广西壮族自治区高级人民法院
民 事 判 决 书
（2016）桂民终349号
上诉人（一审被告、反诉原告）：南宁九禾测土配肥有限责任公司。住所地广西南宁市横县六景工业园区。
法定代表人：冯学宁，该公司执行董事。
委托诉讼代理人：黄强光，广西同望律师事务所律师。
委托诉讼代理人：傅捷，广西同望律师事务所律师。
被上诉人（一审原告、反诉被告）：北海市第二建筑工程公司。住所地广西北海市海城区东二巷*号。
法定代表人：吴一，该公司总经理。
委托诉讼代理人：文仁振，广西八桂律师事务所律师。
上诉人南宁九禾测土配肥有限责任公司（以下简称九禾公司）因与被上诉人北海市第二建筑工程公司（以下简称北海二建）建设工程施工合同纠纷一案，不服南宁市中级人民法院（2014）南市民一重字第1号民事判决，向本院提起上诉。本院于2016年10月12日立案后，依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。上诉人九禾公司的委托诉讼代理人傅捷、被上诉人北海二建的委托诉讼代理人文仁振到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
九禾公司上诉请求：1、撤销一审判决第一、二、三、四、九项；2、驳回北海二建的诉讼请求；3、变更一审判决第五项为判令北海二建向九禾公司支付逾期竣工违约金4142164.59元；4、判令北海二建对存在的工程质量问题进行整改，使之达到合格的标准；5、维持一审判决第六、七、八项。事实和理由：一、北海二建已完成的工程造价为18071939.42元，而不是21209589.84元。广西正德工程造价咨询有限公司（以下简称正德公司）出具的《10万吨/年低浓度复肥项目一期工程及其附属工程造价鉴定报告》（以下简称《鉴定报告》）多算了3137650.42元。其中：（一）已确定部分多算工程款1571937.75元。其中复混肥车间工程多算工程款101347.76元，1#成品库房工程多算工程款291732.16元，锅炉房厕所工程多算工程款22623.46元，一期签证工程多算工程款32279.64元，总给排水工程多算工程款345434.56元，围墙工程多算工程款179664.68元，职工宿舍装饰工程多算工程款5695.91元，道路工程多算工程款51738.81元，一期工程及附属项目安装工程签证多算19995.56元，一期附属工程不应适用桂建标字[2008]5号文调整人工费，该部分费用521425.21元不应列入工程款中。（二）1#成品库桩基工程，不应计算“实际增加造价317288.35元”。北海二建在2007年1月26日的《投标报价》中对1#成品库桩基工程进行了报价，其混凝土灌注桩报价是按根计算的。工程采用邀请招标的方式进行招标，招标文件中要求的承包方式为“按现定施工图纸，在招标范围内实行总价包干，包工包料”，因此北海二建在报价时应包含图纸范围内的所有内容，即使报价中存在缺项，造成报价过低，其风险也应该由北海二建承担。且根据北海二建的投标文件，混凝土灌注桩共54根，平均长度为14.7m，但在实际施工中，该项工程平均长度仅为11.62m，远少于投标工程量，即北海二建完成的实际工程量少于约定工程量，应得的工程款理应少于投标报价即合同约定价款。（三）《鉴定报告》计算“复混肥车间、1#成品库、消防站、锅炉房、厕所、一期签证工程按施工期间以及一期工程主要材料价差675642.66元”，没有任何事实和法律或合同上的依据。本案工程的造价实行固定总价包干，如果在施工期间存在工程材料费的上涨，也完全属于北海二建在合同签订时已经预见到的可能会发生的商业风险，应由北海二建自行承担。且北海二建存在严重延误工程施工进度的行为，施工期间工程材料费上涨也是由于北海二建的过错所造成的，应由北海二建自行承担后果。开放城市补贴及施工配合费亦不应计算在工程总造价中。二、北海二建严重逾期竣工，应按有效合同约定的违约金标准支付违约金。（一）北海二建承建的一期项目复混肥车间、1#成品库、尾气洗涤箱及沉降池、消防站、锅炉房、厕所等工程及一期项目附属工程均存在逾期竣工的情形，应按合同约定支付违约金。一审判决认定九禾公司提前使用工程缺乏事实证据。（二）一审判决以依法应属无效的《南宁九禾公司与北海二建公司工程施工补充协议》（以下简称《补充协议》）为判断北海二建是否逾期竣工的依据错误。《补充协议》关于工期的变更构成对合同实质性内容的变更，根据《招标投标法》第四十六条的规定，该《补充协议》依法无效，不能作为判断北海二建是否逾期竣工的依据。（三）一审判决滥用自由裁量权，按照“金融机构同期流动资金一年期贷款利率的130%”计算违约金明显过低。合同约定的逾期竣工违约金标准为每日万分之五，是双方当事人的真实意思表示，也符合招投标文件的规定，为有效约定，应予执行。三、北海二建施工的部分工程存在质量问题，九禾公司多次催促北海二建进行整改维修，北海二建至今仍未整改，一审判决对此不予认定错误。