的约定不符，不予支持。经一审法院委托广西众益工程造价咨询有限公司对涉案工程进行评估，工程造价为15019024.61元，按照总造价下浮2%并扣除2%的工程保修金，工程结算款为14418263.59元。经庭审质证以及对原、被告双方提供的收支凭证予以核对，截止2011年7月，被告已向原告支付款项19499997元，其中含工程款15399997元，被告多支付工程款981733.41元。
第二，被告逾期退还300万元保证金产生的违约金，根据《补充协议二》第二条，“6#楼主体施工至七层楼面（即标高18.000楼板）砼浇捣完（含架空层），一次性退还保证金给乙方（指原告，下同）。逾期退还的，从逾期退还之日起，每日按逾期退还的履约保证金的千分之一向乙方支付违约金，逾期退还超过30天的，每日按逾期退还的履约保证金的千分之一点五向乙方支付违约金。”，根据《中华人民共和国合同法》第一百一十四条第二款“约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。”的规定，此处双方关于逾期退还违约金的约定明显过高；《补充协议》第二条第1款，“……从逾期退还之日起，每日按逾期退还的履约保证金的万分之五向乙方支付违约金，逾期退还超过30天的，每日按逾期退还的履约保证金的千分之一向乙方支付违约金。”，此处逾期超过30天的，按日千分之一支付违约金的约定也明显过高。上述违约金过高部份应根据双方惯例，按日万分之五计付违约金。2009年1月10日，原告施工完成到主体七层楼面（即标高18.000楼板），2009年11月6日被告退还保证金100万元，逾期332天，违约金应为498000元，2010年2月10日被告退还保证金200万元，逾期96天，违约金应为96000元，被告逾期支付保证金产生的违约金两项合计为594000元。
第三，关于被告逾期支付工程进度款产生的违约金，根据《补充协议二》第三条，“……乙方（即原告，下同）完成至五层楼面（即完成到标高12.000楼板混凝土）之日起7日内，甲方（指被告，下同）按乙方已完成的工程价款的80%支付乙方进度款”、“之后，甲方按砼框架主体每二层支付一次工程进度款，装修按月支付工程进度款，如不能按时支付，则每天按所欠工程款的千分之一支付违约金给乙方，且工期顺延”的约定，此处关于被告逾期支付工程进度款则按日千分之一支付违约金的约定同样过高，应根据《建设工程施工合同》第35.1条约定，按每天延付金额的万分之四向原告支付违约金。2008年12月27日，原告施工完成到主体五层楼面（即标高12.000楼板），至2009年2月26日，被告第1期进度款逾期227天，逾期支付产生的违约金为6323.09元；第2期进度款逾期200天，逾期支付产生的违约金为2715.14元；第3期进度款逾期177天，逾期支付产生的违约金为18785元；第4期进度款逾期134天，逾期支付产生的违约金为4721.26元；第5期进度款逾期61天，逾期支付产生的违约金为30555.09元；第6期进度款逾期45天，逾期支付产生的违约金为8906.4元；以上6项逾期支付进度款产生的违约金合计是72005.97元。2009年2月26日至2010年9月30日，被告延付工程进度款2204042.4元，逾期583天，逾期支付产生的违约金为506929.75元，故被告逾期支付工程进度款产生的违约金为578935.72元。
第四，原告因被告原因导致的停工造成的损失，根据《补充协议二》第三条第3款，“甲方（指被告，下同）如不能按约定支付工程进度款造成停工的，甲方除按本补充协议（二）约定支付乙方违约金外，还应自停工之日起支付工人误工费，每人每天50元。”，从2008年9月6日至2008年11月17日，共延误工期72天，工人80人，误工费288000元。
综合以上四点意见，截止2011年7月，被告已向原告支付款项19499997元，其中含工程款15399997元，违约金1100000元，退还保证金3000000元。该工程被告应支付原告的工程款应为：广西众益工程造价咨询有限公司对涉案造价的评估结论15019024.61元减去合同约定的总造价下浮2%并扣除2%的工程保修金计14418263.59元，已付15399997元，多支付工程款981733.41元。该工程被告应支付原告逾期支付保证金产生的违约金为594000元、逾期支付工程进度款产生的违约金为578935.72元、因被告原因导致的停工给原告造成的误工损失288000元，以上三项共计1460935.72元，被告已付违约金1100000元，尚欠原告违约金360935.72元，与被告多支付原告工程款981733.41元折抵后，被告在施工过程中多支付原告款项620797.69元。