山东省济南市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2015）济商重初字第1号
原告山东兴业联合集团有限公司，住所地济南市。
法定代表人周明，董事长。
委托代理人周立波，男，1962年5月14日出生，汉族，该公司职工，住济南市。
委托代理人龚冰，男，1969年12月13日出生，汉族，该公司职工，住济南市。
被告达盛集团有限公司，住所地济南市。
法定代表人周勇，总经理。
委托代理人武国良，山东众成仁和律师事务所律师。
委托代理人任亮，山东众成仁和律师事务所律师。
原告山东兴业联合集团有限公司（以下简称兴业公司）与被告达盛集团有限公司（以下简称达盛公司）股权转让合同纠纷一案，本院于2013年6月13日受理后，于2014年8月1日作出（2013）济商初字第117号民事判决。达盛公司不服该判决向山东省高级人民法院提出上诉。2014年12月16日，山东省高级人民法院裁定本案发回重审。本院于2015年1月30日受理后，依法组成合议庭，于2015年3月31日公开开庭进行了审理。原告兴业公司委托代理人武国良，被告达盛公司委托代理人周立波、龚冰到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
原告兴业公司诉称，2006年5月16日，兴业公司与达盛公司签订《协议》，约定由达盛公司出资7000万元收购兴业公司所属的山东联合软件有限公司（以下简称联合软件公司）全部股权。2006年5月26日，兴业公司按照协议约定将联合软件公司全部股权转让到达盛公司指定名下，并依法完成了在山东省工商行政管理局的工商变更登记。达盛公司自2006年5月16日至2008年1月，累计支付股权转让款（含代付）52720027.81元，此外，一期工程建设手续费需缴纳4992144.5元，其中兴业公司已缴纳537910.7元，兴业公司认可缴纳4454233.8元，扣除该款项后，达盛公司尚欠兴业公司股权转让款12825738.39元。具体理由如下：1、关于合同目的。本合同应为单纯的股权转让合同。兴业公司与达盛公司就联合软件公司股权的转让行为并不属于我国公司法第一百七十三条、第一百七十四条、第一百七十五条规定的公司兼并、合并的范畴，不论是从合同本意以及双方实际操作来看，不存在上述公司兼并的意图和行为。因此，合同中所谓的“兼并手续”实际是指联合软件公司股权转让中所包含的人员、财务以及在建项目的移交，在其全部完成后，即为全部兼并手续及股权转让完成。2、关于转让款支付。根据《协议》第三条约定：余款将兼并手续及股份全部转到乙方指定名下后付清。按照协议约定，2006年5月26日，兴业公司将持有的联合软件公司全部股权转到达盛公司指定名下，并依法完成了在山东省工商行政管理局的工商变更登记。在联合软件公司名下的软件园在建工程实际已经归属到了达盛公司名下，由于达盛公司未按协议约定支付施工单位工程款，迟迟不肯接手在建工程，导致直到2008年1月才完成在建工程的全部移交。作为付款条件，股权转让人兴业公司的义务已经履行完毕，而股权受让方达盛公司却迟迟不履行付款义务。3、关于保证建设手续办理的理解。《协议》中第四条“甲方责任”第3款约定“甲方应保证名下的软件园项目（规划面积公建25000平方米，公寓l5000平方米以上）完成土地证、建设工程规划许可证及开工的各项手续办理，并缴纳完开工的所有相关手续费用”。其一：《协议》中约定由兴业公司保证建设手续办理的条款，其本意应理解为约束兴业公司配合办理相关建设手续，以防止兴业公司不作为、不配合。该协议签订时，项目工程规划己得到批复，达盛公司对此情况也了解，因此兴业公司的义务实际是主动承担办理手续时的配合（如派人陪同、提供说明等），同时按程序缴费，承担手续费用。其二：兴业公司无权决定和左右工程手续能否办理、办理时限以及缴费多少等事项。