广西壮族自治区桂林市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2014）桂市民一终字第596号
上诉人（一审被告、反诉原告）桂林市华桂房产综合开发公司。住所地：桂林市秀峰区工人文化宫内。
法定代表人李杰，总经理。
委托代理人周新春，该公司副总经理。
被上诉人（一审原告、反诉被告）桂林巢新科技有限公司（原广西壮族自治区农业机械桂林公司）。住所地：桂林市九华山路。
法定代表人周觉，总经理。
委托代理人黄新宏，广西嘉合律师事务所律师。
上诉人桂林市华桂房产综合开发公司（以下简称桂林华桂房产公司）因与被上诉人桂林巢新科技有限公司（以下简称桂林巢新公司）建设工程合同纠纷一案，不服桂林市秀峰区人民法院（2013）秀民初字第1048号民事判决，向本院提起上诉。本院于2014年9月28日受理后，依法组成合议庭，由审判员罗丽娜担任审判长，审判员唐国登主审，审判员唐崇达参加评议，于2014年10月28日公开开庭审理了本案。书记员刘文静担任记录。上诉人桂林华桂房产公司的委托代理人周新春，被上诉人桂林巢新公司的法定代表人周觉、委托代理人黄新宏到庭参加诉讼。案经本院院长批准，延长审限三个月。本案现己审理终结。
一审法院经审理查明：2013年7月25日，广西壮族自治区农业机械桂林公司（以下简称广西区农机桂林公司）经批准更名为桂林巢新科技有限公司。
2003年5月7日，桂林市建设与规划委员会向被告桂林华桂房产公司下发了《关于市华桂房产综合开发公司新建“九华花园”住宅组团的建设用地规划定点通知书》（市规管字（2003）236号），该文载明：“你公司申请新建‘九华花园’住宅组团的报告收悉。经踏勘、研究，同意你公司在九华路与九华路西巷交叉口西北侧、区农机桂林公司仓库及市二建公司203工区范围，按市规划设计研究院03-042号‘市华桂房产综合开发公司九华花园详细规划’总平面图所示（1）-（15）号、（17）-（22）号位置，新建‘九华花园’住宅组团，规划用地面积30500平方米，�划建筑面积约42300平方米…”2003年7月16日，桂林市房屋拆迁管理办公室就桂林市九华路1号11、14、17、18、19、20栋范围的房屋拆迁下发了房屋拆迁公告。2004年5月26日，桂林市建设与规划委员会向桂林华桂房产公司、广西区农机桂林公司下发《关于调整市规管字（2002）506号文建设单位名称、分期建设的通知》（市建规管（2004）234号），同意原市规管字（2003）236号文中建设单位名称由原“市华桂房产综合开发公司”变更为“桂林市华桂房产综合开发公司、广西农业机械桂林公司”，并分期建设：第一期开发建设7#-15#、18#；第二期开发建设1#-6#、17#、19#-22#、23#，其中市华桂房产综合开发公司商品房32000平方米，广西农业机械桂林公司自建房10300平方米。2005年9月21日，广西农业机械桂林公司向桂林市国土资源局提出了《关于变更“九华花园”第一期工程桂市国用（2005）第000546号土地使用证土地使用权人的申请报告》，其提出“九华花园”住宅组团项目分两期建设，第一期工程占地9231平方米，建筑面积约为25907.92平方米，第一期工程的土地出让金、规划、设计等前期费用均由桂林华桂房产公司出资交纳，第一期工程全部由桂林华桂房产公司独家投资开发商品住宅，广西农业机械桂林公司自建房10300平方米在第二期工程中建设，申请将桂市国用（2005）第000546号国有土地使用证的土地使用权人的名称由“桂林市华桂房产综合开发公司、广西壮族自治区农业机械桂林公司”变更为“桂林市华桂房产综合开发公司”。2005年11月21日，被告桂林华桂房产公司办理了桂林市九华路1号的土地使用权证，该证载明的土地使用权类型为出让土地，使用权面积为9231平方米。2008年6月4日。广西国泰地产评估有限公司，对上述9231平方米土地进行评估，估价结果为单位综合地价：2184元／平方米，总地价20160504元，估价有效期一年。
2003年8月21日，广西区农机桂林公司作为甲方与被告桂林华桂房产公司作为乙方签订一份《房地产联合开发合同》，约定：为改善经营场所及解决职工住宅问题，甲方决定将九华路一号广西区农机桂林公司院内改造项目（该项目定名为“九华花园”占地23亩，可建商品住宅楼21栋，建筑面积约3万平方米，其中甲方投资建设3栋，乙方投资建设18栋）与乙方合作建设开发；该项目的立项、定点、规划、报建、用地等一切手续均由乙方负责办理，但甲方应积极配合并派员协助办理（现定点文已办理完毕，文号为市规管字（2003）236号）；甲方投资建设的楼房：①甲方投资建设的3栋楼房以职工全额集资建房的方式办理有关手续，不属于商品房，②甲方投资建设的职工集资楼第一层为仓库、车库，二层及二层以上均为住宅，③由于建设资金紧张，甲方投资建设的职工集资楼的第一层车库（不含上住宅楼梯间），均由乙方全额投资建设，其所有权、使用权等均归乙方所有（该3栋职工集资房的第一层车库的土地证、房屋产权证甲方应在该3栋职工集资楼竣工综合验收合格后6个月内替乙方办理好，但乙方应积极配合），但乙方应按产权证上的实际面积以每平方米800元的价格补偿甲方（补偿费合计约为人民币100万元），该批补偿费在双方产权调换房房款中冲抵；乙方投资建设的楼房：①乙方投资建设的18栋商住楼（市规管字（2003）236号定点文附图上的第1栋——第15栋、第17栋、第18