被告称原告在施工过程中超额预支工程款未欠原告款项的答辩意见予以部份采纳，其反诉要求原告返还超额预支的款项，予以部份支持。原告的诉讼主张证据不充分，不予采纳。据此，依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条、第一百零九条、第一百一十四条和《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条及《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条的规定，判决：一、确认被告（反诉原告）广西恒升集团有限公司多支付原告（反诉被告）广西建工集团第一建筑工程有限责任公司工程款项620797.69元，由原告（反诉被告）广西建工集团第一建筑工程有限责任公司返还给被告（反诉原告）广西恒升集团有限公司；二、驳回原告（反诉被告）广西建工集团第一建筑工程有限责任公司的诉讼请求；三、驳回被告（反诉原告）广西恒升集团有限公司的其他反诉请求。一审案件受理费57998元，反诉案件受理费23429元，共计81427元，鉴定费225285元，共计306712元，由原告广西建工集团第一建筑工程有限责任公司负担298972元，被告广西恒升集团有限公司负担7740元。
上诉人一建公司不服一审判决，上诉称：一、一审认定事实错误，本案应确认讼争工程的工程款总额为18514804.48元。二、上诉人及第三人收到的工程款数额也与一审判决确定的数额不符。三、一审将被上诉人已经支付的违约金计算在双方讼争的数额内予以冲减、降低被上诉人的违约金没有法律依据。《中华人民共和国民事诉讼法》及最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》中规定当事人对鉴定意见有异议时，鉴定人应当出庭作证，接受控、辩双方及法官就与鉴定结论有关问题的询问和质证，并作出答复。但一审在一方对鉴定意见提出强烈抗议的情况下仅是组织原被告双方到庭质证，没有通知鉴定人到庭接受质证，违反程序。
被上诉人恒升公司答辩称，一审判决认定事实清楚，适用法律及判决正确，上诉人的上诉主张没有事实和法律依据。理由：一、根据《建设工程施工合同补充协议二》第四条结算款的确定与支付：结算款从双方在审定结算书上签字盖章之日起一个月内支付。此约定强调双方必须共同在特别的“审定结算书”上签字盖章结算方可完成。而原建设工程施工合同约定的结算方式是上诉人将结算资料提交被上诉人审核后确认，如28天内未进行审核，则视为同意结算报告。显然补充协议就结算方式及结算款支付时间均作了变更，一审法院据此认定双方对确认结算书方式作了新约定，设立新的结算书确认规则有充分的合同依据。二、上诉人认为一审法院认定的工程款数额中有1315000元属于违约金，却没有提供任何证据，而被上诉人主张其为工程款，并提供了相关的证据，各项付款凭证中均注明款项性质，上诉人对该证据的真实性并不否认，且无相反证据来否定。一审法院据此认定所付款项性质无任何错误。三、上诉人所主张的违约金确定的问题，高出法律许可的部分一审法院根据合同法相关规定予以调低，符合法律规定，并无不当。
本院二审确认的事实与一审查明的事实相同。
本院二审认为，关于涉案工程款结算依据问题。虽然合同约定在提交结算书28天内未提出答复的则按结算单结算工程款，但上诉人上诉主张工程款为18514804.48元是上诉人自己单方结算的，没有得到被上诉人的签证确认，且被上诉人对上诉人单方结算的工程款有异议不予认可，故上诉人单方结算作出的结算单不能作为认定本案讼争工程款的依据。一审法院依法委托有资质的鉴定部门对涉案工程款进行结算鉴定，鉴定结论：讼争的工程造价为15019024.61元。而且上诉人并没有对鉴定结论提出申请重新鉴定或是对鉴定报告的内容提出重新审核或者复核，也未能提供证据证明鉴定部门鉴定程序违法，因此，一审法院采信鉴定报告的结论作为认定本案讼争工程款的结算的依据有事实依据，应予确认。
关于上诉人一建公司称已收到被上诉人的工程款实际是14084997元，不是一审法院认定的15399997元，当中1315000元是被上诉人支付的违约金的问题。从银行转帐凭证等证据来看，被上诉人已付的15399997元全部是给付工程款，没有证据证明1315000元是给付违约金。一审认定15399997元是给付工程款是正确的，应予确认。