因此，该条款除了兴业公司的配合义务外，实际约束了兴业公司应承担多少面积（规划面积公建25000平方米，公寓l5000平方米以上）的建设手续费用，而并非要求兴业公司单方面保证办理建设手续。其三：由于协议签订后联合软件公司全部股权已过户给达盛公司，联合软件公司相应的人、财、物及在建工程已全部完成移交，实际控制权已完全转移至达盛公司，兴业公司此时已无可能独立办理项目手续，除非得到达盛公司委托授权。事实上，在签订《协议》后，兴业公司曾多次催促达盛公司接管在建工程并共同办理相关建设手续，但达盛公司迟迟不予答复。因此，如达盛公司认为兴业公司办理手续时不作为、不配合，应由达盛公司举证。同时，自联合软件公司管理权全面移交达盛公司后，兴业公司对联合软件公司（包括在建工程）已完全丧失掌控，此时再要求兴业公司独立完成在建工程项目有关手续的办理，既不公平、也不合理，有违合同法公平、公正的原则。4、关于规划修改。《协议》中第四条“甲方责任”第3款明确约定规划总面积为4万平方米，在此条件下，兴业公司保证各项建设手续的办理及缴纳相关手续费用。实际情况是，当时该地块规划已经批准，约2.5万平方米公建大部分施工已经完成，并已将土地证及相关的建设手续移交给了达盛公司，在建工程的后续控制权完全转移给了达盛公司。2007年9月29日，在兴业公司不知情的情况下，达盛公司及移交后的联合软件公司共同与高新区管委会签订了《项目合作协议补充协议》，该协议约定达盛公司以联合软件公司投资方的身份对原项目进行建设，并全面调整了项目规划，约定达盛公司、联合软件公司负责办理各项建设手续，按规定时间缴纳有关费用。由于达盛公司与高新区签订补充协议修改规划，兴业公司对此并不知情，该补充协议实际完全排除了兴业公司（包括权利和义务），因此，自补充协议签订生效后，兴业公司对在建项目应履行的相应责任即已自然转移至达盛公司，对兴业公司而言，则可视为与达盛公司约定的原手续办理义务已经终结，后续工程的建设手续已经完全由达盛公司及移交后的联合软件公司接手。自该补充协议签订次日起，达盛公司应履行完毕付款义务，因此，逾期付款利息应自此时起算。同时，由于《协议》签订时项目原规划已批复，兴业公司办理相关手续的义务应按原规划才能成就，而达盛公司与高新区签订补充协议后，项目规划由原来的3.85万平方米调整为6.07万平方米，新规划的变更致使原规划已不可能继续，与之相关的手续自然无从谈起，因此实际是规划变更导致兴业公司无法继续履行原《协议》。由于变更规划后，兴业公司既无法办理相关建设手续，也无法按原约定缴纳相关费用，如此时再要求兴业公司按《协议》履行办理手续之义务，从合同公平角度讲，对兴业公司而言极不公平，应视为无理要求。5、关于本案中达盛公司385000元借款。在股权转让协议签订后，因联合软件公司履行原供货协议，急需货款385000元，为保证联合软件公司的持续经营，2006年5月26日，兴业公司与达盛公司经协商达成处理意见：达盛公司王涛作为接手后的联合软件公司的代表与兴业公司签订《借款协议》并借款385000元用于支付货款，并约定待联合软件公司财务移交达盛公司后，由达盛公司归还兴业公司上述垫支款项，后双方协商在股权转让款中一并结算。该款项是为了解决股权转让过程中联合软件公司持续经营问题，且在兴业公司与达盛公司达成的意见中有明确约定：待联合软件公司财务移交达盛公司后，由达盛公司归还兴业公司上述垫支款项，因此，该款项应视为双方股权转让中的一部分。达盛公司应支付该垫付款，并自兴业公司第一次起诉时起计算违约金。综上，我们认为达盛公司自行调整项目规划，导致二期工程不能开工建设，反以此为借口拒绝履行合同的付款义务，其目的就是为了恶意逃避债务。请求依法判令：1、达盛公司支付剩余股权转让款12825738.39元以及逾期付款利息（以12825738.39元为基数，自2007年9月30日起至结清日止，按银行同期贷款利率计算）；2、达盛公司支付股权转让垫付款385000元以及违约金（以385000元为基数，自2013年5月29日起至结清日止，按每天万分之五计算）；3、达盛公司承担全部诉讼费用。