栋及第23栋），乙方根据实际情况分期分批建设开发，其中第一期开发建设第7-14栋，第二期开发建设剩余部分，②乙方投资建设的18栋商住楼的建设资金由乙方全额投入，甲方不投入资金，不参加分�及利润分成，③根据国务院令第305号《城市房屋拆迁管理条例》、《桂林市房屋拆迁管理暂行办法》及其它有关法律、法规、政策文件之规定，参照中山北路拆除区农业机械桂林公司中山北路房屋补偿价格，结合双方联合开发的实际情况，经甲乙双方协商一致，双方同意乙方拆除甲方有房产权的旧仓库、门面、办公楼、住宅等合计应补偿人民币13475601.19元给甲方（详见双方签订的《拆除区农业机械桂林公司旧车库、门面、办公楼、住宅等房屋补偿表》），此费用已包含拆迁补偿、搬家费、停业补助等所有费用，甲方不另外向乙方收取其它任何费用；乙方拆除甲方房屋的补偿费（人民币13475601.19元）及合同第二条第3项中所约定的乙方应补偿给甲方的补偿费（约100万元），甲方同意乙方以产权调换、货币补差的方式进行支付，经协商，甲方同意乙方用“九华花园”中的第7栋、9栋、10栋、14栋底层商场及地下车库，第11栋和第13栋一层车库，第7栋和第8栋的底层门面（门面进深：甲乙双方议定为14米）与甲方进行产权调换，双方结清差价（第7栋、9栋、10栋、14栋底层商场建筑面积为1887平方米，调换给甲方的价格为人民币2500元／㎡，第7栋、9栋、10栋、14栋地下车库总建筑面积为2600平方米，调换给甲方的面积为2100平方米，调换给甲方的价格为人民币2500元／㎡，第11栋、第13栋底层车库建筑面积分别为506平方米和420平方米，调换给甲方的价格为人民币2500元／㎡，第7栋、8栋底层门面建筑面积分别为154平方米和210平方米，调换给甲方的价格为人民币5500元／㎡，产权调换房的总价款为人民币14284500元，乙方调换给甲方房屋的产权证由乙方负责替甲方办理好）；乙方调换给甲方的第11栋与第13栋车库之间的地块（面积为600平方米）的土地出让金�127800元）与道路及绿化工程的建设费（约人民币6万元），甲方需另支付给乙方，该地块的所有权及使用权归甲方所有；合同签订之日起3个月内，甲方应将第一期开发建设范围内仓库里、外的货物全部搬空，交给乙方拆迁，第二期开发建设范围内的拆迁房屋甲方应从收到乙方签发的拆迁通知书20天内将所需拆迁房屋里、外的货物全部搬空、交给乙方拆迁；如有违约，除按有关方面的法律追究违约方责任、违约方赔付守约方的一切直接与间接的经济损失外，违约方另赔付守约方人民币500万元。同日，双方签订了一份《拆除区农业机械桂林公司旧仓库、门面、办公楼、住宅等房屋补偿表》，约定：第一期拆除区农业机械桂林公司的仓库应补偿农业机械桂林公司①拆迁补偿5284.27㎡×1672元／㎡=8835299.44元，②搬家费5284.27㎡×5元／㎡=26421.35元，③停业补助费46人×150元／月×6个月=41400元，④无房产证的地面附属物432.54㎡×80元／㎡=34603.2元，⑤以上小计8937723.99元；第二期拆除区农业机械桂林公司仓库、办公楼、门面、住房、平房应补偿区农业机械桂林公司①原第9栋一层办公楼481.085㎡×2200元／㎡=1058387元，②原第9栋一层办公楼481.085㎡×1980元／㎡=952548.3元，③原第1、2、6栋门面合计746.182㎡×2500元／㎡=1865925元，④原7栋平房（住宅）362.66㎡×1000元／㎡=362660元，⑤临时建筑280㎡×100元／㎡=28000元，⑥原第3、5栋住宅合计（楼房）215.84㎡×1200元／㎡=259008元，⑦无房产证的地面附属物147.74㎡×80元／㎡=11819.2元，⑧以上小计4537877.2元。2005年4月26日，双方签订一份《房地产联合开发合同补充协议》，约定：乙方投资建设的18栋商住楼（市规管字（2003）236号定点文附图上的第1栋-第15栋、第17栋、第18栋及第23栋），乙方分二期开发建设，其中第一期开发建设第7栋-第15栋、第18栋，第二期开发建设剩余部分；第二期工程的启动时间双方另行确定，第二期工程拆迁补偿费的支付时间甲、乙双方另行协商；甲方投资建设的3栋楼房属职工全额集资建房，而不是商品房，故不能列入双方联合开发范围，因此解除主合同第二条，该条款的有关内容由集资建房《建筑工程代建合同补充协议》取代，3栋集资建房独立核算；“九华花园”第一期工程乙方拆迁甲方房屋所发生的拆迁补偿费乙方用货币补偿的方式支付给甲方，甲方不再与乙方进行产权置换，第一期拆迁补偿费支付办法：补充协议签订后，十天内乙方支付给甲方拆迁补偿费人民币200万元，2005年10月和12月底乙方分两次支付给甲方拆迁补偿费各100万元，2006年4月底乙方支付给甲方拆迁补偿费100万元，余款在2006年10月底全部付清给甲方；甲方应在2005年4月底以前配合乙方办理�“九华花园”第一期工程开发范围内地块的土地使用证；乙方支付完第一期工程中的第一批拆迁补偿费（人民币200万元）后，甲方应尽快报呈政府有关部门批准处理库存货物，在2005年5月底以前，将第一期工程开发建设范围内仓库、房屋交给乙方拆迁。