关于在《建筑施工合同》的补充协议（二）中双方约定日千分之一和千分之一点五的违约金计算标准是否过高，一审法院调整为日万分之五、万分之四是否过低的问题。根据法律规定，违约金约定过高，当事人可请求法院适当减少。本案中，合同约定的逾期退回保证金违约金为日千分之一计算和千分之一点五计算，以及逾期支付工程进度款违约金按日千分之一计算，被上诉人认为过高请求减少，参照人民银行逾期付款罚则及逾期给付所造成的损失，一审法院调整逾期退回保证金的违约金按日万分之五计付，逾期支付工程进度款违约金按日万分之四计付有事实和法律依据，应予确认。上诉人与案外人的借贷关系，应在另案中解决。
综上所述，上诉人的上诉理由不成立，其上诉请求没有事实和法律依据，不予支持。一审判决认定事实清楚，程序合法，适用法律和判决正确。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（一）项和第一百七十五条之规定，本院作出（2013）百中民一终字第202号民事判决：驳回上诉，维持原判。二审案件受理费59749元，由上诉人广西建工集团第一建筑工程有限责任公司负担。
本案判决生效后，广西建工集团第一建筑工程有限责任公司申请再审称：一、原一、二审判决认定事实错误，被申请人所支付款项中的一笔注明为工程款的50万元资金，事实上为被申请人支付给申请人之违约金。原一、二审判决对被申请人多支付工程款的事实认定错误。该笔款项为被申请人于2009年10月23日支付。由于当时双方共同出于节省交易过程中经济成本的考虑，一致认可在转帐单据上注明“工程款”而不是“违约金”字样。交易后申请人为在此凭据上体现此笔金额的真正性质，在被申请人同意的情况下，在凭据上手写注明“此笔款项为违约金”，后原件留存在被申请人处，且从申请人留存的复印件可看到手写笔迹相关内容。故申请法院依职权调取该证据原件印证。
二、原一、二审判决认定事实错误，对双方意思自治下约定的合同条款内容作出错误定性，进而做出错误裁判，侵害申请人正当合同利益。双方签订的《建设工程施工合同》及《补充协议》中对工程结算款有约定“工程竣工结算：发包人收到承包人递交的工程竣工结算报告及结算资料之日起28天内进行审核，给予承包人确认，逾期确认无果的，则视为同意承包人的工程竣工结算报告。”此条款既是建筑行业交易人均认可与接纳的通用条款，也是双方当事人真实意思表示，不违反法律规定，真实有效。而后双方又签订《补充协议二》，其中第四条约定“结算款的确定与支付：……结算款从双方在审定结算书上签字盖章之日起，在一个月内付清余款（保修金除外）。”此条款已明确“结算款的确定与支付”，意图已明显在于为款项的支付约定具体宽限期，产生双方在前期程序中已经确定的结算款事实给予权利方请求期限的效果，即补充约定了付款的时间。被申请人怠于行使审核义务，则产生默视认可之效力，而后双方在审定结算书上签字盖章也是必经程序。因此《补充协议二》第四条与《建设工程施工合同》及《补充协议》中的对应条款相互补充，分别针对消极的确认方式与积极的确认方式作出约定，既不存在矛盾更不应该被认定为直接替代，《补充协议二》中也不存在表明原约定的结算条款无效等意思表示。原判决置最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十条关于对施工方之权利保护条款于不顾，变相鼓励发包单位故意怠于履行义务，完全违背法律保护守法守约合同当事人的精神。且据《中华人民共和国合同法》第七十八条：当事人对合同变更的内容约定不明确的，推定为未变更。此条适用到本案应理解为：由于当事人双方对补充协议约定的条款内容有不同的解释，说明该条款约定的内容不明确，依据法律规定，应推定补充协议对原工程决算方式未变更。应依原合同关于结算的约定来确认申请人提出的工程款总额18514804.48元进行质证并另行裁判。
三、一审法院在申请人已提交工程造价结算材料且强烈反对委托第三方鉴定的情况下，仍自行依职权启动委托第三方鉴定的程序，有违中立裁判原则及程序正义。虽依《民事诉讼法》法院有依职权调取证据之权力。但依《民事诉讼证据规定》第十五条“人民法院认为审理案件需要的证据”，是指以下情形：（一）涉及可能有损国家利益、社会公共利益或者他人合法权益的事实；（二）涉及依职权追加当事人、中止诉讼、终结诉讼、回避等与实体争议无关的程序事项。根据建设工程施工合同纠纷案件的特点，借鉴《中华人民共和国招标投标法》相关规定，特殊情况需由法院依职权委托鉴定的情形主要指以下工程价款发生的争议：（一）大型基础设施、公用事业等关系社会公共利益、公众安全的工程建设项目；（二）全部或者主要使用国有资金投资或者国家融资的工程建设项目；（三）使用国际组织或者外国政府贷款、援助资金的工程建设项目。除此之外，法院均应依照《民事诉讼证据规定》第二条规定承担举证不利的后果。