被告达盛公司答辩称，一、双方签订的《协议》的目的是转让软件园项目，并非单纯的股权转让。根据双方签署的《协议》第一条的约定，兴业公司将其持有的联合软件公司的股权转让给达盛公司的同时，也将联合软件公司所属的土地、项目和知识产权等资产全部归达盛公司所有。第二条明确约定，转让价款不仅包括股权价款也包括上述全部资产的价格。第三条也约定了“余款将兼并手续及股份全部转让到达盛公司指定名下付清”的付款条件。通过以上约定可以明显看出，双方协议转让的不仅是股权，还包括软件园项目在内土地、项目和知识产权等资产。虽然双方签署的《协议》名为“股权转让”，但双方签约目的实际是转让软件园项目。兴业公司所称的本合同应当认定为单纯的股权转让合同不符合合同约定，与事实不符合，也不符合双方订立合同的目的和初衷。二、兴业公司未完成《协议》约定的兼并过程中的各项手续，也未缴纳完开工所有相关手续费用。未达到双方合同约定的“余款将兼并手续及股份全部转让到达盛公司指定名下”的付款条件，兴业公司无权主张剩余股权收购款，更无权主张违约金。1、根据该协议第四条约定：兴业公司应当在合同签订后两个月内完成收购兼并过程中的各项手续，应当保证完成软件园项目（规划面积公建25000平方米，公寓l5000平方米以上）土地证、建设工程规划许可证及开工的各项手续办理工作，并缴纳完开工的所有相关手续费用。协议约定的达盛公司的责任和义务则是配合兴业公司办理各项手续，而不是兴业公司错误理解的兴业公司配合达盛公司办理各项手续。但兴业公司仅将联合软件公司的股权转到达盛公司指定名下，未完成软件园项目的建设工程规划、开工的各项兼并手续，也没有缴纳开工所需的相关手续费用，直接导致作为二期建设项目的公寓至今也没有开工，更未将上述兼并手续转到达盛公司指定名下，不符合双方签署的《协议》第三条所约定的“余款将兼并手续及股份全部转到达盛公司指定名下后付清”的付款条件，无权要求达盛公司支付余款及违约金。2、关于规划修改问题。兴业公司提到的改变规划的《项目合作协议补充协议》，无法确认其真实性。即使存在该协议，也是达盛公司与联合软件公司、高新区管委会签订的，与兴业公司无关。该协议也明确说明，二期公寓项目在2007年9月尚未开工建设，印证了兴业公司违反双方约定未办理开工手续、未缴纳相关费用导致二期公寓项目未开工建设的事实。即使存在补充协议所称的规划调整，也是经过了高新区管委会同意的，调整的原因系兴业公司未在合同约定期限内办理相关手续严重违约所导致的，而并非因调整规划导致兴业公司不能办理手续。从2006年5月16日双方签订《协议》，到2007年9月29日签订《项目合作协议补充协议》，一年四个多月的时间，兴业公司完全有时间、有能力办理相关手续，但其未办理任何手续（合同约定的是两个月内办理完毕各项手续）。因此，即使存在兴业公司所称的《项目合作协议补充协议》，也不能免除兴业公司未办理相关手续的违约责任，也不影响兴业公司按照双方签订的协议在合同范围内履行义务。三、达盛公司已累计承担及向兴业公司付款共计90397097.21元，早已超出合同约定应付转让款7000万元。除兴业公司认可达盛公司已支付的股权转让款52720027.81元，兴业公司认可缴纳的手续费4454233.8元以外，达盛公司还付款33222835.6元，具体付款情况为：1、中国建筑第八工程局（以下简称中建八局）工程结算款l88867.83元。根据兴业公司、联合软件公司、中建八局三方签订的《工程移交协议》约定，软件园项目工程款本应由兴业公司支付，经三方协商由联合软件公司承担，并从达盛公司应付兴业公司的股权转让款中扣除。后达盛公司向中建八局实际支付工程款7969051.88元，并非兴业公司主张的7780184.05元，差额188867.83元达盛公司已实际支付，应从应付股权转让款中扣除。