2003年6月19日，广西区农机桂林公司作为甲方与被告桂林华桂房产公司作为乙方签订一份《建筑工程代建合同》，约定：甲方将九华路一号公司院内地块上的3栋职工全额集资住宅楼（2#、3#、16#）以包工包料、包前期费【前期费包含：①以房养路费，②办理建设用地批准书和土地出让合同方面的费用（含土地权属调查地籍测量费、工程用地测量费、工程用地评估费、土地使用权出让金），③规划审批费用（含规划设计费、规划许可证技术服务费、工程规划放线费），④工程地质勘探费（含地质勘探审图费），⑤施工图�计、审核费，⑥工程招标费及招标管理费，⑦报建方面的费用（含市政工程配套费、教育附加费、人防建设费、工程质量监督费、墙改费、散装水泥专项资金、白蚁防治费、建设队伍管理费、意外伤害保险费），⑧施工合同签证费】的方式定价包干给乙方代建，住宅每平方米（按建筑面积计算）代建包干价为900元／㎡，底层车库（仓库）每平方米（按建筑面积计算）代建包干价为1200元／㎡；代建包干承建价格不包含外水、外电工程费及水电、排污增容费；室外道路、绿化工程的费用不包含在代建包干价格内，其费用由甲方出资自行建设或另签合同承包给乙方施工等。2005年4月26日，双方签订了一份《建筑工程代建合同补充协议》，约定：甲方3栋职工集资楼建筑中政府政策性增加的工程前期费用和强制性采用商品混凝土等所增加建设成本费以及外电、外水等配套基础设施工程费用，工程竣工后进行综合结算；甲方职工集资建设的三栋住宅楼属“九华花园”商住小区整体规划范围内项目，其排水、道路、绿化等基础配套设施（不包括外水、外电的增容及安装）的建设，按照市建规委审定的方案，设计单位设计的施工图实施，基础配套工程甲方同意委托乙方代办代建，但建设费用可单列的即单列，不能单列的部分经甲、乙双方协商签订协议，确定工程费用，基础配套设施的建设费用，按建筑总面积分摊负担，甲方根据施工进度拨付工程款等。
2003年9月29日桂林市建设与规划委员会向广西区农机桂林公司颁发了《建设工程施工许可证》，该许可证载明：建设单位广西农业机械桂林公司，工程名称2#、3#、16#集资楼，建设地址九华路1号，建设规模7814.28平方米，合同价格552万元，合同开工日期2004年9月29日，合同竣工日期2005年5月29日。2006年8月4日桂林市建设与规划委员会向桂林华桂房产公司颁发了《建设工程施工许可证》，该许可证载明：建设单位桂林华桂房产公司，工程名称九华花园7#-10#、11#-15#、18#楼，建设地址九华路1号，建设规模26032.45平方米，合同价格1431.50万元，合同开工日期2006年8月4日，合同竣工日期2007年12月31日。
2005年11月18日，被告桂林华桂房产公司向广西区农机桂林公司发出通知，要求该公司于2005年12月30日前将“九华花园”第一期工程开发建设范围内的仓库、房屋交给其进行拆迁。2005年12月11日，桂林市中山路改造工程项目指挥部向桂林华桂房产公司、广西区农机桂林公司下发《关于限期启动凤凰山道路重点工程配套项目的通知》，要求桂林华桂房产公司、广西区农机桂林公司于2005年12月31日以前全面启动该项目的开发建设，逾期则将项目的开发权收回另外进行招、拍、挂出让�已交的土地出让金、以房养路费等一律不予退回。
2006年9月6日，广西区农机桂林公司与桂林华桂房产公司对广西区农机桂林公司职工部分被拆除的杂物房进行了实地测量，确认面积162.49㎡，补偿款162.49㎡×105元／㎡=17061元。
2012年8月30日，广西区农机桂林公司与桂林华桂房产公司就双方工程项目债权、债务事项召开会议进行协商确认，双方达成如下共识：“一、根据2003年8月21日双方签订的《拆除区农业机械桂林公司旧仓库、门面、办公楼、住宅等房屋补偿表》，华桂公司拆除农机公司位于九华路农机仓库第一期补偿款为8937723.99元。到2011年8月5日止，华桂公司已支付农机公司方第一期补偿款为4579000.00元。至2012年7月18日华桂公司尚欠农机公司第一期补偿款4358723.99元未结清。二、根据双方2003年8月21日签订的《房地产联合开发合同》第二条中有关约定，农机公司2#、3#、16#三栋职工集资楼第一层的车库、仓库（总建筑面积1320.62㎡）之产权，所有权、使用权，处置权均归华桂公司所有，但华桂公司需支付补偿款1320.62㎡×800元／㎡=1056496.00元给农机公司，该笔补偿款华桂公司尚未结清给农机公司。该3栋职工集资楼一层车库、仓库的产权办理按双方2003年8月21日签订的《房地产联合开发合同》有关约定办理。办理产权发生的一切费用及税费由华桂公司承担。三、2007年5月18日经桂林市嘉达工程招标价咨询有限公司结算审核、并经双方认可八里街汽车专卖店工程款为1185722.88元。农机公司分别于2004年4月26日、2005年2月6日、2005年11月4日已支付给华桂公司工程款750000.00元。至2012年7月18日止，该项目农机公司尚欠华桂公司工程款435722.88元。四、农机公司2#、3#、16#三栋职工集资楼，增、减工程款结算范畴及工程总价款的确认：（一）依据双方签署的代建合同及相关协议，双方确认下列费用属增加范围。1.中介审图公司审图费：7510.9㎡×6元／㎡=45065.40元；2.人防报建费：7510.9㎡×5元／㎡=37554.50元；3.劳动保险费：107400.00元；4.室外排水设计主管规划设计费：20000.00元；5.‘三通一平’工程中的土方降坡费用：98433.84元；6.2#、3#、16#职工集资楼斜屋面增加工程费用：405173.63元；7.2#、3#、16#职工集资楼自拌砼改为商品砼及主材料价差增加646921.38元；8.