四、申请人与被申请人基于真实意思表示所约定的违约金计算方式及数额应当得到肯定，且被申请人已在业务来往函中明确表示自愿接受合同中约定的违约金计算方式及数额。原一、二审法院违背双方真实意愿擅自更改双方认可的违约金计算方式及数额违反合同意思自治原则。双方对违约金的计算方式已在合同中有约定，且被申请人于2009年4月14日给申请人发来《关于续期支付工程履约保证金的函》中也明确表示了对于双方违约金条款约定的认可，来函中明确提及“从2009年2月27日至2009年5月27日，在此期间我公司按每日千分之一的违约金支付给贵公司”。以上双方真实意思表示的合意却被原审法院置之不理，枉自裁判。
五、原审判决认定的违约金金额远远不足以弥补申请人因被申请人的违约行为而遭受的工期延误产生的实际损失。
据此，请求法院再审时予以公正改判。
一审第三人黄飞再审所持意见与申请再审人的再审意见一致。
被申请人广西恒升集团有限公司再审答辩称：被申请人坚持原在一、二审的答辩意见；对于2009年10月23日支付的50万元性质，庭审中提供的原件已经充分表明了属工程款性质。请求驳回申请人的再审请求，维持生效裁判。
本院经再审审理查明的事实，除关于本案工程造价的鉴定事实部分外，其他事实与原一、二审认定事实一致。另查明，双方在合同中对拖欠工程款违约金的计算约定为：“发包人收到结算审定报告之日或被视为同意结算报告之日起28天内未支付除工程保修金外的工程竣工结算欠款的，从第29天起，每日按拖欠工程价款的万分之四向承包人支付违约金”，亦即每天按拖欠工程价款的万分之四计付；关于拖欠工程进度款的违约金计算，原合同约定为每天按拖欠工程价款的万分之四计，补充协议二则改为每天千分之一。被申请人于2009年4月14日给申请人发出的《关于续期支付工程履约保证金的函》中也明确表示了对于双方违约金条款约定的认可，来函中明确提及“从2009年2月27日至2009年5月27日，在此期间我公司按每日千分之一的违约金支付给贵公司”。本案再审中，各方当事人对逾期支付工程进度款时间共计583天均无异议。
综合双方的诉辩主张，本案再审的争议焦点是：1、工程结算款的确认问题；2、违约金计算标准问题；3、本案至诉讼时被申请人已付款额的确认；4、申请人称2009年10月23日支付的50万元系工程款或违约金？
本院再审认为，申请再审人一建公司与被申请人广西恒升集团有限公司签订的《建设工程施工合同》、《补充协议》和《补充协议二》是双方的真实意思表示，不违反法律法规的强制性规定，为有效合同。双方均应遵守并认真履行。关于工程结算款的确认问题，双方当事人原来的合同已经明确规定发包方在收到工程竣工结算报告及结算资料之日起28天内进行审核，给予承包人确认，逾期确认无果的，则视为同意承包人的该工程结算报告。这是双方合同中对工程结算的约定，在确认合同合法有效情形下应予确认执行。后来双方签订的《补充协议（二）》第四条（结算款的确定与支付：按合同规定计算得出的结算总价下浮2.0%作为结算款，结算款从双方在审定结算书上签字盖章之日起，在一个月内付清余款（保修金除外）），其中的“结算款从双方在审定结算书上签字盖章之日起，在一个月内付清余款”应视为对结算款的支付约定而非对工程结算款的确认。而且，本案申请人一直认为工程结算方式是按原合同的约定，不同意被申请人的答辩主张。因此，在双方对此有不同理解情形下，也应据《中华人民共和国合同法》第七十八条：“当事人对合同变更的内容约定不明确的，推定为未变更”。2010年12月7日，申请人向被申请人送达《百色市恒升、水岸花园6#公寓楼工程结算造价汇总表》，其工程造价合计18514804.48元。被申请人收到结算报告后，在28天内既未与申请人结算，亦未对申请人提交的结算资料提出异议。因此，本案工程结算总造价应确认申请人提出的18514804.48元。原审法院在双方当事人均未提出鉴定请求的情形下，主动依职权对本案工程造价进行鉴定，违背了合同意思自治原则，程序不当，对该鉴定结论应不予采信。该鉴定费用依举证规则，应由被申请人负担。
关于违约金计算标准问题。首先是违约金项目问题，申请人原诉请要求结算款逾期给付违约金及工程进度款逾期给付违约金两项。而被申请人答辩及原裁判是确认工程进度款逾期给付违约金及保证金逾期退还违约金两项。其中的保证金逾期退还违约金一项申请再审人并未在原审请求中提及，本院认为对该项违约金问题应不予审理。其次，关于两项违约金的计算标准问题，对结算款逾期给付违约金，合同约定是按拖欠工程款的日万分之四计付，属双方意思自治，且无证据表明过分高于实际损失，依法照准；至于工程结算款逾期支付违约金的计算日期按申请人在原审中的诉求计算。其在再审中要求计算至再审开庭之日止，属新的诉请，本院再审不予支持。工程进度款逾期给付违约金原合同约定是按拖欠工程进度款的日万分之四计，补充协议则更改为日千分之一，均是合同当事人的意思自治，亦无证据表明过分高于实际损失。且在履约过程中，被申请人在双方的来往函件中亦认可按该标准计算，原裁判认为日千分之一的标准过分高于实际损失，而予以改为按日万分之四计算，但并未说明实际损失是多少，故更改该计算标准缺乏事实依据。该项违约金的计付天数再审中双方当事人均认可是583天。