四、一审判决在返还质保金问题上，认定事实及实体处理均存在错误。北海二建存在严重逾期竣工、工程质量未达到合同要求且拒绝承担保修义务、未依合同约定交付完整的工程资料、未依合同约定足额开具工程款发票等多项违约行为，九禾公司扣留履约保证金是依法行使履约抗辩权，并无不妥。即使九禾公司需向北海二建返还履约保证金，其数额亦应扣除北海二建需承担的违约金。各工程履约保证金之和（319137.4+1178527.6）北海二建应支付的逾期竣工违约金4142164.59元=2644499.59元，换言之，九禾公司的返还履约保证金义务与北海二建承担逾期竣工违约责任相抵后，九禾公司无需额外向北海二建返还履约保证金。综上，一审判决认定事实错误，损害了九禾公司的合法权益，请求二审法院依法予以纠正。
北海二建辩称，一、北海二建与九禾公司签订的系列协议没有违反法律及行政法规的强制性规定，合法有效。二、正德公司出具的《鉴定报告》是准确无误的，北海二建施工的工程造价应为21209589.84元。一审判决根据正德公司出具的《鉴定报告》判令九禾公司向北海二建支付工程款及利息正确。三、北海二建施工的一期项目工程（车间、成品库、消防站、锅炉房、厕所、洗涤箱、沉降池）不存在逾期竣工的情形。北海二建与九禾公司于2007年11月27日签订的《补充协议》约定一期工程项目变更至2007年12月25日前完工，一期附属工程变更至2008年12月5日为起点，完工日期为2009年4月3日。九禾公司在2007年8月23日前已实际使用一期工程项目进行生产，亦认可洗涤箱和沉降池工程于2007年10月29日完工，没有超过双方变更的完工日期。四、九禾公司认为北海二建施工的工程质量存在问题没有事实和法律依据。九禾公司提前使用了车间、成品库、锅炉房、厕所、消防站等工程，现又以工程存在质量问题主张权利依法不应得到支持，且本案讼争工程均已通过了五方验收，工程质量合格。五、九禾公司拖欠北海二建履约保证金，应当予以返还并计付利息。九禾公司主张的逾期竣工违约金过高，北海二建认可一审判决的违约金计算标准。综上，一审判决认定事实清楚，适用法律正确，应予维持。
北海二建向一审法院起诉请求：1、判令九禾公司向北海二建支付一期项目工程款2372258.39元，并按银行同期贷款利率支付利息至执行终结止（自2007年8月23日起暂计至2009年10月31日止利息为379561.34元，此后利息另计）；2、判令九禾公司向北海二建支付一期项目附属配套工程款2587239.32元，并按银行同期贷款利率支付利息至执行终结止（自2008年12月3日起暂计至2009年10月31日止利息为133139.34元，此后利息另计）；3、判令九禾公司退还北海二建一期项目工程履约保证金319137.4元，并按银行同期贷款利率计付利息至执行终结止（自2007年8月23日起暂计至2009年10月31日止利息为51061.98元，此后利息另计）；4、判令九禾公司退还北海二建一期项目附属配套工程履约保证金1178527.6元，并按银行同期贷款利率支付利息至执行终结止（自2008年12月3日起暂计至2009年10月31日止利息为60647.03元，此后利息另计）；5、判令九禾公司支付北海二建留作一期项目工程质量保证金的工程款460434.65元，并按银行同期贷款利率支付利息至执行终结止（自2008年2月23日起暂计至2009年10月31日止利息为59948.59元，此后利息另计）；6、判令九禾公司支付北海二建留作一期项目附属配套工程质量保证金的工程款679702.95元，并按银行同期贷款利率计付利息至执行终结止（自2009年6月3日起暂计至2009年10月31日止利息为15592.38元，此后利息另计）。
九禾公司向一审法院反诉请求：1、判令北海二建向九禾公司支付逾期竣工违约金4142164.59元；2、判令北海二建对存在的工程质量问题进行整改，使之达到合格标准；3、判令北海二建向九禾公司交付完整合格的工程竣工资料4套；4、判令北海二建向九禾公司开具12967539.93元的工程款发票。
一审法院认定事实：
2007年2月28日，九禾公司（甲方）与北海二建（乙方）签订《一期项目复肥车间、1#成品库建筑工程承包合同》，合同约定：由北海二建承包九禾公司一期项目复混肥车间、1#成品库建筑工程，工程地点在南宁六景工业园区，复混肥车间建筑工程含车间厂房建筑、结构、电气、排水工程，1#成品库建筑工程含仓库建筑、结构、电气、给排水工程，开工日期2007年3月1日（具体以开工报告为准），竣工日期2007年4月30日，合同工期总日历天数60天，合同价款5451169元。合同还约定了双方其他权利义务。2007年4月13日，九禾公司与北海二建签订《一期项目消防站工程承包合同》，合同约定：由北海二建承包九禾公司一期项目消防站工程，工程地点在南宁六景工业园区，承包范围按发包方提供的施工图范围包工包料。