室外道路、绿化及排水主管增加：195508.32元；9.2#、3#、16#职工集资楼设计变更增加工程款：10284.87元；10.2#、3#、16#职工集资楼增加工程总价款为1566341.94元，按面积分摊2#、3#、16#职工集资楼一层车库、仓库应承担266380.42元，2#、3#、16#三栋住宅部分应承担1299961.52元。（二）依据双方签署的代建合同，下列工程费用属减少范围：1.插座：…减少工程总价款合计：31653.00元。（�）2#、3#、16#职工集资楼净增加工程款应为1299961.52-31653=1268308.52元。（四）经双方审核确认农机公司2#、3#、16#职工集资楼应支付给华桂公司的总工程价款为7068583.52元，其中：合同内工程款6444.75㎡×900元／㎡=5800275.00元，合同外净增加的工程款1268308.52元。农机公司在2003年3月至2006年1月期间支付给华桂公司工程款5918799.30元。至2012年7月18日止农机公司尚欠华桂公司（7068583.52）-（5918799.30）=1149784.22元工程款未结清…”。同日，广西区农机桂林公司作为甲方，桂林华桂房产公司作为乙方签署了《拆除广西壮族自治区农业机械桂林公司房屋补偿款结账确认单》、《广西壮族自治区农业机械桂林公司九华路1号2#、3#、16#职工集资楼一层车库、仓库款项确认单》、《华桂公司代建的2#、3#、16#职工集资楼工程款款项确认单》，双方分别确认：“根据2003年8月21日双方签订的拆除房�补偿表，乙方拆除甲方位于九华路农机仓库第一期补偿款为8937723.99元。到2011年8月5日止，乙方已支付甲方第一期补偿款为4579000元。至2012年7月18日乙方尚欠甲方第一期补偿款4358723.99元尚未结清。”“根据2003年8月21日双方所签订的《房地产联合开发合同》第二款的规定，乙方应补偿甲方一层车库款项1320.62㎡×800元／㎡=1056496元。至2012年8月30日止该款项乙方尚未结清给甲方。”“根据双方所签订的《建筑工程代建合同》、《建筑工程代建合同补充协议》、《2004年10月25日‘关于增加工程款的协调会议纪要’》和部分工程项目经桂林市嘉达工程招标造价咨询有限公司陈健工程师结算审核及双方现场勘查、测量，确认九华路2#、3#、16#楼工程款为7068583.52元，其中：合同内工程款6444.75㎡×900元／㎡=5800275.00元，合同外增加的工程款1566341.94元-（1320.62㎡×201.71元／㎡=266380.42元）-31653.00元=1268308.52元。甲方分别在2003年3月至2006年1月间（详见支付清单）已支付给乙方工程款5918799.30元。至2012年7月18日止甲方尚欠乙方人民币1149784.22元工程款未结清。”同日，双方就办理三栋职工集资楼产权证的相关资料问题进行了协商确认：“2#、3#、16#职工集资楼产权证由广西区农机桂林公司负责办理，但桂林四建、桂林华桂房产公司应提供完整的一切资料，并在10天内提供完毕。（一）工程结算时（桂林市第四建筑安装公司）若发生费用，由华桂公司承担。（二）劳动保险费发票（农机公司）金额人民币107200元，由农机公司承担。（三）民工工资支付证明（桂林市第四建筑安装公司）若发生费用，由华桂公司承担。（四）项目竣工备案（桂林市第四建筑安装公司）该事项由农机公司委托华桂公司包干办理，包干费用为人民币60000.00元，由农机公司承担。（五）排污费交纳（农机公司）该事项由农机公司委托华桂公司代办，委托代办费为人民币70000.00元，由农机公司承担…”。
被告桂林华桂房产公司给付广西区农机桂林公司的4579000元补偿款的给付时间及金额如下：2005年10月24日190万元，2006年1月24日10万元，2006年9月29日75万元，2006年12月30日70万元，2007年2月13日10万元，2007年6月27日20万元，2008年3月13日10万元，2008年9月24日10万元，2009年7月30日30万元，2009年11月21日3万元，2010年6月11日3万元，2010年3月26日2万元，2010年10月13日5万元，2010年12月13日5万元，2011年2月1日4万元，2011年4月2日2.9万元，2011年5月3万元，2011年8月5日5万元。原告于2005年底2006年初开始陆续将第一期拆迁房屋交付被告拆迁。
广西区农机桂林公司给付被告桂林华桂房产公司工程进度款5918799.30元中，包含了“以房养路”保证金50万元，预算外资金管理局土地收益金50万元，土地出让金351861.00元，劳动保险费107200元。
2012年9月21日，桂林市规划局向被告桂林华桂房产公司下发了《建筑工程竣工规划条件核实整改意见及退件通知单》，指出被告开发建设的九华花园7#至15#，18#存在未按规划要求拆除7#楼南面六层建筑，7#楼东南角未建设完工，未按规划要求拆除该建筑南面平房等问题，将被告提交的申请规划条件核实材料退回，要求其按要求整改。另查明，7#楼南面六层建筑属于第二期工程拆迁范围，其中南面的六层建筑属职工房改房。