2、劳保费1706037元。根据上述三方协议约定，软件园项目工程所涉劳保费用本应由兴业公司支付；双方约定由联合软件公司承担并从达盛公司应付兴业公司的股权转让款中扣除，后达盛公司实际支付了上述劳保费。3、应退还济南高新技术产业开发区管委会优惠补贴和滞纳金10038900元。由于兴业公司未办理完成软件园项目开工所需手续，也未按照约定缴纳相关手续费用，导致联合软件公司违反了与济南高新技术产业开发区管委会签订的《项目合作协议》，至今未能完成软件园项目建设，未能按期竣工，济南高新技术产业开发区管委会于2007年2月14日下发《关于协助追缴优惠补贴的函》，要求联合软件公司必须退还济南高新区管委会优惠补贴和滞纳金共计10038900元，该费用虽经达盛公司多方协调暂时缓交，但属于政府部门强令要求必然产生的费用，对此损失兴业公司应予承担并从达盛公司应付股权转让款中扣除。4、软件园项目开工手续费用15789030.77元。按照《协议》第四条约定：兴业公司应当完成开工前的各项手续办理工作，并缴纳完开工及开工前所有相关手续费用。但相关费用却由达盛公司承担，其中一期项目手续费用7123187.44元，二期项目应付8665843.33元，上述费用应由兴业公司承担并应从达盛公司应付股权转让款中扣除。5、按照兴业公司指示，达盛公司先后向济南青峰旅游有限公司付款550万元作为涉案项目预付款，上述费用应从达盛公司应付股权转让款中扣除。四、如按兴业公司所称，完成股权转让即具备支付余款的条件，则兴业公司的诉讼请求已超过诉讼时效。兴业公司以2006年5月26日股权转让之日作为达盛公司应付清全部转让款的时间节点，即兴业公司以该时间作为权利受到侵害的时间，若仅以兴业公司主张的该时间作为余款应付清时间，按照《民法通则》第一百三十五条“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为二年，法律另有规定的除外”之规定，兴业公司自2006年5月26日起至向法院提起诉讼，已超过两年诉讼时效期间。五、兴业公司要求达盛公司偿还385000元借款及利息缺乏事实和法律依据。1、兴业公司诉讼请求第一项股权转让款与第二项企业间借款资金拆借分属两个不同法律关系，不能作为同一案件起诉和审理。2、“山东省卫生厅信息网络系统设备及软件”《采购合同》系山东省卫生厅与联合软件公司签订，承担付款等合同义务的主体是联合软件公司。依据兴业公司提交的《借款协议》记载，借款人是联合软件公司，并非达盛公司，因此，兴业公司要求达盛公司还款并与股权转让纠纷并案起诉没有依据。3、兴业公司未实际履行《借款协议》提供借款，亦未提供证据。4、兴业公司与联合软件公司签订的《借款协议》违反国家相关规定，属于无效合同，合同中关于日万分之五的违约金等条款无效，违约金业已超过本金，严重过高。5、依据《借款协议》约定的还款期限“待联合软件财务移交达盛公司后归还”，兴业公司提供的《联合软件公司财务档案移交目录》等证据记载，联合软件公司财务已于2006年6月20日移交达盛公司，即如果兴业公司提供了借款，2006年6月20日即为该笔借款的还款日，兴业公司自2006年6月20日起至向法院提起诉讼，已超过两年诉讼时效期间。综上，兴业公司的诉讼理由缺乏事实和法律依据，请求依法驳回兴业公司的全部诉讼请求。