开工日期2007年4月15日（具体以开工报告为准），竣工日期2007年5月15日，合同总日历天数30天，合同价款386388元。合同还约定了双方其他权利义务。2007年4月13日，九禾公司与北海二建签订《一期项目锅炉房、厕所工程承包合同》，合同约定：由北海二建承包九禾公司一期项目锅炉房、厕所工程，工程地点在南宁六景工业园区，承包范围按发包方提供的施工图范围包工包料。开工日期2007年4月15日（具体以开工报告为准），竣工日期2007年5月15日，合同总日历天数30天，合同总价款545191元。合同还约定了双方其他权利义务。2007年9月1日，九禾公司与北海二建签订《一期项目尾气洗涤箱及沉降池工程承包合同》，合同约定：由北海二建承包九禾公司一期项目尾气洗涤箱及沉降池工程，工程地点在南宁六景工业园区，承包范围按发包方提供的施工图范围包工包料。开工日期2007年9月6日（具体以开工报告为准），竣工日期2007年9月18日，合同总日历天数12天，合同总价款413913元。合同还约定了双方其他权利义务。2007年9月26日，九禾公司与北海二建签订《年产60万吨复肥生产基地一期附属工程施工合同》，合同约定：由北海二建承包九禾公司年产60万吨复肥生产基地附属工程，工程内容为施工图及工程清单所示范围的1#职工倒班宿舍楼、总变电站、一期厂区道路、围墙及地下管网。开工日期以总监理工程师签发开工令为准。合同工期总日历天数120天。合同价款11785276元。合同还约定了双方其他权利义务。2007年11月27日，九禾公司（甲方）与北海二建（乙方）签订《补充协议》，约定：乙方重新编制复肥车间、1#成品库、锅炉房（含厕所）及消防站等各单项工程未完工程量施工详细进度计划并报甲方批准实施，保证在2007年12月25日前完工。乙方重新编制年产60万吨复肥装置附属工程（总变电站、1#职工倒班宿舍、厂区道路、大门、传达室及围墙、总给排水）各单项工程施工进度详细计划并报监理及甲方批准实施，保证按照甲方重新核定的总工期完工。附属工程总工期为120天，从2008年12月5日为起始点。协议同时约定双方的其他权利义务。2007年6月15日，北海二建向九禾公司支付车间、1#成品库工程履约保证金272558.45元。2007年6月20日，北海二建向九禾公司支付一期项目消防站、锅炉房、厕所工程履约保证金46578.95元。2007年9月28日，北海二建向九禾公司支付60万吨复混肥生产基地项目附属工程履约保证金1178527.6元。
施工合同签订后，北海二建按照九禾公司的通知进场施工。复肥车间、1#成品库在2007年3月31日开工，尾气洗涤箱及沉降池工程在2007年9月4日开工，消防站工程在2007年4月16日开工，锅炉房、厕所工程在2007年3月31日开工，一期项目附属工程在2007年12月5日开工。一期项目工程未验收前，九禾公司已将北海二建承建的一期项目部分工程投入使用。2007年8月23日，九禾公司对其生产的复混肥（1258）的产品质量进行检验，检验结论为合格。2008年11月6日，北海二建承建的一期项目工程（包括复肥车间、1#成品库、消防站、锅炉房、厕所及签证工程等）经勘察、设计、施工、监理、建设单位五方验收合格。2009年8月28日，北海二建承建的一期项目附属工程（包括年产60万吨复肥生产基地一期附属工程施工图及工程清单所示范围的1#职工倒班宿舍楼、总变电站、一期厂区道路、围墙及地下管网工程等）经勘察、设计、施工、监理、建设单位五方验收合格。双方在诉讼前，未能进行工程竣工结算。北海二建认为九禾公司拖欠工程款及未退还履约保证金，遂向法院提起诉讼。九禾公司在答辩同时提出反诉请求。
案件审理过程中，经北海二建申请，法院委托正德公司对10万吨/年低浓度复混肥项目一期工程及附属工程（包括：1、一期项目复肥车间、1#成品库建筑工程；2、一期项目尾气洗涤箱及沉降池工程；3、一期项目消防站工程；4、一期项目锅炉房、厕所工程；5、年产60万吨复肥生产基地一期附属工程）造价进行鉴定，该公司于2012年11月8日作出桂正咨基字（2012）第414号《鉴定报告》，鉴定结论为：10万吨/年低浓度复合肥项目一期工程及其附属工程已确定部分造价为20409018.21元，另有未确定造价900606.78元（由法院裁定）。北海二建向正德公司预交鉴定费20万元。九禾公司对上述鉴定结论提出异议，法院要求正德公司根据九禾公司的异议对涉诉工程造价进行复核。2015年6月29日，正德公司作出桂正咨基字（2012）第414号（修）《鉴定报告》，鉴定结论为：10万吨/年低浓度复合肥项目一期工程及其附属工程已确定部分造价为20165554.76元，另有未确定造价1044035.08元（由法院裁定）。经法院组织双方当事人质证，北海二建对该鉴定报告无异议，九禾公司对该鉴定报告仍提出异议，正德公司对九禾公司再次提出的异议分别两次作出书面回复。2016年2月26日，正德公司作出《关于10万吨/年低浓度复混肥项目一期工程及其附属工程造价鉴定的说明》，确认：一、一期项目工程已确定部分造价为7921701.98元，另有未确定造价1044035.08元（由法院裁定）；二、一期项目附属工程已确定部分造价为12243852.78元，无未确定造价。