2013年9月23日，被告桂林华桂房产公司向原告桂林巢新公司发出《关于解决九华花园第一期工程遗留问题的建议》，其中提到九华花园小区第一期工程基础配套设施建设费共计为103.6万元。在本案审理过程中，原告对此笔费用的支出予以认可。双方所签订的合作合同、代建合同均未对基础配套设施建设�地费作有约定。
2012年11月14日，被告桂林华桂房产公司在广西区农机桂林公司发出的询证函中确认，截止至2012年9月30日，广西区农机桂林公司欠被告桂林华桂房产公司1715507.10元（含广西区农机桂林公司欠桂林华桂房产公司八里街汽车专卖店工程款435722.88元），被告桂林华桂房产公司欠广西区农机桂林公司5415219.99元。
另，九华花园部分业主以被告桂林华桂房产公司逾期交房、逾期办证为由诉至法院或向桂林市仲裁委员会申请仲裁，要求被告桂林华桂房产公司承担相应的违约责任。被告桂林华桂房产公司以天气异常、降雨量增多，因中高考停工、供电部门原因二层采购变压器、央行提高存贷款利率、原材料涨价等原因提出抗辩。截止至2011年被告桂林华桂房产公司因逾期交房被判决向业主支付逾期交房违约金共计944497元，因逾期办理房屋所有权证被裁决向业主支付�约金等共计242544元。2009年10月13日被告桂林华桂房产公司被一审法院扣划执行款491277.21元，2009年11月18日被一审法院扣划执行款13535元。
一审法院经审理认为：综合诉辩双方的意见，本案争议的焦点主要是：第一、会议纪要的结算清单是否合法有效，被告是否应当依结算单支付款项；第二，原告是否构成违约，被告主张的损失是否有依据；第三，配套设施建设费、建设用地费等费用是否应当由原告分摊。
围绕当事人的争议焦点，一审法院认为：《最高人民法院关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十四条规定：“本解释所称的合作开发房地产合同，是指当事人订立的以提供出让土地使用权、资金等作为共同投资，共享利润、共担风险合作开发房地产为基本内容的协议”。第二十四条规定：“合作开发房地产合同约定提供土地使用权的当事人不承担经营风险，只收取固定利益的，应当认定为土地使用权转让合同”。原、被告双方签订的《房地产联合开发合同》及《房地产联合开发合同补充协议》名为合作开发合同，实为土地使用权转让合同。原、被告双方签订的《房地产联合开发合同》及《房地产联合开发合同补充协议》、《建筑工程代建合同》及《建筑工程代建合同补充协议》系双方当事人真实意思表示，未违反法律、法规的强制性规定，属有效合同，对双方当事人均具有约束力。
一、关于双方签字认可的会议纪要结算清单是否合法有效，被告是否应当依结算单支付款项的问题。原、被告双方于2012年8月30日就双方工程项目债权、债务事项召开会议，形成的会议纪要以及双方签字、盖章确认的结账确认单，系双方当事人的真实意思表示，未违法法律、法规的强制性规定，应当认定合法有效，�双方当事人均有约束力。被告桂林华桂房产公司未能提供有效证据推翻其签字确认的结算单，故其辩解双方并未结算的理由，与事实不符，不予采信。
根据双方的结算，截止至2012年7月18日，桂林华桂房产公司尚欠桂林巢新公司第一期补偿款4358723.99元，一层车库款1056496元，共计5415219.99元。原告桂林巢新公司应给付被告桂林华桂房产公司九华路2#、3#、16#楼工程款1149784.22元，项目竣工备案费用6万元，排污费7万元，共计1279784.22元。故被告桂林华桂房产公司应给付原告桂林巢新公司的款项为5415219.99元-1279784.22元=4135435.77元，原告桂林巢新公司请求被告桂林华桂房产公司支付4135435元的诉讼请求，予以支持。桂林华桂房产公司辩称，桂林巢新公司所欠的款项应为1715507.10元，而不仅仅是1149784.22元＋130000元=1279784.22元。原告桂林巢新公司陈述所欠的1715507.10元中包含了原告桂�巢新公司应给付被告桂林华桂房产公司的八里街汽车专卖店工程款435722.88元，即双方于2012年8月30日会议纪要中确认的第三项。一审法院认为，该笔款项并不属于双方签订的《房地产联合开发合同》及《房地产联合开发合同补充协议》、《建筑工程代建合同》及《建筑工程代建合同补充协议》涉及的款项，被告桂林华桂房产公司亦未在反诉中提出诉请，该笔款项属于双方其他的合同关系涉及的款项，双方可以另行解决，故被告桂林华桂房产公司的上述辩解理由，不予采信。
《中华人民共和国合同法》第六十二条规定：“当事人就有关合同内容约定不明确，依照本法第六十一条的规定仍不能确定的，适用下列规定：……（四）履行期限不明确的，债务人可以随时履行，债权人也可以随时要求履行，但应当给对方必要的准备时间”。对于原告桂林巢新公司要求被告桂�华桂房产公司从2012年8月30日起给付逾期付款利息，一审法院认为双方虽于2012年8月30日进行了结算确认，但在确认单中并未约定给付的期限，故原告主张的逾期给付利息应当从原告主张权利即从其起诉之日起计算，因双方未约定逾期付款违约金，可按照中国人民银行同期流动资金贷款利率的标准计算。