经审理本院认定，2006年5月16日，兴业公司与达盛公司签订《协议》。协议约定，兴业公司将其所有的联合软件公司90%的股权（含10%国有股）折价转让给达盛公司，同时该公司所属的土地、项目和知识产权等资产全部归达盛公司所有，并在三个月内负责将剩余10%股权转移到达盛公司指定的权益人名下，转让价格及费用为人民币7000万元。合同签订后首付1300万元，第二批付款待收购变更手续办理完毕后，包括代垫款和应付工程款再付3000万元，余款将兼并手续及股权全部转让到达盛公司指定名下后付清。兴业公司在合同签定后两个月内办理完成收购兼并过程中的各项手续，兴业公司应保证名下的软件园项目（规划面积公建25000平方米，公寓15000平方米以上）完成土地证、建设工程规划许可证及开工的各项手续办理工作，并缴纳完开工的所有相关手续费用。《协议》签订后，兴业公司于2006年7月3日将联合软件公司股权过户到达盛公司名下，完成了股权转让的手续，并将联合软件公司的财务档案材料、联合软件研发基地项目建设手续、联合软件公司印鉴等移交给了达盛公司。达盛公司现共计支付兴业公司股权转让款52720027.81元。
2006年5月29日，兴业公司原法定代表人徐维力与联合软件公司代表人王涛签订《借款协议》约定，联合软件公司向兴业公司拆借资金，借款金额为385000元，还款期限为按兴业公司与达盛公司2006年5月26日签署的《关于山东省卫生厅信息网络系统设备及软件项目存储设备货款支付问题的处理意见》中的约定。该意见第三条第2款约定，暂由兴业公司垫支该项目全额货款约385000元（以实际新签供货合同为准），待联合软件公司财务移交达盛公司后，由达盛公司归还兴业公司上述垫支款项。协议签订后，达盛公司并未支付该笔款项。
2008年1月11日，甲方兴业公司、乙方联合软件公司、丙方中建八局签订工程移交协议一份，载明：经甲、乙、丙三方协商，对联合软件研发基地研发楼（二）工程建设项目结算的移交达成如下协议：移交工程内容，1、甲方与丙方于2004年6月12日签订了《建设工程施工合同》，由丙方为联合软件研发基地研发楼提供建筑安装施工服务，经审核，应付丙方工程款9080184.05元（大写：玖佰零捌万零壹佰捌拾肆元零角伍分），已支付丙方工程款2000000.00元（大写：贰佰万元整），尚欠丙方工程款7080184.05元（大写：柒佰零捌万零壹佰捌拾肆元零伍分），该欠款由乙方负责代甲方支付给丙方，并在达盛集团应支付给兴业集团的股权转让款中扣除。2、该工程涉及的劳保费（社会保障费）由乙方负责按政府有关缴纳标准代甲方支付，并在达盛集团应支付给兴业集团的股权转让款中扣除。3、甲、乙、丙三方同意，自本协议签署之日起上述协议约定的尚未支付的工程款及劳保费（社会保障费）由乙方承担，在办理施工手续过程中，如果劳保费用政府给于乙方优惠，则乙方按产值的2.08%直接支付给丙方。4、本协议自签署之日起生效。
2008年1月11日，甲方兴业公司、乙方联合软件公司、丙方中建八局签订关于工程停滞损失的结算协议一份，载明：甲、乙、丙三方于2008年1月11日签署关于联合软件研发基地研发楼（二）工程建设项目的《工程移交协议》，经甲、乙、丙三方协商，对该工程停滞损失处置达成如下协议：一、工程停滞损失数额。经三方协商确认，该工程停滞损失数额为700000元（大写：柒拾万元整）。二、工程停滞损失支付。经三方协商同意，上述工程停滞损失费由乙方负责代甲方支付给丙方，并在达盛集团应支付给兴业集团的股权转让款中扣除。三、本协议自签署之日起生效。
诉讼过程中，兴业公司与达盛公司对达盛公司拖欠股权转让款的数额产生争议。对于达盛公司已支付的52720027.81元款项兴业公司与达盛公司均无异议。达盛公司认为其已累计承担及向兴业公司付款共计85942863.41元，已超出协议约定的7000万元的总价款。除了兴业公司认可的52720027.81元外，其余款项分别为：1、中建八局工程结算款188867.83元；2、中建八局工程劳保费1706037元；3、应退还济南高新技术产业开发区管委会优惠补贴和滞纳金10038900元；4、软件园项目开工手续费用15789030.77元，其中一期项目手续费用7123187.44元，达盛公司已实际支付4726744.44元，其余列明的项目中未缴纳的部分系因达盛公司与相关部门协调暂缓交纳，二期项目应付款8665843.33元；5、向济南青峰旅游有限公司付款550万元。兴业公司对达盛公司主张的上述垫付款提出异议，其中对于达盛公司主张的一期工程建设手续费，兴业公司认可需缴纳4992144.5元（含劳保费1216670元），扣除兴业公司已缴纳的537910.7元后，达盛公司尚欠兴业公司股权转让款12825738.39元。对于达盛公司主张的其他款项，兴业公司认为不应从股权转让款中扣除。