另查明，经组织双方当事人对账，九禾公司已付工程款数额为16703116.70元。此外，北海二建承认九禾公司代其支付农民工工资248133元及施工期间水电费16290.23元，该248133元及16290.23元应计入附属工程款中，九禾公司对此予以确认。因此，九禾公司已付工程款数额为16967539.93元（即16703116.70元+248133元+16290.23元=16967539.93元）。双方当事人均确认，九禾公司已支付的一期项目工程款数额为6376000元，已支付的一期项目附属工程款数额为10591539.93元。九禾公司至今未退回工程履约保证金1497665元(其中一期项目工程履约保证金319137.4元，一期项目附属工程履约保证金1178527.6元)给北海二建。
又查明，北海二建系具有房屋建筑工程施工总承包壹级、建筑装修装饰工程专业承包贰级、钢结构工程专业承包叁级、消防设施工程专业承包叁级资质的建筑企业。
一审法院认为，北海二建与九禾公司签订的工程承包合同及补充协议，系双方当事人的真实意思表示，未违反法律、行政法规的强制性规定，合同依法成立且合法有效，双方当事人应依约履行合同义务。一、关于北海二建承建的工程造价问题。根据北海二建申请，法院依照法定程序委托正德公司对涉诉工程造价进行司法鉴定。正德公司具备相应鉴定资格，其受法院委托依照既定程序对有关委托事项进行鉴定，程序合法。正德公司评定涉诉工程已确定部分造价为20165554.76元，另有未确定造价1044035.08元（由法院裁定）。九禾公司对正德公司的鉴定结论提出异议，但没有足以反驳的相反证据和理由，依照《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第七十一条“人民法院委托鉴定部门作出的鉴定结论，当事人没有足以反驳的相反证据和理由的，可以认定其证明力”的规定，对正德公司作出的鉴定报告予以采信。关于该鉴定报告中未确定部分造价1044035.08元，双方均确认该部分工程系北海二建施工完成并已交付九禾公司使用，因此，该部分工程造价理应由九禾公司支付给北海二建。双方对如何计算该部分工程造价约定不明确且对计算标准存在争议，在此情形下，鉴定机构按照定额计算该部分工程造价，并无不当。据此，该部分工程造价1044035.08元应由九禾公司承担支付义务。综上，北海二建承建的涉诉工程造价为21209589.84元（其中一期项目工程造价为8965737.06元，二期项目附属工程造价为12243852.78元）。二、关于九禾公司是否欠北海二建工程款的问题。如前所述，北海二建承建的涉诉工程造价为21209589.84元（其中一期项目工程造价为8965737.06元，一期项目附属工程造价为12243852.78元），九禾公司已支付工程款为16967539.93元（其中已支付一期项目工程款6376000元，已支付一期项目附属工程款10591539.93元），因此，九禾公司尚欠北海二建的工程款为4242049.91元（其中一期项目工程款2589737.06元，一期项目附属工程款1652312.85元）。北海二建承建的涉诉工程早已交付九禾公司使用至今，北海二建诉请九禾公司付清拖欠的工程款并按银行同期贷款利率支付利息，符合法律规定，应予支持。根据查明的事实，北海二建承建的一期项目工程及一期项目附属工程分别于2008年11月6日及2009年8月28日经五方验收合格，尽管九禾公司在2007年8月23日前已实际使用一期项目部分工程进行生产，但当时尚未全部完成一期项目工程，且双方就涉诉工程未办理交接手续，依照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十四条及第十八条的规定，涉诉工程竣工验收合格之日为竣工交付日期，九禾公司应从涉诉工程交付之日起向北海二建支付相应工程款并按中国人民银行发布的同期同类贷款利率支付所欠工程款的利息。九禾公司尚欠北海二建一期项目工程款为2589737.06元，但北海二建在本案中仅诉请九禾公司支付一期项目工程款2372258.39元及利息，系其对自己权利的处分，不违反法律规定，故九禾公司应向北海二建支付一期项目工程款2372258.39元及利息（利息计算：以2372258.39元为本金，从2008年11月7日起，按中国人民银行发布的同期同类贷款利率分段计至本案生效判决规定的履行期限最后一日止）。北海二建要求九禾公司从2007年8月23日起支付一期项目工程款利息，理由不充分，不予支持。