二、关于原告是否构成违约，被告主张的损失是否有依据。《中华人民共和国合同法》第六十七条规定：“当事人互负债务，有先后履行顺序，先履行一方未履行的，后履行一方有权拒绝其履行要求。先履行一方履行债务不符合约定的，后履行一方有权拒绝其相应的履行要求”。双方于2005年4月26日签订的《房地产联合开发合同补充协议》中约定：补充协议签订后，十天内乙方支付给甲方拆迁补偿人民币200万元，2005年10月和12月底乙方分两次支付给甲方拆迁补偿费各100�元，2006年4月底乙方支付给甲方拆迁补偿费100万元，余款在2006年10月底全部付清给甲方；甲方应在2005年4月底以前配合乙方办理好“九华花园”第一期工程开发范围内地块的土地使用证；乙方支付完第一期工程中的第一批拆迁补偿费（人民币200万元）后，甲方应尽快报呈政府有关部门批准处理库存货物，在2005年5月底以前，将第一期工程开发建设范围内仓库、房屋交给乙方拆迁。从上述约定来看，被告桂林华桂房产公司应当将第一批拆迁补偿款支付给广西区农机桂林公司后，广西区农机桂林公司才将第一期工程开发建设范围内仓库、房屋交给被告桂林华桂房产公司拆迁。但实际上，被告桂林华桂房产公司于2005年10月24日支付拆迁补偿款190万元，2006年1月24日支付拆迁补偿款10万元，即2006年1月24日被告才将第一批拆迁补偿款付清给原告。原、被告双方均认可2005年底2006年�，原告已经将第一期工程的房屋交付给被告拆迁，但具体的时间及交付的情况已经无法核实。被告桂林华桂房产公司提供的2006年9月6日《广西区农业机械桂林分公司职工部分杂物房平面图》测量的系职工部分杂物房，无法证实系属于双方《拆除区农业机械桂林公司旧仓库、门面、办公楼、住宅等房屋补偿表》中列明的第一期拆除仓库的范围，故被告桂林华桂房产公司主张广西区农机桂林公司未按期交付房屋、土地构成违约的主张缺乏事实依据和法律依据，不予支持。
被告桂林华桂房产公司认为原告桂林巢新公司没有开发建设九华花园第二期工程，构成违约。双方2005年4月26日签订的《房地产联合开发合同补充协议》仅约定第二期工程的启动时间双方另行确定，事后双方并未就此问题达成一致意见，双方亦未就拆除职工住房的责任问题作出约定，故被告桂林华桂房�公司认为原告桂林巢新公司没有开发建设九华花园第二期工程，构成违约亦缺乏事实依据和法律依据，不予支持。被告桂林华桂房产公司因第二期工程未开发建设而要求原告赔偿其7#楼未能正常对外销售的损失171万元，因7#楼未能完成建设，是由于7#楼东南面的六层建筑未能完成拆迁，而该六层建筑系职工房改房，并不属于原告负有拆迁义务的二期共向拆迁范围，故被告以此为由要求原告承担赔偿责任亦缺乏事实依据和法律依据，不予支持。被告桂林华桂房产公司逾期向业主交房、逾期办证而赔偿给业主的赔偿款140万元，被告桂林华桂房产公司主张系天气异常、降雨量增多，因中高考停工、供电部门原因二层采购变压器、央行提高存贷款利率、原材料涨价等原因造成逾期交房、逾期办证，而在生效裁判文书中亦没有说明逾期交房、逾期办证系因为逾期拆迁导致逾期交房，而且桂林华桂房产公司提交了两份银行付款凭证均系2009年发生的扣款，被告桂林华桂房产公司2013年才提出要求原告承担此项损失的反诉请求，已经超过了两年的时效，故亦不予支持。
九华路1号第一期工程的土地使用权证在2005年11月21日已办至被告桂林华桂房产公司名下。《中华人民共和国民法通则》第一百三十五条规定：“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为二年，法律另有规定的除外”。被告桂林华桂房产公司主张开发九华花园第一期工程投资款的资金占用费应由原告桂林巢新公司承担195万元（1500万元×1%×13个月），被告桂林华桂房产公司未提供有效证据证实其投资1500万元，且其此项主张已超过了两年的诉讼时效，不予支持。
退一步来说，即便是广西区农机桂林公司构成违约，原、被告在2012年8月30日进行结算的过程中，被告桂林华桂房产公司亦未向原告桂林巢新公司提出要求其承担相应的违约责任。故被告桂林华桂房产公司认为原告存在上述违约行为要求原告支付违约金500万元的诉请，缺乏事实依据和法律依据，不予支持。
三、关于配套设施建设费、建设用地费等费用是否应当由原告分摊的问题。《中华人民共和国合同法》第六十条规定：“当事人应当按照约定全面履行自己的义务”。被告桂林华桂房产公司主张2#、3#、16#职工集资楼的基础配套设施建设用地费用1759968.21元应由原告桂林巢新公司承担。原告桂林巢新公司已经交纳了2#、3#、16#职工集资楼的“以房养路”保证金50万元，预算外资金管理局土地收益金50万元，土地出让金351861.00元，双方所签订的合作合同、代建合同均未对职工集资楼的基础配套设施建设用地费用的负担作出约定，现被告桂林华桂房产公司要求原告桂林巢新公司承担该笔费�，缺乏法律依据，不予支持。
关于2#、3#、16#职工集资楼配套设施建设费问题，双方在《建筑工程代建合同补充协议》约定：甲方职工集资建设的三栋住宅楼属“九华花园”商住小区整体规划范围内项目，其排水、道路、绿化等基础配套设施（不包括外水、外电的增容及安装）的建设，按照市建规委审定的方案，设计单位设计的施工图实施，基础配套工程甲方同意委托乙方代办代建，但建设费用可单列的即单列，不能单列的部分经双方协商签订协议，确定工程费用，基础配套设施的建设费用，按建筑总面积分摊负担。九华花园小区第一期工程基础配套设施建设费共计为103.6万元。第一期工程总建筑面积为33846.73㎡（26032.45㎡＋7814.28㎡），其中2#、3#、16#楼的建筑面积为7814.28㎡，2#、3#、16#楼应分摊的建设费用为239183.94元（7814.28㎡×（1036000元÷33846.73㎡）】。