以上事实有《协议》、《借款协议》、工程移交协议、关于工程停滞损失的结算协议、工商登记材料、付款凭证一宗、联合软件公司材料交接手续一宗及庭审笔录等在案为证。
本院认为，兴业公司与达盛公司签订的股权转让协议，系双方真实意思表示，协议内容未违反法律或行政法规的禁止性规定，为有效协议。双方均应按协议履行各自合同义务。本案争议的焦点问题为：1、协议约定的付款条件现是否已成就。2、兴业公司起诉时是否超过诉讼时效。3、兴业公司垫付的385000元应否一并处理，违约金是否过高应予调整。4、达盛公司欠兴业公司股权转让款的数额。
针对焦点1，协议约定“余款将兼并手续及股权全部转让到达盛公司指定名下后付清”，现兴业公司已将联合软件公司股权过户到达盛公司名下，完成了股权转让的手续，兴业公司也已将协议约定的联合软件公司财务资料、相关工程手续等移交给了达盛公司，联合软件公司现已为达盛公司控制经营中，因此，达盛公司应当继续支付剩余转让价款。达盛公司认为本案付款条件并未成就的抗辩不能成立。
针对焦点2，根据兴业公司与达盛公司提交的付款证据，以及兴业公司提交的其与达盛公司之间的往来邮件，可以看出就本案所涉纠纷双方始终处于协商和履行过程中，故兴业公司起诉本案并未超过诉讼时效。达盛公司认为兴业公司起诉本案已超过诉讼时效的抗辩不能成立。
针对焦点3，兴业公司与联合软件公司签订的《借款协议》约定，联合软件公司向兴业公司拆借资金385000元，还款期限为按兴业公司与达盛公司2006年5月26日签署的《关于山东省卫生厅信息网络系统设备及软件项目存储设备货款支付问题的处理意见》中的约定。该意见第三条第2款约定，暂由兴业公司垫支该项目全额货款约385000元（以实际新签供货合同为准），待联合软件公司财务移交达盛公司后，由达盛公司归还兴业公司上述垫支款项。可见就该385000元垫付款所涉各方均同意在履行本案所诉股权转让协议约定义务时一并结清，故兴业公司在本案中要求一并解决符合合同约定，应予支持。对于违约金部分，该违约金约定的是每天万分之五，该约定标准并不高于年息24%。故达盛公司认为兴业公司起诉的借款不应与本案一并解决，且违约金过高应予调整的抗辩不能成立。兴业公司要求达盛公司偿还所欠借款本金385000元，并自第一次起诉之日即2013年6月13日起按每天万分之五计付违约金的诉讼请求应予支持。
针对焦点4，达盛公司欠兴业公司股权转让款的数额，兴业公司主张尚欠12825738.39元，达盛公司则主张其已经超付转让款达2000余万元。双方争议的差额部分为：1、中建八局工程结算款188867.83元；2、中建八局工程劳保费1706037元；3、应退还济南高新技术产业开发区管委会优惠补贴和滞纳金10038900元；4、软件园项目开工手续费用15789030.77元；5、向济南青峰旅游有限公司付款550万元。第1项，根据兴业公司、联合软件公司、中建八局三方签订的工程移交协议及关于工程停滞损失的结算协议约定，兴业公司欠中建八局工程款7080184.05元及工程停滞损失70万元，由联合软件公司代兴业公司支付给中建八局，并在达盛公司应支付给兴业公司的股权转让款中扣除，因此，兴业公司将上述7780184.05元自达盛公司应付股权转让款中扣除符合合同约定。达盛公司主张其向中建八局实际支付工程款7969051.88元，并非兴业公司主张的7780184.05元，该差额188867.83元部分与工程移交协议约定数额不符，兴业公司对此不予认可，达盛公司并未提交充分证据证实该部分数额确实应当由兴业公司承担，故其要求将该部分款项从应付股权转让款中扣除的抗辩不能成立。