九禾公司尚欠北海二建一期项目附属工程款1652312.85元，故九禾公司应向北海二建支付一期项目附属工程款1652312.85元及利息（利息计算：以1652312.85元为本金，从2009年8月29日起，按中国人民银行发布的同期同类贷款利率分段计至本案生效判决规定的履行期限最后一日止）。北海二建要求九禾公司支付一期项目附属工程款2587239.32元并从2008年12月3日起支付利息，理由不充分，不予支持。三、关于九禾公司是否应向北海二建退还履约保证金的问题。合同签订后，北海二建向九禾公司支付一期项目车间、1#成品库工程履约保证金272558.45元，支付一期项目消防站、锅炉房、厕所工程履约保证金46578.95元，合计319137.4元。按照双方订立的一期项目工程合同（车间、成品库合同、消防站合同、锅炉房及厕所合同）专用条款第41.3条（4）约定，上述履约保证金应在工程竣工验收合格之日起14日内返还。北海二建承建的一期项目工程于2008年11月6日经五方验收合格，但九禾公司至今未依约向北海二建退还履约保证金，故九禾公司应向北海二建退还履约保证金319137.4元并支付相应利息（利息计算：以319137.4元为本金，从2008年11月21日起按中国人民银行发布的同期同类贷款利率分段计至本案生效判决规定的履行期限最后一日止）。另，北海二建向九禾公司支付60万吨复混肥生产基地项目附属工程履约保证金1178527.6元。按照《年产60万吨复肥生产基地一期附属工程施工合同》专用条款第41.3条（2）约定，在工程竣工验收合格后7个工作日内，九禾公司应退还北海二建履约保证金。北海二建承建的一期项目附属工程于2009年8月28日经五方验收合格，但九禾公司至今未依约向北海二建退还履约保证金，故九禾公司应向北海二建退还履约保证金1178527.6元并支付相应利息（利息计算：以1178527.6元为本金，从2009年9月9日起按中国人民银行发布的同期同类贷款利率分段计至本案生效判决规定的履行期限最后一日止）。四、关于北海二建是否存在逾期竣工及工程质量问题、未提交完整工程资料及未足额开具工程款发票的问题。1、关于逾期竣工违约金问题。双方签订的补充协议对有关工期变更进行约定：一期工程项目工期变更为至2007年12月25日前完工；一期项目附属工程总工期120天，变更为从2008年12月5日为起始点，即完工日期为2009年4月3日。超过补充协议约定期限的，应视为逾期。根据查明的事实，九禾公司在2007年8月23日前已实际使用一期项目部分工程进行生产，而要形成复混肥生产能力则需使用一期项目的复肥车间、1#成品库、锅炉房、厕所及消防站工程等，因此，对北海二建关于九禾公司在竣工验收前提前使用复肥车间、1#成品库、锅炉房、厕所及消防站工程的主张予以采信，对九禾公司要求北海二建支付上述工程逾期竣工违约金的请求不予支持。尾气洗涤箱及沉降池工程，九禾公司主张是2007年10月29日完工，未超过补充协议约定的最终完工日期2007年12月25日，故对九禾公司要求北海二建支付该工程逾期竣工违约金的请求不予支持。年产60万吨复肥生产基地一期附属工程，九禾公司提供的《单位〈子单位〉工程质量竣工验收记录》记载竣工日期2009年8月22日，比补充协议约定的完工日期2009年4月3日延迟141天，故对九禾公司要求北海二建支付该工程逾期竣工违约金的请求予以支持。双方订立的《年产60万吨复肥生产基地一期附属工程施工合同》专用条款第35.2条约定，如果延期超过10天以上的，则每延误一天工期，承包人（北海二建）按合同总价款万分之四向发包人（九禾公司）支付逾期违约金。北海二建认为按合同总价款每日万分之四计算违约金过高且九禾公司已使用涉案工程，故不存在损失，不应计算逾期竣工违约金。鉴于九禾公司未提交工程逾期竣工造成其实际损失的证据，依照《中华人民共和国合同法》第一百一十四条及《最高人民法院关于适用<中华人民共和国合同法>若干问题的解释（二）》第二十九条的规定，酌情调整为按金融机构同期流动资金一年期贷款利率的130%计算违约金，则一期项目附属工程逾期竣工违约金为314270.69元[即11785276元×（5.31%/年÷365天/年×130%）×141天=314270.69元]。2、关于工程质量问题。九禾公司在工程竣工验收前提前使用了一期项目的复肥车间、1#成品库、锅炉房、厕所及消防站工程，依照法律规定，对其以复肥车间、1#成品库、锅炉房、厕所及消防站工程存在质量问题提出的权利主张不予支持。本案一期项目附属工程已经五方验收合格，九禾公司主张一期项目附属工程存在质量问题，但其未能就此主张提供充分确凿证据予以证明，对其主张不予支持。3、关于工程竣工资料及工程款发票问题。提交完整的竣工资料，收取工程款后开具发票，是施工方的义务。北海二建应按合同要求向九禾公司提供4套竣工资料，并向九禾公司开具对应金额的发票。五、关于北海二建要求九禾公司退还工程质量保证金的问题。