原、被告�方在2012年8月30日的会议纪要中均确认2#、3#、16#职工集资楼室外道路、绿化及排水主管增加的工程款为195508.32元，这说明双方已就2#、3#、16#职工集资楼室外道路、绿化及排水主管工程实际发生的费用进行了结算确认，故原告桂林巢新公司还应给付的分摊配套设施建设费用应为239183.94元-195508.32元=43675.62元。判决：一、桂林市华桂房产综合开发公司给付桂林巢新科技有限公司4135435元及利息（利息计算，以4135435元为本金，从2013年11月19日起至本案生效判决确定的履行期限之日止，按中国人民银行同期流动资金贷款利率分段计付）；二、桂林巢新科技有限公司给付桂林市华桂房产综合开发公司2#、3#、16#职工集资楼配套设施建设费43675.62元；三、驳回桂林巢新科技有限公司的其他诉讼请求；四、驳回桂林市华桂房产综合开发公司的其他反诉请求。
上诉人桂林华桂房产公司�服一审判决，上诉称：一、桂林巢新公司已构成合同违约。桂林巢新公司没有将应属约定的第一期拆迁范围的仓库交由其拆除，违反了双方的合同约定，违约事实明显；二、桂林巢新公司没有做好7#楼东南面的六层建筑的拆迁工作，致使7#楼未能完成建设，合同目的无法实现，给其造成了171万元的经济损失。同时，合同约定的第二期工程到目前为止，都没有商定工程的启动时间及工程拆迁补偿费的支付问题，造成了其1500万元的资金被占用，桂林巢新公司也应承担缔约过失责任；三、双方签订的工程项目债务的会议纪要，只是对2012年8月30日之前的一些补偿款初步统计，并不是双方的最后结算，不能作为认定欠款的依据；四、关于配套设施建设费、建设用地费等费用的分摊情况双方并未约定，由此所产生的费用，应该由双方共同承担。因此一审判决认定事实不清、证据不充分，适用法律错误，请求二审法院撤销一审判决，发回重审或是依法改判支持上诉人的反诉请求。
被上诉人桂林巢新公司答辩称，原判认定事实清楚，适用法律及实体处分恰当，请求二审依法维持原判。
案经本院二审审理，一审认定的事实与二审查明的事实相同，本院予以确认。
本院认为：根据桂林市建设与规划委员会市规管字（2003）236号文，桂林华桂房产公司拟拆迁桂林市九华路与九华路西巷交叉口西北侧、原广西区农机桂林公司仓库及市二建公司203工区范围，新建“九华花园”，桂林华桂房产公司并于2005年11月21日已取得了一期工程9231平方米的土地使用权，故原广西区农机桂林公司与桂林华桂房产公司签订的《房地产联合开发合同》及《房地产联合开发合同补充协议》、《建筑工程代建合同》及《建筑工程代建合同补充协议》系双方当事人的真实意思表示，其内容未违反法律、法规的强制性规定，属有效合同，对双方当事人均具有法律约束力。
原广西区农机桂林公司与桂林华桂房产公司于2005年4月26日签订的《房地产联合开发合同补充协议》约定：补充协议签订后，十天内桂林华桂房产公司支付给原广西区农机桂林公司拆迁补偿费200万元，原广西区农机桂林公司应尽快报呈政府有关部门批准处理库存货物，并在2005年5月底以前，将第一期工程开发建设范围内的仓库、房屋交给桂林华桂房产公司拆迁。而桂林华桂房产公司于2005年10月24日支付拆迁补偿款190万元，2006年1月24日支付拆迁补偿款10万元，即2006年1月24日才将第一批拆迁补偿款付清给原广西区农机桂林公司。2005年底2006年初，原广西区农机桂林公司已经将第一期工程的房屋交付给桂林华桂房产公司拆迁，桂林华桂房产公司对此也是认可的。至于2006年9月6日《广西区农业机械桂林分公司职工部分杂物房平面图》上标注的原广西区农机桂林公司职工部分杂物房，因无法证实系属于双方《拆除区农业机械桂林公司旧仓库、门面、办公楼、住宅等房屋补偿表》中列明的第一期拆除仓库的范围，该房应属第一期拆除仓库范围之外的新增加的被拆除的房屋。故桂林华桂房产公司主张桂林巢新公司未按期全额交付拆迁的房屋及土地构成违约并要求支付违约金500万元的主张缺乏事实依据和法律依据，本院不予支持。而桂林华桂房产公司认为原广西区农机桂林公司没有让其如期开发建设九华花园第二期工程，构成违约。根据双方于2005年4月26日签订的《房地产联合开发合同补充协议》仅约定第二期工程的启动时间双方另行确定，但事后双方并未就此问题达成一致意见，双方亦未就拆除职工住房的责任问题作出约定，故桂林华桂房产公司认为桂林巢新公司没有开发建设九华花园第二期工程，构成违约亦缺乏事实依据和法律依据，本院不予支持。桂林华桂房产公司因第二期工程未开发建设而要求桂林巢新公司赔偿其7#楼未能正常对外销售的损失171万元，因7#楼未能完成建设，是由于7#楼东南面的六层建筑未能完成拆迁，而该六层建筑系职工房改房，并不属于桂林巢新公司负有拆迁义务的二期共向拆迁范围，故桂林华桂房产公司以此为由要求桂林巢新公司承担赔偿责任亦缺乏事实依据和法律依据，本院不予支持。桂林华桂房产公司逾期向业主交房、逾期办证而赔偿给业主的赔偿款140万元，桂林华桂房产公司主张系天气异常、降雨量增多，因中高考停工、供电部门原因二层采购变压器、央行提高存贷款利率、原材料涨价等原因造成逾期交房、逾期办证，而在生效裁判文书中亦没有说明逾期交房、逾期办证系因为逾期拆迁导致逾期交房，而且桂林华桂房产公司提交了两份银行付款凭证均系2009年发生的扣款，桂林华桂房产公司2013年才提出要求桂林巢新公司承担此项损失的反诉请求，已经超过了两年的时效，故本院亦不予支持。九华路1号第一期工程的土地使用权证在2005年11月21日已办至桂林华桂房产公司名下，而桂林华桂房产公司主张开发九华花园第一期工程投资款的资金占用费应由桂林巢新公司承担195万元（1500万元×1%×13个月），桂林华桂房产公司未提供有效证据证实其投资了1500万元，且其此项主张已超过了两年的诉讼时效，本院不予支持。