关于2009年10月23日被申请人支付的50万元款项性质问题，该款在银行转帐凭证上已经明确为工程款，在庭审中被申请人出示的原件已可证明。故对申请人提出该款项应确认为违约金的说法不予支持。
关于被申请人实际给付金额问题，原判决认定被申请人已向申请人支付款项19499997元，其中含工程款15399997元（包含申请人质证时认为虽然注明是工程款但实际是用于支付违约金的60万元），违约金1100000元，退还保证金3000000元。本院再审对此予以确认。
对申请人提出的其他损失方面，关于停工72天造成的损失，申请人原诉请要求661453.47元，再审要求是830542.08元。被申请人认为不应赔偿，因为补充协议把结算款总额让利从4%减至2%已经是考虑到申请人的停工损失，故不应再予赔偿。对该项损失，原裁判依照补充协议二第三条第3项约定“甲方（被申请人）如不能按本补充协议（二）的约定支付工程进度款造成停工的，甲方除按本补充协议（二）约定支付乙方违约金外，还应自停工之日起支付工人误工费，每人每天50元”予以计算（按80人计）赔偿共计288000元，本院认为该288000元是依合同明确约定计算出来的，应予认可。
关于防雷工程费用问题，该项费用申请人提出的防雷公司出具的工程预算单为91193.42元，一审时被申请人出具的审核单为65234.51元，原裁判对该项费用在庭审中进行过质证，但没作裁判；本院再审认为应依一审庭审质证时被申请人认可的65234.51元给付。
综上，本案被申请人应付给申请人的款项为：1、工程款18514804.48元―（1―2%―2%）＝17774212元，减去已付的15399997元，尚欠工程款额为2374215.30元；2、工程结算款逾期支付违约金，从2011年1月4日算至2011年7月8日共计183天，按日万分之四计为173792.56元；3、工程进度款逾期违约金，逾期工程进度款共计2204042.40元，按583天每日千分之一计为1284956.72元；4、停工误工费72天按80人每人50元／天计为288000元；5、防雷工程费65234.51元。以上各项费用共计4186199.09元减去已付违约金1100000元，被申请人尚应支付给申请人的款额为3086199.09元。据此，本案原判决认定事实清楚，但关于结算条款的适用有误，依职权进行鉴定并采用鉴定结论不当，关于违约金计算标准的调整也是不当的，据此作出的裁判不当，应予纠正。申请人的诉请基本符合法律规定，予以支持；但部分请求数额没有依据，不予支持。本案经本院审判委员会讨论决定，依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百零七条第一款、第一百七十条第一款第（二）项；《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条、第一百零九条及最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条的规定，判决如下：
一、撤销本院（2013）百中民一终字第202号及百色市右江区人民法院（2011）右民二初字第137号民事判决；
二、由被申请人广西恒升集团有限公司支付给申请人广西建工集团第一建筑工程有限责任公司3086199.09元；
三、驳回申请人广西建工集团第一建筑工程有限责任公司其他诉讼请求；
四、驳回被申请人广西恒升集团有限公司的反诉请求。
一审案件受理费57998元，反诉案件受理费23429元，共计81427元，由申请人广西建工集团第一建筑工程有限责任公司负担24972元，被申请人广西恒升集团有限公司负担56455元；鉴定费225285元由被申请人广西恒升集团有限公司负担；二审案件受理费57998元，由申请人广西建工集团第一建筑工程有限责任公司负担24972元，被申请人广西恒升集团有限公司负担33026元。
上述应付款项，义务人应于本判决送达之日起十日内履行完毕。如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。权利人可在本判决规定的履行期限最后一日起两年内向一审法院申请强制执行。
本判决为终审判决。
审判长 刘 宁
审判员 邓梅君
审判员 杨胜平
二〇一四年十二月十八日
书记员 李宁宁