北海二建承建的一期项目工程及一期项目附属工程在诉讼前已经验收合格并交付九禾公司使用至今，鉴于前述已判令九禾公司向北海二建支付一期项目工程款、一期项目附属工程款并支付相应利息，该款项已包含质量保证金及相应利息，因此，对北海二建要求九禾公司退还一期项目工程质量保证金、一期项目附属工程质量保证金并支付相应利息的诉讼请求不予支持。综上，依照《中华人民共和国合同法》第八条、第四十四条、第六十条第一款、第一百零七条、第一百一十四条、第二百六十九条、第二百七十九条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十三条、第十四条、第十八条，《最高人民法院关于适用<中华人民共和国合同法>若干问题的解释（二）》第二十九条及《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条之规定，判决：一、九禾公司向北海二建支付一期项目工程款2372258.39元及该款利息（利息计算：以2372258.39元为本金，从2008年11月7日起，按中国人民银行发布的同期同类贷款利率分段计至本案生效判决规定的履行期限最后一日止）；二、九禾公司向北海二建支付一期项目附属工程款1652312.85元及该款利息（利息计算：以1652312.85元为本金，从2009年8月29日起，按中国人民银行发布的同期同类贷款利率分段计至本案生效判决规定的履行期限最后一日止）；三、九禾公司向北海二建返还一期项目工程履约保证金319137.4元并支付该款利息（利息计算：以319137.4元为本金，从2008年11月21日起按中国人民银行发布的同期同类贷款利率分段计至本案生效判决规定的履行期限最后一日止）；四、九禾公司向北海二建返还一期项目附属工程履约保证金1178527.6元并支付该款利息（利息计算：以1178527.6元为本金，从2009年9月9日起按中国人民银行发布的同期同类贷款利率分段计至本案生效判决规定的履行期限最后一日止）；五、北海二建向九禾公司支付工程逾期竣工违约金314270.69元；六、北海二建向九禾公司交付符合合同约定的工程竣工资料4套；七、北海二建按其已收到的款项金额向九禾公司开具相应发票；八、驳回北海二建的其他诉讼请求；九、驳回九禾公司的其他反诉请求。本诉案件受理费69880元，由北海二建负担14880元，九禾公司负担55000元。反诉案件受理费19969元，由北海二建负担1600元，九禾公司负担18369元。工程造价鉴定费200000元，由北海二建负担100000元，九禾公司负担100000元。
二审中，双方当事人均没有提交新证据。对于一审判决查明的事实，九禾公司认为一审判决查明“一期项目工程未验收前，九禾公司已将北海二建承建的一期项目部分工程投入使用”不是事实，认为正德公司出具的《鉴定报告》多计算了工程造价。北海二建对一审判决查明的事实没有异议。对当事人二审争议的事实，本院认定如下：北海二建在一审期间提交了2007年8月23日加盖九禾公司化验室印章的《南宁九禾测土配肥有限责任公司复混肥料产品质量检验报告单》2份、2007年10月24日至26日的《南宁九禾复混肥车间班组生产情况记录表》3份，九禾公司对证据的真实性没有异议，主张上述证据只能证明是试生产，但根据相关报告单及生产情况记录表上的内容分析，无法得出试生产的结论，且复混肥生产需使用一期项目的复肥车间、1#成品库、锅炉房、厕所及消防站等工程，故一审判决据此认定九禾公司在2007年8月23日前已实际使用一期项目部分工程进行生产，有事实依据。九禾公司提出的该事实异议不成立，依法不予支持。一审判决查明的事实属实，依法予以确认。
根据诉辩双方的意见，归纳本案争议焦点为：1、本案讼争工程的工程造价是多少，九禾公司尚欠北海二建多少工程款；2、北海二建是否存在逾期竣工的违约行为，应按什么标准计付违约金；3、九禾公司诉请北海二建整改工程质量应否支持；4、九禾公司应否向北海二建返还履约保证金和质保金。
本院认为：
一、关于本案讼争工程造价问题。一审判决以正德公司出具的《鉴定报告》为依据，认定一期项目工程已确定部分造价为7921701.98元，另有未确定造价1044035.08元；一期项目附属工程已确定部分造价为12243852.78元。九禾公司对该工程造价鉴定结论提出异议，主张确定造价部分在计算复混肥车间、1#成品库、锅炉房工程、一期签证工程、总给排水工程、围墙工程、职工宿舍装饰工程、道路工程、一期项目签证工程等工程造价时，存在多算工程造价的问题，对此正德公司均逐一进行了回复，对其计算依据和计算方法进行了说明，九禾公司无任何证据予以反驳，故对九禾公司提出的该部分异议，依法不予支持。关于一期项目附属工程应否适用桂建标字[2008]5号文调整人工费的问题。根据施工合同专用条款的约定，本案讼争工程采用固定总价，合同价款中包括的风险范围是除工程变更、政策性调整和不可抗力因素以外的其他风险，而桂建标字[2008]5号属于政策性调整，故正德公司依据该文件规定调整工程人工费符合合同约定，九禾公司上诉主张一期项目附属工程适用桂建标字[2008]5号文调整人工费错误，理由不成立，依法不予支持。