原广西区农机桂林公司与桂林华桂房产公司于2012年8月30日就双方工程项目的债权、债务事项召开会议，形成的会议纪要以及双方签字、盖章确认的结账确认单，系双方当事人的真实意思表示，未违反法律、法规的强制性规定，是�法有效的，可以作为认定本案事实的依据。桂林华桂房产公司上诉称会议纪要只是双方对2012年8月30日之前的一些补偿款初步统计，并不是双方的最后结算，不能作为认定欠款的依据，经查，其辩解意见与事实不符，本院不予采信。根据双方的结算，截止至2012年7月18日，桂林华桂房产公司尚欠桂林巢新公司第一期拆迁补偿款4358723.99元，一层车库款1056496元，共计5415219.99元。桂林巢新公司应给付桂林华桂房产公司九华路2#、3#、16#楼工程款1149784.22元，项目竣工备案费用6万元，排污费7万元，共计1279784.22元。故桂林巢新公司要求桂林华桂房产公司给付4135435.77元（5415219.99元-1279784.22元）款项的诉请，符合法律规定，本院予以支持。至于桂林巢新公司要求桂林华桂房产公司从2012年8月30日起给付逾期付款利息的问题，因双方虽于2012年8月30日进行了结算确认，但在确认单中并�约定给付的期限和利息，也未约定逾期付款违约金，为公平计，桂林巢新公司主张的逾期付款利息可从其主张权利即从其起诉之日起计算（按照中国人民银行同期流动资金贷款利率的标准计算）。桂林华桂房产公司辩称，桂林巢新公司所欠的款项应为1715507.10元，而不仅仅是1149784.22元＋130000元=1279784.22元。桂林巢新公司陈述所欠的1715507.10元中，包含了桂林巢新公司应给付桂林华桂房产公司的八里街汽车专卖店工程款435722.88元，即双方于2012年8月30日会议纪要中确认的第三项。因该笔款项并不属于双方签订的《房地产联合开发合同》及《房地产联合开发合同补充协议》、《建筑工程代建合同》及《建筑工程代建合同补充协议》涉及的款项，属于双方其他的合同关系涉及的款项，桂林华桂房产公司可另行诉讼解决，故桂林华桂房产公司的上述辩解理由，本院也不予采信�
桂林华桂房产公司主张2#、3#、16#职工集资楼的基础配套设施建设用地费用1759968.21元应由桂林巢新公司承担的问题。因双方所签订的合作合同、代建合同及其补充协议均未对职工集资楼的基础配套设施建设用地费用的负担作出约定，而现在桂林华桂房产公司已经在其开发建设的第一期商住楼与2#、3#、16#职工集资楼之间设立了隔断围栏，2#、3#、16#职工集资楼的居民想要进入九华花园（桂林华桂房产公司建设的第一期商住楼）散步、休闲已经受限，况且桂林华桂房产公司还享有该三栋职工集资楼的一层车库，故现桂林华桂房产公司要求桂林巢新公司全额承担该笔费用，显然有失公平、合理的原则，本院不予支持。桂林华桂房产公司可待九华花园第二期商住楼建设完工后就2#、3#、16#职工集资楼的基础配套设施建设用地费用另行协调处理。关于2#、3#、16#职工集资楼配套�施建设费问题，双方在《建筑工程代建合同补充协议》约定：甲方职工集资建设的三栋住宅楼属“九华花园”商住小区整体规划范围内项目，其排水、道路、绿化等基础配套设施（不包括外水、外电的增容及安装）的建设，按照市建规委审定的方案，设计单位设计的施工图实施，基础配套工程桂林巢新公司同意委托桂林华桂房产公司代办代建，但建设费用可单列的即单列，不能单列的部分经双方协商签订协议，确定工程费用，基础配套设施的建设费用，按建筑总面积分摊负担。九华花园小区第一期工程基础配套设施建设费共计为103.6万元。第一期工程总建筑面积为33846.73㎡（26032.45㎡＋7814.28㎡），其中2#、3#、16#楼的建筑面积为7814.28㎡，2#、3#、16#楼应分摊的建设费用为239183.94元（7814.28㎡×（1036000元÷33846.73㎡）】。双方在2012年8月30日的会议纪要中均确认2#、3#、16#职工集资楼室外道路、绿化及排水主管增加的工程款为195508.32元，这说明双方已就2#、3#、16#职工集资楼室外道路、绿化及排水主管工程实际发生的费用进行了结算确认，故桂林巢新公司还应给付的分摊配套设施建设费用应为239183.94元-195508.32元=43675.62元。
综上所述，上诉人桂林华桂房产公司上诉理由不成立，本院不予支持。一审法院的判决认定事实清楚，适用法律及实体处理恰当，应当予以维持。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（一）项之规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判，
本案二审收诉讼费87057元，由上诉人桂林华桂房产公司负担。
本判决为终审判决。
审判长 罗丽娜
审判员 唐国登
审判员 唐崇达
二〇一五年三月二十五日
书记员 刘文静