第2项中建八局工程劳保费1706037元，根据兴业公司、联合软件公司、中建八局三方签订的工程移交协议约定，该工程涉及的劳保费（社会保障费）由联合软件公司负责按政府有关缴纳标准代兴业公司支付，并在达盛公司应支付给兴业公司的股权转让款中扣除。在上述三方签订的工程移交协议中并未明确约定仅以兴业公司尚欠中建八局工程款7080184.05元为基数计算缴纳劳保费，而是约定按政府有关缴纳标准缴纳，现达盛公司按照济南市人民政府的规定向济南市建筑企业养老保障金管理办公室实际支付了1706037元的劳保费，按约应当自应付兴业公司股权转让款中扣除。达盛公司该部分抗辩成立。第3项应退还济南高新技术产业开发区管委会优惠补贴和滞纳金10038900元。由于该费用现尚未发生，故达盛公司认为应当自应付股权转让款中扣除的抗辩不能成立。达盛公司可在取得相关证据后另案向兴业公司主张。第4项软件园项目开工手续费用15789030.77元。按照《协议》第四条约定，该项费用应当由兴业公司承担。对于该项费用的数额问题，达盛公司认可第一期项目手续费用为7123187.44元，已实际支付4726744.44元，该实际支付的费用按约应当由兴业公司承担。兴业公司虽对此不予认可，但是兴业公司并无证据证实该宗费用中有不符合法律规定的收费项目，因此达盛公司主张应自股权转让款中扣除该部分费用的抗辩应当支持。对于第一期项目手续费中并未实际支付以及尚未发生的二期项目应付款8665843.33元，由于上述费用现并未实际产生，达盛公司要求一并予以抵扣的抗辩不能成立。达盛公司可在取得相关证据后另案向兴业公司主张。第5项达盛公司先后向济南青峰旅游有限公司付款550万元，由于达盛公司未提交证据证实该费用系按照兴业公司指示支付，该费用目前并无证据证实与本案股权转让款或兴业公司有关联性，故达盛公司认为该费用应自股权转让款中扣除的抗辩不能成立。
综上，达盛公司尚欠兴业公司股权转让款数额应为10847190.75元，达盛公司应予偿还。对于兴业公司超过该数额的诉讼请求部分本院不予支持。达盛公司欠付兴业公司股权转让款构成违约，但鉴于达盛公司一直在支付股权转让款，且双方就部分垫付款是否应自股权转让款中扣除产生争议并一直在协商过程中，故达盛公司应自兴业公司第一次起诉本案之日即2013年6月13日起，按同期贷款利率计付违约金。对兴业公司超过上述标准主张的违约金部分本院不予支持。依照《中华人民共和国合同法》第一百零七条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条之规定，判决如下：
一、被告达盛集团有限公司于本判决生效之日起10日内支付原告山东兴业联合集团有限公司股权转让款10847190.75元及违约金（违约金以实际欠股权转让款为基数，自2013年6月13日起至本判决确定的债务履行期限届满之日止，按同期贷款利率计付）；
二、被告达盛集团有限公司于本判决生效之日起10日内偿还原告山东兴业联合集团有限公司385000元及违约金（违约金以385000元为基数，自2013年6月13日起至本判决确定的债务履行期限届满之日止，按日万分之五计付）；
三、驳回原告山东兴业联合集团有限公司的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费176713元，由原告山东兴业联合集团有限公司承担83493元，被告达盛集团有限公司承担93220元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起15日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于山东省高级人民法院。
审 判 长 韩 梅
审 判 员 郎家涛
人民陪审员 李咏梅
二〇一五年九月二十一日
书 记 员 王宪峰