关于未确定部分工程造价应否计入本案讼争工程造价的问题。首先，关于一期工程材料价差499244.09元和一期签证工程材料价差176398.57元。北海二建认为工期延误导致材料价格上涨，故要求进行材料补差。北海二建作为施工方在其投标时对工期要求是清楚的，施工合同亦是双方当事人的真实意思表示，虽然九禾公司与北海二建于2007年11月27日签订补充协议对工期进行了调整，但双方对于工程材料价格并没有作出重新约定，且补充协议约定如由于九禾公司原因造成北海二建单项工程不能施工七天以上的，九禾公司赔偿该部分工程的机具的台班费，现北海二建没有提供证据证明由于九禾公司的原因导致工期延误，故北海二建要求进行材料补差，没有合同和法律依据。一期工程材料价差499244.09元和一期签证工程材料价差176398.57元不应计入本案讼争工程造价。其次，关于1#成品库桩基础（D=1000mm）实际增加造价317288.35元。北海二建投标清单中关于混凝土灌注桩有两个报价，序号7和序号8均是桩径1000mm的报价，缺少桩径1200mm的报价，故正德公司对于桩径1200mm的桩根据定额重新套价确定其造价正确。对于桩径1000mm的桩，正德公司认为存在两个报价单位，无法确定应按何种报价计算，故按实际桩长套定额计算出该部分桩实际增加造价317288.35元。根据北海二建的投标清单，虽然单价单位约定不明确，但其在项目名称这一栏中已明确单桩长度、根数分别为14.7米、54根，工程数量54，综合单价7008.06元，合价378435.24元，故工程数量中的54所对应的单位应是根，该桩基单价已在投标清单中列明，不应再套用定额计算，故该部分增加造价317288.35元不应列入讼争工程造价。第三，关于工程开放城市补贴51104.07元。施工合同中虽然没有明确约定，但正德公司在答复中已说明开放城市补贴属于人工费的政策性调整，不属于合同固定价款中包含的风险范围，故正德公司将该部分款项计入讼争工程造价并无不当。综上，对于未确定部分造价1044035.08元，除开放城市补贴51104.07元应计入讼争工程造价外，一期工程材料价差499244.09元、一期签证工程材料价差176398.57元及1#成品库桩基础（D=1000mm）实际增加造价317288.35元，合计992931.01元不应计入讼争工程造价。故本案讼争一期项目工程造价为7972806.05元，一期项目附属工程造价为12243852.78元，合计工程造价为20216658.83元。九禾公司已支付工程款16967539.93元（其中已支付一期项目工程款6376000元，一期项目附属工程款10591539.93元），九禾公司尚欠北海二建的工程款为3249118.9元（其中一期项目工程款1596806.05元，一期项目附属工程款1652312.85元）。一审判决认定的一期项目工程造价有误，应予纠正。
二、关于北海二建是否存在逾期竣工的违约行为，应按什么标准计付违约金的问题。九禾公司与北海二建签订的系列工程施工合同中对每项工程的工期均有约定，但北海二建在履行合同施工过程中，经与九禾公司协商，对于未完成工程重新编制施工进度计划并报九禾公司批准，双方为此于2007年11月27日签订补充协议，对复肥车间、1#成品库、锅炉房（含厕所）及消防站等一期项目工程的工期进行了重新约定，变更为2007年12月25日前完工，一期项目附属工程工期为120天，从2008年12月5日为起始点。该补充协议是双方当事人在履行施工合同过程中签订的，与合同具有同等法律效力，是双方当事人的真实意思表示，依法应认定有效。九禾公司上诉主张该补充协议变更了合同实质性内容，协议无效的理由不成立，依法不予支持。由于九禾公司在2007年8月23日已实际使用复肥车间、1#成品库、锅炉房（含厕所）及消防站等部分一期项目工程，依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十四条第（三）项“建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用的，以转移占有建设工程之日为竣工日期”的规定，九禾公司诉请北海二建支付上述工程逾期竣工的违约金，依法不予支持。尾气洗涤箱及沉降池工程于2007年10月29日完工，没有超过补充协议约定的最终完工日期2007年12月25日，九禾公司上诉主张北海二建逾期竣工与事实不符，亦不予支持。一期项目附属工程于2009年8月22日竣工，比补充协议约定的完工日期迟延141天，一审判决已予以认定。九禾公司上诉主张迟延天数为506天，没有事实依据，依法不予支持。关于逾期竣工违约金的计付标准。双方当事人订立的《年产60万吨复肥生产基地一期附属工程施工合同》专用条款第35.2条约定，如果延期超过10天以上的，则每延误一天工期，承包人（北海二建）按合同总价款万分之四向发包人（九禾公司）支付延期违约金。该违约金约定明显过高，且九禾公司未提交工程逾期竣工造成其实际损失的证据，故一审法院依照《中华人民共和国合同法》第一百一十四条及《最高人民法院关于适用<中华人民共和国合同法>若干问题的解释（二）》第二十九条的规定，酌情调整按金融机构同期流动资金一年期贷款利率的130%计算违约金，并无不当，依法应予维持。
三、关于九禾公司诉请北海二建整改工程质量的问题。九禾公司上诉主张其多次催促北海二建对工程存在的质量问题进行整改，要求北海二建履行质量维修义务。九禾公司对其主张在一审诉讼中提交了其于2009年7月15日和8月28日制作的《工程联系单》以及2009年9月25日横县规划建设局出具的《会议纪要》。对于九禾公司在《工程联系单》中提及的工程质量缺陷问题，北海二建并没有认可，九禾公司对其所提及的工程质量缺陷也没有提交相应的证据证明，《会议纪要》也没有双方当事人的签字确认。而且，一期项目工程和附属工程的竣工验收报告也没有说明存在九禾公司所提及的上述工程缺陷。故一审判决对九禾公司诉请北海二建整改工程质量的诉请不予支持正确，依法应予维持。
四、关于九禾公司应否向北海二建返还履约保证金的问题。合同签订后，北海二建依约向九禾公司支付了一期项目工程履约保证金319137.4元，一期项目附属工程履约保证金1178527.6元。根据合同约定，一期项目工程履约保证金应在工程竣工验收合格之日起14日内返还，一期项目附属工程履约保证金应在工程竣工验收合格后7个工作日内退还。本案讼争的一期项目工程和附属工程已分别于2008年11月6日和2009年8月28日验收合格，九禾公司在合同约定的期限内没有依约向北海二建退还履约保证金构成违约，一审判决九禾公司向北海二建退还履约保证金并从应付之日起按中国人民银行发布的同期同类贷款利率标准计付利息正确。
综上，一审判决除认定一期项目工程造价有误，应予纠正外，对其他事实认定清楚，适用法律正确，依法应予维持。九禾公司对于部分工程造价的上诉请求有理，应予支持，其他上诉请求没有事实和法律依据，依法予以驳回。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第二项规定，判决如下：
一、维持南宁市中级人民法院（2014）南市民一重字第1号民事判决第二、三、四、五、六、七、八、九项；即南宁九禾测土配肥有限责任公司向北海市第二建筑工程公司支付一期项目附属工程款1652312.85元及该款利息（利息计算：以1652312.85元为本金，从2009年8月29日起，按中国人民银行发布的同期同类贷款利率分段计至本案生效判决规定的履行期限最后一日止）；南宁九禾测土配肥有限责任公司向北海市第二建筑工程公司返还一期项目工程履约保证金319137.4元并支付该款利息（利息计算：以319137.4元为本金，从2008年11月21日起按中国人民银行发布的同期同类贷款利率分段计至本案生效判决规定的履行期限最后一日止）；南宁九禾测土配肥有限责任公司向北海市第二建筑工程公司返还一期项目附属工程履约保证金1178527.6元并支付该款利息（利息计算：以1178527.6元为本金，从2009年9月9日起按中国人民银行发布的同期同类贷款利率分段计至本案生效判决规定的履行期限最后一日止）；北海市第二建筑工程公司向南宁九禾测土配肥有限责任公司支付工程逾期竣工违约金314270.69元；北海市第二建筑工程公司向南宁九禾测土配肥有限责任公司交付符合合同约定的工程竣工资料4套；北海市第二建筑工程公司按其已收到的款项金额向南宁九禾测土配肥有限责任公司开具相应发票；驳回北海市第二建筑工程公司的其他诉讼请求；驳回南宁九禾测土配肥有限责任公司的其他反诉请求；
二、变更南宁市中级人民法院（2014）南市民一重字第1号民事判决第一项为：南宁九禾测土配肥有限责任公司向北海市第二建筑工程公司支付一期项目工程款1596806.05元及该款利息（利息计算：以1596806.05元为本金，从2008年11月7日起，按中国人民银行发布的同期同类贷款利率分段计至本案生效判决规定的履行期限最后一日止）。
一审本诉案件受理费69880元，二审案件受理费93383元，合计163263元，由北海市第二建筑工程公司负担48979元，南宁九禾测土配肥有限责任公司负担114284元。一审反诉案件受理费及鉴定费的负担，按一审判决执行。
本案义务，义务人应于本判决送达之日起十日内履行完毕。如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。权利人可在本判决规定的履行期限最后一日起二年内，向南宁市中级人民法院或者与该院同级的被执行财产所在地人民法院申请执行。
本判决为终审判决。
审 判 长 张英伦
代理审判员 谢素恒
代理审判员 冼 锐
二〇一六年十二月八日
书 记 员 林晓华